Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398569.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1860.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1734
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.10, T:0.30
Warning! 364 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:788 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 486--1734 Score: 1393
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
476 NNNNNNNNTA
* * * * * * *
486 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAGCTTGAGAAATGT-ATAGACAAAGACATTCATTG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTG
* ** * * *
550 GCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACTTATTCTTTCAAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATAGTTT
65 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* *
615 TATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTTGCATTT
130 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATT-TTTTTACATTT
* ** * * *
657 TTGGTTAAAACAGACTATAGTTGAACATCTGCCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCACTGG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
* *
722 CAA-AGAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
66 CAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
785 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
129 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTT
* *
828 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGGATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
* * * * *
893 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATAGTTTT
66 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
958 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
131 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTACATTT
** * * *
999 TTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATAAAGAAACAA-GCATTCATTG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAA-AAGGCATTCATTG
* * * * * * * *
1063 GCAAGATAAGTCTATTTATATTCACCGACTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
65 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
1128 TATAATCTAAAAATTGGTTTTAGGGTTCACTTTTTCTTACGTTA
130 TATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGA-TTTTT-TTACATTT
* * * * * * * * *
1172 TTAGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGTAACGTAAAGAAAAA-GCTATTCATAG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATTCATTG
*
1236 TG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
65 -GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
*
1300 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTT
129 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTT
* * * * * *
1343 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAGTGTCTAACCT-GAGAAACATCAAGAAAAAAGTATACATTG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG
* ** *
1407 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCATATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
65 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1472 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
130 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTT
* * * * * * * *
1514 TTGGTTAAAACAAACTATAATTGAAGGCCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGACATTGACTGG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
* * * * * *
1578 CAAAAAAAGTCTATTTAAAGTCACTCATT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAACGGTTT
66 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * **
1642 TATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTTT-CATGTTT
130 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACA--TTT
* * * * * * *
1684 TTGATTAATACAGACTGTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAA
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAA
Statistics
Matches: 917, Mismatches: 139, Indels: 44
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 6 0.01
170 142 0.15
171 604 0.66
172 34 0.04
173 128 0.14
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTT
Found at i:1466 original size:515 final size:512
Alignment explanation
Indices: 489--1667 Score: 1485
Period size: 515 Copynumber: 2.3 Consensus size: 512
479 NNNNNTATTG
* * * ** * *
489 GTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAGCTTGAGAAATGTATAGACAAAGACATTCATTGGCAA
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
** * * * *
554 GAAAAGTCCGTTTATAGTCACTTATTCTTTCAAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
66 GAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * * *
619 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAGTTGAACA
130 ATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCATTGTTTTTACATTATTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAACA
* * * * *
684 TCTGCCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCACTGGCAAAGAAAGTCTATTTATAATCACCCA
195 TCTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAAGAAAGTCCATTTATAATCACCCA
*
749 TTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
260 TTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
814 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGGATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA
325 ATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGGATGTCTACCTCAAGAAACATCAAGAAA
* * * * *
879 AAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCG
390 AAAGCATACATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
944 ATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTC
455 ATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTC
* * *
1002 TTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATAAAGAAACAAG-CATTCATTGGCA
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAA-AAGACATTCATTGGCA
* * *
1066 AGATAAGTCTATTTATATTCACCGACTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
65 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
1131 AATCTAAAAATTGGTTTTAGGGTTCACTT-TTTCTTACGTTATTAGTTAAAAAATATTATAATTG
129 AATCTAAAAATTGATTTTA-AGTTCA-TTGTTT-TTACATTATTAGTTAAAAAAGACTATAATTG
** * ** *
1195 AATGTCTAG-CTCAAGTAACGTAAAGAAAAA-GCTATTCA-TAGTGAAGAAAAGTCCATTTATAG
191 AACATCT-GCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGC-ATTCACTAGCAAAG-AAAGTCCATTTATAA
1257 TCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
253 TCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
*
1321 TAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-GAGTGTCTAACCT-GAGAAA
317 TAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGGA-TGTCT-ACCTCAAGAAA
* * * * *
1384 CATCAAGAAAAAAGTATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCATATTCTTTCGAAAGCC
380 CATCAAGAAAAAAGCATACATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCTTTCAAAAGCC
* * *
1449 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
445 TTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
*
1514 TTG
510 TTC
* * * * * *
1517 GTTAAAACAAACTATAATTGAAGGCCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGACATTGACTGGCAA
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
* * * * * **
1581 AAAAAGTCTATTTAAAGTCACTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAACGGTTTTATA
66 GAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * *
1646 ATATCATAATTGATTTTAAGTT
130 ATCTAAAAATTGATTTTAAGTT
1668 GAATGCTTTC
Statistics
Matches: 568, Mismatches: 85, Indels: 26
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 128 0.23
514 103 0.18
515 332 0.58
516 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
GAAAAGTCTATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
TCTAAAAATTGATTTTAAGTTCATTGTTTTTACATTATTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAACAT
CTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAAGAAAGTCCATTTATAATCACCCAT
TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGGATGTCTACCTCAAGAAACATCAAGAAAA
AAGCATACATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGA
TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTC
Done.