Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398533.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1826.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22928
ACGTcount: A:0.16, C:0.06, G:0.06, T:0.16
Warning! 12793 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:7696 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 7063--8502 Score: 1416
Period size: 342 Copynumber: 4.2 Consensus size: 343
7053 TGAGAAACTT
* * *
7063 GAAGAAAGAGCCATTCACTGGCAAGAAATA-CCTATTTATAGTAACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA-AGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * **
7127 ATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGACTTTG-AGTTGAATGCTTTTT-CATTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTGAAGTTG-ATTTTTTTTACATTT
** * * * *
7190 TTCGTTAAAACTGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGATGAAAAAGATATTCA-TGA
129 TTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGA
* * * * * *
7254 GCAAGAAATGTCCATTTGTAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGATT
194 -CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * *
7319 TATAATCTTATAGTTGACTTTAAGTTAAGTTTTTTTACATTTCTGA-TTAAAACAGATTATAGTT
258 TATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTAAGTTTTTTTACATTT-TGAGTTAAAACAGATTATAATT
*
7383 AAATATC-AGCCCAAGGAAACCC
322 AAATATCTA-CCCAAGGAAACAC
* * * * * *
7405 GAAGAAAAAGCCATTCATTGG-GAGAAAAAGCCTATTTATATTCTCCCAAGGCTTCCAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* *
7469 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGAA-CTCATAATTCA-TTTGAAGTTGATTTTTTTTATATTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGACTTTGAAGTTGATTTTTTTTACATTT
* * * *
7532 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTG-
129 TTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGA
* * * * * **
7596 CTAAGAAAAGTTCATTTGTAGTCACTTACGCCTTCCAAAGTCTTATTACTTACTTTAAATAGTTT
194 C-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* ** *
7661 TATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-CATTTAT-TGTTAAAATTGATTGTAAT
258 TATAATCTCATAATTAACTTTAAGTT-AAGTTTTTTTACATTT-TGAGTTAAAACAGATTATAAT
* ** *
7723 TAAATGTCTA-CCGTGAGAAACAT
321 TAAATATCTACCCAAG-GAAACAC
** * * * *
7746 GAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCTT
1 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* *
7810 ATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGATTTTTTTTATATTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTGAAGTTGATTTTTTTTACATTTT
* * * *
7874 TTATT-AAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
130 TTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGAC
* * * *
7938 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
195 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * * *
8003 CAATCTCATAATTAATTTTTAGTTAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA-TAGTATTTGA
260 TAATCTCATAATTAACTTTAAGTTAAGTTTTTTTACATTTTGAGTTAAAACAGATTA-TAATTAA
* * ** ** *
8067 ATGTTTGTCTTAGGAAACAT
324 ATATCTACCCAAGGAAACAC
* * * * **** *
8087 GAAGAACAAGCCATCCATTGGCAACAAAAGTCC-ACTTATAGTCACCCACATTTTCAAAAGTCTT
1 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * *
8151 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATAGA-TTTTAATTTAAATTTTTTTACATTTA
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTGAAGTTGATTTTTTTTACATTTT
** * * * ** *
8215 TGGTTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAAGAAAAGGCCATTCAATGAC
130 TTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGAC
* * * * * *
8280 AATAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGTC-TCCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGCTTT
195 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * * *
8344 ATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGATAATAATTG
259 ATAATCTCATAATTAACTTTAAGTT-AAGTTTTTTTACATTTTGAGTTAAAACAGATTATAATTA
* **
8408 AATATCTACCTTAA-GAAATGC
323 AATATCTACC-CAAGGAAACAC
* * *
8429 GAA-AAAGAGCCATTTATTGCCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
*
8493 TTACTTGCTT
66 TTACTCGCTT
8503 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 905, Mismatches: 165, Indels: 57
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 146 0.16
341 347 0.38
342 399 0.44
343 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (343 bp):
GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTGAAGTTGATTTTTTTTACATTTTT
TATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGACA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
AATCTCATAATTAACTTTAAGTTAAGTTTTTTTACATTTTGAGTTAAAACAGATTATAATTAAAT
ATCTACCCAAGGAAACAC
Found at i:7808 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7053--8502 Score: 1284
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 169
7043 NNNNNNNNCT
* * * * * * *
7053 TGAGAAACTTGAAGAAAGAGCCATTCACTGGCAAG-AAA-TACCTATTTATAGTAACCCATGCCT
1 TGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGT-CC-ATTTATAGTCACCTATGCCT
* * * *
7116 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGACTTTGAGTTGAATGCT
64 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TT
*
7181 TTTT-CATTTTTCGTTAAAACTGATTATAATTAAATGTCTACC
128 TTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC
* * * *
7223 TTGAGAAACATGATGAAAAAGATATTCA-TGAGCAAGAAATGTCCATTTGTAGTCACCTATGCCT
1 -TGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCT
* * * *
7287 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGATTTATAATCTTATAGTTGACTTTAAGTT-AAGTTT
64 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTT
* * *
7351 TTTTACATTTCTGATTAAAACAGATTATAGTTAAATATC-AGCC
128 TTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA-CC
** ** * ** * * * * *
7394 CAAGGAAACCCGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GGAGAAAAAG-CCTATTTATATTCTCCCAAGGC
1 TGA-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG-AAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTATGCC
* * *
7457 TTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGAA-CTCATAATTCA-TTTGAAGTTGATT
63 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAAT
* * *
7520 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
126 TTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC
* * * * * * * * *
7565 TCAAAAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTG-CTAAGAAAAGTTCATTTGTAGTCACTTACGCCT
1 T-GAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCT
* * ** * *
7629 TCCAAAGTCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTTT
64 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTT
** *
7694 TTT-CATTTATTGTTAAAATTGATTGTAATTAAATGTCTACC
129 TTTACATTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC
* *
7735 GTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCT
1 -TGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCT
* * *
7799 TCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTT
64 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *
7864 TTTATATTTTT-TATTAAACAAATTATAATTGAATGTCTATC
129 TTTACATTTTTGT-TAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC
* * * *
7905 TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTT
1 T-GAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT
* * ** * * * *
7970 CGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTACAATCTCATAATTAATTTTTAGTT-AATTTTT
65 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTT
* * * * **
8034 TTTATATTTTTAGTTAAAACAGA-TAGTATTTGAATGTTTGTC
129 TTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTA-TAATTAAATGTCTACC
* * * * * * * * ****
8076 TTAGGAAACATGAAGAACAAGCCATCCATTGGCAACAAAAGTCCACTTATAGTCACCCACATTTT
1 TGA-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT
* * * * * *
8141 CAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATAGATTTTAATTTAAATTTTT
65 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTT
* * *
8206 TTACATTTATGGTTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTATC
130 TTACATTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC
* * * * * * * *
8247 TCGAGAAACGTGAAGAAAAGGCCATTCAATGACAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGTCTC
1 T-GAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT
* * * * *
8312 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGCTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT
65 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
8377 TTACATTTTTAGTTCAAACAGATAATAATTGAATATCTACC
130 TTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC
* * * * *
8418 TTA-AGAA-ATG-CGAAAAAGAGCCATTTATTGCCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGC
1 TGAGA-AACATGAAGAAAAAGA--CATTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTATGC
*
8479 CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTT
62 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
8503 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1038, Mismatches: 198, Indels: 87
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 10 0.01
170 363 0.35
171 629 0.61
172 29 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC
Found at i:8367 original size:682 final size:682
Alignment explanation
Indices: 7067--8502 Score: 1576
Period size: 682 Copynumber: 2.1 Consensus size: 682
7057 AAACTTGAAG
* * *
7067 AAAGAGCCATTCACTGGCAAGAAATA-CCTATTTATAGTAACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAGA-CCATTCATTGCCAAGAAA-AGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
7131 CTCGTTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGACTTTGAGTTGAATGCTTTTTCATTTTTCGTT
64 CTCGCTTTAAATGGATTTATAATATCATAATTGACTTTAAGTTGAATGCTTTTTCATTTTTCATT
** * * *
7196 AAAACTGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGATGAAAAAGATATTCATGAGCAAGAA
129 AAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATGAGCAAGAA
* * * * * *
7261 ATGTCCATTTGTAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGATTTATAATC
194 AAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTACAATC
* * *
7326 TTATAGTTGACTTTAAGTTAAGTTTTTTTACATTTCTGATTAAAACAGATTATAGTTAAATATCA
259 TCATAATTAACTTTAAGTTAAGTTTTTTTACATTTCTGATTAAAACAGATTATAGTTAAATATCA
* * * * * *
7391 GCCCAAGGAAACCCGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAGAAAAAGCCTATTTATATTCTCCCAAGG
324 GCCCAAGGAAACACGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAGAAAAAGCCTACTTATAGTCACCCAAGG
* * * * *
7456 CTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGAACTCATAATTCATTTGAAGTTGATTT
389 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCAACTCATAATACATTTGAAGTTAAATT
* * * * *
7521 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAG
454 TTTTTACATTTATGATTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAG
* * * * * *
7586 ATATTCATTGCTAAGAAAAGTTCATTTGTAGTCACTTACGCCTTCCAAAGTCTTATTACTTACTT
519 ACATTCAATGCTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTACGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTT
* * **
7651 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTCATTTATT-GTTAAAATT
584 TAAATAGCTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTT-TTAGTTAAAACA
** * *
7714 GATTGTAATTAAATGTCTACCGTGAGAAACATGAAGAA
648 GATAATAATTAAATATCTACCGTAAG-AA-ATG-AGAA
* * * *
7752 AAAGA-TATTCATTAG-TAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCTTATTA
1 AAAGACCATTCATT-GCCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* ** * *
7814 CTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTG-ATTTTTTTTATATTTTTTAT
64 CTCGCTTTAAATGGATTTATAATATCATAATTGACTTTAAGTTGAATGCTTTTT-CATTTTTCAT
* * *
7878 T-AAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGA-CAAG
128 TAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA-TGAGCAAG
* * **
7941 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTACAA
192 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTACAA
* * * * * * *
8006 TCTCATAATTAATTTTTAGTTAATTTTTTTTATATTT-TTAGTTAAAACAGA-TAGTATTTGAAT
257 TCTCATAATTAACTTTAAGTTAAGTTTTTTTACATTTCTGA-TTAAAACAGATTA-TAGTTAAAT
* ** * ** * *
8069 GTTTGTCTTAGGAAACATGAAGAACAAGCCATCCATTGGCA-ACAAAAGTCC-ACTTATAGTCAC
320 ATCAGCCCAAGGAAACACGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAGA-AAAAG-CCTACTTATAGTCAC
** * * *
8132 CCACA-TTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-CAATCTCATAATAGATTTTAA
383 CCA-AGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCAA-CTCATAATACATTTGAA
* * * * * *
8195 TTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTATCTCGAGAAACGTGA
446 GTTAAATTTTTTTACATTTATGATTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTCAAAAAACGTAA
* * * * *
8260 AGAAAAGGCCATTCAATGAC-AATAAAAG-TCTATTTATAGTCACCTATGTC-TCCAAAAGCCTT
511 AGAAAAAGACATTCAATG-CTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTACGCCTTCC-AAAGCCTT
* * * * * *
8322 ATTACTCGCTTTTAATGGCTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT
573 ATTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT
* * * *
8387 AGTTCAAACAGATAATAATTGAATATCTACCTTAAGAAATGCGAA
638 AGTTAAAACAGATAATAATTAAATATCTACCGTAAGAAATGAGAA
*
8432 AAAGAGCCATTTATTGCCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAGA-CCATTCATTGCCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*
8497 TTGCTT
65 TCGCTT
8503 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 618, Mismatches: 113, Indels: 43
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
680 8 0.01
681 18 0.03
682 449 0.73
683 135 0.22
684 3 0.00
685 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (682 bp):
AAAGACCATTCATTGCCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATGGATTTATAATATCATAATTGACTTTAAGTTGAATGCTTTTTCATTTTTCATTAA
AACAAATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATGAGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTACAATCTC
ATAATTAACTTTAAGTTAAGTTTTTTTACATTTCTGATTAAAACAGATTATAGTTAAATATCAGC
CCAAGGAAACACGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAGAAAAAGCCTACTTATAGTCACCCAAGGCT
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCAACTCATAATACATTTGAAGTTAAATTTT
TTTACATTTATGATTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGAC
ATTCAATGCTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTACGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATAGCTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
AATAATTAAATATCTACCGTAAGAAATGAGAA
Found at i:10228 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9736--10229 Score: 518
Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
9726 NNNNNNNNNN
* *
9736 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGCATGGGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCCAATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
** ** * * *
9801 GC-CTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT-TAGTTATAATCTGTTTTAACCGAAAATATAA
66 GCTC-TTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAAG-TATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAA
* * *
9864 AAATATTC-ACTTAAAATCGATTATGAGATTGTGAAATCATTT
129 AAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTT
* * * * * *
9906 AAAGCCACTAATAAGGCTTTTAAAGGCGTGGGCGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * * * * * ** *
9971 ACTTTTTCTTTACATTT-TTCTATGCAGGCATTCAATTGCTATCTATTTTAACCAAAAATATAAA
66 GCTCTTTCTTCACATTTCTT-AAGGTAGACATTCAAGTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA
*
10035 AATATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTAG-AAAACCATTT
130 AATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-GTAAAACCATTT
* * * * * *
10077 -AAGCGAGGAATTAGGCCTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGTCAATAAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * *
10140 GGCTCTTT-TTCACATTTCTTAAGGTAGATATTCAAGTATTATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAA
65 GGCTCTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAAGTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA
*
10204 AACATTCAACTTAAAATCAATTATGA
130 AATATTCAACTTAAAATCAATTATGA
10230 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 58, Indels: 15
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 65 0.25
170 162 0.63
171 31 0.12
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
GCTCTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAAGTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
ATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTT
Found at i:10623 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10393--10718 Score: 385
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
10383 ATTAAAATCT
* * * *
10393 ATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAATATGGGTGACTATAAG
1 ATTATGAGATTGTAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAATATAGGTGACTATAAA
* *
10458 TGGACTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTGTTCTTCA-TGTTTC-CTAAGACAGACATTCAATTACT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTGTTCTTCACT-TTTCTC-AAGACAGACATTCAATTA-T
10521 -ATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAAATCAACTAAAAATTA
128 AATCTG-TTTAA-TAAAAAATATAAAAAAAATCAACTAAAAATTA
* * **
10564 ATTATGAGATTGTAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAA-AGTTTTCGAAGGCT-TAGGTGACTATA
1 ATTATGAGATTGTAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTT-GAA-AATATAGGTGACTATA
** * * * * *
10627 AATGGACTTTTCTTGTTAATGGATATCTTTTTCTTCACTTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATA
64 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTGTTCTTCACTTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATA
*
10692 ATTTGTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
129 ATCTGTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
10719 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 18, Indels: 13
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 26 0.20
171 101 0.77
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTATGAGATTGTAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAATATAGGTGACTATAAA
TGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTGTTCTTCACTTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAAT
CTGTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACTAAAAATTA
Found at i:15014 original size:173 final size:165
Alignment explanation
Indices: 14620--15048 Score: 408
Period size: 173 Copynumber: 2.5 Consensus size: 165
14610 NNNNNNNNNN
*
14620 AAGTCTATTTATAGTCACCCATACTTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTGATAATT
1 AAGTCTATTTATAGTCACCCATACTTTC-GAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATT
* * *
14685 TCATAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGT
65 TCATAATTAATTTAAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
*** * * *
14750 NNNNNNNNNNAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
130 -------CTAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAACAA
* * * *
14793 AAGTCCATTTATAGTCGCCCATGCTTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATT
1 AAGTCTATTTATAGTCACCCATACTTTCG-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATT
14858 TCATAATTAATTTAAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
65 TCATAATTAATTTAAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
********** *
14923 CTANNNNNNNNNNNNNNNNNAAATAGATATCCATTGACAACAA
130 CTA-------AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAACAA
* * * * * *
14966 AAGTCTATGTATAGTCACCCATACCTTCGAACGCCTCATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
1 AAGTCTATTTATAGTCACCCATACTTTCGAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATT
* *
15031 TCATAATTGATTTTAAGT
65 TCATAATTAATTTAAAGT
15049 CACATTTTTT
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 37, Indels: 18
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 3 0.01
173 207 0.99
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (165 bp):
AAGTCTATTTATAGTCACCCATACTTTCGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATTT
CATAATTAATTTAAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
TAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAACAA
Done.