Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397392.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_928.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27647
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Warning! 1257 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:414 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5--5216 Score: 1392
Period size: 170 Copynumber: 30.7 Consensus size: 168
1 AACC
* * * * *
5 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAGATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAAT
* * ** **
70 ATGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAATGGATGGCTTTTACATCAT
64 AAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTTCAATAAATGGCTTTTACATCAT
* *
135 GTTTCCTAAAACAGACATTCAACTATAATATGTTTTAACA
129 GTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* * * * * *
175 AAAATTGTAAAAATATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTTCAGCGAGTAATA
1 AAAAATATAAAAAGATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAGCGAGTAATA
* *
240 AGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAGTAAACTTTTCTTGTTC-ATAAATGGCCTTTT-CTTC
65 AGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTC-T-TTCAATAAATGG-CTTTTACATC
** ** * * **
303 ATGTTTTTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGTA
127 ATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* * *
345 AAAAATATAAAAAGCTGT-AACTAAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAATGTGAGTAA
1 AAAAATATAAAAAGAT-TCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-GCGAGTAA
* * ** * **** *
409 TAAGGCTTTCA-AAGGCTTGGATGACTATAAATTTACTTTTCTTACCAATGGGGGGCTTTTGCAT
63 TAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACAT
* ** * * * *
473 CACGTTTTTTAAAGCAGACATTGAATTATAATATATTTTAAC-
126 CATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* * ********** *
515 CAAAATATAAAAAAATTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAGATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAAT
** * * * * * ** * * * * * *
580 GGGGCTCTAGAATGCATAGGTGAATATAAGTGTACTTTTCTTGCCAATGAGTGACTTTTTCTTCA
64 AAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACATCA
* * * * * *
645 TGTTTCTTGAGAA-AGACATTCAATTATAAAATATTTT-ACTT
128 TGTTTCCT-AAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAAC-A
* * ** * *
686 AAAAATGTAAAAACAATTCAACTCAAAATCAATTACAAGATTTTAAAACCATTTGAAGTGAGTAA
1 AAAAATATAAAAA-GATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAA
* * * ** ** *
751 TAAGGCTTTCA-AAGG-GTAGAGT-AGCTATAAATAGACTTTTCTTCTTGATGGATGGCTTTTGC
63 TAAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGA-CTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTAC
* * * ** * *
813 ATCATGTTTCCTAAAGCAGAGATTGGATTATAATATGTTTTTAA-A
124 ATCATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATAT-ATTTTAACA
* * * * * *
858 AAAATTGTGAAAAA-ATTCAACTTAAAATTAATTATGCA-ATTATAAAATCATTTACAGCAAGAA
1 AAAAATAT-AAAAAGATTCAAC-TAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTA-AGCGAGTA
* * * * * * * ** * *
921 ATAAAGTTTTGGAAGGCGTAGGTGACTATAAATAAAATTTTCTTACCAATAAATAACTTTTTCTT
62 ATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACAT
* * * *** * * * * *
986 TATGTCTCCCAAGGTAAATAGTCAATTATAATATGTTTT-ACC
126 CATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
*** *********
1028 AAAAAT-T----CCCTT--A--AAAATCAATTATGAGATTATAANNNNNNNNNNAGCGAGTAATA
1 AAAAATATAAAAAGATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAA-AACCATTTAAGCGAGTAATA
* * * ** * *
1084 AGGCTTTCA-AAGGC-TCGGGTGACTAAAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGATTTTGCATC
65 AGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACATC
* * * * * * *
1147 ACGTTTCCTGAAGCAGACATTCGATTATAATATATTTTAACT
127 ATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
** * * * * * * *
1189 AAAAAGGTAAAAAAATT-GACTAAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAGCTATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAGATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAAT
* * ** ** *
1253 AAGGCTTTGGAAGGCATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACATCA
64 AAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACATCA
** * * * * * * *
1318 CATTTTCTGAAGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCA
128 TGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAA-CA
* * * * * * *
1360 AAATAAT-CAATAA-ATTTAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAA-CATTCAA-C--TTAA-
1 AAA-AATATAAAAAGATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGCGAGTAAT
** ** * * * **
1418 AA----TT---A---AT-TATGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAGTGGCTTTT-TTTCA
64 AAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACATCA
* ** * * * * * * **
1471 TGTTTCCCAAGGCAAACATTCAAATGTTATTTGTTTTCATG
128 TGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* * * * * *********
1512 AAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTNNNNNNNNNNAAT
1 AAAAATATAAAAAGATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAGCGAGTAAT
* * * * *
1577 AAGGCTTTGGAAGGTATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTA-TTC
64 AAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGC-TTTTACATC
* ** * * * * **
1641 ATATTTCTCT-AGGCAGACATTCAAATATTATCTATTTTAATT
127 ATGTTTC-CTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* * * * * *
1683 AAAAATAT-AAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAAAATATAAAACTATATAAAGAGAGTAA
1 AAAAATATAAAAAG-ATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TTAAGCGAGTAA
* * * * **
1747 TAAGGCTTTAGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TTTC
63 TAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACATC
** * *** * * * * *
1811 ACATTTCCTGAGGTAAATACTCAATTATAATCA-GTTTTAACC
127 ATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAAT-ATATTTTAACA
* * ********* * *
1853 AAAAATGTAAAAAAATTNNNNNNNNNNTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAGAGCGAGCACT
1 AAAAATATAAAAAGATT-CAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AGCGAGTAAT
* * * ** * ** * **
1918 AAGGTTTTCA-AAGGCTTGGGTGACTATAATTTCACTTTT-TTACCAATGGATGACTTTTGTATC
64 AAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACATC
** ** * * *
1981 GCGTTTCCTAAAGTAGACATTCAA--ATATTATCATTTTAACT
127 ATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATAT-ATTTTAACA
* * ********** *
2022 AAAAATGTACAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATNNNNNNNNNNAAAGCAAGTAA
1 AAAAATATA-AAAAGATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAGCGAGTAA
* ** ** * *
2086 TAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATGGCTTTGT-CTT
63 TAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTT-CTTTCAATAAATGGCTTT-TACAT
* ** * * * *
2150 CACGTTT-CTCAAGCCAGACATTCAAAC-ATTATCTATTTTAACC
126 CATGTTTCCT-AAAACAAACATTC-AACTATAATATATTTTAACA
* * * *
2193 AAAGATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGGT-AAACTATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATATAAAAAGATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTT-AAGCGAGTAA
* * * ** * * * * * *
2256 CAAGGATTTAGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGATTTTTCCTT
63 TAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACATC
** * ** * * * * *
2321 ACATTTCTTAAGGCAGACTTTAAAATATAATCT-TTTTAACTA
127 ATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAAC-A
* * * * *
2363 AAAAAGTA-AAACA-ATTTAACTAAATATCAATTATGAGTTTATAAAATCATTTATAGCTAGTAA
1 AAAAA-TATAAAAAGATTCAACTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AGCGAGTAA
* * * * * ** * ** ***
2426 TTAGGCTTTGGAAGGTATTGGTGACTATACATTCACTTTTCTTGGCAATGCATGGCTTTTTGTTC
63 TAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACATC
** * * * * * * * * * *
2491 ACATTT-CTCAAGATAAATAGTCAATTATGATCTGTTCTAATA
127 ATGTTTCCT-AAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* * *
2533 AAAAATATAAAAAAATTCAACTAAATATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAGATTCAACTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAAT
** * * ** * * *
2598 AAGGCTTTCA-AAGGC-TCAAGTGACTA-AAAAAAGACTTCTCTTGTCAATGGATAGCGTTTCCA
64 AAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATAA-ACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACA
** * * * * * * * *
2660 TCACATTTGCTTAAGCAGACATTGAATTATAACATATTTTAACT
125 TCATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* * * * * * * **
2704 AAATATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTTTGAGCTTATAAAATCATTTAAAGTTAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAGATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAAT
* * * * * *
2769 ATGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTTATTAATGAATGGCTTTCT-CATC
64 AAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTT-TACATC
* * * * * **
2833 ATGTTTCCTAAAGCAGACATTTAATTATAATATGTTTTAATG
127 ATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* * **
2875 AAAATTATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGAATTTGATATCAAAAGG
1 AAAAATATAAAAAGATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA--T--T-T---AA-G
* *
2940 AATTTCAACGAGTAATAAGGCTTTAAGAAGG-ATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTGCCAAT
56 --------CGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAAT
** ** * ** * * * *
3003 AAATACCTTTT-TTTACAT-TTT-TTGAGGGTA-AAATATTCAA-TATAATCTGTTTTAATA
111 AAATGGCTTTTACAT-CATGTTTCCT-A--AAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* * * * * *
3060 AAAAATATAAAAA-ACTTTAACTAAAAAAT-AGTTATGAGATTATAAAACTACTTAAAACTAGTA
1 AAAAATATAAAAAGA-TTCAACT--AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAGCGAGTA
* * ** * ** * *
3123 ATAAGGCTTTCA-AAGG-TTAGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCTAATGGATAGCTTTTGC
62 ATAAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTTC-AATAAATGGCTTTTAC
* * *
3186 ATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTCAAGCA
124 ATCATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAA-CA
** * * *
3232 AAATGT-TAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACTATTTACAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAGATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AGCGAGTAAT
* * * * ** * * * * *
3295 GAGGCTCTAGAATGCATGGGTGAATATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAGTGGCTTTCT-CTTT
64 AAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTT-TACATC
* * * * * * * *
3359 ATGTTT-CTCAAGATAGATATTCAATTACAATATGTTTTACCTAA
127 ATGTTTCCT-AAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAAC--A
* * * * * * *
3403 AAATGTAAAAAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTACGAGATT-TGAAAATCATTTGAAGTGAG
1 AAA---AATATAAAAAGATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTT-AAGCGAG
* * ** ** * ** * **
3466 TAATAAGGCTTT-CAA-GC----GTTAAGATAGCT--ACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGG
60 TAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTAC
* * * * * * * * *
3523 ATCACGTTTTCTAAAGCAGACATTCAATTACACTATATTTTATCC
124 ATCATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* * * * * * *
3568 CAAAATGTAAAACA-CTTCAACTCAAAATTAATTATAAGATTATAAAGCCATTTGAAGCAAGTAA
1 AAAAATATAAAA-AGATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAA
* * * *
3632 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTTCA-
63 TAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGC-TTTTACAT
* * * * * * *
3696 CAT-TTGCC-AAGATAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACT
126 CATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* **
3737 AAAAATGT-AAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAA
1 AAAAATATAAAAAG-ATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAA
* * * ** * * ** * *
3801 TAAAGCTTT-GAGATGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTAAATGAATTACTTTTTCTT
63 TAAGGCTTTAGA-AGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACAT
* *** * * * * * *
3865 CATGTTTCTTAAGGTAAATAGTCAATTATAATATGTTTTAGCT
126 CATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* * * *
3908 AAAAATATAAAAAAATTCTACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAG
1 AAAAATATAAAAAGATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAAT
* * * * *** * ** * * *
3973 AAGTCTTTCA-AAGGC-TCGAGTAACTAGAAACGGA-TATTTCTTGCCAATGGATAGCATTTGCA
64 AAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATAAACT-TTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACA
* * *
4035 TCATGTTTCCTCAAACAAACATTCAATTATAATATATTTTAATA
125 TCATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
** * * ********** *
4079 AAAAATGCATAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAGATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAAT
* ** * * ** *
4143 AAGGCTTTAGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTCTCAGTGGATAGCTTTTACATCA
64 AAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACATCA
* * * * * *
4208 TGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTA
128 TGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAAC-A
** * * * * *
4250 AAATTGTAAAAGAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT--TA-C-----AGCAAGTAA
1 AAA-AATATAA-AAAGATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGCGAGTAA
* * * * * * * *
4307 TATGGCTTTGGAAGGTATGCGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTT-CTTC
63 TAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACATC
* * ** * * *
4371 ACGTTTCTTAAGGCAAACAGTCAATTATAATATATTTTAACC
127 ATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* * **********
4413 AAAAATATAAAAA-ATTTAATTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAAATATAAAAAGATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAATA
* * * * * ** * *
4477 AGGCTTTCA-AAAGC-TCGAGTGACT-TGAAATAGACATTTCTTGCCAATGGATGGATTTTGCAT
65 AGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGACTAT-AAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTTACAT
* * * * *
4539 CACGCTTT-CTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
126 CATG-TTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* ** * * * * *
4582 AATAAGGTAAAAACATTCAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAGATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAAT
* * * * * * ** *
4647 AAAGTTTTCA-AAGGCTTGGGTGACTATCAATGAGCTTTTCTTTGCAATGGATGGCTTTTGCATC
64 AAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTT-CAATAAATGGCTTTTACATC
* * * * *
4711 AAGTTT-CTAAAGCAAATATTCAACTATAATATATTTTGACC
127 ATGTTTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* * * *
4752 AAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAAAATAAATTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAA
1 AAAAATATAAAA-AGATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAGCGAGTAA
* ** * * *
4816 TAAGGCCTT-GAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATAAATGGCTTTTTCCT
63 TAAGGCTTTAG-AAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTC-TTTCAATAAATGGCTTTTACAT
* *** * * * * *
4880 CATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAGCC
126 CATGTTTCCT-AAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
* * * * * * *
4923 AGAAATATAAAAA-AGTTCAATTTAAAATTAGTAATGAGTTTATAAAACCATTTACAGCGAATAA
1 AAAAATATAAAAAGA-TTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AGCGAGTAA
* * * * * ** * * * ***
4987 TAAGGCTTTAAAAAGAATGGTTGACTATAACTGGA-TTTTTTTTACCAATGAGTGGCTTTTTTTT
63 TAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTT--CAATAAATGGCTTTTACAT
* * *** * **
5051 CACGTTT-CTCGAGGTAAATATTCAA--ATAATAT-TTGTTTTCA
126 CATGTTTCCT-AAAACAAACATTCAACTATAATATATT-TTAACA
* * * * * * *
5092 CCAAAATGTAAAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATGATATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAA
1 -AAAAATATAAAAAGATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAA
* * * * *
5157 TAAGGCTTTGGAAGGCATGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATCAATGGCTTTT
63 TAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-TCAATAAATGGCTTTT
5217 TTTTCACATT
Statistics
Matches: 3798, Mismatches: 994, Indels: 500
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
151 3 0.00
152 7 0.00
153 58 0.02
154 40 0.01
155 2 0.00
158 3 0.00
159 22 0.01
160 104 0.03
161 12 0.00
162 14 0.00
163 52 0.01
164 39 0.01
165 63 0.02
166 7 0.00
167 58 0.02
168 78 0.02
169 436 0.11
170 1262 0.33
171 1154 0.30
172 152 0.04
173 16 0.00
174 27 0.01
175 51 0.01
176 5 0.00
178 5 0.00
179 1 0.00
182 1 0.00
184 4 0.00
185 56 0.01
186 27 0.01
187 33 0.01
188 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AAAAATATAAAAAGATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGCGAGTAATAA
GGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTTCAATAAATGGCTTTTACATCATGT
TTCCTAAAACAAACATTCAACTATAATATATTTTAACA
Found at i:666 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 5--5216 Score: 1614
Period size: 341 Copynumber: 15.4 Consensus size: 339
1 AACC
* * * * * * *
5 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAACATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAAT
* ** * * * *
70 ATGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCAATGGATGGCTTTTACATCAT
65 AAGGCTTTCAAAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTGCATCAT
* * * * *
135 GTTTCCTAAAACAGACATTCAACTATAATATGTTTTAACAAAAATTGTAAAAATATTCAACTTAA
130 GTTTCCTAAAGCAGACATTGAATTATAATATATTTTAACAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAA
* ** * * *
200 ATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTTCAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTA
195 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTAGAAGGCATAGGTGAATA
* * * *
265 TAAGTAAACTTTTCTTGTTCATAAATGGCCTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAAACATTCAATTA
260 TAAGTAAACTTTTCTTGTCCATAAATGACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGAAAACATTCAATTA
** *
330 TAATCTATTTTAGTA
325 TAAAATATTTTACTA
*
345 AAAAATATAAAAAGC-TGT-AACTAAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAATGTGAGTA
1 AAAAATATAAAAA-CAT-TCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-GTGAGTA
* ** **
408 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGATGACTATAAATTTACTTTTCTTACCAATGGGGGGCTTTTGCAT
63 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCAT
* ** * *
473 CACGTTTTTTAAAGCAGACATTGAATTATAATATATTTTAACCAAAA-TATAAAAAAATTCAACT
127 CATGTTTCCTAAAGCAGACATTGAATTATAATATATTTTAACAAAAATTGTAAAAAAATTCAACT
********* * ** *
537 TANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGGGGCTCTAGAATGCATAGGTG
192 TA-AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTAGAAGGCATAGGTG
** * * * *
602 AATATAAGTGTACTTTTCTTG-CCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GAAAGACATT
256 AATATAAGTAAACTTTTCTTGTCC-ATAAATGACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGAAA-ACATT
*
665 CAATTATAAAATATTTTACTT
319 CAATTATAAAATATTTTACTA
* * ** *
686 AAAAATGTAAAAACAATTCAACTCAAAATCAATTACAAGATTTTAAAACCATTTGAAGTGAGTAA
1 AAAAATATAAAAAC-ATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAA
* * **
751 TAAGGCTTTCAAAGG-GTAGA-GTAGCTATAAATAGACTTTTCTTCTTGATGGATGGCTTTTGCA
64 TAAGGCTTTCAAAGGCATGGATG-A-CTATAAATAGACTTTTCTTC-CAATGGATGGCTTTTGCA
* * * *
814 TCATGTTTCCTAAAGCAGAGATTGGATTATAATATGTTTTTAA-AAAAATTGTGAAAAAATTCAA
126 TCATGTTTCCTAAAGCAGACATTGAATTATAATAT-ATTTTAACAAAAATTGTAAAAAAATTCAA
* * * * * * * * * *
878 CTTAAAATTAATTATGCA-ATTATAAAATCATTTACAGCAAGAAATAAAGTTTTGGAAGGCGTAG
190 CTT-AAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTAGAAGGCATAG
* * * * * * * * ** * *
942 GTGACTATAAATAAAATTTTCTT-ACCAATAAATAACTTTTTCTTTATGTCTCCCAAGGTAAATA
253 GTGAATATAAGTAAACTTTTCTTGTCC-ATAAATGACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGAAAACA
* * * *
1006 GTCAATTATAATATGTTTTAC-C
317 TTCAATTATAAAATATTTTACTA
********* *
1028 AAAAAT-T-----C---C--CTTAAAAATCAATTATGAGATTATAANNNNNNNNNNAGCGAGTAA
1 AAAAATATAAAAACATTCAAC-TAAAAATCAATTATGAGATTATAA-AACCATTTAAGTGAGTAA
* * *
1082 TAAGGCTTTCAAAGGC-TCGGGTGACTAAAAAT-GAACTTTTCTTACCAATGGATGGATTTTGCA
64 TAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGATGACTATAAATAG-ACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCA
* * * *
1145 TCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCG-ATTATAATATATTTTAACTAAAAA-GGTAAAAAAATT-G
126 TCATGTTTCCTAAAGCAGACATT-GAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATTGTAAAAAAATTCA
* * * * * * * *
1207 ACTAAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAGCTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCAT-G
189 ACT-TAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTAGAAGGCATAG
* * ** * ** * * * * * *
1271 TGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG-GCTTTCACATCACAT-TTTCTGAA-GCAG
253 -GTGAATATAAGTAAACTTTTCTTGTCCATAAATGACCTTT-TC-T-TCATGTTTCTTAAGGAAA
** * *
1333 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCA
314 ACATTCAATTATAAAATATTTT-ACTA
* * * * * * * *
1360 AAATAAT-CAATAA-ATTTAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAA-CATTCAACT---TAA-
1 AAA-AATATAAAAACATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGTGAGTAAT
* * * * **
1418 AA----TT---A---AT-TATGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAAT-GAGTGGCTTTT-TTTC
65 AAGGCTTTCAAAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGGA-TGGCTTTTGCATC
* * * * * * * * * ** *
1470 ATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAAATGTTATTTGTTTTCATGAAAAA-TGTAAAAAAACTCAACT
128 ATGTTTCCTAAAGCAGACATTGAATTATAATATATTTT-AACAAAAATTGTAAAAAAATTCAACT
* * ********** * * * *
1534 TAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTGGAAGGTATGGGTG
192 T-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTAGAAGGCATAGGTG
* * * * * * * * *
1599 ACTATAAATAAACTTTTCTTG-CCAATGAATGGCTTTTTATTCATATTTCTCT-AGGCAGACATT
256 AATATAAGTAAACTTTTCTTGTCC-ATAAATGACCTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGAAAACATT
* * ** * *
1662 CAAATATTATCTATTTTAATT
319 CAATTATAAAATATTTTACTA
* * * * * * *
1683 AAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATGAAAATATAAAACTATATAAAGAGAGTAA
1 AAAAATATAAAA-ACATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TTAAGTGAGTAA
* * * **
1747 TAAGGCTTT-AGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TTT
64 TAAGGCTTTCA-AAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCAT
** * * * * * * * * **
1810 CACATTTCCTGAGGTAAATACTCAATTATAATCA-GTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTNNN
127 CATGTTTCCTAAAGCAGACATTGAATTATAAT-ATATTTTAA-CAAAAATTGTAAAAAAATT-CA
******* * * * * * * *
1873 NNNNNNNTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAGAGCGAGCACTAAGGTTTTCA-AAGGCTTGG
189 ACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCT-AGAAGGCATAG
* * ** * ** * ** * * * *
1937 GTGACTATAATTTCACTTTT-TT-ACCAATGGATGA-CTTTTGTATCGCGTTTCCTAAAGTAGAC
253 GTGAATATAAGTAAACTTTTCTTGTCC-ATAAATGACCTTTTCT-TCATGTTTCTTAAGGAAAAC
**
1999 ATTCAA--ATATTATCATTTTAACT-
316 ATTCAATTATAAAAT-ATTTT-ACTA
* * * ********** **
2022 AAAAATGTACAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATNNNNNNNNNNAAAGCAAGTAA
1 AAAAATATA-AAAACATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAGTGAGTAA
* * * * * *
2086 TAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATGGC-TTTGTCTT
64 TAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTT-CTTCCAATGGATGGCTTTTG-CAT
* * * ** * * *
2150 CACGTTT-CTCAAGCCAGACATTCAAACATTATCTATTTTAACCAAAGA-TGT-AAAAAATTCAA
127 CATGTTTCCTAAAG-CAGACATTGAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATTGTAAAAAAATTCAA
* * * * * *
2212 CTTAAAATCAATTATGAGATTGGT-AAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGATTTAGAAGGCATTG
190 CTT-AAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTAGAAGGCATAG
* * ** * * * * * *
2276 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGA-TTTTTCCTTACA--TTTCTTAAGGCAGA
253 GTGAATATAAGTAAACTTTTCTTGTCCATAAAT-GACCTTTT-CTT-CATGTTTCTTAAGGAAAA
* * * **
2338 CTTTAAAATATAATCT-TTTTAACTA
315 CATTCAATTATAAAATATTTT-ACTA
* * * * *
2363 AAAAA-GT-AAAACAATTTAACTAAATATCAATTATGAGTTTATAAAATCATTTATAGCT-AGTA
1 AAAAATATAAAAAC-ATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AG-TGAGTA
* ** * * ** * *
2425 ATTAGGCTTTGGAAGGTATTGG-TGACTATACATTCACTTTTCTTGGCAATGCATGGCTTTTTG-
63 ATAAGGCTTTCAAAGGCA-TGGATGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGGATGGC-TTTTGC
* ** * * * * * * * * * * *
2488 TTCACATTT-CTCAAG-ATAAATAGTCAATTATGATCTGTTCTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
125 ATCATGTTTCCTAAAGCAGACAT--TGAATTATAATATATTTTAACAAAAATTGTAAAAAAATTC
* * * *
2551 AACTAAATATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGC-T
188 AACTTAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCT-AGAAGGCAT
* * ** * * ** * * * ** *
2614 CAAGTGACTA-AAAAAAGACTTCTCTTGTCAATGGAT-AGCGTTTCCATCACATTTGCTTAA-GC
251 -AGGTGAATATAAGTAA-ACTTTTCTTGTCCATAAATGA-CCTTTTCTTCATGTTT-CTTAAGGA
* * *
2676 AGACATTGAATTATAACATATTTTAACT-
312 AAACATTCAATTATAAAATATTTT-ACTA
* * * * * * * * *
2704 AAATATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTTTGAGCTTATAAAATCATTTAAAGTTAGTAAT
1 AAAAATATAAAAACATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAAT
* * ** *
2769 ATGGCTTT-AGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATAGACTTTCCTTATTAATGAATGGCTTTCT-CA
65 AAGGCTTTCA-AAGGCATGGA-TGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTT-TGCA
* * ** * *
2831 TCATGTTTCCTAAAGCAGACATTTAATTATAATATGTTTTAATGAAAATTATAAAAATATTCAAC
126 TCATGTTTCCTAAAGCAGACATTGAATTATAATATATTTTAACAAAAATTGTAAAAAAATTCAAC
**
2896 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGAATTTGATATCAAAAGGAATTTCAACGAGTAATAAGGC
191 TT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCA--T--T-T--AAA-G--------CGAGTAATAAGGC
* * * * * *
2961 TTTAAGAAGG-ATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTG-CCAATAAAT-ACCTTTTTTTACAT-
239 TCT-AGAAGGCATAGGTGAATATAAGTAAACTTTTCTTGTCC-ATAAATGACCTTTTCTT-CATG
* * ** * *
3021 TTT-TTGAGGGTAAAATATTCAA-TATAATCTGTTTTAATA
301 TTTCTT-AAGG-AAAACATTCAATTATAAAATATTTTACTA
* * * * *
3060 AAAAATATAAAAA-ACTTTAACTAAAAAAT-AGTTATGAGATTATAAAACTACTTAAAACT-AGT
1 AAAAATATAAAAACA-TTCAACT-AAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TT-TAAGTGAGT
* * * * *
3122 AATAAGGCTTTCAAAGG-TTAGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCTAATGGATAGCTTTTGC
62 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGA-TGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGC
* * * *
3186 ATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTCAAGC-AAAA-TGTTAAAAAATTCA
125 ATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTGAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATTGTAAAAAAATTCA
* * * * * * *
3249 ACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACTATTTACAGCGAGTAATGAGGCTCTAGAATGCATGG
189 ACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTAGAAGGCATAG
* ** * * * * * *
3314 GTGAATATAAATTGACTTTTCTTG-CCAATGAGTG-GCTTTCTCTTTATGTTTCTCAA-GATAGA
253 GTGAATATAAGTAAACTTTTCTTGTCC-ATAAATGACCTTT-TCTTCATGTTTCTTAAGGA-AAA
* * * *
3376 TATTCAATTACAATATGTTTTACCTAA
315 CATTCAATTATAAAATATTTTA-CT-A
* * * * * * *
3403 AAATGTAAAAAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTACGAGATT-TGAAAATCATTTGAAGTGAG
1 AAA---AATATAAAAACATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTT-AAGTGAG
* *
3466 TAATAAGGCTTTC-AA-GC---G-T---TA-AGATAGCTACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTT
61 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGACTATAAATAG--ACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTT
* * * * * * * * * *
3521 GGATCACGTTTTCTAAAGCAGACATTCAATTACACTATATTTTATCCCAAAA-TGTAAAACACTT
123 GCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTGAATTATAATATATTTTA-ACAAAAATTGTAAAAAAATT
* * * * * * * *
3585 CAACTCAAAATTAATTATAAGATTATAAAGCCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
187 CAACT-TAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTAGAAGGCAT
* * * * * * * ** * *
3650 GGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTGTCAATAAATG-GCTTTT-TTCACATTTGC-CAA-GATAG
251 AGGTGAATATAAGTAAACTTTTCTTGTCCATAAATGACCTTTTCTTCATGTTT-CTTAAGGA-AA
* **
3711 ACATTCAAATATAATCTATTTTAACT-
314 ACATTCAATTATAAAATATTTT-ACTA
* * *
3737 AAAAATGTAAAAGA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAA
1 AAAAATATAAAA-ACATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAA
* * * * * * * ** * ** * *
3801 TAAAGCTTTGAGATGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTAAATGAATTACTTTTTCTTC
64 TAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCATC
* * * * * * * * * * *
3866 ATGTTTCTTAAGGTAAATAGTCAATTATAATATGTTTTAGCTAAAAA-TATAAAAAAATTCTACT
128 ATGTTTCCTAAAGCAGACATTGAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATTGTAAAAAAATTCAACT
* * * * * *
3930 AAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGTCTTTCA-AAGGC-TCGAG
192 -TAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCT-AGAAGGCATAG-G
* ** * * * *
3993 T-AA-CT-AG-AAACGGATATTTCTTG-CCAATGGAT-AGCATTTGCATCATGTTTCCTCAA--A
254 TGAATATAAGTAAAC---T-TTTCTTGTCC-ATAAATGA-CCTTTTCTTCATGTTT-CTTAAGGA
* *
4050 CAAACATTCAATTATAATATATTTTAATA
312 -AAACATTCAATTATAAAATATTTTACTA
** * * * ********** **
4079 AAAAATGCATAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAACATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAAT
* * * * * * *
4143 AAGGCTTT-AGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTCTCAGTGGATAGCTTTTACATC
65 AAGGCTTTCA-AAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTC-CAATGGATGGCTTTTGCATC
* * * * * *
4207 ATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAATTGTAAAAGAAAAAATCAA
128 ATGTTTCCTAAAGCAGACATTGAATTATAATATATTTTAACAAAAATTGT--AA-AAAAATTCAA
* * * * * *
4272 CTTAAAATCAATTATGAGA-T-T------A-TTACAGCAAGTAATATGGCTTTGGAAGGTAT-GC
190 CTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTAGAAGGCATAG-
* * * * * *
4327 GTGACTATAAATAAACTTTTCTTG-CCAATGAATG-TCTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACA
253 GTGAATATAAGTAAACTTTTCTTGTCC-ATAAATGACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGAAAACA
* * *
4390 GTCAATTATAATATATTTTAAC-C
317 TTCAATTATAAAATATTTT-ACTA
* * ********** *
4413 AAAAATATAAAAA-ATTTAA-TTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAACATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAAT
* * * *
4476 AAGGCTTTCAAAAGC-TCGAGTGACT-TGAAATAGACATTTCTTGCCAATGGATGGATTTTGCAT
65 AAGGCTTTCAAAGGCATGGA-TGACTAT-AAATAGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCAT
* * * * * *
4539 CACGCTTT-CTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAATAA-GGTAAAAACATTCAG
127 CATG-TTTCCTAAAGCAGACATTGAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATTGTAAAAAAATTCAA
* * * * * * * *
4602 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGTTTTCA-AAGGCTTGG
190 CTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCT-AGAAGGCATAG
* * * * ** * * * * *
4666 GTGACTATCAA-TGAGCTTTTCTT-TGCAATGGATG-GCTTTTGCATCAAGTTTC-TAAAGCAAA
253 GTGAATAT-AAGTAAACTTTTCTTGT-CCATAAATGACCTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGAAAA
* * * *
4727 TATTCAACTATAATATATTTTGAC-C
315 CATTCAATTATAAAATATTTT-ACTA
* * * * * *
4752 AAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATAAATTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAA
1 AAAAATATAAAAAC-ATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAGTGAGTAA
* * * * ** * *
4816 TAAGGCCTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGT-CAATAAATGGCTTTTTCCT
64 TAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTC-T-TCCAATGGATGGCTTTTGCAT
* * * * * * * * * *
4880 CATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAGCCAGAAA-TATAAAAAAGTTCAA
127 CATGTTTCCT-AAAGCAGACATTGAATTATAATATATTTTA-ACAAAAATTGTAAAAAAATTCAA
* * * * * * * * * * *
4943 TTTAAAATTAGTAATGAGTTTATAAAACCATTTACAGCGAATAATAAGGCTTTAAAAAGAAT-GG
190 CTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTAGAAGGCATAGG
* * ** * * * * * * * ** * *
5007 TTGACTATAACTGGA-TTTT-TTTTACCAATGAGTGGCTTTTTTTTCACGTTTCTCGAGGTAAAT
254 -TGAATATAAGTAAACTTTTCTTGT-CC-ATAAATGACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGAAAAC
* * *
5070 ATTCAA--ATAATATTTGTTTTC-A
316 ATTCAATTATAAAATAT-TTTACTA
* * * * * * *
5092 CCAAAATGTAAAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATGATATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAA
1 -AAAAATATAAAAACATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAA
** **
5157 TAAGGCTTTGGAAGGCATGTG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATCAATGGCTTTT
64 TAAGGCTTTCAAAGGCATG-GATGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTT
5217 TTTTCACATT
Statistics
Matches: 3689, Mismatches: 889, Indels: 587
0.71 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
322 6 0.00
323 60 0.02
324 154 0.04
325 7 0.00
326 4 0.00
328 1 0.00
329 8 0.00
330 127 0.03
331 138 0.04
332 67 0.02
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334 64 0.02
335 46 0.01
336 46 0.01
337 70 0.02
338 124 0.03
339 329 0.09
340 530 0.14
341 895 0.24
342 371 0.10
343 145 0.04
344 48 0.01
345 34 0.01
346 11 0.00
347 3 0.00
348 2 0.00
349 3 0.00
350 2 0.00
351 1 0.00
353 1 0.00
354 2 0.00
355 44 0.01
356 149 0.04
357 28 0.01
358 28 0.01
359 9 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (339 bp):
AAAAATATAAAAACATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGTGAGTAATA
AGGCTTTCAAAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTGCATCATG
TTTCCTAAAGCAGACATTGAATTATAATATATTTTAACAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTAGAAGGCATAGGTGAATAT
AAGTAAACTTTTCTTGTCCATAAATGACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGAAAACATTCAATTAT
AAAATATTTTACTA
Found at i:1330 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1073--17363 Score: 5866
Period size: 171 Copynumber: 95.0 Consensus size: 171
1063 NNNNNNNNNN
* * *
1073 AGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGC-TCGGGTGACTAAAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * * * * * *
1136 GATTTTGCATCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCGATTATAATATATTTTAACTAAAAAGGTAAAA
64 GCTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * * *
1201 AAATT-GACTAAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAGCTATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * *
1243 AGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
** * * * * * * *
1308 TTTCACATCACATTTTCTGAAGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC-CAAAATAATCAATA
66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAT-GTAAAAA
* * * *
1372 AATTTAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAAC-A-TTCA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* ** * *
1412 A-C--TTAA-AA----TT---A---AT-TATGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAAT-GAGTGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGG
* ** * * * * * * * * * *
1461 CTTTTT-TTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAAATGTTATTTGTTTTCA-TGAAAAATGTAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAA
* * * * ***
1524 AAACTCAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTNNN
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
******* * * ** *
1567 NNNNNNNAATAAGGCTTTGGAAGGTATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * * *
1632 TTTTT-ATTCATATTTCTCT-AGGCAGACATTCAAATATTATCTATTTTAATTAAAAATATAAAA
66 TTTTTCA-TCACATTT-TCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * * *
1695 GAATTCAACTTAAAATTAATTATGAAAATATAAAACTATATAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * *
1738 AGAGAGTAATAAGGCTTTAGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * * * * * *
1803 TTTTT-TTCACATTTCCTGAGGTAAATACTCAATTATAATCA-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAAT-ATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
********** * *
1866 AATTNNNNNNNNNNTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAG
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * ** * *
1908 AGCGAGCACTAAGGTTTTCA-AAGGCTTGGGTGACTATAATTTCACTTTT-TTACCAATGGATGA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * * *
1971 CTTTTGT-ATCGCGTTTCCTAAAGTAGACATTCAA--ATATTATCATTTTAACTAAAAATGTACA
65 CTTTT-TCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATAT-ATTTTAACTAAAAATGTAAA
* **********
2033 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATNNNNNNNNNNAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * *
2077 AGCAAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * ** * * * *
2142 TTTGTCTTCAC-GTTTCTCAAGCCAGACATTCAAACATTATCTATTTTAACCAAAGATGT-AAAA
66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
*
2205 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGGT-AAACTATTTAA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACTATTTAA
* * * ** * * *
2247 AGCGAGTAACAAGGATTTAGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * * * * *
2312 TTTTTCCTTACA-TTTCTTAAGGCAGACTTTAAAATATAATCT-TTTTAACTAAAAAAGTAAAAC
66 TTTTTCATCACATTTTC-TAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * *
2375 AATTTAAC-TAAATATCAATTATGAGTTTATAAAA-TCATTTAT
130 AATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAA
* * * * * * ** * *
2417 AGCTAGTAATTAGGCTTTGGAAGGTATTGGTGACTATACATTCACTTTTCTTGGCAATGCATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
** * * * * * * * *
2482 TTTTTGTTCACA-TTTCTCAAG-ATAAATAGTCAATTATGATCTGTTCTAA-TAAAAAATATAAA
66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACAT--TCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAA
* *
2544 AAAATTCAAC-TAAATATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* ** * ** * * *
2588 AGCAAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGC-TCAAGTGACTAAAAAAAGACTTCTCTTGTCAATGGATA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * * * * * *
2651 GCGTTTCCATCACATTTGCTTAAGCAGACATTGAATTATAACATATTTTAACTAAATATGTAAAA
64 GCTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * *
2716 AAATTCAACTCAAAATTAATTTTGAGCTTATAAAA-TCATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAA
** * * * * *** *
2759 AGTTAGTAATATGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTTATTAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* ** * * * *
2824 TTTCTCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTTAATTATAATATGTTTTAA-TGAAAAT-TATAAAA
66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTA-AAAA
* *
2887 ATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGAATTTGATATCAAA
130 A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT--AA-AA-CT-AT-T-TAA
*
2937 AGGAATTTCAACGAGTAATAAGGCTTTAAGAAGG-ATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTGCC
1 A-G--------CGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** ** * * ** * * * * *
3000 AATAAATACCTTTTT--TTACATTTTTTGAGGGTAAAATATTCAA-TATAATCTGTTTTAA-TAA
56 AATGGATGGCTTTTTCATCACATTTTCT-AAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-A
* * * * * *
3061 AAAATATAAAAAACTTTAACTAAAAAAT-AGTTATGAGATTATAAAACTACTTAA
118 AAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * *
3115 AACTAGTAATAAGGCTTTCA-AAGG-TTAGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCTAATGGATA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* ** * * * *
3178 GCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTCAAGC--AAAATGTTAA
64 GCTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAAATGTAAA
* * *
3241 AAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACTATTTAC
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
3285 AGCGAGTAATGAGGCTCTAGAATGCATGGGTGAATATAAATTGACTTTTCTTGCCAAT-GAGTGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGG
* ** * * * * * *
3349 CTTTCTC-T-TTATGTTTCTCAAGATAGATATTCAATTACAATATGTTTTACCTAAAAATGTAAA
65 CTTTTTCATCACAT-TTTCTAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT---
* * *
3412 AAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTACGAGATT-TGAAAA-TCATTTGA
125 --AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACT-ATTTAA
* * * ** ** *
3460 AGTGAGTAATAAGGCTTT-CAA-GC----GTTAAGATAGCT--ACTTTTCTTGCCAATGGATAGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
** * * * * ** *
3517 TTTTGGATCACGTTTTCTAAAGCAGACATTCAATTACACTATATTTTATCCCAAAATGTAAAACA
66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * *
3582 CTTCAACTCAAAATTAATTATAAGATTATAAAGCCATTTGA
131 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * **
3623 AGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTGTCAATAAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * *
3688 TTTTT--TCACATTTGC-CAAGATAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAG
66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
*
3750 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
** * * * ** * **
3792 AGTAAGTAATAAAGCTTT-GAGATGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTAAATGAATTA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGA-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * * * * * *
3856 CTTTTTC-T-TCATGTTTCTTAAGGTAAATAGTCAATTATAATATGTTTTAGCTAAAAATATAAA
65 CTTTTTCATCACAT-TTTC-TAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA
* *
3919 AAAATTCTACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAA
* * * * * *
3963 AGCGAGTAAGAAGTCTTTCA-AAGGC-TCGAGTAACTAGAAACGGA-TATTTCTTGCCAATGGAT
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGGAT
* * * ** * * *
4025 AGCATTTGCATCATGTTTCCTCAAA-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATG-C
63 GGCTTTTTCATCACATTTTCT-AAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTA
* * **********
4087 ATAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATNNNNNNNNNNTTTAA
126 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
4133 AGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTT-CTCAGTGGATAG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGGATGG
* ** * * * * *
4197 CTTTTACATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAATTGTAAAAG
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT--AA-
* *
4262 AAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAG---AT-----TA-TTAC
127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * ** * *
4298 AGCAAGTAATATGGCTTTGGAAGGTATGCGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGTC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * * *
4363 -TTTTCTTCAC-GTTTCTTAAGGCAAACAGTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAA
66 TTTTTCATCACATTTTC-TAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* **********
4425 AATTTAA-TTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * *
4466 AGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAAGC-TCGAGTGACT-TGAAATAGACATTTCTTGCCAATGGAT
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
* * ** * *
4528 GGATTTTGCATCACGCTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAATAAGGTAAA
63 GGCTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * *
4593 AACATTCAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
4637 AGCAAGTAATAAAGTTTTCA-AAGGCTTGGGTGACTATCAAT-GAGCTTTTCTTTG-CAATGGAT
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTC-TTGCCAATGGAT
* * * * * * *
4699 GGCTTTTGCATCA-AGTTTCTAAAGCAAATATTCAACTATAATATATTTTGACCAAAAATGTAAA
63 GGCTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * *
4763 ACAATTCAACTTAAAATAAATTATAAGATTATAAAACCATTAAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * **
4807 AGCGAGTAATAAGGCCTT-GAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATAAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* ** * * * * * * * *
4871 CTTTTTCCTCATGTTTT-TCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAGCCAGAAATATAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCT-AAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * * * * * *
4935 AAGTTCAATTTAAAATTAGTAATGAGTTTATAAAACCATTTAC
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * * * *
4978 AGCGAATAATAAGGCTTTAAAAAGAATGGTTGACTATAACTGGATTTTTTTTACCAAT-GAGTGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGG
** * * * * * * * * *
5042 CTTTTTTTTCAC-GTTTCTCGAGGTAAATATTCAA--ATAATATTTGTTTTCAC-CAAAATGTAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCT-AAAGCAGACATTCAATTATAATA--TATTTTAACTAAAAATGTAA
* * * *
5103 AAAAACTCAACTCAAAATCAATTATGATATTATAAAACAATTTAA
127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * **
5148 AGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATCAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
** * * * * **
5213 TTTTTTTTCACA-TTTCTATAGGTAGATATTTAA--AT-AT-TATTTGT---T--TTA-GTAAAA
66 TTTTTCATCACATTTTCTA-AAGCAGACATTCAATTATAATATATTT-TAACTAAAAATGTAAAA
* * * *
5267 AAAATCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAA-TCATATAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAA
* ********************* ** *
5310 AGAGAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
** ** * * * *
5375 TTTTTTTTCATGTTTCTCTAGA-CA-ATCATTCAGA-TATTATCTATTTCAA-TCAAAAATGTAA
66 TTTTTCATCACATTT-TCTAAAGCAGA-CATTCA-ATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAA
* **********
5436 AACAATTCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACTATTTAA
127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * *
5481 AGC-ATATAATAAGGATTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGCACTTTTCTTGTCAAT-GAGTG
1 AGCGA-GTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TG
* *** * * * * *
5544 GCTTTTTCTTCATGGTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTATCTAAAAATGTATAA
64 GCTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * **********
5609 TAATT-AACTTAAAATCAATTATGAAATTNNNNNNNNNNTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * * *
5651 AGCGAGTCATAAGGCTTT-GCAGGCATTGGTAACTATAAACGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* ** * * * * * * *
5715 TTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACACTCAATTATAAT-TAGTTTTTACCAAAAATATAAAAA
66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATA-TTTTAACTAAAAATGTAAAAA
********** *
5779 AATTCAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * *
5821 AGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAAGCTTAGATAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* **** * * * *
5885 CTTTTGCATTTTGTTTCCTAAAGTCA-ACATTTAATTATAATATATTTTAA-TCAATAATTTAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAA
** * * * *
5948 AAAATTCAGTTTATAATCAATTATCAGATCATAAAACCATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * ** * *
5992 AGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGAATGAC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * * * * * *
6057 TTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAAACAATCAATTGTAATCT-GTTTAA-TAAAAATTGTAAAAA
66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-TGTAAAAA
* * * * *
6120 CTATTCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAATTATTTAC
130 -AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * ** * * * *
6163 AGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGACGTGGGTGACTATAAATAAAATTTTCTTACCAATGAATGGT
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
** * * * * * * * * *
6228 TTTTTC-T-TTATGTCTCTCAAGACAAATAGTCAATTATAATCTGTTTT-ATTAAAAA-ATATAA
66 TTTTTCATCACAT-TTTCTAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTA-AA
* * *
6289 AAAATTAAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
** * * * *
6333 AGTAAGTAACAAGGCTTTCA-AAGGC-TCGGGTGGCTAGAAATGGACTTTTCCTGCCAATGGATG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * * * * *
6396 GATTTTGCATCATATTTCCTGAAGC-GAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAAGGTATG
64 GCTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAG-ACATTCAATTATAATATATTTTAACTA-AAA---AT-
* * ** **** ** * * * *
6460 GGAGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGTCAATGGGTG-GCTT-TACATCACATTTCTTGA
123 GTA-A--AAAAATTCAAC--TTAAAATCAAT-TATGAGATTATA-A-AAC-TAT-TTAA
* ** ** * *** ** **
6516 AGC-AG-ACATTTAA---TTATA-ATATGTTTTAGTGAAAATTATAAAAATA-TTCAACTT-AAA
1 AGCGAGTA-A--TAAGGCTT-TAGA-AGGCATGGGTG---ACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCA
******** * ** * * * * *
6573 ATCNNNNNNNNNNTTAT-AAAAGAATTTTC-AACG-AGTA-A-T-AAGGTTTTAGA-AGGCATGG
57 AT---GGATGGCTTTTTCATCA-CATTTTCTAAAGCAG-ACATTCAA--TTATA-ATA--TAT-T
* * * ****** ** *** * * *
6631 GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTCATGTTTTTTAGGGT-AGA-TATTGA-ATT-TTAATCTGTT
111 TTAACTAAAAAT-GTAAAAAAATTCA----ACTTAAAATCA-ATTA-TGAGATTATAAAACT-AT
6691 TTGGCCAA
168 TT----AA
* *** * ** * * *** *** **
6699 A--AATGTAA-AAAAATTATACTTAAAATCAAT-GATGAAATTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGT
1 AGCGA-GTAATAAGGCTT-TA---GAAGGC-ATGGGTG--ACTATAAATGGACTTT-TCTTG-CC
** * * *** * * * *
6759 AANNNNNNNNNNGAAGGC--ATGGGTGAC----TATAAATG--GACTTTTC--TTGCTAATGAAT
56 AA--------TGGATGGCTTTTTCATCACATTTTCTAAA-GCAGAC-ATTCAATT-ATAAT--AT
* ** ** * * * * * ** *
6814 GACTTTT-CCTTTATGTTTCCAAGACAAACACTCCA-TTATAATCTATTTTTACCAAAAATGTAA
108 -A-TTTTAACTAAAAATGT--AA-A-AAA-ATTCAACTTAAAATC-A--ATTA--TGAGAT-T-A
* *
6877 AAAAATTCTACTTAA
159 TAAAA--CTATTTAA
* * * * * * * * *
6892 ATC-AATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGT---TTTCAAA-GG-CTTGG
1 AGCGAGTAATAAG---------GC-TTTAGAA--G-G-CAT-GGGTGACTAT-AAATGGACTT-T
* * * * **
6950 GC--GACTATGAATGGGCTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCATCACGTTCACTAAAGCAGAC
49 TCTTGCCAATGGAT-GGC--TT-TT-TC-----A-------T-CA-CATTTTC--TAAAGCAGAC
* *
7013 ATTCAATCATAGTATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
93 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-------A-ATT
* *
7078 ATAGAACCATTTATTATAGAACCATTTAA
150 AT-G-A-GA-TTA-TA-A-AACTATTTAA
* * * * * * * *
7107 AGCAAATAATAAGTCTTTAGAAAGCATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * * * *
7172 TTTTGT--TCATA-TTACTTAAGGTAAACATTGAATTTTAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAA
66 TTTT-TCATCACATTTTC-TAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT--AA
* * *
7234 AAAAATT-ATACTTAAAATCAATAATGAAATTATAAAACCATTTAA
127 AAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * ********* * *
7279 AGTGAGTAATATGGCTTT-GNNNNNNNNNNGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* ** ** * * * * * * * *
7343 C-TTTTCCT-TTATGTTTCCCAAGACAAACACTCCATTATAATCTGTTTTTACCAAAAATATAAA
65 CTTTTTCATCACAT-TTTCTAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * *
7406 AAAATTTAACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAGACCATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * *
7450 ATCGAGTAATAAGGCTTTTA-AAGGCTTTGGTGACTATAAATGGACTTTGCTTGCCAATGGATGG
1 AGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
** * * * * * * *
7514 CTTTTGAATCACGTTTCCTGAAGCAAAGATTCAATTATAATATATTTTATCTGAAAAAT-AAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAA
* * * *
7578 AAATTCAACTAAAAAT-TATTATAAAATTATAAAACTATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * *
7620 AGCGGGTAATAAGGATTCTA-AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCAAATGAAT-A
1 AGCGAGTAATAAGGCTT-TAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * ** * * * *
7682 CCTTTTCTTTATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAGTTATAATATAGTTTAACTAAAAAAGTAAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * *
7747 ACTTTC-A-TTAACATCAATTATAAGACTATAAAACTATTTAA
130 A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * ** * * * *
7788 ACCGAGTGATAAGGCTATCA-AAGGTTTGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCCTGCTAATGGATGA
1 AGCGAGTAATAAGGCT-TTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
** * * * * * * *
7851 CTTTCGCATTACCTTTCCTGAAGCAAACATTCAATTATAATATGTTTCAACTAAAAATGTAAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * *
7916 AATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTTTCAAATTATTTAA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
********** * *
7958 AGCGAGTAATAAGGCTTTA-AATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTNNNNNNNNNNGAATGA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAA-GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * * ** * * * ** *
8022 CTTTTTCTTCATA-TTTCTCAAGGCAAATAGCCAATTATGATATGTTTTCAGAAAAAATATAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCT-AAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * **********
8086 GAACTT-AACTAAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNA
129 -AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * ** * * * *
8129 AGTGAGTAATAAGGCTTTCA-AAAGC-TCAAGTGACTAAAAATTGACTTTTCATACCAATGGATG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * * * * *
8192 GCATTTGCATCACA-TTTCTTAAAGTAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATATAAA
64 GCTTTTTCATCACATTTTC-TAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT-AA
********** *
8256 AAAAATT-AACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAA
127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * **
8300 AGCGAGTAATATGGCTTT-GAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTCTCCTTATCAATGGATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * * *
8364 CTTTTACATCATATTTTCTAAAACAGACATTCAATTATAATACATTTTAA-TGAGAATTGTAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAA
* * * **
8428 ATATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAGC-ATTTTT
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAA
* * ** *
8471 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGTCATGGGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGAC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG-G
* * * * * **
8535 CTTTTCTTGTCAATAAATAGCCTTTTCTTCAAATTTTCGGAGGTAAACAGTCAATTGTAATATGC
65 C--TT-TT-TC-AT---CA-CATTTTC-T-AAA-----GCA-G---ACATTCAATTATAATATAT
* * * *
8600 TTTAA-TAGAGAATATAAAAGAATTCAA-TTAAAAATCAATTATGAGATTATAACACTATTTAA
110 TTTAACTA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * **
8662 AGTGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGGGTGACTATAAATCGACTATTCTTATCAATGGATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* *
8726 CTTTTGT-ATCACATTTTCTAAAACAGACATTCAATTATAATATATTTAAACT-AAAATGTAAAA
65 CTTTT-TCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * *
8789 AAATTCAACTTAAAAT-TATGTATGAGATTAAAAAACAATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACTATTTAA
** * * * * * * *
8832 AGTAAGTACTAAAGCTCTAGAATGCATGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT-GAGTGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGG
* * * * *
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65 CTTTTTCATCACAT-TTTCTAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * *
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* * * *
9002 AGTGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGC-TAAGGT-AGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGAT
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCAT-GGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
* * ** * * * * * *
9064 GGCTTTTGCATTATGTTTCCTGAAGCAAACATTCAATTACACTATATTTTATCCAAAAATGTAAA
63 GGCTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATA-TTT-T-----AA-CT--A
* * * *
9129 AAACATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCACTTATGAGATTATAAAACCAATTAA
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*********** * *
9184 AGCGAGTAATAAGGCTTTTNNNNNNNNNNGTGACTATAAATGAACTTTTC-TGCCAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* ** * *** * * ** *
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66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * *
9300 ATTAAACTTAAAATCAATAATGAGGTTATAAAACCATTTAA
131 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
*********** * ** * * * *
9341 AGCGAGTANNNNNNNNNNGGAAGGCATGGGTAACTATAAAATAAACTTTTCTTACTAATGAATAG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
** * * * * * * *
9406 CTTTTT--TTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTTAGCCAAAAATGTAA
65 CTTTTTCATCACAT-TTTC-TAAAGCAGACATTCAATTATAATAT-ATTTTAACTAAAAATGTAA
* * * * *
9469 AAACATTCCACTTAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAA
127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * *********** *
9514 AGTGAGTAATATGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGANNNNNNNNNNTAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* ** * * * * * * * * * *
9579 TTTTTCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATTCCATTACAATATGTTTTTACCAATAATGTAAAAAA
66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT--AAAA
** * * * *
9644 AAATTTTACTT-AAATCAATCATGAGAATACAAAACCATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
** * * * *
9686 AAAGAGTAATAAGGCTTT-GAAACGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* ** ** *
9750 CTTTTGCATCATGTTCACTGAAGCA-ACCATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGA-CATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * ********** * *
9814 AAATTCAACCTAAAATCAATTTTGNNNNNNNNNNACCATTCAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* *** * * * * *
9857 AGCGAGTAATAAGTCTTTAGAAAATATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCCTACTAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * ** * * *
9922 TTTTGCTTCATC-TTTCCTAAGGTTGACATTCAAATATAATCTGTTTTAAC-AAAAA---AAAAA
66 TTTTTCATCA-CATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * *
9982 ATTTCAA-TCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAGACTATTTAA
130 AATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
** * * * * * *
10024 AATGAGTAATAAGACTTTTA-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACGTTGCTTGCTAGTGGATGG
1 AGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * * * *
10088 CTTTTACAT--CATGTTTCTTGAAGTAGAGATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAGA
65 CTTTTTCATCACAT-TTTC-TAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * *
10151 AAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTT-A
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * *
10194 AGCGAGTAATAAGGATTCCA-AAGTCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTT-TAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * ** * * * *
10258 CTTTTCCTTCATGTTTCCTAAAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAGGTAAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * *
10323 AACTT-AA-TTGAAATTAATTATAAGATTATAAAA-TCATTTCA
130 AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAA
* * * *
10364 AGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGC-TCGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCCTGCTACTGGATG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * * * * * * * *
10426 GCTTTTGCATTACCTTTCCTGAAGCAAACATTCAACTATAATATGTTTTTAACAAAAAATGTAAA
64 GCTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATAT-ATTTTAACTAAAAATGTAAA
** ********** *
10491 AACGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTGA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* ** * * *
10535 AGCGAGTAATAAGGCTTTGGGTGGCATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGTG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG-G
* * * * * * *
10600 -TTTTTCAT-A-ATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATAGAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
65 CTTTTTCATCACAT-TTTC-TAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * *
10662 AGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAATTATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * **
10706 AGCGAGTAATAAGGC-TTAGGAATGCATGGGCGAGAATATAAATGGACTTTTCTTTCCAATTAAT
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTA-GAAGGCAT-GG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
* * * * * * * * *
10770 GGCTTTTTCTTCA-AGTTTCTCGAGGCAAACACTGAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA
63 GGCTTTTTCATCACATTTTCT-AAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAA
* *
10834 AAAACA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAA
127 AAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * * * * *
10879 AGTGACTAATAAAGCTTTTA-ATGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTGTTGCAAATGGATAG
1 AGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * ** * * * *
10943 -TTTTTGGATCACATTTCCCGAAGTAGACATTCAATTATGACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA
65 CTTTTT-CATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* *
11007 ACATTCAACTTAGAAA-CAATTATAAGATTATAAAACTATTTAA
129 AAATTCAACTTA-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * ** **
11050 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGATGATTATAAATGGATTTTTCATACCAATAAATAAC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
** * * * * * * * *
11115 TTTTTGTTTACGTTTCCTGAGGCAGACAGTT-AGA-TATAATTTTTTTTAATTAAAAATGTAAAA
66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACA-TTCA-ATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * *
11178 GAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATGAAA-TCATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAA
********** * * *
11221 AGCGAGTAATAAGGCTTTNNNNNNNNNNGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * * * ** * * * *
11286 TTTTTCTTC-TAGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATTCCAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
66 TTTTTCATCACATTTTC-TAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
********** * *
11350 AATNNNNNNNNNNATCAATTATAAGATTAT-AAACCATTTAA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * * * **
11391 AGTGAGGAATAAGGATTTCA-ATGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTACCAATGGATCT
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
** * * * *
11455 CTTTTGGATCACATTTCCTAAAGTAGACATTCAATTAT-A-ATATTTTAAGTAAAAATATAAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * *
11518 AATT-AACTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACCATTTAA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * *** *** * **
11559 ACCTAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATAGGTGACTATAAAAAAAAAAATT-TTGTCAATAAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * * *
11623 CTTTTT-TTCACATTTTCT-AAGACAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * *
11686 ATATTTAACTTAAAATCAATAATAT-A-ATTATAAAACCATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAAT--TATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * * *
11729 AGCGAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGAGTGAATGTAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * ** * * *
11794 TTTTCCTTCACA-TTTCTTAAGGCAAACACCCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAC
66 TTTTTCATCACATTTTC-TAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * *
11858 AACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * *
11900 AGTGAGTAATATGCCTTTCA-ATA-GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGA-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
** * * * * * * *
11963 GCTTTTGGATCACTTTTTCTGAAGTAGACATTCTATTATAATACACTTTAACAAAAAATGTAAAA
64 GCTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* ********** * *
12028 AAATTTAACNNNNNNNNNNTTATAAGATTATAAAATTATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * **
12071 AGCGAGCAATAAGGC-TTCGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATAAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* ** * * * * * * *
12135 CTTCTTTCAT----GTTTCCCAAGATAGGCATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA
65 CTT-TTTCATCACATTTTCTAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA
** * *********
12196 TGAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGNNNNNNNNNNC-ATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * *
12240 AGCGAATAATAAGGCTTTGGAATGCATGAGTGAAC-ATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
** * * * * * * *
12304 CTTTTTC-T-TTATGTTTCATAAGGCAAACACTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAA
65 CTTTTTCATCACAT-TTTC-TAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * ********** *
12367 ATAACTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACCATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
** * * * * * *
12411 AATGAGTAATAAAGCTTTCA-ATA-GCTTGGATGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGACG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGA-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * * * * *
12474 GCTTTTTGATCACATTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTGAACCAAAAGTGTAAAA
64 GCTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * *
12539 AAATTCAACTTAAACTCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * ** *
12582 AGAGAGTAATAAGGCTTTAGAATGCATGAGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGAC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
** ** * * * * * * ** *
12647 TTTTT--T-TTATGTTTCCCAAGATAAACATTCAAATATAATCTGTTGTAACCCAAAATGTAAAG
66 TTTTTCATCACAT-TTTCTAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* *
12709 AAATTCAATTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * * *
12752 AACTAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * * * *
12816 TTTTTCTTTAAAATTTCTCAAGGCAAACACTT-AATTATAATATGTTTT---T-ACAA---AAAA
66 TTTTTCATCACATTTTCT-AAAGCAGACA-TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * *
12873 AAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAGACCATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* ** * * * * * *
12916 AGTGAGTAATAAGGCTTTCA-ATTGCTTAGGAGATTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAGATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * * *
12980 CTTTTGCATTACCTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * *
13045 AGCTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGA
130 A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * ** **
13088 AGTGAGTAATAAGGCTTTAGAA--AATGTAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTTAATAAATG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATG--GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * * * * * * * * * *
13151 G-TTTTT-TTTA-ATGTTTCCTCAGGTAGACATTCAAATATAATTTTTTTTCACCATAAATGTAA
64 GCTTTTTCATCACAT-TTT-CTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAA
* ********** *
13213 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAA
127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * ** * *
13258 AGAGAGTAGTAAGGCTTTCA-AAGGTTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* ** * * * * *
13322 CTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAGTGTAAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* *
13387 CATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * **
13429 AGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGTG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG-G
** * * * * ** * * * * **
13494 -TTTTTCATCATGTTTCCTGAGGCAGACATCCAAACAGAATATGTTTCAATTAAAAATAAAAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * *
13558 AATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * ** * *
13600 AGTGAGTAATAAGGCTTTAGAATGCATGGATGAATATAAATAAATTTTTCTTGCCAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * * *
13665 TTTTTC-T-TCATGTTTCTAAA-AAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
66 TTTTTCATCACAT-TTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* **
13727 AACTT-AACTT-AAATCAATTATGAGATTATATAGAC-CGTTAA
130 AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACTATTTAA
* * * * *
13768 AGTGAGTAAGTAATAAGGCTTTCA-ATGACTTGGGTGACTACAAATGGAC-TTTCTTGCCAA-GG
1 A--GCG--AGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * * * * *
13830 ATGAC-ATTTCGGATCACA-TTTCTTGAAGTAAATATTCAA-TAT-ATATATTTTAA-TCAAAAA
61 ATGGCTTTTTC--ATCACATTTTC-TAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAA
** * *
13890 TACAAAAAACTTCATAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAA
122 TGTAAAAAAATTC--AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * **
13942 AGCGAGTAAT-AGAGCTTCAGAAGGCGTGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATAAATGG
1 AGCGAGTAATAAG-GCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
** * ** * * * * * **
14006 CTTTTTTTTTATGTTTCCT-GAGACAGACATTCAAATATAATATTTTTTAAGC-AAATATACAAA
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* * * *
14069 AAAA-TCAACTTCAAATGAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * * * *
14112 A-AGAGTAATAAGGCTGTCA-ATGGCTTGAGTGAGTAT-AATGGACTTTTCCTACTAATGGATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCT-TTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * ** ** *
14174 -TTTTTGGATCATA-TTTCTAGAAATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAGAAAAAATATAAA
65 CTTTTT-CATCACATTTTCTA-AAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * **
14237 AACATTTAACTTAAAATCAATTAAAAGATTATAAAACTATTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * **
14281 AACGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATAGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT-GG
* ** ** * * * * * * *
14346 -TTTTTC-T-TCATGTTTCCCAAGTTGAATATTCAAATATAATCTGTTTTAACCATAAATATAAA
65 CTTTTTCATCACAT-TTTCTAAAGCAG-ACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * *****
14408 AAAATTCAACTTACAATGAATTATGAGATTATAAAACCANNNNN
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
***** * * *
14452 NNNNNGTAATAAGGCTTTTA-AAGGCTTGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGG
1 AGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * ** * * * *
14516 CTTTTGCATCATATATCCTCCAGAAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATATAAAC
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAA
* ** * *
14580 AAATTCAAATTAAAATTGATTATAAGATTAGAAAA-TGATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAA
* * ********** * * *
14623 AGTGAGTAATAAGGATTTCA-AAGGCATGGGTGACTATANNNNNNNNNNTCTTGTCATTGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* ** * * * * * * * * * *
14687 CTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTGAATTTTTATATGTTTTAAC-CAAAACGTAGAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* *
14751 AATTCTA-TCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTATA
130 AATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA-A
* * * * * *
14794 A-CGAGTAATAAGGCTTTGGAAGCCATGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTACCAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * * * * * *
14858 TTTTTCTTCATATTTTCCAAGGTAAACACTCAATTATAACT-TGTTTTTAC-CAAAATGTGAAAA
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* * **********
14921 AAAATT-AACTTAAATTCAATTATTAGATTNNNNNNNNNNTTAA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
** * * *
14964 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGAC-CGAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATAG-
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
** ** * * * * * * ** * * *
15027 TTTTATTTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTGAATTTTAACCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAA
66 TTTT-TCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * ** * *
15092 AATTCTACCTAAAATCAAGAATAAGATTATAAAACCATTTAA
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** * * * * * * *
15134 AGTTAGTAGTAAGGTTTTAGAAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * ** * * * * * * *
15199 TTCTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTCTTT-AC-CAAAATGTTAAAA
66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATAT-TTTAACTAAAAATG-TAAAA
* ********** *
15262 AAATTGAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
15305 AGCGAGTAATAAGGCATTCA-AAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTACCAAT-GATTG
1 AGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TG
**** * * * * * * *
15368 GCTTTTTC-TTGTTTTTTCTAGAGGTAAACATTCAAATAGAATCTATTTTAAC-AAAAACTATAA
64 GCTTTTTCATCACATTTTCTA-AAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-TGTAA
* * *
15431 AAGAATTCAACTTAAAATCAA-TACTGAGATTTTAAAACCATTTAA
127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * * * *
15476 AGTGGGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGAATATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGAC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
** * * * * * * * * *
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66 TTTTT-CATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAT-GTAAAA
* * *
15605 AACTT-AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACTATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * *
15647 AGTGAGTAATAAGGCTTTTA-ATGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGGATGG
1 AGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
** * * * * ** *
15711 CTTTTGGATCACATTTTCTAAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAACAT-ATAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * *
15775 AACTCAACTAAAAATTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * ** *
15817 AGCGAGTAATAAGACTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-TGTTTCTTATCAATGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGGATGG
* ** * * * * * * *
15881 CTTTTTCTTCATGTTTCCTTAGGCACACAATCAATTATAATATGTTTTTA-TCAAAAATGTAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGT--AA
* * *
15945 AAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
*************************** * *
15990 AGCGAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* ** * * * ** * * * * * * * * *
16055 TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTGGCCATTGAATTTTAATCTATTTGAACCAGAAATGTAGAAAT
66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
16120 ATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTTTAAAACCATTTAA
131 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * **
16161 AGTGAGCAATAAAGCTTTGGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGA-TTCGTCTTGCCAATAAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGGATGG
* ** * * * * * * * *
16225 CTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAATAGTCAATTATAATCT-TTTTATC-AAAAATGTTAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATG-TAAAA
* ** *
16288 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGTCATTATAAAACCATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * * *
16331 AGTGAATAATAGGGCTTTCA-AAGGCTTGGATTACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG
* * * * * * * * * * *
16395 CTTTTTCTTCA-TTTTTCCAGAGGTAAACATTCAAATAGAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA
65 CTTTTTCATCACATTTTCTA-AAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* *
16459 GAATTCAACTTAAAATCAA-TACTGAGATTATAAAACCATTTAA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * * * * **
16502 AGTGAGTAATAAGACTTTGGAATGCATGGGTGAATATAAATGAACTTTTCTTACTAATGAATAAC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * * * * * * * ***
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66 TTTTT-CATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* *
16630 AATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACTATTTAA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * *
16672 AGTGAGTAAAAAGGCTTTTA-ATGGC-TCAGGTGACTATAAATTGACTTTTTTTGTCAATGGATG
1 AGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
*** ** * * *
16735 GCTTTCGGATCACATTTTCTGTAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATATAAA
64 GCTTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAA
* * *********
16799 AAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGGTTATAAANNNNNNNNN
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
********************* * * * *
16843 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATAGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* ** * * * * * * *
16908 TTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATATAAAAAA
66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT-AAAAA
* * **********
16973 AATTTAACTTAAAGTCNNNNNNNNNNTTATAAAACTATTTAA
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* * * * * ** * *
17015 AACGAGTAGTAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGATTTTTCTTATCATTGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* ** * ** * * * * * * *
17080 TTTTTCTTCATGTTTT-TGAAGGTGAACATTGAATTTTAATCTGTTTAAACCAAAAATGTAGAAA
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** * * *
17144 AATTCTGCCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAT
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * *
17186 AGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGTATGGGTGACTATAAGTGGATTTTTCTTGCCAATGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * * ** * * * * * * * * *
17251 ATTTCCTTCATGTTTGCTAAGGTAAACACTCAATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATCTTAAAAA
66 TTTTTCATCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAT-GTAAAAA
* *
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17358 AGCGAG
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17364 NNNNNNNNNN
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ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
Found at i:7095 original size:15 final size:15
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1 A
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ATTATAGAACCATTT
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7298 NNNNNNNNNN
* * ** *
7308 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTTTATGTTTCCCAAGACAAACAC
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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*
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* * * * * *
7711 -TTCAGTTATAATATAG-TTTAACTAAAAA-AGTAAAAAACTTTCA-TTAACATCAATTATAAGA
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* *
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127 CTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTATCAAAGGCTTT-GGTGACTATAAATAGACTTT
* * * *
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191 GCCTGCCAATGGATGACTTTCGAATCACCTTTCCTGAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTCA
* * * * * * *
7900 ACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTTTCAAATTATTTAAAGCGAG
256 ACTGAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTAAAAAT-AATTATAAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
* *
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319 TAATAAGGATTTAAATGGCATAG
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1 GTGACTATAAATGGACTTT
8006 NNNNNNNNNN
Statistics
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GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATACCTTTTCCTTTATGTTTCCAAAGACAAACAC
TCCATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAGTATAAGACTAT
AAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTATCAAAGGCTTTGGTGACTATAAATAGACTTTGCCTG
CCAATGGATGACTTTCGAATCACCTTTCCTGAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTCAACTGA
AAAATAAAAAAAATTCAACTAAAAATAATTATAAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
GATTTAAATGGCATAG
Found at i:8532 original size:21 final size:20
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8502 GACTATAATG
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8532 GACCTTTTCTTGTCAATAAAT
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*
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1 -GACTTTTCTT
8564 CAAATTTTCG
Statistics
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Consensus pattern (20 bp):
GACTTTTCTTGTCAATAAAT
Found at i:12266 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 8616--16688 Score: 3530
Period size: 512 Copynumber: 15.8 Consensus size: 507
8606 AGAGAATATA
* *
8616 AAAGAATTCAA-TTAAAAATCAATTATGAGATTATAACA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 AAAGAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * * * * * * *
8679 TCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATCGACTATTCTTATCAATGGATGGCTTTTGT-ATCACATTT-
64 TGGAATGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT-TCTTCA-ATTTC
** * * * * * * * *
8742 TCTAAAACAGACATTCAATTATAATAT-ATTTAAACTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-
127 T-TAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAACTCAACTTAAAATC
* * * * * * ** * * *
8805 TATGTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGTAAGTACTAAAGCTCTAGAAT-GCATGAGTGAATAT
190 AAT-TATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGCT-TTCAATAGCTTGGGTGACTAT
* * * *** ** * *
8869 AAATAGACTTTTCTTGCCAAT-GAGTGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGAAAGACATTCAATT
252 AAATGGACTTTTCTTACCAATGGA-TAGCTTTTGGATCACATTTCCTGAAG-TAGACATTCAATT
* * * * *
8932 ATAACATA-TTTATCTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTTTAAAACC
315 ATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACC
* * * * *
8996 ATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGC-TAAGGT-AGCTATAAATAGACTTTTCTTACCA
380 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTGAGAAGGCAT-GGGTGA-CTATAAATAGACTTTTCTT-CTA
** * * * * * * * * * * *
9058 ATGGATGGCTTTTGCATT-ATGTTTCCTGAAG-CAAACATTCAATTACACTATATTTTATCCAAA
441 ATAAATGACTTTT--TTTCACGTTTCC-CAAGACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAA
9121 AATGT
503 AATGT
* * * *
9126 AAAAAACATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCACTTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCGAGT
1 ----AA-A-G------AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
*********** * * *
9191 AATAAGGCTTTTNNNNNNNNNNGTGACTATAAATGAACTTTTC-TGCCAATGAATGGCTTTTT-T
54 AATAAGGCTTTGGAATGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCT
* * ** * * ** * *
9254 TCATGTTTCCTGGGGTAAACATTCAAAAATAATCTGTTGTAA--AGAAAT-T-----A---AACT
119 TCA-ATTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTCAACT
* * * * ********** * *
9308 TAAAATCAATAATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTANNNNNNNNNNGGAA-GGCATGGGT
183 TAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTA--ATAAGCTTTCAATAGCTTGGGT
* ** * * *** ** *
9372 AACTATAAAATAAACTTTTCTTACTAATGAATAGCTTTTTTTTCATGTTT-CTTAAGGTAGACAT
246 GACTAT-AAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGGATCACATTTCCTGAA-GTAGACAT
* * * * * * * *
9436 TCAATTTTAATCTGTTTTTAGCCAAAAATGTAAAAACATTCCACTTAAAATCAATAATGAGATTA
309 TCAATTATAATAT-ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* * * ** * *******
9501 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGANNNNNNNN
373 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTTCT
** * * * * * * * * *
9566 NNTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAATG-CAAACATTCCATTACAATATGTTTTTACC
437 TCTAATAAATGACTTTTT-TTCACGTTTCCCAA-GACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACC
*
9630 AATAATGT
500 AAAAATGT
* ** * * * * **
9638 AAAAAAAAATTTTACTT-AAATCAATCATGAGAATACAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCT
1 ---AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
9702 TTGAAACGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCATC-ATGTTC
63 TTGGAATGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAT-TT-
* * * * * * * * *
9766 ACTGAA-GCAACCATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
126 -CTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAACTCAACTTAAAAT
* ********** * * ** *
9830 CAATTTTGNNNNNNNNNNACCATTCAAAGCGAGTAATAAGTCTTT-AGA-AAATATGGGTGACTG
189 CAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-CTTTCA-ATAGCT-TGGGTGACTA
* * * * ** * *
9893 TAAATGGACTTTTCCTACTAATGAATGGCTTTTGCTTCATC-TTTCCT-AAGGTTGACATTCAAA
251 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGGATCA-CATTTCCTGAA-GTAGACATTCAAT
* * * * * *
9956 TATAATCTGTTTTAA-CAAAAA---AAAAAATTTCAA-TCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAGA
314 TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
* ** * * * * * *
10016 CTATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTTA-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACGTTGCTTGCTA
378 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTGAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTA
* ** * ** * ** * * * * *
10080 GTGGATGGCTTTTACATCATGTTTCTTGAAG-TAGAGATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAA
441 ATAAATGACTTTT-TTTCACGTTTC-CCAAGACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAA
*
10144 ATAT
504 ATGT
* * * * *
10148 AGAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAATAAGG-ATT
1 A-AAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * *
10211 CCAAAGTCAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTC
65 GGAATG-CATGA-GTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-ATTTC
* * * * * * * *
10275 CTAAAG-AAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAGGTA-AAAAAACTTAA-TTGAAAT
127 TTAAGGCAA-ACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA--TATAAAAAACTCAACTTAAAAT
* * * * * * * *
10337 TAATTATAAGATTATAAAATCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA-AGGCTCGGGTGACTAT
189 CAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCAATA-GCTTGGGTGACTAT
* * * * * * * * * * * *
10401 AAATAGAC-TTTCCTGCTACTGGATGGCTTTTGCATTACCTTTCCTGAAGCAAACATTCAACTAT
252 AAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGGATCACATTTCCTGAAGTAGACATTCAATTAT
* * ** * **********
10465 AATATGTTTTTAACAAAAAATGTAAAAACGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNA
317 AATAT-ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCA
* ** * * * * *
10530 TTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTG-GGTGGCATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGCCAATG
381 TTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTGAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTAATA
** * * * ** * * *
10594 AATGTGTTTTTCATAATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATAGAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
444 AATGACTTTTT-TTCACGTTTCCCAAGACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
10659 AAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTA
1 -AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
10724 GGAATGCATGGGCGAGAATATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATTAATGGCTTTTTCTTCAAGTTT
65 GGAATGCAT--GAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGT-CAATGAATGGCTTTTTCTTCAA-TTT
** * * *
10788 CTCGAGGCAAACACTGAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATCAACTTAAAATC
126 CTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAC-TCAACTTAAAATC
* * * * *
10853 AATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGACTAATAAAGCTTTTAATGGCTTGAGTGATTATAA
190 AATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGCTTTCAATAGCTTGGGTGACTATAA
* * * * * *
10918 ATGGACTTTTGTTGCAAATGGATAGTTTTTGGATCACATTTCCCGAAGTAGACATTCAATTATGA
254 ATGGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGGATCACATTTCCTGAAGTAGACATTCAATTATAA
* * *
10983 CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAGAAA-CAATTATAAGATTATAAAACTATT
319 TATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATT
* * * * * * *
11047 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGATGATTATAAATGGATTTTTCATACCAATAAAT
383 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTGAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC-TTCTAATAAAT
* * ** * * * * **
11112 AACTTTTTGTTTACGTTTCCTGAGGCAGACAGTT-AGATATAATTTTTTTTAATTAAAAATGT
447 GACTTTTT-TTCACGTTTCCCAAGACAGACA-TTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* *
11174 AAAAGAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATGAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 -AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
********* *
11239 NNNNNNNNNNG-GTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCTAGTTTCT
65 -GGAATGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC-AATTTCT
* ** * *********
11303 TGAGGCAAACACTCAATTCCAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATNNNNNNNNNNATCAA
128 TAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACT-CAACTTAAAATCAA
* * * *
11368 TTATAAGATTATAA-ACCATTTAAAGTGAGGAATAAGGATTTCAATGGCTTGGGTGACTATAAAT
192 TTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCAATAGCTTGGGTGACTATAAAT
* * ** *
11432 GAACTTTTCCTACCAATGGATCTCTTTTGGATCACATTTCCTAAAGTAGACATTCAATTAT-A-A
256 GGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGGATCACATTTCCTGAAGTAGACATTCAATTATAATA
** * *
11495 TATTTTAAGTAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACCATTTAA
321 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
11559 ACCTAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATAGGTGACTATAAAAAAAAAAATTTT-GTC-AATAAATG
386 AGCGAGTAATAAGGCTTGAGAAGGCATGGGTGACTAT---AAATAGACTTTTCTTCTAATAAATG
* * * * * * *
11622 GCTTTTTTTCACATTTTCTAAGACAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACAAAAAATAT
448 ACTTTTTTTCACGTTTCCCAAGACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
11682 AAAAATATTTAACTTAAAATCAATAATAT-A-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
1 AAAGA-ATTCAACTTAAAATCAAT--TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * *
11745 TTGGAATGCATGAGTGAATGTAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCCTTCACATTTC
63 TTGGAATGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-ATTTC
* * * *
11810 TTAAGGCAAACACCCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAACTCAACTTAAAATCA
127 TTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AACTCAACTTAAAATCA
*
11875 ATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATATGCCTTTCAATAGCTTGGGTGACTATAAA
191 ATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-CTTTCAATAGCTTGGGTGACTATAAA
* * * *
11940 TGGACTTTTCTTACTAATGGATAGCTTTTGGATCACTTTTTCTGAAGTAGACATTCTATTATAAT
255 TGGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGGATCACATTTCCTGAAGTAGACATTCAATTATAAT
* * * * ********** **
12005 ACACTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACNNNNNNNNNNTTATAAGATTATAAAATTATTTA
320 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTA
* *
12070 AAGCGAGCAATAAGGCTTCGA-AAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATAAATG
385 AAGCGAGTAATAAGGCTT-GAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTAATAAATG
* * * * * *
12134 GC-TTCTTTCATGTTTCCCAAGATAGGCATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
448 ACTTTTTTTCACGTTTCCCAAGACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* ********** *
12193 AAATGAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTT
1 AAA-GAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
12258 GGAATGCATGAGTGAACATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCAT
65 GGAATGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-ATTTCTT
* * ***
12323 AAGGCAAACACTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAATAACTCAACTTAAAATCNNN
129 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AACTCAACTTAAAATCAAT
******* * * * *
12388 NNNNNNNTTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTCAATAGCTTGGATGACAATAAATG
193 TATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGCTTTCAATAGCTTGGGTGACTATAAATG
** * *
12453 GACTTTTCTTACCAATGGACGGCTTTTTGATCACATTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATAATAT
257 GACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGGATCACATTTCCTGAAGTAGACATTCAATTATAATAT
* * *
12518 ATTTGAACCAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
322 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
12583 GAGAGTAATAAGGCTTTAGAATGCATGAGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGACT
387 GCGAGTAATAAGGCTTGAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCT-AATAAATGACT
* * * * * *
12648 TTTTTTTATGTTTCCCAAGATAAACATTCAAATATAATCTGTTGTAACCCAAAATGT
451 TTTTTTCACGTTTCCCAAGACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
12705 AAAGAAATTCAATTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAACTAGTAATAAGGCTT
1 AAAG-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
12769 TGGAATGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GATTTTTCTTTAAAATTTC
64 TGGAATGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CAATTTC
* * * *
12833 TCAAGGCAAACACTTAATTATAATATGTTTTTA-C---AA-A-AAAAAACTCAACTTAAAATCAA
127 TTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
12892 TTATGAGATTACAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAATTGCTTAGGAGATTATAAAT
192 TTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCAATAGCTTGGGTGACTATAAAT
* * * * * * * * *
12957 GGACTTTTCTTGCTAATAGATGGCTTTTGCATTACCTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATA
256 GGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGGATCACATTTCCTGAAGTAGACATTCAATTATAATA
* * * * * * * *
13022 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAGCTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTG
321 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTA
* * * *
13087 AAGTGAGTAATAAGGCTTTAGAA--AATGTAGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGTTAATAAA
385 AAGCGAGTAATAAGGCTTGAGAAGGCATG--GGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTT-CTAATAAA
** * * ** * * * *
13149 TGGTTTTTTTTAATGTTTCCTC-AGGTAGACATTCAAATATAATTTTTTTTCACCATAAATGT
446 TGACTTTTTTTCACGTTTCC-CAAGACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * ********** * * *
13211 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTT
1 -AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * ** * * * * * * *
13276 -CAAAGGTTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCC
65 GGAATGCATGA-GTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-ATTTCT
* * * * * * * * * *
13340 TAAAGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAGTGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAA
128 TAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ACTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
13405 TTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAAAGGCATGGGTGACTATAAA
192 TTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCAATA-GCTTGGGTGACTATAAA
* * ** * ** ** * * * ** *
13469 TGGACTTTTCTTGCTAATAAAT-GTGTTTTTCATCATGTTTCCTGAGGCAGACATCCAAACAGAA
255 TGGACTTTTCTTACCAATGGATAG-CTTTTGGATCACATTTCCTGAAGTAGACATTCAATTATAA
* * ** ** * * *
13533 TATGTTTCAATTAAAAATAAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTT
319 TATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * * * *
13598 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTAGAATGCATGGATGAATATAAATAAATTTTTCTTGCCAATGAATG
384 AAAGCGAGTAATAAGGCTTGAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTAATAAATG
* * * * * * *
13663 GCTTTTTCTTCATGTTT-CTAA-AAAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
448 ACTTTTT-TTCACGTTTCCCAAGACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * ** *
13722 AAAAAAACTT-AACTT-AAATCAATTATGAGATTATATAGA-CCGTTAAAGTGAGTAAGTAATAA
1 -AAAGAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAATCATTTAAA--GCG--AGTAATAA
* * * * * * * * * *
13784 GGCTTT-CAATGACTTGGGTGACTACAAATGGAC-TTTCTTGCCAA-GGATGAC-ATTTCGGATC
59 GGCTTTGGAATG-CATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTC--TTC
* * * * * * *
13845 ACATTTCTTGAA-GTAAATATTCAA-TAT-ATATATTTTAATCAAAAATACAAAAAACTTCATAA
121 A-ATTTCTT-AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAC-TC--AA
* * * * *
13907 CTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGAGC-TTCAGA-AGGCGTG
181 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGCTTTCA-ATA-GCTTG
* ** * *** * ** *
13970 GGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATAAATGGCTTTTTTTTTATGTTTCCTG-AGACAGA
243 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGGATAGCTTTTGGATCACATTTCCTGAAG-TAGA
* * * * ** * * * *
14033 CATTCAAATATAATATTTTTTAAGCAAATATACAAAAAAA-TCAACTTCAAATGAATTCTGAGAT
306 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
* * * * * * *
14097 TATAAAACCATTTAAA-AGAGTAATAAGGCTGTCA-ATGGCTTGAGTGAGTAT-AATGGACTTTT
371 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TGAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* ** * * ** * * * * * *
14159 CCTACTAATGGATG-GTTTTTGGATCATATTT-CTAGAAATAGACATTCAATTATAATATATTTT
435 -CTTCTAATAAATGACTTTTT--TTCACGTTTCCCA-AGACAGACATTCAAATATAATCTGTTTT
** *
14222 AAGAAAAAATAT
496 AACCAAAAATGT
* * ** *
14234 AAAAACATTTAACTTAAAATCAATTAAAAGATTATAAAA-CTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTT
1 AAAGA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * ** * *
14298 TAGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATAGG-TTTTTCTTCATGTTTC
64 TGGAATGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCA-ATTTC
** *** * * * * * * *
14362 CCAAGTTGAATATTCAAATATAATCTGTTTTAACCATAAATATAAAAAAATTCAACTTACAATGA
127 TTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAACTCAACTTAAAATCA
* ********** * *
14427 ATTATGAGATTATAAAACCANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTTAA-AGGCTTGGGTAACTATAA
191 ATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCAATA-GCTTGGGTGACTATAA
* * * * * * ** * *
14491 ATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCATCATATATCCTCCAGAAAACATTCAATTATAA
254 ATGGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGGATCACATTTCCTGAAGTAGACATTCAATTATAA
** * * * ** * **
14556 TATATTTTAATAAAAAATATAAACAAATTCAAATTAAAATTGATTATAAGATTAGAAAATGATTT
319 TATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTT
* * * ********** * * *
14621 AAAGTGAGTAATAAGGATTTCA-AAGGCATGGGTGACTATANNNNNNNNNNTCTTGTCATTGAAT
384 AAAGCGAGTAATAAGG-CTTGAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCT-AATAAAT
* * * ** * * * * * *
14685 GGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTGAATTTTTATATGTTTTAACC-AAAACGT
447 GACTTTTT-TTCACGTTTCCCAAGACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
14746 AGAAAAATTCTA-TCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAA-CTATTTATAA-CGAGTAATAAGGC
1 A-AAGAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTA-AAGCGAGTAATAAGGC
* * * * **
14808 TTTGGAA-GCCATGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATT
62 TTTGGAATG-CATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-ATT
* * * * * *
14872 T-TCCAAGGTAAACACTCAATTATAA-CTTGTTTTTACC-AAAATGTGAAAAAAAATTAACTTAA
125 TCT-TAAGGCAAACACTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATAT--AAAAAACTCAACTTAA
* * ********** * *
14934 ATTCAATTATTAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGA-AGGCATGGGTGA
186 AATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCA-ATA-GCTTGGGTGA
** * * * *** ** *
14997 C-CGAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATAG-TTTTATTTTCATGTTTTCC--AAGGTAAACATT
248 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTT-GGATCA-CATTTCCTGAA-GTAGACATT
* * ** * * * * **
15058 GAATTTTAACCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCTACCTAAAATCAAGAATAAGATTATA
310 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
** * * * *
15123 AAACCATTTAAAGTTAGTAGTAAGGTTTTAGAAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
375 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-C
* ** * * * * *
15188 TAATGAATGGGTTCTTCTTCATGTTTCCCAAGGA-AAACATTCAATTATAATATGTCTTT-ACC-
439 TAATAAATGACTT-TTTTTCACGTTTCCCAA-GACAGACATTCAAATATAATCTGT-TTTAACCA
15250 AAAATGTT
501 AAAATG-T
* * ********** * *
15258 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATT
1 -AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * * ** * ** *
15323 CAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTACCAATGATTGGCTTTTTCTT-GTTTTTTCT
65 GGAATGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAATTTCT-T
* * * * * *
15387 AGAGGTAAACATTCAAATAGAATCTATTTTAA-CAAAAACTATAAAAGAATTCAACTTAAAATCA
129 A-AGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TATAAAA-AACTCAACTTAAAATCA
* * * * * *
15451 A-TACTGAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTGGAAT-GCATGGGTGAATATA
191 ATTA-TGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTT-CAATAGCTTGGGTGACTATA
* ** * * * ** * * *
15514 AATGAACTTTTCTTGTCAATGAAT-GACTTTTTGCTCATGTTTTCC--AAGGTAAAAACTCAATT
253 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATAG-CTTTTGGATCA-CATTTCCTGAA-GTAGACATTCAATT
* * * * * * * *
15576 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATACTAAAAAACTT-AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGAC
315 ATAATATATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAC
* * * * * * * *
15640 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA-ATGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCTAA
379 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTGAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTAA
** * ** * ** * * *
15704 TGGATGGCTTTTGGATCACATTTTCTAAAGTA-A-ACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAA
442 TAAATGACTTTT-TTTCAC-GTTTCCCAAG-ACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCA-AA
*
15767 ACATAT
503 A-ATGT
* * * * *
15773 -AA-AACTCAACTAAAAATTAATTATAAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
1 AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
15835 AGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-TGTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC
65 GGAATGCATGAGTGAATATAAATGGACT-TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-ATTT-C
* * * * * * * * *
15899 TT-AGGCACACAATCAATTATAATATGTTTTTATCAAAAATGTAAAAAAAAATTTAACTTAAAGT
127 TTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA--T-ATAAAAAACTCAACTTAAAAT
* * **************************
15963 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATA
189 CAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGT-AATAAGCTTTCAATAGCTTGGGTGACTATA
** * * *** ** * * * * *
16028 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-CAAGGTGGCCATTGAATTTT
253 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGGATCACATTTCCTGAA-GTAGACATTCAATTAT
* * * * * * * * * *
16092 AATCTATTTGAACCAGAAATGTAGAAATATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTTTAAAACCAT
317 AATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCAT
* * * * * * *
16157 TTAAAGTGAGCAATAAAGCTTTG-GAAGGTATGGGTGACTATAAATGGA-TTCGTCTTGCCAATA
382 TTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTGAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTT-TTCTT-CTAATA
* * * ** * * * * *
16220 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAATAGTCAATTATAATCT-TTTT-ATCAAAAATGT
444 AATGACTTTTT-TTCACGTTTCCCAAGACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-
16283 T
507 T
* * ** * * * *
16284 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGTCATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAGGGCTTT
1 -AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * *
16349 CAAAGGCTTG-GATTACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATTT-TT
65 GGAATGCATGAG-TGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAATTTCTT
* * * * * * *
16411 CCAGAGGTAAACATTCAAATAGAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATC
129 --A-AGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AACTCAACTTAAAATC
* * * *
16476 AA-TACTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTGGAAT-GCATGGGTGAATAT
190 AATTA-TGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-CTTT-CAATAGCTTGGGTGACTAT
* * * * * * * * * *
16539 AAATGAACTTTTCTTACTAATGAATAACTTTTTGCTCACTTTTCC--AATGTAAAGACTCAATTA
252 AAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGGATCACATTTCCTGAA-GTAGACATTCAATTA
* * * * *** * * * *
16602 TAATCTGTTATAACTAAAAATACCAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACTA
316 TAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCA
* *
16667 TTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTT
381 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
16689 TTAATGGCTC
Statistics
Matches: 5822, Mismatches: 1450, Indels: 578
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (507 bp):
AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTG
GAATGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAATTTCTTAA
GGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCTTTCAATAGCTTGGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGGATCACATTTCCTGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTT
TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
GTAATAAGGCTTGAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTAATAAATGACTTTTTT
TCACGTTTCCCAAGACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
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Statistics
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9349 NNNNNNNNNN
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* * * * * * *
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******* * * * ***
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* ** * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * *
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** * * * * * * * * *
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1 GGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TC
* * * * * * * * *
10107 GAA-GTAGAGATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT-ATAGAAAAATTCAACTTAAAATTA
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * ** * * * * *
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252 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCAT
* *
10360 TTCAAGCGAGTAATAAGGCTTT
317 TTAAAG-TAGTAATAAGGCTTT
* * * * * **
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1 GGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTT
* * * * **
10443 CCTGAA-GCAAACATTCAACTATAATATGTTTTTAACAAAAAATG-TAAAAACGTTCAACTTAAA
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* ********* * * **** *
10506 ATCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGGTGGCATGAGTGACTA
122 ATCAATTATTAGA-TTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCAAAGGCATGGGTGACTA
* * * * * * * * * * * *
10571 TAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAAT-GTGTTTTTCATAATG-TTTCTTAAGGCAAACATTCAAA
186 GAAATAGACTTTTGTTACCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAAACATTGAAT
** * * * *
10634 TAGAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAA
249 TTTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAA-AATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAA
** * *
10698 TTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTA
313 CCATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
10724 GGAATGCATGGGCGAGAATATAAATGGACTTTTCTTTCCAATTAATGGCTTTTTCTTCAAG-TTT
1 GGAAGGCAT-GG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT
* * * * *
10788 CTCGAGGCAAACACTGAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAACATCAACTTAAAAT
64 C-CAAGGAAAACACTCAATTATAAT-TGTTTT-ACC-AAAATGTTAAAAAA-ATTAACTTAAAAT
* * * * * * * * * * * *
10852 CAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGACTAATAAAGCTTTTAATGGCTTGAGTGATTATA
124 CAATTATTAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCAAAGGCATGGGTGACTAGA
* * * * ** ** * * * *
10917 AATGGACTTTTGTTGCAAATGGATAG-TTTTTGGATCACATTTCCCGAA-GTAGACATTCAATTA
188 AATAGACTTTTGTTACCAATGAATAGCTTTTT-CTTCATGTTTTCC-AAGGTAAACATTGAATTT
* * * * * *
10980 TGA-CATATTTTAACCAAAAATGTA-AAAACATTCAACTTAGAAA-CAATTATAAGATTATAAAA
251 TAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAA-ATTCTACCTA-AAATCAATAATGAGATTATAAAA
* *
11042 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
313 CCATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * * ** * * *
11068 AGAAGGCATGGATGATTATAAATGGATTTTTCATACCAATAAATAACTTTTTGTTTACG-TTTCC
1 GGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC
* * * * * * ** *
11132 TGAGGCAGACAGTTAGA-TATAATTTTTTTTAATTAAAAATG-TAAAAGAATTCAACTTAAAATC
66 -AAGGAAAACACTCA-ATTATAA-TTGTTTT-A-CCAAAATGTTAAAAAAATT-AACTTAAAATC
* * * * * ********** * *
11195 AATAATGAGATTATGAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTNNNNNNNNNNGGTGAATATAA
125 AATTATTAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCAAAGGCATGGGTGACTAGAA
* * ** * ** * * * **
11260 ATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC-TAG-TTTCTTGAGGCAAACACTCAATTCC
189 ATAGACTTTTGTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCAT-GTTTTC-CAAGGTAAACATTGAATTTT
* * ********** * *
11323 AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATNNNNNNNNNNATCAATTATAAGATTAT-AAACCAT
252 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCAT
* *
11387 TTAAAGTGAGGAATAAGGATTT
317 TTAAAGT-AGTAATAAGGCTTT
* * * * * * ** *** **
11409 -CAATGGCTTGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCCTACCAATGGATCTCTTTTGGATCA-CATTT
1 GGAA-GGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT
* * * * * ** *
11471 CCTAAAGTAGACATTCAATTATAATAT-TTTAAGTAAAAAT-ATAAAAAAATTAACTTAAAATCA
64 CC-AAGGAAAACACTCAATTATAAT-TGTTTTA-CCAAAATGTTAAAAAAATTAACTTAAAATCA
* * * * * *
11534 ATTATAAGATTAAAAAACCATTTAAACCTAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCATAGGTGACTATAA
126 ATTATTAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCA-AAGGCATGGGTGAC--T-A
* * * * * * ** * ** * * * *
11598 AAAAAAAAATTTTG-T--CAATAAATGGCTTTTT-TTCACATTTTCTAAGACAGACATTCAAATA
186 GAAATAGACTTTTGTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTGAATTT
* * * * *
11659 TAATTTGTTTTAACAAAAAATATA-AAAATATT-TAACTTAAAATCAATAAT-ATAATTATAAAA
251 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAA-ATTCT-ACCTAAAATCAATAATGA-GATTATAAAA
*
11721 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
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* * * * * * * **
11747 GGAATGCATGAGTGAATGTAAATGGGCTTTTCTTG-TCAATGAATGGCTTTTCCTTCA-CATTTC
1 GGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC
* * * * * *
11810 TTAAGGCAAACACCCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATG-TAAAACAACTCAACTTAAAATC
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* * * * * * * *
11874 AATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATATGCCTTTCAATA-GCTTGGGTGACTATA
125 AATTATTAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCAA-AGGCATGGGTGACTAGA
* * * * *** * * ** *
11938 AATGGACTTTTCTTACTAATGGATAGCTTTTGGATCACT-TTTTCTGAA-GTAGACATTCTATTA
188 AATAGACTTTTGTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-TGTTTTC-CAAGGTAAACATTGAATTT
** * * ********** * * *
12001 TAATAC-ACTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT-TAACNNNNNNNNNNTTATAAGATTATAAAAT
251 TAAT-CTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCT-ACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * * *
12064 TATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTC
314 CATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
12089 GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATAAATGGC-TTCT-TTCATGTTTCCC
1 GGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC
** * * * ** *
12152 AA-GATAGGCATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAATGAATTCAACTTAAAATCG
66 AAGGA-AAACACTCAATTATAAT-TGTTTT-ACC-AAAATGTTAAAAAAATT-AACTTAAAATCA
* ********* * * ** * * *
12215 ATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTGGAATGCATGAGTGAAC-ATAA
126 ATTATTAG-ATTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCAAAGGCATGGGTG-ACTAGAA
* ** * * * * * *
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189 ATAGACTTTTGTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAAACATTGAATT-TT
* * * * * **********
12343 -ATCTGTTTTAACTAAAAATATA-AAATAACTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACCA
252 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAA-AATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
* *
12406 TTTAAAATGAGTAATAAAGCTTT
316 TTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * * * ** **
12429 -CAATAGCTTGGATGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGACGGCTTTTTGATCA-CATTTC
1 GGAA-GGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC
* * * * * *
12492 CTGAA-GCAGACATTCAATTATAATATATTTGAACCAAAA-GTGTAAAAAAATTCAACTTAAACT
65 C--AAGGAAAACACTCAATTATAAT-TGTTT-TACCAAAATGT-TAAAAAAATT-AACTTAAAAT
* * * * * * *
12555 CAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC-TTTAGAATGCATGAGTGTCTAT
124 CAATTATTAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCA-AAGGCATGGGTGACTAG
* * ** * * * * * * *
12619 AAATGGACTTTTCTTGTCAATAAAT-GACTTTTT-TTTATGTTTCCCAAGATAAACATTCAAATA
187 AAATAGACTTTTGTTACCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTGAATTT
* * * ** *
12682 TAATCTGTTGTAACCCAAAATGTA-AAGAAATTCAATTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACT
251 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAA-AAATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
*
12746 ATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTT
315 ATTT-AAAGTAGTAATAAGGCTTT
* * * * * ***
12770 GGAATGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGAAT-GATTTTTCTTTAAAATTTC
1 GGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC
* * * *
12833 TCAAGGCAAACACTTAATTATAATATGTTTTTA-C-AAA----AAAAAACTCAACTTAAAATCAA
65 -CAAGGAAAACACTCAATTATAAT-TG-TTTTACCAAAATGTTAAAAAAATTAACTTAAAATCAA
* * * ** * * * * *
12892 TTATGAGA-TTACAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAATTGCTTAGGAGATTATAAA
127 TTATTAGATTTA-AA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCAAAGGCATGGGTGACTAGAAA
* * * * * * ** * * * * *
12956 TGGACTTTTCTTGCTAAT-AGATGGCTTTTGCATT-A-CCTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTAT
190 TAGACTTTTGTTACCAATGA-ATAGCTTTTTC-TTCATGTTTTCC-AAGGTAAACATTGAATTTT
* * * * * *
13018 AATATGTTTTAACTAAAAATATA-AAAAAGCTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
252 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAA--TTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
*
13082 ATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTT
315 ATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
13106 AGAA--AATGTAGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGTTAATAAATGG-TTTTTTTTAATG-TT
1 GGAAGGCATG--GGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * *
13166 TCCTCAGGTAGACATTCAAATATAATTTTTTTTCACCATAAATG-TAAAAAAATTTAACTTAAAA
63 TCC-AAGGAAAACACTCAATTATAA-TTGTTTT-ACCA-AAATGTTAAAAAAA-TTAACTTAAAA
********* * * * ** * *
13230 TCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGTTTAGGTGACTAT
123 TCAATT-ATTAGATTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCAAAGGCATGGGTGACTAG
* * ** * * * * * * * * *
13295 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCATCATG-TTTCCTAAAGTAGACATTCAGTTA
187 AAATAGACTTTTGTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTAAACATTGAATTT
* * * * * * * *
13359 TAATATATTTTAACCAAAAGTGTA-AAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACT
251 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAA-ATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
*
13423 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
315 ATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTT
** * * *
13447 AAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGTG-TTTTTCATCATG-TTTC
1 GGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTTC
* * * ** * * ** ** *
13510 CTGAGGCAGACA-TCCAAACAGAATATGTTTCAATTAAAAAT-AAAAAAAAATTCAATTTAAAAT
65 C-AAGGAAAACACT-CAATTATAAT-TGTTT-TA-CCAAAATGTTAAAAAAATT-AACTTAAAAT
* * * * * * * *
13573 CAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTAGAATGCATGGATGAATAT
124 CAATTATTAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCA-AAGGCATGGGTGACTAG
* * * * * * ** * * *
13637 AAATAAATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTAA-AAAAACACTCAATTAT
187 AAATAGACTTTTGTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTGAATTTT
* * * * * * *
13700 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACT-TAACTTAAATCAATTATGAGATTATATAGACCG
252 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATA-AAACCA
*
13764 TTAAAGTGAGTAAGTAATAAGGCTTT
316 TTTAA---AGT-AGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * * * **
13790 -CAATGACTTGGGTGACTACAAATGGAC-TTTCTTGCCAA-GGATGAC-ATTTCGGATCACATTT
1 GGAA-GGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTC--TTCATGTTT
** * * * * * *
13851 CTTGAA-GTAAATATTCAA-TATATATAT-TTTAATCAAAA--ATACAAAAAACTTCATAACTTA
63 -TCCAAGGAAAACACTCAATTATA-AT-TGTTTTACCAAAATGTTA-AAAAAA--T--TAACTTA
* * * *
13911 AAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AGAGC-TTCAGAAGGCGTGGGTC
120 AAATCAATTATTAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCATTCA-AAGGCATGGGTG
* * * * * * * * ** *
13974 ACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATAAATGGCTTTTTTTTTATG-TTTCCTGAGACAGACATT
182 ACTAGAAATAGACTTTTGTT-ACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTAAACATT
* * * * * * * ** * * * * * **
14037 CAAATATAATATTTTTTAAGCAAATATACA-AAAAAATCAACTTCAAATGAATTCTGAGATTATA
245 GAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATA
*
14101 AAACCATTTAAAAG-AGTAATAAGGCTGT
310 AAACCATTT-AAAGTAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * ** *
14129 -CAATGGCTTGAGTGAGTAT-AATGGACTTTTCCTACTAATGGATGG-TTTTTGGATCAT-ATTT
1 GGAA-GGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTT
* * * * ** ** *
14190 -CTAGAAATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAGAAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAAT
64 CCAAGGAA-A-ACACTCAATTATAAT-TGTTTTACCAAAATGT-TAAAAA-AATTAACTTAAAAT
** * * * * *
14254 CAATTAAAAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGTATGGGTGACTAT
124 CAATTATTAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCA-AAGGCATGGGTGACTAG
* * * * * * * * * *
14318 AAATAGACTTTTCTTACCAATAAATAGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGTTGAATATTCAAATAT
187 AAATAGACTTTTGTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTGAATTTT
* * * * * * * *
14383 AATCTGTTTTAACCATAAATATAAAAAAATTCAACTTACAATGAATTATGAGATTATAAAACCAN
252 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA-
*********
14448 NNNNNNNNNGTAATAAGGCTTT
316 TTTAAAGTAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * * * *
14470 TAAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCATCATATATCCT
1 GGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-T-TT
* * ** ** * * **
14535 CC-A-GAAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAACAAATTCAAATTAAAATTG
64 CCAAGGAAAACACTCAATTATAAT-TGTTTTACCAAAATGT-TAAAAAAATT-AACTTAAAATCA
* * ** * * *
14598 ATTATAAGATTAGAAAATGATTTAAAGTGAGTAATAAGG-ATTTCAAAGGCATGGGTGACTATAN
126 ATTATTAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCA-TTCAAAGGCATGGGTGACTAGAA
********* * ** * * * *
14662 NNNNNNNNNTCTTGTCATTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTGAATTTTTA
189 ATAGACTTTTGTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTGAATTTTAA
* * * *
14727 TATGTTTTAACC-AAAACGTAGAAAAATTCTATCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTT
254 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTT
14791 ATAACG-AGTAATAAGGCTTT
319 A-AA-GTAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
14811 GGAAGCCATGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCC
1 GGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC
* * *
14876 AAGGTAAACACTCAATTATAACTTGTTTTTACCAAAATGTGAAAAAAAATTAACTTAAATTCAAT
66 AAGGAAAACACTCAATTATAA-TTG-TTTTACCAAAATGT-TAAAAAAATTAACTTAAAATCAAT
********* * *
14941 TATTAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCATGGGTGAC-CGAAAT
128 TATTAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCA-AAGGCATGGGTGACTAGAAAT
* * * * *
15004 GGACTTTTTTTGCCAATGAATAG-TTTTATTTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTGAATTTTAAC
191 AGACTTTTGTTACCAATGAATAGCTTTT-TCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTGAATTTTAAT
* *
15068 CTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCTACCTAAAATCAAGAATAAGATTATAAAACCATTTA
255 CTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTA
* *
15133 AAGTTAGTAGTAAGGTTTT
320 AAG-TAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
15152 AGAAGGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTCTTCTTCATGTTTCCC
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*
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* * * * * *
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* * *
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1 GGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTT
* ** * *
15556 TCCAAGGTAAAA-ACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATACTAAAAAACTTAATTTAAAAT
63 TCCAAGG-AAAACACTCAATTATAAT-TGTTTT-AC-CAAAATGTTAAAAAAATTAACTTAAAAT
* * * * * * * * * *
15620 CAATTATGAGATTATAAGACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAATGGCTTAGGTGACTATA
124 CAATTATTAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCAAAGGCATGGGTGACTAGA
* * * * * * *** ** * * * *
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188 AATAGACTTTTGTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTGAATTTTA
* * * ** * * * * * * *
15750 ATATATTTTAACCACAAACATA-TAAAACTC-AACTAAAAATTAATTATAAGATTATAAAACTAT
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* *
15813 TTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
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* * * *
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1 GGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT
* * * * * * *
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* *************************** *
15962 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAT
123 TCAATTATTAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCAAAGGCATGGGTGACTAG
* * ** * * ***
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187 AAATAGACTTTTGTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTGAATTTT
* * * * *
16092 AATCTATTTGAACCAGAAATGTAGAAATATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTTTAAAACCAT
252 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCAT
* *
16157 TTAAAGTGAGCAATAAAGCTTT
317 TTAAAGT-AGTAATAAGGCTTT
* * * * *
16179 GGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGA-TTCGTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTC
1 GGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTT-TTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC
* * * * *
16242 CTAAGGTAAATAGTCAATTATAATCT-TTTTATCAAAAATGTTAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
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* * * * * * * * *
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126 ATTAT-TAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCAAAGGCATGGGTGACTAGAA
* * * * * **
16370 ATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-TTTTCCAGAGGTAAACATTCAAATAGA
189 ATAGACTTTTGTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCA-AGGTAAACATTGAATTTTA
* * * * * *
16434 ATCTATTTTAACAAAAAATATA-AAAGAATTCAACTTAAAATCAATACTGAGATTATAAAACCAT
253 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAA-AATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCAT
*
16498 TTAAAGTGAGTAATAAGACTTT
317 TTAAAGT-AGTAATAAGGCTTT
* * * ** *
16520 GGAATGCATGGGTGAATATAAAT-GAACTTTTCTTACTAATGAATAACTTTTTGC-TCA-CTTTT
1 GGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTT
* * * * * *
16582 CCAATGTAAAGACTCAATTATAATCTGTTATAACTAAAA--ATACCAAAAAATTAAACTTAAAAT
64 CCAAGGAAAACACTCAATTATAAT-TGTT-TTACCAAAATGTTA--AAAAAATT-AACTTAAAAT
* * * * * * * * * *
16645 CAATTATGAGATTATAAGACTATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTAATGGC-TCAGGTGACTAT
124 CAATTATTAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCAAAGGCAT-GGGTGACTAG
* * ** * * **** ** ** * *
16709 AAATTGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGGATCACATTTTCTGTA-GTAAACATTCAATTA
187 AAATAGACTTTTGTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAAACATTGAATTT
* * ** * * * * * **
16773 TAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC-AACTAAAAATCAATTATGAGGTTATAAANNN
251 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCTACCT-AAAATCAATAATGAGATTATAAA-AC
************************
16837 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
314 CATTTAAAGTAGTAATAAGGCTTT
*** * * * * * *
16861 NNNAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCT
1 GGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC
* * * * **
16926 AAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAGTCNN
66 AAGGAAAACACTCAATTATAAT-TG-TTTTACC-AAAATGTTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAA
******** * * * * * * *
16991 NNNNNNNNTTATAAAACTATTTAAAACGAGTAGTAAGGC-TTTAGAAGGCATGAGTGGCTATAAA
127 TTATTAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCA-AAGGCATGGGTGACTAGAAA
* * * * * * ** *
17055 TGGATTTTTCTTATCATTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTGAAGGTGAACATTGAATTTTAAT
190 TAGACTTTTGTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTGAATTTTAAT
* * *
17120 CTGTTTAAACCAAAAATGTAGAAAAATTCTGCCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTA
255 CTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
17185 TAGCGAGTAATAAAGCTTT
320 AAG-TAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * *
17204 GGAAGGTATGGGTGACTATAAGTGGATTTTTCTTGCCAATGAATGGCATTTCCTTCATGTTTGCT
1 GGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC
* * *
17269 AAGGTAAACACTCAATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATCTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
66 AAGGAAAACACTCAATTATAAT-TG-TTTTAC-CAAAATGTTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAA
17334 TTATGT-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
127 TTAT-TAGATT-TAAAACCATTTAAAGCGAG
17364 NNNNNNNNNN
Statistics
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TAGATTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCAAAGGCATGGGTGACTAGAAATAGACT
TTTGTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTGAATTTTAATCTGTTT
TAACCAAAAATGTAGAAAAATTCTACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAG
TAATAAGGCTTT
Found at i:21319 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20452--27647 Score: 4403
Period size: 171 Copynumber: 42.5 Consensus size: 170
20442 AGGTGTTACA
* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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** *
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131 CTGCTTCAGG-AAACATGAAGAAAA-A-CCATCCATTGGCAAG
* * * * *
20792 AAAAGTCCATTTATAATCACTCAT-AC-TTCAAAAGCCTTGTTACGT-GCTTTAAATAGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
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* * *
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1 AAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCAT-GCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
21025 AAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATT-TTTTACATTTTTAGGTAAAATATATTATAATTGAA
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* *
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1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * ** * * *
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* * * * *
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*
21304 AAAAGTCCATTTATAGT----CA------TCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
** * * * *
21358 TCTCATAATTGATTTTCAA-TAAAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAAAATTCAAT
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* * ** ** * *
21422 GTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAG
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* * ** * * *
21465 AAAAGTCTATTTA-AGTCACCCATACCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTAAAA
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* * * *
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* * * * * *
21592 GTTTG-TCTCAAGAAACATGATA-AGAAAGCCATTCATTGGTAAA
129 GTCTGCT-TCAGGAAACATGA-AGA-AAAACCATCCATTGGCAAG
* * * * * * *
21635 AAAAGACTACTTATAGTCACCCAT-ACTTTCAAAAGCCTTATTATTGGCTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* ** * *
21699 ATCTCATAATTAATTTTAAGTCAAATTTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTAT-ATTACA
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* * * * *
21763 ATGTCTACTTCAGGAAACGT-AATGCAAAGCCATCCATTGGTAAG
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* * * *** *
21807 AAAACTCCAGTTGTAGTCATTTATG-CTTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
21871 ATCTTATAATTGATTTTAATTTGAATTGTTTTACATTTTTGGATAAAATATACTATAATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * *
21936 TCTACTTCAGGAAACATGAAGCAAAGCCATCCATTGGCAAG
130 TCTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAACCATCCATTGGCAAG
* * * * * * *
21977 AAAAGTCCATTTACAGTCACTC-TAACCTTTGAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
22041 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTAGATAAACTATATTATGATTGAAA
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* * * *
22105 GTCTACTTCAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
129 GTCTGCTTCAGGAAACATGAAG-AAAAACCATCCATTGGCAAG
* * * * *
22148 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG-CATTCAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
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* * *
22275 TTTGCATCAGGAAACATGAA-AAAAAGCCA-CTCATTAGCAAG
130 TCTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATC-CATTGGCAAG
* * * *
22316 AAAAGTCCATTTATAGTGACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * **
22381 TCTCATTACTGATTTTAAGTTGAATTAG-TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATCTTTGAATG
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* * ** * * *
22445 TCTGCCTCAAGAAATTTGACGAAAAAACCATTCACTGGCAAG
130 TCTGCTTCAGGAAACATGAAG-AAAAACCATCCATTGGCAAG
* * * * *
22487 AAAAGTCCATTTATATTCAACCATACCTTTCAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
22552 TCTTATAATTTG-TTTTAAGGTGAATAT-TTTTACATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAA
66 TCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA
* ** * *
22614 TGTCTACTTCAGGAAATGTGATGAAAATGCCATCCATTGGCAAG
128 TGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAA-ACCATCCATTGGCAAG
** * * * * *
22658 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTCTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
22723 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTATACATTTTTTGATAAAATATAGTGTAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT-TACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * *
22788 CCTGCTTCAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
130 TCTGCTTCAGGAAACATGAAG-AAAAACCATCCATTGGCAAG
* * * * * * *
22830 AAAACTCAATTTATTGTCA-CCTTAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTATTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
22894 ATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTTGATAAAATATATTATAATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * * *** *
22959 TTTGTTTTAGGAAACATGATGCAAGAGGTATCCACTGGCAAG
130 TCTGCTTCAGGAAACATGAAG-AAAAACCATCCATTGGCAAG
* * * * * * *
23001 AAAACTCC-TTTGTTGTCACCC-TCGCCTTTCAAAGACTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATG
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
23064 ATCTCATAATTGATTTCAAGTTG-ATTGGTTTTACATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-GTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * * *
23127 TG-CTTGGTTTAGGAAACATCATGCAAATACCATCCAATGGCAAG
128 TGTC-TGCTTCAGGAAACATGAAG-AAAAACCATCCATTGGCAAG
* * ** * *********
23171 AGAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGNNNNNNNNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
23236 NCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACAGTTTTT-GATAAAATATAGTGTAATTGAATG
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* * * *
23300 TCCGCTTCAGGAAACATGATGTAAAACCATCCATTGCCAAG
130 TCTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAACCATCCATTGGCAAG
* ** * * * * *
23341 AAAACTGTATTTATTGTCACCC-TAGTCTGTCAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTGTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
23405 ATCTCGTAATT-AATTTAAATTGAGTTTTTTTACATTTTTAGGTAAAATATATTATAATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * *
23469 TCTAGCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAAC-TGCTCATTGGTAAG
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* * * * * * * * *
23511 AAATGTCTATTTATATTCACCCATACATTCCAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* ********** * * * * * * *
23576 TTTCATANNNNNNNNNNAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGAT-AAATATAGTGTAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * * **
23640 CTACTTTCA-AAAACGTGATGTGAAATCCATCCATTTTCAAG
131 CTGC-TTCAGGAAACATGAAG-AAAAACCATCCATTGGCAAG
* * * * * * * * * *
23681 AAAAGTCTATTTAGAGTCTCGC-TAGCCCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTGTAAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
23745 ATCTCATATTTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGATAAAATATATCATAATTGAATG
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* * *
23809 TCTGCCTT-ATGAAACATGAAGAAAAAGTCA-CTCATTCGCAAG
130 TCTG-CTTCAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATC-CATTGGCAAG
* * * * *
23851 AACAGTCCATTTATAGTCACCTACGCCTTCCAAAACCTTATTACT-GTCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
23915 ATCTCATTACTAATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * ** * * **
23980 TTTGCCTC-GAGAAATGTGAAGGAAAAACCATTCACTAACAAG
130 TCTGCTTCAG-GAAACATGAA-GAAAAACCATCCATTGGCAAG
* * * * * *
24022 AAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCCAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAACTGATTTTATGA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * **********
24087 TCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTNNNNNNNNNNTATATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * ** ***
24152 CTACTTCAGGAAACATGATGCAAATGCCATCCATTAATAAG
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* * * * *********
24193 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGNNNNNNNNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
24258 NCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTGATAAAATATAGTGTAATGGAATGG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT-G
* * *
24323 T-TGCTTC-GAGAAACTTGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAG
130 TCTGCTTCAG-GAAACATGAAG-AAAAACCATCCATTGGCAAG
* * * * * *
24364 AAAACTCTATTTATTGTCACCC-TAACCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATA
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* *
24428 ATCTCATAATTGATTTCAAATTG-ATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* ** * * * ** *
24492 GCCTATTTTAGGAAACATCATGCAAATGCCATCCAATGGCAAG
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* **
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24663 ATCTGCTTCAGGAAACGTGATGTAAAGCCATCCATTGCCAAG
129 GTCTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAACCATCCATTGGCAAG
* * * ** * * * *
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* ** * * ** ** *
24769 ATCTCGTAATCAATTTTAAGTTAAATTATTTTTTATTTTTAAATAAAATATATTATAATTGAATA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * * *
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* * * * *
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1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
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* * * * ** * * *
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** * * ** *
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* * * * *
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* * * ** *
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1 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
********* * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * **********
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* * * *
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1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* ********** * * * *
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* * * * * ***
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******* * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * ** **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** * ** *
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** * * * * *
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1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-A
******** * * * * * *
27292 NNNNNNNNA-TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTCACA-TTTTGGTTAAAACAGATAATATTTTATA
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * ** *
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1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
*
27633 ACCTCATAATTGATT
65 ATCTCATAATTGATT
Statistics
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*
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* ** * * * **
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* **
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* * * * * * * ** ** * *
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* *
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320 AAAAGCCATCCATTGGCAAG
* ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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128 GTCTGCT-TCAGGAAACATGATGA-AAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
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** * * * * *
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* *
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* * * *** * *
21807 AAAACTCCAGTTGTAGTCATTTATG-CTTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * *
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129 TCTGCTTCAGGAAACATGATGAAAAGCCATC-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCT
* * * * *
22338 ATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTG
193 A-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * ** * * ** * *
22403 AATTAGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATCTTTGAATGTCTGCCTCAAGAAATTTGACGAA
257 AATT-TTTTTCATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCA
* * *
22468 AAAACCATTCACTGGCAAG
321 AAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * *
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* * *
22551 ATCTTATAATTTG-TTTTAAGGTGAATAT-TTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAA
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* **
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127 TGTCTGCTTCAGGAAACATGATGAAAA-GCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * *
22678 TTAAGCCTTTAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAT
191 CT-AGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
22743 TGAATTGTTTATACATTTTTTGATAAAATATAGTGTAATTGAATGCCTGCTTCAGGAAACGTGAT
255 TGAATT-TTT-TTCATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGAT
22808 GCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
318 GCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * ** * * *
22830 AAAACTCAATTTATTGTCACCTTAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTATTATAA
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* *
22895 TCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTTGATAAAATATATTATAATTGAATGT
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* * * * ** * * * * *
22960 TTGTTTTAGGAAACATGATGCAAGAGGTATCCACTGGCAAGAAAACTCC-TTTGTTGTCACCCTC
130 CTGCTTCAGGAAACATGATG-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTA
* * * * *
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* * * * *
23088 TTGGTTTTACATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGATTG-CTTGGTTTAGGAAACATCATGC
259 TT--TTTTTCATTTTTAGA-TAAAATATATTATAATTGAATGTC-TGCTTCAGGAAACATGATGC
*
23151 AAATA-CCATCCAATGGCAAG
320 AAA-AGCCATCCATTGGCAAG
* * * * *********
23171 AGAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGNNNNNNNNN
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* * * *
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* * * ** *
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194 GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
23429 TTTTTTTACATTTTTAGGTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAGCTTGA-GAAACGTGAAG-AA
259 TTTTTTT-CATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTCAGGAAACATGATGCAA
** *
23492 AAAAC-TGCTCATTGGTAAG
322 AAGCCAT-C-CATTGGCAAG
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23511 AAATGTCTATTTATATTCACCCATA-CATTCCAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAATAGTTTTATA
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* ********** * * * * *
23575 ATTTCATANNNNNNNNNNAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGAT-AAATATAGTGTAATTGAATG
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129 TCTGC-TTCAGGAAACATGATG-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * * *
23703 TAGCCCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTGTAAAATCTCATATTTAATTTTAAGTTG
192 TAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
23768 AATTTTTTAT-ATTTTTAGATAAAATATATCATAATTGAATGTCTGCCTT-ATGAAACATGAAGA
257 AATTTTTT-TCATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CTTCAGGAAACATGATGC
* *
23831 AAAAGTCA-CTCATTCGCAAG
320 AAAAGCCATC-CATTGGCAAG
* * * * *
23851 AACAGTCCATTTATAGTCACCTACGCCTTCCAAAACCTTATTACT-GTCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * *
23915 ATCTCATTACTAATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-GATAAAATATATTATAATTGAATG
* * ** * * * * ** *
23980 TTTGCCTC-GAGAAATGTGAAGGAAAAACCATTCACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACC
129 TCTGCTTCAG-GAAACATG-ATGAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
24044 -ATGCCTTCCAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAACTGATTTTATGATCTCACAATTGATTTTAAGTT
192 TA-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
********* *
24108 GAATTTTTTT-ATATTTNNNNNNNNNNTATATTATAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGATG
256 GAATTTTTTTCAT-TTT-TAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATG
* ***
24172 CAAATGCCATCCATTAATAAG
319 CAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * *********
24193 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGNNNNNNNNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
24258 NCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTGATAAAATATAGTGTAATGGAATGG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTTGATAAAATATATTATAATTGAAT-G
* * * * * *
24323 T-TGCTTC-GAGAAACTTGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATTGTCACCC
129 TCTGCTTCAG-GAAACATGATG-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
24386 TAACCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAATTG
192 TAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * ** * *
24451 -ATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGCCTATTTTAGGAAACATCATGC
257 AATT-TTTTT-CATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGC
* *
24515 AAATGCCATCCAATGGCAAG
320 AAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * ********** *
24535 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTCTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** *
24600 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAGTTTTTCATAAAATATACTGCAATTGAATAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTTGATAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * *
24665 CTGCTTCAGGAAACGTGATGTAAAGCCATCCATTGCCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCCTAC
130 CTGCTTCAGGAAACATGATGAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTAG
** * * * * * ** *
24730 CCTTTCAAAAACTTATTGCTCACTTCAAATGGTATTATAATCTCGTAATCAATTTTAAGTTAAAT
195 CCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
24795 TATTTTTTATTTTTAAATAAAATATATTATAATTGAATATCTGCTTCAGGAAACGTGATGCAACA
260 T-TTTTTCATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAA
* *
24860 GCTATCCATTAGCAAG
324 GCCATCCATTGGCAAG
* * * * * *
24876 AAAACTCCATTTATTGTCACCCTAGCCTTTCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
24941 TCTCATAATTGATTTCAAATT-AATTGTTTTTACATTTTTTATTAAA-ATATTATAATTCACTGC
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTGATAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * * ** *
25004 CTGCTTCAAGAAACATCATGCAAATGCCATCCAATAGCAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACCCAA
130 CTGCTTCAGGAAACATGATG-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTA
* ** * **********
25069 GCCTTTCCAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTCTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAA
194 GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** * * * *
25134 TTGTTTTACAGTTTTGGATAAAATATAGTGCAATTGAATATCTGCTTTAGGAAACGTGATG-TAA
259 TT-TTTTTCATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCAAA
25198 AGCCATCCATT-GCTAAG
323 AGCCATCCATTGGC-AAG
* * * ** *
25215 AAAACTCCATTTATTGTCACCTC-AGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAATTTTGTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-CAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
25279 ATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-GATAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * * * * * * *
25344 TTTG-TCTC-GAGAAACGTGAAGAAAAAACCA-CTAATTAGTAAGAAAAATTCATTTATATTCA-
129 TCTGCT-TCAG-GAAACATGATG-AAAAGCCATC-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * **
25405 CCTATGCATTCCACAA-CCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNN
190 CCTA-GCCTTTCA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TA
******* * * * * * * * * * **
25469 NNNNNNNTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACTTTAGGATATGTGA
252 AGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGA
* *
25534 TGCAAAAGCTATCCATTGG-AAA
317 TGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * *
25556 AACAAGTCCATTTATAGTCACCCCAA-CCTTTAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTCTTAT
1 AA-AAGTCCATTTATAGTCA-CCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
25620 AATTTCAT-A---A--TT-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTTGATAAAATATATTATAATTGAAT
* * * ********** *
25678 GTCTGCCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGCNNNNNNNNNNCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCC
128 GTCTG-CTTCAGGAAACATGATG-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * ********
25742 C-ATGTCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGACCTCATAATTGANNNNNNNN
191 CTA-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
** * * * * * * * *
25806 NNAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGATT-TGAAAAACATGAA
255 TGAATTTTTTT-CATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAG-GAAACATGAT
* * *
25870 GAAAAAGCCATTCATTGACAAG
318 GCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * * * ***
25892 AAAATTCCATTTATAATCGCCTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTANNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
******* * * * *
25957 NNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAATATATATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-GATAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * * * * *
26022 TTGCTTTAGGGAACATGAAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATATTCACTCAA
130 CTGCTTCAGGAAACATGATG-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTA
* * * *
26087 GCC-TTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGA
194 GCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * *
26151 ATTTTTTACATTTTTAG-TGAAAACAAATAATATTTGAATGTCTGCTT-GGGAAACATGAAGAAA
258 ATTTTTTTCATTTTTAGAT-AAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCAA
* *
26214 AAGTCATTCATTGGCAAG
322 AAGCCATCCATTGGCAAG
* * *
26232 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCACA-CCTTCCGAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGG---T-T-
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
26290 -T-T-ATAA--G---TTGAG-T---TTG-TTTATATTTTTGGTTCAAATATATTATAATAGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-GATAAAATATATTATAATTGAATG
** ** * *
26342 TCTG-TATCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATTTATTATCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTC
129 TCTGCT-TCAGGAAACATGATG-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * ********** *
26406 AAACCTTTGAAAGCCTTATTACTGGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAATTG
192 TAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * * * * *
26471 AATCTTTTTCACATAATTCA-TTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTACCTT-AGAAAACATGAA
257 AAT-TTTTT-TCAT-TTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTCAGGAAACATGAT
* * * * *
26534 GAAAAATCTATTCATTGGCATG
318 GCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * * *
26556 AAAAGTTCATTTATACTCACCCAAGTCTTTCAAAGGCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
26621 TCTCATAATTGATTTT---TTTATATT-TTTT--A----T--TAAAACATGTTATATTTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTGTTTTACATTTTTGATAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * * ** * ** * *
26674 TTGCCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAACTATTTATTGTCAAGAAAAGTTTATTTGTAGACACCC-
130 CTG-CTTCAGGAAACATGATG-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCT
* * * * * *
26737 ATGCC-TTCTAAAGTCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTCTATAATCACATAATTAAGTTTAAGTT
193 A-GCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
26801 GAATTTTTTT-ATATTTTTGGTAAAA-ACGTTTTATAATTGAGTGTTTACCTT-AGGAAACGTGA
256 GAATTTTTTTCAT-TTTTAGATAAAATA--TATTATAATTGAATGTCT-GCTTCAGGAAACATGA
26863 TGCAAAAGCCAT-CATTGGCAAG
317 TGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * *
26885 AAAAGTCCATTTATAGTCATCCAAACCTTCCAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
26950 TTTCATTACTT-ATTTTAA-TTAGAATT-TTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTTAA
66 TCTCA-TAATTGATTTTAAGTT-GAATTGTTT-TACATTTTT-GATAAAATATATTATAATTGAA
* * * * * * *
27012 TGTCTACCTTGA-AAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
127 TGTCT-GCTTCAGGAAACATGATG-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
27075 CCTATGCC-TTCAAAATCTTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCACAATTAATTTCAA
190 CCTA-GCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * ** * **
27139 GTTGAATTTTTTT-ATTTTTTTAGTTAAAACACGTTATAACTGAATGTCTATTTCAGGAAACATG
253 GTTGAATTTTTTTCA--TTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATG
* * *
27203 ATGCAAAAGCCATTCTTTGGTAAG
316 ATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * ** *
27227 AAAAGTCCATTTACAGTCTCCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-A
******** * * * * * * *
27292 NNNNNNNNA-TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTCACATTTTGGTTAAAACAGATAATATTTTATAA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-ACATTTTTGATAAAATATATTATA-ATT-GAA
* * * * * * * * ** *
27355 TGTCTGCCTCAAGAAACGTGAGGAAAAAGCTATTCATTAGCATGAAAAGTTTATTTATAGTCACT
127 TGTCTGCTTCAGGAAACATGATG-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
********** * * * * * * *
27420 CNNNNNNNNNNAAGGCTTATTACTCACTTTAAAAGGTGTTATAATCTTATAACTGATTTTCAGTT
191 CTAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
27485 GAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTAC--CAAGAGAAACATGA-
256 GAATTTTTTT-CATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTC-AG-GAAACATGAT
** *
27547 AAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
318 GCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * ** * *
27569 AAAAGACTATTTAAAGTTACTTATGCC-TTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
*
27633 ACCTCATAATTGATT
65 ATCTCATAATTGATT
Statistics
Matches: 5325, Mismatches: 1292, Indels: 476
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
320 1 0.00
321 130 0.02
322 9 0.00
323 27 0.01
324 70 0.01
325 11 0.00
326 4 0.00
328 7 0.00
329 79 0.01
330 84 0.02
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332 77 0.01
333 6 0.00
334 21 0.00
335 217 0.04
336 18 0.00
337 2 0.00
338 14 0.00
339 463 0.09
340 940 0.18
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342 1136 0.21
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344 17 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATAAAATATATTATAATTGAATGTC
TGCTTCAGGAAACATGATGAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTAGC
CTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTTCATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGC
CATCCATTGGCAAG
Found at i:25207 original size:510 final size:512
Alignment explanation
Indices: 20838--25631 Score: 2143
Period size: 510 Copynumber: 9.4 Consensus size: 512
20828 TTGTTACGTG
* * * * * * * *
20838 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGATAAA
1 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAATT-AATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * ** *** * * * * *
20903 ATATAGTCTAATTGAATGTCTGTTTTGGGAAACATGATGCAAAAGTCATCTAGT-G-ATAAGAAA
65 ATATATTATAATTCAATGCCTACTTCAAGAAACATCATGCAAATGCCATCCAATAGCA-AA-AAA
* ** * ** * * *
20966 AGTCCATTTATAG-CTACCTTAG-CTTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTAAAAT
128 AGTCTATTTATAGTC-ACCCAAGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTCTTATAAT
* * * * ** *
21029 CTCATAATTGATTTTAAGTTTAATT-TTTTACATTTTTAG-GTAAAATATATTATAATTGAATGT
191 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAGTTTT-GCATAAAATATACTGCAATTGAATAT
* ** * * * * * * * * *
21092 TTG-TCTCATCAAACGTCAAGAAAAAG-TAACTCATTAG-TAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
255 CTGCT-TCAGGAAACGTGATG-TAAAGCCATC-CATT-GCCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACC
* ** ** * *
21154 -CATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTGT-AAATGGTTTTATAATCTCATTA-CTAATTTTAA
316 TCA-CCCTTTCAAAAACTTATTACTCACT-TCAAATAATATTATAATCTCATAATC-AATTTTAA
* * *** * * * * * *
21216 GTTGAATTGTTTTATATTTTTTTTTAAAATAGATTTTATTTGAATG-TCTGCCTCGACAAACTTG
378 GTTAAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGAT-TGCTTCGAGAAACGTG
* * * * * * *
21280 AAG-AAAAACTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT----C--A----TCAAAACCTTA
442 AAGCAAAAGCT-ATCCATTAGCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCCTAACCTTTCAAAGCCTTA
*
21334 TTACTCG
506 TTACTCA
*
21341 CTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTC-AATAAAATT-TGTTTTACATTTTTAGTTA
1 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTCAAAT-TAATTGT-TTTTACATTTTTAGTTA
* * * * * * ** * * * * * * *
21403 AAACAGATTAAAATTCAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAA
63 AAATATATTATAATTCAATGCCTACTTCAAGAAACATCATGCAAATGCCATCCAATAGCAAAAAA
** * *
21468 AGTCTATTTA-AGTCACCCATA-CCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG-CTTTAAAAT
128 AGTCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTC-TTATAAT
* * * * * * * ** *
21530 CTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTATATTTTTGCTTATAATAGATTATAATTGAATGT
191 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACAGTTTTGCATAAAATATACTGCAATTGAATAT
* * * * ** * ** * * *
21594 TTG-TCTCAAGAAACATGATAAG-AAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGACTACTTATAGTCACC-
255 CTGCT-TCAGGAAACGTGAT--GTAAAGCCATCCATTGCCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCT
** * * ** * * * * *
21656 CATACTTTCAAAAGCCTTATTATTGGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTC
317 CACCCTTTCAAAA-ACTTATTACTCACTTCAAATAATATTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTT
* * *
21721 AAATTTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTAT-ATTACAATG-TCTACTTC-AGGAAACGT
381 AAA-TT-TTTTTATATTTTTAGATAAAATATATTATAATT-GAATGAT-TGCTTCGA-GAAACGT
* * * * * * ** **
21783 -AATGC-AAAGCCATCCATTGGTAAGAAAACTCCAGTTGTAGTCA-TTTATGCTTTCTAAAGCCT
441 GAA-GCAAAAGCTATCCATTAGCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCCTAACCTTTC-AAAGCCT
*
21845 TATTACTCG
504 TATTACTCA
* * * * *
21854 CTTTAAA-TGCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAATTTGAATTG-TTTTACATTTTTGGATAA
1 CTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAATT-AATTGTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * * * * * *
21917 AATATACTATAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGAAGCAAA-GCCATCCATTGGCAAGAAAA
64 AATATATTATAATTCAATGCCTACTTCAAGAAACATCATGCAAATGCCATCCAATAGCAAAAAAA
* * * * * * ** * *
21981 GTCCATTTACAGTCACTCTAA-CCTTTGAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCT
129 GTCTATTTATAGTCAC-CCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTCTTATAATCT
* * * * * ***
22045 CATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTAG-ATAAACTATATTATGATTGAA-AGT
193 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACAGTTTT-GCATAAAATATACTGCAATTGAATA-T
* * * *
22107 CTACTTCAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGC-CCATTTATAGTCACC-C
255 CTGCTTCAGGAAACGTGATG-TAAAGCCATCCATTGCCAAGAAAA-CTCCATTTATTGTCACCTC
** * ** * * ** * ** * *
22170 AAGCATTCAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAA-TTAT
318 ACCCTTTCAAAAACTTATTACTCACTTCAAATAATATTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAA
** * * * * * * * * * *
22234 ATTTTTTTGCACTTTTAGTTAAGACAGATTATAATTGAGTGTTTGCATC-AGGAAACATGAA-AA
383 ATTTTTTTATATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGATTGCTTCGA-GAAACGTGAAGCA
* * * * * *
22297 AAAGCCA-CTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCC-ATGCCTTCCAAAGCCTTATTAC
447 AAAGCTATC-CATTAGCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCCTA-ACCTTTCAAAGCCTTATTAC
22360 TCA
510 TCA
* * * * *
22363 CTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTGAATTAG--TTTACATTTTTGGTTA
1 CTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAATT-AATT-GTTTTTACATTTTTAGTTA
* ** * * * * ** * * * ** * * * *
22425 AAATAGATTATCTTTGAATGTCTGCCTCAAGAAATTTGACGAAAAAACCATTCACTGGCAAGAAA
63 AAATATATTATAATTCAATGCCTACTTCAAGAAACATCATGCAAATGCCATCCAATAGCAAAAAA
* * * * ** * *
22490 AGTCCATTTATATTCAACCATA-CCTTTCAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
128 AGTCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTCTTATAATC
* * ** * ** *
22554 TTATAATTTG-TTTTAAGGTGAATAT-TTTTACA-TTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATG
192 TCATAA-TTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACAGTTTTGCA-TAAAATATACTGCAATTGAATA
* * * * * * * *
22616 TCTACTTCAGGAAATGTGATGAAAATGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA
254 TCTGCTTCAGGAAACGTGATGTAAA-GCCATCCATTGCCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCTC
* * ** * ** * ** * *
22681 AGCCTTT-AAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTG
318 ACCCTTTCAAAA-ACTTATTACTCACTTCAAATAATATTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTA
* * * * * ** *
22745 AATTGTTTATACATTTTTTGATAAAATATAGTGTAATTGAATGCCTGCTTC-AGGAAACGTGATG
382 AATT-TTTTTATATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGATTGCTTCGA-GAAACGTGAAG
* * * * *
22809 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAACTCAATTTATTGTCACCTTAGCCTTTCAAAGCCTTATTAC
445 CAAAAGCTATCCATTAGCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCCTAACCTTTCAAAGCCTTATTAC
22874 TCA
510 TCA
* * * * * * * * *
22877 CTTCAAATGGTATTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATT-ATTTTACATTTTTTGATAAA
1 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAATT-AATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* ** ** * * * ** * * *
22941 ATATATTATAATTGAATGTTTGTTTTAGGAAACATGATGCAAGA-GGTATCCACTGGCAAGAAAA
65 ATATATTATAATTCAATGCCTACTTCAAGAAACATCATGCAA-ATGCCATCCAATAGCAAAAAAA
* * * * ** * *** * * *
23005 CTC-CTTTGTTGTCACCCTCGCCTTTCAAAGACTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATGATCTC
129 GTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTCTTATAATCTC
* * * **
23069 ATAATTGATTTCAAGTTG-ATTGGTTTTACATTTTTG-ATTAAAATATATTATAATTG-AT-TGC
194 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-GTTTTACAGTTTTGCA-TAAAATATACTGCAATTGAATAT-C
* * * * * * * * * * * *
23130 TTGGTTTAGGAAACATCATGCAAATACCATCCAATGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACC-CA
256 -TGCTTCAGGAAACGTGATGTAAA-GCCATCCATTGCCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCTC-
* * ** * * *********** **
23194 AACCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
318 ACCCTTTCAAAAACTTATTACTCACTTCAAATAATATTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAA
* * * * * * *
23259 ATTGTTTTACAGTTTTT-GATAAAATATAGTGTAATTGAATG-TCCGCTTC-AGGAAACATGATG
383 ATTTTTTTATA-TTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGAT-TGCTTCGA-GAAACGTGAAG
* * ** ** *
23321 TAAAA-CCATCCATT-GCCAAGAAAACTGTATTTATTGTCACCCTAGTCTGTCAAAGCCTTATTA
445 CAAAAGCTATCCATTAG-CAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCCTAACCTTTCAAAGCCTTATTA
* *
23384 ATCG
509 CTCA
* * * * * *
23388 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTAATTT-AAATTGAGTT-TTTTTACATTTTTAGGTAAA
1 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAATT-AATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * * * * * *
23451 ATATATTATAATTGAATGTCTAGCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAACTG-C-T-CATTGGTAAGA
65 ATATATTATAATTCAATGCCTA-CTTCAAGAAACATCATG--CAAA-TGCCATCCAATAGCAAAA
* * * * * * *
23512 AATGTCTATTTATATTCACCCATA-CATTCCAAAGCCTTATTAC-TAGTTTTAAATAGTTTTATA
126 AAAGTCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTA-CTTTAAATGGTCTTATA
* ********** * * * * * * * *
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189 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAGTTTTGCATAAAATATACTGCAATTGAATA
* * * ** * * ** *
23639 TCTACTTTCA-AAAACGTGATGTGAAATCCATCCATTTTCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCTCGC
254 TCTGC-TTCAGGAAACGTGATGT-AAAGCCATCCATTGCCAAGAAAACTCCATTTATTGTCAC-C
* ** * * *
23703 T-AGCCC-TT-AAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGT-TGTAAAATCTCATATTTAATTTTAA
316 TCA-CCCTTTCAAAA-ACTTATTACTCACTTCAAATAATAT-TATAATCTCATAATCAATTTTAA
* * *
23764 GTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGATAAAATATATCATAATTGAATG-TCTGCCTT--ATGAAACA
378 GTTAAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGAT-TG-CTTCGA-GAAACG
* * * * * * * *
23825 TGAAGAAAAAG-TCA-CTCATTCGCAAGAACAGTCCATTTATAGTCA-CCTACGCCTTCCAAAAC
440 TGAAGCAAAAGCT-ATC-CATTAGCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCCTA-ACCTTTCAAAGC
**
23887 CTTATTACTGT
502 CTTATTACTCA
* * * * * * *
23898 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTACTAATTTTAAGTTGAATT-ATTTTACATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAATT-AATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * ** * * * ** * * * ** * * * *
23962 ACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTCGAGAAATGTGAAGGAAAAACCATTCACTAACAAGAAAAG
65 ATATATTATAATTCAATGCCTACTTCAAGAAACATCATGCAAATGCCATCCAATAGCAAAAAAAG
* * * * * ** * * * *
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130 TCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTCTTATAATCTCA
* * * ********* * ** * *
24092 CAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTNNNNNNNNNNTATATTATAATTGAATGTCTAC
195 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAGTTT-TGCATAAAATATACTGCAATTGAATATCTGC
* * *** * * * *
24156 TTCAGGAAACATGATGCAAATGCCATCCATTAATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTCAAGCC
259 TTCAGGAAACGTGATGTAAA-GCCATCCATTGCCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCTC-ACCC
* * * *********** ** *
24220 TTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
322 TTTCAAAA-ACTTATTACTCACTTCAAATAATATTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATT
* * * * * * *
24284 TTTTTAAATTTTTTGATAAAATATAGTGTAATGGAATGGTTGCTTCGAGAAACTTGAAGCAAAAG
386 TTTTTATATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGATTGCTTCGAGAAACGTGAAGCAAAAG
* *
24349 CTATCCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATTGTCACCCTAACCTTTCAAAGCCTTATTACTCA
451 CTATCCATTAGCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCCTAACCTTTCAAAGCCTTATTACTCA
*
24411 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAATTGATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAATTAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * * *
24476 TATATTATAATTGAATGCCTATTTTAGGAAACATCATGCAAATGCCATCCAATGGCAAGAAAAGT
66 TATATTATAATTCAATGCCTACTTCAAGAAACATCATGCAAATGCCATCCAATAGCAAAAAAAGT
* **********
24541 CTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTCTTATAATCTCAT
131 CTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTCTTATAATCTCAT
*
24606 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAGTTTTTCATAAAATATACTGCAATTGAATATCTGCTT
196 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAGTTTTGCATAAAATATACTGCAATTGAATATCTGCTT
24671 CAGGAAACGTGATGTAAAGCCATCCATTGCCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACC-CTACCCTTT
261 CAGGAAACGTGATGTAAAGCCATCCATTGCCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCTC-ACCCTTT
* ** *
24735 CAAAAACTTATTGCTCACTTCAAATGGTATTATAATCTCGTAATCAATTTTAAGTTAAATTATTT
325 CAAAAACTTATTACTCACTTCAAATAATATTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATT-TTT
* * *
24800 TT-TATTTTTAAATAAAATATATTATAATTGAAT-ATCTGCTTC-AGGAAACGTGATGCAACAGC
389 TTATATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGAT-TGCTTCGA-GAAACGTGAAGCAAAAGC
* * **
24862 TATCCATTAGCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCCTAGCCTTTCAAAGCTTTATTACTTG
452 TATCCATTAGCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCCTAACCTTTCAAAGCCTTATTACTCA
24923 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAATTAATTGTTTTTACATTTTTTA-TT-AA
1 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAATTAATTGTTTTTACA-TTTTTAGTTAAA
* *
24986 A-ATATTATAATTCACTGCCTGCTTCAAGAAACATCATGCAAATGCCATCCAATAGCAAAAAAAG
65 ATATATTATAATTCAATGCCTACTTCAAGAAACATCATGCAAATGCCATCCAATAGCAAAAAAAG
* *
25050 TTTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCCAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTCTTATAATCTCA
130 TCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTCTTATAATCTCA
********** * *
25115 TNNNNNNNNNNAAGTTGAATTGTTTTACAGTTTTGGATAAAATATAGTGCAATTGAATATCTGCT
195 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAGTTTTGCATAAAATATACTGCAATTGAATATCTGCT
* * *
25180 TTAGGAAACGTGATGTAAAGCCATCCATTGCTAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCTCAGCCTTT
260 TCAGGAAACGTGATGTAAAGCCATCCATTGCCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCTCACCCTTT
** * * * ** *
25245 CAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTT
325 CAAAAACTTATTACTCACTTCAAATAATATTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * *
25310 TATATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-TCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAACCA
390 TATATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGATTGCT-TCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTA
* * * * * * * *
25374 -CTAATTAGTAAGAAAAATTCATTTATAT-TCA-CCTATGCATTCCACAA-CCTTATTACTCG
454 TC-CATTAGCAAGAAAACTCCATTTAT-TGTCACCCTA-ACCTTTCA-AAGCCTTATTACTCA
* * ********* *
25433 TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-CAAATTAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * * * ** * * * * *
25497 ACAGAGTATAATTGAATGTCTACTTTAGGATATGTGATGCAAAAGCTATCC-ATTGGAAAAACAA
65 ATATATTATAATTCAATGCCTACTTCAAGAAACATCATGCAAATGCCATCCAATAGCAAAAA-AA
* * * * * *
25561 GTCCATTTATAGTCACCCCAA-CCTTTAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTCTTATAATTT
129 GTCTATTTATAGTCA-CCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTCTTATAATCT
25625 CATAATT
193 CATAATT
25632 AGTTGAATTT
Statistics
Matches: 3382, Mismatches: 747, Indels: 315
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
500 1 0.00
501 67 0.02
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Consensus pattern (512 bp):
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TATATTATAATTCAATGCCTACTTCAAGAAACATCATGCAAATGCCATCCAATAGCAAAAAAAGT
CTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTCTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAGTTTTGCATAAAATATACTGCAATTGAATATCTGCTT
CAGGAAACGTGATGTAAAGCCATCCATTGCCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCTCACCCTTTC
AAAAACTTATTACTCACTTCAAATAATATTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
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CATTAGCAAGAAAACTCCATTTATTGTCACCCTAACCTTTCAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:26771 original size:159 final size:159
Alignment explanation
Indices: 26490--26789 Score: 381
Period size: 159 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
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* *
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* * * *
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*
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* * * * *
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* * * * * * *
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128 ATAATCACATAATT
26790 AAGTTTAAGT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 19, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
158 5 0.04
159 113 0.95
160 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (159 bp):
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GAAAAGTTCATTTATACACACCCAAGCCTTTCAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATA
ATCACATAATTGATTTTTTTATATTTTTT
Done.