Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397382.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_880.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.09, T:0.27
Warning! 9823 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:879 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 690--1907 Score: 909
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 168
680 NNNNNNNNNN
* *
690 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTGACATTTTTTG
1 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* *
755 TTAAAATAGACTATAATTCAATATATACTTAGAGAAACGCTAAGAAAAACGCATTCGTTGGTAAG
66 TTAAAACAGACTATAATTCAATATATACTTAGAGAAACGCTAAGAAAAA-GCATTCATTGG-AAG
* *
820 AAAAGTCCCTTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTAT
129 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* ********** *
861 TACTAGCTTTAAATTGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCG
1 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * * * *
926 TTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACG-TATATAAAAAGCCATTAATTGAGA
66 TTAAAACAGACTATAATTCAATATATA-CTTAGAGAAACGCTA-AGAAAAAG-CATTCATTG-GA
* * * * *
989 AAAAAAGTCCAATTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCATAT
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
1032 CACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
1 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * * *
1097 TTAAAACAGACTATAATTGAATGCTGGT-CTGA-AAAAAC-CTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG
66 TTAAAACAGACTATAATTCAAT-AT-ATACTTAGAGAAACGCT-AAGAAAAAG-CATTCATTG-G
* * *
1159 AAGAAAAATCTATTTATAGTCACCGTTTCCTTCAAAAGCCTTAT
126 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
1203 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAACTCATGATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGG
1 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* *
1268 TTAAAACAGACTATAATTCAATATATACTTAGAGAAACGTTAAGAAAAATGCATTCATTAGCAAG
66 TTAAAACAGACTATAATTCAATATATACTTAGAGAAACGCTAAGAAAAA-GCATTCATT-GGAAG
* * *
1333 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGTCTTGT
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** * * *********
1374 TGGTCGCTTTAAATTGTTTTCTAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AANNNNNNNNNNTATTTTT
1 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTT
* * *
1438 TGTTAAAACAGACTATAATTCAATATCTACTTAGAGAAACGTTAAGAAAAACGCATTCGTTGGCA
64 TGTTAAAACAGACTATAATTCAATATATACTTAGAGAAACGCTAAGAAAAA-GCATTCATTGG-A
* *
1503 AGAAAAGTTCC-TTTATCGTCGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
127 AGAAAAG-TCCATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* ********** * * * *
1546 TACTCGTTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGG
1 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * * * * * *
1611 TTAAAATAAACTATAAATGAATGCCTGT-CTCA-AGAAACGCGT-AGAAAAAGTCGTTCATTAAG
66 TTAAAACAGACTATAATTCAAT--ATATACTTAGAGAAACGC-TAAGAAAAAG-CATTCATT-GG
* * * * *
1673 AAGAAAAGTCCAATTATAATCACCCATGCTTTC-AAAGACCATAT
126 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAG-CCTTAT
********** * * *
1717 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTGG
1 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * * *
1782 TTAAAACAGACTAT-ATTGAATACCTGT-CTCA-AGAAAC-CTGTAGAAAAAGGTATTTATTGAG
66 TTAAAACAGACTATAATTCAATA--TATACTTAGAGAAACGCT-AAGAAAAA-GCATTCATTG-G
* * *
1843 AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTAT
126 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
*
1887 TACTTGCTTTAAATTGTTTTA
1 TACTCGCTTTAAATTGTTTTA
1908 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 822, Mismatches: 189, Indels: 73
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 2 0.00
170 104 0.13
171 567 0.69
172 138 0.17
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
TTAAAACAGACTATAATTCAATATATACTTAGAGAAACGCTAAGAAAAAGCATTCATTGGAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
Found at i:1178 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 554--1907 Score: 1122
Period size: 342 Copynumber: 4.0 Consensus size: 340
544 NNNNNNNNNN
* * * * *
554 GATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGTCTCAA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTC-TATCTCAA
* * * * * ****
618 GAAACATGTAG-AAAAGCCATTCATTGAGAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTNNNN
65 GAAACGTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAATTATAATCACCCATT-CTTTCAA
******** * *
682 NNNNNNNNTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTGAC
129 AGCCATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * *
747 ATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTCAATA-TATACTTAGAGAAACGCTAAGAAAAACGCATTC
194 ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTCAATACTGT-CTTAGAGAAAC-CTTAGAAAAACGCATTC
* * ** * * *
811 GTTGGTAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATT
257 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
**********
876 GTTTNNNNNNNNNNTAATT
322 GTTTTATAAACTCATAATT
* *
895 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAG
* * *
960 AAACGTATATAAAAAGCCATTAATTGAGAAAAAAAGTCCAATTATAATCACCCATTCTTTCAAAA
66 AAACGTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAATTATAATCACCCATTCTTTC-AAA
* * *
1025 GCCATATCACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTACA
130 GCCATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * *
1090 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTGGTCTGA-AAAAACCTGTAGAAAAA-GCCATTC
195 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTCAATACT-GTCTTAGAGAAACCT-TAGAAAAACG-CATTC
* **
1153 ATTGAG-AAGAAAAATCTATTTATAGTCACCGTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
257 ATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
*
1217 TGTTTTATAAACTCATGATT
321 TGTTTTATAAACTCATAATT
* * * * * * *
1237 AATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATATATA-CTTAGA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTATCTCA-A
* * * *
1301 GAAACGT-TAAGAAAAATG-CATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
65 GAAACGTAT-AGAAAAA-GCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCAATTATAATCACCCATTCTTTC
* * * ** * * ****
1363 GAAAGTCTTGTTGGTCGCTTTAAATTGTTTTCTAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AANNNNNN
127 -AAAGCCATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTT
***** * *
1427 NNNNTATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTCAATATCT-ACTTAGAGAAACGTTAAGAAAAACG
189 TTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTCAATA-CTGTCTTAGAGAAACCTT-AGAAAAACG
* * * * *
1491 CATTCGTTGGCAAGAAAAGT-TCCTTTATCGTCGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTT
252 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
********** *
1555 TNNNNNNNNNNATAATCTCATAATT
316 TAAATTGTTTTATAAACTCATAATT
* * * * * *
1580 GATTTTGAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAATAA-ACTATAAATGAATGCCTGTCTCAA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AAGACTATAATTGAATGTCTATCTCAA
** * * * *
1644 GAAACGCGTAGAAAAAGTCGTTCATTAAGAAGAAAAGTCCAATTATAATCACCCATGCTTTCAAA
65 GAAACGTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAATTATAATCACCCATTCTTTCAAA
********** * *
1709 GACCATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTAGAATTTTTTTAT
130 G-CCATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
1774 ATTTTTGGTTAAAACAGACTAT-ATTGAATACCTGTCTCA-AGAAACCTGTAGAAAAAGGTATTT
194 ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTCAATA-CTGTCTTAGAGAAACCT-TAGAAAAACGCATTC
* * * *
1837 ATTGAG-AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
257 ATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1901 TGTTTTA
321 TGTTTTA
1908 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 790, Mismatches: 192, Indels: 62
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 154 0.19
342 383 0.48
343 240 0.30
344 13 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAG
AAACGTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAATTATAATCACCCATTCTTTCAAAG
CCATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTCAATACTGTCTTAGAGAAACCTTAGAAAAACGCATTCATTG
GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTT
TATAAACTCATAATT
Found at i:1600 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 554--1906 Score: 1226
Period size: 513 Copynumber: 2.6 Consensus size: 510
544 NNNNNNNNNN
* * *
554 GATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGTCTCAAG
1 GATTTTGAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC-TGTCTCAAG
* * ****
619 AAACATGTAG-AAAAGCCATTCATTGAGAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTNNNNN
64 AAACCTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAA
******* * * *
683 NNNNNNNTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTGACA
128 GCCATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTGACA
* * *
748 TTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTCAATATATACTTAGAGAAACGCTAAGAAAAACGCATTCGT
193 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATATATACTTAGAGAAACGCTAAGAAAAACGCATTCAT
* * * *
813 TGGTAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTGT
258 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTGT
**********
878 TTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAAAAGACTATAAT
323 TTTCTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAAAAGACTATAAT
* * *
943 TGAATGTCTACCTCAAGAAACGTATATAAAAAGCCATTAATTGAGAAAAAAAGTCCAATTATAAT
388 TCAATATCTACCTCAAGAAACGTATAGAAAAAGCCATTAATTGAGAAAAAAAGTCCAATTATAAT
*
1008 CACCCATTCTTTCAAAAGCCATATCACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
453 CACCCATTCCTTCAAAAGCCATATCACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
1066 -AATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTGGTCTGAA
1 GATTTTG-AGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-GTCTCAA
* * * **
1130 AAAACCTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCGTTTCCTTCAAA
63 GAAACCTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AA
* *
1195 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAACTCATGATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTT-A
127 AGCCATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTGA
* *
1259 CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATATATACTTAGAGAAACGTTAAGAAAAATGCATTC
191 CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATATATACTTAGAGAAACGCTAAGAAAAACGCATTC
* * * ** *
1324 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCGAAAGTCTTGTTGGTCGCTTTAAAT
256 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAT
********* * *
1388 TGTTTTCTAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AANNNNNNNNNNTATTTTTTGTTAAAACAGACT
320 TGTTTTCTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTCGTTAAAAAAGACT
* ** *
1452 ATAATTCAATATCTA-CTTAGAGAAACGT-TAAGAAAAA-CGCATTCGTTG-GCAAGAAAAGTTC
383 ATAATTCAATATCTACCTCA-AGAAACGTAT-AGAAAAAGC-CATTAATTGAG-AAAAAAAG-TC
* ** * * * * **********
1513 C-TTTATCGTCGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATA
443 CAATTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATCACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATA
1577 ATT
508 ATT
* * * * *
1580 GATTTTGAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAATAAACTATAAATGAATGCCTGTCTCAAG
1 GATTTTGAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTGTCTCAAG
* * * * * * *
1645 AAACGC-GTAGAAAAAGTCGTTCATTAAGAAGAAAAGTCCAATTATAATCACCCATGCTTTCAAA
64 AAAC-CTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* ********** * * *
1709 GACCATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTAGAATTTTTTTAT
128 G-CCATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTGAC
* * * * * *
1774 ATTTTTGGTTAAAACAGACTAT-ATTGAATACCTGT-CTCA-AGAAAC-CTGTAGAAAAAGGTAT
192 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATA--TATACTTAGAGAAACGCT-AAGAAAAACGCAT
* * * * * *
1835 TTATTGAG-AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
254 TCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAA
1899 ATTGTTTT
318 ATTGTTTT
1907 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 677, Mismatches: 139, Indels: 49
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 5 0.01
512 63 0.09
513 324 0.48
514 272 0.40
515 13 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (510 bp):
GATTTTGAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTGTCTCAAGAA
ACCTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGCC
ATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTT
TTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATATATACTTAGAGAAACGCTAAGAAAAACGCATTCATTAG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTGTTTT
CTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAAAAGACTATAATTCA
ATATCTACCTCAAGAAACGTATAGAAAAAGCCATTAATTGAGAAAAAAAGTCCAATTATAATCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCATATCACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
Found at i:7808 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7370--8401 Score: 767
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 170
7360 NNNNNNNNNN
* * * * *
7370 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATACTTATC-CAAAGAAA
1 TTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTC-AAGAAA
*****************
7434 CATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNN
65 CATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCC-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
**** * * * *
7499 NNNNTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAACTCATGATTGATT
129 ATATTATTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** ** *
7541 TTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCCATATCTA-CTTAGAGAAA
1 TTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCA-AGAAA
* * * * *
7605 CGT-TAAGAAAAA-CATATTCGTTG-GCAAGAAAAGTTCCTTTATCGTCACCTATTCCTTCAAAA
65 CATGT-AGAAAAAGC-CATTCATTGAG-AAGAAAAG-TCCTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* ********** * *
7667 GCCTTATNNNNNNNNNNAAATTATTTTATAATCTCATAATTAAATT
126 GCCATATTATTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT-GATT
*
7713 TTAAGTTGAATTTTTTTCA-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAAA
1 TTAAGTTGAATTGTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAAA
* * * *
7777 CATGTAGATAAAGCCGTTCATTGAGAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCC
65 CATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCC-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
7842 ATATTATTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
129 ATATTATTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
7884 TTAAGTAGAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGTCTCAAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAAAC
* * * * * *
7949 CTGTAGAAAAAGACATTTATTGAGAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCN
66 ATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTC-CTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCA
*********
8014 NNNNNNNNNCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
130 TATTATTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
8055 TTAAGTTGAATTGTATTATAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAAT
1 TTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAAAC
* * * * * * *
8120 ATGTAGAAAAAGCCGTTCAGTGAGAAG--AAGTCCAATTATAATCAACCTTTCTTTCAAAAGCCA
66 ATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCC-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCA
* *
8183 TATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
130 TATTATTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
********* * * * *
8224 TNNNNNNNNNNTT-TTTTACATTTTTGGATAAAACAGACTATAATTGAATGCTTA-CAAT-GAGA
1 T-TAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATC--TCAAGA
** * * * * * *
8286 AACATAAAGAAAAA-CGTATT-TTTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCTATTCTTTCAAA
63 AACATGTAGAAAAAGC-CATTCATTGAG-AAGAAAAGTCC-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
8349 AGCCCTATTACTCACATTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
125 AGCCATATTATTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
8395 TTAAGTT
1 TTAAGTT
8402 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 670, Mismatches: 168, Indels: 47
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 113 0.17
170 9 0.01
171 406 0.61
172 130 0.19
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAAAC
ATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCAT
ATTATTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
Found at i:7929 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7503--8401 Score: 816
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 171
7493 NNNNNNNNNN
* * * * *
7503 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAACTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGG
1 TACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
** ** * * * ** *
7568 TTAAAACAGACTATAATTCCATATCTA-CTTAGAGAAACGT-TAAGAAAAACATATTCGTTG-GC
66 TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCA-AGAAACATGT-AGAAAAAGACGTTCATTGAG-
* * * * *
7630 AAGAAAAGTTCC-TTTATCGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
128 AAGAAAAG-TCCAATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCATAT
********** * *
7674 NNNNNNNNNNAAATTATTTTATAATCTCATAATTAAATTTTAAGTTGAATTTTTTTCA-ATTTTT
1 TACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTT
* *
7738 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAAACATGTAGATAAAGCCGTTCATTGAGA
64 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGACGTTCATTGAGA
7803 AGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCATAT
129 AGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCATAT
* * *
7846 TATTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTGTTGG
1 TACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * *
7911 TTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGTCTCAAGAAACCTGTAGAAAAAGACATTTATTGAGAAG
66 TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGACGTTCATTGAGAAG
****
7976 AAAAGT-CAATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCNNNN
131 AAAAGTCCAA-TTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCATAT
****** * * *
8017 NNNNNNCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTATTATAGTTTTGG
1 TACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * *
8082 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAATATGTAGAAAAAGCCGTTCAGTGAGAAG
66 TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGACGTTCATTGAGAAG
* * *
8147 --AAGTCCAATTATAATCAACCTTTCTTTCAAAAGCCATAT
131 AAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCATAT
* ********** *
8186 TACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTGG
1 TACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * ** ** *
8251 ATAAAACAGACTATAATTGAATGCTTA-CAAT-GAGAAACATAAAG-AAAA-ACGTATTTTTTAG
66 TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATC--TCAAGAAACATGTAGAAAAAGACGT-TCATTGAG
* * * *
8312 CAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCCTAT
128 -AAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCATAT
*
8357 TACTCACATTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 TACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
8402 NNNNNNNNNN
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TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGACGTTCATTGAGAAG
AAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCATAT
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7493 NNNNNNNNNN
* * * * *
7503 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAACTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGG
1 TACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTACATTGTTGG
* * * * * * *
7568 TTAAAACAGACTATAATTCCATATCTACTTAGAGAAACGTTAAGAAAAACATATTCGTTGGCAAG
66 TTAAAACAAACTATAATTCAATACCTACTCAGAGAAACCTTAAGAAAAACACATTCATTGGCAAG
* * * ****
7633 AAAAGTTCCTTTATCGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATTATTTTATAA
131 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT------CTTTAAATTATTTTATAA
* * *
7698 TCTCATAATTAAATTTTAAGTTGAATTTTTTTCA-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
190 TCTCATAATT-AATTTTAAGTTGAATTGTATT-ATAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * *
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253 GCCTATCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCCGTTCAGTGAGAAG--AAGTCCAATTATAATCAACC
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* * *
7846 TATTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTGTTGG
1 TACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTACATTGTTGG
* * * * *
7911 TTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGTCTCA-AGAAACCTGT-AGAAAAAGACATTTATTGAG-
66 TTAAAACAAACTATAATTCAATACCT-ACTCAGAGAAACCT-TAAGAAAAACACATTCATTG-GC
* **** *
7973 AAGAAAAG-TCAATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATTGTTTT
128 AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC------TTATCTTTAAATTATTTT
*
8037 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTATTATAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
186 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTATTATAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
* *
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251 ATGCCTATCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCCGTTCAGTGAGAAGAAGTCCAATTATAATCAACC
*
8167 TTTCTTTCAAAAGCCATAT
316 ATTCTTTCAAAAGCCATAT
*
8186 TACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 TACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
8225 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTAAAACAAACTATAATTCAATACCTACTCAGAGAAACCTTAAGAAAAACACATTCATTGGCAAG
AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCTTTAAATTATTTTATAATCTCAT
AATTAATTTTAAGTTGAATTGTATTATAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCT
CAAGAAACATGTAGAAAAAGCCGTTCAGTGAGAAGAAGTCCAATTATAATCAACCATTCTTTCAA
AAGCCATAT
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7674 NNNNNNNNNN
* * * * *
7684 AAATTATTTTATAATCTCATAATTAAATTTTAAGTTGAATTTTTTTCA-ATTTTTGGTTAAAACA
1 AAATTGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTGTATT-ATAGTTTTGGTTAAAACA
* *
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* * * *
7813 AATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCATATTATTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
128 AATTATAATCAACCATTCTTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAA
* *
7878 TTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGTCTCA
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* **
7943 AGAAACCTGTAGAAAAAGACATTTATTGAGAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
258 AGAAACATAAAGAAAAAGACATTTATTGAGAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
********** *
8008 AAGCCNNNNNNNNNNCTTT
323 AAGCCCTATTACTCACATT
8027 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTATTATAGTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTATTATAGTTTTGGTTAAAACAGA
* *
8092 CTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAATATGTAGAAAAAGCCGTTCAGTGAGAAG-AAGTCCAAT
66 CTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCCGTTCAGTGAGAAGAAAGTCCAAT
*
8156 TATAATCAACCTTTCTTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTG
131 TATAATCAACCATTCTTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTG
********** * * *
8221 ATTTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGACTATAATTGAATG-CT-TACAAT-G
196 ATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTGTTGGATAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGT-C--TCA
* * * * *
8283 AGAAACATAAAGAAAAACG-TATTT-TTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCTATT-CTTT
258 AGAAACATAAAGAAAAA-GACATTTATTGAG-AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTT
8345 CAAAAGCCCTATTACTCACATT
321 -AAAAGCCCTATTACTCACATT
8367 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
8402 NNNNNNNNNN
Statistics
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AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTATTATAGTTTTGGTTAAAACAGA
CTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCCGTTCAGTGAGAAGAAAGTCCAAT
TATAATCAACCATTCTTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTGTTGGATAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGTCTCAAGA
AACATAAAGAAAAAGACATTTATTGAGAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAG
CCCTATTACTCACATT
Found at i:11590 original size:170 final size:156
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Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
11359 NNTAATCTCA
* * * *
11369 TAATTGATTTTAAGTCAAATGTTTTTACATTTTTAGATAAAACATACTATAATTGAAT-GCTTAC
1 TAATTAATTTTAAGTCAAATGTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGACTATAATTCAATATC-TAC
* * * * **
11433 ATT-GAGAAACGTGTATAAAAATACATTCATT-GCAGGGAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCC
65 -TTAGAGAAACGTGAACAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* *
11496 TTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT
129 TTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT
* * * * *
11524 NNNNNNNNNNNNNNNTAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACTAT
1 ---------------TAATTAATTTTAAGTCAAATGTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGACTAT
* * * *
11589 AATTCAATATCTACTTAGAGAAATGTGAACAAAAATATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCCTTTAT
51 AATTCAATATCTACTTAGAGAAACGTGAACAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
11654 AGTCATCTATTCCTTCTAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT
116 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT
11695 TA
1 TA
11697 TTTTATAATC
Statistics
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TAATTAATTTTAAGTCAAATGTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGACTATAATTCAATATCTACT
TAGAGAAACGTGAACAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
CAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT
Found at i:12318 original size:171 final size:169
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Period size: 171 Copynumber: 13.7 Consensus size: 169
12062 NNNNNNNTAT
* * * *** * * *
12072 ATTTTTGTTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTACCTTTGGAAACATGAATAACAATGCATTCT
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTA-CTCAAGAAACATGAAGAA-AAAGCATTCA
* * *
12137 TTATTAAGAAAAGTCCATTTATCGTCACCCA-TCTTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATT
64 TTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC-TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
* *
12201 ATTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATGTTTTTAC
128 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
12243 ATTTTTCGTTAAAACAAACTATAATTCAATGTTTACTCAGATAAACATGAAGAAAAATGTATTCG
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTCA-AGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCA
* * ********** *
12308 TTAGTAAGAAAAGTCCCTTTATAGTTACCCATTCNNNNNNNNNNCTTATTACTCGCTTTAAATTG
64 TTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA
* * * *
12373 TTTGATAATGTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTAC
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
12414 ATTTTTGGTTAAAAAAGAGTATAATTGAATGTCTGT-CTCATGAAACGTGTAGAAAAAGCTATCC
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-T-TACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTC
********** *
12478 ATTGAG-AAGAAAAGTNNNNNNNNNNTCACCCATTCTTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAAT
63 ATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * ** *
12542 TGTTATATACTCTCATAATTAATTTTAAGTCAAATTGTTTTAC
127 TATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * *** *
12585 ATATTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGCAAAGAAAAACACATTTC
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTA-CTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCA-TTC
* * * * * *
12650 -TTTGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATT
63 ATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
*
12714 GTTTTATAAT-TGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
128 ATTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * *
12756 ATTTTTGGTTAAAACAGACTGTAATTGAATGCTTGT-CTCAA-AAAAACGTATAGAAAAAGCCAT
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TT-TACTCAAGAAACATG-A-AGAAAAAG-CAT
********** * * * * *
12819 TCATTAAG-AANNNNNNNNNNTTTATAGTCACCCATTTCTAT-AAAAGTCATATTACTTGCTTTC
61 TCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* **********
12882 AATTGTTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTAC
124 AATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
** * * * ** * *
12928 ATTTTCAGATAAAATAGACTATATTTGAATACTTAC-CAGGAGAAATATGAAGAAAAATGCATTT
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTCA--AGAAACATGAAGAAAAA-GCATTC
** * * * *** * * *
12992 ATTAACAAGTAAAGTCAATTTATTGTCGTTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATT
63 ATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
* * **********
13057 ATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTCAGTNNNNNNNNNNTAC
128 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * **
13099 ATTTTTGGATAAAACAGACTACATTTGAATGGTTACCTCAAGAAGCATGAAGAAAAATGCATTGT
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTA-CTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCA
* * * * *
13164 TTAGTGAGAAAAGTCTATTTATCGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTAC-CATCTTTAAATT
64 TTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATT
* ********
13228 ATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATNNNNNNNN
128 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
** * ** * ***
13270 NNTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTTTACGTTGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATNNN
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAC-TCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCA
******* * ** * * * * *
13335 NNNNNNNGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCTGTTCCTTCAAAATCTTTATTGCTCGCTTTAAATTG
64 TTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA
* * ***********
13400 TGTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNT
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
13441 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACTTAAAGAAATATGAAGAAAAAGGTAGTCA
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAC-TCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCA
* * * * *
13506 TT-GAAAAGAAAAGTCAATTT-TCTGTCACCTATTCCTTCAAAAG--TTGCATTACTCGCTTTAA
64 TTAG-TAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTT--ATTACTCGCTTTAA
**********
13567 ATTATTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
125 ATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* ** * * *
13612 ATTTTTGATTAAAGTAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCAATAAACATGCAGAAAAAGCCATTC
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTTTA-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTC
* * ***********
13676 ATTGAG-AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCANNNNNNNNNNNGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
63 ATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
**
13740 TATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTAC
127 TATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * *
13783 ATTTTTAGATCAAACAGACTATAATTGAATGCTTACATTAAGAAACATGAAGAAAACCA-CATTC
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAC-TCAAGAAACATGAAGAAAA--AGCATTC
* * * *
13847 ATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
63 ATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
* *
13912 ATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
128 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * ** * * *
13954 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATATCGACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAACGTATTCA
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTCA-AGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCA
* * * ********** * *
14019 TTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACACGCTTTAAATTG
64 TTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA
* *
14084 TTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAG-TCAATTTTTTTTAC
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAC
* * * * * * *
14125 ATTTTTTGTTAAAACGGACTATAATTGAACATCTGT-CTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGTAGTTC
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG-A-ATGTTTACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCA-TTC
** * ****
14189 ATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTAGCGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCATATTACTCGCTTNNNN
63 ATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
******
14252 NNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTTTAC
126 TTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * * * *
14296 A-TATTGGTTAAAATATATTATAATTGATTGTCTACCTTAAAAAACGTGAGGAAAAA-CACTTTC
1 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTA-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCA--TTC
* * * * *
14359 ATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
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14414 ACTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1617, Mismatches: 487, Indels: 135
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATT
AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
Found at i:15029 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14723--16063 Score: 651
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 171
14713 NNNNNNNNNN
* * * *******
14723 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTGTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAANNNNNNN
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATAT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATAC
*** * * * * * * * * *
14788 NNNAAGAAACGTGTAGAAAAAGC-CATT-TATTGAGAAGAAAATTCCATTAATAGTCACCCATTC
65 CTTAAGAAACATGAAGAAAAA-CACATTCTTTTG-CAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATTC
* *
14851 TTTCAAAAGCCATATTACTAGCTTTAAATTATTTTATAAGCTCA
128 TTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTATTTTATAATCTCA
* ** * * * *
14895 TAATTTATTTTAAGTCAAATATTTTTATATATTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTATACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACC
* * * * * *
14960 TCAAGAAACGTGAAGAAAAACTCATTCTTTTGCAAGAAAAGTCTATTTTTTGTCACTTATTCCTT
66 TTAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCTTTTGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATTCTTT
********** *
15025 CAAAAGCCTNNNNNNNNNNTGTAAA-TAGTTTTATAATCTCA
131 CAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCA
* * * *
15066 -ACATTGATTTTATGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGTTTAAAATAGACTATAATTGAATGCT-T
1 TA-ATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TAT
* * * * **
15129 ACCTTGAGAAACATAAAG-AAAACTGA-ATT-TTTTAGCAAGAAAAGTTTGTTTATTGTCACAAA
63 ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAC--ACATTCTTTT-GCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTA
**********
15191 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAANNNNNNNNNNATCTCA
125 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATTATTTTATAATCTCA
* * ** *** **
15238 TAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TGTTGGTTAAAATAGACTATAATCAAATCCCTGT
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* * * * * ** * *
15302 CTTAAGAAACATGCAGAAAGACACATTC-ATTGATAAGAAAAGTTTATTTATAATCACCCATTCC
65 CTTAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCTTTTG-CAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATTCT
* *
15366 TTCAAAAGCCCTATTAC-ACGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCA
129 TTCAAAAGCCTTATTACTA-GCTTTAAATTATTTTATAATCTCA
********** *
15409 TAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTACATATTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTATACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACC
** *
15474 TTAAGAAATGTGAAGAAAAACACATTCTTTTGCAAGAAAAGTCTATTTTTTGTCACCTATTCTTT
66 TTAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCTTTTGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATTCTTT
************
15539 CAAAAGCCTTATTACTCA-CTTNNNNNNNNNNNNTAATCTCA
131 CAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATTATTTTATAATCTCA
* * * ** * * * *
15580 AAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTCG
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACC
* ** ********** * * *
15645 TTGAGAAACATGTAA-AAAAAGGCNNNNNNNNNNAAGAAATGT-TAATTTATAGTCACCT-TTTT
66 TTAAGAAACATG-AAGAAAAACACATTCTTTTGCAAGAAAAGTCT-ATTTATTGTCACCTATTCT
* * *
15707 CTTCAAAAGCCGTATTACTCA-CTTTAAATTGTTTTACAATC-CTA
129 -TTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATTATTTTATAATCTC-A
* * * * *
15751 TAATTGATTTTTAGTTAAATGTTTTTACACT-TTTAGATAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TATA
* * ** * * *
15814 CCTTGAGAAACATAAAGAAAAATGCATTCTTTAGCAAGAAAAGT-TCATTTATCGTCACCCATTC
64 CCTTAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCTTTTGCAAGAAAAGTCT-ATTTATTGTCACCTATTC
* * ******
15878 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATANNNNNN
128 TTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTATTTTATAATCTCA
**** * * *
15922 NNNNTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTGGGTTAAAACAGCCTATAA-TGCAATGT-TT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTT-GGTTAAAACAGACTATAATTG-AATGTATA
* * ** ** * * * * *
15984 TCTTAGAGAAACGTGAAGAAAAACGTATTCAATGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTC
64 CCTTA-AGAAACATGAAGAAAAACACATTCTTTTGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATTC
*
16049 CTTCAAAAGCCTTAT
128 TTTCAAAAGCCTTAT
16064 NNNNNNNNNN
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TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACC
TTAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCTTTTGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATTCTTT
CAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTATTTTATAATCTCA
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17812 ATTATAAAAC
* * * *
17822 AATT-TAAAGCGAGTAATAAGTCTTTTGAAAGAATAGGTGACGATCAATGGACTTTTCTTGCTAA
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** *
17951 GTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAA
131 GT-AAAAAATTTAACCAAAAATCAATTATAA
* * * * * *
17982 AATTATNNNNNNNNNNAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATTGACTT
1 AATTAT----------AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACGATAAATGGACTT
* * * * *
18047 TTCTTACCGATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAGTATTCAATTATAGTTTGTTTT
56 TTCTTACCAAGGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTT
** *
18112 ATCTGAAAATGTAAAAAATTTAACCAAAAATCAATTATGA
121 ATCCAAAAATGTAAAAAATTTAACCAAAAATCAATTATAA
*
18152 GATTATAAA
1 AATTATAAA
18161 ACAATTTAAA
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AATTATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTACCAA
GGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTATCCAAAAAT
GTAAAAAATTTAACCAAAAATCAATTATAA
Found at i:22373 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
21941 NACTGAGAAG
* * * * *
21951 AAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCTTTGAAAAGTCATATTACT-AGCTTTAAATTGTTTTAT
1 AAAAGTCCTTTTATAATCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCA-CTTTAAATTGTTTTAT
* *
22014 AATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTATTT-CATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAA
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* *
22122 AAAAGTCCTTTTATAATCACCAATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAN
1 AAAAGTCCTTTTATAATCACCAATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAA
********* * * *
22187 NNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATATTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGT
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*
22252 CT-ACCTCAAGAAACAG-GAAGAAAATTA-CTTTCATTG-GCA-A
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*********** * * * *
22292 GAAAAGNNNNNNNNNNGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATTGTTTTATA
1 -AAAAGTCCTTTTATAATCACCAATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATTGTTTTATA
* * * *
22357 ACCTCATAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATT
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22417 TAATATCTNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAGTCCTTTTATAATCACCAATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAA
CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGC
CTGACTCAAGAAACGTGAAGAAAATACCATTCATTGAGAGA
Found at i:25961 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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25456 NNNNNNNNNN
* * * *
25466 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTAATTAAAAGATACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT
** * * *
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* * *
25593 GTCACCCATTCCTTCAAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATTGT
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* * * *
25636 TTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTGTTTTACAGTTTT-AGTAAAACAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT
** * * * *
25700 TGAATG-CTTGTCTCAAGAAACGTGTAGAAAAA-GCCATTCTTTGAG-AACAAAAGTCCATTTAG
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* * ***
25762 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGC
128 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
* * * * *
25806 TTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGACTAAAACAGACTGTAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT
* ** * **
25871 TAAATGTCTACTTTGAGAAATGTGAAGAAAAACGCATTTGTTAGCAAGAAAAGTCTC-TTTATAG
66 TGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTC-CATTTATAG
* * * * * *
25935 TCACCGATTCCTTCACAAGTCTTATTACCCACTTTATATTAT
130 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
* * * * *
25977 TTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACCATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAA
* * * *
26042 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
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* ** ** *
26107 TTACTTACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
130 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
** * * *
26149 TTTATAAAATCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACGTTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT
* * *
26213 TGAATGTCT-GTCTAAAGAAACGTGAAGAAAAA-GCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTAG
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* * * **
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128 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
* * ** * *
26319 TTTATAATCCCATAATTTATTTTAAGTT-AAAATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * * * * *
26383 TAAAAGTTTACTT-AGAGAAACATAAAGAAATATGAATTCATTTGCAAGAAAAGTCCCTTTATAG
66 TGAATGTCTACTTCA-AGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
26447 TCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTAT
130 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
* *
26489 TTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAA
** * * * * *
26553 TTGTCTATCTAAC-TCAAGAAACATGAAG-GAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATA
65 TTGAATGTCT-ACTTCAAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
26616 GCCACCCATTCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGT
129 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA-T
* *
26659 TTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT
* *
26724 TGAATGTCT-GTCTCAAGAAACGT-ATA-AAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTA
66 TGAATGTCTACT-TCAAGAAACGTGA-AGAAAAACG-CATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
26785 GAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATTCT
127 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
* * *
26830 TTTATACTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT
* * * ** * * *
26895 TGAATATCTACTT-AGAGAAACGTGGAGAAAAGCGCATTTGTTGGCAAGAAAAATCTATTTATAG
66 TGAATGTCTACTTCA-AGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
26959 TCTCCCATTTCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATCA-
130 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
*
26999 --TA-AA-CTCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTT-CATTTTTTG-TTAAAACAGA-TAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGACT-AT
* * *
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* *
27118 TATAGTCACCCTTTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
125 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
* * * ** *
27165 TTTATAATCTCATACTTCATTTTAAGTTGACTTTTTTTGTATTTTTTGA-TAAAACAAACTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAA
* * * * * * *
27229 TTTAATG-CTTATCTT-GAGAAACATGAATAAAAACGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTAT
65 TTGAATGTC-TA-CTTCAAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
27292 AGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTGTAAATTGT
128 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATTAT
* *********** *
27336 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATNNNNNNNNNNAAAACAAACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT
* * ** *
27401 T-AATTGTCTAGTT-AGAGAAACGTGAAGAAAAACCCA-TCGGTAGCAAGAAAAGTCCCTTTATA
66 TGAA-TGTCTACTTCA-AGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
27463 GTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATTAT
129 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
* * * * * * *********
27506 TTTGTAATTTTATAATTAATTTTAAATT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACNNNNNNNNN
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAA
* * * * * ** * **
27570 NTGAATG-CTTACCTCGAGACACGTAAAGAAAAA-AAATCCATT-GTCAAGAAAAGTCTTTTTAT
65 TTGAATGTC-TACTTCAAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTAT
********
27632 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNN
128 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
******************** * * *
27676 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAGGTTGAATTTTTTCATATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAA
* * * ** * * *
27740 TTGAATATCTACTT-AGATAAACGTAAAGAAAAACGCATTTGTTCGCAAGAAAAATCTATTTATA
65 TTGAATGTCTACTTCA-AGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
27804 GTCACCCATGCTTTGAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATTGT
129 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
* * *
27847 TTCATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTG-TTAAAACAGA-TAATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACT-ATAA
** * * * * * ******
27910 TTGAATGTCTACCACAGGAAATGTGTAGAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATNNNNNN
65 TTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
**** * * *
27974 NNNNCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATAGCTTTCAATTAT
130 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
* * *
28016 TTTATAATCTCATAATTAATTTTATA-TT-AATTTTTTTTATATTTTGGA-TAAAACAGACTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATA
28078 ATTGAATG
64 ATTGAATG
28086 CTTACCTTGA
Statistics
Matches: 1940, Mismatches: 430, Indels: 161
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
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TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT
TGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
Found at i:26835 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 25466--27560 Score: 1985
Period size: 341 Copynumber: 6.2 Consensus size: 341
25456 NNNNNNNNNN
* ** * *
25466 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTAATTAAAAGATACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * *
25531 TGAAT-GCTTGTCTCAAGAAACGTGTAGAAAAGCCATTCA-TTGAGAAGAGAAGTCCATTTATAG
66 TGAATATC-T-ACTTAAGAAACGTGAAGAAAAGGCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
25594 TCACCCATTCCTTCAAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
128 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
25659 ATGTTGAATTGTTTTACA-GTTTTAGTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGTCTCA-AGAAAC
193 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TGTCTCAGAGAAAC
* * * * *
25721 GTGTAGAAAAAGCCATTCTTTGAGAACAAAAGTCCATTTAGAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCC
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* ***
25785 TTATTACTAGCTTTAAATGGC
321 TTATTACTCGCTTTAAATTAT
* * * ** *
25806 TTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGACTAAAACAGACTGTAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * ** *
25871 TAAATGTCTACTTTGAGAAATGTGAAGAAAAACGCATTTGTTAGCAAGAAAAGTCTC-TTTATAG
66 TGAATATCTAC-TTAAGAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTC-CATTTATAG
* * * * * * *
25935 TCACCGATTCCTTCACAAGTCTTATTACCCACTTTATATTA-TTTTATAATCTCATAGTTGATTT
128 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * **
25999 TAAGTTAAATTTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACCATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAA
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* * * **
26063 C--ATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTTACACCTTCAAAA
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*
26125 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
318 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
** * * **
26149 TTTATAAAATCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACGTTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * *
26213 TGAATGTCTGTCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAG
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* * * * * *
26277 TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTTATTTT
128 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** * ** * * *
26342 AAGTT-AAAATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAAAGT-T-TACTTAGAGAAAC
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* * * * *
26404 --ATAAAGAAATATG-AATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAA
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*
26465 GCCTTATTACTTGCTTTAAATTAT
318 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
*
26489 TTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
** * * * *
26553 TTGTCTATCTAACTCAAGAAACATGAAGGAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGC
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* * *
26618 CACCCATTCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTA
129 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
*
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* *
26747 ATAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTA
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* *
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324 TTACTCGCTTTAAATTAT
* *
26830 TTTATACTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* ** * * *
26895 TGAATATCTACTTAGAGAAACGTGGAGAAAAGCGCATTTGTTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGT
66 TGAATATCTACTTA-AGAAACGTGAAGAAAAG-GCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
26960 CTCCCATTTCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATCA----TA-AA-CTCATAATTGATTTT
129 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
27018 AAATTGAATTGTTTTT-CATTTTTTGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATATCT-AC-CATAGAAA
193 AAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTGTCTCAGAG-AA
* *
27079 ACGTGT-AGAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCT-TTCCTTCAAAAG
255 ACGTATAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAG
*
27142 TCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
319 CCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
* * * ** * * *
27165 TTTATAATCTCATACTTCATTTTAAGTTGACTTTTTTTGTATTTTTTGATAAAACAAACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * * * *
27230 TTAAT-GCTTATCTTGAGAAACATGAATAAAAACGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTATAG
66 TGAATATC-TA-CTTAAGAAACGTGAA-GAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
27294 TCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTGTAAATTGTTTTATATTCTCATAATTGATTT
128 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
*********** *
27358 TAAGTTGAATTTTTTTATNNNNNNNNNNAAAACAAACTATAATT-AATTGTCTAGT-T-AGAGAA
192 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCT-GTCTCAGAGAA
* * ** * *
27420 ACGTGA-AGAAAAACCCA-TCGGT-AGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAA
255 ACGT-ATAAAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAA
*
27482 GCCTTATTATTCGCTTTAAATTAT
318 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
* * * * *
27506 TTTGTAATTTTATAATTAATTTTAAATT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
27561 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (341 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
TGAATATCTACTTAAGAAACGTGAAGAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTCAGAGAAACGTAT
AAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATTAT
Found at i:27540 original size:12 final size:12
Alignment explanation
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Period size: 11 Copynumber: 2.6 Consensus size: 12
27500 AATTATTTTG
27510 TAATTTTATAAT
1 TAATTTTATAAT
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1 TAATTTTATAAT
27533 TAATTTT
1 TAATTTT
27540 TTTTACATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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12 8 0.44
ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (12 bp):
TAATTTTATAAT
Found at i:31171 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 30166--32544 Score: 1052
Period size: 171 Copynumber: 13.9 Consensus size: 169
30156 NNNNNNNTTG
* * * *
30166 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAAGGGACTTTTGTTTC-CAACGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAAT
* * * *
30230 GTG-TTTTTCT-TCATGTTTCTCTAAG-TAGACAGTT-AATTATAGTCTGTTTT-ATCCAAAAAT
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* * ********
30290 GTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAANNNNNNNN
123 GTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTT
** * * * * * *****
30337 NNAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-AAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAANNNNN
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAAT
***** ** * * *
30401 NNNNNTTTCT-TCACGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATGGTCTGTTTTAATCAAAAAT-TAA
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* * * * * **
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126 AAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTT
* * * * *
30508 AAAGTGGGTAATAAGACTTGTGAAGGAATCGG-TGACTATAAA-GAGA-TTTTTCTTGCT-AACG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATGACTATAAATG-GACTTTTT-TT-CTCAATG
* ** * * *
30569 AAT-GCGTTTTTCT-TCACATTTCTCAAAG-TAGACAGTT-AATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAA
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* * * * **********
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121 ATGTAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTT
* * * * *
30679 AAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGTAGGAAT-GAGTGACTCTAAATGGACTTTTGTTCTCAAAGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAAT
*
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* *
30808 CAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTT
129 CAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTT
********** * * * *
30849 ANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATAAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAAT
*** **
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* * * *
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127 AACA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTT
* * * * *
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1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATG
* *
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*
31149 CAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATATAACAATTT
129 CAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTT
* * * * *
31190 CAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGTAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTATTAC-CAATGAA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAA
* * * ** ** * * * **
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**********
31316 AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACAATTT
126 AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTT
* * *
31360 AAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGTG-TGACTGTAAATGGA-TTTTTCTTCTCAATGAA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GATGACTATAAATGGACTTTTT-TTCTCAATGAA
* * * ** * * *
31423 TGGC-TTTTCTATACGTTTCCTGGGGTAAATATTTAATTATTA-TCTA-TTTAACAAAAAATGAA
64 TGGCTTTTTCTATACGTTT-CTTGAGCAAGCATTCAATTA-TAGTCTATTTTAA-TAAAAATG-T
* * * * * *
31485 AAAAAAATTCAACCTAAAATTAAGTATGAGTTTATGAAACCATTT
125 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTT
** * * * * *
31530 AAAGTAAGTAATAAGGCTTTTTAGGGAAT-GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-AAATGAA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAA
* * * * * * * *
31593 TGCCTTTTTCT-TCATGTTTATCGAGGAAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACTAAAAATAG-
64 TGGCTTTTTCTAT-ACGTTTCTTGA-GCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAAT-GT
* * *
31656 AAAA-ATATTCAACTGAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTT
125 AAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTT
********** ** * * * ** *
31701 ANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGGCTATAAAGGGACTTTTCTTGGCAACGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATG
** * * * * * * *
31766 TATTTTACT-TCATGTTTCCCTT-AG-TAGACATTGAATTATAGTCTGTCTTAACCAAAAATGTT
66 GCTTTTTCTAT-ACGTTT--CTTGAGCAAG-CATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAATG-T
* ** *
31828 AAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTAAAAGATTATAAAACAATTT
125 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTT
* ********** * * * * * **
31872 AAAGCAANNNNNNNNNNTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAGGGAGTTTTCTTGC-AAACAAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAAT
* * * * * * *
31936 GCGTTTTTTCTCAT--GTTTCTCTAAG-TAGATATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAACGT
65 G-GCTTTTTCT-ATACGTTTCT-TGAGCAAG-CATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAATGT
* * * * **
31998 AAAACAATTTAACTTAAAATAAATTATGGGCTTATAAAACCTTTT
125 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTT
* ** * *
32043 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GACTGACCCTAAATGGGCTTTTCTTT-TCAATAAA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAA
** * *
32106 TGGCTTTTTCTCCACGTTTCTTGAGACAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAT-TAAA
64 TGGCTTTTTCTATACGTTTCTTGAG-CAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAATGT--A
* *
32170 AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTACAAAACCATTT
126 AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTT
** * * * *
32214 AAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGG-TGATTATGAAT-GAATTTTTGTTAC-CAATGA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTT-TT-CTCAATGA
* * ** ** * * * *
32276 ATGCCTTTTTCTTTACGATTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATGGCCTGTTTTAACCAAAAATGT
63 ATGGCTTTTTCTATACG-TTTCTTGAGCAAG-CATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAATGT
* ********** * *
32340 AAAAAAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAATAATTT
125 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTT
* * * * *
32385 AAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAATGAATGGGT-AGCTCTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGA-CTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAAT
* * * * * * * *
32449 GGATTTTCCTACATGTTTCTTGAG-ACGGGATATCAATTATACTCTGTTTTAATGAAAAATGTAA
65 GGCTTTTTCTATACGTTTCTTGAGCA-AGCAT-TCAATTATAGTCTATTTTAAT-AAAAATGTAA
* *
32513 AATAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGTTTA
127 AACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTA
32545 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
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174 1 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
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ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTT
Found at i:32237 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 30166--32725 Score: 1775
Period size: 342 Copynumber: 7.5 Consensus size: 340
30156 NNNNNNNTTG
* * * * * *
30166 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAAGGGACTTTTGTTTCCAACGAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * *
30231 TG-TTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGTAGACAGTT-AATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAA
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* * **********
30294 AAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAANNNNNNNNNNAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
128 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * ********** *
30359 AAGGTATAAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAANNNNNNNNNNTTTCTTCACGTTTCTTGA
193 AAGGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTTGA
** * * * * *
30424 G-GTAGATATTCAATTATGGTCTGTTTTAATCAAAAATTAAAAAAAACTT-AACTTAAAATTAAC
258 GACAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATTAAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAAT
* * **
30487 TATGAGATTATAAAATAACAT
320 TATGAGTTTATAAAACAATTT
* * * * * * * *
30508 AAAGTGGGTAATAAGACTTGTGAAGGAATCGGTGACTATAAA-GAGATTTTTCTTGCTAACGAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTACCAATGAAT
** *
30572 GCG-TTTTTCTTCACATTTCTCAAAGTAGACAGTT-AATTATAGTCTGTTTT-AGTCAAAAATGT
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* * * ********** *
30634 AAAAAAGCTCAACTTTAAATTAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
127 AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
30699 TGTAGGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTGTTCTCAAAGAATGGCTTTTTCTATACGTTTCTT
191 TGAAGGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTT
*
30764 GAGACAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATGT-AAAACAATTCAAGTTAAAATCAAT
256 GAGACAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAT-TAAAAACAATTCAACTTAAAATCAAT
*
30828 TATGAGTTTATAAAACCATTT
320 TATGAGTTTATAAAACAATTT
********** * *
30849 ANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * *
30914 -GCTTTTT-ATCACGTTTCACAAGTTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAA
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* * * *
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130 AA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * * *
31042 AGGAATG-GATGACTTTAAATAGACTTTTTTTCTCGATGATTGGCTTTTTCTATATGTTTCTTGA
194 AGGAATGAG-TGACTCTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTTGA
* * *
31106 GCCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAGTAAAAGATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
258 GACAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAA-AT-TAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
*
31170 ATGAGTTTATATAACAATTT
321 ATGAGTTTATAAAACAATTT
* * * * ** *
31190 CAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * *
31255 C-CTTGTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATGGTTTGTTTTAAC-CAAAATAG-AA
66 CGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT-GTAA
********** * *
31317 AACAATTCAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACAATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTG
129 AA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * *
31382 AAGGAATGTGTGACTGTAAATGGATTTTTCTTCTCAATGAATGGC-TTTTCTATACGTTTCCTGG
193 AAGGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTTGA
** ** * * * * * * * *
31446 GGTAAATATTTAATTATTA-TCT-ATTTAACAAAAAATGAAAAAAAAATTCAACCTAAAATTAAG
258 GACAAGCATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAA-TAAAAAT-TAAAAACAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
31509 TATGAGTTTATGAAACCATTT
320 TATGAGTTTATAAAACAATTT
* * * * * *
31530 AAAGTAAGTAATAAGGCTTTTTAGGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * * *
31595 C-CTTTTTCTTCATGTTTATCGAGGAAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACTAAAAATAG-AA
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* * **********
31658 AAATATTCAACTGAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTG
129 AAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * ** * ** * * *
31723 AAGGAATGGGCGGCTATAAAGGGACTTTTCTTGGCAACGAATGTATTTTACTTCATGTTTCCCTT
193 AAGGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTT--CTT
* * * * * *
31788 -AG--TAGACATTGAATTATAGTCTGTCTTAACCAAAAATGTTAAAA-AATTTAACTTAAAATCA
256 GAGACAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAT-TAAAAACAATTCAACTTAAAATCA
** *
31849 ATTAAAAGATTATAAAACAATTT
318 ATTATGAGTTTATAAAACAATTT
** ********** * * * * **
31872 AAAGCAANNNNNNNNNNTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAGGGAGTTTTCTTGCAAACAAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * *
31937 CGTTTTTTC-TCATGTTTCTCTAAGTAGATATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAACGTAAA
66 CGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * ** *
32001 ACAATTTAACTTAAAATAAATTATGGGCTTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
130 A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * *
32066 AGGAATGACTGACCCTAAATGGGCTTTTCTTTTCAATAAATGGCTTTTTCTCCACGTTTCTTGAG
194 AGGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTTGAG
*
32131 ACAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAATTAAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
259 ACAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATT-AAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
32196 GAGTTTACAAAACCATTT
323 GAGTTTATAAAACAATTT
* * * * * * * *
32214 AAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGATTATGAATGAATTTTTGTTACCAATGAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * * *
32279 C-CTTTTTCTTTACGATTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATGGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
66 CGCTTTTTCTTCATG-TTTCTCAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-A
********** * *
32342 AAAAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTG
128 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
32407 AATGAATGGGT-AGCTCTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGATTTTCCTACATGTTTCTTG
193 AAGGAATGAGTGA-CTCTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTTG
* * * * *
32471 AGAC-GGGATATCAATTATACTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAATAATTCAAGTTAAAATCAA
257 AGACAAGCAT-TCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAAT-TAAAAACAATTCAACTTAAAATCAA
***********
32534 TTATGAGTTTANNNNNNNNNNN
319 TTATGAGTTTATAAAACAATTT
*********** * ** *
32556 NNNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
* * * * *
32621 -GCTTTTT-ATCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAGTCTATTTAAACAAAAAATATAAA
66 CGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-AA
*
32684 AAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTT
129 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTT
Statistics
Matches: 1710, Mismatches: 457, Indels: 103
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 13 0.01
340 355 0.21
341 472 0.28
342 826 0.48
343 41 0.02
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
CGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTTGAGAC
AAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
TTTATAAAACAATTT
Found at i:32438 original size:513 final size:505
Alignment explanation
Indices: 30170--32540 Score: 1431
Period size: 511 Copynumber: 4.6 Consensus size: 505
30160 NNNTTGAAAG
* * * * * * * **
30170 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAAGGGACTTTTGTTTCCAACGAATGTGTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAATGCCTT
* *
30235 TTTCTTCATGTTTCTCTAA-GTAGACAGTT-AATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAA
66 TTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACA-TTCAATTATGGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* ** * ********** *
30298 AATCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAANNNNNNNNNNAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
129 ATTCAACTTAAAATCAATTAAAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGG
* ** * * ********* * * *
30363 TATAAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAANNNNNNNNNNTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTA
194 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAA-TAAATGGTTTTTC-TCATGTTTCCT-AAGTA
* * * *
30428 GATATTCAATTATGGTCTGTTTTAA-TCAAAAAT-TAAAAAAAACTT-AACTTAAAATTAACTAT
255 GATATTTAATTATAGTCT-TTTTAACT-AAAAATGT--AAAAAA-TTCAACTTAAAATAAATTAT
** ** * * * * * * * *
30490 GAGATTATAAAATAACATAAAGTGGGTAATAAGACTTGTGAAGGAATCGGTGACTATAAAGAGAT
315 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GATGACTATAAATAGAC
* * * ** * * **
30555 TTTTC-TTGCTAACGAAT-GCGTTTTTCTTCACATTTC-TCAAAGTAGACAGTT-AATTATAGTC
379 TTTTCTTTTC-AATGAATGGC-TTTTTCTACATGTTTCTTGAGACAAG-CA-TTCAATTATAGTC
* * * * **********
30616 TGTTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAGC---TCAACTTTAAATTAATTATGAGATTNNNNNNNNNNT
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*
30678 TAAAG
501 TAAAA
* * * * * * *
30683 CTAGTAATAAGGCTTTTGTAGGAAT-GAGTGACTCTAAATGGACTTTTGTT-CTCAAAGAATGGC
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTATTAC-CAATGAATGCC
* ** ** * *
30746 TTTTTCTAT-ACGTTTCTTGAGACA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAA
64 TTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATGGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * ** * * ********** *
30808 CAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAA
127 AAATTCAACTTAAAATCAATTAAAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAA
* * *
30873 GAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTATCACGTTTCAC-AAGT
192 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGG-TTTTTCTCATGTTTC-CTAAG-
* * * *
30937 TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTCAAATCAATTATG
253 TAGATATTTAATTATAGTCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATAAATTATG
* ** * * *
31002 TGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTTTAAATAGACT
316 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GATGACTATAAATAGACT
* * * * *
31067 TTT-TTTCTCGATGATTGGCTTTTTCTATATGTTTCTTGAGCCAAGCATTCAATTATAGTCTATT
380 TTTCTTT-TCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTTGAGACAAGCATTCAATTATAGTCTGTT
* * ** * * *
31131 TTAGTAAAAGATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATATAACAATTTCAAG
444 TTAATAAAA-TTAAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTTAAAA
* *
31194 CGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAATGCCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAATGCCTT
* * *
31259 GTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATGGTTTGTTTTAACC-AAAATAG-AAAACAA
66 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATGGTCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAA
************ *
31322 TTCAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACAATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGA
130 TTCAACTTAAAATCAATTAAAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGA
* * * * * ** *
31387 ATGTGTGACTGTAAATGGATTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTCT-ATACGTTTCCTGGGGTAA
195 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATAAATGGTTTTTCTCAT--GTTTCCT-AAGTAG
* * * * * *
31451 ATATTTAATTATTA-TCTATTTAACAAAAAATGAAAAAAAAATTCAACCTAAAATTAAGTATGAG
256 ATATTTAATTA-TAGTCTTTTTAACTAAAAATG--TAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAG
* * ** * *
31515 TTTATGAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTTAGGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTT
318 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGA-TGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * *
31580 TC-TTACAAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTATCGAGGA-AAACATTCAATTATAGCCTGTTT
382 TCTTTTC-AATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTTGA-GACAAGCATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * * * ***
31643 TAACTAAAAATAGAAAAA-TATTCAACTGAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTANNN
445 TAA-TAAAATTA-AAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTTAAAA
******* * * * * * * ** * **
31705 NNNNNNNTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGGCTATAAAGGGACTTTTCTTGGCAACGAATGTATT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAATGCCTT
* * * * * * *
31770 TTACTTCATGTTTCCCTTA-GTAGACATTGAATTATAGTCTGTCTTAACCAAAAATGTTAAAAAA
66 TTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATGGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * **********
31834 TTTAACTTAAAATCAATTAAAAGATTATAAAACAATTTAAAGCAANNNNNNNNNNTTTTGAAGGA
130 TTCAACTTAAAATCAATTAAAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGA
* * * *
31899 ATGGGTGACTATAAAGGGAGTTTTCTTGCAAACAAATGCGTTTTTTCTCATGTTTCTCTAAGTAG
195 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATG-G-TTTTTCTCATGTTTC-CTAAGTAG
* * * *
31964 ATATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAACGTAAAACAATTTAACTTAAAATAAATTATGGGC
256 ATATTTAATTATAGTCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATAAATTATGAGA
* ** * *
32029 TTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGACTGACCCTAAATGGGCTTTT
319 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGA-TGACTATAAATAGACTTTT
* * *
32094 CTTTTCAATAAATGGCTTTTTCTCCACGTTTCTTGAGACAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
383 CTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTTGAGACAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* *
32159 TGAAAATTAAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTACAAAACCATTTAAAA
448 T-AAAATTAAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTTAAAA
* * * * * *
32218 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGATTATGAATGAATTTTTGTTACCAATGAATGCCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAATGCCTT
* * *
32283 TTTCTTTACGATTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATGGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
66 TTTCTTCATG-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATGGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
********** * *
32347 TTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAATGA
130 TTCAACTTAAAATCAATTAAAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGA
* * * *
32412 ATGGGT-AGCTCTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGATTTTCCTACATGTTTCTTGAGACG
195 ATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATAAATGG-TTTTTCT-CATGTTTCCT-A-A-G
* * * * *
32476 -GGATA-TCAATTATACTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAATAATTCAAGTTAAAATCAATTAT
253 TAGATATTTAATTATAGTCT-TTTTAACT-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATAAATTAT
32538 GAG
315 GAG
32541 TTTANNNNNN
Statistics
Matches: 1412, Mismatches: 380, Indels: 132
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 10 0.01
510 35 0.02
511 609 0.43
512 229 0.16
513 493 0.35
514 32 0.02
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (505 bp):
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAATGCCTT
TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATGGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
TCAACTTAAAATCAATTAAAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAA
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATAAATGGTTTTTCTCATGTTTCCTAAGTAGATATT
TAATTATAGTCTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGATGACTATAAATAGACTTTTCTTTTCAA
TGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTTGAGACAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAATTA
AAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACAATTTAAAA
Done.