Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398646.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1931.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3931
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.11, T:0.32
Warning! 618 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:726 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 423--1234 Score: 690
Period size: 170 Copynumber: 4.7 Consensus size: 170
413 NNNNNNNNNG
* * *
423 TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TAGGAAAC-ATGAAGAAAAGCCATTCAT
1 TTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGA-GAAACGA-GAAGAAAAGCTATTCAT
* * * * * * *
486 TGACAATAAAAGTATATTTGTAGTCACCCATACCTGCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AG
64 TGATAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-
* *
550 TTTTATAAT-TTCATAATTGACTTTAGGTTGAATTTTTTTGA-AT
128 TTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAGGTTG-ATTTTTTTTACAT
* *
593 TTTTGATTAAAACATATTATAATT-AACTATCTGCATCGAGAAACGAGAAGAAAAGCTATTCATT
1 TTTTGATTAAAACATATTATAATTGAA-TGTCTGCCTCGAGAAACGAGAAGAAAAGCTATTCATT
* *
657 GATAATAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGATT
65 GATAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
* * *
722 TTATAATCTTATAATTGATTTGAGGTTGAAATTTTTTTACTTT
130 TTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTG-ATTTTTTTTAC-AT
* * * * * * *
765 TTTTG-TTAAAATAGATTGTAATTGAATGGT-TGCCTTG-GAAAACGTAAAAAAAAAAAACTCAT
1 TTTTGATTAAAACATATTATAATTGAAT-GTCTGCCTCGAG-AAACG---AGAAGAAAAGCT-AT
* * * * * * * * * *
827 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGTCTTATTATTCACTTTAAA
60 TCATTGATAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AA
* *
892 ATG-TTTTATAATCTTATAATTCATTGTTA-GTTGATTTTTTTTACTT
124 ATGATTTTATAATCTTATAATTGATT-TTAGGTTGATTTTTTTTACAT
* * * * * * * * *
938 TTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCAGCTTTGTGAAACGTGAAGCAAAAGGTATCCATT
1 TTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGAGAAG-AAAAGCTATTCATT
* * ** *
1003 GAT-ATGAAAAGT-TCATTTATAG-CAACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
65 GATAAT-AAAAGTCT-ATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
1065 GTTTTATCATCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACAT
127 ATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTACAT
* * * * *
1109 TTTT-ATTAAAACACATTATAATTGAATGTCTACTTC-AGAAAACGTA-AAGAAAAAACCATTCA
1 TTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAG-AAACG-AGAAG-AAAAGCTATTCA
* * * *
1171 TTGGTAAGACAAGTGC-ATTTATAGTCACCCAT-CCTTACAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
63 TTGATAATAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1234 G
126 G
1235 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 525, Mismatches: 85, Indels: 64
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 238 0.45
171 124 0.24
172 14 0.03
173 8 0.02
174 49 0.09
175 78 0.15
176 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGAGAAGAAAAGCTATTCATTG
ATAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
TATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTACAT
Found at i:880 original size:175 final size:170
Alignment explanation
Indices: 429--1409 Score: 676
Period size: 170 Copynumber: 5.7 Consensus size: 170
419 NNNGTTTTGG
* * * * * *
429 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG-AAACATGAAG-AAAAGC-CATTCATTGACA
1 TTAAAATACATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAAAACGTAAAGAAAAAACTCATTCATTGATA
* ** * * * * *
491 ATAAAAGTATATTTGTAGTCACCCATA-CCTGCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
65 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTA
* * * *
555 TAAT-TTCATAATTGACTTTAGGTTGAATTTTTTTGA-ATTTTTGA
128 TAATCTT-ATAATTGATTTTA-GTTG-ATTTTTTTTACTTTTTTTA
* * * * * *
599 TTAAAACATATTATAATT-AACTATCTG-CATCGAGAAACG-AGAAG-AAAAGCT-ATTCATTGA
1 TTAAAATACATTATAATTGAA-TGTCTGCCTTGGA-AAACGTA-AAGAAAAAACTCATTCATTGA
* * * * * *
659 TAATAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGATTTT
63 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTT
* * *
724 ATAATCTTATAATTGATTTGAGGTTGAAATTTTTTTACTTTTTTTG
127 ATAATCTTATAATTGATTTTA-GTTG-ATTTTTTTTACTTTTTTTA
* * *
770 TTAAAATAGATTGTAATTGAATGGT-TGCCTTGGAAAACGTAAAAAAAAAAAACTCATTCATTGA
1 TTAAAATACATTATAATTGAAT-GTCTGCCTTGGAAAACGT--AAAGAAAAAACTCATTCATTGA
* * * * * *
834 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGTCTTATTATTCACTTTAAAATGTTTT
63 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGTTTT
* *
899 ATAATCTTATAATTCATTGTTAGTTGATTTTTTTTACTTTTTTAA
127 ATAATCTTATAATTGATT-TTAGTTGATTTTTTTTACTTTTTTTA
* * * * * ** *
944 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCAGCTTTGTG-AAACGTGAAGCAAAAGGT-ATCCATTGATA
1 TTAAAATACATTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GAAAACGTAAAGAAAAAACTCATTCATTGATA
* * ** *
1007 TGAAAAGTTCATTTATAG-CAACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
65 AGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTA
* *
1071 TCATCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTAC-ATTTTTA
128 TAATCTTATAATTGATTTT-AGTTGATTTTTTTTACTTTTTTTA
* * * *
1114 TTAAAACACATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAGAAAACGTAAAGAAAAAAC-CATTCATTGGTA
1 TTAAAATACATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAAAACGTAAAGAAAAAACTCATTCATTGATA
* * * * * *****
1177 AGACAAGTGCATTTATAGTCAC-CCATCCTTACAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGNNNNNN
65 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTA
**** * * * * *
1241 NNNNCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTGTTTA-TATTTTTTA
128 TAATCTTATAATTGATTTT-AGTTGATTTTTTTTACT-TTTTTTA
* * * * * * ** *
1285 TTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTT-AAAAATCTTATAG-GAAAAGGCATTCATTGACA
1 TTAAAATACATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAA-CGTAAAGAAAAAACTCATTCATTGATA
* * * ** *
1348 TGAAAAGTCCATTT-CAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
65 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTT
1410 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 648, Mismatches: 126, Indels: 74
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 15 0.02
170 290 0.45
171 182 0.28
172 17 0.03
173 4 0.01
174 54 0.08
175 78 0.12
176 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAATACATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACGTAAAGAAAAAACTCATTCATTGATAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAA
TCTTATAATTGATTTTAGTTGATTTTTTTTACTTTTTTTA
Found at i:2251 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1792--3508 Score: 1416
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 170
1782 NNNNNNNNNN
* * * *
1792 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTGCCCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * * *
1857 A--AAAAATGTAAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTT
66 AGGAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* * **********
1920 CGAAAACCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCAT
129 CGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * ** ** * *
1962 AATTTATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATCAAATGTTTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * * *
2027 TGGGAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGATAA-AACAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
65 TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* *
2091 CGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCAT
129 CGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
2133 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * *
2198 AGGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCCTTGAGAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCAC-CTATGCCTTC
66 AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTC
* * * * * *
2262 AAAAGCCTTGTTTCTCGCTTTTAATGATTTTATAATCTCAT
130 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* ** * * * * * *
2303 AATTGATTTTAGGAGGAATGTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACATATTATAGTTGACTATCTGGC-
1 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCT
*
2367 TAGGGAAACGA-GAAG-AAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACC
65 TA-GGAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* * *
2429 TTC-AGAAGCTTTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATGTCAT
127 TTCGA-AAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * ** * * * *
2473 AATTGATTTGAGGTTGAAATTATTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGATT-GAATTGAATGTTTTCC
1 AATTGATTTTAAGTTG-AATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * **
2537 AT-GGAAA-ATAGGAAAAAAAACCCATTCATTG-GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAAC
64 TTAGGAAACAT--GAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* ** * * *
2599 CTTCAAAAGTTTTAGTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAT
126 CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
** ** * * *
2644 AATTCTTTTTAAGTTGAATTTTTT-TACTTTTTTGACTAAAATATATTATAATTGAATGTGTACC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA--TTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * * * * * *
2708 TT--GAAAAACGTAAGCAAAAGCTATCCATTAATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
64 TTAGGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
* * *
2771 TCGAAAGCCTTATTACATGCTTTAATTAGTTTTATAATCTCAT
128 TCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * ** * *
2814 AATTGATTTTAAGTTAAATTTGGTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTT--TTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * * * * *
2879 TT-GAAAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACGCA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGGC
64 TTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* *
2942 TTCGAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAAACTCAT
127 TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
2986 AATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTATATATTTT-ATTAAAACAAATTGTATTTGAATGTCTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATAT-TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCC
* ** * * * *
3050 TCATAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG-GTAAAAAAAGTCCATTCATAGTCAC-CAATTCC
64 TTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCC
* * ** * ** *
3113 TTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTCGTAATCCCAT
127 TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
3157 AATTAATTTTAAGTTG--TCTTTTTCTACTGTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTTC
1 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATA-T-TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGC
* * ** * * * * * * * **
3220 CTTGGGATATGTGAGGCAAAAGCTATCCATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAACCCT
63 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
* * * *
3285 TCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTAAAATCTAAT
128 TCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
3328 AATTGATTCTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * ** * *
3393 TAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTGACAAGAAAAGTTTATATATAGCCACTCATGCCTTC
65 TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* *
3458 GAAA-CGTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
130 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*
3498 AACTGATTTTA
1 AATTGATTTTA
3509 GGTCTATTTA
Statistics
Matches: 1239, Mismatches: 259, Indels: 98
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 1 0.00
169 24 0.02
170 420 0.34
171 662 0.53
172 110 0.09
173 20 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTT
AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
Found at i:3000 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1792--3508 Score: 1460
Period size: 341 Copynumber: 5.0 Consensus size: 337
1782 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
1792 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTGCCCT
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT
* * ** * * *
1857 AAAAAATGTAAAGAAAAAGCCATTTATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTC
66 GAAAAATATAAAGAAAAAGCCATCCATTGAGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAAGCCTTC
********** * *
1921 GAAAA-CCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTTTT
129 -AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
** * * **
1985 TTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATCAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAGAGCCA
192 TT-TATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAA-AGCCA
* * * *
2050 TTCATTGATAA-AACAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTA
255 TTCATTGATAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* *
2114 AATGGTTTTACAATCTCAT
319 AATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
2133 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT
* * * * * *
2198 -AGGAAAGATGAAGAAAAAGCCATTCC-TTGAGAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCTATGCCTT
66 GA-AAAATATAAAGAAAAAGCCA-TCCATTGAGCAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAAGCCTT
* * * * * ** *
2261 CAAAAGCCTTGTTTCTCGCTTTTAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGAGGAATGTTT
128 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * **
2326 TTAGATTTTTAGTTAAAACATATTATAGTTGACTATCTGGCTAGGGAAACGA-GAAGAAAAGCCA
193 TTA-TTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAAC-ATGAAGAAAAGCCA
** *
2390 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTC-AGAAGCTTTATTA-TTCGCTT
255 TTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTT-GCTT
* * *
2452 TAAATGGTTTTAAAATGTCAT
317 TAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * *
2473 AATTGATTTGAGGTTGAAATTATTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGATT-GAATTGAATGTTTTCC
1 AATTGATTTTAAGTT-AAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCC
* * * * * * *
2537 ATGGAAAATAGGAAA-AAAAACCCATTCATTG-GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAACC
64 TTGAAAAATA-TAAAGAAAAAGCCATCCATTGAGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AAGCC
** * * **
2600 TTCAAAAGTTTTAGTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCTTTTTAAGTTGAATTT
126 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
2665 TTTTACTTTTTTGACTAAAATATATTATAATTGAATGTGTACCTTGAAAAACGT-AAGCAAAAGC
191 TTTTA-TTTTTT-ATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAG-AAAAGC
* * * * *
2729 TATCCATTAATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACATGCTTT
253 CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
*
2794 AATTAGTTTTATAATCTCAT
318 AAATAGTTTTATAATCTCAT
** * * * *
2814 AATTGATTTTAAGTTAAATTTGGTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACC
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTT--TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCC
* * *
2879 TTGAAAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACGCA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGGCT
64 TTGAAAAATATAAAGAAAAAGCCATCCATTGA-GCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AAGCCT
* * * * *
2943 TCGAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATT
127 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TT
* * * * * *
3008 TTTATATATTTTATTAAAACAAATTGTATTTGAATGTCTGCC-TCATAAAACATGAAGAAAAAGA
191 TTT-TATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAAACATGAAG-AAAAGC
* * * * * * **
3072 CATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTCATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTT
253 CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
** *
3136 TAAATAGTTTCGTAATCCCAT
317 TAAATAGTTTTATAATCTCAT
* *** *
3157 AATTAATTTTAAGTTGTCTTTTTCTAC-TGTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTTCC
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TACAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCC
** * * * * * * * *
3221 TTGGGATATGTGAGGCAAAAGCTATCCATTGA-TATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAACCCT
64 TTGAAAAATATAAAGAAAAAGCCATCCATTGAGCA-GAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TAAGCCT
* * * * * *
3285 TCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTAAAATCTAATAATTGATTCTAAGTTAAATTTT
127 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
*
3350 TTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGC
191 TTT-TATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAAACATGAAG-AAAAGC
* * ** * * * *
3414 CATTGATTGACAAGAAAAGTTTATATATAGCCACTCATGCCTTCGAAA-CGTTATTACTTGCTTT
253 CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
3478 AAAT-GATTTTATAATCTCAT
318 AAATAG-TTTTATAATCTCAT
*
3498 AACTGATTTTA
1 AATTGATTTTA
3509 GGTCTATTTA
Statistics
Matches: 1101, Mismatches: 231, Indels: 88
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.01
340 115 0.10
341 481 0.44
342 390 0.35
343 105 0.10
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT
GAAAAATATAAAGAAAAAGCCATCCATTGAGCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAGCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
TTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAGCCATTCATT
GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTT
TTATAATCTCAT
Done.