Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398573.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1864.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4344
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.11, T:0.29
Warning! 963 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4109 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3247--4339 Score: 450
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 171
3237 TATTACTTGG
* * * * * * * * *
3247 TTTAAATGATTTCATAAACTAATAATTGTTTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTGTTAAAAG
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * *
3312 AAGCTAGAATTGAACGTCTACCTCAACAAACATGAAGAAAAA-AGCATCCATTGACAAGAAAAGT
66 AAACTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * *
3376 CCATTTATAGTCACCAATACCTTTAAAAGTCTTATTACTTA-C
130 CTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAATA-GTAGC
** * * * * * *
3418 TTTAAATGGTTTTATAAAGTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * * * * * * *
3483 AGA-TTGTAATTGGATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAAAAAAATATATTTATTGACAAGAAAAGC
66 AAACTAG-AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * ***
3547 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTNNN
130 CTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAATAGTAGC
**************************** * * * *
3589 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * * ** * * *
3654 ATATTATAATTAAATGTTTACCTCCAGAAATGTCAAGAAAAA-AGGATTCTTTGGCAAGAAAAGT
66 AAACTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGT
* ** * *
3718 CTATTTATAGTCATCCATTGCTTCAAAAGCCGT-ATTGCTCA-C
130 CTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAATAG-T-AGC
********** * *
3760 TTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTCAA-ATTTATTTACATTTTTGGTTAAG
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATA-TT-TTTACATTTTTAGTTAA-
** * * * * * * ** * * **
3824 AA-AGGCTATAATTGACTTTTTACCGT-GAGGAATGTGAAGCAAAAGCCAACCATTGGCAAGAAA
63 AACAAACTAGAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAA
* ** * ** * * *
3887 AGTCCATTTATAGTCATTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTTGG
127 AGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTAATAGTAGC
* * * * *
3932 TTTAAATGGTTTCACAAACTAATAATTGTTTTTAAGTTTAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* *
3997 AAACTAGAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAATAG-CATTCATTGGCTAGAAAAGT
66 AAACTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA-AGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
4061 CTATTTATAGTTACCCATACCTTTAAAAGCCTT-ATCAGTCGC
130 CTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAAT-AGTAGC
* * ********
4103 TTTAAATGGTTTTATAATGTCCTAATTGATTTTAAG-TTAA-ATTTNNNNNNNNNNTTAGTTAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTT--TTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * * *
4166 ACAGATTATAATTGGATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGATATTCATTTGCAAGAAATG
64 ACAAACTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAG
*
4231 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATAGTAGC
129 TCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAATAGTAGC
* * * * * * * *
4274 TGTAAAAGGTTTTATACTTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
4339 A
66 A
4340 GATTA
Statistics
Matches: 682, Mismatches: 213, Indels: 54
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 14 0.02
171 526 0.77
172 130 0.19
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
AAACTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
TATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAATAGTAGC
Found at i:4340 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3617--4344 Score: 455
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 171
3607 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
3617 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATGTTTACCTCCAGA
1 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGA
** * * * * * **
3682 AATGTCAAGAAAAAAGGATTCTTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTGCTTCAAAAG
66 AACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
* * * * **********
3747 CCGTAT-TGCTCA-CTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTG
131 CCTTATCAG-T-AGCTGTAAAAGGTTTTATAATGTCATAATTG
* * ** * * * * *
3788 ATTTTAAGTTCAAATTTATTTACATTTTTGGTTAAGAA-AGGCTATAATTGACTTTTTACCGT-G
1 ATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA-AACAGATTAGAATTGAATGTCTACC-TCA
* ** * ** * **
3851 AGGAATGTGAAGCAAAAG-CCAACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCA-AGCCTTC
63 AGAAACATGAAG-AAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTC
* * * * * * * * * * ** *
3914 GAAAGCCTTTTTACTTGGTTTAAATGGTTTCACAAACTAATAATTG
126 AAAAGCCTTATCAGTAGCTGTAAAAGGTTTTATAATGTCATAATTG
* * * * * *
3960 TTTTTAAGTTTAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTTTACCTCAAGA
1 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * *
4025 AACATGAAGAAAATAGCATTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATACCTTTAAAAG
66 AACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
* * * *
4090 CCTTATCAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCCTAATTG
131 CCTTATCAGTAGCTGTAAAAGGTTTTATAATGTCATAATTG
********** * *
4131 ATTTTAAGTTAAATTTNNNNNNNNNNTTAGTTAAAACAGATTATAATTGGATGTCTACCTCAAGA
1 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * *
4196 AACATGAAGAAAAG-GATATTCATTTGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
66 AACATGAAGAAAAGAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAA
* *
4260 GCCTTAAT-AGTAGCTGTAAAAGGTTTTATACTTTCATAATTG
130 GCCTT-ATCAGTAGCTGTAAAAGGTTTTATAATGTCATAATTG
* *
4302 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA
1 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 118, Indels: 26
0.75 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.02
171 290 0.68
172 121 0.28
173 7 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGA
AACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
CCTTATCAGTAGCTGTAAAAGGTTTTATAATGTCATAATTG
Done.