Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398612.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_190.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3054
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.09, T:0.27
Warning! 873 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:632 original size:345 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--1703 Score: 1838
Period size: 345 Copynumber: 5.0 Consensus size: 341
* * *
1 ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGCCGTAATTGA
1 ATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGA
********** *
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTNNNNNNNNNNTTAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCTAA
66 TTTTAAGTTGAA--TTTTTTTTACATTTTTGATTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AA
* * * * *
131 -AAATATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAATAAAATTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
128 GAAACATAAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
195 AGCCTTATTACTCACTTTAAATTA-TTTTCTAATCTCAAAATTGATTCGAACTTT--ATTTCATT
192 AGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT-TAAATTTGAATTT--TT
** * *** * * *
257 GTACATTTTTGGTTCAAATAGGCTAGAATTGAATGTCTAACTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCA
253 GTACATTTTTCATTAAAATAAAATAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
* *
322 TTTATTGCCAAGAAAAGTCCATTT
318 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
346 ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCGTAATTGA
1 ATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGA
* * * * *
411 TTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTTACATTTCTGATTAAACATACTATAATTGAATGTTTACCTCTAG
66 TTTTAAGTTGA--ATTTTTTTTACATTTTTGATTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * *
476 AAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAGA
129 AAACATAAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * *
541 GCCTTATTACTCATTTTAAATAGTATTATAATCTCAAAATTGATCTAAATTTGAATGTTTAGTAT
193 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTGTA-
* * * *
606 C-TTATTCATTAAAATAAAATAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTC
256 CATTTTTCATTAAAATAAAATAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
*
670 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
321 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * *
691 ATAGTCACCTATTTCTTCAAAAGCCTCATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTG
1 ATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTG
* * * * * * * * * *
755 ATTTTAAATTCAAATTTTTTTGCTTTTTTGGTTAAAACAAATTATTATTGAATGTCTACCCCAAG
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATT-AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * * *
820 AAACATAAAGAAGAGAGCATTCATTGTCTAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCGTCCAAA
129 AAACATAAAGAA-AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * *
885 GCCTTATTAATCACTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTAGAATTTTTTGTA
193 GCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTTTTGTA
* * * * * **
949 CATTTTTTC-TTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATTCATT
256 CA-TTTTTCATTAAAATAAAATAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
*
1013 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTT
320 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
1035 TTGGTCACCCATATCTTCAAAAG-TTGTATTA-TACGCTTTTAATGGTTTTGTAATGCCATAAAT
1 ATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCAT-TATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCAT-AAT
* * *
1098 T-ATTTTAAGTTGAA-TTTTTCTATATTTTTGATTTAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA
63 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGA-TTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * *
1161 AGAAGCATATAGAAAAAAGCATTCATCGGCAAAAAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCAA
127 AGAAACATAAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
1226 AAGCGTTATTACTCATTTTAAAT-TTTTTATAATCTCAACATTGATTTAAATTTGAATTCGTTGT
191 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGT
* * *
1290 ACATTTTTTATTAAAACAGACA-AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
255 ACATTTTTCATTAAAATA-AAATAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
*
1354 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
319 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
1377 ATAGTCATCCATATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATGCCATAATTAA
1 ATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGA
* * * *
1442 TTTTAAGTTCAATTGTTTTTATATTTTTGATTAAACAG-GTAATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * * *
1506 AACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTGATAGTCATCCATTCCTTCAAAAG
130 AACATAAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
*
1571 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTGTATC
194 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTA-C
** * * * *
1636 -TTTTTGGTTAAAATAGACA-AGGATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTC
257 ATTTTTCATTAAAATA-AAATAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
1699 ATTGG
321 ATTGG
1704 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1140, Mismatches: 185, Indels: 68
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 17 0.01
342 261 0.23
343 242 0.21
344 263 0.23
345 352 0.31
346 3 0.00
347 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
ATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
ACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTT
TTCATTAAAATAAAATAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTT
Found at i:1186 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1703 Score: 1389
Period size: 172 Copynumber: 9.9 Consensus size: 170
* * **
1 ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CGTAATTG
1 ATAGTCACCCAT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTG
**** * *
65 ATTTTAAGTTGAATTTTT-T-T-TTTNNNNNNNNNNTT-AAACAGACTATAATTGAATGTTTACC
64 ATTTTAAGTTGAATTTTTGTATATTT------TTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC
* * * * * * * *
126 TCTAAAAATATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAATAAAATTCTATTT
123 TCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ** *
174 ATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTCTAATCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
** * * * * * * * * *
239 TTCGAACTT-TATTTCATTGTACATTTTTGGTTCAAATAGGCTAGAATTGAATGTCTAACTTGAG
65 TTTTAAGTTGAATTT--TTGTATATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCGAG
* * * *
303 AATCATGAAGAAAAATGCATTTATTGCCAAGAAAAGTCCATTT
128 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * **
346 ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CGTAATTG
1 ATAGTCACCCAT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTG
* * * * * * * *
410 ATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTTACATTTCTGATT-AAACATACTATAATTGAATGTTTACCTCT
64 ATTTTAAGTTGA---ATTTTTGTATATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCG
* * *
474 AGAAACGTAAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTT
126 AGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ** * *
519 ATAGTCACTCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTATTATAATCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * * * * *
584 TCTAAATTTGAATGTTTAGTATCTTATTCATTAAAATAAAATAGAATTGAATGTCTACCAT-GAG
65 TTTTAAGTTGAAT-TTTTGTATATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC-TCGAG
* * *
648 AAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
128 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
691 ATAGTCACCTATTTCTTCAAAAGCCTCATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCA-TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * * ** * *
756 TTTTAAATTCAAATTTTTTTGCT-TTTTTGGTTAAAACAAATTATTATTGAATGTCTACCCCAAG
65 TTTTAAGTT-GAATTTTTGT-ATATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCGAG
* * * * * *
820 AAACATAAAGAAGAGAGCATTCATTGTCTAGAGAAGTCCATTT
128 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
863 ATAGTCACCCATTCCGTCCAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCAAAATT-A
1 ATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * ** * *
927 ATTTAAATTAGAATTTTTTGTACATTTTTTCTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTGAG
65 TTTTAAGTT-GAA-TTTTTGTATATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCGAG
* ** *
992 AATCATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTT
128 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
1035 TTGGTCACCCATATCTTCAAAAG-TTGTATTA-TACGCTTTTAATGGTTTTGTAATGC-CATAAA
1 ATAGTCACCCAT-TCTTCAAAAGCCT-TATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCA-AAA
* * * * *
1097 TT-ATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTTGATTTAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA
61 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTATATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCG
* * *
1161 AGAAGCAT-ATAGAAAAAAGCATTCATCGGCAAAAAAAGTCCATTT
126 AGAAACATGA-AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ** * *
1206 ATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCATTTTAAAT-TTTTTATAATCTCAACATTGA
1 ATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * *
1270 TTTAAATTTGAATTCGTTGTACATTTTTTATTAAAACAGACAAGAATTGAATGTCTACCTTGAGA
65 TTTTAAGTTGAATT-TTTGTATATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCGAGA
*
1335 AACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
129 AACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
1377 ATAGTCATCCATATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATGC-CATAATTA
1 ATAGTCACCCAT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTG
* * * * *
1441 ATTTTAAGTTCAATTGTTTTTATATTTTTGATT-AAACAG-GTAATAATTGAATGTCTACCTCAA
64 ATTTTAAGTTGAATT-TTTGTATATTTTTGATTAAAACAGACT-AGAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * * * *
1504 GAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTG
127 GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
1548 ATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
1 ATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * * *
1613 TTTAAATTTAAATTCTTTGTATCTTTTTGGTTAAAATAGACAAGGATTGAATGTCTACCTTC-AG
65 TTTTAAGTTGAATT-TTTGTATATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC-TCGAG
*
1677 AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGG
128 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
1704 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1213, Mismatches: 267, Indels: 101
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 28 0.02
171 389 0.32
172 567 0.47
173 202 0.17
174 15 0.01
175 1 0.00
176 3 0.00
177 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATAGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
TTTAAGTTGAATTTTTGTATATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
CATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
Done.