Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398526.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1818.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18243
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.09, T:0.26
Warning! 5501 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:358 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2423 Score: 2528
Period size: 171 Copynumber: 14.2 Consensus size: 171
* * *
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTATTTTAGATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * * * * **
66 TTAGTTAAAAAAGACTATAATTAAACGTTTATCTCAAGAAA-AGTGAAG-AAAAAGCATTCATTG
66 TTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACA-TGAAGAAAAAAGCATTCATTG
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
* * *
171 TTATCACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAGATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * * * *
236 TTCGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAGATAAAGAAAAAAGTATTCATTGG
66 TTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
* **
301 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTTGTTCAAAAGCC
131 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
* * *
342 TCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAGATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * * * * *
407 TT-GATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA-CAAGGAAAGATGTATTCATT
66 TTCG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAAGCATTCATT
** * * * * *
470 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAGAAGGC
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
513 TTATTACTCGCTTTCAATAGTTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTATGTTGAA-TTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * * * ** * *
577 TTAGTTAAAACAGGCTATAGTTGAATATTGGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAATGACATTCACTG
66 TTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTG
* *
641 GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCCATCAAAAGCC
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCC
* *** * * *
683 ATATTACTCGCTTTAAATAACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTCTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * * * ** * * * *
748 TCCATTAAAACAGACTATAATTGGATGCTTACCTCAAGAAACGTGTAG-AAAAAGCCGTTCACTG
66 TTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTG
* * * * * *
812 AG-AAAAAAAGTCCATTTCTAGTCACCAATTCCTTCAAAGGTC
130 -GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
854 GTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * * * *
919 TTAC-TTAAAACTGACTGTAATTGAATATTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAACAAGCATTCATTG
66 TT-CGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG
* *
983 GCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCC
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
1025 TTATTACTCACTGTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATATTTTTAAATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATT
* * ** ** * * * *
1089 TTTGGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACGTGAGGAAACAAGCATTCATTG
65 TTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG
** *
1154 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TAACC-ATTCCTTCAAAAGGC
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT--CCTATTCCTTCAAAAGCC
* *
1196 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAGATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * ** *
1261 TTAGTTAAAAGAGACTATAATTGAATG-TTAGCCTAAAGAAATATGAAG-AAAAAGCATTCATTG
66 TTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG
** * *
1324 GCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAATAGCC
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
* *
1366 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * ** * *
1431 TTCATTAAAACA-AATAGTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAAGTATTCATTG
66 TTCGTTAAAACAGACTA-TAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG
*
1495 GCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
1537 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTGAGCTGAATTTTTTTAGATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * * * * *
1602 TTTGTTAAAACAGACTATAATTGCATGTCTACCTTGAGAAATA-CAAGGAAACAAGCATTCATTA
66 TTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAAGCATTCATT-
** * * *** **
1666 ATC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCCGCAGGT
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
1708 TTATTGCTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTT-GCAA
1 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAG-AT
* * * *
1771 TTTTAGTTGAAATA-AG-CTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCA
64 TTTTCGTT-AAA-ACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
* * ** * * *
1833 CTGGCAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCC
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * * ** * * *
1878 ATATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACCTGAATTCTTGTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * * *
1943 TTCATTAAAACAGACTATAATTGGATGCTTACCTT-AGGAAACATGCAG-AAAAAGCCATTCATT
66 TTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATT
* *
2006 GAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCC
129 G-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
* * ** * *
2049 TCATTACTCGCTTTACAGGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTAGATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * * ** * * * *
2114 TT-ATTAAAACAGGCAATAATTG-ATGTTTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAGTATTCATTGA
66 TTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
* * *
2177 CAGGAAAAGTCTATTTATAGTCTCGTATTCCTTCAAAAGCC
131 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
2218 TTATTACTCGCTTTATATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * * * ** * *
2283 TTGGTTAAAACAGACTATATTTGAATGTCTATCTCAAGAAACATGAA-AAAACAGGCATTTATTG
66 TTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AAGCATTCATTG
** * * *
2347 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAATGCT
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
*
2389 TTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
1 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATA
2424 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1873, Mismatches: 333, Indels: 93
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 135 0.07
170 547 0.29
171 1167 0.62
172 22 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
TTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
Found at i:628 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1--2423 Score: 2541
Period size: 341 Copynumber: 7.1 Consensus size: 337
* * *
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTATTTTAGATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * * * * * *
66 TTAGTTAAAAAAGACTATAATTAAACGTTTATCTCAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGCATTCATTGG
66 TTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA--GAAGAAAAAGCATTCATTGA
* * * *
130 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATTGTTTT
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * *
195 ATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAGATTTTTCGTTAAAATAGACAATAATTGA
193 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * *
260 ATGTTTACCTTGAGAAAGATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTC
257 ATG-TTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
**
325 CTATTTGTTCAAAAGCC
321 CTATTCCTTCAAAAGCC
* * *
342 TCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAGATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * *
407 TTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACACAAGGAAAGATGTATTCATTGA
66 TT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAGAA-GAAA-AAGCATTCATTGA
* * * * *
472 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAGAAGGCTTATTACTCGCTTTCAATAGTTTT
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * *
537 AGAATCTCAAAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAGTTGAA
193 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * *
602 TATTGGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAATGACATTCACTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCT-
258 TGTT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
*
665 CTCATTCCATCAAAAGCC
321 CT-ATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
683 ATATTACTCGCTTTAAATAACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTCTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * * * * * *
748 TCCATTAAAACAGACTATAATTGGATG-CTTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCCGTTCACTG
66 T-TATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAAC-AGAAGAAAAAG-CATTCATTG
* * * * * * *
812 AGAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCACCAATTCCTTCAAAGGTCGTATTACTCGCTTTAAA-ATGTT
127 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTT
* * * *
876 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTACATTTTTACTTAAAACTGACTGTAATT
191 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
* * * *
941 GAATATTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTC
255 GAAT-GTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
1006 TCTTATTCCTTCAAAAGCC
319 TCCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
1025 TTATTACTCACTGTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATATTTTTAAATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * ** * * *
1090 TTGGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACGTGAGGAAACAAGCATTCATTGA
66 TT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-AGAAGAAA-AAGCATTCATTGA
* * * * *
1155 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * *
1220 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAAGAGACTATAATTGA
193 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
** * **
1285 ATGTTAGCCTAAAGAAATATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTC
257 ATGTTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
* *
1349 TTATTCCTTCAATAGCC
321 CTATTCCTTCAAAAGCC
* *
1366 TTATTACTCACTTTAAATTG-TTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATT
1 TTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATT
* * * * *
1430 TTTCATTAAAACA-AATAGTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA-TGTAAAGAAAAAAGTATTCAT
65 TTT-ATTAAAACAGACTA-TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAG--AAG-AAAAAGCATTCAT
* * * *
1493 TGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
125 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * *
1558 TTTATAATCTAATAATTGATTTTGAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTTGTTAAAACAGACTATAAT
190 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * **
1623 TGCATGTCTACCTTGAGAAATA-CAAGGAAACAAGCATTCATTAATC-AGAAAAGTCCATTTATA
254 TGAATGT-TACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAAGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *** **
1686 GTCACCCATTCCTTCCGCAGGT
316 GTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
1708 TTATTGCTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTT-GCAA
1 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAG-AT
* * * *
1771 TTTTAGTTGAAATA-AG-CTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGCATTCAC
64 TTTTA-TT-AAA-ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA-GAAGAAAAAGCATTCAT
* * ** * * * *
1834 TGGCAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCATATTACTAGCTTTAAATGGT
125 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* ** *
1899 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAACCTGAATTCTTGTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAA
190 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAA
* *
1963 TTGGATGCTTACCTT-AGGAAACATGCAG-AAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTA
253 TTGAATG-TTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTA
* *
2025 TAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCC
314 TAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
2049 TCATTACTCGCTTTACAGGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTAGATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
* * * * *
2114 TTATTAAAACAGGCAATAATTG-ATGTTTACCTCAAGAAAC-GTAAAGAAAAAAGTATTCATTGA
66 TTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAG--AAG-AAAAAGCATTCATTGA
* * * ** *
2177 CAGGAAAAGTCTATTTATAGTCTCGTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATAGTTTT
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * *
2242 ATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATATTTGA
193 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* ** * * **
2307 ATGTCTATCTCAAGAAACATGAA-AAAACAGGCATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
257 ATGT-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
* * *
2371 CTTATTCCTTCAAATGCT
320 CCTATTCCTTCAAAAGCC
*
2389 TTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
1 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
2424 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1740, Mismatches: 280, Indels: 125
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 1 0.00
339 26 0.01
340 245 0.14
341 894 0.51
342 551 0.32
343 20 0.01
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTT
TTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAGAAGAAAAAGCATTCATTGACAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATT
CCTTCAAAAGCC
Found at i:981 original size:512 final size:504
Alignment explanation
Indices: 1--2423 Score: 2521
Period size: 512 Copynumber: 4.7 Consensus size: 504
* *
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTATTTTAGATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAGATTT
* * * * * * *
66 TTAGTTAAAAAAGACTATAATTAAACGTTTATCTCAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGCATTCATTGG
65 TTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATG-TTACCTCGAGAAACA-TGAAGAAAAAGCATTCATTGA
* *
130 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATTGTTTT
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * *
195 ATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAGATTTTTCGTTAAAATAGACAATAATTGA
192 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
** * * *
260 ATGTTTACCTTGAGAAAGATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTC
256 ATG-TTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTC
** *
325 CTATTTGTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
319 CTATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * **
389 CTGAATTTTTTTAGATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-ACAA
382 CTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACTTGAA
* * * * * * *
453 GGAAAGATGTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAGAAGGC
447 -GAAA-AAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
513 TTATTACTCGCTTTCAATAGTTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTACATTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAGATTTT
* * * * * * *
578 TAGTTAAAACAGGCTATAGTTGAATATTGGCCTTGAGAAACATGAAGAAAATGACATTCACTGGC
66 TAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTT-ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGAC
* * * **
643 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCATCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAACTTTA
129 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * *
708 TAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTCTTTTACATTTTCCATTAAAACAGACTATAATTGGA
193 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-CATTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * * *
773 TGCTTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCCGTTCACTGAG-AAAAAAAGTCCATTTCTAGTCAC
257 TG-TTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTC
* * * *
837 CAATTCCTTCAAAGGTCGTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
319 CTATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGC
* * * * *
902 TCAATTGTTTTACATTTTT-ACTTAAAACTGACTGTAATTGAATATTTACCTTGAGAAACTTGAA
383 TGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACTTGAA
* * * *
966 GAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCC
447 GAAA-AAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
1025 TTATTACTCACTGTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATATTTTTAAATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAGATT
* * * * * *
1089 TTTGGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACGTGAGGAAACAAGCATTCATTG
64 TTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATG-TTACCTCGAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTG
* * *
1154 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TAACCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
127 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT--CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * * *
1218 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAAGAGACTATAATT
190 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCA-TTAAAACAGACTATAATT
* * *
1283 GAATGTTAGCCTAAAGAAATATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCT
254 GAATGTTA-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT
* * * * *
1348 CTTATTCCTTCAATAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAG
318 CCTATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
1413 TTGAATTTTTTTAGATTTTTCATTAAAACA-AATAGTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA-TGTA
382 CTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTA-TAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT-TG
* * * *
1476 AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
445 AAG-AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCC
* * *
1537 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTGAGCTGAATTTTTTTAGATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAGATTT
* * * * * * *
1602 TTTGTTAAAACAGACTATAATTGCATGTCTACCTTGAGAAATA-CAAGGAAACAAGCATTCATTA
65 TTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGT-TACCTCGAGAAACATGAA-GAAA-AAGCATTCATTG
* *** ** * *
1666 ATC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCCGCAGGTTTATTGCTCACTTTAAATTA-T
127 A-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGT
*
1729 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTTGCAATTTT-AGTTGAAATA-AG-CTA
189 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAC-ATTTTCA-TT-AAA-ACAGACTA
* ** * * * *
1790 TAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTTTATTTAT
249 TAATTGAATGT-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * * *
1855 AGTCACCCATTACTTCAAAAGCCATATTACTAGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAT
313 AGTCTCCTATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
1919 TTTAACCTGAATTCTTGTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGGATGCTTACCTT-AGGAA
376 TTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAA
* * * *
1983 ACATGCAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGC
440 ACTTGAAGAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
2048 C
504 C
* * ** * *
2049 TCATTACTCGCTTTACAGGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTAGATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTAGATTT
* * * * *
2114 TTA-TTAAAACAGGCAATAATTG-ATGTTTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAGTATTCATTGA
65 TTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATG-TTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGA
* * * *
2177 CAGGAAAAGTCTATTTATAGTCTCGTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATAGTTTT
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * ** *
2242 ATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATATTTGA
192 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
* * ** *
2307 ATGTCTATCTCAAGAAACATGAA-AAAACAGGCATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
256 ATGT-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAA-A-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT
* * * *
2371 CTTATTCCTTCAAATGCTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
318 CCTATTCCTTCAAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATA
2424 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1587, Mismatches: 267, Indels: 115
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 14 0.01
510 139 0.09
511 167 0.11
512 1043 0.66
513 218 0.14
514 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (504 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAGATTTT
TAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCC
TTCAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTT
TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGCA
TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCC
Found at i:3631 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3301--4599 Score: 1305
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 169
3291 NNNNNNNNNN
* *
3301 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAACGCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATTA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAA
* * * *
3365 TCTCATAAATGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATATTTAAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * *
3429 TTTACCTCAA-AAAAAGTGAAAAAACAAGCATTCATTGGTAAGA
129 TTTACCTCAAGAAACA-TG-AAGAA-AAGCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * *
3472 AAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCGAAAGGATTATTACCCGCTTTAATTTGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* ** * * * *
3537 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTGTTTTTTCAGTTTTAGTTAAAACAGGCTATATTTGAATG
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-AT-TTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * *
3602 TTTATCTCAAGAAACCTGAAGAAAAGCATTCATTAGCAAGA
129 TTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
3643 GAAGTCCATTTATAATCAC-CTATTCCTTCAAAAAGATTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* *
3707 TCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATATTTTTAGATTTTTGGTTGAAACAGACTATAATTGATTG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** * *
3771 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAAAA
129 TTTACCTCAAGAAACATGAAG--AAAAGCATTCATTGG-CAAGA
*
3815 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * *
3880 CTCATAATTGATTTTAAGTT-AACTTTTTTTAGATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATGGAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * *
3944 TTACCACAAGAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
130 TTACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* ** * **
3985 AAAGTCCATTTACAGTCTTTAATT-CTGTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT-TCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATA
* * * *
4048 ATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTAGATTTTTTGTTAAAACAAACAATAATTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
** * *
4113 TTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGA
129 TTTACCTCAAGAAACATGAAG--AAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * *
4156 AAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTTCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATAATTTTGTAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
*** * * *
4221 CTCATAATTGATTTTAAGCAAAAATTTTTTAGATTTTTGGCTAAAACAAACTATAATTGAATGTC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
** * * ** *
4286 TACCTTGAGAAATACAAGGAA-ACAAGCATTCATTGATAAAAA
131 TACCTCAAG-AA-AC-ATGAAGAAAAGCATTCATTG-GCAAGA
* *
4328 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTGAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * *
4392 CTTATAATTGATTTTACGTT-AAATTGTTTTATATTTTTTTGTTAAAACA-AGCTATAGTTGAAT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTTTAGA-TTTTTGGTTAAAACAGA-CTATAATTGAAT
* * * * * * *
4455 GTCTACGTTC-AGAAACATAAAAAAAAAGGCATTCACTAGCAAAA
128 GTTTAC-CTCAAGAAACAT-GAAGAAAA-GCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * *
4499 AAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCATATTACTTGCTTTCAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* *
4564 CTCATAATTGA-TTTAAGCTG-AATTCTTTTACATTTT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTTTAGATTTT
4600 CCATNNNNNN
Statistics
Matches: 950, Mismatches: 146, Indels: 65
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 52 0.05
170 142 0.15
171 449 0.47
172 247 0.26
173 54 0.06
174 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGCATTCATTGGCAAGA
Found at i:4276 original size:513 final size:514
Alignment explanation
Indices: 3301--4585 Score: 1538
Period size: 513 Copynumber: 2.5 Consensus size: 514
3291 NNNNNNNNNN
* * *
3301 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAACGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATTAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
3366 CTCATAAATGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATATTTAAATGTT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATGAAATGTT
* * *
3431 TACCTCAAAAAAAGTGAAAAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATT
131 TACCACAAAAAAAGTGAAAAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTTATT
* ** * *
3496 CCTTCGAAAGGATTATTACCCGCTTTAATTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAG
196 CCTTCAAAAACATTATTACCCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAG
* * ** * * * * *
3561 TTGTTTTTTCAGTTTTAGTTAAAACAGGCTATATTTGAATGTTTATCTCAAGAAACCTGAAGAAA
261 ATGTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAA
* *
3626 AGCATTCATTAGCAAGAGAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAAGATTATTACCCGCT
326 AGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAAGATCATTACCCGCT
* ** * *
3691 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATATTTTTAGATTTTTGGTTGAAACA
391 TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGAAAAATATTTTTAGATTTTTGGCTAAAACA
* * * *
3756 GACTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAAGCATTCATTGGTAAAAA
456 AACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA-CAAGGAAAAAAGCATTCATTGATAAAAA
3815 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3880 CTCATAATTGATTTTAAGTTAACTTTTTTTAGATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATGGAATGTT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATGAAATGTT
* *
3945 TACCACAAGAAACGTGAAAAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCT-TTAAT
131 TACCACAAAAAAAGTGAAAAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTT-AT
* * *
4008 T-CTGTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGA
195 TCCT-TCAAAAACATTATTACCCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * **
4072 A-AT-TTTTTAGATTTTTTGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAAGA
259 AGATGTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATAAAG-
* * * * * * *
4135 AAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTTCTTC-AAAAGCCTCATTAC
323 -AAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAAG-ATCATTAC
* *
4199 TCGCTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGCAAAAAT-TTTTTAGATTTTTGGCT
386 CCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-AAAAATATTTTTAGATTTTTGGCT
* *
4263 AAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATACAAGGAAACAAGCATTCATTGATAAAAA
450 AAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACACAAGGAAAAAAGCATTCATTGATAAAAA
* * *
4328 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTGAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
4392 CTTATAATTGATTTTACGTTAAATTGTTTTATATTTTTTTGTTAAAACA-AGCTATAGTTG-AAT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTTGTTAAAACAGA-CTATA-ATGAAAT
* ** * * * * * * * * *
4455 GTCTACGTTCAGAAACA-T-AAAAAAAAAGGCATTCACTAGCAAAAAAAGACCATTTATAGTCAC
128 GTTTAC-CACAAAAAAAGTGAAAAAACAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTC
** * ** * **
4518 CCATTCCTTCAAAAGTCA-TATTACTTGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAG
191 TTATTCCTTCAAAA-ACATTATTACCCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
*
4581 CTGAA
255 TTGAA
4586 TTCTTTTACA
Statistics
Matches: 661, Mismatches: 94, Indels: 33
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 46 0.07
512 89 0.13
513 305 0.46
514 218 0.33
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (514 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATGAAATGTT
TACCACAAAAAAAGTGAAAAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTTATT
CCTTCAAAAACATTATTACCCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAG
ATGTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAA
AGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAAGATCATTACCCGCT
TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGAAAAATATTTTTAGATTTTTGGCTAAAACA
AACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACACAAGGAAAAAAGCATTCATTGATAAAAA
Found at i:6774 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6323--8256 Score: 1942
Period size: 171 Copynumber: 11.3 Consensus size: 170
6313 NNNNNNNNNN
* * *
6323 AAACAGGCTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAT
1 AAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTAGCAAAAAA
* * * * *
6388 AGACCATTGATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
65 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * *
6453 CATAATTGA-TTTAAGCTGAATTCTTTTATATTTTCCA-TTA
130 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTT-TAGTTA
* * * * * *
6493 AAACAGACTATAATTGAATG-CTTAAC-AG-GAAACGTGCAA-AAAAAGCCGTTCATTGAG-AAG
1 AAACAGGCTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAG-CATTCATT-AGCAAA
* * *
6553 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
62 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
6618 TCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
127 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTA
* * * *
6662 AAACAGGCTGTAGTTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAAAAA
1 AAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTAGCAAAAAA
* * *
6727 AGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
65 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * *
6792 CATAATTGATTTTAAGCTGAATTCTTTTAGATTTTCCA-TTA
130 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTT-TAGTTA
* * * * ** * * * *
6833 AAACAGACTATAATTGGAT-CCTTATCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCAGTGAG-AAGA
1 AAACAGGCTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCA-TTAGCAAAA
* * * * *
6896 AAAGTCCATTTTTAGTCACCAATTCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAAAT-GTTTTATAA
63 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAA
* * *
6960 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTGTTTTACATTTTTAGTTA
127 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTA
* **
7004 AAACAGGCTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATTTGAAGAAACAAGCATTCATT-GACAAAAA
1 AAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTAG-CAAAAA
* * * * * * *
7068 AAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGGCTCATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATC
64 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
** *
7133 TCATAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTA
129 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTA
* * ** *
7175 AAACAGGCTATAATTGAATGTTTA-CTTCAAGAAACGCGAGGAAACAAGCATTCATT-G-ATAAG
1 AAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTAGCA-AA-
* * *
7237 AAAAGTCCATTTATAGTTAACCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
62 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
7302 TCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTCTAGTTA
127 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTA
* * * ** * * * *
7346 AAAGAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCATTCGTTGGCAAGAAAA
1 AAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTAGCAAAAAAA
* * ** ** * *
7411 GTTCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACAAGCTTTAAATTGTTTTATAATGTC
66 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* *
7476 ATAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTAGATTTTTCA-TTA
131 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTT-AGTTA
* * * * * * * * *
7516 AAACA-GATAGTAATTGAATTTTTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGTATTCGTTGGCAAGAA
1 AAACAGGCTA-TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTAGCAAAAA
* ** **
7580 AAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATC
64 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
7645 TCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAGGTTTTTGGTTA
129 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTA
* ** * * *
7687 AAACAGACTATAATTGCTTGCCTATCTTGAGAAACA-CAAGGAAACAAGCATTCATT-G-ATAAG
1 AAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAA-AAGCATTCATTAGCA-AA-
* * * *
7749 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTCAATAGTTTTATAA
62 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
7814 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA
127 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTA
* * *
7858 AAACAGGCTATAGTTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAAAAA
1 AAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTAGCAAAAAA
* ** *
7923 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCAATTTAAATGATTTTATAATCT
65 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * *
7988 CATAATTAATTTTAAGCTGAATTCTTTTACATTTTTCA-TTA
130 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTT-AGTTA
*** * * * * *
8029 AAACAAATTATAATTGGATG-CTTACCTT-AGGAAACGTGTAGAAAAAGCTGTTCATTGAG-AAG
1 AAACAGGCTATAATTGAATGTC-TACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATT-AGCAAA
* * * * * * *
8091 AAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCGAAAGTCTCATTACTCGCTCTACATGGTTTGATAA
62 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*
8156 TCTCATAATTGATTTTAAGTCGTG-TTTTTTTTAGATTTTTCA-TTA
127 TCTCATAATTGATTTTAAGT--TGAATTTTTTTAGATTTTT-AGTTA
* * * * * * *
8201 AAACAGACAATAATTCAATGTTTACCTCT-AGAAACGTAAAGAAAAATGTATTCATT
1 AAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATT
8257 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1470, Mismatches: 242, Indels: 102
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 90 0.06
169 54 0.04
170 183 0.12
171 1055 0.72
172 81 0.06
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTAGCAAAAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTA
Found at i:9676 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9093--9775 Score: 813
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 171
9083 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
9093 AAATTGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTAGATTTTTCGTTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * **
9158 CAATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTAAAGAAAA-AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTAAA
66 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACCT-AAGAAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
*
9222 TTTATAGTCTCATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
130 TTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
*
9264 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTGATTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * *
9329 CTGTAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGC-AAGAAAACAAGCATGCATTGATAAAAAAAGTCTA
66 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC-CTAAGAAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * ** *
9393 TTTATAGTCACCCATTCCCGCAAAAGGCTTATTACTCGCTTT
130 TTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
9435 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGA
* *
9500 CTATAATTGAATATTTACCTTG-GAAAACCTAA-AGAAACAAGCATTCATTTG-CAAGAAAAGTC
66 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACCTAAGA-AAACAAGCATTCA-TTGACAAGAAAAGTC
*
9562 CATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCG-TTT
128 CATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
9605 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACTGG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * *
9670 CTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACGTGAGAAAACAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTTCAT
66 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACCTAAGAAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * *
9735 TTATAGT-TACTCATTTCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTT
131 TTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
9776 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 430, Mismatches: 71, Indels: 22
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 147 0.34
171 274 0.64
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGA
CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACCTAAGAAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Found at i:9761 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 9093--9775 Score: 987
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 342
9083 NNNNNNNNNN
* * * * * *
9093 AAATTGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTAGATTTTTCGTTAAAATAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTTTAGTTAAAACAAA
* * * *
9158 CAATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTAAAT
66 CAATAATTGAATATTTACCTTGAGAAACCTAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTAAAT
*
9223 TTATAGTCTCATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
131 TTATAGTCTCATATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
9288 GATTTTAAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTGATTAAAACAGACTGTAATTAAATGTCTACCTCGAG
196 GATATTAAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCCACCTCGAG
9353 AAACGCAAGAAAACAAGCATGCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCCGCAAAA
261 AAACGCAAGAAAACAAGCATGCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCCGCAAAA
9418 GGCTTATTACTCGCTTT
326 GGCTTATTACTCGCTTT
*
9435 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTCTACATTTTTAGTTAAAACAA
* * * **
9499 ACTATAATTGAATATTTACCTTG-GAAAACCTAAAGAAACAAGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCC
65 ACAATAATTGAATATTTACCTTGAG-AAACCTAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTAA
*
9563 ATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
129 ATTTATAGTCTCATATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
9627 TTGATATTAAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACTGGCTATAATTGAATGTCCACCTTG
194 TTGATATTAAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCCACCTCG
** * * * * * ***
9692 AGAAACGTGAGAAAACAAGCATTCATTGATAAGAAAAGT-TCATTTATAGTTACTCATTTCTTTA
259 AGAAACGCAAGAAAACAAGCATGCATTGATAAAAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCCGCA
9756 AAAGGCTTATTACTCGCTTT
323 AAAGGCTTATTACTCGCTTT
9776 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 36, Indels: 7
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 155 0.51
342 143 0.47
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTTTAGTTAAAACAAA
CAATAATTGAATATTTACCTTGAGAAACCTAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTAAAT
TTATAGTCTCATATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATATTAAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCCACCTCGAG
AAACGCAAGAAAACAAGCATGCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCCGCAAAA
GGCTTATTACTCGCTTT
Found at i:13027 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12560--13756 Score: 1135
Period size: 171 Copynumber: 7.0 Consensus size: 171
12550 NNNNNNNNNC
* * * * **
12560 TGAATTTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGGATG-CTTACCTCGCGAAACGCG
1 TGAA-TTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATG
* * * * * * ** *
12623 TAGAAAAAGCCGTTCATTGAG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACAAATTCATTCAAAAGCCTTA
63 AAGAAAAAGGCATTCACTG-GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
12687 TTTCTCGCTTTACATGATTTTTCTATAATCTCATAATTGATTTTC-AGT
127 TTACTCGCTTTAAAT-A-GTTT-TATAATCTCATAATTGA-TTTCAAGT
* * * * * * *
12735 TGAGTTTTTTTTTAGATTTTTCA-TTAAAACA-GATAATAATTCAATGTTTACCTCGAGAAACGT
1 TGA--ATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGGCT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * * * ** *
12798 AAAGAAAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCGTATTCCTTCAAAAGCCTCA
62 GAAGAAAAAGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
*
12863 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTCAAGT
127 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGT
* * *
12908 TGAATTTTCTTACATTTTT-GATTAAAACAGGCTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAA
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * * * *
12972 GAAAAAGGCATTCACTAGCAAAAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCATATTA
65 GAAAAAGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
13037 CTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
130 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGT
* * * * * * * * * *
13079 TGAAGTCTTTTATATTTTGAATTAAAACAGACTATAATTGGATGTTTATCTTG-GAAAACATGTA
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAA
* * * * * * *
13143 GAAAAAGCCATTCACT-G-ATAAAAGAGTCAATTTCTGGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTTTT
65 GAAAAAGGCATTCACTGGCA-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
13206 ACTCGCTTAAAATTGTTTTATAATCTCATAAGTAATTTTAAGT
129 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGT
** * * * * * * *
13249 TGAATTGCTTCACATTTTTACTTAAAACAGCCTATAATTGAATGTCTAACTTGAAAAACCTTAAG
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* * * * *
13314 AAACAA-GCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCGAAAGCCTCATTA
66 AAA-AAGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* *
13378 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTC-AGC
130 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTCAAGT
* * ** * * * **
13420 TGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAATATACTATAATTGAATGTTTACATCGAGAAAGGT-AAG
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-
* *** * * *
13484 GAAACAA-GCATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGACTTATT
65 GAAA-AAGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
*
13548 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
129 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGT
* * *
13591 TGATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCAATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* * * * * *
13656 AAAAAGGTATTCACTGGCAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCATATTAT
66 AAAAAGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*
13721 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
131 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
13757 TAAGCTAAAT
Statistics
Matches: 836, Mismatches: 165, Indels: 46
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 140 0.17
171 541 0.65
172 12 0.01
173 22 0.03
174 3 0.00
175 6 0.01
176 111 0.13
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
AAAAAGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGT
Found at i:13253 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 12560--13762 Score: 1255
Period size: 341 Copynumber: 3.5 Consensus size: 342
12550 NNNNNNNNNC
* * * * * * **
12560 TGAATTTTTTTTACATTTTT-CATTAAAACAGACTATAATTGGATG-CTTACCTCGCGAAACGCG
1 TGAA-TTTTCTTACATTTTTAC-TTAAAACAGGCTATAGTTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATG
* * * * * * * ** * *
12623 TAGAAAAAGCCGTTCATTGAG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACAAATTCATTCAAAAGCCTTA
63 AAGAAAAAGGCATTCACTG-GCAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCATA
* * * * * *
12687 TTTCTCGCTTTACATGATTTTTCTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTG-AGTTTTTTTTTAGA
127 TTACTCGCTTTAAATG--GTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAAG---TCTTTTAGA
** * * * * * *
12751 TTTTTCATTAAAACAGA-TAATAATTCAATGTTTACCTCGAGAAACGTAAAGAAA-ATGGCATTC
186 TTTTGAATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTTTACATCGAAAAAGGTAAGGAAACA-AGCATTC
* *** * * ** *
12814 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCGTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATA
249 ACTAATAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* *
12879 GTTTTATATTCTCATAATTGATTTCAAGT
314 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
*
12908 TGAATTTTCTTACATTTTTGA-TTAAAACAGGCTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAA
1 TGAATTTTCTTACATTTTT-ACTTAAAACAGGCTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* *
12972 GAAAAAGGCATTCACTAGCAAAAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCATATTA
65 GAAAAAGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCATATTA
* * *
13037 CTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTCTTTTATATTTTGAATT
130 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAAGTCTTTTAGATTTTGAATT
* * * * *
13102 AAAACAGACTATAATTGGATGTTTATCTTGGAAAACATGT-A-GAAA-AAGCCATTCACTGATAA
195 AAAACAGACTATAATTGAATGTTTA-CATCGAAAA-AGGTAAGGAAACAAG-CATTCACTAATAA
* * * * * *
13164 -AAGAGTCAATTTCTGGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTAAAATTGTTTTATA
257 GAAAAGTCAATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* *
13228 ATCTCATAAGTAATTTTAAGT
322 ATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
13249 TGAA-TTGCTTCACATTTTTACTTAAAACAGCCTATAATTGAATGTCTAACTTGAAAAACCTTAA
1 TGAATTTTCTT-ACATTTTTACTTAAAACAGGCTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * * * * *
13313 GAAACAA-GCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCGAAAGCC-TCAT
65 GAAA-AAGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCAT-AT
* * * * *
13376 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGCTGAATTTTTTTAGATTTTTAG
128 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAAGTCTTTTAGATTTTGAA
* * * *
13441 TTAAAATATACTATAATTGAATGTTTACATCGAGAAAGGTAAGGAAACAAGCATTCATTAATAAG
193 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACATCGAAAAAGGTAAGGAAACAAGCATTCACTAATAAG
* * * *
13506 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
258 AAAAGTCAATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
13571 TCTCATAATTGATTTTAAGT
323 TCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
13591 TGATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCAATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
1 TGAATTTTCTTACATTTTTACTTAAAACAGGCTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* * *
13656 AAAAAGGTATTCACTGGCAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCATATTAT
66 AAAAAGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCATATTAC
* *
13721 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCT
131 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCT
13763 AAATTCTAAC
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 122, Indels: 46
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 14 0.02
341 267 0.37
342 267 0.37
343 13 0.02
344 29 0.04
345 5 0.01
346 1 0.00
347 109 0.15
348 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
TGAATTTTCTTACATTTTTACTTAAAACAGGCTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
AAAAAGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCATATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAAGTCTTTTAGATTTTGAATTA
AAACAGACTATAATTGAATGTTTACATCGAAAAAGGTAAGGAAACAAGCATTCACTAATAAGAAA
AGTCAATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGT
Found at i:14729 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 14395--14733 Score: 384
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 169
14385 NNNNNNNNNN
* * * * * *
14395 TACTCGCTTTAAATTATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAGATTTTTTAT
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTACATTTTTCAT
* * * *
14460 TAAAACTAACAATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCTAGA
66 TAAAACTAACAATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACAT-AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
**
14525 AAAGTCCATTTATAGTCTATTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
130 AAAGTCCATTTATAGTCTAAAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
14565 TACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTAACATTTTTC
1 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAA-TTTTTT-ACATTTTTC
* * *
14630 ATTAAAAC-AGACTATAATTGGATGCTTACCTT-AGGAAATGCAT-AG-AAAAAGCCGTTCATTG
64 ATTAAAACTA-ACAATAATTGAATGCTTACCTTGA-GAAA--CATAAGAAAAAAG-CATTCATTG
*
14691 AG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACAAATTCTTTCAAAAGCCT
124 -GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTA-AAATTCCTTCAAAAGCCT
14734 CATTNNNNNN
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 18, Indels: 16
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 42 0.30
171 15 0.11
172 81 0.57
173 1 0.01
174 3 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTACATTTTTCAT
TAAAACTAACAATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACATAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCTAAAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
Found at i:17142 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16860--17444 Score: 495
Period size: 169 Copynumber: 3.5 Consensus size: 169
16850 AAACCACCCT
* * * * *
16860 ATAATTGAATG-TCTACCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATCCACTGAGAAAAAAAGTCCAT
1 ATAATTGAATGCT-TACC-TCGAG-AACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
16923 TTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCATATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCAT-ATAAT
63 TTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCACATTACTCGCTTT-AATGGTTTTATAATC-TCATAAT
*
16987 TTATTTTAAGCTGAAGTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT-
126 TGATTTTAAGCTGAAGTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG-CTA
* * ** *
17031 ATAATTG-ATGCTTACCT-TAGGAAACGTGTAG-AAAAAGCCGTTCATTGAGAAGAAAAGTCCAT
1 ATAATTGAATGCTTACCTCGA-G-AACATAAAGAAAAAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAT
* * *
17093 CTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCGCATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATGATT
63 TTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCACATTACTCGCTTTA-ATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
17158 GATTTTAAGTTG-AGTTTTTTATATTTTTCATTAAAAGAGGTA
127 GATTTTAAGCTGAAGTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGCTA
* * *
17200 ATATTTGAATGTTTACCTCGAGAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTT
1 ATAATTGAATGCTTACCTCGAGAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
17264 ATAGTCTCCTATTCATTCAAAAGCCTCACTAGTCG-TTATAATTGGTTTTATAATCTCATAAATG
65 ATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCACATTACTCGCTT-TAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *
17328 ATTTTAAGCTGAA--TTTTT---TTTTT-GTTAAAATAGACT-
128 ATTTTAAGCTGAAGTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG-CTA
* * * * * ** * * *
17364 ATAATTGAATGTTTGCATCGAGAAACGTAAGGAACCAAGCATTCATTGATAAAAAAAGTCTATTT
1 ATAATTGAATGCTTACCTCGAG-AACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTT
17429 ATAGTCACTC-ATTCCT
65 ATAGTCAC-CAATTCCT
17445 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 344, Mismatches: 53, Indels: 40
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 27 0.08
165 53 0.15
166 1 0.00
168 10 0.03
169 128 0.37
170 116 0.34
171 9 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ATAATTGAATGCTTACCTCGAGAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCACATTACTCGCTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGCTGAAGTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGCTA
Found at i:17269 original size:169 final size:166
Alignment explanation
Indices: 16664--17444 Score: 548
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 166
16654 NNNNNNNNNN
* * *
16664 TTTAGATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACATCGAGAAACAT-AAGAAAATAA
1 TTTATATTTTTCA-TTAAAAGAG-CTATAATTGAATGTTTACCT-GAGAAACATAAAGAAAA-AA
* ** * * **
16727 GCATTCATTGATAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACCTTTTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTT
62 GCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCACATTACTCGCTT
* ****************
16792 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNT
126 T-AATGGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTTAAGCTGAGTTT
** * * * *
16835 TTTATATTTTT-AGTTAAACCACCCTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGG
1 TTTATATTTTTCA-TTAAAAGA-GCTATAATTGAATGTTTACC-TGAGAAACATAAAGAAAAAAG
* * * * * *
16899 CATCCACTGAGAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCATATTACTAGCTTT
63 CATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCACATTACTCGCTTT
*
16964 AAATGGTTTTATAATCAT-ATAATTTATTTTAAGCTGAAGTTT
127 -AATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGCTG-AGTTT
* * * * * **
17006 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTG-ATGCTTACCTTAGGAAACGTGTAG-AAAAAGC
1 TTTATATTTTTCATTAAAAGAG-CTATAATTGAATGTTTACCTGA-GAAACATAAAGAAAAAAG-
* * * *
17069 CGTTCATTGAGAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCGCATTACTCGCTTT
63 CATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCACATTACTCGCTTT
* *
17134 ACATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAGTTT
127 A-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAGTTT
* *
17175 TTTATATTTTTCATTAAAAGAGGTAATATTTGAATGTTTACCTCGAG-AACATAAAGAAAAAAGC
1 TTTATATTTTTCATTAAAAGAGCT-ATAATTGAATGTTTACCT-GAGAAACATAAAGAAAAAAGC
* * * * * * *
17239 ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCATTCAAAAGCCTCACTAGTCG-TTA
64 ATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCACATTACTCGCTT-
* *
17302 TAATTGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGCTGAATTT
126 TAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAGTTT
* * * * **
17344 TTT-T-TTTGTT-A--AAATAGA-CTATAATTGAATGTTTGCATCGAGAAACGTAAGGAACCAAG
1 TTTATATTT-TTCATTAAA-AGAGCTATAATTGAATGTTTACCT-GAGAAACATAAAGAAAAAAG
* *
17403 CATTCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCT
63 CATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCT
17445 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 89, Indels: 56
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 19 0.04
165 51 0.10
166 4 0.01
167 4 0.01
168 8 0.02
169 137 0.28
170 113 0.23
171 148 0.30
172 12 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (166 bp):
TTTATATTTTTCATTAAAAGAGCTATAATTGAATGTTTACCTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCAT
TCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCACATTACTCGCTTTAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAGTTT
Found at i:18224 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 17687--18243 Score: 559
Period size: 170 Copynumber: 3.3 Consensus size: 168
17677 NTAGTCACTC
* * *
17687 ATTCCTTCAAAAGTCAT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCAT-ATAATTTATTTTAAGC
1 ATTCCTTCAAAAG-CCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
17750 TGAAGTATTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA-ATTGATG-CTTACCTT-AGGAAACGTGC
64 TGAA-T-TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATATTTTAATGTC-TA-CTTCAAGAAACGTGA
* * * * *
17812 AGAAAAAGCCGTTCATT-GAATAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCA
125 AAAAAAAG-CATTCATTGGAA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT
* * **
17857 ATTCCTTCAAAAGCCGCATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATTTTTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * * *
17922 AGTTTTTTAGATTTTTCATTAAAAGAGGCAATATTTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTAAAGAAA
66 A-ATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATATTTTAATGTCTACTTCAAGAAACGTGAA-AAA
* * *
17987 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCTCGT
129 AAAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT
* * *
18027 ATTCATTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
** * * *
18092 AATTTTTACACATTTTTGGTTAAAACAGACTATATTTTAAAGTCTACTTCAAAAAACTTGAAAAA
66 AATTTTT--ACATTTTTCATTAAAACAGACTATATTTTAATGTCTACTTCAAGAAACGTGAAAAA
* * * *
18157 ACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTAACAGTCTCTT
129 A-AAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT
* **
18198 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 60, Indels: 21
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 34 0.11
170 160 0.51
171 122 0.39
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATATTTTAATGTCTACTTCAAGAAACGTGAAAAAAA
AGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT
Done.