Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398610.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_19.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5227
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.11, T:0.33
Warning! 714 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1349 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 478--1604 Score: 629
Period size: 172 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
468 NNNNNNNNNN
* *
478 TACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTAATTTTTTTTACTTTTTTGA
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTAC-TTTTTGA
* * * * * *
543 TT-AAAAATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATT-GACAT
64 TTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAACCTATCCATTAG-CAA
* *
606 GAAAAG-TCTATTTATAGTCACTTAAA-CATT-CGAAAGCCTTAT
128 GAAAAGCTC-ATTTAGAGTCAC-CAAAGC-TTCCGAAAGCCTTAT
* * * * * *
648 TACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGAATACTCTTTACATTCTT-
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAT-TTTTTTAC-TTTTTG
* * * * * * * *
712 AGTTAAAATAGATTATAGTTGAATCTTTACCTTAGGAAACATGAACAAAAATCCGT-T-CATTGG
63 A-TTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAA-CC-TATCCATTAG
* * * * * ******************
775 TAAAAAAAGGC-CATTCATAGTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAT
125 CAAGAAAA-GCTCATTTAGAGTCACCAAAGCTTCCGAAAGCCTTAT
** * *
820 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTCTTTATA-TTTTTT
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTT-TTT-TACTTTTTG
* * ** * * * * * *
884 ATTAAAACATATTATAATTAAATGTTTGTCTCGAGAAATATGAAGAAAAA-CTCATTCATTGGCA
63 ATTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAACCT-ATCCATTAGCA
* * * * *
948 AGAAAAGC-CTAGTTATAGTCACCTAAGCCTT-TGAAAGTCTTAT
127 AGAAAAGCTC-ATTTAGAGTCACCAAAG-CTTCCGAAAGCCTTAT
* *** * * * *
991 TTCTTTTTTTAAATGGTTTTGTGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGC
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTAC-TTTTTGA
* * *** ** * * *
1056 TTAAAACATATTATAATTTAATGTTTACCTCAAGAAACATGGAGAAAAACCCATTCATT-GATAA
64 TTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAACCTATCCATTAG-CAA
* * * *********
1120 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-C-ANNNNNNNNNN
128 GAAAAGCTCATTTAGAGTCACCAAAG-CTTCCGA-AAGCCTTAT
*********
1162 NNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACTTTTTAG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA--TTTTTTTACTTTTT-G
* ** * * * *
1227 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCCACCTTGGGAAACGTAAAGCAAAA-GTCATCCATTAGTA
63 ATTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAACCT-ATCCATTAGCA
* * * * *
1291 TGAAAAG-TCTTTTTATAGTCACTAAAGCCTT-TGAAAGCCTTAT
127 AGAAAAGCTC-ATTTAGAGTCACCAAAG-CTTCCGAAAGCCTTAT
** * * * * *
1334 TACTTGCTTTAAATGGCTTTGTAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTCCATTTTTG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAT-TTTTTTAC-TTTTTG
* * * * * *
1399 GTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAAACCTATTCATTGGCAA
63 ATTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAACCTATCCATTAGCAA
1464 GAAAAGCTCATTTAGAGTCACCAAAGCTTCCGAAAGCCTTAT
128 GAAAAGCTCATTTAGAGTCACCAAAGCTTCCGAAAGCCTTAT
* *
1506 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGTTTTTAAGTTAA-TTTTTTACTTTTTGATT
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACTTTTTGATT
1570 AAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAA
66 AAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAA
1605 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 721, Mismatches: 198, Indels: 78
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 41 0.06
169 10 0.01
170 52 0.07
171 254 0.35
172 344 0.48
173 19 0.03
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACTTTTTGATT
AAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAACCTATCCATTAGCAAGAA
AAGCTCATTTAGAGTCACCAAAGCTTCCGAAAGCCTTAT
Found at i:2054 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1756--2912 Score: 986
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 168
1746 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
1756 GATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACGTAAAGAAAAACCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
1 GATTATAATTGAATGTTT-CCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CC
* * * * * * *
1821 -ATTTATAGTCA-CTGAAGCCTTCGAAAGACTTTTTATTTGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCAT
64 TATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
1884 AATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATATTTTATTAAAACA
128 AATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACAT-TTTTATTAAAACA
* ** *
1927 GATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAATATGGAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCT
1 GATTATAATTGAATGTTT-CCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCT
* * * * *
1992 ATTTATAGTTACCTAAGCGTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGATTTTATCATCTCATAA
65 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
*
2057 TTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTACTTAAAACA
130 TTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTA-TTAAAACA
* * * * * * *
2098 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGTGAAATAAGGAGAAAAACCCATTCATCGACAATAAAAGCCC
1 GATTATAATTGAATGTTT-CCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCT
* * * *
2163 ATTTATAGTCCCCTAAGCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCACATAA
65 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
* * *
2228 TTGATTTTAAGGTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTGAAAACA
130 TTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACA
* * ** *
2271 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAA-ACGTGAAGTAAAATCCATTCATTAACAAAAAAAAG
1 GATTATAATTGAATGTTT-CCTTGAGAAATA--TGAAGAAAAACCCATTCATTGGC-AAGAAAAG
* * * ** * * * * * * *
2334 TCTAATTATAGTCGTCC-ATTCTTTTAAAAGCTTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
62 CCTATTTATAGTC-ACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * *
2398 ATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
126 ATAATTGATTTTAAGTTG-A-ATTTTTTACATTTTT-ATTAAAACA
* * * * * *
2444 GATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAATAAGAAAAAAAACTCGTTCATTGGCAAAAAAAG-CT
1 GATTATAATTGAATG-TTTCCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCT
** * * ** * * *
2508 CATTTATAGTCACCTAAATCTTTAAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACCTTATA
65 -ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* * *
2573 GTTGATTTTAAGTTGAAATTTGTTACATTTGTTTTTAAAACA
129 ATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTT-TTATTAAAACA
** ** * *
2615 -AGTTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATACATTGGCAAGAAAAGTC
1 GA-TTATAATTGAATG-TTTCCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
* *** * * * * * *
2679 TAATTATAGTCACTCTTTCCCTT-AAAATCCTTATTACACACTTTAAAT-AGTTTCACAACCTCA
64 TATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCA
* * * *
2742 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATATTTAGGTAAAATA
127 TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTA-TTAAAACA
* * * * *
2786 GATTATAATTCAATGTCTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGACAAGAAAAGTCC
1 GATTATAATTGAATGT-TTCCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CC
* * * *
2851 -ATTTATAGGCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCA
64 TATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCA
2913 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 810, Mismatches: 147, Indels: 58
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 21 0.03
171 501 0.62
172 90 0.11
173 114 0.14
174 79 0.10
175 4 0.00
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
GATTATAATTGAATGTTTCCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTA
TTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTATTAAAACA
Found at i:3831 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 3123--5227 Score: 1969
Period size: 342 Copynumber: 6.1 Consensus size: 337
3113 NNNNNNTTTA
* * * *
3123 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCACT-AGCA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTGCTTAGGAAACGTGAAGAAAAA-CCATTCATTGA-CA
* * * ** * * *
3187 AGAAAAATGCAATTATAGTCACTCATTCCTTCGAAGGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTATGT
63 AGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAT-ATTTTGT
* * * *
3252 AAAT-ACATAATTGATTTTTAGATGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
127 -AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * ** * *
3316 ATGTTTTCCTAGAAAAATGTGTAGAAAAACCCATTCATTGATAAG-AAAGGCTTATTTATAGTCA
191 ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGATAAGAAAAGTC-TATTTATAGTCA
* ** * *
3380 CCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAA
254 CCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG
*
3445 TTGAATTGTTTTACATTTTT
319 TTAAATT-TTTTACATTTTT
* * * * * *
3465 GGCTAAAACGGATTATAGTTGAATGTTTGCATGGGAAACGTGAAGGAAAACCAATTCATTGACAA
1 -GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTAGGAAACGTGAAGAAAAACC-ATTCATTGACAA
** * **
3530 GAAAAGTCCAATTATAGTTGCCTATTCCTTTAAAAGCCTTACTGTTCACTTTAAATCATTTTGTA
64 GAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAT-ATTTTGTA
* *
3595 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
128 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * **
3660 GTTTGCTTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCGT-TTTATAGTCACC
193 GTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGATAAGAAAAGTC-TATTTATAGTCACC
* * *
3724 CAAACCTTTAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAACCTGATAATTAATTTTAAGTT
256 CAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
3789 AAAAGTTTTTATATTTATT
321 -AAATTTTTTACATTT-TT
* * * * * ** * * *
3808 TTTAAAACAGGTTACAATTGAATGTTTTCTTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATCGATAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAA
* * **
3873 GAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATT--TTCTCAAAATCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTG
64 GAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTT-T-AAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATA-TTTTG
** * * *
3936 TAATCTCATAATTGATTTTGTGTTGAATATGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAGTTGA
126 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
* ** * * * *
4001 ATGTTTGTCTCAAGAAATATGAAGAAAAACCTGTTCATTGGTGAA-AAAA-ACTATTTATAGTCA
191 ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGAT-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* * * * ** ***
4064 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCATTTTAAATATTTTTATATTTTCATAATTGATTTTAAG
254 CCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG
*
4129 TTAAATTTTTTATATTTTT
319 TTAAATTTTTTACATTTTT
* * * * *
4148 GGCTAAAACAGATTAAAATTGACTATTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGAC
1 -GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-GCTTAGGAAACGTGAAGAAAAA-CCATTCA-TTGAC
* * * * *
4213 AAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGTCTAACTACTCACTTTAAATGGTTTTG
62 AAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAT-ATTTTG
* * * *
4278 TAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGATTAGAATTGA
126 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * *
4343 CTGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTAC
191 ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
** * * ** * **
4408 CCATGCGTTCAAAAGCCTTATGACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGT
255 CCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGT
* *
4473 TGAATTTTATTACATTTTG
320 TAAATTTT-TTACATTTTT
* * * * * *
4492 GTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAACCCATTCATTGACAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-GCTTAGGAAACGTGAA-GAAAAACCATTCATTGACAA
* * * * * * * * * *
4557 GAAAAGTCTATTTACAGTCACTCAAGT-CTTCAAAAGCTTTAATACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
64 GAAAAGTCCAATTATAGTCAC-CCATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATA-TTTTGT
* * *
4621 AATCGCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTAC-TTTTTAGATTAAAATATATTATAATTGA
127 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGA
*** * * * * *
4684 ATGTCCACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAATCATCCATTAATATGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
191 ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * * *
4749 TCAAACCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGT
255 CCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGT
4814 TGAATATTTTTTACATTTTTT
320 T-AA-ATTTTTTACA-TTTTT
* * * * * * *
4835 GTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTGGCTCAGAAAACATAAAGAAAAACCTATTCATTGGCAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-GCTTAGGAAACGTGAAGAAAAACC-ATTCATTGACAA
* * ** ** * *
4900 -AAAAATCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA-CCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTA
64 GAAAAGTC-CAATTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC-TTACTACTCACTTTAAAT-ATTTTG
* * * *
4963 TAATCTCATAATTGATTTTACGTT-AAT-TTTTTTACTTTTTTTA-TTAAAAAATATTATAATTG
126 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * *
5025 AATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGTAAAAACCATCCATTGATATGAAAAGTTTATTTATAGTCA
190 AATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
** * * **
5090 CTTAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAA-TTTAAATGATTTTGT-ACACTCATAATTGACATTA
254 CCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACT-AACTTTAAATGGTTTTATAAC-CTCATAATTGATTTTA
* *
5153 AGTTTAATGTTTTTTACATTCTTG
317 AG-TTAA-ATTTTTTACATT-TTT
* * *
5177 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAC
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-GCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAC
Statistics
Matches: 1461, Mismatches: 258, Indels: 87
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 7 0.00
341 200 0.14
342 787 0.54
343 441 0.30
344 26 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTAGGAAACGTGAAGAAAAACCATTCATTGACAAGA
AAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATATTTTGTAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
TGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAAC
CTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
TTTTACATTTTT
Found at i:3880 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3123--5227 Score: 1738
Period size: 171 Copynumber: 12.3 Consensus size: 169
3113 NNNNNNTTTA
* * *
3123 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCACT-AGC
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGA-T
* * * ** * * *
3186 AAGAAAAATGC-AATTATAGTCACTCATTCCTTCGAAGGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTAT
63 AAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT-T
* * * **
3250 GTA-AAT-ACATAATTGATTTTTAGATGAATGTTTTTTACATTTTT
126 -TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAAATTTTTTACATTTTT
* * * ** *
3294 AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTAGAAAAATGTGTAGAAAAACCCATTCATTGATA
1 -GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGATA
* * * *
3359 AG-AAAGGCTTATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTA
64 AGAAAAGTC-TATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
3423 TAACCTCATAATTGATTTTAAATT-GAATTGTTTTACATTTTT
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATT-TTTTACATTTTT
* * * * * * * * *
3465 GGCTAAAACGGATTATAGTTGAATG-TTTGCATGGGAAACGTGAAGGAAAACCAATTCATTGACA
1 -GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGATA
* * ** * ** * * ** ** *
3529 AGAAAAGTCCAATTATAGTTGCCTATTCCTTTAAAAGCCTTACTGTTCACTTTAAATCATTTTGT
64 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
**
3594 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTT
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAATTTTTTACATTTTT
* * * **
3636 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCGTTCATTGGCA
1 -GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGATA
* *
3701 AGAAAAGTCGT-TTTATAGTCACCCAAACCTTTAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTA
64 AGAAAAGTC-TATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
3765 TAACCTGATAATTAATTTTAAGTTAAAAGTTTTTATATTTATT
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTT-TT
* * * * * * *
3808 TTTAAAACAGGTTACAATTGAATGTTTTCTTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATCGATAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGATAA
* *** * * * *
3873 GAAAAGTCTAATTATAGTCACCC-ATTTTCTCAAAATCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTGT
65 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
** * *
3937 AATCTCATAATTGATTTTGTGTTGAATATGTTTTACATTTTT
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAATTTTTTACATTTTT
* * ** * * *
3979 GGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTTTGT-CTCAAGAAATATGAAGAAAAACCTGTTCATTGGT
1 -GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-TCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGAT
* * * * **
4043 GAA-AAAA-ACTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCATTTTAAATATTTTT
63 -AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
4106 ATATTTTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTT
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTT
* * * * * *
4148 GGCTAAAACAGATTAAAATTGACTATTTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGA
1 -GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAA-CCATTCA-TTGA
* * * * ** * * * * *
4212 CAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGTCTAACTACTCACTTTAAATGGTTTT
62 TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * *
4277 GTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTATG
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAATTTTTTACATTT-TT
* * * *
4322 GTTAAAATAGATTAGAATTGACTGTCTGT-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGATA
* ** * * **
4386 AGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATGACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
64 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
** * *
4451 AATCTCATAATTGATTTTTGGTT-GAATTTTATTACATTTTG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTT-TTACATTTTT
* * * ** * * *
4492 GTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAACCCATTCATTGACAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAA-GAAAAACCATTCATTGATAA
* * ** * * * *
4557 GAAAAGTCTATTTACAGTCACTCAAGTCTTCAAAAGCTTTAATACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
65 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* **
4622 ATCGCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTAC-TTTTT
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTT
* * *** * * * *
4661 AGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCCACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAATCATCCATTAAT
1 -G-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGAT
* * * * * *
4726 ATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTG
63 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
4791 TAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTT
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAATTTTTTACA-TTTTT
* * ** * * **
4835 GTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTGGC-TCAGAAAACATAAAGAAAAACCTATTCATTGGCA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGATA
* * * *
4899 A-AAAAATCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA-CCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
64 AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
4962 ATAATCTCATAATTGATTTTACGTT-AATTTTTTTACTTTTTTT
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTAC-ATTTTT
* * * * * *
5005 ATTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGTAAAAACCATCCATTGATAT
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGATAA
* ** * * *
5070 GAAAAGTTTATTTATAGTCACTTAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGATTTTGTA
65 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
** ** *
5135 CA-CTCATAATTGACATTAAGTTTAATGTTTTTTACATTCTTG
130 -ATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAAATTTTTTACATT-TTT
*
5177 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAC
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAC
Statistics
Matches: 1542, Mismatches: 333, Indels: 117
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 65 0.04
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174 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGATAAG
AAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTT
Found at i:4249 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 3123--5226 Score: 2040
Period size: 513 Copynumber: 4.1 Consensus size: 512
3113 NNNNNNTTTA
* * *
3123 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCACT-AGCA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CA
* * ** ** * *
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* * * * *
3252 AAATACATAATTGATTTTTAGATG-AATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
130 AACT-CATAATTGATTTTAAGTTGAAAAG-TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGA
* * ** * * *
3316 ATGTTTTCCTAGAAAAATGTGTAGAAAAACCCATTCATTGATAAG-AAAGGCTTATTTATAGTCA
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* * * * **
3380 CCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAA
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* * * **
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* * * ** * ** *
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385 AGAAAAACC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATC
** *
3572 TGTTCACTTTAAATCATTTTGTA-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTT
449 -ACTCACTTTAAATCATTTTGTATATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATATTTTTTACATTTTT
*
3636 A
512 G
* * * * *
3637 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-GCTTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCGTTCATTGGCA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
*** * * * *
3701 AGAAAAGTCGTTTTATAGTCACCCAAACCTTTAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAT
65 AGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAAACCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGT
* * * * * *
3766 AACCTGATAATTAATTTTAAGTT-AAAAGTTTTTATATTTATTTTTAAAACAGGTTACAATTGAA
130 AA-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAAGTTTTTACATTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
3830 TGTTTTCTTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATCGATAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACC
193 TGTTTTCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
*** * * * *
3895 C-ATTTTCTCAAAATCCTTGTTACTCACTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTGTG
258 CAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTATG
* * **
3958 TTGAATATGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTTTGTCTCAAGAAATATGA
321 TTGAAT-TGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGA
* ** *
4023 AGAAAAACCTGTTCATTGGTGAA-AAAA-ACTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
385 AGAAAAACC-ATTCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
4086 CACTCATTTTAAAT-ATTTT-TATATTTTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTATATTTTT
448 CACTCACTTTAAATCATTTTGTATA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTAATATTTTTTACATTTTT
4148 G
512 G
* * * * *
4149 GCTAAAACAGATTAAAATTGACTATTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGACA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACA
** * * *
4214 AGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGTCTAACTACTCACTTTAAATGGTTTTGT
65 AGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAAACCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGT
* * * * * * *
4279 AATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGATTAGAATTGAC
130 AA-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAAGTTTTTACATTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* *
4344 TGTCTGTCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTAC
193 TGT-TTTCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * ** *
4408 CCATGCGTTCAAAAGCCTTATGACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-TGG
257 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAT-G
* * **
4472 TTGAATT-TTATTACA-TTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGA
321 TTGAATTGTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGA
* * * * *
4535 AGGAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCAAGTCTTCAAAAGCTTTAAT
385 A-GAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT-AT
* * * *
4600 -ACTCGCTTTAAAT-AGTTT-TATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTAC-TTTTT
448 CACTCACTTTAAATCATTTTGTAT-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATATTTTTTACATTTTT
4661 AG
512 -G
* * * ** * * * * *
4663 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCCACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAA-TCATCCATTAATA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACA
* * * * * *
4727 TGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTGT
65 AGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAAACCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGT
* * * *
4792 AAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATATTTGAA
130 -AACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAAGTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * ** *
4857 TGTTTGGCTCAGA-AAACATAAAGAAAAA-CCTATTCATTGGCAA-AAAAATCTCATTTATAGTC
193 TGTTT-TCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGATAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTC
*
4919 ACCCAAGCCTTCGAAA-CCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
255 ACCCAAGCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * ** * * **
4983 CGTT-AATTTTTTTACTTTTTTTATTAAAAAATATTATAATTGAATGTTT-TCCTTGAGAAACGT
319 TGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGT-CTCAAGAAACGT
* * * * ** *
5046 GAAGTAAAAACCATCCATTGATATGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTAAACCTTCAAAAGCCTTA
383 GAAG-AAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * ** * *
5111 TTACTCAATTTAAATGATTTTGTACA-CTCATAATTGACATTAAGTTTAATGTTTTTTACATTCT
447 TCACTCACTTTAAATCATTTTGTATATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATATTTTTTACATTTT
5175 TG
511 TG
*
5177 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAA
5227 C
Statistics
Matches: 1301, Mismatches: 241, Indels: 97
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 3 0.00
512 138 0.11
513 636 0.49
514 476 0.37
515 45 0.03
516 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (512 bp):
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
GAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAAACCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTA
ACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAAGTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
TTTCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAA
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAA
TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
ACCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACT
TTAAATCATTTTGTATATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATATTTTTTACATTTTTG
Done.