Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397390.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_458.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27808
ACGTcount: A:0.21, C:0.07, G:0.07, T:0.21
Warning! 12452 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4008 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3572--5840 Score: 1740
Period size: 170 Copynumber: 13.3 Consensus size: 169
3562 NNNNNNNNNN
* * * **
3572 ATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGG
1 ATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
** * * * *
3637 CATAAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCTAGGCA
66 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTA
* ******
3702 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA-ANNNNNNNNN
131 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATA---TAAAAA
** * * *
3743 NCTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAGAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGG
1 ATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * *
3808 AATGGGCGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATATGTTTTTTTTTACGTTTTTCAAGGTA
66 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTA
* *
3873 GACACTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATATAAAAGA
131 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAA-A
* * *
3913 ATTCAAATTAAAATCAATTATGAAGTTTA-AAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGACG
1 ATTCAAATTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * ********** *
3977 GCTTAGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGNNNNNNNNNNTCTTCATGTTTCTT-GAGG
65 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT-TTCGAGG
* *
4041 TAGATAATCAATTATAATCTGTTTTAA-AAAAATATAAAAAA
129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATAT-AAAAA
* * * * **
4082 ACTT-AAATTCAAATCAATTATGATATTATAAAATCATTAAAAACGAGTAATAAACCTTTCGAAG
1 A-TTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* *
4146 GCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTT-GAGG
65 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT-TTCGAGG
* *
4210 AAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAA
129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT--AAAAATAT-AAAAA
* * * *
4254 ACTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAAT-ATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTCGAA-
1 ATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * *
4317 GCAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATAT-TTTTTCCTCATGTTTCTCGAGG
65 GC-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGG
* * * *
4381 TAGACATTCAATTATGATCGGTTTTAAGAAAAATAATAAAACT
129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAT-ATAAAA-A
* ** * * * * * *
4424 ATTTAACCTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAAG
1 ATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
** * * * *
4489 CATGGGCAAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACG-TTTCCGATG-A
66 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTA
* *
4552 G-CAATTCAACTAT-ATCTGTTTTAATAAAAATATTAAAA
131 GAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAA
* * * * *
4590 ATT-TAATTAAAATCAATTATGAGGTTATGAAATCATTTAATGCGAGTAATAA-GCTATCGAAGG
1 ATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * ** *
4653 CATGGGAGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAGATATCATTTTCTTTATGTTTTTTTAGGCA
66 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTA
* * *
4718 GACATTCAATTGTAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAA
131 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAA
* * * ************* *
4758 AGTTTAACTTAAAA-CTAATTATGTGATTA-AAAANNNNNNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTCAA
1 A-TTCAAATTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * *
4821 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATAGCTTTTTATTCACGTTTCTT-GA
63 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT-TTCGA
* *
4885 GGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAAAAAAATATAAAATA
127 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAA-A
* ********** * *
4929 ATTTAAATTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
1 ATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * *
4994 CATAGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGGCAATGGATATCTTTTTCCTCATGTTTTTCGAGGTA
66 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTA
* * *
5059 GACACTCAATTATAATCGGTCTTAATAAAAATATAAAAA
131 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAA
* * * ********
5098 GATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTCATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCNNNNNNNN
1 -ATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
** * * * ** *
5163 NNATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATAT-TTTTTGGTCACATTTTTC-ATGG
65 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCGA-GG
* * *
5226 CAGACGTTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATTATAAAACA
129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA-TATAAAA-A
* * * * * * * *
5269 ATTTAACTTTAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAATAATAAGGCATTCGAAGG
1 ATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
********** * *
5334 CATGGGTGACTATAAATGGANNNNNNNNNNCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTA
66 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTA
* * *
5399 AATATTCAATTATAATGTAG-TTTAATAAAAAATATAAAAA
131 GACATTCAATTATAATCT-GTTTTAAT-AAAAATATAAAAA
* * * **********
5439 CATTCAAATTAAAATCTATTATGAGGTTATTAAATCATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTCGAAG
1 -ATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * * *
5504 GCATGGATGACTATAAATAGACTTTTTCTTACTAATAGATATCTATTTCTTCATGTTTCTCAAGG
65 GCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGG
* **********
5569 GAGACATNNNNNNNNNNTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAATA
129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAA-A
* * * * * * * * * * *
5612 ATTTAACTTAAAATTAATTATAAGGTTATAAAAACATTTGAGGCGAGTAATAAAGTTTTCAAAGG
1 ATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* ********** * * *
5677 CATGGATGACTATAAATGGACTTTNNNNNNNNNNGGATATCTATTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA
66 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTA
*
5742 GACATTCAATTATAATTCAG-TTTAATGAAAAATATATAAAA
131 GACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAAT-AAAAATATA-AAAA
*
5783 AGTT-AAATTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 A-TTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
5841 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1627, Mismatches: 421, Indels: 100
0.76 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 52 0.03
165 44 0.03
166 13 0.01
167 16 0.01
168 35 0.02
169 206 0.13
170 529 0.33
171 497 0.31
172 229 0.14
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
ATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTA
GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAA
Found at i:5381 original size:845 final size:849
Alignment explanation
Indices: 3649--5480 Score: 1943
Period size: 845 Copynumber: 2.2 Consensus size: 849
3639 TAAGTGACTG
* * * * * *
3649 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTCTAGGCAAACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAATATTCAACTA
***********
3714 TAATCTGT-TTTAATAAAAAANNNNNNNNNNCTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATC
66 TAA--TGTATTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATC
* * *
3778 ATTTAGAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATG
129 ATTTA-AGCGAGTAATAAGACTATCGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATA
** * * *
3843 GATATGTTTTTTTTTACGTTTTTCAAGGTAGACACTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATATA
193 GATATCATTTTCTTTACGTTTTTCAAGGCAGACACTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATATA
*
3908 AAAGAATTCAAATTAAAATCAATTATGAAGTTTAAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
258 AAAGAATTCAAATTAAAATCAATTATGAAGATTAAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * ********** * *
3973 GACGGCTTAGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGNNNNNNNNNNTCTTCATGTTTCTTG
323 AAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTATTCACGTTTCTTG
* * *
4038 AGGTAGATAATCAATTATAATCTGTTTTAAAAAAATATAAAAAAACTTAAATTCAAATCAATTAT
388 AGGTAGACAATCAATTATAATCTATTTTAAAAAAATATAAAAAAACTTAAATTAAAATCAATTAT
* * *
4103 GATATTATAAAATCATTAAAAACGAGTAATAAACCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAAC
453 GATATTATAAAATCATTAAAAACAAGTAATAAACCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAAATGAAC
* * *
4168 TTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGAAGACAATCAATTATAATCTGTT
518 TTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCCTCACGTTTCTTGAGGAAGACAATCAATTATAATCGGTC
* *
4233 TTAATAAAAAAATATAAAAAAACTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAATATTTAAAGT
583 TTAAT-AAAAAATATAAAAAAACTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTCATAAAAATATTTAAAGC
* * *
4298 GAGTAATATGGCTTTCGAAGCAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATATTTTT
647 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGCAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATATTTTT
** * * * *
4363 TCCTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATGATCGGTTTTAAGAAAAATAATAAAACTATTT
712 TCCTCACATTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCGATTTTAAGAAAAATAATAAAACAATTT
* * *
4428 AACCTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATG
777 AACCTAAAACAAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAATAATAAGGCATTCAAAAGCATG
*
4493 GGCAAGTA
842 GGCAACTA
* * *
4501 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTC-CGATG-AGCA-ATTCAACT
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTA-AATATTCAACT
* * * *
4563 ATATCTGT-TTTAAT-AAAAATATTAAAA-ATT-TAATTAAAATCAATTATGAGGTTATGAAATC
65 ATA-ATGTATTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATC
*
4624 ATTTAATGCGAGTAATAAG-CTATCGAAGGCATGGGAGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATA
129 ATTTAA-GCGAGTAATAAGACTATCGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATA
* ** * *
4688 GATATCATTTTCTTTATGTTTTTTTAGGCAGACATTCAATTGTAATATATTTTAATAAAAAATAT
193 GATATCATTTTCTTTACGTTTTTCAAGGCAGACACTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATAT
* * * *************
4753 AAAA-AAGTTTAACTTAAAA-CTAATTATG-TGATTAAAAANNNNNNNNNNNNNNGTAATAAGGC
257 AAAAGAA-TTCAAATTAAAATC-AATTATGAAGATTAAAAA-TTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* *
4815 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATAGCTTTTTATTCACGTTT
319 TTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTATTCACGTTT
* * *
4880 CTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAAAAAAATATAAAATAATTTAAATTAAAATCA
384 CTTGAGGTAGACAATCAATTATAATCTATTTT-AAAAAAATATAAAAAAACTTAAATTAAAATCA
********** * * **
4945 ATTANNNNNNNNNNAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAAA
448 ATTATGATATTATAAAATCATTAAAAACAAGTAATAAACCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAAA
** * * *
5010 TTG-ACTTTTCTTGGCAATGGATATCTTTTTCCTCATGTTT-TTCGAGGTAGACACTCAATTATA
513 -TGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCCTCACGTTTCTT-GAGGAAGACAATCAATTATA
* *
5073 ATCGGTCTTAAT-AAAAATATAAAAAGATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTCAT-AAAATCAT
576 ATCGGTCTTAATAAAAAATATAAAAAAACTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTCATAAAAAT-AT
**********
5136 TTAAAGCAAGTAATAAGGCNNNNNNNNNNATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAA
640 TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGCAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAA
** * * * * *
5201 TATTTTTTGGTCACATTTTTC-ATGGCAGACGTTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATTATAA
705 TATTTTTTCCTCACATTTCTCGA-GGCAGACATTCAATTATAATCGATTTTAAGAAAAATAATAA
* * * * * * *
5265 AACAATTTAACTTTAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAATAATAAGGCATTCG
769 AACAATTTAACCTAAAACAAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAATAATAAGGCATTCA
* **
5330 AAGGCATGGGTGACTA
834 AAAGCATGGGCAACTA
********** *
5346 TAAATGGANNNNNNNNNNCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAATATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAATATTCAACTA
* *
5411 TAATGTAGTTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAAATTAAAATCTATTATGAGGTTATTAAATCA
66 TAATGTA-TTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCA
5476 TTTAA
130 TTTAA
5481 AGCNNNNNNN
Statistics
Matches: 799, Mismatches: 161, Indels: 41
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
844 6 0.01
845 342 0.43
846 171 0.21
847 150 0.19
848 13 0.02
849 21 0.03
850 14 0.02
851 38 0.05
852 44 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (849 bp):
TAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAATATTCAACTA
TAATGTATTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCAT
TTAAGCGAGTAATAAGACTATCGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAGAT
ATCATTTTCTTTACGTTTTTCAAGGCAGACACTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATATAAAA
GAATTCAAATTAAAATCAATTATGAAGATTAAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
GGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTATTCACGTTTCTTGAGG
TAGACAATCAATTATAATCTATTTTAAAAAAATATAAAAAAACTTAAATTAAAATCAATTATGAT
ATTATAAAATCATTAAAAACAAGTAATAAACCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAAATGAACTTT
TCTTACCAATGGATATCTTTTTCCTCACGTTTCTTGAGGAAGACAATCAATTATAATCGGTCTTA
ATAAAAAATATAAAAAAACTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTCATAAAAATATTTAAAGCAAGT
AATAAGGCTTTCGAAGCAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATATTTTTTCCT
CACATTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCGATTTTAAGAAAAATAATAAAACAATTTAACC
TAAAACAAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAATAATAAGGCATTCAAAAGCATGGGCA
ACTA
Found at i:14518 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 14210--14548 Score: 459
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 169
14200 NNNNNNNNNN
*
14210 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATAAAACAGATTATAATTGAGTATCTACCTTCG
1 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTCG
* * *
14275 GAAATATGAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTTGCCCATAACTACGAAA
66 GAAATATGAAAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAACTCCATTTATAATCGCCCATAACTACGAAA
* * *
14340 GGCTTATTACTAGCTTTAAATTATTTTTTAACCTTATAA
131 GCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAACCTTATAA
* * * * * * *
14379 TTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATAATTTTTTA-AAAATAGATTATAATTTAATGTTTATC-TC
1 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-ATTTTTCATAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTC
* * **
14442 GAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATCGCCCATGCCTTA-
65 G-GAAATATGAA-AAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAACTCCATTTATAATCGCCCATAAC-TAC
14506 GAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAACCTTATAA
127 GAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAACCTTATAA
14549 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 18, Indels: 7
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 54 0.36
170 89 0.60
171 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTCG
GAAATATGAAAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAACTCCATTTATAATCGCCCATAACTACGAAA
GCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAACCTTATAA
Found at i:17429 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17253--17590 Score: 434
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
17243 NNNTAAAACC
**
17253 ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACT-TTCTTGCCAATG
1 ATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTATTCTTGCCAATG
* *
17317 AATATCGTTTT-CTTCATGTTT-TTCGAGGAAGGCATTCAAATT-TAATCTATTTTAATAAAAAA
66 AATAT-GTTTTCCTTCATGTTTGTT-GAGGAAGACATTC-AATTATAATCTATGTTAATAAAAAA
* *
17379 TATAAAAAAATTCTAC-GTAAAGTCAATTATGAGAGTATAAAAAT
128 -ATAAAAAAATTCAACTGTAAA-TCAATTATAAGAGTATAAAAAT
* * ** * *
17423 ATTTAAAGCAACTAATGAGGCTTTTTAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATG
1 ATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTATTCTTGCCAATG
* * * *
17488 AATATTTTTTCCTTCATGTTTGTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTGTTAATAAAAAAGTA
66 AATATGTTTTCCTTCATGTTTGTTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATGTTAATAAAAAAATA
* *
17553 AAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATAAGATTATAAAA
131 AAAAAATTCAACTGTAAATCAATTATAAGAGTATAAAA
17591 CCANNNNNNN
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 18, Indels: 10
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 83 0.57
171 60 0.41
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTATTCTTGCCAATG
AATATGTTTTCCTTCATGTTTGTTGAGGAAGACATTCAATTATAATCTATGTTAATAAAAAAATA
AAAAAATTCAACTGTAAATCAATTATAAGAGTATAAAAAT
Done.