Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397393.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2062.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 26646
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.29
Warning! 3586 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1240 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 951--1432 Score: 477
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 166
941 TAATTATAGT
* * * ** * *
951 CTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGAGTTTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAATGTTAAA
1 CTTTTTCTTCATG-TTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATG-TAAA
* * * *
1015 AAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATCTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AAGTTATAAAAC-ATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAA
** * *** *
1080 GGCATGGGTGACTATAAGTGAACTTTTTC-AGCCAATGAAGG
126 GAAATGGGTGAATATAAAAAAACTTTTTCTA-ACAATGAAGG
* *
1121 CTTTTTCTTCATGTTCCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAACG
1 CTTTTTCTTCATGTT-CCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-A
* * *
1186 AATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAATGAATAATAAGGCTTTTGAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATAAG-TTATAAAA-CATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
*
1251 AAATGGGTGAATATAAAAAAACTTTTTCTAACAATGAATG
127 AAATGGGTGAATATAAAAAAACTTTTTCTAACAATGAAGG
* * ** * * * *
1291 CTTTTTTTCTCATGTTTCTTAGGCAAACATTCGATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
1 CTTTTTCT-TCATGTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* *
1356 TATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAAGTTATAAAACCATTT-AAACGAGTAATAAGGCTTCCGAA
65 -ATTCAACTT-AAAATCAATTAT-AAGTTATAAAA-CATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* *
1419 GAAAAGGGTAAATA
126 GAAATGGGTGAATA
1433 CAAATGGACT
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 42, Indels: 21
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 40 0.15
170 202 0.78
171 18 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (166 bp):
CTTTTTCTTCATGTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATAAGTTATAAAACATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAAT
GGGTGAATATAAAAAAACTTTTTCTAACAATGAAGG
Found at i:4392 original size:344 final size:343
Alignment explanation
Indices: 2939--8150 Score: 3534
Period size: 344 Copynumber: 15.2 Consensus size: 343
2929 NNNNNNATAT
* * * * *
2939 AAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCCAGTAATAAAGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
3004 TAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTT
66 TAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCTC
* * * * * * * *
3069 GAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAAT
131 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
3134 TAT-TAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTT-AAAGACTTGAGTGACTATAAA
196 TATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA-ATG-GTGACTATAAA
* * * * * * * * * * *
3197 TAGACTTTTCGTACT-GATGGATGGGTTTTGCTT-CAC-ATTCCATAGCGCAAACATTCAATTAT
259 TGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTT-TTTACACGTTTTC-GAG-GCAGACATTCAATTAT
* *
3259 A-TCCTTTTTTAATCT-AAAATGCAA
321 AGT-CTGTTTTAA-CTAAAAATG-TA
* * * * * * *
3283 AAAAAAATTCAGCTTAAATTCAATTTTAAGATTATGAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * ** *
3348 TAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGGCAATGAATGCCTTTTTCTTTAAATTTCTT
66 TAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCTC
* * *
3413 AAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
131 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * *
3478 TATG-AGAGTATAACACCTTTTAAAGCAAGTAAAAAAGCTTTTG-AAGTAATAAGAGACTATAAA
196 TATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AAT-GGTGACTATAAA
** * * * * * * * *
3541 TAAACTTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTCTTCTACACGTTTTCTAAGGTAGACATTTAATTACAG
259 TGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACGTTTTC-GAGGCAGACATTCAATTATAG
* * *
3606 TATATTTTAACAAAAAATG-A
323 TCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * * * * *
3626 AAAACAATTCAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATCAGGCATT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
3691 TGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTCTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT
66 TAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCTC
** * * * * * *
3756 GGGGTAAACATTCAATTATAATAT-TTTTGATTAAAAATATAAAGAAATTC-AGTATAAAATCAA
131 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAA
* * * * * * * *
3819 TTATG-AGGTTATAAAACCATTGAAATCGAATAATAAAGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAG
195 TTATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGTGACTATAAA
** *** * ** *
3883 TAAACTTTT-TCAATAAATGAATGGCTTTTTCTT-CACGTTCCCTGAGGCAGGCATTCAATTATA
259 TGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTT-TTACACGTTTTC-GAGGCAGACATTCAATTATA
* * * *
3946 ATTTGTTTTAACCAAATATGTA
322 GTCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * * * **
3968 AAAGAATTTC-ACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * **
4032 CGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCTC
66 TAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCTC
* * * ** * *
4097 AAAGTTGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAACTATTCAACTTAAAAACAGT
131 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* ** * *
4162 TATGAAG-TTGTAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGTTGAATATAAAT
196 TATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG-TGACTATAAAT
* * * * *
4226 GGATTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACGTCTTTCGAGGTAAATATTCAATTATTGT
260 GGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACGT-TTTCGAGGCAGACATTCAATTATAGT
*
4291 CTGTTTTAACTAAAAATATA
324 CTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * * *
4311 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
4376 TAAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTATT
66 TAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCTC
* * * * * * *
4441 GAGTTAGACATTCAATTATAAACTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATAATTTAACTTATAATTAA
131 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAA
* ** * * * *
4506 TTTTG-AGATTATAAAATAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAACAGGTGATTATAAA
195 TTATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA-TGGTGACTATAAA
* * * * *
4570 TAGA-TTTTTTTTAC-CAATGAATGTCTTTTTCTT-TACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAT
259 TGGACTTTTCTTT-CTCAATGAATGGCTTTTT-TTACACGTTT-TCGAGGCAGACATTCAATTAT
* *
4632 AATCTGTTTTAACCAAAAATGT-
321 AGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * * * * * * *
4654 AAAAAAATCCCATTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGTCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
4719 TGAAA-GAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTCTCTTAATGTTTTT
66 T-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCT
* * * * *
4783 CGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAACAAAAAAAAATTCAACTTAAA
130 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA--T---ATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
4848 ATCAATTAT-TAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTT-AAA-AACTTGAATGA
190 ATCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA--TG-GTGA
* * * * * * * * *
4910 CTATAAATGGACTTTTCTTTCTTAATAAATGGCTTTTTTTACACATTCCTCAACGAAAATATTCA
252 CTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACGTT-TTCGAGGCAGACATTCA
* * *
4975 ATTACAGTTTGTTTTAACCAAAAATGT-
316 ATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * *
5002 AAAAAAATTCAGCTT-AAATCAATTCTGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** ** * * *
5066 CGAAGGAATGACTGAATATAAATAGG-CTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTT-CTACACGTTT
66 TAAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCCT-CACGTTT
* * * * *
5129 C-CTATGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAAT
128 CTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** * ** *
5192 CAATTATG-AGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTTGATGGAATGGGTGACTAC
192 CAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGTGACTAT
* * * * ** * * * ** *
5256 AAATAGACTTTTCCTAC-CAATGAGTACCTTTTCCTT-CATGTTTCTAGAGTTAGACATCCAATT
256 AAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTT-TTTACACGTTT-TCGAGGCAGACATTCAATT
** **
5319 ATAAACTGTTTTAAGAAAAAATGTA
319 ATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * * * * * * *
5344 ACAAAAATTCAACGTAAAATAAATTTTGAGATTATAACACCTTTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *** * * *
5409 TGAAGTAATAGAAAACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTCTT-CTACACGTTT-
66 TAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCCT-CACGTTTC
* * * * * *
5472 TCCAAGGTCA-AAATTCAATTATAGTATATTTTAA-TAAAAAATAAAAAAAAATTCAACATAAAA
129 T-CAAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
5535 ACAATTAT-AAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGGCTA
191 TCAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGTGACTA
* * * * * * *
5599 TAAATGGACTTTTC-TTCTTAATGAATGGCTTCTTCTACATGTTTCCTTAGACAGACATTCAATT
255 TAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACGTTTTC-GAGGCAGACATTCAATT
* * * *
5663 ATAGTTTATGTTAA-TAGAAAATGCAA
319 ATAGTCTGTTTTAACTA-AAAATG-TA
* * * *
5689 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * **********************
5754 TAAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTT
66 TAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTTC-T
* * * * * * * *
5819 C-ATGTAGGCATTCAATTATAATATGTTTTATCTAAAAATGTAAAATAATTTAACATAAAATCAA
130 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * * * *
5883 TTATG-AGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAATAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTACAAG
195 TTATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGTGACTATAAA
* *** * * ** * *
5947 T-GAC---TATAAATCAATGAATGGCTTCTTCTACATATTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAG
259 TGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACGTTT-TCGAGGCAGACATTCAATTATAG
* *
6008 TCTATTTTAAC-AGAAAAGGT-
323 TCTGTTTTAACTA-AAAATGTA
* * * * *
6028 AAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATCAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
6093 TGAAA-GAATGGGTAACTAT-AA-GGACTTTTCTTGTCAATAAATACCTTTTT-CTACATGTTTC
66 T-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCT-CACGTTTC
** * * * * *
6154 TTTAGCTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTGAACATAAGATCA
129 TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * *
6218 ATTATG-AGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCATGGGTGAATATAA
194 ATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGTGACTATAA
* * * *** * * *
6282 GTGAACTCTTC-CAGTCAATGAATTGCTTTTTTTTCACGTTCTTTGAGGCA-AGCATTCAATTAT
258 ATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACGTT-TTCGAGGCAGA-CATTCAATTAT
*
6345 AATCTGTTTTAACTAAAAATGT-
321 AGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* ********** * *
6367 AAAAGAATTCANNNNNNNNNNAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
6432 GGAAA-GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCCTCACTTTTCT
66 -TAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCT
* * ** **
6496 CGAGGTTA-ACATCCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAATATAAAACTATTCAACTTAAAAAGA
130 CAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * *
6559 GTTATG-AGGTTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGAATGGTTGAATATA
194 ATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGG-TGACTATA
* ** * * * *
6622 AATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGGTTTTACTACATGTTTTTCGAGGTAGATATTGAATTAT
257 AATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACG-TTTTCGAGGCAGACATTCAATTAT
********** *
6687 AGTCTGTTNNNNNNNNNNATATA
321 AGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * * ** *
6710 AAACAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** ** * *
6775 TAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTAGTAAATGAATATCATTTTCTTCACGTTTCT
66 TAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCT
* * * *
6839 CAAGGTAGACATTGAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
130 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * *
6904 ATTATG-AGATTATAACACCTTTTAAAGAGAGTACTAAGGGTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAA
194 ATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG-GTGACTATAA
* * * *
6968 ATGGACTTTTC-TTCTCAATGAATAGCTTTTTCTATACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATA
258 ATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACGTTT-TCGAGGCAGACATTCAATTATA
* * * *
7032 GTCTATTTTAATTGACAATGT-
322 GTCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* *
7053 -AAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATCAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* *
7117 TGAAA-GAATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AATGCCTTTTT-CTACATGTTTC
66 T-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCT-CACGTTTC
** * * * * * ** *
7179 TTTAGGTAGGCTTTCAATTATAATTTGTTATAACCAAAAATATAAAAAAATTTGACAT-AAATCA
129 TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *********** * *
7243 ATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTANNNNNNNNNNCGAAGGCATGGGTGACTATAA
194 ATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGTGACTATAA
* * *** ** * * * *
7307 GTGAACTTTT-TCAGTCAATGAAT-TATTTTTTCTTCACGTTCTCTAAGGCAGGCATTCAATTAT
258 ATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTTT-TACACGTTTTC-GAGGCAGACATTCAATTAT
* * * * ******
7370 AATTTATTTTAAC-CAANNNNNN
321 AGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA
**** * ** *
7392 NNNNAAATTCAACTTAAAATCAGTTACAAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * * *
7457 TGACAA--AATAAGTGACTATAAATGAACTTCTT-TTGTCAATGAATACCTTTTTTCTCACATTT
66 T-A-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTT
* * *
7519 CTCGAGGTTA-ACATTGAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAGAT
128 CTCAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ********** * * *
7582 CTATT-NNNNNNNNNNAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAA
192 CAATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGTGACTAT
* * * * * ** *
7646 AAATAGA-TTTTTTTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTT-CACGTTTCTCAAGTTAGACAATCAATT
256 AAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTT-TTACACGTTT-TCGAGGCAGACATTCAATT
* * * *
7709 ATAATCTATTTTAAC-CAAAATATA
319 ATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA
** * * * *
7733 GCAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAAGCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
7798 TGAAA-AAATGGGTGATTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTATCTTCAAGTTTCT
66 T-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTTC-
* * * * * *
7861 TGAA-GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAATATTCAATTTAAAATC
129 TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATC
* * ** * * * * *
7925 AATTATG-AGTTTATAAAACCATTCAAAATGAGGAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTAAA
193 AATTATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGTGACTATA
* * * ********* * *
7989 AATGAACTTTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTNNNNNNNNNNTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTA
257 AATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTT-TTTTACACGTT-TTCGAGGCAGACATTCAATTA
* * * *
8052 TAATTTGTTTTAACCAAAAATATA
320 TAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * * * * *
8076 AAAAAAATTGAACTTGAAATCAATTTTTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
*
8141 TGAAGGAATG
66 TAAAGGAATG
8151 TGTAATGACC
Statistics
Matches: 3811, Mismatches: 920, Indels: 275
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
336 77 0.02
337 53 0.01
338 11 0.00
339 294 0.08
340 202 0.05
341 674 0.18
342 523 0.14
343 695 0.18
344 723 0.19
345 275 0.07
346 22 0.01
347 134 0.04
348 128 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (343 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
TAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTCACGTTTCTC
AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACACGTTTTCGAGGCAGACATTCAATTATAGTCT
GTTTTAACTAAAAATGTA
Found at i:7839 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2935--8150 Score: 3441
Period size: 171 Copynumber: 30.5 Consensus size: 170
2925 NNNNNNNNNN
* * * ** *
2935 ATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCCAGTAATAAAG
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* * * *
3000 CTTTT-AAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATACCTTTTTCTTCACAT
66 CTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT
** * * * *
3064 TTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTCTAACCAAAA
130 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAA
* * * * *
3106 ATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCA-AATAATAAG
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAG
* * * * * ** * ** *
3170 GCTTTT-AAAGACTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTACTGATGGATGGGTTTTGCTTCAC-
65 GCTTTTGAAAGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACG
* * * * *
3233 ATTC-CATAGCGCAAACATTCAATTAT-ATCCTTTTTTAATCTAAA
129 TTTCTCA-AG-GTAGACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAA-CCAAA
* * * * * * * *
3277 ATGCAAAAAAAAATTCAGCTTAAATTCAATTTTAAGATTATGAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
1 AT--ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
* * * * * *
3342 AGCTTTT-AAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGGCAATGAATGCCTTTTTCTTTAA
64 GGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
* * *
3406 ATTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
128 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAA
* * * * * *
3450 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAACACCTTTTAAAGCA-AGTAAAAAA
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAG
** * ** * * * *
3514 GCTTTTG-AAGTAATAAGAGACTATAAATAAACTTTTTTTTCTCAATGAATAG-CTTCTTCTACA
65 GCTTTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTTTTCTTCA
* * * * *
3577 CGTTT-TCTAAGGTAGACATTTAATTACAGTATATTTTAA-CAAA
127 CGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * * * *
3620 AAATGAAAAACAATTCAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATCA
1 ATAT-AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
* * * * * *
3685 GGCATTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTCTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCACG
64 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACG
*** * * ***
3750 TTTCTTGGGGTAAACATTCAATTATAATAT-TTTTGATTAAAA
129 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAA
* * * * ** * *
3792 ATATAAAGAAATTC-AGTATAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTGAAATCGAATAATAAA
1 ATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG
* * * ** * * *
3856 GCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAGTAAACTTTTTCAAT--AAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
65 GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTC-TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
* * * * *
3919 G-TTCCCTGAGGCAGGCATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAA
128 GTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * *
3962 TATGTAAAAGAATTTC-ACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA-ATGAGTAATA
1 -ATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATA
* * * * ** *
4025 AGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCCTCAC
63 AGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
* * * *
4090 GTTTCTCAAAGTTGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAA
128 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAA
** * * * ** *
4134 ATATAAAACTATTCAACTTAAAAACAGTTATGA-AGTTGTAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG
* * * * * *
4198 GCTTTTGAAAAAATGGTTGAATATAAATGGATTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTT-TTACAC
65 GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTT-CAC
* * * ** *
4262 GTCTT-TCGAGGTAAATATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAA
128 GT-TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAA
* * *
4306 ATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-ACAAGTAATAA
1 ATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAA
* * * *
4370 GGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCAT
64 GGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
* ** * * *
4434 GTTTATTGAGTTAGACATTCAATTATAAACTGTTTTAACTAAAA
128 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAA
* * * * * **
4478 ATGTAAAAATAATTTAACTTATAATTAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGAGAGTAATAAG
1 ATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG
* ** * * * * * * *
4543 GCTTTTGAGAGAACAGGTGATTATAAATAGATTTTTTTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTACGT
65 GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT
*
4608 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
130 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAA
* * * * * * * * *
4650 ATGTAAAAAAATCCCATTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGT
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* * * * * *
4715 CTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTCTCTTAATGTT
66 CTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTT
* * * * *
4780 TTTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAA
131 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAA
* * *
4821 ATGTAACAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTA
1 A--T---ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTA
* ** * * * *
4885 ATAAAGCTTTT-AAA-AACTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTTAATAAATGGCTTTTT
60 ATAAGGCTTTTGAAAGAA--TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTT
* * * * * * * * *
4948 -TTACACATTCCTCAACGAAAATATTCAATTACAGTTTGTTTTAACCAAAA
122 CTT-CACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAA
* * * * *
4998 ATGTAAAAAAATTCAGCTT-AAATCAATTCTGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* * ** * * * *
5062 CTTTCGAAGGAATGACTGAATATAAATAGG-CTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACG
66 CTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACG
* * *
5126 TTTC-CTATGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA
129 TTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAA
* * *
5169 ATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-ATGAGTAATAAA
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAG
** * * * * * * * *
5232 GCTTTTGATGGAATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCCTACCAATGAGTACCTTTTCCTTCATGT
65 GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT
* * * **
5297 TTCT-AGAGTTAGACATCCAATTATAAACTGTTTTAAGAAAAA
130 TTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAA
* * * * * * *
5339 ATGTAACAAAAATTCAACGTAAAATAAATTTTGAGATTATAACACCTTTTAAAGCA-AGTAAAAA
1 ATATAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAA
* *** * * * *
5403 GGCTTTTG-AAGTAATAGAAAACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTCTTCTACA
64 GGCTTTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * **
5467 CGTTT-TCCAAGGTCA-AAATTCAATTATAGTATATTTTAATAAAAA
127 CGTTTCT-CAAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAA
* * * * * * *
5512 ATAAAAAAAAATTCAACATAAAAACAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATCAGG
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* * * * * * * *
5577 CTTTTGAAGGAATAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTT-CTTAATGAATGGCTTCTTCTACATGT
66 CTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT
* ** * * * * **
5641 TTC-CTTAGACAGACATTCAATTATAGTTTATGTTAATAGAAA
130 TTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAA
* * * * *
5683 ATGCAAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAA
1 AT--ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
* ******************
5748 GGCTTTT-AAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNN
64 GGCTTTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
**** * * * * *
5812 NNNNCTTC-ATGTAGGCATTCAATTATAATATGTTTTATCTAAAA
128 GTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAA
* * * * * * * * *
5856 ATGTAAAATAATTTAACATAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAATAATAAAG
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* * * * * * *** * * * **
5921 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTACAAGT-GACTATAAAT--CAATGAATGGCTTCTTCTACATATT
66 CTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTT
** ** * * *
5983 TCTTGAGACAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAGAAA
131 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAA
** * * * * *
6024 AGGTAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATCAGG
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* * * * * *
6089 CTTTTGAAAGAATGGGTAACTAT-AA-GGACTTTTCTTGTCAATAAATACCTTTTTCTACATGTT
66 CTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTT
** * * *
6152 TCTTTAGCTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
131 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * *
6192 A-ATATAAAAAATTGAACATAAGATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAA
1 ATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAA
* * * * * * * * ** * *
6255 GTCTTTCGAAGGCATGGGTGAATATAAGTGAACTCTTCCAGTCAATGAATTG-CTTTTTTTTCAC
64 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGCCTTTTTCTTCAC
** * *
6319 G-TTCTTTGAGGCA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
128 GTTTC-TCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAA
* * ********** * *
6363 ATGTAAAAGAATTCANNNNNNNNNNAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* * * * *
6428 CTTTGGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCCTCACTTT
66 CTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTT
* * *
6493 TCTCGAGGTTA-ACATCCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
131 TCTCAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
** ** * * * *
6533 ATATAAAACTATTCAACTTAAAAAGAGTTATGAGGTTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGG
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* * * * ** * * *
6598 C-TTTCAAAGGAATGGTTGAATATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGGTTTTACTACATG
66 CTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACG
* * * * * *********
6662 TTTTTCGAGGTAGATATTGAATTATAGTCTGTTNNNNNNNNNN
129 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT-TTAACCAAA
* *
6705 ATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTA-AGTAATAA
1 ATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAA
* * ** ** *
6769 GACTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTAGTAAATGAATATCATTTTCTTCA
64 GGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * *
6832 CGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTATAATCTATTTTAATCAAAAA
127 CGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-C-CAAA
* * * *
6878 ATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCTTTTAAAGAGAGTACTAAGG
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* * *
6943 GTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATAG-CTTTTTCTAT-AC
66 CTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTTTTCT-TCAC
* * * * * ** *
7005 GTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATTGACA
128 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAA
* * * *
7049 ATGT-AAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATCAGG
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* * *
7113 CTTTTGAAAGAATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AATGCCTTTTTCTACATGTT
66 CTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTT
** * * * *
7177 TCTTTAGGTAGGCTTTCAATTATAATTTGTTATAACCAAAA
131 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAA
** * *****
7218 ATATAAAAAAATTTGACAT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTANNNNN
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAG
****** * * * * * * ***
7281 NNNNNCGAAGGCATGGGTGACTATAAGTGAACTTTT-TCAGTCAATGAATTATTTTTTCTTCACG
65 GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACG
* * * * *
7345 -TTCTCTAAGGCAGGCATTCAATTATAATTTATTTTAACCAANN
129 TTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-A
******** * ** * *
7388 NNNNNNNNAAATTCAACTTAAAATCAGTTACAAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
** * * *
7453 CTTTTGACAA-AATAAGTGACTATAAATGAACTTCTT-TTGTCAATGAATACCTTTTT-TCTCAC
66 CTTTTGA-AAGAATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT-TCAC
* * * **
7515 ATTTCTCGAGGTTA-ACATTGAATTATAATCTGTTTTAATAAAA
128 GTTTCTCAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * ********** * *
7558 ATATAAAAAAATTCAACTTAAGATCTATTNNNNNNNNNNAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGG
1 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* * * * * *
7623 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTAAAAATAGATTTTTTTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTT
66 CTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTT
* * *
7688 TCTCAAGTTAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
131 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * *
7728 ATATAGCAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAAGCATTTAAAGAGAGTAATAAG
1 ATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG
* * * *
7793 GCTTTTGAAAAAATGGGTGATTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTATCTTCAAGT
65 GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT
* * * * *
7857 TTCTTGAA-GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAAA
130 TTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAA
* * * * *
7899 ATGTAAAAAATATTCAATTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTCAAA-ATGAGGAATAA
1 ATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAA
* * * * * * *********
7963 AGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTAAAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTNNNNNNNNN
64 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACG
* * *
8028 NTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAA
129 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAA
* * * * * *
8071 ATATAAAAAAAATTGAACTTGAAATCAATTTTTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAG
1 ATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG
*
8136 GCTTTTGAAGGAATG
65 GCTTTTGAAAGAATG
8151 TGTAATGACC
Statistics
Matches: 3898, Mismatches: 981, Indels: 331
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 10 0.00
168 177 0.05
169 188 0.05
170 683 0.18
171 1350 0.35
172 868 0.22
173 470 0.12
174 18 0.00
175 6 0.00
176 81 0.02
177 47 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
CTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTT
TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
Found at i:11457 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11135--13806 Score: 2089
Period size: 171 Copynumber: 15.7 Consensus size: 171
11125 AAAATGGGTA
* * * * ** *
11135 ACTATAAATAGACTTTTCTTACT-AATGAATACCTTTTCCTTTATGTTTCTCAAGGTCA-ACATT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTCT-GAGGT-AGACATT
* * ** * *
11198 TAATTATAATATGTTTTAACCCAAAATGTAAAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGCTTA
64 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * **
11263 TAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG
* * * *
11308 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTCTAAGGCAGATATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTACATG-TTTCTGAGGTAGACATTC
* * * *
11373 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAGCTT-AAATCAATTATGAGAATATAA
65 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
11437 AACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG
* * * * * * * * * *
11479 ACTATAAATAGACTTTTATAGT-T-AATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAACATT
1 ACTATAAATGGACTTTTCT-TTCTCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTCT-GAGGTAGACATT
* *
11542 CAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATG-AAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
64 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ********** *
11606 AACACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTNNNNNNNNNNGAG
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG
* * * *** *
11650 ACTATAAATGAACTTTTC-TTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTTCTGACACAGAGATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTACATG-TTTCTGAGGTAGACATTC
* * * *
11714 AATTATAATCTATTTTAA-TAGAAAAAGTAAAAAAAATCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATA
65 AATTATAATCTGTTTTAACTA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
********** *
11778 NNNNNNNNNNAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATCG-GTG
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAAT-GAGTG
* * * * ** * * *
11821 ACTATAAATAGACTTTT-TTTAC-CAATAAATACCTTTTTCTGCACATTTCTTCATGTAGGCATT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTT-CTCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTC-TGAGGTAGACATT
* * * * * * *
11884 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACATAAAATTAATTATGAGGTTATA
64 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * *
11949 AAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAATG
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG
* * * *** * * * * *
11992 AGTATAATTGAACTTTT-TCAGTCAACGAATGCCTTTTTCTTCATGTTCCCTGAGGCAAACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTT-TCTGAGGTAGACATTC
* * * * *
12056 AATTATAATCTGATTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTTAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAA
65 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
12121 AACTATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTGACGGAATAAGTG
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG
* * * *
12163 ACTATAAATGGACTTTTC-TTGTCAATGAATACCTTTTTCCT-CACT-TTTCTCGAGGTTGACTT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCCTTTTT-CTACA-TGTTTCT-GAGGTAGACAT
* * * * * * *
12225 TGAATTTTAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTCAAAAAT-AGTTATGAGGTTA
63 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTA
* * **
12289 TAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATG-GTTG
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAG-TG
* * * ** * *
12334 AATATATATGAACTTTTCTTTCTCAATGAATGGTTTTTTCTACACAT-TTTC-GAAAGTAGATAT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCCTTTTTCT--ACATGTTTCTG-AGGTAGACAT
* *
12397 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-TCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
63 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
12460 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-CAATGGGTG
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGAGTG
* * * * *
12505 ACTATAAATGGACCTTTCTTGC-CAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGTTAGACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTC-TGAGGTAGACATTC
* * * * * * * *
12569 AATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATCAATTTAAAATTAATTTTAAAATTATA
65 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** *
12634 AAACTATTGAAAGAAAGTAATAAGTCTTTTGAAA-GAATGAGTG
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGAGTG
* * * *
12677 ACTATAAATGAACTTTTC-TTGTCAATGAATGCCTTTTTC-ATCATATTTCTTGAGGAAGACATT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTA-CATGTTTC-TGAGGTAGACATT
* * * * *
12740 CAATTATAATCTGTTCTAACCAACAATGTAAAACAAATTCAAGTTTAAATCAATTATGAGATTAT
64 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
12805 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGAAT-AGGTG
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGA-GTG
* * * *
12849 ACTATAAATAGACTTTTCTTAC-CAATGAATACCTTTTTCTTACCA---AT-T-A--T--A-A-T
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCCTTTTTC-TA-CATGTTTCTGAGGTAGACATT
*** * * * * * *
12902 C--TGT-TCCCCATGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAAACAGTTATGAGGTTA
64 CAAT-TATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** *
12964 TAAAATAATTTAAA-CGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATG-GATG
127 TAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAG-TG
* * * * * * *
13009 AATATAAATCGACTCTTCTTTCTTAATGAATGGCTTTTTCTATATGTTTCTAGAGGTAGATATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTCT-GAGGTAGACATTC
* * * * * * *
13074 AATTATAGTATGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATTAATTATTAGATCACA
65 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
13138 AAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTCGAAGGAATG-GTG
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGAGTG
* * * * * * ** *
13181 ACCAAAAATGGACATTTCATGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGTTAGACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTCT-GAGGTAGACATTC
* * * *
13245 AATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
65 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
13310 AGCTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTA
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG
* * * * * * * * *
13352 ATTATAAATGTACTTTTC-TTGTGAATGAATGTCTTTTTGTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTC-TGAGGTAGACATTC
* *
13416 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA-A
65 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
13480 GAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTCTGAAA-GAATG-GTTG
129 -AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TTAAAGGAATGAG-TG
* * * * * *
13524 ATTATAAATGGACGTTTCTTACT-AATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTCGACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTC-TGAGGTAGACATTC
* * * *
13588 AATTATAATATGTTTTAA-TCAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTTTGAGATTATA
65 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
13652 AAACTATTTCAAGTGAATACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG
* * *
13695 ACTATAAATGGA-TTTT-TTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTTA-ACTTT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTCT-GAGG-TAGACATT
** * *
13757 CAATTATAGGCTGCTTTAAC-AAAAA-ATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAAT
64 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
13807 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1975, Mismatches: 432, Indels: 190
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
159 3 0.00
160 80 0.04
161 33 0.02
162 3 0.00
163 2 0.00
164 1 0.00
165 1 0.00
167 16 0.01
168 11 0.01
169 22 0.01
170 192 0.10
171 977 0.49
172 526 0.27
173 50 0.03
174 53 0.03
175 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTCTGAGGTAGACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG
Found at i:13360 original size:343 final size:337
Alignment explanation
Indices: 12911--13806 Score: 965
Period size: 343 Copynumber: 2.6 Consensus size: 337
12901 TCTGTTCCCC
* * * * * * *
12911 ATGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAAACAGTTATGAGGTTATAAAATAATTTA
1 ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACT-ATTTA
* * *
12976 AACG-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGATGAATATAAATCGACTCTTCTTTCTTAATGAAT
65 AA-GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG-T-AATATAAAT-GACT-TTCTTTGTCAATGAAT
* *
13040 GGCTTTTTCTAT-ATGTTTCTAGAGGTAGATATTCAATTATAGTATGTTTTAACTAAAAAAGTAA
125 GCCTTTTTCT-TCATGTTTCTAGAGGTA-ATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAAGTAA
* **
13104 AAAAATTCAA-TCTAAAATTAATTATT-AGATCACA-AAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTT
188 AAAAATTCAACT-TAAAATCAATT-TTGAGATCA-AGAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTT
* * *
13166 TTCGAAGGAATGG-TGACCAAAAATGGACATTTCATGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTC
250 CT-GAAAGAATGGTTGACCAAAAATGGACATTTCATACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTC
*
13230 TCGAGTTAGACATTCAATTATAAT
314 TCGAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * *
13254 CTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTA
1 ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-CTATTTA
*
13319 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTAATTATAAATGTACTTT-TCTTGTGAATGAATG
65 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG-GTAA-TATAAATG-ACTTTCT-TTGTCAATGAATG
* * * * * *
13383 TCTTTTTGTTCATGTTTCTTA-AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA
126 CCTTTTTCTTCATGTTTC-TAGAGGT-AATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAA
* **
13447 AAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAAGAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTCTG
189 AA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATCAAGAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTCTG
** * * * * * *
13512 AAAGAATGGTTGATTATAAATGGACGTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTGA
253 AAAGAATGGTTGACCAAAAATGGACATTTCATACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCGA
*
13577 GGTCGACATTCAATTATAAT
318 GGTAGACATTCAATTATAAT
* * * *
13597 ATGTTTTAATC-AAAATGTAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTT
1 ATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACTATTT
* * * * * *
13661 CAAGTGAATACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTTTTGTCAATGAATG
64 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGT-AATATAAAT-GACTTTCTTTGTCAATGAATG
* * *
13725 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTTAACT-TTCAATTATAGGCTGCTTTAAC-AAAAAA-TAAA
126 CCTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGG-TAA-TATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAA
13787 AAAA-TCAACTTAAAATCAAT
189 AAAATTCAACTTAAAATCAAT
13807 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 469, Mismatches: 61, Indels: 51
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 16 0.03
339 2 0.00
340 6 0.01
341 8 0.02
342 142 0.30
343 286 0.61
344 9 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (337 bp):
ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACTATTTAA
AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGTAATATAAATGACTTTCTTTGTCAATGAATGCCTTT
TTCTTCATGTTTCTAGAGGTAATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTTTGAGATCAAGAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTCTGAAAGAATG
GTTGACCAAAAATGGACATTTCATACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACA
TTCAATTATAAT
Found at i:15584 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15377--15755 Score: 402
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
15367 AAAAATGTAA
* * *
15377 AAAAAATTCTACTTC-AAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAATGTGAGTAATAAAGTTTT
1 AAAAAATTTTACCTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAATGTGAGTAATAAAGCTTT
* * * * * **
15441 TTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCATTA-AATGCCTTGTTCTTCATGTTTCT
66 TAAAGGAATGGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA-AAGAATACCTTGTTCTTCACATTTCT
* * * *
15505 TAAGGCAGATATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAACGT
130 TAAGGCAGAGATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAACAT
* ********** *
15547 GAAAAATTTTACCTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATNNNNNNNNNNGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTTTACCTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAATGTGAGTAATAAAGCTTT
*
15612 TAAAGGAATGGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTT
66 TAAAGGAATGGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATACCTTGTTCTTCACATTTCTT
* * * * *
15677 AAGGTAGAGATTTAATTCTAATATGTTTTAATTAAAAATAT
131 AAGGCAGAGATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAACAT
* * * * *
15718 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAA
1 AAAAAATTTTACCTCAAAATCAATTATGAGATTATAAA
15756 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 38, Indels: 3
0.80 0.18 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.08
171 156 0.92
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAATTTTACCTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAATGTGAGTAATAAAGCTTT
TAAAGGAATGGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATACCTTGTTCTTCACATTTCTT
AAGGCAGAGATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAACAT
Found at i:16715 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 16155--17307 Score: 832
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 168
16145 NNNNNNNAAA
* * * * *
16155 CGAGTTATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-T
* * * * * *
16220 TTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAGTTTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAAA
65 TTTCTTCATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATAT-AAAAACA
* * * * * *
16285 ATCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACAATTTAAAG
127 TTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
* * * * ** ** * ** * * * *
16327 CAACTAAGAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAAAATAAATGAACTTTT-TGTGCTAGT-AGATGGC
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGCC
* * * * * * *
16390 TTTTGCTTCACGTTCCCTAAAGCAAACATTCAATTACAATCTTTTTTAATCAAAAATATAAAAA-
64 TTTT-CTTCATGTT-TCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAC
** * * * ** * *
16454 AGTTTTACTTAAAATCAACTATGAGATTTTAAAATTATTTAATG
126 A-TTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
* * * ********** *
16498 CAAGTAATAAGACTTTTAAAGNNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATGCCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
* * * * *
16563 TCTCTTCACT-TCTCTAGAGGTAGACATTCAATTCTAATTTGTTTTAACTTAAAATCTAAAAACA
66 T-TCTTCA-TGTTTCTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAACA
* * **
16627 TTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATTATTAAAAG
127 TTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
** * * * *******
16669 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTACAAATTGACTTTTCTTGACAATGNNNNNNNN
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATGCCT
** * * * *
16734 NNTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTATATTCTATTTTAACCAAAA-ATAAAAACAAT
65 TTTCTTCATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAC-AT
* * *
16798 TCAATTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAG
128 TCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
** * * * *
16839 CGAGTAATAAAACTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAAT-AACATTTTCTTGCCAATGAATGCGT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCCT
* * * *
16903 TGTTCTTCATGTTTCTTAAGGTGGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAA
65 T-TTCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAACA
* *
16968 TTCAATTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
127 TTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
* * * * * *
17010 GGAGTTATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTGTTTTGCTACTGAATACCT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGAATGCCT
* * * * ** * * *
17074 TTCTCTTCATGTTTTTGGAGGCAAACATTCAACCATAGTCTGTTTTAACTAAAAGTGTGAAAAA-
65 TT-TCTTCATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATAT-AAAAAC
*
17138 ATTC-ATGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAA-
126 ATTCAAT-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAAG
* * * *
17181 CGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTGTTGCTAATGAATGCCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
*
17246 GTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA
66 -TTCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAA
17308 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 757, Mismatches: 193, Indels: 64
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.01
170 144 0.19
171 498 0.66
172 104 0.14
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
TTCTTCATGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAACATTCA
ATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAG
Found at i:17085 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 16529--17309 Score: 871
Period size: 341 Copynumber: 2.3 Consensus size: 341
16519 NNNNNNNNNN
* * *
16529 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATGCCTT-TCTCTTCA--CTTCTCTAGAGGTAGACATT
1 CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTGT-TCTTCATGTTTCT-TA-AGGTAGACATT
* * * * * *
16591 CAATTCTAATTTGTTTTAACTTAAAATCTAAAAACATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATA
63 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAGATTATA
** *
16656 AAATTATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTACAAATTGACTTTTCTTGA
128 AAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGA
********** * * ** *
16721 CAATGNNNNNNNNNNTCTTCATGTTTCT-CATGGTAGACATTCAATTATATTCTATTTTAACCAA
193 CAATGAATACCTTTCTCTTCATGTTTCTGCA-GGCAAACATTCAACCATAGTCTATTTTAACCAA
* *
16785 AA-ATAAAAACAATTCAAT-TTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAAT
257 AAGATAAAAA-AATTC-ATGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAACGAGTAAT
*
16847 AAAACTTTTGAAAGAATGGGTAA
319 AAAACTTTTGAAAGAATGGATAA
* * *
16870 CTATAAAT-AACATTTTCTTGCCAATGAATGCGTTGTTCTTCATGTTTCTTAAGGTGGATATTCA
1 CTATAAATGAAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTGTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
16934 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAGATTATAAA
65 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAGATTATAAA
* * * ** * *
16999 ACCATTTAAAGGGAGTTATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTGTTTTG-C
130 ACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTACAAATGGACTTT-TCTTGAC
* * * * *
17062 TACTGAATACCTTTCTCTTCATGTTTTTGGAGGCAAACATTCAACCATAGTCTGTTTTAACTAAA
194 -AATGAATACCTTTCTCTTCATGTTTCTGCAGGCAAACATTCAACCATAGTCTATTTTAACCAAA
* * *
17127 AGTGTGAAAAAATTCATGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAG
258 AG-ATAAAAAAATTCATGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAA
* * * *
17192 GCTTTTTAAGGAATGGATGA
322 ACTTTTGAAAGAATGGATAA
* * *
17212 CTATAAATGGACTTTTGTTGCTAATGAATGCCTTGTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAA
1 CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTGTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAA
* * *
17277 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
66 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAA
17310 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 61, Indels: 23
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.02
341 197 0.54
342 152 0.41
343 12 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTGTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAA
TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA
CCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGACAA
TGAATACCTTTCTCTTCATGTTTCTGCAGGCAAACATTCAACCATAGTCTATTTTAACCAAAAGA
TAAAAAAATTCATGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAAACTT
TTGAAAGAATGGATAA
Found at i:17701 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17410--19923 Score: 1632
Period size: 171 Copynumber: 14.6 Consensus size: 171
17400 NNNNNNNNNN
* * * * **
17410 ACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTT-CTATTGCTA
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAC-ATTTTTA
* * * * * *
17474 GTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACTTTAATAAACAAGAACAAAAAGGCATTCATTCATAA
65 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAA
* * * * * *
17539 GAGAATTCTATTTATGGACACCTATCCCTTCAAAAGCCTTATT
130 GAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
17582 ACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAG
*
17647 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGGA-A
66 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT--GATA
* * ** *
17711 A-AAAATTTCATTTATAGTTACCCATTATTTCAAAAGTCTTATT
129 AGAAAA-GTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
*
17754 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTT-CATTTTTC
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTTACATTTTT-
* * * * * ** *
17818 A-TTAAAATAGACTATAATTGAATATCAACC-AAGAGAAATGTGAAG-AAAAGGACATTCATTGG
64 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGG-CATTCATTGA
* * * *
17880 TAAGAAAAGTCAATATATAAAT-ATCCATTTCTTCAAAAGCCTTATT
127 TAAGAAAAGTC-ATTTAT-AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
17926 ACTTAGTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTACATTTTTA
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTTACATTTTTA
* * * * * * * *
17991 GTTAAAACACATTAGAATTGAAAGTGTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAA
65 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAA
* **
18056 GAAAAGATCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGTATTATT
130 GAAAAG-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* ** * * * *
18099 GCTCGTTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAACT-ATTTTTAAGTTGAA-TATTTTTACATTTTTA
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTA
* * * * *
18162 GTTAAAACAGATTATAATTGAATCTTTATCTTGAA-AAACATG-AGAAAAAGACATTTATT-AGT
65 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-T
* * * *
18224 AAGAAAAGTTCATTTCTATTCACCCATTCTTTCAAACGCCTTATT
128 AAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
18269 ACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAATTG-GTTTAAGGTTGAA-TTCTTTTACATTTTTA
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTTACATTTTTA
* * * * *
18332 GTTAAAA-AGATTATAATTGAATTTCT-GCTTAGAGGAACATGAAGAAAAAGTCATTCAGTGACT
65 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-T
* * * * * *
18395 GA-AAAAGTTCACTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATT
128 AAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
18439 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAG
* * * * **
18503 TTAATACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AA-ATGCATAG-AAAAGGCATTTATTGGCA
66 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATG-A-AGAAAAAGGCATTCATTGATA
* *
18565 AGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTGATT
129 AGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
18609 ACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTT-G
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAG
* ** * * * ** *
18672 ATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAACAAAAATGTGTTCATTGGTAA
66 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAA
* ** *
18737 GAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCATTCAAAAGCCTTATT
130 GAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
18780 ACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCACAATTTATTTTAAGGTGAATTTTTTTGT--ATTTTTA
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TACATTTTTA
* * * * * * * * **
18843 TTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAGAAAGGTATTCAATGGCAA
65 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAA
*
18908 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
130 GAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * ** * * * * * * **
18951 ACTCGCATTAAATAATTTTAGAATCCCATAGTTAATTTTAAATAGAA-CGTTTTTACATTTTTAG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAG
* ** * * * ** * * * * *
19015 TTAAAAAAGGCTGTAATCGAATGTCTGCCTT-AGAAA-ATGTGAATCAAAAGCCATCCACTAACA
66 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACA--TGAAGAAAAAGGCATTCATTGATA
* ** ** ** * *
19078 CA-AAAAGTCAATTTATTGTCACTTAAGCCTTTGAAAGTCTTCTT
129 -AGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *** * * * *
19122 AGTTGGTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTG-ATTCTTTTTACATTTTT-G
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAG
* ** * * ** * *
19185 ATTAAAACAAATTATAATTTCATATCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGAGAA
66 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAA
* * ***
19250 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
130 GAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT------------------ATT
******************************************** *
19311 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAA-TTTTTTTACATTTTTGG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAG
* * * * * *
19375 TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACC-TAGAGAAACATGAA-CAAAAGACATCCATTGAGAA
66 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAA
* * * * *
19438 GAAAAGTCCATTTGTAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTGATT
130 GAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * ** *
19481 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATTTTTTTTG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAG
* * * * * * * * *
19546 TTAAAATACACTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGT-ATAGAAGAAGCCATTCATTGAGAA
66 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTGATAA
* * * *
19610 GAAAAGTCTATTCATAGTCTCCCATTCCTTGAAAATCCTTATT
130 GAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
19653 ACTTACTTTAAAAGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTTACATTTTTAA
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAG
* * ** *
19717 TTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAACACATTCATT-AGCAA
66 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-TAA
* **********
19780 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCANNNNNNNNNNT
130 GAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
19823 ACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAATTTTTTTCACATTTTTAG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAG
* * * * *
19888 TTAAAACAAACTATAATTGAATATTTTCCTTAAGAA
66 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
19924 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1801, Mismatches: 456, Indels: 171
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 4 0.00
169 38 0.02
170 448 0.25
171 636 0.35
172 429 0.24
173 135 0.07
174 9 0.00
188 50 0.03
189 49 0.03
190 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAG
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAG
AAAAGTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:20603 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 20559--20604 Score: 56
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
20549 ATGGAACTTA
*
20559 AAGAAGAAGAAAAAGAAGAC
1 AAGAAGAAGAAAAAGAAAAC
* *
20579 AAGAGAGAAGTAAAAGAAAAG
1 AAGA-AGAAGAAAAAGAAAAC
20600 AAGAA
1 AAGAA
20605 AATATTGCCT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 2
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.23
21 17 0.77
ACGTcount: A:0.70, C:0.02, G:0.26, T:0.02
Consensus pattern (20 bp):
AAGAAGAAGAAAAAGAAAAC
Found at i:26556 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 26528--26575 Score: 87
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
26518 TCTATCTGGG
*
26528 AAGTCTACTTAAGATGGGTTAC
1 AAGTCTACCTAAGATGGGTTAC
26550 AAGTCTACCTAAGATGGGTTAC
1 AAGTCTACCTAAGATGGGTTAC
26572 AAGT
1 AAGT
26576 TGTATGGAGA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 25 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (22 bp):
AAGTCTACCTAAGATGGGTTAC
Done.