Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398673.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1959.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3936
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.09, T:0.27
Warning! 1081 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:378 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1075 Score: 1122
Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 171
* * * * * * **
1 TGACTCTAAATAGACTTTTCTTATCAATGAAT-GCTTGTTTCTTCACGTTTCTCAG-GGTAGCCA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTT-TTTCTGCATGTTTCT-AGAGATAAACA
* * * *
64 TTTAATTATAGTATGTTTTAATCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
64 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAACATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
128 ATAAAACCATTT-AAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAG
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAG
** * ** * * *
171 CAACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAACCAATGGCTTTTTCTGCATGTTTATAGATATAAACGTT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCTAGAGATAAACATT
* * *
236 CAATTATTA-TCTATTTTAAAAAAATATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTAT
66 CAATTA-TAGTCTGTTTTAAAAAAACATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
300 AGAATCATTTAAAGCAAGGAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
130 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAG
* * *
342 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTGCATGTTTATCA-AGATAAACAA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCT-AGAGATAAACAT
* ** *
406 TCAATTATTGTCTGTTTTATCAAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
65 TCAATTATAGTCTGTTTTAAAAAAACATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
471 AAAACCGTTTAGAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAGGAATGGG
130 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAG
* * * * * ** * * **
513 TGTCTCTAAATAGACTTTTCTTGC-CGATGAAT-GCTTGTTTCTTCACATTTCTTGAAATAGTCA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTT-TTTCTGCATGTTTCTAGAGATAAACA
* **
576 TTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAGTCTGTTTTAAAAAAACATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
640 TAAAACCATTTAAAGTGAGTTATAAGCCTTTTGAAGAAATTG-G
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAA-TGAG
* * * **
683 TGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTT-TGCACT-TTTCTTGAGGTAGGCAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTGCA-TGTTTCTAGAGATAAACAT
* * * *
746 TTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
65 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAACATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
810 TAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAG
* * * * ** * * **
853 TGATTATAAATGGACTTTTTTTCTTAATGCATAGGCTTTTTCTGCACATTTCCCA-AGGTAAGTA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GGCTTTTTCTGCATGTTT-CTAGAGATAAACA
* *
917 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAACA-GTAAAAAAATTCAA-TTAAAAATCAATTATAAGAT
64 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAACATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
980 TATAAAACCATTAAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTAAAAGAATAAG
127 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAG
*
1025 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTT-TGCATGTTTCT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCT
1076 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 129, Indels: 45
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 45 0.06
170 310 0.41
171 262 0.35
172 135 0.18
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCTAGAGATAAACATT
CAATTATAGTCTGTTTTAAAAAAACATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAG
Found at i:636 original size:341 final size:335
Alignment explanation
Indices: 1--1076 Score: 1218
Period size: 341 Copynumber: 3.2 Consensus size: 335
* * * * * * *
1 TGACTCTAAATAGACTTTTCTTATCAATGAAT-GCTTGTTTCTTCACGTTTCTCAGGGTAGCCAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTT-TTT-TGCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
*
65 TTAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
64 TTAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ***
130 AAAACCATTTAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGCAACTATAAATGGACTTTTTTTCT
129 AAAACCATTTAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGAATGAGTGTCTATAAATGGACTTTTTTTCT
** ** * * ** * * *
195 CAACCAATGGCTTTTTCTGCATGTTTATAGATATAAACGTTCAATTATTA-TCTATTTTAAAAAA
193 CAATGAAT-GCTTTTTCTGCACATTTCTAGAAATAGTCATTCAATTA-TAGTCTGTTTT-AACAA
* * *
259 ATATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAGAATCATTTAAAGCAAGGAATAA
255 A-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGGAATAA
*
324 GGCTTTTGAAGGAATGAG
318 GCCTTTTGAAGGAATGAG
* * * *
342 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTGCATGTTTATCAAGATAAACAAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGC-TTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
* *
407 CAATTATTGTCTGTTTT-ATCAAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
65 TAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
471 AAAACCGTTTAGAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAGGAATGGGTGTCTCTAAATAGACTTTTCTTG
129 AAAACCATTTA-AGCGAGTAATAAGC-TTTTGAAGGAATGAGTGTCTATAAATGGACTTTT-TTT
* * * *
536 C-CGATGAATGCTTGTTTCTTCACATTTCTTGAAATAGTCATTCAATTATAGTATGTTTTAATCA
191 CTCAATGAATGCTT-TTTCTGCACATTTCTAGAAATAGTCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CA
* **
600 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTTATAA
254 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAGGAATAA
*
665 GCCTTTTGAAGAAATTG-G
318 GCCTTTTGAAGGAA-TGAG
* ** *
683 TGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTGCACT-TTTCTTGAGGTAGGCATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTGCA-TGTTTCTCAAGGTAGACATT
* *
747 TAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
65 TAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
812 AAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAT-TATAAATGGACTTTTTTTC
130 AAACCATTT-AAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGAGTG-TCTATAAATGGACTTTTTTTC
* * * **
876 TTAATGCATAGGCTTTTTCTGCACATTTCCCA-AGGTAAGT-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
192 TCAATG-A-ATGCTTTTTCTGCACATTT-CTAGAAAT-AGTCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
* * * *
939 AAAAACAGTAAAAAAATTCAA-TTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGCGGGTA
253 -AAAATA-TAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGG-A
* * *
1003 ATAAGCCTTTTAAAAGAATAAG
314 ATAAGCCTTTTGAAGGAATGAG
*
1025 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTTGCATGTTTCTC
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTGCATGTTTCTC
1077 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 620, Mismatches: 88, Indels: 53
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 132 0.21
341 277 0.45
342 203 0.33
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (335 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAGACATTT
AATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAGCGAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGTCTATAAATGGACTTTTTTTCTCAA
TGAATGCTTTTTCTGCACATTTCTAGAAATAGTCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAATATA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGGAATAAGCCTTTTG
AAGGAATGAG
Found at i:2914 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2515--3464 Score: 988
Period size: 169 Copynumber: 5.7 Consensus size: 168
2505 NNNNNNNNAT
* * * *
2515 AGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
2580 TTAATTTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACATACAACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAT
66 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* *
2645 AT-CAAGAAACAAGCATTCATTGATAAAGAAAAGTCCATTTAG
130 GTGC---AAACAAGCATTCATTGAGAAA-AAAAGTCCATTTAG
*
2687 AGTCACCCATTCCTTCAGAAA-GCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
1 AGTCACCCATTCCTTCA-AAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* *
2751 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGATTGTCTACCTCGAGAAAC
65 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* *
2816 GTGCAAAGAAGTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTAT
130 GTGCAAACAAG-CATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTAG
** * * * *
2856 AGTCACTTATTCCTTTAAAAGGTTTATTA-TCCGCTTTTAATGGCTTTATAATCTCATAATTGAT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
2920 TTTAAGTTTAATTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT-AA-----A-CT--TGCAA
65 TTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
*
2976 -----AAA-AAGCCATTCATT-AAAAAGAAAAGTCCATTTAG
129 CGTGCAAACAAG-CATTCATTGAGAAA-AAAAGTCCATTTAG
* * *
3011 AGTCACCCATTCCTTCAAGAGGTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
3076 TTAAGTTGAATATTTTAACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
66 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* ** **
3141 GTGAAGAAACAAGCATTCATTGACTAGGAAAGTCCATTTAG
130 GTG--CAAACAAGCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTAG
* * ** * *
3182 AGTCACCTATTCCTTTAGAAA-GCTTATTACTCGCTTTAAGCGGTTTTATAATTTCATAATTTAT
1 AGTCACCCATTCCTTCA-AAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
3246 TTTAAGTT-AAATATTTTATATTTTTTTTAAAACAGAATATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAAT
65 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * *
3310 GTGCAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
130 GTGC-AAACAAG-CATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTAG
* * * *
3351 TGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
3416 TCAAGTTGTATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGTCTATAATTGAAT
66 TTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
3465 ACTTACCTTG
Statistics
Matches: 649, Mismatches: 96, Indels: 67
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
154 10 0.02
155 113 0.17
156 6 0.01
161 4 0.01
162 2 0.00
163 2 0.00
164 4 0.01
168 13 0.02
169 206 0.32
170 57 0.09
171 142 0.22
172 87 0.13
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
AGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACG
TGCAAACAAGCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTAG
Found at i:3449 original size:495 final size:495
Alignment explanation
Indices: 2515--3460 Score: 1425
Period size: 495 Copynumber: 1.9 Consensus size: 495
2505 NNNNNNNNAT
* * * *
2515 AGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATT
* * *
2580 TTAATTTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACATACAACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAT
66 TTAAGTTGAATTGTTTAACATTTTTAATTAAAACATACAACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
2645 ATCAAGAAACAAGCATTCATTGATAAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAGAAAGC
131 ATCAAGAAACAAGCATTCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAGAAAGC
* *
2710 TTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
195 TTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATATTTTACATTT
* * * * *
2775 TTGTTAAAATAGACTATAATTGATTGTCTACCTCGAGAAACGTGCAAAGAAGTCATTCATTGAGA
260 TTGTTAAAACAGAATATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACGTGCAAAAAAGCCATTCATTGAGA
* * * *
2840 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTTAAAAGGTTTATTATCCGCTTTTAATGGCTTTAT
325 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCGCTTTTAATGGCTTTAT
* *
2905 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAAC
390 AATCTCATAATTGATTTCAAGTTTAATTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAAC
2970 TTGCAAAAAAAGCCATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTAG
455 TTGCAAAAAAAGCCATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTAG
* * *
3011 AGTCACCCATTCCTTCAAGAGGTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATT
* * * *
3076 TTAAGTTGAATAT-TTTAACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
66 TTAAGTTGAAT-TGTTTAACATTTTTAATTAAAACATACAACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
* * * * *
3140 CGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACT-AGGAAAGTCCATTTAGAGTCACCTATTCCTTTAGAAAG
130 CATCAAGAAACAAGCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAGAAAG
* * * *
3204 CTTATTACTCGCTTTAAGCGGTTTTATAATTTCATAATTTATTTTAAGTT-AAATATTTTATATT
194 CTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATATTTTACATT
* *
3268 TTTTTTAAAACAGAATATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAATGTGCAAAAAAAGCCATTCATTGA
259 TTTGTTAAAACAGAATATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACGTGC-AAAAAAGCCATTCATTGA
* * *
3333 GAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCGCTTTTAATGGTTTT
323 GAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCGCTTTTAATGGCTTT
*
3398 ATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGT-ATTTTTTTA-TATTTTTTATTAAAACAGTCTATAATT
388 ATAATCTCATAATTGATTTCAAGTT-TAATTTTTTTACT-TTTTTTATTAAAACAGACTATAATT
3461 GAATACTTAC
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 42, Indels: 11
0.88 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
494 53 0.13
495 212 0.53
496 136 0.34
497 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (495 bp):
AGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATT
TTAAGTTGAATTGTTTAACATTTTTAATTAAAACATACAACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
ATCAAGAAACAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAGAAAGCT
TATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATATTTTACATTTT
TGTTAAAACAGAATATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACGTGCAAAAAAGCCATTCATTGAGAA
AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCGCTTTTAATGGCTTTATA
ATCTCATAATTGATTTCAAGTTTAATTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAACT
TGCAAAAAAAGCCATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTAG
Done.