Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398608.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1898.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12876
ACGTcount: A:0.28, C:0.09, G:0.10, T:0.27
Warning! 3175 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1142 original size:128 final size:129
Alignment explanation
Indices: 908--1169 Score: 377
Period size: 128 Copynumber: 2.0 Consensus size: 129
898 ATGAGGTTAT
* * *
908 AAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGTTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTGTTTTTG
1 AAAATCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACTGTTTTTG
* * * *
973 CCAATGGATATTTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAGTTATAATCTGTTTTAAG-AA
66 CCAATGGATATATTTTTCTTCACATTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-AGTAA
* * *
1037 AAAAT-ATTTAAACTGAGTAATATGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACT-TTTCTT
1 AAAATCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACTGTTT-TT
* *
1100 GTCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAGTAA
65 GCCAATGGATATATTTTTCTTCACATTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAGTAA
1165 AAAAT
1 AAAAT
1170 GTAAAACAAT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 12, Indels: 5
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
127 5 0.04
128 109 0.92
129 5 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (129 bp):
AAAATCATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACTGTTTTTG
CCAATGGATATATTTTTCTTCACATTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAGTAA
Found at i:1479 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1037--1741 Score: 487
Period size: 170 Copynumber: 4.1 Consensus size: 169
1027 GTTTTAAGAA
* * * *
1037 AAAAT-ATTTAAACTGAGTAATATGGCTTTCGA-AGGTATGGGTGACCATAAATGGAC-TTTTCT
1 AAAATCATTTAAAGTCAGTAATAAGGC-TTC-ACAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCT
* * * * * * * *
1099 TGTCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAGTA
64 TGCCAATGGATATCTTCTT-TTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-
* * ********** * *
1164 AAAAATGTAAAACAATNNNNNNNNNNATCAATTATGAGGTTAT
127 AAAAATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAACTAAGAGGTTAT
* * * ** *
1207 AAAATCATTTAATG-CGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATGAATGACTATAAATAGAC-TTTTCT
1 AAAATCATTTAAAGTC-AGTAATAAGGC-TTCACAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCT
* * **********
1270 TGCCAATAGATATCTTTTTCTTCNNNNNNNNNNAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA
64 TGCCAATGGATATCTTCTT-TTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA
* * * *
1335 AAAATATAAGAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTAT
128 AAAATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAACTAAGAGGTTAT
* * **********
1377 AAAATTATTTAAAGTCAGTAATAAGGTTTTCGA-AGGTATGGGTGACTAT-NNNNNNNNNNTTCT
1 AAAATCATTTAAAGTCAGTAATAAGG-CTTC-ACAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCT
* * * * *
1440 TGCCAATGGATATATTTTTTTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTATTAAT
64 TGCCAATGGATAT-CTTCTTTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT-TTAAT
********** *
1504 AAAAAATATAAAAAAATTTAAATTAANNNNNNNNNNGAGGCTAT
127 -AAAAATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAACTAAGAGGTTAT
* *
1548 AAAATCATTTAAAGTGAGTAATATA-GCTTCACAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTT
1 AAAATCATTTAAAGTCAGTAATA-AGGCTTCACAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTT
*
1612 GTCAATGGATATCTTCTTTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-AAA
65 GCCAATGGATATCTTCTTTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
1676 AATATATAAAAAATTTAAATTAAAATCAACTAAGAGGTTAT
130 AATATA-AAAAAATTTAAATTAAAATCAACTAAGAGGTTAT
1717 AAAATCATTTAAAG-CGAGTAATAAG
1 AAAATCATTTAAAGTC-AGTAATAAG
1742 ACTTTTCTTG
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 112, Indels: 35
0.73 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.02
169 47 0.12
170 179 0.44
171 169 0.42
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAATCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTCACAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTG
CCAATGGATATCTTCTTTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAA
ATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAACTAAGAGGTTAT
Found at i:1810 original size:139 final size:140
Alignment explanation
Indices: 1605--1882 Score: 377
Period size: 141 Copynumber: 2.0 Consensus size: 140
1595 TAAATGGACT
*
1605 TTTTCTTGTCAATGGATATCTTCTTTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTT
1 TTTTCTTGTCAATGGATATCTTCTTTTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTT
* * * *
1670 TA-AAAAAATATATAAA-AAATTTAAATTAAAATCAACTAA-GAGGTTATAAAATCATTTAAAGC
66 TATAAAAAATATA-AAACAAATTTAAATTAAAACCAA-TAATGAGATTACAAAACCATTTAAAGC
1732 GAGTAATAAGAC
129 GAGTAATAAGAC
* * * *
1744 TTTTCTTG-CTAATGGATAT-TTTTTATTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATTTGT
1 TTTTCTTGTC-AATGGATATCTTCTT-TTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTAT
* *
1807 TTTATTAAAAAATATAAAACAAATTTAACTTAAAACCAATAATGAGATTACATAACCATTTAAAG
64 TTTA-TAAAAAATATAAAACAAATTTAAATTAAAACCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
1872 CGAGTAATAAG
128 CGAGTAATAAG
1883 GTTTTCAANN
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 11, Indels: 10
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
138 5 0.04
139 55 0.45
140 6 0.05
141 56 0.46
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (140 bp):
TTTTCTTGTCAATGGATATCTTCTTTTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTT
TATAAAAAATATAAAACAAATTTAAATTAAAACCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGA
GTAATAAGAC
Found at i:2078 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1740--2321 Score: 456
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
1730 GCGAGTAATA
* * * * * *
1740 AGACTTTTCTTGCTAATGGATATTTTTTATTCACGTTTC-TCGAGGTAAACATTCAATTATAATT
1 AGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTCTTCATGTTTCAT-GAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * ** * * *
1804 TGTTTT-ATTAAAAAATATAAAACAAATTTAACTTAAAACCAATAATGAGATTACATAACCATTT
65 TGTTTTGA-TAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAAATAATTAGGAGATTAAATAACCATTT
* * * *********
1868 AAAGCGAGTAATAAGGTTTTC-AANNNNNNNNNNGACTATAAAT
128 ATAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAA-GACATGGGTGACTATAAAT
* * *
1911 AGACTTTTCTTGCCAATGGATTTCTTCTGCTTCATGTTTCATGAGGCAGACATTCAATTATAATC
1 AGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTT-TTCTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATC
********** * *
1976 TGTTTNNNNNNNNNNTGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTAGGAGTTTATAA-AAGCATTT
65 TGTTTTGATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTAGGAGATTA-AATAACCATTT
* *
2039 A-AGGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAAT
128 ATA-GCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGACATGGGTGACTATAAAT
* * * * ** * * *
2082 GGACTTTTCTTGTCAATGGATATCGTTTTCTTTACGTTTTTTGAAGTAGGCATTCAATTATAATA
1 AGACTTTTCTTGCCAATGGATATC-TTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * *
2147 TATTTTGATAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTAAATGACCATTTAT
65 TGTTTTGATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTAGGAGATTAAATAACCATTTAT
* * * *
2212 AGCGAGTAATAAGGCTTCCGGAGGCATGGGTGAATACAAAT
130 AGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGACATGGGTGACTATAAAT
** ***
2253 AGACTTTTCTTGCTGATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
1 AGACTTTTCTTGCCAATGGATATC-TTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATC
2318 TGTT
65 TGTT
2322 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 85, Indels: 22
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.02
171 256 0.81
172 52 0.17
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCT
GTTTTGATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTAGGAGATTAAATAACCATTTATA
GCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGACATGGGTGACTATAAAT
Found at i:3219 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2423--4484 Score: 643
Period size: 171 Copynumber: 11.9 Consensus size: 171
2413 NNNNNNNNNG
* * * * * *
2423 TTCAACTTAAAA-CTAATTATAAGATTACAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTCTGAAG
1 TTCAAATTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGCTTTC-AAAG
* * ********* *
2486 GTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATATCT-TTTTNNNNNNNNNNCTTAAGG
63 GCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTATTTT-TTTATGTTTCTCAAGG
* * * *
2550 AAAACAATCAATTATAATCTGTGTTAATAAAAAATATAAAAAAAA
127 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAA
* * * *
2595 TTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTGATAAGCCTTTCGAAGGC
1 TTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAG-CTTTCAAAGGC
* * * * * * *
2660 ATGGGTGACCATCAATGGACTTTTCCTGCCAATGGATAT-TATTTTCTTTATGTTTTTTAAGGAA
65 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTATTTT-TTTATGTTTCTCAAGGTA
* * *
2724 GACATTCAATTACAATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAG
129 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAA
********* * * * * *
2766 TTCNNNNNNNNNNT-AATTATGAGATTA-AAAAACTTTTCAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAG
1 TTC-AAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT-AAAGCAAGTAATAA-GCTTTCAAAG
* * ********** **
2829 GCATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTNNNNNNNNNNGTTTCTTGAGGT
63 GCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTATTTTTTTATGTTTCTCAAGGT
* *
2894 AGACACTT-AATTATAATCTGTTTTCAT-AAAAATAT-AAAACAA
128 AGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAA
* ********** * * *
2936 TTTAAATTANNNNNNNNNNTGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCCAA-TAATAAAGTTTTCGAAGG
1 TTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG-CAAGTAAT-AAGCTTTCAAAGG
* * * * * *
3000 TATGGGTGACTATAAATAGACTATTCTTGTCAATGGATATATTTTTTTTTATGTTTCCCAAGGTA
64 CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTATTTTTTTATGTTTCTCAAGGTA
* *
3065 GACATTCAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAC
129 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAA
* * * *
3108 TT-AAATTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAATTATTTAAAGTAAGTAATATAGCTTTCAAAGGC
1 TTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATA-AGCTTTCAAAGGC
* * * *
3172 ATGGGTGACTATAAATGGAATTTTTCTTGCCAATGGATATCT-TTTTTTTCAGGTTTCTCGAGGT
65 ATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTATTTTTTT-ATGTTTCTCAAGGT
* **
3236 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNN
128 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA---------------AA
*********************************** * * * ** *
3295 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATAAAATC-ATTTA-AAGCGAGTAATAA
1 TTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATT-T-AAAGCAAGTAATAAGC-TTTCA-AA
* * ** * *** * * *
3358 GGCTTTCGAAGGC-ATGGGT-GACTATATATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCT-TTTATTCA
62 GGC-ATGGGTGACTATAAATAGA-----------CTTTTCTTGCCAATGGATATCTATTTTTTTA
* * *
3420 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATGTTATTAAAAAATAT-AAAAAAA
115 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAA
* * * * * * * * * *
3476 TTTAACTTAAAACCAATAATGAGATTACACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTCGAAGGC
1 TTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAG-CTTTCAAAGGC
* * * *
3541 ATGGGCGACTATAAATGGA-TTTTCCTTGCCAATGGATATCT-TTTGCTTCATGTTTCAT-AAGG
65 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-CTTGCCAATGGATATCTATTT-TTTTATGTTTC-TCAAGG
* *
3603 CAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAA
127 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAA
* * * * ******
3646 TTCAACTTAAAATCAATTATGA-AGTTATAAAAGCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTNNNNNN
1 TTCAAATTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTCAAAGG
**** * * * * * * *
3710 NNNNGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATGGATATCGT-TTTCTTTACGTTTTTTGAA-G
64 CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATC-TATTTTTTTATG-TTTCTCAAGG
* * * * *
3773 CAGGCATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGT-TAAAAAA
127 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAA
* * * *
3817 TTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTA-AACAACCATTTATAA-CGAGTAATAAGGCTTTCGAA
1 TTCAAATT-AAAATCAATTATGAGATTATAA-AATCATTTA-AAGCAAGTAATAA-GCTTTCAAA
* ********** * *
3879 GGCATGGGTGACTATAAATGGACNNNNNNNNNNAATGGATATCT-TTTTCTTCATGTTTC-CTGA
62 GGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTATTTT-TTTATGTTTCTC-AA
*
3942 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTGTAATAAAAAATAT-AAAAAAA
125 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAA
* * * * * * * **
3988 TTTAACTTAAAATTAATTGTGAGGTTATGAAATCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
1 TTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTCAAAGGC
* * ** *
4053 ATAGGGT-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCGT-TTTCTTTATGTTTCTTGAGAT
65 AT-GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATC-TATTTTTTTATGTTTCTCAAGGT
* *
4116 AGACATTCAA-TATAATATTTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAAA
128 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAA
* * * * ********
4158 -TGAAATTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTNNNNNNNN
1 TTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTCAAAGGC
** * * * * * * *
4222 NNGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTACTGGATATCTGTTTCTTCT-TGTTTCTCAAGGCA
65 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTATTT-TTTTATGTTTCTCAAGGTA
* * *
4286 GGCATTCAATTATAATCTATTTTACT-AAAAATA-ATAAAAAAA
129 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA-AAAAAAA
* ** * ********** * *
4328 TTTAACCTAAAA-CAAAATANNNNNNNNNNAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 TTCAAATTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTCAAAG
* * * ** * * * *
4391 GCGT-GGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTATCAGTGGATATCT-TTTTCTTCACGTTTTTCAAGG
63 GCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTATTTT-TTTATGTTTCTCAAGG
* *
4454 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
127 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
4485 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1391, Mismatches: 407, Indels: 185
0.70 0.21 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 120 0.09
170 393 0.28
171 507 0.36
172 226 0.16
173 6 0.00
179 8 0.01
180 12 0.01
181 8 0.01
187 4 0.00
188 6 0.00
189 12 0.01
190 7 0.01
196 5 0.00
197 46 0.03
198 25 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGCTTTCAAAGGCA
TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTATTTTTTTATGTTTCTCAAGGTAGA
CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAA
Found at i:3635 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3330--4484 Score: 1014
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 170
3320 NNNNNNNNNN
* *
3330 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATATATGGACTTTT
1 TTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
3395 CTTGCTAATGGATATCTTTTATTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATGTTAT
65 CTTGCCAATGGATATCTTTTCTTCATGTTTCTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* *
3459 TAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATAATGAGA
130 TAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** *
3500 TTACACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTCGAAGGCATGGGCGACTATAAATGGA-TTTT
1 TTATA-AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
3564 CCTTGCCAATGGATATCTTTTGCTTCATGTTTCAT-AAGGCAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTT
65 -CTTGCCAATGGATATCTTTT-CTTCATGTTTCTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTT
* *
3627 AATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-A
128 AATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ********** *
3669 GTTATAAAAGCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGGACTTC
1 -TTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
3734 TCTTGTCAATGGATATCGTTTTCTTTACGTTTTTTGAA-GCAGGCATTCAATTATAATCTATTTT
64 TCTTGCCAATGGATATC-TTTTCTTCATGTTTCTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTT
* * *
3798 AATAAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGA
128 AATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTT-AAAATCAATTATGAGA
* ***
3841 TTAAACAACCATTTATAA-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACNNN
1 TTATA-AACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
******* * * * * *
3905 NNNNNNNAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTGT
64 TCTTGCCAATGGATATC-TTTTCTTCATGTTTCTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTT
* * *
3969 AATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTGTGAGG
128 AATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
4012 TTATGAAATCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGGT-ACTATAAATGGACTTT
1 TTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** * *
4076 TCTTGCCAATGGATATCGTTTTCTTTATGTTTCTT-GAGATAGACATTCAA-TATAATATTTTTT
64 TCTTGCCAATGGATATC-TTTTCTTCATGTTTCTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTT
* * * *
4139 AAT-AAAAATATAAAAAAAATGAAATTAAAATCAATTATAAGA
128 AATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * **********
4181 TTATAAAATCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNGGGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
4246 CTTACTACTGGATATCTGTTTCTTCTTGTTTC-TCAAGGCAGGCATTCAATTATAATCTATTTTA
65 CTTGCCAATGGATATCT-TTTCTTCATGTTTCTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
* * * *****
4310 CT-AAAAATAATAAAAAAATTTAACCTAAAA-CAAAATANNNNNN
129 ATAAAAAAT-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATC-AATTA-TGAGA
**** * * *
4353 NNNNAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCGT-GGTGAGTATAAATGGACTTTTC
1 TTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * *
4417 TTATCAGTGGATATCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
66 TTGCCAATGGATATC-TTTTCTTCATGTTTCTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
4481 TAAA
130 TAAA
4485 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 785, Mismatches: 171, Indels: 57
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 120 0.15
170 310 0.39
171 336 0.43
172 13 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGGATATCTTTTCTTCATGTTTCTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
AAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
Found at i:3952 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 3330--4484 Score: 1012
Period size: 340 Copynumber: 3.4 Consensus size: 341
3320 NNNNNNNNNN
* * * * *
3330 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATATATGGACTTTT
1 TTATAAAAGCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
3395 CTTGCTAATGGATATC-TTTTATTCATG-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATGTTA
66 CTTGC-AATGGATATCGTTTTCTTTATGTTTTTTGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
* * ** * *
3458 TTAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATAATGAGATTACACAACCATTTAAAGCGAGT
129 ATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTAAACAACCATTTAAAGCGAGT
** *
3523 AATAAGATTTTCGAAGGCATGGGCGACTATAAATGGATTTTCCTTGCCAATGGATATCTTTTGCT
194 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGGATATCTTTTGCT
* *
3588 TCATGTTTCATAAGGCAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
259 TCATGTTTCATAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTGTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
3652 TTAAAATCAATTATGAAG
324 TTAAAATCAATTATGAAG
********** *
3670 TTATAAAAGCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGGACTTCT
1 TTATAAAAGCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
3735 CTTGTCAATGGATATCGTTTTCTTTACGTTTTTTGAAGCAGGCATTCAATTATAATCTATTTTAA
66 CTTG-CAATGGATATCGTTTTCTTTATGTTTTTTGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* *
3800 TAAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTAAACAACCATTTATAA-CGAGT
130 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTAAACAACCATTTA-AAGCGAGT
* ********** *
3864 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACNNNNNNNNNNAATGGATATCTTTTTCT
194 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGGATATCTTTTGCT
* * * *
3929 TCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTGTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAAC
259 TCATGTTTCATAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTGTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * *
3994 TTAAAATTAATTGTGAGG
324 TTAAAATCAATTATGAAG
* * * *
4012 TTATGAAATCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGG-GTACTATAAATGGACTTT
1 TTATAAAAGCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTG-ACTATAAATGGACTTT
* * *
4076 TCTTGCCAATGGATATCGTTTTCTTTATGTTTCTTG-AGATAGACATTCAA-TATAATATTTTTT
65 TCTTG-CAATGGATATCGTTTTCTTTATGTTTTTTGAAG-TAGACATTCAATTATAATCTATTTT
* * * * * *
4139 AAT-AAAAATATAAAAAAAATGAAATT-AAAATCAATTATAAGATTATAA-AATCACTTAAAGCG
128 AATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTA-AACAACCATTTAAAGCG
********** * * * * *
4201 AGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTACTGGATATCTGTT
191 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGGATATCT-TT
* * * * *
4266 T-CTTCTTGTTTC-TCAAGGCAGGCATTCAATTATAATCTATTTTACT-AAAAATAATAAAAAAA
255 TGCTTCATGTTTCAT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTGTAATAAAAAAT-ATAAAAAAA
* * * *****
4328 TTTAACCTAAAA-CAAAATANNNNN
318 TTCAACTTAAAATC-AATTATGAAG
***** * * * *
4352 NNNNNAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCGT-GGTGAGTATAAATGGACTTT
1 TTATAAAAGC-ATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * * *
4415 TCTTATCAGTGGATATCTTTTTCTTCACG-TTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
65 TCTT-GCAATGGATATCGTTTTCTTTATGTTTTTTGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTATTTT
4479 AATAAA
128 AATAAA
4485 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 652, Mismatches: 142, Indels: 41
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.01
339 65 0.10
340 252 0.39
341 188 0.29
342 143 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
TTATAAAAGCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCAATGGATATCGTTTTCTTTATGTTTTTTGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTAAACAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGGATATCTTTTGCTTC
ATGTTTCATAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTGTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAAG
Found at i:4328 original size:511 final size:502
Alignment explanation
Indices: 3339--4484 Score: 1137
Period size: 511 Copynumber: 2.2 Consensus size: 502
3329 NTTATAAAAT
*
3339 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGCTAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT
*
3404 GGATATCTTTTATTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATGTTATTAAAAAATAT
66 GGATATCTTTTATTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATGTTAATAAAAAATAT
*
3469 AAAAAAATTTAACTTAAAACCAATAATGAGATTACACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTT
131 AAAAAAATTTAACTTAAAACCAATAATGAGATTACACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
*
3534 CGAAGGCATGGGCGACTATAAATGGATTTTCCTTGCCAATGGATATCTTTTGCTTCATGTTTCAT
196 CAAAGGCATGGGCGACTATAAATGGATTTTCCTTGCCAATGGATATCTTTTGCTTCATGTTTCAT
* * * *
3599 AAGGCAGACATTCAATTATATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
261 AAGACAGACATTCAATTATATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAAATTAAAATCAATT
* * *
3664 ATGAAGTTATAAAAGCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGG
326 ATGAAGTTATAAAAGCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT---------GGGTGACTATAAATGG
* *
3729 ACTTCTCTTGTCAATGGATATCGTTTTCTTTACGTTTTTTGAAGCAGGCATTCAATTATAATCTA
382 ACTTCTCTTCTCAATGGATATCGTTTTCTTTACGTTTTTTCAAGCAGGCATTCAATTATAATCTA
* * *
3794 TTTTAATAAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTAAACAAC
447 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAAATAATTATGAGATTAAACAAC
**********
3850 CATTTATAA-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACNNNNNNNNNNAA
1 CATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAA
* * *
3914 TGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT-TGTAATAAAAA
65 TGGATATC-TTTTATTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATGT-TAATAAAAA
** ** * * * * *
3977 ATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTGTGAGGTTATGA-AATCATTTAATGTGAGTAATAAG
127 ATATAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATAATGAGATTA-CACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *
4041 GCTTTCAAAGGCATAGGG-TACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGGATATCGTTTT-CTTTA
191 ACTTTCAAAGGCAT-GGGCGACTATAAATGGA-TTTTCCTTGCCAATGGATATC-TTTTGCTTCA
* * * *
4103 TGTTTCTTGAGATAGACATTCAATATAATAT-T-TTTTAAT-AAAAATATAAAAAAAATGAAATT
253 TGTTTCATAAGACAGACATTCAAT-T-ATATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAAATT
* *
4165 AAAATCAATTAT-AAGATTATAAAATCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNGGGTG
316 AAAATCAATTATGAAG-TTATAAAAGCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT---------TGGGTG
* *
4229 ACTATAAATGGACTTTTCTTACT-ACTGGATATC-TGTTTC-TT-C-TTGTTTCTCAAGGCAGGC
371 ACTATAAATGGACTTCTCTT-CTCAATGGATATCGT-TTTCTTTACGTT-TTT-TCAA-GCAGGC
* * * ****
4289 ATTCAATTATAATCTATTTTACT-AAAAATAATAAAAAAATTTAACCTAAAACA-AAATANNNNN
431 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACCTAAAA-ATAATTA-TGAG
*****
4352 NNNNNA-AAC
493 ATTAAACAAC
* * * * *
4361 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCGT-GGTGAGTATAAATGGACTTTTCTT-ATCAG
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AA
* * * * * * *
4424 TGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
65 TGGATATC-TTTTATTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATGTTAATAAA
4485 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 79, Indels: 65
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
508 2 0.00
509 4 0.01
510 86 0.16
511 240 0.46
512 174 0.33
513 14 0.03
514 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (502 bp):
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT
GGATATCTTTTATTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATGTTAATAAAAAATAT
AAAAAAATTTAACTTAAAACCAATAATGAGATTACACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
CAAAGGCATGGGCGACTATAAATGGATTTTCCTTGCCAATGGATATCTTTTGCTTCATGTTTCAT
AAGACAGACATTCAATTATATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAAATTAAAATCAATT
ATGAAGTTATAAAAGCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTT
CTCAATGGATATCGTTTTCTTTACGTTTTTTCAAGCAGGCATTCAATTATAATCTATTTTAATAA
AAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAAATAATTATGAGATTAAACAAC
Found at i:5691 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5238--5895 Score: 612
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 168
5228 NNNNNNNNNN
* *
5238 CAATTATAATCTATTTTAATAAAATATT-TAAAGAAATTCAACTTAAAACTAATTGTGAGATTAC
1 CAATTATAATCTATTTTAATAAAATATTGT-AA-AAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTA-
* * * * *
5302 ACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGAGTACAAATGGACTTTTCTTG
63 AAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * *
5367 CCAATGGAAATCTTTTGGTTCATGTTTCATAAGGCAAACATT
128 CCAATGGATATCTTTT-CTTCATGTTTCTTGAGGCAGATATT
* * ******** *
5409 AAATTATAATATATTTTAATAAAANNNNNNNNNNAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGGTTA
1 CAATTATAATCTATTTTAATAAAA--TATTGTAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTA
* * * * *
5473 TCAAAGCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTT
63 -AAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *
5538 GCCAATGGATATCATTTTC-CCTACGTTTTTTGAGGCAGATATT
127 GCCAATGGATATC-TTTTCTTC-ATGTTTCTTGAGGCAGATATT
*
5581 CAATTATAATCTATTTTAATAAAA-ATTGTAAAAACTTTTAACTTAAAAATAATTATGAGATTAA
1 CAATTATAATCTATTTTAATAAAATATTGTAAAAA--TTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTAA
* * * * *
5645 AAAATCAATTATAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAAAGGACTTTTCATG
64 AAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
** * * *
5710 GAAATGAATATCTCTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAG-TCAATT
128 CCAATGGATATCT-TTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGAT--ATT
* * * * *
5753 -AATTATAATCTGTTTTAATAAAA-A-TGTAAAAAAGTTCAACTTAAAACTAATTCTAAGAGTAA
1 CAATTATAATCTATTTTAATAAAATATTGT-AAAAA-TTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTAA
* * * *
5815 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGTATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTG
64 AAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
*
5880 CCAATGGATACCTTTT
128 CCAATGGATATCTTTT
5896 TCTTNNNNNN
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 80, Indels: 34
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.02
170 94 0.24
171 151 0.39
172 135 0.35
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
CAATTATAATCTATTTTAATAAAATATTGTAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTAAAA
AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
ATGGATATCTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGATATT
Found at i:6862 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6388--7265 Score: 712
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 170
6378 NNNNNNNNNN
* * * * * *
6388 TAAAATCAATTATGA-AGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAGGAAATGGG
1 TAAAATTAATTATGAGA-TTAAAAAACCATTTAATG-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-CATGGG
* * * * * *
6451 TGACTATAGATGGTA-TTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTAACGTTTCTCGAGGTAGACAT
63 TGACTATAAATGG-ACTTTTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTTGAGGAAGACAT
* * **********
6515 TCAACTATAATCTGTTTTAATAANNNNNNNNNNAAAATTCAACT
127 TCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * ** * ** *
6559 TAAAATCAATTATGAGATTACACTACTATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCATGGGTG
1 TAAAATTAATTATGAGATTAAAAAACCATTT-AATGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTG
* * * * * * *
6624 ATTATAAATGGTCTTTTCTTGCCAATGGATATC-TTTTGCTCCATGTTTCATGAGGAAGCCTTTC
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCATTTT-CTTCACGTTTCTTGAGGAAGACATTC
* **********
6688 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATANNNNNNNNNNCAACT
129 AATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * *
6730 TAAAATTAATTATGAGTTTATAAAAGCATTTAAGTGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
1 TAAAATTAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAA-TGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTG
* * * * *
6795 ACTATAAATGGACTTCTCTT-CCTAATGGATATCATTTTCTTTACGTTTTTTGTGGCAGACATTC
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTTGAGGAAGACATTC
**********
6859 AATTATAATATGTTNNNNNNNNNNATATAAAAAAATTCAACT
129 AATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
** * *
6901 TAAAAATT-ATTATGAGATTAAAAAACCATTTATAACGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGCATGGGT
1 T-AAAATTAATTATGAGATTAAAAAACCATTTA-ATGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGT
* * ***
6965 GACTATAATTAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCCCAAGGAAGACATTC
64 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTTGAGGAAGACATTC
* * * *
7030 AATTATAATCTCTTTGAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
129 AATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * *
7072 TAAAATCAATTGTGAGGTTAAAAAATCATTTAATGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGGT
1 TAAAATTAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAATG-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG-GGT
* * * * *
7137 -ACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATATCTTTTTTTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTC
64 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTTGAGGAAGACATTC
* * *
7201 AA-TATAATATTTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTAAAAT
129 AATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * *
7241 TAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
1 TAAAATTAATTATGAGATTAAAAAA
7266 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 560, Mismatches: 133, Indels: 30
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 42 0.08
170 27 0.05
171 468 0.84
172 23 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TAAAATTAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAATGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGA
CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTTGAGGAAGACATTCAA
TTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
Found at i:9595 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9095--9622 Score: 510
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
9085 NNNNNNNNNN
* * *
9095 TATAGT-ACCCCATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGATTTTATAAGCTCACAAT
1 TATAGTCA-CCCATG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGATTTTATAACCTCATAAT
* * * **
9158 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTACAACAGATTATAAATTGAATGTCTACCTTG
64 TGATTTTAAGTCGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTAT-AATTGAATGTCTACCTCA
* ** *
9223 GGAAACATGAAGAAAAAGATATCCACCGGCAAGAAAAGTCTATT
128 AGAAACATGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * *
9267 TATATTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTATAAATGGTTTTTTAATCTCATAATT
1 TATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCT-TAAATGATTTTATAACCTCATAATT
** * * **********
9331 -ATTTTTAAG-CTGAAAGTTTTTACATTTTTTAATAAAATANNNNNNNNNNGAATGTCTACCTCA
65 GA-TTTTAAGTC-GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * *
9394 AAAAACGTAAAGAAAATGATATCTATTGGCAAGAGAAGTCCATT
128 AGAAACATGAAGAAAA-GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
9438 CATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACACGCCTTAAATGCTTTTATAACCTCATAATTG
1 TATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTG
* * *
9503 ATTTTAAGTCGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGCTTATAATTG-ATGATCTGCCTCATG
66 ATTTTAAGTCGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATG-TCTACCTCAAG
*
9567 AAACATGAAGCAAAAGATTTCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
130 AAACATGAAG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
*
9609 TGTAGTCACCCATG
1 TATAGTCACCCATG
9623 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 70, Indels: 23
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.03
171 183 0.67
172 84 0.31
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTG
ATTTTAAGTCGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
AACATGAAGAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
Found at i:12352 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11864--12398 Score: 493
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 169
11854 NNNNNNNNNN
* * *
11864 TATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAA-TTTTTATATATTTTTTATTAAAACAAGTTATAATT
1 TATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTA-AAAATTTTTATT-AAACAAATTATAATT
* * * *
11928 GAATGTCTACCTTGAGAAGCATGAAGAAAAAGATATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTC
64 GAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTC
* ********** *
11993 A-CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTT
129 ACCT-AT-ACTTCGAAAGCCTTATTACTCACCTCAAATGATTT
* * * ** *
12035 TATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAACTTTTTT--CTATTTTTATTAACACAAATTATAGTT
1 TATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAA-TTTTTTAAAAATTTTTATTAA-ACAAATTATAATT
** * * * **********
12098 GAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAGAAAGATATCCATTAGCAAGANNNNNNNNNNTATAGTC
64 GAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTC
* * * *
12163 ACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTCACATGATTT
129 ACCTAT-ACTTCGAAAGCCTTATTACTCACCTCAAATGATTT
*
12205 TATAACCTCACAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTAAAAATTTTTATTGAAACAAATTATAATTG
1 TATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTAAAAATTTTTATT-AAACAAATTATAATTG
* * * *
12270 AATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCA
65 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCA
* * *
12335 CCTATATCTTTGAAAGCCTTATTACTCACCTGAAATGTTTT
130 CCTATA-CTTCGAAAGCCTTATTACTCACCTCAAATGATTT
12376 TATAACCTCATAATTGATTTTAA
1 TATAACCTCATAATTGATTTTAA
12399 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 73, Indels: 16
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.03
170 118 0.42
171 150 0.53
172 2 0.01
173 5 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTAAAAATTTTTATTAAACAAATTATAATTGA
ATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCAC
CTATACTTCGAAAGCCTTATTACTCACCTCAAATGATTT
Done.