Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398650.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1936.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2034
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.15, T:0.36
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:510 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--2033 Score: 1547
Period size: 171 Copynumber: 12.0 Consensus size: 169
* ** * * *
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTCCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTACATTTTTGGT
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-AT
* * * * * *
66 TAGAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAAGAAACATGAAAATAACAAG--ATTCATTGGCAA
65 TAAAACAGATTAAAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGA-AA-AAGCCATTCATTGGCAA
* ********** **
129 GAGAAGTCCATNNNNNNNNNNCCATGCCTTCCAAAGCCTTAT
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
** * *
171 TACTCGCGATAAATGGTTTTATAAGCTCA-TATTTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTCTATTTTT
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTA-TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAC-ATTTTT
* * * * * *
235 GGTTAAAACAGATGATAATTGAGTTTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAACAAGCCATTCATTGGCA
63 -ATTAAAACAGATTAAAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* ** * *
300 CGAACTGTCCATTTATATTCACCAATGCCTTCTG-AAGCCTTAT
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TGAAAGCCTTAT
* *
343 TACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATC-CAATTGTTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTT
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATTATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACA-TTTTT
* ** * *
407 ATTAAAACAGATTAAAATTCAGTGCCTACGTCAAGAAACATGATGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
63 ATTAAAACAGATTAAAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * *
472 GAAAAGTGCATTTGTAGTCGCCCATGCCTTTGGAAGCCTTAT
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
** * * ** * * **
514 TACTATCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-CCAA------A-GTTATGGTT
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTATT
*** * ** *
571 AAAACAGATTATGTTTTGA-TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGA
66 AAAACAGATTA-AAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* *
635 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTCGAAAGCCTTAT
130 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
** * *
675 TACTCGCTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTA-
* * * * ** * ** * *
740 TTAAAATAGATTATAGTTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGTGAACGTGAATCATTGGCGAG
64 TTAAAACAGATTAAAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* **
805 -AAAGTCCATTTATGGTC-CCCATGCCTTAAAAAGCCTTAT
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * *
844 TACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATTATTGATTTCAAGTTGAATATTTTACATTTTTAGT
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTA-T
* * * * * * *
909 CAAAACAGATTATAATTTAGTGTTTAGCTCCAA-AAACGTGAAGAAAAAGCTACTCATTGGCAAG
65 TAAAACAGATTAAAATTGAGTGTTTACCT-CAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * *
973 AGAAGTCCCTTTATAGCCATCCATGCCTTCGAAAGCTTTAT
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
* ** * * **
1014 TACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGACTTTCTTTACATTTTTGG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTAT
* * * * ** *** * * *
1079 TCAAACAAAATTGGAAA-TGAGCGTTGCCCTTGGGAAACGTGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCCA
65 TAAAAC-AGATT-AAAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * * *
1143 GAAAAGCCCATTTGTAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTTAC
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * *
1185 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATGATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTA-
* * * * *** * *
1250 TCAAAACAGATTATAATTTAGCT-TTTTCCTTGGGAAACCTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAA
64 TTAAAACAGATTAAAATTGAG-TGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
**
1314 G-AAAGTCCATTTATAGT-ACCCATGCCTTCCAAAGCCTTAT
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * *
1354 TACTCACTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATCTTTCTACATATTTGA
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACAT-TTTTA
* * * * **
1418 TTAAAACAGATTAAAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGATGAAAAAGAGATTCATTGGCAAG
64 TTAAAACAGATTAAAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
1483 AAAAGTCTATTTGTAGTCACCCATACCTTTGGAAGCATTAT
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
* ** * * * *
1524 TGCTATCTTTAAATTGTTTTATAAGCTCA-TATTTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTGA
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTA-TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTA
** * * * *** * * *
1588 TTAAAACAGATT-GTATTCAAATGTTTGCCTTGGGAATC-TGGAGGAAAAAGCCATTCATTAGCA
64 TTAAAACAGATTAAAATT-GAGTGTTTACCTCAAGAAACAT-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
*
1651 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTAT
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * *
1694 TACTTGCTTGAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTA
* * * * * *
1759 TTAAACTCA-ATTATAATAGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGGGAACATG--ATTCATTGGC
64 TTAAA-ACAGATTAAAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAA--GAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * ** **
1821 AAGAGAAGTCCATTTAGAGTCATCCATATCTTCCAAAGCCTTAT
126 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * * *
1865 TACCCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTT-CATATGTTTG
1 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-T-TTT-
* * * ** * *
1929 GTTAAAATCA-ATTATAATAGAGTGTTTGGCTCAAGAAACGTGAAGAGAATATG--ATTCATTGG
63 ATTAAAA-CAGATTAAAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGA-AA-AAGCCATTCATTGG
* * * * * **
1991 CAAGAGAAGTCCGTTTAGAGTCATCCATACCTTCCAAAGCCTT
125 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTT
2034 C
Statistics
Matches: 1492, Mismatches: 314, Indels: 113
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 127 0.09
162 5 0.00
163 1 0.00
167 1 0.00
168 141 0.09
169 147 0.10
170 330 0.22
171 588 0.39
172 146 0.10
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTATT
AAAACAGATTAAAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
Found at i:1310 original size:510 final size:504
Alignment explanation
Indices: 150--2030 Score: 1795
Period size: 510 Copynumber: 3.7 Consensus size: 504
140 NNNNNNNNNN
* ** * * *
150 CCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCGATAAATGGTTTTATAAGCTCATATTTGATTTTAAGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
215 TGAATATTTTTTCTATTTTTGGTTAAAACAGATGATAATTGAGTTTTTACCTCAAGAAACGTGAA
66 TGAAT-TTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAA
* * * * * **
280 GAACAAGCCATTCATTGGCACGAACTGTCCATTTATATTCACCAATGCCTTCTGAAGCCTTATTA
129 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTA
* * ** *
345 CTCGCTTTAAATGGTTTAATAATC-CAATTGTTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTTA-
193 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTCAAGTTGAA--TTTTTACA-TTTTTAG
* * * *
408 TTAAAACAGATTAAAATTCAGTGCCTA-CGTCAAGAAACATGATGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
254 TTAAAACAGATTAAAATTAAGTGTCTAGC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAA
* * * * * * * *
472 GAAAAGTGCATTTGTAGTCGCCCATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTATCTTTAAACGGTTTTATA
318 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTATCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
537 ATCTCATAATTGATTTTAA---G-C--C---AAAGTTATGGTTAAAACAGATTATGTTTTGATGT
383 ATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGACTTCTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGA-T-TGTATTGATGT
* * * *
593 CTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
446 -TGCCTTGGGAAAC-TGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
654 CCATGCCCTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
719 TGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAG
66 TGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAG
** * ** * * * **
784 TGAACGTGAATCATTGGCGAGAAAGTCCATTTATGGTC-CCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACT
130 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACT
* * *
848 CACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATTATTGATTTCAAGTTGAATATTTTACATTTTTAGTCAAA
195 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAAT-TTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * *
913 ACAGATTATAATTTAGTGTTTAGCTCCAA-AAACGTGAAGAAAAAGCTACTCATTGGCAAGAGAA
259 ACAGATTAAAATTAAGTGTCTAGCT-CAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
977 GTCCCTTTATAGCCATCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTAC-ACGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
323 GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTA-TCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * *
1041 CAAAATTTATTTTAAGTTGACTTTCTTTACATTTTTGG-TCAAACAAAATTGGAAATGAGCGTTG
387 CAAAATTTATTTTAAGTTGAC-TTCTTTAAATTTTTGGTTAAAAC-AGATT-GTATTGA-TGTTG
* * * *
1105 CCCTTGGGAAACGTGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCCAGAAAAGCCCATTTGTAGTTAC
448 -CCTTGGGAAAC-TGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * * * * *
1164 CCATGCCTTTAAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATGATTGATTTTAAGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *** *
1229 TGAATGTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTTAGCT-TTTTCCTTGGGAAACCTGAA
66 TGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAG-TGTTTGCCTCAAGAAACATGAA
*
1293 AAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGT-ACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTAC
129 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTAC
* * *
1357 TCACTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATCTTTCTACATATTT-GATT
194 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAAT-TTT-TACATTTTTAG-TT
* * * **
1420 AAAACAGATTAAAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGATGAAAAAGAGATTCATTGGCAAGAA
256 AAAACAGATTAAAATTAAGTGTCTAGCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAA
* * * * * * *
1485 AAGTCTATTTGTAGTCACCCATACCTTTGGAAGCATTATTGCTATCTTTAAATTGTTTTATAAGC
321 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTATCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
1550 TC-ATATTTGATTTTAAGTTGAATTCTTT-TATATTTTGATTAAAACAGATTGTATTCAAATGTT
386 TCAAAATTT-ATTTTAAGTTGACTTCTTTAAAT-TTTTGGTTAAAACAGATTGTATT--GATG-T
* *
1613 TGCCTTGGGAATCTGGAGGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
446 TGCCTTGGGAAACT-GAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
1673 CCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
1738 TGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAACTCA-ATTATAATAGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAA
66 TGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAA-ACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAA
* * * * **
1802 GGGAACATG--ATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTAGAGTCATCCATATCTTCCAAAGCCTTAT
129 --GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTAT
* * * * * * *
1865 TACCCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTCATATGTTTGG
191 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTACAT-T-TTTAG
* * * * *
1930 TTAAAATCA-ATTATAA-TAGAGTGTTTGGCTCAAGAAACGTGAAGAGAATA--TGATTCATTGG
254 TTAAAA-CAGATTAAAATTA-AGTGTCTAGCTCAAGAAACATGAAGA-AAAAGCT-ATTCATTGG
* * * * *
1991 CAAGAGAAGTCCGTTTAGAGTCATCCATACCTTCCAAAGC
315 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGC
2031 CTTC
Statistics
Matches: 1120, Mismatches: 207, Indels: 92
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
499 8 0.01
500 124 0.11
501 63 0.06
502 13 0.01
503 61 0.05
504 67 0.06
507 1 0.00
508 8 0.01
509 231 0.21
510 390 0.35
511 51 0.05
512 97 0.09
513 6 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (504 bp):
CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGA
AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
AGATTAAAATTAAGTGTCTAGCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTATCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
ATTTATTTTAAGTTGACTTCTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATTGTATTGATGTTGCCTTGGGA
AACTGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
Found at i:1946 original size:680 final size:678
Alignment explanation
Indices: 1--1918 Score: 1569
Period size: 680 Copynumber: 2.8 Consensus size: 678
*
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTCCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTACATTTTTG-
1 TACTCACTTTAAATGGTTTT-CAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTCTACA-TTTTGA
* * * * * * * * *
64 GTTAGAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAAGAAACATGAA-AATAACA-AGATTCATTGGC
64 GTTAAAACAGATTAAAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAA-AA-AGAGAATCATTGGC
********* * ** * * ** *
127 AAGAGAAGTCCATNNNNNNNNNNCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCGATAAATGGTTTTA
127 AAGA-AAGTCCAT-TTATAGTCCCCATACCTTAAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGCTTTA
* * * *
192 TAAGCTCA-TATTTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTCTATTTTTG-GTTAAAACAGATGATAATT
190 TAAGCTCATTA-TTGATTTCAAGTTGAATA-TTTTAC-A-TTTTGAGTCAAAACAGATTATAATT
* * * * * * * * ** **
255 GAGTTTTTACCT-CAAGAAACGTGAAGAACAAGCCATTCATTGGCACGAACTGTCCATTTATATT
251 AAATGTTTAGCTCCAA-AAACGTGAAGAAAAAGCCACTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGC
* * * * * **
319 CACCAATGCCTTCTG-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATC-CAATTGTTGATTT
315 CACCCATGCCTTC-GAAAGCCTTATTACACGCTTGAAATGGTTTTACAATCTCAA-AATTGATTT
** * * * *
382 TAAGTTGAATCTT-TTTACATTTTTTATTAAA-ACAGATTAAAAT--TCAG-TGCCTACGTCAAG
378 TAAGTTGAAT-TTCTTTACATTTTTGGTCAAACA-AAATTGAAATGAGC-GTTGCC--C-TCAAG
* ** * * ***
442 AAACATGATGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTGTAGTCGCCCATGCCTTTGGAA
437 AAACATGAGGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCATACCTTCAAAA
* *** * * * * **
507 GCCTTATTACTATCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCCAAA-G---TT--A
501 GCCTTACTACCCGCTTTAAATGGTTTTACAATCCCATAATTGATTTCAAGTTAAATGTTTTTACA
* * * * * * * * *
566 ----TGGTTAAAACAGATTAT-GTTTTGATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCA
566 TTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTTAGCT-TTTTCCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCA
*
626 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTCGAAAGCCTTAT
630 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTCCAAAGCCTTAT
* * * *
675 TACTCGCTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTT-CAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTCTACATTTTGAG
* * * * * * * ** * * *
740 TTAAAATAGATTATAGTTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGTGAACGTGAATCATTGGCGAG
65 TTAAAACAGATTAAAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAGAATCATTGGCAAG
* * * *
805 AAAGTCCATTTATGGTCCCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATC
130 AAAGTCCATTTATAGTCCCCATACCTTAAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAAGC
* * *
870 TCATTATTGATTTCAAGTTGAATATTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTTAGTGTTTA
195 TCATTATTGATTTCAAGTTGAATATTTTACATTTTGAGTCAAAACAGATTATAATTAAATGTTTA
* * * * *
935 GCTCCAAAAACGTGAAGAAAAAGCTACTCATTGGCAAGAGAAGTCCCTTTATAGCCATCCATGCC
260 GCTCCAAAAACGTGAAGAAAAAGCCACTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCC
* * * * *
1000 TTCGAAAGCTTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGACTTT
325 TTCGAAAGCCTTATTACACGCTTGAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT
*** *
1065 CTTTACATTTTTGGTCAAACAAAATTGGAAATGAGCGTTGCCCTTGGGAAACGTGAGGAAAAAGC
390 CTTTACATTTTTGGTCAAACAAAATT-GAAATGAGCGTTGCCCTCAAGAAACATGAGGAAAAAG-
* * * * **
1130 CATTCATTGGCCAGAAAAGCCCATTTGTAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTTACTACTTGCTTT
453 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACCCGCTTT
* * * *
1195 AAATGGTTTTATAATCCCATGATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGA
518 AAATGGTTTTACAATCCCATAATTGATTTCAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGA
* *
1260 TTATAATTTAGCTTTTTCCTTGGGAAACCTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAGTCCAT
583 TTATAATTTAGCTTTTTCCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
*
1324 TTATAGT-ACCCATGCCTTCCAAAGCCTTAT
648 TTATAGTCACCCATGCCCTCCAAAGCCTTAT
*
1354 TACTCACTTTAAATGGTTTT-ATATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATCT-TTCTACATATTTG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTTCA-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTCTACAT-TTTG
* *
1417 A-TTAAAACAGATTAAAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGATGAAAAAGAGATTCATTGGCA
63 AGTTAAAACAGATTAAAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAGAATCATTGGCA
* * *** * * *
1481 AGAAAAGTCTATTTGTAGTCACCCATACCTTTGGAAGCATTATTGCT-ATCTTTAAATTGTTTTA
128 AG-AAAGTCCATTTATAGTC-CCCATACCTTAAAAAGCATTATTACTCA-CTTTAAATGGCTTTA
* * * * *
1545 TAAGCTCA-TATTTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTGA-TTAAAACAGATTGT-ATTCA
190 TAAGCTCATTA-TTGATTTCAAGTTGAA-TATTTTACATTTTGAGTCAAAACAGATTATAATT-A
**** * * * *
1607 AATGTTT-GCCTTGGGAATC-TGGAGGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
252 AATGTTTAG-CTCCAAAAACGT-GAAGAAAAAGCCACTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGC
* * ** *
1670 CACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTA
315 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTGAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * ** *
1735 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAACTCAATT-ATAATAGAGTGTTTG-CCTCAAGAAACA
380 AGTTGAATTTCTTTACATTTTTGGTCAAACAAAATTGA-AAT-GAGCG-TTGCCCTCAAGAAACA
* * * * * * *
1798 TGAAGGGAACATG-ATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTAG-AGTCATCCATATCTTCCAAAGCC
442 TG-A-GGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT-GTAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
* **
1861 TTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTCAAGTTAAAT-TTTTT
504 TTACTACCCGCTTTAAATGGTTTTACAATCCCATAATTGATTTCAAGTTAAATGTTTTT
1919 CATATGTTTG
Statistics
Matches: 1013, Mismatches: 188, Indels: 81
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
670 7 0.01
671 246 0.24
672 18 0.02
673 61 0.06
674 65 0.06
675 66 0.07
677 2 0.00
678 83 0.08
679 75 0.07
680 311 0.31
681 68 0.07
682 11 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (678 bp):
TACTCACTTTAAATGGTTTTCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTCTACATTTTGAGT
TAAAACAGATTAAAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAGAATCATTGGCAAGA
AAGTCCATTTATAGTCCCCATACCTTAAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAAGCT
CATTATTGATTTCAAGTTGAATATTTTACATTTTGAGTCAAAACAGATTATAATTAAATGTTTAG
CTCCAAAAACGTGAAGAAAAAGCCACTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCT
TCGAAAGCCTTATTACACGCTTGAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTC
TTTACATTTTTGGTCAAACAAAATTGAAATGAGCGTTGCCCTCAAGAAACATGAGGAAAAAGCAT
TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACCCGCTTTAAA
TGGTTTTACAATCCCATAATTGATTTCAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTA
TAATTTAGCTTTTTCCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCCATGCCCTCCAAAGCCTTAT
Done.