Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398613.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1900.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3281
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Warning! 203 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:694 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 296--3052 Score: 2409
Period size: 172 Copynumber: 16.1 Consensus size: 170
286 NNNNNNNNNN
* * * *
296 ATTTTGAGATT-TCAAAACCATTTAGAGTGAGTATTAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAA
1 ATTTTGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * ** * ** *
360 ATAGACTTTTCTTGTCAACAAATACCTTTTTCTCTGCA--TTTCTCAAGATTGACATTCAATTAT
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT-T-CACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTAT
* * ****
423 AGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAA-AACTTCAACCAAAAATCA
128 AATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAGAA-TTCAAATTTAAATCA
* * ** * *
467 ATTATG-GCATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAA
1 ATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * *
531 ACGGATTTTTCTTGCCAATGTATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAA
*
596 TCTGTTTTAACAAAAACTGTACAAAGACTTCAAATTTAAATCA
130 TCTGTTTTAACAAAAA-TGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCA
* * * * * *
639 ATTTTGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTTATTATAAG
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * ** * *
704 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCATT-ACGTTTATCAAGG-T-AGATGTCAATTCTA
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TTCACGTTTCTTGAGGTTGACAT-TCAATTATA
* * * * *
766 GTCTGTTTTAACCAAAATGTAAACA-AGTTCAACTTAAAATCA
129 ATCTGTTTTAACAAAAATGTAAA-AGAATTCAAATTTAAATCA
* ** * * *
808 ATTATG-GCATTATAAAACCACGTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATT
1 ATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * *
872 AATGAAC-TTTCTTACCAATGAATGCC-TTTACTTTCACATTT-TTGGAGGTTGACATTGAATTA
64 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TTCACGTTTCTT-GAGGTTGACATTCAATTA
* * ** * *
934 CAAT-TATTTTTGATGAACAATTGTACAAAGAATTCAAATTTCAATCA
127 TAATCT-GTTTT-AACAA-AAATGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCA
* * * * * *
981 ATTTAGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGGAGGAATGGGTGATTATAAA
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
1046 TGCAGTTTTCTTACCAATGAA--CC-TTTTGTTCATG-TTCTAGAGGTTGACATTCAATTATAAT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAAT
* * * * *
1107 CTATTTTAAAGAAAAATGTACAAAGACTTTAAATTGAAATCA
131 CTGTTTT-AACAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCA
* * *
1149 ATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTTACTATAAA
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * ** * * * * *
1214 TGGACTTTTCTTG-CAATGAATGCCTTCTTTATT-GCGTTTATCAAGGTAGATAGT-AATTCTAG
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT-TTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAA
* * ** *
1276 TCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAA-ACGTTCAACGTAAAATCA
130 TCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAGA-ATTCAAATTTAAATCA
* * * * * *
1318 ATTATG-GCATTATAAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATAGGTGATTATT
1 ATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* ** ** *
1382 AATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTACCTTCATATTTCTGGAGGTTGACATTCAATTATA
64 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATA
* * * *
1447 ATCTTTTTTGACCAACAATGTACAAAGAATTCAAATTTCAATCA
129 ATCTGTTTT-AACAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCA
* *
1491 ATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* ** * *** * * *
1556 TGGACTTCTCTTAG-CAACAAATACCTTTTTCTTTGTGTTTCTCGAGATTGACATTCAATTATAG
66 TGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAA
* * ** *
1620 TCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAA-ACTT-TAATGAAAAATGA
130 TCTGTTTTAA-CAAAAATG-TAAAAGAATTCAAAT-TTAAATCA
* * * * * * * * *
1662 ATTATG-GCATTACAAAATCATTTAAAGCGAATAATGAGGGTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAA
1 ATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * * *
1726 ACGGATTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCATT-ATGTTTCCT-AGGGTAGACA-TCAATTCT
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TTCACGTTTCTTGA-GGTTGACATTCAATTAT
** * * *
1788 AGCCTATTTTAAGCAAAAATGTAAAA-AAGTTCAACTTAAAATCA
128 AATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAGAA-TTCAAATTTAAATCA
* * * * * *
1832 ATTATG-GCATTATAAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGAAATGGGTGAATATT
1 ATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * ** * * *
1896 AATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTATACCTTCACATTTCTTAAGGTTGACATTGAATTATA
64 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATA
* * *
1961 ATAT-TTTTAACCAAAAATGTATAAAGAAATCAAATTTCAATCA
129 ATCTGTTTTAA-CAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCA
* * * ** *
2004 ATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGA-TATTAAGGATTTTGAAGGAATTAGTGACTGTAAA
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
2068 TAGACTTTTCTTACCAATGAA--CCTTTTTCTTCATGTCTTC-GGATGTTTACATTCAATTATAA
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT-TTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAA
* * *
2130 TCT-ATTTAAAAGAAATATGTACGAAGAATTCAAATTTAAATCA
130 TCTGTTTTAACA-AAA-ATGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCA
* * * * *
2173 ATTTTCAAATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-AATGGCTTTTGAAGGAATTGGTTACTATAA
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * *
2237 ATGGACTTTT-TCTGCCAATAAATGTCTTTTCCTTCATGTTTCTTGACGTTTACATTCAATTATA
65 ATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATA
* *
2301 ATCTTTTTTAACCAAAAATGTAGAAAGAATTCAAATTTCAATCA
129 ATCTGTTTTAA-CAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCA
* *
2345 ATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* ** * ** * * *
2410 TGGACTTTTC-TGTCAAAAAATACCTTTTTCTTTGCGTTTCTCGAGATTGACATTCAATTATAGT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAAT
* * * **
2474 CTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAA-ACTTTAACTAAAAATCA
131 CTGTTTTAA-CAAAAATG-TAAAAGAATTCAAATTTAAATCA
* * * *
2515 ATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTGACTATAA
1 ATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * *
2579 ACGGATTTTTCTTGCCAATGTATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAA
* * * *
2644 TCTGTTTTAATAGGAAATGCACAAAGAATTCAAATTTAGATCA
130 TCTGTTTTAACA-AAAATGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCA
* * *
2687 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGAGTATAAA
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * *
2752 TGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTGTTTCATCACGTTTCTCGAGGTAGACA-TCAATTCTAGT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAAT
* * * * *
2816 CTGTTTTAGCTAAAAATTTAAAA-AAGTTCAACTTAAAATTA
131 CTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAGAA-TTCAAATTTAAATCA
* ** * ** *
2857 ATTATGTCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGGGATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTATAAA
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
** * * *
2922 AAGATTTTTCTTACCAATGTATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAAT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAAT
*
2987 CTGTTTTAATAGAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCA
131 CTGTTTTAACA-AAAATGTA-AAAGAATTCAAATTTAAATCA
*
3029 ATTTTTAGATTATAAAACCATTTA
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
3053 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2070, Mismatches: 431, Indels: 169
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.00
168 137 0.07
169 222 0.11
170 465 0.22
171 536 0.26
172 567 0.27
173 131 0.06
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAAT
CTGTTTTAACAAAAATGTAAAAGAATTCAAATTTAAATCA
Found at i:3079 original size:514 final size:510
Alignment explanation
Indices: 309--3052 Score: 2758
Period size: 514 Copynumber: 5.4 Consensus size: 510
299 TTGAGATTTC
* * * * * * *
309 AAAACCATTTAGAGTGAGTATTAAAGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAATAGACTTTTCTT
1 AAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-GGACTTTTCTT
** ** * * * ** * * *
373 GTCAACAAATACCTTTTTC-TCTGCATTTCTCAAGATTGACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACC
65 ACCAATGAATGCCTTTTCCTTC-ACATTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-C
***** * * * **
437 AAAAATGTA-AAA-AACTTCAACCAAAAATCAATTATG-GCATTATAAAATCATTTAAAGCAAGT
128 AAAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTTCAATCAATTTTGAG-ATTACAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * *
499 AATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAACGGATTTTTCTTGCCAATGTATGCCTTTTTCT
191 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATACCTTTTTCT
*
564 TCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAACTGTACAAAGACTTCA
255 TCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAGAAAA-TGTACAAAGACTTCA
* * * *
628 AATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGG
319 AATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG
* * * * **
693 GTTATTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCATTACGTTTATCAAGGTAGATGT
384 GTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTCATTACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* *
758 CAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAATGTAAACAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTAT
448 CAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTAT
* * * *
821 AAAACCACGTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATTAATGAAC-TTTCTT
1 AAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTA-TAAAGGACTTTTCTT
* * * * * *
885 ACCAATGAATGCCTTTACTTTCACATTT-TTGGAGGTTGACATTGAATTACAAT-TATTTTTGAT
65 ACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACATTTCTT-GAGGTTGACATTCAATTATAATCT-GTTTT-AA
* * * *
948 GAACAATTGTACAAAGAATTCAAATTTCAATCAATTTAGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGT
127 CAA-AAATGTACAAAGAATTCAAATTTCAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * * * *
1013 AATAAAGCTTTTGGAGGAATGGGTGATTATAAATGCAGTTTTCTTACCAATGA-ACC-TTTTGTT
191 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATACCTTTTTCTT
* * *
1076 CATG-TTCTAGAGGTTGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-AGAAAAATGTACAAAGACTTTAA
256 CATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAG-AAAATGTACAAAGACTTCAA
* *
1139 ATTGAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG
320 ATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG
* * * *
1204 TTACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGCCTTCTTTATTGCGTTTATCAAGGTAGATAGT
385 TTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT-TTCATTACGTTTCTCAAGGTAGACA-T
* * *
1268 -AATTCTAGTCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAACGTTCAACGTAAAATCAATTATGGCATTAT
448 CAATTCTAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTAT
* * * *
1331 AAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATAGGTGATTATTAATGAACTTTTCTT
1 AAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTA-TAAAGGACTTTTCTT
* * * * * *
1396 GCCAATGAATGCCTTTACCTTCATATTTCTGGAGGTTGACATTCAATTATAATCTTTTTTGACCA
65 ACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACA
* *
1461 ACAATGTACAAAGAATTCAAATTTCAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATT
129 AAAATGTACAAAGAATTCAAATTTCAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
*
1526 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTAGCAACAA--ATACCTTTTTCTT
194 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GC--CAATGATACCTTTTTCTT
** * * * *
1589 TGTGTTTCTCGAGATTGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA-AAAATGTTA-AAA-ACTT-T
256 CATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAGAAAATG-TACAAAGACTTCA
** * * * * * * * * *
1650 AATGAAAAATGAATTATG-GCATTACAAAATCATTTAAAGCGAATAATGAGGGTTTTGAAAGAAT
319 AAT-TTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * *
1714 AGGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCATTATGTTTC-CTAGGGTAGA
382 AGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-TTTTCATTACGTTTCTC-AAGGTAGA
* *
1778 CATCAATTCTAGCCTATTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATT
445 CATCAATTCTAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATT
1843 AT
509 AT
* * *
1845 AAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGAAATGGGTGAATATTAATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTA-TAAAGGACTTTTCTT
* * * * *
1910 ACCAATGAATGCCTATACCTTCACATTTCTTAAGGTTGACATTGAATTATAATAT-TTTTAACCA
65 ACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CA
* * *
1974 AAAATGTATAAAGAAATCAAATTTCAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGA-TATT
129 AAAATGTACAAAGAATTCAAATTTCAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* ** * * *
2038 AAGGATTTTGAAGGAATTAGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTACCAATGA-ACCTTTTTCTTCAT
194 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATACCTTTTTCTTCAT
* * * * * * *
2102 GTCTTC-GGATGTTTACATTCAATTATAATCT-ATTTAAAAGAAATATGTACGAAGAATTCAAAT
259 GT-TTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAGAAA-ATGTACAAAGACTTCAAAT
* * * *
2165 TTAAATCAATTTTCAAATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-AATGGCTTTTGAAGGAATTGGT
322 TTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATAGGT
* * * * ** * **
2229 TACTATAAATGGACTTTT-TCTGCCAATAAATGTCTTTTCCTTCATGTTTCTTGACGTTTACATT
386 TACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTCATT-ACGTTTCTCAAGGTAGACA-T
* * * * ** *
2293 CAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAGAAAGAA-TTCAAATTTCAATCAATTTTGAG-ATT
448 CAATTCTAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTA-AAA-AAGTTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATT
*
2356 AC
509 AT
* * *
2358 AAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTG
1 AAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-GGACTTTTCT-
** * * ** * * * *
2422 T--CAAAAAATACCTTTTTCTTTGCGTTTCTCGAGATTGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC
64 TACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-C
* * * *** * * *
2485 AAAAATGTTA-AAA-ACTTTAACTAAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
128 AAAAATG-TACAAAGAATTCAAATTTCAATCAATTTTGAG-ATTACAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * **
2547 GATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGCCAATGTATGTCTTTTTCT
191 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATACCTTTTTCT
* * * * *
2612 TCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAGGAAATGCACAAAGAATTCAA
255 TCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAGAAAATGTACAAAGACTTCAA
* * * *
2677 ATTTAGATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTCAAGGAATGGG
320 ATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG
* * * * *
2742 TGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTGTTTCATCACGTTTCTCGAGGTAGACATC
385 TTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT-TTTCATTACGTTTCTCAAGGTAGACATC
* * * *
2807 AATTCTAGTCTGTTTTAGCTAAAAATTTAAAAAAGTTCAACTTAAAATTAATTATGTCATTAT
449 AATTCTAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTAT
* ** * * *
2870 AAAACCATTTAAAGCGAGGGATAAGGC-TTTTGGAGGAATGGGTGACTATAAAAAGATTTTTCTT
1 AAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AAAGGACTTTTCTT
* * * *
2934 ACCAATGTATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAG
65 ACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-
* * *
2999 AAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTTAGATTATAAAACCATTTA
129 AAAATGTACAAAGAATTCAAATTTCAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTA
3053 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1846, Mismatches: 311, Indels: 148
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 3 0.00
509 64 0.03
510 368 0.20
511 248 0.13
512 313 0.17
513 323 0.17
514 500 0.27
515 26 0.01
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
AAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAGGACTTTTCTTA
CCAATGAATGCCTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
AATGTACAAAGAATTCAAATTTCAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATACCTTTTTCTTCATGT
TTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAGAAAATGTACAAAGACTTCAAATTTAA
ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTTACTA
TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCATTACGTTTCTCAAGGTAGACATCAATTCTA
GTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTAT
Found at i:3080 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 296--3189 Score: 2456
Period size: 342 Copynumber: 8.5 Consensus size: 342
286 NNNNNNNNNN
* * * *
296 ATTTTGAGATTTCAAAACCATTTAGAGTGAGTATTAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAA
1 ATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * * * * *
361 TAGACTTTTCTTGTCAACAAATACCTTTTTC-TCTGCATTTCTCAAGATTGACATTCAATTATAG
66 TGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCAT-TACGTTTCTCGAGGTAGACA-TCAATTCTAG
* * * ** *
425 TCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACCAAAAATCAATTATGGCATTATAAAATCATTT
129 TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTT
* ** * * * * *
490 AAAGCAAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAACGGATTTTTCTTGCCAATGTATG
194 AAAGCGAGGGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATG
*
555 CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAACTGTACA
259 CCTTTTCCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TGTACA
*
619 AAGACTTCAAATTTAAATCA
323 AAGAATTCAAATTTAAATCA
* * * * * * * *
639 ATTTTGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTTATTATAAG
1 ATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * **
704 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCATTACGTTTATCAAGGTAGATGTCAATTCTAGTC
66 TGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCATTACGTTTCTCGAGGTAGACATCAATTCTAGTC
* * **
769 TGTTTTAAC-CAAAATGTAAACAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCACGTAA
131 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAA
** * * **
833 AGCGAGTAATAAGACTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATTAAT-GAACTTTCTTACCAATGAATGC
196 AGCGAGGGATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATGC
* * * * * * * ** *
897 CTTTACTTTCACATTT-TTGGAGGTTGACATTGAATTACAAT-TATTTTTGATGAACAATTGTAC
260 CTTTTCCTTCACGTTTCTT-GAGGTTGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACCAA-AAATGTAC
*
960 AAAGAATTCAAATTTCAATCA
322 AAAGAATTCAAATTTAAATCA
* * * * * *
981 ATTTAGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGGAGGAATGGGTGATTATAAA
1 ATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * *
1046 TGCAGTTTTCTTACCAATGAA--CCTTTTGTTCA-T--G-TTCTAGAGGTTGACATTCAATTATA
66 TGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCC-TTT-TTCATTACGTTTCTCGAGGTAGACA-TCAATTCTA
* * ** * * * * * * *
1105 ATCTATTTTAAAGAAAAATGTACAAAGACTTTAAATTGAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCT
128 GTCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCA
* ** * * * *
1169 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTTACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGA
191 TTTAAAGCGAGGGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGA
** * * ** * * * * * * *
1233 ATGCCTTCTTTATT-GCGTTTATCAAGGTAGATAGT-AATTCTAGTCTTTTTTAACTAAAAATGT
256 ATGCCTT-TTCCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* ** *
1296 A-AAA-ACGTTCAACGTAAAATCA
320 ACAAAGA-ATTCAAATTTAAATCA
* * * * * * * *
1318 ATTATG-GCATTATAAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGAATAGGTGATTATT
1 ATTTTGAG-ATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * *
1382 AATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTACCTTCA-TA--TTTCTGGAGGTTGACATTCAATT
64 AATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTT---TTCATTACGTTTCTCGAGGTAGACA-TCAATT
* * * * * * * ** * *
1444 ATAATCTTTTTTGACCAACAATGTACAAAGAA-TTCAAATTTCAATCAATTTTGAG-ATTACAAA
125 CTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AAGTTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAAA
* * * * *
1507 ACCATTTAAAGTGA-GTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTAGC
187 ACCATTTAAAGCGAGGGA-TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACC
** * * *** * * *
1571 AACAAATACCTTTTTCTTTGTGTTTCTCGAGATTGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA
251 AATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * ** *
1636 ATGTTA-AAA-ACTT-TAATGAAAAATGA
316 ATG-TACAAAGAATTCAAAT-TTAAATCA
* * * * * * * * *
1662 ATTATG-GCATTACAAAATCATTTAAAGCGAATAATGAGGGTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAA
1 ATTTTGAG-ATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * *
1726 ACGGATTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCATTATGTTTC-CTAGGGTAGACATCAATTCTAG
65 ATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCATTACGTTTCTCGA-GGTAGACATCAATTCTAG
* * *
1790 CCTATTTTAAGC-AAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATG
129 TCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATT
** * * * *
1854 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGAAATGGGTGAATATTAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
193 TAAAGCGAGGGATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAA
* * * * * * *
1919 TGCCTATACCTTCACATTTCTTAAGGTTGACATTGAATTATAATAT-TTTTAACCAAAAATGTAT
257 TGCCTTTTCCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAC
* *
1983 AAAGAAATCAAATTTCAATCA
322 AAAGAATTCAAATTTAAATCA
* ** *
2004 ATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGA-TATTAAGGATTTTGAAGGAATTAGTGACTGTAAA
1 ATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * ** *
2068 TAGACTTTTCTTACCAATGAA--CCTTTTTC-TTCATGTCTTC-GGATGTTTACATTCAATTATA
66 TGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCATT-ACGT-TTCTCGAGGTAGACA-TCAATTCTA
* * * ** * * * * * *** *
2129 ATCTATTTAAAAGAAATATGTACGAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTCAAATTATAAAACTA
128 GTCTGTTTTAACTAAAAATGTA--AAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCA
* * * * * *
2193 TTTAAAGTGA-GTAAAATGGCTTTTGAAGGAATTGGTTACTATAAATGGACTTTTTC-TGCCAAT
191 TTTAAAGCGAGGGATAA-GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTTCTTACCAAT
* * * * * *
2256 AAATGTCTTTTCCTTCATGTTTCTTGACGTTTACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATG
254 GAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* *
2321 TAGAAAGAATTCAAATTTCAATCA
319 TACAAAGAATTCAAATTTAAATCA
2345 ATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
1 ATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* ** * * * * * *
2410 TGGACTTTTC-TGTCAAAAAATACCTTTTTCTTTGCGTTTCTCGAGATTGACATTCAATTATAGT
66 TGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCATTACGTTTCTCGAGGTAGACA-TCAATTCTAGT
* * * * *
2474 CTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAACTTTAACTAAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTA
130 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
2539 AAGCGAGTGATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGCCAATGTATGT
195 AAGCGAGGGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATGC
* * * *
2604 CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAGGAAATGCACAA
260 CTTTTCCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-AAAATGTACAA
*
2668 AGAATTCAAATTTAGATCA
324 AGAATTCAAATTTAAATCA
* ** * *
2687 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGAGTATAAA
1 ATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* *
2752 TGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTGTTTCATCACGTTTCTCGAGGTAGACATCAATTCTAGTC
66 TGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCATTACGTTTCTCGAGGTAGACATCAATTCTAGTC
* * * *
2817 TGTTTTAGCTAAAAATTTAAAAAAGTTCAACTTAAAATTAATTATGTCATTATAAAACCATTTAA
131 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAA
* ** *
2882 AGCGAGGGATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTATAAAAAGATTTTTCTTACCAATGTATGCC
196 AGCGAGGGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATGCC
* *
2947 TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAGAAAATGTACAAA
261 TTTTCCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-AAAATGTACAAA
3011 GAATTCAAATTTAAATCA
325 GAATTCAAATTTAAATCA
* * ******************
3029 ATTTTTAGATTATAAAACCATTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
1 ATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * *
3094 TGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCGTTTTTCATTACGTTTCT-TAGGGTAGACATCAATTCTTGT
66 TGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCATTACGTTTCTCGA-GGTAGACATCAATTCTAGT
* *
3158 CTGTGTTAACTAAAAATGTGAAAAAGTTCAAC
130 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAAC
3190 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2077, Mismatches: 409, Indels: 131
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
336 2 0.00
337 45 0.02
338 57 0.03
339 52 0.03
340 171 0.08
341 420 0.20
342 996 0.48
343 259 0.12
344 69 0.03
345 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
ATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
TGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCATTACGTTTCTCGAGGTAGACATCAATTCTAGTC
TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAA
AGCGAGGGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATGCC
TTTTCCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAG
AATTCAAATTTAAATCA
Done.