Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397391.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1523.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27730
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.11, T:0.29
Warning! 5765 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:744 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 448--4586 Score: 3324
Period size: 171 Copynumber: 24.0 Consensus size: 171
438 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
448 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTTAGACCAGGTTATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * *
513 TTGAATGTTTGCCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCATGGAACGTCCATTTAT
66 TTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAA-GTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
576 AGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTAACTTTAAATAG
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * **
619 TTTGATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTTGTCTAAAAAAGGCTAT
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGT-TAAAACAGATTAT
* *
683 GATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
64 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
748 GGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGATTTTAAATGG
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * *
791 TTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGCT-AAATTTTTTACATTTTTGATTAAAA-A-ATGCTAT
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT--TAT
* ** * * * * * * * *
853 AATTGAATGTCTGCCTTGGGGAACATGTAGCATAAGCCA-ACAATTGACACGAAAAGTCCATTTA
64 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* ** * ** * * *
917 TAGTCACTCAAGCGTTCGGAAGCCTTGTTACTCACTCTAAATGG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * *
961 TTTTAT-ATACT-AATAATT-ATTTTTAAGCTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTA
1 TTTTATAAT-CTCAA-AATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * *
1023 CAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGT-ATTCATTGGCGAGAAAAAGTCCATTT
63 TAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTT
* * **** *
1087 ATCGTCATCCATTGGCGAGAAAAAGTCCATTTATCGT-CATCATACCTTCAAA-AG
127 ATAGTCACCCATT--CCTTCAAAAG-CC--TTAT--TAC-TC--A-CTTTAAATAG
* * * * *
1141 CTTTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTTAATGTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATT
1 TTTTA-TAATC---TCAAA-A-----T--TG---------ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * ** *
1206 TTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGCCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAGGAT-ATTCATT
45 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCATT
* * * *
1270 GGCAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAG
109 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * *
1333 TTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * ** ** * * * ** *
1398 TTGAATATCGACCTGGAGAAATGTCAA-AAAAAGGCATTCATTGGCTAGAAAAAACTATTTATAG
66 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
1462 TCATCCATTACTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTAAAAT-G
131 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * *
1502 ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAA-TTCTTTGCATAATTTTAGTTAAAGCAGATTA
1 -TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT--TTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * * * *
1566 TAATTGTATGTCAACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCTTTCATTAGCGAGAAAAGTCCATTTA
63 TAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
1631 TACTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATGG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * ** * * * *
1675 TTTTATAATATCATAATTGATTTT-AGTAAAATTTATTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * *
1739 TTGAATGTCTACTTTGAA-AAACGTGAAGAAAAACGT-ATTCATTGGCTAGAAAGGTCTATTTAT
66 TTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAA-GTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
1802 AGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA-TCACTTTAAATAG
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * *
1844 TTTTATTATCTCAAAATTGATTTTCAGTTCAGTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * ** *
1909 TTGAATGTCTAGCTTCAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
66 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
********* * *
1974 TCANNNNNNNNNNT-AAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGG
131 TCA-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * * * *
2015 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAATTTAAATTCTTTGTGCATTTTTTGTTAAAACAGACTATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * **
2080 ATTGAATGTCT-CTCTCAAGAAACATGAAG--AAAGGCATTCATTGACATGAAAAGTTTATTTAT
65 ATTGAATGTCTAC-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
2142 AGTCACCCATTCCTTC-AAAGCATTATTACTCACCTTAAATAA
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * * *
2184 TTTTATAATTTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTAAAATTTTTAGTTAGAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
*
2248 ATTGAATGTCTACCTT-AGAAA-ATGTGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTT
65 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACA--TGAAGAAAAA-GTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
2310 ATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA-
127 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAG
** * *
2355 TTTTATAAAGTCATAAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAACA--TTTGGCTAAAACAGATTAT
1 TTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * **
2417 AATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATAAAGAAAAA-TGAATTCATTGGCAAGAAAGGTTTATTTA
64 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
2481 TAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATCA-
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AG
* * * * * *
2525 TTTTATTATCTAAAAATTGATTTTCAGTTCAGTTTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACA-ATTAAT
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT-AT
* * * *** *
2589 AATTGAATGTCTACCTGAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCTTTGATTAGAAAAGTCTATTTAT
64 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
2654 AGCCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAAT-G
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * *
2696 ATTTTATAATCTTAAAATTGATTTTGAGTTCAAATTTTTTTACATTGTTTGGTTAAAACAGATTA
1 -TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAACAGATTA
* ** * * * * *
2761 TAATTGAATCTAAAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTA
63 TAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
*
2826 TAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * * ** * * *
2870 TTGTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTTATTCAAACATATTCTA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * *
2935 ATT-AATTGTCTATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTA
65 ATTGAA-TGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-GTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
2998 TAGTTACCTATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-G
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * * * * *
3041 ATTTTATAATGTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTGTA
1 -TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * ** * *
3106 ATTGAATGTCTACTTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-TATATTCATTGGCTAGAACGGTCTATTAAT
65 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
3170 AGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATAG
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * *
3213 TTTTATGATCTCATAATTGATTTT-TGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * ** * * *
3277 ATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAA-AAAACGT-ATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACA
65 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * ** ** *
3340 GTCACACATTCTTTCAAATTGAATT-TTTTTACATTTTAAATAG
130 GTCACCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACT-CACTTTAAATAG
* * *** *** *
3383 TTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAATTGAATTTTGGGATCATTTTTACCTAAAACATATTATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
** * ** * * * *
3448 ATTGAATGTCTACCTGGAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTTATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATA
65 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
3513 GTTACCCATACCTTGAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGG
130 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * *
3554 TTTTATAATCTCAAATTTGATTTCAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTAT
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * *** * *
3618 AATTGAATGTCTACCTCAAAAAAACGTGAAGAAAAGGT-ATTCATTTATAATAAAAGGCCATTTA
64 AATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* ** *
3682 TAATCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-G
* * * * *
3726 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT--TCAAAAATAGATTATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-TAAAACAGATTATA
* *
3789 ATTGAATGTCTACC-TAGAGAAA-AGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
65 ATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACA-TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* ** * ** *
3852 TAGTCACTCATTTTTTAAAAAGTATTATTACTCACTTTAAATGG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* ** * * ** * *
3896 TATTATTTTCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAAAACTTTTTACATTTTTTGGTTAAAATAGATTTT
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * * *
3961 AATTGAATGTCTGCCATAGGAAACGTGTAGAAAAAGTCACTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTGT
64 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** * * * *
4026 GGTTTCTCATTCTTTCAAAATCTTTATTACTCACTTTAAATAG
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * * *
4069 TTTTATAATCT-AATAATTGATTTCAAGTTG-ATAATTTTTGCATTTTTGGTTCAAACATACTAT
1 TTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * ** ** * **
4132 AATTAAATGTCTACCTTAAAAAATGTGAAGAAAAACG-CATTCATTGATAAGCAAAGTGTATTTA
64 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-GTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * **
4196 TAGTCACTCATTCTTTTTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * * *
4240 TCTTACAATCACAAAATTGATTTTAA-TTAGAATTTTTTGAATATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * ** * * *
4304 AATCGAATATTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAATGT-ATTCATTGGTAAGAAGAGTCTATTTA
64 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-GTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *
4368 TAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * * * * * *
4412 CTTTACAATCTCATAATTAATTTT-AGATTGAATTATTTTACATTTTTTGTTAGAACAAATTACA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * ** *
4476 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAATGT-ATTCACTAGTAAGAAAAGTGTATTTCT
65 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA-GAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
4540 GGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
4583 TTTT
1 TTTT
4587 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3170, Mismatches: 653, Indels: 290
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 5 0.00
168 45 0.01
169 159 0.05
170 765 0.24
171 924 0.29
172 784 0.25
173 312 0.10
174 9 0.00
176 3 0.00
177 1 0.00
178 3 0.00
180 8 0.00
181 7 0.00
182 2 0.00
184 2 0.00
185 3 0.00
187 1 0.00
188 3 0.00
190 1 0.00
191 10 0.00
192 8 0.00
194 3 0.00
195 1 0.00
196 4 0.00
198 2 0.00
199 5 0.00
201 85 0.03
202 14 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
Found at i:960 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 566--4509 Score: 1306
Period size: 170 Copynumber: 22.9 Consensus size: 168
556 GGCATGGAAC
** * * * *
566 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTAACTTTAAATAGTTTGATAATCTC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
* * * *
631 AAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTTGTCTAAAAAAGGCTATGATTGAATGTCT
66 ATAATTGATTTTAAGCT-AAATTTTTTACA--TTTTTGT-TAAAAAA-GCTATAATTGAATGTCT
*** *
695 ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCTTTCATTGGCAAGAAAA
126 ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCCAACATTGACAAGAAAA
* ** * *
738 GTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGATTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
*
803 ATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTACATTTTTGATTAAAAAATGCTATAATTGAATGTCTGCC
66 ATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTACATTTTTG-TTAAAAAA-GCTATAATTGAATGTCTACC
** * * * * *
868 TTGGGGAACATGTAGCATAAG-CCAACAATTGACACGAAAA
129 TTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCCAAC-ATTGACAAGAAAA
* * ** * * * *
908 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCGTTCGGAAGCCTTGTTACTCACTCTAAATGGTTTT-ATATACT
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAAT-CT
* * *
972 AATAATT-ATTTTTAAGCTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTACAATTGAATGTCT
65 CATAATTGA-TTTTAAGCTAAATT-TTTTACATTTTT-GTTAAAA-AAGCTATAATTGAATGTCT
* * * *
1036 ACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGT--ATTCATTGGCGAGAAAAA
126 ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCCA-ACATTGACAAG-AAAA
* * * **** * * * *
1079 GTCCATTTATCGTCATCCATTGGCGAGAAAAAGTCCATTTATCGTCATCATACCTTCAAA-AGCT
1 GTCCATTTATAGTCACCCA--AGCCTTCAAAAG-CC--TTAT--T-A-C-TAACTTTAAATGGTT
** * * *
1143 TTATTA-CTCAGTTTAAATAGTTTTTAATGTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTT
56 TTAAAATCTCA---T-AATTGATTTTAA-G-C-----------T-A----AATTT-TTTACATTT
* * * * ** * *
1207 TTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGCCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAGGAT--ATTCATT
98 TT-GTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-TCCA-ACATT
*
1270 GGCAAGAAAA
159 GACAAGAAAA
* * * * ** *
1280 GTCTATTTATACTCACCCATTG-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAATCT
1 GTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCT
* * * * * *
1344 CATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATA-TTATAATTGAATATCG
65 CATAATTGATTTTAAGCT-AAATTTTTTACATTTTT-GTTAAAA-A-AGCTATAATTGAATGTCT
** ** * * * * *
1408 ACCTGGAGAAATGTCAA-AAAAAG-GCATTCATTGGCTAGAAAA
126 ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCCA-ACATTGACAAGAAAA
** * * *** * * * * * *
1450 AACTATTTATAGTCATCCATTACTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTAAAATGATTTTATAATCTC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
* ** * * * ** * * *
1515 AAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTGCATAATTTTAGTTAAAGCAGATTATAATTGTATGTCAA
66 ATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTACAT--TTTT-GTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCTA
* * *** *
1580 CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCTTTCATT-AGCGAGAAAA
127 CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCCAACATTGA-CAAGAAAA
* ** * * ** * *
1622 GTCCATTTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
*
1687 ATAATTGATTTT-AG-TAAAATTTATTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTA
66 ATAATTGATTTTAAGCT-AAATTT-TTTACATTTTT-GTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCTA
* * * * * *
1750 CTTTGAA-AAACGTGAAGAAAAACGT--ATTCATTGGCTAGAAAG
127 CCTT-AAGAAACATGAAGAAAAA-GTCCA-ACATTGACAAGAAAA
* * ** * * * **
1792 GTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA-TCACTTTAAATAGTTTTATTATCTC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
* * * ** * * *
1856 AAAATTGATTTTCAGTTCAGTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAG
66 ATAATTGATTTTAAGCT-AAATTTTTTACA-TTTTTGTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCTAC
* ** * * *
1921 CTTCAGAAATGTGAAGAAAAAG-ACATTCATTGGCAAGAAAA
128 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCCA-ACATTGACAAGAAAA
********* * * *
1962 GTCCATTTATAGTCANNNNNNNNNNT-AAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCT
1 GTCCATTTATAGTCA-CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCT
* * ** * *
2026 CAAAATTGATTTCAATTTAAATTCTTTGTGCATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
65 CATAATTGATTTTAAGCTAAATT-TTT-TACA-TTTTTGTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCT
* * * *
2091 -CTCTCAAGAAACATGAAG--AAAG-GCATTCATTGACATGAAAA
126 AC-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCCA-ACATTGACAAGAAAA
** ** * * * ** * *
2132 GTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGCATTATTACTCACCTTAAATAATTTTATAATTTC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
* * * * * *
2196 ATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTAAAATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTA
66 ATAATTGATTTTAAG-CTAAATTTTTT-ACATTTTT-GTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCTA
* *
2260 CCTT-AGAAA-ATGTGAAGAAAAAGGT--ATTCATTGGCAAGAAAA
127 CCTTAAGAAACA--TGAAGAAAAA-GTCCA-ACATTGACAAGAAAA
* * ** ** *
2302 GGCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAAA-G
1 GTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTA-AAATC
* * * * * * *
2365 TCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAACA-TTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
64 TCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTT--ACATTTTTGTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCT
* * * * * *
2429 AGCTTGAGAAACATAAAGAAAAA-T-GAATTCATTGGCAAGAAAG
126 ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCCAA--CATTGACAAGAAAA
** * ** * * * ** ** *
2472 GTTTATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATCATTTTATTATCTA
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
* * * ** * *
2537 AAAATTGATTTTCAGTTCAGTTTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAA-TTAATAATTGAATGTCT
66 ATAATTGATTTTAAGCT-A-AATTTTTTACATTTTT-GTTAAAA-AAGCT-ATAATTGAATGTCT
* * * * **
2601 ACCTGAAGAAACATGAAGAAAAAG-GCATTCTTTGATTAGAAAA
126 ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCCA-ACATTGACAAGAAAA
* * * * * * *
2644 GTCTATTTATAGCCACCCATTG-CTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGATTTTATAATCT
1 GTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCT
* * * * * * * *
2708 TAAAATTGATTTTGAGTTCAAATTTTTTTACATTGTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATCTA
65 CATAATTGATTTTAAGCT-AAA-TTTTTTACATT-TTT-GTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTC
* * * * * *
2773 AAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-GCATTCATTGACAAAAAAA
125 TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCCA-ACATTGACAAGAAAA
** * * * * *
2817 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTGTATAATCTC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
* * ** * * * * * *
2882 AAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTTATTCAAACATA-TTCTAATT-AATTGTC
66 ATAATTGATTTTAAGCTAAATT-TTT-TACA-TTTTTGTT-AAA-AAAGCTATAATTGAA-TGTC
* * * * *
2945 TATCTTGATAAACATGAAGAAAAAGGT--ATTCATTGACAAAAAAA
125 TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-GTCCA-ACATTGACAAGAAAA
* * ** * * ** * * * *
2989 GTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGTT
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
* * *
3054 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTGTAATTGAATGTCTAC
66 ATAATTGATTTTAAGCTAAA-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCTAC
* * * ** * * * **
3119 TTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-TATATTCATTGGCTAGAACG
128 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCCA-ACATTGACAAGAAAA
* * * ** * * * **
3160 GTCTATTAATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATAGTTTTATGATCTC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
* * * * * * * *
3225 ATAATTGATTTT-TGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTAAATGTTTA
66 ATAATTGATTTTAAG-CT-AAATTTTTTACATTTTT-GTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCTA
** * ** *
3289 CCTTGGGAAACATGAA-AAAACGT--ATTTATTGGCAAGAAAA
127 CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCCA-ACATTGACAAGAAAA
* * ** * * ** ** * * *
3329 GTCCATTTACAGTCACACATTCTTTCAAATTGAATT-TTTTTACATTTTAAATAGTTTTATAATC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA-AGCCTTATTACTA-ACTTTAAATGGTTTTAAAATC
* ** * ** ** *
3393 TCAGAATTGATTTTAAATTGAATTTTGGGATCATTTTTACCTAAAACATA-TTATAATTGAATGT
64 TCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTT-TTA-CATTTTT-GTTAAAA-A-AGCTATAATTGAATGT
** * ** ** *
3457 CTACCTGGAGAAACGTGAAGAAAAA-AACATTTATTTG-TAAGAAAA
124 CTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCCA-ACA-TTGACAAGAAAA
* * * *
3502 GTCTATTTATAGTTACCCATA-CCTTGAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCT
1 GTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCT
* * * * *
3565 CA-AATTTGATTTCAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGT
65 CATAA-TTGATTTTAAGCT-AA--ATTTTTTACATTTTT-GTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGT
* * * * * * * *
3628 CTACCTCAAAAAAACGTGAAGAAAAGGT--ATTCATTTATAATAAAA
124 CTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGTCCA-ACATTGACAAGAAAA
* * ** ** ** * * *
3673 GGCCATTTATAATCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
* * * * *
3738 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-TCAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC
66 ATAATTGATTTTAAGCT-AAATTTTTTACATTTTTGTTAAAAA-AG-CTATAATTGAATGTCTAC
* * *
3802 C-TAGAGAAA-AGTGAAGAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAA
128 CTTA-AGAAACA-TGAAGAAAAAGTCCA-ACATTGACAAGAAAA
* * **** * ** * * *** *
3843 GTCTATTTATAGTCACTCATTTTTTAAAAAGTATTATTACTCACTTTAAATGGTATTATTTTCTT
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
* * * * * *
3908 AAAATTGATTTTAAGTTTAAAACTTTTTACATTTTTTGGTTAAAATAGATTTTAATTGAATGTCT
66 ATAATTGATTTTAAG-CT-AAATTTTTTACA-TTTTT-GTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCT
* * * * * * **
3973 GCCATAGGAAACGTGTAGAAAAAGT-CACTCATTGGGAAGAAAA
126 ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCCA-ACATTGACAAGAAAA
* * ** * ** * * * * * * *
4016 GTCCATTTGTGGTTTCTCATTCTTTCAAAATCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTA
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
* * * * *
4081 ATAATTGATTTCAAGTTGATAA-TTTTTGCATTTTTGGTTCAAACATA-CTATAATTAAATGTCT
66 ATAATTGATTTTAAGCT-A-AATTTTTTACATTTTT-GTT-AAA-AAAGCTATAATTGAATGTCT
* ** * * *
4144 ACCTTAAAAAATGTGAAGAAAAA--CGCATTCATTGATAAGCAAA
126 ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGTC-CA-ACATTGACAAGAAAA
** * ** * ** * * * * *
4187 GTGTATTTATAGTCACTCATTCTTTTTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTACAATCAC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
* * * * * * * *
4252 AAAATTGATTTTAA-TTAGAATTTTTTGAATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATCGAATATTT
66 ATAATTGATTTTAAGCTA-AATTTTTT--ACATTTTT-GTTAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCT
** * ** *
4316 ACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAATGT--ATTCATTGGTAAGAAGA
126 ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-GTCCA-ACATTGACAAGAAAA
* * ** * * *
4359 GTCTATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTACAATCTC
1 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
* * * * *
4424 ATAATTAATTTT-AGATTGAATTATTTTACATTTTTTGTTAGAACAAA-TTACAATTGAATGTCT
66 ATAATTGATTTTAAG-CTAAATT-TTTTACA-TTTTTGTTA-AA-AAAGCTATAATTGAATGTCT
* *
4487 ACCTTGAGAAACATGAAGGAAAA
126 ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
4510 TGTATTCACT
Statistics
Matches: 2970, Mismatches: 610, Indels: 385
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 11 0.00
168 40 0.01
169 174 0.06
170 768 0.26
171 756 0.25
172 711 0.24
173 314 0.11
174 22 0.01
176 5 0.00
178 1 0.00
179 4 0.00
180 5 0.00
181 8 0.00
182 1 0.00
183 9 0.00
184 1 0.00
185 1 0.00
188 1 0.00
189 11 0.00
190 1 0.00
191 7 0.00
192 9 0.00
193 5 0.00
194 1 0.00
196 5 0.00
197 1 0.00
198 2 0.00
199 5 0.00
200 4 0.00
201 73 0.02
202 13 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
ATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTACATTTTTGTTAAAAAAGCTATAATTGAATGTCTACCTT
AAGAAACATGAAGAAAAAGTCCAACATTGACAAGAAAA
Found at i:1100 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 1064--1127 Score: 128
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 32
1054 AAAAAGTATT
1064 CATTGGCGAGAAAAAGTCCATTTATCGTCATC
1 CATTGGCGAGAAAAAGTCCATTTATCGTCATC
1096 CATTGGCGAGAAAAAGTCCATTTATCGTCATC
1 CATTGGCGAGAAAAAGTCCATTTATCGTCATC
1128 ATACCTTCAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 32 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.22, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (32 bp):
CATTGGCGAGAAAAAGTCCATTTATCGTCATC
Found at i:5625 original size:340 final size:337
Alignment explanation
Indices: 4759--6229 Score: 1188
Period size: 340 Copynumber: 4.3 Consensus size: 337
4749 NNNNNNNNNN
* * * *
4759 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACG-TTGAATTTTTTTGCATTTTTGG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTA-GTTTGAATTTGTTTACATTTTTTG
* * * ** * * * *
4823 TTAGAACAAATTATAATTGAATGT-TTCCTTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAA
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGATAA
* * * * * *
4887 GAAAAGCATATTTATAATCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTACA
128 GAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATATTAAATGACTTTATA
* * * * * *
4952 ATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTACAATTGAATG
193 ATCTCATAATTGA-TTTAGATTGAAATGTTTTACATTTTTGATTAGAACAGATTATAATTGAATG
* *
5017 TCTATCCTGA-GAAACGTGAAGAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTCTAGTCACCC
257 TCTA-CCTTAGGAAACGTGAAGAAAAGG-A-TCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCC
**********
5080 ATTCCTTNNNNNNNNNNATT
318 ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
5100 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAGTTTGAATTCGTTGTATATTTTTAG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA-TTGATTTTAGTTTGAATTTGTT-TACATTTTTTG
* * * * * *
5165 TTAAAATAGATGATAATTGAATGTCTAG-CTCAAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTAATAA
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGATAA
* ********** * * *
5229 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAANNNNNNNNNNCTCGTTTTAAATGATTTTATA
128 GAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATATTAAATGACTTTATA
* * *
5294 ATCTCATAATTGATTCTAGGTTGAAATGTTTTACATTTTCGATTAGAACATATTATAATTGAATG
193 ATCTCATAATTGATT-TAGATTGAAATGTTTTACATTTTTGATTAGAACAGATTATAATTGAATG
* * *
5359 TCTGCCTTAGGAAACCTAAAGAAAAGGATCATATGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATT
257 TCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAGGATCAT-TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATT
* *
5424 CCTTCGAAAGTCTTATT
321 CCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
5441 ACTTACATTAAATGGCTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGATTGAAGTTGTTTACATTTTTTGT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAGTTTGAATTTGTTTACATTTTTTGT
* * * * *
5506 TAGAATAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGATAAGA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGA
* *
5571 AAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATATTAAATGACTTTATAAT
130 AAAGCCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATATTAAATGACTTTATAAT
* * *
5636 CTCATGATTGATTTTGTATTG-AATGTTTTTACATTTTTGTTTAGAACAGATTATAATTGAATG-
195 CTCATAATTGATTTAG-ATTGAAATG-TTTTACATTTTTGATTAGAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * *
5699 CTTACCTT-GAAAAATGTGATGAAAAAGG-TCATTTGCATGAAAAGTCCATTTATCA-TCACCAA
258 C-TACCTTAG-GAAACGTGAAG-AAAAGGATCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTAT-AGTCACCCA
*
5761 TTGCTTCAAAAGCCTTATT
319 TTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
5780 ACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATCGATTTTATTTTGAATTCTTTTTACA-TTTTTG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAATTGATTTTAGTTTGAATT-TGTTTACATTTTTTG
* * * * *
5844 CTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACAGAAAGAAAAATGCATTTATTGGTAA
64 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGATAA
* * * ********** * **
5909 GAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNATATGGTTTTATA
128 GAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATATTAAATGACTTTATA
* * * * * * * * *
5974 ATATCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTGTGCACTTTTTTG-CTAAAATAGATTATAATTGA
193 ATCTCATAATTGA-TTTAGATTGAAATGTTT-T--ACATTTTTGATTAGAACAGATTATAATTGA
* * * * * **********
6038 ATGTTTACC-TCGAGAAATGGGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTNNNNNNNNNNTCA
254 ATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAG-AAAA-GGA-TCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
* *
6102 CCCATCCCTTTAAAAGCCTTATT
315 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** *
6125 ACTCACTTTAAATAGG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCCTTGTATATTTTTT
1 ACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAATCTC-AAATTGATTTTAGTTTGAATTTGTT-TACATTTTTT
* * * *
6189 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACAT
63 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACAT
6230 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 901, Mismatches: 195, Indels: 64
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 93 0.10
340 310 0.34
341 144 0.16
342 214 0.24
343 11 0.01
344 2 0.00
345 120 0.13
346 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTGATTTTAGTTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTT
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAA
AAGCCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATATTAAATGACTTTATAATC
TCATAATTGATTTAGATTGAAATGTTTTACATTTTTGATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTA
CCTTAGGAAACGTGAAGAAAAGGATCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
AAAAGCCTTATT
Found at i:5640 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4766--6215 Score: 1029
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 171
4756 NNNACTCGCT
* * * *
4766 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACG-TTGAATTTTTTTGCATTTTTGGTTAGAAC
1 TTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GATTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAGAAC
* * * *
4830 AAATTATAATTGAATGT-TTCCTTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAG-
65 AGATTATAATTGAATGTCTGCC-TTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * *
4893 CATATTTATAATCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACA
129 C-TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATA
* * * * *
4937 TTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAA
1 TTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAGAACA
* * * * *
5002 GATTACAATTGAATGTCTATCCTGA-GAAACGTGAAG-AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
66 GATTATAATTGAATGTCT-GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* **********
5065 TATTTCTAGTCACCCATTCCTTNNNNNNNNNNATTACTCACT-
130 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TA
* * * * * *
5107 TTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTTGATTTTAGTTTGAATTCGTTGTATATTTTTAGTTAAAA
1 TTAAATGGCTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAGATTGAATTTGTT-TACATTTTTTGTTAGAA
* * * * * * **
5171 TAGATGATAATTGAATGTCTAG-CTCAAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTAATAAGAAAAG
64 CAGATTATAATTGAATGTCT-GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAG
********** * *
5235 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAANNNNNNNNNNCTCGTT
128 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATA
** * * * *
5279 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTCTAGGTTGAA-ATGTTTTACA-TTTTCGATTAGAA
1 TTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTG-TTTACATTTTTTG-TTAGAA
* * * *
5342 CATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACCTAAAG-AAAAGG-A-TCATATGGCAAGAAAAG
64 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCAT-TGGTAAGAAAAG
* * * *
5404 T-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTTACA
128 TCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATA
* * *
5448 TTAAATGGCTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGATTGAAGTTGTTTACATTTTTTGTTAGAATA
1 TTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAGAACA
* * * * *
5513 GATTATAATTGACTGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGATAAGAAAAGCCC
66 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCT
*
5578 ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATA
131 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATA
* *
5619 TTAAATGACTTTATAATCTCATGATTGATTTT-GTATTGAATGTT-TTTACA-TTTTTGTTTAGA
1 TTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-ATTGAAT-TTGTTTACATTTTTTG-TTAGA
* * * * * *
5681 ACAGATTATAATTGAATG-CTTACCTT--GAAAAATGTGATGAAAAAGG---TCATTTGCATGAA
63 ACAGATTATAATTGAATGTC-TGCCTTAGGAAACA--TGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAA
* * *
5740 AAGTCCATTTATCA-TCACCAATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-
125 AAGTCTATTTAT-AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TA
* * ** * *
5787 TTAAATGG-TTTCATAATCTCAAAATCGATTTTATTTTGAATTCTTTTTACA-TTTTTGCTTAAA
1 TTAAATGGCTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATT-TGTTTACATTTTTTG-TTAGA
* * * * *
5850 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACA-GAAAGAAAAATGCATTTATTGGTAAGAAAA
63 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATG-AAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAA
* * ********
5914 GTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATNNNNNNNN
127 GTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATA
** * * * * * * * *
5959 NNATATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCT-TTGTGCACTTTTTTGCTAAA
1 TTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATT-TGTT-TACA-TTTTTTGTTAGA
* * * * *** * * *
6023 ATAGATTATAATTGAATGTTTACC-TCGAGAAATGGGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAA
63 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAA
********** * *
6087 GTNNNNNNNNNNTCACCCATCCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACT-
127 GTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TA
* * ** * * *
6132 TTAAATAGG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCCTTGTATATTTTTTATTAAAA
1 TTAAAT-GGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTGTT-TACATTTTTTGTTAGAA
6196 CAGATTATAATTGAATGTCT
64 CAGATTATAATTGAATGTCT
6216 ACCTCAAAAA
Statistics
Matches: 1030, Mismatches: 197, Indels: 103
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 85 0.08
169 175 0.17
170 127 0.12
171 296 0.29
172 205 0.20
173 129 0.13
174 9 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAGAACA
GATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCT
ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATA
Found at i:6938 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 6927--6951 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 3.1 Consensus size: 8
6917 GAAATAAAGT
6927 AATATTAA
1 AATATTAA
6935 AATATTAA
1 AATATTAA
6943 AATATTAA
1 AATATTAA
6951 A
1 A
6952 GTAGTATATG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 17 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (8 bp):
AATATTAA
Found at i:8167 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 8115--8175 Score: 63
Period size: 22 Copynumber: 2.8 Consensus size: 22
8105 NNNNNNNAAA
*
8115 AGAGAAAGGAGAAGAAA-GAAGG
1 AGAGAAAAG-GAAGAAAGGAAGG
*
8137 A-AGGGAAAGGAAGAAAGGAAGG
1 AGA-GAAAAGGAAGAAAGGAAGG
*
8159 AGAGAAAAGGATGAAAG
1 AGAGAAAAGGAAGAAAG
8176 AGGAAGAAAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 6
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
21 8 0.25
22 23 0.72
23 1 0.03
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.41, T:0.02
Consensus pattern (22 bp):
AGAGAAAAGGAAGAAAGGAAGG
Found at i:11818 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11148--12063 Score: 664
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 169
11138 NNNNNNNNGA
* * * * * * *
11148 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTTTACGTTTCTTGAAG-TAGACATTCAGTTATAGTTT
1 ACTTTT-TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGCTAGACATTCAATTATAATCT
********** *
11212 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAANNNNNNNNNNAAATC-AATTATG-GCATTATAAAACTATTTA
64 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATT-TGAG-AATATAAAACTATTTA
* *
11275 AAGTAAGTAATG-AGGCTTTTGAAGATATAGGTTACTATAAATAG
127 AAGTGAGTAA-GAAGGCTTTTGAAGA-ATAGGTGACTATAAATAG
* * * * * **
11319 ACTTTTGTTGGCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGC-AGATATTCAATTGTAGCCT
1 ACTTTT-TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GCTAGACATTCAATTATAATCT
* * * *
11383 TTTTTAACTAAAAATGTAAAATAAATTCAACTTAAAATTAAATTTGAGACTATAAAACTATTTAA
64 GTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAAATTTGAGAATATAAAACTATTTAA
* * * *
11448 AATGAGTAATAAGGCTTTTGGAAGAATAGGTGACTATAATTAA
128 AGTGAGTAAGAAGGCTTTT-GAAGAATAGGTGACTATAAATAG
* * * *
11491 AGTCTTCTTG-CAAT---T--CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
1 ACT-TTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * *
11550 TTTTAGCCAAAAATGTACAAAGAATTCAA-TTTAAATCAAATTTGAG-ATCATAAAACCATTTAA
65 TTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAATTTGAGAAT-ATAAAACTATTTAA
********** *
11613 AGTGAGTAANNNNNNNNNNGAAGGAATAGGTGACTATAAATGG
128 AGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAA-GAATAGGTGACTATAAATAG
* * *
11656 TA-TTGTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAAAAATTCAATTATAATAT
1 -ACTT-TTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCT
* * *
11720 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAA-TCATTTA
64 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAAATTTGAGAATATAAAACT-ATTTA
*
11784 AAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGCAAT-GGTGACTATAAAAAG
127 AAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAG-AATAGGTGACTATAAATAG
* ** *
11827 ACTTTTTTAGCTAATGAATGGATTTTTCTT--TGCATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
1 ACTTTTTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG--TTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATC
* * * * * ****
11890 TGTTTTAACTAAAAATGTGAAAATATTCAACCTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACTANNNN
63 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATT-TGAGAATATAAAACTATTTA
****** * * *
11954 NNNNNNGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATGG
127 AAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAA-GAATAGGTGACTATAAATAG
* * ** * * *
11998 CCTTTTGTTGCCAATAAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTG
1 ACTTTT-TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTG
12063 T
65 T
12064 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 124, Indels: 72
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 5 0.01
165 59 0.10
166 61 0.10
167 3 0.01
168 1 0.00
169 6 0.01
170 57 0.10
171 274 0.47
172 103 0.18
173 16 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ACTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTGT
TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATTTGAGAATATAAAACTATTTAAAGT
GAGTAAGAAGGCTTTTGAAGAATAGGTGACTATAAATAG
Found at i:13697 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13372--14975 Score: 1394
Period size: 170 Copynumber: 9.4 Consensus size: 169
13362 CATTGACACG
* * * * *
13372 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAATTCAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA----TT
* * * * * * *
13437 TTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGGCTATAATTGAACGTCTACCTT-AGGGAACATGAAGCAAAAG
62 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATAAAGAAAAAG
* * ** * ** *
13501 CCATCCATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTG
126 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-ATTCCTTC
* * * * * * *
13546 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTCATAAACTAATAATTGACTTTAATTTTAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* **
13611 ACATTTTTAGTTAAAACAGA-TCATAATTGAGTGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCAT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCAT
* * ** * *
13675 TCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAACCACCCATTCCGTC
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATTCCTTC
* * ** * * * *
13716 AAATGCTTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATACTGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * * ** * *
13781 TATATTTTTGGTTAAAA-AGACTAAAATTGAATCTCGATATCGAGAAACGTAAAGAAAAA-GCTA
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGC-A
*
13844 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATTCCTTC
* * * * *
13886 AAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * * * *
13951 TGATATTTTTGGTTAGAGCTGA-TCATAATTGAATGTCTGCCTTGCA-AAACATGAAGAAAAAGG
65 T-ACATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTG-AGAAACATAAAGAAAAAGG
* * * * *
14014 TATTCATTGGCCAGAAAATTTCATTTATAGTCACCTATTTCTTC
127 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATTCCTTC
* * * *
14058 AAAAGTCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCAA-AATTCATTTTAAGTTGAATGTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTT
* * * * * * * * *
14122 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAGTGTCTGCCTTGGGTAACATGAAGTAAAA-GCT
64 TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGC-
** * * * *
14186 AACCAGTGACACA-AAAAGTCCATTTATATTCACT-TCAGCCTTC
128 ATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAT--TCCTTC
** * * * * * *
14229 GGAAGGCTTATTATTTGCTTTAAATGGTATTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTT
* * * * * *
14294 TACATTTTT-GATTAAAATAGAATA-AATTTTAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAAG
65 TACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAA-TTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAAGAAAAAGG
* * * *
14357 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCTATACCTTT
127 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATTCCTTC
* * * * *
14401 AAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTACGTTGATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * *
14465 TACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGACTGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAATGGCAT
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCAT
*
14530 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTC
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATTCCTTC
*
14571 AAAATG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTCT
1 AAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATT-T
* * * * *
14634 TTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTTTAA-TAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGG
63 TT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGG
* * *
14698 CATGCATAGGC-AGCAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTC
127 CATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTATTCCTTC
* *
14741 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
* * * * ** * *
14806 TGCATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCGAGAAATGTATAGAAAAAGCCA
65 TACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCA
* ** * *
14870 TTCATTGGGAAGAAATA-TCCATTTATAGTTTTCCATTCCTTT
129 TTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAG-TCACTATTCCTTC
* * * * * * *
14912 AAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATATCATAGTTGATTTTAAATT-AATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
14976 TGTTAAAAAA
Statistics
Matches: 1170, Mismatches: 217, Indels: 91
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 32 0.03
170 482 0.41
171 368 0.31
172 231 0.20
173 7 0.01
174 50 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTATTCCTTC
Found at i:14071 original size:342 final size:344
Alignment explanation
Indices: 13372--14977 Score: 1522
Period size: 342 Copynumber: 4.7 Consensus size: 344
13362 CATTGACACG
* * * * * *
13372 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAATTCAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTT
* * * * * * *
13437 TTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGGCTATAATTGAA-CGTCT-ACCT-TAGGGAACATGAAGCAAA
63 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATC-TCTGACCTCGA-GAAACATAAAGAAAA
* * ** * ** ** * * **
13499 AGCCATCCATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGC
126 AGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCAC
* * * * * * *
13564 TTTAAATAGTTTCATAAACTAATAATTGACTTTAATTTTAA-TTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAA
191 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGACATTTTTAGTTAAAA
* * ** * * *
13627 CAGATCATAATTGAGTGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAACT
256 AAGATCATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * *
13692 CCATTTATAACCACCCATTCCGTC
321 CCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
* * * * * *
13716 AAATGCTTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATACTGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * ** *
13781 TATATTTTTGGTTAAAA-AGACTAAAATTGAATCTC-GATATCGAGAAACGTAAAGAAAAAGCTA
66 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTCTGACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGCTA
13844 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAA
131 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * ***
13909 ATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTTTTTTGATATTTTTGGTTAGAGCTGAT
196 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGACATTTTTAGTTAAAAAAGAT
* * * * *
13974 CATAATTGAATGTCTGCCTTGCA-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCCAGAAAATTTCAT
261 CATAATTGAATGTCTACCTTG-AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
*
14038 TTATAGTCACCTATTTCTTC
325 TTATAGTCACCTATTCCTTC
* * * * *
14058 AAAAGTCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATGTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * *
14123 TACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAGTGTCTG-CCTTGGGTAACATGAAGTAAAAGCTA
66 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTCTGACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGCTA
** * * * * * ** * * **
14187 ACCAGTGACACA-AAAAGTCCATTTATATTCACTTCA-GCCTTCGGAAGGCTTATTATTTGCTTT
131 TTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
14250 AAATGGTATTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTT-ACATTTTT-GATTAAAATA
194 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGACATTTTTAG-TTAAAAAA
* * * * *
14313 GA--ATAAATTTTAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAG
258 GATCAT-AA-TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
14376 TCCATTCATAGTCACCTATACCTTT
320 TCCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
* * * *
14401 AAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTACGTTG-ATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * *
14464 TTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGACTGTCT-ACCTTGAGAAACATAAAGAAAATGGC
65 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTCTGACCTCGAGAAACATAAAGAAAA-AGC
* *
14528 -ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAA-TGCTTATTACTCACTT
129 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGT-CTTATTACTCACTT
* *
14591 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAA
193 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTG-ACATTTTTAGTTAAAAA
** * * *
14655 AGATTTTAA-TAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATGCATAGGC-AGCAAAAGT
257 AGATCATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG-AAAAGT
14718 CCATTTATAGTCACC-ATTCCTTC
321 CCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
* * *
14741 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** ** * *
14806 TGCATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGC-CTG-CCTCGAGAAATGTATAGAAAAAGCC
66 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-CTCTGACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGCT
* *** *
14869 ATTCATTGGGAAGAAATA-TCCATTTATAGTTTTCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTT
130 ATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTT
* * * *
14933 AAAAGGTTTTATAATATCATAGTTGATTTTAAATT-AATTTTTTTG
194 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTG
14978 TTAAAAAAGG
Statistics
Matches: 1025, Mismatches: 202, Indels: 73
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 177 0.17
341 220 0.21
342 343 0.33
343 227 0.22
344 56 0.05
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (344 bp):
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTCTGACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGCTA
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGACATTTTTAGTTAAAAAAGAT
CATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCTATTCCTTC
Found at i:14494 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 13372--14977 Score: 1443
Period size: 513 Copynumber: 3.1 Consensus size: 511
13362 CATTGACACG
* * * * ** *
13372 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAATTCAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAA--TTT
* * * * * * * *
13436 TTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAG-GCTATAATTGAACGTCTACCTT-AGGGAACATGAAGCAAA
63 TTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATC-ATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATAAAGAAAA
* * ** * ** * *
13499 AGCCATCCATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTGAAGCCTTGAAAA-GCCTTATTACTT
126 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAATG-CTTATTACTC
* ** * * * * * *
13562 GCTTTAAATAGTTTCATAAACT-AATAATTGACTTTAATTTTAATT-TTT-TACATTTTTAGTTA
189 ACTTTAAACGGTTTTATAATCTCAA-AATTCATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTA
* * * ** * ** *
13624 AAACAGA-TCATAATTGAGTGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTA-AG-
253 AAAAAGACT-ATAA-TAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCAACCA-TAG-ACAGC
* ** * * * * * *
13686 AAAACTCCATTTATAACCACCCATTCCGTCAAATGCTTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAC
314 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
13751 TGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAGACTAAAATTGAATCTC
378 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAAAGAATAAAATTGAATCTC
* * * *
13816 GATATCGAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
442 GATATCGAGAAACGAAAAAAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATA
13881 CCTTC
507 CCTTC
* * * * *
13886 AAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
13951 TGATATTTTTGGTTAGAGCTGATCATAATTGAATGTCTGCCTTGCA-AAACATGAAGAAAAAGGT
66 TGACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTACCTTG-AGAAACATAAAGAAAAAGGC
* * * *
14015 ATTCATTGGCCAGAAAATTTCATTTATAGTCACCTATTTCTTCAAAA-GTCTTATTACTCACTTT
130 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAATG-CTTATTACTCACTTT
*
14079 AAACGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATGT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAAAA
194 AAACGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAAT-TCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAA
* * * * * * *
14142 GGCTATAATTGAGTGTCTGCCTTGGGTAACATGAAGTAAAA-GCTAACCAGT-GACA-CAAAAAG
258 GACTATAA-TAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGC-AACCA-TAGACAGC-AAAAG
* ** * * * * *
14204 TCCATTTATATTCACTTCA-GCCTTCGGAAGGCTTATTATTTGCTTTAAATGGTATTATAAACTA
319 TCCATTTATAGTCAC--CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
14268 ATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGATTAAAATAGAATAAATTTTAATGTCTAT
382 ATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAA-AGAATAAAATTGAATCTCGAT
* * *
14333 CTTGAGAAACATGAAAAAAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCTATAC
445 ATCGAGAAAC--GAAAAAAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATAC
*
14397 CTTT
508 CTTC
*
14401 AAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTACGTTG-ATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATAGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTT
* * *
14464 TT-ACATTTTTTGTTAAAACAGA-CTATAATTGACTGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAATGG
65 TTGACATTTTTGGTTAAAACAGATC-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGG
*
14527 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAATGCTTATTACTCACTTT
129 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAATGCTTATTACTCACTTT
* *
14592 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAG
194 AAACGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAG
* * ** *
14657 ATTTTAATAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATGCATAGGCAGCAAAAGTCCAT
259 ACTATAATAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCAACCATAGACAGCAAAAGTCCAT
* *
14722 TTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
324 TTATAGTCACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * **
14787 ATTTTAGGTTGAATTGTTTTGCATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGC-CTG-CCTCGA
389 ATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAA-AGAATAAAATTGAAT-CTC-GATATCGA
* * * * * * * *** * *
14850 GAAATGTATAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAATA-TCCATTTATAGTTTTCCATTCCTTT
450 GAAACGAAAAAAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTCATAGTCACCCATACCTTC
* * * * **
14912 AAAAGTCTTATTACTCACTTTAAA-AGGTTTTATAATATCATAGTTGATTTTAAATT-AATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTT
14975 TTG
65 TTG
14978 TTAAAAAAGG
Statistics
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510 10 0.01
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Consensus pattern (511 bp):
AAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTT
TGACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCA
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAATGCTTATTACTCACTTTAA
ACGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGAC
TATAATAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCAACCATAGACAGCAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGATTAAAAAGAATAAAATTGAATCTCGATATCGAGAAACG
AAAAAAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATACCTTC
Found at i:16507 original size:20 final size:21
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16472 AGAAACATGA
16482 AGAAAAAG-CCATTCATAGGC
1 AGAAAAAGTCCATTCATAGGC
*
16502 AGAAAAAGTCCATTTATAG
1 AGAAAAAGTCCATTCATAG
16521 TCACCCATAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AGAAAAAGTCCATTCATAGGC
Found at i:17234 original size:170 final size:171
Alignment explanation
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16880 NNNNNNNNNN
* * * *
16890 AAAAAGGTATTCATTGGCATGAAAAGTCCTTTTACAGTTACTCATTCATTCCAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAATCCTTTTACAGTCACCCATTCATTCCAAAGCCTTATTAC
* * * *
16955 TCACTTTAAATGGTTTGATAATACTATAATTGATTTAAGTTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
66 TCACTTTAAATGGTTTGATAATACTATAATTGATTTAAGGTTAAACTTTTTGACATTTTTGATTA
* *
17020 AAACATATTATAATTGATTACCTAACTTGAGAAACATAAAG
131 AAACAGATTATAATTGAATACCTAACTTGAGAAACATAAAG
* * * * *
17061 AAAAAGGCATTCATTGGGAAGAAAAAT-CTATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAGGCTTTATT
1 AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAATCCT-TTTACAGTCACCCATTCATTCCAAA-GCCTTATT
* * * **
17124 ATTCACTTTAAATGGTTT-ATAAT-CTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGATGTATTTT-
64 ACTCACTTTAAATGGTTTGATAATACT-ATAATTGATTTAAGGTTAAACTTTTTGACAT-TTTTG
*** **
17186 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAAACA-AGAAG
127 ATTAAAACAGATTATAATTGAATACCTAACTTGAG-AAACATA-AAG
17231 AAAAAGGTATTCATTGGCAAG
1 AAAAAGGTATTCATTGGCAAG
17252 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 27, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAATCCTTTTACAGTCACCCATTCATTCCAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATGGTTTGATAATACTATAATTGATTTAAGGTTAAACTTTTTGACATTTTTGATTA
AAACAGATTATAATTGAATACCTAACTTGAGAAACATAAAG
Found at i:20403 original size:172 final size:160
Alignment explanation
Indices: 20162--20488 Score: 295
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
20152 AAAGAAATAA
* *
20162 GTGACTATAAATAAACTTTTCTGGCCAATTAATACCTTTTTCTTCATGTTTTACAAGGCAGACAT
1 GTGACTATAAATAAACTTTTCTGGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTACAAGGCAGACAT
* * *
20227 TCAATTAT-GATCAGCTCTAACCAATAATATCAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTCTGAG-AT
66 TCAATTATAG-TC-GCTCTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATG-GCAG
*
20290 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATANNNNNNNNNNAAGAATGG
127 TATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATA----------AAGAATGG
* * * * *
20334 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTACGTTTCT-CGATA-TCA-A
1 GTGACTATAAATAAACTTTTCTGGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTT-TAC-A-AGGCAGA
* ** * * * * *
20396 GATTCAATTATAGTCTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGGCAGT
63 CATTCAATTATAGTCGCTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGGCAGT
20461 ATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAAG
128 ATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAAG
20489 CCTTTGAAGG
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 19, Indels: 22
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
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GTGACTATAAATAAACTTTTCTGGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTACAAGGCAGACAT
TCAATTATAGTCGCTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGGCAGTATA
AAACCATTTAAAGTAAGTAATAAAGAATGG
Found at i:22767 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 22271--25682 Score: 2142
Period size: 171 Copynumber: 20.0 Consensus size: 169
22261 NNNNNNAAAG
* * ** * *
22271 AATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAA-GCATTTTGAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAA
* * * * * * * *
22334 GGAATGAGTGACTATAGATTGACTTTTCTTACCAATCAATGTCATTTTCTTTATGTTTCTCGAGG
64 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * ********** * *
22399 TAAACATNNNNNNNNNNTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
129 CAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATTTAAAAA
* * * * * ** **
22441 AA-TCAACCTAAAATTAATTATGGCATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATAG-TTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * *
22505 GTAT-AGGTGACTATGAATAGACTTTTCTTACTAGTGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
65 GAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
** * * * * *
22568 ATAGACATTAAAATCTATTCTGTTTTAATCAAAAATTTAAAAA
128 GCAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATTTAAAAA
* * *
22611 AATTTAACTTAAAATCAATTACTAGTTTATAATACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTA-TAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
** * * * ** * * * * * *
22676 GCTTAAGTGAATATAAATAGACTTTT-TGTGCCAATGGTTGGCTTTTACCTCACGTTACCCAAGA
65 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * * * * *
22740 CAGACACTAAATTATAGCCTTTTTTAATAAAAAATGAAAAA
129 CAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACAAAAATTTAAAAA
* * * * * * *
22781 AATTCAATTTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAACCGTTTAAA-CTAAGTAATAAGACTTTTGAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * ** **
22845 GAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG-CAATTAAATTCCTTTTTCTTCATGTTTAGCAAG
64 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
* * *
22909 GCAGACATT--A-TA-A-----ATTCAACCAAAAATATCAAAAA
128 GCAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAAT-TTAAAAA
* * ** ** *
22944 AATTCAACTTATAATAAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * ***
23009 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTGCGTTTCTCGATA-
65 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-A-AG
* *
23073 TC-GACATTCAATTATAGTC-TTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
128 GCAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATTTAAAAA
* ** *
23114 AATTCAACTTAAAATCAATTATGGTAGTT-TAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAAGCCTTT-GA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATAGT--TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGCTTTCGA
** * ** * * *
23177 AGGAATGAGTGGTTATAAATGGATTTTTCTTTTCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAG
63 AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
* * * * * * *
23242 GTAGACTTTGAATTATGGTCTATTTTAACCAAAAATGTCAAAA
128 GCAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATTTAAAAA
* *
23285 AATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTC-AA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTA-TAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAA
** * * * * * * * *
23349 GGCTTCAATGACTATAAATGGACTTTTCGTGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCATATTCCCCAAGG
64 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * **
23414 TAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAAATGCAAAAAAA
129 CAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC--AAAAAT--TTAAAAA
* * * * * *
23459 AATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTC-AA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAA
* * *
23523 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTCTCGATA
64 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-A-A
* * *
23588 -TC-GACATTCAATTATAGTC-TTTTTAATAAAAAATATAAAAA
127 GGCAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATTTAAAAA
* * * * *
23629 AATTCAACTTAAAATCAATTATGGTAGTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAAGCCTTT-GAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATAGT-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGCTTTCGAA
** * * *
23693 GGAATGAGTGGTTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGG
64 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * * * * *
23758 TAGACTTTCAATTATGGTCTATTTTAACCAAAAATGTCAAAA
129 CAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATTTAAAAA
* * * *
23800 AATTTAACTTAAAGTCAGTTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTC-AA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTA-TAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAA
** * * * * * * * * *
23864 GGCTTCAATGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGGCTTTTGCCTCACG-TTCCCTAAG
64 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAG
* * *
23928 GTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
128 GCAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAAT-TTAAAAA
* * * * * ** * *
23972 AATTCAATTTCAAATCAATTTTTAGATTATAAATCGTTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTC-AA
1 AATTCAACTTAAAATCAA-TTATAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAA
** * * * * * * ** *
24036 GGAATG-GAAAACTATAAATGGACATTTATTCCCAATGAACGACTTTTTCTACACATTTCCCAAG
64 GGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
* * * * * * *
24100 GTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAT
128 GCAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATTTAAAAA
* * * ** *
24143 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * *
24208 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TCTGCCTATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGT
65 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * * * * *
24272 TAGACATTTAATTAAAGTCCTTTTTAACTAAAAATGTACAAAG
129 CAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATTTA-AAAA
* * ** *
24315 AATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA-GCATTTTGAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAA
* * * ** * * * ** ** *
24378 GGAATGAATGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGTCTGTCATTTTCTTTACATTTCTTGAGA
64 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * * * *
24443 TAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAA
129 CAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATTTAAAAA
* * * * ** **
24485 AATT-AACTTAAAATCAGTTATGGCATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATAG-TTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * ** * *
24549 GTATGGGTGACTATGGATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTTCTTTACT-TTTCTCAAG
65 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAG
* * * * * * **
24612 GTAGACATTAAAATCTAATCTGTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAA
128 GCAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAAT--TTAAAAA
* * *
24657 AATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAATACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTA-TAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
** * * * * * ** * ** *
24722 GCTTAAGTAAATATAAATTGACTTTTTTTGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCA-CCTTCCCTAAGG
65 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGG
* * * * * *
24786 TAAACACTCAATTATAGCCATTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
129 CAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATTTAAAAA
* * * * * * * * ** *
24828 ACTTTAACTTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * *
24893 AAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAAT-ACCTTTTCTTTACAT-TTT-TCAAG
65 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTCTCAAG
* * *** * * *
24955 GCAGACAGTCAATTATAATAAGTTCTAACTAAAAACATCAAAAA
128 GCAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAA-TTTAAAAA
* * * * * ** * *
24999 AATTTAACCTAAAATAAATTATGAGATTATATAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * *
25064 GAATGGGTGATTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGT
65 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-
* * *
25129 C-GATATTCAAATATAGTC-TTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
129 CAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAAT-TTAAAAA
* * ** *
25170 AATT-AGACTTAAAATCAATTATGGCTGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTT-GA
1 AATTCA-ACTTAAAATCAATTATAG-TTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGCTTTCGA
* ** * * * *
25233 AGGAATGGGTGGTTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAG
63 AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
* * * * * *
25298 GTAGACATTCAATTATGGTCTGTTTTAACTTAAAATATCAAAA
128 GCAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATTTAAAAA
* * *
25341 AATTCAACCTAAAATCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTC-AA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTA-TAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAA
** * * * ** * ** *
25405 GGCTTCAGTGACTATAAATTGACTTTTCATGGTAATGAATGGCTTTTGCTTCA-CATTCCCTAAG
64 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAG
* * * *
25469 GCAGACATGT-AATTATAGCCGTTTTTAATAAAAAATGTAAAAA
128 GCAGACAT-TCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATTTAAAAA
* * * * * * * *
25512 ACATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAA
1 A-ATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
** * * **
25577 GGAATGAGAAACTATAACTGGA-TATTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTATACA--TTTCTTG
64 GGAATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT-T-CATGTTTCTCA
* * *
25639 AGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA
126 AGGCAGA-CATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATTTAAAA
25683 CAANNNNNNN
Statistics
Matches: 2544, Mismatches: 580, Indels: 234
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.00
162 5 0.00
163 113 0.04
164 5 0.00
165 2 0.00
166 3 0.00
167 3 0.00
168 3 0.00
169 42 0.02
170 650 0.26
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173 132 0.05
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175 1 0.00
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AATTCAACTTAAAATCAATTATAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCA
GACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACAAAAATTTAAAAA
Found at i:23543 original size:515 final size:513
Alignment explanation
Indices: 22939--25682 Score: 2870
Period size: 514 Copynumber: 5.3 Consensus size: 513
22929 CAAAAATATC
* * * * * *
22939 AAAAAAATTCAACTTATAATAAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
*
23004 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTGCGTTTCTC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTACGTTTCTC
** *
23069 GATATCGACATTCAATTATAGTCT-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
131 GAGGTCGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
*
23133 TATGGTAGTTTAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGAGTGGTTATAAATG
196 TATGGTAGTTTAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGAGTGGTTATAAATG
* * *
23198 GATTTTTCTTTTCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACTTTGAATTATGGTCT
261 GATTTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACTTTCAATTATGGTCT
*
23263 ATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAA
326 ATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAA
*
23328 GCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTCAATGACTATAAATGGACTTTTCGTGCTAATGAATGGCT
391 GCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTCAATGACTATAAATGGACTTTTCATGCTAATGAATGGCT
* *
23393 TTTGCTTCATATTCCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAAATGCAA
456 TTTGCTTCACATTCCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAAC-AAAAAATG--A
* *
23454 AAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
* *
23519 TCAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTCTC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTACGTTTCTC
** *
23584 GATATCGACATTCAATTATAGTCT-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
131 GAGGTCGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
23648 TATGGTAGTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGAGTGGTTATAAATG
196 TATGGTAGTTTAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGAGTGGTTATAAATG
*
23713 GACTTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACTTTCAATTATGGTCT
261 GATTTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACTTTCAATTATGGTCT
* * *
23778 ATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTTAACTTAAAGTCAGTTATTAGTTTATGAAACCATTTAAA
326 ATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAA
*
23843 GCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTCAATGACTATAAATGGACTTTTCATG-TCAATGGATGGC
391 GCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTCAATGACTATAAATGGACTTTTCATGCT-AATGAATGGC
* *
23907 TTTTGCCTCACGTTCCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATGTA
455 TTTTGCTTCACATTCCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATG-A
* * * * * * **
23967 AAAAAAATTCAATTTCAAATCAATTTTTAGATTATAAATCGTTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
* *** * * * * ** * *
24032 TCAAGGAATGGAAAACTATAAATGGACATTTATTCCCAATGAA-CGACTTTTTCTACACATTTCC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTTACGTTTCT
* ** * ** * *
24096 CAAGGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAATAATTCAACCTAAAATCAA
130 CGAGGTCGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * **
24161 TTAT-G-AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
195 TTATGGTAG-TT-TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGAGTGGTTATAA
* * * * *
24224 ATGGACTTTTTC-TGCCTATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGTTAGACATTT-AATTAA
258 ATGGA-TTTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGAC-TTTCAATTAT
* * * * * * *
24287 AGTCCT-TTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACT
321 GGT-CTATTTTAACCAAAAATGT-CAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATGAAACC
** * ** * * * * *
24350 ATTTAAAGTGAGTAATAA-GCATTTTGAAGGAATGAATGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAAT
384 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTTCAAGGCTTCAATGACTATAAATGGACTTTTCATGCTAAT
** * * * * * * ** * * *
24414 GTCTGTCATTTT-CTTTACATTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACTAAAAGT
448 GAATGGC-TTTTGCTTCACATTCCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAAT
*
24478 GT
512 GA
* * * *
24480 AAAAAAA-TTAACTTAAAATCAGTTATG-GCATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTT
* * ** * *
24543 TTAAAGGTATGGGTGACTATGGATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTTCTTTACTTTTC
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGC-TTTTTCTTTACGTTTC
* * * * * * * *
24607 TCAAGGTAGACATTAAAATCTAATCTGTTTTAACCAAAAATGCAAAAAAAAATTCAACTTAAAAT
129 TCGAGGTCGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT--ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * ** ** * ***
24672 CAATTAT--TAGTTTATAATACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTAAGTAAATA
192 CAATTATGGTAGTTTA-AA-ACCATTTAAAGTAAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGAGTGGTTA
* * ** * * * ** * * **
24735 TAAATTGACTTTTT-TTGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCA-CCTTCCCTAAGGTAAACACTCAAT
255 TAAATGGA-TTTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTC-AAGGTAGACTTTCAAT
* * * * * *
24798 TATAG-CCATTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAACTTTAACTTAAAATGAATT-TTGAGATTATAA
318 TATGGTCTA-TTTTAACCAAAAATGTCAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATGA
* * * ** * *** *** * ** *
24860 AATCGTTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCC
380 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTCAATGACTATAAATGGACTTTTCATGCT
** * ** * * ***** *
24925 AATGAATACCTTTT-CTTTACATT-TTTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATAAGTTCTAACTAAA
445 AATGAATGGCTTTTGCTTCACATTCCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAAC-AAA
*
24988 AACAT-C
508 AA-ATGA
* * * * **
24994 AAAAAAATTTAACCTAAAATAAATTATGAGATTATATAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
* * * *
25059 TGAAGGAATGGGTGATTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTACGTTTCTC
* * *
25124 GAGGTCGATATTCAAATATAGTCT-TTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-AGACTTAAAATCA
131 GAGGTCGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCA-ACTTAAAATCA
* * *
25187 ATTATGGCT-GTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGGGTGGTTATAA
194 ATTATGG-TAGTTTAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGAGTGGTTATAA
* * *
25251 ATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATGG
258 ATGGATTTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACTTTCAATTATGG
* ** * *
25316 TCTGTTTTAACTTAAAATATCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTAGTTTATGAAACCATTT
323 TCTATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATGAAACCATTT
* * * *
25381 AAAGCAAATAATAAGGCTTTTCAAGGCTTCAGTGACTATAAATTGACTTTTCATGGTAATGAATG
388 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTCAATGACTATAAATGGACTTTTCATGCTAATGAATG
* * *
25446 GCTTTTGCTTCACATTCCCTAAGGCAGACATGT-AATTATAGCCGTTTTTAATAAAAAATGTA
453 GCTTTTGCTTCACATTCCCTAAGGTAGACAT-TCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATG-A
* * * *
25508 AAAAACATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGA-TT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GACTT
* ** * * * * *
25572 TTGAAGGAATGAGAAACTATAACTGGA-TATTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTATACATTTC
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTACGTTTC
* * ** *
25636 TTGAGG-CAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA
129 TCGAGGTCGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA
25683 CAANNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
511 2 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (513 bp):
AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTACGTTTCTC
GAGGTCGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGGTAGTTTAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGAGTGGTTATAAATG
GATTTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACTTTCAATTATGGTCT
ATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAA
GCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTCAATGACTATAAATGGACTTTTCATGCTAATGAATGGCT
TTTGCTTCACATTCCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATGA
Found at i:24247 original size:21 final size:20
Alignment explanation
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24208 GAATGGGTGA
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* *
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24257 TCATGTTTCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.13, T:0.46
Consensus pattern (20 bp):
CTATAAATGACTTTTTCTGC
Found at i:24297 original size:685 final size:678
Alignment explanation
Indices: 22271--25626 Score: 2971
Period size: 685 Copynumber: 4.9 Consensus size: 678
22261 NNNNNNAAAG
* * *
22271 AATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGT-AAGCATTTTGAA
1 AATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGC-TTTTGAA
* * * * * * *
22334 GGAATGAGTGACTATAGATTGACTTTTCTTACCAATCAATGTCATTTTCTTTATGTTTCTCGAGG
65 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATG-CTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGA
* ********** * * * *
22399 TAAACATNNNNNNNNNNTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATCAACCTAAAATTAATTATG
129 TAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATA
* * * * *
22463 GCATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTAT-AGGTGACTATGAATAGAC
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* * * * * * * * *
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256 TTTTCTTATC-AATGAATGGC-TTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTATAGTCTA
* * * *
22590 TTTTAATCAAAAAT-TTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACTAGTTTAT-AATACCATTTAA
319 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATTAGTTTATAAAT-CCATTTAA
* * ** * **
22653 ACCAAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTAAGTGAA-TATAAATAGACTTTT-TGTGCCAATGGTT
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* * * * ** * * *
22715 GGCTTTTACCTCACGTTACCCAAGACAGACACTAAATTATAGCCTTTTTTAATAAAAA-ATGAAA
443 GGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAATAAAAATAT-AAA
* * * * *
22779 AAAATTCAATTTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAACCGTTTAAA-CTAAGTAATAAGACTTTTG
507 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAAGC-GAGTAATAAGACTTTTG
* * **
22843 AAGAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG-CAATTAAATTCCTTTTTCTTCATGTTTAGCA
571 AAGAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAA-TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* *
22907 AGGCAGACATT--A-TAAA----TTCAAC-CAAAAATATCAAAAA
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* * *
22944 AATTCAACTTATAATAAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAG
* * * *
23009 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTGCGTTTCTCGATAT
66 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAAT-GCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGAT
* *
23074 CGACATTCAATTATAGTCTTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-G
130 AGACATTCAATTATAGTCTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATAG
* * * * * * ** *
23137 GTAGTT-TAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGAGTGGTTATAAATGGAT
194 CT--TTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
23201 TTTTCTTTTCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACTTTGAATTATGGTCTATT
256 TTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTATAGTCTATT
*
23266 TTAACCAAAAATGT-CAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAA-CCATTTAAAG
321 TTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATTAGTTTAT-AAATCCATTTAAAG
* ** * ** *
23329 CAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTCAATGACTATAAATGGACTTTTCGTGCTAATGAATGGCTT
384 CAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGATAGAA-AACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGAATGGCTT
* * * * *
23394 TTGCTTCATATTCCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAAATGCAAAAAAA
448 TTGCTTCACATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTTTT-A-ATAAAAAT--ATAAAAA
* * *
23459 AATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTCAA
509 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTGTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAA
* * *
23523 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTTATGTTTCTCGAT
573 GAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-A-
* *
23587 A-TC-GACATTCAATTATAGTCTTTTTAA-TAAAAAATATAAAAA
635 AGGCAGACATTCAATTA-AATCTTTTTAACTAAAAAATATAAAAA
* * * * *
23629 AATTCAACTTAAAATCAATTATG-GTAGTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAAGCCTTTGAA
1 AATTCAACTTAAAATAAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAA
** * * *
23693 GGAATGAGTGGTTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGG
65 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATG-CTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGA
* * * * * *
23758 TAGACTTTCAATTATGGTCTATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTTAACTTAAAGTCAGTTATT
129 TAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTA-T
* * * * *
23823 AG-TTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTCAATGACTATAAATGGAC
192 AGCTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * * *
23887 TTTTCATGTCAATGGATGGCTTTTGCCTCACG-TTCCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTTT
256 TTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTC-AAGGTAGACATTAAATTATAGTCTAT
* * * * **
23951 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTCAAATCAATTTTTAGATTATAAATCGTTTTAAAG
320 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATTAGTTTATAAATCCATTTAAAG
* * * * * * *
24016 CGAGTAATAAGACTTTTCAAGGAATGGAAAACTATAAATGGACATTTATTCCCAATGAACGACTT
384 CAAGTAATAAGGCTTTTCAAGG-ATAGAAAACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGAATGGCTT
* * * * * *
24081 TTTCTACACATTTCCCAAGGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAATAAT
448 TTGCTTCACATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAAT
* * * * *
24146 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
512 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGAAA
* * **
24211 TGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TCTGCCTATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGTTAG
577 TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAG
* * *
24275 ACATTTAATTAAAGTCCTTTTTAACT-AAAAATGTACAAAG
641 ACATTCAATTAAA-T-CTTTTTAACTAAAAAATATA-AAAA
* *
24315 AATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT-AAGCATTTTGAA
1 AATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGC-TTTTGAA
* * * ** * * *
24378 GGAATGAATGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGTCTGTCATTTTCTTTACATTTCTTGAGA
65 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATG-CTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGA
* * * * *
24443 TAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACTAAAAGTGT-AAAAAAATTAACTTAAAATCAGTTATG
129 TAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATA
* * * * **
24507 GCATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATGGATGGACT
193 GCTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGT-TGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
24572 TTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTTCTTTACTTTTCTCAAGGTAGACATTAAAATCTAATCTGTT
257 TTTCTTATCAATGAATGGC-TTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTATAGTCTATT
*
24636 TTAACCAAAAATGCAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTAT-AATACCATTTAAA
321 TTAACCAAAAATG-TAAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATTAGTTTATAAAT-CCATTTAAA
* * * * * * **
24700 GCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTAAGTAAA-TATAAATTGACTTTTTTTGCCAATGGTTGGC
383 GCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGG-AT-AGAAAACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGAATGGC
* * * * *
24764 TTTTGCTTCAC-CTTCCCTAAGGTAAACACTCAATTATAGCCATTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
446 TTTTGCTTCACATTTCCC-AAGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAA-TAAAAATATAAAAA
* * * * *
24828 ACTTTAACTTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAA-TCGTTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTGAA
509 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-GTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAA
* *
24892 GAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATACC-TTTTCTTTACAT-TTT-TCAA
573 GAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TT-CATGTTTCTCAA
* ** * *
24954 GGCAGACAGTCAATTATAATAAGTTCTAACTAAAAACAT-CAAAAA
636 GGCAGACATTCAATTA-AAT-CTTTTTAACTAAAAA-ATATAAAAA
* * * * *
24999 AATTTAACCTAAAATAAATTATGAGATTATATAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAG
* * * *
25064 GAATGGGTGATTATAAATGAACTTTTCTTGT-CAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGG
66 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGAAT-GCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGA
* * * * *
25128 TCGATATTCAAATATAGTCTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAGACTTAAAATCAATTATG
129 TAGACATTCAATTATAGTCTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTA-ACTTAAAATCAATTATA
* * * * * * * **
25193 GCTGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATGGGTGGTTATAAATGGACT
193 GCTTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
25258 TTTCTT-TCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATGGTCTGTT
257 TTTCTTAT-CAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTATAGTCTATT
** * * *
25322 TTAACTTAAAATAT-CAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTAGTTTATGAAA-CCATTTAAAG
321 TTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA-CTTAAATCAATTATTAGTTTAT-AAATCCATTTAAAG
* * ** * **
25385 CAAATAATAAGGCTTTTCAAGGCTTCAG-TGACTATAAATTGACTTTTCA-TGGTAATGAATGGC
384 CAAGTAATAAGGCTTTTCAAGG-AT-AGAAAACTATAAATGGACTTTT-ATTGCCAATGAATGGC
* * * *
25448 TTTTGCTTCACA-TTCCCTAAGGCAGACATGT-AATTATAGCCGTTTTTAATAAAAAATGTAAAA
446 TTTTGCTTCACATTTCCC-AAGGTAAACAT-TCAATTATAGCCTTTTTTAAT-AAAAATATAAAA
* * *
25511 AACATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGA-TTTT
508 AA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTGTTTAAAGCGAGTAATAA-GACTTTT
* * ** * * * *
25574 GAAGGAATGAGAAACTATAACTGGA-TATTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCT
570 GAAGAAATGGGTGACTATAAATGAACT-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
25627 ATACATTTCT
Statistics
Matches: 2187, Mismatches: 395, Indels: 190
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
673 47 0.02
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (678 bp):
AATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAG
GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGATA
GACATTCAATTATAGTCTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATAGCT
TTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTATAGTCTATTTTAAC
CAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATTAGTTTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAA
TAAGGCTTTTCAAGGATAGAAAACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCA
CATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGAAATGGGTGACT
ATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATT
AAATCTTTTTAACTAAAAAATATAAAAA
Found at i:26596 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 26285--27724 Score: 972
Period size: 172 Copynumber: 8.4 Consensus size: 170
26275 NNNNNNNNNN
* * * ** * * *
26285 AGTTAAAACAGATTCTAATTTAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAATGCATTCATTGGCA
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCA
* * * *
26350 AGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATTGCTTCGAAAGCCTTATCT-CTAACTTTAAACGGTTTTA
66 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTAT-TACTCACTTTAAATGGTTTTA
*
26414 TAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTT
129 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATT-TTTTACATTTTT
* * *
26457 AGTTGAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGTA
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCA
* * * * * * * *
26522 AGAAAAGTCCATTTACAGTCACCAATTCTTTTAAAAGACTTATTAGTTACTTTAAATAGTTTTAT
66 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * **********
26587 AATCTCAAAATTGATCTAAATTTGNNNNNNNNNNACATTTTT
130 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-CAAATTTTTTACATTTTT
* * * * ** * *
26629 AGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAGAAAAAGGCGTTTATTGGTA
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCA
* * *
26694 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGTCTTATCACGT-ACTTTCAAT-GTTATT
66 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTT-TT
* *
26757 ATAACCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTCTTTACATTTTT
128 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTT-TTTACATTTTT
* * * *
26801 AGTTAAAACATATTATAATTGATTGCCTAGGT-AGAGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGG
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGGA-ATTCATTGG
* *
26864 CAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCACTCTTTACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAA
64 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA--C-C-C---A-TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * *************
26928 AGATTTTATAATCTCATAATTGATNNNNNNNNNNNNNTTTTTACGA-TTTT
121 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTAC-ATTTTT
* * * *** * * *
26978 -GGTAAGAACAGGTTATAATTGAATGT-TTGCCTTGGGAAACATGAA-AAAAA-AAATTTATTGA
1 AGTTAA-AACAGATTATAATTGAATGTCTAG-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGG
* * * * ** * *
27039 AAAGAAAAGTCTATTTATAGTGACCCATTCCTCGAAAAGCCTCATTACTTTCTCTAAATGTTTTT
64 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
******** *
27104 ATAATCTCAAAATTGA-TTTAANNNNNNNNNNTTTGTACATTTTT
128 ATAATCTCAAAATTGATTTTAA--GTTCAAATTTTTTACATTTTT
* * * * * * * * *
27148 TGTTAGAACAGATTATAATTGGATGTCAACCT-TAGAAAATATGAAGAAAAATGTATTCATTGGC
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGC
********* * * *
27212 AAGAAAAGTCTATTTATNNNNNNNNNNTGCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTT-AATGGTATTA
65 AAGAAAAGTCTATTTAT-AGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
27276 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTGCCAATTTTTTTATATTTTT
129 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGT-TCAAATTTTTTACATTTTT
* * * * * * * **
27319 CA-CTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACATAAATAAAAAGGCATTTATTTTC
1 -AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGC
* *
27383 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTTCTT-ATAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTT
65 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-TTCTTCA-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
27447 ATAATCTCAAAATTGAGTTAAATTTGAATTTTTTGTACTTTTTT
128 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTT-TACATTTTT
* * * *
27491 AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTGT-GCCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGGAATTCATTGGC
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAG-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGC
* ********* *
27555 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTA
65 AAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
27620 TAATCTCAAAATTGATGTTAAGTTTAAATTTTCTTACATTTTT
129 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTT-TTACATTTTT
* * * * * *
27663 TGTTAAAACAAAATGTAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACACGAAGAAAAA-GACATTCATTG
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGA-ATTCATTG
27725 AGAAGA
Statistics
Matches: 971, Mismatches: 248, Indels: 98
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 42 0.04
170 47 0.05
171 163 0.17
172 580 0.60
173 11 0.01
174 2 0.00
175 10 0.01
176 30 0.03
177 37 0.04
178 42 0.04
179 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCA
AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTACATTTTT
Done.