Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398522.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1814.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
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Warning! 952 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1066 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 770--1112 Score: 377
Period size: 173 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
760 NNNNNNNNNG
* * *
770 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGTATATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGTATATA
* * * *
835 ATTAAATATCTGCCTGGAGAAACGTGAAGGAAAAAACATTCATTAACTAGAAAAGTCCATTTATA
66 ATTAAATATCTACCTGGAAAAACATGAAGGAAAAAACATTCATTAACTAAAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
900 GTCACCAAAGCTTTCGAAAGCGTTATTGCTCGTTTTAAATA
131 GTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* ** * * *
941 GTTTTATAATCTCGTAATTAACTTTAAGTTGATTTTTTTTTTTAGTTTTTGGTTAAAACAAG-CT
1 GTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGA-AATTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAA-AAGTAT
* * * * * *
1005 ATACTTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTAGC-AAAAGAAGTCCAT
63 ATAATTAAATATCTACCTGGAAAAACATGAAGGAAAAA-ACATTCATTAACTAAAA-AAGTCCAT
* **
1068 TTATAGTTACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
126 TTATAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1113 GNNNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
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172 17 0.12
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174 2 0.01
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Consensus pattern (171 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGTATATA
ATTAAATATCTACCTGGAAAAACATGAAGGAAAAAACATTCATTAACTAAAAAAGTCCATTTATA
GTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
Found at i:2491 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1984--5801 Score: 3456
Period size: 171 Copynumber: 22.3 Consensus size: 170
1974 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1984 TTTATAATATCGA-AATAGATTTTAAGTT-ACATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATA
1 TTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * * * * * **
2047 ATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGAAAGCAAAGTTTATTTATA
64 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
2112 GCCACTCATTCC-ACGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGC
128 GTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * *
2155 TTTGTAATCTCATTATTGAGTTTT-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
** * * *
2219 TTGAATGTCTGTCTTGA-AAACATTAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
2283 TCACCCATCCCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * *
2325 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATATTTAGTTAAAACAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * ** * * *
2390 TGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAACAAGCATTTATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAAT
66 TGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
*
2455 CACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* *
2496 TTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TAACAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAA
* * * * * *
2560 TTGAATGTCTGCC-TCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAATAGAAAAGCCCATATAT
65 TTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTAT
** * * * *
2623 AGTTGCCTATGCCTTCGAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
127 AGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * *
2668 TTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACAATTTTGGTT-AAACGAAATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGACTATAA
* * * * * ** * *
2732 TTGAATGTCTGCCTTAGGAAATATAAAGAAAAAGATATTCATTGTAAAAAAAAGTCTATTTATAG
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
2797 CCACCCAATCC-TCAAATAGCTTTATTAATCGCTTTAAATAGT
129 TCACCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * *
2839 TTTGTAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTGATAGTTTTGGTTAAAACAGGCTACAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* ** * * *
2904 TGAATATCTGTCTTGAA-AAACATTAAGAAAAAGGCATTCATTGACGAGAAAAGTCCATTTATAG
66 TGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
2968 TTACCTATCCCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * *
3010 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGGTGAATTTTTTTACATATTTAGTTAAAACAGATTATAA-
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * *
3074 TCAAGTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
66 TGAA-TGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** *
3139 TCGCCCATTACTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATGGT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
**
3181 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGTA-TATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-ACTATAA
* * * * * * * *
3245 TTAAAAGTCT-GCTTGGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGACTAGAAAAATCCATTTATA
65 TTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
** * ** * *
3309 GTCACCCAAGCCTTCGAAAGTATTATTGCTCGCTTTAAATAGT
128 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * ** * *
3352 TTTATAATCTCGTAATTAACATTAAGTTGAATTTTTTTTTAC-TTTTTAGTTAAAAGA-AGCTAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-CTAT
* *
3415 ACTTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAATGTCATTCATTGGCAA-AACAAGTCCATTT
63 AATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTT
* * *
3478 ATAGTTACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGT
125 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * *
3524 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTACAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * *
3589 TGATTGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATATATAGT
66 TGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
3654 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * *
3695 TTTACAATCTCATAA-TGTATTTTAAGTAGAGTTTCTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AGTTATA
1 TTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-CTATA
* * * * * * * ** * **
3758 ATTCAATGTCTTCCTT-GGAAAATATAAACAAAAAGCTGTTCATTGAAAAGAAAAATATATTTAT
64 ATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
3822 AGGCTCCTATTTC-TCTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
127 AGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * * *
3866 TTTATAATCTCGTAATTGAGTTTGAGTTGTA-TTTTTGACATTTTTGATTAAAACATACTTTAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * * * * *
3930 TGACTGTCTGCCTCAAAAAATATTAAGAAAAAGGCATTTACTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGT
66 TGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
3995 CACCCATTCCTTCAAAAACCTTATGACTCGCTTTAAATTGT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * *
4036 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGA-TA-ACC
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA--
** * * * * *
4099 ATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTATTGACTAGAAAAGCCCATATAGT
64 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-T
** * **
4164 A-TCGTCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
127 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * *
4207 TTTATAATGTCGTAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
** * * *
4272 TGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGTAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAAT
66 TGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** ***
4337 CACTCATTCCTTCAAAAGGGTTATTACTCGCTTTAAAAATT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* *
4378 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGA-TAACAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAA
* * ** * * * *
4442 TTGAACGTCTGCCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATT-GAATAGAAAAGCCCATATATA
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATA
** ** *
4506 GTTGCCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
128 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * *
4549 TTTATAATCTCGTAAATGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAAATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * *** *
4613 TGAATGTTTTCCTTAAGAAACGTAAAGAAAAGGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTTTGTTTATAGC
66 TGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
4678 CACCCATTCC-TCGAAACGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
130 CACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * *
4719 TTTGTAATCTTATAATTGAGTTTAAGTTG-ATTTTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGACTACAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
* * * * *
4783 TTTAATATCT-CTCTT-AGAAAACATTAAGAAAAAGGCATTCATTGACGAGAAAAGTCCATTTAT
65 TTGAATGTCTAC-CTTAAG-AAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * * *
4846 AGTCACTTATCCCTTCAAATGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-
127 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * *
4889 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTAAATTTTTTTACATATTTAGTTAAAACAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * *
4954 TGAGTGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGT
66 TGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
*
5019 CGCCCATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGT
130 CACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* *
5060 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAGTA-TATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-ACTATAA
* *** ** * * * *
5124 TTAAATGTCTACCAGGAGAAATGTAAAGAAAAAGATATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAG
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * * * * *
5189 TCACCCAAGCCTTCGAAAGCGTTATTGCTTGCTTTAAATAGT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * * *
5231 TTTATAATCTCGTAGTTAACTTTAAGTTTACTTTTTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGGCTA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA----ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* * * * *
5296 TACTTGAATGTCTACTTTGAGAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAA-AACAAGTCCATTT
62 TAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTT
* * *
5360 ATAGTTACCAATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
125 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * *
5406 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * *
5471 TGATTGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGT
66 TGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
5536 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * *
5577 TTTACAATCTCATAA-TGTATTTGAGGTAGAATTTCTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AGTTATA
1 TTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-CTATA
* * * * * * * * ** * **
5640 ATTCAATATCTTCCTTGAG-AATATAAACAAAAAGCGGTTCATTGAAAAGAAAAATATATTTATA
64 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
5704 G-CCCCCTATTTC-TCTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
128 GTCACCC-ATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * * * *
5747 TTTGTAATTTCGTAATTGAGTTTGAGTTGTA-TTTTTGACATTTTTGATTGAAACA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
5802 TGGTATAATT
Statistics
Matches: 2947, Mismatches: 610, Indels: 182
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 34 0.01
170 669 0.23
171 1797 0.61
172 290 0.10
173 20 0.01
174 2 0.00
175 135 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
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TGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
Found at i:3191 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 1984--5801 Score: 3414
Period size: 341 Copynumber: 11.2 Consensus size: 343
1974 NNNNNNNNNN
* * * * *
1984 TTTATAATATCGA-AATAGATTTTAAGTT-ACATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATA
1 TTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* ** * * * **
2047 ATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-ATCATTCATTGGAAAGCAAAGTTTATTTAT
64 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
2111 AGCCACTCATTCC-ACGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTGTAATCTCATTATTGAG
128 AGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-
* * *
2175 TTTT-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTGTCTTG-AAA
191 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAA
* ** * * *
2238 ACATTAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTC-AAATG
256 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAAG
*
2302 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
321 CCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * * * *
2325 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATATTTAGTTAAAACAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* ** ** * * * *
2390 TGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAACAAG-CATTTATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAA
66 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
2454 TCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTC
130 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * *
2519 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TAACAATTGAATGTCTGCC-TCAGAAAAT
195 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAAAC
* * * ** * * *
2582 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-ATAGAAAAGCCCATATATAGTTGCCTATGCCTTCGAAAACC
258 ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAAGC
2646 CTTATTACTCGCTTTAAATGAT
322 CTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * * *
2668 TTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACAATTTTGGTT-AAACGAAATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAA
* * * * * *
2732 TTGAATGTCTGCCTT-AGGAAATATAAAGAAAAAGATATTCATT-GTAAAAAAAAGTCTATTTAT
65 TTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
2795 AGCCACCCAATCC-TCAAATAGCTTTATTAATCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGAG
128 AGTCACCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
2859 TTTAAGTTGAATTTTTTGATAGTTTTGGTTAAAACAGGCTACAATTGAATATCTGTCTTGAAAAA
192 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAA
* * * * * *
2924 CATTAAGAAAAAGGCATTCATTGACGAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATCCCTTC-AAATGC
257 CATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAAGC
2988 CTTATTACTCGCTTTAAATGAT
322 CTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * *
3010 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGGTGAATTTTTTTACATATTTAGTTAAAACAGATTATAA-
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * *
3074 TCAAGTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAG-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
66 TGAA-TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
* * ** *
3138 GTCGCCCATTACTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
129 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
** * * *
3203 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGTA-TATAATTAAAAGTCTG-CTTGGAGAAA
194 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-ACTATAATTGAATGTCTGCCTT-GAAAAA
** * * ** *
3266 CATGAAGAAAAAGATATTCATTGACTAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG-AAAGT
257 CATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAAGC
* *
3330 ATTATTGCTCGCTTTAAAT-AGT
322 CTTATTACTCGCTTTAAATGA-T
* * ** * * *
3352 TTTATAATCTCGTAATTAACATTAAGTTGAATTTTTTTTTAC-TTTTTAGTTAAAAGA-AGCTAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TTAT
* * * * *
3415 ACTTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAATGTCATTCATTGGCAA-AACAAGTCCATTTA
63 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAA-AAGTCCATTTA
* * * *
3479 TAGTTACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTCAT
127 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
3544 TTTAAATTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGATTGTCTACCTT-AGGAA
192 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAA
* * * * * *
3608 ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATATATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAG
256 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAAG
* *
3672 CCTTATTACTCACTTTAAATGGT
321 CCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * *
3695 TTTACAATCTCATAA-TGTATTTTAAGTAGAGTTTCTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AGTTATA
1 TTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATA
* * * * * * ** * **
3758 ATTCAATGTCTTCCTTG-GAAAATATAAACAAAAAG-CTGTTCATTGAAAAGAAAAATATATTTA
64 ATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGAC-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
3821 TAGGCTCCTATTTC-TCTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGA
127 TAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
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3885 GTTTGAGTTGTA-TTTTTGACATTTTTGATTAAAACATACTTTAATTGACTGTCTGCCTCAAAAA
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3949 ATATTAAGAAAAAGGCATTTACTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAA
256 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAAG
*
4013 CCTTATGACTCGCTTTAAATTG-T
321 CCTTATTACTCGCTTTAAA-TGAT
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4036 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATAACCAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
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66 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTA-TA
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129 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
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259 TGAAGAAA-AAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAAGCC
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4357 TTATTACTCGCTTTAAA-AATT
323 TTATTACTCGCTTTAAATGA-T
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195 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAA-AAACA
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322 CTTATTACTCGCTTTAAATGA-T
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4783 TTTAATATCT-CTCTT-AGAAAACATTAAGAAAAAGGCATTCATTGACGAGAAAAGTCCATTTAT
65 TTGAATGTCTAC-CTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
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258 ATGAAGAAA-AAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAAGC
*
5038 CTTATTACTCGCTTTAAATGGT
322 CTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* *
5060 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAG-TATATAA
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5124 TTAAATGTCTACCAGGAGAAATGTAAAGAAAAAGATATTCATTGACT-AGAAAAGTCCATTTATA
65 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATA
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5188 GTCACCCAAGCCTTCGAAAGCGTTATTGCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAGTTAACTT
129 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
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5253 TAAGTTTACTTTTTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGGCTATACTTGAATGTCTACTTTGAGA
194 TAAGTTGA----ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAA
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5318 AACAAGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGCAA-AACAAGTCCATTTATAGTTACCAATTCC-TCCAA
255 AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-CAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAA
*
5380 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
318 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
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5406 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
5471 TGATTGTCTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACT-AGAAAAGCCCATTTATA
66 TGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATA
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5534 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAA-TGTATT
129 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATT
* * * * * * * * *
5598 TGAGGTAGAATTTCTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AGTTATAATTCAATATCTTCCTTG-AGAA
193 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAA
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5661 TATAAACAAAAA-GCGGTTCATTGAAAAGAAAAATATATTTATAG-CCCCCTATTTC-TCTAAAA
257 CATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATTCCTTCGAAAA
*
5723 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
320 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * * * * * * *
5747 TTTGTAATTTCGTAATTGAGTTTGAGTTGTA-TTTTTGACATTTTTGATTGAAACA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
5802 TGGTATAATT
Statistics
Matches: 2852, Mismatches: 524, Indels: 203
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 71 0.02
341 1029 0.36
342 893 0.31
343 552 0.19
344 18 0.01
345 13 0.00
346 273 0.10
347 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (343 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATG
AAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATGAT
Done.