Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398611.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_190.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1847
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Found at i:304 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11--1698 Score: 1568
Period size: 172 Copynumber: 9.8 Consensus size: 171
1 ACATTATTCG
* * * * * *
11 CTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTTATTT-TATGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTT
1 CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAAT-TTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTA
* * * * * * * * * *
73 AAAGAAACTATAATTGAATGTTTA-CTTCGAGAAACGTATAGAAAAAGATATTTATTAGCAAGAA
64 AAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCCT-AAGAAACATAAAGAAAAA-ATATTCATTGGCAAGAA
* * **
137 AAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTCCTACTCA
127 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
182 CTTTAAATGTTTTTATAAACTCAAAACTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTACTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAA
* * * *
247 ACAGACTAGAACTT-AACGTCTACCCTGAGAAACATGAAGGAAAAAATATTCATTAGCAAGAAAA
66 ACAGACTAGAA-TTGAATGTCTACCCTAAGAAACAT-AAAGAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
311 GTCTATTTATATTCACCTATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCA
129 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * ** *
354 CTTTAAATGGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTCTTTCGT---TTCTTAGTTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTT-GTACATTTTTAGTTA
* * * * * * ** ** * * *
416 ACACATATTATAATTGAACGTCAACCCCGAGAAACATAAAGAAAAGAGCATTAATTAGCAAGAGA
64 AAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCCTAAGAAACATAAAGAAAA-AATATTCATTGGCAAGAAA
* *
481 AGTCCATTTATAGTCACCCACTT-GTTCAAAAGCATTATTACTCA
128 AGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *
525 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * *
590 ACAGACTACG-ATTGAATGTCTACCTTAAGAATCCTGATG-ACAAATGCATTCATTGACAAGAAA
66 ACAGACTA-GAATTGAATGTCTACCCTAAGAAACATAAAGAAAAAAT--ATTCATTGGCAAGAAA
* * * * *
653 AGTCCATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCGTATTATTCA
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * *
697 CTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTTATTTTAAGTTGAATT-TTTCTACATTTTTAGTTTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAA
* * **
760 AACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTCAAGAAACGTATCGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAA
65 AACAGACTAGAATTGAATGTCTACCCT-AAGAAACATAAAGAAAAAA-TATTCATTGGCAAGAAA
** * *
824 AGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCA-GACTCG
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCA
* ** *
868 CTTCAAATATTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT-AAGTTCTTTGTACA-TTTTGGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTGTACATTTTTAGTTAA
* * * * * *
931 AACAGACTAGAATTAAATGTCTACCTTCAGAAACATCAAGAAAAAAGCATTCAGTGGCAAGAAAA
65 AACAGACTAGAATTGAATGTCTACCCTAAGAAACATAAAGAAAAAA-TATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
996 GTCCACTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCA
129 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
** ** * * * *
1039 CTTTAAATGGTTTCGTAATGC-CGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTAGTT-
1 CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTGTACATTTTTAGTTA
* * * *
1102 AAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCT-AGAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAATAA
64 AAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC-CTAAGAAACATAAAGAAAAA-ATATTCATTGGCAAGAA
* *
1166 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCA
127 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * ** * *
1211 CTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAAATGATTTTAAGTTCAAATT-TTTTTGC-TTTTCTAGTTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTT-TAGTTA
*** * * ** *
1274 AAACATTTTATAATTGAATGTCTACCCCAAGAAACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAGA
64 AAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCCTAAGAAACATAAAGAAAA-AATATTCATTGGCAAGAAA
* * *
1339 AGTCCATTCATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCA
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
*
1383 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * *
1448 ATAGA-TGAGGATTGAATGTATACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTTATTGGCAAGAAAA
66 ACAGACT-AGAATTGAATGTCTACCCTAAGAAACATAAAGAAAAAA-TATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
1512 GTCCATTCAGAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCA
129 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
1555 GTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTATAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAA
* * ** * * * ** * * *
1620 ACATACTAGAATTTAATGTCTACGATGAGAAACATGAATAAAAAGCATTTATTGGGAAGAAAAAT
66 ACAGACTAGAATTGAATGTCTACCCTAAGAAACATAAAGAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGT
*
1685 CCATATATAGTCAC
131 CCATTTATAGTCAC
1699 TTTAAATAAT
Statistics
Matches: 1228, Mismatches: 244, Indels: 90
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 36 0.03
171 448 0.36
172 692 0.56
173 49 0.04
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAA
ACAGACTAGAATTGAATGTCTACCCTAAGAAACATAAAGAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:643 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 11--1698 Score: 1709
Period size: 343 Copynumber: 4.9 Consensus size: 340
1 ACATTATTCG
* * * * * *
11 CTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTTATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATGCCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTCTTTACATTTTTAG-TTAAA
* * ** * * * * *
76 GAAACTATAATTGAATGTTTACTTCGAGAAACGTATAGAAAAAGATATTTATTAGCAAGAAAAGT
64 CAGACTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * ** * *
141 CCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTCCTACTCACTTTAAATGTTTTTATAAACTCAA
128 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* * *
206 AACTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTACTTAAAACAGACTAGAACTT-AACGTCTAC
193 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAA-TTGAATGTCTAC
* * * * * *
270 CCTGAGAAACATGAAGGAAAAAA-TATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCTATTAC
257 CCTAAGAAACATGAA-GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTAC
* *
334 TTCAAAAGCCTAATTAATCA
321 TTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *
354 CTTTAAATGGTTTTATACT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTCTTT-CGTTTCTTAGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATGC-CAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTCTTTACATTT-TTAGTTAA
* * * * * * * *
417 CACATATTATAATTGAACGTCAACCCCGAGAAACATAAAGAAAAGAGCATTAATTAGCAAGAGAA
63 -ACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACATAAAGAAAA-AGTATTCATTGGCAAGAAAA
* *
482 GTCCATTTATAGTCACCCACTT-GTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
126 GTCCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* *
546 CAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTGGTTAAAACAGACTACG-ATTGAATGTC
190 CAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTA-GAATTGAATGTC
* * * * * * * * *
610 TACCTTAAGAATCCTGATGACAAATGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATG
254 TACCCTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * * *
675 CCTTCAAAAGTCGTATTATTCA
319 ACTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
697 CTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTAGTTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATGCCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTCTT-TACATTTTTAG-TTAAA
* * * **
762 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTATCGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGT
64 CAGACTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACATAAAG-AAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * * * **
827 TTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCA-GACTCGCTTCAAATATTTTTATAATCTCA
128 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* *
891 AAATTGATTTAAATTT-AAGTTCTTTGTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTAAATGTCTA
192 AAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTA
* * * * *
954 CCTTCAGAAACATCAAGAAAAAAGCATTCAGTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCA-TAC
256 CCCTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTA-
*
1018 CTTCAAAAGCTTTATTACTCA
320 CTTCAAAAGCCTTATTACTCA
** ** * *
1039 CTTTAAATGGTTTCGTAATGCCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATGCCAAAATTGATTTTAAGTT-AA--ATTCTTTACATTTTTAGTTAA
** * *
1104 ACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAATAAAAG
63 ACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACATAAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
1169 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCA
127 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * ** * * *** *
1234 AAAATGATTTTAAGTTCAAATT-TTTTTGC-TTTTCTAGTTAAAACATTTTATAATTGAATGTCT
192 AAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTT-TAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCT
* * * * * * *
1297 ACCCCAAGAAACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTCATAGTCACCTATTC
255 ACCCTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTA
*
1362 CTTCAAAAGCCTTATTGCTCA
320 CTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
1383 CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATGC-CAAAATTGATTTTAAGTTAAATTC-TT-TACATTTTTAGTT-A
* ** * *
1447 AATAGA-TGAGGATTGAATGT-ATACCTTC-AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTTATTGGCAAGA
62 AACAGACT-ATAATTGAATGTCA-ACC-TCGAGAAACATAAAG-AAAAAGTATTCATTGGCAAGA
* * * *
1509 AAAGTCCATTCAGAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAAT
123 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
1574 CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTATAGTTAAAACATACTAGAATTTAATGT
188 CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGT
** * * * * * *
1639 CTACGATGAGAAACATGAA-TAAAAAGCATTTATTGGGAAGAAAAATCCATATATAGTCAC
253 CTACCCTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
1699 TTTAAATAAT
Statistics
Matches: 1112, Mismatches: 195, Indels: 76
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 3 0.00
342 166 0.15
343 607 0.55
344 318 0.29
345 18 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATGCCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTACATTTTTAGTTAAACA
GACTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
TGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCCTA
AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAA
AAGCCTTATTACTCA
Found at i:1327 original size:686 final size:681
Alignment explanation
Indices: 3--1698 Score: 1943
Period size: 686 Copynumber: 2.5 Consensus size: 681
1 AC
* * *
3 ATTATTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTTATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTT
1 ATTATTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTT
* * * * *
68 AGTTTAAAGAAACTATAATTGAATGTTTACTTCGAGAAACGTATAG-AAAAAGATATTTATTAGC
66 AGTTTAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTC-AGAAACGTATAGAAAAAAG-TATTTATTGGC
* * * *
132 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTCCTACTCACTTTAAATGTTTTTA
129 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCATACTCGCTTTAAATGTTTTTA
* * *
197 TAAACTCAAAACTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTACTTAAAACAGACTAGAACTTA
194 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA-TTTTAGTTAAAACAGACTAGAA-TTA
* * * * * *
262 ACGTCTACCCTGAGAAACATGAAGGAAAAAA-TATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCA
257 ATGTCTACCATGAGAAACATGAA-GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCA
* * *
326 CCTATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAG
320 CCCATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * *
391 TTCAAATTCTTTCGTTTCTTAGTTAACACATATTATAATTGAACGTCAACCCCGAGAAACATAAA
385 TTCAAATTCTTTCATTTCTTAGTTAACACAGACTATAATTGAACGTCAACCCCGAGAAACATAAA
* *
456 GAAAAGAGCATTAATTAGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCACTTGTTCAAAAGCATTATTA
450 GAAAAGAGCATTAATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTTCTTCAAAAGCATTATTA
* * ** *
521 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTGGT
515 CTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAAATGATTTAAATTCAAATTCTTTG-ACATTTTTAGT
* ** * * * * *
586 TAAAACAGACTACGATTGAATGTCTACCTTAAGAATCCTGATGACAAATGCATTCATTGACAAGA
579 TAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCCCAAGAAACATAAAGACAAAAGCATTCATTGACAAGA
* * *
651 AAAGTCCATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCGT
644 AAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCGT
689 ATTATTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTT
1 ATTATTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTT
* * *
754 AGTTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTATCGAAAAAAGTATTCATTGGCA
66 AGTTTAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTC-AGAAACGTATAGAAAAAAGTATTTATTGGCA
** * * *
819 AGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCAGACTCGCTTCAAATATTTTTAT
130 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCATACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
*
884 AATCTCAAAATTGATTTAAATTT-AAGTTCTTTGTACATTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTAAA
195 AATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTGTACATTTTAGTTAAAACAGACTAGAATT-AA
* * * *
948 TGTCTACCTTCAGAAACATCAAGAAAAAAGCATTCAGTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACC
258 TGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACC
* * * * **
1013 CA-TACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCGTAATGC-CGTAATTGATTTTAAG
322 CATTA-CTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTTCATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * ** * *
1076 TTGAATTTTTTTTTACATTT-TTAGTTAA-ACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACAT
385 TTCAA--ATTCTTT-CATTTCTTAGTTAACACAGACTATAATTGAACGTCAACCCCGAGAAACAT
* * * * * *
1139 AAAGAAAA-AGGTATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTTAAAAGCCT
447 AAAGAAAAGA-GCATTAATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTT-CTTCAAAAGCAT
* * *
1202 TGTTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAAATGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTG-C-TT
510 TATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAAATGA-TTTAAATTCAAA-TTCTTTGACATT
*** *
1265 TTCTAGTTAAAACATTTTATAATTGAATGTCTACCCCAAGAAACATAAAGA-AAAGAGCATTCAT
573 TT-TAGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCCCAAGAAACATAAAGACAAA-AGCATTCAT
* * * * *
1329 TGGCAAGAGAAGTCCATTCATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
636 TGACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCGT
** * * * * * *
1375 ATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTT
1 ATTATTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTTATTTTAAGTTGAATT-TTTCTACATTT
* * * ** *
1439 TTGGTTAAAATAGA-TGAGGATTGAATGTATACCTTCAGAAACATGA-AGAAAAAAGTATTTATT
64 TTAGTTTAAACAGACT-ATAATTGAATGTATACC-TCAGAAACGT-ATAGAAAAAAGTATTTATT
* * * *
1502 GGCAAGAAAAGTCCATTCAGAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTT-ATTACTCAG-TTTAAATGG
126 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCA-TACTC-GCTTTAAATGT
* *
1565 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTATAGTTAAAACATACTAGA
189 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTT-TAGTTAAAACAGACTAGA
* * * * *
1630 ATTTAATGTCTACGATGAGAAACATGAA-TAAAAAGCATTTATTGGGAAGAAAAATCCATATATA
253 A-TTAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TATA
1694 GTCAC
316 GTCAC
1699 TTTAAATAAT
Statistics
Matches: 856, Mismatches: 128, Indels: 51
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
684 11 0.01
685 135 0.16
686 444 0.52
687 211 0.25
688 53 0.06
689 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (681 bp):
ATTATTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTT
AGTTTAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTCAGAAACGTATAGAAAAAAGTATTTATTGGCAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCATACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
ATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTAATGT
CTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATT
ACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAA
TTCTTTCATTTCTTAGTTAACACAGACTATAATTGAACGTCAACCCCGAGAAACATAAAGAAAAG
AGCATTAATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTTCTTCAAAAGCATTATTACTCACT
TTAAATGGCTTTATAATCTCAAAAATGATTTAAATTCAAATTCTTTGACATTTTTAGTTAAAACA
GACTACAATTGAATGTCTACCCCAAGAAACATAAAGACAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
ATTCATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCGT
Found at i:1744 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 1579--1841 Score: 343
Period size: 143 Copynumber: 1.8 Consensus size: 143
1569 ATAATCTCAA
* *
1579 AATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGT-ACATTTATAGTTAAAACATACTAGAATTTAATGTCTA-
1 AATTGATTTAAATTTGAATTTTTT-TAACATTTATAGTT-AAACAGACTAGAATTGAATGTCTAT
* * * *
1642 CGATGAGAAACATGAA-TAAAAAGCATTTATTGGGAAGAAAAATCCATATATAGTCACTTTAAAT
64 C-ATGAGAAACACGAAGGAAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAATCCATATATAGTCACTTTAAAT
1706 AATTTTGTAATGTCGT
128 AATTTTGTAATGTCGT
* * * *
1722 AATTGATTTTAATTTGATTTTTTTTAACATTTTTAGTTAAACAGACTAGAATTGAATGTCTATCT
1 AATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTAACATTTATAGTTAAACAGACTAGAATTGAATGTCTATCA
* * * * *
1787 TGAGAAATACGAAGGAAAAAGTATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
66 TGAGAAACACGAAGGAAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAATCCATATATAGTCAC
1842 CTATTA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 15, Indels: 6
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
142 34 0.33
143 68 0.67
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (143 bp):
AATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTAACATTTATAGTTAAACAGACTAGAATTGAATGTCTATCA
TGAGAAACACGAAGGAAAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAATCCATATATAGTCACTTTAAATAAT
TTTGTAATGTCGT
Done.