Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398620.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1907.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 1045 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2566 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2230--4273 Score: 1637
Period size: 171 Copynumber: 12.0 Consensus size: 171
2220 NNNNNNNNNN
* ** *
2230 TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATAAGTAAAAAGGCTTTC-AAAGGCATGGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTCAAAAGGCATGGG
* * * * * * ** * *
2294 TGACTAGAAATGGACTTTGCTTGC-CAAT-AGATGGCTTTTGCATCATGGTTCTTGAA-GCAAAC
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAC-ATGA-ATAGCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAAGGTAGAC
* ***********
2356 ATTTAATTATAATANNNNNNNNNNAAAAATATAAAAAAATTCAAC
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * * * *
2401 TTACAGTGAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTAAAAGGCATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCAAAAGGCATGGGT
* * * * * *
2466 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCACTTGAATAGCTTTTTTCTTCAAGTTTCCCATGGCAAACATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCACATGAATAGC-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * **
2531 CAAATATAATCTTTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTTGAC
130 CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAC
** * * *
2572 TTAAAATCAATTATGCTATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAATGGCATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCAAAAGGCATGGGT
* * * ** *
2637 GACTACAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCAC-ATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * * * *
2701 GAATTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAAATTCAAC
130 CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA-AAATTCAAC
* * * * * * *** *
2744 TTGAAGTCTA-TATTGAGATTATAAAGCCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCCTGGG
1 TTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCAAAAGGCATGGG
* * * * * * ** * *
2808 TGACTATAAATGGACATTTATTAC-CAATGAATGGCTTTTACATCACCTTTCCTGAA--TCAAAC
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAC-ATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCC-CAAGGT-AGAC
* * * *
2870 ATTCAATTATGATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAATT-AAC
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAA--TATAAAAAAATTCAAC
* * * * *
2916 TTAAAGTCAATTACGTGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCAAAAGGCATGGGT
* * * ** * *
2981 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCACTTGAATAGTTTTTTGTTCACACTTT-CTAAGGTAGATATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCACATGAATAGCTTTTTCTTCA-TGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * ** **
3045 CAAATATAATTTATTTTAACCCAAAATATAAAAAAATTTTAC
130 CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * *
3087 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGACTTCCAAA-GCATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCAAAAGGCATGGGT
* * * * * * *** * *
3151 TACTACAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTACCTCATGTTTCTTGAGGTACACATTG
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCACATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* *
3216 AA-TATTAATCTATTTTAACTAAATATGTAAAAAAATTCAAC
131 AATTA-TAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * * * * *
3257 TTGAAATCAA-TATTGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGACATAGG
1 TTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCAAAAGGCATGGG
* * * * * * * * *
3321 TGACTATAAATAGACATTTCTTGC-CAAGTAATGGCTTCTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACAC
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCACATG-AATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT
* *
3385 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
129 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * *
3428 TTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATTAGGCTTCCAAAGGCATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCAAAAGGCATGGGT
* * * * * ** * * * *
3493 GAGTAGAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGGATAGCTTTTTGCATCGCGTTTCCTAAAGCAGATAT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCAC-ATGAATAGCTTTTT-CTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT
* *
3557 TCAATTATAA-ATATTTTAAC-AAAAAAAGTAAAAAAACTT-AAC
129 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAA-TTCAAC
* * * ** * *
3599 TTACAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTGAAAGACATGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCAAAAGGCATGGGT
* ** * ** *
3664 GACTATAAATGGACTTTTTTTAAACTTGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAGACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCACATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* * * * * *
3729 AAATATGATTTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAGTTCAAC
131 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * *
3769 TTGAAATCAATTATGCGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGTATAGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCAAAAGGCATGGGT
* * * ** **
3834 GACTACAAATGGACCTTTCTTGC-CAATGAAT-GACTTTTGT-GTCATGTTTCTTGAA-ACAGAC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCAC-ATGAATAG-CTTTT-TCTTCATGTTTC-CCAAGGTAGAC
* *
3895 ATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAATACAAAAAAATTCAAC
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * ** *
3940 TTAAAATCAATTATAAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTGGAAAGGAATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCAAAAGGCATGGGT
* * * ** * * * *
4005 GACTAGAAAAGGACTATTCTTGTCA-AT-AGATAGCTTTCACATCGTGTTTCCTAAAGTAGACAT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTG-CACATGA-ATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT
* * *
4068 TTAATTATAATATATTTTAA-TAAAAACTGTAAAAACAATTCAAC
129 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAA-TATAAAAA-AATTCAAC
* * * *
4112 TTAAAGTTAATTATGAGA-TATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTCAAAAGGCATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCAAAAGGCATGGGT
* * * * *
4176 AACTATAAATGGACTTTTCTTGCACTTGAATAGCTTTTTGTTCATGTTTCCCAAGATAGACATTT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCACATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
** * *
4241 AAAAATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
131 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAA
4274 TAT
Statistics
Matches: 1485, Mismatches: 337, Indels: 102
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.01
170 357 0.24
171 749 0.50
172 348 0.23
173 15 0.01
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCAAAAGGCATGGGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCACATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAC
Found at i:3343 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 2380--4213 Score: 1708
Period size: 341 Copynumber: 5.4 Consensus size: 339
2370 NNNNNNNNNN
* * * * *
2380 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTACAGTGAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
** * ** * *
2445 AAGACTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCACTTGAATAGCTTTTTTCTTC
66 AAGACTTCCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAGC-TTTTACATC
* * * * * * *
2510 AAGTTTCCCATG--GCAAACATTCAAATATAATCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTGACT
130 ACGTTT-CC-TGAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAACT
** * * * *
2573 TAAAATCAATTATGCTATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCA-ATGGCATGGGT
193 T-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT-TAGAAGACATGGGT
* * * *
2637 GACTACAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATT
256 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCAC-TTGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCT-AAGGTAGACATT
* * *
2701 GAATTTTAATCTGTTTTAACA
319 CAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * * * * *
2722 AAAAATGTAAAAGAAATTCAACTTGAAGTCTA-TATTGAGATTATAAAGCCATTTAAAACGAGTA
1 AAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* *** * * * * * *
2786 ATAAGGCTTTGGAAGGCCTGGGTGACTATAAATGGACATTTATTACCAATGAATGGCTTTTACAT
64 ATAAGACTTCCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTACAT
* * * *
2851 CACCTTTCCTGAATCAAACATTCAATTATGATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAATTAAC
129 CACGTTTCCTGAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT--AAAAAAATTAAC
* * * * *
2916 TTAAAGTCAATTACGTGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATGGGT
192 TTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGACATGGGT
* * *
2981 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCACTTGAATAGTTTTTTGTTCACACTTTCTAAGGTAGATATTC
256 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCACTTGAATAGCTTTTTCTTCACA-TTTCTAAGGTAGACATTC
* * *
3046 AAATATAATTTATTTTAACC
320 AATTATAATCTGTTTTAACC
* ** * *
3066 CAAAATATAAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGAAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * *
3131 AAGACTTCCAAA-GCATGGGTTACTACAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTACCTCA
66 AAGACTTCCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTACATCA
* * * * * * * *
3195 TGTTTCTTGAGGTACACATTGAA-TATTAATCTATTTTAACTAAATATGTAAAAAAATTCAACTT
131 CGTTTCCTGAAGCAAACATTCAATTA-TAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT-AACTT
* * * *
3259 GAAATCAA-TATTGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGACATAGGTG
194 -AAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGACATGGGTG
* * ** * * ** * * *
3323 ACTATAAATAGACATTTCTTGC-CAAGTAATGGCTTCTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACACTC
257 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCACTTG-AATAGCTTTTTCTTCACATTTCT-AAGGTAGACATTC
*
3387 AATTATAATCTGTTTTAACT
320 AATTATAATCTGTTTTAACC
* * *
3407 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * * * *
3472 TAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGAGTAGAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTGCATC
66 AAGACTTCCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAGC-TTTTACATC
* * * * * *
3537 GCGTTTCCTAAAGCAGATATTCAATTATAA-ATATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAACTTAACTT
130 ACGTTTCCTGAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTT
* * *
3601 ACAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTGAAAGACATGAGTG
194 A-AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAG-AAGACATGGGTG
* **
3665 ACTATAAATGGACTTTTTTTAAACTTGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAGACATTCA
257 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCACTTGAATAGCTTTTTCTTCACATTT-CTAAGGTAGACATTCA
* * *
3730 AATATGATTTGTTTTAACC
321 ATTATAATCTGTTTTAACC
* * *
3749 AAAAATAT-AAAAAGTTCAACTTGAAATCAATTATGCGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * * ***
3813 AAGGCTTCCAAAGGTATAGGTGACTACAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTGTGTC
66 AAGACTTCCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAG-CTTTTACATC
* * * * **
3877 ATGTTTCTTGAAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAATACAAAAAAATTCAACT
130 ACGTTTCCTGAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATT-AACT
* * * *
3941 TAAAATCAATTATAAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGC-TTGGAAAGGA-ATGGG
193 T-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAG-AA-GACATGGG
* * * * * ** * *** *
4004 TGACTAGAAAAGGACTATTCTTGTCAATAG-ATAGCTTTCACATCGTGTTTCCTAAAGTAGACAT
255 TGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CACTTGAATAGCTTTTTCTTCACATTT-CTAAGGTAGACAT
* * * *
4068 TTAATTATAATATATTTTAA-T
318 TCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * *
4089 AAAAACTGTAAAAACAATTCAACTTAAAGTTAATTATGAGA-TATAAAATCATTTAAAGCAAGTA
1 AAAAA-TATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* * **
4153 ATAAGACTTCAAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCACTTGAATAGCTTTT
64 ATAAGACTTCCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTT
4214 TGTTCATGTT
Statistics
Matches: 1212, Mismatches: 242, Indels: 76
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 59 0.05
341 420 0.35
342 393 0.32
343 194 0.16
344 140 0.12
345 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (339 bp):
AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
AAGACTTCCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTACATCA
CGTTTCCTGAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGACATGGGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTGCACTTGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTAAGGTAGACATTCAATTAT
AATCTGTTTTAACC
Found at i:3633 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 2245--4273 Score: 1944
Period size: 512 Copynumber: 4.0 Consensus size: 508
2235 ATCAATTATA
*** * * *
2245 AGATTATAAAACCATTTAAAATAAGTAAAAAGGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTAGAAATGGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC
* * * * **
2309 -TTTGCTTGCCAAT-AGATGGCTTTTGCATCATGGTTCTTGAAGCAAACATTTAATTATAATANN
65 ATTT-CTTGCCAATGA-ATGGCTTTT-CTTCATGTTTC-TGAA-AAAACATTCAATTATAATATA
******** * * * *
2372 NNNNNNNNAAAAATATAAAAAAATTCAACTTACAGTGAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
125 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
2437 CGAGTAATAAGACTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCACTTGAATAGCTT
190 CAAGTAATAAGGC-TTCAAAGGCATGGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCACATGAATAGCTT
* * * * ** * * * *
2502 TTTTCTTCAAGTTTCCCATGGCAAACATTCAAATATAATCTTTTTTAAC-TAAAAATATAAAAAA
254 TTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACAAAAAAATA-AAAAAA
* ** * * *
2566 TTTGACTTAAAATCAATTATGCTATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAATGGC
318 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTCCAA-AGC
* * * *
2631 ATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAG
382 ATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAG
* * *
2696 ACATTGAATTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAAATTCAACTTGAAGTCTATATTG
447 ACATTGAATATTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTGAAATCAATATTG
* * * * *
2759 AGATTATAAAGCCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCCTGGGTGACTATAAATGGACA
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACA
* * * ** * *
2824 TTTATTACCAATGAATGGCTTTTACATCACCTTTCCTGAATCAAACATTCAATTATGATATATTT
66 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTT-CTGAA-AAAACATTCAATTATAATATATTT
* * * * * *
2889 TAACAAAAAATGTAAAAAAAAATT-AACTTAAAGTCAATTACGTGGTTATAAAACCATTTAAAGC
128 TAACTAAAAA--TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
2953 AAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCACTTGAATAGTTTT
191 AAGTAATAAGGCTTCA-AAGGCATGGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCACATGAATAGCTTT
* * * * * *
3018 TTGTTCA-CAC-TTT-CTAAGGTAGATATTCAAATATAATTTATTTTAACCCAAAATATAAAAAA
255 TTG--CATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAA-CAAAAAAATAAAAAA
* * *
3080 ATTTTACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGACTTCCAAAGC
317 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTCCAAAGC
* * * * ** * *
3145 ATGGGTTACTACAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTACCTCATGTTTCTTGAGGTAC
382 ATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAG
* * *
3210 ACATTGAATATTAATCTATTTTAACTAAATATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATATTG
447 ACATTGAATATTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATATTG
* * * *
3272 AGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGACATAGGTGACTATAAATAGACA
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACA
* * * *
3337 TTTCTTGCCAA-GTAATGGCTTCTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACACTCAATTATAATCTGTT
66 TTTCTTGCCAATG-AATGGCTT-TTCTTCATGTTTCTGAA--AAAACATTCAATTATAATATATT
* * *
3401 TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAA
127 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * *
3466 AGTAATTAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGAGTAGAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGGATAGCTTT
192 AGTAATAAGGCTT-CAAAGGCATGGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCAC-ATGAATAGCTTT
* * * *
3530 TTGCATCGCGTTTCCTAAAGCAGATATTCAATTATAA-ATATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAAC
255 TTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACAAAAAAA-TAAAAAAAT
* * ** **
3594 TTAACTTACAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTGAAAGACA
319 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTCCAAAG-CA
* * * *
3659 TGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TT-TAAACTTGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTA
383 TGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCAAA--TGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTA
* * * * * *
3722 GACATTCAA-ATATGATTTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAGTTCAACTTGAAATCAAT-TATG
446 GACATTGAATAT-TAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATAT-TG
* * * * *
3784 CGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCA-AAGGTATAGGTGACTACAAATGGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TAGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
3848 CTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGTGTCATGTTTCTTGAAACAGACATTCAATTATAATATATT
65 ATTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCT-TCATGTTTC-TGAAA-AAACATTCAATTATAATATATT
* * *
3913 TTAA-TCAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGTTTATAAAACCATTTAAAGC
127 TTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
3977 AAGTAACAAGGCTTGGAAAGGAATGGGTGACTAGAAA-AGGACTATTCTTGTCA-AT-AGATAGC
191 AAGTAATAAGGCTT-CAAAGGCATGGGTGACTAGAAATA-GACTTTTCTTG-CACATGA-ATAGC
** ** * * * * **
4039 -TTTCACATCGTGTTTCCTAAAGTAGACATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAACTGTAAAAA
252 TTTTTGCATCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACAAAAA-AATAAAAA
* * * * *
4103 CAATTCAACTTAAAGTTAATTATGAGA-TATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTCAAAA
316 -AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTCCAAA
* * ** * ** ** *
4167 GGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCACTTGAATAGCTTTTTGTTCATGTTTCCCAAGA
380 -GCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGG
* * * * *
4232 TAGACATTTAAAAATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
444 TAGACATTGAATATTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
4274 TAT
Statistics
Matches: 1260, Mismatches: 211, Indels: 89
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.00
511 62 0.05
512 528 0.42
513 259 0.21
514 228 0.18
515 161 0.13
516 19 0.02
517 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (508 bp):
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACA
TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCTGAAAAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
ATAAGGCTTCAAAGGCATGGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCACATGAATAGCTTTTTGCAT
CACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACAAAAAAATAAAAAAATTTAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTCCAAAGCATGGGTGAC
TACAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTGAAT
ATTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATATTG
Done.