Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398588.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1878.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6111
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.11, T:0.29
Warning! 1103 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1372 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 583--1479 Score: 675
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 167
573 TTGCTTCATA
* * * *
583 TTTCTTGAGGTAGACATTCAGTTC-TAATATATTTTAATCAAAAATATAAAATAATTCAACTTAA
1 TTTCTTAAGGCAGACATTCA-ATCATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAA
* * * * *
647 AATCAATTACGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAAT
63 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGAAT
* * * * * *
712 ATGAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTACTTCACA
128 ATAAATAG-ACTTTCTTACCAATGGAT-GCTTTTGCTTTACG
* * * *
754 TTTCCTAAGGCAGACATTCATTTATAATATATTTCAATCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAA
1 TTTCTTAAGGCAGACATTCAATCATAATATATTTTAA-CAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAA
* * * ** * *
819 AATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAATGTGAGTAATAAGG-TGTTCAATGACAT-AGATGA
63 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTCAAAGGCATGAG-TGA
* * * * * *
882 CTATAAAT-GAACTTTTCTCACTAATGAAAGGCTTTT--TTTCTCG
126 ATATAAATAG-AC-TTTCTTACCAATG-GATGCTTTTGCTTT-ACG
* * * * * * * * * *
925 TATCTCAAGGCAAATATTCAATTATTATTTGTTTTAGCCAAGAATGTAAAAATATTCAACTTAAA
1 TTTCTTAAGGCAGACATTCAATCATAATATATTTTA-ACAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAA
* * * * *
990 ATTAATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGCGAATA
64 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGAATA
* ** ** *
1055 TATATAGACTCTTCTTTGCAATGGATAAATTTTGCTTCT-TG
129 TAAATAGACT-TTCTTACCAATGGAT-GCTTTTGCTT-TACG
* * * *
1096 TTTCCTAAGGTC-GACATTCAGTTC-TAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTA
1 TTTCTTAAGG-CAGACATTCA-ATCATAATATATTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTA
* * *
1159 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTCAAAACCAA-TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGA
62 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGA
* *
1223 ATATAAATAGACTTTCTTACCAATGGGTGTCCTTTGCTTTACG
126 ATATAAATAGACTTTCTTACCAATGGATG-CTTTTGCTTTACG
* *
1266 TTTCTTGAGGTAGACATTCAATCATAATATATTTTAACAAAAATGTACGAAAAATTCAACTTAAA
1 TTTCTTAAGGCAGACATTCAATCATAATATATTTTAACAAAAATGTA--AAAAATTCAACTTAAA
* ** * * * *
1331 ATAAATTATGAGAGCATAAAAGCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCGTT-AAATGGCATGGGTGACA
64 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAA-GGCATGAGTGA-A
* * * * * * * *
1395 -GTAAACAGACATTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCATCACG
127 TATAAATAGAC-TTTCTTACCAATGGAT-GCTTTTGCTTTACG
* * * * *
1437 TTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
1 TTTCTTAAGGCAGACATTCAATCATAATATATTTTAACAAAAA
1480 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 125, Indels: 68
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 25 0.04
170 197 0.35
171 242 0.43
172 96 0.17
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (167 bp):
TTTCTTAAGGCAGACATTCAATCATAATATATTTTAACAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGAATATA
AATAGACTTTCTTACCAATGGATGCTTTTGCTTTACG
Found at i:2048 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1762--4642 Score: 1427
Period size: 171 Copynumber: 17.0 Consensus size: 170
1752 NNNNNNNNNC
* * * * * *
1762 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCCTTACCAATGGATGGC-TTTGCTTTACGTTT
1 TTTCAAA-GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTT
* *
1826 CCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATTTGAAAAAATTCAACTTAAAATC
65 CCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
*
1891 AATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
129 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * **
1933 TTTCAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGATGGACGTTTC
1 TTTCAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTTC
* * *
1998 CCAAAGGAAACATTCAATTATAATATGTTTTAGTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
66 CCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
2063 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
130 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * ** *
2104 TTTGAAAGCTTG-GATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGATGGACATTT
1 TTTCAAAGCTTGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTT
* * ** *
2168 TCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTACCCAAAAATGTAAAAGAA-TCTAACTTAAAAT
65 CCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTA-ATAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAAT
* * *
2232 CAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGACT
128 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* ** * * ** * *
2275 TTTAAAAGAAT-AG-GTACTATAAATGGATTTTTCTTGGC-AATGAATGGTTTTTTCTTCACGTT
1 TTTCAAAGCTTGAGTG-ACTATAAATAGACTTTTCTT-GCTAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTT
* * * * * *
2337 T-CCTAAGCAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATATAAAAAAATTGACCTTACAAT
64 TCCCAAAGCAA-ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
2401 CAATTATGAGACTACAAAACTATTTGAACCGAGTAATAAGGCT
128 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * ** * * * * *
2444 TTTGAAGGCTTGAGTGGCTATAAACGGACTTTTCTTG-TCAATAGGTAGTTTTTGCTTGACATTT
1 TTTCAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTT
*** * * * * * *
2508 CTTGAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATC
65 CCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* *
2573 AATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
129 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-T
* * * * * ** * * *
2616 TTTGAAGGCTTAACTGAATATAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTC
1 TTTCAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTTC
** * * * * * * *
2681 TTGAGAG-AGACATTTAATTATAATATATTTTAATTAAAATTATAAAAAAATTCAACTAAAAATT
66 -CCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * *
2745 AATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCG-GCTAATAAGGGT
129 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCT
* * * * * * * * *
2787 TTTGAAGGCTTGAATGACTACAAATAGACTTTTCTAGCCAATAGGTAGCTTTTGCTTCACATTTC
1 TTTCAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTTC
*** * *
2852 TTGAAGCAGAA-ATTCAATTAT--TATTTTTTAATCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAGAAG
66 CCAAAGCA-AACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA-AA-
* * **
2914 T--AGTATGAGATTACAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGC-
127 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * ** * * *
2955 TTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTT
1 TTTCAAA-GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTT
*** * * * * *
3020 -CTTGAGTTAGACATTCAGTTATAATACATTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAAT
65 CCCAAAG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
3083 CAATTTTGAGACTATAAAATCATATAAAGCGAGTAATAAGG-T
128 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * **** *
3125 TTTCGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCACATTAATGGGTGGCTTTTGCTTCATGTTT
1 TTTC-AAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTT
* * * * * * *
3190 CCCATAGCAAACATTTAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAAAT
65 CCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAAT
*
3255 -AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT
128 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * ***************
3297 TTT-AAAGATTTGAGTGTA-TCTAAATAGAATTTTCCTGCCAATGGAT-GNNNNNNNNNNNNNNN
1 TTTCAAAG-CTTGAGTG-ACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTT
********************************* * *
3359 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-AAAAATTTAACTAAAA-TCAA-TT---AT
64 TCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * ** * * *
3418 GAGATTATAAAACTATTTAA--A-GT-----GAGCAATAAAG-T
128 CA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* ** * * * ***
3453 GTTCGATGGCATAT-A-TGACTATAAATGGACTTCTCTAGCTAATGAAAGGCTTTTTG-TTCACG
1 TTTC-AAAGC-T-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGC-TTTTGCTTCACG
***** * * * * * * * *
3515 TTTCTTGTGGTAAGCATTCAATTATTATCTGTTTCAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAA
62 TTTCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* ********** * *
3580 ATCAATTATGAGACTATANNNNNNNNNNAAGTGAGTAATAAGGCC
126 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * ** * *
3625 TTT-GAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATATTAATGGGTGGC-----CTTTA-TTTT
1 TTTCAAAG-CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTT
* * * * * * * * *
3683 CTCAATGCAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAATCGAGAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATC
65 CCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
********** **
3748 AATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGTTAGTAATAAGGC-
129 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * ***
3789 TTCCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTTTTTAC-AATGGATAATTTTTGCTTCACGTT
1 TTTC-AAAGCTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTT
* * * * * * *
3853 TCCCAATGTAGACATT-TATTTTCAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAA
64 TCCCAAAGCAAACATTCAATTAT-AATATATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
3917 TCAATTATGAGACTATAATATCATTTATAGCGAGTAATAAGGC-
127 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
3960 TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTTACTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT
1 TTTC-AAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTT
* * * * * *
4025 CCAAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATCTAAACAAATTTAATTTAGAATC
65 CCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* ** *
4090 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGAAATAAGGCT
129 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* ** * * * * * **
4132 TTT-GAAGAAATGGGTTACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATGG-TGTATT-CTTCACGT
1 TTTCAAAG-CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCT-T-TTGCTTCACGT
* * * * * * * * * * *
4194 TTTCTAAGGTAGATATTTAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAA-GATAAAAAACGTT-AACTTAA
63 TTCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATG-TAAAAAA-ATTCAACTTAA
* * * **
4257 AATCAATTGTGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAA-AAT
125 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
4302 TTTCGAAGACTTAAGGGAATATAAATGAGACTTTTCTTGCTAATGGATTGCTTTTACTTCACGTT
1 TTTCAAAG-CTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTT
* * * * * * * * *
4367 TCTCGATGTAGACATTCAGTTATAATATACTTTAATCAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATC
64 TCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
*
4432 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-
129 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *** * *
4473 GTTCGACGGTAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTT
1 TTTCAAAGCT-TGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTT
* * * * * **********
4537 TCTCTAGGCAAACATTCAATTATTATCTATTTTNNNNNNNNNNATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
64 TCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTT-AATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* **
4602 CAAATACCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
128 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
4643 TAGTCAATGG
Statistics
Matches: 2035, Mismatches: 571, Indels: 208
0.72 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
156 4 0.00
157 30 0.01
158 7 0.00
159 5 0.00
160 13 0.01
161 2 0.00
162 1 0.00
163 14 0.01
164 7 0.00
165 118 0.06
166 11 0.01
167 2 0.00
168 23 0.01
169 197 0.10
170 378 0.19
171 1012 0.50
172 206 0.10
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTTCAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTTC
CCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
Found at i:3086 original size:682 final size:679
Alignment explanation
Indices: 1812--3299 Score: 1739
Period size: 682 Copynumber: 2.2 Consensus size: 679
1802 AATGGATGGC
* * * * * *
1812 TTTGCTTTACGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATTTGAAAAAA
1 TTTGCTTCACATTTCCC-AAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAA
*
1877 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTCAAAG
64 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTTCAAAG
* * * * * *
1941 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGATGGACGTTTCCCAAAGGA
129 CTTAACTGAATATAAATAGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTGATGGACGTTTCCCAAAGGA
* * * *
2006 AACATTCAATTATAATATGTTTTAGTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
194 AACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAG
* * *
2071 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGATGACTATAAATAGACTTT
259 ATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAATGACTACAAATAGACTTT
* * * * *
2136 TCTTGCTAATGGGTGGCTTTTGATGGACATTTTCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTA
324 TCTAGCCAATAGGTAGCTTTTGATGCACATTTTCCAAAGCAAACATTCAATTAT-ATATGTTTTA
* * * *
2201 CCCAAAAATGTAAAAGAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGT
388 ACCAAAAATGTAAAAGAATCTAACTTAAAAT-AAGTATGAGATTACAAAACAATTTAAAGAAAGT
* * * * *
2266 AATAAGACTTTTAAAAGAATAGGTACTATAAATGGATTTTTCTTGGCAATGAATGGTTTTTTCTT
452 AATAAGACTTTCAAAAGAATAGGTAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTT
* * *
2331 CACGTTTCCTAAGCAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATATAAAAAAATTGACCTT
517 CACGTTTCCTAAGCAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * *
2396 ACAATCAATTATGAGACTACAAAA-CTATTTGAACCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTGAGT
582 AAAATCAATTATGAGACTACAAAATC-ATATAAACCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCTTGAGT
* *** *
2459 GGCTATAAACGGACTTTTCTTGTCAATAGGTAGTT
645 GGCTATAAACAGACTTTTCACATCAATAGGTAGCT
* ** * * *
2494 TTTGCTTGACATTTCTTGAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAT
1 TTTGCTTCACATTTC-CCAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA-
* * * *
2559 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGG
64 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTTCAAAG
* * ** * ***
2624 CTTAACTGAATATAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-CTTGAGAG
129 CTTAACTGAATATAAATAGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTGATGGACGTTTCCCAAAG-G
* * * * *
2688 AGACATTTAATTATAATATATTTTAATTAAAATTATAAAAAAATTCAACTAAAAATTAATTATGA
193 AAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGA
* * *
2753 GATTAAAAAACTATTTAAAGCG-GCTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTGAATGACTACAAATAGACT
258 GATTAAAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAATGACTACAAATAGACT
* * ** *
2817 TTTCTAGCCAATAGGTAGCTTTTGCTTCACA-TTTCTTGAAGCAGAA-ATTCAATTAT-TATTTT
322 TTTCTAGCCAATAGGTAGCTTTTGATGCACATTTTC-CAAAGCA-AACATTCAATTATATATGTT
* *
2879 TTAATCAAAAATGTAAAA-ATAT-TCAACTTAAGAAGT-AGTATGAGATTACAAAACCATTTAAA
385 TTAACCAAAAATGTAAAAGA-ATCT-AACTTAA-AA-TAAGTATGAGATTACAAAACAATTTAAA
* ** *
2941 -AAGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGAATGG
446 GAA-AGTAATAAGACTTTCAAAAGAATAG-GT-AATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * ** * *
3004 TTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGTTAGACATTCAGTTATAATAC-ATTTTAAGAAAAAATGTAAAA
508 TTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGCAAGACATTCAATTATAAT-CTATTTTAA-AAAAAATATAAAA
* * *
3068 AAA-TCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAATCATATAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAA
571 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTACAAAATCATATAAACCGAGTAATAAGGTTTTCGAA
* * * *
3132 GGCTTGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCACATTAATGGGTGGCT
636 GGCTTGAGTGGCTATAAACAGACTTTTCACATCAATAGGTAGCT
** *
3176 TTTGCTTCATGTTTCCCATAGCAAACATTTAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
1 TTTGCTTCACATTTCCCA-AGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAA
* *
3241 TTCAGCTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
64 TTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
3300 AAAGATTTGA
Statistics
Matches: 680, Mismatches: 105, Indels: 42
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
680 9 0.01
681 79 0.12
682 358 0.53
683 232 0.34
684 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (679 bp):
TTTGCTTCACATTTCCCAAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTTCAAAGCT
TAACTGAATATAAATAGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTGATGGACGTTTCCCAAAGGAAA
CATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGAT
TAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAATGACTACAAATAGACTTTTC
TAGCCAATAGGTAGCTTTTGATGCACATTTTCCAAAGCAAACATTCAATTATATATGTTTTAACC
AAAAATGTAAAAGAATCTAACTTAAAATAAGTATGAGATTACAAAACAATTTAAAGAAAGTAATA
AGACTTTCAAAAGAATAGGTAATATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACG
TTTCCTAAGCAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGACTACAAAATCATATAAACCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGAGTGGCTAT
AAACAGACTTTTCACATCAATAGGTAGCT
Done.