Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398667.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1951.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4475
ACGTcount: A:0.28, C:0.09, G:0.10, T:0.26
Warning! 1235 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2399 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 591--2461 Score: 1511
Period size: 343 Copynumber: 5.5 Consensus size: 343
581 NNNNNNNNNN
* * * *
591 AAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGA
1 AAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * ********** * * *
656 AGGACTAGGTGACTATAAATGGACTTTTNNNNNNNNNNAATGGCTTTTTCTAT-A-GGTTTCCTA
66 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTTCT-TCACGTTTTCC-G
* * * * *
719 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAGAATGGAAAAACATTTAACTTAAAATCAATT
129 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAATGAAGAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
********** * * ** *
784 ATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGCAACTATAAATGG
194 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAG
* * * * * * * *
849 ACTTTTTCAGCCAATAAATGACATTTTCTCCATGTGTCATGAGGTAGACACTCAATTGTAATATG
259 ACTTTTTTAGCCAATGAATGACTTTTTCTCTACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATATG
*
914 TTTTAACCAAAAATGTAAAA
324 TTTTAACAAAAAATGTAAAA
* * **********
934 AAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATANNNNNNNNNN
1 AAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
*** * * * * *
999 NNNAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATACCATTTGCTTCATGTATTT-TG
66 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT-TTTCCG
* ********** *
1062 AGGTAGACATTTAATTATAATCTGTNNNNNNNNNNAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAACCAAT
129 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAATGAAGAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
1127 TATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATATATA
193 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATA
* * * * *
1192 GACTTTTCTTA-CAAATGAAT-ATTTTTTGCT-TCACATTTCTTGGGGTAGACATTCAATTATAA
258 GACTTTT-TTAGCCAATGAATGACTTTTT-CTCT-ACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAA
* * *
1254 TCTGTTTTATA-AAAAAATATTAAA
320 TATGTTTTA-ACAAAAAATGTAAAA
* * ** *
1278 AAAATTAAACTTAAAATCGATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAA
1 AAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * **
1343 AAGAATGGGTGACTA-ATAATGGATTTTTTTTCTTAATGAATGGC-TTTT-TTCATATATTTCCT
66 AGGAATGGGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGT-TTTCC-
* * * * *
1405 GAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGATGAATGTAAACAAATTCAACTTAAAAACAAT
128 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAATGAAGAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
1470 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATA
193 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATA
* * * * * *
1535 GACTTTTCTT-GTCAATGAAT-ATCTTTTTATGCTTA--TTTCACGAGGCAAACAGTCAATTATA
258 GACTTTT-TTAGCCAATGAATGA-CTTTTTCT-C-TACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATA
* *
1596 ATATGTTTTAATAAAAAATATAAAA
319 ATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
* * * * * *
1621 CAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAAAGTTTTTGA
1 AAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
1686 AGGAGTGGGTGACTATAAAT-AATCTTTTC-TCACCTATGAATGCCTTTTTCTTCAC-TTTTCTT
66 AGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTC-TCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTTC-C
* ** * * * *
1748 GAGGTAGAC-CTCGAATTATAATCTG-TTCGAACCAATG-ATATAAAAAATATTGAACCTGAAAT
128 GAGGTAGACATTC-AATTATAATCTGTTTC-AATGAA-GAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAAT
* * *
1810 CAATTAT-AGGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATCA-GAGACT
189 CAATTATGA-GATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACT
* * ** * * *
1872 ATAAAT-GTACTTGTTCT-GCCAGTGAATGTTTTTTTCT-TCATGTTTCATAAGGTACACATTCA
251 ATAAATAG-ACTT-TTTTAGCCAATGAATGACTTTTTCTCT-ACGTTTCATGAGGTAGACATTCA
* * *
1934 ATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA
313 ATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
* * * * *
1964 AAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGA
1 AAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* ** * * * *
2029 AGGATTGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTCTCAATGAATACCTTTTCCTACACGTTTTCCAAG
66 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTTCCGAG
* * * * * *
2094 GCAGACATTTAATTATAGTTTGTTTCAATGAAGAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAC
131 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAATGAAGAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
2159 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGATTATAAATAGAC
196 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * *
2224 TTTTTTAGCTAGTGAATGCCTTTTTCTCTACGTGTCATGAGGTCA-ACGTTCAATTATAAT-TTT
261 TTTTTTAGCCAATGAATGACTTTTTCTCTACGTTTCATGAGGT-AGACATTCAATTATAATATGT
2287 TTTAACAAAAAATGTAAAAA
325 TTTAACAAAAAATGT-AAAA
* * *
2307 AAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * *
2372 AGGAATAGGTGAATATAAATGGACTTTTC-TCACCAACGAATGCCTTTTTCTTCATG-TTTCTCA
66 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-TCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTTC-CG
* *
2435 ATGTAAACATTCAATTATAATCTGTTT
129 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
2462 AAATCGATAA
Statistics
Matches: 1196, Mismatches: 277, Indels: 110
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 20 0.02
342 138 0.12
343 641 0.54
344 383 0.32
345 13 0.01
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (343 bp):
AAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTTCCGAG
GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAATGAAGAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGAC
TTTTTTAGCCAATGAATGACTTTTTCTCTACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTT
TTAACAAAAAATGTAAAA
Found at i:2481 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 591--2483 Score: 1344
Period size: 172 Copynumber: 11.0 Consensus size: 172
581 NNNNNNNNNN
* *
591 AAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * ********** * * *
656 AGGACTAGGTGACTATAAATGGACTTTTNNNNNNNNNNAATGGCTTTTTCTAT-AGGTTTC-CTA
66 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTC-G
* * * *
719 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAGAATG-GAAA
129 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
* * ********** **
762 AACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * ** * * * * *
827 AGAAATAGGCAACTATAAATGGACTTTT-TCAGCCAATAAATGACATTTTCTCCATGTGTCAT-G
66 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCA-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TCG
* * * *
890 AGGTAGACACTCAATTGTAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
129 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
* * * * **********
934 AAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATANNNNNNNNNN
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
*** ** * * * *
999 NNNAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCATTTGCTTCATGTATT-TTGA
66 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGT-TTCTCGA
* **********
1063 GGTAGACATTTAATTATAATCTGTNNNNNNNNNNAATGTAAAA
130 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
* * *
1106 AAAATTCAACTTAAAACCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * ** ** * *
1171 AGGAATAGGTGACTATATATAGACTTTTCTTACAAATGAAT-ATTTTTTGCTTCACATTTCTTGG
66 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAATGCCTTTTT-CTTCATGTTTCTCGA
* * *
1235 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATAAAAAAATATTAAA
130 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-CAAAAATGTAAAA
* * * * ** *
1278 AAAATTAAACTTAAAATCGATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * ** * * *
1343 AAGAATGGGTGACTA-ATAATGGATTTTTTTTC-TTAATGAATGGCTTTTTTCAT-ATATTTC-C
66 AGGAATGGGTGACTATA-AATGGA-CTTTTCTCACCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * **
1404 TGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGATGAATGT-AAA
128 -GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
* * * **
1449 CAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* *** ** * * * * *
1514 AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTATGCTTATTTCACGAG
66 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAG
* * * * * *
1579 GCAAACAGTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAA
131 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
* * * * * * *
1621 CAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAAAGTTTTTGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * *
1686 AGGAGTGGGTGACTATAAAT-AATCTTTTCTCACCTATGAATGCCTTTTTCTTCACT-TTTCTTG
66 AGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTCACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCG
* ** * ** *
1749 AGGTAGAC-CTCGAATTATAATCTGTTCGAACCAATGATATAAAA
129 AGGTAGACATTC-AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
* * * * *
1793 AATATTGAACCTGAAATCAATTAT-AGGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTT
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
** * * * * **
1856 GAAGGAATCAGAGACTATAAATGTACTTGTTCT-GCCAGTGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCAT
64 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTCACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-T
* * * * *
1920 -AAGGTACACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA
127 CGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
* * * *
1964 AAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* ** * * * * * *
2029 AGGATTGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTC-TCAATGAATACCTTTTCCTACACGTTT-TCCA
66 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TCACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-CG
* * * * * * *
2092 AGGCAGACATTTAATTATAGTTTGTTTCAATGAAGAATGT-AAA
129 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
* * * * *
2135 AAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTCGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * * *
2200 AGGAATGGGTGATTATAAATAGACTTTT-TTAGCTAGTGAATGCCTTTTTC-TCTACGTGTCAT-
66 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCA-CCAATGAATGCCTTTTTCTTC-ATGTTTC-TC
* *
2262 GAGGTCA-ACGTTCAATTATAAT-TTTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAA
128 GAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGT-AAAA
* *
2307 AAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
2372 AGGAATAGGTGAATATAAATGGACTTTTCTCACCAACGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAT
66 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAG
* * * * *
2437 GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAATCGATAATATAAAA
131 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
2479 AAAAT
1 AAAAT
2484 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1334, Mismatches: 335, Indels: 105
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 27 0.02
171 514 0.39
172 748 0.56
173 36 0.03
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAG
GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
Found at i:3675 original size:58 final size:57
Alignment explanation
Indices: 3577--3688 Score: 134
Period size: 58 Copynumber: 1.9 Consensus size: 57
3567 CTTAAAATCG
* ** ** * *
3577 ACTATAATTGAATGGCTGGCTTAGGAAACATGTAGGAAAAGCTCTTCATTGAGAACAA
1 ACTATAATTGAATGGCTGCCTTAAAAAACATGTAAAAAAAG-TATTCATTAAGAACAA
* *
3635 ACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACGTGTAAAAAAAGTATTCATTAAGAA
1 ACTATAATTGAATGGCTGCCTTAAAAAACATGTAAAAAAAGTATTCATTAAGAA
3689 GAAAAATCTA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 9, Indels: 1
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
57 11 0.24
58 34 0.76
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (57 bp):
ACTATAATTGAATGGCTGCCTTAAAAAACATGTAAAAAAAGTATTCATTAAGAACAA
Done.