Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398579.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_187.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3827
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.10, T:0.32
Warning! 729 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1171 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 587--3071 Score: 1772
Period size: 171 Copynumber: 14.5 Consensus size: 168
577 NNNCATTGGC
* * ** * *
587 AAGAAAAGTC-TATTATAGTAACCTATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGCTTTA
1 AAGAAAAGTCAT-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * ** * * *
651 TACTATCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAATATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT-ACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGA
* * ** * * *
716 ATGTGTATCTAAAGAAAGATGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
129 ATGTTTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAA-GCATTCATTAG
* * *
757 TAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTT
1 -AAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
822 ATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTATCCTTAAAACATACTATAACTG
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTG
* * * * *
887 AATGTCTACCTTGGGAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGAT
128 AATGTTTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAA-GCATTCATT-AG
* * * * *
930 AAAAAAGAGTCTGTTTATAG-CTACTCATTCCTTCAAATGCTTTATTACTCGA-TTTAAATGGTT
1 AAGAAA-AGTC-ATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTT
** * * *
993 TTATAATCTCAGGATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTGCATTTTTCATTCAAATAGACTATAATT
62 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATT
**
1058 GAATGTTTGTCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCTATTCATTAAG
127 GAATGTTTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGC-ATTCATT-AG
* * **
1102 AA-AAAATGTACATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTT
1 AAGAAAA-GT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * ** * * *
1166 ATAATCCCATAGTCGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGACAATAATTA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTG
* * * *
1230 AATGTCTACCTTGAGAAATATG-AAAAAAATGCATTCATTGG
128 AATGTTTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAA-GCATTCATTAG
* *
1271 AAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTTCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 -AAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * * **
1335 ATATTCTCA-AATTTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTGGCATTTTT-TTGTCAAAATAGGTTATAA
64 ATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT-ACATTTTTCAT-T-AAAATAGACTATAA
* ** ** * *
1398 TTGAATGTGTATATCAAG-AACGTG-ATGAAAAAGACATTCATTGG
125 TTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTA-GAAAAAG-CATTCATTAG
* ** * * *
1442 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCACTTTTTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTACATGGTTT
1 -AAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
1506 TATAATTTCATAATCT-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTT-AGTTCAAACAGACTATAA
63 TATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATAGACTATAA
* * *
1569 TT-AAT-TATCTACCTTG-GAAA-ATGTGAAGAAAAAGGATTCACTGG
125 TTGAATGT-T-TACCTTGAGAAACATGT--AGAAAAAGCATTCATTAG
* * * *
1613 CAAGAAAAGTCCCTTTATATTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 -AAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * * ** * * *
1677 ATACTCTCAAAATTGATTTTAATTTTAAAT-TTTTTTCTTTTTTTGTTAAAACATATTATAATTG
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTG
* * * * *
1741 AATGACTTTA--TTGAGAAATGA-GAAGAGAAAGGGATTCATTGG
128 AATG--TTTACCTTGAGAAA-CATGTAGA-AAAAGCATTCATTAG
* * * * **
1783 TAAGAAAAGTCTAATTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGA-TTTAAAAAGTTT
1 -AAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
1847 TGTAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTATTGAAATAGACTATAATTG
63 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTG
* * * *
1912 AATGTATGCCTTCG-GAAACATGTAGTAAAAGTCATTTATTAAG
128 AATGTTTACCTT-GAGAAACATGTAGAAAAAG-CATTCATT-AG
* * *
1955 AAGAAACA-TCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAA-AGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * *
2019 ATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGTAT-TGTTTTACGTTTTTCATTAAAACAGACAATAATTG
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTG
* * * ** *
2083 AAAGTCTA-CTATGAGAAACGTAAAGAAAAATGCATTCATTGG
128 AATGTTTACCT-TGAGAAACATGTAGAAAAA-GCATTCATTAG
** * *
2125 CAAGAAAAGTC-TATTATAG-CAACCCATTTTTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
1 -AAGAAAAGTCAT-TTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * ** **
2188 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTGGTA-TTTTTTTGTTAAAATAGGTTATAA
63 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATGTTTT--TACATTTTTCATTAAAATAGACTATAA
* * ** * * * *
2252 TTGAATGTGTATCTCAAGAAACGTG-ATGAAAAAAACATTTATTGG
125 TTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTA-G-AAAAAGCATTCATTAG
* ** *
2297 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTACTTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1 -AAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * * *
2361 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTATCCTTAAAACAAACAATAACTG
63 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTG
** * * ** *
2426 AACATCTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGAA
128 AATGTTTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAA-GCATTCATT-AG
* * * ** *
2469 AAAAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
2534 TAATCTCATGATTGATTTTATA-TTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGGCTATAATTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGA
** ** * *
2598 ATGCATGTCTTGGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAAG
129 ATGTTTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAG-CATTCATT-AG
* * * *
2640 AACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAATGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGATTTT
1 AAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
2704 AGAATCTCATGATTGATTTTATA-TCGACTGTTTTTGCATGTTTCATTAAAATAGACTATAATTG
64 ATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTG
* * * ******** *
2768 AATGCTTGCCTTGGGAAACATGTAGAAAANNNNNNNNNNTAAG
128 AATGTTTACCTTGAGAAACATGTAGAAAA--AGCATTCATTAG
* * * *
2811 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGATTTT
1 AAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTT
* * *
2875 ATAATCTCATGATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTACATTTTTCATT-AAATAGACTATAATTCA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGA
* **
2939 ATGCTTGTCTTG-GAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAAG
129 ATGTTTACCTTGAG-AAACATGTAGAAAAAG-CATTCATT-AG
* * * * * *
2981 AAGAAAATTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAGATGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
3046 TAGTCCCATAATTGATTTTAAGTTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
3072 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1856, Mismatches: 361, Indels: 195
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 114 0.06
170 342 0.18
171 882 0.48
172 347 0.19
173 167 0.09
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAAT
GTTTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCATTCATTAG
Found at i:1891 original size:512 final size:504
Alignment explanation
Indices: 580--3071 Score: 1821
Period size: 512 Copynumber: 4.9 Consensus size: 504
570 NNNNNNNNNN
* * * *
580 CATTGGCAAGAAAAGT-CTATTATAGTAACCTATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCT-TTATA-TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * *
644 GGCTTTATACTATCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAATATTTTTGGTCAAAACAGATTA
64 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-AT-TTTTTTGTTAAAACAGATTA
*
709 TAATTGAATGTGTATCTAAAGAAA-GATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTT
127 TAATTGAATGTGTATCTAAAGAAATGATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAATT
* * * *
773 ATAATCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA
192 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
838 TTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTATCCTTAAAACATA-CTATAACTGAATGTCTACCTTGGG
257 TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTT-T-TTTTAAA-ATAGCTATAATTGAATGTGTA--TTCGG
* * * * * * **
902 AAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAAAAAGAGTCTGTTTATAG-CTACTCA-TTCCTTCA
316 AAACATGATGAAAAAGACATTCATTG-GAAGAAACAGTCCATTTATAGTC-A-TCACTTCCTTCA
* * ** *
965 AATGCTTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCAGGATTGATTTTATGTTGAATGTTTTT
378 AATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
** * * * *
1030 GCATTTTTCATTCAAATAGACTATAATTGAATGTTTGT-CTTGAGAAACATGT-AGAAAAAGCTA
442 TTATTTTTTATTCAAACAGACTATAATTGAAT-TATCTACTTG-GAAA-ATGTAAGAAAAAGC-A
1093 TT
503 TT
* * *
1095 CATTAAG-AA-AAAATGTACATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAA
1 CATT-GGCAAGAAAA-GT-CCTTTATA-TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
** * * * * * * * **
1158 ACAGTTTTATAATCCCATAGTCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGACA
62 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTTTTTTG-TTAAAACAGATT
* * * ** * * *
1223 ATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAAT-ATGAA-AAAAATGCATTCATTGGAAAGAAAAGTC-CAT
126 ATAATTGAATGTGTATCTAAAGAAATGATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAAT
* * *
1285 TATAGTCACCCATTTCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCA-AATTT
191 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TT
* * * *
1349 TATTTTAAGTTCAATTTTTTTGGCATTTTTTTGTCAAAATAGGTTATAATTGAATGTGTATATC-
255 GATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTTT-T-AAAATA-GCTATAATTGAATGTGTAT-TCG
* * **
1413 AAGAACGTGATGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCATCACTTTTTTCA
315 GA-AACATGATGAAAAAGACATTCATTGG-AAGAAACAGTCCATTTATAGTCATCACTTCCTTCA
* * * * *
1477 AAAGCCGTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATTTCATAATCT-ATTTTAAGTTAAATTTTTT
378 AATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
*
1541 TTATATTTTTAGTTCAAACAGACTATAATT-AATTATCTACCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGGA
442 TTAT-TTTTTA-TTCAAACAGACTATAATTGAATTATCTA-CTTGGAAAATGT-AAGAAAAAGCA
1605 TT
503 TT
* * * *
1607 CACTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATATTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGT-CCTTTATA-TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
1671 GGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAATTTTAAATTTTTTTCTTTTTTTGTTAAAACATATTAT
64 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-GTTAAATTTTTTTATTTTTTTGTTAAAACAGATTAT
* * * *
1736 AATTGAATGACTTTAT-T-GAGAAATGA-GAAGAGAAAGGGATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAAT
128 AATTGAATG--TGTATCTAAAGAAATGATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAAT
* * * ** *
1798 TATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGA-TTTAAAAAGTTTTGTAATCTCATAATT
191 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * **
1862 GATTTTATGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTATTGAAATAGACTATAATTGAATGTATGCCTTCGG
255 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAATAG-CTATAATTGAATG--TGTATTCGG
* * * *
1927 AAACATG-TAGTAAAAGTCATTTATTAAGAAGAAACA-TCCATTTATAGTCA-CACATTCCTTCA
316 AAACATGAT-GAAAAAGACATTCATT-GGAAGAAACAGTCCATTTATAGTCATCAC-TTCCTTCA
* * *
1989 AATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGTA-TTGTTT
378 AATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
2053 TACGTTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAA--AGTCTACTAT-GAGAAACGTAAAGAAAAATG
443 TA--TTTTTTATTCAAACAGACTATAATTGAATTA-TCTACT-TGGA-AAATGT-AAGAAAAA-G
2115 CATT
501 CATT
* * *
2119 CATTGGCAAGAAAAGT-CTATTATAGCAACCCATTTTTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCT-TTATATC-ACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * *
2183 GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTGGTATTTTTTTGTTAAAATAGGTT
64 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT--TATTTTTTTGTTAAAACAGATT
* * * *
2248 ATAATTGAATGTGTATCTCAAGAAACGTGATGAA-AAAAA--CATTTATTGGCAAGAAAAGTCCA
126 ATAATTGAATGTGTATCTAAAGAAA--TGATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTA
* * ** *
2310 TTTATAGTCA-CTACTTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
189 ATTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* ** * * * * ** * *
2374 TTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTATCCTTAAAACAAACAATAACTGAACATCTACCTTG
253 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTTTTAAAA-TAGCTATAATTGAATGTGTA--TTC
* * * * * * **
2439 GGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGAAAAAAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCA-TTCCTTCA
314 GGAAACATGATGAAAAAGACATTCATTGGAAGAAACAGTCCATTTATAGTCA-TCACTTCCTTCA
* * * *
2503 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTATA-TTGAATGTTTT
378 AATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAAT-TTTT
** * * * * * * *
2567 TACATTTTTCATTAAAATAGGCTATAATTGAATGCATGT-CTTGGGAAACATAT-AGAAAAAGCC
441 TTTATTTTTTATTCAAACAGACTATAATTGAAT-TATCTACTT-GGAAA-ATGTAAGAAAAAG-C
2630 ATT
502 ATT
* * * *
2633 CATTAAG-AACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-TCTTCAAATGCCTTATTACTCGA-TTTA
1 CATT-GGCAAGAAAAGTC-CTTTATA-TCACCCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTA
* * ** ** * * * ** *
2695 AATGATTTTAGAATCTCATGATTGATTTTATA-TCGACTGTTTTTGCA-TGTTTCATTAAAATAG
61 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-AGTTAAAT-TTTTT-TATTTTTTTGTTAAAACAG
* ** *** * * ********* **
2758 ACTATAATTGAATGCT-TGCCTTGGGAAA-CATGTAGAAAANNNNNNNNNNTAAG-AAGAAAAGT
123 ATTATAATTGAATG-TGTATCTAAAGAAATGATGAAGAAAA-AGGCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * * * * *
2820 CCATTTATAATCACTCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGATTTTATAATCTCA
186 CTAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
2884 TGATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTACATTTTTCATT-AAATAGACTATAATTCAATGCTTGTC
250 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAATAG-CTATAATTGAATG--TGTA
* * * * * *
2948 TT-GGAAAACATG-TAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAA-ATTCTATTTATAGCCA-CCCATT
311 TTCGG-AAACATGAT-GAAAAAGACATTCATT-GGAAGAAACAGTCCATTTATAGTCATCAC-TT
* * * *
3009 CCTTCAGATGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCCCATAATTGATTTTAAGTTGA
372 CCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
3072 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1574, Mismatches: 296, Indels: 217
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
510 14 0.01
511 179 0.11
512 458 0.29
513 358 0.23
514 347 0.22
515 118 0.07
516 95 0.06
517 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (504 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTCCTTTATATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTGTATCTAAAGAAATGATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAATTATAG
TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAATAGCTATAATTGAATGTGTATTCGGAAACATGATG
AAAAAGACATTCATTGGAAGAAACAGTCCATTTATAGTCATCACTTCCTTCAAATGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTATTCA
AACAGACTATAATTGAATTATCTACTTGGAAAATGTAAGAAAAAGCATT
Found at i:2514 original size:685 final size:678
Alignment explanation
Indices: 587--3069 Score: 2068
Period size: 685 Copynumber: 3.6 Consensus size: 678
577 NNNCATTGGC
* * * * * *
587 AAGAAAAGTCTA-TTATAGTAACCTATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGGCTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAATGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
650 ATACTATCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAATATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTG
* *
715 AATGTGTATCTA-AAGAAA-GATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAAT
129 AATGTGTA-CTATAAGAAACG-TGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT-AG
* ** * *
778 C-ACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTT
190 CAACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** * * * *
842 AAGTTGAATTGTTTTTACATTTATCCTTAAAACATACTATAACTGAATGTCTACCTTGGGAAACT
255 AAGTTAAATT-TTTTTA-TTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAACA
* ** ** * ** * *
907 TGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAAAAAGAGTCTGTTTATAG-CTACTCATTCCTTCAAATGCT
317 TGATGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCC
* ** * * *
971 TTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCAGGATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTGCATTT
380 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT-TTTTTTCATTT
* * * ** * **
1036 TTCATTCAAATAGACTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACATGTAGAAAAA-GCTATTCATT-
444 TTCATTAAAACAAACTATAATTGAACATTT-ACTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGC-ATTCATTG
* * * * *
1099 AAGAAAAAATGTAC-ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAATGCCTTATTACTC-ACTTTAAACAG
507 AA-AAAAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAAAAG
* * * * * * *
1162 TTTTATAATCCCATAGTCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGT-TTAAAACAGACAATA
569 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTT-TATTAAAATAGACTATA
* * * * * *
1226 ATTAAATGTCTACCTTGAGAAATATG-A-AAAAAATGCATTCATT-GG
633 ATTGAATGTATGCCTTG-GAAACATGTAGAAAAAGT-CATTCATTAAG
*
1271 AAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAT-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTC-AAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * ** * * *
1334 TATATTCTCA-AATTTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTGGCATTTTTTTGTCAAAATAGGTTATAA
64 TATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTTTTAT-T-AAAACAGATTATAA
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1398 TTGAATGTGTA-TATCAAG-AACGTGATGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
126 TTGAATGTGTACTAT-AAGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
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1461 GTCATCAC-TTTTTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATTTCATAATCT-AT
189 G-CAACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGAT
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1524 TTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTAGTTCAAACAGACTATAATT-AATTATCTACCTTGGAA
252 TTTAAGTTAAA-TTTTTTTAT-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTAGGAA
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1588 A-ATG-TGAAGAAAAAGGATTCACTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATATTCTCTCATTCCTTCAAAA
314 ACATGATGAA-AAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
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1651 G-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAATTTTAAATTTTTTTCT
377 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTT-AATTTTTTTCA
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1715 TTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGACTTTA-TTGAG-AA-ATGAGAAGAGAAAGGGATT
441 TTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAA-CA-TTTACTTGAGAAACAT-A-AAGAAAAAGGCATT
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1777 CATTGGTAAGAAAAGTCTAATTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGATTTAAAA
502 CATTGAAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAAA
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1842 AGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTATTGAAATAGACTAT
567 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTAT
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1907 AATTGAATGTATGCCTTCGGAAACATGTAGTAAAAGTCATTTATTAAG
632 AATTGAATGTATGCCTT-GGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTAAG
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1955 AAGAAACA-TCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
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2019 ATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGTATTGTTTT-ACGTTTTTCATTAAAACAGACAATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTG
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2083 AAAGTCTACTATGAGAAACGTAAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTATAGCAA
129 AATGTGTACTATAAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCAA
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2147 CCCATTTTTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
193 CCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
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2212 TTCAAATTTTTTGGTATTTTTTTGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGTGTATCTCAAGAAACGTG
258 TT-AAATTTTTT--TATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-AGGAAACATG
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2277 ATGAAAAAAACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-ACTTTTTTCAAAAGCCTTA
319 ATGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TTCCTTCAAAAGCCTTA
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2341 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTATC
383 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT-CATTTTTC
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2406 CTTAAAACAAACAATAACTGAACATCTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGAAAA
447 ATTAAAACAAACTATAATTGAACATTTA-CTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGAAAA
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2471 AAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
511 AAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAAAAGTTTTATA
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2536 ATCTCATGATTGATTTTATATTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGGCTATAATTGAATG
576 ATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATG
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2601 CATGTCTTGGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAAG
641 TATGCCTT-GGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTAAG
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2640 AACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAATGCCTTATTACTCGATTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
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2705 GAATCTCATGATTGATTTT-A-TATCGACTGTTTTT-GCATGTTTCATTAAAATAGACTATAATT
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TC-AATTTTTTTAACAT-TTTTATTAAAACAGATTATAATT
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2767 GAATGCT-TGCCT-TGGGAAACATGTAGAAAANNNNNNNNNNTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATA
128 GAATG-TGT-ACTATAAGAAACGTGAAGAAAA--AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT-
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2829 ATC-ACTCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGATTTTATAATCTCATGATTGAT
188 AGCAACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
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2892 TTTATGTTGAATGTTTTTACATTTTTCA-TT-AAATAGACTATAATTCAATG-CTTGTCTTGGAA
252 TTTAAGTTAAAT-TTTTT-TATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTAGG-A
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2954 AACATG-TAGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAATTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAGA
313 AACATGAT-GAAAAAAACATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
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3017 TGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCCCATAATTGATTTTAAGTT
376 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
3070 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1450, Mismatches: 275, Indels: 148
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
680 2 0.00
681 9 0.01
682 299 0.21
683 252 0.17
684 174 0.12
685 592 0.41
686 117 0.08
687 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (678 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTGTACTATAAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCAACCC
ATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
AATTTTTTTATTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAACATGATGAAAA
AAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTCATTTTTCATTAAAACA
AACTATAATTGAACATTTACTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGAAAAAAAAAGTCTA
TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTATGCCTTGG
AAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTAAG
Done.