Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397388.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_338.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 3298 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1030 original size:172 final size:170
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Indices: 643--1070 Score: 433
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633 NNNNNNNNNN
* * * * *
643 AAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTGT
1 AAAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CT
* * * *
708 ACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAAACCCATTC
63 ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCACTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAAACCCATTC
* * * *
773 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTACCTC
128 CTTCAAAAACCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTC
* * ********** *
816 AAAATTGATTGTAAGTTAAATTTTTTNNNNNNNNNNGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCATAA
1 AAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC-TAC
* * * * *** *
881 CTTGAGAAACATGAAGAAAAATAGCACTCATTGGTAGGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCCTATTCC
65 CTTGAGAAACATGAAGAAAAA-AGCACTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAAACCCATTCC
* * *
946 TTCAAAAACCTCATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
129 TTCAAAAACCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTC
* *
988 ATAATTGGTTTTAAGTTCAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
1 AAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTAC
**
1053 CTCAAGAAACATGAAGAA
65 CTTGAGAAACATGAAGAA
1071 NNNNNNNNNN
Statistics
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172 131 0.65
173 18 0.09
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AAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTACC
TTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCACTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAAACCCATTCCTT
CAAAAACCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTC
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1669 TCATAATTGA
* * * * *** *
1679 ATTTATGTTCAATTTTTTTCTTTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGATTGTCTACCTCAAGAAA
1 ATTTAAGTTCAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAACCATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * * * *
1744 CATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTC
66 CATGAAAAAAAAAGCATTCAGTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTC
1809 C
131 C
*
1810 ATTTAAGTTCAATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACCATAATTGAATGTCTCCCTCAAG-
1 ATTTAAGTTCAAT-TTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAAACCATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * *
1874 AA-ATGAAAAAAAAAGCATTCAGTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
64 AACATGAAAAAAAAAGCATTCAGTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
1938 CCTTATTAGT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 18, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
131 65 0.60
132 8 0.07
133 35 0.32
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ATTTAAGTTCAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAACCATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
CATGAAAAAAAAAGCATTCAGTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTC
C
Found at i:2104 original size:173 final size:170
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Indices: 1811--2150 Score: 416
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1801 CAAAAGTCCA
*
1811 TTTAAGTTCAATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACCATAATTGAATGTCTCCCTCAAGAA
1 TTTAAGTTCAATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACCATAACTGAATGTCTCCCTCAAGAA
*
1876 ATGAAAAAAAAAGCATTCAGTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
66 ATGAAAAAAAAAGCATTCAGTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
1941 TATTAGTTGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGAT
131 TATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCACAATTGAT
* * * * * ** *
1981 TTTAAGTTCAATTTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAACTGAATGTC-CACCTCATG
1 TTTAAGTTCAA-TGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACCATAACTGAATGTCTC-CCTCAAG
** * * * *
2045 AAACGTGAAGGAAAAAGGATTCATTG-CTAAGAAAAGT-TGATTTATACTTTCTTATTCCTTCAA
64 AAA--TGAAAAAAAAAGCATTCAGTGAC-AAGAAAAGTCT-ATTTATACTCTCTCATTCCTTCAA
* *
2108 AAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATT
125 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCACAATT
2151 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 21, Indels: 9
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 12 0.08
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173 85 0.59
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TTTAAGTTCAATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACCATAACTGAATGTCTCCCTCAAGAA
ATGAAAAAAAAAGCATTCAGTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCACAATTGAT
Found at i:2600 original size:172 final size:169
Alignment explanation
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2215 ATTGGTAAAA
* * ** ** *
2225 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCTTTTTTTCAAAAGCCTTATTGTTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * ** * * *
2290 TCTCATAATTGAGTTTAAGTTGATTTTTTTTGTATTTTTGGCTAAAACAGACAAAAATTGAACGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTG-CTTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * * *
2355 CTACCTCGAGGAACATGAAGAAAAATGCATTCATTAGCAAG
129 CTACTTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
* * *
2396 AAAAGTCCATTTCTAGTCAT-CCATTCCTTCAAAA-CCTTTATTACTCCCTTTAAGTGGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
2459 AATCTCAAAATTGGTTTTAAGTTCAATTTTTTTGCTCTTTTACTTAAACCAGATTATAGTTGAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTGCT-TTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAAT
2524 GTCTACTTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGATATTCATTGGCAAG
127 GTCTACTTCAAGAAACATGAAAAAAAAAG-TATTCATTGGCAAG
** * *
2568 AAAAGTCCATTTATAGTAGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
2633 CCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTGC-TTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * *
2698 TCTACATT-AAGAAACTTGAAAAAAAAGGTATTCATTGACAAG
128 TCTAC-TTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
* * * * * ** *
2740 AAAAGTCCTTTTATAGT-TACCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAAAAGTTTTATT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* ********* ** * *
2804 ATCTCAAAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTT-TAAGTTCAATTTTTTTGC-TTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * *
2869 GTCTACCTT-GAGACACATGAAGAGAAAAGCT-TTCATTGGCAAG
127 GTCTA-CTTCAAGAAACATGAAAAAAAAAG-TATTCATTGGCAAG
* * * * *
2912 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCATTGAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATCA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
2977 TCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAACTAAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTGC--TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * *
3042 GTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAAGCT-TTCATTGCCAAG
127 GTCTACTTCAAGAAACATGAAAAAAAAAG-TATTCATTGGCAAG
* * ********** *
3085 AAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAANNNNNNNNNNACTCGTTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
3150 TCTTATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTGAAATTTTTTATTACAACAGACTATAATTAAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTG---CTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
3215 TCTACTTCTAGAAACAT-AAAGAAAAAAGCATCCACTGGCAAG
128 TCTACTTCAAGAAACATGAAA-AAAAAAGTATTCATTGGCAAG
* * * * * *******
3257 AAAAGTCCACTTATAGTCTCTCATTTCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTNNNNNNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*** * * * * * *
3322 NNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTAAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TT-TTTTTG-CTTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* ** * *
3387 GTCTACGTCAAGAAATTTGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAG
127 GTCTACTTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
* * * **
3430 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAGAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATATTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
3495 CCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTGCATTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTGC-TTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * ** * * **
3560 TTA-TGTCAAGAAACTTGAAGTAAAAGGCATTCATTGATAAG
129 CTACT-TCAAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
********** *
3601 AAAAGTCCATTTATAGTCTCNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * **
3666 CCTTGA-AATTGATTTTAAGTTCAAGTGTTTTTACATTTTTGGTTGAAACTGGTTATAATTGAAT
66 TC-TCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTGC-TTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * ** ** * * *
3730 GTTTACCTCAAGAAACTTGAAGCAAATGGCATTTATTGGTAAG
127 GTCTACTTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
* * * * * * *** * *
3773 AAAAATCCTTTTATAGTCACCAATTCCTTCAAACGCCTTATTGCTTATTTTAAATAGTTTTATAC
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
3838 TCTGAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTTAAATAGATTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTGC-TTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * *
3903 TCTGCATT-GAGTAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
128 TCTAC-TTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
* * * ********** * * * *
3945 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTNNNNNNNNNNCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
4010 TCTCAAAATTGATTTTATGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-AATGATAACTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTGC-TTTTTA-TTAAAACAGACT-ATAATTGAAT
* * * *
4074 GTTTACTT-AGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTCACTGGCAAG
127 GTCTACTTCA-AGAAACATGAAAAAAAAAGTA-TTCATTGGCAAG
* * * ******
4118 AGAAGTCCATTTATAGTCTCTCA-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTNNNNNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
**** ** * * * *
4182 NNNNATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAACTGAACG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTT-GCTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * **
4247 TCTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGTTAAG
128 TCTA-CTTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
* *********** * *
4289 AAAAGTTCATTTATAGTCTCTNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * ** *
4354 TCTCATAATTAATTTCAAGTTTAATTTTTATTTCATTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT-TTGC-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* ** * *
4419 CTACTTCGAG-AA-ATGGATGAAAAAAGCATTCATTAGCAAG
129 CTACTTCAAGAAACAT-GAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
*** * * ***
4459 AAAAGTTTTTTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTANNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
******* * * * *
4524 NNNNNNNATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTACAACTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTGC-TTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAAT
* ** * * ** * *
4589 GTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTTGTCGTCAAG
127 GTCTACTTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
* * * * *
4632 AAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCGTTCAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAAT-GATTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
** * **********
4696 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACAGACTANNNNNNNNNNT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTGC--TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * ** *
4761 CTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAAATATTCATTGATAAA
129 CTACTTCAAGAAACATGAA-AAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
* * *
4803 AAGAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTGCTAGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AA-AAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
********** * * * * *
4868 ATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTCTAAAACAGACAATAATTGAATT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTGC-TTTTTAT-TAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * *
4933 TTTACCTT-AAGGAACAT-AAAGGAAAATGCATTCATTGG-AATG
128 TCTA-CTTCAAGAAACATGAAA-AAAAAAGTATTCATTGGCAA-G
* * * * *
4975 AAAAGTCTA-TTATCGTCAT-TCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
********** * * *
5038 ATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTCAATTTTTTTGCTTTTTTGCTTAAAACAGATTATAGTTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTGC-TTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATG
** * * * *
5103 TCTACTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCCAG
128 TCTACTTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
* * * * *
5145 AAAACTCCATTTATTGTCGCCCATAT-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
5209 ATCT
65 ATCT
5213 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2181, Mismatches: 565, Indels: 142
0.76 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 258 0.12
171 421 0.19
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174 19 0.01
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TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTGCTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
ACTTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
Found at i:6203 original size:172 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 29.9 Consensus size: 171
5706 NNTAGTCACC
* * * ** * *
5716 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTGTCTCAAAATTGATTTTATGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* **********
5781 CAATTTCTTTTACT-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGNNNNNNNNNNGAAACATGAA
66 CAATTT-TTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * *
5845 GAAAAAAGCATTCATTG-CTAAAAAAAGTTAATTTATAGTGTCT
129 GAAAAAAGCATTCATTGAC-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
***********
5888 CATT-CTCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNGAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
5952 TCAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGATTGTCTACCTCGAGAAACAGGAAA
65 TCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* * *
6017 AAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAACTTCATTTATAGGCTCT
130 AAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
* * * * * * * *
6059 CATTTCTTTAAAAGCTTTATTGCTGGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
6124 GAATTGTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAATATGAAG
66 CAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* * * * *
6189 AAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCCCC
130 AAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
* * * *
6231 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTGATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
6296 CAAGTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-GTTGAGAAA-ATTAA-
66 CAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* * *
6358 AGAAAAAGACATTTATTGGCAAGGAAAA--TCTTTTAATAGTCT-T
130 A-AAAAAG-CATTCATTGACAA-GAAAAGTTCATTT-ATAGTCTCT
* ** * *
6401 CTATTCTTTCAAAAGCCTTATTAAACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAGGT
1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
** * * * * * *
6466 TTTATTTTTTCTACATTTTTAGTTCAAACAGACAATAATTGAATATCTACCTTAAG-AA-ATGAA
65 TCAATTTTTT-TATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-A
** * * *
6529 AGAAAAAAGCATTCATTGGTAGGAAAAG-TCTATTTATAGTCACC
128 AGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCTCT
** * * ** * * * * **
6573 CATTCCTTGGAAAGACTTATTACCCATTTTAAAAGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTTTGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * **
6638 CAA-TATTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACATGAAGA
66 CAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* ********** *
6702 AAAAAGTATNNNNNNNNNNGAAAAG-TCTATTTATAGTCTCC
131 AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCTCT
* * * * * * * * *
6743 CATTTCTTGAAAAGCCGTATTTCACACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * ** * *
6808 TAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTAAATGTCTATCTCAAGAAATATAAAG
66 CAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* * *
6873 AAAAAAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATCGT-TC-
130 AAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
* * * * * * * *
6913 CATATTTCTTCAAAAGCATTATCACTCGCTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTCATTTTATG
1 C--ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * *
6978 CTCAATTTTTTTTATAGTTTTGATTTAAACAGACTATAATTGATTGTGTAGCTTGTGAAACATAA
64 TTCAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA
* * * * *
7043 AGAAAAAGGTATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
128 AGAAAAAAGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
********** * * *
7087 CANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTACCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
7152 GAATTTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CGTACCTTGAGAACCATGAA
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7216 GAAAAAAGCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
129 GAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
* * **
7259 CATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGTTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * ********** * *
7324 -TATTTTTTTCAAATATTTT-GTTAAAATAGACTATAATNNNNNNNNNNCCTTGAGAAACGTCAA
66 CAATTTTTTT-ATAT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * * *
7387 GAAAAAAACATTCTTTGACAAAAAAAG-TCTATTTATAGTCACT
129 GAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCTCT
* **********
7430 CATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * ***
7495 CAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACCATAATTGAATTTCTACCCCAAG-AA-ATGGAA
66 CAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-GAA
* *
7558 GAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAG-TCTATTTATAATCTCC
129 GAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCTCT
* * * * *
7601 CATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTTGCTATAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * *
7666 AAATTTTTTTACATTTTCT-ATTAAAACAAACTATTATTGAATG-CTTGCATCGAAAAACATGAA
66 CAATTTTTTTATATTTT-TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGAA
* * * * * *
7729 AAAAAAATCATTCATTAAGAAGATAAG-TCATTTATAGTCAC-
129 GAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
* * ********* * *
7770 CTATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNT-ATCTCAAAATTGATTTTATG
1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * **
7834 TTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAACGTGTAACTCAAGAAACATG-A
64 TTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * *
7898 -AAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCTTT
129 GAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
********** * *
7940 CATTCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * **
8005 CAATTTTTTTTTCTTTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAATGTGAAG
66 CAATTTTTTTATATTT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
********** *
8070 AAAAACA-CATTNNNNNNNNNNAAAAG-TCTATTTATAGT-TAT
130 AAAAA-AGCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCTCT
* * * * * *
8111 CCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATTACCTTAAAATTGATTTTAAGT
1 -CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
8176 TGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTGTACCCTGATAAACATGAAG
65 TCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* *
8240 AAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
130 AAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
* * ** * * *
8282 CAGTCTTTCAAAAATCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
8347 TAATTTTTTTATTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATAAAGA
66 CAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * *
8412 AAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCTCC
131 AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCTCT
* * * *
8453 CATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTATATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* ** * ** * *
8518 CAATTTTTGTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAG
66 CAATTTTT-TTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-
* * *
8583 GAAAAAA-CATTCATTGTCAAGAAAAGTTAATTTATAGTCTCC
129 GAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
* * * *
8625 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTATGTAATCTCATAATTGATCTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ********** * * *
8690 CAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACTNNNNNNNNNNGTTTACCTCGAGAAACGTGAA-A
66 CAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * * ** * * *
8754 AGAATAGCATTAATAGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCTCT
131 A-AAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
** * * * **********
8796 CATTTTTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *** * *
8861 -AATTTTTTTTGTATTTTCAATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-
66 CAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
*
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130 AAAAAA-GCATTCATTGA-CAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTC-TCT
* * * * * *
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1 CATTCCT-TCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAA
** * * * * * *
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* * * * ** *
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********** * * *
9138 CATTCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAGGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
** ** * * * * *
9203 CAAGTTTTTTTATATTTTTAATTAAAATGGATTATAATTGAATGCCTACATCGAGAAACTTGAAG
66 CAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* * *
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130 AAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCA-TTTATAGTC-TCT
* * * * * * * *
9311 -ATTCCTTTC-AAAGCCCTATTGCCCACTTTAAATAGTTTTATTATC-CTAAAATTGATTTTATG
1 CATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAG
* * * **
9373 TTCAATTTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
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* *
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* * * *
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1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** * * ** * *
9548 TAATTGTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGGGTATAACTAAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAT
66 CAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
*
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**********
9655 CATTCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
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* * * * * *
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* ********** *
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* * *
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* * * *
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* * ** *
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* * * *
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66 CAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * ********** *
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129 GAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
* * * *
10166 CTATTCCTTCAATAGCCTTATTACTCACTTTACATGGTTTTATAATCTCAAAATT-AGTTTTAAG
1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAG
* * * * * **
10230 TTCAATTTTTTTACT-TTTTTGCTTAAAACAGAATATAGTTGAATGCCAAATTTGAGAAACATGA
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* * *
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128 AGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
* * * * *
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1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
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* ********** * * *
10466 GAAAAAGGCNNNNNNNNNNAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
129 GAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
* * * ** * * * *
10509 CATTTCTTCAAAAGCCTGATTAATCGCTTTAAACAGTTTTATTATCTCAAAATTAATTTTAAATT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* ** * * *
10574 TAA-TTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATCTGTACCTTGAGAAACGTGAAGA
66 CAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * *
10638 AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCGTTTATAGTTTC-
131 AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCT
* * * *
10678 CTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATAGATTTTAAGT
1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * ** *
10743 TCACTTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG
65 TCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
*
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130 AAAAAAG-CATTCATTGACAAG
10829 NNNNNNNNNN
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CAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
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Found at i:6728 original size:170 final size:161
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* * * * *
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* *** * * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* *
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6883 TCATTGACAA
Statistics
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TCTAACTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGTAT
Found at i:7793 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5930--10071 Score: 625
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5920 NNNNNNNNNG
* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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* ** * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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* **** * * * * ** *
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** * * *** * * *
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* * ** * * *
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* ** * *** * *
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** * **** * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * ********** * *
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* * * * *** * *
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* * * * * * * * *
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1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTCT-ATTAAAACAAACCATAATTGA
* * * * ** * * * **
6849 ATGTCTATCTCAAGAAATATAAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATCGTTC-
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** * * * * * *
6913 CATATTTCTTCAAAAGCATTATCACTCGCTTTAAAT-GATTTTAT
128 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAG-TTTTAC
* * * * * * * * * * * *
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1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACA-TTTTCTATTAAAACAAACCATAATTGA
* **** * * * * * *
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65 ATT-TCTA-C-CCCAAAAAATGGAAA-AAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAAT
********** * * * *
7083 CACCCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
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* * * * * *
7129 TACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATACATTTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTT-TACATTTTCTA-TTAAAACAAACCATAATTG
* ** ** * * ** * * *
7192 AA-TGCGTACCTTGAGAACCAT-GAAGAAAAAAGCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGT
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* * * * * * *
7255 CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGTTTTAAATTA-TTTTAT
126 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAA-TAGTTTTAC
* * * * * * **
7301 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-TATT-TTTTTCAAATATTT-TGTTAAAATAGACTATAATNN
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTT-ACAT-TTTCTATTAAAACAAACCATAATTG
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* * * ********** *
7427 ACTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTAT
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* * * * *
7472 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACCATAATTGAA
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* * * *
7537 TTTCTACCCCAAGAAATGGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCCC
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*
7602 ATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTTGCTATAAATAGTTTTAC
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* *
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* * * * * *
7707 TGCTTGC-A-TCGAAAAACAT-GAAAAAAAAATCATTCATTAAGAAGATAAGTC-ATTTATAGTC
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* * ** * **********
7768 ACCTATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNN
127 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTTTTAC
* * * * * * * *
7813 TATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATT-TTTTTATATTTT-TGGTTAAAACAGACTATAATTGA
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** * * * * * * * *
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** ********* * *
7938 TTCATTCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNT-TAAATGGTTTTAT
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* * * * * * * **
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* *** * * ********** * *
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* * * * * *
8109 ATCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTAT
127 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTTTTAC
* * * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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65 ATTTCTACCC-CA-AAAAATGGAAAAAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAATCA
* * * ** * * *
8280 CTCAGTCTTTCAAAAATCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
128 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTTTTAC
* * * * * * * * **
8324 AATCTCATAATTAATTTTATGTTTAATT-TTTTTA-TTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTCT-ATTAAAACAAACCATAATTGA
* * * * * *
8387 ATGTT-TACCTCGAGAAACAT--AAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
65 AT-TTCTACC-CCA-AAAAATGGAAA-AAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAAT
* * * * *
8449 CTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTATAT-GATTTTAT
126 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAG-TTTTAC
* * * * *
8495 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTGTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAACTGA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTT-TTACATTTTCTATTAAAACAAACCATAATTGA
* * * * * ** *
8559 ATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGGAAAAAA-CATTCATTGTCAAGAAAAGT-TAATTTATAGTC
65 ATTTCTACCCCAAAAAATGGAAA--AAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCT-ATTTATAATC
* * * * * * **
8622 TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTATGT
127 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTTTTAC
* * * * * ********
8667 AATCTCATAATTGATCTTAAGTTCAATT-TTTTCACATTTT-TGGTTAAAACAGACTNNNNNNNN
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTCT-ATTAAAACAAAC-CATAATTG
*** * * * * * * * ** * * **
8730 NNGTT-TACCTCGAGAAACGTGAAAAGAATAGCATT-AATAGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGCC
64 AATTTCTACCCCAAAAAATG-GAAAAAAAAAGCATTCATTA-ACAAGAAAAGTCTATTTATAATC
* * ** * ** * ****
8793 TCTCATTTTTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTNNNN
127 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTTTTAC
****** * ** * * *
8838 NNNNNNATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTGTATTTTCAATTAAAACAGACAATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTCTATTAAAACAAACCATAATTGAA
* * * * * * * *
8902 TGTCTACCTCGAGAAACAT-GAAAAAAAATGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
66 TTTCTACC-CCA-AAAAATGGAAAAAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAATCAC
* * ** * * *
8966 CCATT-ATCTCAAAA-CCATTATTGCTCACTTTAAGT-GATTTTAT
129 CCATTCCT-TCAAAAGCC-TTATTACTTGCTATAAATAG-TTTTAC
* * * ** *
9009 AATCTCAAAATT-AGTTTTAAGTTCAATT-TTTTTAC-TTTTTTACTTAAAACAAATTATAGTTG
1 AATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTCTA-TTAAAACAAACCATAATTG
* * **** * * * * * * * * *
9071 AATGTCTTCTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTTATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGT-A
64 AATTTCTACCCCAAAAAATG-GAAAAAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAATCA
********** * * *
9135 GCCCATTCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATGGTTTTAT
128 -CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTTTTAC
* * * * * *** **
9180 AACCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAAGTT-TTTTTATATTTT-TAATTAAAATGGATTATAATTG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTTTTACATTTTCT-ATTAAAACAAACCATAATTG
** * * * * * * * * * * *
9243 AATGCCTACATCGAGAAACTTGAAGAAAAAGGCATTTATTGACAAAAAAAGTC-ATTTTATAGTC
64 AATTTCTAC-CCCAAAAAATGGAAAAAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCTA-TTTATAATC
* * * * *** * *
9307 ATCTATTCCTTTC-AAAGCCCTATTGCCCACTTTAAATAGTTTTAT
127 ACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTTTTAC
* * * * * *
9352 TATC-CTAAAATTGATTTTATGTTCAATT-TTTTTAACATTTT-TAGTTAAAACATACTATAATT
1 AATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTT-ACATTTTCTA-TTAAAACAAACCATAATT
* * * ** * *
9414 GAATGTCTACCTCAAGAAACAT-GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
63 GAATTTCTACCCCAA-AAA-ATGGAAAAAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAAT
* * * * * *
9478 CTCCTCATTTCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATC
126 CACC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTTTTA-C
* * * * **** * *
9526 -ATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGGGTATAACTAAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTCTATTAAAACAAACCATAATTGAA
* * * ** * *
9590 TGTCTACCTCAAGAAATAT-GAATAAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCT
66 TTTCTACCCCAA-AAA-ATGGAAAAAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCT-ATTTATAATCA
* ********** * * *
9653 CTCATTCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATGGTTTTAT
128 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTTTTAC
* * * * * * * * *
9697 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAACT-TTTTCAAATTTTTTGTTAGAACAGACTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTCTATTAAAACAAACCATAATTGAA
* * * ** ********** * *
9761 TGTCTACCTCTAGAAACAT--AAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA-NNNNNNNNNNTTATAGTCT
66 TTTCTACC-CCA-AAAAATGGAAA-AAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAATCA
* * * *
9823 CCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATC
128 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTTTTA-C
* * * * * *
9868 -ATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAAGTT-TTTTCACATTTT-TGGTTAAAACAGACTATAATTG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTTTTACATTTTCT-ATTAAAACAAACCATAATTG
* * * * * * *** * *
9930 AATGTCTA-CCTAGAAAATCTTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAAAAAAGT-TCATTTATAGT
64 AATTTCTACCCCA-AAAA-ATGGAAAAAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCT-ATTTATAAT
* ** * * *
9993 CTA-CCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTAT
126 C-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTTTTAC
* *
10039 AATCTTATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTT
10072 TTATGTTTGG
Statistics
Matches: 3015, Mismatches: 805, Indels: 302
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 32 0.01
169 111 0.04
170 507 0.17
171 1056 0.35
172 1106 0.37
173 192 0.06
174 11 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTCTATTAAAACAAACCATAATTGAA
TTTCTACCCCAAAAAATGGAAAAAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCC
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTTTTAC
Found at i:11783 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11741--11783 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
11731 GAGAAATGTG
*
11741 AAGAAAAATACATTCATTGTC
1 AAGAAAAATACATTCATAGTC
* *
11762 AAGAAAAATCCATTTATAGTC
1 AAGAAAAATACATTCATAGTC
11783 A
1 A
11784 CCCATTCCTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.14, G:0.09, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAATACATTCATAGTC
Found at i:12842 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12260--13796 Score: 808
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 170
12250 NNNNNNNNNN
* * * *
12260 TTTATAGTCAC-CTATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCA-AA
1 TTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * ********** *
12323 TTTAATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGACNNNNNNNNNNTGTCTAACT
65 -TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTATAC--TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
* * * ** *
12388 CGAGAAACATGAAGAAAAAAATATTTATTGACAAGAAAAGTCCA
127 TGAGAAACGTTAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * *
12432 TTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAA-CCTTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTTA
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * **
12496 TTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTTATATTCTTTGG-TAAAACATACTATAATTGATTG-CTTGT
65 TTGATTTTAAGTTCA---ATTTTTTATACT-TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TAC
* * ********* * *
12559 CTTGGGAAACATGT-AG-AAAAAGNNNNNNNNNNAGAAGAAAAGTCTA
125 CTTGAGAAACGT-TAAGAAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * ** ** **********
12605 TTTATAGTCGCCCATTTCTTCAACAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAATTNNNNNNNNNNATAAT
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
12670 TGATTTTAAATTGAATTTATTTATACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TGACCTTG
66 TGATTTTAAGTTCAATTT-TTTATACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTG
* * * *
12734 AGAAACATTAAGAAAAAAGAATTTATTGACAAGAAAGGTCCA
129 AGAAACGTTAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * ** *
12776 TTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTGTTGCTCGCTTTAAATCATTTTATAATCTTATAAT
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * *
12841 TGATTTTAAGTTCAAGTTGTTTTAGA-TTTTGATTAATGCAGATTATAATTGACTGTCTACCTT-
66 TGATTTTAAGTTCAA-TT-TTTTATACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * ** **
12904 AGGAAACGTGATGAAAAAGGTATTCATTCCCAAGAAAAGTTTA
129 A-GAAACGTTAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * *
12947 TTTGTAGTCATCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TCCTCTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAA
1 TTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * *
13010 ATTGATGTTATGTTTATGTTTTTTATTACATTTTTGGTTAAAATAGCCTAAAACTGAATGTTTAC
64 ATTGATTTTAAGTTCA-ATTTTTTA-TAC--TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * **
13075 CTCGAGAAATGTGAA-AAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTTTA
125 CTTGAGAAACGTTAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * ********
13120 TTTATAGCCTCTTATTCCTTTAAAAGCC-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNN
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * * * * * * *
13184 NNATTTTAAGTTTAATTTTTTCAAATTTTTGGTTTAAATAGACTATAATTAAATGTCTATCTCGA
66 TGATTTTAAGTTCAATTTTTT-ATACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* *
13249 GAATCGTTAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAACTCCA
130 GAAACGTTAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* ********** * *
13290 TTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCATTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * * * *
13355 TGATTTTAAGTAGAATTTGTTT-TGCATTTTTCGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACATT
66 TGATTTTAAGTTCAATTT-TTTAT--ACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT
* *
13419 GAGAAAC-TTGAACAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
128 GAGAAACGTT-AAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * ** **
13462 TTTATAGTCTC-CATTTCTTCAACAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCAAATAAT
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * *
13526 TGATTTTAAGTTCAAGTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATGATCGAATGTTTACGTCG
66 TGATTTTAAGTTCAA-T-TTTTTATACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * *
13591 AGAAAC-TTGAAGAAAAAGGCATTTAGTGGA-AAGAAAAGTCTA
129 AGAAACGTT-AAGAAAAAAGCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * * ** * * *
13633 TTAACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTCAAATTATTTTATTATCTCAAAAA
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * * *
13698 TGATTTTATGTTCAACTTTTTTTTCCACTTTTACTTAAAATAAACTATAATTTAATGTCTACCTT
66 TGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTAT--ACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * *
13763 GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
128 GAGAAACGTTAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAG
13797 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1022, Mismatches: 296, Indels: 93
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 39 0.04
170 65 0.06
171 403 0.39
172 268 0.26
173 198 0.19
174 40 0.04
175 9 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTCAATTTTTTATACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
AAACGTTAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
Found at i:13606 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 12665--13796 Score: 861
Period size: 343 Copynumber: 3.3 Consensus size: 339
12655 NNNNNNNNNN
* * *
12665 ATAATTGATTTTAAATTGAATTTATTTAT-ACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTGA
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTT-A
* * *
12729 CCTTGAGAAACATT-AAGAAAAAAGAATTTATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCTCTCATTT
64 CCTTGAGAAAC-TTGAA-AAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTT
* ** **
12793 CTTCAAAAGCCTTGTTGCTCGCTTTAAATCATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAAGT
127 CTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCAAATAATTGATTTTAAGTTCAAGT
* * ** * * * *
12858 TGTTTTAGA-TTTTGATTAATGCAGATTATAATTGACTGTCTAC-CTTAGGAAACGTGATGAAAA
192 T-TTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTC-GA-GAAACTTGAAGAAAA
* * * ** * *
12921 AGGTATTCATTCCCAAGAAAAGTTTATTTGTAGTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATCCTC
254 AGGCATTCATTCACAAGAAAACTCCATTTATAGTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATCATC
*
12986 TTTAAATGGTTTTATTATCTC
319 TTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * * * *
13007 AAAATTGATGTTATGTTTATGTTTTTTATTACATTTTTGGTTAAAATAGCCTAA-AACTGAATGT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTATT-TT-CATTTTTGGTTAAAACAGAC-AATAATTGAATG-
* * ** * *
13071 TTACCTCGAGAAA-TGTGAAAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTTTATTTATAGCCTCTTAT
61 TTACCTTGAGAAACT-TGAAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT
* * * * ********** *
13135 TCCTTTAAAAGCC-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTTAA
125 TTCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCAAATAATTGATTTTAAGTTCAA
* * * * *
13199 -TTTTTTCAAATTTTTGGTTTAAATAGACTATAATTAAATGTCTATCTCGAGAATCGTT-AAGAA
190 GTTTTTT-AAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTCGAGAAAC-TTGAAGAA
* * * *********
13262 AAAAGCATTCATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTC-TCTCATTTCTTCAAAAGNNNNNNNNNN
252 AAAGGCATTCATTCACAAGAAAACTCCATTTATAGTCATCT-ATTCCTTCAAAAG-CCTTATTAT
*
13326 CAT-TTTAAATTGTTTTATAATCTC
315 CATCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
13350 ATAATTGATTTTAAGTAGAATTTGTTTTGCATTTTTCGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTA
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGT-TA
* *
13415 CATTGAGAAACTTGAACAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CATTTC
64 CCTTGAGAAACTTGAA-AAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTTC
* *
13479 TTCAACAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCAAATAATTGATTTTAAGTTCAAGTG
128 TTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCAAATAATTGATTTTAAGTTCAAGT-
* * * *
13544 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATGATCGAATGTTTACGTCGAGAAACTTGAAGAAAAAG
192 TTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TCGAGAAACTTGAAGAAAAAG
* ** * * * * * * *
13609 GCATTTAGTGGA-AAGAAAAGTCTATTAACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCA-C
256 GCATTCA-TTCACAAGAAAACTCCATTTATAGTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TCATC
* ** *
13672 TTCAAATTATTTTATTATCTC
319 TTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * ** * * * *
13693 AAAAATGATTTTATGTTCAACTTTTTTTTCCACTTTTACTTAAAATAAACTATAATTTAATGTCT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTATTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGT-T
* * *
13758 ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
63 ACCTTGAGAAACTTGAA-AAAAAAGCATTCATTGACAAG
13797 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 602, Mismatches: 159, Indels: 56
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.00
341 56 0.09
342 104 0.17
343 265 0.44
344 134 0.22
345 37 0.06
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTCATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTACC
TTGAGAAACTTGAAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTC
AAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCAAATAATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTT
TAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGGCATT
CATTCACAAGAAAACTCCATTTATAGTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATCATCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTC
Found at i:14359 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14182--14636 Score: 381
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
14172 NNAATCTAAT
* **
14182 AATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGACTATGATTGAATG-CTTGC
1 AATTGATTTTAAGATTAATTTTTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGACTATGATTGAATGTC-TAA
* *
14245 CTTGAAAAACGTGTA-AAAAAAGCTATTAATTAAGAAAAAAAGTCCGTTTATA-GTCACCTATTC
65 CTTGAAAAACGTGAAGAAAAAAGC-ATTAATTAAGAAAAAAAGTCCATTTATAGGTCA-C-ATTC
* * * * * *
14308 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCAA
127 CTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCAA
* * * **********
14353 AATTGATTTTATGATCAA-TTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGANNNNNNNNNNATGTCTAA
1 AATTGATTTTAAGATTAATTTTTTTTACT-TTTTTGATTAAAACAGACTATGATTGAATGTCTAA
* * * * *
14416 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAAGTCCATTTATAGTGTCACATTCCT
65 CTTGAAAAACGTGAAGAAAAAAGCATTAATTAAGAAAAAAAGTCCATTTATAG-GTCACATTCCT
*
14481 TTAAAAGCCTAATTTCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCAA
129 TTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCAA
* * * * * * * *
14524 AATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTT-C-TTTTTCAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTAC
1 AATTGATTTTAAGATTAATTTTTTTTACTTTTTTGA-TTAAAACAGACTATGATTGAATGTCTAA
* * * *
14587 CTT-AAGAAACGTGAAGAAAAACA-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
65 CTTGAA-AAACGTGAAGAAAAA-AGCATTAATTAAGAAAAAAAGTCCATTTA
14637 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 52, Indels: 22
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.03
171 189 0.86
172 21 0.10
173 4 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATTGATTTTAAGATTAATTTTTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGACTATGATTGAATGTCTAAC
TTGAAAAACGTGAAGAAAAAAGCATTAATTAAGAAAAAAAGTCCATTTATAGGTCACATTCCTTT
AAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCAA
Found at i:16351 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15564--16404 Score: 671
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
15554 TTTTTTTTGC
* * * * **
15564 TAAAACAGACTATAACTGAATATGTACCTCAAGAAA-TATG-A-AAAAAAGTATTCATTACCAAG
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACT-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* * ***********
15626 -AAAGTTCATTTATAGTCTCACATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAA
65 AAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
15690 TCTCATAATTTATTTAAAGTTCAATTTTTTCAAATTTTT-TAT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTCATATTTTTAT-T
* *
15732 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACCTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * **********
15797 AAAG-TCAATTTATCA-TCTCCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATA
66 AAAGTTC-ATTTAT-AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
15860 ATCTCATAATTAATTTGAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTAGT
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTCATATTTTTATT
* * * * * * * * *
15904 TAAAACAGACTATAACTGAATGTGTACTTTAAGAAA-TGGATGAAAAAACCATTCATAGGCAGGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * *
15968 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATT-GTCCAATTTAAATTGTTTTATTA
66 AAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * **
16032 TCTCAAAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGCT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTCATATTTTTATT
* * * * * * *
16075 TAAAGCAGACTACAATTGAATGTCTATCACAAGAAACGTGAAG-AAAGAGCATTCATT-ACTAAG
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC-AAG
* * **********
16138 GAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCNNNNNNNNNNCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
65 AAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-A
16203 AT-TCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTCATATTTTTATT
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTCATATTTTTATT
* * * * *
16245 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAATCTTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * *
16310 AAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAAT
66 AAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
16375 CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT
131 CTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTT
16405 ACATNNNNNN
Statistics
Matches: 531, Mismatches: 123, Indels: 34
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 34 0.06
169 1 0.00
170 75 0.14
171 363 0.68
172 58 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
AAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTCATATTTTTATT
Found at i:17920 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16520--21595 Score: 2448
Period size: 171 Copynumber: 29.7 Consensus size: 170
16510 NNNNNNNNNN
* * * * *
16520 CATGAAGAAACATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTC-CTCTATTCCCTCAATAGC
1 CATGAAGAAA-AAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTCAAAAGC
** * * * * ** *
16583 CTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAGTCTCAAAATT-AGTTTTAAGTTCAATTTTTTCACTT
64 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTTCAT
* * * * ** *
16647 TTTTGCTTAAAATAGAATATAGTTGAATGTCAACTTTGAGAAA
128 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * * *
16690 CATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCTAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCC
1 CATGAAGAAAAA-GAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
*********** * *
16755 TTATTGNNNNNNNNNNATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-ACT
65 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCA-T
* * **
16819 TTTT-GTTAAAAAAGACTATAATTGAATATTTACCTCAAGAAA
128 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * ** * * * * *
16861 CGTGAA-AAAAAGGCATTCATTTTCAAAAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCATTTCTTCAAAACCC
1 CATGAAGAAAAA-GAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* ** * * * * * * * *
16925 TGATTACTCACTTTAAAT-ATTTTATTATCTCAAAATTAATTTTAAATTCAATCTTTTTACATTT
65 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTT
* * * *
16989 TTAGTTAAAAGATACTATAATTAAAT-TTGTACCTTGAGAAA
130 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTT-TACCTTGAGAAA
* * * * * * *
17030 CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCGTTTATAGTCTCCTATTCTTTCAAAAGCC
1 CATGAAGAAAAA-GAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * * ***
17095 TCATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTCAAATTT
65 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTT
* * **
17160 TTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAA
130 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * * * * * *
17201 CGTGAAGAAAAACACATTCATTAGTAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTCAAAAGCC
1 CATGAAGAAAAAGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
17266 TTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCCTTT
65 TTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATT
* * * * *
17330 TTTGGTTTATATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
129 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * ** * * * *
17372 CGTGAAGAAAAAGATATTCACTACCAA-AAAAGTTCATTTATAGTAACACATTCCTTCGAAAGCC
1 CATGAAGAAAAAGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * ********** *
17436 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATT
65 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT-CATT
* * ** **
17501 TTTAGTTAAAATAGACCGTAATTGAATGTTTA-CTACAGAAA
129 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * * ** * * * *
17542 AAAGAAAGAAAATAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCATTACTTCAAAAGC
1 CATG-AAGAAAA-AGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * ********** * * * *
17607 TTTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTCTAAGTTAAAATTTTTTACATT
64 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATT
* * * * *
17672 TTCT-ATTAAAACAGACTATGATCGAATGCTTACATTG-GAAAA
129 TT-TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAG-AAA
* * * * ********
17714 CATGTAGAAAAA-ATCATTCATTAAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCNNNNNNNN
1 CATGAAGAAAAAGA--ATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
** * * * * * * *
17777 NNTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATGTAAAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTCA
63 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA
*
17842 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAACTTGAGAAA
127 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * * * **
17886 CATGAAGGAAAAAGAATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGNN
1 CATGAA-GAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
********** * * * *
17951 NNNNNNNNCACTTTAAATGGTTTTAT-ATCCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTTCTT
65 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTTCAT
* * *
18015 TTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
128 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * *
18058 CGTGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATGTCACCCATTCCTTC-AAAG
1 CATGAAGAAAAAGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-A-GTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * *
18122 CCTTATTAACTTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
63 CCTTATT-ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA
* * * * * *
18187 TTTTTAGTTAAAACGGACTATAGTTGAATGTCTAACTCGAGAAA
127 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* *
18231 CATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAA-AAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACC
1 CATGAAG-AAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* *
18295 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACAT
64 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT-CAT
* * * * ** *
18360 TCTTT-GTTAAAACATACTATAATTGATTGCTTGCCTCCAAAAA
128 T-TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * * * *
18403 CATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAAGT
1 CATGAAGAAAAAG-AATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * *
18467 CTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTATTTAT-AC
64 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTTCAT
* *
18531 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTGACCTTGAGAAA
128 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * * * ** * * * *
18574 CGTTAAGAAAAGAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCCCATTTCTTCGAAAGCT
1 CATGAAGAAAA-AGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* ** ** * * * *
18639 TTATTGCTCACTTTAAATCATTTTATAATCTTATAATTTATTTTAAATTCAAGTTTTTTTTACAT
65 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTT-CAT
* * * * **
18704 TTTTGATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
128 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* ** ** * * * *
18747 CATGATGAAAAAGGTGTTCATTCCCAAGAAAATTCTATTTGTAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCC
1 CATGAAGAAAAA-GAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
18812 TTATTACCCTT--TTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATCTTATGTTCAATTTTTTTTTTA
65 TTATTA--CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTT-
* * * * *
18875 CATTTTTGGTTAAAACAGCCTAGAACTGAATGTCTACCTTAAGAAA
125 CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * * * * * * ***** *
18921 CGTAAAAAAAGAAAGTATTCATTGCCAAGAAAAGTTCATTTACAGTTTTTTATTCCTTTAAAAGC
1 CAT-GAAGAA-AAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * ********* * * ***
18986 TTTATTACTCG-TTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAACTTTTTAAAAT
64 CTTATTACTTGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCAT
* * * * * *
19050 TTTTGGGTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTATCTCGAGAAA
128 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * * * * * * *
19093 CGTTAAGAAAAAAGCATTGATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCC
1 CATGAAG-AAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* ************ *
19158 TTATTGC-T-CATTTNNNNNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTAT-A
65 TTATTACTTGC-TTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCA
* *
19220 TTTTTGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACGTTGAGAAA
127 TTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * ********** * * *
19264 CTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCNNNNNNNNNNCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAGTC
1 CATGAAG-AAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * ** * * *
19329 TTATTGCTTGCTTTAACTAGTTTTATAATCAAATAATTGATTTTAAGTTCAAGTGTTTTTACATT
65 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTCATT
* * * * *
19394 TTTGATTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTACGTTGAGAAA
129 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * * * * * * *
19436 CTTGAAGAAAAAGGCATTCAATGGAAAGAAAAGTCTATTAACAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCC
1 CATGAAGAAAAA-GAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
*** * * * * * * *
19501 TTATTACCCACTTTAAATGATTTTATTAGCTCAAAAATGATTTTATGTTCAACTTTTTTTTCCAT
65 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTT-CAT
** * * * * *
19566 TTTTACTTAAAATAAACTATAATTTAATGTCTACCATGAGAAA
128 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * * * **********
19609 CATGAAGAAAAAGGCATTCCTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCNNNNNNNNNNTCAAAAGCC
1 CATGAAGAAAAA-GAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * * *
19674 TTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATCTTAAATTTAATTTTTTTTATATT
65 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT-CATT
** * * * *
19739 TTTTATTAAAATAGACTATGATTGAATGCTTGCCTT-AGGAAA
129 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAA
* * * ** * *
19781 C-TTATCGAAAAAGCCATTCGCTGAG-AAGAAAAGTCTATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAG
1 CATGA-AGAAAAAG-AATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* *** * ** * *
19844 CCTTGTTACCCAC-TTAATTAATTTTAT-GT-T--TAATT--TTTTTA--T--ATTTTTTATT-A
63 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TTCA
*** * * * * * *
19897 AAATAGATTATAATTCA-A-TGT--CT-ACA--TTGA----G--AAA
127 TTTTTGGTTA-AA-ACAGACTATAATTGA-ATGTTTACCTTGAGAAA
* * * * *** *
19931 CATGAATAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTTGTCCATTCCTTCAAAAGTC
1 CATGAA-GAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* ** * * * * *
19996 ATATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTTTT
65 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTT
** * * * * *
20061 TTTATTAAAACAGACTATGATTGAATGCTTGCCTCGAAAAA
130 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * * * * *
20102 TAT-ATCA-AAAAAGCTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAA
1 CATGA--AGAAAAAG-AATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
** ********** * * * *
20164 GCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTACA
62 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA
* * ** *
20229 TTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTAACTTGAGAAA
127 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * * ** *
20273 CGTGAAGATAAAA-ACATTCATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTGTCACATTCCTTCAAAAGC
1 CATGAAGA-AAAAGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * ********** *
20337 CTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTC-T
64 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTCAT
* * * * * *
20401 TTTTCAGTTAAAAAATATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAA
128 TTTT-GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
** * ********** *
20445 TGTGAAGAAAAACACATTNNNNNNNNNNAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCC
1 CATGAAGAAAAAGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
20510 TTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTG
65 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTT
* * * **
20575 TTGGTTAAAACAGGCTATAATTAAATGTGTA-CTACAAGAAA
130 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT-TGAGAAA
* * ********
20616 CATGATGAAAAAGATATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTNNNNNNN
1 CATGAAGAAAAAGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
*** *** * * * *
20681 NNNTTACCCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTTAATTATTTTTAT-AT
65 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT-TCAT
** * * *
20745 TTTTACTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGATAAA
128 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * * * * *
20788 CATGAA-AAAAA-AACGTTCATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGTC-TCC-TTACTTTGAGAAG
1 CATGAAGAAAAAGAA--TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CCTTCAAAAG
** * * ********** *
20849 CCCGATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTAC
63 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTT-C
* * * **
20914 ATTTTGGGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
126 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * * * ** * ***********
20959 CGT-AAGAAAAAAAGTATTTATCGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTNNNNNNNNNNAAAGC
1 CATGAAG--AAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
** * ** * * * * *
21023 CTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATGCTCTGAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTGTACTT
64 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TTCAT
** * * * * * * * **
21088 TTTTTATGAAAATAGATTATAA-TAAACGTCTACATCAAGAAA
128 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * * * *
21130 AATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCC-TCAAAAGCC
1 CATGAAGAAAAA-GAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * ********** *
21194 TTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATAGATTTTAAGNNNNNNNNNNTTACATTT
65 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTT
* *
21259 GTGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
130 TTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
* * ** * * * * * * *
21300 CGTAAAGAAAAATTCATTCAGTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTTATCCATTCATTCCAAAGCC
1 CATGAAGAAAAA-GAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * **********
21365 TTACTACTTTCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTNNNNNNNNNNT
65 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTT
* * *
21430 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAA
130 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
** * * *** * * *** *
21471 TGTGAGGAAAAAAGCATTCATCAACAAGAAAATTCTATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCT
1 CATGAAG-AAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
21536 TTATTAC-TGACTTTAAATGGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTT
65 TTATTACTTG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
21596 AACTTTTNNN
Statistics
Matches: 3688, Mismatches: 1070, Indels: 295
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
149 1 0.00
150 51 0.01
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153 1 0.00
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157 6 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CATGAAGAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTT
TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
Found at i:18655 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 16533--21602 Score: 2434
Period size: 343 Copynumber: 14.8 Consensus size: 341
16523 GAAGAAACAT
* * * * *
16533 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTC-CTCTATTCCCTCAATAGCCTTATTACTCACT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * * * * *
16596 CTAAATGGTTTTATAGTCTCAAAATT-AGTTTTAAGTTCAATTTTTTCACTTTTTTGCTTAAAAT
65 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * *
16660 AGAATATAGTTGAATGTCAACTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCTAGAAAAGT
129 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAG-AAAAAAAGT
* * *********** * *
16724 TCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGNNNNNNNNNNATGGTTTTATAATTTCAT
193 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * *
16789 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATACTTTTTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATATTTACCT
258 AATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTATACTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT
* *
16854 CAAGAAACGTGAAAAAAAG-
322 CGAGAAACGTGAAGAAAAGA
** * * * * *
16873 GCATTCATTTTCAAAAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCATTTCTTCAAAACCCTGATTACTCACTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * * * *
16938 TAAAT-ATTTTATTATCTCAAAATTAATTTTAAATTCAATCTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAT
66 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * * *
17002 ACTATAATTAAATTTGTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTTC
131 ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAG-AAAAAAAGTCC
* * * * * *
17066 GTTTATAGTCTCCTATTCTTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAA
195 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
* * * * *
17131 TTGATTTTAAGTTCAATGTTTTCAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTCA
260 TTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTATACTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCG
17196 AGAAACGTGAAGAAAA-A
324 AGAAACGTGAAGAAAAGA
* * * * * *
17213 CACATTCATT-AGTAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTATTCGC
1 -GCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * * * *
17277 TTTAAATGGTTTTATTATCTCATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCCTTTTTTGGTTTATAT
64 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * ** *
17342 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCACT-ACCAAAAAAGTT
129 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAGTC
* * * * ******
17406 CATTTATAGTAACACATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAATNNNNNN
194 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
**** * * * **
17471 NNNNATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACCGTAATTGAATGTTTA-CT
259 ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTATAC--TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT
* * * *
17535 ACAGAAAAAAG-AAAGAAAATA
322 -C-GAGAAACGTGAAGAAAAGA
* * * * * * * **
17556 GCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCATTACTTCAAAAGCTTTATTAATTGCTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
********** * * * *
17621 TAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTCTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTCT-ATTAAAACA
66 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAACA
* * * * * *
17685 GACTATGATCGAATG-CTTACATTGGAAAACATGTAGAAAAA-ATCATTCATTAAGAAAAAAAGT
130 GACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGAGAAAAAAAGT
* ********** * *
17748 CCATTTATAGTCGCCCATTCCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTATAATGTAA
193 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCT-C
* * * * * *
17812 AAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAA
256 ATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAT-ACTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAC
* *
17877 CTTGAGAAACATGAAGGAAAA-A
320 CTCGAGAAACGTGAA-GAAAAGA
* * * * * * * **********
17899 GAATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCACTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
17964 TAAATGGTTTTAT-ATCCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTT-CTTTTTTGGTTAAAA
66 TAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAATT-AAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
18027 CAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTG-GCAAGAAAAG
128 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAG-AAAAAAAG
* **
18091 TCTATTTATAATGTCACCCATTCCTTC-AAAGCCTTATTAACTTTCTTTAAAT-AGTTTTATAAT
192 TCCATTTAT-A-GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAAT
* * *
18154 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACGGACTATAGTTGAATGT
253 CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTATAC--TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * *
18218 CTAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAA
316 TTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAGA
* * * * **
18244 GTATTCATTGGCAA-AAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTTGCT
1 GCATTCATTGACAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * **
18308 TTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTCTTT-GTTAAAA
65 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAA
* * * ** * *
18372 CATACTATAATTGATTG-CTTGCCTCCAAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAG
128 CAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAG
* * *
18436 TCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
192 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * * * *
18501 TAACTGATTTTAAGTTGAATTTATTTATACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTGACC
257 TAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTATACTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACC
* *
18566 TTGAGAAACGTTAAGAAAAGA
321 TCGAGAAACGTGAAGAAAAGA
** * * * *
18587 GCATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCCCATTTCTTCGAAAGCTTTATTGCTCACTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
** * * * * *
18652 TAAATCATTTTATAATCTTATAATTTATTTTAAATTCAAGTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAGC
66 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * *** *** * *
18717 AGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGATGAAAAAGGTGTTCATTCCCAAGAAAATT
129 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAGT
* * * * ** * * *
18781 CTATTTGTAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCTTTTTAAATGGTTTTATTATCTCAA
193 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * * * * * *
18846 AATTGATCTTATGTTCAATTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGCCTAGAACTGAATGTCTA
258 AATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTATAC--TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTA
** *
18911 CCTTAAGAAACGT-AAAAAAAGAAA
319 CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAG--A
* * * * ***** * * * *
18935 GTATTCATTGCCAAGAAAAGTTCATTTACAGTTTTTTATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTC-GTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
********* * * * * * * *
18999 TNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAACTTTTTAAAATTTTTGGGTAAAATA
66 T-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * * * * *
19064 GACTATAATTAAATGTCTATCTCGAGAAACGTTAAGAAAAA-AGCATTGATTG-GCAAGAAAACT
130 GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGAG-AAAAAAAGT
* * * * * ************
19127 CCATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTGCTC-ATTTNNNNNNNNNNNNNAATCTCA
193 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGATTTTATAATCTCA
* * * * *
19191 TAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTAC
257 TAATTGATTTTAAGTTCA-ATTTTTTATACTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTTTAC
* * * *
19255 GTTGAGAAACTTGAAGAAAAAA
320 CTCGAGAAACGTGAAGAAAAGA
* ********** * * * **
19277 GCATTCATTGGCNNNNNNNNNNCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAGTCTTATTGCTTGCTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * ** * * * *
19342 TAACTAGTTTTATAATCAAATAATTGATTTTAAGTTCAAGTGTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
66 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * * *
19407 GATTATAATCGAATGTCTACGTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCAATG-GAAAGAAAAGTC
130 GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAA-AAAAGTC
* * * * * * * * *
19471 TATTAACAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATTAGCTCAAA
194 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * *
19536 AATGATTTTATGTTCAACTTTTTTTTCCATTTTTACTTAAAATAAACTATAATTTAATGTCTACC
259 ATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTAT--ACTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACC
*
19601 AT-GAGAAACATGAAGAAAA-A
321 -TCGAGAAACGTGAAGAAAAGA
* ** * **********
19621 GGCATTCCTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCNNNNNNNNNNTCAAAAGCCTTATTACT-AGC
1 -GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-C
* * * * * **
19685 TTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATCTTAAATTTAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
64 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA-TTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * ** *
19750 TAGACTATGATTGAATG-CTTGCCTT-AGGAAAC-TTATCGAAAAAGCCATTCGCTGAGAAGAAA
128 CAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGA-AAAACATGA-AGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAA
* * * * *
19812 AGTCTATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACCCAC-TT--A--A---T-TAAT-T
190 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT
* * * * * *
19867 --TTA-TG--TTTAA--T---TTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTCAATGTCTA
255 CATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTATA-CTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTA
* * * * *
19921 CATTGAGAAACATGAATAAAAAA
319 CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAGA
* ** * *** * * *
19944 GTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTTGTCCATTCCTTCAAAAGTCATATTACTCACTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * **
20009 TAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTTTTTTTATTAAAACAG
66 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * *
20074 ACTATGATTGAATG-CTTGCCTCGAAAAATAT-ATCA-AAAAAG-CTATTCATTAAGAAGAAAAG
131 ACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAAAAACATGA--AGAAAAAGAC-ATTCATTGAGAAAAAAAG
* * * * **********
20135 TCCGTTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCA
192 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * * ** *
20200 AAATTGATTTTATGTTCAATTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTAA
257 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTATAC--TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAC
*
20264 CTTGAGAAACGTGAAGATAAA-A
320 CTCGAGAAACGTGAAGA-AAAGA
* ** * ** * * * *
20286 ACATTCATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTGTCACATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* ********** * * * * *
20351 TAAATAGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTC-TTTTTCAGTTAAAAA
66 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-ATTAAATTTTTTTACATTTTT-GGTTAAAAC
* * * * ** * **********
20415 ATATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAACACATTNNNNNNNNNNAAAAGTC
129 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAGTC
* ** * *
20480 CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
194 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* * * * * *
20545 AATGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TACATTGTTGGTTAAAACAGGCTATAATTAAATGTGTA-CT
259 ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTATAC-TT-TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT
* * *
20608 ACAAGAAACATGATGAAAA-A
322 -CGAGAAACGTGAAGAAAAGA
* * * *********** *
20628 GATATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTNNNNNNNNNNTTACCCACT
1 G-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * ** * * **
20693 TTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTTAATTATTTTTATATTTTTACTTAAAAC
65 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * *
20758 AGACTATAATTGAATGTCTACATTGATAAACATGAA-AAAAAAACGTTCATTG-GTAATAAAAGT
129 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAG-AAAAAAAGT
* * * * ** ***
20821 CCATTTATAGTC-TCC-TTACTTTGAGAAGCCCGATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATNNN
193 CCATTTATAGTCACCCATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTC
******* * * * *
20883 NNNNNNNATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTCT
256 ATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTATAC-TTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTT
* *
20948 ACCTCAAGAAACGT-AAGAAAAAAA
318 ACCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAGA
* * * * * ***********
20972 GTATTTATCGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCACTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* ** * * * * * ** * *
21037 TAAATGATTTTATGCTCTGAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTGTACTTTTTTTATGAAAATA
66 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * * *
21102 GATTATAA-TAAACGTCTA-CATCAAGAAAAATGAAGAAAAATG-CATTCATTG-GCAAGAAAAG
130 GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGAG-AAAAAAAG
* * * * * *
21163 TCTATTTATAGTCTCTCATTCC-TCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
192 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* ********** * *
21227 TAATAGATTTTAAGNNNNNNNNNNT-TACATTTGTGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTA
257 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTATAC-TTT-TAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTTTA
* *
21290 CCTTGAGAAACGTAAAGAAAA-A
319 CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAGA
* * ** * * * * * **
21312 TTCATTCAGTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTTATCCA-TTCATTCCAAAGCCTTACTACTTTC
1 -GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * **********
21376 TTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTNNNNNNNNNNTTTGGTTAAAAC
64 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* ** * ** * * *
21441 AGACTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAGAAATGTGAGGAAAAA-AGCATTCATCAACAAGAAAAT
129 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGAGAAAAAAAG
* *** * * *
21504 TCTATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACT-GACTTTAAATGGTTTTATACTCTC
192 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * *
21568 AAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTAACTTTT
256 ATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAT-ACTTTT
21603 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
320 1 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTCAATTTTTTATACTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAG
AAACGTGAAGAAAAGA
Found at i:22077 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 21900--22227 Score: 311
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
21890 ACATTTCTGA
* * * **
21900 TTAAAACATACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT-AAAAAAAAATACATTCAAT-GGCA
1 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAA-ACATTC-ATCAACA
* * **
21963 AGAAAAGTCCATTTGCAGTTATCT-ATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTTTCTTTAAATGGTTTTA
64 AGAAAAGTCCATTTACAGTT-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTGACTTTAAATGGTTTTA
* *
22027 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAANNNNNNNNNNTTTTTGG
128 TAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAA----------TTTTTGG
* * ** *
22071 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAAAGCATTCATCAACAAG
1 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAAACATTCATCAACAAG
* * * * *
22136 AAAATTCCATTTATAGTTTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGACTTTAAATGGTTTTATAC
66 AAAAGTCCATTTACAGTTTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTGACTTTAAATGGTTTTATAA
* *
22201 TTTAAAAATTGATTTTAAGTTTAATTT
131 TCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT
22228 GTTTTAACTT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 23, Indels: 16
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.02
170 4 0.03
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAAACATTCATCAACAAG
AAAAGTCCATTTACAGTTTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTGACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGG
Found at i:22803 original size:152 final size:152
Alignment explanation
Indices: 22479--22829 Score: 470
Period size: 152 Copynumber: 2.3 Consensus size: 152
22469 ATTTGCTAAG
*
22479 AAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTAATTGATTTTAT
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTAATTGATTTTAT
* * *
22544 GTTGAATTTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACAT
66 GTTCAATTTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTAAGAAACAT
* * *
22609 GAATACAAAAGCATTCATTAGT
131 GAATAAAAAAACAATCATTAGT
********** * *
22631 AAGAAANNNNNNNNNNTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACCCAC-TAATTGATTTTAT
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTAATTGATTTTAT
* *
22695 GTTCAATTTTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACTGATTATAATTCAATGTCTATCTTAAGAAACA
66 GTTCAA-TTTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTAAGAAACA
*
22760 TGAATAAAAAAACAATCATTGGT
130 TGAATAAAAAAACAATCATTAGT
* *
22783 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCATATTAC
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
22830 TCGTTATAAA
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 35, Indels: 2
0.81 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
151 18 0.11
152 145 0.89
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (152 bp):
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTAATTGATTTTAT
GTTCAATTTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTAAGAAACAT
GAATAAAAAAACAATCATTAGT
Found at i:23489 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23176--23527 Score: 492
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
23166 NNNNNNNNNN
* *
23176 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAAAATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAAAATTTTTAGT
* * *
23241 TAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAATAAAAAAGCATTCATTGACAGGA
66 TAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGA
*** *** * *
23306 AAAGTTTATTTATAGTCTTTCATTTCTTCAAAAGCCTTATT
131 AAAGCCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAACCCTTATT
* * * *
23347 GCTCGCTTTAAATATTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAAAATTTTTAGT
* * * *
23411 TAAAATAAA-TAATAATTGACTGTCTACATTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
66 TAAAACAAACT-ATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAG
23475 AAAAGCCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAACCCTTATT
130 AAAAGCCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAACCCTTATT
23517 ACTCGCTTTAA
1 ACTCGCTTTAA
23528 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 22, Indels: 3
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 108 0.68
171 49 0.31
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAAAATTTTTAGT
TAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGA
AAAGCCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAACCCTTATT
Found at i:23954 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 23666--23990 Score: 403
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
23656 NNNNNNNNNN
* *
23666 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTATACTTTTAGTTAAAAAAAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTACACTTTTAGTTAAAAAAAGACTATAAT
**
23731 TGAATGTTGACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAA
66 TGAATGTTGACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCT-ATTTATAA
* * *
23795 TCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTACTGCTTGCTTTAAATAGTT
130 TCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTACTGCTTGCTTTAAATAGTT
* *
23838 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAAGTTT-TTTACATTTTTTA-TT-AAAATAGACTAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA-TTTATTTACA-CTTTTAGTTAAAAAAAGACTAT
* * ** *
23900 GATTGAATGCTTG-CCTTGGGAAACT-TGTTG-AAAAAGCCATTCGTTGAAAAGAAAAGTCTATT
63 AATTGAATG-TTGACCTTGAGAAA-TGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATT
*
23962 TATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTA
125 TATAATCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTA
23991 TTATCCACTT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 15, Indels: 14
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 6 0.05
172 103 0.79
173 14 0.11
174 8 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTACACTTTTAGTTAAAAAAAGACTATAAT
TGAATGTTGACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAAT
CACCCATTGCTTCAAAAGCCTTACTGCTTGCTTTAAATAGTT
Found at i:25419 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 24614--26065 Score: 1009
Period size: 341 Copynumber: 4.2 Consensus size: 340
24604 NNNNNNTAAG
* * * *
24614 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTTCTCCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAATTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAA
* * * * *
24679 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATA
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATT-AATG
* * * * * * * * *
24744 TCTATCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGCCAAGAAAAGTTCATCTATAGTCACTCA
129 TCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAACTTCATTTATAATCACTCA
* * *
24809 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATCTTATGTTCA
194 TTCTTTCAAAAACCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATCTTATGTTCA
* *
24874 ATTTTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGCCTATAACTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAAA
259 A-TTTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGACAATAACTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAAA
24939 AAAGCATTCACTGTAAAA
323 AAAGCATTCACTGTAAAA
* * **********
24957 AAAAGTTCT-TTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATA
1 AAAAG-TCTATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATA
* * *
25021 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTCAAATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTAAGTG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAA-TG
* * *
25086 TCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTAG-CAAGAAAACTCCATTTATAATCTCTC
129 TCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATT-GCCAAGAAAACTTCATTTATAATCACTC
* * * * * ********
25150 ATT-TCTTCAAAAACTTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATNNNNNNNN
193 ATTCT-TTCAAAAACCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATCTTATGTT
** * * * *
25214 NNA-TTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACGTCT-AGAAACTTGAA
257 CAATTTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGACAATAACTGAATGTCTACCT-TGAAAAACGTG-A
* * *
25277 GAAAAAAGTATTCATTG-ACAA
320 -AAAAAAGCATTCACTGTAAAA
* * * **
25298 GAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAA
* * * *
25363 TATCATAACTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAAACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATT-AATGT
* * * * *
25428 TTACCTTGAGAAACATTAAGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAACTTCATTTATAGTCACACAT
130 CTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAACTTCATTTATAATCACTCAT
* ********** * * * ** * * *
25493 TCCTTCNNNNNNNNNNTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCAAACCTGATCTTAAGTTTAA
195 TCTTTCAAAAACCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATCTTATG-TTCA
* * * * * **********
25558 ATTTTTTTT-C-TTTTTTGATTCAAGCAGACTATAATTGAATGTCTACCTNNNNNNNNNNGAAGA
259 ATTTTTTTTGCATTTTTAG-TTAAAACAGACAATAACTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAA-A
* * **
25621 AAAACACATTCATTGGT-AGG
322 AAAA-GCATTCACT-GTAAAA
* ** *
25641 AAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGA-TTTAT
1 AAAAGTCTATTTATAGTCTCTC-ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AATTTTAT
* * * * *
25704 AATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTGTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGACTATAATTGA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TT-TTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATT-A
* * * * * * * * * ****
25768 ATGTGTA-CTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATNNNNN
126 ATGTCTACCTT-GAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAACTTCATTTAT-AATC
******* * * *
25832 NNNNNNCCTTT-AAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGAT-TCTA
189 ACTCATTCTTTCAAAAACCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATCT-TA
* * ** * * * *
25895 GGTTCAATTTGTTTTATATTTTT-GCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTA-CTTCGAGAAAC
253 TGTTCAATTTTTTTTGCATTTTTAG-TTAAAACAGACAATAACTGAATGTCTACCTT-GAAAAAC
* * *
25958 ATGAAGAAAAAGCAATCATTGGT--AA
316 GTGAA-AAAAAGCATTCACT-GTAAAA
* * * * * ** *
25983 GAAAGTCCATTTATAGTCTCCCA-TCCTTTAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAA
*
26047 TCTCAAAATTGATTTTAAG
66 TCTCATAATTGATTTTAAG
26066 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 858, Mismatches: 220, Indels: 64
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 57 0.07
341 261 0.30
342 200 0.23
343 183 0.21
344 149 0.17
345 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAATGTC
TACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAACTTCATTTATAATCACTCATT
CTTTCAAAAACCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATCTTATGTTCAAT
TTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGACAATAACTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAAAAAA
GCATTCACTGTAAAA
Found at i:25794 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 24000--26065 Score: 1130
Period size: 171 Copynumber: 12.1 Consensus size: 170
23990 ATTATCCACT
** * * *
24000 TAATTGATTTTTTGTTCAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* ** * *
24064 --CATGAGAAACATGAATAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAATTTATTTATAGTAGCCC-ATT
66 TTCA--AGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT--CCCTATT
* * * *
24126 CCTTCAAAAGTCATATTATTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCA
126 TCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
24171 TAATTAATTTGAAATTGAA-TTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGACTATGATTGAATGCCTG
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * ** * ** * *
24234 CCTCAGGAAACAT-ATGGAGAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCGTTTACAGTCACTCATT
65 CTTCAAGAAACATGA-AGA-AAAAACATTCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCCT-ATT
* ********** * *
24297 CCTTCAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTTATTATCTTA
126 TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
** * * *
24342 -AATTTGATTTTATTTTCAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTA
1 TAA-TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-
* * * * **
24405 AC-TCTAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATAC
64 ACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCCT-ATTT
** * * ****
24469 CTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATNNNN
127 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
****** * * * *
24513 NNNNNNATTTTAAGTTGAATTTATTTATAC--TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TA
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-
* *********** * *
24575 ACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAAGNNNNNNNNNNTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
64 A-CTTCAAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCCT-ATT
* * * **
24639 TCTCCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCA
126 TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
24684 TAATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTTATATTTTT-GATTAAAACATATTATAATTGAATATCTA
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
** ** * * *
24748 TCTT-AAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGCCAAGAAAAGT-TCATCTATAGTCACTCA-T
65 -CTTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCCCT-ATT
* * *
24810 TCTTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCA
126 TC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
24856 AAATTGATCTTATGTTCAATTTTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGCCTATAACTGAATGTCTA
1 TAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * ** * * *
24921 CCTTGAA-AAACGTGAA-AAAAAGCATTCACTGTAAAAAAAAGTTCT-TTTATAGTCTCTCATTC
65 -CTTCAAGAAACATGAAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCCCT-ATTT
* **********
24983 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCA
127 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
25027 TAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTCAAATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATT-AAGTGTCTA
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTA
* * * * * * * * *
25090 CCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAACTCCATTTATAATCTCTCATTTC
65 CTTCAAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCCT-ATTTC
* * *
25155 TTCAAAAACTTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* ********** * *
25198 TAATTAATNNNNNNNNNNA-TTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
25262 GTCTAGAAACTTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAG-AAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTCT
66 TTCAAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-CCTATTTCT
* *
25326 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCA
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
25368 TAACTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTAAACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-
* * * *
25432 CTT-GAGAAACATTAAGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAACT-TCATTTATAGTCACAC-ATT
65 CTTCAAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTC-C-CTATT
* ********** *
25494 CCTTCNNNNNNNNNNTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCA
126 TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
25539 -AACCTGATCTTAAGTTTAAATTTTTTTT-C-TTTTTTGATTCAAGCAGACTATAATTGAATGTC
1 TAA-TTGATTTTAAG-TTCAATTTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
* ********** * *
25601 TACCTNNNNNNNNNNGAAGAAAAACACATTCATTGGTAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATT
63 TACTTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-CCTATT
** *
25666 TCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGATTTATAATCTCA
126 TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
25711 TAATTAATTTTAAGTT-AATTTGTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGACTATAATTGAATGTGTA
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
** * ***********
25775 CTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNNCC
65 CTTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT-AGTCCCTATTTC
* * * *
25840 TTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCA
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
25883 AAATTGATTCTAGGTTCAATTTGTTTTATATTTTT-GCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTA
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * *
25947 CTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCAATCATTGGTAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTCCCA-TCCT
65 CTTCAAGAAACATGAAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-CCTATTTCT
* ** *
26010 TTAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
*
26052 AAATTGATTTTAAG
1 TAATTGATTTTAAG
26066 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1422, Mismatches: 413, Indels: 122
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 96 0.07
170 178 0.13
171 649 0.46
172 414 0.29
173 77 0.05
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
TTCAAGAAACATGAAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCCTATTTCTTC
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
Found at i:26885 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 26446--27321 Score: 711
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 169
26436 NNNNNNTTGA
** * *
26446 CAAGAAAAGTGTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGCTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
********** * * *
26511 ATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTTAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
*
26575 AATGTCTACCTTAAGAAATGAAAGAAAAAAAATTCATTGG
131 AATGTCTACCTTAAGAAATGAAA-AAAAAACATTCATTGG
* ** * **
26615 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATTATTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
26680 ATTATCTCAAAATTGAGTTTATGTTCAATTGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
26745 AATGTCTACCTTAAGAATATGAATAAAAAAACATTCATCTGG
131 AATGTCTACCTTAAGAA-ATGAA-AAAAAAACATTCAT-TGG
* * * **
26787 -AAGAAAAATCCATTTATATTCTCTCCTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
26851 ATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAGCACACCATAATT
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTG-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * * * *
26915 GAATATTTATCTCAACAAACATGAAAAAAAAGCATTTATTGG
130 GAATGTCTACCTTAA-GAA-ATGAAAAAAAAACATTCATTGG
* * ********** *
26957 CAAGACAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCATTCNNNNNNNNNNTTACTTGCTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
27022 ATAAAT-TCATAATTGATTTTGAGTTCAATTGTTTTTCATATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAAT
66 AT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAT
******** *
27086 TGAATGTCTACNNNNNNNNNNATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
129 TGAATGTCTAC--CTTAAGAAATGAA-AAAAAAACATTCATTGG
* * * * * * *
27130 CAAGAAAAGTCAAATTACAG--TCTCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTTGCCTTAAATGATTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * * * *
27193 ATTATCTCAAAATTGATTTGAGGTTCAATTTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAGCATACTGTAATTA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
* * *** *
27258 AATGTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTTG
131 AATGTCTACCTTAAG-AA-ATGAA-AAAAAAACATTCATTGG
* *
27300 TAAGAAAAGTCCATTCATAGTC
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
27322 ATCCATNNNN
Statistics
Matches: 553, Mismatches: 136, Indels: 33
0.77 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 72 0.13
170 121 0.22
171 278 0.50
172 50 0.09
173 32 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
AATGTCTACCTTAAGAAATGAAAAAAAAACATTCATTGG
Found at i:28124 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27476--28422 Score: 731
Period size: 172 Copynumber: 5.5 Consensus size: 171
27466 NNNNNNNNNN
* * * * * *
27476 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGACTTCAAGTTCATTTTTGT
1 AAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTT-T
* * * *
27541 TTACTTTTGTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACATGAAGAAAAAGGT
65 TTACTTTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAAC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAAGT
* * *
27605 ATTTATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCCCATTTCTTC
128 ATTCATTGAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* *
27648 AAAAG-CTACATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTAAAATTGATTTTAAGTTTAAATTT
1 AAAAGCCT-TATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAAATTGATTTTAAG-TTCAATTT
* * * * ** * *
27712 TTTTATTTTTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAAAGAAAAATA
63 TTTTA-CTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAAAA-A
* * * * *
27777 -CATTCATT-AGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCTTTTCTTC
126 GTATTCATTGAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* * ********** *
27821 AAAAGCCTT-TCTAATCGCTTTAAATGATTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAA-TTTT
1 AAAAGCCTTAT-TATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
* * * * * ** * * *
27884 TTACATTGTTAGTTAAAACAGACTATAAGTCAATG-CTTGC-CTTAGAAAACGTGTAG-AAAAAG
65 TTAC-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTC-GAG-AAACATGAAGAAAAAAG
* *
27946 CTATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
127 -TATTCATTGAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* * * * *
27991 AAAAGACTTATTATTAGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* *
28056 TACTTCTTTGGTTAAAACAGACTATGATTGAATGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
66 TACTT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
* *
28121 TCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCTCCCATTCCTTC
130 TCATTGAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* **
28162 AAAAGCCTTAATACACGCTTTAAATGGTTTTAT-ATCCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTT
1 AAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AATTTT
* * * * * * *
28226 TTTTCTTTTTTGGTTGAAACATATTGTAATTGAATGTCT-ACTTTGAAAAACATAAAGAAAAATA
64 TTTAC-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAAC-TCGAGAAACATGAAGAAAAA-A
* * * ********** *
28290 -CATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATNNNNNNNNNNCCATTCCTTT
126 GTATTCATTGAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
** * * * *
28334 AAAAGCCTTATTACTT-TTTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA---ATT
28398 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
62 TTTTTAC-TTTTTGGTTAAAACAGA
28423 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 615, Mismatches: 127, Indels: 64
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 9 0.01
170 117 0.19
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173 133 0.22
174 36 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
AAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
TACTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
CATTGAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
Found at i:28332 original size:172 final size:171
Alignment explanation
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27482 CTTATTACTC
* * * * * * *
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* * * * * * * * **
27556 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGGTAAGAA
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** *
27620 AAGTCCATTTACAGTCTCCCATTTCTTCAAAAG-C-TACATTATTC-
128 AAGTCCATTTTTAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGACTTA-A-TA-TCA
* * * * * *
27664 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTAAAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTATTTTTTTTGTTA
1 GCTTTAAATAGTTTTATTATCTC-AAAATTGATTTTAAG-TTCAATTTTTTTACTTCTTTGGTTA
* * * * * *
27729 AAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACGTAAAGAAAAATA-CATTCATT-AGTAAG
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCGAA-AAACATAAAGAAAAA-AGCATTCATTGA-CAAG
* * * * * * **
27791 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCTTTTCTTCAAAAGCCTTTCTAATC-
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* ********** * * *
27837 GCTTTAAAT-GATTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATT-GTTAGTTA
1 GCTTTAAATAG-TTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC-TTCTTTGGTTA
* * ** * * ** * *
27899 AAACAGACTATAAGTCAATG-CTTGC-CTTAGAAAACGTGTAG-AAAAAGCTATTCATTGAGAAA
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTC-GA-AAAACATAAAGAAAAAAGC-ATTCATTGACAAG
* * * *
27961 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGACTTATTATTA
126 AAAAGTCCATTTTTAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGACTTAATATCA
*
28007 GCTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTACTTCTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTCTTTGGTTAAA
* * * * *
28072 ACAGACTATGATTGAATGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAG
66 ACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCGAAAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAG
*
28137 TCCATTTTTAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATA-CA
131 TCCATTTTTAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGACTTAATATCA
* * *
28177 CGCTTTAAATGGTTTTA-TATCCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTTCTTTTTTGGTT
1 -GCTTTAAATAGTTTTATTAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AATTTTTTTACTTCTTTGGTT
* * * * *
28241 GAAACATATTGTAATTGAATGTCT-ACTTTGAAAAACATAAAGAAAAATA-CATTCATTGACAAG
63 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTAAC-TCGAAAAACATAAAGAAAAA-AGCATTCATTGACAAG
28304 AAAAGTC
126 AAAAGTC
28311 TATNNNNNNN
Statistics
Matches: 516, Mismatches: 101, Indels: 60
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 10 0.02
170 116 0.22
171 134 0.26
172 116 0.22
173 127 0.25
174 11 0.02
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
GCTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTCTTTGGTTAAA
ACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCGAAAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAG
TCCATTTTTAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGACTTAATATCA
Done.