Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397387.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1444.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 29104
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.11, T:0.25
Warning! 7450 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2416 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2122--2429 Score: 390
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
2112 NNNNNNNNNN
* * **
2122 TTTAACAAAAAAAGTAAAACAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGC
1 TTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
2187 TTCTAATAAGTTTTTTGAGGGCTTGAGTGATTATAGATTGACTTTTCATACAAATGGATGGCTTT
66 TTCTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCATACAAATGGATGGCTTT
2252 TGCTTCATGTCTCATGAGGCAGATATTCAGTTATAGTATAT
131 TGCTTCATGTCTCATGAGGCAGATATTCAGTTATAGTATAT
*
2293 TTTAACAAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAA-CTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTAACAAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
2356 G-TGTGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTAAGCT-ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
64 GCT-TCTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTAAG-TGACTATAAATAGACTTTTCATACAAATGGATGG
* *
2419 TTTTTTCTTCA
127 CTTTTGCTTCA
2430 CATTTAATAA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 18, Indels: 8
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.02
171 111 0.97
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
TTCTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCATACAAATGGATGGCTTT
TGCTTCATGTCTCATGAGGCAGATATTCAGTTATAGTATAT
Found at i:3727 original size:338 final size:329
Alignment explanation
Indices: 3310--3967 Score: 693
Period size: 338 Copynumber: 2.0 Consensus size: 329
3300 NNNNNTTTCG
* * *
3310 AAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCCTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCAAA
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTGCCTACAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAAA
* * **
3375 GGCAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAAGTAGAA-ATGCAAA-AAAGTCAACTTAAAATCAATT
66 GGCAAACAGTCAAATACAATATATTTTAACCA-AAGATGCAAACAAAGTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
3438 ATTAGAATATTAAACCA-TTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGA-TGGTAAAT
130 ATGAGAATA-TAAAACAGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACT-ATAAAT
* * * *
3501 GGACTTTTTAAATG-AAC-T-ACTTTTGCTTCATGTTTTTCGAGATAAACATTCAAATATAATCT
193 GAAC-TTTT-AATGCAACGTAACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAAATATAATCT
*
3563 ATTTTAACCAACAA-TATAAAACAAATTTAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAGACCATTTA
256 ATTTTAACCAA-AATTATAAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTA
3627 AAGCTAGTAAT
319 AAGCTAGTAAT
** * *
3638 AAGNNNNNNNNNNGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTGCTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCA
1 AAG----------GCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTGCCTACAAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * *
3703 TGTTTCCCATGGCAAACAGTCAAATACAATATGTTTTAACCAAAGGTGTAAACAAATTCAACTTA
56 TGTTTCCAAAGGCAAACAGTCAAATACAATATATTTTAACCAAAGATGCAAACAAAGTCAACTTA
* * * * *
3768 AAATCAATTATGAGATTATAAAACAGTTTAGAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAATGCTTAAGTGAC
121 AAATCAATTATGAGAATATAAAACAGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGAC
* ****
3833 TATAATTGAACTTTTAATGTCAACGGATAACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGACGGGTATTCAAA
186 TATAAATGAACTTTTAATG-CAAC-G-TAACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAAA
* * * * * *
3898 TATAATCTATTTTAACCAAAATTGTTAAAGAATTTAACTTAAAGTTAATTATGAGATTATAAAAC
248 TATAATCTATTTTAACCAAAATTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAAC
3963 CATTT
313 CATTT
3968 GCAAAAAGAA
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 43, Indels: 28
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
328 3 0.01
337 6 0.02
338 95 0.36
339 69 0.26
340 1 0.00
342 39 0.15
343 53 0.20
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (329 bp):
AAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTGCCTACAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAAA
GGCAAACAGTCAAATACAATATATTTTAACCAAAGATGCAAACAAAGTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGAATATAAAACAGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAA
CTTTTAATGCAACGTAACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAAATATAATCTATTTT
AACCAAAATTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAG
TAAT
Found at i:3833 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3309--4050 Score: 570
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 168
3299 NNNNNNTTTC
** * * * * *
3309 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCCTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCAA
1 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* ** * *
3374 AGGCAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAAGTAGAAATGCAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTA
66 AGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACCA-AAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
3439 TTAGAATATTAAACCATTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTC
130 TGAGATTA-TAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * **
3479 GAAGGCTTGAGTGA-TGGTAAATGGAC-TTT-TT--AAATGAACT-ACTTTTGCTTCATGTTTTT
1 GAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGA-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCC
* * * * *
3538 CGAGATAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAACAATATAAAACAAATTTAACTTAAAATCA
64 CAAGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACCAA-AATGT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCA
* * * ******
3603 ATCATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCTAGTAATAAGNNNNNN
126 ATTATGAGATTATAA-AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
**** *
3647 NNNNGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTGCTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
1 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * * *
3712 TGGCAAACAGTCAAATACAATATGTTTTAACCAAAGGTGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATT
66 AGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACCAAA-ATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATT
* *
3777 ATGAGATTATAAAACAGTTTAGAGGGAGTAATAAGGCTTTT
129 ATGAGATTATAAAACA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * ** * ** *
3818 GAATGCTTAAGTGACTATAATTGAACTTTTAATGTC-AACGGATAACTTTTGCTTCATGTTTCTC
1 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCC
**** * * * * *
3882 AAGACGGGTATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAATTGTTAAAGAATTTAACTTAAAGTTAAT
65 AAGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAA-TG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
3947 TATGAGATTATAAAACCATTTGCAAA--AAGAAATAAGGCTTTCT
128 TATGAGATTATAAAA-CATTT--AAAGCGAGTAATAAGGCTTT-T
* * * *
3990 G-AGGCTTGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGCTAATGGA-GTGCTTTTGCTTCAAGTTTC
1 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATG-GCTTTTGCTTCATGTTTC
4051 TCAGGGCATT
Statistics
Matches: 443, Mismatches: 106, Indels: 45
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 53 0.12
167 7 0.02
168 65 0.15
169 7 0.02
170 27 0.06
171 220 0.50
172 61 0.14
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
AGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
Found at i:4006 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 3311--4050 Score: 760
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 337
3301 NNNNTTTCGA
* * * * *
3311 AGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCCTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCAAAG
1 AGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAAAG
* * ** *
3376 GCAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAAGTAGAAATGCAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATT
66 GCAAACAGTCAAATACAATATATTTTAACCAGAAATGCAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
3441 AGAATATTAAACCATTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATGGTAAATGGACT
131 AGAATATTAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGATGATAAATGAACT
* * *
3506 TTTTAAATGAACTACTTTTGCTTCATGTTTTTCGAGATAAACATTCAAATATAATCTATTTTAAC
196 TTTTAAATGAACTACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAAATATAATCTATTTTAAC
* * *
3571 CAACAATATAAAACAAATTTAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCTAGTA
261 CAACAATATAAAACAAATTTAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CAAGAA
********
3636 ATAAGNNNNNNNN
325 ATAAGGCTTTCTG
** * * * *
3649 NNGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTGCTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCATG
1 AGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAAAG
* * * *
3714 GCAAACAGTCAAATACAATATGTTTTAACCA-AAGGTGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTA
66 GCAAACAGTCAAATACAATATATTTTAACCAGAA-ATGCAAA-AAAGTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * *
3778 TGAGATTA-TAAAACAGTTTAGAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAATGCTTAAGTGACT-ATAATTG
129 TGAGAATATTAAAACA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGA-TGATAAATG
****
3841 AAC-TTTT-AATGTCAACGGATAACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGACGGGTATTCAAATATAAT
192 AACTTTTTAAATG--AAC---T-ACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAAATATAAT
* * * * * *
3904 CTATTTTAACCAA-AATTGTTAAA-GAATTTAACTTAAAGTTAATTATGAGATTATAAAACCATT
251 CTATTTTAACCAACAA-TATAAAACAAATTTAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATT
3967 TGCAAA-AAGAAATAAGGCTTTCTG
315 T--AAACAAGAAATAAGGCTTTCTG
* * *
3991 AGGCTTGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGCTAATGGA-GTGCTTTTGCTTCAAGTTTC
1 AGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGGATG-GCTTTTGCTTCATGTTTC
4051 TCAGGGCATT
Statistics
Matches: 326, Mismatches: 62, Indels: 24
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 6 0.02
338 95 0.29
339 69 0.21
340 1 0.00
341 1 0.00
342 98 0.30
343 53 0.16
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (337 bp):
AGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAAAG
GCAAACAGTCAAATACAATATATTTTAACCAGAAATGCAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATG
AGAATATTAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGATGATAAATGAACT
TTTTAAATGAACTACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAAATATAATCTATTTTAAC
CAACAATATAAAACAAATTTAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAACAAGAAA
TAAGGCTTTCTG
Found at i:4692 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4331--4692 Score: 388
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
4321 NNNNNNATGT
* * * **
4331 AAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGAAATAAGTTTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTT
* ** * * * * * *
4396 TGAGGGCTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGATTTTTGCTTCACGTTTCTC
66 CGAAAGATTAAGTGACTATAAATCGACTTTTCTTACCAATAGATGACTTTTGCTTCACGTTTATC
* *
4461 AAGGCAAACATTCAAATATAACCAGTTTCAACTAAAAATG
131 AAGACAAACATTCAAATATAACCAGTTTCAACCAAAAATG
* ** * * * * *
4501 TAAAATAATTTTATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAATCCATTTCAAGGGAGAAATAAGGCTT
1 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTT
* *
4566 TCGAAAGATTGAGTGACTATAAATCGA-TTTGTCTTGCCAATAGAGTG-CTTTTGCTTCACGTTT
65 TCGAAAGATTAAGTGACTATAAATCGACTTT-TCTTACCAATAGA-TGACTTTTGCTTCACGTTT
* * * *
4629 ATCAAGACAGATATTCAAATATAA-TATGTTTTAACCAAAAATG
128 ATCAAGACAAACATTCAAATATAACCA-GTTTCAACCAAAAATG
4672 AAAAACAATTCAACTTAAAAT
1 AAAAA-AATTCAACTTAAAAT
4693 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 34, Indels: 8
0.78 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.05
171 143 0.93
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTT
CGAAAGATTAAGTGACTATAAATCGACTTTTCTTACCAATAGATGACTTTTGCTTCACGTTTATC
AAGACAAACATTCAAATATAACCAGTTTCAACCAAAAATG
Found at i:6958 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 6920--6962 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
6910 TTAATATTTT
6920 AATATTTTTTATTCATAAA
1 AATATTTTTTATT-ATAAA
6939 AATATTATTTTATT-TAAA
1 AATATT-TTTTATTATAAA
6957 AATATT
1 AATATT
6963 CTTTCTACCT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.43
19 6 0.26
20 7 0.30
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (18 bp):
AATATTTTTTATTATAAA
Found at i:8404 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7987--10132 Score: 1628
Period size: 171 Copynumber: 12.6 Consensus size: 170
7977 CAAATGGATT
* * * *
7987 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAGTAA-GCCTTTCAATGGCTTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTG
* * * * *
8051 AGTGACTATAAATGGA-TTTTCATACCAACGGATGGCTTTTGC-TCTACGTTTCCTAAGGCAGAC
65 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC-ACGTTT-CTGAGGCAAAC
* *
8114 ATTCAAATATAATCTG-TTTTAAACAAAAATGTAAAAGAAATTCA
128 ATTCAAATATAAT-AGATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCA
* * * * ** ** *
8158 ACTTAAAAATCAATAATAAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGCAATAAAACTTTCAAAGGCCTG
1 ACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
** * * * *
8223 AGTGACTATAAAAAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTGACATATCTGAAGGCAAACA
65 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTG-AGGCAAACA
** *
8288 TTCAGTTATAATAGATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCA
129 TTCAAATATAATAGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * *
8330 ACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATCAGGCTTTTGAAGGCTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
*** * * * * * * *
8395 CCAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTTCCTCATGTTTCATGAGGTAGACAT
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TGAGGCAAACAT
* *
8460 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTACA
130 TCAAATATAATAGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-CA
* ** * * *
8502 ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCTGAACGCTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
* * * * *
8567 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCCTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAAATAG
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTGAGGCAAACAT
* * * *
8632 TCAAATACAATATG-TTCTAACCAGAAATG-CAAAAAA--CGA
130 TCAAATATAATA-GATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-A
* * * *
8671 AATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
* * * **
8736 GTGA-TGATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTGATAGCTTTTGCTTCTTC-TTTCTCGAGGTGAAC
66 GTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC-ACGTTTCT-GAGGCAAAC
* ****
8799 ATTCAAGT-T--T--A--TT---C-TGTTTGTAAAAAAATTCA
128 ATTCAAATATAATAGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
** * * * *
8831 ACTTAAAAAAAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGCTTGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
* ** * * *
8896 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTC-GCAAGGCAAACA
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTG--AGGCAAACA
** * * *****
8960 TTTGACTATAATAGATTTTAACTAAAAATGTAAAAAANNNNN
129 TTCAAATATAATAGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
***** * * * * * *
9002 NNNNNAAATCAATTATGAGACTATAAAAGCATTTAAAGCGTGTAATAAGGATTTTGATA-CCTTA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCTTG
* * * ** * * *
9066 AGCGACTAGAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATCACTTTTGCATCATGTTTCATGAGGCAGACA
65 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TGAGGCAAACA
** ** *
9131 TTCAAATATAATATG-TTTTAATAAAAAATACAAAAAAAATCA
129 TTCAAATATAATA-GATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
********** * * * *
9173 NNNNNNNNNNAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGAAATAAGG-TTTTAAAACGCTTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTG
* * * * * * * * *
9237 AGTGACAATAAACGGATTTTTTTTGCCAATGGATGGATTTTGCTCCATGTTTATCGAGGCAGACA
65 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-GAGGCAAACA
* *
9302 TTCAATTATAATATATTTTAACC-AAAATGT--AAAAATTCA
129 TTCAAATATAATAGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * *
9341 ACTCAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTGAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
* * * * * *
9406 GTGACTATAAATGGACATCTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTACACGTTTCTTGAGGCCAACAG
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TGAGGCAAACAT
* * * *
9471 TCAAATATAATTTG-TTTTAACCAAACATGGAAAAAAA-TGA
130 TCAAATATAA-TAGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* *
9511 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-ATCAAGGCTTTTGAATGCTTA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGCTTG
* * * * * ***
9575 AATAACCATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGTTGAAC
65 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-GAGGCAAAC
* *** *
9639 ACTCAAATATAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTCA
128 ATTCAAATATAATAGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
** * * * * * *
9682 ACAAAAAATCAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTAATTAGG-TTATCGAAGGCTTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TTGAAGGCTTG
* * * * *
9746 AGT-AGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTTCAAGGCAAAT
65 AGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-GAGGCAAAC
* ** ****
9810 ATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAANNNN
128 ATTCAAATATAATAGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
****** ** * * * *
9853 NNNNNNAATCAATTATGAGGCTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGATGCCTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
* * * * * ** * *
9918 GCGACTAGAAGTGAACTTTTCTTACCAATGGATCACTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAGACAT
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TGAGGCAAACAT
*********
9983 TCAAATATAATATG-TTTTAACCNNNNNNNNNNAAAAAATT-A
130 TCAAATATAATA-GATTTTAACC-AAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * *
10024 ACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGAAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
* * * ** *
10089 GTGACAATAAATGGATTTTTTTCTATCAATGGATGGATTTTGCT
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCT
10133 CCATGTTTGT
Statistics
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (170 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTGAGGCAAACATT
CAAATATAATAGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
Found at i:9867 original size:851 final size:833
Alignment explanation
Indices: 8279--10140 Score: 2091
Period size: 851 Copynumber: 2.2 Consensus size: 833
8269 ACATATCTGA
* ** * *
8279 AGGCAAACATTCAGTTATAATA-GATTTTAACCAAAAAAGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCA
1 AGGCAGACATTCAAATATAATATG-TTTTAA-CAAAAAA-TACAAAAAAAATCAACTTAAAATAA
* * ** * *** *
8341 ATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATCAGGCTTTT-GAAGGCTTGACCAACTATAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGAAATAAGG-TTTTAGAAGGCTTGAGTGACAATAA
* * * * * *
8405 ATGGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTTC-CTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATA
127 ATGGATTTTTTTTACCAATGGATGGATTTTGCTC-CATGTTTCATGAGGCAGACATTCAATTATA
* *
8469 ATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTACAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATAAT
191 ATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTACAACTCAAAATCAATTATGAGAATATAAAACAAT
* * * *
8534 TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCTGAACGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA
255 TGAAAACAAGTAATAAGGCTTCTGAACGCTTGAGTGACTATAAATGGACATCTCTTGCCAATGGA
* * * *
8599 TAGCCTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAAATAGTCAAATACAATATGTTCTAACCAGAAATGCAA
320 TAGCCTTTGCTACACGTTTCCTGAGGCAAACAGTCAAATACAATATGTTCTAACCAGAAATGAAA
*
8664 AAAACGAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTTGAA
385 AAAACGAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTATCAAGGCTTTTGAA
* * * ** * * *
8729 GGCTTGAGTGATGATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTGATAGCTTTTGCTTCTTCTTTCTCGAGG
450 GGCTTAAATAACCATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCTACTTTCTCGAGG
* * * * * * *
8794 TGAACATTCAAGTTTATTCTGTTTGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAAAATAATGAGATTATAAAA
515 TGAACACTCAAATATAATCTCTTTGTAAAAAAATTCAAATTAAAAAAAATAATAAGATTATAAAA
*
8859 CCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAA
580 CCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAA
** ** *
8924 TAGATGACTTTTGCTTCATGTTTCGCAAGGCAAACATTTGACTATAATAGATTTTAACTAAAAAT
645 TAGATGACTTTTGCTTCACATTTCGCAAGGCAAACATTCAACTATAATAGATTTTAACCAAAAAT
* * *
8989 GTAAAAAANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGACTATAAAAGCATTTAAAGCGTGTAATAAGGAT
710 GTAAAAAA---------AAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGAT
*
9054 TTTGATACCTTAAGCGACTAGAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATCACTTTTGCATCATGTTTC
766 TTTGATACCTTAAGCGACTAGAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATCACTTTTGCATCATGTTTC
9119 ATG
831 ATG
* **********
9122 AGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAAATCANNNNNNNNNNAATT
1 AGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATACAAAAAAAATCAACTTAAAATAAATT
* * *
9187 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGAAATAAGGTTTTAAAACGCTTGAGTGACAATAAACGG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGAAATAAGGTTTTAGAAGGCTTGAGTGACAATAAATGG
*
9252 ATTTTTTTTGCCAATGGATGGATTTTGCTCCATGTTT-ATCGAGGCAGACATTCAATTATAATAT
131 ATTTTTTTTACCAATGGATGGATTTTGCTCCATGTTTCAT-GAGGCAGACATTCAATTATAATAT
* *
9316 ATTTTAACC-AAAATGT-AAAAATT-CAACTCAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTGAAA
195 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTACAACTCAAAATCAATTATGAGAATATAAAACAATTGAAA
* * * *
9378 ACGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACATCTCTTGCTAATGGATGGC
260 ACAAGTAATAAGGCTTCT-GAACGCTTGAGTGACTATAAATGGACATCTCTTGCCAATGGATAGC
* * * * * *
9442 TTTTGCTACACGTTTCTTGAGGCCAACAGTCAAATATAATTTGTTTTAACCA-AACATGGAAAAA
324 CTTTGCTACACGTTTCCTGAGGCAAACAGTCAAATACAATATGTTCTAACCAGAA-AT-GAAAAA
* * * * *
9506 AATGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTATCAAGGCTTTTGAATG
387 AACGAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTATCAAGGCTTTTGAAGG
* *
9571 CTTAAATAACCATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGGATGGCTTTTGCTTC-ACATTTCTCGAGT
452 CTTAAATAACCATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGGATAGCTTTTGCTTCTAC-TTTCTCGAGG
9634 TGAACACTCAAATATAATCTCTTT-TAACCAAAAATGTAAACAAATTCAACAAAAAATCAATAAT
515 TGAACACTCAAATATAATCTCTTTGTAA--AAAAAT-T---CAAATT----AAAAAA--AATAAT
* * * *
9698 AAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTAATTAGG-TTATCGAAGGCTTGAGT-AGCTATAAATGG
568 AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTT-TCGAAGGCTTGAGTGA-CTATAAATAG
* * * ** * * **
9761 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTTCAAGGCAAATATTCAATTATAATTTA
631 ACTTTTCTTATCAATAGATGACTTTTGCTTCACATTTCGCAAGGCAAACATTCAACTATAATAGA
* *
9826 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAANNNNNNNNNNAATCAATTATGAGGCTATAAAACCATTTAAAG
696 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA---------AAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
9891 CGAGTAATTAGGATTTTGATGCCTTGAGCGACTAGAAGTGAACTTTTCTTACCAATGGATCACTT
752 CGAGTAATAAGGATTTTGATACCTTAAGCGACTAGAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATCACTT
*
9956 TTGCTTCATGTTTCATG
817 TTGCATCATGTTTCATG
*********** *
9973 AGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCNNNNNNNNNNAAAAAATTAACTTAAAATAAATT
1 AGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATACAAAAAAAATCAACTTAAAATAAATT
*
10038 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGAAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGAGTGACAATAAATGG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGAAATAAGGTTTTAGAAGGCTTGAGTGACAATAAATGG
*
10103 ATTTTTTTCTATCAATGGATGGATTTTGCTCCATGTTT
131 ATTTTTTT-TACCAATGGATGGATTTTGCTCCATGTTT
10141 GTAACATTCC
Statistics
Matches: 846, Mismatches: 138, Indels: 61
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
838 3 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (833 bp):
AGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATACAAAAAAAATCAACTTAAAATAAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGAAATAAGGTTTTAGAAGGCTTGAGTGACAATAAATGG
ATTTTTTTTACCAATGGATGGATTTTGCTCCATGTTTCATGAGGCAGACATTCAATTATAATATA
TTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTACAACTCAAAATCAATTATGAGAATATAAAACAATTGAAAA
CAAGTAATAAGGCTTCTGAACGCTTGAGTGACTATAAATGGACATCTCTTGCCAATGGATAGCCT
TTGCTACACGTTTCCTGAGGCAAACAGTCAAATACAATATGTTCTAACCAGAAATGAAAAAAACG
AAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTATCAAGGCTTTTGAAGGCTTA
AATAACCATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCTACTTTCTCGAGGTGAACA
CTCAAATATAATCTCTTTGTAAAAAAATTCAAATTAAAAAAAATAATAAGATTATAAAACCATTT
AAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATG
ACTTTTGCTTCACATTTCGCAAGGCAAACATTCAACTATAATAGATTTTAACCAAAAATGTAAAA
AAAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGATACCTTAAGC
GACTAGAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATCACTTTTGCATCATGTTTCATG
Found at i:12378 original size:61 final size:60
Alignment explanation
Indices: 12284--12455 Score: 179
Period size: 60 Copynumber: 2.9 Consensus size: 60
12274 AAAAAGGCTT
** ** * *
12284 ACCTGAAGCCCTGATTTATAT-TGGGTGGTGTGGGTAGTTCCCACGAGTAGGAAAAAAGGGA
1 ACCTGAAGCCCCAATTTATATAT-GGTGACGTGGGCAATTCCCACGAGTAGG-AAAAAGGGA
* * *
12345 ACCTGAAGCCCCAATTCGTAT-TA-GGTGACGTGGGCAATTCTCACGAGTAGGTAAAAGGGG
1 ACCTGAAGCCCCAATT--TATATATGGTGACGTGGGCAATTCCCACGAGTAGGAAAAAGGGA
* * *
12405 ACTTGAAGCCCCAATTTATATATGGTGGCGTGGACAATTCCCACGAGTAGG
1 ACCTGAAGCCCCAATTTATATATGGTGACGTGGGCAATTCCCACGAGTAGG
12456 TGATGGTGTC
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 13, Indels: 11
0.79 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
58 3 0.03
59 2 0.02
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62 1 0.01
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Consensus pattern (60 bp):
ACCTGAAGCCCCAATTTATATATGGTGACGTGGGCAATTCCCACGAGTAGGAAAAAGGGA
Found at i:13856 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 13574--14740 Score: 1148
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 172
13564 TTGTTACAAT
* * * * * * *
13574 GTTTCTCGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC-AAGATGT-AAAAAT-TCAACTCAA
1 GTTTCTCGAGGCAAACATTCAAATATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATATTAACTTAA
* * * ** *
13636 AATCAATTATGAGACTATAAAACTATTGAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACT
66 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
* * *
13701 ATCAGTGGACTTCTCTTGCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCAC
131 ATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * * * *
13742 GTTTCTCGAGGCCAACAGTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAACATGCAAAAAATATGAACATAA
1 GTTTCTCGAGGCAAACATTCAAATATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATATTAACTTAA
** *
13807 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-ATCAAGGCTTTCGAATACTTAAGTGAC
66 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
*
13871 CATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
130 TATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* ** * * * * * **
13913 GTTTCTTGAGGTGAACATTCAAATATAATCTCTTTTAACTAAAAATGTAAACAGAT-TCAACAAA
1 GTTTCTCGAGGCAAACATTCAAATATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATATTAACTTA
* * *
13977 AAATCAATAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTATCGAAGGCTTGAGT-A
65 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCTTGAGTGA
* * *
14040 GCAATAAATGGACTTTTCTTG-TCAGTGGATGGCTTTTGCTTCAT
129 -CTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * ** *
14084 GTTTTTTGAGGCAAACATTCAGTTATAATTTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAA-ACTTAACTTA
1 GTTTCTCGAGGCAAACATTCAAATATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATA-TTAACTTA
* * * * *
14148 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGGC
65 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
* * *
14213 TATAAATGGACTTTTCTT-ATCAATTGATGG-TTCTTGCTTTAC
130 TATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGGATGGCTT-TTGCTTCAC
* * * * * * * * *
14255 ATTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATAATTTGTTTTATCTAAAAATATTAAAAAAT-TCAACTCA
1 GTTTCTCGAGGCAAACATTCAAATATAATTTATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATATTAACTTA
* * ** * * * *
14319 AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAACCGAACAATGAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTAAC
65 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
* * * *
14384 TATAAATAGAC-TTTCTTTC-CAATGGATGGCTTTTGTTTCAT
130 TATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * ** * *
14425 GTTTCTTGAGGTAGACATTCAGTTATAATTTATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAA
1 GTTTCTCGAGGCAAACATTCAAATATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATATTAACTTAA
* * * * * * * *
14489 AAGCTATTATGAGATTATAAAACTATTTATAGCAAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACA
66 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
* * * * ***
14554 AAAAATAGACTGTTCTTAC-CAATGGATAATTTTTGCTTCAC
131 ATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
** * *
14595 GTTTCTCGAGGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAA-ATTTAACTTA
1 GTTTCTCGAGGCAAACATTCAAATATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATA-TTAACTTA
* * *
14659 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCAGTGAC
65 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
* *
14724 TATAAATAGACATTTCT
130 TATAAATGGACTTTTCT
14741 CGAGGCAAAC
Statistics
Matches: 826, Mismatches: 150, Indels: 43
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 40 0.05
169 80 0.10
170 125 0.15
171 567 0.69
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
GTTTCTCGAGGCAAACATTCAAATATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATATTAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
Found at i:14274 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 13588--18833 Score: 3709
Period size: 342 Copynumber: 15.5 Consensus size: 341
13578 CTCGAAGCAG
* * * *
13588 ACATTCAATTATAATATATTTTAAC-CAAGATGT--AAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** * * * *
13650 CTATAAAACTATTGAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATCAGTGGACTTCT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
13715 CTTG-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAGGCCAACAGTCAAATATAATCTGTTTTA
131 CTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTA
* * * *
13779 ACCAAACATGCAAAAAATATGAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
195 ACCAAAAATGTAAAAAA-ATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** * * *
13844 -ATCAAGGCTTTCGAATACTTAAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
259 AAT-AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * ** *
13908 TTCACGTTTCTTGAGGTGA
323 TTTACATTTCTCAAGGTAA
* * * * ** * *
13927 ACATTCAAATATAATCTCTTTTAACTAAAAATGTAAACAGATTCAACAAAAAATCAATAATAAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
13992 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTATCGAAGGCTTGAGT-AGCAATAAATGGACTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCTTGAGTGA-CTATAAATGGACTT
* * ** ** * *
14055 TTCTTGTCAGTGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGAGGCAAACATTCAGTTATAATTTATTTT
129 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTT
* *
14120 AGCCAAAAATGTAAAAAAACTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAG
194 AACCAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
14185 TAAAAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGATGG-TTCTTG
258 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT-TTG
14249 CTTTACATTTCTCAAGGTAA
322 CTTTACATTTCTCAAGGTAA
* * * * * * *
14269 ACATTCAAATATAATTTGTTTTATCTAAAAATATTAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * * * *
14334 TTATAAAACAATTTAAACCGAACAATGAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTAACTATAAATAGAC-TTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * ** * *
14398 CTT-TCCAATGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAGTTATAATTTATTTTA
131 CTTGT-CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTA
* * * * * *
14462 A-TAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAAGCTATTATGAGATTATAAAACTATTTATAGCAAGT
195 ACCAAAAATGT-AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * ** ***
14526 AATAGGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACAAAAAATAGACTGTTCTTACCAATGGATAATTTTTGCT
259 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * *
14591 TCACGTTTCTCGAGGCAA
324 TTACATTTCTCAAGGTAA
* * *
14609 ACATTCAGTTATAATATATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
14673 ATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCAGTGACTATAAATAGACATT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * * * * * * * * *
14738 TC---TCGA-GGCA-AACATTTAGTTATAATCTATT-TTAA-CCAGAA-A-TGAAAAAAAAGT-A
130 TCTTGTCAATGG-ATGGC-TTTTGCT-TCATGT-TTCTCAAGGCA-AACATTCAAATATAA-TCT
* * ** * * * * * *
14793 G-CTTAA--AATCAAT-T-ATGAGATT-A--TAAAACCATTTAAGAGGA-TA-AATAAGGCTTTT
189 GTTTTAACCAA-AAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAA-AA-CCATTT
* ** * * * * ** * ****
14848 GAA-CGCTTAA-ATGACTAT-AAATGGATT---TTTCT-TGCCAAT-GA-AAGGCTT-T--A--G
250 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GGCTTGAGTGACTAT--AAATAGACTTTTCTTGTCAATGG
* * ** *
14899 A------TT-C---ACGTTTCACAAGACAG
312 ATGGCTTTTGCTTTACATTTCTCAAGGTAA
* * * * * * * *
14919 ACATTAAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAATAATTGAACTTAAAATTAATTATGTGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
14984 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT-TAATGGCTTAAATGACTATAAATGGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** *** * *
15048 T-TTTTGCTAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTGGAGGTGCATATTCAAATATAAACTGTTT
130 TCTTGT-C-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTT
* * * * *
15112 TAACTAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCAATTAAAGGGA
193 TAACCAAAAATGTAAAAA-AATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
** ** ** * * * * **
15177 AAAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATCTA-TTTTTTTGGCCAATGAAGGGCTTAC
257 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GTCAATGGATGGCTTTT
* * *
15241 GCTTTACGTTTCTCAGGGTAG
321 GCTTTACATTTCTCAAGGTAA
* * * *
15262 ACATTCAAATAT-GTCT-GTTTAA--AAAAATGTAAAAAACATAT-AACTTAAAATTAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-AT-TCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
15322 GATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATAGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
15387 TT-TATGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTAGGTTTCTCAAGGAAAACATTCAAATATAATTTGTTT
129 TTCT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTT
* * * * * *
15451 TAACCAATAATATAAAACAATCGAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
193 TAACCAAAAATGTAAAAAAAT--TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ** * * ** ** *
15516 AATAATAATTCTTT-AAATGGCTTGATTGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATAAATGGATTT
256 AGTAATAAGGCTTTCAAA-GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
* * ** *
15580 TGC-TTCCTGTTTC-CTAAGACAG
320 TGCTTTAC-ATTTCTC-AAGGTAA
* * * * *
15602 ACATTCAAATATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAAAAATCAACTTAGAATCAATAATAA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
15666 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAAGCTGTC-AATAGCTTGAGTGACTATAAATGAACT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * **
15730 TTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTACTT-AGTGTTT-TCCAAGGCAAACATTTAGTTATAAT-TG
128 TTTCTTGTCAATGGATGGC-TTTTGCTTCA-TGTTTCT-CAAGGCAAACATTCAAATATAATCTG
* * * **
15792 ATTTTAACCATAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATAATGAGATTATAAAATAATTTAA
190 -TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
15857 AGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAACAGACTTATCTTGTCAATGGATGGC
252 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC
* ** * *
15922 TTTTTCTTTGTATTT-TCTGAGGCAA
317 TTTTGCTTTACATTTCTC-AAGGTAA
* ** * *
15947 ACAATCAATTATAATAGATTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * * *
16012 CAATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGAACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * ** *
16077 TTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCTTGTTTCCCTAGACAAACATTTAGTTATAAAT-TATTTTA
131 CTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATAT-AATCTGTTTTA
** * * * * * *
16141 ATAAAAAATATAATACAACTCAAATCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
195 ACCAAAAATGTAA-AAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** * * * *
16206 AATAAGGCTTCCAACTGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTGTGAT
259 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* *
16271 TCACATTTCTCGAGGTAA
324 TTACATTTCTCAAGGTAA
* * * * * *
16289 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAGACAAA-TC-ACTTAAAATTAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
16352 ATTATAAAACCTTTTAAAAG-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGTA-TGTAAATAGACT
65 ATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTG-ACTATAAATGGACT
* * * * * *
16415 TTT-TTTTCTAACGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTAGAAGTG--GATATTCAAATATAATCTG
128 TTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-CAAG-GCAAACATTCAAATATAATCTG
** * * *
16477 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT-ATGTTACGAGATTAGAAAACCATTTAAA
190 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * * * * * *
16541 TG-GAAAAAGAAGG-TTATTAAGGGCTTGAGTGACTATAAATCA-AATTTTCCTGCCAATGGAGG
253 -GCGAGTAATAAGGCTT-TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * ** *
16603 GCTTATGAC-TCACGTTTGTTGAGGTAG
315 GCTTTTG-CTTTACATTTCTCAAGGTAA
* * * * ** * *
16630 ACATTCAAATATAATCTGTTATAACCAAGTATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA-A
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * *
16694 GCTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGCGACTATAAATGGACTTT
66 -TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** * *
16759 TCTTGCCAATGGATGGTTTTTGCTTC-TCGTTT-TCCAAGGTAAACATTCAGTTATAATATATTT
130 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCT-CAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTT
* * * * * *
16822 TTATCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATGAGACTGTAAAATCATTTAAAGCGA
193 TAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
16887 GTAATAAGGGTATT-AAAGGCTTAAGTGACTTTAAATAGATTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT
257 GTAATAAGGCT-TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
**
16951 GC-TT-CATGCTTC-CTAA-CCAA
321 GCTTTACAT--TTCTC-AAGGTAA
* * * * * * *
16971 ACATTCAACTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *** * *
17036 TTATCAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAAGCCTTCGAAAGAAAGGGTGACTAGAAATAGG-CTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGACTTT
* * ** * * * * *
17100 TATTGCCAATAAATGGCTTTTCCTTCATATTTTTCAAGGCAAACATTCTAATATAATCTGCTTTA
130 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTA
* ** * * * * * *
17165 ACTAAAAAAATAAAAACATTCAACTTAAAATTAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAAT
195 ACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** * * * **
17230 AATAAGACTTTTGAAGGCTTGAATGAATATAAATAGAATTTTCTTGTCAATGGATAGATTTTTGC
259 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGAT-GGCTTTTGC
* *
17295 -TT-CATGTTCCCAAGGCAA
323 TTTACAT-TTCTCAAGGTAA
* * * * *
17313 ACATTCAGTTATAAT-TGATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCT-ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
17377 ATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAACTGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
17442 T-TCTATCAAT-GAAGGACTTTAGATTCATGTTTCTCAAGGCAGAGATTCAAATATAATTTGTTT
130 TCT-TGTCAATGGATGG-CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTT
* * * *
17505 TAACCAAAAATGTAAAACAAATTCAATTTAAAATCAATAATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTG
193 TAACCAAAAATGTAAAA-AAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
17570 AGTAATAGGGCTATT-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACATTTCTTG-CTAATGGATGGCTT
256 AGTAATAAGGCT-TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTT
* *
17633 TTAC-TT-CATGCTTCCTGAA-GTAA
319 TTGCTTTACAT--TT-CTCAAGGTAA
* * * * *
17656 ACATTTAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * ** * * *
17720 TTATTAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGCGTGACTAGAAATAGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * *
17785 CTTGTCAATAAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTG-TTTAA
131 CTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAA
* * * * * * *
17849 ACAAAATAGGTAAAAGAATTCAACTTCAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
196 CCAAAA-ATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** * * *
17914 AATAATG-TTGTTGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGGTGGCTTTTTG
259 AATAAGGCTT-TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC-TTTTG
* ** * ** *
17978 CTTCATGTTTCTTAAGACAG
322 CTTTACATTTCTCAAGGTAA
* * * * * *
17998 ACATTTAGTTATAATTTA-TTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** ** * * *
18061 TCATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTTTTGAGCGATTATAAATGAACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * ** * * *
18126 CTTATCAAT-GAGGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGTAGATATTCAAATATAATCTGTTTTAA
131 CTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAA
* * *
18190 CCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAA-TAGTGAGACTAT-AAACCCTTTAAAGCAAGT
196 CCAAAAATGT-AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
18253 AATAAGGCTATT-AAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGG
259 AATAAGGCT-TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * *
18317 TTCATGC-TTTCT-AAAGTAG
323 TT--TACATTTCTCAAGGTAA
* * * * *
18336 ATATTCAATTATAATAC-ATTTTAATTAAAACTGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAAT-CTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * ** * * *
18400 GTTATCAAAA-CACTTAAAGCAAGTAATATGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTAGAAATAGACTT
65 ATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
18464 TTCTTG-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTC-GATATTCAAATATAATCTGTT
129 TTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGG-CAAACATTCAAATATAATCTGTT
* * * * *
18527 TTAACTAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAACCAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
192 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
18592 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGCCTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGTTTTT
256 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
* *
18657 GC-TT-CATGTGTCCCAAGATAA
321 GCTTTACAT-T-TCTCAAGGTAA
* * * * * *
18678 ACATTCAGTTATAATTTATTTTAACCATAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
18743 CTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCTTGAGCGACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
18808 CTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCA
131 CTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
18834 CGATTCCCAT
Statistics
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ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
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CTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAA
CCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTT
ACATTTCTCAAGGTAA
Found at i:14879 original size:139 final size:140
Alignment explanation
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**
14596 TTTCTCGAGGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA
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* * * *
14661 ATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCAGTGACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTAAATGACTA
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131 TAAATAGACA
* * * * *
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*
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129 TATAAAT
14870 GGATTTTTCT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 12, Indels: 5
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
138 1 0.01
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TTTCTCGAGGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAAGTAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCTTAAATGACTA
TAAATAGACA
Found at i:16434 original size:512 final size:505
Alignment explanation
Indices: 13588--18882 Score: 3744
Period size: 512 Copynumber: 10.4 Consensus size: 505
13578 CTCGAAGCAG
* * * * * * * *
13588 ACATTCAATTATAATATATTTTAAC-CAAGATGT-AAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAC
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* * * * * * * * *
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* * ** * *
13716 TTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAGGCCAACAGTCAAATATAATCTGTTTTAAC
131 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * *
13781 CAAACATGCAAAAAATATGAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-A
196 CAAAAATGTAAAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** * * * *
13845 TCAAGGCTTTCGAATACTTAAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT
260 T-AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTTCTT
* * * * * *
13910 CACGTTTCTTGAGG-TGAACATTCAAATATAATCTCTTTTAACTAAAAATGTAAACAGATTCAAC
323 TA-TTTTC-TAAGGCAG-ACATTCAAATATAAT-TGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTCAAC
** * * * *
13974 AAAAAATCAATAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTATCGAAGGCTTGAG
383 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TTGAAGGCTTGAG
* * * ** **
14038 T-AGCAATAAATGGACTTTTCTTGTCAGTGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGAGGCAA
447 TGA-CTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGATAA
** * * * * *
14098 ACATTCAGTTATAATTTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAACTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * ** * *
14163 TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT
** * * * * *
14228 CTTATCAATTGATGG-TTCTTGCTTTACATTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATAATTTGTTTTA
130 CTTGCCAATGGATGGCTT-TTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * * * * **
14292 TCTAAAAATATTAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAACCGAAC
194 ACCAAAAATGTAAAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
14357 AATGAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTAACTATAAATAGACTTTCTTT-CCAATGGATGGCTTTTGT-
258 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT-TTTGTCAATGGATGGCTTTT-TC
* * * ** *
14420 TTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAGTTATAATTTATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAATT-A
321 TTTAT-TTTC-TAAGGCAGACATTCAAATATAA-TTGTTTTAACTAAAAATGT--AAAAAATTCA
* * * * * * **
14483 ACTTAAAAGCTATTATGAGATTATAAAACTATTTATAGCAAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCTTGA
381 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
* * * ** *** * * **
14548 GTGACAAAAAAT-AGACTGTTCTTACCAATGGATAATTTTTGCTTCACGTTTCTCGAGGCAA
446 GTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAGATAA
** * * * *
14609 ACATTCAGTTATAATATATTTTAA-ACAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAAATATAATCTATTTTAACA-AAAAATAT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
14673 ATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCAGTGACTATAAATAGA----
64 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * *
14734 ------C-----A-----TTT-C-T--CG-------AGGCAAACATTTAGTTATAATCTATTTTA
129 TCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* *
14772 ACCAGAAATG-AAAAAAAAGTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGAG-GA-
194 ACCAAAAATGTAAAAAAAA-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAG
* * * * * * * * * **
14834 TAAATAAGGCTTTTGAACGCTTAAATGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTAG
257 T-AATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTT
* * * * * * * *
14899 ATTCACGTTTCACAAGACAGACATTAAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAATAATTGA
320 CTTTA-TTTTC-TAAGGCAGACATTCAAATATAAT-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCA
* * * *
14964 ACTTAAAATTAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTT-AATGGCTTA
381 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTG
* * * * * **
15028 AATGACTATAAATGGACTTTT-TTTTGCTAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTT-CTGGAGGTGC
445 AGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGT-C-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT--AGATAA
* * * * * * *
15091 ATATTCAAATATAAACTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAA-ACTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** **
15156 TTAGAAAACCAATTAAAGGGAAAAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATCTA-TTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * ** * * * * *
15220 TTTGGCCAATGAAGGGCTTACGCTTTACGTTTCTCAGGGTAGACATTCAAATAT-GTCTG-TTTA
130 CTT-GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * *
15283 A--AAAAATGTAAAAAACATATAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAG
194 ACCAAAAATGTAAAAAA-A-ATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *
15346 TAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATAGACTTTTTATGTCAATGGATGGCTTTTGC
257 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTT-TGTCAATGGATGGCTTTTTC
* * * * * *
15411 TTTAGGTTTCTCAAGGAAAACATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAATAATATAAAACAA-TCGA
321 TTTA-TTTTCT-AAGGCAGACATTCAAATATAA-TTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTC--
* * * ** *
15475 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAATAATAATTC-TTTAAATGGCTT
380 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTT
* * ** ** * * * *
15539 GATTGACTATAAAT-AGATTTTTCTTACCAATAAATGGATTTTGCTTCCTGTTTCCTAAGACAG
444 GAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGATAA
* * * * * *
15602 ACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAAAAATCAACTTAGAATCAATAATAAG
1 ACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAA-AT-ATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
15667 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAAGC-TGTCAATAGCTTGAGTGACTATAAAT-GAACT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACT
* * * * * * *
15730 TTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTACTT-A-GTGTTTTCCAAGGCAAACATTTAGTTATAAT-TG
127 TTTCTTGCCAATGGATGGC-TTTTGCTTCACGT-TTCT-CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * **
15792 ATTTTAACCATAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATAATGAGATTATAAAATAATTTAA
189 -TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA-T-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
15857 AGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAACAGACTTATCTTGTCAATGGATGGC
251 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTT-TTTTGTCAATGGATGGC
* * * * * *
15922 TTTTTCTTTGTATTTTCTGAGGCAAACAATCAATTATAATAGATTTTAACTAAAAATATAAAACA
315 TTTTTC-TT-TATTTTCTAAGGCAGACATTCAAATATAATTG-TTTTAACTAAAAATGTAAAA-A
** *
15987 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACAATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
376 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * *
16052 CTTGAGTGAATATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCTTGTTTCCCTAGACA
441 CTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTAGATA
16117 A
505 A
* ** * * * *
16118 ACATTTAGTTATAAAT-TATTTTAATAAAAAATATAATACAACTCAAATCAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAAATAT-AATCTATTTTAACAAAAAATATAA-AAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * *
16182 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCCAACTGCTTAAGTGACTATAAATAGACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTT
** * * * * *
16246 TTCTTATCAATGGATGGCTTGTGATTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTT
128 TTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * * *
16311 AACCAAAAATATAAGACAAATCACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAAG-GAG
193 AACCAAAAATGTAAAAAAAATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAG
* * * * *
16375 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGTA-TGTAAATAGACTTTTTTTTCTAACGGATGGCTTTTG
257 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTG-ACTATAAATAGACTTTTTTGTC-AATGGATGGCTTTTT
* * * ** * *
16439 CTTCACGTTTCTAGAAGTGGATATTCAAATATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTT
320 CTTTA-TTTTCTA-AGGCAGACATTCAAATATAAT-TGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTC
* * * ** *
16503 AACTTAAAAT-ATGTTACGAGATTAGAAAACCATTTAAATG-GAAAAAGAAGG-TTATT-AAGGG
380 AACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTT-TTGAA-GG
* * * * * * * ** *
16564 CTTGAGTGACTATAAATCAAATTTTCCTGCCAATGGAGGGCTTATGAC-TCACGTTTGTTGAGGT
441 CTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCCT-AGAT
*
16628 AG
504 AA
* * * ** * *
16630 ACATTCAAATATAATCTGTTATAACCAAGTATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA-A
1 ACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** * *
16694 GCTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGCGACTATAAATGGACTTT
65 -TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * *
16759 TCTTGCCAATGGATGGTTTTTGCTTCTCGTTT-TCCAAGGTAAACATTCAGTTATAATATATTTT
129 TCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * * * *
16823 TATCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATGAGACTGTAAAATCATTTAAAGCGAG
193 AACCAAAAATGTAAAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * *
16888 TAATAAGGGTATT-AAAGGCTTAAGTGACTTTAAATAGATTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTG
257 TAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTT
* * * * * * * * *
16952 CTTCATGCTTCCTAA-CCAAACATTCAACTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAATATTTA
320 CTTTAT--TTTCTAAGGCAGACATTCAAATATAAT-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCA
* * * * * * * * *** *
17016 ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATCAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAAGCCTTCGAAAGAAAGG
381 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA
* * * * ** * * * * **
17081 GTGACTAGAAAT-AGGCTTTTATTGCCAATAAATGGCTTTTCCTTCATATTTTTCAAGGCAA
446 GTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCCTAGATAA
* ** * * * *
17142 ACATTCTAATATAATCTGCTTTAACTAAAAAA-ATAAAAACATTCAACTTAAAATTAGTAATGAG
1 ACATTCAAATATAATCTATTTTAAC-AAAAAATATAAAAA-ACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
17206 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAATGAATATAAATAGAATTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* ** * * * *
17271 TCTTGTCAATGGATAGATTTTTGCTTCATG-TTCCCAAGGCAAACATTCAGTTATAAT-TGATTT
129 TCTTGCCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG-TTT
* * * * *
17334 TAACCACAAATGTAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGA
192 TAACCAAAAATGTAAAAAAA-ATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * *
17399 GTAGTAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAACTGGACTTTTTCTATCAAT-GAAGGACTTTA
256 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTT-TGTCAATGGATGG-CTTTT
** * * *
17463 GATTCATGTTTCTCAAGGCAGAGATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATT
319 TCTTTAT-TTTCT-AAGGCAGACATTCAAATATAA-TTGTTTTAACTAAAAATGT-AAA-AAATT
* * * * * *
17528 CAATTTAAAATCAATAATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTATTGAAGGCTT
379 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT
* * *
17593 GAGTGACTATAAAT-AGACATTTCTTG-CTAATGGATGGCTTTTACTTCATGCTTCCT-GAAGTA
444 GAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAG-A-TA
17655 A
505 A
* * * * * * *
17656 ACATTTAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGT
1 ACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * ** * *
17721 TATTAAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGCGTGACTAGAAATAGACTTTTC
66 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
* ** * * * * * *
17786 TTGTCAATAAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTG-TTTAAA
131 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * * * *
17850 CAAAATAGGTAAAAGAATTCAACTTCAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
196 CAAAA-ATGTAAAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
17915 ATAATG-TTGTTGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGGTGGCTTTTTGC
259 ATAAGGCTT-TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTT-C
* * * ** * *
17979 TTCATGTTTCTTAAGACAGACATTTAGTTATAATT-TATTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAAC
321 TTTAT-TTTC-TAAGGCAGACATTCAAATATAATTGT-TTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAAC
* * ** * ** *
18043 TTAAAATCAATTATTAGATCATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTTTTGAGC
383 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGT
* * * * * * *
18108 GATTATAAATGAACTTTTCTTATCAAT-GAGGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGTAG
448 GACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGATAA
* * * * * *
18166 ATATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAA-TAGTGAG
1 ACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTA-TGAG
* * ** * * * *
18230 ACTAT-AAACCCTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTATTAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * *
18294 TCTTGCCAATGGATGACTTTTGGTTCATGCTTTCT-AAAGTAGATATTCAATTATAATAC-ATTT
129 TCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAAT-CTGTTT
** * ** * * *
18357 TAATTAAAACTGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATCAAAA-CACTTAAAGCA
192 TAACCAAAAATGTAAAA-AAAATAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCG
* * ** * * *
18421 AGTAATATGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTG-CTAATGAATGGCTTT
255 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTGTC-AATGGATGGCTTT
* * *
18485 TTCTTCATGTTTCCCAAGGTC-GATATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACT
318 TTCTTTAT-TTT-CTAAGG-CAGACATTCAAATATAAT-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-T
* * * *
18549 TCAACTTAAAACCAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
378 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * * * * *
18614 TGAATGCCTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGTTTTTGCTTCATGTGTCCCAAGATAA
443 TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT-TTCCTAGATAA
** * * * * * *
18678 ACATTCAGTTATAATTTATTTTAACCATAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCGA
1 ACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAA-AAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
18743 CTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCTTGAGCGACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * * * * * *
18808 CTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGATTCCCATGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAA
130 CTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
*
18873 CAAAAAATGT
195 CCAAAAATGT
18883 GTAATGACCT
Statistics
Matches: 3768, Mismatches: 818, Indels: 395
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
478 1 0.00
479 81 0.02
480 83 0.02
481 80 0.02
482 126 0.03
487 1 0.00
489 1 0.00
490 1 0.00
491 2 0.00
492 2 0.00
496 1 0.00
497 1 0.00
501 1 0.00
502 1 0.00
503 1 0.00
504 1 0.00
506 2 0.00
509 32 0.01
510 274 0.07
511 679 0.18
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518 11 0.00
519 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (505 bp):
ACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
CAAAAATGTAAAAAAAATAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTTCTTTAT
TTTCTAAGGCAGACATTCAAATATAATTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAA
ATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAGATAA
Found at i:16703 original size:683 final size:666
Alignment explanation
Indices: 14794--18842 Score: 2386
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14784 AAAAAAGTAG
* *
14794 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGAG-GA-TAAATAAGGCTTTTGAACGCTTA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGT-AATAAGGC-TTTAAATGCTTA
* * * *
14857 AATGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTAGATTCACGTTTCACAA-GACAGAC
63 AGTGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGGCTTT-GATTCACGTTTC-CAAGGA-A-AC
* * * * * * *
14921 ATTAAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAATAATTGAACTTAAAATTAATTATGTGATT
124 ATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAAT-CACTTAAAATTAATTATGAGATT
* * *
14986 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAATGGCTTAAATGACTATAAATGGACTTTTTT
188 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTAAGTGACTATAAAT-GACTTTTTT
* * * *
15051 TTGCTAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTGGAGGTGCATATTCAAATATAAACTGTTTTAAC
252 TT-CTAATGGATAGCTTTTGCTTCA-GTTTCTAGAAGTGAATATTCAAATATAATCTGTTTTAA-
* *
15116 TAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCAATTAAAGGGAAAAA
314 TAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAA-GGAAAAA
* * * *
15181 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATC-TATTTTTTTGGCCAATGAAGGGCTTACGCTT
378 TAAGG-TTTT-AAGGCTTGAGTGACTATAAATCAAATTTTCTT-GCCAATGGAGGGCTTATGC--
* * * *
15245 TACGTTTCTCAGGGTAGACATTCAAATAT-GTCTGTTTAA-AAAAATGTAAAAAACATAT-AACT
438 TACGTTTTTGA-GGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTAACAAAAATATAAAAAA-AT-TCAACT
* * *
15307 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTG
500 TAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG
* * * *
15372 GCTATAAAT-AGACTTTTTATGTCAATGGATGGCTTTTGCTT-TAGGTTTCTCAAGGAAAACATT
565 ACTATAAATGA-ACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCT-CGTTTCCCAA-GAAAACATT
** * * * *
15435 CAAATATAATTTGTTTTAACCAATAATATAAAACAATCGAAA
627 CAGTTATAAATTATTTTAATCAAAAATAT-AAACAATC-AAA
* * * ** * *
15477 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAATAATAATTCTTTAAATGGCTTGAT
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAT-GCTTAAG
* * *
15542 TGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATAAATGGATTTTGCTTC-CTGTTTCCTAA-GACAGACA
65 TGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGG-CTTTGATTCAC-GTTTCC-AAGGA-A-ACA
* * * * * *
15605 TTCAAATATAATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAAAAATCAACTTAGAATCAATAATAAGAT
125 TTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAA--TATAAAAAAAATC-ACTTAAAATTAATTATGAGAT
* * * * * * *
15669 TATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAAGCTGTCAATAGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
187 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTAAGTGACTATAAATG-ACTTTTT
* * * * * ** * * **
15734 TTGCCAATGAATAGCTTTTTACTT-AGTGTTTTCCAAG-GCAAACATTTAGTTATAAT-TGATTT
251 TTTCTAATGGATAGC-TTTTGCTTCAGT-TTCTAGAAGTG--AATATTCAAATATAATCTG-TTT
* * * * * * **
15796 TAACCATAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATAATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCG
311 TAA-TAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAG-G
** * * * * * * * *
15861 AGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAA-CAGACTTATCTTGTCAATGGATGGCTTT
373 AAAAATAAG-GTTT-TAAGGCTTGAGTGACTATAAATCA-AATTTTCTTGCCAATGGAGGGCTTA
* ** * * * * * *
15925 TTCTTTGTATTTTCTGAGGCAAACAATCAATTATAAT-AGATTTTAACTAAAAATATAAAACAAT
435 TGCTACG--TTTT-TGAGGTAGACATTCAAATATAATCTG--TTTAAC-AAAAATATAAAAAAAT
* * * * **
15989 TCAACTTAAAATCAATTATGAGACAATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
494 TCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * *
16054 TGAGTGAATATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCTTGTTTCCCTAGACAAA
559 TGAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCGTTTCCCAAGA-AAA
* *
16119 CATTTAGTTATAAATTATTTTAATAAAAAATATAATACAACTCAAA
623 CATTCAGTTATAAATTATTTTAATCAAAAATATAA-ACAA-TCAAA
* * *
16165 -TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAACTGCTTAAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TAAATGCTTAAG
* * * * *
16229 TGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTGTGATTCACATTTCTCGAGGTAAACATT
65 TGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGGCTT-TGATTCACGTTTC-CAAGG-AAACATT
* *
16294 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAGACAAATCACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
127 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
* *
16359 AACCTTTTAAAAG-GAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTAAGTGTA-TGTAAATAGACTTTTTTT
192 AACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AATGGCTTAAGTG-ACTATAAAT-GACTTTTTTT
* * *
16421 TCTAACGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTAGAAGTGGATATTCAAATATAATCTGTTTTAATAA
253 TCTAATGGATAGCTTTTGCTTCA-GTTTCTAGAAGTGAATATTCAAATATAATCTGTTTTAAT-A
* * *
16486 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT-ATGTTACGAGATTAGAAAACCATTTAAATGGAAAAAG
316 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAA-GGAAAAAT
*
16550 AAGGTTATTAAGGGCTTGAGTGACTATAAATCAAATTTTCCTGCCAATGGAGGGCTTATGACTCA
379 AAGGTT-TTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATCAAATTTTCTTGCCAATGGAGGGCTTATG-CT-A
**
16615 CGTTTGTTGAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTATAACCAAGTATATAAAAAAATTCAACTTA
440 CGTTT-TTGAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTT-TAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * *
16680 AAATTAATTATGA-AGCTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGCGA
502 AAATTAATTATGAGA-CTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA
* * * * * *
16744 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGTTTTTGCTTCTCGTTTTCCAAGGTAAACATTCAG
566 CTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCGTTTCCCAA-GAAAACATTCAG
* * * *
16809 TTAT-AATATATTTTTATCAAAAATGTAAAAAAATTAAA
630 TTATAAAT-TATTTTAATCAAAAATAT-AAACAATCAAA
* * * * * *
16847 CTTAAAATCAATAATGAGACTGTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTATTAAAGGCTTAAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTAAATGCTTAAG
* ** * * * **
16912 TGACTTTAAATAGATTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGCTTCCTAACCAAACATTC
65 TGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTGATTCACGTTTCC-AAGGAAACATTC
* * * ** ** * * * *
16977 AACTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATCA
128 AAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-AAATCACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * * *
17042 AACCACTTAAAGCAAGTAATAAAGCCTTCGAA-AG--AAAGGGTGACTAGAAATAGGCTTTTATT
192 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AATGGCTTAA--GTGACTATAAAT-GACTTTTTTT
* * ** * * * ** * * *
17104 GCCAATAAATGGCTTTTCCTTCA-TATTTTTCAAG-GCAAACATTCTAATATAATCTGCTTTAAC
253 TCTAATGGATAGCTTTTGCTTCAGT-TTCTAGAAGTG--AATATTCAAATATAATCTGTTTTAA-
** * * * * * * *
17167 TAAAAAAATAAAAACATTCAACTTAAAATTAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAA
314 TAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAG-GAAAAA
* * * * * ** *
17232 TAAGACTTTTGAAGGCTTGAATGAATATAAAT-AGAATTTTCTTGTCAATGGATAGATTTTTGCT
378 TAAG-GTTTT-AAGGCTTGAGTGACTATAAATCA-AATTTTCTTGCCAATGGA-GGGCTTATGC-
* **** * * ** * * * *
17296 TCATGTTCCCAAGGCAAACATTCAGTTATAAT-TGATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATTTAAG
438 T-ACGTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATAATCTG--TTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * * *
17360 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
499 TTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
* * * * * * * * * * *
17425 GACTATAACTGGACTTTTTCTATCAAT-GAAGGACTTTAGATTCAT-GTTTCTCAAGGCAGAGAT
564 GACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGGATGG-CTTTTGCTTC-TCGTTTCCCAA-GAAAACAT
** * * * *
17488 TCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTC-AA
626 TCAGTTATAAATTATTTTAATCAAAAATAT-AAAC-AA-TCAAA
* * * * * * * *
17531 TTTAAAATCAATAATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTATTGAAGGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTAAATGCTTAAG
** * * * * * * *
17596 TGACTATAAATAGACATTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTACTTCATGCTTCCTGAAGTAAACATT
65 TGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTGA-TTCACGTTTCC--AAGGAAACATT
* * * * * ** * * * *
17661 TAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATTA
127 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
* ** * ** ** * *
17726 AACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAA-AGAATGCGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGT
192 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AATGGCTTAAGTGACTATAAAT-GACTTTT-TTTT
** * * * * * * *
17790 C-AATAAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCT-CAAG-GCAAACATTCAAATATAATCTGTTTAAACA
254 CTAATGGATAGCTTTTGCTTCA-GTTTCTAGAAGTG--AATATTCAAATATAATCTGTTTTAATA
* * * * * * * **
17852 AAATAGGTAAAAGAATTCAACTTCAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
316 AAA-ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAG-GAAAAAT
* * ** * * *
17917 AATGTTGTTGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG-GTGGCTTTTTGCTT
379 AAGGTT-TT-AAGGCTTGAGTGACTATAAATCAAATTTTCTTGCCAATGGAG-GGC-TTATGC-T
* * ** * ** * * * *
17981 CATGTTTCTTAAGACAGACATTTAGTTATAATTTATTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTT
439 -ACGTTT-TTGAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * ** * * ** *
18045 AAAATCAATTATTAGA-TCATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTTTTGAGCG
501 AAAATTAATTATGAGACT-ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG
* * * * * ** * * * *
18109 ATTATAAATGAACTTTTCTTATCAAT-GAGGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGTAGATATTCA
565 ACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCGTTTC-CCAAGAAAACATTCA
** * * * * *
18173 AATAT-AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT-TAA
629 GTTATAAAT-TATTTTAATCAAAAA--TATAAACAATCAAA
* * * * *
18212 CTTAAAATCAA-TAGTGAGACTAT-AAACCCTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTATTAAAGGCTTGA
1 CTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTAAATGCTTAA
* * * * * * * * * * * *
18275 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGGTTCATGCTTTCTAAAGTAGATAT
64 GTGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTGATTCACG-TTTC-CAAGGAAACAT
* * ** * * ** * * *
18340 TCAATTATAATAC-ATTTTAATTAAAACTGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
126 TCAAATATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AAAATCACTTAAAATTAATTATGAGATTA
* * * * ** ** * *
18404 TCAAAA-CACTTAAAGCAAGTAATATGGCTTTCGAA-AGAATGGGTGACTAGAAATAGACTTTTC
189 T-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AATGGCTTAAGTGACTATAAAT-GACTTTTT
* * * * * *
18467 TTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCA-AGGTCG-ATATTCAAATATAATCTGTTTTA
251 TTTCTAATGGATAGCTTTTGCTTCA-GTTT-CTAGAAGT-GAATATTCAAATATAATCTGTTTTA
* * * * * * **
18530 ACTAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAACCAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
313 A-TAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAG-GAAA
* * * ** * ** * * *
18595 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGCCTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGTTTTTGCT
376 AATAAGG-TTT-TAAGGCTTGAGTGACTATAAATCAAATTTTCTTGCCAATGGAGGGCTTATGC-
* **** * * ** * * * * *
18660 TCATGTGTCCCAAGATAAACATTCAGTTATAATTTATTTTAACCATAAATGTAAATAAATTCAAC
438 T-ACGT-TTTTGAGGTAGACATTCAAATATAATCT-GTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * ** ** * *
18725 TTAAAATCAATTATGCGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCTTGAGC
499 TTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
* * * * * *
18790 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGATTCCCA
564 GACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCGTTTCCCA
18843 TGGTAGATAT
Statistics
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Consensus pattern (666 bp):
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GACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTGATTCACGTTTCCAAGGAAACATTCAAA
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ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTAAGTGACTATAAATGACTTTTTTTTCTAATGG
ATAGCTTTTGCTTCAGTTTCTAGAAGTGAATATTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAA
AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGGAAAAATAAGGTTTTAAGG
CTTGAGTGACTATAAATCAAATTTTCTTGCCAATGGAGGGCTTATGCTACGTTTTTGAGGTAGAC
ATTCAAATATAATCTGTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTAT
AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTG
TCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCGTTTCCCAAGAAAACATTCAGTTATAAATTATTTTAATCAAA
AATATAAACAATCAAA
Found at i:18830 original size:171 final size:170
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* * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * *
14928 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAATAATTGAACTTAAAATTAATTATGTGATTATAAAAC
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* * * * * *
14993 CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT-TAATGGCTTAAATGACTATAAATGGACTTTTTTTTGCTA
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCA
* *** ** *
15057 ATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTGGAGGTGCATATTCAAA
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* * * * *
15100 TATAAACTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAAC
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* * ** * ** *
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* * ** * * * * *
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* * *
15271 TAT-GTCT-GTTTAA--AAAAATGTAAAAAACATAT-AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTC--AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * ** * * * * *
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63 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** * * * ** *
15567 AATAAATGGATTTTGCTTCCTGTTTCCTAAGACAGACATTCAAA
127 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAA
* * * *
15611 TATAATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAAAAATCAACTTAGAATCAATAATAAGATTATAAA
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGT---AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
15675 ACCATTTAAAGTGAATAATAAAGCTGTC-AATAGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCC
63 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * **
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* * *
15784 TATAAT-TGATTTTAACCATAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATAATGAGATTATAAA
1 TATAATCT-ATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** * * ** * *
15848 ATAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAACAGACTTATCTTGTCA
63 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* ** * * ** * * *
15913 ATGGATGGCTTTTTCTTTGTATTTTCTGAGGCAAACAATCAAT
128 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAA
** * * **
15956 TATAATAGATTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACAATAAAAC
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
16021 CATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGAACTTTTTTTGTCAAT
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* * ** * **
16086 GGATGGCTTTTGCTTCTTGTTTCCCTAGACAAACATTTAGT
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** * * * * *
16127 TATAAAT-TATTTTAATAAAAAATATAATACAACTCAAATCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
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* * * * **
16191 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCCAACTGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCA
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* * ** * *
16255 ATGGATGGCTTGTGATTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAAA
128 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAA
* * *
16298 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAGACAAA-TC-ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA
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* * * * * * *
16361 CCTTTTAAAAG-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGTA-TGTAAATAGACTTTTTTTTCT
64 CCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTG-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * ** *
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* ** * * * *
16468 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT-ATGTTACGAGATTAGAAAA
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** * * ** * *
16532 CCATTTAAATG-GAAAAAGAAGG-TTAT-TAAGGGCTTGAGTGACTATAAATCAAATTTTCCTGC
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* * * **** *
16594 CAATGGAGGGCTTATGAC-TCACGTTTGTTGAGGTAGACATTCAAA
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* * ** * * *
16639 TATAATCTGTTATAACCAAGTATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA-AGCTATAAAA
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAA
* ** * *
16703 CTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
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* * **
16768 TGGATGGTTTTTGCTTC-TCGTTTTCCAAGGTAAACATTCAGT
129 TGGATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCCCAAGGTAAACATTCAAA
* * * * * * * *
16810 TATAATATATTTTTATCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATGAGACTGTAAAAT
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * *
16875 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTATT-AAAGGCTTAAGTGACTTTAAATAGATTTTTCTTGTCAA
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * ** *
16939 TGAATGGCTTTTGCTTCATGCTTCCTAA-CCAAACATTCAAC
129 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAA
* ** * * * *
16980 TATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATCAAAC
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *** * * *
17045 CACTTAAAGCAAGTAATAAAGCCTTCGAAAGAAAGGGTGACTAGAAATAGG-CTTTTATTGCCAA
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAA
** * * ** * *
17109 TAAATGGCTTTTCCTTCATATTTTTCAAGGCAAACATTCTAA
129 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAA
** * ** * * *
17151 TATAATCTGCTTTAACTAAAAAAATAAAAACATTCAACTTAAAATTAGTAATGAGATTATAAAAC
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* * * * * * * * *
17216 CATTTAAAGTGAATAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAATGAATATAAATAGAATTTTCTTGTCAAT
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
** * **
17281 GGATAGATTTTTGCTTCATG-TTCCCAAGGCAAACATTCAGT
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* * *
17322 TATAAT-TGATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 TATAATCT-ATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
17386 CAATTTAAAACGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAACTGGACTTTTTCTAT--C
64 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT-TGCC
* * * * * * *
17449 AAT-GAAGGACTTTAGATTCATGTTTCTCAAGGCAGAGATTCAAA
127 AATGGATGG-CTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAA
* * * * *
17493 TATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTCAATTTAAAATCAATAATGAGACTATAAAA
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
17558 CCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTATT-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCTA
64 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * *
17622 ATGGATGGCTTTTACTTCATGCTTCCTGAA-GTAAACATTTAAT
128 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-CAAGGTAAACATTCAAA
* * * * * *
17665 TATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATTAAACC
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * ** * * * * *
17730 ACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGCGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGTCAATA
66 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * *
17795 AATGGCTTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAA
131 GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAA
* * * * *
17835 TATAATCT-GTTTAAACAAAATAGGTAAAAGAATTCAACTTCAAATCAATAATGAGATTATAAAA
1 TATAATCTATTTTAACCAAAA-ATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
17899 CTATTTAAAGTGAGTAATAATG-TTGTTGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
64 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* ** ** * * **
17963 ATGGGTGGCTTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGACAGACATTTAGT
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* * * * **
18007 TATAATTTA-TTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTAGATCATAAAATA
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** * * * **
18071 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTTTTGAGCGATTATAAATGAACTTTTCTTATCAAT-
66 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * *** * *
18135 GAGGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGTAGATATTCAAA
131 GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAA
* *
18175 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAA-TAGTGAGACTAT-AA
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* * * *
18237 ACCCTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTATT-AAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
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* * * * * * *
18301 AATGGATGACTTTTGGTTCATGCTTT-CTAAAGTAGATATTCAAT
127 AATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCCAAGGTAAACATTCAAA
** * * *
18345 TATAATAC-ATTTTAATTAAAACTGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATCAAA
1 TATAAT-CTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAA
* * * * ** * * * *
18409 A-CACTTAAAGCAAGTAATATGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCTA
63 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * ** *
18473 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTCGATATTCAAA
128 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAA
* * * * *
18516 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAACCAGTAATGAGATTATAAAAC
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * **
18581 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGCCTATAAATGGACTTTTCTTGTTAAT
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* * * **
18646 GGATGGTTTTTGCTTCATGTGTCCCAAGATAAACATTCAGT
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* * * *
18687 TATAATTTATTTTAACCATAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCGACTATAAAAC
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* * * * *
18752 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCTTGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
65 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * *
18817 GGATGACTTTTGCTTCACGATTCCCATGGTAGATATTCAAT
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* *
18858 TATAATATATTTTAACAAAAAATGT
1 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGT
18883 GTAATGACCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAA
Done.