Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397394.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1067.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 2841 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:614 original size:171 final size:170
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Indices: 431--782 Score: 411
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421 NNNNNNNNNN
* *
431 ATCTCATAATTGATATTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATAAT-ATTTAAAT
1 ATCTCATAATTGATATTAACTTAAATTTTTTTACATTTT-AGTTAAAACAGATAATAATTGAAA-
** *
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64 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGTAAA-GTCCAACTATAGTCACC
**
559 CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAAA
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* * * * * * * *
602 ATCTCCTAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAAGT
1 ATCTCATAATTGATATTAACTTAAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAAAGT
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* * *
732 ACTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
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*
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1 ATCTCATAATT
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ATCTCATAATTGATATTAACTTAAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAAAGT
CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGTAAAGTCCAACTATAGTCACCCAT
ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAAA
Found at i:745 original size:170 final size:169
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256 NNNNNNNNCA
* * * * *
266 TAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTGTTTGTTAGAATACATTATAGTTGAATGTCTGT-
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTGTTAAAATACATTATAATTGAAAGTCTATC
* * * * * * * * *
330 TTCAGTAAAAGTGATGTAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTTTAG-T-CGCTTAAGT
65 TTAAG-AAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGTAAG-AAAGTCCATTTATAGTTACCCAT-ACT
* ********** *
393 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAANNNNNNNNNNATCTCA
127 -TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATCTCC
* * * * * * * * *
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1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT-TGTTAAAATACATTATAATTGAAA-GTCTAT
* ** * * * ** * *
501 CTCAAGGGACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAGGTCCAACTATAGTCACCCATACCT
64 CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAA-GTCCATTTATAGTTACCCATACTT
* *
566 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAAAATCTCC
128 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATCTCC
* *
608 TAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAAGTCTATCT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAAAGTCTATCT
* *
673 TGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGTAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACTTTC
66 TAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGTAAG-AAAGTCCATTTATAGTTACCCATACTTTC
* *
738 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAC
130 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATCTC-C
*
779 -AATTAATTTTAAGT
1 TAATTGATTTTAAGT
793 NNNNNNNNNN
Statistics
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170 124 0.46
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TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAAAGTCTATCT
TAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACTTTCG
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATCTCC
Found at i:2023 original size:171 final size:169
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1728 NNNNNNNNNG
* ** * * *
1738 GTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAGCATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * *** * * * * * * *
1803 GTTGAAAGTCTGTTTCAGTAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGTAAAGTTTTTTTCTA
66 TTTGAATGTCTACCTCTG-AAAAGTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
** * * *
1868 GTTGCTTAAGTTTTCGAAAGTCTTATTACTCACGTTAAATG
129 GTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* **
1909 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTATTTTTATATTTGTGGTTAAAACAGATAAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAAT
* * * *
1973 ATTTGAATGTCTACCTCTGAAAATGTGAAG-AATAAGCTAATGACTGGCAAGAAAAGTCCATCTA
65 ATTTGAATGTCTACCTCTGAAAA-GTGAAGCAA-AAG-TAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * *
2037 TAGTCAC-CAATGCTTTT-GAAAAG-CTTATCACTCGCTTTAAATA
127 TAGTCACTTAA-G-TTTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * * * * * * *
2080 TTTTTATAATATTATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTTGTTAGAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* *** * * * * * *
2145 GTTGAATGT-TTGTTTTAGTAAAAGTGAAGCAAAAGTCATCCATCGGTAAGAAAAGTCCATTTTT
66 TTTGAATGTCTACCTCT-G-AAAAGTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
** * * *
2209 AGTCGTTTATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
128 AGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * *
2251 GTTTTATAATCTTATAATTGATATTAAGTTAAATTGTTCTATATTTTTTATTAAAACAGATAAT-
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * *
2315 TTTGGAATGTCTACCTCTAGAAATGTGACGAAAAAGCTAATGATTGGC-AGAAAAAGT-TCACTT
66 TTT-GAATGTCTACCTCT-GAAAAGTGAAGCAAAAG-TAATCATTGGCAAG-AAAAGTCT-ATTT
* *
2378 ATAGTCACCCTT--GCCTTT-GAAAAG-CTTATTACTCGCCTTAAATA
126 ATAGTCA--CTTAAG-TTTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * * *
2422 GTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAGAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* *** * * * * * *
2487 GTTGAATGTCTGTTTCAGTAACCA-TAAAGCAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTCT
66 TTTGAATGTCTACCTCTG-AA-AAGTGAAGCAAAAGT-AATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
*
2551 AGTCGCTTAAGTCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
128 AGTCACTTAAGT-TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * *
2593 TTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTT-AATTTTTTT-TCCA-TTTCTACTTACAACAGATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT--ATTTTTTA-TTAAAACAGATA
* * * * * * *
2655 ATATTTAAATGGT-TATCTCAAGAAACA-TGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAGGAAAAGTCTAT
63 ATATTTGAAT-GTCTACCTC-TGAAA-AGTGAAGCAAAAGT-AATCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * ** * ** ** *
2718 TTCTAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTAC-TTAAATG
124 TTATAGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * * *
2763 GTTTTAAAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTTAAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * *
2828 ATAGAATGTCTACCT-TGGGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
66 TTTGAATGTCTACCTCT--GAAAAGTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
** * ** * * *
2892 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
128 AGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * *
2934 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * ** * * ** *
2999 ATTGAATCTCT-GCTTTAAGAAACA-TGAAGCAAAACCCATTTATTGAAAAGAAAAGTCCATTTA
66 TTTGAATGTCTACCTCT--GAAA-AGTGAAGCAAAA-GTAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* ** ** * * * *
3062 TAGTTACCGAAGCCTGCGAAAGCTTTA-TACTCGCTTTAAATG
127 TAGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * *
3104 GTTTTATAATTTTATTATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTATA-CTTTTAGGT-AAACAGATAAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATAAT
* * * * ** * * * * * *
3167 ATTTGATTGTTTGTCATGGGAAACA-TGAAGAAAAACCTATTTATAGGTAAGAAAAGTAC-ATTT
65 ATTTGAATGTCT-ACCTCTGAAA-AGTGAAGCAAAA-GTAATCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTT
* ** * * *
3230 ATAGTCGCCCATA-TCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATTA
126 ATAGTCACTTA-AGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAA-TA
* * * * * * *
3275 -TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTGATATTTTTTATTAAAATATATTACA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * ** *
3339 ATTGAATGTCTGCTTCTGGAAACA-T-AGTGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
66 TTTGAATGTCTACCTCT-GAAA-AGTGA-AGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * *
3402 TAGTCA-TCCAAGGTTTT-GAAAGCCTTATTACATC-CTTTAAATG
127 TAGTCACT-TAA-GTTTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCGTTAAATA
* * * * ** * *
3445 GTTTTATAACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACT-TTTGTGGTGAAAATAGACT-A
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTATTAAAACAGA-TAA
* * ** * * ** ** * * *
3508 TAATTGAAT-ACTTGGCT-TGGAAAACATAAAAAAAAACAAATTCATTGG-TAGAAAAAGTTTCT
64 TATTTGAATGTC-TACCTCT-GAAAA-GTGAAGCAAAAGTAA-TCATTGGCAAG-AAAAGTCTAT
* ** *** * * * * *
3570 GTATAGTCACCCATACCCTCCG-AAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATG
124 TTATAGTCACTTA-AGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * *
3616 GTTTTATAA-C-C-TATTTGTAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTCATTACACGTTTTAAATAGT
1 GTTTTATAATCTCATAATTG-A-T--TTTAAG---TTG-AA---T--TT-----TTTTATAT-TT
* ** *** * * * * * **
3678 TTTA-T-AATCTCATNNNNNNNNNNGAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATA-CTA
47 TTTATTAAAACAGAT--------AATATTTGAA-TGTCTAC--CTCT-G--AAAAGTGA-AGC-A
* * * * * *** ** *
3740 TTTAAATGT-CTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG-CTATTCATTGGCAAAAAAAAGTCAATCT
96 ---AAA-GTAAT-CATTG-G---C---AAG-AAAAGTCTATTTATAGTC--ACTTAAGT-TTTCG
** * ** * * * *
3803 ATGGTCACCTATGCCTACGAAAGCCTCATTACTC
145 AAAG-C-CTTAT---TAC--TCGCGT--TAAATA
* * * * * * * * * *
3837 GCTTTAAATGATTTTAAAATCTCATAATTGAA-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTTGTTAA
1 G-TTT-TATAATCTCATAAT-TGAT--TTTAAGTTGAA-TT---TTTTTATAT-T-TTTTATTAA
* * * * * * * *
3901 AATATATTATA-TTAAAAGTTTACCT-TGAGAAACGTGAAACAAAAGTCATCCATTGGCAA-AGA
55 AACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCTGA-AAA-GTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGA-A
* * * * *
3963 AAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
116 AAGTCTATTTATAGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * ** * * * * *
4017 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTAT-AATTTCTTTCCATTTTCTCTTGAAACATATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAAT
* * * * * ** *
4081 AATTGAACGTCTACTTCAGGAAACA-TGAAGCAAAAGTCATCAATTGTTAAGAAAAGTCCATTTA
65 ATTTGAATGTCTACCTC-TGAAA-AGTGAAGCAAAAGTAATC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * *
4145 TAGTCGCTTAAGTCCTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATA
127 TAGTCACTTAAGT-TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
********** * * ** *
4188 GTTTTATANNNNNNNNNNTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTCT-TTTTTGGTTAAAAGAGATAATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * * * * * *
4252 TTTAAATGACTATCT-TGAGAAACGTGAA-TAAATAGCCACTCATTGGAAAGAAAAGTCCATCTA
66 TTTGAATGTCTACCTCTGA-AAA-GTGAAGCAAA-AG-TAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* ** * * *
4315 TAGTCA-TCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
127 TAGTCACT-TA-AGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* ***************** * * * * * *
4358 GTTTTAAAATCTCATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTTGTTTAAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * **
4423 ATTGAATGT-TTCCTTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTAT
66 TTTGAATGTCTACCTCT--GAAAAGTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * *
4486 AGTCACTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTCCTCGCTTTAAATA
128 AGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * * * * **
4528 GTTTTATAATCTTATAGTTCATTTTAAATTAAATTTTTTTATACTTTTTATTAAAATATATTGTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * * * * * *
4593 ATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCTTTGGTAAGAAAATTGC-ATTTAT
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* * *** * *
4657 AATCGCTTAAGTCTTT-GAAAGCCTTATTACTCAATTTCAATG
128 AGTCACTTAAGT-TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * ** *
4699 GTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTCGATTAAAACAGATGATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * * ** * *
4764 GTTGAATGTCTACAT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTAT
66 TTTGAATGTCTACCTCT--GAAAAGTGAAGCAAAAGT-AATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* ** * ** * * * *
4828 AGTTACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATG
128 AGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * * *
4870 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTTATATTTTTTGTTGAAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* ** * * * * *
4935 ATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGTCAAGAAACGTCCATTTATA
66 TTTGAATGTCTACCTCTGAAAA-GTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * *
5000 ATCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAAT-
129 GTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * *
5040 GGTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * ** * * * *
5104 ATTAAATATCTATCTCAAAAAACGTGAAGTAAAAGTTATCCATTGGCCAGAAAAGTCTATTTACA
66 TTTGAATGTCTACCTCTGAAAA-GTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * ** *
5169 GTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTATTTGATTTAAATG
129 GTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * **
5210 GTTTTATAATATCATAATTCATTTTAAGTTG-ATTTCTTTTACATTTTCGATTAAAACAGATAAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAAT
* * * * * * * * * * * *
5274 ATTTGAATGTCTACATCAAGAAACA-TTAAGAAAAAACTATTTATTCGTAAGAAGAGTCCATCTA
65 ATTTGAATGTCTACCTC-TGAAA-AGTGAAG-CAAAAGTAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* ** * ** * * * * *
5338 TAGTTACCCATGCCTTGGAAAGCTTTATTGCTTGCTTTAAATA
127 TAGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* ** ** * * * *
5381 GTTTTATAACCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACT-TTTTTTGTTAAAATATATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTATTAAAACAGATAAT
* * * * ** ** * * *
5445 AATTAAATGTCTGCTTCAAAAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCGAGAAAAGTCCATTTAT
65 ATTTGAATGTCTACCTC-TGAAAAGTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * *
5510 AGTCGCTTAA-TTCTTCGAAAACCTTATTGCTCGCTTTAAAT-
128 AGTCACTTAAGTT-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * * ** ** * *
5551 GGTTTATAACCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTGCTAAAGTATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * * * *
5616 ATTCAATGTCTACCTCAGGAAACA-TGAAGCAAAAGTCATCTATTGGTAAAAAAAGTCCATTTAT
66 TTTGAATGTCTACCTC-TGAAA-AGTGAAGCAAAAGTAATC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * ** *
5680 AATCACTTAAGTCTTCGAAGGCC-TATTACTCGATTTAAATG
128 AGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * *
5721 GTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTCAGTTAAAACAGATGAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATAAT
* * * * * * * ** * *
5785 AGTTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTAT
65 ATTTGAATGTCTACCTC-TGAAAAGTGAAGCAAAAG-TAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
** * ** * * *
5850 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
128 AGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * *
5892 GTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGGTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* ** * * * ** * *
5957 ATTGAACATCTGCCT-TGTAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCACTATCAAGAAAATTCCATTTAT
66 TTTGAATGTCTACCTCTG-AAAA-GTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * *
6021 AGTCGCTTAAGTCTTT-GAAGGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-
128 AGTCACTTAAGT-TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* ** * *
6062 GATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AGA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGCTCA
1 G-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAA
* * * * * * * * *
6125 TATTTGAATGTTTACAT-TGGAAAACATGATGAAAAAGCGATAT-ATTGACAAGAAAAGACCATT
64 TATTTGAATGTCTACCTCT-GAAAA-GTGAAGCAAAAG-TA-ATCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* ** * ** *
6188 TATAGTCACCTAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACAGGCTTTAAATA
125 TATAGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * ** *
6233 GTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACT-AT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA-TAAT
* * * * * * *
6297 AATTGAATATCTAGCT-TAGAGAACA-TAAAAAG-AAAA-TAATTTATTAGCAAGAAAAGTCCAT
65 ATTTGAATGTCTACCTCT-GA-AA-AGT--GAAGCAAAAGTAA-TCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
** * ** * ** **********
6358 TTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGTTTTATTACTCNNNNNNNNNN
124 TTATAGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * * *
6404 GTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTATA-TTGTTAGTGAAAATAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATAAT
* * * ** * *
6468 AATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATA-TG-AGCAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAATGTCTATTTA
65 ATTTGAATGTCTACCTC-TGAAA-AGTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* ** * * *
6531 TAGTTACCCATA-TCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
127 TAGTCACTTA-AGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
** * * * *
6574 GTTTTATAATCTCCCAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGATTAAAAACATATAAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT-AAAACAGATAAT
* * * * ** *
6639 ATTTGAATGTTTACCT-TGAAACACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAACACCA-TTA
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* * * * * * * ** *
6702 T--TGATTTTACAG-GTGCAGATATG--TTGTTTAATC-TTTTAATTA
127 TAGTCA-CTTA-AGTTTTC-GA-AAGCCTT-ATTACTCGCGTTAAATA
**** * * ** *** **** * * *
6744 -AAACA-AATAAT-ATACTTGAATGTCTGCAGGAAAATGTTGAGAAAAAGCTATTTATTGGCAAG
1 GTTTTATAAT-CTCATAATTG-AT-T-TTAAGTTGAAT-TT-TTTTATA-TTTTTTATT---AA-
* * ** * * **
6806 AAAAG-T-CTATTT-ACA-GTCCTTCATGTCTTCG-GAAGCCTTATTAGGGTTGAAA--AA-CA-
55 AACAGATAATATTTGA-ATGT-C-T-ACCTC-T-GAAAAG--TGA--A--G-CAAAAGTAATCAT
* * * * * * *** * * * * **
6862 T--AAAAAAAAG-CCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATT-TATAGCAATCCATGCCTTCGAAAGC
107 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-TCACTTAAGT-T-TTCGAAAGC-CT-TATTAC-TC----GC
* *
6923 CTT-ATTA
162 GTTAAATA
* * ** * * * *
6930 TCTACTTTA-AATAGTTTTATATT-CTCTTAATTAGTTTTAAGTTGAATTTGTTCACATTTTTTA
1 -GT--TTTATAAT-CTCATA-ATTGAT-TT--TAAG-TTGAA-TT---TTT-TT-ATATTTTTTA
* * * * * * * * * * * *
6993 CTAAAATATATTATAATTGAATCTCTACTTCAAGAAACGTGAAACAAAAGTCATCCATTAGCAAG
51 TTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTC-TGAAAAGTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAG
* ** * * * **********
7058 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTT-GAAAGTCTTATTACTCANNNNNNNNN
114 AAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAG-TTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * *
7114 NTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAA-TTGAATTTTTTTATATGTTTTATAAAAATATATATT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAAT
* * * * ** * * *
7178 AATTGAATGTTTGCTTAAGGAAACA-TGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTA
65 ATTTGAATGTCTACCT-CTGAAA-AGTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * * * *
7242 TAGTCGCTTAAGTTATCGAAAGCCTTATCAATCACTTTAAATG
127 TAGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * ** * *
7285 GTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTAAATTTATGGTTAAAATAGATCATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * * * * * *
7350 TTTAAATGGCTACCT-AGAGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTAT
66 TTTGAATGTCTACCTCTGA-AAA-GTGAAGCAAAAGT-AATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
** * ** ** * * *
7414 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGTTTTATTACTTG-TTTGAAACA
128 AGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTT-AAATA
* * * ** *
7456 GTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGCTTAAAAAAGATAATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * * * * * * *
7521 TTTGAATGTCTATCTTTGGACATGTTAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAAAAAAGTCTATCTATA
66 TTTGAATGTCTACCTCT-GAAAAGTGAAGCAAAAG-TAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
** * *** * * **********
7586 GTCACCCACGCCCTAGAAAGCTTTATTANNNNNNNNNNATA
129 GTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * *
7627 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTGTTAATTA-TG-TTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAA-AACAGATAAT
* * * * * * * *
7690 AATTGAACGTTTACCTCAGGAAACGTGCA-CAAAAGTAATCTATTGGCAAAAAAAGTTTATTTAT
65 ATTTGAATGTCTACCTC-TGAAAAGTGAAGCAAAAGTAATC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * ** *
7754 ATTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTAC-CTGTTTTAAATC
128 AGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCGTTAAATA
* * * ** * *
7796 GTTTTATAATCTCATAAATGGTTTTGAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTGAAAACATA-AAGC
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAA--
* * * * ** * * * * * *
7859 CA-ATGAACGTTTAGTTCAGGAAACGTGAAG-AAAGAGTCATACATTGGAAAGAAAAGTCCATCT
64 TATTTGAATGTCTACCTC-TGAAAAGTGAAGCAAA-AGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
** *
7922 ATAGTCACCCATA-TCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAC-TTAAATA
126 ATAGTCACTTA-AGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCG-CGTTAAATA
* * * * * *
7966 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTAAATTTTTGTATGTTTTTTATT-AAACATATTAAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA-TAAT
* ** * * * *
8030 AATTGAATGTCTGTCTCGGGAAACA-TGAAGCAAAAGTCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTA
65 ATTTGAATGTCTACCTC-TGAAA-AGTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * ********** *
8094 TAATCGCTTAAGTCTTT-GAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTG
127 TAGTCACTTAAGT-TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * *** * *
8137 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTGTTTACATTTTTGGCTGAAATAGATAA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT-TTTATATTTTTTATTAAAACAGATAA
* *** * * * * *
8202 CATTTGAATGTCTTTATCAGGAAACA-TGAAGAAAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGT-TCATC
64 TATTTGAATGTCTACCTC-TGAAA-AGTGAAGCAAAAGT-AATCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATT
** * ** ***********
8265 TATAGTCACGCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTANNNNNNNNN
125 TATAGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * * *
8310 NTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAA-TGTTTTAGT-TTTTTTATTAAAATATATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTATTAAAACAGATAAT
* * * * * ** * *
8373 AATTGAATGTTTAACTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTAT
65 ATTTGAATGTCTACCTC-TGAAAAGTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
** ** * **********
8438 AGTCACCCACA-CCTTCAAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATA
128 AGTCACTTA-AGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * *
8480 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTT-TATTTTTTATT-AGATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * * *
8542 ATTAAATGTCTATCTC-GAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
66 TTTGAATGTCTACCTCTGA-AAA-GTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
** * * * * *
8606 AGTTGCTTACGTCTTCGAAAGCCCTATTACTCGC-CTAGAATG
128 AGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTA-AATA
* *
8648 GTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATAAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATAAT
* ** ** * * *
8711 ATTTGAATGTCTACAATAGGAAACCTG-A-CAAAAG-AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATA
65 ATTTGAATGTCTAC-CTCTGAAAAGTGAAGCAAAAGTA---A-TCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
** * ** * * *
8773 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATA
125 TATAGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * *
8818 GTTTTAT-ATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTT-AAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * ** * ** * * *
8881 ATTAAATCTCTACCTAAGAAAACATGAAGTTAAAGTCATCTATTGGTAAGAATAGTCTATTTATA
66 TTTGAATGTCTACCTCTGAAAA-GTGAAGCAAAAGTAATC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* ** * * * * * *
8946 GTCGCTTAAGTACTCAAAAGCCTTCTTAGTAGCTTTAAATG
129 GTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* ** *
8987 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * * * * *
9052 TTTGAATGTCTATCTC-GAGAAACAT-AAACAAAAAGCAATTCATTGACAAGAGAAGTCCATCTA
66 TTTGAATGTCTACCTCTGA-AAA-GTGAAGC-AAAAGTAA-TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * ** * *
9115 TAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCCTTAAAT-
127 TAGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * *
9157 GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTTTAATT-AAACTATATTA
1 G-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC-AGATAA
* * * * ** * * * *
9221 TAGTTGAATGTTTTCCT-TGGGAAACGTTTAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAATCCATTT
64 TATTTGAATGTCTACCTCT--GAAAAGTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
** * * *
9285 ATAGTTGCTT-AGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
126 ATAGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
** * * * **
9328 GTTTTATAATCTTGTAATTGATTTAAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
** * * *
9393 TTTGAATGTCTATATCAG-GAAGCATGAAG-AAAAGCT-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTA
66 TTTGAATGTCTACCTCTGAAAAG--TGAAGCAAAAG-TAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
** * ** * * ** *
9455 TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGTTTTAAATG
127 TAGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * *
9498 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTGTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATAGT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATAAT
* * * * * * * * *
9562 ATTTGATTGTTTACAT-TGAGAAACCTGAAGAAAAAGTTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTA
65 ATTTGAATGTCTACCTCTGA-AAA-GTGAAGCAAAAG-TAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * ** * * * *
9626 TGGTCA-TCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATG
127 TAGTCACT-TAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * * * *
9669 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATATTTTGTTAAAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * * * * *
9734 ATTGAATCTCTGCCTCAGGAAACGTGAAGTAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATA
66 TTTGAATGTCTACCTC-TGAAAAGTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * *
9799 GTCCCTTAAGTCTGT-GAAAGCCTTTTTACTCGC-TTAAAATG
129 GTCACTTAAGT-TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTT-AAATA
* * * * *** *
9840 GTTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGCTCAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAGCAGATAATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* ** * * ** * * * *
9905 TTTGAATGTCTACAT-TGGGAAACCT-AAACAAATAGTCATTCATAAGTAAGAAAAGTCCATCTG
66 TTTGAATGTCTACCTCT--GAAAAGTGAAGCAAA-AGT-AATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
** * ** * * **
9968 TAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATA
127 TAGTCACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * * * * *
10011 GTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTATTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * * * * *
10076 ATTGAATGTC--CGTC--AAAA-T---TC---A-T--CCATTGACATGAAAAGTCCATTTATAGT
66 TTTGAATGTCTACCTCTGAAAAGTGAAGCAAAAGTAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * *
10127 CGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
131 CACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * **
10166 ATTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTCACATTTATGGTTAAAACAGATAA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAGATAA
* * ** * * * * * * * *
10231 TATTTGAATGGCTATCTCAAAAAATATGAGGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTA
64 TATTTGAATGTCTACCTCTGAAAA-GTGAAGCAAAAG-TAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * * *
10296 CAGTCA-TTCATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTTG-TTTAAATG
127 TAGTCACTT-AAG-TTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * * * *** *
10338 GTTTTAAAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTATTATATTTTTTATTAAAATTTATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
* * * ** *
10403 GTTT-AATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
66 -TTTGAATGTCTACCTC-TGAAAAGTGAAGCAAAAGTAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * **
10467 AGTCACCCTT-A-CTTTCGAAAGTCTTATTAGTCGCTTTAAACG
128 AGTCA--CTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
* * ** *
10509 GTTTTCTAATCTCATAATTGATTTGT-CGTTGAATTTTTTT-TACCTTTTTGGTTAAAACAAATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTGAATTTTTTTATA--TTTTTTATTAAAACAGATA
10572 ATATTTGAATGTC
63 ATATTTGAATGTC
10585 CATCTATTGG
Statistics
Matches: 6387, Mismatches: 1810, Indels: 957
0.70 0.20 0.10
Matches are distributed among these distances:
155 81 0.01
156 4 0.00
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158 1 0.00
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166 5 0.00
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174 16 0.00
175 14 0.00
176 14 0.00
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183 5 0.00
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199 14 0.00
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203 5 0.00
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225 4 0.00
226 3 0.00
227 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA
TTTGAATGTCTACCTCTGAAAAGTGAAGCAAAAGTAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
CACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATA
Found at i:3382 original size:511 final size:509
Alignment explanation
Indices: 1737--10713 Score: 4387
Period size: 511 Copynumber: 17.5 Consensus size: 509
1727 NNNNNNNNNN
* **
1737 GGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAGCATATATTAT
1 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTAT
* * ** * * * * *** *
1802 AGTTGAAAGTCTGTTTCAGTAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGTAAAGTTTTTTTCT
65 AATTGAATGTCTGCCTCTGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * * *
1867 AGTTGCTTAAGTTTTCGAAAGTCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
130 AGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * * *
1932 TTAAGTT-AATTATTTTTATATTTGTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTC-TGAAA
195 TTAAGTTGAATT-TTTTTAAATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAAA
* * * * * * * *
1995 -ATGTGAAG-AATAAGCTAAT-GACTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-CAATGCTTTTGA
259 CA--TGAAGCAA-AAG-TCATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAA-GCCTTCG-
* ** * * *
2056 AAAG-CTTATCACTCGCTTTAAATATTTTTATAATATTATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTT
318 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * *
2120 ACATTTTTTGTTAGAATATATTATAGTTGAATGTTTGT-TTTAGTAAA-AGTGAAGCAAAAGTCA
383 ATACTTTTAGTTA-AACAGATAATAGTTGAATGTTT-TCATAAG-AAACA-TGAAGAAAAACT-A
* * * **** * * *
2183 TCCATCGGTAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCGTTTATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAA
443 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
2248 AT
508 AT
* * * * * * * *
2250 AGTTTTATAATCTTATAATTGATATTAAGTTAAATTGTTCTATATTTTTTATTAAAACAGATAAT
1 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAATATATTAT
* * * * * * * * * *
2315 -TTTGGAATGTCTACCTCTAGAAATGTGACGAAAAAGCTAAT-GATTGGC-AGAAAAAGTTCACT
65 AATT-GAATGTCTGCCTCTGGAAACGTGAAGCAAAAGC-CATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCATT
* * * * *
2377 TATAGTCACCCTT--GCCTTTGAAAAG-CTTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTATAATCTTATAA
127 TATAGTCA--CTTAAGTCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
2439 CTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAGAATATATTATAGTTGAATGTCTGTTTC-
189 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCA
* * * * * *
2503 AGTAACCATAAAGCAAAAGTCAT-TCATTGGCAAA-AAAAGTCTATTTCTAGTCGCTTAAGTCTT
254 AG-AAACATGAAGCAAAAGTCATCT-ATTGG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTT
* * ** * *
2566 TGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTT-AATTTTT
316 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * *
2630 TT-TCCATTTCTACTTACAACAGATAATATTTAAATGGTTATC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAG
381 TTATAC-TTT-TAGTTA-AACAGATAATAGTTGAAT-GTTTTCAT-AAGAAACATGAAGAAAAAC
** * * * * **
2693 TCATTCATTGACAGGAAAAGTCTATTTCTAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTAC-T
441 T-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
2757 TAAAT
505 TAAAT
* * *
2762 GGTTTTAAAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTTAAATATATTAT
1 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTAT
* * ** * *
2827 AATAGAATGTCTACCT-TGGGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTA
65 AATTGAATGTCTGCCTCT-GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
** * * *
2891 TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
129 TAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* *
2956 TTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATCTCTGCTTTAAGAAA
194 TTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAAA
** * * * ** * *
3021 CATGAAGCAAAACCCATTTATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCGAAGCCTGCGAAAGCT
259 CATGAAGCAAAAGTCATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCC
* * * * *
3086 TTA-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTTATTATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTATACTT
324 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATACTT
* * * ** * *
3150 TTAGGTAAACAGATAATATTTGATTGTTTGTCATGGGAAACATGAAGAAAAACCTATTTATAGGT
389 TTAGTTAAACAGATAATAGTTGAATGTTT-TCATAAGAAACATGAAGAAAAA-CTATTCATTGGT
* * ** *
3215 AAGAAAAGTACATTTATAGTCGCCCATATCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAAT
452 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
** * * *
3273 TATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTGATATTTTTTATTAAAATATATTAC
1 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTTATTAAAATATATTAT
* * *
3338 AATTGAATGTCTGCTTCTGGAAACAT-AGTGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
65 AATTGAATGTCTGCCTCTGGAAACGTGA-AGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
3402 TAGTCA-TCCAAGGT-TTTGAAAGCCTTATTACATC-CTTTAAATGGTTTTATAACCTCACAATT
129 TAGTCACT-TAA-GTCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * *
3464 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTGACTTTTGTGGTGAAAATAGACTATAATTGAAT-ACTTGGCTTG
191 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTT-TGATTAAAATATATTATAATTGAATGTC-T-GCTTC
* * ** *** * * * ** *
3527 GA-AAACATAAAAAAAAACAAAT-TCATTGG-TAGAAAAAGTTTC-TGTATAGTCACCCATACCC
253 AAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCT-ATTGGAAAG-AAAAG-TCCATTTATAGTCACTTA-AGCC
* * * * * * *
3588 TCCG-AAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCT-AT-TTGTAGTCGCTTAAGTCTTT
314 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TAAT--TTTAAG---TT
** ** * ** *** *
3650 GAAAGCCTCATTACACGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNGAGTTGAATTTTTT
373 G-AA-TTTTTTTATAC--TTT---TAG--TTA-AA-CAGAT--------AATAGTTGAATGTTTT
** * * * * *
3715 ACATTTTTGGTTAAAACA-GATACTATTTAAA-TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG-CT
419 -CA---TAAG---AAACATGA-A-GA--AAAACTAT-T-CATT--G----GT-AAG-AAAAGTCC
* * * *** * ** * ** * ** *
3777 ATTCATTGGCAAAAAAAAGTCAATCTATGGTCACCTATGCCTACGAAAGCCTCATT-ACT
463 ATTTATAGTC--ACCCATG-CCTTCGAAAG-C-CTTAT---TAC--TCG-CT--TTAAAT
* * * ** * * *
3836 CGCTTTA-AATGATTTTAAAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTTGTTA
1 GGTTTTATAAT-CTCAT----------AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTA
* * * * * *
3900 AAATATATTAT-ATTAAAAGTTTACCT-TGAGAAACGTGAAACAAAAGTCATCCATTGGCAA-AG
54 AAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCTG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA-
*
3962 AAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
117 AAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * ** * * * *
4027 CTCATAATTGATTTTTAGTAT-AATTTCTTTCCATTTTCT-CTTGAAACATATTATAATTGAACG
182 CTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTAAATTTT-TGATTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * ** *
4090 TCTACTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCAATTGTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTA
245 TCTGCTTCAAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA
* * **********
4155 AGTCCTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATANNNNNNNNNNTAATTTTAAGTTG
310 AG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
* * * * * * * * * * * *
4219 AATTTTTTTCT-TTTTTGGTTAAAAGAGATAATATTTAAATGACTATCTTGAGAAACGTGAATAA
374 AATTTTTTTATACTTTTAGTT-AAACAGATAATAGTTGAATG-TTTTCATAAGAAACATGAAGAA
* * * * * * * *
4283 ATAGCCACTCATTGGAAAGAAAAGTCCATCTATAGTCATCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTT
437 A-AACTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
4348 GCTTTAAAT
501 GCTTTAAAT
* **************** * * *
4357 GGTTTTAAAATCTCATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTTGTTTAAATATATTAT
1 GGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTAT
* * * *
4422 AATTGAATGT-TTCCTTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTA
65 AATTGAATGTCTGCCTCT-GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * *
4485 TAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTCCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAGTTCAT
129 TAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
4550 TTTAAATTAAATTTTTTTATACTTTTT-ATTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTGCCTCAAGAA
194 TTTAAGTTGAATTTTTTTA-AATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAA
* * * * * * * * *
4614 ACGTGAAGCAAAAGTTATCCT-TTGGTAAGAAAATTGCATTTATAATCGCTTAAGTCTTTGAAAG
258 ACATGAAGCAAAAGTCAT-CTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAG
** * * * *
4678 CCTTATTACTCAATTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACA-
322 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAC
* * * * * * *
4742 TTTTCGATTAAAACAGATGATAGTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCAT
387 TTTTAG-TT-AAACAGATAATAGTTGAATGTTTTCA-TAAGAAACATGAAGAAAAACT-ATTCAT
* * * * *
4807 TGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAT
448 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
4869 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTTATATTTTTTGTTGAAATATATTAT
1 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTAT
* *** * * * *
4934 AATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGTCAAGAAACGTCCATTTAT
65 AATTGAATGTCTGCCTCTGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
4999 AATCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTTATAATTGATT
130 AGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
5063 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTAAATATCT-ATCTCAAAAAA
195 TTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCT-TCAAGAAA
* * * * ** * * * *
5126 CGTGAAGTAAAAGTTATCCATTGGCCAGAAAAGTCTATTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCC
259 CATGAAGCAAAAGTCATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCC
* * * * * *
5191 TTATTATTTGATTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTCATTTTAAGTTG-ATTTCTTT-TACAT
324 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAC-T
* * * * * *
5254 TTTCGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCAAGAAACATTAAGAAAAAACTATTTATT
388 TTTAG-TT-AAACAGATAATAGTTGAATGTTTTCAT-AAGAAACATGAAG-AAAAACTATTCATT
* * * * * * * *
5319 CGTAAGAAGAGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTTGGAAAGCTTTATTGCTTGCTTTAAAT
449 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * ** * *
5380 AGTTTTATAACCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACT-TTTTTTGTTAAAATATATTA
1 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTA-TATTTTTTATTAAAATATATTA
* * *** * * *
5444 TAATTAAATGTCTGCTTCAAAAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCGAGAAAAGTCCATTTA
64 TAATTGAATGTCTGCCTCTGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * *
5509 TAGTCGCTTAATTCTTCGAAAACCTTATTGCTCGCTTTAAATGG-TTTATAACCTCGTAATTAAT
129 TAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
5573 TTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTG-CTAAAGTATATTATAATTCAATGTCTACCTCAGGAA
194 TTTAAGTTGAATTTTTTTA-AATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAA
* * *
5637 ACATGAAGCAAAAGTCATCTATTGGTAAA-AAAAGTCCATTTATAATCACTTAAGTCTTCGAAGG
258 ACATGAAGCAAAAGTCATCTATTGG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAG
* * *
5701 CC-TATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-
322 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAC
* * * * *
5764 TTTTCAGTTAAAACAGATGATAGTTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
387 TTTT-AGTT-AAACAGATAATAGTTGAATGTTTTCAT-AAGAAACATGAAGAAAAA-CTATTCAT
* * *
5829 TGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
448 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
5891 GGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGGTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTAT
1 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTAT
** * * * ** *
5956 AATTGAACATCTGCCT-TGTAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCACTATCAAGAAAATTCCATTTA
65 AATTGAATGTCTGCCTCTG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
6020 TAGTCGCTTAAGTCTTTGAAGGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAAT
129 TAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** * * * * **
6085 TTTAAGTT-AGA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGCTCATATTTGAATGTTTACATTGGA-A
194 TTTAAGTTGA-ATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-TTCAAGA
* * * * * *
6147 AACATGATGAAAAAG-CGATATATT-GACAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCTAAGCCTTGGAA
257 AACATGAAGCAAAAGTC-ATCTATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAA
** * * * * *
6210 AGCCTTATTACAGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAC
320 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * * ** * * *
6275 ATTTTTGGTTAAA-ACATACTATAATTGAATATCTAGC-TTAGAGAACAT-AAAAAGAAAATAAT
385 ACTTTTAGTTAAACAGATA--ATAGTTGAATGT-TTTCATAAGA-AACATGAAGAA-AAACT-AT
* * * * ** ********
6337 TTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGTTTTATTACTCNNNNNNNN
444 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
*
6402 N
509 T
* * * * * *
6403 NGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTATA-TTGTTAGTGAAAATAGATTA
1 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTA
* ** * * *
6467 TAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATATG-AGCAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAATGTCTATTTA
64 TAATTGAATGTCTGCCTCTGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* ** **
6531 TAGTTACCCATA-TCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCCAATTGA
129 TAGTCACTTA-AGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * *
6595 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGATTAAAAACATATAATATTTGAATGTTTACCTTGAA-
193 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATT-AAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTCAAG
* * ** * ** * * * *
6659 ACACGTGAAG-AAAAAACTAT-TCATTGGCAAGAAAACACCA-TTAT--TGATTTTACAG-GTGC
256 AAACATGAAGCAAAAGTC-ATCT-ATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTTA-AGCCTTC
* * * * *** * * * ** ***
6718 AGATATG--TTGTTTAAT--CTTTTAAT--TAAAACAAATAAT-ATACTTGAATGTCTGCAGGAA
317 -GA-AAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-TAAT-CTCATAATT-AAT-T-TTAAGTTG
**** * * * * ** *
6776 AATGTTGAGAAAAAGCTATTTA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCCTTCATGTCTTCGGAA
374 AAT-TT-TTTTATA-CT-TTTAGTT----A-AACAG---A-TAATAGT--TGAATGTTTTC---A
* * * *
6840 GCCTTATTAGGGTTGAAAAACAT-AAAAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAG-
421 ----TA--A-----G--AAACATGAAGAAAAA-CTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
6903 CAATCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TCTACTTTAAAT
472 C-ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAAT
* * * * * *
6942 AGTTTTATATTCTCTTAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTGTTCACATTTTTTACTAAAATATATTA
1 GGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTTATTAAAATATATTA
* * * ** * * *
7006 TAATTGAATCTCTACTTCAAGAAACGTGAAACAAAAGTCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
64 TAATTGAATGTCTGCCTCTGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
** * * * * ***********
7071 TAGTCACCCACGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGAT
129 TAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
7136 TTTGAA-TTGAATTTTTTTATATGTTTT-ATAAAAATATA-TATTAATTGAATGTTTGCTT-AAG
194 TTT-AAGTTGAATTTTTTTAAAT-TTTTGATTAAAATATATTA-TAATTGAATGTCTGCTTCAA-
* * * * * *
7197 GAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTATAGTCGCTTAAG-TTATCGA
255 GAAACATGAAGCAAAAGTCATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCT-TCGA
* * * * * *
7261 AAGCCTTATCAATCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTA
319 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * ** * * * * *
7326 -AATTTATGGTTAAAATAGATCATATTTAAATGGCTACCTAGAGAAACGTAAAGAAAAAGTCATT
384 TACTTT-TAGTT-AAACAGATAATAGTTGAATGTTTTCATA-AGAAACATGAAGAAAAACT-ATT
* ** *
7390 CATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTTTTATTACTTG-TTTGAAA
445 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAA
*
7454 C
509 T
* * * ** * * *
7455 AGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGCTTAAAAAAGATAAT
1 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTAT
* ** * * * * * * * * * * *
7520 ATTTGAATGTCTATCTTTGGACATGTTAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAAAAAAGTCTATCTAT
65 AATTGAATGTCTGCCTCTGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * * * * ********** *
7585 AGTCACCCACGCCCTAGAAAGCTTTATTANNNNNNNNNNATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
130 AGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * *
7650 TCAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTG-TT-AATTATGTTATAATTGAACGTTTACCTCAGGAAA
195 TTAAGTTGAATTTTTTTAAA-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAAA
* * * ** * *
7713 CGTGCA-CAAAAGTAATCTATTGGCAAA-AAAAGTTTATTTATATTCACTTAAGTCTTCGAAAGC
259 CATGAAGCAAAAGTCATCTATTGG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGC
* * * ** * *
7776 CTTATTAC-CTGTTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAAATGGTTTTGAGTTGAA-TTTTTTATAT
323 CTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAC
* * * * * *** * * * * *
7839 TTTTGGTGAAA-ACATAA-AGCCAATGAACGTTTAGTTCAGGAAACGTGAAGAAAGAGTCATACA
387 TTTTAGTTAAACAGATAATAG---TTGAATGTTTTCAT-AAGAAACATGAAGAAAAACT-ATTCA
* * **
7902 TTGGAAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATATCTTCGAAAGCCTTATTACTCGAC-TTAAAT
447 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAAT
* * * * * *
7965 AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTAAATTTTTGTATGTTTTTTATTAAACATAT-TAA
1 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTTTTTATTAAA-ATATATTA
* * * * *
8029 TAATTGAATGTCTGTCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTA
64 TAATTGAATGTCTGCCTCTGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * **********
8094 TAATCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
129 TAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** * * * * * * *
8159 TTGAAGTTGAATTTTTGTTTACATTTTTGGCTGAAATAGATAACATTTGAATGTCT-TTATCAGG
194 TTTAAGTTGAA-TTTT-TTTAAATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCT-TCAAG
* * * * * ** *
8223 AAACATGAAGAAAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATCTATAGTCACGCATGCCTTCGAAA
256 AAACATGAAGCAAAAGTCATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAA
************ * *
8288 GCCTTATTACTTANNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAA-TGTTTTAGT
321 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-T
** * * * * * * *
8352 TTTTTTA-TTAAA-ATATATTATAATTGAATG-TTTAACTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
385 ACTTTTAGTTAAACAGATA--ATAGTTGAATGTTTTCA-T-AAGAAACATGAAG-AAAAACTATT
* * ** * **********
8414 CATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNAT
445 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
8479 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT-TATTTTTTATT-AGATATATTATA
1 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATA
* ** * *
8542 ATTAAATGTCTATCTC-GAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
66 ATTGAATGTCTGCCTCTG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * * *
8606 AGTTGCTTACGTCTTCGAAAGCCCTATTACTCGC-CTAGAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AA
130 AGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
8669 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACAAT-AGGA
194 TTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-TTCAAGA
* * * ** *
8732 AACCTG-A-CAAAAGAGCCAT-TCATT-GACAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCATGCCTTCG
257 AACATGAAGC-AAA-AGTCATCT-ATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCG
* * * * * *
8793 AAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT-ATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
318 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * * * ** *
8857 ATATTTTTTGTTAAATATATTATAATTAAATCTCTACCTAAGAAAACATGAAGTTAAAGTCA-TC
383 ATACTTTTAGTTAAACAGATAATAGTTGAATGTTTTCATAAG-AAACATGAAGAAAAACT-ATTC
* * * ** * * * * * *
8921 TATTGGTAAGAATAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTAC-TCAAAAGCCTTCTTAGTAGCTTTAAA
446 -ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
8985 T
509 T
* ** * *
8986 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAAT
1 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTAT
* ** * * * * * * *
9051 ATTTGAATGTCTATCTC-GAGAAACAT-AAACAAAAAGCAATTCATTGACAAGAGAAGTCCATCT
65 AATTGAATGTCTGCCTCTG-GAAACGTGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
9114 ATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCCTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA
128 ATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * **
9179 TTTTAAGTTAAATTTTTTTACAA-TTTTAATTAAACTATATTATAGTTGAATGTTTTCCTT-GGG
193 TTTTAAGTTGAATTTTTTTA-AATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATG-TCTGCTTCAAG
* ** * * ** *
9242 AAACGTTTAGCAAAAGTCATCCATT-GACAAGAAAAATCCATTTATAGTTGCTT-AGTCTTCGAA
256 AAACATGAAGCAAAAGTCATCTATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAA
** * * * *
9305 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTAAAGTTGGATTTTTTTAC
320 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * * * * *
9370 ATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTAT-ATCAGGAAGCATGAAGAAAAGCTATCCA
385 ACTTTTAGTT-AAACAGATAATAGTTGAATGT-TTTCAT-AAGAAACATGAAGAAAAACTATTCA
* * * * * *
9434 TTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGTTTTAAAT
447 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
9497 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTGTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACA-AATA
1 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTA
* * * * * * * ** * * *
9560 GTATTTGATTGTTTACAT-TGAGAAACCTGAAGAAAAAGTTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATT
64 -TAATTGAATGTCTGCCTCTG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** * *
9624 TATGGTCA-TCCA-TGCGTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
127 TATAGTCACTTAAGT-C-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
9687 TGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATATTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATCTCTGCCTCA
190 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAT-TTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCA
* * * * * * * * *
9751 GGAAACGTGAAGTAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCCCTTAAGTCTGT-G
254 AGAAACATGAAGCAAAAGTCATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCT-TCG
* * * * * *
9815 AAAGCCTTTTTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGCTCAATTTTTTT
318 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * ** * * * * *
9880 ACATTTTTGGCTAAAGCAGATAATATTTGAATGTCTACATTGGGAAACCTAAACAAATAGTCATT
383 ATACTTTTAGTTAAA-CAGATAATAGTTGAATGTTTTCA-TAAGAAACATGAAGAAAAACT-ATT
** * * * * *
9945 CATAAGTAAGAAAAGTCCATCTGTAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAAT
445 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
10010 AGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTATTTACATTTTTTGTTAAAATATATTAT
1 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTTATTAAAATATATTAT
** * *
10075 AATTGAA----TG--TC------CGT----CAAAATTCATCCATTGACATGAAAAGTCCATTTAT
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**
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* * * * * * * *
8506 AGTTTAATTTTTTTA-TTTTTTATT-AGATATATTATAATTAAATGTCTATCTCGAGAAACATGA
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATATATTAT-ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGA
* ** * *
8569 AGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTACGTCTTCGAAAGCCCTATT
65 AACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATT
* *
8634 ACTCGC-CTAGAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTA
130 ACTCGCTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * ** *
8673 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACAAT-AGGAAACCT
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATA-TTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGT
* * * * * ** * * *
8737 GACAA-AAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTT
63 GA-AACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTT
* * *
8801 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT-ATCTCATAAATGATTTTA
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
8843 GGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTT-AAATATATTATAATTAAATCTCTACC-TAAGAAAACAT
1 AGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATATATTAT-ATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGT
*** * * * * * *
8906 GAAGTTAAAGTCATCTATTGGTAAGAATAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTAC-TCAAAAGCCTT
63 GAAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGT-CTTCGAAAGCCTT
* * *
8970 CTTAGTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
9013 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTATCTCGAGAAACAT-
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATA-TTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG
* * * * * * *
9077 AAACAAAAAG-CAATTCATTGACAAGAGAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTT
64 AAAC-AAAAGTC-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTT
* * *
9141 ATTGCTCGCCTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * * * * *
9184 AGTTAAATTTTTTTACAATTTTAATTAAACTATATTATAGTTGAATGTTTTCCTTGGGAAACGTT
1 AGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGTTAAAATATATTATA-TTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG
* * * * **
9249 TAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTTGCTT-AGTCTTCGAAAGCCTTAT
64 AAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTAT
** *
9313 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTAA
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
9354 AGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTA--TATCAGGAAGCA
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATA-TTGAATGTCTACCT-TGA-GAAACG
* * * ** * * *
9417 TG-AAGAAAAG-CTATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTT
62 TGAAACAAAAGTC-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCT
* *
9480 TATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
126 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * *
9524 ACTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-AATAGTATTTGATTGTTTACATTGAGAAACCT
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTA-TA-TTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
* * * * * **
9588 GAAGA-AAAAGTTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATGGTCA-TCCA-TGCGTTCGAAAGCC
63 GAA-ACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGT-C-TTCGAAAGCC
* *
9650 TTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
125 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
9695 AGTTAAATTGTTTTACATATTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTGCC-TCAGGAAACGT
1 AGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGTTAAAATATATTAT-ATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGT
** * * *
9759 GAAGTAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCCCTTAAGTCTGT-GAAAGCCTT
63 GAAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCT-TCGAAAGCCTT
* * *
9823 TTTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATCTTA
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * *
9866 AGCTCAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAGCAGATAATAT-TTGAATGTCTACATTGGGAAACCT
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAA--ATATATTATATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
* ** * * * ** * * * *
9930 -AAACAAATAGTCATTCATAAGTAAGAAAAGTCCATCTGTAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTT
63 GAAACAAA-AGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTT
* * *
9994 ATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTA
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* *
10037 AGTTAAATTTATTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC
1 AGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATATATTAT-ATTGAATGTC
10086 CGTCAAAATT
Statistics
Matches: 4655, Mismatches: 1279, Indels: 558
0.72 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 26 0.01
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169 438 0.09
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198 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATATATTATATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA
ACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTA
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
Found at i:6704 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6666--6704 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
6656 GAAACACGTG
*
6666 AAGAAAAAACTATTCATTGGC
1 AAGAAAAAACCATTCATTGGC
*
6687 AAGAAAACACCATT-ATTG
1 AAGAAAAAACCATTCATTG
6705 ATTTTACAGG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.25
21 12 0.75
ACGTcount: A:0.49, C:0.15, G:0.13, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAAACCATTCATTGGC
Found at i:10384 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10358--10409 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
10348 CTCATAGTTG
*
10358 ATTTTAAGTTAAATTTTATTAT
1 ATTTTAA-TTAAAATTTATTAT
*
10380 ATTTTTTATTAAAATTTATTAT
1 A-TTTTAATTAAAATTTATTAT
*
10402 AGTTTAAT
1 ATTTTAAT
10410 GTCTACCTCA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 3
0.78 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.20
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ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.04, T:0.60
Consensus pattern (21 bp):
ATTTTAATTAAAATTTATTAT
Found at i:10703 original size:146 final size:145
Alignment explanation
Indices: 10438--10702 Score: 338
Period size: 146 Copynumber: 1.8 Consensus size: 145
10428 GAAGTAAAAG
* * *
10438 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCTTACTTTCGAAAGTCTTATTAGTCGCTT
1 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTTACTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
10503 TAAACGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTGTCGTTGAATTTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAACA
65 TAAACGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTGTAGATGAATATTTTTTACCTTTTTGGTTAAAACA
10568 AATAATATTTGAATGT
130 AATAATATTTGAATGT
* * * *
10584 CCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTA-CTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
1 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTT-ACT-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
10648 TTAAATGGTTTTATAATCTAATTATTGATTT-TAAGATG-ATATTTTTTACATTTTT
64 TTAAACGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTGT-AGATGAATATTTTTTACCTTTTT
10703 TATTAAAATA
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 15, Indels: 7
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
144 3 0.03
145 18 0.18
146 80 0.79
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.12, T:0.43
Consensus pattern (145 bp):
CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTTACTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAACGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTGTAGATGAATATTTTTTACCTTTTTGGTTAAAACAA
ATAATATTTGAATGT
Found at i:10738 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 10646--10791 Score: 204
Period size: 79 Copynumber: 1.8 Consensus size: 79
10636 TTATTACTCG
* ** * *
10646 CTTTAAATGGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGATGATAT-TTTTTACATTTTTTATTAAA
1 CTTTAAATCGTTTTATAATCTAACAATTCATTTTAAGATGA-ATGTTTTTACATTTTTGATTAAA
10710 ATATGTTACTACACA
65 ATATGTTACTACACA
* * *
10725 CTTTAAATCGTTTTATAATCTCACAATTCATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATCGTTTTATAATCTAACAATTCATTTTAAGATGAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAA
10790 TA
66 TA
10792 GACTATAATT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 8, Indels: 2
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
78 2 0.03
79 56 0.97
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.08, T:0.50
Consensus pattern (79 bp):
CTTTAAATCGTTTTATAATCTAACAATTCATTTTAAGATGAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAA
TATGTTACTACACA
Found at i:11619 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11077--11658 Score: 494
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
11067 AAACATAAAG
* * * * * * * *
11077 AAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAATG-ATTATTAC
1 AAAAGCAATTCATTG-CAAGAAAATTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAA-GCCTTATTGC
*** * *
11141 TTATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTA-TT
64 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTT-TA-CTTTTAGTT
* * * *
11205 AAAACAGATAATATTTGAATGTCTGCCTTGAA-AAATGTGAA-A
127 AAAACAGATAATATTTGAATATCTACC-TCAAGAAACGTGAAGA
* * * * * * *
11247 AAAAGCTATTCATTGACAAGAAAATTTCATCTATACTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTGCA
1 AAAAGCAATTCATTG-CAAGAAAATTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCT
* * * * *
11312 AGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGACT-TTTTTTACATTTTTGATTA
65 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTTAC-TTTTAG-TTA
* * ** * * * *
11376 AAATATATTGTAATTGAATCTCTACTTTC-AGAAACTTGAAGA
128 AAACAGATAATATTTGAATATCTAC-CTCAAGAAACGTGAAGA
* * * * * * *
11418 AAAAACAATCCGTTGGTAAGAAAGTTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTGCT
1 AAAAGCAATTCATT-GCAAGAAAATTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCT
* * * * *
11483 CGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATTATTAATTTTAACTTGAATATTTTTGTACTGTTAGTTAA
65 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTT-TACTTTTAGTTAA
* *
11548 AACAGATAATATTTGAATATTTACCACAAGAAACGTGAAGA
129 AACAGATAATATTTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGA
* * * * *
11589 AAAAGTC-ATTTATTAGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTTGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAG-CAATTCATT-GCAAGAAAATTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGC
11653 TCGCTT
64 TCGCTT
11659 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 80, Indels: 23
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.02
169 7 0.02
170 118 0.37
171 175 0.55
172 11 0.03
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGCAATTCATTGCAAGAAAATTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTC
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTTACTTTTAGTTAAAA
CAGATAATATTTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGA
Found at i:12722 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12371--13360 Score: 715
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 169
12361 ATTCTTTGAT
* * * * *
12371 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATG-CTTATTACTTGGTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTAGTTTTAAATCGTTTT
* **
12435 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAG--ATAATTTTT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTGGATTAAAATAGTTATAA--TTT
* * * * * * **
12498 GAATGCCTGTCTT-GAAAAATGTGAA-AAAAAACCATTCATTGATA
127 -AATGTCT-ACTTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTG-GC
* * * * * * **
12542 AAAAAAAGTCCATCTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTGCTAGTTTTAAATAATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAATCGTTTTA
* *
12607 TATTCTCATGATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTGGATTAAAATATGTTATAATTTAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTGGATTAAAATA-GTTATAATTTAA
* * * *
12672 TCTCTACTTTC-AGAAACCTGAAGCAAAAGCTATTCGTTGGC
129 TGTCTAC-TTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * **
12713 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACTC-TAACCTTCGAAAGTCTTATTGCTCCTTTTAAATCGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAATCGTTTT
* * * * * *
12777 ATAATCTCATTATTAATTTTAACTTGAATTTTTTAATACTTTTAG-TTAAAACAGATA-ATATTT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATA-TTTTGGATTAAAATAGTTATA-ATTT
* ** * * * *
12840 AAATGTCTGCCACGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGTC
127 -AATGTCTACTTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * **
12884 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCCTTGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATTATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGTTTTAAATCGTTTT
* * * * * *
12948 ATACTCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTCATATTTTTGATTAAAATATATTAGAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTGGATTAAAATA-GTTATAATTTA
* *
13013 ATGTCTACTTCTG-GAAACGT-AATGCAAATGCCATCCATTGAG-
128 ATGTCTACTTC-GAGAAACGTGAA-GCAAAAGCCATTCATTG-GC
* * * *
13055 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-ACG-TTTAAATCGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTA-GTTTTAAATCGTTTT
* * * * * *
13118 ATACTCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGACTATAATTT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTGGATTAAAATAG-TTATAATTT
* * ** ** * *** *
13182 AATATCTGGCTAGGA-AAAATTGAA-AAAGAAATAATTTATTGGC
127 AATGTCT-ACTTCGAGAAACGTGAAGCAA-AAGCCATTCATTGGC
* * * * *
13225 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTCG-AAGCCGTATTACTCGTTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAATCGTTTT
* * *
13289 ATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGA-GAAAATAGATTATAATTA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATT-TTGGATTAAAATAG-TTATAATTT
13353 AATGTCTA
127 AATGTCTA
13361 GCTTAAGAAA
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 141, Indels: 73
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 133 0.21
171 471 0.73
172 28 0.04
173 1 0.00
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAATCGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTGGATTAAAATAGTTATAATTTAATG
TCTACTTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGC
Found at i:13282 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 12366--13360 Score: 1006
Period size: 342 Copynumber: 2.9 Consensus size: 338
12356 AAACCATTCT
* * **
12366 TTGATAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCGAAATGCTTATTACTTGGTTTAAAT
1 TTGAGAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCGAAA-GCTTATTACTACGTTTAAAT
* *
12429 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAAT
63 CGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAAT
* * * * * * * * *
12494 TTTTGAATGCCTGTCT-TGAAAAATGTGAAAAAAAACCATTCATTGATAAAAAAAAGTCCATCTA
128 ATTTAAATGTCTGGCTAGGAAAAAT-TGAAAAAAAACCATTTATTG-TCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * *
12558 TACTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTGCTAGTTTTAAATAATTTTATATTCTCATGATTGAT
191 TAGTCACCCATGCCTTC-GAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
12623 TTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTGGATTAAAATATGTTATAATTTAATCTCTACTTTCAGAAA
255 TTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTGGATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACTTTCAGAAA
* * *
12688 CCTGAAGCAAAAGCTATTCG
319 CCTGAAGCAAAAGCCATCCA
* * * * *
12708 TTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCTAA-CCTTCGAAAGTCTTATTGCTCCTTTTAAAT
1 TTGAG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAG-CTTATTACTACGTTTAAAT
* * * * * * * *
12771 CGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAACTTGAATTTTTTAATACTTTTAGTTAAAACAGATAAT
63 CGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAAT
* * ** *
12836 ATTTAAATGTCT-GCCACGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGTCAAGAAAAGTCCATTTA
128 ATTTAAATGTCTGGCTA-GGAAAAATTGAA-AAAAAACCATTTATTGTCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * ** * *
12900 TAGTTATCCTTGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATACTCTCATAATTGAT
191 TAGTCACCCATGCCTTCG-AAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
12965 TTTAAGATGAATTTTTTCATATTTTTGATTAAAATATATTAGAATTGAATGTCTAC-TTCTGGAA
255 TTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTGGATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACTTTC-AGAA
* *
13029 ACGT-AATGCAAATGCCATCCA
318 ACCTGAA-GCAAAAGCCATCCA
*
13050 TTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-ACGTTTAAATCG
1 TTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAG-CTTATTACTACGTTTAAATCG
* * *
13114 TTTTATACTCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACT-ATA
65 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGA-TAAT-
* ** * *
13178 ATTT-AATATCTGGCTAGGAAAAATTGAAAAAGAAATAATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
128 ATTTAAATGTCTGGCTAGGAAAAATTGAAAAA-AAACCATTTATTGTCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * ** *
13242 AGTCACCCATACCTTTCGAAGCCGTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATT
192 AGTCACCCATGCC-TTCGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
* *
13307 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGA-GAAAATAGATTATAATTAAATGTCTA
256 TTAAGTTGAA-TTTTTTATATT-TTGGATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTA
13361 GCTTAAGAAA
Statistics
Matches: 528, Mismatches: 104, Indels: 43
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.01
341 203 0.38
342 299 0.57
343 21 0.04
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (338 bp):
TTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTATTACTACGTTTAAATCGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATATT
TAAATGTCTGGCTAGGAAAAATTGAAAAAAAACCATTTATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATGCCTTCGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTTTATATTTTGGATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACTTTCAGAAACCTGAAG
CAAAAGCCATCCA
Found at i:15243 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 15006--15520 Score: 446
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 168
14996 AACATGAAAC
* * * * * * *
15006 AAAAGTCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCTTTTCTCGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGT-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTTAACTCTTCGAAAGCCTTATTACT
* *
15071 TGCATTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAA
65 TGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAA
*
15136 ACAGATAATATTTGAATATCTACTTCTGAAAATGTGAAGA
130 ACAGATAATATTTGAATGTCTACTTC-GAAAATGTGAAGA
* *
15176 AAAAGTCAAT-GATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTCT-AC-CTTCGAAAAG-CTTAC
1 AAAAGT--ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCT-TAACTCTTCG-AAAGCCTTAT
* * ********** * *
15237 TACTTGCTTTAAATAGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTGCATTTTTTG
61 TACTTGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAG
* * * * * * * ** *
15302 GTAGAATATATTATAGTTGAATGTTTGTTTCAGTAAAA-GTGAAGC
125 TTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACTTC-G-AAAATGTGAAGA
* * * *
15347 AAAAGTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCGCTTAACTCTTCGAAAGTCTTATTACTC
1 AAAAGTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTTAACTCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * * *
15412 GCGTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAA
66 GCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * *
15477 ACAGATAATATTTAAATGGCTACCTCGACAGATGTGAAGA
130 ACAGATAATATTTGAATGTCTACTTCGA-AAATGTGAAGA
15517 AAAA
1 AAAA
15521 ACCATTCATT
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 75, Indels: 26
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 13 0.05
170 180 0.70
171 57 0.22
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
AAAAGTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTTAACTCTTCGAAAGCCTTATTACTT
GCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
CAGATAATATTTGAATGTCTACTTCGAAAATGTGAAGA
Found at i:18091 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 17755--19053 Score: 969
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 169
17745 GTCGCTTAAA
* * * * * * *
17755 TCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATATCAAATTGAAT
1 TCTTCGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * *
17820 TTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTC-TGGAAATGTGAAGAAA
65 TTTTTTATATTTTTTG-TT-AAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAT-GAAACGTGAAGAAA
* * * * * * *
17883 AAGCCAAT-GATTGGTAGGAAAATTTCATCTATAGTCACCCTTG
127 AAGCC-ATCTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * *
17926 CCTTTGAAAAGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 TCTTCG-AAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
17991 TTTTTTACATTTTTTGCTAGAATATATTATAGTTGAATGTTTGTTTCATTAAACGTAAAGAAAAA
65 TTTTTTATATTTTTTGTTA-AATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCATGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * * ** *
18056 GTCATCCATTAACAAGCAAAGCCCATTTCTAGTCACTTAAG
129 GCCATCTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * ***
18097 TCATCGAAACCCTTATTACTCGCGTTAAACAATTTTATAATCTCATAATTGATATTT-AGTTGAA
1 TCTTCGAAA-GCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAA
* * * * * * * * *
18161 TTGTTTTTATATTTTTAGTTACAACAGATAATATTTGAATGGTTACTTCAAGAAATGTGAAGAAA
64 TT-TTTTTATATTTTTTGTTA-AATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCATGAAACGTGAAGAAA
* * * * ** *
18226 AAGTCATTTATTGGTATGAAAAGTATATTTATAGTCACTCATG
127 AAGCCATCTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * *
18269 CCTTCGAAAGCATTATTACTTGC-TTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAC
1 TCTTCGAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** * * * *
18333 TTTTCTACATTTTTTGTTAAAATATATTATGATAGAATGTCTACCTT-AGGAAATGTTAAGCAAA
65 TTTTTTATATTTTTTGTT-AAATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTCATGAAACGTGAAGAAAA
* * * *
18397 AGTCATCTATTGATAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATA
128 AGCCATCTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * *
18438 TCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 TCTTCGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
18503 TTTTTTATA-TTTTTGATTAATATATGTTACAATTGAATCTTTGCTTCAAGAAACATGAAGAAAA
65 TTTTTTATATTTTTTG-TTAA-ATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCATGAAACGTGAAGAAAA
* * * * *
18567 ACCCATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCGAAG
128 AGCCATCTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * *
18609 -CTTGCGAAAGCCTCATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTT-AC
1 TCTT-CGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-
* * * * * * *
18672 ATTTTTTTATACTTTTAGGTAAATAGATAATATTTG-AT-TGT-CTATCATGAAAAACGTGAAGA
63 ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAATGTTTGCT-TCATG--AAACGTGAAGA
* * * * *
18734 AAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTCATG
125 AAAAGCCATCTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
** *
18779 TCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATC-CTATAATTGATTTTAAGTTAAA
1 TCTTCGAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
18843 TTTTTTGATATTTTTTATTAAAATATATTACAATTGAATATCTGCTTC-TAGAAATGT-AGTGCA
64 TTTTTTTATATTTTTTGTT-AAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAT-GAAACGTGA-AGAA
* * * *
18906 AAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAAGG
126 AAAGCCATCTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCATG
* * *
18951 T-TTTGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGGCTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAA
1 TCTTCGAAAG-CTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
19014 TTTTTTGACATTTTTGGTGAAAATAAACTATAATTGAATG
64 TTTTTTTATATTTTTTGT-TAAATATATTATAATTGAATG
19054 CCTGGCTTGA
Statistics
Matches: 885, Mismatches: 204, Indels: 78
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 6 0.01
169 57 0.06
170 270 0.31
171 420 0.47
172 123 0.14
173 5 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TCTTCGAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTTATATTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCATGAAACGTGAAGAAAAAGC
CATCTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
Found at i:18664 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 17699--21600 Score: 1740
Period size: 340 Copynumber: 11.3 Consensus size: 342
17689 NNNNNNNNGT
* * * * * * *
17699 AAAA-GTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCATA-AAAAGTCTATTTCTAGTCGCTTAAATCTTCAA
1 AAAACGTAAAGAAAAAGTCATCCATTGACA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATATCTTCGA
* * * * *
17762 AAGCCTTATTGCTCGCGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATATCAAATTGAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* ** * *
17827 TATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCTGGAAATGTGAAGAAAAAGCCAAT-
130 TATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACTTCAAGAAATATGAAGAAAAA-CCCATC
* * * * * ** *
17891 GATTGGTAGGAAAATTTCATCTATAGTCACCCTTGCCTTTG-AAAAG-CTTATTACTTGCTTTAA
194 TATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCC-TTGCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* *
17954 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAGAATATATT
257 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATT
*** *
18019 ATAGTTGAATGT-TTGTTTCAT
322 ATAGTTGAATGTCTACCTT-AG
* * * * * * * *
18040 TAAACGTAAAGAAAAAGTCATCCATTAACAAGCAAAGCCCATTTCTAGTCACTTA-AGTCATCGA
1 AAAACGTAAAGAAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATA-TCTTCGA
* *
18104 AACCCTTATTACTCGCGTTAAACAATTTTATAATCTCATAATTGATATTT-AGTTGAATTGTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATT-TTTT
* * **
18168 TATATTTTT-AGTTACAACAGATAATATTTGAATGGT-TACTTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGTC
128 TATATTTTTGA-TTAAAACAGATAATATTTGAAT-GTCTACTTCAAGAAATATGAAGAAAAACCC
* * ** * *
18231 ATTTATTGGTATGAAAAGTATATTTATAGTCACTCATGCCTT-CGAAAGCATTATTACTTGC-TT
191 ATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTGCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
* * *
18294 AAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTCTACATTTTTTGTTAAAATATA
255 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATA
*
18359 TTAT-GATAGAATGTCTACCTTAG
320 TTATAG-TTGAATGTCTACCTTAG
* * * * * *
18382 GAAATGTTAAGCAAAAGTCATCTATTGATAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATATCTTCGAA
1 AAAACGTAAAGAAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATATCTTCGAA
* * * ** * *
18446 AGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
66 AGCCTTATTACTCGCGTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * * * *
18511 ATTTTTGATTAATATATGTTACA-A-TTGAATCTTTGCTTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATC
131 ATTTTTGATTAAAACA-GATA-ATATTTGAATGTCTACTTCAAGAAATATGAAGAAAAACCCATC
* * * *
18574 TATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCGAAG-CTTGCGAAAGCCTCATCACTCGCTTTAAA
194 TATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTGCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * * * * *
18638 TAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTT-ACATTTTTTTATACTTTTAGGT-AAATAGATA
258 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATT
* * * *
18701 ATATTTGATTGTCTATCAT-G
322 ATAGTTGAATGTCTACCTTAG
* * ** * *
18721 AAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTCATGTCTTCGA
1 -AAAACGTAAAGAAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATATCTTCGA
* * * * *
18786 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATC-CTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTG
65 AAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAATTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * * * * *
18850 ATATTTTTTATTAAAATATATTACAATTGAATATCTGCTTCTAGAAATGT-AGTGCAAAAGCCAT
129 ATATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACTTCAAGAAATATGA-AGAAAAACCCAT
* * ** *
18914 CCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAAG-GTTTTGAAAGCCTTATTACATGCTTTA
193 CTATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTGCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* * * * * * *
18977 AATGGCTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGTGAAAATAAAC
256 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATAT
* * **
19042 TATAATTGAATGCCTGGCTT-G
321 TATAGTTGAATGTCTACCTTAG
* * ** * * * * **
19063 AAAAACATAAA-AAAAA--CAATTCATTGGTAGGAAAGGTCTGTGTATAGTCA-TCCATGCCCTT
1 -AAAACGTAAAGAAAAAGTC-ATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CAT-ATCTT
* * * *** * * * *
19124 CG-AAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAACCT-ATTTATAG-TCGCTTAAGTCTTCGA
62 CGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAATTTTATAATCTCA-TAATTGAT--TTTAAG--TT-G-
**** * * * * * ** ** *
19186 AAGTCCCATTACACTCTTTAAATAGTTTTATAATCATATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT
120 AA-TTTTTTTATA-T-TTT---T-G-ATTA-AAACAGATAA-T-ATTTGAA--TGTCTACTTCA-
**** * ***
19251 ATTTTTTATTAA-AACAGATAGTTTTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTC
171 A-GAAATATGAAGAA-A-A-A-----CCCA--TCTA--TT-GG-----T-AAG-AAAAG---T-C
* * ** *
19315 ATTGACAAGAAAAGTCAATCTATAGTCACCCATGCC-TACGAAAGCCTTATTACTCACTTGAAAT
211 -----C------A-T---T-TATAGTCA-CCAAGCCTTGCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * *
19379 GGTTCTAAAATCTCATAATTGCA-TTTAAGTTTAATTTTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATATAT
259 GGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATAT
* * * * *
19442 TATAATTAAAAGTCTA-CATCG
321 TATAGTTGAATGTCTACCTTAG
** * * * * * *
19463 AGAAACGGGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAA-AGAAAGTCCATTTATAGTCGCTTA-AGCCTTC
1 A-AAACGTAAAGAAAAAGTCATCCATTGACAAGA-AAAGTCTATTTATAGTCACTCATA-TCTTC
* * **
19526 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAT-AATTTCT
63 GAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTT-T
* * * * * * * * * * * **
19590 TTTCCT-TTTCT-CTTAAAACATATTATAGTTGAATGTCTGCTTCAGGAAACAAGAAGCAAAAGT
126 TTT-ATATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACTTCAAGAAATATGAAGAAAAACC
* * * * * * * **
19653 CATCAATTGGAAAG-AAAGTTCATTTATACTCACTTAAGTCCTT--GAGAGCCCTATTACTCACT
190 CATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAG-CCTTGCGAAAGCCTTATTACTTGCT
* * * *
19715 TTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAACA
253 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATA
* * * * * *
19779 GATAATATTTAAATGGCTATC-TAG
318 TATTATAGTTGAATGTCTACCTTAG
* * * * * * **
19803 AGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-CTCATTGAAAAGAAAAGTCCATCTATATTCA-TCCATGCCTTC
1 A-AAACGTAAAGAAAAAGTCATC-CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CATATCTTC
* * * ** ** * * **
19866 GGAAGCCTTATTATTTGTTTTAAATGGTTTTAAAATGTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTT
63 GAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * * * *
19931 T-TAATTTTT-CTTTAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAATATGAAGGAAAAGCCA
128 TAT-ATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACTTCAAGAAATATGAAGAAAAACCCA
* * * * * * * ** *
19994 TCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTT-CCAAAGCCTTATCCCTCGCTTTA
192 TCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTGCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* * * * *
20058 AATGATTTTATAATCAT-ATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAGAATATA
256 AATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATA
* ***
20122 TTATAGTTGAGTGT-TTGTTTCAG
320 TTATAGTTGAATGTCTACCTT-AG
* * * * * * * *
20145 TAAAA-GTAAAGCAAAAGTTATCCATTGGCATA-AAAAGT-TCATTTCTAGTCGCTTAAATCTTT
1 -AAAACGTAAAGAAAAAGTCATCCATTGACA-AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATATCTTC
* * * *
20207 GAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAAT-AGTTTATAATCTCATAATTGATGTTAATTTTAA-TTTTT
63 GAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
20270 TATATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCTCTAA-AAATGTAAAGAAAAAGCCA
128 TATATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACTTC-AAGAAATATGAAGAAAAA-CCC
* *** * * * ** * * *
20334 AT-GATTACCAGGAAAAGCCCATCTATAGTCACCCATTCCTTTG-AAAAG-ATTATTACTCGCTT
191 ATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCC-TTGCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
* * * * *
20396 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATA-TTGTT-TTAGACTAT
254 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAT
* *
20459 ATTATAGTTGAATGTCTA-TTTCAT
319 ATTATAGTTGAATGTCTACCTT-AG
* * * * * * * * ** * *
20483 TAACCGCAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTCTAGTTGCTTA-AGTCTTCAA
1 AAAACGTAAAGAAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATA-TCTTCGA
* *** * *
20547 AAGCTTTATTACTCGCGTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTT-AGTTAAATTTCTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
20611 ACATTTCT-AGTTACAACAGATAATATTTAAATGGCTACCTT-AAGAAATGTGAAGAAAAAGCCA
129 ATATTTTTGA-TTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTA-CTTCAAGAAATATGAAGAAAAACCCA
* * * * * * ** *
20674 T-TCATTGGCAGGAAAAGTCTATTTATAGTCGTCCATGTCTT-CGAAAGTATTATTACTTAC-TT
192 TCT-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCAAGCCTTGCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
* * * * *
20736 AAATGGTTTTAAAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAATATA
255 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATA
* * * *
20801 TTATAATAGAATGTCTACATTGG
320 TTATAGTTGAATGTCTACCTTAG
* * * * ** * * * *
20824 GAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCGAA
1 AAAACGTAAAGAAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATATCTTCGAA
* * * * *
20889 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAC
66 AGCCTTATTACTCGCGTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * * * *
20954 ATTTTTGATTAAAATATG-TTATAATTGAATCT-TCGCTTCAAGAAACATGAA-AAAAATCCATC
131 ATTTTTGATTAAAACA-GATAATATTTGAATGTCT-ACTTCAAGAAATATGAAGAAAAACCCATC
* * * * *
21016 TATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGAA-ACTTGCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAA
194 TATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTGCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* ** * * * *
21080 TGGATTTATAATCTCATTCTTAATTTTAAGTT-ACATCTTTTT--ATTCTTTTAGGT-AAATAGA
258 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATT-TTTT-GTTAAAATATA
* * * * * *
21141 TAATATTTGATTGTCTGCCATGG
320 TTATAGTTGAATGTCTACCTTAG
* * * ** * * * *
21164 CAGACGTGAAGAAAAAG-CTATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-GTCCATGTCTTTG
1 AAAACGTAAAGAAAAAGTC-ATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CATATCTTCG
* * ********** *
21227 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTG
64 AAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * ** * * * *
21292 ATATTTTTGATTAAAATATATTACAATTGAATGTCTACTTCTGGAAACAT-AGTGTAAAAGCCAT
129 ATATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACTTCAAGAAATATGA-AGAAAAACCCAT
* * * * ** ** *
21356 -TCATTGGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTCATCCAAG-GTTTTGAAAGGTTTATTACATGCTTTA
193 CT-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTGCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* * * * * * * * * * *
21419 AATGGCTTTATAATCTCACAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTGATATTTTTGGTGAAAACAGAC
256 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATAT
* ** *
21484 TATAATTGAATG-CTTGGCTTGG
321 TATAGTTGAATGTC-TACCTTAG
* * * * ** * * **
21506 AAAACATAAA-AAAAA-ACAATTCATTGAC-AGGAAAGTCCGTGTATAGTCACCCATGCCTTTCG
1 AAAACGTAAAGAAAAAGTC-ATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATATC-TTCG
* **
21568 -AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAA
64 AAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAATTTTATAA
21601 CCCATTTATA
Statistics
Matches: 2722, Mismatches: 638, Indels: 403
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
337 5 0.00
338 95 0.03
339 191 0.07
340 907 0.33
341 765 0.28
342 343 0.13
343 107 0.04
344 3 0.00
345 2 0.00
346 5 0.00
347 2 0.00
348 3 0.00
351 1 0.00
353 4 0.00
354 7 0.00
356 5 0.00
358 4 0.00
359 3 0.00
360 3 0.00
361 2 0.00
362 5 0.00
364 3 0.00
367 1 0.00
369 3 0.00
370 2 0.00
371 5 0.00
372 1 0.00
373 3 0.00
375 1 0.00
378 3 0.00
379 5 0.00
380 1 0.00
381 1 0.00
382 5 0.00
383 2 0.00
384 6 0.00
386 5 0.00
387 1 0.00
388 9 0.00
389 3 0.00
392 1 0.00
394 1 0.00
395 3 0.00
396 2 0.00
397 4 0.00
398 1 0.00
399 65 0.02
400 34 0.01
401 25 0.01
402 60 0.02
403 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
AAAACGTAAAGAAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATATCTTCGAA
AGCCTTATTACTCGCGTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
ATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACTTCAAGAAATATGAAGAAAAACCCATCTA
TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAGCCTTGCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAG
TTGAATGTCTACCTTAG
Found at i:19051 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 17730--19079 Score: 1316
Period size: 512 Copynumber: 2.6 Consensus size: 508
17720 CATTGGCATA
* * ** * * *
17730 AAAAGTCTATTTCTAGTCGCTTAAATCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCGTTAAA-TAGTTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCGCTCATGTCTTCGAAAGCATTATTACTCGC-TTAAATTA-TTTTATA
* * * * * * * * *
17794 ATCTCATAATTGATATCAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * * * *
17859 TCTACCTCTGGAAATGT-GAAGAAAAAGCCAAT-GATTG-GTAGGAAAATTTCATCTATAGTCAC
128 TCTACCTCTAGAAATGTAG-AGCAAAAGCC-ATCCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
** *
17921 CCTTGCCTTTGAAAAG-CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
189 CCAAG-TTTTG-AAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * ** *
17985 TTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAGAATATATTATAGTTGAATGTTTGTTTCATTAAACGTAAA
251 TTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATAAAATATATTATAATTGAATCTTTGCTTCAAGAAACATAAA
** * * ** * *
18050 GAAAAAGTCATCCATTAACAAGCAAAGCCCATTTCTAGTCACTTAAGTCATCGAAACCCTTATTA
315 GAAAAACCCATCCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGTCATCGAAACCCTCATCA
* *
18115 CTCGCGTTAAACAATTTTATAATCTCATAATTGATATTTAGTTGAATTGTTTTTATATTTTTAGT
380 CTCGCGTTAAACAATTTTATAATCTCATAATTGATATTTAGTTGAATTGTTTTTATACTTTTAGG
* * * ** *
18180 TACAACAGATAATATTTGAATGGTTACTTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTTATTGGTATG
445 TACAACAGATAATATTTGAATGGTTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAG
* * * * ** *
18244 AAAAGTATATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTAAATGGTTTTAAAAT
1 AAAAGTCTATTTATAGTCGCTCATGTCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTAAATTATTTTATAAT
* * * * * *
18309 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTCTACATTTTTTGTTAAAATATATTATGATAGAATGTC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTC
* * * *
18374 TACCT-TAGGAAATGTTA-AGCAAAAGTCATCTATTGATAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
130 TACCTCTA-GAAATG-TAGAGCAAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CA
* * * * *
18436 TA-TCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTG
192 -AGT-TTTGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
18500 AATTTTTTTATATTTTTGATTAATATATGTTACAATTGAATCTTTGCTTCAAGAAACATGAAGAA
254 AATTTTTTTACATTTTTGA-TAAAATATATTATAATTGAATCTTTGCTTCAAGAAACATAAAGAA
* *** * * * *
18565 AAACCCATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCGAAG-CTTGCGAAAGCCTCATCACT
318 AAACCCATCCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGTCAT-CGAAACCCTCATCACT
* * * *
18629 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGAT-TTTAAGTT-ACATT-TTTTTATACTTTTAGG
382 CGCGTTAAACAATTTTATAATCTCATAATTGATATTT-AGTTGA-ATTGTTTTTATACTTTTAGG
* * *
18691 TA-AATAGATAATATTTG-ATTGTCTATCATGAA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAA
445 TACAACAGATAATATTTGAATGGT-TA-CATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAA
18753 G
508 G
*
18754 AAAAGTCTATTTATAGTCGCTCATGTCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCGCTCATGTCTTCGAAAGCATTATTACTCGC-TTAAATTATTTTATAA
* *
18819 TC-CTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGATATTTTTTATTAAAATATATTACAATTGAATA
65 TCTC-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATG
* * *
18883 TCTGCTTCTAGAAATGTAGTGCAAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCA
128 TCTACCTCTAGAAATGTAGAGCAAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCA
* *
18948 AGGTTTTGAAAGCCTTATTACATGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGA
192 A-GTTTTGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
19013 ATTTTTTGACATTTTTGGTGAAAATAAACTATAATTGAATGCCTGGCTTGAA-AAACATAAA-AA
255 ATTTTTTTACATTTTTGAT-AAAATATATTATAATTGAAT-CTTTGCTTCAAGAAACATAAAGAA
19076 AAAC
318 AAAC
19080 AATTCATTGG
Statistics
Matches: 675, Mismatches: 132, Indels: 61
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
509 4 0.01
510 95 0.14
511 134 0.20
512 305 0.45
513 99 0.15
514 38 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (508 bp):
AAAAGTCTATTTATAGTCGCTCATGTCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTAAATTATTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
ACCTCTAGAAATGTAGAGCAAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAGTT
TTGAAAGCCTTATTACTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTACATTTTTGATAAAATATATTATAATTGAATCTTTGCTTCAAGAAACATAAAGAAAAACCCAT
CCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGTCATCGAAACCCTCATCACTCGCGTTAAA
CAATTTTATAATCTCATAATTGATATTTAGTTGAATTGTTTTTATACTTTTAGGTACAACAGATA
ATATTTGAATGGTTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAG
Found at i:19717 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 19162--21121 Score: 1047
Period size: 170 Copynumber: 11.5 Consensus size: 168
19152 TTTATAACCT
* * * *
19162 ATTTATAGTCGCTTAAGT-CTTCGAAAGTCC-CATTACACTCTTTAAATAGTTTTATAATCAT-A
1 ATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCA
* * * ** *
19224 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGA-TAGTTTTTGAATGTCTAC
64 TAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTT-TCA-TTTTTGTTAAAATATATTA-TAATTGAATGTCT-G
* * * *
19287 CTT-GGGAAACATA-AAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAG-TC
124 CTTCAGGAAACA-AGAAGCAAAAGTCATCCATTGGA-AAG-AAAGTTC
* * ** * * * * *
19331 AATCTATAGTCACCCATG-CCTACGAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTCTAAAATCTCAT
1 -ATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
19395 AATTGCA-TTTAAGTTTAATTTTTTTTTACATTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAAAGTCTAC
65 AATTG-ATTTTAAG-TTAA--TTTTTTT-CATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC
* ** *
19459 ATC-GAGAAACGGGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAAGAAAGTCC
125 TTCAG-GAAACAAGAAGCAAAAGTCATCCATTGG-AAAGAAAGTTC
19504 ATTTATAGTCGCTTAAG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
19568 ATTGATTTTAAGTATAATTTCTTTTCCTTTTCTCTTAAAACATATTATAGTTGAATGTCTGCTTC
66 ATTGATTTTAAGT-TAATTT-TTTTCATTTT-TGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTC
*
19633 AGGAAACAAGAAGCAAAAGTCATCAATTGGAAAGAAAGTTC
128 AGGAAACAAGAAGCAAAAGTCATCCATTGGAAAGAAAGTTC
* * * * *
19674 ATTTATACTCACTTAAGTCCTT-GAGAGCCCTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
19738 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTAAATG---GCTATC
66 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCT-TC
** * * * *
19800 TAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-CTCATTGAAAAGAAAAGTCC
128 -AG-GAAACAAGAAGCAAAAGTCATC-CATTGGAAAG-AAAGTTC
* * * ** * * *** * *
19844 ATCTATATTC-ATCCA-TGCCTTCGGAAGCCTTATTATTTGTTTTAAATGGTTTTAAAATGTCAT
1 ATTTATAGTCGCTTAAGT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
19907 AATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTTAATTTTTCTTTAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTC
65 AATTGATTTTAAGT-TAA-TTTTTTTCATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTC
* * * * *
19972 AGGAAATATGAAGGAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG-TC
128 AGGAAACAAGAAGCAAAAGTCATCCATTGGAAAG-AAAGTTC
* ** * *
20013 TATTTATAGTCGCTTAAGT-CTTCCAAAGCCTTATCCCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCAT-A
1 -ATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCA
* * * * * * *
20076 TAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAGAATATATTATAGTTGAGTGTTTGTT
64 TAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT-CA-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCT
* *
20141 TCA-GTAA-AAGTAAAGCAAAAGTTATCCATTGGCATAA-AAAGTTC
126 TCAGGAAACAAG--AAGCAAAAGTCATCCATTGG-A-AAGAAAGTTC
* * * * * *
20185 ATTTCTAGTCGCTTAAAT-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAG-TTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
20248 ATTGATGTTAATTTTAATTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCTC
66 ATTGATTTTAA-GTTAATTTTTT-TCA-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTC
* * * * *** * **
20312 TA--AAA-ATGTAAAGAAAAAGCCAAT-GATTACCAGGAAAAGCCC
128 -AGGAAACAAG--AAGCAAAAGTC-ATCCATTGGAAAG-AAAGTTC
* * ** * * * *
20354 ATCTATAGTCAC-CCATTCCTTTGAAAAG-ATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
1 ATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * **
20417 AATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAT-ATTGTT-TTAGACTATATTATAGTTGAATGTCTATTT
65 AATTGATTTTAAGTT-AAT-TTTTT-TCATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTT
** * * * **
20480 CATTAACCGCA-AAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCCC
127 CAGGAAAC-AAGAAGCAAAAGTCATCCATTGGAAAG-AAAGTTC
* * * * * * *
20523 ATTTCTAGTTGCTTAAGT-CTTCAAAAGCTTTATTACTCGCGTTAAACGGTTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * * *
20587 ATTGATATTT-AGTTAAATTTCTTTACATTTCTAGTTACAACAGATAATATTTAAATGGCTACCT
66 ATTGAT-TTTAAGTT-AATTT-TTTTCATTT-TTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCT
* *** * * * * *
20651 T-AAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAGGAAAAG-TC
126 TCAGGAAACAAGAAGCAAAAGTCATCCATTGGAAAG-AAAGTTC
* * ** * * *
20693 TATTTATAGTCG-TCCATGT-CTTCGAAAGTATTATTACTTAC-TTAAATGGTTTTAAAATTTCA
1 -ATTTATAGTCGCT-TAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
20755 TAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATAGAATGTCTACA
64 TAATTGATTTTAAGTT-AAT-TTTTTTCA-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-
* *** * *
20820 TT-GGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAAAAAAGTCC
125 TTCAGGAAACAAGAAGCAAAAGTCATCCATTGG-AAAGAAAGTTC
* ** * *
20864 ATTTATAGTCACCCATGT-CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
20928 ATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATCT-TCGCTT
66 ATTGATTTTAAGTT-AAT-TTTTTTCATTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTT
* * * * *
20992 CAAGAAACATGAA--AAAAATCCATCTATTGGTAAGAAAAG-TC
127 CAGGAAACAAGAAGCAAAAGT-CATCCATTGGAAAG-AAAGTTC
* ** * * * * *
21033 TATTTATAGTCACCGAA--ACTTGCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCA
1 -ATTTATAGTCGCTTAAGTCCTT-CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
** * *
21096 TTCTTAATTTTAAGTTACATCTTTTT
64 TAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTT
21122 ATTCTTTTAG
Statistics
Matches: 1401, Mismatches: 295, Indels: 189
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 3 0.00
168 16 0.01
169 287 0.20
170 602 0.43
171 348 0.25
172 128 0.09
173 13 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
ATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTCATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGG
AAACAAGAAGCAAAAGTCATCCATTGGAAAGAAAGTTC
Found at i:21239 original size:510 final size:509
Alignment explanation
Indices: 19162--25128 Score: 1881
Period size: 510 Copynumber: 11.6 Consensus size: 509
19152 TTTATAACCT
* * * * * * *
19162 ATTTATAGTCG-CTTAAGTCTTCGAAAGTCC-CATTACACTCTTTAAATAGTTTTATAATCAT-A
1 ATTTATAGTCGTCTCAAGTCTTTGAAAG-CCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATC-TCA
* * *
19224 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAGTTTTTGAATGTCTACCT
64 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATATTAGAATGTCTACCT
* * * * * * *
19289 TGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATCTATAGTCACCCATGCCTAC
129 TGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * *
19354 GAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTCTAAAATCTCATAATTGCA-TTTAAGTTTAATTTTT
194 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAA-TTAT
* * * ** *
19418 TTTTACATTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAAAGTC-T-ACATCGAGAAACGGGAAGCAAAAG
257 TTTTACATTTTT-TTAAAATATATTATAATT-GAA-TCTTCACTTCAAGAAACATGAAG-AAAAA
* * * *
19481 TCATCCATTGGCAA-AGAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
318 TCATCCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCT
* * ** *
19545 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TATAAT-TTCTTT-TCCTTTTCTCTTAAA
382 TTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATCTT-TTTATTCTTTT-AGTTACA
* * ** * *
19607 ACATATTATAGTTGAATGTCTGCTTCAGGAAACAAGAAGCAAAAG-TCATCAATTGGA-AAG-AA
444 ACAGATAATAGTTGAATGTCTGC--CAGGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATCCATT-GACAAGAAA
*
19669 AGTTC
505 AGTCC
* * * * * * * *
19674 ATTTATACTC-ACTTAAGTCCTTGAGAGCCCTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCGTCTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * *
19738 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTA-AATGGCTATCTA
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATA-TTAGAATGTCTACCTT
* * * *
19802 GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-CTCATT-GAAAAGAAAAGTCCATCTATATTCATCCATGCCTT
130 GAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATC-CATTGGCAAA-AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTT
* * *** * ** *
19865 CGGAAGCCTTATTATTTGTTTTAAATGGTTTTAAAATGTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTT
193 CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATT
* * ** * * **
19930 TTTA-ATTTTTCTTTAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAATATGAAGGAAAAGCCA
258 TTTACATTTTT-TTAAAATATATTATAATTGAATCTTCACTTCAAGAAACATGAA-GAAAAATCA
* * *
19994 TCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCCAAAGCCTTATCCCTCGCTTTAA
321 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAA
* * * * * *
20059 AT-GATTTTATAATCAT-ATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT-TTTTTGTTAGAATAT
386 ATGGA-TTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTAT-TCTTTTAGTTACAACAG
* * * * * * * * * * *
20121 ATTATAGTTGAGTGTTTGTTTCAGTAAAAGTAAAGCAAAAGTTATCCATTGGCATA-AAAAGTTC
448 ATAATAGTTGAATGTCTG--CCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATTGACA-AGAAAAGTCC
* * * * *
20185 ATTTCTAGTCG-CTTAAATCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAG-TTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCGTCTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
20248 ATTGATGTTAATTTTAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCTCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATATTAGAATGTCTACCT-T
* * * ** ** * * *
20313 -AAAAATGTAAAGAAAAAGCCAAT-GATTACCAGGAAAAGCCCATCTATAGTCACCCATTCCTTT
130 GAGAAACGTAAAGAAAAAGCC-ATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *
20376 GAAAAG-ATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATT
194 G-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATT
* * * * * * * ** * *** *
20439 TTTATATTGTTTTAGACTATATTATAGTTGAAT-GTCTATTTCATTAACCGCAAAGCAAAAGTCA
258 TTTACATTTTTTTAAAATATATTATAATTGAATCTTC-ACTTCAAGAAACATGAAG-AAAAATCA
* * * * * *
20503 TCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTCTAGTTGCTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCGTTAA
321 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAA
* *
20568 ACGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTT-AGTTAAAT-TTCTTTA--CATTTCTAGTTACAACA
386 ATGGATTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTAAATCTT-TTTATTC-TTT-TAGTTACAACA
* * * * * * * * * * *
20629 GATAATATTTAAATGGCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAGGAAAAGTCT
447 GATAATAGTTGAATGTCTGCC--AGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * ** * * *
20694 ATTTATAGTCGTC-CATGTCTTCGAAAGTATTATTACTTAC-TTAAATGGTTTTAAAATTTCATA
1 ATTTATAGTCGTCTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
20757 ATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATAGAATGTCTACATT
66 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATATTAGAATGTCTACCTT
* * * * * * * *
20822 GGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCG
130 GAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCG
* *
20887 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTT
195 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTT
* *
20951 TACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATCTTCGCTTCAAGAAACATGAA-AAAAATCCAT
260 TACATTTTT--TTAAAATATATTATAATTGAATCTTCACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAT-CAT
* * * * ** *
21015 CTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGAA-ACTTGCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAA
322 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTT-CAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAA
** * * * *
21079 ATGGATTTATAATCTCATTCTTAATTTTAAGTTACATCTTTTTATTCTTTTAGGTA-AATAGATA
386 ATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTATTCTTTTAGTTACAACAGATA
* * * **
21143 ATATTTGATTGTCTGCCATGGCAGACGTGAAGAAAAAGCTATTTATTGACAAGAAAAGTCC
451 ATAGTTGAATGTCTGCCA-GG-AAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * ** **********
21204 ATTTATAGTCGTC-CATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATNNNNNNNNNNCATA
1 ATTTATAGTCGTCTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
21268 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGATATTTTTGATTAAAATATATTACA-ATT-GAATGTCTACT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAGA-TA-ATATTAGAATGTCTACC
* ** * * * * * * **
21331 TCTG-GAAACATAGTGTAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCA-CTTATAGTCATCCAAGGT
128 T-TGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATC-TATAGTCACCCATGCC
* ** * * * * * *
21394 TTTGAAAGGTTTATTACAT-GCTTTAAATGGCTTTATAATCTCACAAATAATTTTAAGTTGAATT
191 TTCGAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * ** ** *
21458 -TTTTGATATTTTTGGTGAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGGCTTGGA-AAACAT-AAAAAAA
255 ATTTTTACATTTTT--TTAAAATATATTATAATTGAAT-CTTCACTTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * ** * * * *
21520 AACAATTCATTGAC-AGGAAAGTCCGTGTATAGTCACCCATGCCTTTC-GAAGCCTTATTACTCG
317 ATC-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTC-TTCAAAAGCCTTATCACTCG
* * * * * *
21583 CTTTAAATAGCTTTATAA-CCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCCCATTACATGCTTT
380 CTTTAAATGGATTTATAATCTCA--TA-A-----TTGA-T-TT--TAAG-----TTAAAT-CTTT
* * * * ** ** ** * * * **
21647 AAATAATT-TTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTATATTTTTG--ATTAAAAC-
427 ---TTATTCTTTTAGT-T-ACAACAGATAAT---------AGTTGA-ATGTCTGCCA-GGAAACG
* * *
21708 AGATAGTATTTGAATGTCTA-CC-TTGTAAAACATGAAGACAAAG-CC
476 TGA-AG-A---AAAAG-CTATCCATTG----AC---AAGA-AAAGTCC
* ** *
21753 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATCTATAGTCACCCATGCCTATGAAAGCCTTATTACTCGC-TTA
1 ATTTA-T----AG--TCGTC--TC-A-AGT----C-T---T-TGAAAGCCTTATTACTCACGTT-
* * * * * *
21817 AAATGGTTCTAAAATCTCATAATTGCA-TTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTTTGTTAAAATA
45 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
* * * * * * * ** * * *
21881 TATTATAATT-GAAAGTCGACCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGTTATCTATTGACAAAGAAAGTC
107 GATAAT-ATTAGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTC
* * ** * * * * *
21945 CATTTATAGTCGCTTAAGCCTTCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATA
171 CATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATA
* * * * *
22010 ATTGATTTTAAGTAT-AATT-TCTTTCCATTTTCTCTTAAAACATATTATAGTTGAAT-GTCTAC
236 ATTGATTTTAAGT-TGAATTATTTTTACATTTT-T-TTAAAATATATTATAATTGAATCTTC-AC
* * * * * ** * * *
22072 TTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTTATCAATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTTAAGTCC
297 TTCAAGAAACATGAAG-AAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGT-C
* ** * * * * ********** * * *
22137 TT-GAAAGCCCCATTACTCGTTTTAAACGGTTTTATNNNNNNNNNNTTAATTTTAAGTTGAATTT
360 TTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATC
* * * * * * ** *
22201 TTTTTAAT-TTTTGGTTAAAACAGATAATATTTAAATGGCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
424 TTTTTATTCTTTTAGTTACAACAGATAATAGTTGAATGTCT-GCCAG-GAAACGTGAAGAAAAAG
* * ****
22265 CCA-CTCATTGAAAAGAAAANNNN
487 CTATC-CATTGACAAGAAAAGTCC
****** * * * * * * ** * *
22288 NNNNNNATTCATC-CATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATA
1 ATTTATAGTCGTCTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * * * * *
22352 ATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTCT-TT-AAATATATTATAATT-GAATGTCT-GC
66 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTT-TATTAAAACAGATAAT-ATTAGAATGTCTACC
* * * * * * * * ** ***
22413 TTCAGGAAATGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAATCT
128 TTGA-GAAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCT
* * * * *
22478 TCCG-AAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCAT-ATAATTGATTTTAAGTTAAATT
192 T-CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * ** * *
22541 -TTTTTACATTTTTTGTTAGAATATATTATAGTTGAATGTCTGTCTT-GAGAAACGTGAAGCAAA
255 ATTTTTACA-TTTTT-TTAAAATATATTATAATTGAATCT-TCACTTCAAGAAACATGAAG-AAA
** * * * * * * *
22604 TGTTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAATCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA
316 AATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATCACTCGC
* * * * *
22669 TTTAAATGG-TTT-T-A--T-ATAATTCATTTTAAGTTGAA-CTTTTT-TACATTTTCGATTAAA
381 TTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTATTC-TTTTAG-TTACA
* * * * * * **
22726 ACAGATGATAGTTAAATGTCT-ACATTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAA
444 ACAGATAATAGTTGAATGTCTGCCA--GG-AAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAA
22790 GTCC
506 GTCC
* * * * *
22794 ATCTATAGTCG-CCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCAC-TCTAAATGGTTTT-TCAATCTCA
1 ATTTATAGTCGTCTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACGT-TAAATGGTTTTAT-AATCTCA
* * * * * * *
22856 TAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTACAGTTTTTATTAAAATATATTATAATT-GATTGTCTACC
64 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAAT-ATTAGAATGTCTACC
* * * * * * * ** *****
22920 TT-AGAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTANNNNN
128 TTGAG-AAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCT
***** * * * * * *
22984 NNNNNAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCAT-ATAATTGTTTTTAAGTTGAATTC
192 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTA
* * **
23048 TTTTATA-TTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-C-TC-AGAAATGTGAAGCAAA
256 TTTT-TACATTTTT-TTAAAATATATTATAATTGAA--TCTTCACTTCAAGAAACATGAAG-AAA
* * * * * * ** * *
23109 AGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAATCGCTTAAGTCTTCGGAAGCCTTATTACTCGA
316 AATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATCACTCGC
* * * * * *
23174 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTT-GAT-TTTTT-TACATTTTCGATTA-A
381 TTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTATTC-TTTTAG-TTACA
* * * * * ** *
23235 AGCAGATAAT-GCTTGAGTGTCTACATCAGGAAACGTTAAGAAAAAGCCATTCATTCTCAAGAAG
444 A-CAGATAATAG-TTGAATGTCTGC--CAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATTGACAAGAAA
23299 AGTCC
505 AGTCC
* * * * * * * * * **
23304 ATCTATAGT--TACCCATGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATAGTTATATAATCTTGT
1 ATTTATAGTCGT-CTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * **
23367 AATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTACA-ATT-GAATGT-TTG
65 AATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA-TA-ATATTAGAATGTCTAC
* ** * * * * * * ** * *
23429 CTTCAAGAAATATGAA-TAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTC
127 CTT-GAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCC
* * * *
23493 TTC-AAACGCCTTACTGCTCACTTTAAATGGTTTTGTAACAT-T-GTAATTGATTTTAAGTTGAG
191 TTCGAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTT-TAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-
* * * * *
23555 CTT-TTTTATA-ATTTTTTTAAAATATATTATAATTAAATATCTGC-C-CCAGGAAACATGAAGC
252 ATTATTTT-TACATTTTTTTAAAATATATTATAATT-GA-ATCTTCACTTCAAGAAACATGAAG-
* * * * * * *
23616 AAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTTTCGTCGCTTAAATCTTTAAAAGCCTTATTACT
313 AAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATCACT
* * * * *
23681 CGATTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTAAAATGTTTTTA--CATTTTTGAT
378 CGCTTTAAATGGA-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTATTC-TTTTAG-T
* * * * * * ** * * * **
23743 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTAGAAAACACGAAGAAAAATCCATTCATTGGTAAGA
440 TACAACAGATAATAGTTGAATGTCTGC--CAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATTGACAAGA
23808 AAAGTCC
503 AAAGTCC
* * * ** * ** * * *
23815 ATTTATAGTC-CCCCATA-ACTTCAAAAGCCTTCTTTTTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
1 ATTTATAGTCGTCTCA-AGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * * *
23878 AATTGATTTTAAGATGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATT-GAATATCTGCC
65 AATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAAT-ATTAGAATGTCTACC
* * * ** * * * ** * *
23942 TTG-GAAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCACTATCAAGAAAAGTCCA-CTTATAGCCGCTTAAGTC
128 TTGAG-AAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATC-TATAGTCACCCATGCC
* ** *********************
24005 TTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTAAGTT-AGATT
191 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATT
* * * * * * **
24068 -TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTACATTGGA-AAACATGAAGAAAA
255 ATTTTTACATTTTT--TTAAAATATATTATAATTGAATCTTCAC-TTCAAGAAACATGAAG-AAA
* * * * * ** * ** * *
24131 AACCATCTATTGGGATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA-TAGG
316 AATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATCACT-CG
* * * * *
24195 CTTTAAAT-TATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATATTTTTGATTA
380 CTTTAAATGGA-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTAT-TCTTTTAG-TTA
* * * * ** * * * * * ** * *
24258 AAACATACT-ATAATTGAATATCTGGCTTGAAAAACAT-AAAAAGAAAACAATTTACTGGCAAGA
442 CAACAGA-TAATAGTTGAATGTCT-GCCAG-GAAACGTGAAGAA-AAAGCTATCCATTGACAAGA
*
24321 AAAGTCT
503 AAAGTCC
* * * * ** ** * * * *
24328 ATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCCAAAGTTTTATTACTCGCTTTAGATGGTTTTATAATCTCATT
1 ATTTATAGTCGTCTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
24392 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TATATTGTTAGTGAAAATAGATTATAATT-GAATTTCTGCC
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAT-TTTTTA-TTAAAACAGATAAT-ATTAGAATGTCTACC
* * * * * * * * *
24455 -TCAGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTTCAGT-TATATTCACTCATACC
128 TTGA-GAAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCA-TCTATAGTCACCCATGCC
* ** * ********** *
24518 TTCAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
191 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTA
* * * * * * * * * * * **
24583 TTTTTTCATATTTAGTTACAACAGATAATATTTGAATATTTACCTCAAAAAATGTGAAGACAAAA
256 TTTTTACAT-TTT-TTTAAAATATATTATAATTGAATCTTCACTTCAAGAAACATGAAGA-AAAA
* * * * ** * ** *
24648 -CTATTCATTGGCAAGAAAA-TATCATTTATAATCACCCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTGCTCA
318 TC-ATCCATTGGCAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCGCTTAAGTC-TTCAAAAGCCTTATCACTCG
* * * * * * *
24710 ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAA-TGATTTTAACTTGAATTTTTTTATACTTTTAGTTAAA
380 CTTTAAATGGATTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTATTCTTTTAGTTACA
* * * ** * *
24774 ACAGATAATATTTAAATGTCTGCCACAGGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTTATTGCCAAAAAAAA
444 ACAGATAATAGTTGAATGTCTG-C-CAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATTGAC-AAGAAAA
*
24839 GCCC
506 GTCC
** * *** * **
24843 ATTTATAGTTATC-CATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCTTTTTATATTATTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCGTCTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * * ***
24907 ATTGATTTTAAGATGAATTTTTTGATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT-GAATGTCTGTTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAGATAAT-ATTAGAATGTCTACCT
* * * * ** * * *
24971 CTGA-AAACGTAATGCAAAAGTCATCCATTGACAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACCTAAGCCTT
129 -TGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTT
* * * * * * *
25035 TGAAAGCGTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTT-AAAT-TT
193 CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATT
* *
25098 TTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATT
258 TTTACATTTTT--TTAAAATATATTATAATT
25129 TAATATCTGG
Statistics
Matches: 4190, Mismatches: 971, Indels: 587
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
504 6 0.00
505 109 0.03
506 283 0.07
507 9 0.00
508 22 0.01
509 282 0.07
510 992 0.24
511 630 0.15
512 673 0.16
513 274 0.07
514 123 0.03
515 326 0.08
516 17 0.00
517 9 0.00
518 2 0.00
519 3 0.00
521 3 0.00
523 1 0.00
524 1 0.00
525 1 0.00
526 6 0.00
527 4 0.00
528 2 0.00
529 4 0.00
530 6 0.00
531 1 0.00
532 7 0.00
534 3 0.00
535 4 0.00
538 3 0.00
539 5 0.00
540 6 0.00
541 8 0.00
542 13 0.00
543 8 0.00
544 4 0.00
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546 4 0.00
549 10 0.00
550 5 0.00
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553 1 0.00
554 9 0.00
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557 5 0.00
558 2 0.00
559 1 0.00
560 1 0.00
561 2 0.00
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565 2 0.00
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570 50 0.01
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573 50 0.01
574 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (509 bp):
ATTTATAGTCGTCTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATATTAGAATGTCTACCTTG
AGAAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTT
ACATTTTTTTAAAATATATTATAATTGAATCTTCACTTCAAGAAACATGAAGAAAAATCATCCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGA
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTATTCTTTTAGTTACAACAGATAATAGT
TGAATGTCTGCCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCC
Found at i:22154 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21602--25356 Score: 1829
Period size: 171 Copynumber: 22.1 Consensus size: 170
21592 GCTTTATAAC
** * **
21602 CCATTTATAGTCGCTTAAGT-CTTCGAAAGCCCCATTACAT-GCTTTAAATAATTTTATAATCTC
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
********** * * * *
21665 ATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA-TAGTATTTGAATGTCTAC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-ATTAAAATATATTA-TAATTGAATGTCTA-
* * *
21729 CTT--GTAAAACATGAAG-ACAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
127 CTTCAG-GAAACATGAAGCA-AAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** * * * * *
21772 CAATCTATAGTCACCCATG-CCTAT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTCTAAAATCTC
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
21835 ATAATTGCA-TTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAAGTCG
65 ATAATTG-ATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
* ** * * *
21899 ACCTTGA-GAAATGTGAAGCAAAAGTTATCTATTGACAA-AGAAAGT
126 A-CTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGA-AAAGT
* * *
21944 CCATTTATAGTCGCTTAAG-CCTTCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCA
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
22008 TAATTGATTTTAAGTAT-AATTTCTTTCCATTTTCTCTTAAAACATATTATAGTTGAATGTCTAC
66 TAATTGATTTTAAGT-TGAATTT-TTTACATTTT-TATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
* * * **
22072 TTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTTATCAATTGAAAAGAAAAGT
128 TTCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** ** * *******
22115 CTATTTATAGCCACTTAAGTCCTT-GAAAGCCCCATTACTCGTTTTAAACGGTTTTATNNNNNNN
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
*** * * * * * * * *
22179 NNNTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTAAATGGCTAG
66 TAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-
* * * ** **
22243 CTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCA-CTCATTGAAAAGAAAANN
127 CTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATC-CATTGGCAAGAAAAGT
******** * * ** * ** *
22286 NNNNNNNNATTC-ATCCA-TGCCTTCGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
** * * *
22349 ATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAATATATTATAATTGAATGTCTGCT
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACT
** * *
22414 TCAGGAAATGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
129 TCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
22456 CTATTTATAGTCGCTTAAAT-CTTCCG-AAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCAT
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTT-CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-T
* * * *
22519 -ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAGAATATATTATAGTTGAATGTCTG
64 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-
* * * * * *
22583 TCTTGA-GAAACGTGAAGCAAATGTTATCCATTGACAAGAAAAGT
126 ACTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* *
22627 CCATTTACAATCGCTTAAGT-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGG-TTT-T-A--T-
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * *
22684 ATAATTCATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTCGATTAAAACAGATGATAGTTAAATGTCTAC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTT-TATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
* * * *
22749 ATT--GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
128 -TTCAGG-AAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* ** * * *
22792 CCATCTATAGTCGCCCATG-ACTTCGAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTT-TCAATCTC
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTC
* *
22855 ATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTACAGTTTTTATTAAAATATATTATAATTGATTGTCTACC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-C
* * *
22920 TT-AGAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGTCAAGAAAAGT
128 TTCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
********** * * *
22962 CCATTTATAGTCGCTT-ANNNNNNNNNNAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCAT-
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TC
* * *
23025 ATAATTGTTTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
* ** * *
23090 CTCA-GAAATGTGAAGCAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGT
128 TTCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
23132 CTATTTACAATCGCTTAAGT-CTTCGGAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTC
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * ** * * ** * *
23195 ATAATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTCGATTAAAGCAGATAATGCTTGAGTGTCTACA
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT-TATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACT
* * * * * ** *
23260 TCAGGAAACGTTAAGAAAAAGCCATTCATTCTCAAGAAGAGT
129 TCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* ** ** * * * * **
23302 CCATCTATAGTTACCCATG-CCTTCGAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATAGTTATATAATCTTG
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
23366 TAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTACAATTGAATGTTTGCT
66 TAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACT
* * * *
23431 TCAAGAAATATGAA-TAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
129 TCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
23472 CTATTTATAGTCGCTTAAGT-CTTC-AAACGCCTTACTGCTCACTTTAAATGGTTTTGTAA-CAT
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-T
** * * * * *
23534 TGTAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTATAATTTTT-TTAAAATATATTATAATTAAATATCTG
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** *
23598 CCCCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGT
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* * * ** *
23642 CCATTTTTCGTCGCTTAAAT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGATTTTATAATCTC
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* ** * *
23705 ATAATTCATTTTAAGTAAAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * *
23770 ATT-AGAAAACACGAAG-AAAAATCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
128 -TTCAGGAAACATGAAGCAAAAGT-CATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * ** *
23813 CCATTTATAGTCCCCCATAA---CTTCAAAAGCCTTCTTTTTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
1 CCATTTATAGT--CGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * *
23875 CAAAATTGATTTTAAGATGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTG
64 CATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-
* * * * **
23940 CCTT--GGAAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCACTATCAAGAAAAGT
126 ACTTCAGG-AAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** ***************
23984 CCACTTATAGCCGCTTAAGT-CTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-NNNNNNNNNNNNNNN
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
****** * * * * * *
24047 NNNNNNATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTACA
66 TAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC-
* ** * * *
24112 TT--GGAAAACATGAAGAAAAAACCATCTATTGGGATGAAAAGT
128 TTCAGG-AAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* ** * **
24154 CCATTTATAGTCACCGAAG-CCTTTGAAAGCCTTATTA-T-AGGCTTTAAATTATTTTATAATCT
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA--CTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * *
24216 CACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATATCT
64 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT-TACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
* * * * ** *
24281 GGCTTGA-AAAACATAAAAAG-AAAA--CAATTTACTGGCAAGAAAAGT
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* * ** * * ** * *
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1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * *
24390 TTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTAGTGAAAATAGATTATAATTGAATTTCTGCC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACT
* * * *
24455 TCAGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGT
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* * * * * * ** * **********
24497 TCAGTTATATTCAC-TCA-TACCTTCAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTC
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * * * *
24560 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATATTTAGTTACAACAGATAATATTTGAATATTTA
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA
* ** ** * *
24625 CCTCAAAAAATGTGAAGACAAAACT-ATTCATTGGCAAGAAAA-T
127 CTTCAGGAAACATGAAG-CAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** * * *
24668 ATCATTTATAATCACCCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTGCTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTC
1 -CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * * * *
24732 ATTAA-TGATTTTAACTTGAATTTTTTTATACTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTAAATGTCTG
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** ** * ** * * *
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127 CTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGTC-ATCCATTGGC-AAGAAAAGT
** * * * ** * **
24841 CCATTTATAGT-TATCCATGT-CTTTGAAAGCCTTATTACTCTTTTTATATTATTTTATAATCTC
1 CCATTTATAGTCGCT-TAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * **
24904 ATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTGATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGT
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * *
24969 TTCTGAAAACGT-AATGCAAAAGTCATCCATTGACAAAAAAAGT
128 TTCAGGAAACATGAA-GCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
** * * * * * *
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1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * **
25076 CAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTTAATATCTGGTT
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTT
* * * * *
25141 -AGAAAAAATTAA--AAAA---A--AATTGACAAGAAAAGT
130 CAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* ** * ********** * *
25174 CCATTTATAGTCACCCATG-NNNNNNNNNNCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTA
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * ** * * * *
25238 TTATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATT-TTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-AC
*
25303 TT-AGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGTCAAGAAAAGT
128 TTCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
25345 CCATTTATAGTC
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Statistics
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Consensus pattern (170 bp):
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TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTC
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Found at i:23297 original size:340 final size:336
Alignment explanation
Indices: 21602--25356 Score: 1460
Period size: 343 Copynumber: 11.0 Consensus size: 336
21592 GCTTTATAAC
* ** *
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********** * * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * *
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1 CCATTTATAGTCGCTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCAT-
* * * * * *
22007 ATAATTGATTTTAAGTAT-AATTTCTTTCCATTTTCTCTTAAAACATATTATAGTTGAATGTCTA
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* * * ** * ** * *
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* ** * * ********** *
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190 CTTCGGAAGCCTTATTACTCGATTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-T
* * * * * * * * * *
22200 TTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAT-TTAAATGGCTAGCTTGA-GAAACATGAAGAAA
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* ** **
22262 AAGCCA-CTCATTGAAAAGAAAANN
313 AAGTCATC-CATTGTCAAGAAAAGT
******** * * * * * * * *
22286 NNNNNNNNATTC-ATCCATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAAAATC-TC
1 CCATTTATAGTCGCT-TAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCAT-
**
22349 ATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTCT-TT-AAATATATTATAATTGAATGTCTG
64 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-TATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG
* * *
22412 CTTCAGGAAATGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAATC
127 CTTCA-GAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTC
* * * *
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191 TTCGGAAGCCTTATTACTCGATTTAAATG-TTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTT-GATT
* * * *
22541 TTTTTACATTTTTTG-TTAGAATATATTATAGTTGAATGTCTGTCTTGA-GAAACGTGAAGCAAA
253 TTTTTACA-GTTTTGATTA-AATATATTAT-GTTGAATGTCT-ACATCAGGAAACGTGAAGCAAA
* * *
22604 TGTTATCCATTGACAAGAAAAGT
314 AGTCATCCATTGTCAAGAAAAGT
* * * * *
22627 CCATTTACAATCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATG--GTT-T--T-ATAT
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCATAT
* ** * * * * * *
22686 AATTCATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTCGATTAAAACAGATGATAGTTAAATGTCTACAT
66 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-T
* * * * * * ** * *
22751 T-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCGCCCATGACTT
129 TCAG-AAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTT
* * * *
22815 CGAAAGCCTTATTACTC-ACTCTAAATGGTTTT-TCAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTT
193 CGGAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAAT-GTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTT
* * * * * *
22878 TTTACAGTTTTTATTAAAATATATTATAATTGATTGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGTC
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318 ATCCATTGTCAAGAAAAGT
********** *
22962 CCATTTATAGTCGCTTANNNNNNNNNNAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCATAT
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCATAT
* * *
23027 AATTGTTTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT
66 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTT
* * ** * * *
23092 CAGAAATGTGAAGCAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAATCGCTTAAGTCTTCG
130 CAGAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCG
*
23157 GAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTA
195 GAAGCCTTATTACTCGATTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTA
* * * * * * * *
23222 CA-TTTTCGATTAAAGCAGATAATGCTTGAGTGTCTACATCAGGAAACGTTAAGAAAAAGCCATT
259 CAGTTTT-GATTAAA-TATATTATG-TTGAATGTCTACATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATC
* *
23286 CATTCTCAAGAAGAGT
321 CATTGTCAAGAAAAGT
* ** ** * * * * * *
23302 CCATCTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCACTTTAAAT-AGTTATATAATCTTG
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCATA
* * *
23366 TAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTACAATTGAATGTTTGCT
65 TAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCT
*
23431 TCAAGAAATATGAA-TAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTT
129 TC-AGAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTT
* * * * ** *
23495 C-AAACGCCTTACTGCTC-ACTTTAAATGGTTTTGTAA-CATTGTAATTGATTTTAAGTTGAGCT
193 CGGAA-GCCTTATTACTCGA-TTTAAAT-GTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGA-TT
* * * * * * * ** *
23557 TTTTTATAATTTT-TTTAAAATATATTATAATTAAATATCTGCCCCAGGAAACATGAAGCAAAAG
253 TTTTTACAGTTTTGATT-AAATATATTAT-GTTGAATGTCTACATCAGGAAACGTGAAGCAAAAG
23621 TCATCCATTGGT-AAGAAAAGT
316 TCATCCATT-GTCAAGAAAAGT
* * ** ** *
23642 CCATTTTTCGTCGCTTAAATCTTTAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGATTTTATAATC-TCA
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCAT-A
* ** * * * *
23706 TAATTCATTTTAAGTAAAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACA
65 TAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-
* * * * * * * *
23771 TT-AGAAAACACGAAGAAAAATCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCCCATAA--
128 TTCAG-AAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT--CGCTTAAGT
** * ** * * *
23833 CTTCAAAAGCCTTCTTTTTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATGATTT
190 CTTCGGAAGCCTTATTACTCGATTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-TT
* * * * * * *
23898 TTTTTACATTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATATCTGCCT-TGGAAAACGTAAAGCAAA
253 TTTTTACA-GTTTTGATT-AAATATATTAT-GTTGAATGTCTACATCAGG-AAACGTGAAGCAAA
* *
23961 AGTCATCCACTATCAAGAAAAGT
314 AGTCATCCATTGTCAAGAAAAGT
* * * * * ****************
23984 CCACTTATAGCCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-NNNNNNNNNNNNNNNN
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCATAT
***** * * * * * * *
24048 NNNNNATTTTAAGTTAGATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTACA
66 AATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-
* * * * * * * * ** *
24112 TT-GGAAAACATGAAGAAAAAACCATCTATTGGGATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGAAGCCT
128 TTCAG-AAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCT
* * * * * *
24176 TTGAAAGCCTTATTA-TAGGCTTTAAATTATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTT
192 TCGGAAGCCTTATTACT-CGATTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTT
* * * * * * * * * * * *
24240 TTTATATATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATATCTGGCTTGA-AAAACATAAAAAG-AA
254 TTT-TACAGTTTTGATT-AAATATATTAT-GTTGAATGTCT-ACATCAGGAAACGT--GAAGCAA
** * *
24303 AA--CAATTTACTGGCAAGAAAAGT
313 AAGTC-ATCCATTGTCAAGAAAAGT
* * ** * * ** * *
24326 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGTTTTATTACTCGCTTTAGATGGTTTTATAATC-TCA
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCAT-A
* * * * * * *
24390 TTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TATATTGTTAGTGAAAATAGATTATAATTGAATTTCTGC
65 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC
* ** * * * * * * *
24454 CTCAGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGT-TCAGTTATATTCACTCATA-C
128 TTCA-GAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCGCTTA-AGT
** ** * *********
24517 CTTCAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
190 CTTCGGAAGCCTTATTACTCGATTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-T
* * * * * * ** *
24582 TTTTTTTCA-TATTT-AGTTACAACAGATAATAT-TTGAATATTTACCTCAAAAAATGTGAAGAC
252 TTTTTTACAGT-TTTGA-TT--AA-ATATATTATGTTGAATGTCTACATCAGGAAACGTGAAG-C
* * *
24644 AAAACT-ATTCATTGGCAAGAAAA-T
311 AAAAGTCATCCATTGTCAAGAAAAGT
* * * ** * * ** *
24668 ATCATTTATAATCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTGCTCAATTTAAATGGTTTTATAATC-TC
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* * * * * * * *
24732 ATTAA-TGATTTTAACTTGAATTTTTT-TATACTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTAAATGTCT
64 A-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
** * * ** * * * * ** * *
24795 GCCACAGGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTTATTGCCAAAAAAAAGCCCATTTATAGT-TATCCAT
126 GCTTCA-GAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCT-TAA
* * ** * * *
24859 GTCTTTGAAAGCCTTATTACTCTTTTTATATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAA
188 GTCTTCGGAAGCCTTATTACTCGATTTA-AATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A
* * * * * *** * *
24924 TTTTTTGATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTTTCTGAAAACGT-AATGCAA
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* *
24988 AAGTCATCCATTGACAAAAAAAGT
313 AAGTCATCCATTGTCAAGAAAAGT
** * * * * * *
25012 TTATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCGTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCA
1 CCATTTATAGTCGCTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCAT-A
* * ** * * * * *
25076 CAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTTAATATCTGGTT
65 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTT
* * * * * ** * *****
25141 -AGAAAAAATTAA-AAAAA---A---ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGNNNNN
130 CAG-AAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTC
***** * * *
25198 NNNNNCCTTATTACTC-ACTTTAAATGATTTTATAATCTTATTATTGATTTTAAGTTGAATGTTT
194 GGAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTT
* * * * * * * * * *
25262 TTATA-TTGTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTC
256 TTACAGTT-TTGAT-TAAATATATTAT-GTTGAATGTCTACATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGTC
25326 ATCCATTGTCAAGAAAAGT
318 ATCCATTGTCAAGAAAAGT
25345 CCATTTATAGTC
1 CCATTTATAGTC
25357 ACCCATACCT
Statistics
Matches: 2592, Mismatches: 679, Indels: 293
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
332 4 0.00
333 144 0.06
334 14 0.01
335 137 0.05
336 114 0.04
337 6 0.00
338 1 0.00
339 30 0.01
340 523 0.20
341 539 0.21
342 426 0.16
343 554 0.21
344 92 0.04
345 8 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
CCATTTATAGTCGCTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCATAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTC
AGAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGG
AAGCCTTATTACTCGATTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACA
GTTTTGATTAAATATATTATGTTGAATGTCTACATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTG
TCAAGAAAAGT
Found at i:24755 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 24555--25100 Score: 440
Period size: 172 Copynumber: 3.2 Consensus size: 171
24545 NNNNNNNNNN
* * *
24555 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TTCATATTTAGTTACAACAGATAATATTTGAA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAC-T-TTTAGTTAAAACAGATAATATTTAAA
* * * * *
24619 TATTTACCTCAAAAAATGTGAAGACAAAA-CTATTCATTGGCAAGAAAATA-TCATTTATAATCA
64 TATCTACCACAAAAAATGTGAAGA-AAAAGCTATTCATTGCCAA-AAAAAACCCATTTATAATCA
* *
24682 CCCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTGCTCAATTTAAATGGTTTTATA
127 CCCAAGTCTTT-GAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGATTTTATA
*
24727 ATCTCATTAA-TGATTTTAACTTGAATTTTTTTATACTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTAAAT
1 ATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATACTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTAAAT
* * ** * * * *
24791 GTCTGCCACAGGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTTATTGCCAAAAAAAAGCCCATTTATAGTTATC
65 ATCTACCACAAAAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGCCAAAAAAAA-CCCATTTATAATCACC
* ** * *
24856 CATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCTTTTTATATTATTTTATA
129 CAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGATTTTATA
* * * * * * * * * *
24899 ATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTGATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATACTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTAAATA
**** ** * * * * **** *
24964 TCTGTTTCTGAAAACGT-AATGCAAAAG-TCATCCATTGACAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACC
66 TCTACCACAAAAAATGTGAA-GAAAAAGCT-ATTCATTGCCAAAAAAAACCCATTTATAATCACC
* * * * ** *
25027 TAAGCCTTTGAAAGCGTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATA
129 CAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGATTTTATA
* *
25070 ATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
25101 ACATTTTTGG
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 63, Indels: 19
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.03
171 132 0.44
172 152 0.50
173 9 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATACTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTAAATA
TCTACCACAAAAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGCCAAAAAAAACCCATTTATAATCACCCA
AGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGATTTTATA
Done.