Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397389.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_91.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 9219 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2227 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 2215--2269 Score: 83
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2205 TAGCTTTTGC
2215 TTCCCAT
1 TTCCCAT
*
2222 TTCCCAC
1 TTCCCAT
*
2229 TTCTCAT
1 TTCCCAT
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1 TTCCCAT
2243 TTCCCAT
1 TTCCCAT
2250 TTCCCAT
1 TTCCCAT
*
2257 TTCTCAT
1 TTCCCAT
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1 TTCCCA
2270 AAGTAAATAT
Statistics
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TTCCCAT
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3155 NNNNNNNNNN
* * * * *
3165 AAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACCTTACTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCG
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCG
** * * * * * *
3230 AGGCAGATATTCAATTATATTATATTTCAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTCAAAATCAATT
66 AAACAGACATTCAATTATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAAAACTCAACTCAAAATCAATT
* ********** *
3295 ATTAGATTATAAAATCATTNNNNNNNNNNGATAAGGGTTTTG
131 ATTAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTGATAA-GGCTTTG
* * *
3337 -AAGGCTTGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCTTG
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCG
* *
3401 AAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATT
66 AAACAGACATTCAATTATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAAAACTCAACTCAAAATCAATT
3466 A-TAGGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTG
131 ATTA-GATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTG
* * * * * *
3507 AAAGGCATGAGTGACTATAAACGAACTTTTCTTGCCAAT-GAGTGGCTTTTTCTCCATGTTTCT
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGACTTTTGCTTCATGTTTCT
3570 NNNNNNNNNN
Statistics
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171 182 0.95
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AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCG
AAACAGACATTCAATTATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAAAACTCAACTCAAAATCAATT
ATTAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTG
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4565 NNNNNNNNNN
* *
4575 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATA-GCTTTTGAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA-AGGCTTTTAAA
* * * * * **
4639 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGAT-AATGAATGGCTTTTCTTTATGTTTCCTAAGG
65 GGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGG
*
4703 TAGACATTCAATTTTAATATGTTTTGACTAAAAATGAAAAA
129 TAGACATTCAATTATAATATGTTTTGACTAAAAATGAAAAA
* * * * * * * **
4744 ATATTCGATTTAAAATAAATAATGAGATTATTAAACTATTTACAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAA
1 A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * * * *
4809 GGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTGTTGTCAACGAATGGTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGC
65 GGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGT
* * * *
4874 AAACATTCAATTATAATTTGTTTTGACCATAAAT-ATAAAA
130 AGACATTCAATTATAATATGTTTTGACTAAAAATGA-AAAA
* * * * * *
4914 AATTCAACTT-AACTCAATTATCAGATTATATAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGACTTTCAAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAG
* * * * * *
4978 GCTT-AAGTGACTATATATGTACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGG
66 GCTTGAA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTTTTTAAGG
*
5042 TAGACATTCAATTAT-ATCATAG-TTTAACTAAAAATGTAAAAA
129 TAGACATTCAATTATAAT-AT-GTTTTGACTAAAAATG-AAAAA
* * * * * * *
5084 CATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAACCGAGTAATAAGGGTTTTAAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAG
* * * ** * * * ** * *
5149 GCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTGA-CATTTCTAAAGT
66 GCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGT
* * * *
5213 AGACATTCAATTATAATATATTTT-AATCAAGACTAT-AAACA
130 AGACATTCAATTATAATATGTTTTGACT-AA-A-AATGAAAAA
*
5254 AATT-AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
5310 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 457, Mismatches: 92, Indels: 34
0.78 0.16 0.06
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167 2 0.00
168 76 0.17
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AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAG
GCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTA
GACATTCAATTATAATATGTTTTGACTAAAAATGAAAAA
Found at i:5221 original size:339 final size:340
Alignment explanation
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4565 NNNNNNNNNN
* * * **
4575 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATATAGCTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACATAGCTTTCAAAG
* *
4640 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGATAATGAATGGCTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGTA
66 GCATAAGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGATAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTA
* * * *
4705 GACATTCAATTTTAATATGTTTTGACTAAAAATGAAAAAATATTCGATTTAAAATAAATAATGAG
131 GACATTCAATTTTAATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAACATTCAACTTAAAATAAATAATGAG
* * * * * * *
4770 ATTATTAAACTATTTACAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTT
196 ATTATAAAACTATTGAAACCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGAATGACTACAAATAGACTTT
* ** * * * * * * * *
4835 TGTTGTCAACGAATGGTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTGA
261 TCTTACCAACGAATGGTTTTGCTTCACGATTTCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
4900 CCATA-AATATAAA-A
326 CCA-AGAATATAAACA
* * *
4914 AATTCAACTT-AACTCAATTATCAGATTATATAACCATTTAAAGCAAGTAACA-AGACTTTCAAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACATAG-CTTTCAAA
* * * * * *
4977 GGCTTAAGTGACTATATATGTACTTTTCTT-ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TTCAA
65 GGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGAT-AATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCCT-AA
* * * *
5040 GGTAGACATTCAATTAT-ATCATAG-TTTAACTAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAAT
127 GGTAGACATTCAATTTTAAT-AT-GTTTTAACTAAAAATGAAAAAACATTCAACTTAAAATAAAT
* * * * *
5103 TATGAGATTATAAAACTATTGAAACCGAGTAATAAGGGTTTTAAAGGCTTGAGTGACTACAAATA
190 AATGAGATTATAAAACTATTGAAACCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGAATGACTACAAATA
* * * * *
5168 GACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTGAC-ATTTCTAAAGTAGACATTCAATTATAATAT
255 GACTTTTCTTACCAACGAATGG-TTTTGCTTCACGATTTCTAAAGCAAACATTCAATTATAATAT
* *
5232 ATTTTAATCAAGACTATAAACA
319 ATTTTAACCAAGAATATAAACA
5254 AATT-AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
5304 TAAGGCNNNN
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 56, Indels: 19
0.81 0.14 0.05
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AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACATAGCTTTCAAAG
GCATAAGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGATAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTA
GACATTCAATTTTAATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAACATTCAACTTAAAATAAATAATGAG
ATTATAAAACTATTGAAACCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGAATGACTACAAATAGACTTT
TCTTACCAACGAATGGTTTTGCTTCACGATTTCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
CCAAGAATATAAACA
Found at i:7613 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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6717 NNNNNNNNNN
* * * * * *
6727 ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTAGAGGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * ** * * * * * * *
6792 CATGAGTGACTATAGATTGACTTTTCTTGTCGTTGAAAGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGAGGCA
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGTA
* * * * * **
6857 AACATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAA
130 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
** * * ** *
6897 ATTTTACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * ** * * * * *
6962 CTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTACTTGTTAATGGATGGCTTTTACTTCATGTATCTCGAGGTA
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGTA
* * * * *
7027 GACATTCAATTATATTATATTTTAACTAAAATTGTACAATA
130 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* ** * * * * **********
7068 ATTGAACCGAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAATGATANNNNNNNNNNAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * *** **
7133 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCCCAAAACA
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGTA
**********
7198 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAANNNNNNNNNNAA
130 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * *
7239 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGC-TT-GAAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAG
* * * * * ** *
7302 GCATGAGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAAT-GAGTGACTTTTTCTCCATATTTCTCGAAG
65 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAG
* * * *
7366 CAGACA-TCACTTAGAATATATTTTAACCAAAAATGTGAAAAA
128 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
********** * * **
7408 ATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACACTTTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * **
7473 CTTGAGTTACTATAAATGGACTTTCTTTACCAATGGATGTCTTTTACTTTACCTTTCCCGAAGTA
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGTA
* *
7538 GACATTCAACTATAATATATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAA
130 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * ** * *
7579 ATTCAACTTAAAAT-ATAGTATGACATTATAAAACCATTTAGATTGAGTAATAACGCTTTCGATG
1 ATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * ** * * * * *
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65 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGT
* * * *********
7708 CGACATTCAATTATAATACATTTTAACCACAAANNNNNNNNN
129 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * ***
7750 NTTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTTAAGCGAGTAACAATATTTTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * * **
7815 CTTGAGTGACGATTAATGAAGTTTTCTTGCCAAAGGATGGCTTTTACTTCAGGTTTC-CCAAGGT
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GT
* * ********** *
7879 AAACATTGAANNNNNNNNNNTTTTAAGCAAAAATGT-AAAAA
129 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
7920 ATTTAACTTAAAATCAATAATGACATTATTAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-GAAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAG
** * ** * *
7984 GCAAG-GTGACTATAAATGGACTTTTTTGGCCAATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTG-AGA
65 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTT-GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAG-
* * * ** *
8047 TAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAATAAAAAAT-AAAAAAA
128 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * ********** * * *
8089 ATTCAACTTAAAATTAATAANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGTCTTTCGAGGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * ** * * *
8154 CATGGGTGACTATAATTAGATCTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCATGAGGTA
66 CTTGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGTA
* * * *
8219 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
130 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* ** * * **
8260 ATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAATGATTTAAAGCAAGTACTAAGGCTTTTAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * *
8325 CTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTTATTGCTAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTGAAGTA
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGTA
* * * * * *
8390 GACATTAAACTATAATATATTTCAACGAAAAATATAGAAAA
130 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
8431 ACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTAATAAAGCTTTCAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * ** * * * *
8496 CTTGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTATCAATGGATGGGTTTTGCATCATGTTTCTTGAAGCA
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGTA
* * *
8561 GACATTTAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAGAAAA
130 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* ********** * * **
8602 ACTCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAATACTTTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * *
8667 -TATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTTTTTGTCAATGAATGGCTATTT-CTTCACGTTTC-TCAA
66 CT-TGAGTGACTATAAATGGAC--TTTTTTGCCAATGGATGGCT-TTTGCTTCACGTTTCTTGAA
* * * * * *
8729 CATAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAA
127 -GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* ** * * * * *
8774 CTTCAACTTAAAATTGATAATGAG-GTAGTAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
** * * * **
8838 G-TAT-AGGTGACTATAAATGGACATTTTCGGCCAATGAACGGATGTTT-CTTCATATTTCTTGA
65 GCT-TGA-GTGACTATAAATGGAC-TTTTTTGCCAATGGATGGCT-TTTGCTTCACGTTTCTTGA
* * * *
8900 GGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTACCCAAAAATGTAAAAAA
126 AGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * *
8945 ATTTAACTTAAAATCGATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTCGAAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAG
* * * * * * *
9009 G-TATGGGTGACTATAAGTGGA-TGTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTTGAG
65 GCT-TGAGTGACTATAAATGGACT-TTT-TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA
* * * * *
9072 GTAGATATTCAATTATCATATCTTTTAATCAAAAA-ATACAAAACA
127 GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTA-AAAA-A
* * * * * *
9117 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGGGTAATAAAGATTTTGAAGT
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* ** * * * * **
9182 CAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAA-GGAATTGCTTTTACTTCATGTTTCTCGNNN
66 CTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGG-ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTG-AA
******* * * * * ** *
9245 NNNNNNNTT-AAATATAATATGTTTTGACCCAAAATGTGTAACA
127 GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
9288 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTGAAAACGAGTGATAAGGGTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * * * * **
9353 CTTGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCTAGTGTATGACTTTTACTTTATGTTT-TCTAAAAC
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-TGAAGT
* * * * * *
9417 AGACACTCAACTATAATATATTTTCATCAAAAATAG-AGACAA
129 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAA
* * * *********
9459 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAACACCATTTAGAGCGAGTANNNNNNNNNNT-GAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA-ATAAGGCTTTCGAAG
* * * ** * * **
9523 ACTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGGGTTTGCATCATGTTTC-CCAGAG
65 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGA-AG
* * * * *
9587 CCA-ACATTCAATTATAATATATTTTGACTATAAATGTAAAAAC
128 -TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* ** *
9630 TTTTTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * *
9695 CTTGAATGACTATAAATGGACTTTCTTTACCAATTGATGGCTCTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGT
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GT
* * * * *
9759 AAACATTGAATT-T--TAT-TTTGT--TC--TAA-G--CAAAA
129 AGACATTCAATTATAATATATTT-TAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
9791 ATGCAACTGAAAATTAATAATGTGATTATTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GCAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAG
* * * * ** * **
9855 GCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTGT-CATCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCAG-AG
65 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTGC--CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAG
* * * *
9918 TCAAACAGTT-AATTGTAATCTGTTTTAA-CAAGAAATGTAAAAAA
128 T-AGACA-TTCAATTATAATATATTTTAACCAA-AAATGTAAAAAA
* * * * * * *
9962 ATTCAATTTCAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * ** * * *
10027 CTTGGGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGCTAATAGATGGCTTTTGCATCATATTTCCTAAAGCA
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGTA
* * * *
10092 AACAATCATTTATACTATATTTTAACCAAAAATGTAAACAAA
130 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAA
* ** * *
10134 A-TCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCTAACG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * **
10198 CAT--G-GAC--T---T---CTCTTAT--CAATGAATGGTTTTTTCTTCGTGTTTCTT-AAGGTA
66 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GTA
* * *
10249 GACATTCAACTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
130 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
**
10290 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TAGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * **
10354 GCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTT
65 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGGATGGCTTTT
10400 TGTTCATGTT
Statistics
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Consensus pattern (170 bp):
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGTAG
ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
Found at i:8168 original size:681 final size:677
Alignment explanation
Indices: 6067--9169 Score: 2208
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6057 NNNNNNNNNN
* * * * * *
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1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAA-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
6132 TTTCTTTACCAATGGATGTCTTTTACTTCACCTTTCTTGAAGTAGACATTCAACTATAATATATT
65 TTTCTTTACCAATGAATGGCTTTTACTTCACCTTTCTCGAAGTAAACATTCAACTATAATATATT
* * * *
6197 TTAGCCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCTAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAATTA
130 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTA
* * * **
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194 AGTAATAACGC-TTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGAC-TTTCATGCTAATGGATGGCTTT
**********
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257 TGCCTCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATACATTTTAACCACAAATGTACAATAATT
*
6392 TAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAATATTTTTAAAGGCTT
322 TAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAATATTTTCAAAGGCTT
* * *
6457 GAGTGATGATAAATGAAGTTTTATTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCTGGTTTCCCAAAGTAAAC
387 GAGTGACGATAAATGAAGTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGTTTCCCAAAGTAAAC
* * * *
6522 ATTGAATTTTAATCTTTTTAAAGCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGACATTA
452 ATTGAATATAAAACATTTT-AAGCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGACATTA
*
6587 CTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAAGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCGG
516 CTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGG
* * *
6651 CCAATGAATGTCCTTTTCTTTACGTTTCTTGAGATAGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAACAAA
581 CCAATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGATAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAACAAA
**********
6716 ANNNNNNNNNNATTCAACTTAAAATCAATAAT
646 AAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
* * * * * *
6748 GAGATTATTAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTAGAGGGCATGAGTGACTATAGATTGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAA-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
** * ** * * * * * *
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** ** * * *
6876 TTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTTTACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAG
128 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
6940 AAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTACTTGTTAATGGATGGCTT
192 TAAGTAATAACGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTT-CATGCTAATGGATGGCTT
* * * * * * * * *
7005 TTACTTCATGTAT-CTCGAGGTAGACATTCAATTATATTATATTTTAACTA-AAATTGTACAATA
256 TTGCCTCACGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATAATACATTTTAACCACAAA-TGTACAATA
* ** * * ** * * **********
7068 ATTGAACCGAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAATGATANNNNNNNNNNAGG
319 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAATATTTTCAAAGG
* * * * * * **
7133 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCCCAAAACA
384 CTTGAGTGACGATAAATGAAGTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGTTTCCCAAAGTA
* * * * * ********* * * *
7198 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAANNNNNNNNNNAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAG
449 AACATTGAA-TATAAAACATTTTAAGCAA-AAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAC
* * * * *
7263 ATTACAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGC-TTGAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACTTT
512 ATTACTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAAG-GTGACTATAAATGGACTTT
* ** ** * * * * ** *
7327 TCTT-GCCAATGAGTGA-CTTTTTCTCCATATTTCTCGA-AGCAGACA-TCACTTAGAATATATT
576 T-TTGGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGA-TAGACATTGAATTTTAATCTATT
* ** ******
7388 TTAACCAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCNNNNNN
638 TTAACAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
**** * * * * * *
7429 NNNNTTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACACTTTCGAAGGCTTGAGTTACTATAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAA-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
7494 TTTCTTTACCAATGGATGTCTTTTACTTTACCTTTCCCGAAGTAGACATTCAACTATAATATATT
65 TTTCTTTACCAATGAATGGCTTTTACTTCACCTTTCTCGAAGTAAACATTCAACTATAATATATT
* * * * *
7559 TTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATATAGTATGACATTATAAAACCATTTAGATTG
130 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATA-AGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTA
* * * *
7624 AGTAATAACGCTTTCGATGGCTTAAGTGACTATAAATGAACTTTCCATGCTAATGGATGGTTTTT
194 AGTAATAACGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTT-CATGCTAATGGATGGCTTTT
* **********
7689 GCCTCACGTTTCCTAAAGTCGACATTCAATTATAATACATTTTAACCACAAANNNNNNNNNNTTT
258 GCCTCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATACATTTTAACCACAAATGTACAATAATTT
* * *
7754 AACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTTAAGCGAGTAACAATATTTTCGAAGGCTTG
323 AACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAATATTTTCAAAGGCTTG
* * * *
7819 AGTGACGATTAATGAAGTTTTCTTGCCAAAGGATGGCTTTTACTTCAGGTTTCCCAAGGTAAACA
388 AGTGACGATAAATGAAGTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGTTTCCCAAAGTAAACA
********* * *
7884 TTGAANNNNNNNNNNTTTTAAGCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGACATTAT
453 TTGAA-TATAAAACATTTTAAGCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGACATTAC
*
7949 TAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGGC
517 TAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGGC
*
8014 CAATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGATAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAATAAAA
582 CAATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGATAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAACAAAA
* *
8079 AATAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATAAN
647 AATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
********* * * * *
8110 NNNNNNNNNAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGTCTTTCGAGGGCATGGGTGACTATAATTAGAT
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAG-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-
* * * * * * * *
8175 CTTTC-TTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCAT-GAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
64 CTTTCTTTACCAATGAATGGCTTTTACTTCACCTTTC-TCGAAGTAAACATTCAACTATAATATA
* * * **
8238 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAATGATTTAAAG
128 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
8303 CAAGTACTAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTTATTGCTAATGGATGGCTT
192 TAAGTAATAACGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTCA-TGCTAATGGATGGCTT
* * * * * * * * * * * * * *
8368 TTGCATCATGTTTCTTGAAGTAGACATTAAACTATAATATATTTCAACGAAAAATATAGAAAAAC
256 TTGCCTCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATACATTTTAACCACAAATGTACAATAAT
* * * * * * *
8433 TCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTAATAA-AGCTTTCAAAGGC
321 TTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAATA-TTTTCAAAGGC
* * * ** * * * *** *
8497 TTGGGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTATCAATGGATGGGTTTTGCATCATGTTTCTTGAAGCA
385 TTGAGTGACGATAAA-TGAAGTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGTTTCCCAAAGTA
* * * * * * * ********
8561 GACATTTAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAGAAAAACTCAACTTAAAATCANNNNNNNN
449 AACATTGAA-TATAAAACATTTTAAGCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAC
** * * ** * * *
8626 NNTA-TAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAATACTTTCG-AAGGTATGGGTGACTCTAAATGGACT
512 ATTACT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCA-AGGTGACTATAAATGGAC-
* * ** * * ** * * * * * *
8689 TTTTTTTGTCAATGAATGGCTATTTCTTCACGTTTCTCAACATAAACATTCAAATATAATCTGTT
573 TTTTTTGGCCAATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGATAGACATTGAATTTTAATCTATT
* * * * **
8754 TTAACCAATAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATTGATAAT
638 TTAACAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
* * * *
8795 GAG-GTAGTAAAATCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTAT-AGGTGACTATAAATG
1 GAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAA-GCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATG
*** * * ** * * *
8857 GACATTT-TCGGCCAATGAACGGATGTTT-CTTCATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAAT
62 GAC-TTTCTTTACCAATGAATGGCT-TTTACTTCACCTTTCTCGAAGTAAACATTCAACTATAAT
* * * * * *
8920 ATGTTTTACCCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCGATTATGACATTATAAAACCATTTA
125 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAGTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * ** * * * * *
8985 AAGCAAGTAATAAGGC-TTCGAAAGG-TATGGGTGACTATAAGTGGATGTTTCTTGCCAATGAAT
189 AAGTAAGTAATAACGCTTTC-AAAGGCT-TAAGTGACTATAAATGGA-CTTTCATGCTAATGGAT
* * * * * * * * * * **
9048 GGCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATCATATC-TTTTAATCA-AAAAATAC
251 GGCTTTTGCCTCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATA-CATTTTAACCACAAATGTAC
* * * * * *
9111 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGGGTAATAA
315 --AATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAA
9170 AGATTTTGAA
Statistics
Matches: 1838, Mismatches: 532, Indels: 99
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
678 8 0.00
679 200 0.11
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682 339 0.18
683 23 0.01
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685 250 0.14
686 57 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (677 bp):
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
TTCTTTACCAATGAATGGCTTTTACTTCACCTTTCTCGAAGTAAACATTCAACTATAATATATTT
TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAG
TAATAACGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTCATGCTAATGGATGGCTTTTGCC
TCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATACATTTTAACCACAAATGTACAATAATTTAAC
TTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAATATTTTCAAAGGCTTGAGT
GACGATAAATGAAGTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGTTTCCCAAAGTAAACATTG
AATATAAAACATTTTAAGCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGACATTACTAAA
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGGCCAAT
GAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGATAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAACAAAAAATA
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
Found at i:8586 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 6067--10399 Score: 2646
Period size: 342 Copynumber: 12.8 Consensus size: 342
6057 NNNNNNNNNN
* * * * *
6067 GAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAACGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * *
6132 -TTTCTTTACCAATGGATGTCTTTTACTTCACCTTTCTTGAAGTAGACATTCAACTATAATATAT
66 TTTTC-TTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGAAGTAAACATTCAATTATAATATAT
* * * * **
6196 TTTAGCCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCTAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAATT
130 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * **
6261 AAGTAATAACGCTTTTCGATGGCTTAAGTGACTGTAAATGGACTTTTCATGCTAATGGATGATTT
195 AAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTT
* * * * * **********
6326 TTGCCTCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATACATTTTAACCACAAANNNNNNNNNNT
259 TTGCTTCACGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAGAAAAAT
*
6391 TTAACTTAAAATCAATTAT
324 TCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** *
6410 GAAATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAATA-TTTTTAAAGGCTTGAGTGA-TGATAAATGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGG
* * * * * * * *
6473 AGTTTTATTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC-TGGTTTCCCAAAGTAAACATTGAATTTTAATCT
64 ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCAT-GTTTCTCGAAGTAAACATTCAATTATAATAT
* * *
6537 -TTTTAAAGCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGACATTACT-AAACCATTTA
128 ATTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTA
* * ** * * *
6599 AAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAAG-GTGACTATAAATGGACTTTTC-GGCCAATGAATGT
191 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATG-
* * * * * * *******
6662 CCTTTT-CTTTACGTTTCTTG-AGATAGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAA-CAAAANNNNNNN
255 GCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAGA
*** *
6724 NNNATTCAACTTAAAATCAATAAT
319 AAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * * *
6748 GAGATTATTAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTAGAGGGCATGAGTGACTATAGATTGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * * * * * *
6813 TTTTCTTGTCGTTGAAAGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAAATATTATCTGTT
66 TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGAAGTAAACATTCAATTATAATATATT
** ** * * *
6878 TTAATAAAAAATGT-AAAAAATTTTACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGAA
131 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * *
6942 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTACTTGTTAATGGATGGCTTTT
196 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTT
* * * * * * * * * * * *
7007 ACTTCATGTATCTCGAGGTAGACATTCAATTATATTATATTTTAACTAAAATTGTACAATAATTG
261 GCTTCACGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAGAAAAATTC
**
7072 AACCGAAAATCAATTAT
326 AACTTAAAATCAATTAT
* * * * **********
7089 TAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAATGATANNNNNNNNNNAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * ** *
7154 TTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCCCAAAACAGACATTCAATTATAATATATT
66 TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGAAGTAAACATTCAATTATAATATATT
********** * * * * *
7219 TTAACCAANNNNNNNNNNAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAATCATTTAAAACG
131 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * *
7284 AGTAATAAGGC-TTGAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAAT-GAGTGACTTT
196 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGA-TGGCTTT
* * ** * * * * *
7347 TTCTCCATATTTCTCGAAGCAGACA-TCACTTAGAATATATTTTAACCAAAAATGT-GAAAAAAT
260 TGCTTCACGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAG-AAAAAT
******
7410 TCAACTTAAAATCNNNNNN
324 TCAACTTAAAATCAATTAT
**** * * *
7429 NNNNTTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACA-CTTTCGAAGGCTTGAGTTACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * ** * * *
7493 C-TTTCTTTACCAATGGATGTCTTTTACTTTACCTTTCCCGAAGTAGACATTCAACTATAATATA
65 CTTTTC-TTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGAAGTAAACATTCAATTATAATATA
* * * *
7557 TTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-ATAGTATGACATTATAAAACCATTTAGA
129 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
*** * * * * * * * *
7621 TTGAGTAATAACGCTTTCGATGGCTTAAGTGACTATAAATGAACTTTCCATGCTAATGGATGGTT
193 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCT
* * * * * * **********
7686 TTTGCCTCACGTTTCCTAAAGTCGACATTCAATTATAATACATTTTAACCACAAANNNNNNNNNN
258 TTTGCTTCACGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAGAAAAA
*
7751 TTTAACTTAAAATCAATTAT
323 TTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
7771 GAAATTATAAAATCATTTTAAGCGAGTAACAATA-TTTTCGAAGGCTTGAGTGACGATTAATGAA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * **********
7835 GTTTTCTTGCCAAAGGATGGCTTTTACTTCAGGTTTC-CCAAGGTAAACATTGAANNNNNNNNNN
65 CTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGAA-GTAAACATTCAATTATAATATA
* * * * *
7899 TTTTAAGCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGACATTATTAAACCATTTAAAG
129 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * * **
7963 CAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAAG-GTGACTATAAATGGACTTTT-TTGGCCAATGAATATCT
194 CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCTAATGGATGGCT
* * * * * ** *
8026 TTTTCTTTACGTTTCTTG-AGATAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAATAAAAAATA-AAAAAA
258 TTTGCTTCACGTTTCTTGAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAGAAAA
* * *
8089 ATTCAACTTAAAATTAATAAN
322 ATTCAACTTAAAATCAATTAT
********* * * * * * *
8110 NNNNNNNNNAAACCATTTAAAGCGAATAAT-AAGTCTTTCGAGGGCATGGGTGACTATAATTAGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
** * * * *
8174 -TCTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCAT-GAGGTAAACATTCAATTATAATCT
65 CT-TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTC-TCGAAGTAAACATTCAATTATAATAT
* * * **
8237 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAATGATTTAAA
128 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
8302 GCAAGTACTAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTTATTGCTAATGGATGGCT
193 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCT
* * * * * *
8367 TTTGCATCATGTTTCTTGAAGTAGACATTAAACTATAATATATTTCAACGAAAAATATAGAAAAA
258 TTTGCTTCACGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAGAAAAA
* *
8432 CTCAACTCAAAATCAATTAT
323 TTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
8452 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATTGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
** * * * * * * *
8517 TTTTCTTATCAATGGATGGGTTTTGCATCATGTTTCTTGAAGCAGACATTTAATTATAATATATT
66 TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGAAGTAAACATTCAATTATAATATATT
* * * ********** *
8582 TTAACCACAAATGTAGAAAAACTCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCGTTTAAAGCA
131 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
** * * * * *
8647 AGTAATAATACTTTCGAAGG-TATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTTTTTG-TCAATGAATGGCT
196 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCT-AATGGATGGCT
* * * * * * * *
8710 ATTT-CTTCACGTTTC-TCAACATAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAATAATGTA-AAA
258 -TTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAGAAA
** *
8772 AACTTCAACTTAAAATTGATAAT
321 AA-TTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
8795 GAG-GTAGTAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGG-TAT-AGGTGACTATAAATG
1 GAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCT-TGA-GTGACTATAAATG
* * * * * * *
8857 GACATTTTC-GGCCAATGAACGGATGTTT-CTTCATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAAT
63 GAC-TTTTCTTGCCAATGGATGGCT-TTTACTTCATGTTTCTCGAAGTAAACATTCAATTATAAT
* * * * *
8920 ATGTTTTACCCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCGATTATGACATTATAAAACCATTTA
126 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * *
8985 AAGCAAGTAATAAGGC-TTCGAAAGG-TATGGGTGACTATAAGTGGA-TGTTTCTTGCCAATGAA
191 AAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCTAATGGA
* * * * * * * *
9047 TGGCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATCATATCTTTTAATCAAAAA-ATAC
253 TGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATA-
*
9111 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
317 GAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
9138 GAGATTATAAAACCATTTAAATCGGGTAATAAAGATTTTGAAGTCAT-AGGTGACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGA
** * ********* *
9202 CTTTTCTTGTTAA-GGAATTGCTTTTACTTCATGTTTCTCGNNNNNNNNNNTT-AAATATAATAT
65 CTTTTCTTGCCAATGG-ATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCG-AAGTAAACATTCAATTATAATAT
* * * ** * * *
9265 GTTTTGACCCAAAATGTGTAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTGAAA
128 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * ** * * * *
9330 ACGAGTGATAAGGGTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCTAGTGTATGACT
193 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCT
* * * * ** * * * * * *
9395 TTTACTTTATGTTT-TCTAAAACAGACACTCAACTATAATATATTTTCATCAAAAATAGAGACAA
258 TTTGCTTCACGTTTCT-TGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAGAAAA
9459 ATTCAACTTAAAATCAATTAT
322 ATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ********* * *
9480 GAGACTATAACACCATTTAGAGCGAGTANNNNNNNNNNT-GAAGACTTGAGTGACTATAAATAGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA-ATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* ** * * * **
9544 CTTTTCTTACCAATGGATGGGGTTTGCATCATGTTTC-CCAGAGCCAACATTCAATTATAATATA
65 CTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGA-AGTAAACATTCAATTATAATATA
* * * ** **
9608 TTTTGACTATAAATGTAAAAACTTTTTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
129 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
9673 CGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGAC-TTTCTTTACCAATTGATGGCT
194 CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCTAATGGATGGCT
* * * * *
9737 CTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGTAAACATTGAATT-T--TAT-TTTGT--TC-----TA-AGCAA
258 TTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GTAGACATTCAATTATAATATATTT-TAACCAAAAATATAG-AA
* * * *
9789 AAATGCAACTGAAAATTAATAAT
320 AAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
9812 GTGATTATTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GCAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCG-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* *** ** * * * *
9876 CTTTTGTCATCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-C-AGAGTCAAACAGTT-AATTGTAATC
65 CTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGA-AGT-AAACA-TTCAATTATAATA
* * * * *
9938 TGTTTTAA-CAAGAAATGTAAAAAAATTCAATTTCAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTA
127 TATTTTAACCAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
10002 AAGCAAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGCTAATAGATGG
191 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGG
* ** * * * * * * * *
10067 CTTTTGCATCATATTTCCTAAAGCAAACAATCATTTATACTATATTTTAACCAAAAATGTA-AAC
256 CTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAGAA-
* *
10131 AAAATCAAGTTAAAATCAATTAT
320 AAATTCAACTTAAAATCAATTAT
** * *
10154 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCTAA--C------G-C-----ATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * * * * * *
10205 TTCTCTTATCAATGAATGGTTTTTTCTTCGTGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAACTATAATCTAT
66 TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGAA-GTAAACATTCAATTATAATATAT
*
10269 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TAGTAAAACCATTTAAAG
130 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAG
* * * * * **
10333 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTT
194 CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTT
10398 TT
259 TT
10400 TGTTCATGTT
Statistics
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TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTT
GCTTCACGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAGAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTAT
Found at i:10723 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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10495 AATGTAAAAA
* * * * *
10505 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTCTTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * *
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* * *
10635 GATGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATGT
131 GAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT
* * **
10676 AAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTAGAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * *
10741 CAAAGACTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTT
66 CAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCAT
** * * * * *
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131 GAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT
* * * * **
10847 AGAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
10912 CAAAGACTTGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGT-ATCATGTTTCT
66 CAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTTCA
* * * * *
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** * * *
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1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* ** * * ** *
11083 CGAAA-GCATGGGTGCCTATAAATGGACTTTTCTTATCGATAAAT-GAATTTTCTTCACATTTC-
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
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66 CAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCAT
* * * * * * * * *
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131 -GAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT
* * * * *
11358 AAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
** * * * * * * **
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* * *
11488 -TAAGGCAAACATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAGTAT-T
129 ATGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA--ATGT
* * * *
11530 AAAAAAATTCAAATTCAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCAAGCT-ATAAAGCT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCAAG-TAATAAGGCT
* * * ** ** * *
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* * * * * * * * *
11658 TTGATGTAGACATTAAATTTTAATCTTTTTTAACTAAAAATGCA
129 ATGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATG-T
* * * *
11702 AAAAAAATTCAACTCAAAATCTATAATGAGATTATTAAA-TCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
** * * * * * *
11766 TGGAAGGCATGAGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCAAACGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCT
65 TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCA
* * *
11831 TGAGGCAAACATTTAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAT
130 TGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT
* * * * *
11873 AAAAAAATTTAACTTAATATCAATTATGCGATTATAAAATCT-TTTAAAGCAAGTGATAAGACTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * * ******************
11937 TTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNN
65 TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCA
****** * *
12002 NNNNNNAAACAATCAATTATAATATATTTTAACTACAAATGT
130 TGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT
* * ** * * **
12044 AGAATAACTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTACGTAATAATACTT
1 A-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * * *
12108 TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAATGGCTATTTCTTCATGTTTC-
65 TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCA
* ** * *
12172 TCAAGATAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATGT
130 T-GAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT
* ********** *
12215 AAAAGAATTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATACGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
** * * * *
12280 GGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCAT
66 CAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCAT
* * * * *
12345 GAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATTGAAAATAT
131 GAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT
* * * * **
12386 AAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGCGAATATACAACCT-TTTAAAGCAAGTAATAAGAATT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * * *
12450 TCAAAGGCTTGGGTGATTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTACATCATGTTTCC
65 TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCA
* * * *
12515 TAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGT
130 TGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT
12557 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1492, Mismatches: 360, Indels: 58
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CAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCAT
GAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT
Found at i:11691 original size:342 final size:344
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Indices: 6067--12554 Score: 2278
Period size: 342 Copynumber: 18.9 Consensus size: 344
6057 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
6067 GAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAACGCTTTTGAAA-GCTTGAGTGACTATAAATGGA
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* * * * * * *
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* * *
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128 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATC-AATAATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * * ** * * * * *
6257 AATTAAGTAATAACGCTTTTCGATGGCTTAAGTGACTGTAAATGGACTTTTCATGCTAATGGATG
192 AAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-AATGAATG
* * * * * * ** * ****
6322 A-TTTTTGCCTCA-CGTTTCCTAAAG-TAGACATTCAATTATAATACATTTTAACCACAAANNNN
255 ACTTTTT-CTTCATAGTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATA
****** *
6384 NNNNNNTTTAACTTAAAATCAATTAT
319 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
6410 GAAATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAATA-TTTTTAAAGGCTTGAGTGA-TGATAAAT-G
1 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAA-AGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATAG
* * * * * * ** ** * * *
6472 AAGTTTTATTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCTGGTTTCCCAAAGTAAACATTGAATTTTAATCT
64 -ACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAATCT
* *
6537 -TTTTAAAGCAAAAATGT-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATAATGACATTACT-AAACCATTT
128 ATTTT-AACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTA-TAAAACCATTT
* * * * ***
6598 AAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCA-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCGGCCAATGAATG
191 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG-AAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAATGAATG
* * * * * * * * *****
6661 TCCTTTTCTT--TACGTTTCTT-GAGATAGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAA-CAAAANNNNN
255 ACTTTTTCTTCATA-GTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATA
***** *
6722 NNNNNATTCAACTTAAAATCAATAAT
319 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
6748 GAGATTATTAAACCATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTTT-AGAGGGCATGAGTGACTATAGATTG
1 GAGATTATAAAATCATTTAAAG-CAAGTAATAAAGCTTTCA-AAGGCTTGAGTGACTATAAATAG
** ** * * * * ** * * * * *
6811 ACTTTTCTTGTCGTTGAAAGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAAATATTATCTG
64 ACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAATCTA
** ** * * *
6876 TTTTAATAAAAAATGT-AAAAA-ATTTTACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAA
129 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * * ** * *
6939 GAAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTACTTGTTAATGGATGGCT
194 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ACAATGAATGACT
* * * ** * * * * * * * *
7004 TTTACTTCAT-GTATC-TCGAGGTAGACATTCAATTATATTATATTTTAACTAAAATTGTACAAT
258 TTTTCTTCATAGTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
* **
7067 AATTGAACCGAAAATCAATTAT
323 AATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * ********** *
7089 TAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAA-TGATANNNNNNNNNNAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAATCATTTAAAGC-AAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA
* * * * * ** *** * *
7153 CTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCCCAAAACAGACATTCAATTATAATATAT
65 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAATCTAT
********** * * * * *
7218 TTTAACCAANNNNNNNNNNAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAATCATTTAAAA
130 TTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * ** * *
7282 CGAGTAATAAGGC-TT-GAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAGTGACT
195 CAAGTAATAAGGCTTTCG-AAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ACAATGAATGACT
* * * * * * *
7345 TTTTCTCCATA-TTTC-TCGAAG-CAGACA-TCACTTAGAATATATTTTAACCAAAAATGTGAAA
258 TTTTCTTCATAGTTTCTTC-AAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAA
******
7406 AAATTCAACTTAAAATCNNNNNN
322 AAATTCAACTTAAAATCAATTAT
**** * * ** * * *
7429 NNNNTTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACA-CTTTCGAAGGCTTGAGTTACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAA-AGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA
* * * * * ** * * *
7493 C-TTTCTTTACCAATGGATGTCTTTTACTTTACCTTTCCCGAA-GTAGACATTCAACTATAATAT
65 CTTTTC-TTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-CTTAATGTAAACATTCAATTATAATCT
* *
7556 ATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAAT--ATAGTATGACATTATAAAACCATTT
128 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATA--ATGAGATTATAAAACCATTT
* *** * * * * ** * * * *
7618 AGATTGAGTAATAACGCTTTCGATGGCTTAAGTGACTATAAAT-GAACTTTCCATGCTAATGGAT
191 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTAC-AATGAAT
* * * * * * * ** * ***
7682 G-GTTTTTGCCTCA-CGTTTCCTAAAGTC-GACATTCAATTATAATACATTTTAACCACAAANNN
254 GACTTTTT-CTTCATAGTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAT
******* *
7744 NNNNNNNTTTAACTTAAAATCAATTAT
318 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
7771 GAAATTATAAAATCATTTTAAGCGAGTAACAATA-TTTTCGAAGGCTTGAGTGACGATTAAT-GA
1 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAA-AGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-
* * * * * * * ** * * **********
7834 AGTTTTCTTGCCAAAGGATGGCTTTTACTTCAGGTTTCCCAAGGTAAACATTGAANNNNNNNNNN
64 ACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAATCTA
* * * *
7899 TTTTAAGCAAAAATGT-AAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATAATGACATTATTAAACCATTTAAA
129 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
7962 GCAAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCA-AGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGGCCAATGAAT-A
194 GCAAGTAATAAGGCTTTCG-AAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT--ACAATGAATGA
* * * * * * * **
8023 TCTTTTTCTT--TACGTTTCTT-GAGATAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAATAAAAAATA-A
256 -CTTTTTCTTCATA-GTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATA
* * *
8084 AAAAAATTCAACTTAAAATTAATAAN
319 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
********* * * * * * *
8110 NNNNNNNNNAAACCATTTAAAGCGAA-TAAT-AAGTCTTTCGAGGGCATGGGTGACTATAATTAG
1 GAGATTATAAAATCATTTAAAGC-AAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG
* * * * * *
8173 A-TCTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCATGAGGTAAACATTCAATTATAATCT
64 ACT-TTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAATCT
* * * * **
8237 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAATGATTTAA
128 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * * * * * * *
8301 AGCAAGTACTAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTTATTGCTAATGGATGGC
193 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-AATGAATGAC
* * * * * * * * * * *
8366 TTTTGCATCAT-GTTTCTTGAAG-TAGACATTAAACTATAATATATTTCAACGAAAAATATAGAA
257 TTTTTCTTCATAGTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAA
* *
8429 AAACTCAACTCAAAATCAATTAT
322 AAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
8452 GAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGATTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATTGA
1 GAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA
* * ** * * * * * * *
8516 CTTTTCTTATCAATGGATGGGTTTTGCATCATGTTTCTTGAA-GCAGACATTTAATTATAATATA
65 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTT-AATGTAAACATTCAATTATAATCTA
* ********** *
8580 TTTTAACCACAAATGTAGAAAAAC--TCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCGTTTAA
129 TTTTAACCAAAAATGTA-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAA
** ** * * * * *
8643 AGCAAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTTTTTGTCAATGAATGG
193 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTT-ACAATGAATGA
* * * * * * * *
8708 CTATTTCTTCA-CGTTTC-TCAACATAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAAA
256 CTTTTTCTTCATAGTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAA
* ** *
8771 AAACTTCAACTTAAAATTGATAAT
321 AAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** *
8795 GAG-GTAGTAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGG-TAT-AGGTGACTATAAATG
1 GAGATTA-TAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCT-TGA-GTGACTATAAATA
** * * ** * *
8857 GACATTTTC-GGCCAATGAACGGA-TGTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAAT
63 GAC-TTTTCTTACCAATGAA-TGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAAT
* * * * * * *
8920 ATGTTTTACCCAAAAATGTAAAAAA-ATTTAACTTAAAATCGATTATGACATTATAAAACCATTT
126 CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTT
** * * *
8984 AAAGCAAGTAATAAGGC-TTCGAAAGGTATGGGTGACTATAAGTGGA-TGTTTCTTGCCAATGAA
191 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG-AAGACATGGGTGACTATAAATAGACT-TTTCTT-ACAATGAA
* * * * ** * * * * *
9047 TGGCTTTTTCTTTACA-TTTCTT-GAGGTAGATATTCAATTATCATATCTTTTAATCAAAAA-AT
253 TGACTTTTTCTTCATAGTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAT
9109 ACAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
318 A-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * ** * * *
9138 GAGATTATAAAACCATTTAAATCGGGTAATAAAGATTTTGAAGTCAT-AGGTGACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAGA
*** * * * *********** * *
9202 CTTTTCTTGTTAAGGAATTG-CTTTTACTTCATGTTTCTCGNNNNNNNNNNTT-AAATATAATAT
65 CTTTTCTTACCAATGAA-TGACTTTTTCTTCACGTTTCT-TAATGTAAACATTCAATTATAATCT
* * * ** * ** *
9265 GTTTTGACCCAAAATGTGTAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTGAA
128 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * * * * *
9329 AACGAGTGATAAGGGTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCTAGTGTATGAC
193 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-AATGAATGAC
* * * * * * * * * * *
9394 TTTTACTTTAT-G-TT-TTCTAAAACAGACACTCAACTATAATATATTTTCATCAAAAATAGAGA
257 TTTTTCTTCATAGTTTCTTC-AAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAA
*
9456 CAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
321 AAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * ********* * *
9480 GAGACTATAACACCATTTAGAGCGAGTANNNNNNNNNNT-GAAGACTTGAGTGACTATAAATAGA
1 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTA-ATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA
* *** * * * ** ** *
9544 CTTTTCTTACCAATGGATGGGGTTTGCATCATGTTTCCCAGA-GCCAACATTCAATTATAATATA
65 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTA-ATGTAAACATTCAATTATAATCTA
* * * * ** *
9608 TTTTGACTATAAATGT-AAAAACTTTTTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
129 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * ** * *
9672 GCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGAC-TTTCTTTACCAATTG-ATGG
194 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC-TTA-CAA-TGAATGA
* * ** * * * * * *
9735 CTCTTGCTTCAT-GTTTCTT-AAGGTAAACATTGAATTTTATTTTGTTCTAAGC----------A
256 CTTTTTCTTCATAGTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAA
* * * *
9788 AAAATGCAACTGAAAATTAATAAT
321 AAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
9812 GTGATTATTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGC-AAGGCATGGGTGACTATAAATAGA
1 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTT-CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA
* * * * * * *
9876 CTTTTGTCATCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CAGA-GTCAAACAGTT-AATTGTAATC
65 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTA-ATGT-AAACA-TTCAATTATAATC
* * * * * *
9938 TGTTTTAA-CAAGAAATGTAAAAAA-ATTCAATTTCAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTT
127 TATTTTAACCAA-AAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * *
10001 AAAGCAAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGCTAAT-AGAT
191 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-AATGA-AT
* * * * * * * * * *
10065 GGCTTTTGCATCATA-TTTCCTAAAG-CAAACAATCATTTATACTATATTTTAACCAAAAATGTA
254 GACTTTTTCTTCATAGTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATA
*
10128 AACAAAA-TCAAGTTAAAATCAATTAT
319 AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
10154 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCTAA--C------G-C-----ATGGAC
1 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC
* * ** ** * * *
10205 TTCTCTTATCAATGAATGGTTTTTTCTTCGTGTTTCTTAAGGTAGACATTCAACTATAATCTATT
66 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAATCTATT
* *
10270 TTAACAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TAGTAAAACCATTTAAAG
131 TTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAG
* ** * * * * * * *
10333 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTT
195 CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ACAATGAATGACTT
* * * **** ** * * ** *
10398 TTTGTTCAT-GTTTTTTGATAGAGTTTTCTAGCCAA-T-GAAT-GGCTTTTTCTCCACATTTCTC
259 TTTCTTCATAGTTTCTTCA-AGA-CAAAC-ATTCAATTATAATATG--TTTTAACCA-A-----A
* * * **
10459 AATGTAGACATTAAATTTTAATCTTTTCTAACAAAAAATGTA-
313 AATATA-A-A--AAAATTCAA-C---T-TAA-AATCAAT-TAT
* ** * * * * *
10501 -AAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTCTTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 GAGATTATAAAA-TC-A-TTTAAAGC-A-AGT-A-A----TAAAGC-TTT----C-----A-AAG
* * * * * ** *
10565 GCTTTGGAAGTCA-TGGGTGAATATAATTGGACCTTTCTTGCTAATGAAT-AGCTTTTTCTTCAC
44 GC-TT-G-AGTGACT--ATAAATAGACTT--TTCTTAC---C-AATGAATGA-CTTTTTCTTCAC
* * * ** *
10628 GTTTCATGATGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTT
97 GTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTA
* * * ** * *
10692 AAATCAATTATGAGATTAGAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGGGTGAC
162 AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGAC
* * * * * * * *
10757 TATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCATCAT-GTTTCTTGAA-ACAGACATTAA
227 TATAAATAGACTTTTCTT-ACAATGAATGACTTTTTCTTCATAGTTTCTTCAAGACAAACATTCA
* * * * * *
10820 ACTATAATATATTTTAACAAAAAATTTAGAAAAACTCAACTTAAAATCAATTAT
291 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * * * *
10874 GAGAATATAAAA-CTATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGTGTGACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA
* * * * * * * *
10938 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGT-ATCATGTTTCTTAAAGAAAACATTCAACTATAATATA
65 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTT-TCTTCACGTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAATCTA
* * * *
11002 TTTTAACCAAAAATGTTGAAAAAC--TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAA
129 TTTTAACCAAAAATG-TAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
11065 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-AGCATGGGTGCCTATAAATGGACTTTTCTTATCGATAAATGA
193 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGA-CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CAATGAATGA
* * * * * * * *
11129 -ATTTTCTTCACA-TTTC-TCAAGATAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCATAAATATAAT
256 CTTTTTCTTCATAGTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAA
*
11191 AAAATTCAGCTTAAAATCAATTAT
321 AAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** * * *
11215 GAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCTTGAGTAACTATAAA-AGGA
1 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GA
* * * * * * * * * * * * *
11279 TTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTGAGTTTTAATTTGT
65 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAATCTAT
* *
11344 TTTAACCAAAAATG-AAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAACCATTTAAAG
130 TTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
11408 TAAGTAATAAGGCTTTGGAAGACATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATGACTT
195 CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-AATGAATGACTT
* * * *
11473 TTTCTTCATATTTTC-T-AAGGCAAACATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAGTATTAAAAA
259 TTTCTTCATAGTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAA
* * *
11535 AATTCAAATTCAAATCAATTTT
323 AATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
11557 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGCT-ATAAAGCTTTCAAAGGCGTGAGTGATTATAAATAAA
1 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAG-TAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA
* * * * * * *
11621 CTTTTCTAACCAAAGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTGATGTAGACATTAAATTTTAATCTTT
65 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAATCTAT
* * * * * * *
11686 TTTAACTAAAAATGCAAAAAAAATTCAACTCAAAATCTATAATGAGATTATTAAATCATTTAAAG
130 TTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * *
11751 CAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCAAACGAATGGCTT
195 CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-AATGAATGACTT
* * * *
11816 TTTCTTCA-AGTTTCTT-GAGGCAAACATTTAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA
259 TTTCTTCATAGTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* *
11879 ATTTAACTTAATATCAATTAT
324 ATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
11900 GCGATTATAAAATCTTTTAAAGCAAGTGAT-AAGACTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA
** * ************************* * *
11964 CTTTTCTTGTCAATGGATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACAATCAATTATAATATAT
65 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAATCTAT
* * * * *
12029 TTTAACTACAAATGTAGAATAAC-TT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAA
130 TTTAACCAAAAATGTA-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * * * *
12092 GTACGTAATAATACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAATGGCT
194 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CAATGAATGACT
* * * * * * * *
12157 ATTTCTTCAT-GTTTC-TCAAGATAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAG
258 TTTTCTTCATAGTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
**********
12220 AATTCAACTTANNNNNNNNNNT
323 AATTCAACTTAAAATCAATTAT
** ** * *
12242 GAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAATACGGCTTTGGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGG
1 GAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAG
* ** * * * * * * *
12305 ACATTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCATGAGGTAAACATTCAATTATAATATG
64 ACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAATCTA
*** * * * * * * *
12370 TTTTAATTGAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTAATATCAATTATGCGAATATACAACCTTTTAAA
129 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * * * * * * *
12434 GCAAGTAATAAGAATTTCAAAGGCTTGGGTGATTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGGAT-AGC
194 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ACAATGAATGA-C
* * * * * *
12498 TTTTACATCAT-GTTTCCTAAAG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAAT
257 TTTTTCTTCATAGTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAT
12555 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4610, Mismatches: 1261, Indels: 549
0.72 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
327 4 0.00
328 165 0.04
329 9 0.00
330 2 0.00
331 18 0.00
332 233 0.05
333 14 0.00
334 1 0.00
337 9 0.00
338 197 0.04
339 188 0.04
340 389 0.08
341 679 0.15
342 1481 0.32
343 869 0.19
344 41 0.01
345 1 0.00
346 14 0.00
347 6 0.00
348 10 0.00
349 8 0.00
350 3 0.00
351 4 0.00
352 5 0.00
353 2 0.00
357 4 0.00
358 4 0.00
362 4 0.00
363 4 0.00
367 1 0.00
368 3 0.00
369 2 0.00
370 1 0.00
371 5 0.00
372 4 0.00
373 5 0.00
374 11 0.00
375 1 0.00
378 1 0.00
379 6 0.00
381 1 0.00
383 5 0.00
386 5 0.00
388 7 0.00
389 8 0.00
390 4 0.00
391 2 0.00
392 168 0.04
393 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (344 bp):
GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC
TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAATCTATT
TTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
AAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAATGAATGACTTTT
TCTTCATAGTTTCTTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
TCAACTTAAAATCAATTAT
Found at i:12533 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 6067--12556 Score: 2631
Period size: 514 Copynumber: 12.6 Consensus size: 512
6057 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
6067 GAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAACGCTTTTGAAA-GCTTGAGTGACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * *
6131 C-TTTCTT-TACCAATGGATGTCTTTTACTTCACCTTTCTTGAAGTAGACATTCAACTATAATAT
65 CTTTTCTTGT--CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATAT
* * * * * * * * *
6194 ATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCTAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
128 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT-AAACCTTTTAAA
** * * * ** * * * * *
6259 TTAAGTAATAACG-CTTTTCGATGGCTTAAGTGACTGTAAATGGACTTTTCATGCTAATGGATGA
192 GCAAGTAATAA-GAC-TTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGG
* * * * * * * ********
6323 TTTTTGCCTCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATACATTTTAACCACAAANNNNNNNN
255 CTTTTACATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAGAAA
*** * * * * **
6388 NNTTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAATATTTTTAAAG
320 AACTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAG
* * * * * * * * * ** *
6453 GCTTGAGTGA-TGATAAATGAAGTTTTATTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCTGGTTTCCCAA-A
385 GCATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGA
* * * *
6516 GTAAACATTGAATTTTAATCT-TTTTAAAGC-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATA
449 -TAAACATTCAAATATAATCTATTTT-AA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
6578 AT
511 AT
* * * * *
6580 GACATTACT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAAG-GTGACTATAAATGGA
1 GAGATTA-TAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * ** * * * *
6643 CTTTTC-GGCCAATGAATGTCCTTTTCTTTACGTTTCTTGAGATAGACATTGAATTTTAATCTGT
65 CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATATGT
********** * * *
6707 TTTAAC-AAAANNNNNNNNNNATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAACCATTTAAAGT
130 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATA-TAAACCTTTTAAAG-
* * * * * * * * ** ** * *
6771 GAA-TAATAAGGCTTT-AGAGGGCATGAGTGACTATAGATTGACTTTTCTTGTCGTTGAAAGGCT
193 CAAGTAATAAGACTTTCA-AAGACTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCT
* * * * * * * ** *
6834 TTTACTTCATGTTT-CTCGAGGCAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTA-AAAA
257 TTTACATCATGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAGAAAA
* * * * ** * *
6897 ATTTTACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
321 ACTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGG
* * * * *** * * * * * * *
6962 CTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTACTTGTTAATGGATGGCTTTTACTTCATGTATCTCGAGGTA
386 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATA
* * * * * * * * **
7027 GACATTCAATTATATTATATTTTAACTAAAATTGTACAATAATTGAACCGAAAATCAATTAT
451 AACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * ********** *
7089 TAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAA-TGATANNNNNNNNNNAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAACTATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * ** *** ** * * *
7153 CTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCCCAAAACAGACATTCAATTATAATATAT
65 CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATATGT
* ********** * * * * * *
7218 TTTAACCAANNNNNNNNNNAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAATCATTTAAAAC
130 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATA-TAAACCTTTTAAAGC
* * * * * * * * *
7283 GAGTAATAAGGC-TTGAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAAT-GAGTGACTT
194 AAGTAATAAGACTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGA-TGGCTT
* * * * * * *
7346 TTTC-TCCATATTT-CTCGAAGCAGACA-TCACTTAGAATATATTTTAACCAAAAATGT-GAAAA
258 TTACAT-CATGTTTCCT-AAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAGAAAA
* ********** * * *
7407 AATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACACTTTCGAAG
321 ACTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAG
* * * * * * * * *
7472 GCTTGAGTTACTATAAATGGAC-TTTCTTTACCAATGGATGTCTTTTACTTTACCTTTCCCGAAG
385 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAG
* * * * * *
7536 -TAGACATTCAACTATAATATATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-ATAGTA
448 ATAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTA
7599 T
512 T
* * * *** * * * * * *
7600 GACATTATAAAACCATTTAGATTGAGTAATAACGCTTTCGATGGCTTAAGTGACTATAAATGAAC
1 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * ** * * * *
7665 TTTCCATG-CTAATGGATGG-TTTTTGCCTCACGTTTCCTAAAGTC-GACATTCAATTATAATAC
66 TTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTT-CTTCACATTT-CTTGAGGCAAACATTAAATTATAATAT
* * * ********** * *
7727 ATTTTAACCACAAANNNNNNNNNNTTTAACTTAAAATCAATTATGA-AATTATAAAATCATTTT-
128 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAA-TAT-AAA-CCTTTTA
* * * * * * * * * * * * *
7790 AAGCGAGTAACAATATTTTCGAAGGCTTGAGTGACGATTAATGAAGTTTTCTTGCCAAAGGATGG
190 AAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGG
* * * * * * ********** * *
7855 CTTTTACTTCAGGTTTCCCAAGGTAAACATTGAANNNNNNNNNNTTTTAAGCAAAAATGTA-AAA
255 CTTTTACATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAGAAA
* * * * * *
7919 AATTTAACTTAAAATCAATAATGACATTATTAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-GAAA
320 AACTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCG-AA
* * * **
7983 GGCA-AGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTTACGTTTCTTGA
384 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* * * * * * *
8045 GATAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAA-TAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATA
447 GATAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
*
8108 AN
511 AT
********* * * * * * * *
8110 NNNNNNNNNAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGTCTTTCGAGGGCATGGGTGACTATAATTAGA
1 GAGATTATAAAACTATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
8174 -TCTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCATGAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
65 CT-TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATATG
* * * *
8238 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAA-ATGATTTAAA
129 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAACCT--TTTAAA
* * * * * * * * *
8302 GCAAGTACTAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTTATTGCTAATGGATGGCT
192 GCAAGTAATAAGACTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCT
* * * * * * * * * * *
8367 TTTGCATCATGTTTCTTGAAGTAGACATTAAACTATAATATATTTCAACGAAAAATATAGAAAAA
257 TTTACATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAGAAAAA
* * * * *
8432 CTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTAATAA-AGCTTTCAAAGG
322 CTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTTTCGAAGG
* * * * ** * * * * *
8496 CTTGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTATCAATGGATGGGTTTTGCATCATGTTTCTTGAAG-C
386 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGAT
* * * * * * * * *****
8560 AGACATTTAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAGAAAAACTCAACTTAAAATCANNNNN
450 AAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
***** ** ** * * * *
8623 NNNNNTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTCTAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** *** *
8688 TTTTTTTTGTCAATGAATGGCTATTTCTTCACGTTTCTCAACATAAACATTCAAA-TATAATCTG
66 -TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACATT-AAATTATAATATG
* * * * ** * * * *
8752 TTTTAACCAATAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATTGATAATGAG-GTAGTAAAATCATTTAAA
129 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATA-T-AAACCTTTTAAA
* ** * * ** * *
8816 GCAAGTAATAAGGCTTTGGAAG-GTATAGGTGACTATAAATGGACATTTTC-GGCCAATGAACGG
192 GCAAGTAATAAGACTTTCAAAGACT-TGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGGATGG
* * * * * * * * * * *
8879 ATGTTT-CTTCATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTACCCAAAAATGTAAAA
255 CT-TTTACATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAGAA
* * * * *
8943 AAATTTAACTTAAAATCGATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTCGAA
319 AAACTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCG-A
* * * * * * **
9007 AGGTATGGGTGACTATAAGTGGA-TGTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTTGA
383 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* * * * * * * * ** *
9071 GGTAGATATTCAATTATCATATCTTTTAATCAAAAAATACAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
447 GATAAACATTCAAATATAATCTATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
9136 AT
511 AT
* * ** * * ** *
9138 GAGATTATAAAACCATTTAAATCGGGTAATAAAGATTTTGAAGTCAT-AGGTGACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGA
* * * * ** * *********
9202 CTTTTCTTGTTAAGGAATTGCTTTTACTTCATGTTTCTCGNNNNNNNNNNTTAAA-TATAATATG
65 CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTG-AGGCAAACATTAAATTATAATATG
* ** * ** * * * * * *
9266 TTTTGACCCAAAATGTGTAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTGAAAA
129 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT-AAACCTTTTAAAG
* * ** ** * * * * * * * *
9331 CGAGTGATAAGGGTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCTAGTGTATGACTT
193 CAAGTAATAAGACTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT
* * * * * * * * * * *
9396 TTACTTTATGTTTTCTAAAACAGACACTCAACTATAATATATTTTCATCAAAAATAG-AGACAAA
258 TTACATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAAT-GTAGAAAAA
* * * *********
9460 -TTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAACACCATTTAGAGCGAGTANNNNNNNNNNT-GAAG
322 CTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA-ATAAGACTTTCGAAG
* * * * * *** * * * *
9523 ACTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGGGTTTGCATCATGTTTC-CCAGAG
385 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGA-
** * * * * ** **
9587 CCAACATTCAATTATAATATATTTTGACTATAAATGTAAAAACTTTTTACTTAAAATCAATTAT
449 TAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
9651 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * *
9716 -TTTCTT-TACCAATTG-ATGGCTCTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTGAATT-T--TAT
66 TTTTCTTGT--CAA-TGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATAT
* ** * * * * * * *
9775 -TTTGT-TCT----A-A-GCAAAAATGCAACTGAAAATTAATAATGTGATTATTAAACCATTTAA
128 GTTT-TAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATA-TAAACCTTTTAA
* * * * * * * * **
9832 AGCGAGTAATAAGGCTTTGC-AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTGTCATCAATAAATGG
191 AGCAAGTAATAAGACTTT-CAAAGACTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGG
* * * * * * * * *
9896 CTTTTTCTTCACGTTTCC-AGAGTCAAACAGTT-AATTGTAATCTGTTTTAACAAGAAATGTA-A
255 CTTTTACATCATGTTTCCTAAAG-CAAACA-TTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAGA
* * * * * * * * *
9958 AAAAATTCAATTTCAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCA
318 AAAACTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCG
* * * * * * * * ** *
10023 AAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGCTAAT-AGATGGCTTTTGCATCATATTTCCTA
382 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGACTTTTTCTTCACGTTT-CTC
* * ** * * * *
10087 AAG-CAAACAATCATTTATACTATATTTTAACCAAAAATGTAAACAAAA-TCAAGTTAAAATCAA
445 AAGATAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAA
10150 TTAT
509 TTAT
* * *
10154 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCTAA--C------G-C-----ATGGAC
1 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *** * * * * * * *
10205 TTCTCTTATCAATGAATGGTTTTTTCTTCGTGTTTCTTAAGGTAGACATTCAACTATAATCTATT
66 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATATGTT
* * *
10270 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATAGTAAAACCATTTAAAGC
131 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATA-T-AAACCTTTTAAAGC
* * * * * * * * **
10334 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTT
194 AAGTAATAAGACTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
*** ** **** ** * * **
10399 TTGTTCATGTTTTTTGATAGAGTTTTCTAGCCAA-T-GAATGGCT-TTTTCTCCACATTTCTCAA
259 TACATCATGTTTCCT-A-A-AGCAAAC-ATTCAATTATAAT--ATATTTTAACCACA------AA
** * *
10461 TGTAGACATTAAATTTTAATCTTTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATC
312 TGTAG-----AAA----AA-C---T-TAAC------T-T----AAAATCAATT--A--TGAGAT-
* * * * *
10526 AATAATGAGATTCTTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGTCATGGGTGAATATAA
347 TAT-A----------AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * * *
10591 TTGGACCTTTCTTGCTAATGAAT-AGCTTTTTCTTCACG-TT-TCATGATGCAAACATTCAATTA
401 ATGGACTTTTCTTACCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAT--AAACATTCAAATA
* *
10653 TAATCTATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTAT
463 TAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** * * * *
10703 GAGATTAGAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATAGAC
1 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** ** * * *
10768 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTGAAACAGACATTAAACTATAATATATT
66 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATATGTT
* * * * * * **
10833 TTAACAAAAAATTTAGAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTGAAAGTG
131 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAACCT-TTTAAAGCA
* *
10898 AGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTT
195 AGTAATAAGACTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTT
** * * * * * *
10963 GTATCATGTTTCTTAAAGAAAACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAAATGTTGAAAAACTC
260 ACATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAGAAAAACTT
* * * *
11028 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATG
325 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATG
* * * * * * *
11093 GGTGCCTATAAATGGACTTTTCTTATCGATAAATGA-ATTTTCTTCACATTTCTCAAGATAGACA
390 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACA
* * * * * *
11157 TTCAAATATAATCTGTTTTAACCATAAATATAATAAAATTCAGCTTAAAATCAATTAT
455 TTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** * * * * *
11215 GAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCTTGAGTAACTATAAAAGGAT
1 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * * * * *
11280 TTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTGAGTTTTAATTTGTT
66 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATATGTT
* * * * * * *
11345 TTAACCAAAAATGA-AAAAACATTCAAGTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAACCATTTAAAGT
131 TTAACTAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATA-TAAACCTTTTAAAGC
* ** * * * * * *
11409 AAGTAATAAGGCTTTGGAAGACATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATGACTTT
194 AAGTAATAAGACTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* * * * * * *
11474 TTCTTCATATTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCA-AAA-GTATTAAAAAA
259 TACATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTA--GAAAAA
* * * * * * *
11536 ATTCAAATTCAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGCT-ATAA-AGCTTTCAAA
322 CTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGA-CTTTCGAA
* * * ** * * * *
11599 GGCGTGAGTGATTATAAATAAACTTTTCTAACCAAAGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTGATG
384 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAG
* * * * * * *
11664 -TAGACATT-AAATTTTAATCTTTTTTAACTAAAAATGCAAAAAAAATTCAACTCAAAATCTATA
448 ATAAACATTCAAA-TATAATCTATTTTAACTAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
11727 AT
511 AT
* ** *
11729 GAGATTATTAAA-TCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAATTGGA
1 GAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* *
11793 CTTTTCTTG-CAAACGAATGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCTTGAGGCAAACATTTAATTATAATAT
65 CTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACA-TTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATAT
* * * * *
11856 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAATATCAATTATGCGATTATAAAATCTTTTAAA
128 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT-AAACCTTTTAAA
* * * ** **
11921 GCAAGTGATAAGACTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGNN
192 GCAAGTAATAAGACTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCT
********************** * * *
11986 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACAATCAATTATAATATATTTTAACTACAAATGTAGAATAA
257 TTTACATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAGAAAAA
* * *
12051 CTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAG-TACGTAATAATACTTTCGAAGG
322 CTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGACTTTCGAAGG
* * * *
12115 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAATGGCTATTTCTTCATGTTTCTCAAGATA
386 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATA
* **********
12180 AACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTANNNNNNNNNNT
451 AACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* **
12242 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATACGGCTTTGGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGA
* * * *
12306 CATTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCATGAGGTAAACATTCAATTATAATATGT
65 CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATATGT
* * * *
12371 TTTAATTGAAAATATAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGCGAATATACAACCTTTTAAAGC
130 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATA-AACCTTTTAAAGC
* * * * * *
12436 AAGTAATAAGAATTTCAAAGGCTTGGGTGATTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGGATAGCTTT
194 AAGTAATAAGACTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
12501 TACATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGT
259 TACATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGT
12557 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4498, Mismatches: 1240, Indels: 478
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
488 2 0.00
489 42 0.01
490 6 0.00
491 1 0.00
492 3 0.00
493 4 0.00
494 1 0.00
495 1 0.00
497 1 0.00
498 3 0.00
499 103 0.02
501 5 0.00
502 17 0.00
503 305 0.07
504 5 0.00
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507 3 0.00
508 132 0.03
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510 341 0.08
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516 4 0.00
517 3 0.00
518 2 0.00
522 3 0.00
523 2 0.00
524 1 0.00
525 4 0.00
527 1 0.00
528 1 0.00
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534 1 0.00
535 1 0.00
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541 1 0.00
544 1 0.00
545 2 0.00
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548 6 0.00
549 159 0.04
550 1 0.00
551 1 0.00
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563 173 0.04
564 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (512 bp):
GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATATGTT
TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAACCTTTTAAAGCAA
GTAATAAGACTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTA
CATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAGAAAAACTTA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACAT
TCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
Found at i:15062 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14735--15964 Score: 862
Period size: 170 Copynumber: 7.2 Consensus size: 171
14725 TTTCGAACGC
* * *
14735 ATGGACTTCTCTTGCCAATGAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAACTATAA
1 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAAATATAA
* * **********
14800 TCTGTTTTAA-AAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGA-TAGNNNNNNNNNN
66 TCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAATCATT
* * *
14862 TAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGATTATAA
130 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * *
14904 ATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGGCTTTTTGTTCATGTTT-TTGAGGTAGACATTCAAATATAA
1 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAAATATAA
* *
14968 TCTGTTTTAACTAAAATTGTAAAAACAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTAT
66 TCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAA-AAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCAT
* * * * ** *
15033 TTAAAGTGACTAACAAGGCTTCCAAAGGCATTAGTAACTATAA
129 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * *
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1 ATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAAA-TAT
********* * * *
15139 AATCTGTTTNNNNNNNNNNTGTAAAAAAAATC-AAGTTAAAATTAATT-TAGAGATTAGAAAATC
64 AATCTGTTT-TAATAAAAATGTAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAATC
* * ** * *
15202 ATTTAAAGCCAGTAATAAGACTTTCAAAGGTTTGGGTGTCCATAA
127 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
* ** * * * * * * * * * *
15247 ATAGACTTTTCTTGTTAATGGAT-GATTTTGCATCATGTTTCATAAAGCAGGCATTCAATTATAA
1 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAAATATAA
* * * * * *
15311 TATATTTTAATCAAAAATATAGAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATAATT
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* *
15375 TAAAAG-GAGTAATAAGGC-TTCGGAAGGTATGGGTGACTATAA
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* **** * * * *
15417 ATGGA-TATTTTTTATTGATGAAAGGCTTTTTATTCATGTTT-CTCGAGGTAAATATTCAAATAT
1 ATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAAATAT
* * * * * * *
15480 AATCTATTTTAATAGAAAATAT-AAAACACTC-AACTTAAAATCAATAATGACATTCTAAAATCA
64 AATCTGTTTTAATA-AAAATGTAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCA
* * * * *
15543 TTTAAAGTGAGTAATAAAGTTTTGAAAGGCATGGGTGACAATAA
128 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * * *
15587 ATGAAATTTTTTTACCAATGAATGG-TTTTTTTCTCATGTTTCCT-ATGGTAGACATTCAATTAT
1 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCCTGA-GGTAGACATTCAAATAT
* * * ** * *
15650 AATATATGTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCA
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* * * ** * *
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* * * * * ** ** * * * *
15759 ATGGACTTTCCTTACCAATGGATAGCTTTTTCCTCACATTTTTTGACGTAAACATTTAATTATAA
1 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAAATATAA
* * * * * * *
15824 TCTGTTTTAACTAAAAGTGTAAACAAAAAT-TAAAATTGAAATCACTTTTCAGATTATAAAACCA
66 TCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAA-AAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCA
* * * *
15888 TTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTAACTATAA
128 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
* *
15932 ATAGAGTTTT-TTAGCCAATGAATGGCTTTTTCT
1 ATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTTTTCT
15965 CCACATTTCT
Statistics
Matches: 816, Mismatches: 208, Indels: 70
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 31 0.04
169 57 0.07
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAAATATAA
TCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
Found at i:22919 original size:170 final size:172
Alignment explanation
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22525 AATTCAGCTT
* * * ** *
22535 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACAAGTACTAAGGCTTTCAAAAGCTTGGGTGA
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* * ** * * *
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* *
22665 ACTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAGAAAAACTTAACTT
131 ACTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAGAAAAACTCAACTC
********** *
22707 AAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTCAAAGGCTTGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAAACTTTCAAAGGCTTGGGTGA
* * ** * *
22772 CAATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTCCATCATG-TTTCTTGAAGCAGACATTTA
66 CTATAAATAGACTTTTATTACCAACGGATAACTTTTCCATCATGTTTTCTTAAAGCAGACATTAA
* * * *
22836 ATTATAATATA-TTTAACCACAAATGTAGAAGAGCTCAACTC
131 ACTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAGAAAAACTCAACTC
* * *
22877 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAATACTTTCAAAGG-TATGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAAACTTTCAAAGGCT-TGGGTG
22941 ACTATAAAT
65 ACTATAAAT
22950 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 49, Indels: 4
0.78 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 82 0.42
171 27 0.14
172 83 0.43
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (172 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAAACTTTCAAAGGCTTGGGTGA
CTATAAATAGACTTTTATTACCAACGGATAACTTTTCCATCATGTTTTCTTAAAGCAGACATTAA
ACTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAGAAAAACTCAACTC
Done.