Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398662.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1947.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14885
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.10, T:0.27
Warning! 3825 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1332 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 907--2175 Score: 1005
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 170
897 NNNNNNNNNA
* * * * ** * *
907 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATTAATCAATGGCTTTTCCTTCACATTTCTCAAGGAAAATAG
1 GTGACTACAAATAGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGAAGACAG
* * * * *
972 TCAATTATAACCTATTTTAAGC-AAAAATGTAAAAAAA-TCATCCTAAAA-CTAATTATGAGTTT
65 TCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAATC-AATTATGAGATT
* * * * ***
1034 GTAAAGCCT-TTTAAAGGGAGTAGTAAGGCTTACAAAGGCT-TGG
128 ATAAA-ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGG
* * * * * * * *
1077 GTAATTACAAAT-GGGTTTTTTTGA-CAAATGAATATG-TTTTTCTTCATGTTTCCTTAGGTAAA
1 GTGACTACAAATAGGCTTTTCTT-ATC-AATCAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGG--AA
* * * * *
1139 GA-A-TCAGTTATAATATGTTTTAACTGAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAG
60 GACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* *
1202 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGTATTG
125 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGG
* * * *
1248 GTGATTATAAATAGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTTATGTCTTTCAAGGAAGACAG
1 GTGACTACAAATAGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTTCAAGGAAGACAG
* * * * *
1313 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGT
65 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
1378 ACAACCATTTAAAGGGAGCAATAAGCCTTTT-AGAGGCT-TGG
130 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGG-TATGG
* * ** ** *
1419 GTGACTACAAAT-GGATTTT-TT-TCAAGTGAATGTATTTTTCTAAATGTTTCCTAAGGTAAAGA
1 GTGACTACAAATAGGCTTTTCTTATCAA-TCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGG--AAGA
* * * *
1481 -A-TCAATTATAATCTGTTTTAACTGAAGATGTAAAAAGATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
62 CAGTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
1544 TATAAAACTATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGGTATGA
127 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGG
* * * * ** * * * *
1588 GTAACTACAAATTA-CCTTTTCTTATTAATAAATTCCTTTTCCTTCATGTTGCTCTAGGCAGACA
1 GTGACTACAAA-TAGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTT-TTCAAGGAAGACA
* * * *
1652 GTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAAA-TCATCCTAAAATCAATTATGAGTTT
64 GTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-AAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** *
1716 GTAAAACCAATTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-CGG
128 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGG
* * * *
1759 GTAACTACAAATGAGCCTTTT-TTA-CAAATGAATGTG-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
1 GTGACTACAAAT-AGGCTTTTCTTATC-AATCAATG-GCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGG--AA
* * * * *
1821 GA-A-TCAATTATAATCTGTTGTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAAATATGA
60 GACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* *
1883 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAATGCTTTTGAAGGTATGG
124 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGG
* * ** * *
1930 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACTG
1 GTGACTACAAATAGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGAAGACAG
* * *
1995 TCAATTATAATCTGTTGTAA-TAAAAAAT-ATAAAATAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATT
65 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGA-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* *
2058 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGTATGG
128 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGG
* * ** *
2101 GTGACTATAAATGGGCTTTGGTTATCAATCAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAAGA-
1 GTGACTACAAATAGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGG--AAGAC
2165 A-TCAATTATAA
63 AGTCAATTATAA
2176 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 876, Mismatches: 171, Indels: 103
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 137 0.16
170 96 0.11
171 594 0.68
172 35 0.04
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GTGACTACAAATAGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAAGGAAGACAGT
CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGG
Found at i:1952 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 907--2175 Score: 1484
Period size: 342 Copynumber: 3.7 Consensus size: 341
897 NNNNNNNNNA
* ** * *
907 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATTAATCAATGGCTTTTCCTTCACATTTCTCAAGGAAAATAG
1 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACAG
* *
972 TCAATTATAACCTATTTTAAGC-AAAAATGT-AAAAAAATCATCCTAAAA-CTAATTATGAGTTT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAAATCATCCTAAAATC-AATTATGAGTTT
* * * * * *
1034 GTAAAGCCTTTTAAAGGGAGTAGTAAGGCTTACAAAGGCTTGGGTAATTACAAATGGGTTTTTTT
129 GTAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTAACTACAAATGGGCTTTTTT
* * * * * *
1099 GACAAATGAATATGTTTTTCTTCATGTTTCCTTAGGTAAAGAATCAGTTATAATATGTTTTAACT
194 -ACAAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACT
* *
1164 GAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT-AA
258 GAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAA
* *
1228 TATGGCTTTTGAAGGTATTG
323 AAT-GCTTTTGAAGGTATGG
* * *
1248 GTGATTATAAATAGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTTATGTCTT-TCAAGGAAGACA
1 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCATGT-TTCTCAAGGAAGACA
* *
1312 GTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTG
65 GTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTG
* * * * * * * *
1377 TACAACCATTTAAAGGGAGCAATAAGCCTTTTAGAGGCTTGGGTGACTACAAAT-GGATTTTTTT
130 TAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTAACTACAAATGGGCTTTTTTA
* * ** * *
1441 CAAGTGAATGTATTTTTCTAAATGTTTCCTAAGGTAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACTGA
195 CAAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACTGA
* * * * *
1506 AGATGTAAAAAGATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATATAAAGCGAGTAATAA
260 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAA
* * * *
1571 GGCTTTCGATGGTATGA
325 TGCTTTTGAAGGTATGG
* * *** * * ** * * *
1588 GTAACTACAAATTACCTTTTCTTATTAATAAATTCCTTTTCCTTCATGTTGCTCTAGGCAGACAG
1 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACAG
* *
1653 TCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAAATCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGT
* * *
1718 AAAACCAATTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTCGGGTAACTACAAATGAGCCTTTTTTA
131 AAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTAACTACAAATG-GGCTTTTTTA
*
1783 CAAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGCAAAGAATCAATTATAATCTGTTGTAA-TC
195 CAAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGCAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACT-
* * *
1846 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAA
258 GAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAA
1911 AATGCTTTTGAAGGTATGG
323 AATGCTTTTGAAGGTATGG
** * * *
1930 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACTG
1 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACAG
* * * * * * * *
1995 TCAATTATAATCTGTTGTAA-TAAAAAATATAAAATAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTA
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTG
* * * * * * *
2059 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGGCTTTGGT
130 TAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTAACTACAAATGGGCTTT-TT
*
2123 TATC-AATCAATG-GCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGCAAAGAATCAATTATAA
193 TA-CAAATGAATGTG-TTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGCAAAGAATCAATTATAA
2176 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 783, Mismatches: 130, Indels: 29
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 279 0.36
341 100 0.13
342 401 0.51
343 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACAG
TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGT
AAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTAACTACAAATGGGCTTTTTTAC
AAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACTGAA
AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAT
GCTTTTGAAGGTATGG
Found at i:2773 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2390--3744 Score: 1138
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 169
2380 NNNNNNNNNN
* * * * *
2390 GAGTAATAAAGCTTTTGAAGG-TATGTGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATC-AATCAATGGT-
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA-CAAATGAAT-ATA
* * * * * * *
2452 TTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAGT-GATATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAA
63 TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACAATCAAT-TATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-GAAAAA
***
2516 CAATTCATGATAAAATCAATTATGA-ATT-TCGAAAA-TGATTTAAAGG
126 -AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGT--AAAACT-ATTTAAA-G
* * * *
2562 GAGGT-ATAGGGCTTTTGAAGGCTTTGGTAACTACAAATGGGCTTTT-TTGACAAATGAATATAT
1 GA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-ACAAATGAATATAT
* *
2625 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAAGAATAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAACA
64 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAA-A
* *
2690 TTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
128 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAG
* * ***
2732 CGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATC-AATAAATGGC
1 -GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA-CAAATGAATATA
* * * * * * * * *
2795 TTTTCCATCATGTTTCTCTAGGCAGACAGTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
63 TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-AAAAAA
* * * * **
2860 ATTTATCTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCCTTTAAAAG
127 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTT-AAAG
* * *
2904 GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATATATTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACAAATGAATATATTT
** ** *
2969 TTCTTCACATTTCTTAAGGTAAACAATCAATTATAATATGTTTTAACTGAAAATAT-AAAAAAAT
66 TTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAA-ATGAAAAAAAT
*
3033 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
129 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAG
* * ** * ***
3074 TGAGTAATAAGGCTTTT-AAGG-TATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTATTAATCAATGGCT
1 -GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACAAATGAATATAT
** * * * *
3137 TTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAACAAA
64 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-AAA-AAA
* * * * *
3202 ATT-ATCCCAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAGCCATTTAAAAG
127 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTT-AAAG
** * * * *
3245 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTAACTACAAATGGG-TTTTTTTGACAAATGAATATGTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-ACAAATGAATATATT
* * *
3309 TTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAAGAATAAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATGAAAAACAAA
65 TTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-AAAA-AAA
* * *
3374 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAACACTATTTAAAG
128 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAG
* * * * * **
3416 TGAGTAATATGGCTTTTGAAGG-TATTGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATCAA-AGG
1 -GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA-CAAATGAATATA
* * * * * *
3478 CTTTTCTTTTATG-TCCCTCAAGG-AATA-AAGTCAATCATAATCTATTTTAACTAAAAATATAA
63 TTTTTC-TTCATGTTTCC-CAAGGTAA-ACAA-TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-GAA
* * * *
3540 AAAAATTCATCCTAAAATAAATTATGAGTTTGTAAAACCATTTAAAAG
123 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTT-AAAG
* ** * * * * *
3588 GAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTACAAAT-GGATTTT-TTGCAAATGAATGTATTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACAAATGAATATATTT
** ** * * * * *
3651 TTCTAAATGTTTCCTGAGGTCAAGAATCAATTATAGTCTGTTTTAACTGAAGATGTAAAAAAATT
66 TTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-AAAAAAATT
*
3716 CAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
130 CAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
3745 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 955, Mismatches: 179, Indels: 101
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 77 0.08
170 160 0.17
171 480 0.50
172 220 0.23
173 15 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACAAATGAATATATTT
TTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAATTC
AACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAG
Found at i:3269 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2390--3744 Score: 1716
Period size: 341 Copynumber: 4.0 Consensus size: 341
2380 NNNNNNNNNN
* *
2390 GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGTGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAATCAATGG-TTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTT
* * *
2454 TTCCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAGT-GATATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAACA
65 TT-CTTCATATTTCTCAAGGCAAACAGTCAAT-TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA-A
** * ** * * **
2518 ATTCATGATAAAATCAATTATGAATTTCG-AAAATGATTTAAAGGGAGGT-ATAGGGCTTTTGAA
127 ATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTT-GTAAAACCATTTAAAAGGA-GTAATAAGGCTTTCAAA
2581 GGCTTTG-GTAACTACAAATGGGCTTTTTTGACAAATGAATATATTTTTCTTCATGTTTCCCAAG
190 GGC-TTGAGTAACTACAAATGGGCTTTTTTGACAAATGAATATATTTTTCTTCATGTTTCCCAAG
*
2645 GTAAAGAATAAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAA-ATGAAAAAACATTTAACCTAAAATCAATT
254 GTAAAGAATAAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATAT-AAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATT
*
2708 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
317 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
* *
2733 GAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATAAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTT
* * * * * * * *
2798 TCCATCATGTTTCTCTAGGCAGACAGTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
65 TTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
* * * * * **
2863 TATCTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCCTTTAAAAGGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTT
130 CATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAACCATTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT
* * ** **
2928 GAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAAATGAATATATTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAAA
195 GAGTAACTACAAATGGGCTTTT-TTGACAAATGAATATATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAA
* * *
2992 CAATCAATTATAATATGTTTTAACTGAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
259 GAATAAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
3057 TATAAAACTATTTAAAGT
324 TATAAAACTATTTAAAGT
* *
3075 GAGTAATAAGGCTTTT-AAGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTATTAATCAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTT
* * *
3139 TTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAACAAAAT
65 TTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAA-AAAAT
* *
3204 T-ATCCCAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAGCCATTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
129 TCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAACCATTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * *
3268 TGGGTAACTACAAATGGGTTTTTTTGACAAATGAATATGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAA
194 TGAGTAACTACAAATGGGCTTTTTTGACAAATGAATATATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAA
* *
3333 GAATAAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATGA-AAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
259 GAATAAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAAT-ATAAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* *
3397 ATTGTAACACTATTTAAAGT
322 ATTATAAAACTATTTAAAGT
* * * *
3417 GAGTAATATGGCTTTTGAAGGTATTGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATCAATCAAAGGC-TT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA-TGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTT
* * * * *
3481 TTCTT-TTATGTCCCTCAAGG-AATAAAGTCAATCATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
65 TTCTTCATAT-T-TCTCAAGGCAA-ACAGTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* *
3544 ATTCATCCTAAAATAAATTATGAGTTTGTAAAACCATTTAAAAGGAGCAATAAGGCTTTCAAAGG
127 ATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAACCATTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * ** ** *
3609 CTTGAGTGACTACAAAT-GGATTTTTTG-CAAATGAATGTATTTTTCTAAATGTTTCCTGAGGTC
192 CTTGAGTAACTACAAATGGGCTTTTTTGACAAATGAATATATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTA
* * * *
3672 AAGAATCAATTATAGTCTGTTTTAACTGAAGATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
257 AAGAATAAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
3737 ATTATAAA
322 ATTATAAA
3745 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 107, Indels: 45
0.85 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 34 0.04
341 303 0.34
342 271 0.31
343 265 0.30
344 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTT
TCTTCATATTTCTCAAGGCAAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
ATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAACCATTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
AGTAACTACAAATGGGCTTTTTTGACAAATGAATATATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAAGA
ATAAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACTATTTAAAGT
Found at i:4153 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3860--4522 Score: 607
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 168
3850 NNNNNNNNNA
* * * * * * * * *
3860 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATAGCTTTTCCTTCATGTTTCTCTACGCAGACAG
1 GTGACTACAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAAT-GGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAGAA
* * * * * * * *
3925 TCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGT
65 TCAATTATAATCTGTTGTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
3990 AAAACCAATTAAAGGGGGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTCGA
130 AAAACCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAAAGAT-GG
* * * ** * *
4031 GTAATTACAAATGGGCTTTTTTTA-CAAATGTATGTGTTTTTCTTCACGTTTC-CTGAGGTAAAG
1 GTGACTACAAATGGGCTTTTCTTATC-AATCAATG-GTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAAG
* *
4094 AATCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
63 AATCAATTATAATCTGTTGTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
4159 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTATGAAGATATGG
128 ATAAAACCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-T-AAAAGATGG
* * * * *
4202 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAG
1 GTGACTACAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATG-GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAGAA
* *
4267 TCAATTATAATCTGTTGTAA-TAAAAAATG-AAAAACAATTCAGCCTAAAATCTATTATGAGATT
65 TCAATTATAATCTGTTGTAACT-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * **
4330 ATAAAA-CTATTCAAAATGTGTACTAAGGCTTTTAACGGTATGG
128 ATAAAACCAATT-AAAGCGAGTAATAAGGC-TTTAAAAG-ATGG
* * *
4373 GTGACTACAAATGGGCTTTTGTTATCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGGTCAAGAA
1 GTGACTACAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAGAA
** * * * *
4438 TCAATTATAATAAGTTGTAACTAAAAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTAT
65 TCAATTATAATCTGTTGTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
4503 AAAACTATTTAAAGCAAGTA
130 AAAACCAATTAAAGCGAGTA
4523 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 83, Indels: 30
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.03
171 365 0.93
172 16 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
GTGACTACAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAGAAT
CAATTATAATCTGTTGTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGATGG
Found at i:4488 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3860--4522 Score: 845
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
3850 NNNNNNNNNA
*
3860 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATAGCTTTTCCTTCATGTTTCTCTACGCAGACAG
1 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATAGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAACGCAGACAG
* * * * * *
3925 TCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGT
66 TCAATTATAATCTATTGTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
3990 AAAACCAATTAAAGGGGGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTCGAGTAATTACAAATGGGCTTTTTTTA
131 AAAACCAATTAAAAGGGGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTCGAGTAACTACAAATGGGCTTTTGTTA
** * ** * *
4055 CAAATGTATGTGTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAATTAA
196 CAAATCAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCCTCAGGTAAAGAATCAATTATAATAAGTTGTAACTAA
* *
4120 AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAA
261 AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAAAA
4185 GGCTTATGAAGATATGG
326 GGCTTATGAAGATATGG
* * *
4202 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATAG-CTTTTCCTTCATGTTTCTCAACGCAGACA
* * * *
4266 GTCAATTATAATCTGTTGTAATAAAAAATG-AAAAACAATTCAGCCTAAAATCTATTATGAGATT
65 GTCAATTATAATCTATTGTAACAAAAAATGTAAAAA-AAATCAGCCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * * *
4330 ATAAAA-CTATTCAAAATGTGTACTAAGGCTTT-TAACGGTATGGGTGACTACAAATGGGCTTTT
129 ATAAAACCAATT-AAAAGGGGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT-CGAGTAACTACAAATGGGCTTTT
* *
4393 GTTATC-AATCAATG-GCTTTTTCTTCATGTTT-CTCCAGGTCAAGAATCAATTATAATAAGTTG
192 GTTA-CAAATCAATGTG-TTTTTCTTCACGTTTCCT-CAGGTAAAGAATCAATTATAATAAGTTG
* * *
4455 TAACTAAAAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAA
254 TAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAA
4520 GTA
319 GTA
4523 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 41, Indels: 14
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 17 0.06
342 255 0.93
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATAGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAACGCAGACAG
TCAATTATAATCTATTGTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCAATTAAAAGGGGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTCGAGTAACTACAAATGGGCTTTTGTTA
CAAATCAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCCTCAGGTAAAGAATCAATTATAATAAGTTGTAACTAA
AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAAAA
GGCTTATGAAGATATGG
Found at i:7580 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 6945--9079 Score: 2472
Period size: 342 Copynumber: 6.2 Consensus size: 342
6935 NNNNNNNNNN
* * * **
6945 ACTCCCTTTAAATGGCTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGATTTTTTTTTCATTTTTTAT
1 ACTCCCTTTAAATGGTTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * *
7010 TAAAATAGATTATAATTGACTGTTTACCTTGAGAAATATGAAGTAAAAGCCATTGATTAATAAGA
66 TAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGA
* * * * *
7075 AAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTT-AATAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAA
131 AAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * *
7139 CTCAAAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGATTGT
196 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGATTCT
* * ** *
7204 TTGCTTTAGGAAATGTGAAGAAAAATACATTCATTTG-CAATAAAAGCCCATTTATAGTCACCTA
260 TTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTTGTCAA-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
*
7268 AGCCTTCAAAAGCTTTATT
324 AGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * *
7287 ACTTCCTTTAAAGGGTTTCACAACCTCATAATTGATTTCAAGATGAATTTTTTTATATTTTTGGT
1 ACTCCCTTTAAATGGTTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * *
7352 TAAAACATATTATAATTGACTATGTGCCTAGAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGA
66 TAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGA
* * *
7417 AATGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
131 AAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * **
7482 CTCATAATTGATTTTAGGTTGTATTTTTTTTCATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTTTTTCTT
196 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTT
* * * * * * * *
7547 TACCGTGGGAAACATGAAGAAAAACATATTCATTTGTCAAAAAAGCCTATTTTTTGTTACCCAAG
261 TACCTTAGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTTGTCAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
* * *
7612 CCTCCGAAAGCCCTATT
326 CCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
7629 ACTCCCTTTAAATAGTTTTAAAAACTCATAACTAATTTTAGGATGAATTCTTTTTTTTACATTTT
1 ACTCCCTTTAAATGGTTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGAA----TTTTTTTACATTTT
* * ** *
7694 TAGTTAAAATAGATTAT-ATATCCCTGTCTGCCTTA-AGAAACATGAAAGAAAAGCCATTGATTG
62 TGGTTAAAACAGATTATAAT-TGACTGTCTGCC-TAGAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTGATTG
* * * *
7757 AAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACATA-CTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
125 ATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * ** *
7821 TATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTACAACAGATTATAATTG
190 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTG
* ** * * *
7886 ATTCTTTGCCTT-GAGAAATGTGAAGAAAAAAAGATTGA-TTGAT-AACAAAAGCCCATTTATAG
255 ATTCTTTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAATACATTCATTTG-TCAA-AAAAGCCCATTTATAG
*
7948 TCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTAGT
317 TCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * *
7974 ACAT-GCTTTGAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTT-CATTTTTG
1 AC-TCCCTTTAAATGGTTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGAATT-TTTTTACATTTTTG
* * * *
8037 ATTACAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGGAA--AAAAGTCATTGATTGATA
64 GTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTAGAGAAACAT-GAAGGAAAAGCCATTGATTGATA
* * * *
8100 AGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAGTAGTTTTAT
128 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* *
8165 AATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAATAGATTATAATTGATT
193 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGATT
* * * * *
8230 CTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTTAT-AAAAAACGCCCATTTGTAGTTACC
258 CTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTTGTCAAAAAA-GCCCATTTATAGTCACC
* **
8294 CGAGCCTTTGAAAGCCTTATT
322 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
8315 ACACCCTTTAATTGGTTTTACAAACTCATAACTGATTTTAGGAT-TATTTTTTCTACATTTTTTG
1 ACTCCCTTTAAATGGTTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTT-TACATTTTTGG
* * * * * *
8379 TTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCAAGAGAAAGAGGAAGAAAAAGTCATTTATTGATAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAG
* * * *
8444 AAAAGCCCATTTACAGTCACTCATACCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAA
130 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
8509 TCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATCTTCAGTTAAAATAGATTATAATTGATTTT
195 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGATTCT
* ** * * *
8574 TTACCTAAGGAAACATTTAGGAAAATACATTCATTTG-CAAAAAA-TCCATTTGTAGTCACCCAA
260 TTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTTGTCAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
**
8637 GCCTTTGAAAGCCTTATT
325 GCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
8655 GCTCCCTTTAAATAGTTTTACAAACTCATAATTGATTTTACGATGAATGTTTTTATATTTTTAGT
1 ACTCCCTTTAAATGGTTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * *
8720 TAAAACAGATTATAATTTACTGTCTTCCTTGA-AAGACATAAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAG
66 TAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTAGAGAA-ACATGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAG
* * * * * *
8784 AAAATCCCATTTATAATAACCAATACCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAA
130 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
8849 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTCAGTTAAAACAAATTATAATTGATTCT
195 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGATTCT
* * * * * *
8914 TTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAACATATTCATTTGTTAAAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAA
260 TTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTTGTCAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* ***
8979 GCCTTTGAAAA-TAATATT
325 GCC-TTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
8997 GCTCCCTTTAAATGGCTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGGATTTTTTTACAATTTTGAT
1 ACTCCCTTTAAATGGTTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTGGT
*
9062 TAAAATAGATTATAATTG
66 TAAAACAGATTATAATTG
9080 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1513, Mismatches: 247, Indels: 66
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.00
340 330 0.22
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342 554 0.37
343 61 0.04
344 6 0.00
345 187 0.12
346 91 0.06
347 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
ACTCCCTTTAAATGGTTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTGGT
TAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGA
AAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTT
TACCTTAGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTTGTCAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
CCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:7925 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6945--9079 Score: 1892
Period size: 171 Copynumber: 12.5 Consensus size: 171
6935 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
6945 ACTCCCTTTAAATGGCTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGATTTTTTTTTCATTTTTTA-
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAG
* * * * * * * *
7009 TTAAAATAGATTATAATTGACTGTTTACCTTGAGAAATATGAAGTAAAAGCCATTGATTAATAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGATTGATAAG
* * *
7074 AAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTT-AATAGCCTTATT
130 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
7115 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTTACATTTTCAG
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAG
* * ** * * *
7180 TTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTG-CTTTAGGAAATGTGAAGAAAAATACATTCATTTG-CA
65 TTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGACATTGA-TTGATA
* * *
7243 ATAAAAGCCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCAAAAGCTTTATT
128 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATT
** * * * * * * * *
7287 ACTTC-CTTTAAAGGGTTTCACAACCTCATAATTGATTTCAAGATGAATTTTTTTATATTTTTGG
1 AC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* * * * * * *
7351 TTAAAACATATTATAATTGACTATGTGCCTAGAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAG
65 TTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGATTGATAAG
* *
7416 AAATGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTTTT
130 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
7458 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGTATTTTTTTTCATTTTCAGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
** * * * * * *
7523 TAAAACAGATTATAATTTTTTCTTTACCGTGGGAAACATGAAGAAAAACATATTCATTTG-TCAA
66 TAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGA-TTGAT-AA
* * * * * * *
7587 -AAAAGCCTATTTTTTGTTACCCA-AGCCTCCGAAAGCCCTATT
129 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
7629 ACTCCCTTTAAATAGTTTTAAAAACTCATAACTAATTTTAGGATGAATTCTTTTTTTTACATTTT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA----TTTTTTTACATTTT
* * * *
7694 TAGTTAAAATAGATTAT-A-T-ATCCCTGTCTGCCTTAAGAAACATGAA-AGAAAAGCCATTGAT
62 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAT-TCT-T-TGCCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGACATTGAT
* * *
7755 TGAAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACATA-CTTCAAAACCCTTATT
123 TGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
7803 ACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* ** * * *
7868 TACAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAAGATTGATTGATAACA
66 TAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGATTGATAAGA
*
7933 AAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAGT
131 AAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
* *
7974 ACAT-GCTTTGAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTT-CATTTTT-
1 AC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTTACATTTTTA
* * * * * *
8036 GATTACAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGGA-AAAAAGTCATTGATTGATA
64 G-TTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGATTGATA
* *
8100 AGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTTTT
128 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
8144 ACTCGTTTTAAGTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAATTTTTTTACATTTTCAGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * * *
8209 TAAAATAGATTATAATTGATTCTTTGCC-TCAGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTTATAA-
66 TAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGACATTGATTGATAAG
* * * **
8272 AAAACGCCCATTTGTAGTTACCCGA-GCCTTTGAAAGCCTTATT
130 AAAA-GCCCATTTATAGTCACCC-ATACCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * * *
8315 ACACCCTTTAATTGGTTTTACAAACTCATAACTGATTTTAGGATT--ATTTTTTCTACATTTTTT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG-TTGAATTTTTT-TACATTTTTA
* * * ** * * * *
8378 GTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCAAGAGAAAGAGGAAGAAAAAGTCATTTATTGATAA
64 GTTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGATTGATAA
* * *
8443 GAAAAGCCCATTTACAGTCACTCATACCATCAAAAGCCTTATT
129 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
8486 ACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATCTTCAGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * * ** * * * *
8551 TAAAATAGATTATAATTGATTTTTTACC-TAAGGAAACATTTAGGAAAATACATTCATTTG-CAA
66 TAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGACATTGA-TTGATAA
* * **
8614 -AAAA-TCCATTTGTAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATT
129 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * * *
8655 GCTCCCTTTAAATAGTTTTACAAACTCATAATTGATTTTACGATGAATGTTTTTATATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * *
8720 TAAAACAGATTATAATTTACTGTC-TT-CCTTGA-AAGACATAAAGGAAAAGCCATTGATTGATA
66 TAAAACAGATTATAATTGA-T-TCTTTGCCTTGAGAA-ACATGAAGAAAAAGACATTGATTGATA
* * * * *
8782 AGAAAATCCCATTTATAATAACCAATACCTTCAAAAGCCATATT
128 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
8826 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTCAGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * * * * * *
8891 TAAAACAAATTATAATTGATTCTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAACATATTCATTTGTTAA-
66 TAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGA-TTGATAAG
* * ***
8955 AAAAGCCCATTTATAGTTACCCA-AGCCTTTGAAAA-TAATATT
130 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATA-CC-TTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * * * *
8997 GCTCCCTTTAAATGGCTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGGATTTTTTTACAATTTT-GA
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-
*
9061 TTAAAATAGATTATAATTG
65 TTAAAACAGATTATAATTG
9080 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1574, Mismatches: 326, Indels: 129
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 128 0.08
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172 98 0.06
173 7 0.00
174 58 0.04
175 68 0.04
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
TAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGATTGATAAGA
AAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:9027 original size:511 final size:514
Alignment explanation
Indices: 6945--9079 Score: 1929
Period size: 511 Copynumber: 4.2 Consensus size: 514
6935 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
6945 ACTCCCTTTAAATGGCTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGATTTTTTTTTCATTTTTTA-
1 ACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCAG
* * ** * * *
7009 TTAAAATAGATTATAATTGACTGTTTACCTTGAGAAATATGAAGTAAAAGCCATTGA-TTAATAA
65 TTAAAATAGATTATAATTGACTGTTTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAAACATTCATTTGACAA
* ** *
7073 GAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTT--AATAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
130 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
7136 AAACTCAAAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGAT
194 AAACTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGAC
* * ** * * * * *
7201 TGT-TTGCTTTAGGAAATGTGAAGAAAAATACATTCATTTG-CAATAAAAGCCCATTTATAGTCA
259 TGTCTTGCCTT-GAAAACATAAAGAAAAAGACATTCA-TTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTAA
* * ** * * *
7264 CCTAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTC-CTTTAAAGGGTTTCACAACCTCATAATTGATTTCAA
322 CC-AAACCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
7328 GATGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGACTATGTGCCTAGAGAAACATGA
385 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTCTTTGCCTAGAGAAACAT-A
* * * * *
7393 AGGAAAAGC-CATTGATTGATAAGAAATGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTTT
449 AAGAAAAACATATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAT
7457 T
514 T
* * *
7458 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGTATTTTTTTTCATTTTCAGT
1 ACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTCAGT
* *** * * * * *
7523 TAAAACAGATTATAATTTTTTCTTTACCGTGGGAAACATGAA-GAAAAACATATTCATTTGTCAA
66 TAAAATAGATTATAATTGACTGTTTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAA-ACATTCATTTGACAA
* * * * * * *
7587 -AAAAGCCTATTTTTTGTTACCCAAGCCTCCGAAAGCCCTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTAAA
130 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATA
* * * *
7651 AACTCATAACTAATTTTAGGATGAATTCTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTAT-ATAT
195 AACTCATAATTGATTTTAGGATGAA---TTTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAAT-T
** * * * *
7715 CCCTGTC-TGCCTTAAGAAACATGAAAG-AAAAGCCATTGATTGAAAAGAAAAGCCCATTTATAG
256 GACTGTCTTGCCTTGA-AAACAT-AAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAG
* * * * * *
7778 TCACACATA-CTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTGATTTT
319 TAAC-CAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTT
* * * **
7842 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTACAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTTGAGAAATGT
383 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTCTTTGCCTAGAGAAACAT
* * * *
7907 GAAGAAAAAAAGATTGATTGATAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
448 AAAGAAAAACATATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
*
7972 GT
513 TT
* * * *
7974 ACAT-GCTTTGAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTT-CATTTT-T
1 AC-TCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTTACATTTTCA
* * * * *
8036 GATTACAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACAT---GGAAAAAAGTCATTGA-TTG
64 G-TTAAAATAGATTATAATTGACTGTTTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAAA--CATTCATTTG
* * * * ** *
8097 ATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCATA-CCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAGTAGTT
126 ACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTT
* * * *
8161 TTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAA-TTTTTTTACATTTTCAGTTAAAATAGATTATAAT
190 TTATAAACTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * *
8225 TGA-T-TCTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTTATAA-AAAACGCCCATTTGT
255 TGACTGTC-TTGCCT-TGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAA-GCCCATTTAT
* * * ** * * * * * *
8287 AGTTACCCGAGCCTTTGAAAGCCTTATTACACCCTTTAATTGGTTTTACAAACTCATAACTGATT
317 AG-TAACCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATT
* * * * *
8352 TTAGGATT--ATTTTTTCTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCAAGAGAA
381 TTAAG-TTGAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTCTTTGCCTAGAGAA
* ** * * *
8415 AGAGGAAGAAAAAGTCAT-TT-ATTGATAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACTCATACCATCAAAA
444 ACATAAAGAAAAA--CATATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAA
8478 GCCTTATT
507 GCCTTATT
* * * *
8486 ACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATCTTCAGT
1 ACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTCAGT
* * * ** *
8551 TAAAATAGATTATAATTGATTTTTTACC-TAAGGAAACATTTAGGAAAATACATTCATTTG-CAA
66 TAAAATAGATTATAATTGACTGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGGAAAAAACATTCATTTGACAA
* * * * *
8614 -AAAA-TCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCCCTTTAAATAGTTTTACA
130 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATA
* * * * *
8677 AACTCATAATTGATTTTACGATGAA-TGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTACT
195 AACTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGACT
* * * * *
8741 GTCTT-CCTTGAAAGACATAAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAATCCCATTTATAATAACC
260 GTCTTGCCTTGAAA-ACATAAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTAACC
* * *
8805 AATACCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
324 AA-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* ** * * * * *
8870 GAATTTTTTTTCATTTTCAGTTAAAACAAATTATAATTGATTCTTTACCTTGGGAAACATAAAGA
388 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTCTTTGCCTAGAGAAACATAAAGA
* * * * ***
8935 AAAACATATTCATTTGTTAA-AAAAGCCCATTTATAGTTACCCA-AGCCTTTGAAAA-TAATATT
453 AAAACATATTGA-TTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATA-CC-TTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * * *
8997 GCTCCCTTTAAATGGCTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGGATTTTTTTACAATTTTGA-
1 ACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTCAG
9061 TTAAAATAGATTATAATTG
65 TTAAAATAGATTATAATTG
9080 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1295, Mismatches: 269, Indels: 118
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
509 5 0.00
510 22 0.02
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518 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (514 bp):
ACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTCAGT
TAAAATAGATTATAATTGACTGTTTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAAACATTCATTTGACAAG
AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAA
ACTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGACTG
TCTTGCCTTGAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTAACCAA
ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTCTTTGCCTAGAGAAACATAAAGAAAA
ACATATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:9958 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9554--10773 Score: 1102
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
9544 NNNNNNNNNN
* * * * * **
9554 AGTTAAAACAGATTATAATTTATTCTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAACATGTTGATTTG-T
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGA-TTGAT
* * * * *
9618 CAA-AAAAGCCCATTTTTAGTTACCCAAGCCTTTGAAAGCCCTATTACTCCCTTTAAATTA-TTT
65 -AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTT
* * * * *
9681 AAGAAACTCATAATTGATTTTCGGATGAATTTCTTTTTACATTTTT
127 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TT-TTTTTACATTTTT
* * * * * * *
9727 AGTTAAAATAGATTAT-ATATCACTGTCTGCCTTGAAAAACATGAAAAAAAAGCCATTGATTGAT
1 AGTTAAAACAGATTATAAT-TGATTCTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGATTGAT
* * *
9791 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACATACCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTA
65 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-ACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* *
9856 TAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
129 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * *
9898 GGTTACAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGAGATTGATTGACA
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGATTGATA
* * * *
9963 ACAAAAGCCCATTTATAGCCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATAGTTTTAT
66 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-ACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
10028 AATCTCATAATTTATTTTAGGTCGAATTGTTTTATATTTTTT
130 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTT
* * * * ** *
10070 A-TTACAATAGATTATAATTGACTGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTGATTGATA
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGATTGATA
*
10134 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTT-TCTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
66 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-ACCTTTAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* *
10198 TAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTC
129 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * *
10240 AGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCC-TCAGGAAACATTAAGAAAAATACATTCATTTG-
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGACATTGA-TTGA
* * * * * * * *
10303 TAAAAAAAGCCCATTTGTAGTTACCCGAGCCTTTGAAAGCCTTAATACTC-CATTTAATTGGTTT
64 TAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC-AACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATAGTTT
* * * * * *
10367 TACAAACTCATAACTAATTTTAGGAT-AATTTTTTTTACATTTCT
127 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT
* * * * * * * * * * *
10411 -GATGAAAATATATTATAATTGACTGTCTGTCTAGAGAAACATAAAGGAAAAGTCATTTATTGAT
1 AG-TTAAAACAGATTATAATTGATTCTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGATTGAT
* * * * * *
10475 AAGAAAAGCCCATTTACAATCACTCACACCATCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
65 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-ACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* *
10540 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATCTTC
129 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * ** * *
10582 AATTAAAATAGATTATAATTGATTCTCTACC-TCAGGAAACGTTTAGAAAAATACATTCATTTGC
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGACATTGA-TTG-
* * * * ** * *
10646 A-AA-AAAA-TCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGGCTTATCGCTCCCTTTAAGTAGTTT
63 ATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * * * *
10708 TACACTCTCATAATTAATTTTGGGATGAATTTTTTTATATTTTT
127 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT
10752 AGTTAAAACAGATTATAATTGA
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGA
10774 CTGTCTTCCT
Statistics
Matches: 840, Mismatches: 181, Indels: 55
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 112 0.13
171 582 0.69
172 30 0.04
173 114 0.14
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGATTGATA
AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT
Found at i:10187 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 9554--10786 Score: 1470
Period size: 342 Copynumber: 3.6 Consensus size: 343
9544 NNNNNNNNNN
* ** * ** * *
9554 AGTTAAAACAGATTATAATTTATTCTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAACATGTTGATTTGTC
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTTGAC
* * * *
9619 AAAAAAGCCCATTTTTAGTTACCCAAGCCTTTGAAAGCCCTATTACTCCCTTTAAATTA-TTTAA
66 AAAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTT-AATTAGTTTTA
* * * *
9683 GAAACTCATAATTGATTTTCGGATGAATTTCTTTT-TACATTTTTAGTTAAAATAGATTAT-ATA
130 CAAACTCATAATTAATTTTAGGATGAATTT-TTTTATA-TTTTTTAGTTAAAATAGATTATAAT-
* * * *
9746 TCACTGTCTGCCTTGAAAAACATGAAAAAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGT
192 TGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGT
* *
9811 CACACATACCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTA
257 CACACATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
*
9876 AGTTGAATTTTTTTACATTTTT
322 AGTTGAATTTTTTTACATTTTC
* * * * * * * *
9898 GGTTACAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGAGATTGA-TTGA
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAATACATTCATTTGA
* * * *
9961 CAACAAAAGCCCATTTATAGCCACCCATA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTGAA-TAGTT
65 CAA-AAAAGCCCATTTGTAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTT-AATTAGTT
* * * * *
10024 TTATAATCTCATAATTTATTTTAGG-TCGAATTGTTTTATATTTTTTA-TTACAATAGATTATAA
127 TTACAAACTCATAATTAATTTTAGGAT-GAATTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAATAGATTATAA
**
10087 TTGACTGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAG
191 TTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAG
*
10152 TCACCCATACCTTCAAAAGCCTT-TCTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
256 TCACACATACCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
*
10216 TATGTTGAATTTTTTTACATTTTC
320 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTC
* *
10240 AGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTCAGGAAACATTAAGAAAAATACATTCATTTGTA
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTTG-A
* * * * *
10305 -AAAAAAGCCCATTTGTAGTTACCCGAGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCCATTTAATTGGTTTTA
65 CAAAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAATTAGTTTTA
* * * * * *
10369 CAAACTCATAACTAATTTTAGGAT-AATTTTTTTTACATTTCTGA-TGAAAATATATTATAATTG
130 CAAACTCATAATTAATTTTAGGATGAA-TTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * * *
10432 ACTGTCTGTCTAGAGAAACATAAAGGAAAAGTCATTTATTGATAAGAAAAGCCCATTTACAATCA
194 ACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * * * *
10497 CTCACACCATCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
259 CACATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
*
10562 TTGAATTTTTTTACATCTTC
324 TTGAATTTTTTTACATTTTC
* * * * **
10582 AATTAAAATAGATTATAATTGATTCTCTACCTCAGGAAACGTTTAGAAAAATACATTCATTTG-C
1 AGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTTGAC
** * ** *
10646 AAAAAAATCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGGCTTATCGCTCCCTTTAAGTAGTTTTAC
66 AAAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAATTAGTTTTAC
** * *
10711 ACTCTCATAATTAATTTTGGGATGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAC
131 AAACTCATAATTAATTTTAGGATGAATTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAC
*
10775 TGTCTTCCTTGA
196 TGTCTGCCTTGA
10787 AAGACATAAA
Statistics
Matches: 761, Mismatches: 109, Indels: 41
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 115 0.15
342 488 0.64
343 30 0.04
344 123 0.16
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (343 bp):
AGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTTGAC
AAAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAATTAGTTTTAC
AAACTCATAATTAATTTTAGGATGAATTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAC
TGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACA
CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTACATTTTC
Found at i:12305 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12086--13406 Score: 999
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 170
12076 AGGTAAAGAA
* * * * * * *
12086 TCAATTATAATCTATTTTAACTGAAGATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGT
* * * *
12151 AAAACTATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGTATGACTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA
66 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTACAAATGGGCTTTT-TTA
*
12216 TCAATAAATGACTTTTCCTTCATGTTTCTCTAGGCAGACAG
130 TCAATAAATGACTTTTCCTTCATGTTTCTCTAGGCAAACAG
*
12257 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAAA-TGATCCTAAAATCAATTATGAGTTTG
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTG
* * ** * * * *
12321 TAAAAAC-AATTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-CGGGTAACTACAGATGGGCTTTGT
65 T-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTACAAATGGGCTTT-T
* * * * *
12384 TTA-CAAATGAATGTGCTTTT-CTTCACGTTTC-CTGAGGCAAAGAA
127 TTATC-AATAAATG-ACTTTTCCTTCATGTTTCTCT-AGGCAAACAG
* ** * * * *
12428 TCAATTATAATATGTTTTAACCGAAAATATAAAAAAATTCAAT-CTAAAATTAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC-ATCCTAAAATCAATTATGAGTTTG
*
12492 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTACAAATGGGCTCTTATT
65 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTACAAATGGGCT-TT-TT
* ** * *
12557 TATCACT--A-G-CTTTTCCTTCACATTTCT-TAAGGTAAACGG
128 TATCAATAAATGACTTTTCCTTCATGTTTCTCT-AGGCAAACAG
* * *
12596 TTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTTAAAACAA-TCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTG
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-TAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTG
* * ** * *
12660 TAAAGCCATTTAAATG-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-T-AGGTAACTACAAATGGCCTCTT
65 TAAAACTATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGA-GTGACTACAAATGGGCT-TT
* * * * * * * *
12722 TTGA-CAAATGAATATG--TTTTTCTTCATATTTCGCAAGGTAAAGAA
126 TTTATC-AAT-AA-ATGACTTTTCCTTCATGTTTCTCTAGGCAAACAG
* * * * * * * *
12767 TCAATTATAATCTATTTTAACTGAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGT
* * * * * * * * *
12832 AAAACTATTTAAAGCGATTAGTATGACTTTTGACGGTATTG-GTGATTATAAATGTGTTTTTCTT
66 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA-TGAGTGACTACAAATGGGCTTTT-TT
* * * * *
12896 ATCAATCAATGGCTTTTCCTTTATGTCTT-TCAAGG-AAGATAG
129 ATCAATAAATGACTTTTCCTTCATGT-TTCTCTAGGCAA-ACAG
* * *
12938 TCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAATATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGT
* * ** * *
13003 AAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGACTACAAAT-GGATTTTTT-
66 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTACAAATGGGCTTTTTTA
* * ** * * *
13065 TGCAACTGAATGTA-TTTTTCTAAATGTTTC-CTGAGGTAAAGAT
130 T-CAA-TAAATG-ACTTTTCCTTCATGTTTCTCT-AGGCAAACAG
* * * * **********
13108 TCAATTATAATCTTTTTTAACTGAAGATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTNNNNNNNNNN
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGT
* * *
13173 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGTATGAGCGACTATAAATGGGCTTTTCTTA
66 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTACAAATGGGCTTTT-TTA
* * * * *
13238 CCAACAACTGACTTTTCCTTTATGTTTCTCTAGGCAGACAG
130 TCAATAAATGACTTTTCCTTCATGTTTCTCTAGGCAAACAG
* * *
13279 TTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACAG-AAAAAAAATCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTG
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTG
* * * * ** * * *
13343 TAAAACCAATTAAAGAGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTAACTACAAATGGGTTTTTTT
65 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTACAAATGGGCTTTTTT
13407 TACAAATGAA
Statistics
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0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 13 0.01
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172 44 0.05
173 1 0.00
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Consensus pattern (170 bp):
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AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTACAAATGGGCTTTTTTAT
CAATAAATGACTTTTCCTTCATGTTTCTCTAGGCAAACAG
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Alignment explanation
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* * * *
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** * * * *
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* *
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131 CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGTATGAGT
* * *
12194 GACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATAAATGACTTTTCCTTCATGTTTCTCTAGGCAGACAGTC
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* *
12259 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAAATGATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGTAA
261 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGTAA
*
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* * * *
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* * * *
12406 TCACGTTTCCTGAGGCAAAGAATCAATTATAATATGTTTTAACCGAAAAT-ATAAAAAAATTCAA
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* * * *
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* * ** *
12535 TGACTACAAATGGGCTCTTAT-TTATC-A-CTA-G-CTTTTCCTTCACATTTCTTAAGGTAA-AC
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* * * * *
12594 GGTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTTAAAACAATCATCCTAAAATCAATTATGAGTTT
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* * *
12659 GTAAAGCCATTTAAATGGAGT
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* * * * *
12680 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTAACTACAAATGGCCTCTTTTGACAAATGAATATGTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTAACTACAAATGGGCTTTTTTTACAAATGAATGTGTTTTTCT
** * *
12745 TCATATTTCGC-AAGGTAAAGAATCAATTATAATCTATTTTAACTGAAAATGAAAAAAAATTTAA
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* * * * * *
12809 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTAGTATGACTTTTGACGGTATTG-
130 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGTA-TGA
* * * * * *
12873 GTGATTATAAATGTGTTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTTATGTCTT-TCAAGGAAGATA
194 GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGACTTTTCCTTCATGT-TTCTCAAGGAAGACA
* *
12937 GTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAATATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTG
258 GTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-AATCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTG
*
13002 TAAAACCATTTAAAGGGAGT
322 TAAAACCAATTAAAGGGAGT
* * * * *
13022 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTACAAAT-GGATTTTTTTGCAACTGAATGTATTTTTCT
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTAACTACAAATGGGCTTTTTTTACAAATGAATGTGTTTTTCT
** * * * * *
13086 AAATGTTTCCTGAGGTAAAGATTCAATTATAATCTTTTTTAACTGAAGATGTAAAAAAATTCAAC
66 TCACGTTTCCTGAGGTAAAGAATCAATTATAATCTATTTTAACTGAAAATGAAAAAAAATTCAAC
********** *
13151 CTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGTATGAGC
131 CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGTATGAGT
* * * *
13216 GACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAA-CAACTGACTTTTCCTTTATGTTTCTCTAGGCAGACAGT
196 GACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAA-TGACTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACAGT
* * *
13280 TAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACAGAAAAAAAATCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGTA
260 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGTA
* *
13345 AAACCAATTAAAGAGAAT
324 AAACCAATTAAAGGGAGT
*
13363 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTAACTACAAATGGGTTTTTTTTACAAATGAATGTGTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTAACTACAAATGGGCTTTTTTTACAAATGAATGTGTTTTTCT
* *
13428 TCACGTTTCCTGAGGCAAAGAATCAATTTTAATCTATTT
66 TCACGTTTCCTGAGGTAAAGAATCAATTATAATCTATTT
13467 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 952, Mismatches: 151, Indels: 45
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 7 0.01
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344 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTAACTACAAATGGGCTTTTTTTACAAATGAATGTGTTTTTCT
TCACGTTTCCTGAGGTAAAGAATCAATTATAATCTATTTTAACTGAAAATGAAAAAAAATTCAAC
CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGTATGAGT
GACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGACTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACAGTC
AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAA
ACCAATTAAAGGGAGT
Done.