Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397383.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_781.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Warning! 11746 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2583 original size:112 final size:111
Alignment explanation
Indices: 2383--2591 Score: 258
Period size: 112 Copynumber: 1.9 Consensus size: 111
2373 CAAATAGTTT
* * **
2383 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAACTTTTTTTACATTTTCAGTTAGAATAGTTTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAACTTTTTTTACATTTTCAGTTAAAATAGACTATAATTG
* * * * *
2448 ATTGTCTGCCTCGAGAAATATGAAGAAAAATATACTATAATTGTTC
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* * * **
2494 TATAATCTCATTATTGATTTT-GAATTCATTTTTGTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAG-ATTAACTTTT-TTTACATTTTCAGTTAAAATAGACTATAAT
*
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2592 CATTCATTGG
Statistics
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Consensus pattern (111 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAACTTTTTTTACATTTTCAGTTAAAATAGACTATAATTG
AATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATATACTATAATTGTTC
Found at i:2971 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2494--7611 Score: 4947
Period size: 172 Copynumber: 29.9 Consensus size: 172
2484 ATAATTGTTC
** * *
2494 TATAATCTCATTATTGATTTTGAA-TTC-ATTTTTGTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAA
1 TATAATCTCAAAATTGATTTT-AAGTTCAATTTTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
* * ** * * *
2557 TTGAATATTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAA
64 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
* *
2622 TCACCCGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * * *
2666 TATTACCTCGAAAA-TGATTTTATGTTCAATTTTTTTTATAGTTTTAGATAAAACAGACTATATT
1 TATAATCTC-AAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* ** * * * *
2730 TGAATGTCTAACTCT-AGAAATGTGAAGAAAAATGCATTCTTTGGCACGAAATGTCCATTTATTA
65 TGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA-TA
* * *
2794 -TCACCCATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTCAATGGTTT
128 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
2838 TATAATCTCAAAATT-AATTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATC-GATTATAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CAGACTATAAT
** * *
2901 TGAATGTCTATGTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * *
2966 CACCCATT-CTATTAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAAAGGTTT
130 CACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * *
3009 TATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTATATATATTTT--TT-AAACTGACTATAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * *
3071 TTAATGGT-TACCTCGAGAAATATGAAGGAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTACTTATAG
65 TGAAT-GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * * *
3135 TCACTCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATTGTTC
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
** * * *
3179 TATAATCTCATTATTGATTTTGAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGAATATAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* ** * * * *
3244 TGAAT-ACTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACAG-ATTCATAGGTAATAAAAGTCTATTTATA
65 TGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-TGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * *
3307 GTCACACGTTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
128 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * *
3352 TATTACCACAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* ** * * *
3417 GAATGTCTAACTCT-AGAAACATGAAGAAAAACACATGCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAAT
66 GAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * *
3481 CACCCGTTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTCAATGATTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
3524 TATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACA-TTTTGGTTCAAACAGATTAAAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* ** * *
3588 GAATGTCTA-CTATAAGAAACATGAAGAAAAACACATTTATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGT
66 GAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * *
3652 CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
3695 TATAATCTCATAATTGATTTTATGTT-ACA--TTTTTTACATTTTTTGTTAAACCAGACTATAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA-ATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * ** * * * ** * * *
3757 TGAATGCCTGCCTCAATAAATATGTAGAAAAACACATTTATTTGGAAAAAAAAGTCTATTTATAG
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * *
3822 TCACTCATTCCTTTAAAAACATTATTACTCACTTTAAATGGTTT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * * *
3866 GATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAA-TTTTTTCATATTTTTTGTTAAAACAGGCTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * * *
3930 GAATGTCGA-CTAGAAGAAACGTGAAGAGAAACGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGT
66 GAATGTCTACCTTG-AGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
** ** * * *
3994 CACCCATTTTTTCAAAAGCCCCATTTCTTACTTTCAATGGTTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * *
4037 TATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * *** * ** * *
4102 GAATGTCGACCTTGAGAAACATAAACAAAAAAATATTTATTACCAAGAAAAGTCCATTTATTGTC
66 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
** * * * **
4167 ACCCATTCCTGAAAAAGCCTTATCACACATTTTAAATAATTT
131 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * ** *
4209 TATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTATTTTTACATTTTTGACTAAAACTGACTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * * * *
4274 GAATGTCTA-CATCATG-AACGTGAAAAAAAATACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
66 GAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * *
4337 CACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAAA-AGTTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTT
* * * * *
4380 TATAATCTGAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACCGATTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * *
4445 GAATGTCTACATCGAGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGGCAAGACAAGTCCATTTATAGT
66 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
*
4509 CACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
4551 TATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACTGACTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * * ** * *
4616 GAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAATTACATTCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATACTC
66 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * *
4681 ACTCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTCAATTGG-TT
131 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTT
* * * * * * * * * *
4723 TATAATCTCATATTTGAATTTAA-ATGAA-ATTTTTGACATTTTTGATTCAAACAGATTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* ** * * * *
4786 AAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-GACATTCATTAGCAA-CAAAGTCCATTTATAGT
66 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * *
4849 CACACATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * * *
4892 TATAACCTCAAAATTAATTTTAAG-T-AGTAGTTTTTCACATTTTCGGTTAAAAAAGGCTATAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * *
4955 TGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACGTATTTATTTGTAAGAAAAGTCTATTTTTAGT
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
** * *
5020 CACCTGTTCCTTCAAAAGCCATATTACTAACTTTAAATGGTTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * * ** *
5063 TATTACCTCAAAATTGTTTTTATGTTCAATTTGTTTTAGAATTTTGACTAAAATAGACTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * * * *
5128 GAATGTTTAACTCT-AGAAACGTGAATAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATTGT
66 GAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * *
5192 CACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTCAATTGTTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * ** *
5235 TATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTT-TATGTTTAGTTAAAATTGATTATAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* ** * * * * ** *
5299 TGAATATCTATGTCGAGAAACATGAAGACAAAGGCATTCTTTTACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* *
5364 CACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
5407 TGTAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACTGACTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* *
5472 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
66 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * **
5537 ACCCATTTCTTCAAAAGCTTTATTACTCA-TATTTAATTATTT
131 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTT
* * * * * * ** * **
5579 TATAATCTCATATTTGAATTTAAGTTTAA-TTTTTTAATATTTTTTATTCAAACCA-TTTATAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGACTATAAT
** ** *** * *
5642 TGAATGTCTATATCAAGAAACGCAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
*
5706 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
5749 TATTACCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGAATATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * * * **
5814 GAATGCCCAACTCT-AAAAACGTGAGGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
66 GAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * * *
5878 CACCCGTCCCTTCGAAAGCTTTATTAGTCACTTTCAATGGTTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
5921 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTT-AATTTTTTTTATATTTTTTG-TCAAACAAATTAAAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * **
5984 TGATTGTCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * *
6049 CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATTGTTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
6092 TATAATCTCATATTTGAATTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTT-TTTAAAACAGACTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
** * * * * *
6155 GAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAGAAACGCATTCATTGATG-AA-AAAAATCTATTTATAG
66 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTG--GCAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * * * * *
6218 TCACTCATTTCTTCAAAAGTCTCATTTCTCACTTTTAATAGTTT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * *
6262 TATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTTAATTGTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * * * * * * *
6327 GAATGTCTATCTTTAGAAACGTTAACAAAAAAGCATTTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATTGTC
66 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * ** * * * ** *
6392 ATCCATTTCAGCCAAAGCCTTATCACACGTTTTCAATGGTTT
131 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
6434 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAAGTTTTTTTACATTTTTAGCTCAAACTA-ACTATAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGACTATAAT
* * * * * * * *
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65 TGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * *
6562 TCATCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
6606 TATAATCTCAAAATTGAATTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTGTT-GTTAAAACCGATTATACT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTT-TTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * * *
6669 TGAATGTCTACATCGAGAAACACGAAGAGAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGT-TCATTCATAG
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAG
* * *
6733 CCACCCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
6777 TATAATCTCAAAATTGATTTTGAA-TTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTTACAACTGACTATAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTT-AAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * *
6841 TGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATACATTGGTAAGAAAACTCTATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * *
6906 CACACATTCCTTCACAAGCCTTATTACTCACTTTCAACT-GTTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTT
* * * * * * *
6949 TATAATCTCATATTTGAATTTAAGTTGAATTTTTTATATAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * *
7014 GAATGCCTAACTCT-A-AACACGTGAAGAAAAATGCATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
66 GAATGTCTACCT-TGAGAA-ACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
** * * *
7077 TCACCTGTTTCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTCAATGGTTT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
7121 TATTACCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTGTTTTTAAAGTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* ** ** *
7186 GAAT-TCTTAACTCCAGAAATGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
66 GAATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * *
7250 CATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
7293 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACTGATTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* ** * * ** * * *
7358 GAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAA-GAGATTAATTGATAAAAAAAAGTCCATATATAG
66 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAG
*
7422 TCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* *
7466 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTT--TTAAAAACTGACTATAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGACTATAAT
* * * * * * *
7529 TGAATGTTTATCTCGAGAAACATAAAGGAGAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
7594 CACCCATTCCTTCAAAAG
130 CACCCATTCCTTCAAAAG
7612 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4062, Mismatches: 788, Indels: 193
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 75 0.02
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Consensus pattern (172 bp):
TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
Found at i:3215 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 2486--7611 Score: 5017
Period size: 343 Copynumber: 15.0 Consensus size: 343
2476 AATATACTAT
* ** * *
2486 AATTGTTCTATAATCTCATTATTGATTTTGAA-TTC-ATTTTTGTTTACATTTTTTGTTAAAATA
1 AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AAGTTCAATTTTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * ** *
2549 GACTATAATTGAATATTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGGAAGAAAAGTCT
64 GATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* * * * *
2614 ATTTATAATCACCCGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTACCTCGAAA
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAA
* * * *
2679 A-TGATTTTATGTTCAATTTTTTT-TATAGTTTTAGATAAAACAGACTATATTTGAATGTCTAAC
193 ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATA-TTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* ** * * * * *
2742 TCTAGAAATGTGAAGAAAAATGCATTCTTTGGCACGAAATGTCCATTTATTA-TCACCCATTCTT
256 TCGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA-TAGTCACCCATTCCT
*
2806 TCAAAAACCTTATTACTCACTTTC
320 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTC
* * * *
2830 AATGGTTTTATAATCTCAAAATT-AATTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATC-G
1 AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CAG
** ** *
2893 ATTATAATTGAATGTCTATGTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
* * *
2958 TTTATAGTCACCCATT-CTATTAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAAAGGTTTTATAATCTCAAAA
130 TTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * *
3022 TTGATTTTGAGTTTAATTTTTTATATATATTTT-TT-AAACTGACTATAATTTAATGGT-TACCT
194 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTT-TATATATTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTCTACCT
* * * * * *
3084 CGAGAAATATGAAGGAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCATTCCTCC
257 CGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
*
3149 AAAAGCCTTATTACTCACTTTT
322 AAAAGCCTTATTACTCACTTTC
* ** * *
3171 AATTGTTCTATAATCTCATTATTGATTTTGAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
1 AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * *
3236 AATATAATTGAAT-ACTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACAG-ATTCATAGGTAATAAAAGTC
65 ATTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * *
3299 TATTTATAGTCACACGTTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTACCACAAA
128 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* * *
3364 ATTGATTTTATGTTCAATTTTTTT-TACAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAAC
193 ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATA-TTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* ** * * * *
3428 TCTAGAAACATGAAGAAAAACACATGCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCGTTCCTT
256 TCGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
*
3493 CAAAAGCTTTATTACTCACTTTC
321 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTC
* * * *
3516 AA-TGATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACA-TTTTGGTTCAAACAG
1 AATTG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * ** * *
3579 ATTAAAATTGAATGTCTA-CTATAAGAAACATGAAGAAAAACACATTTATTGGCAAGAAAAGTCA
65 ATTATAATTGAATGTCTACCT-CAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* * * *
3643 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * * * *
3708 TTGATTTTATGTT-ACA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAACCAGACTATAATTGAATGCCTGCCTC
194 TTGATTTTAAGTTCA-ATTTTTTTATATATTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * ** * * * * *
3771 AATAAATATGTAGAAAAACACATTTATTTGGAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTT
258 GAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
3836 AAAAACATTATTACTCACTTTA
322 AAAAGCCTTATTACTCACTTTC
* * * * * * * * *
3858 AATGGTTTGATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAA-TTTTTTCATATTTTTTGTTAAAACAGG
1 AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * *
3922 CTATAATTGAATGTCGA-CTAGAAGAAACGTGAAGAGAAACGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTA
66 TTATAATTGAATGTCTACCT-CAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
** ** * * *
3986 TTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCCCATTTCTTACTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
130 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * * * *
4051 TTATTTTAAGTTTAATTTTTTT-TACATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGAATGTCGACCTT
195 TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATA-TTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * *** * ** * * **
4115 GAGAAACATAAACAAAAAAATATTTATTACCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTGAA
258 GAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * *
4180 AAAGCCTTATCACACATTTTA
323 AAAGCCTTATTACTCACTTTC
** * * ** *
4201 AATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTATTTTTACATTTTTGACTAAAACTGA
1 AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * ** * *
4266 CTATAATTGAATGTCTACATCATG-AACGTGAAAAAAAATACATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
66 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * * *
4330 TTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAAA-AGTTTTATAATCTGAAAAT
131 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * *
4394 TGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACCGATTATAATTGAATGTCTACATC
195 TGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTATATATTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * *
4458 GAGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGGCAAGACAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCATC
258 GAGAAACATGAAGAAAAATG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
4522 AAAAGCCTTATTACTCACTTT-
322 AAAAGCCTTATTACTCACTTTC
* * * * * *
4543 AAATGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACTGA
1 AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * *** ** *
4608 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAATTACATTCATTGATAAAAAAAGTCTAT
66 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * * * * * *
4673 TTATACTCACTCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTCAATTGG-TTTATAATCTCATATT
131 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * * * * * *
4737 TGAATTTAA-ATGAAATTTTTGACAT-TTTTGATTCAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCA
195 TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATATTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * * * *
4800 AGAAACGTGAAGAAAAA-GACATTCATTAGCAA-CAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCTTTCA
259 AGAAACATGAAGAAAAATG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
*
4863 AAAGCCTTATTACTCACTTTA
323 AAAGCCTTATTACTCACTTTC
* * * * * * *
4884 AATTGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAG-T-AGTAGTTTTTCACATTTTCGGTTAAAAAAG
1 AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
** * * * * * *
4947 GCTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACGTATTTATTTGTAAGAAAAGTCTA
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
* ** * * * *
5012 TTTTTAGTCACCTGTTCCTTCAAAAGCCATATTACTAACTTTAAATGGTTTTATTACCTCAAAAT
130 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * * *
5077 TGTTTTTATGTTCAATTTGTTTTAGA-ATTTTGACTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTAACTC
195 TGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTATATATTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * * * *
5141 TAGAAACGTGAATAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATTGTCACCCATCCCTTCA
258 GAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
*
5206 AAAGCCTTATTACTCACCTTC
323 AAAGCCTTATTACTCACTTTC
* * * * **
5227 AATTGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTT-TATGTTTAGTTAAAATTG
1 AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* ** * * * ** *
5291 ATTATAATTGAATATCTATGTCGAGAAACATGAAGACAAAGGCATTCTTTTACAAGAAAAGTCCA
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
* * *
5356 TTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAAT
130 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * *
5421 TGATTTTGAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACTGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
195 TGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTATATATTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * *
5486 AGAAACATGAAGAAAAATGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAA
259 AGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
5551 AAGCTTTATTACTCA-TATTT
324 AAGCCTTATTACTCACT-TTC
* * * * * * * ** *
5571 AATTATTTTATAATCTCATATTTGAATTTAAGTTTAA-TTTTTTAATATTTTTTATTCAAACCA-
1 AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAG
* ** *** *
5634 TTTATAATTGAATGTCTATATCAAGAAACGCAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG-AAAGTCCA
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
* * *
5698 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTACCTCAAAAT
130 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * *
5763 TGATTTTATGTTCAATTTTTTT-TACAATTTTAGTTAAAACAGAATATAATTGAATGCCCAACTC
195 TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATA-TATTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * ** * * *
5827 TAAAAACGTGAGGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCGTCCCTTCG
258 GAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* *
5892 AAAGCTTTATTAGTCACTTTC
323 AAAGCCTTATTACTCACTTTC
* * * * * *
5913 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTT-AATTTTTTTTATATTTTTTG-TCAAACAA
1 AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * **
5976 ATTAAAATTGATTGTCTACCAT-AAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
65 ATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* * * * *
6040 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATTGTTTTATAATCTCATAT
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * *
6105 TTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA
194 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATATTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * * * * *
6169 AGAAACGTAAAGAGAAACGCATTCATTGATG-AA-AAAAATCTATTTATAGTCACTCATTTCTTC
259 AGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTG--GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
6232 AAAAGTCTCATTTCTCACTTTT
322 AAAAGCCTTATTACTCACTTTC
* * * * *
6254 AATAGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTTAATTGTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGA
1 AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* ** * * * * * * *
6319 TTATAATTGAATGTCTATCTTTAGAAACGTTAACAAAAAAGCATTTATTGGAAAGAAAAGTCCAT
66 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * * ** * * * ** *
6384 TTATTGTCATCCATTTCAGCCAAAGCCTTATCACACGTTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
131 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * *
6449 GATTTTAAATTGAAGTTTTTTTACAT-TTTTAGCTCAAACTA-ACTATAATTGATTGTCTACATC
196 GATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTATATATTTT-GTTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * * * *
6512 -ATGAAACGTGAAGAAACATGCATGCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCATCCATTCTTTC
258 GA-GAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
6576 AAAAGCCTTATTACTCACTTTC
322 AAAAGCCTTATTACTCACTTTC
* * *
6598 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTGTT-GTTAAAACCG
1 AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTT-TTGGTTAAAACAG
* * * * * * *
6661 ATTATACTTGAATGTCTACATCGAGAAACACGAAGAGAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGT-TC
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-
* * * *
6725 ATTCATAGCCACCCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAA
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * * * *
6790 TTGATTTTGAA-TTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTTACAACTGACTATAATTGAATGCCTACCT
194 TTGATTTT-AAGTTCAA-TTTTTTTATATATTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * *
6854 TGAGAAACATGAAGAAAAATGCATACATTGGTAAGAAAACTCTATTTATAGTCACACATTCCTTC
257 CGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
*
6919 ACAAGCCTTATTACTCACTTTC
322 AAAAGCCTTATTACTCACTTTC
* * * * * * * *
6941 AACTGTTTTATAATCTCATATTTGAATTTAAGTTGAATTTTTTATATAGTTTTGGTTAAAACAGA
1 AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * *
7006 CTATAATTGAATGCCTAACTCTAA-ACACGTGAAGAAAAATGCATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTA
66 TTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
** * * * * *
7070 TTTATAGTCACCTGTTTCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTCAATGGTTTTATTACCTCAAAAT
130 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * *
7135 TGATTTTATGTTCAATTGTTTTTA-A-AGTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTGAAT-TCTTAAC
195 TGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTATATA-TTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACC
* ** * *
7197 TCCAGAAATGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTT
256 TCGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
*
7262 TAAAAGCCTTATTACTCACTTTC
321 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTC
* * * *
7285 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACTGA
1 AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * ** * *
7350 TTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGAG-ATTAATTGATAAAAAAAAGTCC
66 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-GCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCT
* *
7414 ATATATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * *
7479 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-TATATTTTTTTAAAAACTGACTATAATTGAATGTTTATCTC
194 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATATTTTGTT-AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * *
7543 GAGAAACATAAAGGAGAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
258 GAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
7608 AAAG
323 AAAG
7612 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3904, Mismatches: 778, Indels: 200
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 7 0.00
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345 230 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (343 bp):
AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
GATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATATTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
AAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTC
Found at i:13707 original size:170 final size:173
Alignment explanation
Indices: 13325--13772 Score: 413
Period size: 173 Copynumber: 2.6 Consensus size: 173
13315 NNNNNNNNNN
* * * ** *
13325 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTATC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAACGTATTCATTGGCAAG
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCATC-AGAAACGTGAACAAAAATATATTTATTGGCAAG
** * * ********** ** * *
13389 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTTCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCACTTTCAATGGTTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTGCAAAAGCCTTATCACTCGTTTTAAATGGCTTTATAA
* * * *
13454 TCTCAAATTTTATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTTACATTTTTGGC
130 TCTCAAATTTGATGTTAAGTCTAA-TTTGTTTTTACATTTTTGGC
* * * * *
13499 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGGACAAAAA-ATGTTTATTGGCAA-A
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCATCAGAAACGTGAACAAAAATATATTTATTGGCAAGA
** *
13562 AAAGATCTGTTTATTGTCACCCATTCCTGCAAAAGCCTTATCACTCGTTTTAAATGGCTTTATAA
66 AAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTGCAAAAGCCTTATCACTCGTTTTAAATGGCTTTATAA
* * *
13627 TCTCAAA-TTGATGTTAGGTCTAA-TTGTTTTTATATTTTTGGT
130 TCTCAAATTTGATGTTAAGTCTAATTTGTTTTTACATTTTTGGC
* * * *
13669 TGAAACGGACTATAATTGAATTTCTA-CATCATGAAACGTGAAGAAAAATATATTTATTGGCAAG
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCATCA-GAAACGTGAACAAAAATATATTTATTGGCAAG
**
13733 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTGCAAAAGCCTTA
13773 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 51, Indels: 13
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 52 0.24
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174 40 0.18
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (173 bp):
TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCATCAGAAACGTGAACAAAAATATATTTATTGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTGCAAAAGCCTTATCACTCGTTTTAAATGGCTTTATAAT
CTCAAATTTGATGTTAAGTCTAATTTGTTTTTACATTTTTGGC
Found at i:13769 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 13441--13772 Score: 402
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
13431 NNNCACTTTC
* * * * *
13441 AATGGTTTTATAATCTCAAATTTTATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACA
1 AATGGCTTTATAATCTCAAATTTGATGTTAAGTCTAA-TTTGTTTTTACATTTTTGGCTAAAACA
* * * * * **
13506 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGGACAAAAAATGTTTATTGGCAAAAAAGATCTG
65 GACTATAATTGAATGTCTACCATCAGAAACGTGAACAAAAAATATTTATTGGCAAAAAAGATCCA
*
13571 TTTATTGTCACCCATTCCTGCAAAAGCCTTATCACTCGTTTTA
130 TTTATAGTCACCCATTCCTGCAAAAGCCTTATCACTCGTTTTA
* * * * *
13614 AATGGCTTTATAATCTCAAA-TTGATGTTAGGTCTAA-TTGTTTTTATATTTTTGGTTGAAACGG
1 AATGGCTTTATAATCTCAAATTTGATGTTAAGTCTAATTTGTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAG
* *
13677 ACTATAATTGAATTTCTA-CATCATGAAACGTGAAGAAAAATATATTTATTGGCAAGAAAAG-TC
66 ACTATAATTGAATGTCTACCATCA-GAAACGTGAACAAAAA-ATATTTATTGGCAA-AAAAGATC
**
13740 CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTA
128 CATTTATAGTCACCCATTCCTGCAAAAGCCTTA
13773 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 22, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 52 0.39
171 43 0.32
172 17 0.13
173 19 0.14
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
AATGGCTTTATAATCTCAAATTTGATGTTAAGTCTAATTTGTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAG
ACTATAATTGAATGTCTACCATCAGAAACGTGAACAAAAAATATTTATTGGCAAAAAAGATCCAT
TTATAGTCACCCATTCCTGCAAAAGCCTTATCACTCGTTTTA
Found at i:13968 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13434--14421 Score: 496
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 171
13424 NNNNNNNNNN
* * * * * *
13434 CACTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAATTTTATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTTACATTTTTGGC
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA---TTTTTTTACATTTTTTGT
* * * * * * * ** * *
13499 TAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGGACAAAAA-ATGTTTATTGGCAA-
63 TAAAACCA-ATTATAATTGAATGTCAACATCGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
** * * *
13561 AAAAGATCTGTTTATTGTCACCCATTCC-TGCAAAAGCCTTATCACT
127 AAAAG-TCCATTTATAGTCAACCATTCCAT-CAAAAGCCTTATTACT
** * * * * *
13607 CGTTTTAAATGGCTTTATAATCTC-AAATTGATGTT-AGGTCTAATTGTTTTTATATTTTTGGTT
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AATT-TTTTTACATTTTTTGTT
* ** * * * * * * * * *
13670 GAAACGGACTATAATTGAATTTCTACATC-ATGAAACGTGAAGAAAAATATATTTATTGGCAAGA
64 AAAACCAATTATAATTGAATGTCAACATCGA-AAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGA
* * * *****
13734 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTANNNNN
128 AAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCATCAAAAGCCTTATTACT
*************
13778 NNNNNNNNNNNNNTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTTGTT-
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTACATTTTTTGTTA
** *
13842 AAACCAATTATAATTGAATGTTTACATCGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAA
65 AAACCAATTATAATTGAATGTCAACATCGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAA
* **********
13907 AGTCCATTTATAGTCATCCATTCCATCAANNNNNNNNNNACT
130 AGTCCATTTATAGTCAACCATTCCATCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
13949 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTGACTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTA
** * * * * * ** *
14014 AAACTGACTATAATTGAATGTCCACCTCGAGAAAA-ATGCAGCAAAACCCATTCATTGGTAAAAA
65 AAACCAATTATAATTGAATGTCAACATCGA-AAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAA
* ** *
14078 AAGTCTATTTATAGT-AACCTATTCTTTTAAAAGCCTTATTACT
129 AAGTCCATTTATAGTCAACC-ATTCCATCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * *
14121 CACTTTCAATTGTTTTATAATCTCATATTTAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTG
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTG-TTA
* * * *
14185 AAA-CAGATTATAATTGAATGTCAACGTC-AAGAAGCATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG-
65 AAACCA-ATTATAATTGAATGTCAACATCGAA-AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGA
* **************
14247 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTNNNNNNNNNNNNNNATTACT
128 AAAGTCCATTTATAGTCAACCATTCCATCAAAAGCCTTATTACT
* * * ** * *
14291 CACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTAGAATTTTATTAC-TTTTTTATTTA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTT-GTTA
* * * * * *
14355 GAA-CAATTTATACTTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
65 AAACCAA-TTATAATTGAATGTCAACATCGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAA
14419 AAG
129 AAG
14422 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 616, Mismatches: 174, Indels: 52
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 184 0.30
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173 28 0.05
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Consensus pattern (171 bp):
CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
AACCAATTATAATTGAATGTCAACATCGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCAACCATTCCATCAAAAGCCTTATTACT
Found at i:17438 original size:172 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 172 Copynumber: 6.5 Consensus size: 170
16357 NNNNNNNNNN
* * *
16367 AATG-TAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTGAAAATGAATAATA
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* * * * * *
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* * *
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* * * * ** * *
16539 AATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TATTGAGATTATAAAATCATTAAAAACGTGTGATA
1 AATGTTAAAACAATT-AACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATA
* * * * * * * *
16603 AAGCTTTTGCAGGAATGGGTGA-TAATAAATGGACTTTCCTTGCCAATAAACGCTTTTTTGTTCA
64 AGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACT-ATAAATAGACTTT-CTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCA
* * * * * *****
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** * * * * * *
16711 AATG-TAAAA-AAAAAAATTAAAGTAAATTTTGAGATGATAAAACCATTGAAAGTGA-TAAATGA
1 AATGTTAAAACAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGT-AATAA
* * * * * *
16773 GGCTTTTGAAGAAATAGCTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAACGAATGCATTTCTCTTCACG
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* * * **
16838 TTTC-TCAAGTTAG--A--CAATTATAGTATGTTTTAACCAAA
129 TTTCATGAAG-TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAA
* * * *
16876 AATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAGGTGAGTAATAA
1 AATGTTAAAACAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAA
* * * * * * *
16941 GGTTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAAATAAATGAATTTTT-TACA
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* * * * * *
17003 CATTTCCTG-AGCTAGGCATTTAATTATAGTCTAGTTTAATGAAA
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* * * * *
17047 AAT-ATAAAA-AATATAACTTCAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGA-A
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* * *
17109 AGACTTTTGAAGGAAT-GAGTGA-TGATAAATAAACTGTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTCTTC
64 AGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACT-ATAAATAGACT-TTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTC
** * * *
17171 ATTTTTCA-CAAGGTAGATAATT-AATTATAATCTATTTTAACT-AAA
126 ACGTTTCATGAA-GTAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAA
* * * *
17216 AAT-ATAAAAAAATTTAAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGCGTAATA
1 AATGTTAAAACAA-TTAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATA
* *
17280 AGGCTTTAGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCAT
64 AGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTT-TCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCAC
*
17345 GTTTCATGATGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAA
128 GTTTCATGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAA
*
17388 AATGTTAAAACAATTAAGCTTAAAATGAATTATGATG-TTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATA
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* *
17452 AGGCTTTTGAAGAAACAGGTGACTATAAA
64 AGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAA
17481 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 745, Mismatches: 152, Indels: 90
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 23 0.03
166 4 0.01
167 17 0.02
168 92 0.12
169 209 0.28
170 26 0.03
171 115 0.15
172 245 0.33
173 14 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AATGTTAAAACAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACGTT
TCATGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAA
Done.