Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398553.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1845.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9460
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 2203 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3099 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2510--4736 Score: 1487
Period size: 171 Copynumber: 13.0 Consensus size: 171
2500 NNNNNNNNNN
* **
2510 TTTTTTACATTTGTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAT-AAGGAAA
1 TTTTTTACATTT-TTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAA-GAAA
** * **
2573 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA
64 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
*********
2637 CTTTAAATGGTNNNNNNNNNNT-ATAATTGATTTTAAGTTGAAT
129 CTTTAAATGGT-TTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
2680 TATTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATAAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAA
** * * ** * *
2744 AGTGATTCATTAATG-AAAAAAAG-CCTATTTATAGTCATTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACT
65 AGCCATTCATT--GGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * ** * *
2807 CAATTTTAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAAT
127 CACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
** * * *
2852 TTTTTTATGTTTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTAACTCCA-GAAACATGAAGAAA
1 TTTTTTACATTTTTGT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CAGGAAACATGAAGAAA
*** * * * * * **
2916 AAAATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCATCGAAACCCTTATTAATTG
64 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * *
2981 GTTTAAATGGTTTTACAATCTAATAGTTGATTTTAAGTTGAAT
129 CTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** *
3024 TCTTTTACAATTTTGTTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCTCATTAAACATGAAGACAAA
1 TTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAA
* ********** * * **
3089 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTNNNNNNNNNNCATGCCATCAAAAGATTTATTACTCACT
66 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
*
3154 TTAAATGGTTTT-CTGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
131 TTAAATGGTTTTAC-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
3195 TTTTTTACATTTTTAG-TCAAAACTGATTACAGTTGAATGTCTACCTAAGGAAACTTGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTT-GTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAA
* * * * *
3259 AGCCATTCA-TGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGACACCAATACCTTTGAAAGTCTTATTACTCA
65 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * * **
3322 GTTTTAATGGTATT-CTAATCTCATAGTTGATTTTAAGTCAAAT
129 CTTTAAATGGTTTTAC-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
3365 ATTTTTATATTTTT-TCTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAA
** * * * * * * *
3429 AGAAATTCATTGGCAAGAACATTTCATTTATAGTCAGCCATGCCTTCGAAAAGCTTTATTACCCG
65 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCA
* * * *
3494 CTTCAAATGG-TTTATAATCTCACAATTCATTTTAAGTTGAA-
129 CTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* ** ********** ** * ** *
3535 TTTTTTACAATTTTGGATNNNNNNNNNNATAATTGAAAATCTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * * * *
3600 ACCATTCATTGGCAAGCAAAGACCATTTATAGCCACCAAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCATT
66 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * **********
3665 TTAAATGGCTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAAT
131 TTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * *
3706 TTTTTTACATTTTT-TATTAAAATAGATTAGAGTTGAATGTTTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAA
** * *
3770 AGCCATTCATTGATAAGAAAAG-CCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAA-CCTTTATTACTC
65 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC-TTATTACTC
* * *
3833 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTGAAGTTG-AT
128 ACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
3876 TTTTTTA-ATTTTTTTCATTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
1 TTTTTTACATTTTTGT--TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAA
** * * * * * *
3939 AAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATGGCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
64 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * *
4004 TTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
129 CTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* ** * ** * ** *
4047 TCTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGGCTCTA-AAAACACAAAGGAAA
1 TTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACATGAAGAAAA
* * ********** * * *
4111 AGCCATTCATTTGTAAGAAANNNNNNNNNNTAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTGTAACTCAC
65 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* ********** *
4176 TTTAAATGGTTTT-CTAATCTTATNNNNNNNNNNAAGTTAAAT
130 TTTAAATGGTTTTAC-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
4218 TTTTTTATATTTTT-TGTTCAAACAGATTATAGTTGAATGTCTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAA
* ********** * *
4282 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCACCCAAGCCTTC-AAACCCTTATTACTC-C
65 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
4345 TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGCTGAAT
130 -TTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * *
4388 TTTTTTACATTTTT-TGTTGAAACAAATTACAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGTAGAGAA
1 TTTTTTACATTTTTGT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAA
** * *
4452 AGATATTCAATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT-GAAAAGCCTTATTATTC
65 AGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTC
* ** * * *
4515 GCTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTG-AT
128 ACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
4558 TTATTTTATCATTTTTGGTTAAAA-AAATTATAATTAAATGTCTACCT-TGAGAAACATGCAGAA
1 TT-TTTTA-CATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAA
* ** * * * *
4621 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTACGCCTTTGAAACCCTTATTGCTC
63 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
4686 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAAT
128 ACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
4730 TTTTTTA
1 TTTTTTA
4737 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1571, Mismatches: 433, Indels: 105
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 32 0.02
170 555 0.35
171 736 0.47
172 197 0.13
173 51 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAA
GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
Found at i:4043 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2510--4736 Score: 1504
Period size: 341 Copynumber: 6.5 Consensus size: 341
2500 NNNNNNNNNN
* **
2510 TTTTTTACA-TTTGTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAT-AAGGAA
1 TTTTTTACATTTTTTTCATTAAAA-AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA-GAA
* * *
2572 AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
64 AAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* ********* * *
2636 ACTTTAAATGGTNNNNNNNNNNT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAA
129 ATTTTAAATGGT-TTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * ** *
2700 AATAGATAATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATAAAGAAAAAGTGATTCATTAATG-AAAA
193 AACAGATAATAATTGAATGTTTACCTAAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-T--TGCAAGA
** * * * * **
2763 AAAGCCTATTTATAGTCATTCAAGCTTTCGAAAGCC-TTATTACTCAATTTTAATTATTTTATAA
254 AAAGCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
*
2827 TCTCATAATTGATTTAAAGTTGAAT
318 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AT
** * **
2852 TTTTTTATGTTTTTTT-ATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTAACTCCAGAAACATGAAGAAA
1 TTTTTTACATTTTTTTCATT-AAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA
* * * * * * * * **
2916 AAAATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCATCGAAACCCTTATTAATTG
65 AAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
2981 GTTTAAATGGTTTTACAATCTAATAGTTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA-ATTTTGTTTAAA
130 TTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAA
* * * ** *
3045 ACAGATAATAATTGAATGTCTATCTCATTAAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
194 ACAGATAATAATTGAATGTTTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAG
* ********** * * * * *
3110 TCTATTNNNNNNNNNNCATGCCATCAAAAG-ATTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTGATCTC
258 -CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
3174 ATAATTGATTTTAAGTTGAAT
322 ATAATTGATTTTAAGTTG-AT
* ** * * *
3195 TTTTTTACATTTTTAGTCA--AAACTGATTACAGTTGAATGTCTACC-TAAGGAAACTTGAAGAA
1 TTTTTTACATTTTT-TTCATTAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA-GAAACATGAAGAA
* * * * *
3257 AAAGCCATTCA-TGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGACACCAATACCTTTGAAAGTCTTATTACT
64 AAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * ** * * *
3320 CAGTTTT-AATGGTATT-CTAATCTCATAGTTGATTTTAAGTCAAATATTTTTATATTTTTTCTT
128 CA-TTTTAAATGGTTTTAC-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * **
3383 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGCAAGA
191 AAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCT-AAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGA
*** * * * *
3447 ACATTTCATTTATAGTCAGCCATGCCTTCGAAAAG-CTTTATTACCCGCTTCAAATGG-TTTATA
254 A-AAGCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
3510 ATCTCACAATTCATTTTAAGTTGAA
317 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT
* ** ********** ** * ** *
3535 TTTTTTACA-ATTTTGGATNNNNNNNNNNATAATTGAAAATCTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTTCATTAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * **
3599 A-ACCATTCATTGGCAAGCAAAGACCATTTATAGCCACCAAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCA
66 AGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCA
* * ********** *
3663 TTTTAAATGGCTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
130 TTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * *
3728 TAGATTAGAGTTGAATGTTTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGC
195 CAGATAATAATTGAATGTTTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGC
* *
3793 CAATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAA-CCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
259 C-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* *
3857 TAAATGATTTGAAGTTGAT
323 TAATTGATTTTAAGTTGAT
* * *
3876 TTTTTTA-ATTTTTTTCATTAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTTCATTAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
3940 AGATATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATGGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGT
66 AGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAT
* * * * *
4005 TTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGCTAAAAC
131 TTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
** ** * * *
4070 AGATAATAATTGAATGTCTGGCTCTAA--AAACACAAAGGAAAAGCCATTCATTTGTAAGAAANN
196 AGATAATAATTGAATGT-TTAC-CTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGCAAGAAA-A
******** * *
4133 NNNNNNNNTAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTGTA--ACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCT
257 GCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* ********** *
4196 TATNNNNNNNNNNAAGTTAAAT
321 CATAATTGATTTTAAGTT-GAT
* * * * * *
4218 TTTTTTATATTTTTTGT--TCAAACAGATTATAGTTGAATGTCTGCC-TAAGGAAACGTGAAGAA
1 TTTTTTACATTTTTT-TCATTAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA-GAAACATGAAGAA
* ********** * * *
4280 AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCACCCAAGCC-TTCAAACCCTTATTACTC
64 AAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
4344 CTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTGAA
129 ATTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * * * * **
4409 ACAAATTACAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGTAGAGAAAGATATTCAATTGCAAGAAAAG
194 ACAGATAATAATTGAATGTTTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGCAAGAAAAG
* * * **
4474 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTT-GAAAAGCC-TTATTATTCGCTTTAAATGACTTTATAATCT
258 -CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* *
4537 CATAATTAACTTTAAGTTGAT
321 CATAATTGATTTTAAGTTGAT
** * * * *
4558 TTATTTTATCA--TTTTTGGTTAAAAAAATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGCAGAA
1 TT-TTTTA-CATTTTTTTCATTAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAA
* * ** * * *
4621 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTACGCCTTTGAAACCCTTATTGCTC
64 AAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
4686 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
129 ATTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
4737 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1428, Mismatches: 398, Indels: 118
0.73 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 9 0.01
340 88 0.06
341 811 0.57
342 233 0.16
343 163 0.11
344 122 0.09
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
TTTTTTACATTTTTTTCATTAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA
AGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAT
TTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
AGATAATAATTGAATGTTTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCAAGAAAAGCCA
TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAT
Found at i:4257 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 2526--4736 Score: 1792
Period size: 512 Copynumber: 4.3 Consensus size: 511
2516 ACATTTGTTA
* * ** **
2526 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGGAAACAT-AAGGAAAAAGATATTCATTGGCA
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCT-AAAAACATAAAGG-AAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * ****
2589 AGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTNNNNN
64 AG-AAAGACCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT-TTTC
***** * * * * * * *
2653 NNNNNT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAA
127 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGATTACAGTTGAA
* * * * ** * * *
2717 TGTCTACCT-TGAGAAACATAAAGAAAAAGTGATTCATTAATGAAAAAAAGCCTATTTATAGTCA
192 TGTCTGCCTAAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCA
** * * ** *
2781 TTCAAG-CTTTCGAAAGCC-TTATTACTCAATTTTAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTAA
255 CCCAAGCCTTT-GAAA-CCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* * * * *
2844 AGTTGAATTTTTTTATGTTTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTAACTCCAGAAACAT
318 AGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTTCTT-AAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACAT
* * * * *
2909 GAAGAAAAAAATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCATCG-AAACCCTT
381 GAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAGCCTT
* * * * * *
2973 ATTAATTGGTTTAAATGGTTTTACAATCTAATAGTTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACAATTTT
446 ATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACAATTTT
*
3038 GT
510 GG
** * *
3040 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCTC-ATTAAACATGAA-GACAAAGCCATTCATTGGCA
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCTA-AAAACATAAAGGA-AAAGCCATTCATTGGCA
* * ********** * **
3103 AGAAAAGTCTATTNNNNNNNNNNCATGCCATCAAAAGATTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCT
64 AG-AAAGACCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCT
* * *
3168 GATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TCAAAACTGATTACAGTTGAA
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTC-AAACAGATTACAGTTGAA
* * * *
3232 TGTCTACCTAAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCA-TGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGACA-C
192 TGTCTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACC
* * * * * * * *
3295 CAATACCTTTGAAA-GTCTTATTACTCAGTTTTAATGGTATTCTAATCTCATAGTTGATTTTAAG
257 CAA-GCCTTTGAAACCT-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAG
** *
3359 TCAAATATTTTTATATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAA
320 TTGAATTTTTTTATATTTTTTCTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAA
* * * * * *
3424 GAAAAAGAAATTCATTGGCAAGAACATTTCATTTATAGTCAGCCATGCCTTCGAAAAGCTTTATT
384 GAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAGCCTTATT
* * * * * *
3489 ACCCGCTTCAAATGGTTTATAATCTCACAATTCATTTTAAGTTGAATT-TTTTACAATTTTGG
449 ACTCGCTTTAAATGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACAATTTTGG
* ********** ** ** * *
3551 ATNNNNNNNNNNATAATTGAAAATCTGCCT-TGGGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCT-AAAAACATAAAGGAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * * * *
3615 GCAAAGACCATTTATAGCCACCAAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGCTTTATA
65 G-AAAGACCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTA
********** * * * *
3680 ATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTAGAGTTGAATG
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGATTACAGTTGAATG
* * *
3745 TTTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGCCAATTTATAGTCACCCA
194 TCTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCA
*
3810 AGCCTTTGAAACCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTGAAGTTG-
259 AGCCTTTGAAACCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGA
*
3874 ATTTTTTTA-ATTTTTTTCATTAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAA
324 ATTTTTTTATA-TTTTTTC-TTAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAA
* * * * *
3938 AAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATGGCTTTG-AAAGCCTTATTACT
387 AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACT
* *
4002 CGTTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGG
452 CGCTTTAAAT-GTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACAATTTTGG
* * * * *
4063 CTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGGCTCTAAAAACACAAAGGAAAAGCCATTCATTTGTAAG
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCTAAAAACATAAAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAG
********* * * *
4128 AAANNNNNNNNNNTAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTGTAACTCACTTTAAATGGTTTTCTAA
66 AAA-GACCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAA
* ********** * * *
4193 TCTTATNNNNNNNNNNAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTCAAACAGATTATAGTTGAATGT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGATTACAGTTGAATGT
* * **********
4258 CTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCACCCAA
195 CTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAA
* * * *
4323 GCC-TTCAAACCCTTATTACTC-CTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGCTGA
260 GCCTTTGAAACCTTTATTACTCAC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGA
* * * * * * *
4386 ATTTTTTTACATTTTTTGTTGAAACAA-ATTACAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGTAGAG
324 ATTTTTTTATATTTTTTCTT-AAA-AAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAA
* *
4450 AAAGATATTCAATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT-GAAAAGCCTTATTAT
387 AAAGATATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
4513 TCGCTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGATTTATTTTATCATTTTTGG
451 TCGCTTTAAATG-TTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTA-CAATTTTGG
* * * * * ** *
4576 TTAAAA-AAATTATAATTAAATGTCTACCT-TGAGAAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCT-AAAAACATAAAGGAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * ** * ** * * *
4639 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTTACGCCTTTGAAACCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATA
65 G-AAAGACCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTA
* *
4704 ATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
4737 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1344, Mismatches: 315, Indels: 78
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 22 0.02
511 363 0.27
512 657 0.49
513 122 0.09
514 67 0.05
515 112 0.08
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (511 bp):
TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCTAAAAACATAAAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAG
AAAGACCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGATTACAGTTGAATGTC
TGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAG
CCTTTGAAACCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAT
TTTTTTATATTTTTTCTTAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
ATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACAATTTTGG
Found at i:6930 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6149--8175 Score: 659
Period size: 170 Copynumber: 11.9 Consensus size: 169
6139 NNNNNNNNNN
* * * * **
6149 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT-GTAAATCCATTTAAAACGAGTAATAA-AGCTT
1 AAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTAG-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA-CTT
* * * * * * **
6212 TCAAAGTCATGGGTGACTGTAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC
64 TCGAAGGCATGAGTGTCTATAAATAG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * *
6276 TTGAGGGAGACATTCAATTATAATCT-TTTTAATAAAAAAATATT
128 -TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAA-AGT
* * ** * * *
6320 AAAAAAAT-AACTTCAAATCATTTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-AGGTTT
1 AAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA-CTTT
** * * * ** * *
6383 C-AACGGTTTGGGTGACTATAAATTGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTCCC
65 CGAA-GGCATGAGTGTCTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT-TC
* * * * *
6447 TTAGGCAAACATTCAACTATAATCTA-TTTAATC-AAAAATGT
128 TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAAAGT
* ********** * * * *
6488 AAAAAAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATGAGGCCTT
1 -AAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGACTT
* * * * * * * **
6553 T-GAAGTCTTGGGTGGCTATAAAT-GGTCTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTNNN
64 TCGAAGGCATGAGTGTCTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TT
******* ** * * * ** *
6616 NNNNNNNAGATTTTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAATTA-C
127 CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAAAGT
* * * ********* * * *
6659 AAAAAATTCAACTTAAAATGAA-T-TGTGNNNNNNNNNNCCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGAG-ATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGAC-TT
** * ** **
6722 TTAAAGACATG-GCTGAT-TATAAAT-GAAATTTTCTTGCCAATGAATTTCTTTTTCTTCATGTT
64 TCGAAGGCATGAG-TG-TCTATAAATAG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT
* *
6784 TCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAGAAAAAAAGT
126 TCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGT
** * * *
6829 AAAAACATTTGACTTAAAATCAACTATGAGATTAGAATACCATTAAAATTGAGTAATAAGACTTT
1 AAAAA-ATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTT
** *
6894 CGAAGGTTTGAGTGTCTATAAATAGGCTTTTCTTGCC-ATGAATGGCTTTTTCTTTACAT-TTCC
65 CGAAGGCATGAGTGTCTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTC
* * * * * * * *
6957 TTAAGTAGACATTTAACTGTAATC-AGTTTTGACTAAAAATGT
128 TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACAAAAAAAGT
* * * * *
6999 AAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCAGAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAA-ATCTT
1 AAAAA-ATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA-CTT
*********** * * * * *
7063 TTNNNNNNNNNNGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCGATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCA
64 TCGAAGGCATGAGTGTCTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-
** * * * ***
7128 TGATATAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAATTTGT
128 TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGT
* ** * **
7170 AAAAGAATTAAACTTAAAATCAACTATTAGATT-GTAAAACCATTTAAAGCAATTAATAAGGGTT
1 AAAA-AATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTAG-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTT
***
7234 TCGAAGGCATGAGT-TACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATTTTTTTCTTCATGTTT
64 TCGAAGGCATGAGTGT-CTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* * *
7297 CTGAAGTTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAACA-T
127 CTG-AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAA-AGT
********** * * ** ** *
7341 AAAAAAANNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAATAAGATAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 -AAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTT
* * * * **** **
7406 CGAAAGCTTGAATGACTATAAATAGGCTTTTCTCATTAATGAATCACTTTTT-TTCATGTTTCTT
65 CGAAGGCATGAGTGTCTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-T
* * * * * * *
7470 AAGGTAGACAGTCAGTTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGT
129 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGT
* * * * ********** *
7511 AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 -AAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTT
* * ** * *
7576 TGAAGGCAT-AGGTGACTAT-AAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCATTTTCTTTATGTTTC
65 CGAAGGCATGA-GTGTCTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-
** * * * * *
7638 CCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAATAACAAATGT
127 CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGT
* * ********** * * *
7681 AAAAAAAATTCAACTTCAAATNNNNNNNNNNATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGACGA-T
1 --AAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGACT
* * * * *
7745 TTTGAAGGCTTG-GATGACTAGAAATAGGCTTTTCTTGCCAATAAATGGC-TTTTCTTCATGTTT
63 TTCGAAGGCATGAG-TGTCTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* ** * * * * *
7808 CCTTAGAAAGGA-ATTCAACTGTAATCTATTTTGACCAAAAATGT
127 -CTGAGGTA-GACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGT
* * ** ** *
7852 AAAACAATTTAGCTTAAAATCAACTATGAGATTAGAAAACCATCGAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
1 AAAA-AATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTT
* ********** * * *
7917 TGAAGNNNNNNNNNNCTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTTTTCATGTTTCC
65 CGAAGGCATGAGTGTCTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-C
* * * * * *
7981 TGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTGAACAAAAAATGA
128 TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGT
* ********** * * ** * *
8023 AAAACAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATATGGCTTT
1 AAAA-AATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTT
* * * * **
8088 CGAAGAC-TTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCACGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT
65 CGAAGGCATGA-GTGTCTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-
8152 TGAGGTAGACATTCAATTATAATC
128 TGAGGTAGACATTCAATTATAATC
8176 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1340, Mismatches: 447, Indels: 138
0.70 0.23 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 77 0.06
170 634 0.47
171 557 0.42
172 60 0.04
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTC
GAAGGCATGAGTGTCTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTGA
GGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGT
Done.