Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398586.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1876.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6899
ACGTcount: A:0.22, C:0.10, G:0.09, T:0.23
Warning! 2481 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:320 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--2402 Score: 1860
Period size: 171 Copynumber: 14.1 Consensus size: 170
* * *
1 TTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTG
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT
** * *
66 TTGGTTAAACA-AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATT-
65 TTGGTTAAA-ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * *
129 ACCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCC
129 A-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * *
172 ATATTACTCGCTTTAAATGGTTGTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTGCATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTT
* * * * * **
237 TTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATATTTACCTCAAGAAACGTGGAGAAAGAGCCATTCATAAA
65 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
302 CAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAAGCC
130 CAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCC
* * *
343 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTGCATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTT
* * *
408 TTGGTTAAAATAGGTTATAATTAAATGTGTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTG
65 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTG
* *
473 -CAAGACAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCC
129 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* ** * * **
514 TTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGACTTTAAATTGAATTCTTTTTTA-TT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT
** ** * * *
578 TCAGTTAAAATAGATTATAATT-AATCGTCTACCTTGATAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTG
65 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * *
642 ACAAGAAAAG-CCTATTTATAGCCAACCAAGCCTTCGAAAGCC
129 ACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* *
684 TTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAACCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATT
* * ** ** * *
749 TTTGGTTAAAACAGATTCTAATCAAATGTCTACCTTGAGAAACGTG-A-AAAAAGCTAGTCATTG
64 TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
** * * * *
812 GTAGGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCT
129 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * *
854 TTATTACTTGCATTAAATTGTTGTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT
* * * * *
919 TTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAGAGCCTTTAATTGA
65 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
*
984 CAAGAAAAG-CCTGTTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAAGCC
130 CAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCC
* * * *
1025 TTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
* ** * * * *
1090 TTGGTTAAAATAGATAATAGGTGAATGTCTAGCTCGAA-AAACATGAAGCAATAGCCATTCATTG
65 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * *
1154 GCAAGAAAAG-CCTATTTAGAGTCACCCATGCCTCCAAAAGCC
129 ACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* *
1196 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT-AGCTTGAATTGTTTTACCTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTTACATT
* * * * * * *
1260 TTTTGCTAAAACAGATTATAATTAAATGTC-ATCCTCCAGAAACGTCAAGAGAAAGCCATTCATT
64 TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
*
1324 GGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-C
128 -GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * *
1366 TTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATCATTGATTTTAAGTCGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
* * ** * * *
1431 TTGGTTAAAACAAATTATAATT-ATATGTCTACCTTTACAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTG
65 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * ** *
1495 GC-AGAAAAAGTCTATTTATAGTCGCCCACACCTTCGAATGCC
129 ACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * ** ******************
1537 TTATTACCCGCTTTAAATGATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
* * * * ** ** *
1602 TTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACGTTGAGAAACGTGAAGAAAGGGCCATTCATTGG
65 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
* * *
1667 CATGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTGCCAAAAGCC
130 CAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCT-TCGAAAGCC
** * * * * * *
1709 TTATTACTTACTTTCAATGGTTTTATAATCTCGTAAATGACTTTAAG-TGAAATTGTTTTTCATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATT-TTTTACATT
* ********** * * * * *
1773 TTTGTTTAANNNNNNNNNNAATTAAATATCTACCTCAGGAAACTTGAAGAAAAAGCAATTCATTG
64 TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * *
1838 GCAAGTAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTCAAAAGCC
129 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * ********** * *
1880 TTATTTCTCGCTTTAAATAGTTTTATNNNNNNNNNNTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTT
* * * * * *
1945 TTGGTTTAAATAGATTATAATTAAATCTTTACCTCGAGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTTG
65 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTG
* ********** * *
2010 -CAAGACAAGTCCATTTNNNNNNNNNNATACCTTCAAAAGCC
129 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* ** * ** * *
2051 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAATT-AACTTAAGTTGAAATCTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTT
* * ********** * * * * *
2115 TTGGTTAAAATAGATAATAGGTNNNNNNNNNNCTTGAA-AAACATGAAGCAAGAGCCATTCATTG
65 TTGGTTAAAATAGATTATA-ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-
* * *
2179 GA-AAGAAAAG-CC-TATTAGAGTCACCCATGCC-TCCAAAACC
128 GACAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * ************
2219 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNNNNTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTACATTT
* * * * * * * * *
2284 TTTGCTAAAACAGATTATAATTAAATGTC-ATCCTCCAGAAACTTGAATAGAAAGCCATTTATTG
65 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* **
2348 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATGCCTTC-AACAGCC
129 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA-AGCC
2390 TTATTACTCGCTT
1 TTATTACTCGCTT
2403 GAGNNNNNNN
Statistics
Matches: 1745, Mismatches: 424, Indels: 124
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 51 0.03
169 120 0.07
170 446 0.26
171 956 0.55
172 167 0.10
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT
TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
Found at i:1590 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--1897 Score: 1500
Period size: 341 Copynumber: 5.6 Consensus size: 340
* * * * *
1 TTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTG
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * ** * *
66 TTGGTT-AAACAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTA
66 TTGGTTAAAAC-AGATTATAA-TCAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTG
* * * * * *
130 CCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTG
129 GCAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTG
* * * * * * *
195 TATAACCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TGTTTTTGCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAAT
193 TAAAACC-CAAAAATGAATTTAAGCTTGAATTG-TTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATAATAAT
* * * ** **
258 TGAATATTTACCTCAAGAAACGTGGAGAAAGAGCCATTCATAAACAAGAAAAGCCTATTTATAGT
256 TAAATGTATACCTCAAGAAACGTCAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGT
*
323 CACCCATGCCTTGAAAAGCC
321 CACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * **
343 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTGCATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * * *
408 TTGGTTAAAATAGGTTATAATTAAATGTGTACC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTT
66 TTGGTTAAAACAGATTATAA-TCAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTG
* * * * *
472 GCA-AGACAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTT
129 GCAGA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTT
* *** * * * * * ** ** * * *
536 TTATAATTTCATAATTGACTTTAA-ATTGAATTCTTTTTTA-TTTCAGTTAAAATAGATTATAAT
192 GTA-AAACCCAAAAATGAATTTAAGCTTGAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATAATAAT
* ** * * *
599 T-AATCGTCTACCTTGATAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAG
256 TAAAT-GTATACCTCAAGAAACGTCAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAG
* * * *
663 CCAACCAAGCCTTCGAAAGCC
320 TCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * *
684 TTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAACCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATT
* * * * *
749 TTTGGTTAAAACAGATTCTAATCAAATGTCTACCTTGAGAAACGTG-A-AAAAAGCTAGTCATTG
65 TTTGGTTAAAACAGATTATAATC-AATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTG
* * * * * * *
812 GTAGGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCATTAAATTGTTG
129 GCAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTG
* * * * * * *
877 TATAACCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATT
193 TAAAACC-CAAAAATGAATTTAAGCTTGAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATAATAATT
* * * * * *
941 GAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAGAGCCTTTAATTGACAAGAAAAGCCTGTTTATAGTC
257 AAATGTATACCTCAAGAAACGTCAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTC
*
1006 ACCCATGCCTTGAAAAGCC
322 ACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * *
1025 TTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * * * *
1090 TTGGTTAAAATAGATAATAGGTGAATGTCTAGCTCGAAAAACATGAAGCAATAGCCATTCATTGG
66 TTGGTTAAAACAGATTATA-ATCAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGG
* * * * * * *
1155 CA-AGAAAAGCCTATTTAGAGTCACCCATGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
130 CAGA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTG
* * * * * * *
1219 TATAACCTCATAATTG-ATTTTAGCTTGAATTGTTTTACCTTTTTTGCTAAAACAGATTATAATT
193 TAAAACC-CAAAAATGAATTTAAGCTTGAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATAATAATT
*
1283 AAATGTCAT-CCTCCAGAAACGTCAAGAGAA-AGCCATTCATTGGA-AAGAAAAGTCC-ATTTAT
257 AAATGT-ATACCTCAAGAAACGTCAAGA-AAGAGCCATTCATT-GACAAGAAAAG-CCTATTTAT
1344 AGTCACCCATGCCTTCAAAAG-C
318 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * *
1366 TTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATCATTGATTTTAAGTCGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * *
1431 TTGGTTAAAACAAATTATAATTATATGTCTACCTTTACAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGG
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATCA-ATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGG
* * * * *
1496 CAGAAAAAGTCTATTTATAGTCGCCCACACCTTCGAATGCCTTATTACCCGCTTTAAATGATTGC
130 CAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTGT
***************** * ** * *
1561 ANNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTG
194 A-AAACCCAAAAATGAATTTAAGCTTGAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATAATAATTA
* * ** * * * *
1625 AATGTTTACGTTGAGAAACGTGAAGAAAGGGCCATTCATTGGCATGAAAAGCCTATTTATAGTCA
258 AATGTATACCTCAAGAAACGTCAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCA
*
1690 CCCATGCCTGCCAAAAGCC
323 CCCATGCCT-TCAAAAGCC
** * * * * * *
1709 TTATTACTTACTTTCAATGGTTTTATAATCTCGTAAATGACTTTAAG-TGAAATTGTTTTT-CAT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATT-TTTTTATAT
* ********** * * * * *
1772 TTTTGTTTAANNNNNNNNNNAATTAAATATCTACC-TCAGGAAACTTGAAGAAAAAGCAATTCAT
64 TTTTGGTTAAAACAGATTATAA-TCAATGTCTACCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGCAATTCAT
* * * * * *
1836 TGGCA-AGTAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAAT
127 TGGCAGA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1898 AGTTTTATNN
Statistics
Matches: 1265, Mismatches: 248, Indels: 83
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 150 0.12
341 532 0.42
342 422 0.33
343 153 0.12
344 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
TTGGTTAAAACAGATTATAATCAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGC
AGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTGTAA
AACCCAAAAATGAATTTAAGCTTGAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATAATAATTAAAT
GTATACCTCAAGAAACGTCAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCC
ATGCCTTCAAAAGCC
Done.