Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398558.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1850.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2035
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Warning! 87 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:310 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2035 Score: 1024
Period size: 171 Copynumber: 12.0 Consensus size: 171
* * * * * * *
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATCCACTGG
1 TTTATTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
* * ********
66 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAATGGCTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNN
66 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
** *
131 NNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
131 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* ** *
172 TTTATAAAAAAAGATTTTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTGG
1 TTTATTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
* * * * * * **
237 TAAGAAAAATTCATTTATAATCACCCATAACTTCGAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATGATTTT
66 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
* * *
302 ATAATCTCATAGTTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTACATAT
131 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * * * *
343 TTGATTAAAATAGATAATAATTGATTGTCT-GCTTCAGAAAACGA-GAAGAAAAAGATATTCATT
1 TTTATTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAAC-ATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * * *
406 GGCAAGAAAAG-TCTATTTATTGTCACTCATACCTTCAAAAGGCTTTTTACTTGCTTTAATTGTT
64 GGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * * *
470 TTTATAATATCACAATGGATTTTAAGTCAAA--TTTTTA-A-AT
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * * *
510 TTT-TTAAATAA-ATAATAGTTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTAAAGAAAAAAATTTTCAGTGG
1 TTTATTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
* ** * * * *
573 CAAGAAAAGTCCATTTATCCTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTCTTACACGTTTTAAAT-ATTTT
66 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTT
* * * * *
637 TATAATCTCCTAATTGATTTTAAATTGAATTATTTTACATGT
130 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* ** * ** * *
679 TTCATTAAAACTGATAATTATTGAATGTCTGTC-TCAGGAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTG
1 TTTATTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
********** ** * * *
743 GCAAGANNNNNNNNNNTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTT
65 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
* *
808 TATAATATCATAATGGATTTTAAG-TAGAATTTTTTTACATTT
130 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTT
* * ** *
850 TTGATTAAAAAA-ATAATAATTAAATGTCTGTCTCTG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCAGTG
1 TTTATTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * *
913 GCAAGAAAAGTTCATTTATCGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT-ATTT
65 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
******** * * *
977 T-TNNNNNNNNNNAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTTACGTGT
130 TAT--AATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACATTT
* * ** * * * * *
1020 TTCAGTAAAACTGATCATTATTGAATGTCTGCC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTG
1 TTTATTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * * * *
1084 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTT
65 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
* **********
1149 TATAATCTTATAATTGA--TT---TT--A---NNNNNNNNNN
130 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
***************** ** **
1181 NNNNNNNNNNNNNNNNNTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGGGAAGAAAAAGATATCCATTGG
1 TTTATTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
* * * * * * *
1246 CAA-AATAAGTCCATCTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTA--CGCATGTTAAATGTT
66 CAAGAA-AAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGC-T-TTAAATGAT
* ********** *
1308 TTTATAATCTCATCATTGNNNNNNNNNNAAATTTTTTTATA-TT
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * ** * *
1351 TTTAGTTAAATAA-ATAATAACTGAATGTCTAACTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTG
1 TTTA-TTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
** ** * * * * ** *
1415 ATAAGAAAAGCCCATTTATATTCACTCATGCCTTCAAAA-GCTATATTACCCATTTTAAA-AATT
65 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCT-TATTACTCGCTTTAAATGA-T
* * * * *
1478 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTAAATGTTTTTATACTT
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * * *
1522 TTT-GTAAAAACATATTATAATT-ATATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATACATT
1 TTTATTAAAAA-AGATAATAATTGA-ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * * * * ** * **
1585 GGTAAGAAATGTCCATTCATAGTTACACATACTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCT
64 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
* * ********** *
1650 TTATAATCTCACATTTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTATATTT
129 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * *
1693 TTTATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATT
1 TTTATTAAAAAAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
** * * ********** * * *
1756 GATAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCNNNNNNNNNNAAA-GCATTTTTACTAGCTTTAAATGTT
64 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGC-TTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * *
1820 TTTATAATCTCAAAATGGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACA-TT
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * ** * * ** *
1863 TTCAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTCATGGGAAACGGGAAGAAAAAGATATTCATTG
1 TTTA-TTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * *
1928 GTAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTCGTTTTAAAT-ATA
65 GCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGAT-
* * * *
1991 TTTATAATCTAATAATTGATTTGAAGTTGAATGTTTTTACATTT
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
2035 T
1 T
Statistics
Matches: 1381, Mismatches: 418, Indels: 129
0.72 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
159 3 0.00
160 3 0.00
161 101 0.07
162 1 0.00
164 1 0.00
165 108 0.08
166 13 0.01
167 9 0.01
168 4 0.00
169 25 0.02
170 250 0.18
171 841 0.61
172 21 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTATTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
Found at i:675 original size:336 final size:338
Alignment explanation
Indices: 38--1154 Score: 1093
Period size: 336 Copynumber: 3.3 Consensus size: 338
28 TTTACCTTAA
* * * * * * *
38 GAAACGTGAAGAAAAAGGTATCCACTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
* * ********** * * *
103 TGGCTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTA
66 AGGCTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATATCACAATGGATTTTAAG-TAGAA-TTTTTTA
* * * ** * *
167 TATTTTTTATAAAAAAAGATTTTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATCC
129 CA-ATTTTATTAAAAAA-ATAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
* * * * * * *
232 ATTGGTAAGAAAAATTCATTTATAATCACCCATAACTTCGAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATG
192 AGTGGCAAGAAAAGTTCATTTATCATCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTTTAAAT-
* * * * * *
297 A-TTTTATAATCTCATAGTTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTGATTAAAA-TAGATAA
255 ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATGTTTCATTAAAACT-GATAA
* *
360 TAATTGATTGTCTGCTTCAG
319 TTATTGAATGTCTGCTTCAG
* * * * *
380 AAAACGA-GAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCATACCTTCAA
1 GAAAC-ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAA
*
444 AAGGCTTTTTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATATCACAATGGATTTTAAGTCA-AA-TTTTTA
65 AAGGCTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATATCACAATGGATTTTAAGT-AGAATTTTTTA
* * * * * * *
507 -AATTTT-TTAAATAAATAATAGTTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTAAAGAAAAAAATTTTCAG
129 CAATTTTATTAAAAAAATAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAG
* * * *
570 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATCCTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTCTTACACGTTTTAAATATT
194 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATCATCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTTTAAATATT
* *
635 TTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAATTGAATTATTTTACATGTTTCATTAAAACTGATAATTAT
258 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATGTTTCATTAAAACTGATAATTAT
700 TGAATGTCTG-TCTCAG
323 TGAATGTCTGCT-TCAG
* ********** * *
716 GAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGANNNNNNNNNNTATAGTCACCCACGCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
*
781 AGGCTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATATCATAATGGATTTTAAGTAGAATTTTTTTAC
66 AGGCTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATATCACAATGGATTTTAAGTAGAA-TTTTTTAC
* * **
846 ATTTTTGATTAAAAAAATAATAATTAAATGTCTGTCTCT-GGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
130 AATTTT-ATTAAAAAAATAATAATTGAATGTCTACCT-TGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
* *
910 GTGGCAAGAAAAGTTCATTTATCGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAT
193 GTGGCAAGAAAAGTTCATTTATCATCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-TTTAAATAT
********** * * * *
975 TTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACGTGTTTCAGTAAAACTGATCATTA
257 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATGTTTCATTAAAACTGATAATTA
*
1040 TTGAATGTCTGCCTCAG
322 TTGAATGTCTGCTTCAG
* * *
1057 GAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATGCCTTTAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
* * *
1122 AGTCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAAT
66 AGGCTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAAT
1155 CTTATAATTG
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 131, Indels: 31
0.80 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
335 4 0.01
336 255 0.41
337 7 0.01
338 10 0.02
339 6 0.01
340 7 0.01
341 247 0.39
342 93 0.15
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
AGGCTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATATCACAATGGATTTTAAGTAGAATTTTTTACA
ATTTTATTAAAAAAATAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAGTG
GCAAGAAAAGTTCATTTATCATCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTAAATATTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATGTTTCATTAAAACTGATAATTATTGA
ATGTCTGCTTCAG
Found at i:1106 original size:341 final size:334
Alignment explanation
Indices: 4--1170 Score: 1097
Period size: 341 Copynumber: 3.4 Consensus size: 334
1 TTT
* * * * * * * ** *
4 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATCCACTGGCAA
1 ATTAAAACTGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAA
* * * **********
69 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAATGGCTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNA
66 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAATTGTTTTTATA
* * * **
134 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATAAAAAAAGATTTTAATTGAATG
131 ATATCATAATGGATTTTAAG-TAAATTTTTTTA-A-TTTTTATTAAAAAA-ATAATAATTGAATG
* * * * *
199 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATCCATTGGTAAGAAAAATTCATTTATAATCACCCA
192 TCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGAAAAGTTCATTTATCATCACCCA
* * * * * *
264 TAACTTCGAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGAATTTAAGTTAA
256 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-ATTTT-TAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGA
* *
329 ATTTTTTTACATATTTG
318 ATTTTTTTACATGTTTC
* * * * *
346 ATTAAAA-TAGATAATAATTGATTGTCTGCTTCAGAAAACGA-GAAGAAAAAGATATTCATTGGC
1 ATTAAAACT-GATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAAC-ATGAAGAAAAAAATATCCATTGGC
* * * * *
409 AAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCATACCTTCAAAAGGCTTTTTACTTGCTTTAATTGTTTTTA
64 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAATTGTTTTTA
* * * *
474 TAATATCACAATGGATTTTAAGTCAAA--TTTTTAAATTTT-TTAAATAAATAATAGTTGAATGT
129 TAATATCATAATGGATTTTAAGT-AAATTTTTTTAATTTTTATTAAAAAAATAATAATTGAATGT
* * * * * * *
536 CTACCTTGGGAAACGTAAAGAAAAAAATTTTCAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTATCCTCACCCAT
193 CTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGAAAAGTTCATTTATCATCACCCAT
* * * *
601 ACCTTCAAAAGCCTTCTTACACGTTTTAAATATTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAATTGAA
257 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATA-TTTT-TAATCTCATAATTGATTTT-AATTGAA
*
666 TTATTTTACATGTTTC
319 TTTTTTTACATGTTTC
* *
682 ATTAAAACTGATAATTATTGAATGTCTGTCTCAGGAAACATGAA-AAAAAAGATATCCATTGGCA
1 ATTAAAACTGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAA-ATATCCATTGGCA
********** ** *
746 AGANNNNNNNNNNTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTAT
65 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAATTGTTTTTAT
*
811 AATATCATAATGGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAATAATAATTAAATG
130 AATATCATAATGGATTTTAAGTA-AATTTTTTTA-ATTTTT-ATTAAAAAAATAATAATTGAATG
** *
876 TCTGTCTCTGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGAAAAGTTCATTTATCGTCACCCA
192 TCTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGAAAAGTTCATTTATCATCACCCA
* ********
941 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATATTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAGATTG
256 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAT-TTTAAATATTTTT--AATCTCATAATTGATTTTA-ATTG
*
1005 AATTTTTTTACGTGTTTC
317 AATTTTTTTACATGTTTC
* * *
1023 AGTAAAACTGATCATTATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAA
1 ATTAAAACTGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAA
* * * * * *
1088 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
66 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAATTGTTTTTATA
* * *
1153 ATCTTATAATTGATTTTA
131 ATATCATAATGGATTTTA
1171 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 667, Mismatches: 137, Indels: 43
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
335 8 0.01
336 246 0.37
337 10 0.01
338 10 0.01
339 7 0.01
340 12 0.02
341 250 0.37
342 124 0.19
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (334 bp):
ATTAAAACTGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAATTGTTTTTATA
ATATCATAATGGATTTTAAGTAAATTTTTTTAATTTTTATTAAAAAAATAATAATTGAATGTCTA
CCTTGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGAAAAGTTCATTTATCATCACCCATACCT
TCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATATTTTTAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTTTTTT
ACATGTTTC
Done.