Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397380.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1720.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 32903
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.14, T:0.32
Warning! 3124 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1147 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 217--2537 Score: 1283
Period size: 171 Copynumber: 13.7 Consensus size: 170
207 TTGTCAAAAG
* ** * ** * * ** * *
217 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTGATATATAGTAACCCATGCCTTTAAAAGCCTTTTTATT
1 AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACT
********** * * **
282 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
66 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAA
* * * *
347 AATAGATAATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAA
130 AATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-C
* * ** * * * * * * * * *
389 AAAAATAATTAATTGGCAACAAAAATCTATCTAAAGGCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGT-CTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * *
453 TCTC-TTACA-CGTTTTCTTAAT-GCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTTGTT
65 TCGCTTTAAATAGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTGGTT
* * * *
515 AAACAT--A-TAGTATTTGAATGTTTACTTTGGGAAA-GTG-AGG
128 AAA-ATAGATTA-TATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGC
* * * * * * *
555 AAAAGTCATTCATT-GTAAGAAAATTTCATCTATAGT--CCTCATCGCCTT-GAAAGCCTTA-CA
1 AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCT-AT-GTCTTCGAAAGCCTTATTA
* * *
615 ATCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTGTGGTTA
64 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * * *
680 AAACAGA-TAGTATTTGAATGTCTA-CTCAGAGAAACGTGAAGA
129 AAATAGATTA-TATTTGAATGTCTACCT-TGGGAAACATGAAGC
* * * * * * * *
722 AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCGTTTATATTCGCTTAAGACTTC-AATAGCCTTATTAC
1 AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGTCTTCGAA-AGCCTTATTAC
* * * * * * *
786 TTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAACTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTA
65 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTA
* ********** * * * *
851 AAACT-GATAANNNNNNNNNNTCTACATCT-AGAAACGTGAAGA
129 AAA-TAGATTATATTTGAATGTCTACCT-TGGGAAACATGAAGC
* * * * * * * * * ****
893 AAAAGCCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATCTACAGTCCCCCATGCCTTCGAAAGTCTTATNNNN
1 AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACT
****** * * * ** *
958 NNNNNNAAAT-GATTTTATAATCTCATAATAGACTTTAAGTTGAATTGTTTTGTATTTTTTATTC
66 CGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTA
* * * * * **
1022 AAATATATTATAATTGAAAGTCTTCCTAGGGAAACACAAAGC
129 AAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGC
** * * *
1064 AAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCCAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
1129 CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTGGGCTAA
66 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTGGTTAA
* * * *
1194 AATAGATAATATTTGAATGTCTACATTGGGAAATATGAAGA
130 AATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGC
* * * * * * * * *
1235 AAAAGCCATTCATTCGCGAGAAAAGTCCATCTATAGTTGCCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * ********
1300 CTCTTTACACAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TNNNNNNNNNNTTA
66 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT--ATTTTTGGTTA
* * * * * *
1364 AAACAGA-TAGTATTTGACTGTTTACTTTGGGAAACATGAGGA
129 AAATAGATTA-TATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGC
* * * * * * * * * *
1406 AAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAATTTCATCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTACTACT
1 AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACT
********** *
1471 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTATATTTGTGGTTAAA
66 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* *
1536 ACAGA-TAGTATTTGAATGTCTA-CTTGGAGAAACGTGAAGC
131 ATAGATTA-TATTTGAATGTCTACCTTGG-GAAACATGAAGC
* * * ** *
1576 AAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCGCTTAAATCTTCCAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
1641 CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTAGAATTTTCTTACATTTTGGGCTAA
66 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTGGTTAA
* * * * *
1706 AACAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACATGAAGG
130 AATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGC
* * * * * * *
1747 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTACAGTTGCCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACT
********** * *
1812 CGCTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAATT-AATTTTTTTTATATTTTTTGTT-
66 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * ** *
1875 AAATATATTATAATTGAATGTTTGGCTTGAGAAACATGAAGC
129 AAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGC
* * * * *
1917 AAAAGTCATCCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATATTCGCCTATGTCTTCAAAAGCTTTATTATT
1 AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
1982 CGTTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTA
66 CGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * **
2046 AAACAGATAATATTTGAATGTCT-GCTTCAAGAAACATGAA--
129 AAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTT-GGGAAACATGAAGC
* * * * * * * * * *
2086 AAAATGCCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCATTATTA-
1 AAAA-GTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
2150 ---CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTTAATATTTTTGTATTTTTTGTTA
65 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTA
* * * * ** * *
2212 AAATATATTATAATTAAATGTCTACTTTGAAAAATATAAAGC
129 AAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGC
* * * * * **
2254 AAAAGTCATCCATTGGCCAGAAAAGTTCATTTATAGCCACTTAACTCTTCGAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTAC-
* * ** * * * * *
2319 TC-CTTTATATGGTTTTCCAATCTCGTGATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTTGTTA
65 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * * * * **
2383 AAATATATTATAATTGAAAGTCTACCTCGGCAAACGTGAAAT
129 AAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGC
** * * * * *
2425 AAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCACTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAGGCCTTATTACT
1 AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * *
2490 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTT
66 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
2538 CTATTGGCTC
Statistics
Matches: 1626, Mismatches: 465, Indels: 118
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 7 0.00
164 30 0.02
165 74 0.05
166 90 0.06
167 64 0.04
168 31 0.02
169 46 0.03
170 384 0.24
171 835 0.51
172 65 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAA
ATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGC
Found at i:1709 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1115--2537 Score: 1009
Period size: 341 Copynumber: 4.2 Consensus size: 339
1105 TAAGTCTTCC
* * * * *
1115 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTAAATTTTCTT
1 AAAGCCTTA-TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATTTTTTT
* * * * * * * *
1180 ACATTT-TGGGCTAAAATA-GATAATATTTGAATGTCT-ACATTGGGAAATATGAAGAAAAAGCC
64 ATATTTGT-GG-TTAAATACAAT-ATAATTGAATGTCTGAC-TTGAGAAACATGAAGCAAAAGTC
* * * * * * *** *
1242 ATTCATTCGCGAGAAAAGTCCATCTATAGTTGCCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
125 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTAAATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * ***********
1307 CACA-G-CTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAACAG
190 -A-ATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTGGACTAAAACAG
* * * * * * * *
1370 ATAGTATTTGACTGTTTACTTTGGGAAACATGAGGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAATTTCA
253 ATAATATTTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
1435 TCTATAGTCACCCATGCCTTTG
318 TCTATAGTCACCCATGCCTTTG
*********
1457 AAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTA-TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAATTAATTTTTTT
* *
1521 ATATTTGTGGTTAAA-ACAGATAGTATTTGAATGTCT-ACTTGGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCA
64 ATATTTGTGGTTAAATACA-ATA-TAATTGAATGTCTGACTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGTCA
* * * *
1584 TCCATTGGTAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCGCTTAAATCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
126 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTAAATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* *
1649 ATTG-TTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAG-TAGAATTTTCTTACATTTTGGGCTAAAACAGA
191 A-TGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTA-AATTTTCTTACATTTTGGACTAAAACAGA
*
1712 TAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACATGAAGG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
254 TAATATTTGAATGTCTACTTTAGGAAACATG-AGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** * **
1776 TCTACAGTTGCCTATGCCTTCC
318 TCTATAGTCACCCATGCCTTTG
**********
1798 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTT
1 AAAGCCTTA-TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAA-TTTTTTT
* * * * * *
1863 ATATTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAATGTTTGGCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCC
64 ATATTTGTGGTTAAATACAATATAATTGAATGTCTGACTTGAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCC
* * ** * * *
1928 ATTGGCAATAAAAGTCCATTTATATTCGCCTATGTCTTCAAAAGCTTTATTATTCGTTTTAAATG
129 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTAAATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
1993 ATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATA
194 ATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTGGACTAAAACAGATAATA
* * * * *
2058 TTTGAATGTCTGCTTCAAGAAACATGA--AAAAATGCCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATCTAT
259 TTTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGAGGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTAT
2121 AGTCACCCATGCCTTTG
323 AGTCACCCATGCCTTTG
* * * * * * *
2138 AAAGCATTAT--T-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTTAATATTTTTG
1 AAAGCCTTATACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-ATTAATTTTTTTA
* * * * * * * *
2200 TATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCT-ACTTTGAAAAATATAAAGCAAAAGTCATC
65 TATTTGTGGTT-AAATACAATATAATTGAATGTCTGAC-TTGAGAAACATGAAGCAAAAGTCATC
* * * * * * * *
2264 CATTGGCCAGAAAAGTTCATTTATAGCCACTTAACTCTTCGAAAGCCTTATTACTTC-CTTTATA
128 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTAAATCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAA
* ** * * * * * ** * * * * *
2328 TGGTTTTCCAATCTCGTGATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTTG-TTAAAATATATT
192 TGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTCTTACA-TTTTGGACTAAAACAGATA
* * * * * * * * **
2392 ATAATTGAAAGTCTAC-CTCGGCAAACGTGA-AATAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCA-
256 ATATTTGAATGTCTACTTTAGG-AAACATGAGGA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ** * *
2454 CTTATAGTCGCTTAAGTCTTTG
319 C-TATAGTCACCCATGCCTTTG
* * * * *
2476 AAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTT
1 AAAGCCTTA-TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATTTT
2538 CTATTGGCTC
Statistics
Matches: 855, Mismatches: 194, Indels: 64
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 43 0.05
337 162 0.19
338 51 0.06
339 12 0.01
340 62 0.07
341 409 0.48
342 114 0.13
343 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
AAAGCCTTATACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTAT
ATTTGTGGTTAAATACAATATAATTGAATGTCTGACTTGAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTAAATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTGGACTAAAACAGATAATATT
TGAATGTCTACTTTAGGAAACATGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGT
CACCCATGCCTTTG
Found at i:2033 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 217--2068 Score: 1346
Period size: 512 Copynumber: 3.6 Consensus size: 512
207 TTGTCAAAAG
* * ** * * ** * * *
217 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTGATATATAGTAACCCATGCCTTTAAAAGCCTTTTTATT
1 AAAAGCCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATCTACAGTTGCCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * ********** * *
282 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
66 CGCTTTAAACAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAA
* * * * * * * * * * ** *
347 AATAGATAATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAAATAATTAATTGGCAACAAA
131 AACAGATAGTAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAA
* * * * * * * * * *
412 AATCTATCTAAAGGCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTC-TTACA-CGTTTTCTTAAT-
195 AGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTT-ATAATC
* * ** * * * *
474 GCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTTG-TT-AAACATATAGTATTTGAATGTT
259 TCATAATTAATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTACATTTGTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTC
* * * * * *
537 TACTTTGG-GAAA-GTG-AGGAAAAGTCATTCATTG-TAAGAAAATTTCATCTATAGTC-CTCAT
322 TAC-TTGGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTA-
*** * * * * * *
597 CGCCTT-GAAAGCCTTA-CAATCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGA
385 AATCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAA
* * * * *
660 ATTTT-TTATA-TTTGTGGTTAAAACAGATAGTATTTGAATGTCTAC-TCAGAGAAACGTGAAGA
450 ATTTTCTTACATTTTG-GGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTAG-GAAACATGAAGA
* * * * * ** * * *
722 AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCGTTTATA-TTCGCTTAAGACTTCAATAGCCTTATTAC
1 AAAAGCCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATCTACAGTT-GCCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * ** * * * * * *
786 TTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAACTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTA
65 TCGCTTTAAACAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTA
* *********** * * * * * *
851 AAACTGATAANNNNNNNNNNTCTACATCT-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGTCAAGAA
130 AAACAGATAGTAATTGAATGTTTAC-TTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAA
* * * * *********
915 AAGTCCATCTACAGTCCCCCATGCCTTCGAAAGTCTTA-TNNNNNNNNNNAAAT-GATTTTATAA
194 AAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTACT-ACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAA
* * ** * * * * * * * *
978 TCTCATAA-TAGACTTTAAGTTGAATTGTTTTGTATTTTTTATTCAAATATATTATAATTGAAAG
257 TCTCATAATTA-ATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTGTGATTAAAACAGATAATATTTGAATG
* * ***
1042 TCTTCCTAGG-GAAACACAAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTT
320 TC-TACTTGGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTT
* *
1106 AAGTCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTA
384 AAATCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTA
* * *
1171 AATTTTCTTACATTTTGGGCTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTGGGAAATATGAAGA
449 AATTTTCTTACATTTTGGGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACATGAAGA
* *
1235 AAAAGCCATTCATTCGCGAGAAAAGTCCATCTATAGTTGCCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATCTACAGTTGCCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * **********
1300 CTCTTTACACAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTNNNNNNNNNNTTAA
66 CGCTTTAAACAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAA
* * * * * *
1365 AACAGATAGTATTTGACTGTTTACTTTGGGAAACATGAGGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAA
131 AACAGATAGTAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAA
* * **
1430 TTTCATCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
196 GTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* ********** * * *
1495 ATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTATATTTGTGGTTAAAACAGATAGTATTTGAATGTCTACT
261 ATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTGTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACT
* *
1560 TGGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCGCTTAAATCTT
326 TGGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAATCTT
1625 CCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAG-TAGAATTTT
391 CCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTA-AATTTT
*
1689 CTTACATTTTGGGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACATGAAGG
455 CTTACATTTTGGGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACATGAAGA
* * *
1747 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTACAGTTGCCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATCTACAGTTGCCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* ********* *
1812 CGCTTTAAATAG-TTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTATATTTTTTGTTA
66 CGCTTTAAACAGCTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTA
* * * * *
1876 AATATA-TTA-TAATTGAATGTTTGGC-TTGAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAATA
130 AA-ACAGATAGTAATTGAATGTTT-ACTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGA
* * * * * * * * *
1938 AAAGTCCATTTATATTCGCCTATGTCTTCAAAAGCTTTATTATTCGTTTTAAAT-GATTTTATAA
193 AAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAA
*
2002 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGT
257 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTGTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGT
2067 CT
321 CT
2069 GCTTCAAGAA
Statistics
Matches: 1032, Mismatches: 282, Indels: 59
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
503 1 0.00
504 50 0.05
505 138 0.13
506 21 0.02
507 23 0.02
508 2 0.00
509 16 0.02
510 24 0.02
511 126 0.12
512 384 0.37
513 236 0.23
514 11 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
AAAAGCCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATCTACAGTTGCCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAACAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAA
AACAGATAGTAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAA
GTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
ATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTGTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACT
TGGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAATCTT
CCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTC
TTACATTTTGGGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACATGAAGA
Found at i:11099 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 10283--11519 Score: 1134
Period size: 341 Copynumber: 3.6 Consensus size: 336
10273 NNNNNNNNNN
* * * * * *
10283 TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAATAG
* * * *** * * * * * * *
10348 ATTGTAATTGAATGTCTACTTTGGGGAACGTCAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCA
65 A-TATATTTGAATGTTTAC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAATTTCA
** * * **
10413 TTTATAGT-AGCTTAAGTCTAT-GAAAGCCTTATTCCTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
128 TTTATAGTCA-CCCAAGTCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *** * *
10476 ATTCATTTTAAATTTTTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTT-TACA
191 ATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTGT-C-
* * * *
10540 TTGAGAAACAT-AAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCT
253 -TAAGAAA-ATGTAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCT
10604 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
316 TTGAAAG-CTTATTACTCGCTT
* *
10626 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTTATTAAACATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTGATTAAA-ATA
* * * * * * * * * *
10690 -TTATAATTGAATATTTGCCTAAAGAAGCATGAAGCAAAAGTC-TTCCATTAGC-AATAAATGTC
64 GATATATTTGAATGTTT-ACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATT-CATTGGCAAAAAAAT-TT
*** * * *
10752 CATTTATAGTCATTTAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTTATA
126 CATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*
10817 ATTGATTTTGAGTTGAATTATTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGTCT
191 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGT-TGTCT
* * * **
10882 AAGAAAATGTAA-AAAAAGCCATTCATTGACATGAAAAGTCCATCTGTAGTCATCTGTGCCTTTG
254 AAGAAAATGTAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTTG
*
10946 AAAGTCTTATAACTCGCTT
319 AAAG-CTTATTACTCGCTT
* *
10965 TAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAATAG
* * ** *
11030 ATAGTATTTGATTGTTTATCTCAAGAAACATGAATAAAAAACCATTCATTGGGAAAAAAATTTCA
65 ATA-TATTTGAATGTTTA-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAATTTCA
* * * * ** * *
11095 TTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACTTTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAAT
128 TTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
11160 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CTATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCA
193 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATG-TTGTCTAA
* * * * * *
11224 GGAAATGTGAAGCCAAAA-CCATCCATT-AGCAAAAAAAGTCTATATATAGTTC-CCCATGCCTT
256 GAAAATGT-AAG-AAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATCTATAG-TCACCCATGCCTT
*
11286 TGAAAGCTTTATTACGCGCTT
317 TGAAAGC-TTATTACTCGCTT
* * *
11307 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTGATTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTGATTAAAATAG
* * * ** * *
11372 ATAATATTTAAATGTCTACATCAGGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCT
65 AT-ATATTTGAATGTTTAC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAATTTC-
* ** * * *
11436 ATCTATAGTCACCCATTTCTTCGAAAGCCATATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATAA
127 ATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
11501 TTGATTTTAAGTTGAATTT
192 TTGATTTTAAGTTGAATTT
11520 GTAACGACCG
Statistics
Matches: 734, Mismatches: 130, Indels: 61
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 112 0.15
340 74 0.10
341 247 0.34
342 244 0.33
343 53 0.07
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (336 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGATTAAAATAGA
TATATTTGAATGTTTACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAATTTCATTT
ATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTGTCTAAGAAAA
TGTAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCTT
ATTACTCGCTT
Found at i:11160 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 10283--11519 Score: 1031
Period size: 171 Copynumber: 7.2 Consensus size: 169
10273 NNNNNNNNNN
* * * * ** * *
10283 TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
** * * *** * * * * * * * *
10348 ATTGTAATTGAATGTCTACTTTGGGGAACGTCAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCA
66 ATAATATTTGAATGTTTAC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAATCCA
* ** * * * * **
10413 TTTATAGT-AGCTTAAGTCTATGAAAGCCTTATTCCTTACTT
129 TCTATAGTCA-CCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * ***
10454 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTTTTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* ** * * *
10519 AATAATATTTGAATGTTTACATTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
65 GATAATATTTGAATGTTTAC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAATCC
10584 ATCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
128 ATCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* ** *
10626 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATT-AAACAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * * * * **
10689 ATTATAATTGAATATTTGCCTAAAGAAGCATGAAGCAAAAGTC-TTCCATTAGCAATAAATGTCC
66 ATAATATTTGAATGTTT-ACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT-CATTGGCAA-AAAAATCC
* *** * * *
10753 ATTTATAGTCATTTAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTT
128 ATCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
10795 GAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTGAATTATTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * *
10860 GATAATATTTGAATGTCTGT-CT-AAGAAA-ATGTAA-AAAAAGCCATTCATTGACATGAAAAGT
65 GATAATATTTGAATGT-T-TACTCAAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AAAAAAT
* * ** * *
10921 CCATCTGTAGTCATCTGTGCCTTTGAAAGTCTTATAACTCGCTT
126 CCATCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
10965 TAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * *
11030 ATAGTATTTGATTGTTTATCTCAAGAAACATGAATAAAAAACCATTCATTGGGAAAAAAATTTCA
66 ATAATATTTGAATGTTTA-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAA-TCCA
* * ** * **
11095 TTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACTTTT
129 TCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
11136 TAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CTATTGTTT-GTTAAAAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATT-TTTGGTTAAAAC
* * * * ** * * *
11199 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAATGTGAAGCCAAAA-CCATCCATTAGCAAAAAAAGT
64 AGATAATATTTGAATGTTT-ACTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAA-T
* * * *
11263 CTATATATAGTTC-CCCATGCCTTTGAAAGCTTTATTACGCGCTT
126 CCATCTATAG-TCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
11307 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTGATTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * ** * * *
11372 ATAATATTTAAATGTCTACATCAGGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
66 ATAATATTTGAATGTTTAC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAATCCA
** * *
11437 TCTATAGTCACCCATTTCTTCGAAAGCCATATTACTCGCTT
129 TCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
11478 TACATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
11520 GTAACGACCG
Statistics
Matches: 869, Mismatches: 168, Indels: 58
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 3 0.00
169 159 0.18
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172 169 0.19
173 2 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
ATAATATTTGAATGTTTACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAATCCATC
TATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
Found at i:14273 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 14257--14281 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
14247 AGATACCATC
14257 AAAAAAAATTGA
1 AAAAAAAATTGA
14269 AAAAAAAATTGA
1 AAAAAAAATTGA
14281 A
1 A
14282 TTGTGTTGAT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.08, T:0.16
Consensus pattern (12 bp):
AAAAAAAATTGA
Found at i:17423 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 16896--17433 Score: 621
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 168
16886 GGTCGTTACA
* * * *
16896 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATGGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTTGATTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCGCTTAAGTCTTCGAAAGC-TTATTACTTGCTTTAAAT
* * * * * * *
16961 GGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTAAAAACAGATAAT
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTAT
* * * * * * * * *
17026 ATTTTAATGTCTACATTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATT
129 AATTGAATGT-TTCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGTTATC
* * * * * * * *
17067 CATTGGCAAGAAAAGTTCATCTATAGTCACCCAT-A-CCTTCAAAAGCCTTATTAATAGCTTTAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-C-CGCTTAAGTCTTCGAAAG-CTTATTACTTGCTTTAA
*
17130 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATT
63 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAATATATT
* * * * *
17195 ATAATAGAATGTTTGGCTCGGGAAAGGTGAAGCAAAAGTCATC
127 ATAATTGAATGTTT-CCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGTTATC
*
17238 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCGCTTAAGTCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCGCTTAAGTCTTCGAAAG-CTTATTACTTGCTTTAAAT
*
17303 GGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATA
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATA
* *
17368 ATTGAAAGTATTCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTTATC
130 ATTGAATGT-TTCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGTTATC
*
17408 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
17434 TCTACGAAAG
Statistics
Matches: 304, Mismatches: 55, Indels: 17
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 88 0.29
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172 2 0.01
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTATTACTTGCTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAA
TTGAATGTTTCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGTTATC
Found at i:18026 original size:591 final size:590
Alignment explanation
Indices: 16905--18026 Score: 1446
Period size: 591 Copynumber: 1.9 Consensus size: 590
16895 ACATTGACAA
* * * * * * * * *
16905 GAAAAGTCCATTTATGGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATAACTCGATTTAAATAGTTTTATA
* * * *
16970 ATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTAAAAACAGATAATATTTTAATG
66 ATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTGGTAAAAACAGATAATATTTGAATG
* * * ** * *
17035 TCTACATTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATCTATAGTCACCCA
131 TCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAACTCATCTAGAGCCACCCA
* * *
17100 TACCTTCAAAAGCCTTATTAATAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTA
196 TACCTTCAAAAGCCTTATTAATA-CTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
* * * * * *
17165 ATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATAGAATGTTTGGCTCGGGAAAGGTGAAGCAA
260 ATTGTTTTACATTGTTTGTTAAAACAAATTATAATAGAATGTCTGCCTCAGGAAAGGTGAAGCAA
* * * * * * * *
17230 AAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCGCTTAAGTCTTCGAAAGTCTTATTACTTG
325 AAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCTATATATAGCCCCATAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
17295 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
390 CTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAAT
* * * * * * *
17360 ATATTATAATTGAAAGTATTCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTAGCAAGAAAAGTC
455 AAATAATAATTGAAAGTATACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTAGCAAGAAAAGTC
*
17425 CATTTATAGTCTACGAAAGCCTTATTTGAAAGTCCACCTTAGGAAAAGTAAAAAAAGCCATTCAT
520 CATCTATAGTCTACGAAAGCCTTATTTGAAAGTCCACCTTAGGAAAAGTAAAAAAAGCCATTCAT
17490 TAGCAT
585 TAGCAT
* *
17496 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATAACTCGTTTTAAATAGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATAACTCGATTTAAATAGTTTTATA
* * *
17561 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGATAGTATTTGAATG
66 ATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTGGTAAAAACAGATAATATTTGAATG
* *
17626 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAAACT-ATCTAGAGCCACCC
131 TCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAACTCATCTAGAGCCACCC
* * *
17690 ATGCCTTCGAAAGCCTTATT-ATTCATTTCAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT
195 ATACCTTCAAAAGCCTTATTAATAC-TTT-AAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
17754 AAATTTTTTTATATTGTTTGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAGGAAATGTGAAGC
258 AAATTGTTTTACATTGTTTGTTAAAACAAATTATAATAGAATGTCTGCCTCAGGAAAGGTGAAGC
* * * * *
17819 AAAAGCCATCTATTGGTAAAAAAAGTTTATATATACTCACCCAT-A-CCTTTGAAAGCCTTATTA
323 AAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCTATATATA-GC-CCCATAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
*
17882 CTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAATTTAAATTTTTTTACA-TTTTTATT
386 CTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTTATT
* * * *
17946 AAAATAAATAATATTTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GACAAGA
450 AAAATAAATAATAATTGAAAGTATACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTAG-CAAGA
*
18010 AAAGTCTATCTATAGTC
514 AAAGTCCATCTATAGTC
18027 ACCGATTTCT
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 76, Indels: 14
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
589 1 0.00
590 6 0.01
591 422 0.94
592 16 0.04
593 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (590 bp):
GAAAAGTCCATCTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATAACTCGATTTAAATAGTTTTATA
ATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTGGTAAAAACAGATAATATTTGAATG
TCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAACTCATCTAGAGCCACCCA
TACCTTCAAAAGCCTTATTAATACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
TTGTTTTACATTGTTTGTTAAAACAAATTATAATAGAATGTCTGCCTCAGGAAAGGTGAAGCAAA
AGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCTATATATAGCCCCATAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATA
AATAATAATTGAAAGTATACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTAGCAAGAAAAGTCC
ATCTATAGTCTACGAAAGCCTTATTTGAAAGTCCACCTTAGGAAAAGTAAAAAAAGCCATTCATT
AGCAT
Found at i:18091 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17476--19951 Score: 1981
Period size: 171 Copynumber: 14.6 Consensus size: 170
17466 GGAAAAGTAA
* * * * *
17476 AAAAAGCCATTCATTAGCATGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATAAC
1 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * **
17541 TCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTGGTTA
66 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTA
* *
17606 AAACAGATAGTATTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
130 AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * ** * * * *
17647 AAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAAACTATCTAGAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAT
1 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
17712 TC-ATTTCAAAT-GATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTTGT
66 TCGCTTT-AAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTAT
* * * * * **
17775 TAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAGGAAATGTGAAG
128 TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * ** * * * *
17818 CAAAAGCCA-TCTATTGGTAAAAAAAGTTTATATATACTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGTCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * *
17882 CTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAATTTAAATTTTTTTACATTTTTATT
65 CTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATT
* * * *
17946 AAAATAAATAATATTTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAG
129 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * ** *
17988 AAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCGATTTCTTCGAAAGTCTTATTAC
1 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * *
18053 TTGCCTTGAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA
66 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTA
* * * * * * * ** *
18118 AAATATATTATAATTGAAAGTTTTCGTCTGGAAACGTGAAG
130 AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * * * * * * *
18159 GAAAAGTTATCCATTGGCATGAAAAGT---T-TAT--TTA--TA-GTCTACGAAATCCTTTTTAC
1 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
18215 TTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTTTTCT
66 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAT-T
* * * *
18280 AAAACAGATAATATTTGAATCTCTACAT-GAGAAACATGAAG
129 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * *
18321 AAGAA-TCCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATCTATAGTCATCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
*
18385 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-TGT
65 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAT-T
* * * * * * ** *
18449 TAAATATATTATAATTGAATGTTTTCCTCGTGAAGCATGAAG
129 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * * * ** * * *
18491 CAAAAGGCATACATTGGCAATAAATA-TCCATTTATAGTAACTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
18555 TTCGCTTCAGATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAA-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGT
65 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AT
* * * * *
18619 TAAAATAGATAATAATTGGATGTATACTTTACA-AAACA--AA-
128 TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATGAAG
* * * *
18659 AAATAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTAAAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * **
18724 TCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACACTTTTGGTTA
66 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTA
* * * *
18789 AAACAGATAGTATTTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAG
130 AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * *
18830 AAAAAGCCATTCGTTGGGAGGAAAAATCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
18895 TCGCTTCAAATGGTTTTATAA-CATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTAGTT
66 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TT
* * * * * **
18959 AAAACAGATCATAATTGATTATCTGCCTTAAGAAATGTGAAG
129 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * * ** * * *
19001 CAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTGTATATATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * *
19066 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA-TTTAA-TTTTTTATATTTTTGATTA
66 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTA
* * * *** * *
19129 AAACAGATAATATTTGAATGTCTGCATTGGGAAACGTGAAT
130 AAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * * * * *
19170 AAAAAGTCATTTACTGACAAGTAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCATTTGAAA-CTTTTAGTA
1 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC-CTTATTA
* * *
19234 CTCGCTTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATATTTTTACATTTTT-TG
65 CTCGC-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAT-
* * * * * * * *
19298 TTAAATATATTATAATTGAATGTCT-CCGTTAGGAAACGTGTAG
128 TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAG
* ** * ** ** * * * *
19341 CAAAAGTTGTCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TCATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGGCTAATTA
1 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCT-ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
*** * *
19405 CTTTATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGATT
65 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATT
* *** * *
19469 AAAACAGATAATATTTGAATGTCTGTTTCAGGAAACATGAAA
129 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * *
19511 AAAAAGTCTTTCATTGG-AATGAAAAG-CCTATCTATAGCCACCCATGTCTTCGAAAGTCTTATT
1 AAAAAGTCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCC-ATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
19574 ACTCGCTTTAAATAGTATTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCAT
64 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AT
* * *
19639 T--AACTATATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAG
128 TAAAAC-AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * * * ** * * * * *
19681 CAAAAGTCATCCGTTGACAAGAAAAGTCTAT-TAATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAATG-ATTCTT
1 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCT-ATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-GCCTTATT
* * *
19744 ACTCGATTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAA-TGATTGTAAGTT-ATTTTTTTTTTACATTTTT
64 ACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTT
* * * *** * * *
19806 GGTTAAAACAGATGATAGTTGAATGTCTGTAT-ATGGAAACGTGAAAA
126 -ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATG-AAG
* * * * * * *
19853 AAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATCGATATTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTGTTAC
1 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
*
19918 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
66 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
19952 NNNNNNNNNN
Statistics
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TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAA
AACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
Found at i:18102 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 17496--19951 Score: 2066
Period size: 341 Copynumber: 7.2 Consensus size: 340
17486 TCATTAGCAT
* * *
17496 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATAACTCGTTTTAAATAGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* ** * * *
17561 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGATAGTATTTGAATG
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* * ** * *
17626 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAAACTATCTAGAGCCACCCA
130 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCCA
* * *
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* * * * * *
17754 AAATTTTTTTATATTGTTTGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAGGAAATGTGAAGC
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* *
17819 AAAAGCCATCTATTGGTAA
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* ** * * * *
17838 AAAAAGTTTATATATACTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTAT
* * * * *
17902 AATCTCATAATTAATTTTAATTTAAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAAATAATATTTGAATG
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATG
* * *
17967 TCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCGA
130 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCCA
** * * * *
18032 TTTCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCCTTGAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
195 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * *
18097 ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAAGTTTTCGTCTGGAAACGTGAAGGAA
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* * *
18162 AAGTTATCCATTGGCAT
324 AAGTCATCTATTGGCAA
* * * * * * * *
18179 GAAAAGT---T-TAT--TTA--TA-GTCTACGAAATCCTTTTTACTTGTTTTAAATAGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * * *
18235 ATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTTTTCTAAAACAGATAATATTTGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAT-TAAAATAGATAATAATTGAAT
* * * * * * *
18300 CTCTACAT-GAGAAACATGAAGAAGAA-TCCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATCTATAGTCATC
129 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACC
* *
18363 TATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
193 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
18428 GAATTTTTTTATATTTTTTGTT-AAATATATTATAATTGAATGTTTTCCTC-GTGAAGCATGAAG
258 GAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAG-GAAACGTGAAG
* *
18491 CAAAAGGCATAC-ATTGGCAA
321 AAAAAGTCAT-CTATTGGCAA
* * * ** * * * * * * *
18511 TAAATA-TCCATTTATAGTAACTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTCAGATGGTTTTAT
1 GAAA-AGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
18575 AATCTTATAATTGATTTTGAA-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGGA
65 AATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATAGATAATAATTGAA
* * * * * * *
18639 TGTATACTTTACA-AAACA--AA-AAATAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTAAAGTCAC
128 TGTCTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCAC
* *
18700 CCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
192 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * **
18765 TGAATTGTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGA-TAGTATTTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAA
257 TGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTA-TAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACGTGAA
* * * *
18829 GAAAAAGCCAT-TCGTTGGGAG
320 GAAAAAGTCATCT-ATTGGCAA
* * *
18850 GAAAAATCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * *
18915 A-CATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAACAGATCATAATTGATT
66 ATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAATAGATAATAATTGAAT
* * * ** * * * * * * *
18979 ATCTGCCTTAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTGTATATATAGTCACCC
129 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCC
* * * * *
19044 ATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA-TTT
194 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * ** *
19108 AA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGCATTGGGAAACGTGAATAA
259 AATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAA
* * *
19172 AAAGTCATTTACTGACAA
323 AAAGTCATCTATTGGCAA
* * * * * *
19190 GTAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCATTTGAAA-CTTTTAGTACTCGCTTTTAAATAGTTTGA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC-CTTATTACTCGC-TTTAAATAGTTTTA
* * * * *
19254 TAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATATTTTTACATTTTT-TGTTAAATATATTATAATTGAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAT-TAAAATAGATAATAATTGAA
* * * * * ** * * **
19318 TGTCT-CCGTTAGGAAACGTGTAGCAAAAGTTGTCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TCATAGTTG
128 TGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATCT-ATAGTCA
** * * * * *** *
19381 CTTAAGTCTTCGAAAGGCTAATTACTTTATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
191 CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * ** *
19446 TT-AAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGTTTCAGGAAACATGAA
256 TTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACGTGAA
* *
19510 AAAAAAGTC-TTTCATTGG-AA
320 GAAAAAGTCATCT-ATTGGCAA
* * * *
19530 TGAAAAG-CCTATCTATAGCCACCCATGTCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTATTA
1 -GAAAAGTCC-ATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
19594 TAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCATT-AACTATATTATAATTGAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATAGATAATAATTGAA
* * * * * *
19658 TATCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCGTTGACAAGAAAAGTCTAT-TAATAGTCGC
128 TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATCT-ATAGTCAC
** * * * * * * *
19722 TTAAGTCTTCAAAATG-ATTCTTACTCGATTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAA-TGATTGTAA
192 CCATGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * **
19784 GTT-ATTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATGATAGTTGAATGTCTGTAT-ATGGAAACG
255 GTTGA--ATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-GGAAACG
* *
19847 TGAAAAAAAAAGTCAT-TCATTGGTAA
316 TG-AAGAAAAAGTCATCT-ATTGGCAA
* * * * * * *
19873 GAAAAGTTCATCGATATTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
19938 ATCTCATAATTGAT
66 ATCTCATAATTGAT
19952 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1738, Mismatches: 310, Indels: 132
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
331 1 0.00
332 115 0.07
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335 3 0.00
336 3 0.00
337 3 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
GAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGT
CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCCAT
GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAA
GTCATCTATTGGCAA
Found at i:22425 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 22049--27623 Score: 2308
Period size: 170 Copynumber: 32.8 Consensus size: 171
22039 TTTACATTGG
* * * * * * * **
22049 AAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCTCCTAAGCCTTTGAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * ** * * *
22114 ACCCTTATTACAAGCATTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTG-ATTTCTTTTA
66 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTA
* * * * * *** ** **
22178 CT-TTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATACCTAACTTGG
130 -TATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * **
22220 AAAAC-AGAA-AAAGAGAACAATTTATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT
1 AAAACGTGAAGAAA-A-AGCCATCCATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TT
* * ********** *
22282 C-AAAGTTTTATTACTTGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
62 CAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
22346 TTATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
127 TTATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * *
22391 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* *
22456 AGCTTTATTACTGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGC
66 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--
* * * * * *
22521 ATA-T-TTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTTCCTCAA
129 ATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * * * * * * *
22562 AAAATGTAAAGAAAAAACCATTCATTGGCAACAGAAGAT-CATTTATAGTAACCCATGGCTTCAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * * * * * *
22626 AAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTAATATTCTCATAATTGATTTTGAG-TGAAATTTTTGA
65 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* ** * * *
22690 TATTTTTAACT-AAAATATG-TTATAATGGAATCTCTG-CTTCAA
130 TATTGTT-GGTGAAAATA-GATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AA
* * *
22732 AAAACTTGAA-ACAAAAGCCATCCATTAG-CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTA
1 AAAACGTGAAGA-AAAAGCCATCCATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* *
22795 AAACCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
64 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
22859 ATATTGTTGGTGAAAATTGATTATATTTAAATGCTTACCTCT-G
129 ATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TAA
* * * * ** *
22902 GAAACAT-AAAAAAAAGGCA-CTCATTGGT-AAGAAAAGTCCATCCATAGTCACTCATGCCTTCA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATC-CATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * *
22964 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
64 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
23029 ATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CTTCAA
129 ATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AA
* * * * * ** * * *
23072 AAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGAT-AA-AAAAGTTCATTTATAGTCGCTTAAGTC-TCGA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTG-TCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * * * *
23134 AAGCCTTCTTCCTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTCTA
65 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
** * * * *
23199 CT-TT-TTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAA
130 -TATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AA
* * * ** * * ** ** * * **
23240 AAAACATAAAGCAAAAGGTATCCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGGCTTTGAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * * * * * *
23305 AGCCTTATTACTTGATTTAAATAGTTTTATAATCGT-ATAATTCATTTTAAGCTGATTTTTTTTT
66 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTT
* * * * * * * * * * *
23369 ACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTAG
129 ATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * * * * * * * * *
23412 TAAACATCAAGAGAAAGCCATTCATTCGT-AAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCTATGCTTTCGA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * * *
23476 AAGCCTTACTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTC-TAATTGATTTTAATTTGAGGTTTTTT
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** * * * ** * *
23540 TGCATTTTTTGTTAAAATATTTTATAATTAAATGTTTG-TTTCAA
128 TATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AA
* * * * * ** * * *
23584 GAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * * * * * * *
23649 AGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAGCTTTTTTAC
66 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT-T
* * *
23714 ATATT-TT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAA
129 ATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * * * * * ** * *
23755 GAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAG-CTCATTTATATTCGCTTAAGTCTTCAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * *
23819 AAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTT-AATTTTTTTT
65 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT
* * * * * * ** * * **
23883 TTGCATTTTTGATTAAAATAGATGATAGTTGAATGCCTACATTGG
129 AT--ATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * * * * *
23928 GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGAT-AAGAAAAGTCCATCTATAATCACCCATGCCTTCGA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTG-TCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * * *
23992 AAGCCTTATTACTCACTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGATGAATTTTTTTA
65 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * *
24057 CATTTTTTGCT-AAAATATATTATAATTGAATATTTGTCTCAG
130 TA-TTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * * * * * * ** * * **
24099 AAAACCTGAAGCAAAAGTCATCCATTGTGAATAAAAATCAATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * * * * *
24164 AGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTGGATTTTTTTAT
66 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
** * * * * * * * * *
24229 ATT-TTTATTAAAACAGATAATATTTGAACGTCTACATCAA
131 ATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * * * * * **
24269 AAAACATGAACAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * *********************** *
24334 AGCCTTATTACACGC--T---T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAGTTAAATTTTTTTTA
66 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTA
* * * * * * * * ** **
24392 TATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATATCTAACTTGG
130 TATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * *** ** *
24434 AAAACAT-AAAAAGAAAATAATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCACCCATGCCTTTC-
1 AAAACGTGAAGAA-AAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCA
* * * **********
24496 AAAGTTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTT
64 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
24561 ATATTGTT-GTGAAAATAGATTATAATTGAAAGTTTACCTCAG
129 ATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * * * * * *
24603 GAAATGTTAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTACGAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
********** *
24668 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
66 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
** * * * * *
24733 ATAT-TTCATTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTG-CTCAA
131 AT-TGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * * * *
24773 AAAACATGAA-AAGAAAACTATTCATTAGT-AAGAAAAGAT-CATTTATAGTAACCCATACCTTC
1 AAAACGTGAAGAA-AAAGCCATCCATT-GTCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *********** *
24835 GAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATANNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTT
63 AAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** *
24900 TATATTTTTTACT-AAAATATG-TTATAATTGAATCTTTG-CTTCAA
128 TATA-TTGTTGGTGAAAATA-GATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AA
* * * * ** *
24944 GAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * * * *
25009 AGCCTTCTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTAT
66 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * * *
25074 ATTGTTGGTGCAAATTGATTATATTTGAATGCTTACCTCAA
131 ATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * * ** * *
25115 GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATCCACAGTCACCCATGCGTTCAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * ********** *
25179 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTA
65 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
25244 TATTTTTTGTTAACATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTCAG
130 TATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AA
* * * * * ** * * *
25286 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAG-TTGTCGA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAA
* * * *
25349 AAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
65 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
******************************************
25414 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
130 -TATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
*** * * ** * * * * * * ** *
25457 NNNA--TAAAGTAAAAGTTATCTATTAG-CAAGAAAAGTTCATTTACAGTCGCCTAAGTTTTCCA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * * * *
25519 ACGCCTTATTACTCGATTTAGATGGGTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAGTTG-ATTTGTTTT
65 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTT
* * * * * * * * * * * *
25583 ACATTTTTAGTTAAAATGGATAAT-ATTCAAATGTCTACATCAG
129 ATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATT-GAATGTTTGCCTTAA
* * * * * ** * * * **
25626 GAAACATCAAGAAAAAGCTATTCATTCACAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACTTATGCCTTCAAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * * * * *
25691 AGCCTTGTTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTT-AAGCTTTTTTA
66 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTA
* * * * * * *
25755 TATTTTTGCT-AAAATATACTATAATTGAATGTCTACCTCAA
130 TATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * * * * ** * *
25796 GAAACGTGAAGTAAAAGTCATCCCTTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGT-AGCTTAAGTCTT-AG
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCATGCCTTCA-
* * * * * **
25859 AAAGCCTCAATACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATACTTTT
64 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * * * * * *
25924 ATATTTTTTAT-TAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTGA
129 ATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * * * * * ** * *
25966 AAAATGTGAAGCAATAGCCATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATGTACAGTCGCTTAAGTCATT-AA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCAA
* * * *
26029 AAGCCTTATTAATCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTTG-TTTTAAGTT-AAATTTTTT
65 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * **
26092 ATATTTTTGCTGAAAACAGA-TAGTAGTTGAATGTTTACTTTGG
129 ATATTGTTGGTGAAAATAGATTA-TAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * **
26135 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAT-AAG-AAAGTCCATCTATAGACACCCATGCCTTCGG
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTG-TCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * *
26198 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAGTTAATTCTAAGTT-ATATTTTTTT
65 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTT
* * * * * *
26262 ATATT-TTTGT-TAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
129 ATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * * * ** * * *
26303 GAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGCCGCTTAAGTCATCAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * *
26367 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA
65 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * *
26431 TAATT-TTGCTTG-AAACAGGTAATATTTGAATGTCTACCTCAG
130 T-ATTGTTG-GTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * * * * * * ** * * ** *
26473 GAGACCTAAAAAAAAAACTATTCATTGGGAAGAAAAATTCACCTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* ** * * * * *
26538 TGGGTTATTACTAGCTTTAAACGATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGCTT-AA-TTTTTTA
66 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTA
* * * * * * * ***
26601 TATTTTTTGTTAATATATATTATAATTGAATATCTGCCACGGA
130 TATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTAA
* * * * ** * * * *
26644 AAAA-GTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CTGCTTAAGTCATCGA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCAA
* * *
26707 AAG-TCTTATTACTTGCTTTAAATCGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
65 AAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
26770 ATAATT-TTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTGTACCTTGA
129 AT-ATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * ** * * *
26813 AAAACATCAAG-AAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * * *
26877 AGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTAT
66 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * * * * ***
26942 ACTGTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCGG
131 ATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * ** * ** * * *
26983 GAAACATG-AGAAAAAAATCATCCATTG-GAAGGAAAAGTTTATATATAGCCACCCATGCCTTCG
1 AAAACGTGAAG-AAAAAGCCATCCATTGTCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
*
27046 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
64 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * * * * * * **
27111 ATATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGG
129 ATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * * * * * ***
27154 GAAACTTGAAGAAAAAACCATTCATTGAT-GAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATACCTTTGG
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTG-TCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * *
27218 AAGCCTTT-TTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT
65 AAG-CTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
27281 ATATTTTTTGT-TAAATATATTATAATTGAAT-TTCTTCCTCAA
129 ATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTT-TGCCTTAA
* * * * * * * ** ** ** * *
27323 GAAGCATGAAGTAAAAGTCATCCATTGACAATAAAAGTCTGTTTATAGTTGCTTAAGTCTTCAAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * * * * * **
27388 AGAC-TAATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTTATAATT-ATTTTTGATTTAAATACTTTT
66 AG-CTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
27451 ACATTTTTGGT-TAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCTTAG
129 ATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * * * * * * * * * * *
27493 CAAACAT--A-AAAAGGCCATTCATTATTAAGAAAAGTCAATCTATAGTCATCTATACCTTCGAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * * *
27555 AGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAATGTTGAATTTTGTTA
66 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTA
27620 TATT
130 TATT
27624 TTTAGTTAAA
Statistics
Matches: 4100, Mismatches: 1145, Indels: 321
0.74 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 7 0.00
164 38 0.01
165 64 0.02
166 2 0.00
167 77 0.02
168 156 0.04
169 748 0.18
170 1291 0.31
171 1281 0.31
172 293 0.07
173 140 0.03
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
ATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
Found at i:23800 original size:515 final size:512
Alignment explanation
Indices: 22399--32903 Score: 2742
Period size: 511 Copynumber: 20.5 Consensus size: 512
22389 AAGAAACGTG
* * * * * *
22399 AAGAAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCTTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGT-AAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * *
22464 TACTGGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATATTTG
65 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * * * * * ** * *
22528 GTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTT-TCCTCAAAAAATGTAAAGAAAAAACCATTCATTGGCA
129 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGT-TTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGACA
* ** ** * * * * * *
22592 ACAGAAGATC-ATTTATAGTAACCCATGGCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAAT-AGTTTA
193 A-AAAAG-TCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTT
* * * * * * * * *
22655 ATATTCTCATAATTGATTTTGAG-TGAAATTTTTGATAT-TTTTAACTAAAATATGTTATAATGG
255 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATTTTTTACATATTTT-ATTAAAATATATTATAATTG
* * * * * * * * **
22718 AATCTCTGCTTCAAAAAACTTGAAACAAAAGCCATCCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
319 AATGTCTACATCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTTG
** * * * * * *
22783 CCCATGCCTTT-AAAACCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAA
383 CTTAAGCCTTTGAAAGCC-TTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA
* * * * * ** * * * * *
22847 GTTGAA----TTTTTTATATTGTTGGTGAAAATTGATTATATTTAAATGCTTACCTCT-GGAAAC
447 GCT-AATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAGTTGAATGCCTACAT-TAGGAAAC
22907 AT-
510 ATC
* * * * * *
22909 AAAAAAAAGGCACTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCCATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCTTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
22973 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTT
64 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * *
23038 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAAAAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAA
129 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTTTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGACAA
* * * * *
23103 AAAAGT-TCATTTATAGTCGCTTAAGTC-TCGAAAGCCTTCTTCCTCACTTTAAACGGTTTTATA
194 AAAAGTCT-ATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * *
23166 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTCTTCTAC-TTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAAT
258 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATT-TTTTACATATTTTATTAAAATATATTATAATTGAAT
* * *
23229 GTCTACTTCAAAAAACATAAAGCAAAAGGT-ATCCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCT
322 GTCTACATCAAAAAACATGAAGCAAAA-GTCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTTGCT
* *
23293 TAAGGCTTTGAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATAGTTTTATAATCGT-ATAATTCATTTTAAGC
385 TAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTCATTTTAAGC
* * * *
23357 TGA-TTTTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGTAAACATC
449 TAATTTTTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATAATAGTTGAATGCCTACATTAGGAAACATC
* * * * *
23420 AAGAGAAAGCCATTCATTCGTAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCTATGCTTTCGAAAGCCTTAC
1 AAGAAAAAGCCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
23485 TGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTC-TAATTGATTTTAATTTGAGGTTTTTTTGCATTTTT
65 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA-CTTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTT
* * * *
23549 TGTTAAAATATTTTATAATTAAATGTTTGTTTCAAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGACA
128 TGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTTTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGACA
*
23614 AGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTAT
193 A-AAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * *
23679 AACCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATATTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAT
257 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATTTTTTACATATTTTATTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * *
23744 GTTTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATA-TTCGCT
322 GTCTACATCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTT-GCT
* ** * *
23808 TAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTT
385 TAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGCT
* * * * *
23873 AATTTTTTTTTTGCATTTTTGATTAAAATAGATGATAGTTGAATGCCTACATTGGGAAACATG
450 AATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAGTTGAATGCCTACATTAGGAAACATC
* * *
23936 AAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
24001 TACTCACTTTTAATAGTTTTATAA-TCTCATAATTTATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTT
65 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * **
24065 GCTAAAATATATTATAATTGAATATTTGTCTC-AGAAAACCTGAAGCAAAAGTCATCCATTGTGA
129 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTTTCAAG-AAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGACA
* * * *
24129 ATAAAAATCAATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTA
193 A-AAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTA
* * * * * *
24193 TAATCTCATAATTAATTCTAAGTTG-GATTTTTT-TATATTTTTATTAAAACAGATAATATTTGA
256 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATTTTTTACATA-TTTTATTAAAATATATTATAATTGA
* * * **
24256 ACGTCTACATCAAAAAACATGAA-CAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
320 ATGTCTACATCAAAAAACATGAAGC-AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTTG
* * * ***********************
24320 CCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACACG--CT---T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAG
383 CTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAG
* * * * * **
24378 TTAA-ATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATACT-ATAATTGAATATCTA-ACTT-GGAAAAC
448 CTAATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA-TAATAGTTGAATGCCTACA-TTAGG-AAAC
24439 AT-
510 ATC
* *** * * * * **
24441 AAAAAGAAAATAATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCACCCATGCCTTTC-AAAGTTTT
1 AAGAA-AAAGCCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCC-TTCGAAAGCCTT
* ******** *
24504 ATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA--TCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TT
63 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACTTC--ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * *** * * * * *
24566 GTTGTGAAAATAGATTATAATTGAAAGTTTACCTCAGGAAATGTTAAGCAAAAGCCATCCATTGT
126 TTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTTTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGA
* ** * * * *
24631 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTACGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
191 CAA-AAAAGTCTATTTATAGTCGCTTA-AGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
********** * * * * * *
24695 TNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATATTTCATTAAAACAGATAATATTT
254 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGA-TTTTTTACATATTTTATTAAAATATATTATAATT
* * * * * *
24759 GAATGTTTGC-TCAAAAAACATGAAAAG-AAAACT-ATTCATTAGTAAGAAAAGATCATTTATAG
318 GAATGTCTACATCAAAAAACATG--AAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAG
** ** * * * * ********** *
24821 TAACCCATA-CCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATANNNNNNNNNNCTCATAATTGATTT
380 TTGCTTA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTT
* * * * * * * * * * *
24885 TGAGTTGAA---TTTTTTTATATTTTTTACTAAAATATG-TTATAATTGAAT-CTTTGC-TTCAA
444 TAAGCT-AATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA-GATAATAGTTGAATGC-CTACATT-AG
* *
24944 GAAACTTG
505 GAAACATC
* * *** * * * * *
24952 AAGCAAAAGCCATCCACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTCT
1 AAGAAAAAGCCATTCA-TTGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * * *
25017 TACTCGTTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTATATTGTTG
65 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
** * * *** * * * *
25081 GTGCAAAT-TGATTATATTTGAATGCTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT-AGC
129 GTTAAAATAT-ATTATAATTGAATGTTTGTTTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGA-C
* ** * * ** * * ***
25144 AAGAAAAGTCCATCCACAGTCACCCATG-CGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGNNN
192 AA-AAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTT
******* * * * * * *
25207 NNNNNNNTCATAATTGATTTCAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTGTTAACATATATTATAATT
254 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGA-TTTTTTACATATTTTATTAAAATATATTATAATT
* * * ** * *
25271 GAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
318 GAATGTCTACATCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTT
* * *
25335 GCTTAAG--TTGTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TCGATTT
382 GCTTAAGCCTT-T-GAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTC-ATTT
* * *********************************************
25397 TAAGTTAA--ATTTTTTTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
444 TAAGCTAATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAGTTGAATGCCTACATTAGGAAA
* *
25459 NATA
509 CATC
* ** * * * * * * ** * *
25463 AAGTAAAAGTTA-TCTATTAGCAAGAAAAGTTCATTTACAGTCGCCTAAGTTTTCCAACGCCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTC-ATT-GTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * *
25527 TTACTCGATTTAGATGGGTTTATAATCTT-ATAATTCATTTTAAGTTG-ATTTGTTTTACATTTT
64 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA-CTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTT
* ** * * * *** * * * * * *
25590 TAGTTAAAATGGATAAT-ATTCAAATGTCTACATCAGGAAACATCAAGAAAAAG-CTATTCATTC
127 TTGTTAAAATATATTATAATT-GAATGTTTGTTTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTC-ATCCATTG
* * * ** * * * * * *
25653 ACAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACTTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTGCTCGCTTTAAATGGTTT
190 ACAA-AAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
* * * * * * ** *
25718 TATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAGCTTTTTTATAT-TTTTGCTAAAATATACTATAATTG
254 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATTTTTTACATATTTTATTAAAATATATTATAATTG
* * * * * * *
25782 AATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGTAAAAGTCATCCCTTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTAG
319 AATGTCTACATCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTTG
* * * * * * *
25847 CTTAAGTCTTAGAAAGCCTCAATACTCGCTTTAAA-CGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
383 CTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA
* ** * * * * * * ** * *
25911 GTTGAA---TACTTTTATATTTTTTATT-AAATATATTATAATTGAATATCTACCTT--GAAAAA
447 GCT-AATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAGTTGAATGCCTACATTAGGAAACA
*
25970 TGTG
511 --TC
* * * * * * * * * * *
25974 AAGCAATAGCCATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATGTACAGTCGCTTAAGTCATT-AAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATG-CCTTCGAAAGCCTTA
* ** * *
26037 TTAATCGCTTTAAACGGTTTTATAA-TCTCATAATTTG-TTTTAAGTT-AAATTTTTTATA-TTT
64 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACT-TCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * ** * * *
26098 TTGCTGAAAACAGA-TAGTAGTTGAATGTTTACTTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
127 TTG-TTAAAATATATTA-TAATTGAATGTTT-GTTTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATT
* * * * * * ** * * *
26161 GATAAGAAAGTCCATCTATAGACACCCATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG-TT
189 GACAAAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATT
* * * * *
26225 TTATAATCTCATAGTTAATTCTAAGTT-ATATTTTTT-TATATTTT-TGTTAAATATATTATAAT
253 TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATTTTTTACATATTTTAT-TAAAATATATTATAAT
* * * * * *
26287 TGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGC
317 TGAATGTCTACATCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGT
* * * ** * * * *
26352 CGCTTAAGTCATCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
381 TGCTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTA
* * * * * * * * * *
26417 AGTTGAA--TTTTTTATA-A-TTTTGCTTGAAACAGGTAATATTTGAATGTCTACCTCAGGAGAC
446 AGCT-AATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAGTTGAATGCCTACATTAGGAAAC
* *
26478 CTA
510 ATC
* * * * * * * * * **
26481 AAAAAAAAACTATTCATTGGGAAGAAAAATTCACCTATAGTCACCCATGCCTTCGAATGGGTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
26546 TACTAGCTTTAAA-CGATTTTAT-ATTCTCATAATTAATTTTAAGCTT-AA-TTTTTTATATTTT
65 TACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAACT-TCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * *
26607 TTGTTAATATATATTATAATTGAATATCTG--CCACGGAAAAAGTGAAGCAAAAGTCATCCATTG
127 TTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTTTCA-AG-AAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTG
* * * * *
26670 GCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CTGCTTAAGTCATCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATCG-T
190 ACAA-AAAAGTCTATTTATAGTC-GCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GAT
* * * * * * * *
26733 TTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATA-ATTTTGGTTAAAACAGATAATAT
252 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATTTTTTACATATTTT-ATTAAAATATATTATAA
* * ** * ** *
26796 TTGAATGTGTACCTTGAAAAACATCAAG-AAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAG
316 TTGAATGTCTACATCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAG
** * * ** * * *
26860 TCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
380 TTGCTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTT
* * * * * * * * ** * **
26925 AAGTTGAA-TTTTGTTATAC--TGTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCGGGAAA
445 AAGCT-AATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAGTTGAATGCCTACATTAGGAAA
26987 CAT-
509 CATC
* ** * * ** * * * *
26990 GAGAAAAAAATCATCCATTGGAAGGAAAAGTTTATATATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTA
1 AAG-AAAAAGCCATTCATTGTAA-GAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
27055 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
64 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * *** ** * * ** *
27119 TATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTT-GGGAAACTTGAAGAAAAAACCATTCATTGAT
128 TGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTGTTTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGA-
* * * * * ** * * * * *
27183 GAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATA-CCTTTGGAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGATTTT
191 CAAAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTA-AGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
* * * * *
27247 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTGTT-AAATATATTATAATTGA
255 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATTTTTTACATATTTTATTAAAATATATTATAATTGA
* * * * * * * * *
27310 ATTTCTTCCTCAAGAAGCATGAAGTAAAAGTCATCCATTGACAATAAAAGTCTGTTTATAGTTGC
320 ATGTCTACATCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTTGC
* ** * * * * * * * *
27375 TTAAGTCTTCAAAAGACTAATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTTATAATT-ATTTTTGAT
384 TTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCA-TTTTAAG
* * ** * * * * * *
27439 TTAA--ATACTTTTACATTTTTGGTT-AAATAGATAATATTTGAATGTCTACCTTAGCAAACAT-
448 CTAATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAGTTGAATGCCTACATTAGGAAACATC
* * * * *
27500 -A-AAAAGGCCATTCATTATTAAGAAAAGTCAATCTATAGTCATCTATACCTTCGAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
27563 TACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAATGTTGAATTTTGTTATATTTTT
65 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA-CTTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * *** * * *
27627 AGTTAAAACAGA-TAGTATTATGAAATGTCTACCTT-GAG-AACATGAAG-AAAA--AATCCA-T
128 TGTTAAAATATATTA-TAAT-TG-AATGT-TTGTTTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATT
* *** ** *
27685 --C---ATAGTC-ACGCA-A-T-G--T---TCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
189 GACAAAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
* * * * ***
27736 TAAAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT-TATATTGTTTATTAAAACGGATTATAAT
254 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATTTTTTACATA-T-TTTATTAAAATATATTATAAT
* * ** * * * * *
27799 TGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATATATAGT
317 TGAATGTCTACATCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGT
** * * * * *
27864 CAC-CAATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTT
381 TGCTTAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTT
* * * * * *
27927 GAAGTTGAA---TTCTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCAGGAA
444 TAAGCT-AATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAGTTGAATGCCTACATTAGGAA
*
27989 ACATA
508 ACATC
* * * * * * * * **
27994 AAAAAAAAGTCATTCATTAG-CAGAAGAAGTTCATCTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGGTTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATT-GTAAGAA-AAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * *********
28058 TTACTCGCTTCATATGGTTTTATAA-TCTAATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTTACATTTT
64 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACT-TCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * * * *
28122 TTGTTAAAACAGA-TAGTATTTGAATGTTTACTTT--AGAAAATGTGAGGAAAAAGTCATTCATT
127 TTGTTAAAATATATTA-TAATTGAATGTTT-GTTTCAAG-AAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATT
* * * * * ** * * * ** * * *
28184 AGTA-AGAAAATTTTATATATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGATTTACTACTCACTTTAAATGGT
189 -G-ACAAAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
********** * * * * * *
28248 TTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGCTGAATATTTTTTATATTTTTTGTT-AAATATATTATAA
252 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-AGATTTTTTACATATTTTATTAAAATATATTATAA
* * ** ** **
28312 TTGAATGTCTGC-CCTAGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTATCAAGAAAAGTCCATTTATA
316 TTGAATGTCTACATC-AAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATA
* ** * * * *
28376 GTTGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTAATTACTCGATTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTT
379 GTTGCTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTT
* * * * * * * **
28441 TAAGTTGAA----TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAGTATTTGAATGGCTACGTGGGGAA
444 TAAGCT-AATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAGTTGAATGCCTACATTAGGAA
* *
28502 ACGTG
508 ACATC
* * * *
28507 AAGCAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGGCTT-TAGAAGTCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGA-AAGCCTTA
** **********
28571 TTACTCATTTTAAATAGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTT--A-------A-ATTTTTT
64 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * ** * * ** **
28626 GTTAAAATATAATGTAATTAAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAATAAAAGTCATCCATTGGTAA
129 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTTTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGACAA
* * * * **********
28691 GAAAACTCCT-TTTATAGTCGCTTAAGACTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTAT
194 -AAAAGT-CTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * ** * * * *
28755 AATATCATAATTGATTTTAAACTGA-ATTCTTTTACATTTTTTGTTGAAACAGATAGTAT--TTG
257 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATT-TTTTACATATTTTATT-AAA-ATATATTATAATTG
* * * * * * * * *
28817 AATGTTTGTC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGCCCATCTATAGT
319 AATGTCT-ACATCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTG-GCAAGAAAAG-TCATTTATAGT
* ** * * * *
28880 TACCCATG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNN
381 TGCTTAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATA---------
************************************************
28944 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
436 -----------------ATTCATTTTAAGCTAATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATA
**************************
29009 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT-
484 ATAGTTGAATGCCTACATTAGGAAACATC
** * * * * ** * * * * * **
29037 ATTATAATAG-AATGTC-TAGCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCC-ATTGGC-AAGAAAAG
1 AAGA-AAAAGCCAT-TCATTG-TAAGAAAA-GTCCATCTATAGTCA-CCTA-TGCCTTCG-AAAG
* *
29098 TCCATT-TGCAGTCGCTTAATTCTTTGAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAA-TCT
59 -CC-TTAT-TA--CTC--------------GC--T-TTA---AA--T--A--GTTTTATAACT-T
* * **** * * * *
29161 CATAATTTATTTTAAGTTGATTTTATTTTTACATTGGCGGTTAAAATAGATAATATTTGAATGGC
92 CATAATTGATTTTAAGTTGA-ATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAT-GT
*** * * * * * * * * ** **
29226 TACATT-AGGAAACGTTAAGAAAAAGCCATTCATTCG-CAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCCA
154 TTGTTTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATT-GACAA-AAAAGTCTATTTATAGTCGCTTA
* * ** * * * * * *
29289 TGCCTTCGAAAGTGTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAA-CTATATAATTGACTTTAAGTTG
217 AGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT-CATAATTAATTTTAAGTTG
* * * * * * * * ** **
29353 AGCTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATTTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAATGTGAAGC-
281 AGATTTTTTACATATTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACATCAAAAAACATGAAGCA
* * * * ********** *
29417 AAAG-CTATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGNNNNNNNNNNTGCT
346 AAAGTC-ATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTTGCTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * ** * * *
29481 CGCTTTAAAT-GATTTTATGACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGA--GCTTTTTTATATTTTTTAC
409 CGATTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGCTAATTTTTTTTTTACATTTTTGAT
* * * * ** * * * * * *
29543 TAAAATATATTATAATTGAATGTATGCCTCAAGAAACGTA
473 TAAAACAGATAATAGTTGAATGCCTACATTAGGAAACATC
* * * ** * * * *
29583 AAGCAAAAGTCC-TCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGGAAGCCTTA
1 AAGAAAAAG-CCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
29647 TTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTAG-ATTTGTTTTACATTTT
64 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTT
** * * * *
29710 TTACTAAAATATATTATAATGGAATGTCTGTCTC-AGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGA
127 TTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTTTCAAG-AAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGA
* * * *
29774 CAATAAAAGTCTATTTACAGTCGCTTAATTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATGGCTTT
191 CAA-AAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTC----------GCTTT
* *** * ** *
29839 ATTAGTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTGCTTTAAGTTGA-TTTTATTTTTATGTT
245 A--A----A--T---GA-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATTT-TTTACATATT
* * * * **** * * * *
29903 TTCAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGGGAAACGTTAAG-AAAATGTCGTTCATT
297 TT-A-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACATCAAAAAACATGAAGCAAAA-GTCATCCATT
* * * * * * * *
29967 CGCAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACTCATGCCTTTGAAAGCCTTTTTGCTC-ACTTTAAAT-GA
359 GGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTTGCTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAG-
* * * * * ** * * * ** *
30030 TTTTATAACCAT-ATAATTGACTTTAAGTTGAGCTTTTTTATA-TTTTTTG-TTAAAATATTTTA
421 TTTTATAATC-TCATAATTCATTTTAAGCTAATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAA
* * * *
30092 TAATTGAATGTCTGC-TTCAGGAAACATG
485 TAGTTGAATGCCTACATT-AGGAAACATC
* * * * * * * *
30120 TAGCAAAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTC-ATT-GTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * ** ** ** *
30184 TTGA-TCGCTTTAAATAATTTTGTAACCCCGCAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTT
64 TT-ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
*** * * ** * * * **
30248 TACCAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAATCCTCCATTGGTA
128 TGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTTTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGACA
* * * * ** *
30313 AGAAAAGTCTACTGATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCATATT-CTTAACTTTAAATGGTTTTA
193 A-AAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTA
* * * *
30377 TAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTCTTTTACAT-TTTATATTAAAATATATTCTAATAG
256 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATT-TTTTACATATTT-TATTAAAATATATTATAATTG
* * * * * *
30440 AATATCTACCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAATTATCCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTACAGTTG
319 AATGTCTACATCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTTG
* * * *
30505 CTTAAGTC-TTCAAATGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAA
383 CTTAAGCCTTTGAAA-GCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA
* * * * * *
30569 GTTGA--TTTTTGTTACATTTTT-AGTTAAAACGGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACA
447 GCTAATTTTTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATAATAGTTGAATGCCTACATTAGGAAACA
30631 TC
511 TC
* *** * * * *
30633 AAGAAAAAGCTATTCACTCCCAAGAAGAGTCCATCTATAATTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCA-TTGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
30698 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTT-GTAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTTTATA-TTTTT
65 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA-CTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * * *
30761 GTTAAAATATTTTATAATTGACTCTTTGCTTCAGGAAA-GTTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA
129 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTTTCAAGAAACG-TGAAGCAAAAGTCATCCATTGACA
* * * * * *
30825 TGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTGAGTCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTATAAATGATTTTAT
193 -AAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * ** * * ** *
30890 AACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAGCGTTTTTATATTTTTTGCTAAAATATATTATAACTGAAT
257 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATTTTTTACATATTTTATTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * **
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* * * * * * * *
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386 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGCT
* * * *** * * * * * * *
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450 AATT--TTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAGTTGAATGCCTACATTAGGAAACA-T
*
31141 AG
512 -C
* ** * * * * * * * * * * *
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1 AAGAAAAAGCCATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
** * * *
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* * * * * * *** * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * * * * * *
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255 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATTTTTTACATATTTTATTAAAATATATTATAATTGA
*** * ** ** * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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384 TTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGC
* *** * * * * * * * * *
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449 TAATTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAAT-AGTTGAATGCCTACATTAGGAAACATC
* * * * * * * * * *
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1 AAGAAAAAGCCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
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65 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * *** * * *
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129 GTTAAAATATATTATAATTGAATG-TTTGTTTCAAG-AAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGAC
** * * ** * *
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192 AA-AAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTT
* ** * ** * * * *
31912 ATAATCTCATAATTCATTTCGAGTTGA-TTTTTTTACAT-TTTCGGTTAAAAAAGATAATATTTG
255 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATTTTTTACATATTT-TATTAAAATATATTATAATTG
* * *** * * * * * * * * *
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* * ** * ** *
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** * * * * * * *
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** *
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508 ACATC
* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* *
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257 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGATT-TTTTACATATTTTATTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * *
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321 TGTCTA-CATCAAAAAACAT-GAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTTG
* ** * * *
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** * * * * * * *
32606 -T--TGATTTTTTTACA-TTTTCAGTTAAAGCAGATAATATTTAAATGTCTACA-TCGAGAAACG
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32666 TC
511 TC
** * * * *
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* * *
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* *** * * * *
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* *
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Statistics
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* *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *** *
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* * * *
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* * * * * ** * * *
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* * *
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* * * * * * * ** *
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* ** * *
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* * *
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* *
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** * **
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
23393 ATTTGAATGTCTACAT-TAG
323 AATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * * * * ** * *
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* * * * **
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * ** *
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*
23733 TATAATTGAATGTTTGCCTCAAG
320 TATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * *
23756 AAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATATTCGCTTAAGTCTTCAAAA
1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
* * * *
23821 GCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTT
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTT
* * * ** ** * *
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* ** * * * * *
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191 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
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* * *
24078 ATAATTGAATATTTGTCTC-AG
321 ATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * * *
24099 AAAACCTGAAGCAAAAGTCATCCATTGTG-AATAAAAATCAATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGA
1 -AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-GCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGA
* * * * *
24163 AAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTGGA-TTTTTTT
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
24290 CTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACACGC--T--
192 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
*********************** * * *
24350 -T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAGTTAAATTTTTTT-TATATTTTTGATTAAAACATA
256 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTG-TTAAAATATA
* * ** **
24411 CTATAATTGAATATCTAACT-TGG
319 TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* ** ** * ** * *
24434 AAAACATAAAAAG-AAAA-TAATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCACCCATGCCTTTC
1 -AAACAT--GAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCGCTTAAGTC-TTC
** * * **********
24496 -AAAGTTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAA-TTTTT
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* * * * * * ** * *
24559 TT--ATATTGTTGTGAAAATAGATTATAATTGAAAGTTTACCTCAGGAAATGTTAAGCAAAAGCC
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* * * * * *
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190 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* ********** * ** * *
24687 AATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTCATTAAAACAGAT
255 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATAT
* * * *
24752 AATATTTGAATGTTTG-CTCAAA
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* * *********** *
24835 GAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATANNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTT
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126 T-TGCATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCC
* ** * * * * *
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190 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * **
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255 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAT-A
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25092 TTATATTTGAATG-CTTACCTCAAG
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* * * * ** * * ** * *
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1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCGCTTAAGTC-TTCGAA
* ********** *
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* * * * *
25245 --ATTTTTTGTTAACATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
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**** * * ** * * * * * * *
25456 NNNNATAAAGTAAAAGTTATCTATTAGCAAGAAAAGTTCATTTACAGTCGCCTAAGTTTTCCAAC
1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
* * * * * * *
25521 GCCTTATTACTCGATTTAGATGGGTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAGTTG-ATTTGTTTTAC
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGC
* ** * * * * * * * *
25585 ATTTTTAGTTAAAATGGATAAT-ATTCAAATGTCTACATCAGGAAACATCAAGAAAAAGCTATTC
130 ATTTTTTGTTAAAATATATTATAATT-GAATGTTTACTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCC
** * * * * * * * *
25649 ATTCACAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACTTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTGCTCGCTTTAAATG
194 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* * * * * *
25714 GTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTT-AAGCTTTTTTATA-TTTTTGCTAAAATATACTAT
259 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTAT
*
25777 AATTGAATGTCTACCTCAAG
323 AATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * * * * *
25797 AAACGTGAAGTAAAAGTCATCCCTTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTAGCTTAAGTCTTAGAAA
1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
* * * * * *
25862 GCCTCAATACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATACTTTTAT-
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTG
* * * * ** * * *
25926 -ATTTTTTATT-AAATATATTATAATTGAATATCTACCTTGAA-AAATGTGAAGCAATAGCCATC
129 CATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTA-CTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATC
* * * * * * * *
25988 CATTGGCAAG-AAAGTCCATGTACAGTCGCTTAAGTCATT-AAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAA
193 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
** * * * * *
26051 CGGTTTTATAATCTCATAATTTG-TTTTAAGTT-AAATTTTTTATA-TTTTTGCTGAAAACAGA-
257 TAGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATATAT
* ** ***
26112 TAGTAGTTGAATGT-TTACTTTGG
320 TA-TAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * ** * * * ** * * *
26135 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAG-AAAGTCCATCTATAGACACCCATGCCTTCGGA
1 -AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAA
* * * *
26199 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAGTTAATTCTAAGTT--ATATTTTTTT
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTT
* * * * * *
26262 --ATATTTTTGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCAT
128 GCAT-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * * * * *
26324 CCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCGCTTAAGTCATCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
192 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * **
26389 TCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-A--TTTTGCTTGAAACAGGT
257 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTTG-TTAAAATATAT
* * * *
26451 AATATTTGAATGTCTACCTCAGG
320 TATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * ** * * * * * ** * ** * * *
26474 AGACCTAAAAAAAAAACTATTCATTGGGAAGAAAAATTCACCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAT
1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG-AAAAGTCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
** * * * * * *
26539 GGGTTATTACTAGCTTTAAACGATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGCTT-AATTTTTTAT-
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTTG
* * * * * * * * *
26602 -ATTTTTTGTTAATATATATTATAATTGAATATCTGC--CACGGAAAAAGTGAAGCAAAAGTCAT
129 CATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCA-AGAAACA-TAAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * *
26664 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CTGCTTAAGTCATCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAA
192 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
26728 ATCGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-A-TTTTGGTTAAAACAGAT
256 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTTGTTAAAATATAT
* * * * *
26791 AATATTTGAATGTGTACCTTGAA-
320 TATAATTGAATGTCTGCC-TCAAG
* * ** * * * * * *
26814 AAACATCAAG-AAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
* * *
26878 GCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTAT-
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTTG
* * * * * * * * ** *
26942 -ACTGTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCGGGAAACATGAGAA-AAAAA-TCAT
129 CATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCAAGAAACAT-A-AAGAAAAAGCCAT
** * * * *
27004 CCATTGG-AAGGAAAAGTTTATATATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAA
192 CCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * *
27068 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATA
256 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATT
* * ***
27133 ATATTTGAATGTCTACCTTGGG
321 ATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * * *** * * ** * * *
27155 AAACTTGAAGAAAAAACCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATA-CCTTTGGA
1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCGCTTA-AGTCTTCGAA
* * * * *
27219 AGCCTTTTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT-
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTG
* * * * * *
27283 -ATTTTTTGTT-AAATATATTATAATTGAAT-TTCTTCCTCAAGAAGCATGAAGTAAAAGTCATC
129 CATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTT-TACTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATC
* * ** ** * * * * * * *
27345 CATTGACAATAAAAGTCTGTTTATAGTTGCTTAAGTCTTCAAAAGACTAATTACTCGCTTCAAAT
193 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * ** * * *
27410 GGTTTTATAATCTTATAATT-ATTTTTGATTTAAATACTTTTACATTTTTGGTT-AAATAGATAA
258 AGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTA
* * *
27473 TATTTGAATGTCTACCT-TAG
322 TAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * *** * * *
27493 CAAACAT-AA--AAAGGCCATTCATTATTAAGAAAAGTCAATCTATAGTC-ATCTATA-CCTTCG
1 -AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCGCT-TA-AGTCTTCG
* *
27553 AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAATGTTGAATTTTGT
62 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTT-T
* * * * * * * *
27618 TAT--ATTTTTAGTTAAAACAGA-TAGTATTATGAAATGTCTACCTT-GAG-AACATGAAGAAAA
125 TTTGCATTTTTTGTTAAAATATATTA-TAAT-TG-AATGTTTA-CTTCAAGAAACATAAAGAAAA
* * * **
27678 A---ATCCA-T--C----ATAGT-C----A-CG-CA---ATGTTCTTAAAAAGCCTTATTACTCG
186 AGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
27723 CTTTAAATGGTTTTAAAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTTATTAAAA
250 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
*** *
27788 CGGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGG
315 TATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * * * * * *
27816 AAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATATATAGTCAC-CAATGCCTTTGAA
1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCGCTTAA-GTCTTCGAA
** * * * *
27880 AGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTCTTTTA
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTG
* * * * * * * * * *
27944 CA-TTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCAGGAAACATAAAAAAAAAGTCATT
129 CATTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATC
* * * * * * * ** * *
28008 CATTAGC-AGAAGAAGTTCATCTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGGTTTATTACTCGCTTCATA
193 CATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * ********* * *
28072 TGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-T
257 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATT
* ** **
28136 AGTATTTGAATGT-TTACTTTAG
321 A-TAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * * * * * * * * ** * * *
28158 AAA-ATGTGAGGAAAAAGTCATTCATTAGTAAGAAAATTTTATATATAGTCACCCATGCCTTCAA
1 AAACA--TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA-GTCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGA
** * * ********** * *
28222 AAGATTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGCTGAATATTTTTT
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
** * * * * ** * * *
28287 ATATTTTTTGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTGC-CCTAGGAAATGTGAAGCAAAAGTCAT
128 GCATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTC-AAGAAACATAAAGAAAAAGCCAT
** ** * * * * * *
28350 CCATTATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTAATTACTCGATTTAAA
192 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * *
28415 TGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TA
257 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTA
* * * * ***
28478 GTATTTGAATGGCTACGTGGGG
322 -TAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * * * * * * * *
28500 AAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGGCTT-TAGA
1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGA-A
* ** * **********
28564 AGTCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTT-AA---------
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTG
* * * * * * * *
28619 -ATTTTTTGTTAAAATATAATGTAATTAAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAA-TAAAAGTCATC
129 CATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCAAGAAACAT-AAAGAAAAAGCCATC
* * * * * * * * * *****
28682 CATTGGTAAGAAAACTCCTTTTATAGTCGCTTAAGACTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTNNNNN
193 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
***** * ** * * *
28747 NNNNNTATAATATCATAATTGATTTTAAACTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTGAAACAGATAGT
258 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT-AAA-ATATATT
* *
28812 AT--TTGAATGTTTGTCTCAAG
321 ATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * * * ** ** * *
28832 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGCCCATCTATAGTTACCCATG-CTTTCAA
1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-GCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCGCTTAAGTC-TTCGA
************************
28895 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
*****************************************************************
28959 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
128 GCATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATC
*********** * * * * **** * ***
29024 NNNNNNNNNNNATA-T-TATAATAGAATGTCTAGCTCA-GAAAACGTGAAGCAAAAGTTA-TC-C
193 CATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TTA-TA-GTC-A-CTCATGCCTTCG-AAAGCCTTA-TTACTCGC
* * ** * * * * * * * *
29084 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGCAGTCGCTTAATT-CTTTGAAAGCTT-TATTACTCAATTTAAA
251 -TT---TA-AATAGT---TTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAG-TTGAATT--T--TTTTACA
* * * * * * *
29147 TGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGATTTTATTTTTACATTGGCGGTTAA-
302 T--TTTT-T-GT-T-AAAATATATTATAA-TTGA----A--TGT-C--T-GC-CTCAAG
* * *** * * * * *
29205 AATAGATAATATTTGAATGGC-TACATTAGGAAACGTTAAGAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAG
1 AA-ACATGA-A-GCAAAAGCCATCCATT-GG---C---AAG-AAAAG----TCATT------TAT
** * *
29269 AGTC-CATCTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGTGTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAA-C
45 AGTCGC-T-TA-AG-------T--CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
29332 TATATAATTGACTTTAAGTTGAGCTTTTTTAT--ATTTTTTGTTAAAACATTTTATAATTGAATG
98 T-CATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTTGCATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * ** * * * * * *
29395 TCTGCTTCAGGAAATGTGAAG-CAAAGCTATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTA
161 TTTACTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * ********** * * * *
29459 AGTCTTCGNNNNNNNNNNTGCTCGCTTTAAAT-GATTTTATGACCTCGTAATTGATTTTAAGTTG
226 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
** * ** *
29523 AGCTTTTTTATATTTTTTACTAAAATATATTATAATTGAATGTATGCCTCAAG
290 AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * * *
29576 AAACGTAAAGCAAAAGTCC-TCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGGA
1 AAACATGAAGCAAAAG-CCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAA
* * * *
29640 AGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAG-ATTTGTTTTA
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTG
** * * * * **
29704 CATTTTTTACTAAAATATATTATAATGGAATGTCTGT-C-TC-AGAAAACGTGAAGCAAAAGTTA
129 CATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-T-TACTTCAAG-AAACATAAAGAAAAAGCCA
* * * * * *
29766 TCCATTGACAATAAAAGTCTATTTACAGTCGCTTAATTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGATTTAA
191 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT--C---A--C-TC--ATGC----CT--TCG----AA
* * * *
29831 ATGGCTTTATTAGTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTG-CTTTAAGTTG-ATTTTAT
236 A--GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTT-T
** * * * * * * * ***
29894 TTTTATGTTTTCAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGGG
297 TTACAT-TTTT-TGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * * * * * * ** * * * *
29942 AAACGTTAAG-AAAATGTCGTTCATTCGCAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACTCATGCCTTTGAA
1 AAACATGAAGCAAAA-GCCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAA
* * * * * * * *
30006 AGCCTTTTTGCTCACTTTAAATGATTTTATAACCAT-ATAATTGACTTTAAGTTGAGCTTTTTTA
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTT
* * * * ** *
30070 T--ATTTTTTGTTAAAATATTTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGTAGCAAAAGCCAT
127 TGCATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCAT
* * * * *
30133 CTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTGA-TCGCTTTAA
192 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAA
* * * * ** ** * ***
30197 ATAATTTTGTAACCCCGCAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTACCAAAATATATT
256 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATT
*
30262 ATAATTAAATGTCTGCCTCAAG
321 ATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * * * * *
30284 AAACGTAAAGCAAAAATCC-TCCATTGGTAAGAAAAGTCTACTGATAGTCACTTAAGTCTTCGAA
1 AAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAA
* ** * *
30348 AGCCATATT-CTTAACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTT
64 AGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
* * * * * * * * * * * **
30411 ACATTTTATATTAAAATATATTCTAATAGAATATCTACCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAA-TTAT
128 GCATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCAAGAAACATAAAG-AAAAAGCCAT
* * ** * * * *
30475 CCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTACAGTTGCTTAAGTCTTC-AAATGCCTTATTACTCGATTTAA
192 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * ***
30539 ATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTG-ATTTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACGGAT
256 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTTGTTAAAATATAT
* * * * * *
30603 AATATTTGAATGTCTACATTAGG
320 TATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * * * ** * * * ** ** * *
30626 AAACATCAAGAAAAAGCTATTCACTCCCAAGAAGAGTCCATCTATAATTACCCATGCCTTCGAAA
1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
* ** * *
30691 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTTGTAATTGATTTTAGGTTG-AGTTTTTTT--
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGC
* * * * * ** * *
30753 ATATTTTTGTTAAAATATTTTATAATTGACTCTTTGCTTCAGGAAAGTTGAAGCAAAAGCCATCC
130 AT-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCC
* * * * * * *
30818 ATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTGA-GTCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTATAAAT
194 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *** * *
30882 -GATTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAGCGTTTTTATATTTTTTGCTAAAATATATTA
258 AG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTA
* *
30946 TAACTGAATGTCTACCTCAAG
322 TAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * ** * *
30967 AAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGCGAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCATCGAAA
1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
* ** * * * * * *
31032 GCCTTATTCCTTACTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAAATGA-TTTAAATTGGA-TTCTTTT--
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGC
* * ** * * **
31093 ATATTTTTATTAAAATTTATTATAATTGAATGTCAACCTCAA-AAA-ATTAGAAGTAAAAGTTAT
130 AT-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCAAGAAACA-TA-AAGAAAAAGCCAT
* ** * * * * * * * * **
31156 CCTTTGATAAGAAAAATTCATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTCAATTTAAA
192 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * ** * * *
31221 TAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTG-ATTTTTTATATATTTTCGGTTAAAACAGATA
257 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTTGTTAAAATATATT
* * * *
31285 ATATTTGAATGTCTACATCAGG
321 ATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * ** ** * * * * *
31307 AAACATCAAGAAAAAGCCATTTATTCACAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCCAT-A-CCTTCGA
1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAG-T-CGCTTAAGTCTTCGA
* * ** * ** *
31370 AAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTGTAATTGATTTTAAGCTG-AGCTTTTTA
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
* * * * * ** * * ** *
31434 ACATTTTTTGTTAAAATATCTTACATTTGAATGTCTGTTTTAGGAAAGGTGAAGAAAAAGCCATC
128 GCATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATC
* * * * * * * * * *
31499 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAACATTACTGCTTGCTTTAAAT
193 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *** **
31564 AGTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAGCGTTTTTACATTTTTTACTAAAATATATTAT
258 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTAT
* * *
31629 AAGTGAATGCCTGCCTCAGG
323 AATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * *
31649 AAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
1 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
* * * *
31714 GCCTTATTCCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTAC
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGC
* * ** * * **
31778 AATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGCCTACCTT--AGAAAACGTGAAA-CAAAAGTTAT
130 ATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTA-CTTCAAG-AAACAT-AAAGAAAAAGCCAT
** * * * * * ** * *
31840 CCATTGGCAAGAAATTTCCATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGTTTTATTACTTGATTTAAA
192 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* ** ** * * *
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* *
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* * * * *
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* ***
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128 CATGCCTTC-GAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
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* *
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129 ATGCC-TTCGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
27273 AATTTTTTATATTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAATTTCTTCCTC-AAGAAGCATGAAGTAA
193 AATTTTTTATATTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAATATCTACCTCGAAAAAG--TGAAGCAA
* * ** * * * *
27337 AAGTCATCCATTGACAATAAAAGTCTGTTTATAGTTGCTTAAGTCTTCAAAAGACTAATTACTCG
256 AAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCTGCTTAAGTCATCAAAAGCCTTATTACTCG
* *
27402 CTTCAAATGGTTTTATA
321 CTTTAAATCGTTTTATA
* * * * * * *
27419 ATCTTATAATT-ATTTTTGATTTAAATACTTTTACATTTTTGGTT-AAATAGATAATATTTGAAT
1 ATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAAT-TTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGATAATATTTGAAT
* * * ** *** * * *
27482 GTCTACCTTAGCAAA-C--ATAAAAAGGCCATTCATTATTAAGAAAAGTCAATCTATAGTCATCT
64 GTCTACCTTTGGAAACCTAAAAAAAAAACCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCC
* * * * *
27544 ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAATGTT
129 ATGCCTTCG-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTT
* * * * * * *
27609 GAATTTTGTTATATTTTTAGTTAAA-ACAGATAGTATTATGAAATGTCTACCTTGAGAACA-TGA
192 GAATTTT-TTATATTTTTTGTTAAATATA-TTA-TAAT-TG-AATATCTACCTCGA-AAAAGTGA
* ** * *
27672 AG-AAAA--AATCCA-T--CATAGTCACG--CA---AT-G-TTC-T---T-A--AAAAGCCTTAT
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* *
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315 TACTCGCTTTAAATCGTTTTATA
* * * * * *
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1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATT-TTTGCTTAAAACAGATAATATTTGAAT
* ** * * ** * ** * * *
27804 GTCTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATATATAGTCACCA
64 GTCTACCTTTGGAAACCTAAAAAAAAAACCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCC
* ** * * * *
27869 ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGTTG
129 ATGCCTTCG-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * * *
27934 AATTCTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCAGGAAACA-TAAAA
193 AATT-TTTTATATTTTTTG-TT-AAATATATTATAATTGAATATCTACCTC--GAAAAAGTGAAG
* * * * * *** * * **
27997 AAAAAGTCATTCATTAGC-AGAAGAAGTTCATCTATAG-T-CACCCATTCTTTCAAAAGGTTTAT
253 CAAAAGTCATCCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGCTGC-TTAAGTC-ATCAAAAGCCTTAT
* * *
28059 TACTCGCTTCATATGGTTTTATA
315 TACTCGCTTTAAATCGTTTTATA
* ******** * *
28082 ATCTAATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATAGTATTTGAA
1 ATCTCATAATTGATTTTAA--GTTAAATTTTTTATA-TTTTTGCTTAAAACAGATAATATTTGAA
* * ** * ** ** * * * ** *
28146 TGTTTA-CTTTAGAAAATGTGAGGAAAAAGTCATTCATTAGTAAGAAAATTTTATATATAGTCAC
63 TGTCTACCTTT-GGAAACCTAAAAAAAAAACCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC
* ** * * * * ********** *
28210 CCATGCCTTCAAAAGATTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGC
127 CCATGCCTTC-GAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
28275 TGAATATTTTTTATATTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCCTAGGAAATGTGAAG
191 TG-A-ATTTTTTATATTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAATATCT-ACCTCGAAAAAGTGAAG
** * * *
28340 CAAAAGTCATCCATTATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTAATTAC
253 CAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCTGCTTAAGTCATCAAAAGCCTTATTAC
* * *
28405 TCGATTTAAATGGTTTTACA
318 TCGCTTTAAATCGTTTTATA
* * * * *
28425 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAGTATTTGAATGG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGATAATATTTGAATGT
* ** * * ** * * * *
28490 CTACGTGGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTAT
66 CTACCTTTGGAAACCTAAAAAAAAAACCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAT
* * *
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131 -GCCTTCGAAGCCTTATTACTC
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CTACCTTTGGAAACCTAAAAAAAAAACCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAT
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TTTTTATATTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAATATCTACCTCGAAAAAGTGAAGCAAAAGTC
ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCTGCTTAAGTCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATCGTTTTATA
Found at i:27992 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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27676 AAAATCCATC
* * * * *
27686 ATAGTCACGCAATGTTCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAAGCTCATAATT
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * ** * *
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* * ** * * * *
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********* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * * * *
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1 ATAGTCAC-CAATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * **
28436 AATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAGTATTTGAATGGCTACGTGGGG
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTAC-TCAGG
* * *
28500 AAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATCT
127 AAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATAT
* * * * * * **********
28543 ATAGTCACCTATGGCTTTAGAAGTCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTNNNNNNNNNNAATTGA
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* * * * *
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* ** * * * * * *
28662 AACATGAAATAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAACTCCTTTT
128 AACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATAT
* * * * * * ********** *
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** * * * * * * *
28768 ATTTTAAACTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTGAAACAGATAGTATTTGAATGTTTGTCTCAAGA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCT-ACTCAGGA
* * * *
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128 AACGTGAAGCAAAAGTCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATAT
* * *
28875 ATAGTTACCCATG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 ATAGTCACCAATGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
28935 NNNNNNNNNN
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TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACTCAGGAAAC
GTGAAGCAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATAT
Found at i:29683 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 29035--32903 Score: 2864
Period size: 171 Copynumber: 22.6 Consensus size: 171
29025 NNNNNNNNNN
* * *
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** * * * **
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* ** *****
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* * * * * * * * * * * * *
29208 AGATAATATTTGAATGGCTACATTAGGAAACGTTAAGAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAGAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* ** ** * * ** * * *
29273 CATCTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGTGTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAA-CTATAT
66 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CAT
* * * *
29337 AATTGACTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
130 AATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT
* * * * * *
29379 ATTTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAATGTGAAGC-AAAG-CTATCTATTGGCAAGAAAAGT
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTC-ATCCATTGGCAAGAAAAGT
********** * * * * *
29442 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGNNNNNNNNNNTGCTCGCTTTAAATGATTTTATGACCTCGT
65 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
29507 AATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTACTAAAAT
130 AATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT
* * * * *
29549 ATATTATAATTGAATGTATGCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGTCCTCCATTGGTAAGAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
29614 CATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGGAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
66 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
29679 ATTGATTTTAAGTAGA-TTTGTTTTACATTTTTTACTAAAAT
131 ATTGATTTTAAGTTGAGCTT-TTTTACATTTTTTATTAAAAT
* ** * * *
29720 ATATTATAATGGAATGTCTGTCTC-AGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGACAATAAAAGT
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
29784 CTATTTACAGTCGCTTAATTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATGGCTTTATTAGTCGAT
65 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG--TT-TTA-T-AAT
* * * * * * *
29849 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTGCTTTAAG-TTGATTTTATTTTTATGTTTTCAGTTAAA
125 CT-CATA-ATTGAT--T-T--TAA---G--TTGAGCTT--TTTTA----CAT-TTTTTA-TTAAA
*
29913 AC
170 AT
* * * * *** * * * * *
29915 AGATAATATTTGAATGTCTACATTGGGAAACGTTAAG-AAAATGTCGTTCATTCGCAAGAAGAGT
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAA-GTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* ** * * * * * * * * *
29979 CCATCTATAGTTACTCATGCCTTTGAAAGCCTTTTTGCTCACTTTAAATGATTTTATAACCAT-A
65 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCA
* * *
30043 TAATTGACTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAT
129 TAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT
* * * * * * * *
30086 ATTTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGTAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * ** * * * **
30151 CATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTGA-TCGCTTTAAATAATTTTGTAACCCCGC
66 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* **
30215 AATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTACCAAAAT
130 AATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT
* * * * * *
30257 ATATTATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAATCCTCCATTGGTAAGAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * ** *
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* *
30386 AATTGATTTTAAGTTGA-ATTCTTTTACATTTTATATTAAAAT
130 AATTGATTTTAAGTTGAGCTT-TTTTACATTTTTTATTAAAAT
* * * * * * *
30428 ATATTCTAATAGAATATCTACCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAATTATCCATTGGCAAGAAAAGTG
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
30493 CATTTACAGTTGCTTAAGTCTTC-AAATGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
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* * *
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130 AATTGATTTTAAGTTGAGCTTTT-TTACATTTTTTA-TTAAAAT
** * * * * * * * * * * ** *
30599 GGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACATCAAGAAAAAG-CTATTCACTCCCAAGAAGAGT
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTC-ATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * ** ** * * * **
30663 CCATCTATAATTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTTGT
65 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
30728 AATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAAT
130 AATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT
* * * * * * * * *
30769 ATTTTATAATTGACTCTTTGCTTCAGGAAA-GTTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCATGAAAAGT
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACG-TGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
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* * **
30898 AATTGATTTTAAGTTGAGCGTTTTTATATTTTTTGCTAAAAT
130 AATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT
* **
30940 ATATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGCGAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * ** * *
31005 CATTTATAGTTGCTTAAGTCATCGAAAGCCTTATTCCTTACTTTAAATAGTTTTATAATTTCATA
66 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
31070 AATGA-TTTAAATTG-GATTCTTTTATA-TTTTTATTAAAAT
131 ATTGATTTTAAGTTGAGCTT-TTTTACATTTTTTATTAAAAT
* * ** * * * ** *
31109 TTATTATAATTGAATGTCAACCTCAA-AAAATTAGAAGTAAAAGTTATCCTTTGATAAGAAAAAT
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT-GAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** *
31173 TCATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
65 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * ** *
31238 AATTCATTTTAAGTTGA--TTTTTTATATATTTTCGGTTAAAAC
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* * * * * * * * * ** ** *
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* * * * * * **
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66 CATTTATAG-T-CGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
31408 TAATTGATTTTAAGCTGAGCTTTTTAACATTTTTTGTTAAAAT
129 TAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT
* * * *** * * * * * *
31451 ATCTTACATTTGAATGTCTGTTTTAGGAAAGGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTC
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* *
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* *
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* ** * *** *
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* * * * * * * * * * * * * *
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* * *
32092 ATTGATTTTAAGTTTAGGTTTTTTATATTTTTTATTAAAAT
131 ATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT
* * * * * * * *
32133 ATAATATAATTGAATGTCTGCTTGAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCAAGAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
32198 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
66 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** * *
32263 ATTAATTCTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTTGTTAAAAT
131 ATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT
* * * * * * * * * *
32304 ATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTCGTATGAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
*
32369 CATTTATAGTCGCTTAAG---T-------CTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
66 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*
32424 ATTGATTTTAAGTTGA-ATTCTTTTACA-TTTTTATTAAAAT
131 ATTGATTTTAAGTTGAGCTT-TTTTACATTTTTTATTAAAAT
* * * * *
32464 ATATTATAATTAAATATCTATCTCGAA-AAAC-TGGAAGCAAAAGTTATCCATTGGTAAGAAAAG
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACGT-GAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * **
32527 TCCATTTACAGTTGCTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCA
64 TCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * **
32592 TAATTCATTTTAAGTTGA-TTTTTTTACA-TTTTCAGTTAAAGC
129 TAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAAT
* * * * * * * * * * * * **
32634 AGATAATATTTAAATGTCTACATCGAGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTCGTAAGAAGGGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * ** ** * * * * ***
32699 TATCTATAGTTACCCATGGCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTGCA
66 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
32764 ATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
131 ATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT
* * * *
32805 ATATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAAACGTAAAGAAAAAGTTATCCATTGTCAAGAAAAGT
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* *
32869 CAATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTAT
65 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTAT
Statistics
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CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT
Found at i:29861 original size:22 final size:22
Alignment explanation
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29801 ATTCTTCAAA
29811 AGCTTTATTACTCGATTTAAAT
1 AGCTTTATTACTCGATTTAAAT
* *
29833 GGCTTTATTAGTCGATTTAAAT
1 AGCTTTATTACTCGATTTAAAT
*
29855 AGTTTTAT
1 AGCTTTAT
29863 AATCTCATAA
Statistics
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Consensus pattern (22 bp):
AGCTTTATTACTCGATTTAAAT
Found at i:30526 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 29035--32903 Score: 3185
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29025 NNNNNNNNNN
* *
29035 ATATTATAATAGAATGTCTAGCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
** * * * * *
29100 CATTTGCAGTCGCTTAATTCTTTGAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
66 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* ****** * *
29165 ATTTATTTTAAGTTGATTTTATTTTTACATTGGCGGTTAAAATAGATAATATTTGAATGGCTACA
131 ATTCATTTTAAGTTGA--TT-TTTTTACATTTTTTACTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACA
* * * * * * * *
29230 TTAGGAAACGTTAAGAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTT
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** * * * *
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* * *
29359 TTTATATTTTTTGTTAAAAC
321 TTTACA-TTTTTATTAAAAT
* * * * * * *
29379 ATTTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAATGTGAAGC-AAAGCTATCTATTGGCAAGAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
********** * * * * *
29443 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGNNNNNNNNNNTGCTCGCTTTAAAT-GATTTTATGACCTCGT
66 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAG-TTTTATAATCTCAT
* * * * * * * *
29507 AATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTACTAAAATATATTATAATTGAATGTATGCCT
130 AATTCATTTTAAGTTGA-TTTTTTTACATTTTTTACTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACAT
* * * * * * * * *
29572 CAAGAAACGTAAAGCAAAAGTCC-TCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTT
194 CAGGAAACATCAAGAAAAAG-CCATCCATTCGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCAAGTCTT
* * * *
29636 CGGAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGATTTGTT
258 CGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
*
29701 TTACATTTTTTACTAAAAT
322 TTACA-TTTTTATTAAAAT
* ** * *
29720 ATATTATAATGGAATGTCTGTCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGACAATAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * *
29785 TATTTACAGTCGCTTAATTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATGGCTTTATTAGTCGATT
66 CATTTATAGTCG-------CTT---AAG---T-CT--TCG----AAA--GCCTTATTACTCGATT
*** ** * * *
29850 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTGCTTTAAGTTGATTTTATTTTTATGTTTTCAGTTAAAAC
109 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGATTTT-TTTACAT-TTTTTA-CTAAAAT
* ** * * * * * * *
29915 AGATAATATTTGAATGTCTACATTGGGAAACGTTAAGAAAATGTCGTTCATTCGCAAGAAGAGTC
171 AGATAATAATTGAATGTCTACATCAGGAAACATCAAGAAAAAGCCATCCATTCGCAAGAAAAGTC
* * * * * * *
29980 CATCTATAGTTACTCATGCCTTTGAAAGCCTTTTTGCTCACTTTAAATGATTTTATAACCAT-AT
236 CATCTATAGTTACTCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCAT
* * * *
30044 AATTGACTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAT
300 AATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACA-TTTTTATTAAAAT
* * * * * * ** *
30086 ATTTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGTAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * * **
30151 CATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTGA-TCGCTTTAAATAATTTTGTAACCCCGC
66 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATT-ACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * * *
30215 AATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTACCAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCCT
130 AATTCATTTTAAGTTGA-TTTTTTTACATTTTTTACTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACAT
* * * * * * * * *
30280 CAAGAAACGTAAAGCAAAAATCC-TCCATTGGTAAGAAAAGTCTA-CTGATAGTCACTTAAGTCT
194 CAGGAAACATCAAG-AAAAAGCCATCCATTCGCAAGAAAAGTCCATCT-ATAGTTACTCAAGTCT
* ** *
30343 TCGAAAGCCATATT-CTTAACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTC
257 TCGAAAGCCTTATTGC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-
30407 TTTTACATTTTATATTAAAAT
320 TTTTACATTTT-TATTAAAAT
* * * * * *
30428 ATATTCTAATAGAATATCTACCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAATTATCCATTGGCAAGAAAAGTG
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
30493 CATTTACAGTTGCTTAAGTCTTC-AAATGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
66 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * ** *
30557 AATTTATTTTAAGTTGATTTTTGTTACA-TTTTTAGTTAAAACGGATAATATTTGAATGTCTACA
130 AATTCATTTTAAGTTGATTTTT-TTACATTTTTTA-CTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACA
* * * * * * * * * *
30621 TTAGGAAACATCAAGAAAAAGCTATTCACTCCCAAGAAGAGTCCATCTATAATTACCCATGCCTT
193 TCAGGAAACATCAAGAAAAAGCCATCCATTCGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCAAGTCTT
* * ** * *
30686 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTTGTAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTT
258 CGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTT
* *
30751 TTATATTTTTGTTAAAAT
322 TTACATTTTTATTAAAAT
* * * * * * * ** *
30769 ATTTTATAATTGACTCTTTGCTTCAGGAAA-GTTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCATGAAAAGT
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACG-TGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
30833 CCATTTATAGTCGCTTGAGTCTTCGAAAGCCTTACTACTC-ACTATAAAT-GATTTTATAACCTC
65 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAG-TTTTATAATCTC
* * ** * * * * *
30896 GTAATTGATTTTAAGTTGAGCGTTTTTATATTTTTTGCTAAAATATATTATAACTGAATGTCTAC
128 ATAATTCATTTTAAGTTGA-TTTTTTTACATTTTTTACTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * * ** * * * *
30961 CTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGCGAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCA
192 ATCAGGAAACATCAAGAAAAAGCCATCCATTCGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCAAGTCT
* ** * * * * *
31026 TCGAAAGCCTTATTCCTTACTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAAATGA-TTTAAATTGGATTCT
257 TCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-T
*
31090 TTTATATTTTTATTAAAAT
321 TTTACATTTTTATTAAAAT
* * ** * * ** *
31109 TTATTATAATTGAATGTCAACCTCA-AAAAATTAGAAGTAAAAGTTATCCTTTGATAAGAAAAAT
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGT-GAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
31173 TCATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
65 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* **** * *
31238 AATTCATTTTAAGTTGATTTTTTATATATTTTCGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACAT
130 AATTCATTTTAAGTTGATTTTTT-TACATTTTTTACTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACAT
** * * * *
31303 CAGGAAACATCAAGAAAAAGCCATTTATTCACAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCCATA-CCTT
194 CAGGAAACATCAAGAAAAAGCCATCCATTCGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCA-AGTCTT
* ** * *
31367 CGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTGTAATTGATTTTAAGCTGAGCTTTT
258 CGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTT
* *
31432 TAACATTTTTTGTTAAAAT
322 TTACA-TTTTTATTAAAAT
* * * *** * * * * ** *
31451 ATCTTACATTTGAATGTCTGTTTTAGGAAAGGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * * *
31516 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAACATTACTGCTTGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCGTA
66 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* ** * * * * * *
31581 ATTGATTTTAAGTTGAGCGTTTTTACATTTTTTACTAAAATATATTATAAGTGAATGCCTGCCTC
131 ATTCATTTTAAGTTGA-TTTTTTTACATTTTTTACTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACATC
* * * * * * ** *
31646 AGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCG
195 AGGAAACATCAAGAAAAAGCCATCCATTCGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCAAGTCTTCG
* *
31711 AAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTT
260 AAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
31776 ACAATTTTTATTAAAAT
324 AC-ATTTTTATTAAAAT
* * * **
31793 ATATTATAATTGAATGCCTACCTTAGAAAACGTGAAACAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAATTTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* ** *
31858 CATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGTTTTATTACTTGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
66 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
** **** * * * * *
31923 ATTCATTTCGAGTTGATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAAAAGATAATATTTGATTATCTACATCT
131 ATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTTACTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACATCA
* * * * * * *
31988 GG-AACGTTAAGAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACTCATGCCTTCAA
196 GGAAACATCAAGAAAAAGCCATCCATTCGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCAAGTCTTCGA
* * ** * *
32052 AAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTTAGGTTTTTTA
261 AAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTA
*
32117 TATTTTTTATTAAAAT
325 CA-TTTTTATTAAAAT
* * * * * * ** *
32133 ATAATATAATTGAATGTCTGCTTGAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCAAGAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
32198 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
66 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * ** * * * * *
32263 ATTAATTCTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTC
131 ATTCATTTTAAGTT-GATTTTTTTACATTTTTTACTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACATC
* * * *
32328 AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTCGTATGAAAAGTCCAT-T-TA--TAGTC--G-CTT--
195 AGGAAACATCAAGAAAAAGCCATCCATTCGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCAAGTCTTCG
* *
32384 -AAGTCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTT
260 AAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
32448 ACATTTTTATTAAAAT
324 ACATTTTTATTAAAAT
* * * *
32464 ATATTATAATTAAATATCTATCTC-GAAAAAC-TGGAAGCAAAAGTTATCCATTGGTAAGAAAAG
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-AAAACGT-GAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * *
32527 TCCATTTACAGTTGCTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCA
64 TCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * ** * *
32592 TAATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTACA-TTTTCAGTTAAAGCAGATAATATTTAAATGTCTACA
129 TAATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTTA-CTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACA
* * * ** * * * *
32656 TC-GAGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTCGTAAGAAGGGTCTATCTATAGTTACCCATGGCT
193 TCAG-GAAACATCAAGAAAAAGCCATCCATTCGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCAAGTCT
* ***
32720 TCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTGCAATTGATTTTAAGTTGAACTTT
257 TCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
*
32785 TTTACATTTTTTGTTAAAAT
321 TTTACA-TTTTTATTAAAAT
* * *
32805 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTAAAGAAAAAGTTATCCATTGTCAAGAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
32870 AATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTAT
66 CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTAT
Statistics
Matches: 2752, Mismatches: 679, Indels: 191
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 4 0.00
330 70 0.03
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Consensus pattern (339 bp):
ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
ATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTTACTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACATCA
GGAAACATCAAGAAAAAGCCATCCATTCGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCAAGTCTTCGA
AAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC
ATTTTTATTAAAAT
Found at i:31909 original size:853 final size:838
Alignment explanation
Indices: 30329--32623 Score: 2005
Period size: 853 Copynumber: 2.7 Consensus size: 838
30319 GTCTACTGAT
* * * * * * * *
30329 AGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCATATT-CTTAACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGAT
1 AGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAA-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTCAT
* * * * * * * * **
30393 TTTAAGTTGA-ATTCTTTTACATTTTAT-ATTAAAATATATTCTAATAGAATATCTACCTCAAAA
65 TTTAAGTTTAGATT-TTTTATATTTT-TGATTAAAAGATAATAT-ATTGAATGTCTACATCAGGA
* * ** ** * * * ** * * *
30456 AACGTGAAGCAAAAA-TTATCCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTACAGTTGCTTAAGTCTTCAAAT
127 AACATCAAG-AAAAAGCCATCCATTCACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCCCATAAGCCTTCAAAA
* * * * ** * *
30520 GCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAG-TTGATTTTTGTTAC
191 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTCTAAGCTAAACTTTT-TAAC
*** * * * * * * *
30584 AT-TTTTAGTTAAAACGGATAATATTTGAATGTCTACATT-AGGAAACATCAAGAAAAAGCTATT
255 ATATTTT-GTTAAAATATATTACAATTGAATGTCTGC-TTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATC
* ** * ** * *
30647 CACTCCCAAGAAGAGTCCATCTATAATTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
318 CATTCGTAAGAAAAGTCCAT-T-T-A-TAGTC--G-CTT---AAGTCTTATTCCTCGCTTTAAAT
* * * * * *
30712 GGTTTTATAAGCTTGTAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGT-TAAAATATTTTAT
373 GGTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTACATTTTT-TATAAAATATATTAT
* * * ** * *
30776 AATTGACTCTTTGCTTCAGGAAAGTTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCATGAAAAGTCCATTTAT
437 AATTGAATC-CTGCCTCAGGAAAAATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
30841 AGTCGCTTGAGTCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTATAAATGATTTTATAACCTCGTAATTGATT
501 AGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATT
** * * * *
30906 TTAAGTTGAGCGTTTTTATATTTTTTGCTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
565 TTAAGTTGA-ATTTTTTACAATTTTTACTAAAATATATTATAACTGAATGCCTACCTCAAGAAAC
* * * *
30971 GTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGCGAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCATCGAAAGCCT
629 GTGAAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTACAGTCGCTTAAGTCATCGAAAGCCT
* * * *
31036 TATTCCTTACTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAAATGATTT-AAATTGGATTCTTTTATATTTT
694 TATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATCATTTCAAATT-GATTCTTTTACATTTT
* *** * * * * ** * *
31100 -TATTAAAATTTATTATAATTGAATGTCAACCTC-AAAAAATTAGAAGTAAAAGTTA-TCCTTTG
758 CGATTAAAAAAGATAATAATTGAATATCAACATCTAAAAAATT--AAGAAAAAGCCATTCATTCG
* * *
31162 ATAAGAAAAATTCATTTAC
821 -CAAGAAAAATCCATCTAC
* * * * *
31181 AGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTCAATTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTCAT
1 AGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTCAT
*
31245 TTTAAG-TT-GATTTTTTATATATTTTCGGTTAAAACAGATAATAT-TTGAATGTCTACATCAGG
65 TTTAAGTTTAGATTTTTTATAT-TTTT-GATT-AAA-AGATAATATATTGAATGTCTACATCAGG
** * *
31307 AAACATCAAGAAAAAGCCATTTATTCACAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCCAT-A-CCTTCGA
126 AAACATCAAGAAAAAGCCATCCATTCACAAGAAAAGTCCATCTATAG-T-CCCATAAGCCTTCAA
* ** * * * *
31370 AAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTGTAATTGATTTTAAGCTGAGCTTTTTAA
189 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTCTAAGCTAAACTTTTTAA
* * * * * **
31435 CATTTTTTGTTAAAATATCTTACATTTGAATGTCTGTTTTAGGAAAGGTGAAGAAAAAGCCATCC
254 CATATTTTGTTAAAATATATTACAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCC
* * *
31500 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAACATTACTGCTTGCTTTAAATA
319 ATTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTT-------ATT-C--CTCGCTTTAAATG
**
31565 GTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAGCGTTTTTACATTTTTTACTAAAATATATTATA
374 GTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTACATTTTTTA-TAAAATATATTATA
* * * *
31630 AGTGAATGCCTGCCTCAGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATA
438 ATTGAAT-CCTGCCTCAGGAAAAATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
31695 GTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
502 GTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * *
31760 TAAGTTGAATTCTTTTACAATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGCCTACCT-TAGAAAAC
566 TAAGTTGAATT-TTTTACAATTTTTACTAAAATATATTATAACTGAATGCCTACCTCAAG-AAAC
* * * **
31824 GTGAAACAAAAGTTATCCATTGGCAAG-AAATTTCCATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGTT
629 GTGAAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGCAAA-GTCCATTTACAGTCGCTTAAGTCATCGAAAGCC
* * * *
31888 TTATTACTTGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTCGAGTTGATTTTTTTACATTT
693 TTATTACTT-ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATCATTTCAAATTGATTCTTTTACATTT
* * * * ** **
31952 TCGGTTAAAAAAGATAATATTTGATTATCTACATCTGGAACGTTAAGAAAAAGCCATTCATTCGC
757 TCGATTAAAAAAGATAATAATTGAATATCAACATCTAAAAAATTAAGAAAAAGCCATTCATTCGC
* * *
32017 AAGAAGAGTCCATCTAT
822 AAGAAAAATCCATCTAC
* * * * ** *
32034 AGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTGTAATTGATT
1 AGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTCATT
* * * * * * *
32099 TTAAGTTTAGGTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATAATATAATTGAATGTCTGCTTGAGGAAAT
66 TTAAGTTTAGATTTTTTATATTTTTGATTAAAAGATAATAT-ATTGAATGTCTACATCAGGAAAC
* * * * ** * * * *
32164 GTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCT
130 ATCAAGAAAAAGCCATCCATTCACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCCCATAAGCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
32229 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTAAATTTTTTTACATATT
195 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTCTAAGCTAAACTTTTTAACATATT
* *
32294 TTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTCGT
260 TTGTTAAAATATATTACAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTCGT
* * *
32359 ATGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
325 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCGTA
* * **
32424 ATTGATTTTAAGTTGA-ATTCTTTTACA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATATCTATCT
390 ATTGATTTTAAGTTGAGATT-TTTTACATTTTTTA-TAAAATATATTATAATTGAAT-CCTGCCT
* * * *
32487 C--GAAAAACTGGAAGCAAAAGTTATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTTGCTTAAGTCT
452 CAGGAAAAA-T-GAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCT
* * * * *
32550 TCAAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGATTTTT
515 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
32615 TTAC-ATTTT
579 TTACAATTTT
32624 CAGTTAAAGC
Statistics
Matches: 1165, Mismatches: 232, Indels: 104
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
840 10 0.01
841 7 0.01
842 139 0.12
843 48 0.04
845 4 0.00
846 4 0.00
848 3 0.00
849 4 0.00
850 9 0.01
851 27 0.02
852 274 0.24
853 573 0.49
854 48 0.04
855 15 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (838 bp):
AGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTCATT
TTAAGTTTAGATTTTTTATATTTTTGATTAAAAGATAATATATTGAATGTCTACATCAGGAAACA
TCAAGAAAAAGCCATCCATTCACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCCCATAAGCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTCTAAGCTAAACTTTTTAACATATTT
TGTTAAAATATATTACAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTCGTA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCGTAA
TTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTACATTTTTTATAAAATATATTATAATTGAATCCTGCCTCAGG
AAAAATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAAT
TTTTACTAAAATATATTATAACTGAATGCCTACCTCAAGAAACGTGAAACAAAAGTCATCCATTG
GCAAGCAAAGTCCATTTACAGTCGCTTAAGTCATCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTT
TATAATCTCATAAATCATTTCAAATTGATTCTTTTACATTTTCGATTAAAAAAGATAATAATTGA
ATATCAACATCTAAAAAATTAAGAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAAAATCCATCTAC
Found at i:32002 original size:682 final size:681
Alignment explanation
Indices: 29035--32902 Score: 4794
Period size: 682 Copynumber: 5.6 Consensus size: 681
29025 NNNNNNNNNN
* *
29035 ATATTATAATAGAATGTCTAGCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
29100 CATTTGCAGTCGCTTAATTCTTTGAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
66 CATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* ** * * *
29165 ATTTATTTTAAGTTGATTTTATTTTTACATTGGCGGTTAAAATAGATAATATTTGAATGGCTACA
131 ATTCATTTTAAGTTGA--TT-TTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACA
*
29230 TTAGGAAACGTTAAGAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTT
193 TTAGGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTT
** * * *
29295 CGAAAGTGTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAA-CTATATAATTGACTTTAAGTTGAGCTTT
258 CGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCT-TGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTT
* * *
29359 TTTATATTTTTTGTTAAAACATTTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAATGTGAAGC-AAAGCT
322 TTTATATTTTTTGTTAAAATATTTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCC
* **********
29423 ATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGNNNNNNNNNNTGCTCGCTTTA
387 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAACCTTACTGCTCGCTTTA
*
29488 AATGATTTTATGACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTACTAAAATATAT
452 AATG-TTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTACTAAAATATAT
* *
29553 TATAATTGAATGTATGCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGTCCTCCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
516 TATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
* *
29618 TATAGTTGCTTAAGTCTTCGGAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
581 TATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
29683 ATTTTAAGTAGATTTGTTTTACATTTTTTACTAAAAT
646 ATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA-TTTTTATTAAAAT
* ** * *
29720 ATATTATAATGGAATGTCTGTCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGACAATAAAAGTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
29785 TATTTACAGTCGCTTAATTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATGGCTTTATTAGTCGATT
66 CATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTTATTA--C--------T--C------A----ATT
*** **
29850 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTGCTTTAAGTTGATTTTATTTTTATGTTTTCAGTTAAAAC
109 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGA--TT-TTTTTACATTTTCAGTTAAAAC
* * * * *
29915 AGATAATATTTGAATGTCTACATTGGGAAACGTTAAGAAAATGTCGTTCATTCGCAAGAAGAGTC
171 AGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAGAGTC
* * * * * * *
29980 CATCTATAGTTACTCATGCCTTTGAAAGCCTTTTTGCTCACTTTAAATGATTTTATAACCATATA
236 CATCTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTGTA
*
30045 ATTGACTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATTTTATAATTGAATGTCTGCTTC
301 ATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATTTTATAATTGAATGTCTGCTTC
* * * * *
30110 AGGAAACATGTAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTG
366 AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCG
* * * * * * *
30175 AAAGCCTTATTGATCGCTTTAAATAATTTTGTAACCCCGCAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTT
431 AAAACCTTACTGCTCGCTTTAAAT-GTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTT
* * * *
30240 ATATTTTTTACCAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAATCCTC
495 ATATTTTTTACTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGTCATC
* * * * * * **
30305 CATTGGTAAGAAAAGTCTACTGATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCATATTCTTAACTTTAAAT
560 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAAT
*
30370 GGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTATATTAAAAT
625 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTT-TATTAAAAT
* * * * * *
30428 ATATTCTAATAGAATATCTACCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAATTATCCATTGGCAAGAAAAGTG
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
30493 CATTTACAGTTGCTTAAGTCTTC-AAATGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
66 CATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA-GCTTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * *
30557 AATTTATTTTAAGTTGATTTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACGGATAATATTTGAATGTCTACAT
130 AATTCATTTTAAGTTGATTTTT-TTACATTTTCAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACAT
* * * * *
30622 TAGGAAACATCAAGAAAAAGCTATTCACTCCCAAGAAGAGTCCATCTATAATTACCCATGCCTTC
194 TAGGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTTC
* * * *
30687 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTTGTAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTT
259 GAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTT
* * *
30752 TATA-TTTTTGTTAAAATATTTTATAATTGACTCTTTGCTTCAGGAAA-GTTGAAGCAAAAGCCA
324 TATATTTTTTGTTAAAATATTTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACG-TGAAGCAAAAGCCA
* * * * * *
30815 TCCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTGAGTCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTATAA
388 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAACCTTACTGCTCGCTTTAA
* *
30880 ATGATTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAGCGTTTTTATATTTTTTGCTAAAATATATT
453 ATG-TTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTACTAAAATATATT
* * * * **
30945 ATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGCGAAGTCCATTT
517 ATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
* * ** * * *
31010 ATAGTTGCTTAAGTCATCGAAAGCCTTATTCCTTACTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAAATGA
582 ATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * *
31075 -TTTAAATTGGATTCTTTTATATTTTTATTAAAAT
647 TTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTATTAAAAT
* * ** * * ** *
31109 TTATTATAATTGAATGTCAACCTCA-AAAAATTAGAAGTAAAAGTTATCCTTTGATAAGAAAAAT
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGT-GAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGT
*
31173 TCATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
65 CCATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* *
31238 AATTCATTTTAAGTTGATTTTTTATATATTTTCGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACAT
130 AATTCATTTTAAGTTGATTTTTT-TACATTTTCAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACAT
* * * * *
31303 CAGGAAACATCAAGAAAAAGCCATTTATTCACAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCCATACCTTC
194 TAGGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTTC
* * *
31368 GAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTGTAATTGATTTTAAGCTGAGCTTTTT
259 GAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTT
* * * * * * * * *
31433 AACATTTTTTGTTAAAATATCTTACATTTGAATGTCTGTTTTAGGAAAGGTGAAGAAAAAGCCAT
324 TATATTTTTTGTTAAAATATTTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCAT
* * *
31498 CCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAACATTACTGCTTGCTTTAAA
389 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAACCTTACTGCTCGCTTTAAA
* *
31563 TAGTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAGCGTTTTTACATTTTTTACTAAAATATATTA
454 T-GTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTACTAAAATATATTA
* * * * * *
31628 TAAGTGAATGCCTGCCTCAGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTA
518 TAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
*
31693 TAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
583 TAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
31758 TTTAAGTTGAATTCTTTTACAATTTTTATTAAAAT
648 TTTAAGTTGAATTCTTTTAC-ATTTTTATTAAAAT
* * * **
31793 ATATTATAATTGAATGCCTACCTTAGAAAACGTGAAACAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAATTTC
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* **
31858 CATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGTTTTATTACTTGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
66 CATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
** * * * *
31923 ATTCATTTCGAGTTGATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAAAAGATAATATTTGATTATCTACATCT
131 ATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACAT-T
* * *
31988 -GG-AACGTTAAGAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACTCATGCCTTCA
195 AGGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTTCG
* * * * *
32051 AAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTTAGGTTTTTT
260 AAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTT
* ** * *
32116 ATATTTTTTATTAAAATATAATATAATTGAATGTCTGCTTGAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATC
325 ATATTTTTTGTTAAAATATTTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * *
32181 CGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTC-AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
390 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAA-CCTTACTGCTCGCTTTAAA
* * * * * ** * * **
32245 TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTTGTTAAAATATATTA
454 T-GTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTACTAAAATATATTA
* * * * * * * * *
32310 TAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTCGTATGAAAAGTCCATTTA
518 TAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
32375 TAGTCGCTTAAG---T-------CTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
583 TAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
32430 TTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTATTAAAAT
648 TTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTATTAAAAT
* * * *
32464 ATATTATAATTAAATATCTATCTC-GAAAAAC-TGGAAGCAAAAGTTATCCATTGGTAAGAAAAG
1 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-AAAACGT-GAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAG
* * *
32527 TCCATTTACAGTTGCTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCA
64 TCCATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* *
32592 TAATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAGCAGATAATATTTAAATGTCTACA-
129 TAATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACAT
* * * * *
32656 TCGAGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTCGTAAGAAGGGTCTATCTATAGTTACCCATGGCTT
194 TAG-GAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTT
* *
32721 CGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTGCAATTGATTTTAAGTTGAACTTTT
258 CGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTT
* * * * * * * **
32786 TTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTAAAGAAAAAGTTA
323 TTATATTTTTTGTTAAAATATTTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCA
* * * *
32851 TCCATTGTCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTA
388 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAACCTTA
32903 T
Statistics
Matches: 2766, Mismatches: 370, Indels: 107
0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
669 1 0.00
670 3 0.00
671 180 0.07
672 267 0.10
673 3 0.00
679 1 0.00
680 6 0.00
681 291 0.11
682 645 0.23
683 335 0.12
684 293 0.11
685 97 0.04
686 38 0.01
687 1 0.00
695 1 0.00
696 1 0.00
697 1 0.00
698 1 0.00
703 1 0.00
706 1 0.00
707 256 0.09
708 343 0.12
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (681 bp):
ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
ATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTA
GGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTTCGA
AAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTA
TATTTTTTGTTAAAATATTTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAACCTTACTGCTCGCTTTAAATG
TTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTATATTTTTTACTAAAATATATTATAA
TTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTGAATTCTTTTACATTTTTATTAAAAT
Done.