Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398623.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_191.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5000
ACGTcount: A:0.24, C:0.09, G:0.08, T:0.24
Warning! 1711 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2532 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2235--3423 Score: 1140
Period size: 171 Copynumber: 7.0 Consensus size: 171
2225 NNNNNNNNNN
* * * *
2235 ATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACC-TCAAAAACTGTGAAGA
1 ATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACATGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC-GTGAAGA
* * **
2298 AACAAGCATTCATTGATC-AGAAAAGTCCATTTACAGTTACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTAC
64 AACAAGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAC
* * *
2362 TCCCTCTAAATGGCTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGA
128 TCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** *
2406 ATTTTTTTACATTTGTAATTAAAACATGCTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * * * *
2471 CAAGCATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTAGAGTCACCCATTCCATCAAAAGGTTTATTACTCG
66 CAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCC
* * * *
2536 CTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
131 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
2577 ATTATTTTATATTTTTTGTTAAAACA-GACTATATTTGAATGTGTGCCTAT-TGAAACAT-ACAG
1 ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATG-CTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGA-AG
* * * * * *
2639 AAA-AAGCAATTCATT-AGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAACGCCTTCTT
63 AAACAAGC-ATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATT
*
2702 ACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTT-A
126 ACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * ** * * * *
2747 ATTTTTTTTACATTTTTTGTAAAAACA-GACTATAGTTGAATGTCTGTCATGTGAAACATGAATA
1 A-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATG-CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGA
* * * *
2811 AACAAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACT
64 AACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACT
* * *
2876 CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
129 CCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * ** **
2919 ATTTTTTTAAATTTTTAT-TTAAAACATACTATAATTAAATACCTACCTCAAGAAACGTGAAGAA
1 ATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACATGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAA
* *
2983 ACGAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTC
65 ACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTC
* *
3048 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
130 CCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
3090 ATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGGCTATAATTGATTGTCTACCTATG-GAAACGTGCAA-A
1 ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATGCTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTG-AAGA
* * * * *
3153 AA-AAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTAC-ATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGGCTTATTA
64 AACAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGT-CTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTA
* * * * *
3216 C-CCGTTTTTAATGATTTTATAATTTCATAATTGAATTTAAGTTGA
127 CTCC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** * ** ** * * * *
3261 ATTCTTTTGTATTTTTTATTAAATTA-GACTATAATTGAATACCTACTTTGGGAAACATGCA-AA
1 ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATG-CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAA
* * * * ** * *
3324 A-AAGCTTATTCATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTAC
65 ACAAGC--ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAC
* * * *
3388 T-CATCTTAAGTGGTTTAATAATCTCATAATGGATTT
128 TCCCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
3424 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 849, Mismatches: 140, Indels: 58
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 27 0.03
171 800 0.94
172 21 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
CAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCC
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
Found at i:3236 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 2292--3423 Score: 1438
Period size: 513 Copynumber: 2.2 Consensus size: 511
2282 TCAAAAACTG
* * * *
2292 TGAAGAAACAAGCATTCATTGATC-AGAAAAGTCCATTTACAGTTACCCATTCCTTCAAAAACCT
1 TGAA-AAACAAGTATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAAGCT
* * * * *
2356 TATTACTCCCTCTAAATGGCTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTG
64 TATTACT-CCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTG
* * ** **
2421 TAATTAAAACATGCTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGAC
128 TAATTAAAACATACTACAATTAAATACCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGAC
* *
2486 AAGAAAAATCTATTTAGAGTCACCCATTCCATCAAAAGGTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTG
193 AAGAAAAATCTATTTAGAGTCACCCATTCCATCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* *
2551 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATATTTGAA
258 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * *
2616 TGTGTGCCTATTGAAACATACAGAAAAAGCAATTCATTAGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
323 TGTCTACCTATGGAAACATACAAAAAAAGCAATTCATTAGGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACT
* * * *
2681 CATTCCTTCAAACGCCTTCTTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTT
388 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGAATTTAAGTT
* * * ** * *
2746 -AATT-TTTTTTACATTTTTTGTAAAAACAGACTATAGTTGAATGTCT-GTCATGTGAAACA
453 GAATTCTTTTGT--ATTTTTTATAAAAACAGACTATAATTGAATACCTACT-ATGGGAAACA
2805 TGAATAAACAAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAAGCTT
1 TGAA-AAACAAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAAGCTT
* *
2870 ATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTT
65 ATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTGT
* * *
2935 ATTTAAAACATACTATAATTAAATACCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACGAGCATTCATTGACA
129 AATTAAAACATACTACAATTAAATACCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACA
* *
3000 AGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
194 AGAAAAATCTATTTAGAGTCACCCATTCCATCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
3065 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATTTTTTGTTAAAATAGGCTATAATTGAT
259 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TATTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * *
3129 TGTCTACCTATGGAAACGTGCAAAAAAAGCCATTCATT-GAGAAAAAAAGTAC-ATTTATAGTCA
323 TGTCTACCTATGGAAACATACAAAAAAAGCAATTCATTAG-GAAAAAAAGT-CTATTTATAGTCA
* * * *
3192 CTCATTCCTTTAAAAGGCTTATTAC-CCGTTTTTAATGATTTTATAATTTCATAATTGAATTTAA
386 CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCC-CTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGAATTTAA
* ** *
3256 GTTGAATTCTTTTGTATTTTTTATTAAATTAGACTATAATTGAATACCTACTTTGGGAAACA
450 GTTGAATTCTTTTGTATTTTTTATAAAAACAGACTATAATTGAATACCTACTATGGGAAACA
* * * * * *
3318 TGCAAAA-AAGCTTATTCATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATTTCTTC-AAAAGCC
1 TGAAAAACAAG--TATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAAG-C
* * * *
3381 TTATTACTCATCTTAAGTGGTTTAATAATCTCATAATGGATTT
63 TTATTACTCCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
3424 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 70, Indels: 26
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 3 0.01
512 14 0.03
513 507 0.95
514 7 0.01
515 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
TGAAAAACAAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAAGCTTA
TTACTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTGTAA
TTAAAACATACTACAATTAAATACCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAG
AAAAATCTATTTAGAGTCACCCATTCCATCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
CTACCTATGGAAACATACAAAAAAAGCAATTCATTAGGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGAATTTAAGTTGAA
TTCTTTTGTATTTTTTATAAAAACAGACTATAATTGAATACCTACTATGGGAAACA
Done.