Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398625.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1911.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Warning! 6607 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1647 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 1391--1952 Score: 595
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 166
1381 CTTCGAAAGA
* * * * * * ** *
1391 ATGGGAGACTATAAATGGACATTTCTTCTCAACGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGCAA
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAA
* * *
1456 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAAGGTACAAATATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGTA-AAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1521 TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTATGAAGGG
128 TTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTT-TGAAGGG
* * * *
1562 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATAGCAATGAATCCCTTTTTCTTCACATTTCTCATGGTAG
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAA
* * * *
1627 ACATTCAATTACATTCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGT-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
1692 ATATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGTAGGA
128 TTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTT-GAAGGG
* * * * *
1733 ATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAAGGCCTTTTGCCTT-ACATTTCTTAAGGTA
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGCCTTTT-TCTTCACATTTCTCAAGGTA
* * * ** *
1797 CACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTGAAAAACTTCAACTTAAAATTAGCTATTAG
64 AACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGT-AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
1862 TTTATAAAACCATTTAAATTGAGTAGTAAGGTTTTTGAAGGG
127 ATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAGTAAGG-CTTTGAAGGG
* *
1904 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTC
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGCCTTTTTCTTC
1953 TTGTTTCTCN
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 58, Indels: 24
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 10 0.03
171 301 0.94
172 10 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (166 bp):
ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAA
CATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTGAAGGG
Found at i:2556 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2253--2608 Score: 435
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
2243 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
2253 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTACAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAG
1 AATTTAACTTAAAATCAATTACGACATTATAAAACCTTTAAAAGCGAGCAATAAAACTTTTGAAA
* * * *
2318 GAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATATCCTTTTCTTCATATTTCTTTAGGT
66 GAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATATCCTTTTCTTCATATTTCTTGAGGT
* *
2383 AGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
131 AGACATTCAATTATAATCTGTATTAACCAAAAATGTAAAAA
* **
2424 AATTTAACGTAAAATCAATTACGACATTATAAAACCATTTAAAAG-GAGCAATAAGGCTTTTGAA
1 AATTTAACTTAAAATCAATTACGACATTATAAAACC-TTTAAAAGCGAGCAATAAAACTTTTGAA
* * * ** *
2488 AGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG
65 AGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATATCCTTTTCTTCATATTTCTTGAGG
** * * *
2553 TAGATGTTCAATTCTAATCTGTATTAGCCAAAAATTTAAAAA
130 TAGACATTCAATTATAATCTGTATTAACCAAAAATGTAAAAA
**
2595 TTTTTAACTTAAAA
1 AATTTAACTTAAAA
2609 ATAATTATTA
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 30, Indels: 2
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 148 0.96
172 6 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATTTAACTTAAAATCAATTACGACATTATAAAACCTTTAAAAGCGAGCAATAAAACTTTTGAAA
GAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATATCCTTTTCTTCATATTTCTTGAGGT
AGACATTCAATTATAATCTGTATTAACCAAAAATGTAAAAA
Found at i:5834 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5031--7048 Score: 1584
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 170
5021 NNNNNNNNNN
** * *
5031 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTCTAAATGGATTTTTCCTATG--AATG
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CT-TGCCAATG
* * * * * * * *
5094 AAT-TCTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAATGG
64 AATATC-CTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAT-G
* * *
5158 TCAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCAT
127 T-AAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * *
5202 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT-AA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * * * * *
5266 AACACCTTTTCTTCTTGTCTCTTGAGGTAGAAATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATTTA
66 TA-TCCTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTA
* * * * *
5331 TAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT
129 -AAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * * * *
5374 TTAAAGTGAGCATTAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAGATGGGCTGTTCTTACCAACGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * *
5439 TGTCTTTTTATCCACATTTCTCGAGTTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-A
66 TATCCTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAA
* * *
5503 AATAAATTTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTGTAAAACCAT
130 AAT-AATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * *
5546 TTAAAGTGA-TGAATAAGGCTTTTGAAGCAATTGGTGACTATAAATAGACTTTCCTTACTAATGA
1 TTAAAGTGAGT-AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * *
5610 AT-GCTCTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAGACGTTCAATTATAATCTATTTTAACTGAAAATGT
65 ATATC-CTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGT
*
5674 AAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTT
128 AAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * * * * * *
5717 TTACTGCGAGTAATAAGACTTATGAAGGAATGTGTGACTAT-AATGGGCTTTTCTTCCCAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* *
5781 TATCCTTTTCTTCATATTTCTTC-AGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
66 TATCCTTTTCTTCATATTTC-TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTA
*
5845 AAAAAATTTAA-TGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
129 AAATAATTTAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * *
5887 TTAAAAG-GAGCAATAAGGCTTTT-AAGGTATGAGTGACTGTAAATAGACTTTGCTTGCTAATGA
1 TT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * * * * * *
5950 AT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGATGTAGACGTTCAATTCTAATCTGTATTAGCCAAAACTTT
65 ATATC-CTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAATGT
* * * *
6014 AAAA-ATTTTCAACTTAAAAAT-AATTATTAGTTTAGAAAACCAT
128 AAAATAATTT-AACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
*** * * ** ** * * * * **
6057 TTAAACCAAGTAAT-AGGCTTTCGAAAGCTTGATTGACTATAAGTAGACTTTTCGTGCCAACGGT
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* ** * * * * * ** * * *
6121 TA-GCTTTTGCTTCACGTTCCCCAAGGCAAACATTCAGGTATAGTCTCTTCTAACCAAAAATGTA
66 TATCCTTTT-CTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTA
* * *
6185 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT
129 AAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * * **
6227 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCCTGTGAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * * * *
6292 T-TCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAGATATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAAGGTC
66 TATC-CTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGT-
* *
6356 AAAA-AATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCAT
128 AAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * *
6398 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AT-AA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * * * *
6461 AACACCTTTTCTTCTTGTCTT-TCGAGGTAAAAATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAATATA
66 TA-TCCTTTTCTTCATAT-TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTA
* * * * *
6525 CAAAGAATTTAAATTTAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACCAT
129 -AAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * *
6568 TTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAGATGGGCTTTTCTTACCAACGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* ** * * * * * *
6633 TGTGTTTTTCTCCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAACTGT-A
66 TATCCTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAA
* * * * **
6697 AATAAATTTAAACTTAAAATTAATTTTAAGATTGTAAAATTAT
130 AAT-AATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * *
6740 TTAAAGTGAGCAATAAGACTTTTGAAGCAATGGGTGACTATATATAGACTTTTCTTACTAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
** * * * * * * *
6805 TGCCCTTTTTTTTACATTTCTCGAGATAGACGTTCAATTATAATCTATTTTAACCCAAAATGTAA
66 TATCCTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAA
* *
6870 AATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCTT
130 AATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * **********
6911 TTACAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGNNNNNNNNNNTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * *
6976 -ACACCTTTTCTTGACATTTCTCGAGGTAGACTTTCAATTATAATCTCTTTTATCCAAAAATGTA
66 TA-TCCTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAATGTA
*
7040 CAAAGAATT
129 -AAATAATT
7049 CAAATTTAAA
Statistics
Matches: 1462, Mismatches: 334, Indels: 101
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 54 0.04
170 455 0.31
171 509 0.35
172 433 0.30
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
TATCCTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAA
ATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
Found at i:6330 original size:681 final size:683
Alignment explanation
Indices: 5489--6721 Score: 1614
Period size: 681 Copynumber: 1.8 Consensus size: 683
5479 TAATCTGTTT
* * * *
5489 TAACTAAAAATGTAAATAAATTTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTG
1 TAACCAAAAATGTAAATAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
** * *
5554 ATGAATAAGGCTTTTGAAGCAATTGGTGACTATAAATAGACTTTCCTTACTAATGAATGCTCTTT
66 ATGAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCCTTA-GAATGAATGCTCTTT
* * * * * ** *
5619 TCTTTATATTTCTCGAGGTAGACGTTCAATTATAATCTATTTTAACTGAAAATGT-AAAATAATT
130 TCTTCATATTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAAGGTCAAAA-AATT
* * ** * *
5683 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTACTGCGAGTAATAAGACTTATGAAGGAAT
194 TAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTATAAAAGAAT
* * * * *
5748 GTGTGACTAT-AATGGGCTTTTCTTCCCAATGAATA-TCCTTTTCTTCATATTTC-TTC-AGGTA
259 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCC-AT-AAAACACCTTTTCTTC-T-TGTCTTTCGAGGTA
* * * *
5809 AACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTT-AATGTAAAATCAATTATG
320 AAAATTCAATTACAATCTGTTTTAAC-AAAAATATACAAAAAATTTAAAT-TAAAATCAATTATG
* *
5872 AGATTATAAAACCATTTAAAAG-GAGCAATAAGGCTTTT-AAGGTATGAGTGACTGTAAATAGAC
383 AGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * *
5935 TTTGCTTGCTAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTTGATG-TAGACGTTCAATTCTAATCTG
447 TTTGCTTACCAACGAATG-TGTTTTTCTCCATGTTTC-TCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * *
5998 TATTAGCCAAAACTTTAAA-AATTTTCAACTTAAAAATAATTATTAGTTTAGAAAACCATTTAAA
510 TATTAACCAAAACTGTAAATAAATTTAAACTTAAAAATAATTATTAGTTTAGAAAACCATTTAAA
6062 CCAAGTAATAGGCTTTCGAAAGCTTGATTGACTATAAGTAGACTTTTCGTGCCAACGGTTAGCTT
575 CCAAGTAATAGGCTTTCGAAAGCTTGATTGACTATAAGTAGACTTTTCGTGCCAACGGTTAGCTT
6127 TTGCTTCACGTTCCCCAAGGCAAACATTCAGGTATAGTCTCTTC
640 TTGCTTCACGTTCCCCAAGGCAAACATTCAGGTATAGTCTCTTC
*
6171 TAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
1 TAACCAAAAATGTAAATAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
6235 A-GTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCCTGT-GAATGAATTCTTT
66 ATG-AATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTCCT-TAGAATGAATGCTCT
* *
6298 TTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAGATATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAAGGTCAAAAAAT
128 TTTCTTCATATTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAAGGTCAAAAAAT
* * *
6363 TTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAA
193 TTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTATAAAAGAA
*
6428 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATAAAACACCTTTTCTTCTTGTCTTTCGAGGTAAAA
258 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCATAAAACACCTTTTCTTCTTGTCTTTCGAGGTAAAA
* * * *
6493 ATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAATATACAAAGAATTTAAATTTAAATCAGTTTTGAGATT
323 ATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAATATACAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
6558 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAGATGGGCTTTTCT
388 ATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTGCT
* *
6623 TACCAACGAATGTGTTTTTCTCCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACC
453 TACCAACGAATGTGTTTTTCTCCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTATTAACC
*
6688 AAAACTGTAAATAAATTTAAACTTAAAATTAATT
518 AAAACTGTAAATAAATTTAAACTTAAAAATAATT
6722 TTAAGATTGT
Statistics
Matches: 467, Mismatches: 69, Indels: 29
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
679 3 0.01
680 20 0.04
681 298 0.64
682 126 0.27
683 20 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (683 bp):
TAACCAAAAATGTAAATAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
ATGAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCCTTAGAATGAATGCTCTTTT
CTTCATATTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAAGGTCAAAAAATTTA
ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTATAAAAGAATGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCATAAAACACCTTTTCTTCTTGTCTTTCGAGGTAAAAATT
CAATTACAATCTGTTTTAACAAAAATATACAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTGCTTAC
CAACGAATGTGTTTTTCTCCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTATTAACCAAA
ACTGTAAATAAATTTAAACTTAAAAATAATTATTAGTTTAGAAAACCATTTAAACCAAGTAATAG
GCTTTCGAAAGCTTGATTGACTATAAGTAGACTTTTCGTGCCAACGGTTAGCTTTTGCTTCACGT
TCCCCAAGGCAAACATTCAGGTATAGTCTCTTC
Found at i:6554 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 5031--6938 Score: 1597
Period size: 341 Copynumber: 5.6 Consensus size: 338
5021 NNNNNNNNNN
* * * *
5031 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAA-AATGGGTGACTCTAAATGGATTTTTCCTATG--AAT
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CT-TGCCAAC
* * * * * * * * * * *
5093 GAATTCTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTCTAAC-CAAAATG
63 AAATAC-CTTTTCTTCACGTTT-TCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-
* * ** * *
5157 GTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
125 GTAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* ** ** * *
5222 TTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT-AAAACACCTTTTCTTCTTGTCT
190 TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TAATGAATGC-TTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * * * * *
5286 CTTGAGGTAGAAATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATTTATAAAGAATTCAAATTTAAAT
253 CTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAA-AATTTAACTTAAAAT
*
5351 CAATTTTGAGATTATAAAACCAT
316 CAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * * *
5374 TTAAAGTGAGCATTAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAGATGGGCTGTTCTTACCAACGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAA
** * * *
5439 TGTCTTTT-TATCCACATTTCTCGAGTTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
66 TACCTTTTCT-T-CACGTTT-TCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * *
5503 AATAAATTTAAACTTAAAATTAATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGA-TGAATAAGGCTT
128 AAAAAATTTAAA-TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT-AATAAGGCTT
* * * * * * *
5567 TTGAAGCAATTG-GTGACTATAAATAGACTTTCCTTACTAATGAATGCTCTTTTCTTTATATTTC
191 TTGAAGGAA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTC
* * * **
5631 TCGAGGTAGACGTTCAATTATAATCTATTTTAACTGAAAATGTAAAATAATTTAACTTAAAATCA
254 TCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCA
*
5696 ATTATGAGATTATAAAACCTT
318 ATTATGAGATTATAAAACCAT
** * * * * * * * **
5717 TTACTGCGAGTAATAAGACTTATGAAGGAATGTGTGACTAT-AATGGGCTTTTCTTCCCAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAA
** *
5781 TATCCTTTTCTTCATATTTCTTC-AGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
66 TA-CCTTTTCTTCA-CGTT-TTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* *
5845 AAAAAATTT-AATGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAG-GAGCAATAAGGCTT
128 AAAAAATTTAAAT-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * *
5908 TT-AAGGTATGAGTGACTGTAAATAGACTTTGCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCT
191 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * * * * *
5972 TGATGTAGACGTTCAATTCTAATCTGTATTAGCCAAAACTTTAAAAATTTTCAACTTAAAAAT-A
255 CGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTT-AACTT-AAAATCA
* * *
6036 ATTATTAGTTTAGAAAACCAT
318 ATTATGAGATTATAAAACCAT
* * ** ** ** * * * ***
6057 TTAAACCAAGTAAT-AGGCTTTCGAAAGCTTGATTGACTATAAGTAGACTTTTCGTGCCAACGGT
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAA
* ** * * ** * * * *
6121 TAGCTTTTGCTTCACGTTCCCCAAGGCAAACATTCAGGTATAGTCTCTTCTAACCAAAAATGTAA
66 TACCTTTT-CTTCACGTT-TTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
* *
6186 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
129 AAAAATTTAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
** * * * * *
6251 AAAAAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCCTGTGAATGAATTCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
194 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGA
* * * * *
6316 AGTAGATATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAAGGTCAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTA
258 AGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
*
6381 TGAGATTATAAAAGCAT
322 TGAGATTATAAAACCAT
6398 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATA-AA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA-ACAA
* ** * * *
6462 ACACCTTTTCTTCTTGTCTTTCGAGGTAAAAATTCAATTACAATCTGTTTTAAC-AAAAATATAC
65 ATACCTTTTCTTCACGT-TTTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-
* * * *
6526 AAAGAATTTAAATTTAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTT
128 AAAAAATTTAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * ** * *
6591 GAAGGAATGAGTGACTATAGATGGGCTTTTCTTACCAACGAATG-TGTTTTTCTCCATGTTTCTC
193 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTC
* * *
6655 -AAGCTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAACTGTAAATAAATTTAAACTTAAAATTA
256 GAAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTT-AACTTAAAATCA
* * * **
6719 ATTTTAAGATTGTAAAATTAT
318 ATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * * * **
6740 TTAAAGTGAGCAATAAGACTTTT-GAAGCAATGGGTGACTATATATAGACTTTTCTTACTAATGA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAA
* * * * * * * * **
6804 ATGCCCTTTTTTTTACATTTCTCGAGATAGACGTTCAATTATAATCTATTTTAACCCAAAATGTA
65 AT-ACCTTTTCTTCACGTTT-TCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * * * * * *
6869 AAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCTTTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTT
128 AAAAAATTTAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
6934 GAAGG
193 GAAGG
6939 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1255, Mismatches: 265, Indels: 90
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 37 0.03
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344 139 0.11
345 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAA
TACCTTTTCTTCACGTTTTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
AAATTTAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGT
AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCAT
Found at i:8201 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7850--8219 Score: 418
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
7840 NNNNNNNNNN
* * * *
7850 AAAGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTATTTTACATTTTGGGTTAAAATAGAT
1 AAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAATTATTTTACATTTTGGGTTAAAACAAAT
* * * * * * * * *
7915 TATAATTGAACGTCTACTCGAGAAATGTAAAGAAAATGGCATTCATTAGCAATAAAAGTCTATTT
66 TATAATTGAACGTCTACTAGAGAAACGTAAAGAAAAAGACAATCATTAGCAAGAAAAGCCCATCT
* *
7980 ATAGTCACCCATTGTTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTA
131 ATAGTCACCCATTGTTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTA
* * * * *
8020 AAAGGTTTTACAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATT-TATTTATATTTTTGGTTAAAACAA
1 AAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAG-TTAAATTAT-TTTACATTTTGGGTTAAAACAA
* * ** * * *
8084 ATTATAATTGAATGTCTAGCTAGATAAACGTGGAGAAAAAGACAATCGTTGGTAAGAAAAGCCCA
64 ATTATAATTGAACGTCTA-CTAGAGAAACGTAAAGAAAAAGACAATCATTAGCAAGAAAAGCCCA
* * * *
8149 TCTATAGTTACCTATTTTTTTAAAAGCCTTAATACTCACTTTA
128 TCTATAGTCACCCATTGTTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTA
*
8192 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
1 AAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
8220 AAATNNNNNN
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 34, Indels: 4
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 28 0.17
171 42 0.26
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAATTATTTTACATTTTGGGTTAAAACAAAT
TATAATTGAACGTCTACTAGAGAAACGTAAAGAAAAAGACAATCATTAGCAAGAAAAGCCCATCT
ATAGTCACCCATTGTTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTA
Found at i:9582 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9243--10717 Score: 1192
Period size: 171 Copynumber: 8.6 Consensus size: 171
9233 NNNNNNNNNT
* * ** * * *
9243 AATGAATACTTTTTTCTTCTTATTTATCAAGATAGACATTTAGTTA-AAGTCTGTTTTAACCAAA
1 AATGAATACTTTTTTCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAACCAAA
* * ** * * * * *
9307 AAAGT-AAATAAATTTGAACTTAAAGCCAATTTTTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATA
65 AATGTAAAAT-AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
9371 AAGCTTTTG-AAGCAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGCC
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* * * * *
9415 AATGAATACTTTTTTCTTGATGTTCCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACGAAAA
1 AATGAATACTTTTTTCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * *
9480 ATGTAAAATAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTACAGCGAGTAATAAGA
66 ATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
*
9545 CTTTTGAAAGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
131 CTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * ** *
9586 AATGAATA-TCCTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
1 AATGAATACT-TTTTTCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * * * * * * *
9650 AATGTAAAAAAATTTAGCGTAAAATTAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAACGAGCAATAAG
65 AATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
9715 GCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCGCT
130 GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
9757 AATGAGTACTTTTTTCTTCATGTTTCCTGAA-GTAGACGTTCAATTCTAATCTGTATTAGCCAAA
1 AATGAATACTTTTTTCTTCATG-TTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * ** * ** * *
9821 AATTTAAAA-ATCTTCAACTTAAAAAT-AATTATTTGTTTAGGAAACCATTTAAACCAAGTAATA
65 AATGTAAAATA-ATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* ** ** * *
9884 AGGCTTTTGAAGGCTTGATTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCT
128 AGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** * * * * * *** ** *
9928 AATGGTTGGC-TTTTGCTTCACGTTTCC-CAAGGCAAACATTCAGGAATAGCCTCTTTTAACCAA
1 AATGAAT-ACTTTTTTCTTCATG-TTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* * * * *
9991 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA
64 AAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
10056 GGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTTTCTGCG
129 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCC
* * * * * * * *
10099 ACTGAATTCTTTTTTCTTTATGTTTCC-CAAGGCAGATATTTAATTATAATCTGTTCTAATCAAA
1 AATGAATACTTTTTTCTTCATG-TTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * * *
10163 AAGGTCAAAA-AATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAA
65 AATGT-AAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
10227 AGCTTTT-AAAGGAATAGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTACT
129 GGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * *
10270 AATGAATGTCCTTTTCTT-TACAT-TT-CTCAAGGTAGACGTTCAATTATAATCTATTTTAACCC
1 AATGAA--TACTTTT-TTCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * * * * *
10332 AAAATGTAAAATAATTTAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAGCTTTTACAGCGAGTAAT
63 AAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
*
10397 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
127 AAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * *** * * * * * *
10442 AATGAAAGACCTTGCCCTAACAT-TT-CTTAAGGTAGACTTTCAATTATAATCTCTTTTAACTAT
1 AATG-AATACTTTTTTCT-TCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* * * * *
10505 AAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
64 AAATGTA-AAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* *
10570 AGGC-TTTGAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACC
128 AGGCTTTTG-AAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** * * * * * *
10614 AACCAAT-GTCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTTAACCAA
1 AATGAATACT-TTTTTCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACCAA
* *
10678 AAATGT-AAATAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
64 AAATGTAAAAT-AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
10718 GTANNNNNNN
Statistics
Matches: 1035, Mismatches: 233, Indels: 69
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 25 0.02
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174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AATGAATACTTTTTTCTTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
ATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
Found at i:9883 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 9254--10717 Score: 1351
Period size: 342 Copynumber: 4.3 Consensus size: 342
9244 ATGAATACTT
** * * * * * *
9254 TTTTCTTCTTATTTATCAAGATAGACATTTAGTTA-AAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAATAA
1 TTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
** * * * *
9318 ATTTGAACTTAAAGCCAATTTTTAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGCAATAAAGCTTTTGAA
65 ATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
9382 GCAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTGATG-TTCCTCG-A
128 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTCGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAA
* * * *
9445 GGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACGAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAGAATCAATTA
192 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* *
9510 TGAGATTATAAAACCTTTTACAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATGTGTGACTATAAATGGA
256 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATGTGTGACTATAAATGGA
* *
9575 CTTTTCTTGCCAATGAATATCC
321 CTTTTCTTACCAATGAATGTCC
* ** *
9597 TTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
1 TTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * *
9662 TTTAGCGTAAAATTAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAACGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGT
66 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * *
9727 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCGCTAATGAGTACTTTTTTCTTCATGTTTCCTGAA-GTA
131 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTCGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCCTGAAGGTA
* * * * * * **
9791 GACGTTCAATTCTAATCTGTATTAGCCAAAAATTTAAAAATCTTCAACTTAAAAAT-AATTATTT
196 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTT-AAAATCAATTATGA
* ** * * * * **
9855 GTTTAGGAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAT-TGACTATAAATGGACT
259 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATG-TGTGACTATAAATGGACT
* * * ** *
9919 TTTCGTGCTAATGGTTG-GC
323 TTTCTTACCAATGAATGTCC
* * * * *** ** * *
9938 TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAGGAATAGCCTCTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
1 TTTT-CTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * **
10003 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAA
65 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * *
10068 AATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTTTCTGCGACTGAATTCTTTTTTCTTTATGTTTCC-CAAGG
130 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTC-GCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCCTGAAGG
* * * * * * * *
10131 CAGATATTTAATTATAATCTGTTCTAATCAAAAAGGTCAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATG
194 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
10196 AGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAA-AGCTTTT-AAAGGAATAG-GTGACTATAAATAG
258 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTTTTGAAA-GAAT-GTGTGACTATAAATGG
* * *
10258 ATTTTTTTTACTAATGAATGTCC
320 ACTTTTCTTACCAATGAATGTCC
* * * * *
10281 TTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACGTTCAATTATAATCTATTTTAACCCAAAATGTAAAATAA
1 TTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * *
10346 TTTAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAGCTTTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
66 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * *** * *
10411 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGACCTTGCCCTAACA--TTT-CTTAAG
130 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTCGCCAATG-AATACTTTTTTCT-TCATGTTTCCTGAAG
* * * * * * *
10473 GTAGACTTTCAATTATAATCTCTTTTAACTATAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTT
193 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
10538 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAAAGAATGGGTGACTATAAATGG
256 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTG-AAAGAATGTGTGACTATAAATGG
* ** *
10602 GCTTTTCTTACCAACCAATGTCT
320 ACTTTTCTTACCAATGAATGTCC
* * * * *
10625 TTTTCTTCATATTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTTAACCAAAAATGTAAATAA
1 TTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
*
10690 ATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
65 ATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATT
10718 GTANNNNNNN
Statistics
Matches: 888, Mismatches: 203, Indels: 57
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 21 0.02
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
TTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGA
ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTCGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCCTGAAGGTA
GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTACCAATGAATGTCC
Found at i:12431 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 11697--13527 Score: 1691
Period size: 343 Copynumber: 5.3 Consensus size: 341
11687 TAATAATTAT
* * * *
11697 TTTTAAGTTGAA-TATTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTAACTCAAGA
1 TTTTAAGTTGAATTA-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGA
* * * *
11761 AACATGAAGAAAAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAG
65 AATATGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAG
* * * * * *
11826 CCTTGTTACTCGCTTTACATAGTTTTATAATGTCATAATTGAATTTAAGA--TGAATTTTTCTAT
130 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG-ATTTAA-ATTTGAA-TTTTGTAT
* * ** *
11889 ATTTTGGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGG-ATAGT
192 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCAT--T
* * * * * *
11952 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATTGCTTCGAAAGCTTTATTGCTCACTCTAAAT
255 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
*
12017 GGTTTTACAATCTCAAAATTGA
320 GGTTTTATAATCTCAAAATTGA
** *
12039 TTTTAAGCTCAAATTTATTTGTATA--TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGA
1 TTTTAAG-TTGAA-TTATTT-TATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGA
** * * * * *
12102 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTTGTTGGTAAGCAAAGCCCACTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
63 GAAATATGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
* * *
12167 AGCATCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACAAAATTGATTTAAATTTGGAATCTTTGTA
128 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT-GAAT-TTTGTA
* ** ** * * * * **
12232 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAATCTACCTTGGGAAATGTCAA-CAAAAGGTGTTT
191 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGG-CATT
* * *
12296 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTGTAAAA
255 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
12361 GCTTTTATAATCTCATAATTGA
320 GGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * ** * * *
12383 TTTTAAGTTGAATTAGTTTACATTTTGGGTTAAAATAGATTATAATTGAATTTCTATCTCGAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAA
* * * ** * * ** *
12448 ATATAAAGAAACAA-GCATTCATTAGCACA-AAAAGTGTATTTATGGTCACCTATGACTTCAAAA
66 ATATGAAGAAA-AAGGCATTCGTTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA
* * * * * * *
12511 CCCTTATTGCTCACTTTTAATAGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAATTTATTTAT
129 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTT-TGTAT
* * * * * **
12576 ATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTAAATGTCTAGCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTGG
192 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * *
12641 TTGGTAAGAAATGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTC-AAAGCGTCATTACTCACTTTAAATG
257 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
*
12705 GTTTTATATTCTCAAAATTGA
321 GTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * * ** * *
12726 TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAGAAGAGATTATAATTAAAAATCTACCTCGAGC
1 TTTTAAGTTGAATTATTT-TATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGA
* * * * * * *
12791 AATGT-CAGGAAAAGGTCTTTCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
65 AATATGAAGAAAAAGG-CATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA
* * * * *
12855 GTCTTATTACTC-GTTGTAAA-AGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAGTT-T
129 GCCTTATTACTCACTT-TAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT--TTGT
* * * * * *
12917 ACATTTTGGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCAT
190 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGGCAT
* * *
12981 TAATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
254 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* *
13046 TGGTTTTACAATCTGAAAATTGA
319 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * *
13069 TTTTAAGTTCAAATTAATTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTTATTGTCTAGCTTGAGA
1 TTTTAAGTT-GAATTATTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGA
* * ** *
13134 AATATGAAG-AAAAGGCATTCGTTGGTAAGAAATG-CCAATTTATAGTCATACATTCCTTTCAAA
65 AATATGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA
* * *
13197 GCCTCATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAT
129 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-T-TTTGTAT
* * * *
13262 ATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTTA
192 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * * * * * *
13327 TTAGTAAGCAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTGACTTTAAATAG
257 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* *
13392 TTTTATAATCTTAAAATTAA
322 TTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * ** * * * * * *
13412 TATAAATTTGAATTCCTTGCATATTTTTAGATAAAACAGATTATAAGTGAATGTGTACCTCAAGA
1 TTTTAAGTTGAATT-ATTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGA
* * * * ** * *
13477 AATGTGAAAAAAAAGTTCTTTTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATATTCAC
65 AATATGAAGAAAAAG-GCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
13528 TTTAAATAAT
Statistics
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
TTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAA
ATATGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGC
CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTGTATATTT
TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCAAAATTGA
Found at i:12692 original size:515 final size:512
Alignment explanation
Indices: 11783--13402 Score: 2137
Period size: 515 Copynumber: 3.1 Consensus size: 512
11773 AATGCATTCG
* * * * * * *
11783 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTACATAG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTA-AAAG
* * * * * * *
11848 TTTTATAATGTCATAATTGAATTTAAGATGAATT-TTTCTATATTTTGGGTTAAAACAGACTATA
65 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAGTT-TACATTTTGGGTTAAAATAGATTATA
* * * *
11912 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGGATAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
129 ATTGAATGTCTA-CTCAAGAAATATAAAGAAAAAGCAT--TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
11976 AGG-CACCCATTGCTTCGAAAGCTTTATTGCTCACTCTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGAT
191 -GGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGAT
* * * * *
12040 TTTAAGCTCAAATTTATTTGTATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAA
255 TTTAAGTTCAAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTAAATGTCTAGCTCGAGAA
* * * *
12105 ACGTGAAGAAAAAGGCATTTGTTGGTAAGCAAA-GCCCACTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAG
320 ACATGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGTAAG-AAATGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAG
* *
12169 CATCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACAAAATTGATTTAAATTTGGAA-TCTTTGTAC
384 CATCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT-GAATTCTTTGTAC
* * *
12233 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAATCTACCTTGGGAAATGTCAACAAAAGGTGTTTCA
448 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAATCTACCTTGAGAAATGTCAAAAAAAGGTATTTCA
*
12298 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTGTAAAAGC
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAAAG-
12363 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAGTTTACATTTTGGGTTAAAATAGATTATAA
65 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAGTTTACATTTTGGGTTAAAATAGATTATAA
* * **
12428 TTGAATTTCTATCTCGAGAAATATAAAGAAACAAGCATTCATTAGCACA-AAAAGTGTATTTATG
130 TTGAATGTCTA-CTCAAGAAATATAAAGAAA-AAGCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATG
* * * *
12492 GTCACCTA-TGACTTCAAAACCCTTATTGCTCACTTTTAATAGTTTTACAATCTCAAAATTGATT
192 GTCACCCATTG-CTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGATT
*
12556 TTAAGTTTAAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTAAATGTCTAGCTCGAGAAA
256 TTAAGTTCAAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTAAATGTCTAGCTCGAGAAA
* *
12621 CATGAAGAAAAAGGCATTGGTTGGTAAGAAATGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAGCG
321 CATGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGTAAGAAATGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAGCA
*
12686 TCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATT
386 TCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATT
* * * * * * ** *
12751 TTTTGTTAGAAGAGATTATAATTAAAAATCTACCTCGAGCAATGTCAGGAAAAGGTCTTTCA
451 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAATCTACCTTGAGAAATGTCAAAAAAAGGTATTTCA
* * **
12813 TTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTGTAAAAGC
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAAAG-
12878 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAGTTTACATTTTGGGTTAAAATAGATTATAA
65 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAGTTTACATTTTGGGTTAAAATAGATTATAA
* * *
12943 TTGAATGTCTACTTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTAATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
130 TTGAATGTCTAC-TCAAGAAATATAAAGAAAAA-GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATGG
* *
13008 TCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTGAAAATTGATTTT
193 TCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTT
* * * * * *
13073 AAGTTCAAATTAATTTATATTTTTTGTTAAAACA-TATTATAATTTATTGTCTAGCTTGAGAAAT
258 AAGTTCAAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAACAGT-TTATAATTAAATGTCTAGCTCGAGAAAC
* ** *
13137 ATGAAG-AAAAGGCATTCGTTGGTAAGAAATGCCAATTTATAGTCATACATTCCTTTCAAAGCCT
322 ATGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGTAAGAAATGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAGCAT
* *
13201 CATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATA-TT
387 CATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTT
* *** * * *
13265 TTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTT-A
452 TTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAAAATCTACCTTGAGAAATGTCAA-AAAAAGGTATTTCA
* * * * * * * * *
13327 TTAGTAAGCAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTGACTTTAAATAG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAA-AG
13392 TTTTATAATCT
65 TTTTATAATCT
13403 TAAAATTAAT
Statistics
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0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAAAGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAGTTTACATTTTGGGTTAAAATAGATTATAAT
TGAATGTCTACTCAAGAAATATAAAGAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCA
CCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAG
TTCAAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTAAATGTCTAGCTCGAGAAACATGA
AGAAAAAGGCATTCGTTGGTAAGAAATGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAGCATCATT
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTA
TTAAAACAGATTATAATTGAAAATCTACCTTGAGAAATGTCAAAAAAAGGTATTTCA
Found at i:13420 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 11704--13527 Score: 1583
Period size: 172 Copynumber: 10.6 Consensus size: 172
11694 TATTTTTAAG
* * * * * * **
11704 TTGAA-TATTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACATGA
1 TTGAATTATTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGA
* * * * * *
11768 AGAAAAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTGTT
66 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
11833 ACTCGCTTTACATAGTTTTATAATGTCATAATTGAATTTAAGA-
131 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT-AATTTAA-AT
* * * * **
11876 -TGAATT-TTTCTATATTTTGGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
1 TTGAATTATTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGA
* * * *
11939 AG-AAAAGG-ATAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATTGCTTCGAAAGCTTTA
66 AGAAAAAGGCAT--TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * **
12002 TTGCTCACTCTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAGC
129 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT-AATTTAAAT
** * *
12047 TCAAATTTATTTGTATA--TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACGTG
1 TTGAA-TTATTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTG
** * * * * * * *
12110 AAGAAAAAGGCATTTGTTGGTAAGCAAAGCCCACTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCATCAT
65 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
12175 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACAAAATTGATTTAAAT
130 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAAT
* * ** ** * * *
12218 TTGGAA-TCTTTGTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAATCTACCTTGGGAAATGTC
1 TT-GAATTATTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTG
* ** *
12282 AA-CAAAAGGTGTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTA
65 AAGAAAAAGG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
12346 TTACTCACTGTAAA-AGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
129 TTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAAT
* * * * * * * *
12390 TTGAATTAGTT-TACATTTTGGGTTAAAATAGATTATAATTGAATTTCTATCTCGAGAAATATAA
1 TTGAATTATTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGA
* ** * * ** *
12454 AGAAACAA-GCATTCATTAGCACA-AAAAGTGTATTTATGGTCACCTATGACTTCAAAACCCTTA
66 AGAAA-AAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
12517 TTGCTCACTTTTAATAGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
129 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT-AATTTAAAT
* * * * **
12562 TTAAATT-TATT-TATATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTAAATGTCTAGCTCGAGAAACATG
1 TTGAATTAT-TTGTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTG
** * * * * *
12625 AAGAAAAAGGCATTGGTTGGTAAGAAATGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTC-AAAGCGTCA
65 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTA
* * *
12689 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTAAAT
129 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAAT
* * * * * * ** * *
12733 TTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAGAAGAGATTATAATTAAAAATCTACCTCGAGCAATGT-C
1 TTGAATTATTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGA
* * * *
12797 AGGAAAAGGTCTTTCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTAT
66 AGAAAAAGG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
12862 TACTC-GTTGTAAA-AGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
130 TACTCACTT-TAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAAT
* * * * * * *
12905 TTGAATTAGTT-TACATTTTGGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATGTAA
1 TTGAATTATTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGA
* * *
12969 AGAAAAAGGCATTAATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATT
66 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
13034 ACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTGAAAATTGATTTTAAGT
131 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT-AATTTAAAT
** * * * * * * * *
13077 TCAAATTAATT-TATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTTATTGTCTAGCTTGAGAAATATGA
1 TTGAATTATTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGA
* * * ** *
13141 AG-AAAAGGCATTCGTTGGTAAGAAATG-CCAATTTATAGTCATACATTCCTTTC-AAAGCCTCA
66 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTA
* * *
13203 TTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAT
129 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAAT
* * * * * *
13247 TTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGA
1 TTGAATTATTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGA
* * * * * * * *
13312 AGAAAAAGGCATTTATTAGTAAGCAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTTAAAAGCCTTATT
66 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
13377 ACTGACTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTAATATAAAT
131 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAAT
** * * * * * *
13419 TTGAATTCCTTGCATATTTTTAGATAAAACAGATTATAAGTGAATGTGTACCTCAAGAAATGTGA
1 TTGAATTATTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGA
* * * * * *
13484 AAAAAAAGTTCTTTTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATATTCAC
66 AGAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
13528 TTTAAATAAT
Statistics
Matches: 1318, Mismatches: 293, Indels: 81
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 28 0.02
171 533 0.40
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TTGAATTATTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGA
AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAAT
Found at i:13455 original size:515 final size:515
Alignment explanation
Indices: 11718--13527 Score: 2123
Period size: 515 Copynumber: 3.5 Consensus size: 515
11708 ATATTTTTAT
* * * ** * * * *
11718 ATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCA-TTC
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTTC
* * * * * *
11782 GTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTACATA
66 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTA-AAA
* * * * *
11847 G-TTTTATAATGTCATAATTGAATTT-AAGATGAATT-TTTCTATATTTTGGGTTAAAACAGACT
129 GCTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAAGTTGAATTAGTTC-ACATTTTGGGTTAAAACAGATT
* * *
11909 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGG-ATAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
192 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAGAAAAAGGCAT--TCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
11972 TTATAGGCACCCATTGCTTCGAAAGCTTTATTGCTCACTCTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATT
255 TTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATT
* * * * *
12037 GATTTTAAGCTCAAATTTATTTGTATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGA
320 GATTTTAAGTTCAAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTAGCTCGA
* * * *
12102 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTTGTTGGTAAGCAAA-GCCCACTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
385 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGTAAG-AAATGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTCA
* *
12166 AAGCATCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACAAAATTGATTTAAATTTGGAA-TCTTTG
449 AAGCATCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT-GAATTCTTTG
12230 TAC
513 TAC
* * * * * **
12233 ATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAAAATCTACCTTGGGAAATGTCAA-CAAAAGGTGTTT
1 A-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTT
* * *
12296 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTGTAAAA
65 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAAA
* * * *
12361 GCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAGTTTACATTTTGGGTTAAAATAGATTAT
129 GCTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTGAATTAGTTCACATTTTGGGTTAAAACAGATTAT
* * * **
12426 AATTGAATTTCTATCTCGAGAAATATAAAGAAACAA-GCATTCATTAGCACA-AAAAGTGTATTT
194 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAGAAA-AAGGCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTT
* * * * *
12489 ATGGTCACCTA-TGACTTCAAAACCCTTATTGCTCACTTTTAATAGTTTTACAATCTCAAAATTG
257 ATAGTCACCCATTG-CTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTG
*
12553 ATTTTAAGTTTAAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAACAGT-TTATAATTAAATGTCTAGCTCGA
321 ATTTTAAGTTCAAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAACA-TATTATAATTAAATGTCTAGCTCGA
*
12617 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTGGTTGGTAAGAAATGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAA
385 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGTAAGAAATGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAA
* *
12682 AGCGTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
450 AGCATCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
12747 C
515 C
* * * * * * * *
12748 ATTTTTTGTTAGAAGAGATTATAATTAAAAATCTACCTCGAGCAATGT-CAGGAAAAGGTC-TTT
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGG-CATTT
* *
12811 CATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACT-CGTTGTAAA
65 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGC-TT-TAAA
* * * *
12875 AGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAGTTTACATTTTGGGTTAAAATAGATTA
128 AGCTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTGAATTAGTTCACATTTTGGGTTAAAACAGATTA
* * *
12940 TAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTAATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
193 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *
13005 TAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTGAAAATTGAT
258 TAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGAT
* * * * *
13070 TTTAAGTTCAAATTAATTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTTATTGTCTAGCTTGAGAA
323 TTTAAGTTCAAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTAGCTCGAGAA
* * **
13135 ATATGAAG-AAAAGGCATTCGTTGGTAAGAAATGCCAATTTATAGTCATACATTCCTTTCAAAGC
388 ACATGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGTAAGAAATGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAGC
* * *
13199 CTCATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAT
453 ATCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAC
* *** *
13262 ATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTT-
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTTC
* * * * * * *
13326 ATTAGTAAGCAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTGACTTTAAATA
66 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTG-CTTTAAA-A
* * * * ** * ** *
13391 G-TTTTATAATCTTAAAATTAATATAAATTTGAATTCCTTGCATATTTTTAGATAAAACAGATTA
129 GCTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTGAATTAGTT-CACATTTTGGGTTAAAACAGATTA
* * * * * * * *
13455 TAAGTGAATGTGTACCTCAAGAAATGTGAAA-AAAAAGTTCTTTTATTGGCAAAAAAAGTCCATT
193 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATAT-AAAGAAAAAG-GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
*
13519 TATATTCAC
256 TATAGTCAC
13528 TTTAAATAAT
Statistics
Matches: 1112, Mismatches: 153, Indels: 59
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 1 0.00
514 259 0.23
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516 46 0.04
517 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (515 bp):
ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGCTTTAAAAGC
TTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTGAATTAGTTCACATTTTGGGTTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTT
AAGTTCAAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTAGCTCGAGAAACA
TGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGTAAGAAATGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAGCATC
ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAC
Found at i:14324 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13976--14621 Score: 604
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 169
13966 NNNNNNNNNN
** * * * * * *
13976 ACATTCAATTATAACCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATAATAAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * **
14041 TTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTTA-TAAGGATTTTGAAAGAATGGAAGACTATAAATGGA-TA
64 TTATAAAA-CTATTTAAAGTGA-ATAGTAAGGCTTTCGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACT-
* * * * * *
14103 TTTCTTCACAATGAATGGCTTTTTATACACGTTTTTCAAGGCAA
126 TTTCTTAACAATGAATCGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAA
** *
14147 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTACAAAGATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
14212 TTATAAAACTATTT-AAGTGAACAGTAAGGCTTAT-GAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTT
64 TTATAAAACTATTTAAAGTGAATAGTAAGGCTT-TCGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
14275 TCTTAACAATGAATCTCTTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAG
128 TCTTAACAATGAATCGC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAA
* * * * *
14318 ACATTCAATTACATTCTATTTTAACCAAACATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** * * *
14383 TTATAAAACCATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTCGAAGAAATAGGTCACTATAAATGAACTTTT
64 TTATAAAACTATTTAAAGTGAATAGTAAGGCTTTCGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * *
14448 CTTGCCAATGAA-CGCCTTTTGCTTTACGTTTCTCAAGGTAC
129 CTTAACAATGAATCG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAA
** * *
14489 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAACTTCAACTTAAAATCAGCTATTAGT
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
14554 TTATAAAA-TCATTTAAATTGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGGATGGGCGACCATAAATGGACTTT
64 TTATAAAACT-ATTTAAAGTGAATAGTAAGGCTTTCGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTT
14618 TCTT
128 TCTT
14622 GCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 76, Indels: 28
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 59 0.15
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172 54 0.14
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACTATTTAAAGTGAATAGTAAGGCTTTCGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TAACAATGAATCGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAA
Found at i:15013 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14726--15088 Score: 440
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
14716 NNNNNNNNAT
* * * * * *
14726 TTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTTATAAGTCTTTTGAAAGAATGTGA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTATGAAAGAATGGGA
** **
14791 GACTATAAATGGACATTTCTTCTCAACAAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGCAAACATTC
66 GACTATAAATGGACATTTCTTAGCAACAAATCCCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* ** * * * **
14856 AATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTATAAATATTCTGC
131 AATTACAGTCTATTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAAC
* *
14897 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG-TAGTAAGGCTTATGAAGGAATGGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTA-TAAGGCTTATGAAAGAATGGG
* * ** * * * * *
14961 TGACTATAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATT
65 AGACTATAAATGGACATTTCTTAGCAACAAATCCCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGCAAACATT
*
15026 CAATTACATTCTATTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAAC
130 CAATTACAGTCTATTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAAC
15068 TTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTA
15089 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 30, Indels: 2
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 159 0.99
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTATGAAAGAATGGGA
GACTATAAATGGACATTTCTTAGCAACAAATCCCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGCAAACATTC
AATTACAGTCTATTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAAC
Found at i:15487 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15192--15997 Score: 757
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 171
15182 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
15192 TTTAACCAAAAATGTGAAAAACTTCAACTTAAAATCAGCTATTAGTTTATAAAACTATTTAAATT
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
* * * * * * *
15257 GAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGGAT-ACGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTT
66 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
* *
15321 TTTCTTCTTATTTCTTAAGATAGACATTTAGTTA-AAGTCTAT
130 TTTCTTCATATTTCTTAAGATAGACATTTAATTATAA-TCTAT
* * *
15363 TTTAACCAAAAATGTAAATAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTTAGATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * * * *
15428 TGAGTAATGAGGCTTTTGAAGTAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTATTGCCAATGAATACTTT
65 TGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
* ** * * *
15493 TTTCTTGACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATTATCTAT
130 TTTCTTCATATTTCTTAAGATAGACATTTAATTATAATCTAT
** *
15535 TTTAATTAAAAATGTAAAATAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTATA
1 TTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAA
* * *
15598 GTGACTAATAAGACTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCC
64 GTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATA-CC
* * * * *
15663 -TTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAAACATTTAACTATAATCCAT
128 TTTTTCTTCATATTTCTTAAGATAGACATTTAATTATAATCTAT
* * * *
15706 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCTA-TGTAAAATTAATTATGACATTATAAAA-TCATTTAAA
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAA
* * * * * * *
15769 ATGAGCAATAAGACATTTGAAGGTATTAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATACTT
64 GTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCT
* * * * * * *
15834 TTTTCTTCATGTTTCTTTAGGTAGACGTTCAATTCTAATCTGT
129 TTTTCTTCATATTTCTTAAGATAGACATTTAATTATAATCTAT
* * * * * * ** *
15877 GTTAGCCAAAAAT-TTAAAAATCTTCAACTTAAAAACAATTATTAGTTTAGGAAACCATTTAAA-
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAT-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * ** * * *
15940 TCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGATTGACTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATG
65 T-GAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
15998 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 516, Mismatches: 104, Indels: 30
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 11 0.02
171 358 0.69
172 145 0.28
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
GAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTT
TTCTTCATATTTCTTAAGATAGACATTTAATTATAATCTAT
Found at i:15951 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 15193--15997 Score: 854
Period size: 342 Copynumber: 2.3 Consensus size: 341
15183 NNNNNNNNNT
* ** *
15193 TTAACCAAAAATGTGAAAAA-CTTCAACTTAAAATCAGCTATTAGTTTATAAAACTATTTAAATT
1 TTAACCAAAAAT-TTAAAAATCTTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAA-T
* * * ** * *
15257 GAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGGATACGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTT
64 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTT
* * ** * *
15322 TTCTTCTTATTTCTTAAGATAGACATTTAGTTAAAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAATAAATT
129 TTCTTCATATTTCTTAAGATAAACATTTAACTAAAGTCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * * *
15387 TGAACTTAAAATCAATTTTTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTGAAGTAA
194 T-AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAATGAGCAATAAGACATTTGAAGTAA
* *
15452 TGGGTGACTATAAATAGAATTTTATTGCCAATGAATACTTTTTTCTTGACGTTTCTCAAGATAGA
258 TGAGTGACTATAAATAGAATTTTATTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGA
* *
15517 CATTCAATTATTATCTATT
323 CATTCAATTATAATCTATG
** * * * * * *
15536 TTAATTAAAAATGT-AAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTATAGT
1 TTAACCAAAAATTTAAAAAT-CTTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTA-AAT
* *
15600 GACTAATAAGACTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCC-T
64 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-CCTT
* *
15664 TTTCTTCATATTTCTTGAGGTAAACATTTAACTATAA-TCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
128 TTTCTTCATATTTCTTAAGATAAACATTTAACTA-AAGTCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
*
15728 TTCT-A-TGTAAAATTAATTATGACATTATAAAA-TCATTTAAAATGAGCAATAAGACATTTGAA
192 TT-TAACT-TAAAATCAATTATGACATTATAAAACT-ATTTAAAATGAGCAATAAGACATTTGAA
* * * * * **
15790 GGT-ATTAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTTAG
254 -GTAATGAGTGACTATAAATAGAATTTTATTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
* * * *
15854 GTAGACGTTCAATTCTAATCTGTG
318 ATAGACATTCAATTATAATCTATG
* * ** *
15878 TTAGCCAAAAATTTAAAAATCTTCAACTTAAAAACAATTATTAGTTTAGGAAACCATTTAAATCA
1 TTAACCAAAAATTTAAAAATCTTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAT-G
* ** * * *
15943 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAT-TGACTATAAATAGACTTTTCGTGTCAATG
65 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-TGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
15998 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 74, Indels: 25
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 8 0.02
342 203 0.54
343 159 0.42
344 6 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TTAACCAAAAATTTAAAAATCTTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAATGA
GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTT
CTTCATATTTCTTAAGATAAACATTTAACTAAAGTCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTA
ACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAATGAGCAATAAGACATTTGAAGTAATGA
GTGACTATAAATAGAATTTTATTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACAT
TCAATTATAATCTATG
Found at i:16395 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 16114--16398 Score: 412
Period size: 150 Copynumber: 1.9 Consensus size: 150
16104 TAAAGTGAGC
*
16114 AATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGTCAATGAATGCCTTTCTAT
1 AATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGTCAATGAATGCCTTTCTAT
* *
16179 TAATATTTATCGAGGCATACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
66 TAATATTTATCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
16244 TTAAACCTTTTACAGCAAGT
131 TTAAACCTTTTACAGCAAGT
*
16264 AATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAGTAT-CCTTT-T
1 AATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGTCAATGA--ATGCCTTTCT
* * * * * * * * * *
16327 TTTCATGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGAAAATATTTA
64 ATTAATATTTATCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCA
16392 ACTTAAA
129 ACTTAAA
16399 ATTAGTTATG
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 14, Indels: 4
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
150 112 0.94
151 5 0.04
152 2 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (150 bp):
AATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGTCAATGAATGCCTTTCTAT
TAATATTTATCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
TTAAACCTTTTACAGCAAGT
Found at i:16884 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 16258--17276 Score: 926
Period size: 342 Copynumber: 3.0 Consensus size: 341
16248 ACCTTTTACA
* * * * * * *
16258 GCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAGTA-TC
1 GCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCGTGCCAATGAG-AGGC
* * * *** * * * * * *
16322 CTTTTTTTCATGTTTTTCGAGGTA-GACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGAAAA
65 ATTTTCTTCAGGTTCCCCAAGGCATG-CATTCAAGTATAACCTACTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * ** * *
16386 TATTTAACTTAAAATTAGTTATGTCATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAA
129 AATTCAACTTAAAATTAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA
* * * ** *
16451 GTATGGGTGACTATAAATCGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
194 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGT
* * ** * * * * *
16516 AAACATTCAATTCTAGGATGTTTTAACCAATAATGT-AAAAATATTCAACTTAAAAACAGTTATT
258 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTCAAAAA-ATTCAACCTAAAAACAATTATG
* *
16580 AGTTTATGAAACCATTTAAAC
322 AGATTATAAAACCATTT-AAC
* ** *
16601 -CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTGCCAATG-GTTGG
1 GCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GTGACTATAAATGAACTTTTCGTGCCAATGAG-AGG
* * ** * *
16663 C-TTTTACTTCATGTTCCCCAAGGCA-GACATTCAGGTATTGCCTCCTTTAACCAAAAATATAAA
64 CATTTT-CTTCAGGTTCCCCAAGGCATG-CATTCAAGTATAACCTACTTTAACCAAAAATGTAAA
* * *
16726 AAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTT-A
127 AAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
16790 AAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCCCAA
192 AA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAA
* *
16855 GGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
255 GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTCAAAAAATTCAACCTAAAAACAATTA
*
16920 TGAGATTATAAAATCATTTAAC
320 TGAGATTATAAAACCATTTAAC
** *
16942 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAGAGGCA
1 GCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCGTGCCAATGAGAGGCA
* * *** * * * * * * *
17007 TTTTCTTTAGGTTTCTTGAGGTATGCATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTGCAAAGA
66 TTTTCTTCAGGTTCCCCAAGGCATGCATTCAAGTATAACCTACTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA
* * * * *
17072 ATTCAAATTTAAATCAATTTTAAAATTATAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
130 ATTCAACTTAAAATTAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
* * * ** * * *
17137 AATGGGAGACTATAAAAGGGCTTTTCTCACCAACGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCTAGCTA
195 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTA
* * * * * * * *
17202 GACATTGAATTAGAATATGTTTTAATCAAAAATA-T-AATTAAATTTGAACTTAAAATCAATTTT
259 GACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAA-AGTCAA--AAAATTCAACCTAAAAACAATTAT
17265 GAGATTATAAAA
321 GAGATTATAAAA
17277 ATATTTAAAG
Statistics
Matches: 550, Mismatches: 109, Indels: 33
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 14 0.03
342 346 0.63
343 154 0.28
344 36 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
GCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCGTGCCAATGAGAGGCA
TTTTCTTCAGGTTCCCCAAGGCATGCATTCAAGTATAACCTACTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
TTCAACTTAAAATTAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA
ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGA
CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTCAAAAAATTCAACCTAAAAACAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAC
Found at i:17185 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16261--17289 Score: 822
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 171
16251 TTTTACAGCA
* * *
16261 AGTAATAAGGCTTTTG-AAGAAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAGTAT-CCT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA--ATGCCT
** ** * * * * *
16324 TTTT-TTCATGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGAAAATA
63 TTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTCAAAAAA
* * * * ** *
16388 TTTAACTTAAAATTAGTTATGTCATTATAAAACCATTTAAAGCG
128 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
16432 AATAATAAGGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATCGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
** ** * * ** * * *
16497 TCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTCTAGGATGTTTTAACCAATAATGT-AAAAATATT
66 TCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTCAAAAA-ATT
* * * * ***
16561 CAACTTAAAAACAGTTATT-AGTTTATGAAACCATTTAAACCA
130 CAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
** * * * ** *
16603 AGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTGCCAATGGTTGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* ** * * ** **** ** *
16667 TACTTCATGTTCCCCAAGGCAGACATTCAGGTATTGCCTCCTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAAT
65 TTCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-AGTCAAAAAAT
* *
16731 TCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
129 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
16774 AGTAATAAAGCTTTT-AAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* *
16838 TTCTTCACATTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTCAAAAAATT
65 TTCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTCAAAAAATT
* * * *
16903 CAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAACGTG
130 CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
16945 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAGA-GGCATT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGCCTTT
* ** *** * * * *
17009 TTCTTTAGGTTTCTTGAGGTATG-CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTGCAAAGAA
65 TTCTTCACATTTCCCAAGGTA-GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGT-CAAAAAA
* * * * *
17073 TTCAAATTTAAATCAATTTTAAAATTATAAAACCATTTAAAGTT
128 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * ** *
17117 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAAAGGGCTTTTCTCACCAACGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
* * * * * * * *
17182 TCTTCACATTTCTCTAGCTAGACATTGAATTAGAATATGTTTTAATCAAAAATA-T-AATTAAAT
66 TCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-AGTCAA--AAAA
* **
17245 TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAATATTTAAAGTG
128 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
17289 A
1 A
17290 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 677, Mismatches: 160, Indels: 41
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 20 0.03
171 468 0.69
172 187 0.28
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
TCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTCAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
Found at i:18042 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17394--18916 Score: 1299
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 170
17384 NNNNNNAAAT
* * * ** *
17394 TTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTT-GAGAAATGTC
1 TTGAATT-TTTAT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATG
* *** ** ** *
17458 AAGAAAAAGGTATTCATTAATAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCAATAGCTTTAAAAGCCTTAT
63 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
17523 TGCTTATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
128 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* ** * * * * *
17566 TTCAAATTTATCTAT-ATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAGCTGAAGAAACGTG
1 TT-GAATTT-T-TATCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
* *
17630 AAGAAAAAGGCATTCGTTGGCAAGAAAAG-CACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
63 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
17694 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAT
127 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * *
17738 TTGAATTCTTTGCA-CATATTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATG-CTTACC-TCGAGAAATA
1 TTGAATT-TTT--ATCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTAG-GAAACA
** * * * *
17800 TGAA-AAAAATATCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCAACAATTCCTTCAAAAGCCT
61 TGAAGAAAAA-GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
17864 TATTACTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
125 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * *
17910 TTGAACTTTTTAGTC-TTTTTGGTTAGAACTGATTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAACATGA
1 TTGAA-TTTTTA-TCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* * * * *
17974 AGAAAAATGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCTTTATT
64 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
18039 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTAATTTTAAG
129 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * ** ** * * * *
18081 TTGGATTTTTTTACATTCTTGGTTAAAATAGGCTATACCTAAATGTCTGCCTTGGGGAACATGAA
1 TTGAATTTTTAT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
** * ** * * * *
18146 GCGAAAGCCAACCATTGGCATG-AAAGTCTATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATT
65 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *** * * *
18209 TCTTTGTTTAAATGGTTTCATAAACT-AATAATTGTTTTTAAG
129 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAG
* * * * * *
18251 TTGAATGTTTTA-CGTTATTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCTA-GAAAAATAA
1 TTGAAT-TTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACATGA
* * * *
18314 AAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCATCC-ATAACC-TCAAAAGCCTTA
64 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAT-TCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
18377 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATGTCATAATTGATTTTAAA
127 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
18421 TTAAATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGAA
1 TTGAATTTTTAT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
* * * * *
18486 G-AAAAGGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTTCTTCGAAAGCCTTATT
65 GAAAAAGG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
18550 ACTCGCTGTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAG
129 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
*** * ** *
18592 TTGAATTGTTTTAT-ATTTTAAATTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTACCTT-GAGAAATGTC
1 TTGAA-T-TTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATG
* * * * * *
18655 AAGAAAAAGACATTCATT-GAAAGAAAAG-CCTATTTATAGCCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTG
63 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTA
**
18718 TTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
127 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * * ** * *
18762 TTCAAATTTAATTACCTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATACCTA-ATTGGAGAAACATGA
1 TTGAATTTTTATCA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGA
* * * * * *
18826 AGAAAAACGCATTCATTGGTAA-AAAAGCCCTTTTATGGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTGTT
64 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATT
18890 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
129 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
18917 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1080, Mismatches: 225, Indels: 94
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 63 0.06
170 337 0.31
171 375 0.35
172 285 0.26
173 13 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTGAATTTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG
AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
Found at i:18732 original size:511 final size:506
Alignment explanation
Indices: 17397--18916 Score: 1522
Period size: 511 Copynumber: 3.0 Consensus size: 506
17387 NNNAAATTTG
* * * * *
17397 AATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAATGTCAAGA
1 AATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGAAGA
*** * * ** *
17462 AAAAGGTATTCATTAATAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCAATAGCTTTAAAAGCCTTATTGCT
65 AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
17527 TATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATCTATATTTTTTATTA
130 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTT-TTTATA-TTTTAATTA
* * * * * *
17592 AAACAAATTATAATTGAATGTCTAGC-TGAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGCAAGAA
192 AAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTG-AGAAATGT-AAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
*
17656 AAGCAC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
255 AAGC-CTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * *
17720 CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGCACATATTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGC
319 CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT--ACTTA-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGC
* * * * * * *
17785 TTACCTCGAGAAATATGAAAAAAATATCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCAACA-A
380 -TACCTCGAGAAAAATGAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATA
* * * ** *
17849 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
444 -TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAATTA
* * * * * * *
17913 AA-CTTTTTAGTC-TTTTTGGTTAGAACTGATTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAACATGAAG
1 AATTTTTTTA--CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGAAG
* * *
17976 AAAAATGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCTTTATTAC
64 AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * * **
18041 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTCTTGGTTA
129 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTATATT-TTAATTA
* ** ** * * ** * ** *
18106 AAATAGGCTATACCTAAATGTCTGCCTTGGGGAACATG-AAGCGAAAGCCAACCATTGGCATG-A
192 AAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTT-GAGAA-ATGTAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
* * * * * *** * * *
18169 AAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTTTGTTTAAATGGTTTCATAAA
255 AAGCCTATTTATAGTCACCCATTG-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
* * *
18233 CT-AATAATTGTTTTTAAGTTGAATGTTTTACGTTATTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTC
319 CTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTAC-TTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-C
* * *
18297 TACCTCTAGAAAAATAAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCATCCATA
380 TACCTCGAGAAAAATGAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATA
* * *
18362 ACC-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATGTCATAATTGATTTTAAATTA
444 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAATTA
* *
18424 AATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGAAG-A
1 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGAAGAA
* **
18488 AAAGGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTTCTTCGAAAGCCTTATTACT
66 AAAGG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
18553 CGCTGTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTATATTTTAAATTAA
130 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTT-AATTAA
* *
18618 AACAGATTATAATTTAATGTCTACCTTGAGAAATGTCAAGAAAAAGACATTCATT-GAAAGAAAA
193 AACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGT-AAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
18682 GCCTATTTATAGCCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTC
257 GCCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* *
18747 AAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTAATTACCTT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATACCTA
322 AAAATTGATTTTAAGTT-GAATTT--TTA-CTTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GCTA
** * * * * * * * *
18811 ATTGGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGGTAA-AAAAGCCCTTTTATGGTCACCA-ATTC
382 CCTCGAGAAAAATGAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATA-TC
* *
18874 CTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
446 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
18917 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 803, Mismatches: 170, Indels: 67
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 4 0.00
510 24 0.03
511 422 0.53
512 77 0.10
513 79 0.10
514 50 0.06
515 141 0.18
516 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (506 bp):
AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGAAGAA
AAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTAATTAAAAC
AGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCCT
ATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTACTTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTACCTCGAGAA
AAATGAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATATCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAATTA
Found at i:20113 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19818--21089 Score: 1109
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 170
19808 NNNNNNNNNN
* * * *
19818 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA
* ** * * * *
19883 TATTTCT-CTTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATT
65 TATTTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATATT
* *
19947 CATTAGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCAA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAA
* * * *
19989 AAGCCTTATTACTCACTATAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTGTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTA
* * ** * * *
20054 TA-TTTTAGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTCAAAAAAAAGACATT
65 TATTTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATATT
* * *
20118 TATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAA
* * * * * *
20160 AAGCTTTGA-TACTCACTTTAAATATTTTTGTAGTCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAATTTAAT
1 AAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTT-TT
* * * **
20224 TACATTTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTAGAGAAACCTGAAGAAAAAGGCA
63 TATATTTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATA
** * * *
20288 TTTGTTGGTAAGAAAAGCCCT-TTTATAGTCACCTATTCTTTCAA
128 TTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAA
** * *
20332 AAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAACTTGAATTCTTTGT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-T
* * * * * *
20397 ATATTTTTA-GTTACAACATATTATAATTGAATGCCTACATCGAGAAACCT-ATAGAAAATGCCT
64 ATATTTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGA-AGAAAAAG-AT
*
20460 -TTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
127 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAA
* * * *
20504 AAGCCTTATTACT-AGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * * **
20568 -ACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATAT
65 TA-TTTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATAT
* * * ** *
20632 TGATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGGAACCTCTTCCTTCAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAA
*
20675 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA
* ** * ** * * * * ** *
20740 CATTTTT-GGTTAAAGGAGGTTATACCTAAATGTCTACC-CTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAA
65 TATTTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACCTGAAGAAAAAGATAT
* * * * * ** **
20803 CCATTGGCACGAAATA-CCCATTTATGGTCACTCAAGCCTTTGA
129 TCATTGGCAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAA
*** * * * *
20846 AAGCCTTATTACTTGGTTTAAAT-GATTTCATAAACT-AATAATTGTTTTTAAGATGAATATTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTG-A-ATTTT
* * * * * * * * * *
20909 TTACATTATT-CGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAAG
62 TTATATTTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGAT
* * *
20973 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATACTTTCAA
127 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAA
* ** * * * *
21018 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTCA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-A
*
21083 CATTTTT
65 TATTTTT
21090 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 179, Indels: 76
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 27 0.03
171 436 0.49
172 404 0.46
173 16 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT
ATTTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCATTCCTTCAA
Found at i:20583 original size:343 final size:337
Alignment explanation
Indices: 19818--21089 Score: 1203
Period size: 343 Copynumber: 3.7 Consensus size: 337
19808 NNNNNNNNNN
* * *
19818 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * * *
19883 TATTTCTCTTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTC
66 CATTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-GATTC
* * * * *
19948 ATTAGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACAC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAAA
130 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAC
* *
20012 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTGTTTTATA-TTTTAGGTTAAAACATATTA
194 AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTA-GTT-AAACATATTA
* ** * * *
20076 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTCAAAAAAAAGACATTT-ATTGGCATGAAAAGTCTATTT
256 TAATTGAATGTCTA-CTCGAGAAACATC-AAGAAAAG-CCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
*
20140 ATAGTCACCCATTGCTTCAA
318 ATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * ** * * * **
20160 AAGCTTTGA-TACTCACTTTAAATATTTTTGTAGTCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAATTTAAT
1 AAGCCTT-ATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTT
* * *
20224 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCT-AGAGAAACCTGAAGAAAAAGGCA
64 TACATTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGG-A
** * * * *
20288 TTTGTTGGTAAGAAAAGCCCTTTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
127 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * *
20353 ACGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAACTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTACAACATAT
192 ACAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TATATTTTTAGTTA-AACATAT
* * *
20418 TATAATTGAATGCCTACATCGAGAAACCT-ATAGAAAATGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTTTAT
254 TATAATTGAATGTCTAC-TCGAGAAACATCA-AGAAAA-GCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
20482 TTATAGTCACCCATTCCTTCAA
316 TTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
20504 AAGCCTTATTACT-AGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCA-CGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * ** *
20568 ACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATT
65 ACATTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-GATT
* * ** * * *
20633 GATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGGAACCTCTTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAAT
129 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAC
* * * **
20698 AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAGGAGGTTAT
194 AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAA-CATATTAT
** * * * * *** * * *
20763 ACCTAAATGTCTACCCTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTGGCACGAAATA-CCCATTTA
257 AATTGAATGTCTACTCGA-GAAACATCAAG-AAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAA-AGTCTATTTA
* * ** **
20827 TGGTCACTCAAGCCTTTGA
319 TAGTCACCCATTCCTTCAA
** * * * * * * *
20846 AAGCCTTATTACT-TGGTTTAAATGATTTCATAAACTAATAATTGTTTTTAAGATGAATATTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACG-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTT
* * * * *
20910 TACATTATTCGTTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAAGAT
64 TACATTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGGAT
* * * * *
20975 TCATTGGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
128 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * *
21040 CGGTTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTCACATTTTT
193 CAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTT
21090 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 762, Mismatches: 142, Indels: 51
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 5 0.01
342 167 0.22
343 462 0.61
344 123 0.16
345 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
AAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
CATTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAG
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAACATATTATAATT
GAATGTCTACTCGAGAAACATCAAGAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAA
Found at i:21721 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 21349--22745 Score: 1023
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 168
21339 GAACAAATAA
* * * * * * * * ** *
21349 TTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAAGAGACTGTAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAAAATCAA
1 TTGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAA
* * * * * *
21414 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCATTCATACCCTCAAAAGCCTTATTG
65 GAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
21479 CTCGCTTTACATAATTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAG
129 CTCACTTTA-A-AAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
21521 TTGAATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTT-TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAA
* * * * * *
21586 GAAAAGGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTTATTCCGTCGAAAGCCTTATTA
65 GAAAA-GACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* *
21651 CTCACTATAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAG
129 CTCACTTTAAAA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
21692 TTGAATTGTTTTACATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGT-AA
1 TTGAATTTTTTTACATTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAA
* * ** * * * * *
21756 AAAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTTAAAAGCCTTGTTA
65 GAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
21821 CTCATTTTAAATATTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
129 CTCACTTTAAA-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* ** * ** * * ** * * *
21862 TTTAAATTTAATTACTTTTTTAGTTAAAATGGATTATAATTCAATGTCTAACTGGAAAAATGAGA
1 -TTGAATTTTTTTAC-ATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTG-
* * * * * * * * *
21927 AAAAAAAGATATTCGTTGGTAAAAAAAG-CTCTTTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAG
63 AAGAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
21991 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTGA-TTTAGAT
127 TACTCACTTTAAA-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AG
* * * * * * *
22034 TTGAATTTTTTGTATATTTTTGATTAAAGCAGATTATAATTAAATATTTACC-TCAAGCAAC---
1 TTGAATTTTTT-TACATTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACGTG
* * * * * *
22095 -A-TAAAG---TTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTACAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
63 AAGAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
22155 ACTAACGTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGG
128 ACTCACTTTAAA-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
22197 TTGAATTTTTTAACCTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATATTTACCTT-GGAAAATGTGA
1 TTGAATTTTTTTA-CATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAG-AAACGTGA
** ** * *
22261 AGAAAAAGGTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATT
64 AG-AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
22326 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAG
128 ACTCACTTTAAA-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * ** ** ** * * *
22368 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGGCTATACCTGAATGTCTGTCTT-GGAGAACATAA
1 TTGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGA-AACGTGA
* * ** * * ** *
22432 AGCGAAAGCCAACCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATGGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
64 AG-AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
*** * * *
22497 ACTTGGTTTAAATAGTTTCATAAACTAATAATT-ATTTTTAAG
128 ACTCACTTTAAA-AGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAG
* * * * **
22539 TTGAATATTTTTACATTATT-GATTAAAAGAGACTAGAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAAAATG
1 TTGAATTTTTTTACATT-TTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACGTG
* * * *
22602 AAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCA-TCTATAT-CATCAAAAGCCTT
63 AAGAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AT-TCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
22665 ATTACTCGCTTTCAATGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAG
125 ATTACTCACTTTAAAAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
22710 TTGAATTTTTTTATATTTCTGGTTAAAACAGATTAT
1 TTGAATTTTTTTACATTT-TAGTTAAAACAGATTAT
22746 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 967, Mismatches: 215, Indels: 87
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 29 0.03
163 89 0.09
164 4 0.00
166 5 0.01
167 1 0.00
168 4 0.00
169 1 0.00
170 103 0.11
171 502 0.52
172 219 0.23
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTGAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAAG
AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
Found at i:22628 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 21349--22745 Score: 1177
Period size: 342 Copynumber: 4.1 Consensus size: 336
21339 GAACAAATAA
* * * * * *
21349 TTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAAGAGACTGTAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAAAATCAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TCTTGAG---AA-C-A
* ** *
21414 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCATTC-ATACCCTCAAAAGCCTTATT
60 TAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAAT-CCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * * *
21478 GCTCGCTTTACATAATTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCT-A
124 ACTCGGTTTAAAT-AGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGA
** * *
21542 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAAG-AAAAGGATATTCATTGGCA
188 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-T-AGAAAAATGAAGAAAAAAGATATTCATTGGTA
* * * * * * *
21606 AGAAAAGTCTATTTATAATCACTTATTCCGTCGAAAGCCTTATTACTCACTATAAAAGGTTTTAT
251 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
*
21671 AATCTCATAATTGATTTTGAG
316 AATCTCAAAATTGATTTTGAG
* ** *
21692 TTGAATTGTTTTACATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA-ATGTAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TCTTGAGAACA--T--
** * * * * * *
21756 AAAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTTAAAAGCCTTGTTA
61 -AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * * *
21821 CTCATTTTAAATATTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTTAA-ATTTAATTAC-TTTTTT
125 CTCGGTTTAAATAGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATATTT--TTACATTTTTG
** * * * * *
21883 AGTTAAAATGGATTATAATTCAATGTCTAACTGGAAAAATGAGAAAAAAAAGATATTCGTTGGTA
187 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAAAAATGA-AGAAAAAAGATATTCATTGGTA
* * * * * *
21948 AAAAAAG-CTCTTTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATAGTTTTA
251 AGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
22012 TAATCTTAAAATTGATTTAGAT
315 TAATCTCAAAATTGATTTTGAG
* * * * * **
22034 TTGAATTTTTTGTATATTTTTGATTAAAGCAGATTATAATTAAATAT-TTACCTCAAGCAACAT-
1 TTGAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT--CTTGAG-AACATA
* * * *
22097 --AAAG--TTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTACAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
62 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
22158 AAC-G-TTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTAACCTTTTTG-G
127 --CGGTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT-ACATTTTTGAG
* * * * * * *
22219 TTAAAACATATTATAATTGAATATTTACCTTGGAAAATGTGAAG-AAAAAGGTATTCATTGATAA
189 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAGAAAA-ATGAAGAAAAAAGATATTCATTGGTAA
* *
22283 GAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
252 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
*
22348 ATCTCAAAATTGATTTTTAG
317 ATCTCAAAATTGATTTTGAG
* ** **
22368 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGGCTATACCTGAATGTCTGTCTTGGAGAACATAAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TCTT-GAGAACATAAA
** * ** * * *
22433 GCGAAAGCCAACCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATGGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
64 ---AAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
22498 CTTGGTTTAAATAGTTTCATAAACTAATAATT-ATTTTTAAGTTGAATATTTTTACATTATTGA-
125 CTCGGTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGA-TTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGAG
* * * *
22561 TTAAAAGAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGTAA
189 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT--AGAAAAATGAAGAAAAAAGATATTCATTGGTAA
* * * * *
22625 GAAAAGTCCATTTACAGTCA-TCTATAT-CATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGATTTTA
252 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
22688 TAATGTCATAATTGATTTTAAG
315 TAATCTCAAAATTGATTTTGAG
* *
22710 TTGAATTTTTTTATATTTCTGGTTAAAACAGATTAT
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
22746 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 837, Mismatches: 168, Indels: 99
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
333 34 0.04
334 129 0.15
335 97 0.12
336 3 0.00
337 6 0.01
339 4 0.00
340 12 0.01
341 41 0.05
342 410 0.49
343 98 0.12
344 2 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCTTGAGAACATAAAAA
AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGT
TTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGAGTTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAAAAATGAAGAAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
TTGATTTTGAG
Found at i:27264 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26781--27281 Score: 535
Period size: 172 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
26771 NNNNNNNNNN
* *
26781 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTT-ACATTTTTAGTTAAAATGGATTATAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTT-TTTGACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAAT
* * * * * * ** *
26845 TAAATATCTAGCTCGATAAATGTGAAGAAAAA-GTCATTCGTTGGTAGGAAAAACCCTTTTATAG
64 TGAATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
26909 TCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTT
128 TCACATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAAACGATTT
* * * ** *
26953 TATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTTTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTG-ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
* * ** * * * * * *
27018 GAAT-GCTTACATCGAGAAACCTAAAGAAAATGCCT-TTCATTGCCAAAAAAAGTTCATTTATAG
65 GAATATC-TACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAG-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
27081 TCATCA-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGATTT
128 TCA-CATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAAACGATTT
* * * * *
27125 TATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTGACCTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
* * *
27190 AATATCTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCA
66 AATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*
27255 CATATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTC
131 CATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
27282 CTTTAAANNN
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 57, Indels: 19
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.02
171 100 0.38
172 155 0.59
173 1 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
AATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAAACGATTT
Found at i:30557 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 29686--30771 Score: 988
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 169
29676 NNNNNNNNNN
* * * *
29686 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTGACGTTTTTGG
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGG
* * * ** * *
29751 TTAGAACATATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGGTATTCATTGGCAAGA
66 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
*
29816 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAACCTTA
131 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTA
* *
29855 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTG
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTG
** * ** * * **
29920 GTTAAGAA-AGGCTATAATTGAATGTCTGCCAT-GGGGAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTGGC
65 GTTAA-AACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGC
* * *** **
29983 ACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAAATTTTGAAAGCCTTA
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTA
*** * * * *
30026 TTACTTGGTTTAAATGGTTTCATAAACT-AATAATT-ATTTTTAAGTTGAATGTTTCTACATTTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGA-TTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTT
* * * * * * *
30089 TGGTTGAAACAGACTAGAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGC
63 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGC
* *
30154 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAAC-TTCAAAAGCCTTA
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCTTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * *
30197 TTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATGTCATAATTAATTTTAGGTTAAATTTGTTTATATTTTGG
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTTG
* * * * *
30262 GTTACAATAGATTATAATTAAATGTCCACCTTAAGAAACATGAAG-AAAGG-ATAGTCATTGGCA
65 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGCAT--TCATTGGCA
* * * * *
30325 AGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCTATTGC-TTCAAAAGGCTGA
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTA
* * * *
30367 TTGCTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAATTTATTTACATTTTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTT-TTTACATTTTT
* * * * ** *
30432 GTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATAGCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTTGTTGGTA
64 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCA
*
30497 AGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTA
128 AGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
30539 TGACTCAC-TTATAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTC
1 TTACTCACTTTA-AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTT-TACATTTT
* * * * * * * * * *
30603 TCGTTAAAAAAGATTATAATTGAAAGTTTACCTCGAGAAACGTCACGAAAAGGTCTTTCATTGGT
63 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGG-CATTCATTGGC
* * *
30668 AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTA
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
30711 TTACTCACTGTAAAAGCTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTATTTTACATT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATT
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 145, Indels: 56
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 48 0.06
170 138 0.19
171 333 0.45
172 212 0.29
173 8 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGG
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTA
Done.