Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397384.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1157.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 31727
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.09, T:0.26
Warning! 9650 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:657 original size:163 final size:162
Alignment explanation
Indices: 147--722 Score: 491
Period size: 163 Copynumber: 3.4 Consensus size: 162
137 ACCGTCACCA
* * ** * *
147 TTCCTTCAAAAGCCATATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAATTCA
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A
* * * * * * * * *
212 ATTATTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACGTCT-AGAAATGCGAAGA
65 A--A-TTTT--TTTCTT-ATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCCAC-CCTGAGAAA-CCGTAGA
* ** * * *
276 AAAAGGC-A-TTCATAGGCAAGAAAATTTCATTTATAGTCATCC
122 AAAA-CCAAGTT-ATTTGAAAGAAAAGTTCATTTATAATC-TCC
* * *
318 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTT
1 -TTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TT
* *
383 AATTTTGTACGTTTCTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCCTGAGAAACCGTAGAAAA
64 AAATTT-T---TTTCTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCCACCCTGAGAAACCGTAGAAAA
* * * *
448 ACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATATTATCTCA
125 ACCAAGTTATTTGAAAGAAAAGTTCATTTATA--ATCTCC
* ** *
488 TTCCTTCAAAAGCCCTATTGCTCATTTTAAAT-GATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * *
552 AATTTTTTT-TTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCCACCTTGGGAAACGTGTA-AAAAACCA
65 AATTTTTTTCTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCCACCCTGAGAAAC-CGTAGAAAAACCA
* *
615 AGTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATACCCTCTCC
129 AGTTATTTGAAAGAAAAGTTCATTTATA--ATCTCC
*
651 TTCCTTCAAAAGCCTTATTAG-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTA
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATT-GCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
715 ACATTTTT
65 A-ATTTTT
723 ATATTTTTTA
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 53, Indels: 34
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 128 0.38
164 14 0.04
167 1 0.00
168 9 0.03
169 86 0.25
170 35 0.10
171 7 0.02
172 56 0.17
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (162 bp):
TTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
ATTTTTTTCTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCCACCCTGAGAAACCGTAGAAAAACCAAG
TTATTTGAAAGAAAAGTTCATTTATAATCTCC
Found at i:831 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--1393 Score: 918
Period size: 170 Copynumber: 8.3 Consensus size: 168
* * * * * * *
1 TTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTTGTATTTTAGGTTAAAA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTATATTTTTTA--TTAAAA
* * * * * * * ** *
66 TAGATTATAATTGAATGTTTAC-CTCAGGAAACATGAAGAGAAAGGCAT-TCA-TTAAGAAGAAA
63 CAAACTATAATTGAATGTCTACTTTGA-GAAACATGAA-AAAAACTCATAT-ATTTGA-AAGAAA
** * * *
128 AGTCCATTTACCGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCAA
124 AGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * *
172 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAATTCAATTATTTTTACTTTTTTGGTTAAAA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTATA-TTTTTT-ATTAAAA
* * * * *** ** ** *
237 TAGATTATAATTGAATGTCTACGTCT-AGAAATGCGAAGAAAAAGGCAT-TCATAGGCAAGAAAA
63 CAAACTATAATTGAATGTCTAC-TTTGAGAAACATGAA-AAAAACTCATAT-ATTTGAAAGAAAA
* * **
300 TTTCATTTATAGTCATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC
125 GTCCATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * ** *
344 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTTAATTTTGTACGTTTCTTATTAAAACA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TATATTTTTTATTAAAACA
* * ** * * * *
409 GACTATAATTAAATGTCTACCCTGAGAAAC-CGTAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCC
65 AACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACATG-AAAAAAACTCATATATTTGAAAGAAAAGTCC
* * * * *
473 ATTTATATTATCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTGCTCAT
129 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* *
513 TTTAAAT-GATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA---TT-T-TTTTTTATTAAAATA
1 TTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATATTTTTTATTAAAACA
* * * * * * * *
572 GACTATAATTGAATGTCCACCTTGGGAAACGTGTAAAAAAC-CA-AGTTATTTGGAAGAAAAGTT
65 AACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACATGAAAAAAACTCATA--TATTTGAAAGAAAAGTC
** * * *
635 CATTTATACCCTCTCCTTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGC
128 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* *
676 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAACATTTTTATATTTTTTATTAAAATA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTATATTTTTTATTAAAACA
* * * *
741 AATTGTAATTGAATGCCTGCTTTG-GAAAACATGTAAAAAAACTCATATATTTGAAAGAAAAGTC
65 AACTATAATTGAATGTCTACTTTGAG-AAACATG-AAAAAAACTCATATATTTGAAAGAAAAGTC
* *
805 CATTTATAGTCTTTCATTTCTTCAAAAGCCTTATT--T--C
128 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * ** * * *
842 ------TCGCTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTTATATTTTTAAGTAAAAT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A-AATTTTTATATTTTTTATTAAAAC
* * * * *
901 AGACTATAAATGAATGTCTACCTTT-AGAAACATGAAAAAAAAT-AAATTCATTTGCAAGAAAAG
64 AAACTATAATTGAATGTCTA-CTTTGAGAAACATGAAAAAAACTCATA-T-ATTTGAAAGAAAAG
* *
964 TCTATTTATAGTGAC-CT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAC
126 TCCATTTATAGT--CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * *
1007 TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAATTTTT-TACTTCCTTGATTAAAAC
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATA-TT-TTTTATTAAAAC
** * ** * **
1071 AAGTTAGAATTGAATGTCTA-TATCAAGAAATATGAAGAAAAAGACAT-TCA-TTGATAAGAAAA
64 AAACTATAATTGAATGTCTACT-TTGAGAAACATGAA-AAAAACTCATAT-ATTTGA-AAGAAAA
* * *
1133 ATCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCAC
125 GTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * **
1177 TTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTATATTATTGGTTAAAA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA--ATTTTTATATTTTTTATTAAAA
* * * * *
1242 CAAACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATAAT-TATTAGTAAA-AAAA
63 CAAACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACATGAA-AAAAA-CTCATATATTTG-AAAGAAAA
* * * * *
1305 GTCAATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCCCAT
125 GTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
1349 TTTAAATAGTTTTATCATCTC-CAATTGATTTTATGTTTAATTTTT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
1394 TTGANNNNNN
Statistics
Matches: 979, Mismatches: 182, Indels: 125
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.00
160 36 0.04
161 85 0.09
162 8 0.01
163 130 0.13
164 3 0.00
165 2 0.00
166 2 0.00
167 2 0.00
168 15 0.02
169 141 0.14
170 197 0.20
171 162 0.17
172 175 0.18
173 16 0.02
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATATTTTTTATTAAAACAA
ACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACATGAAAAAAACTCATATATTTGAAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
Found at i:870 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 686--1000 Score: 352
Period size: 161 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
676 TTTAAATAGT
* * * * * *
686 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AACATTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTGTAAT
1 TTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAACATTTTTATATTTTTAAGTAAAATAAACTATAAA
* * * *
750 TGAATGCCT-GCTTTGGAAAACATGTAAAAAAACT-CATAT-ATTTGAAAGAAAAGTCCATTTAT
66 TGAATGCCTACCTTTAG-AAACATG-AAAAAAAATAAAT-TCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
812 AGT-CTTTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGC
128 AGTAC-CT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGC
* * *** *
846 TTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTTATATTTTTAAGTAAAATAGACTATAAA
1 TTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAACATTTTTATATTTTTAAGTAAAATAAACTATAAA
* * *
911 TGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAAAAAAATAAATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
66 TGAATGCCTACCTTTAGAAACATGAAAAAAAATAAATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
976 GACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
131 -ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
1001 ACTTACTTTA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 21, Indels: 11
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
160 34 0.27
161 87 0.68
162 6 0.05
163 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (160 bp):
TTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAACATTTTTATATTTTTAAGTAAAATAAACTATAAA
TGAATGCCTACCTTTAGAAACATGAAAAAAAATAAATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGC
Found at i:1069 original size:331 final size:325
Alignment explanation
Indices: 180--1394 Score: 935
Period size: 331 Copynumber: 3.6 Consensus size: 325
170 AATTTAAATA
* * * * *
180 GTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAATTCAATTATTTTTACT-TTTTTGGTTAAAATAGATTA
1 GTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT--ATT-TTTTTA-TATTTTTAG-TAAAATAGACTA
* * * * *** ** *
244 TAATTGAATGTCTACGTCT-AGAAATGCGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAGAAAA-TTTCATT
61 TAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAAAAAAATAAATT-ATTTGCAAGAAAAGTCTCATT
* **
307 TATAGTCATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
124 TATAGTCACCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * **
371 GATATTAAGTTTAATTTTGTACGTTTCTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCCTGAGA
189 GATTTTAAGTTTAATTTTTTAC--TTCTTATTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCT-CTATGAGA
* * * * *
436 AAC-CGTAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATATTATCTCATTCCTTCAAAAG
251 AACATGTAAAAAAACACA-TTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
* *
500 CCCTATTGCTCATTTTAAAT
315 CCTTATT--TC----T---C
* * ** *
520 GATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA--AATTT-T-TTTTTATTAAAATAGACTATAAT
1 G-TTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTATTTTTTTATATTTTTAGTAAAATAGACTATAAT
* * * ** * *
581 TGAATGTCCACCTTGGGAAACGTGTAAAAAACCAAGTTATTTGGAAGAAAAGT-TCATTTATA--
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAATAAATTATTTGCAAGAAAAGTCTCATTTATAGT
* * * * *
643 CCCTCTCCTTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
130 CAC-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * *
708 TAAGTTAACATTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTGTAATTGAATGCCTGCTTTG-GAAAACA
194 TAAGTTTA-ATTTTT-TACTTCTTATTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCT-CTATGAG-AAACA
* * *
772 TGTAAAAAAACTCATATATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTTCTTCAAAAGCCTT
255 TGTAAAAAAACACAT-TATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
837 ATTTCTC
319 ATTTCTC
* * *
844 GCTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTTATATTTTTAAGTAAAATAGACTATA
1 GTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-ATT-TTTTTATATTTTT-AGTAAAATAGACTATA
* * *
909 AATGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAAAAAAATAAATTCATTTGCAAGAAAAGTCT-ATTTAT
63 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAATAAATT-ATTTGCAAGAAAAGTCTCATTTAT
* * * *
973 AGTGACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTCAT
127 AGTCACCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
1037 TTTAAGTTCAATTTTTTACTTCCTTGATTAAAACAAGTTAG-AATTGAATGTCTATATCAAGAAA
192 TTTAAGTTTAATTTTTTACTT-CTT-ATTAAAACAAATT-GTAATTGAATGTCTCTAT-GAGAAA
* * * *
1101 TATG-AAGAAAAAGACATTCA-TTGATAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
253 CATGTAA-AAAAACACATT-ATTTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
* *
1164 CCTAATTACTCACTTTAAATG
315 CC----T--T-A-TTT--CTC
* * * * *
1185 GTTTTATAATCTAATAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTATATTATTGGTTAAAACAAACTAT
1 GTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT--A-TTTTTTTATATTTTTAG-TAAAATAGACTAT
* * * * *
1250 AATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-AATTATTAGTAAAAAAAGTC-AATTT
62 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAA-ATAAATTATTTGCAAGAAAAGTCTCATTT
* * * * *
1313 ATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCCCATTTTAAATAGTTTTATCATCTC-CAATTG
125 ATAGTCACCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
*
1376 ATTTTATGTTTAATTTTTT
190 ATTTTAAGTTTAATTTTTT
1395 TGANNNNNNN
Statistics
Matches: 708, Mismatches: 121, Indels: 91
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
323 25 0.04
324 2 0.00
327 4 0.01
328 1 0.00
329 9 0.01
330 64 0.09
331 157 0.22
332 119 0.17
333 104 0.15
334 8 0.01
335 1 0.00
336 3 0.00
337 1 0.00
338 1 0.00
339 4 0.01
340 1 0.00
341 77 0.11
342 114 0.16
343 11 0.02
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (325 bp):
GTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTATTTTTTTATATTTTTAGTAAAATAGACTATAATT
GAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAATAAATTATTTGCAAGAAAAGTCTCATTTATAGTC
ACCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTTAATTTTTTACTTCTTATTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTCTATGAGAAACATGTAAA
AAAACACATTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTC
Found at i:4550 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4366--5665 Score: 740
Period size: 170 Copynumber: 7.7 Consensus size: 168
4356 NNNNNNNNNN
* ** * *
4366 TAATAAAAAATATAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGTGAC
1 TAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *
4431 TAATAATGCTTTTGAAGGAATAGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTATAAATAAATGAGTTTTTC
66 TAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAAGACTATAAATGGACTTTTCTT-TAAATAAATGAGTTTTTC
* * *
4496 TTTATGTTTTTCAAGACAGGCATTCAATTATAGTTTGTTT
129 TTCATGTTTTTCGAGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * *
4536 TAATGAAAAATATAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAATGCGAG
1 TAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *********
4601 TAATAAGGCTTTTGAAGAAATNNNNNNNNNNAAATGGACTTTTCTTTCAAATAAATGAGTTTTTC
66 TAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAAGACTATAAATGGACTTTTCTTT-AAATAAATGAGTTTTTC
* * * ** * *
4666 TACAGGTTTCTCGAGACAGATATTTAATTATAGTCTATTT
129 TTCATGTTTTTCGAGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * * * * * **
4706 TAATGAGAAATGTAAAAAACTCAACTGAAATTCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGNN
1 TAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
******** **
4771 NNNNNNNNCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAAC-TTTCTTTCAAATAAATGAGTTTTT
66 TAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAAGACTATAAATGG-ACTTTTCTTT-AAATAAATGAGTTTTT
* * ** ** *
4835 -TTACTTGTTTCTCGAGGTAGGC-TATCAATTGCAATCTGTTT
128 CTT-CATGTTTTTCGAGACAGGCAT-TCAATTATAGTCTGTTT
* ********** * *
4876 TAACAAAAAATATAAAAANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAG
1 TAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *
4941 TAATAAGGCATTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTCTAAATAAATAAGTTTTTC
66 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-AGACTATAAATGGACTTTTCTT-TAAATAAATGAGTTTTTC
* * * ** * *
5006 TACATGTTTTCCAAGTTAGACATTCAATTATAGTTTG-TT
129 TTCATGTTTTTCGAGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTT
* **********
5045 TAATAAAAAATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAG
1 TAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
*
5110 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACTTTT-TTTCCAAATAAATGAGTTTTT
66 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-AGACTATAAATGGACTTTTCTTT--AAATAAATGAGTTTTT
* * * * *
5174 -TTACAGGTTTCTT-GAGGCACGCATTTATTTATAGTCTGTTT
128 CTT-CATGTTT-TTCGAGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * * * * *
5215 TAATGAGAAATGTAAAACATTTAACTTAAATTCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAG
1 TAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ********* * *** * **
5280 TAACAAGGCTTTNNNNNNNNNNGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGCCTTTTTC
66 TAATAAGGCTTT-TGAAGGAATGAAGACTATAAATGGACTTTTCTT-TAAATAAATGAGTTTTTC
* ** * *
5345 TTTACAT-TTCTT--A-ACGTAGATATTCAATTATAATCTATTT
129 -TT-CATGTTTTTCGAGAC--AGGCATTCAATTATAGTCTGTTT
* ** * * * * *
5385 TAACCAAAAGGTA-AAAATAATTGAACTTAAAATAAATTATGATATTAT-AAATCATTTAAAGTG
1 TAA-TAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ********* * ** * *
5448 AGCAATAAGGCNNNNNNNNNNATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCAAATAAATGGGTTTT
64 AGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGAAGACTATAAATGGACTTTTCT-TTAAATAAATGAGTTTT
* **
5513 T-TTGCATG-TTTCCTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTT
127 TCTT-CATGTTTTTC-GAGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTT
* * **********
5555 TAATAAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAACCAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGCGAG
1 TAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
**
5620 TAATAAGGCTTTTGAAAAAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTT
66 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-AAGACTATAAATGGACTTTTCTT
5666 ACCAATGAAT
Statistics
Matches: 828, Mismatches: 269, Indels: 67
0.71 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 11 0.01
169 160 0.19
170 611 0.74
171 40 0.05
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
TAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTTAAATAAATGAGTTTTTCTT
CATGTTTTTCGAGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTT
Found at i:5208 original size:169 final size:160
Alignment explanation
Indices: 4932--5260 Score: 322
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
4922 TAAAACCTTT
* * *
4932 TAAAGTGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTCTAAATAAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGAACTTTTCTTCCAAATAAAT
* ** *
4997 AAGTTTTTCTACATGTTTTCCAAGTTAGACATTCAATTATAGTTTG-TTTAATAAAAAATACAAA
66 AAGTTTTTCTACAGGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATACAAA
5061 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
131 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
5091 TANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGGACTTTTTTT
1 TA----------AAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGAACTTTTCTT
* * ** * *
5156 CCAAATAAATGAGTTTTTTTACAGG-TTTCTTGAGGCACG-CATTTATTTATAGTCTGTTTTAAT
56 CCAAATAAATAAGTTTTTCTACAGGTTTTC-CAAGGCA-GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT
* * ** * * *
5219 GAGAAATGTAAAACATTTAACTTAAATTCAATTATGAGATTA
119 AAAAAATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
5261 CAAAACCATT
Statistics
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ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (160 bp):
TAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGAGAGAATATAAATGAACTTTTCTTCCAAATAAAT
AAGTTTTTCTACAGGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATACAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Found at i:6585 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6005--6732 Score: 588
Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 169
5995 NNNNNNNNNN
* * ** * *
6005 ACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT-AGGCTTTTGAAGGAATAA
* * * * * * ** * *
6070 CAGACTATAAATAGAATTTTCTTCAAAATAAAT-AGGGTTTTCTACATGTTTCCTGAGGTAGGC-
65 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGA-GTTTTTCTACACGTTTCCCAAGGCAAGCA
** * *
6133 TATCAATTGCAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTA
129 T-TCAATTATAGTCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAAAATTCA
* * * *
6175 ACTCAAAATCGATTATGAG-TATATAAAACCATTTAAAG-AGGCTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
1 ACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACTATTTAAAGCAAG-TAAT-AGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * * * *
6238 AGGAGATTACAAATGGACTTTTCTTTCAAGTAAATGAGTTTTTCTACATGTTTTCCAAGGCAAAC
63 AAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGAGTTTTTCTACACGTTTCCCAAGGCAAGC
* * * *
6303 ATTCAACTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCA
128 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAAAATTCA
* * ********************* *
6345 AATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGAATGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA-AAGCAAGTAATAGGCTTTTGAAGGAATAA
* * * *
6410 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATG-GTTTTTTCTACACATCTCCCAAGGGAGGCA
65 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGAG-TTTTTCTACACGTTTCCCAAGGCAAGCA
*
6474 TTCAATTATAGTCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAAAATTCT
129 TTCAATTATAGTCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAAAATTCA
* *
6515 ACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAAGCAAGTAATAGGACTTTTGAAGGAATAA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAGG-CTTTTGAAGGAATAA
* * * ** * * *
6580 GAGACTATAAGTGGACTTTTCTTCCAAATAAATGAGTTTTTTTAGACGTTTTTCAAGACAAGTAC
65 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGAGTTTTTCTACACGTTTCCCAAGGCAAGCAT
* **
6645 TCAATTATAGTTTGTTTTAATG-TGAAATATAAAAAAATTCA
130 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-GAAAAAATAT-AAAAAATTCA
*
6686 ACTTTAAAA-CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
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6733 AGTCTTTTAA
Statistics
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0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.13, T:0.33
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ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAGGCTTTTGAAGGAATAAG
AGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGAGTTTTTCTACACGTTTCCCAAGGCAAGCATT
CAATTATAGTCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAAAATTCA
Found at i:8133 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 171
7693 NNNNNNNNNN
* * ** *
7703 AGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATGGCTTTTTCTACA
1 AGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATACCTTTTTCTTCA
* * * * * **
7767 -CTCTCTCGA-G-GAATGCTTTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAAAA-ATATAAACAATTCTAC
65 TGTTTCTCAAGGTGAA--CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATATA-AAAAAATTGAAC
* * * *
7827 TTAAAATTAATTATGAGATTAGAAAAACATTTAAAGCAAGTAAT-
127 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
********** * *** * *
7871 AGCGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTANNNNNNNNNNTTTCTT-CCAAATAAATGGGTTTTGCTAC
1 AG-GCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATACCTTTTTCTTC
** * * * * *
7935 ACCTTTCCCAAGAGAGAA-ATTCAATTATAGTTTGTTTTAAAGAAAAATATAAAAAAATTCAACT
64 ATGTTTCTCAAG-GTGAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTGAACT
*
7999 TTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
8043 AGGCTTTTGAAAGAATGGGTGGCCATAAATGGACTTTGCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAT
1 AGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAT
* ** * * * * * * * *
8108 GTTTGTGGATGTGAACATCCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTGAGCATAA
66 GTTTCTCAAGGTGAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAA
* * *
8173 AATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
131 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * ** *
8214 AGGCTTTT-AAAGAAATGGGAGACTATAAACGGTCTTTTCTTATCAATGAATACTTTTTTCTTCA
1 AGGCTTTTGAAAG-AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
* * * * * * *
8278 TGTTTCTCAAGGT-AGACTTTCAATTATAGTTTGTCTTAACCAAAAATACAAAACAAATTGATCA
65 TGTTTCTCAAGGTGA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATATAAAA-AAATTGAACT
* * * ** *
8342 TAAAATCAATTTTGACATAATAAAACCATTTAAAATGGGTAATA
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * ** * *
8386 AGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATACCTTTTTCTTCAC
1 AGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAT
* ** * * * * *
8451 GCTTCTCAACATAAATATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACTAATAATGTAAAACAAATTGAACGT
66 GTTTCTCAAGGTGAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAC-AAAAATATAAAA-AAATTGAACTT
* *
8515 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATT
129 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * *
8558 AGGCTTTTG-AAGAAATGAGAGATTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTCTTCTCCA
1 AGGCTTTTGAAAG-AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
* ** * * ** * *
8622 TGCTTCTCAATATGGACATTTAATTATAAG-CTAATTTAATCAAGAAAGTA-AAAAACATTGAAC
65 TGTTTCTCAAGGTGAACATTCAATTAT-AGTCTGTTTTAAACAA-AAA-TATAAAAAAATTGAAC
* * * * *
8685 TTAAAATTAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATA
127 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * * * *
8730 AGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATTCATTTTT-TTCAG
1 AGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAT
* * ** * * * *
8794 GTTTCT-AGAGGTTG-ACATTCATTTATAGTCTATTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAAAATCAGCT
66 GTTTCTCA-AGG-TGAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATAT-AAAAAAATTGAACT
* **
8857 TAAAATCAATTAT-AAAGTTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATA
128 TAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * ** * * ***
8901 CGACTTTTGAATGAATGAGAGACTATAAATTAATTTTTCTT-CCAAATAAATGGGTTTTT-TTAC
1 AGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATACCTTTTTCTT-C
* ** * * * * * * *
8964 ATGTTTC-CTGAGGT-AGGTATTCGATTACAGTGTGTTTTTAA-AAAAATGT-AAAAAAGTCAAC
64 ATGTTTCTC-AAGGTGA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTGAAC
* * *
9025 TTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATA
127 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
9070 AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAAAT-AACTTA--GTTTTCTAC
1 AGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA--TACCTTTTTCTTC
* ** * ** *
9132 ATGTTTCCCAAGACGAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATAT-AAAAAATTTAACTT
64 ATGTTTCTCAAGGTGAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTGAACTT
9196 AAAAT
129 AAAAT
9201 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
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173 19 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAT
GTTTCTCAAGGTGAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
Found at i:8392 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7954--9114 Score: 830
Period size: 172 Copynumber: 6.8 Consensus size: 171
7944 AAGAGAGAAA
** * * * *
7954 TTCAATTATAGTTTGTTTTAAAGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * *
8019 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGAATGGGTGGCCATAAATGGACTTTGCT
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * ** * *
8083 TGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTGTGGATGT-GAACA
130 TATCAATGAATACCTTTTTCTTCATGCTTCTCAATATAG-ACT
* * * * * * *
8125 TCCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTGAGCATAAAATCAATTTTGAGATAA
1 TTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * *
8190 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGAGACTATAAACGGTCTTTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * **
8255 ATCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACT
131 ATCAATGAATACCTTTTTCTTCATGCTTCTCAATATAGACT
* * * * *
8296 TTCAATTATAGTTTGTCTTAACCAAAAATACAAAACAAATTGATCATAAAATCAATTTTGACATA
1 TTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATT
* * * *
8361 ATAAAACCATTTAAAATGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
8426 TATCAATAAATACCTTTTTCTTCACGCTTCTCAACATA-AAT
130 TATCAATGAATACCTTTTTCTTCATGCTTCTCAATATAGACT
* * * * * *
8467 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAATAATGTAAAACAAATTGAACGTAAAATCAATTATGAGAT
1 -TTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGAT
* * * * * * *
8532 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGATTATAAATGGATTTTTC
64 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
8597 TTGTCAATGAATGCCTTCTTCTCCATGCTTCTCAATATGGACAT
129 TTATCAATGAATACCTTTTTCTTCATGCTTCTCAATATAGAC-T
* ** * * * * *
8641 TT-AATTATAAG-CTAATTTAATCAAGAAAGTA-AAAAACATTGAACTTAAAATTAATTTTAAGA
1 TTCAATTAT-AGTTTGTTTTAACCAA-AAA-TATAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGA
* * * *
8703 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
63 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * ** * *
8768 CTT-GCAAATGAATTCATTTTT-TTCAGGTTTCT-AGAGGTTGACA
128 CTTATC-AATGAATACCTTTTTCTTCATGCTTCTCA-ATATAGACT
* * * ** * * * * * * *
8811 TTCATTTATAGTCTATTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAAAATCAGCTTAAAATCAATTAT-AAAGT
1 TTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGA-T
** * * * * * ** *
8875 TATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATACGACTTTTGAATG-AATGAGAGACTATAAATTAATTTTT
64 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *** * * ** *
8939 CTT-CCAAATAAATGGGTTTTT-TTACATGTTTC-CTGAGGTAG-GT
128 CTTATC-AATGAATACCTTTTTCTT-CATGCTTCTC-AATATAGACT
* * * * * * * * *
8982 ATTCGATTACAGTGTGTTTTTAA--AAAAATGT-AAAAAAGTCAACTTAAAATCAAGTATGAGAT
1 -TTCAATTATAGTTTG-TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGAT
** * * * *
9044 TATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
64 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
9109 TT-TCAA
129 TTATCAA
9115 ATAACTTAGT
Statistics
Matches: 802, Mismatches: 164, Indels: 51
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 82 0.10
170 12 0.01
171 301 0.38
172 386 0.48
173 16 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
ATCAATGAATACCTTTTTCTTCATGCTTCTCAATATAGACT
Found at i:8711 original size:344 final size:340
Alignment explanation
Indices: 7978--8929 Score: 901
Period size: 343 Copynumber: 2.8 Consensus size: 340
7968 GTTTTAAAGA
* * * *
7978 AAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAA-ATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * * *
8043 AGGCTTTTGAAAGAATGGGTGGCCATAAATGGACTTTGCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAT
65 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACCTTTTTCTTCAC
* * ** ** * * *
8108 GTTTGTGGATGTGAACATCCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTGAGCATAA
130 GCTTCTCAACATAAACATCCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACATAA
* * *
8173 AATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGAGACT
195 AATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGAGACT
* * * * *
8238 ATAAACGGTCTTTTCTTATCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACTTTCAATT
260 ATAAACGGTCTTTTCTTATCAATGAATACCTTCTTCTCCATGCTTCTCAAGATAGACTTTCAATT
* **
8303 ATAGTTTGTCTTAACC
325 ATAGCTAATCTTAACC
* * * * * *
8319 AAAAATACAAAACAAATTGATCATAAAATCAATTTTGACATAATAAAACCATTTAAAATGGGTAA
1 AAAAAT--AAAA-AAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* *
8384 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATACCTTTTTCTTC
63 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACCTTTTTCTTC
* * * * * * * *
8449 ACGCTTCTCAACATAAATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAATAATGTAAAACAAATTGAACG
128 ACGCTTCTCAACATAAACATCCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAA-AAATTGAACA
* * * *
8514 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGAAATGAGAG
192 TAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGAG
* * * * * *
8579 ATTATAAATGGAT-TTTTCTTGTCAATGAATGCCTTCTTCTCCATGCTTCTCAATATGGACATTT
257 ACTATAAACGG-TCTTTTCTTATCAATGAATACCTTCTTCTCCATGCTTCTCAAGATAGAC-TTT
*
8643 -AATTATAAGCTAAT-TTAATC
320 CAATTAT-AGCTAATCTTAACC
* * *
8663 AAGAAAGTAAAAAACATTGAACTTAAAATTAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
1 AA-AAA-TAAAAAA-ATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * * *
8728 TAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATTCATTTTT-TTC
63 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACCTTTTTCTTC
* * ** ** * * * ** * * * *
8792 AGGTTTCT-AGAGGTTGACATTCATTTATAGTCTATTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAAAATCAGC
128 ACGCTTCTCA-ACATAAACATCCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTGAAC
* * * ** * * *
8856 TTAAAATCAATTAT-AAAGTTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATACGACTTTTGAATG-AATGA
191 ATAAAATCAATTATGAGA-TAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAAATGA
8919 GAGACTATAAA
254 GAGACTATAAA
8930 TTAATTTTTC
Statistics
Matches: 494, Mismatches: 103, Indels: 26
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 4 0.01
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345 11 0.02
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AAAAATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACCTTTTTCTTCACG
CTTCTCAACATAAACATCCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACATAAA
ATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGAGACTA
TAAACGGTCTTTTCTTATCAATGAATACCTTCTTCTCCATGCTTCTCAAGATAGACTTTCAATTA
TAGCTAATCTTAACC
Found at i:8839 original size:515 final size:512
Alignment explanation
Indices: 7953--9114 Score: 1248
Period size: 515 Copynumber: 2.3 Consensus size: 512
7943 CAAGAGAGAA
* * *
7953 ATTCAATTATAGTTTGTTTTAAAGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTT-AA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
8018 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGAATGGGTGGCCATAAATGGACTTTGC
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-AATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * ** * * *
8082 TTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTGTGGATGTGAACATCCAATTATAATCTATTTTAAC
128 TTGTCAATGAATACCTTCTTCTCCATGCTTCTCAATATGAACATCCAATTATAAGCTAATTTAAC
* *
8147 CAAAAATATAAAAACATTGAGCATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
193 CAAAAATATAAAAACATTGAACATAAAATCAATTTTAAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * *
8212 TAAGGCTTTTAAAGAAATGGGAGACTATAAACGGTCTTTTCTTATCAATGAATACTTTTTTCTTC
258 TAAGACTTTTAAAGAAATGGGAGACTATAAACAGACTTTTCTTAGCAATGAATACATTTTTCTTC
* * * * * * * *
8277 ATGTTTCTCAAGGTAGACTTTCAATTATAGTTTGTCTTAACCAAAAATACAAAACAAATTGATCA
323 AGGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATCTTAACCAAAAATACAAAAAAAAATCAGCA
* * * * * *
8342 TAAAATCAATTTTGACA-TAATAAAACCATTTAAAATGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
388 TAAAATCAATTAT-AAAGTAATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGA
* *
8406 GACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATAAATACCTTTTTCTT-CACGCTT-CTCAACATAAAT
452 GACTATAAATGAACTTTTCTT-CCAAATAAATACCTTTTT-TTACACGCTTCCT-AACATAAAT
* * *
8467 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAATAATGTAAAACAAATTGAACGTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAA--AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
8532 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGATTATAAATGGATTTTTC
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** *
8597 TTGTCAATGAATGCCTTCTTCTCCATGCTTCTCAATATGGACATTTAATTATAAGCTAATTTAAT
128 TTGTCAATGAATACCTTCTTCTCCATGCTTCTCAATATGAACATCCAATTATAAGCTAATTTAAC
* * * *
8662 CAAGAAAGTA-AAAAACATTGAACTTAAAATTAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
193 CAA-AAA-TATAAAAACATTGAACATAAAATCAATTTTAAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * *
8726 AATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCAAATGAATTCATTTTT-
256 AATAAGACTTTTAAAGAAATGGGAGACTATAAACAGACTTTTCTTAGC-AATGAATACATTTTTC
* * * ** **
8789 TTCAGGTTTCT-AGAGGTTGACATTCATTTATAGTCTATTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAAAATC
320 TTCAGGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTATCTTAACCAAAAATACAAAAAAAAATC
* * ** * * *
8853 AGCTTAAAATCAATTATAAAGTTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATACGACTTTTGAATGAATG
384 AGCATAAAATCAATTATAAAGTAATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATG
* * *** * * * ** **
8918 AGAGACTATAAATTAATTTTTCTTCCAAATAAATGGGTTTTTTTACATGTTTCCTGAGGTAGGT
449 AGAGACTATAAATGAACTTTTCTTCCAAATAAATACCTTTTTTTACACGCTTCCTAACATAAAT
* * * * *
8982 ATTCGATTACAGTGTGTTTTTAAAAAAATGT-AAAAAAGTCAACTTAAAATCAAGTATGAGATTA
1 ATTCAATTATAGTCTG-TTTTAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
9046 TAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
9111 -TCAA
130 GTCAA
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Statistics
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0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
TCAATGAATACCTTCTTCTCCATGCTTCTCAATATGAACATCCAATTATAAGCTAATTTAACCAA
AAATATAAAAACATTGAACATAAAATCAATTTTAAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
GACTTTTAAAGAAATGGGAGACTATAAACAGACTTTTCTTAGCAATGAATACATTTTTCTTCAGG
TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATCTTAACCAAAAATACAAAAAAAAATCAGCATAA
AATCAATTATAAAGTAATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACT
ATAAATGAACTTTTCTTCCAAATAAATACCTTTTTTTACACGCTTCCTAACATAAAT
Found at i:9629 original size:170 final size:169
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9302 AAGCAACTAA
* * * * * *
9312 TAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATAACTTGGTTTTCTACA
1 TAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAAAATATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAACATGGTTTTCTACA
* * ******
9377 CGTTTTCTGAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCANNNNNN
66 AGTTTTCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAA
**** *
9442 NNNNAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAT
131 AATGAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAT
* * *
9481 TAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAAAATATAATTAGACTTTTCTTCCAAATAA-ATGAGTTTTTTTA
1 TAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAAAATATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAACATG-G-TTTTCTA
* * *
9545 CAAG-TTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAGAAATGTAAAAACTTCAACT
64 CAAGTTTTCT-AAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACT
9609 TAAAATGAATTATAAGATTATAAAACCATTT
128 TAAAATGAATTATAAGATTATAAAACCATTT
9640 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
168 2 0.02
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ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAAAATATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAACATGGTTTTCTACA
AGTTTTCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAA
AATGAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAT
Found at i:14469 original size:169 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 5.1 Consensus size: 169
13872 NNNNNNNNNN
* * *
13882 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGATCTTTTTTTCTCAAATAAAT-GGATTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTC-CAAATAAATAGG-TTTTT
** * * ** * * *
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64 CTACATGTTTTCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAA-ATATAAAAAATTC
* ** * * * * *
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* *
14055 AATAAGGCGTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT-AGACTTTTTTTCCAAATAAATAGGTTTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGA-ACTTTTCTTCCAAATAAATAGGTTTTTC
* * * * * * **
14119 TACATGTTTCCTAAGGTAGGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAGTAAAAAATGTAAAAAATTCNNN
65 TACATGTTTTCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTC-AA
******* * * *
14184 NNNNNNNCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTCAAAGTGACT
129 CTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCAATT-AAAGCGACT
** * * * * *
14225 AATAAGATTTTTAAAAGAATGAGAGACTATAAATGCACTTTTCTTCCAAATAAATAAGTTTTTCC
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTCCAAATAAATAGGTTTTTCT
* * * * *
14290 ACACGTTTTCTAAGGCAGGCGTTCAATTATAGTCTGTATTAATGAAAAATGTAAAAAATCCAACT
66 ACATGTTTTCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACT
*
14355 GAAAATCAATTAGGAGATTA-AAAACCAATTAAAGCAACT
131 -AAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCAATTAAAGCGACT
14394 AATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GAGACTATAAATGAACTTTTCTTCCAAATAAATAGG-TTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTCCAAATAAATAGGTTTTTC
* * * * * * * *
14457 ATACATGTTTTCTGAGGCAAGCTTTGAATTATACTTTGTTTTAATGAAAAATAAAAAAAAATCAA
65 -TACATGTTTTCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAA
* * *
14522 CTTAAAATCAATTATGTA-ATTAGAAAACCATTTAAAGCGACT
129 C-TAAAATCAATTA-GGAGATTATAAAACCAATTAAAGCGACT
* * * * *
14564 AATAACGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGCACTTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTCCAAATAAATAGGTTTTTCT
* * * * * * *
14629 ATATGTTTTCTAAAGCAGACAGTCAATTATAGTCTGTTTTAGTGAAAAATAAAAAACAAATTGAA
66 ACATGTTTTCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAAT-ATAAA-AAATTCAA
** * * * * *
14694 CTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAATCATTTAAAACGAGT
129 C-TAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCAATTAAAGCGACT
14736 AATAAGGCTT
1 AATAAGGCTT
14746 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 107, Indels: 35
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Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 131 0.23
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.14, T:0.34
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AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTCCAAATAAATAGGTTTTTCT
ACATGTTTTCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACT
AAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCAATTAAAGCGACT
Found at i:14677 original size:339 final size:339
Alignment explanation
Indices: 13882--14684 Score: 827
Period size: 339 Copynumber: 2.4 Consensus size: 339
13872 NNNNNNNNNN
* * *
13882 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATG-ATCTTTTTTTCTCAAATAAATGGATTTTC
1 AATAA-GCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGCA-CTTTTCTT-TCAAATAAATGGGTTTTT
* * * * * * * *
13946 CTACACATTTCCT-GAGATAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTGAATTAAAAATATATAAAAAATT
63 CTACACGTTTTCTAAAG-CAGGCAGTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAA-ATATAAAAAATC
* ** * * ** *
14010 AAACATAAAATTAATTTTGAGATAATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTGAAGGAAT
125 AAACATAAAATCAATTAGGAGATAATAAAACCAATTAAAGCAACTAATAAGGCGTTTGAAGGAAT
* * *
14075 GAGAGACTATAAATAGACTTTTTTTCCAAATAAATAGGTTTTTCTACATGTTTCCTAAGGTAGGC
190 GAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATAGGTTTTTCTACATGTTTCCTAAGGCAAGC
* * ** * **********
14140 ATTTAATTATAGTCTGTTTTAGTAAAAAATGTAAAAAATTCNNNNNNNNNNCAATTATGAGATTA
255 ATTTAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
14205 TAAAATCATTCAAAGTGACT
320 GAAAACCATTCAAAGCGACT
* * * * ** *
14225 AATAAGATTTTTAAAAGAATGAGAGACTATAAATGCACTTTTCTTCCAAATAAATAAGTTTTTCC
1 AATAAG-CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGCACTTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCT
* * * *
14290 ACACGTTTTCTAAGGCAGGC-GTTCAATTATAGTCTGTATTAATGAAAAATGTAAAAAATCCAAC
65 ACACGTTTTCTAAAGCAGGCAG-TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATCAAAC
* *
14354 -TGAAAATCAATTAGGAGATTA-AAAACCAATTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-
129 AT-AAAATCAATTAGGAGATAATAAAACCAATTAAAGCAACTAATAAGGCGTTTGAAGGAA-TGA
* *
14416 GAGACTATAAAT-GAACTTTTCTTCCAAATAAATAGG-TTTTCATACATGTTTTCTGAGGCAAGC
192 GAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTCCAAATAAATAGGTTTTTC-TACATGTTTCCTAAGGCAAGC
* *
14479 -TTTGAATTATACTTTGTTTTAATGAAAAATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGTA-AT
255 ATTT-AATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATG-AGAT
*
14542 TAGAAAACCATTTAAAGCGACT
318 TAGAAAACCATTCAAAGCGACT
*
14564 AATAACGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGCACTTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCT
1 AATAA-GCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGCACTTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCT
* * * *
14629 ATATGTTTTCTAAAGCAGACAGTCAATTATAGTCTGTTTTAGTGAAAAATA-AAAAA
65 ACACGTTTTCTAAAGCAGGCAGTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAA
14685 CAAATTGAAC
Statistics
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0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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344 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.34
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AATAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGCACTTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTA
CACGTTTTCTAAAGCAGGCAGTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATCAAACAT
AAAATCAATTAGGAGATAATAAAACCAATTAAAGCAACTAATAAGGCGTTTGAAGGAATGAGAGA
CTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATAGGTTTTTCTACATGTTTCCTAAGGCAAGCATTTAA
TTATACTCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAAC
CATTCAAAGCGACT
Found at i:15338 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 15106--15481 Score: 450
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
15096 NNNNNNNNNN
* * * * *
15106 TTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAGTTATAGTTTGTCTTAACCAAAAATGTCAAAAAAATTGA
1 TTCATGTTTCTCGACGTAGACATTCAGTTATAGTATGTCTTAACCAAAAACGTAAAAAAAATTGA
* * * *
15171 ACAAAAAATCAATTTTGAGATGATAAAACTATTTATAA-TGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-
66 ACAAAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTA-AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
* *
15234 GAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACATTTTTC
130 GA-AGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACATTTTTC
* * * *
15278 TTCATGTTTCTCGACGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACTAATAACGTAAAAAAAATTGA
1 TTCATGTTTCTCGACGTAGACATTCAGTTATAGTATGTCTTAACCAAAAACGTAAAAAAAATTGA
* * * * *
15343 ACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTACTTAGGCTTTTAAAGGAATGG
66 ACAAAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG
* * * * * *
15408 AAGACTATAAATGGATTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTC
131 AAGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACATTTTTC
* * * *
15450 TTCATATTGCTCGATGTAGGCATTCAGTTATA
1 TTCATGTTTCTCGACGTAGACATTCAGTTATA
15482 ACTGTTTTAA
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 31, Indels: 4
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.01
172 167 0.98
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
TTCATGTTTCTCGACGTAGACATTCAGTTATAGTATGTCTTAACCAAAAACGTAAAAAAAATTGA
ACAAAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG
AAGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACATTTTTC
Found at i:17730 original size:171 final size:158
Alignment explanation
Indices: 17526--17849 Score: 305
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 158
17516 AAGGAATAGG
* *
17526 TGACTATAAATAGAATTTTCTTACCTATGAATGCCTTTTTCATCACATTTC-T-AGAAGCAGACA
1 TGACTATAAATAGAATTTTCTTACCAATGAATGCCTTTCTCATCACATTTCATGAG-A-CAGACA
* * *
17589 CTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAA-AATAAAAAATAATTATACTTAAAATCAATTATGAGA
64 CTCAATTATAATCTGTTTTAACATAAAACAA-AAAAAA-AATAAAACTCAAAATCAATTATGAGA
*
17652 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCT
127 TAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCT
* * * * **
17684 TNNNNNNNNNNNNNGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTCTCTTCATGTTTCA
1 T-------------GACTATAAATAGAATTTTCTTACCAATGAATGCCTTTCTCATCACATTTCA
* *
17749 TGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACATAAAATGCAAAAAAAAAATAAAACTCAAAAT
53 TGAGACAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACATAAAA--CAAAAAAAAAATAAAACTCAAAAT
* *
17814 CAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
116 CAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
17850 GAAGGCTTTT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 23
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
158 1 0.01
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174 6 0.05
175 2 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (158 bp):
TGACTATAAATAGAATTTTCTTACCAATGAATGCCTTTCTCATCACATTTCATGAGACAGACACT
CAATTATAATCTGTTTTAACATAAAACAAAAAAAAAATAAAACTCAAAATCAATTATGAGATAAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCT
Found at i:18391 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18082--18589 Score: 545
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 171
18072 NNNNNNNTGT
* * * *
18082 TCAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACGTCGAGAAACGTGAA-
1 TCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAG
* * **********
18146 AAAATAGACATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCANNNNNNNNNNCAAAAGCCTTATTA
66 AAAA-AGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
18211 CCCATTTTAAATGGTTTTATCATCTCAAAAGTGATTTTATGC
130 CTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGC
* * *
18253 TCAATTGTTTTGATATTTTTGGTTAAGACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA
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* * * *
18318 GAGAAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
65 GA-AAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * **
18382 ACTCATTTTAAATGGTTTTATTATGTCAAAATTGA-TTTATTT
129 ACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGC
* * * * * **
18424 TTAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGGATGTCCACATCAAGAAATATGAAG
1 TCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAG
** * * * * *
18489 AAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCGGTTCCTTCAGAAGCCTTATTAG
66 AAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** *
18554 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
131 TCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
18590 ACAGTTGAAT
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 52, Indels: 10
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
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Consensus pattern (171 bp):
TCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAG
AAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGC
Found at i:19302 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18749--19486 Score: 539
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 169
18739 TTATTTAAAA
* * * * **
18749 AAAAGTACATTTATAGTCT-CTCATTCCTTTAAAAG-TTCTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATACTTTTAT
* * * * *
18812 AATCTCGTAATTGATTTTATGTAAAATTTTTTATATTTTTT-TATTAAAATGAGCTATAATTGAA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTATATTTTTTGT-TAAAAAAGA-CTATAATTGAA
** * * * * * * * *
18876 TGCCTGTCTTAGGAGATATGTA-GAAAAATC-CATTTATTTAGAAG
126 TATCT-ACCTA-GAGAAACGTATAAAAAAACTCACTTATTTGGAAG
* * ********** *
18920 AAACGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTATAA
* * * * * *
18985 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTAGATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAAT-GC
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATC
* * * * *
19049 TTGCCTTGGGAAACGTATAGAAAAACTCATTTATTTGGAAG
130 -TACCTAGAGAAACGTATAAAAAAACTCACTTATTTGGAAG
* **********
19090 AAAATTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTATAA
*
19155 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAACTTTTTTATATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTATA-TTTTTTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATAT
*
19220 CTACCTAGAGAAACGTGTAAAAAAA-TCTACTTATTTGGAAG
129 CTACCTAGAGAAACGTATAAAAAAACTC-ACTTATTTGGAAG
*
19261 AAAAGTCCATTTATTGTCT-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTATA
* * * *
19325 ACCTTATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTT-TACATTTTTGCTTAAAAAAGACTATAAATGAATA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATA-TTTTTTG-TTAAAAAAGACTATAATTGAATA
** * * *
19389 TCTACCTCTAGAAACG-AGAACAAAAA-TAAATTCA-TTGGCAAG
128 TCTACCTAGAGAAACGTATAA-AAAAACTCACTT-ATTTGG-AAG
** * * * * *
19431 AAAAGTATATATACAGTCACCCATT-CTTGCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
19487 GTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 447, Mismatches: 102, Indels: 37
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.02
169 30 0.07
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172 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATCT
ACCTAGAGAAACGTATAAAAAAACTCACTTATTTGGAAG
Found at i:19434 original size:341 final size:331
Alignment explanation
Indices: 18807--19482 Score: 625
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 331
18797 TTTAAATGTT
* * *
18807 TTTATAATCTCGTAATTGATTTTATGTAAAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAATGAGCTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAAAGAGCTATAAT
* * * * * * *
18872 TGAATGCCTGTCTTAGGAGATATGTAGAAAAATCCATTTATTTAGAAGAAACGTCCATTTATAGT
66 TGAATACCTGACCTAGGAGAAATGTAAAAAAATCCACTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
********** * *
18937 CTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
131 CTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTATAACCTCATAATTAATTTTA
* * * * * * *
19002 AGTTGAATTCTTTAGATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAACGTAT
196 AGTTGAATTCTTTACATTTTTGATTAAAAAAGACTATAAATGAATGCTTACCTTGAGAAACGTAG
* * * * * * * * *
19067 AGAAAAACTCATTTATTTGGAAGAAAATTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTT-CAAAAGCCTTAT
261 AGAAAAAATAATTCATTTGGAAGAAAAGTACATATACAGTCACCCATT-CTTGCAAAAGCCTTAT
19131 TACTCAC
325 TACTCAC
* * *
19138 TTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAACTTTTTTATATTTTTTTGTTAAAAC
1 TT----------TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAA-
* * *
19203 AGA-CTATAATTGAATATCT-ACCTA-GAGAAACGTGTAAAAAAATCTACTTATTTGGAAGAAAA
55 AGAGCTATAATTGAATACCTGACCTAGGAGAAA--TGTAAAAAAATCCACTTATTTAGAAGAAAA
* * *
19265 GTCCATTTATTGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTATAACCTT
118 GTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTATAACCTC
* * * *
19330 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAAAAGACTATAAATGAAT-ATCTA
183 ATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTCTTTACATTTTTGATTAAAAAAGACTATAAATGAATGCT-TA
*
19393 CCTCT-AGAAACG-AGA-ACAAAAATAAATTCA-TTGGCAAGAAAAGTATATATACAGTCACCCA
246 CCT-TGAGAAACGTAGAGA-AAAAAT-AATTCATTTGG-AAGAAAAGTACATATACAGTCACCCA
*
19454 TTCTTGCAAAAGCTTTATTACTCAC
307 TTCTTGCAAAAGCCTTATTACTCAC
19479 TTTA
1 TTTA
19483 AATAGTTNNN
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TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAAAGAGCTATAAT
TGAATACCTGACCTAGGAGAAATGTAAAAAAATCCACTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATACTTTTATAACCTCATAATTAATTTTA
AGTTGAATTCTTTACATTTTTGATTAAAAAAGACTATAAATGAATGCTTACCTTGAGAAACGTAG
AGAAAAAATAATTCATTTGGAAGAAAAGTACATATACAGTCACCCATTCTTGCAAAAGCCTTATT
ACTCAC
Found at i:19476 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18971--19486 Score: 424
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18961 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
18971 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTCTTTAGA-TTTTTTATTAAAATAG
1 AAATACTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AACTTTTTTATACATTTTTGTTAAAAAAG
* * * * * * * *
19034 ACTATAATTGAAT-GCTTGCCTTGGGAAACGTA-TAGAAAAACTC-ATTTATTTGGAAGAAAATT
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* * * * * *
19096 CCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTN
127 ACATATACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
********* * ** *
19141 NNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAACTTTTTTATATTTTTTTGTTAAAACAGA
1 AAATACTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAACTTTTTTATACATTTTTGTTAAAAAAGA
* * * * *
19206 CTATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACGTGTAAAAAAATCTACTTATTTGGAAGAAAAGTCCAT
66 CTATAAATGAATATCTACCTAGAGAAACGAGTAAAAAAATCAAATTATTTGGAAGAAAAGTACAT
* ** * *
19271 TTATTGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
131 ATACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
*
19312 AAATACTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTT-TACATTTTTGCTTAAAAAAG
1 AAATACTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAACTTTTTTATACATTTTTG-TTAAAAAAG
**
19375 ACTATAAATGAATATCTACCTCTAGAAACGAG-AACAAAAAT-AAATTCA-TTGGCAAGAAAAGT
65 ACTATAAATGAATATCTACCTAGAGAAACGAGTAA-AAAAATCAAATT-ATTTGG-AAGAAAAGT
* *
19437 ATATATACAGTCACCCATT-CTTGCAAAAGCTTTATTACTCACTTT
127 ACATATACAGTCACCCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTT
19482 AAATA
1 AAATA
19487 GTTNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATACTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAACTTTTTTATACATTTTTGTTAAAAAAGA
CTATAAATGAATATCTACCTAGAGAAACGAGTAAAAAAATCAAATTATTTGGAAGAAAAGTACAT
ATACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
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Alignment explanation
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Period size: 172 Copynumber: 28.3 Consensus size: 170
19992 NNNNNNNNNN
* * * ** *
20002 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCACTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTGGCTCTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
20067 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTCATTTTTTG-TTAAAAGAAACTATAATTAAA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * ** * * *
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* * * **
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1 AAGAAAAGT-CTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* ** * *
20236 -TAAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTTTA-TTTTTTACTAAAACAG-TCTATAAT
65 AT-AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTACTTTTTGATTAAAACAGAT-TATAAT
* * ** * ** * * *
20298 TGAATG-CTTGCCTCG-GACAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGA
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********** * *
20343 AAGAAAAGT-TCATTTATAGTCTCTCATTNNNNNNNNNNCCTTATTAGTCGA-TTTAAATAGTTT
1 AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTT
* ** * * * * *
20406 T-TTATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTGTTCATTAATACAGACTATAATTG
64 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * * * ** ** * *
20469 AATGCCTGCCTTGAGAAACGTGTGGAAAAA-CCTATTTATTTGG-
128 AATGTCTACATCGAGAAATATGAAGAAAAAGGC-ATTCA-TTGGC
* * * * ** * *
20512 AAAAAAAGTGTATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAATCTTATTAGTCACTTTGAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* ********** * * * *
20577 TAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTATA-TTTTTCACTAAAACAAATTATAATTGAA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT-TACTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * ** * * *
20641 TGAT-TGCCT-TAGAAA-ACGTGTA-AAAAACCCATTTATTTGA
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* ********** *
20681 AAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * *
20746 TTATCTCCAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTGTACATTTTT-AGTTTCAATAGACTATAATTG
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT-TAC-TTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * ** * *
20810 AATGCCTGCCT-TAGGAAATGTGTAGAAAAACCCATTTATTTG-
128 AATGTCTACATCGA-GAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
* * * * * ** * *
20852 AAAAATAAGTCAATTTAGAGTCTCTCATTCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGTTTTGAATGGTTTA
1 AAGAA-AAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * ********** *
20917 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTATA-TTTTTGGTTAAAACNNNNNNNNNNTA
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTT-TACTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* ** * * * *
20981 AATGTCTAC-TACAAGAAACGTGAAGAAAAATGAATTCATTTGA
128 AATGTCTACAT-CGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
* * *
21024 AAGAAAAATCTATTTATAGTAAT-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGT-CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * *
21088 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTACTTCTTTGACT-AAATATATTATAATTGA
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTT-TTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* *
21152 ATGTCTACATCGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCACTGGG
129 ATGTCTACATCGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
* * * * *
21194 AAAAAAAATCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTGAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *** * * *
21259 TTATCTGAAAATTGATTTTAAGTTTTTTTTTTTTGCATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *
21324 TGTCTATC-TC-ATAAAACATGAA-AAGAAAGGCATTCATTGGG
130 TGTCTA-CATCGA-GAAATATGAAGAA-AAAGGCATTCATTGGC
********** * * *
21365 AAGAANNNNNNNNNNATAGTCAC-CACTCCTTCAAAAG-CTATATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
21428 GTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTAGTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTA-CTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * *
21493 AGTGTCTACGTCTAGAAATGTGATGAAAAAGGCATTCATAGGC
128 AATGTCTACATCGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
* ** * ** *
21536 AAGAAAATTCTATTTATAGTCAGTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* ********** * * * *
21601 TAA-CATCATAATTGATNNNNNNNNNNA-TTTTTTACATTTCTCATTAAAATAGACTATAATTGA
66 TAATC-TCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * ** *
21664 ATGCCCGT-C-TTGAGAAACGTAT--A-AAAAACCCAGTT-ATTTG-
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* ********** *
21704 ATAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CTATTCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATAGTTT
1 A-AGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * * * *
21768 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGACTTTTTAATA-TTTTTTATTAAAAAAAATTGTAATTG
64 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT-TTACTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * ** ********
21832 AATGCCTACCTC-AGGAAACATAT-AA-AAAAACCCATNNNNNNNN
128 AATGTCTACATCGA-G-AA-ATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
** * * * * * * *
21875 NNGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTTCTTCAAATGCCATATTTCTCACTTTAAAAGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
21940 TAACCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTTTCATTTTTGATTAAAATAGACTATAAATG
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TT-TTTTTAC-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
********** ** * * * *
22004 AATNNNNNNNNNNAGAAACGTGAAAAAAAATGAATTCATTTGC
128 AATGTCTACATCGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
* * * * *
22047 AAGAAGAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGATTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
22112 TAATTTCAACATTGATTTTAAGTTCTATTTTTTTACTTTCTTGATTAAAACAGGTTATAATTGAA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTT-TTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * **
22177 TGTCTCCATTGAGAAATATGAAGAAAATGGCATTCATTGAT
130 TGTCTACATCGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
* * * * * **********
22218 AAGAAAAATCTCTTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTAATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
22283 TAATCTCATAATTGA-TTTATGTTCAATTTTTTTTTACATTATTGGTTCAAACAGACTATAATTG
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTAC-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
22347 AATGTCTACATCCAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGGC
128 AATGTCTACATCGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
* ********** * * * *
22390 AAGAAAAGTCCANNNNNNNNNNCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACCCATTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * ** * * *
22455 TCATCTCAAAATTTATTTTTTGTTCAATTTTTTTGACATTTTTGGTTAAGAC-GAACTATAATTG
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-AC-TTTTTGATTAAAACAG-ATTATAATTG
* ** * *
22519 AATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAGAAAA-TCATTCATTGAC
128 AATGTCTACATCGAGAAATATGAAGA-AAAAGGCATTCATTGGC
* * * * * * *
22562 AAGAAAAGACCATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTATATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
22627 TAATCTCAAAATTGAGTTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTCTTGATTAAAACAGGTTATAATTA
66 TAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACTTT-TTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * * * **
22692 AATGTCTACCT-TATGAAACT-TGAACAGAAAGGCATTCATTGAT
128 AATGTCTACATCGA-GAAA-TATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
********** * *
22735 AAGAAAAGTCTATTTNNNNNNNNNNATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
22800 TAATCGT-AAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTTTTTGA-TAAAACAAGATTATAATTG
66 TAATC-TCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC-TTTTTGATTAAAAC-AGATTATAATTG
* * * * * *
22863 AATTTTTACATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGC
128 AATGTCTACATCGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
* ** *
22906 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
22971 TAATTTAAAAATTGATTTTAAATTCAA-TTTTTTACATTTTTCATTTAAAA-AGACTATAATTGA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC-TTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGA
** * * * * *** * *
23034 ATACCTGCCTTG-GAAAAAAT-ATA-AAAAACTTATTTATTTTG-
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* * * * * *
23075 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCACTCGTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTCTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* ********* * * *
23140 TAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTTA-TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTCAA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTA-AGTTCAATTTTTTTACTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * ** *
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********** * * *** *
23245 AAGAAAAGTNNNNNNNNNNTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTTGGTTTAATTGGTTTT-
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
** * ** * * *
23309 TAATCTCCTAATTGATTTTTAGTTGGA-TTTTTTACATTTTTCATTAACACAGACTATAATTGAA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * ** *** * * *
23373 TGCCTGCCT-TAGAAAACATGCGGAAAAACTTATTTATTTGT
130 TGTCTACATCGAG-AAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
* * * ** * * *
23414 AAGAAAATTGC-ATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAATCTTATTAGTCACTTTGAATGATTTT
1 AAGAAAAGT-CTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* *********** * * * *
23478 ATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNGAA-TTTTTTACATTTTTTACTAAAACAGACTATAATTAA
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * ** *
23542 ATGCCTGCCT-TAGGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGG-
129 ATGTCTACATCGA-GAAATATGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGC
* * *
23584 AA-AAAAGT-TCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
23647 ATTATCTCAAAACTAATTTTATGTTCAATTTTTTATATATTTTTAATTCAAACAG-TCTATAATT
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* * * ** * ** * *
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* *
23754 AAAAAAAGAATC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTN
1 AAGAAAAG--TCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
************** * *
23818 NNNNNNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATT
64 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC-TTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * * ***
23882 AAATATCTACCA-CAAGAAACATGAAAAAAAATGAATTCATTTAA
127 GAATGTCTA-CATCGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
* **********
23926 AAGAAAAGTCTATTTATTA-TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCTATTTA-TAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* ** * *
23990 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCATTGTTTTTTACTTTCTTGATTAAATTAGGTTATAATTA
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTACTTT-TTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
24055 AATGTCTACAGCGAGAAACATGGAGAAAAAGGCATTCATTGGT
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* * * * ***********
24098 AAGAAAAAT-TCAATTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTAATTATTCNNNNNNNNNNATTTT
1 AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
24162 ATAATCTCATAATTGATTTTACGTTCAATTGTTTTTACATTATTGGTTAAAATAGACTATAATTG
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTAC-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * **** *
24227 AATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAATATTTTTATTGGC
128 AATGTCTACATCGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
* * * * * *
24270 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACCCATTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
24335 TTATGTCATAATTGATTTTATGTTCAATTTGTTTTGTA-TTTTTGGTTAAGATCA-ACTATAATT
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* * * * * * **
24398 GATTGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTGATTGAT
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* * * * * **
24442 AAGAAAAGACCATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
************ * * * * * *
24507 TAANNNNNNNNNNNNTTTTATGTT-GACTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACACACTGTAATTGA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC--TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
** * * * * * **
24570 ATACCTACCTCAAGAAACATGTAA-AAAAA-CCTATTTATTTGAA
129 ATGTCTACATCGAGAAATATG-AAGAAAAAGGC-ATTCA-TTGGC
* * * * * * **
24613 AAAAAAAGTCAATTTATAGTCTCTCATTCATTCAAAAACCTTATTAGTCGCTTTAAACAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * * * *
24678 TAACCTTATAATTGATTTTAAGCT-GATTTTATTTACATTTTTGAGTAAAATAGACTATAAATAA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTT-TTTAC-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *** *
24742 ATGTCAACTTCTAGAAACT-TGAA-AAAAAAAAATTCATTTGC
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* * * *
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GTCTACATCGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
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* * * * **
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* * * * * * * *
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********** * * * * *
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* * *
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* *
21057 AAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * * * * * *
21122 TACTTCTTTGACT-AAATATATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAATATGAAGA-AAAAGGCA
66 TACTTTTTTGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAGAAAA-TCA
* ** * * * * *
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129 TTCATTGACAAGAAAAGA-CCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * ** * *
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193 AAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTATT-GATTAAAACAG
* * * **
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256 ACTATAATTAAATGTCTACATC-CA-GAAACATGAACAA-AAAGGCATTCATTGACAAGAA----
****** * * *
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314 AAGTCCAT-TTC-TCATTCCTTC
* * *
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1 AAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TT
* * * *
21461 TTTAGTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACGTCT-AGAAATGTGATGA-AAAAG
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* * * ** * ** **
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* ********** *
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191 TAAAT-GTTTTATAATC-TCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTAT-TGATTAAAA
* * * ** * ** *
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313 AAAGTCCA--T-T--TCT-C-ATTCCTTC
********** * * * * *
21738 AAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGACTTTTTA
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT-
* * * * * * *
21803 ATA-TTTTTT-ATTAAAAAAAATTGTAATTGAATGCCTACC-TCAGGAAACATAT-AA-A-AAAA
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* ********** * * * * * * *
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126 -TCATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * *
21927 TTAAAAGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTTTCATTTTTGATTAAAA
190 TT-AAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTTACATTATTGATTAAAA
* * * ********** * * * * *
21991 TAGACTATAAATGAATNNNNNNNNNNAGAAACGTGAAAAAAAATGAATTCATTTG-CAAGAAGAG
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* *
22055 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
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* * * * *
22080 AAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGATTTATAATTTCAACATTGATTTTAAGTTCTATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * *
22145 TACTTTCTTGATTAAAACAGGTTATAATTGAATGTCT-CCATTGAGAAATATG-A-AGAAAATGG
66 TACTTTTTTGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TTGAGAAATGTGAAGAGAAAAT--
* * * **
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******* * * * *
22270 NNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTATGTTCAATTTTTTTTTACATTATTGGTTCAAA
189 TTTAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTTACATTATTGATTAAAA
* * * * *
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253 CAGACTATAATTAAATGTCTACATCCAGAAACATGAACAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGT
*** *
22399 CCANNNNNNNNNNCTCATTCTTTC
318 CCA-------TTTCTCATTCCTTC
* * * * * **
22423 AAAAGCCTTATTACCCATTTTAAATAGTTTTATCATCTCAAAATTTATTTTTTGTTCAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * * * * *
22488 TGACATTTTTGGTTAAGAC-GAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAGAAAATC
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* *
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* * *
22617 TATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAGTTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTCTTGATTAAAACAG
193 AAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTATTGATTAAAACAG
** * * * * * *
22682 GTTATAATTAAATGTCTACCT-TATGAAACTTGAACAGAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCT
256 ACTATAATTAAATGTCTACATCCA-GAAACATGAACAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
***
22746 ATTTNNNNNNNNNNATTCCTTC
320 ATTT-------CTCATTCCTTC
* *
22768 AAAAGACTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCGT-AAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
* * *
22832 TTACTTTTTTGATAAAACAAGATTATAATTGAATTTTTACATTGAGAAATGTGAAGA-AAAAGGT
65 TTACTTTTTTGATAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAGAAAA--T
* * * * **
22896 -ATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTT
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* * * * *
22959 TAAATGATTTTATAATTTAAAAATTGATTTTAAATTCAA--TTTTTTACATTTTTCATTTAAAA-
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254 AGACTATAATT
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CATTGACAAGAAAAGACCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTATTGATTAAAACAGACTAT
AATTAAATGTCTACATCCAGAAACATGAACAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTCT
CATTCCTTC
Found at i:23680 original size:339 final size:331
Alignment explanation
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19992 NNNNNNNNNN
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1 AAGAAAAAT-CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGAGTTTT
*** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** ** * * * * ** * * *
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* *
20325 AAAAACTCATTTATTTGA
314 AAAAACTTATTTATTTGT
* **********
20343 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTNNNNNNNNNNCCTTATTAGTCGA-TTTAAAT-AGTTT
1 AAGAAAA-ATCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTC-ACTTTAAATGAGTTT
* * * * * *
20406 T-TTATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTGTTCATTAATACAGACTATAATTGA
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* * * * *
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* * ** * * * * ********
20533 TCCCATTTCTTCAAAAATCTTATTAGTCACTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNN
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** * * * * * ** * *
20598 NNTGAATTTTTTATATTTTTCACTAAAACAAATTATAATTGAATGATTGCCTTAGAAAACGTGTA
249 GTTCAATTTTTTACATTTTTCA-TTAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAGAAAACATGAA
**
20663 -AAAAACCCATTTATTTG-
313 GAAAAACTTATTTATTTGT
* ********** * *
20680 AAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATG-GTTT
1 AAGAAAAA-TC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGAGTTT
* * ** *
20744 TATTATCTCCA-AATTGATTTTATGTTCAATTTTTTGTACATTTTT-AGTTTCAATAGACTATAA
64 TATAATCT-CATAATTGA-TTTA-G---AA-TTTTT-T--ATTTTTCA-CTAAAACAGACTATAA
* * * ** * *
20807 TTGAATGCCTGCCTTAGGAAATGTGTAGAAAAACCCATTTATTT-GAAAAATAAG-TCAATTTAG
118 TTAAATGCCTGCCTCAGAAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAA-AAGTTC-ATTTAT
* * * * * *
20870 AGTCTCTCATTCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGTTTTGAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATT
181 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * ** ********** * * * *
20935 TTAAGTTGAATTTCTTTATATTTTTGGTTAAAACNNNNNNNNNNTAAATGTCT-AC-TACAAGAA
245 TTATGTTCAATTT-TTTACATTTTTCATT-AAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTA-GA-AA
* * * *
20998 ACGTGAAGAAAAA-TGAATTCATTTGA
306 ACATGAAGAAAAACT-TATTTATTTGT
*
21024 AAGAAAAATCTATTTATAGTAAT-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-GCTCACTTTAAATG-GTT
1 AAGAAAAATC-ATTTATAGT-CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAG-TCACTTTAAATGAGTT
* * * * * *
21086 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTACTTCTTTGACT-AAATATATTATAATT
63 TTATAATCTCATAATTGA-TTT--A--GAA-TTTTTTA-TT-TTTCACTAAAACAGACTATAATT
* * * * * * ** * * * **
21150 GAATGTCTACATC-GAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCACTGGGAA-AAAAAATCTATTTATAG
120 AAATGCCTGCCTCAGA-AAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTTC-ATTTATAG
* * * * * *
21213 TCTCCCATTCCTTGAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTGAAAATTGATTTT
183 TCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* *** * *** * * ** * *
21278 AAGTTTTTTTTTTTTGCATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCATAAAACAT
247 ATG-TTCAATTTTTTACATTTTTCATT-AAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAGAAAACAT
*** * * *
21343 GAA-AAGAAAGGCATTCATTGGG
310 GAAGAA-AAACTTATTTATTTGT
********* * * * *
21365 AAGAANNNNNNNNNNATAGTCAC-CACTCCTTCAAAAG-CTATATTACTCGCTTTAAATG-GTTT
1 AAGAA-AAATCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTAGTCACTTTAAATGAGTTT
* * * *
21427 TGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTAGTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATT
64 TATAATCTCATAATTGA-TTT-AG---AA-T-TTTTTA--TTTTTCACTAAAACAGACTATAATT
* * * * * ** * *
21492 GAGTGTCTACGTCTAG--AA-ATGTGATGAAAAAGGCATTCA-TAGGCAAGAAAA-TTCTATTTA
120 AAATGCCTGCCTC-AGAAAACATGT-A-GAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTTC-ATTTA
** * * *
21552 TAGTCAGTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA-CATCATAATTGA
180 TAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATC-TCAAAATTGA
********** * * * *
21616 TNNNNNNNNNNATTTTTTACATTTCTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCCGTCTT-GAGAA
243 TTTTATGTTCAATTTTTTACATTTTTCATT-AAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAGA-AA
* ** *
21680 ACGT-ATA-AAAAACCCAGTTATTTG-
306 ACATGA-AGAAAAACTTATTTATTTGT
* **********
21704 ATAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CTATTCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAAT-AGTT
1 A-AGAAAAAT-CATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGAGTT
* * * * * * * * *
21767 TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGACTTTTTAATATTTTTTATTAAAAAAAATTGTAATTG
63 TTATAATCTCATAATTGA-TTT-A---GAATTTTT--TATTTTTCACTAAAACAGACTATAATTA
* * * * ********** *
21832 AATGCCTACCTCAGGAAACATATAAAAAAACCCATNNNNNNNNNNGAAAAGTCCATTTATAGTCT
121 AATGCCTGCCTCAGAAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCT
* * * * * * * * * * *
21897 TTCATTTCTTCAAATGCCATATTTCTCACTTTAAAAGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAG
186 CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATG
* * * * ********* *
21962 TT-AATTTGTTTTTTCATTTTTGATTAAAATAGACTATAAATGAATNNNNNNNNNNAG-AAACGT
250 TTCAA--T-TTTTTACATTTTTCATT-AAACAGACTATAATTGAAT-GCCTGCCTTAGAAAACAT
* * * *
22025 GAA-AAAAAATGAATTCATTTGC
310 GAAGAAAAACT-TATTTATTTGT
* * * * * * *
22047 AAGAAGAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATG-GATTT
1 AAGAAAAATC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGAGTTTT
* * * * ** *
22111 ATAATTTCA-ACATTGATTTTAAGTTCTATTTTTTTACTTTCTTGATTAAAACAGGTTATAATTG
65 ATAATCTCATA-ATTGA-TTT-AG----AATTTTTTA-TTT-TTCACTAAAACAGACTATAATTA
* * * * *** * * *
22175 AATGTCT-CCAT-TGAGAAATATGAAGAAAATGGCATTCA-TTGATAAGAAAAATCTC-TTTATA
121 AATGCCTGCC-TCAGA-AAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTG-GAAGAAAAGT-TCATTTATA
* * * ********* *
22236 GTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTAATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGA-TT
182 GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
* ** * * * *
22300 TATGTTCAATTTTTTTTTACATTATTGGTTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCCAG-AA
246 TATGTTCAA---TTTTTTACATTTTTCATT-AAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCT-TAGAAA
** * *
22364 ACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGGC
306 ACATGAAGAAAAACTTATTTATTTGT
* ********** * ** *
22390 AAGAAAAGTCCANNNNNNNNNNCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACCCATTTTAAAT-AGTTTT
1 AAGAAAAAT-CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGAGTTTT
* * * * *** *
22454 ATCATCTCAAAATTTATTTTTTGTTCAATTTTTTTGACATTTTTGGTTAAGAC-GAACTATAATT
65 ATAATCTCATAATTGA--TTTAG---AA-TTTTTT---ATTTTTCACTAAAACAG-ACTATAATT
* * * * * * * * **
22518 GAATGTCTACCTC-GAGAAACGTGAAGAGAAAA-TCATTCA-TTGACAAGAAAAGACCATTTATA
120 AAATGCCTGCCTCAGA-AAACATGTAGA-AAAACCCATTTATTTG-GAAGAAAAGTTCATTTATA
* * * * *
22580 GTCTCTTATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTATATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAGTT
182 GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGA-TT
* * ** * * *
22645 TTAAGTTCAATTTTTTTTAC-TTTCTTGATTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTACCTTATG-A
245 TTATGTTCAA--TTTTTTACATTT-TTCATT-AAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTA-GAA
* * * *** *
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305 AACATGAAGAAAAACTTATTTATTTG-T
* ********** * * *
22735 AAGAAAAGTCTATTTNNNNNNNNNNATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAACG-GTTTT
1 AAGAAAAATC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGAGTTTT
* * *
22799 ATAATCGT-AAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTTTTTGA-TAAAACAAGATTATAATT
65 ATAATC-TCATAATTGA-TTT-AG---AA-TTTTTTA--TTTTTCACTAAAAC-AGACTATAATT
* *** * * * * *** * * *
22862 GAATTTTTACAT-TGAGAA-ATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAG-TCTATTTATA
120 AAATGCCTGCCTCAGAAAACATGT--AGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTTC-ATTTATA
* * * *
22924 GTCTCTCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATTTAAAAATTGATTT
182 GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTT
** * * * *
22989 TAAATTCAATTTTTTACATTTTTCATTTAAAAAGACTATAATTGAATACCTGCCTTGGAAAAAAT
246 TATGTTCAATTTTTTACATTTTTCA-TTAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAGAAAACAT
23054 -ATA-AAAAACTTATTTATTT-T
310 GA-AGAAAAACTTATTTATTTGT
* * * * *
23074 GAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCACTCGTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTCTAAAT-AGTTT
1 -AAGAAAAATC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGAGTTT
**** * *
23138 TATAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTTATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTCA
64 TATAATCTCATAATTGA-TTTA------GAATTTTTTATTTTTCACTAAAACAGACTATAATTAA
* * * **********
23203 ATGCTTGCCTCAGAAAACGTGTATAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTNNNNNNNNNNTCTC
122 ATGCCTGCCTCAGAAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTC
* * * * * **
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** **
23331 TTGGATTTTTTACATTTTTCATTAACACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAGAAAACATGCGG
250 TTCAATTTTTTACATTTTTCATTAA-ACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAGAAAACATGAAG
23396 AAAAACTTATTTATTTGT
314 AAAAACTTATTTATTTGT
* * * ** *
23414 AAGAAAATTGCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAATCTTATTAGTCACTTTGAATGA-TTTT
1 AAGAAAAAT-CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGAGTTTT
***** *
23478 ATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTACATTTTTTACTAAAACAGACTATAATTAAA
65 ATAATCTCATAATTG-----ATTTAGAATTTTTT--ATTTTTCACTAAAACAGACTATAATTAAA
* *
23543 TGCCTGCCTTAGGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAA-AAAAGTTCATTTATAGTCTCT
123 TGCCTGCCTCAGAAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
* * * * * *
23607 TATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAACTAATTTTATGTT
188 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTT
* * * * * * *
23672 CAATTTTTTATATATTTTTAATTCAAACAGTCTATAATTGAATGCCTACCTCA-AGAAACGTGTA
252 CAA-TTTTT-TACATTTTTCATT-AAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAGA-AAACATGAA
** *
23736 GAAAAACCCATTTATTTGA
313 GAAAAACTTATTTATTTGT
* *
23755 AAAAAAGAATCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
1 AAGAAA-AATCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATG
23814 GTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 2597, Mismatches: 690, Indels: 368
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Matches are distributed among these distances:
336 2 0.00
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Consensus pattern (331 bp):
AAGAAAAATCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTAGAATTTTTTATTTTTCACTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCC
TCAGAAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTT
ACATTTTTCATTAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAACTTATTT
ATTTGT
Found at i:28088 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 27777--28088 Score: 369
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27767 NNNNNNNATA
* ** *
27777 GAATTTTCTTACTAATGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTCATGAGGTAGAGAGTCAATTATAATCT
1 GAATTTTCTTACCAATGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTCATGACATAGAAAGTCAATTATAATCT
* * *******
27842 GTTGTAACAAAAAATGTAAAAGAAATTGAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATNNNNNNN
66 GTTGTAACAAAAAATGTAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCGTTTAA
****
27907 NNNNAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATG
131 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATG
* * * * *
27949 GAATTTTCTTACCAATGAATGCCTTT-TAGTTTACGTTTCTTGACATA-AAATTCAATTATAATT
1 GAATTTTCTTACCAATGAATGCCTTTCT-CTTCACGTTTCATGACATAGAAAGTCAATTATAATC
* *
28012 TGTTTTATTCAAAAAA-GTAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCGTTT
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28076 AAAGTGAGTAATA
129 AAAGTGAGTAATA
28089 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 24, Indels: 5
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 68 0.60
172 46 0.40
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
GAATTTTCTTACCAATGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTCATGACATAGAAAGTCAATTATAATCT
GTTGTAACAAAAAATGTAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCGTTTAA
AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATG
Done.