Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398539.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1831.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1979
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.08, T:0.27
Warning! 588 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1376 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 912--1625 Score: 525
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 170
902 NNNNNNNNNN
* * * * * *
912 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGCATTGTTTTA-
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTAG
* * ** * * * * *
976 CATTTTTCA-CTAAAACACACTATAATTGAATGTTTCCCTTGAGAAACAT-ATCGAAAAAGCCAT
65 CA-TTTTCAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACATTGAAAAACGTGA-AGAAAAAG-CAT
* * * ** * * * *
1039 TCATTGAGAAAAAAATTTTATTTATAGCCAC-CTATTCCTTTAAG
127 TCATTG-GCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCATTCCTTCAAA
* * * * * * * ** *
1083 AGTCTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTGTAATATAATATTTAATTTTAAGTTGATTTGTTTTTG
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTAG
** ********** * * * *
1148 CATTTTTGGTTAAAACAGACTATANNNNNNNNNNTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTAA
65 CATTTTCAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGCATTCA
*
1213 TTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCC-TTCTTTCAAA
130 TTGGCA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCATTCCTTCAAA
* * * * * *
1254 ACCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGGTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTA-
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATG-TTTTAG
* *
1318 CACTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAAAAACGT-ATGGAAAAAGCCAT
65 CA-TTTTCAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACATTGAAAAACGTGA-AGAAAAAG-CAT
* * *
1381 TCATTAAG-AAAAAAGTCCATTAATAGTCAC-CCATTCCTTCAAA
127 TCATT-GGCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCATTCCTTCAAA
* * *
1424 AGCCTTATTACTCACTTGAAATTGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTAGC
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTAGC
* * ** * * * *
1489 ATTTTTAGTTCAATTAGACTATAATTGATTGTCTACATTGAGAAATGTGAAGAGAAAAGCATTCA
66 ATTTTCAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACATTGAAAAACGTGAAGA-AAAAGCATTCA
* * *
1554 TTGGCAAGAAATGTCTATTTATA-T-TCTCCTATTCCTTCAAA
130 TTGGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCC-ATTCCTTCAAA
1595 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1626 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 419, Mismatches: 105, Indels: 38
0.75 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.04
170 165 0.39
171 200 0.48
172 38 0.09
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTAGC
ATTTTCAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACATTGAAAAACGTGAAGAAAAAGCATTCAT
TGGCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCATTCCTTCAAA
Found at i:1613 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 912--1625 Score: 817
Period size: 341 Copynumber: 2.1 Consensus size: 342
902 NNNNNNNNNN
* * * *
912 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGCATTGTTTTAC
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC
* ** * *
977 ATTTTTCACTAAAACACACTATAATTGAATGTTTCCCTTGAGAAACATATCGAAAAAGCCATTCA
66 ACTTTTCACTAAAACACACTATAATTGAATGCCTACCTTGAAAAACATATCGAAAAAGCCATTCA
* * ** * * * * * ** *
1042 TTGAGAAAAAAATTTTATTTATAGCCACCTATTCCTTTAAGAGTCTTATTACTCGTTTTAAATTG
131 TTAAGAAAAAAAGTCCATTAATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATTG
* * ** * *
1107 TTTTGTAATATAATATTTAATTTTAAGTTGATTTGTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
196 TTTTATAATATAATAATTAATTTTAAGTTGAAATGTTTTAGCATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
********** * *
1172 NNNNNNNNNNTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTAATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAG
261 ATTGATTGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*
1237 TCACTCCTTCTTTCAAA
326 TCACTCCTTCCTTCAAA
* * * *
1254 ACCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGGTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTA
* * * *
1318 CACTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAAAAACGTATGGAAAAAGCCATTC
65 CACTTTTCACTAAAACACACTATAATTGAATGCCTACCTTGAAAAACATATCGAAAAAGCCATTC
*
1383 ATTAAG-AAAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATT
130 ATTAAGAAAAAAAGTCCATTAATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATT
* * * **
1447 GTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTAGCATTTTTAGTTCAATTAGACTAT
195 GTTTTATAATATAATAATTAATTTTAAGTTGAAATGTTTTAGCATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
** * * *
1511 AATTGATTGTCTACATTGAGAAATGTGAAGAGAAAAGCATTCATTGGCAAGAAATGTCTATTTAT
260 AATTGATTGTCTACATTGAGAAACATGAAGA-AAAAGCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
*
1576 A-T-TCTCCTATTCCTTCAAA
324 AGTCACTCC--TTCCTTCAAA
1595 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1626 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 63, Indels: 9
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 46 0.15
341 141 0.46
342 114 0.37
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC
ACTTTTCACTAAAACACACTATAATTGAATGCCTACCTTGAAAAACATATCGAAAAAGCCATTCA
TTAAGAAAAAAAGTCCATTAATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATTG
TTTTATAATATAATAATTAATTTTAAGTTGAAATGTTTTAGCATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
ATTGATTGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACTCCTTCCTTCAAA
Done.