Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398647.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1932.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2184
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.11, T:0.35
Warning! 196 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:312 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 28--1874 Score: 1364
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 170
18 GGAGCCAATA
* * * * *
28 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTCTAATGGAATGTCTACCTTGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGA
* *
92 AACAT-AAAAAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAA
66 AACATGAAGAAAAAA-CCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAA
* * *
156 ACCTTATTAGGT-GCTTTAAATGATTTTATAATCTGATAATTG
129 GCCTTATTA-CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
198 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATAAAAATAGATTAAAATTGAATGTCTGTCTTGGGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGA
** * * * * *
263 AATGTGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGACAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCATAAG
66 AACATGAAGAAAAAACCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAG
*
328 CCTTATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTG
130 CCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
369 ATTTTAAGTT-AATGTTTTTATATTTTCT-GTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCC-TCAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT-TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG
** * * * * *
431 AAACATGAA-AGAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCATCCATTCCTTGAAA
65 AAACATGAAGA-AAAAACCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAA
** * *
495 AGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTG
128 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
538 ATTTTAAGTTGAATTGTCTTATATTTTGGGTTAAAATAGATTATAATT-AAGTGTCT--CTCTCA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TGTCTGCCT-TGA
* * * * * *
600 GGAAACAAGAAGAGAAAGCCATTCATTG-ACAGAAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGTCTTTG
64 -GAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGCA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTA
* * *
664 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTG
126 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
709 ATTTTAAGTTGAGCTTTTTTTACATTTTTAGTTAAGACATA-A-CATAATTGAATGTTTGGCTTG
1 ATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAA-A-ATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTG
* * * *
772 AGAAACATGAAGAAACAAA--ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCATTTA
63 AGAAACATGAAGAAA-AAACCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTA
835 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
126 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
880 ATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTGG-TCAAATAGATTACAATTGAATATTTGCCTTG-G
1 ATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG
* * * * * *
943 AAA-ATGTGAAGGAAAAGCCTTTCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
65 AAACA--TGAAGAAAAAACCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAA
* * * ** * * *
1007 AAGTCTTATTACTGGCTTTAAACGGCTTGACAATCCCATAATTG
127 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * **
1051 ATTTTAGGTTGAATTATTTTATATATATTT--TT-AAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAA
1 ATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
** * * * * * * **
1113 GAAATGTGAAGAAAAATCCATTCATTGACAAGAAAA-ACTCATTTACAGTCATCTA-ACTCTTCG
64 GAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTG-CAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGC-CTTTA
** * *
1176 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTAGAATCTCAAAATTG
126 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * * *
1221 ATATTAAGTTAAAACTCTTTTAGATATTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTAA
1 ATTTTAAGTT-GAATTTTTTTATAT-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
* * ** * * * *
1285 GAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCA-TGGATACTAAAAGTCCATTTATAG----CCA---C--T-C
64 GAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGCA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAA
* ** *
1339 AAGCTTTATTACTCATTTTAAA-AAGTTTTATAATCTCATAATTG
127 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
1383 ATTTTAAGTTGAACGCTTTTTTAT-TTTTT-GTTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTGCC-TCA
1 ATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
* * *** * * **
1445 AAAATGATGAAGAAAAGGGCATTCATGGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CC-TGTTTTTTC
64 GAAA-CATGAAGAAAAAACCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTT-
* * * * *
1508 AAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTTATAATTG
125 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
** * * * * *
1554 ATTTTAAGTTTTATTTTTTTAGT-TTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACTTTGAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG
* * * * * *
1618 AAACATGAA-AAAAAGGCCA-TCTATTG-ATATGAAAAGTCCCTTTATAGTCACTCAAGCATTTG
65 AAACATGAAGAAAAA-ACCATTC-ATTGCA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTA
*
1680 GAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTG
126 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * *
1725 ATTTTAAGTGGAATGTTTTTATATTTTTGAG-TCAAATTGATTATAATTGTATATTTGCC-TCAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-
* ** * * *
1788 GATACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGGAAAGTTCATTTATAGTCACCCATG-CTTTCGA
64 GAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT-AA
*
1852 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
127 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1875 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1341, Mismatches: 252, Indels: 167
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 5 0.00
161 58 0.04
162 47 0.04
163 8 0.01
164 2 0.00
165 1 0.00
168 9 0.01
169 125 0.09
170 261 0.19
171 675 0.50
172 133 0.10
173 12 0.01
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGA
AACATGAAGAAAAAACCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
Found at i:1664 original size:845 final size:847
Alignment explanation
Indices: 101--1873 Score: 1935
Period size: 845 Copynumber: 2.1 Consensus size: 847
91 AAACATAAAA
* * *
101 AAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAACCTTATTA-
1 AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * **
165 GGTGCTTTAAATGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATA
66 TG-GCTTTAAACGACTTGACAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AT-
** *** *
230 AAAATAGATTAAAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAC
128 AAAATAGATTAAAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAA
* * * * *
295 AAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCATAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
193 AACTCCATTTACAGTCACCTATACCTTCATAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTAGAATC
* * ** * * * * *
360 TCATAATTGATTTTAAGTTAATGTTTTTATATTTTCTGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTG
258 TCAAAATTGATATTAAGTTAAACTTTTTAGATTTTCTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTA
* * *
425 CCTCAAAAACATGAAAGAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCATCCATTCCT
323 CCTCAAAAACATGAAAGAAAAGGCATCCATGGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCAGCCA-T-CT
* ** * *
490 TGAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
386 T-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCGT
* * *
555 CTTATATTTTGGGTTAAAATAGATTATAATTAAGTGTCTCTCTCAGGAAACAAGAAGAGAAAGCC
450 CTTATATTTTGGGTTAAAACAAATTATAATTAAGTGTCTCTCTCAGAAAACAAGAAGAGAAAGCC
* *
620 ATTCATTGACAGAAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
515 ATTCATGGACAGAAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
*
685 AATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTTACATTTTTAGTTAAGACATA
580 AATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-CTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATA
* * * *
750 ACATAATTGAATGTTTGGCTTGAGAAACATGAAGAAACAAAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
644 ACATAATTGAATATCTGACTTGAGAAACATGAAGAAACAAAATTCATTGACAAGAAAAGCCCATT
815 TATAGTCACTCAAGCATTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATT
709 TATAGTCACTCAAGCATTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATT
* * * *
879 GATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTG-GTCAAATAGATTACAATTGAATATTTGCCT-TG
773 GATTTTAAGTGGA-ATGTTTTTACATTTTTGAGTCAAATAGATTACAATTGAATATTTGCCTCAG
942 GA-AAATGTGAAG
837 GATAAA--TGAAG
* * * * *
954 GAAAAGCCTTTCATT-AGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTA
1 AAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* *
1018 CTGGCTTTAAACGGCTTGACAATCCCATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTTATATATATTTT-
65 CTGGCTTTAAACGACTTGACAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TATAT-TTTTA
* * *
1082 T-AAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAATCCATTCATT-GACAAG
127 TAAAATAGATTAAAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTAG-CAAG
* *
1145 AAAAACT-CATTTACAGTCATCTA-ACTCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTA
191 -AAAACTCCATTTACAGTCACCTATAC-CTTC-ATAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTA
*
1207 GAATCTCAAAATTGATATTAAGTTAAAACTCTTTTAGATATTT-TATTAAAATATATTATAATTG
253 GAATCTCAAAATTGATATTAAGTT-AAACT-TTTTAGAT-TTTCTATTAAAATAGATTATAATTG
* * * **
1271 AATATCTACCTTAAGAAACGTG-AAGCAAAAGTCATCCATGGATACTAAAAGTCCA-TT-T-AT-
315 AATATCTACCTCAA-AAACATGAAAG-AAAAGGCATCCATGGATAAGAAAAGTCCATTTATAATC
* * *
1331 AGCCA-C-T-CAAGCTTTATTACTCATTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
378 AGCCATCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** * * * *
1393 GAA-CGCTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAAATTATATTTGAA-TGTTTGC-CTCA-AAAATGATG
443 GAATCG-TCTTATATTTTGGGTTAAAACAAATTATAATT-AAGTGTCT-CTCTCAGAAAA-CAAG
* * * * *
1454 AAGA-AAAGGGCATTCATGGACA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CC-TGTTTTTTCAAAAGCT
504 AAGAGAAA-GCCATTCATGGACAGA-AAAAGTCCACTTATAGTCACCCATG-TCTTT-AAAAGCC
** * * **
1515 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTTA-TTTTTTTAGTTT
565 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGACTTTTTTTACATT
* * *
1579 TTTGGTTAAAACA-AATTATAATTGAATATCT-ACTTTGAGAAACATGAA-AAA-AAGGCCA-TC
629 TTTAGTTAAAACATAA-CATAATTGAATATCTGAC-TTGAGAAACATGAAGAAACAA---AATTC
* * **
1639 TATTGATATGAAAAGTCCC-TTTATAGTCACTCAAGCATTTGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
689 -ATTGACAAGAAAAG-CCCATTTATAGTCACTCAAGCATTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* *
1703 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGGAATGTTTTTATATTTTTGAGTCAAATTGATTA
752 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGGAATGTTTTTACATTTTTGAGTCAAATAGATTA
* * *
1768 TAATTGTATATTTGCCTCAGGATACATGAAG
817 CAATTGAATATTTGCCTCAGGATAAATGAAG
* * * * *
1799 AAAAAGTCATTCATTGACAAGGAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
**
1864 TCACTTTAAA
66 TGGCTTTAAA
1874 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 769, Mismatches: 116, Indels: 78
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
842 2 0.00
843 8 0.01
844 77 0.10
845 347 0.45
846 14 0.02
847 3 0.00
848 1 0.00
851 7 0.01
852 121 0.16
853 100 0.13
854 47 0.06
855 38 0.05
856 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (847 bp):
AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TGGCTTTAAACGACTTGACAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATAAA
ATAGATTAAAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAC
TCCATTTACAGTCACCTATACCTTCATAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTAGAATCTCA
AAATTGATATTAAGTTAAACTTTTTAGATTTTCTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCT
CAAAAACATGAAAGAAAAGGCATCCATGGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCAGCCATCTTAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCGTCTTATA
TTTTGGGTTAAAACAAATTATAATTAAGTGTCTCTCTCAGAAAACAAGAAGAGAAAGCCATTCAT
GGACAGAAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
TTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATAACATAAT
TGAATATCTGACTTGAGAAACATGAAGAAACAAAATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
ACTCAAGCATTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTGGAATGTTTTTACATTTTTGAGTCAAATAGATTACAATTGAATATTTGCCTCAGGATAAATGA
AG
Done.