Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398631.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1917.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.28, C:0.09, G:0.10, T:0.26
Warning! 4178 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2107 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1736--2620 Score: 694
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 169
1726 AATGCGCTTA
* * * * * *
1736 TCTTGTCAATGAATGGA--TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTTAAATATAATCTAATTT
1 TCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCCCAA-GAAAACATTCAAATATAATATATTTT
* * * * ** *
1799 AACCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAAATTGTAAAACCATTTAAAGCGAG
64 AATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAG
* * * ***
1864 TAGTAAGAG-TTTTAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACANN
129 TAATAAG-GCTTTTGAAGG-ATAGGTGACTATAAATGGACTTT
******** * * * * *
1906 NNNNNNNNAT-AATGACTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGACAGACATTTAAAAATAATATGTTTTA
1 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGA-AAACATTCAAATATAATATATTTTA
** * ** * * ***
1970 ATCAAAAATAAAAAAAAATT-AATTTAAAATTGATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGT
65 ATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGT
* * **
2034 AATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTTTAGGTGGACTTT
130 AATAAGGCTTTTGAAGG-ATAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
2075 TCTAGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGTAAAA-ATTTAAATATAATCTATTTT
1 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCC-AAG-AAAACATTCAAATATAATATATTTT
* * * * * ** *
2139 AATCCAAAATGT-TAAAGATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGACTGTAAAACCATTTAAAGCGAG
64 AATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAG
* * * *
2203 TAATAAGGGTTTTGAAGGTTTGAGTGACTAGAAATGGACTTT
129 TAATAAGGCTTTTGAAGGATAG-GTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * **
2245 TCTTGCCAGTGGAA-GGCTTTTACTTCATGTTTCTCAAAACAAACATTCAATTATTTTATATTTT
1 TCTTGCCAAT-GAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGA-AAACATTCAAATATAATATATTTT
* * * * **
2309 AATAAAAAATGTGAGAAAATTAAACTTAAAATTGATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAG
64 AATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAG
* * *
2374 TAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATATATAGACTTT
129 TAATAAGGCTTTTGAAGG-ATAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** *
2416 TCTTGCGAATGAATGACTTTTGT-TACACGTTTTCAAAAGAAAACATTCAATTATAATATATTTT
1 TCTTGCCAATGAATGACTTTT-TCTTCATG-TTTCCCAAGAAAACATTCAAATATAATATATTTT
* * *
2480 AATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAAG
64 AATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAG
* *
2545 TAATAAGGCTTTTAAAGGCAT-GTGGGACTATAAATGGACTTT
129 TAATAAGGCTTTTGAAGG-ATAG-GTGACTATAAATGGACTTT
* ** *
2587 TCTTAG-TAACAAATTACTTTTTCTTCATGTTTCC
1 TCTT-GCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCC
2621 TAAGGCAAGC
Statistics
Matches: 556, Mismatches: 139, Indels: 40
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 84 0.15
170 226 0.41
171 232 0.42
172 10 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGAAAACATTCAAATATAATATATTTTAA
TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTA
ATAAGGCTTTTGAAGGATAGGTGACTATAAATGGACTTT
Found at i:2380 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1736--2590 Score: 643
Period size: 170 Copynumber: 5.0 Consensus size: 169
1726 AATGCGCTTA
* *** * * * *
1736 TCTTGTCAATGAATGGA-TTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAAACATTTAAATATAATCTAATTT
1 TCTTGCCAATGAAT-GACTTTTCTTCATGTTTCTC-AAAAAAAACATTCAATTATAATATATTTT
* * * * ** *
1799 AACCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAAATTGTAAAACCATTTAAAGCGAG
64 AATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAG
* * ***
1864 TAGTAAGAG-TTTTAAAGGCT-T-AGGTGACTATAAATGGACANN
128 TAATAAG-GCTTTTGAAGG-TATGA-GTGACTATAAATGGACTTT
******** * * * * * * ** *
1906 NNNNNNNNAT-AATGACTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGACAGACATTTAAAAATAATATGTTTTA
1 TCTTGCCAATGAATGAC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAAAAAAACATTCAATTATAATATATTTTA
** * ** * * ***
1970 ATCAAAAATAAAAAAAAATT-AATTTAAAATTGATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGT
65 ATCAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGT
* * * **
2034 AATAAGGCTTTCGAAGGAAT-AGGTGACTTTAGGTGGACTTT
129 AATAAGGCTTTTGAAGGTATGA-GTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
2075 TCTAGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGTAAAA-ATTTAAATATAATCTATTTT
1 TCTTGCCAATGAATGA-CTTTTCTTCATGTTTCTCAAA-AAAAACATTCAATTATAATATATTTT
* * * * * ** *
2139 AATCCAAAATGTTAAAGATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGACTGTAAAACCATTTAAAGCGAGT
64 AATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGT
* * *
2204 AATAAGGGTTTTGAAGGTTTGAGTGACTAGAAATGGACTTT
129 AATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * **
2245 TCTTGCCAGTGGAA-GGCTTTTACTTCATGTTTCTCAAAACAAACATTCAATTATTTTATATTTT
1 TCTTGCCAAT-GAATGACTTTT-CTTCATGTTTCTCAAAAAAAACATTCAATTATAATATATTTT
* * * **
2309 AATAAAAAATGTGAGAAAATTAAACTTAAAATTGATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAG
64 AATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAG
* * *
2374 TAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATATATAGACTTT
128 TAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
2416 TCTTGCGAATGAATGACTTTTGTTACACGTTT-TCAAAAGAAAACATTCAATTATAATATATTTT
1 TCTTGCCAATGAATGACTTTTCTT-CATGTTTCTCAAAA-AAAACATTCAATTATAATATATTTT
* * *
2480 AATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAAG
64 AATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAG
* * * *
2545 TAATAAGGCTTTTAAAGGCATGTGGGACTATAAATGGACTTT
128 TAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT
2587 TCTT
1 TCTT
2591 AGTAACAAAT
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 131, Indels: 35
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 83 0.15
170 229 0.43
171 221 0.41
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TCTTGCCAATGAATGACTTTTCTTCATGTTTCTCAAAAAAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
TCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT
Found at i:4103 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 3836--4153 Score: 302
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
3826 NNNNNNNNAT
* * * * *
3836 GAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAGGGCTTTTAAATGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTGAAAACGAGTAATAGGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * *
3901 TTATCTTGCCAGCAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCTAAA-CAGACATTCAATTATAATATAT
66 TTATCTTGCCAGCAGATGACTTTTGCTTCATGTTTGCC-AAAGCAAACATTCAATTATAATATAT
3965 TTTAACTAAAAATATAAACGAATNNNNNNNNNNATTGATTAC
130 TTTAACTAAAAATATAAACGAAT----------ATTGATTAC
* * * * *
4007 GAGATTATAAAATCATTGAAAGCGAGTACTATGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAGTGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTGAAAACGAGTAATAGGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
4072 TT-TTTTAGCCA--ATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTGCCAAAGCAAATATTCAATTATAATTT
66 TTATCTT-GCCAGCA-G-ATGACTTTTGCTTCATGTTTGCCAAAGCAAACATTCAATTATAATAT
* * *
4134 GTTTTAAGTAAAAATGTAAA
128 ATTTTAACTAAAAATATAAA
4154 AAAATCAACT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 20, Indels: 8
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 7 0.06
171 115 0.93
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
GAGATTATAAAACCATTGAAAACGAGTAATAGGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
TTATCTTGCCAGCAGATGACTTTTGCTTCATGTTTGCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATT
TTAACTAAAAATATAAACGAATATTGATTAC
Found at i:4245 original size:170 final size:158
Alignment explanation
Indices: 4055--4381 Score: 458
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 158
4045 CAAAGGCATG
* *
4055 GGTGACTATAAGTGGACTTTT-TTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTGCCAAAGCAAAT
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTGCCAAAGCAAAC
**
4119 ATTCAATTATAATTTGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATCAGATTA
65 ATTCAATTATAATACGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATCAGATTA
*
4184 TAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCNNNNNNNNNNNNA
130 TAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC------------A
*
4225 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAAGCAAACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTGCCAAAGCAAACA
* *
4290 TTCAATTATAATACGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAATCAACTTCAAATCAATTATGAGATTAT
66 TTCAATTATAATACGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATCAGATTAT
4355 AAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
131 AAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
4382 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 8, Indels: 2
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 146 0.99
171 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (158 bp):
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTGCCAAAGCAAACA
TTCAATTATAATACGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATCAGATTAT
AAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCA
Found at i:7578 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6779--7646 Score: 636
Period size: 169 Copynumber: 5.1 Consensus size: 170
6769 NNNNNNNTAT
* * * * * * *
6779 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGTGTAATAAGTC-TT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTT
* * * * * *
6843 CAAAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCGTGCCAAT-AACTAGG-TTTTTCTTCATGTTT
66 CAAAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA-T-GGCTTTTTCTTCATATTT
* * ** * *
6906 CTTGAGATAGAGTTTCAATTATAAT-T-TTTTAAACCAAAAATT
128 CTCGAGGTAGAAATTCAATTATAATATGTTTT-AACTAAAAATG
** * * * * * * *
6948 TTAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAGCAAGTAATATGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTT
* * * * * * * **
7013 CTAAGGCATGGTTGACTATAAATGGAC-TTTCTT-TAGAATGAGTGACTTTTTTTTCACGTTTC-
66 CAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCT
* * * * * *
7075 CTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-TCAAAAACG
130 C-GAGGTAGAAATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATG
* * * * * * * **
7117 TAAAACATTCAACTT-AAATGC-ATTAATAAAATTATAAAACCACTTAAAGCAAGAAATAAGGCT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATT-ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTTATAAGGCT
* * * * *
7180 TCGTC--AAGCATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAGGGCTTTTTCCTCATGTT
64 T--TCAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATT
* * * *
7243 TCTTGAGGTAGAAATTCAATAATAATCTATTTTAACTAAAAATG
127 TCTCGAGGTAGAAATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATG
* * *
7287 TAAAAAGAACTT-TACTTATAATCGATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTTATAAGGC
1 -AAAAA-AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTTATAAGGC
* ** *
7351 TTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAAGTCAATGAATGGCGTTTTCTTCATATTT
63 TTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTT
* * *
7416 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAGATG
128 CTCGAGGTAGAAATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATG
* **********
7459 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTT
** * * * * * * *
7524 TGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCACA-TGCTC
66 CAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTC
* *
7588 GAGGTAGATATTCAA-TATTAATCA-GTTTTAACCAAAAATG
131 GAGGTAGAAATTCAATTA-TAAT-ATGTTTTAACTAAAAATG
7628 AAAAAAATTCAACTTAAAA
1 AAAAAAATTCAACTTAAAA
7647 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 552, Mismatches: 121, Indels: 52
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 48 0.09
169 199 0.36
170 159 0.29
171 13 0.02
172 124 0.22
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTT
CAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTC
GAGGTAGAAATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATG
Found at i:10087 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 9910--10375 Score: 447
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 168
9900 ACTTTTCTCT
9910 CCAATGGATGACTTTTGTTTCATGTTTCCTATGGTAGACATTATATTATAACATATTTTAATAAA
1 CCAATGGATGACTTTTGTTTCAT-TTTCCTATGGTAGACATTA-ATTATAACATATTTTAATAAA
* * * *
9975 AAGTATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAAGTATCAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATGA
64 AA-TATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
10040 GGCTTTCGAAAGTATGAGTGACTATAAACAGAGTCTTCTTG
128 GGCTTGCGAAAGCAGGAGTGACTATAAACAGACTCTTCCTG
* * * *** *
10081 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTCCTAAGACGGACATCTAAATATAATC-TATTTTAATAA
1 CCAATGGATGACTTTTGTTTCA-TTTTCCTATGGTAGACAT-TAATTATAA-CATATTTTAATAA
* * * * **
10145 ACAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATCTAAAGTAAGTAATA
63 A-AATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * ** *
10210 AGGCTTGCGAAGGCAGGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTG
127 AGGCTTGCGAAAGCAGGAGTGACTATAAACAGACTCTTCCTG
* * * * * * *
10252 TCAATGAATGA-TATTTTTTTCATATTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTCTAATG
1 CCAATGGATGACT-TTTGTTTCAT-TTTCCTAT-GGTAGACATT-AATTATAACATATTTTAAT-
* *
10315 AAAAACT-TAAAAAAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAG
61 AAAAA-TAT-AAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
10376 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 49, Indels: 24
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 213 0.91
172 18 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
CCAATGGATGACTTTTGTTTCATTTTCCTATGGTAGACATTAATTATAACATATTTTAATAAAAA
TATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTGCGAAAGCAGGAGTGACTATAAACAGACTCTTCCTG
Found at i:10588 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10403--10710 Score: 372
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
10393 NNNNNNGTGA
** * ** *
10403 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT-TGCTTCACT-TTTCTTAAGGGAAACATTC
1 CTATAAATCAACTTTTCCTACCAATAAATGGCTTTCT-CTTCA-TGTTTCCTAAGGGAAACATTC
* * * * * * *
10466 AATTATAATCTGTTTTAACCAATAATATAAAAGATTTCAGCTTAAA-TCAAT-ATGAGATTATAA
64 AAATATAATATGTTTT-ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTCAATAATAAGATTATAA
*
10529 AACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGCAG
128 AACCACTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGCAG
* **
10572 CTATAAATCAACTTTTCCTACCAATAAATGGCTTTCTCTTCATGTTTCCTAAGGTATGCATTCAA
1 CTATAAATCAACTTTTCCTACCAATAAATGGCTTTCTCTTCATGTTTCCTAAGGGAAACATTCAA
* * *
10637 ATATATTATGTTTTACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATTAATAAGATTATAAAAC
66 ATATAATATGTTTTACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTCAATAATAAGATTATAAAAC
*
10702 TACTTAAAG
131 CACTTAAAG
10711 CGANNNNNNN
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 21, Indels: 7
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 25 0.22
169 67 0.59
170 22 0.19
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CTATAAATCAACTTTTCCTACCAATAAATGGCTTTCTCTTCATGTTTCCTAAGGGAAACATTCAA
ATATAATATGTTTTACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTCAATAATAAGATTATAAAAC
CACTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGCAG
Found at i:11843 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11420--14063 Score: 2125
Period size: 171 Copynumber: 15.5 Consensus size: 171
11410 ATGTTTTTTA
* * * * * * * * *
11420 TTAAAACAGATTATATTTGATTGTATGCCTCAAGAAATATGTAGAAAAAGCCATTCAATGGTAAC
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * *
11485 AAAAGTCTATTTATCA-TCGCCCATGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
66 AAAAGTCCATTTAT-AGTCACTCATG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * **********
11548 AATCGCATAATTGTTTTTAAGTTTG-ATTTTTTNNNNNNNNNNG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * * * *
11591 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG--AG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
********* * * * *
11654 ANNNNNNNNNNCTTATAGTCACTCATGCATTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAATTGGTGTTAT
66 A--AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
11719 AATCTCATAATTGACTTTAACTTTAATATTTTTATAATTTTGG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * **
11762 CTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTTTATTAACCA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATT-GGCA
* * * ** * * *
11826 A-AAAAGTCCATTTATAGTTAC-CTATGCCCTAC-AAAGCCTTATTACTCATTTTTAATAGTTTA
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
11888 ATAATCTCATTATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * ** * * * ** * * **
11933 TTAAAATAGATTATATTTCG-ATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAAATCGTTTATTGATA
1 TTAAAACAGATTATAATT-GAATGTCTGCCTTAAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * * *
11997 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCCAAAGCCTTATTAATTGC-TTAAATGGTTTTAT
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
12061 AATTTCATCATTAATTCTAAGTT-AATTTTTTTTATATTGTTAG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGG
* * * * ** * * * * * *
12104 TTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCATGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * *
12169 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTTAAG-TTTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTT-CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * **
12233 ATCTAATTAGTGATTTTAATTTGATTTTTTTTACATTTTTAC
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * * *
12275 CTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGGCTCT-AGAACCATAAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
** * * * * * * *
12339 GAAAAGTTAATTTACAGTTAC-CTATGCCTTCCG-AAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTAGTTTTG
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * ** *
12402 TATTTTTATTAA-TGAGTTTAAGGTGAATTTTTTTACGTTTTTAG
128 TAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * * * * *
12446 TTAAAATAGATTACATTTGAGTGTCTGCCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
12511 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGCTTTTATA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
** *
12575 ATCTCATTGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTCTTGG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * *
12617 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * ** * *
12682 AAAAGTTCATTTATAGTCACTTAAGTTTTTAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
12747 TCTAATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * * * * * *
12788 CTAAAACATATTATTACTGAATGTCTGCCTCAGGATACATGAAGGAAAAGCCATTCATTGACAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
12853 AAAAGTCTATTTACAGTCACCCATGCCTTTCG-AAGCCTTATTACTTGCTTTCAGTAGTTTTATA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
12917 ATCTTATTAA-TGAATTCAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAG
130 ATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * * * * *
12959 TGAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTTAAGAAAAAGTCAGTCATTGGTAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
13024 AAAAGTCCATGTATAGTCACACTTGCTTTCTAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*
13089 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTGG
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * ** *
13129 TTAAAACTGATTA-ATATTGAATATCTGCCTTGAG-CATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGATTATA-ATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * *
13192 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
13257 ATCTCATAATTGATTTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTAGG
130 ATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GG
* * * * *
13300 -TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAATGCCATTCATTGGCATG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * **
13364 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAAGCCCTATAACTTGCTTTAAATTATTTTATAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
13429 TCTCATAATCGATTTTAA---G--TTTTTTTACATTTTTGG
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * * *
13465 TTAAAATAGATTATTATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
13530 AAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCTTTACGAAA-TCTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTT-CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * ** *
13594 ATCTTATTAA-TGCA-TTTAAGTTGAATGTTTTTACGTTTTTAG
130 ATCTCA-TAATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * *
13636 TTAAAACAGATTATATTTGAATATCTGCCTTAGGAAACGTG-AGAAAAAAGCCACTCATT--CTA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGC-A
* * * * * *
13698 AAAAAAATCCATTTATAGTTAAC-CATGCTTTAGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAACTTGTTTTA
64 AGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
13762 TAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGT
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GG
* ** ** * * *
13807 TTAAAA-AAATTATAATTGAAACTCTATCTCAGGAAACATGAAG-AAAA-CCTAGTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGGCAA
* * *
13869 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTC-AAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-GCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * **
13933 AATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTAT-TTTTTTA
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * * * * * *
13975 TTAAAAAAAATTATAATTGAATGTTTGTC-TCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
*
14039 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
14064 ATCTTCAAAN
Statistics
Matches: 1964, Mismatches: 442, Indels: 135
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 9 0.00
166 121 0.06
167 9 0.00
168 9 0.00
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173 4 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
Found at i:15063 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 14864--15610 Score: 593
Period size: 170 Copynumber: 4.4 Consensus size: 169
14854 ACAATACAAG
* *
14864 AAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT-AAACCATCTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAA
* * * *
14928 AGGTA-GGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTATCAATGAAT-GCTATTT-TTTCATGTTTTCTA
66 AGGCATGG-GTGACTATAAATGAACTTTTCCTACCAATAAATGGCT-TTTCTTTCA-GTTTTCTA
* * *
14990 AGGCAGACGTTCAATTATAATATGTTCTAATGAAAAACTTAAA
128 AGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAACATAAA
* * * *
15033 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATATAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAA
* * * * * ** * *
15098 ATGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTT-ACTTTTCTTCA
66 AGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTACCAATAAATGGCTTTT-CTTTCAGTTTTC-TAA
* * * * * * *
15162 GGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAATAATATAAA
129 GGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAACATAAA
* * * *
15204 AGAATTCACCTT-AAATCAA-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGT--GTAATAAGGCTTTG
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCT-AAA-GTAAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
15265 GAAGGTATGGGCGACTATAAATCAACTTTTTCTACCAATAAATGGCTTTTTCTTTGC-GTTTCCT
64 AAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTACCAATAAATGGC-TTTTCTTT-CAGTTTTCT
* * * * *
15329 AAGGTAGGCATTCAAATATATTATGTTTTACTAAAAACATAAA
127 AAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAACATAAA
* * * ** * * *
15372 AAAATTCAACTTAAATTC-ATTAATAAGATTATAAAACTA-CTTAAAGCGAGTTATAAAGCTTTA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATT-ATGAGATTATAAAACCATC-TAAAGTAAGTAATAAGGCTTTC
** * * * *
15435 AAAGGCATAAGTGACTATAAATGAATTTTTCTTACCAATAAATGGTTGTTTC-TTCACGTTTTCA
64 AAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTACCAATAAATGGCT-TTTCTTTCA-GTTTTCT
* * * * * *
15499 AAGCCAGAGATACAATTATAATCTATTTTAAGTAAAAAAGATAAA
127 AAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-T-AAAAACATAAA
* * * * * * * * *
15544 AAAATTTAACTTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCATGTAATAAGGGTTTTAA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAA
15609 AG
66 AG
15611 ACTTAAGCGA
Statistics
Matches: 452, Mismatches: 101, Indels: 47
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 22 0.05
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172 65 0.14
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAA
AGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTACCAATAAATGGCTTTTCTTTCAGTTTTCTAAGG
CAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAACATAAA
Found at i:15087 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 14323--15610 Score: 662
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 169
14313 NNNNNNNNNN
* * * * * *
14323 TATAATCTGTTTTAATAAAAAACATAGCAAAAA-TCAACTTAAATTC-ATTAATAAAATTGTAAA
1 TATAATATGTTTTAAT-AAAAACATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-ATGAGATTATAAA
* * ** * * **
14386 ACTATTTGAAACGAGTGATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTGTAAATGAATTTTTGTTGA-C
63 ACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCT-ACC
* * * *
14450 AATAAATGGCATTTTCTTT-ACGTTTCCTGAGGAAGATATTCAAT
127 AATAAATGGC-TTTTCTTTCA-GTTTTCTAAGGCAGACATTCAAT
* * * * *
14494 TATAATTTATTTTAAGTAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAC
1 TATAATATGTTTTAA-TAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
************** * * ** * *
14559 TATTTAAANNNNNNNNNNNNNNTTTCGAATGCATAAGTGGCTATAAATAAACTTTTCTCT-CCAA
65 TATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTC-CTACCAA
** * * * * *
14623 TGGATGGCTTCTGTTTCATGTTTCCTCTCA--TAGAAATT-ATAT
129 TAAATGGCTTTTCTTTCA-GTTT--TCTAAGGCAGACATTCA-AT
* * * * * *
14665 TATAATATATTTTAACAAAAA-ATGTAACAAAATTTAACTTAAAATTAAGTATGAGATTATAAAA
1 TATAATATGTTTTAATAAAAACA--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * ** *
14729 CTATTTAAAGA-GAGTAATGAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAACAGAA-TCATCTTACC
64 CTATTTAAA-ACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGAACTTTTCCTACC
* * * ************** *
14792 AATAAATGACTTTTGC-TTGACTTTTCCNNNNNNNNNNNNNNAAA
127 AATAAATGGCTTTT-CTTTCAGTTTT-CTAAGGCAGACATTCAAT
* * * * *
14836 TATAATCTATTTTAACAAACA-ATACAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT-AAA
1 TATAATATGTTTTAATAAAAACATA-AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *** * * * *
14899 CCATCTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTA-GGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTATCA
64 CTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG-GTGACTATAAATGAACTTTTCCTACCA
* *
14963 ATGAAT-GCTATTT-TTTCATGTTTTCTAAGGCAGACGTTCAAT
128 ATAAATGGCT-TTTCTTTCA-GTTTTCTAAGGCAGACATTCAAT
* *
15005 TATAATATGTTCTAATGAAAAACTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
1 TATAATATGTTTTAAT-AAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * *
15070 TATATAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
65 TATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTACCAAT
** * * * *
15135 GGATGGCTTTTACTTT-ACTTTTCTTCAGGGAAACATTCAAT
130 AAATGGCTTTT-CTTTCAGTTTTC-TAAGGCAGACATTCAAT
* * * * * * *
15176 TATAATCTGTTTCAACCAATAATATAAAAGAATTCACCTT-AAATCAA-TATGAGATTATAAAAC
1 TATAATATGTTTTAA-TAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * ** * * * *
15239 CATTTAAAACGTGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGGGCGACTATAAATCAACTTTTTCTACCAAT
65 TATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTACCAAT
* * * *
15304 AAATGGCTTTTTCTTTGC-GTTTCCTAAGGTAGGCATTCAAA
130 AAATGGC-TTTTCTTT-CAGTTTTCTAAGGCAGACATTCAAT
* * * *
15345 TATATTATGTTTTACTAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTC-ATTAATAAGATTATAAAAC
1 TATAATATGTTTTAATAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-ATGAGATTATAAAAC
* * * * * ** * *
15409 TACTTAAAGCGAGTTATAAAGCTTTAAAAGGCATAAGTGACTATAAATGAATTTTTCTTACCAAT
65 TATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTACCAAT
* * * * *
15474 AAATGGTTGTTTC-TTCACGTTTTCAAAGCCAGAGATACAAT
130 AAATGGCT-TTTCTTTCA-GTTTTCTAAGGCAGACATTCAAT
* * * * * *
15515 TATAATCTATTTTAAGTAAAAAAGATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATTAGATTATAAAA
1 TATAATATGTTTTAA-T-AAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
15580 CTATTTAAAGC-ATGTAATAAGGGTTTTAAAG
64 CTATTTAAAACGA-GTAATAAGGCTTTCAAAG
15611 ACTTAAGCGA
Statistics
Matches: 830, Mismatches: 238, Indels: 97
0.71 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 22 0.03
169 164 0.20
170 270 0.33
171 295 0.36
172 74 0.09
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TATAATATGTTTTAATAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTACCAATA
AATGGCTTTTCTTTCAGTTTTCTAAGGCAGACATTCAAT
Found at i:15517 original size:339 final size:340
Alignment explanation
Indices: 14836--15601 Score: 775
Period size: 339 Copynumber: 2.3 Consensus size: 340
14826 NNNNNNNAAA
* * * * * *
14836 TATAATCTATTTTAA-CAAACAATACAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT-AAA
1 TATAATCTATTTCAAGCAAAAAAGATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATGAGATTATAAAA
* * ** *
14899 CCATCT-AAA-GTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAGGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTATC
65 CCATTTAAAACGT--GTAATAAGGCTTTCGAAGGTAGGAGCGACTATAAATCAACTTTTCCTACC
* * * *
14962 AATGAATGCTATTTTTTCATGTTTTCTAAGGCAGACGTTCAATTATAATATGTTCTAATGAAAAA
128 AATAAATGCTATTTTTTCA-GTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTCTAATGAAAAA
* * * *
15027 CTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATATAAAATGAGTAATAAGGC
192 CATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATATAAAACGAGTAATAAAGC
* * ** * * ** *
15092 TTTCAAATGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTTACTTTT
257 TTTAAAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTACTTCACTTTT
** ** *
15157 CTTCAGGGAAACATTCAAT
322 CTAAAGCCAAACATACAAT
* * * * * *
15176 TATAATCTGTTTCAA-CCAATAATATAAAAGAATTCACCTT-AAATCAATATGAGATTATAAAAC
1 TATAATCTATTTCAAGCAAAAAAGATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATATGAGATTATAAAAC
* *
15239 CATTTAAAACGTGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGG-GCGACTATAAATCAACTTTTTCTACCAA
66 CATTTAAAACGTGTAATAAGGCTTTCGAAGGTA-GGAGCGACTATAAATCAACTTTTCCTACCAA
* * * * * *
15303 TAAATGGCTTTTTCTTTGC-GTTTCCTAAGGTAGGCATTCAAATATATTATGTTTTACT-AAAAA
130 TAAAT-GCTATTT-TTT-CAGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTCTAATGAAAAA
* * *
15366 CATAAAAAAATTCAACTTAAATTC-ATTAATAAGATTATAAAACTACT-TAAAGCGAGTTATAAA
192 CATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-ATAAGATTATAAAACTA-TATAAAACGAGTAATAAA
* *
15429 GCTTTAAAAGGCATAAGTGACTATAAATGAATTTTTCTTACCAATAAATGG-TTGTTTCTTCACG
255 GCTTTAAAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATAAATGGCTT-TTACTTCAC-
* *
15493 TTTTC-AAAGCCAGAGATACAAT
318 TTTTCTAAAGCCAAACATACAAT
* * * *
15515 TATAATCTATTTTAAGTAAAAAAGATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATTAGATTATAAAA
1 TATAATCTATTTCAAGCAAAAAAGATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-ATGAGATTATAAAA
* * *
15580 CTATTTAAAGCATGTAATAAGG
65 CCATTTAAAACGTGTAATAAGG
15602 GTTTTAAAGA
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 64, Indels: 26
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 15 0.04
339 189 0.54
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341 13 0.04
342 33 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
TATAATCTATTTCAAGCAAAAAAGATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAACGTGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAGGAGCGACTATAAATCAACTTTTCCTACCAAT
AAATGCTATTTTTTCAGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTCTAATGAAAAACATA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATATAAAACGAGTAATAAAGCTTTA
AAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTACTTCACTTTTCTAA
AGCCAAACATACAAT
Found at i:15689 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 14864--15774 Score: 395
Period size: 170 Copynumber: 5.4 Consensus size: 169
14854 ACAATACAAG
* * ** * * * **
14864 AAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT-AAACCATCTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGA
1 AAAATTTAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAG-CAGTAATAAGGCTTTAAA
** ** * * * * * * * * *
14928 AGGTAGGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTATCAATGAATGCTAT-TT-TTTCATGTTTTCTAA
65 AGACATAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATAAATGCT-TGTTGCTTCACGATTTCAAA
* * * * *
14991 GGCAGACG-TTCAATTATAATATGTTCTAA-TGAAAAACTTAAA
129 GCCAGA-GATACAATTATAAT-TATTGTAACT-AAAAACATAAA
* * * *
15033 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATATAAAATG-AGTAATAAGGCTTTCA
1 AAAATTTAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACTAT-TTAAA-GCAGTAATAAGGCTTT-A
* ** * * * ** * * *
15097 AATG-CATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTT-TTACTTTAC-TTTTCT
63 AAAGACATAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATAAAT-GCTTGTTGCTTCACGATTTC-
** ** * * * * * * *
15159 TCAGGGAAACATTCAATTATAATCTGTT-TCAACCAATAATATAAA
126 AAAGCCAGAGATACAATTATAAT-TATTGT-AACTAAAAACATAAA
* * * * * * * **
15204 AGAATTCACCTT-AAATCAAT-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGTGTAATAAGGCTTTGGA
1 AAAATTTAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTAAA
** ** * * ** *
15267 AGGTATGGGCGACTATAAATCAACTTTT-TCTACCAATAAATGGCTT-TTTCTTTGCG-TTTCCT
65 AGACATAAGCGACTATAAATGAACTTTTCT-TACCAATAAAT-GCTTGTTGCTTCACGATTT-CA
** * * * *
15329 AAGGTAG-GCATTCAAATAT-ATTATGTTTTACTAAAAACATAAA
127 AAGCCAGAG-ATACAATTATAATTAT-TGTAACTAAAAACATAAA
* * * * * *
15372 AAAATTCAACTTAAATTCATTAATAAGATTATAAAACTACTTAAAGCGAGTTATAAAGCTTTAAA
1 AAAATTTAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTAAA
* * * * * *
15437 AGGCATAAGTGACTATAAATGAATTTTTCTTACCAATAAATGGTTGTTTCTTCACGTTTTCAAAG
65 AGACATAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATAAATGCTTGTTGCTTCACGATTTCAAAG
* * *
15502 CCAGAGATACAATTATAATCTATTTTAAGTAAAAAAGATAAA
130 CCAGAGATACAATTATAAT-TATTGTAACT-AAAAACATAAA
* * *
15544 AAAATTTAACTTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCATGTAATAAGGGTTTTAA
1 AAAATTTAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCA-GTAATAAGGCTTTAAA
* * ** * * ** *
15609 AGACTTAAGCGACTATATATGGCCTTTTCTTGCCAGTGGATAGCTT-TTGCTTCAC-ATTTCATG
65 AGACATAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATAAAT-GCTTGTTGCTTCACGATTTCA-A
* * * ** *
15672 AGGCAGATATTCAATTATAATTATTGTAACTAGCAATATAAA
128 AGCCAGAGATACAATTATAATTATTGTAACTAAAAACATAAA
* * * * ** * *
15714 AAAAATTAAATTAGAATCAATGATGGGATTGTAAAACCATTT-AAGCAAGTAATAAGGCTTT
1 AAAATTTAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTT
15775 GGAAGGCACG
Statistics
Matches: 583, Mismatches: 127, Indels: 64
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 31 0.05
169 144 0.25
170 200 0.34
171 79 0.14
172 124 0.21
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAAATTTAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTAAAA
GACATAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATAAATGCTTGTTGCTTCACGATTTCAAAGC
CAGAGATACAATTATAATTATTGTAACTAAAAACATAAA
Done.