Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398683.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_197.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 102300
ACGTcount: A:0.23, C:0.08, G:0.08, T:0.23
Warning! 38468 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1897 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1515--1936 Score: 492
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
1505 NNNNNNNGGA
* * *
1515 GACTATAAAT-GAACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCCTTTATGTTTCTACAGGTAAACATT
1 GACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTACAGATAAACATT
* *
1579 CAATTATACTCTGTTTTAACTAAAAATCTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGAATATA
65 CAATTATACTCTGTTTTAACCAAAAATCTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATA
* *
1644 AAACTATTTAATGCGAGTAATAAGGGTTTTAAACGAATGGGT
130 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAACGAATGGGT
* * * * * * * * *
1686 GACTATAAATAGGCTTTTTTTGCTAGTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-ATGAGATAGACGTT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTA-CAGATAAACATT
* * *
1750 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCT-AAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTAT
65 CAATTATACTCTGTTTTAACCAAAAAT-CTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
* **
1814 AAAA-TATTTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTAAGGGAATGGGT
129 AAAACTA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAACGAATGGGT
* ** ** * * * *
1857 GACTATAAATAGACTTTTCCTACCAATGAATATTTTTTTCTTCACATTTCTAGAGCTACAGATTC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTACAGATAAACATTC
*
1922 AATTATAATCTGTTT
66 AATTATACTCTGTTT
1937 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 38, Indels: 10
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 201 0.97
172 4 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTACAGATAAACATTC
AATTATACTCTGTTTTAACCAAAAATCTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAACGAATGGGT
Found at i:2657 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2186--2764 Score: 535
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 171
2176 AGGCAGGCAA
* * * * * *
2186 TCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAATAGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGGTCA
1 TCAATTATAGTCTCTTTGAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
2250 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAA-AGAACTTTTCT
65 TAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTCTTCAAAGAATAGGAGACTATAAATAG-ACTTTTCT
* * * * * * * **
2314 T-CTAAATGAATAACCTTTTC-TACATGTTTCTC-AGGGCAGGCAT
129 TGAT-AATGAAT-GCTTTTTCATTCACGTATCTCGA-GGTAAACAT
* * * * * * *
2357 TCAAGTATAGTCTATTTTAACCAAATATTTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGAATAT
1 TCAATTATAGTCTCTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
2422 AAAATAATTTAAAACGAGTGATAAGGCTCTTGAAAGAATTGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTG
66 AAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTCTTCAAAGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * * * *
2487 -TCAATGGATGCTTTTTTATTCGCGTTTCTTGAGGTAAACAT
131 AT-AATGAATGCTTTTTCATTCACGTATCTCGAGGTAAACAT
* *
2528 TCAATTATTA-TCTCTTTGAACCAAAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTA
1 TCAATTA-TAGTCTCTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
2592 TAAAATCATTTTAATCGAGTAATAAGG-TTTTCAAAGAAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCT
65 TAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTCTTCAAAG-AATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * *
2656 TGATAATGAATGCTTTTTCCTTTATGTATCTCGAGGTAATCAT
129 TGATAATGAATGCTTTTTCATTCACGTATCTCGAGGTAAACAT
* * * ** *
2699 TCAATTATAGTTTGTTTTAACCATCAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTAT
1 TCAATTATAGTCTCTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
2764 A
66 A
2765 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 63, Indels: 18
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 14 0.04
171 311 0.93
172 11 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TCAATTATAGTCTCTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTCTTCAAAGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTG
ATAATGAATGCTTTTTCATTCACGTATCTCGAGGTAAACAT
Found at i:5161 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4831--5743 Score: 754
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 170
4821 TTGTCAGTAG
* * * * **
4831 ATGCTTTTTTATTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTACTTTAACCAAAAATGTA
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA
* * *
4896 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACTGTTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTT
66 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
4961 CGAAGAAATGGGAGACTATAAAAGGACTTTTCTTGACAATGA
130 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGA
* * * * * **
5003 ATG-CTTTTTCCTTTATGTTTCTCGAGGTAAATATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTACTAATGT
1 ATGCCTTTTT-CTTCATATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
5067 AAAAA-AGTTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTT
65 AAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
5131 TTAAATGG-ATGGGTCACTATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGA
129 TTGAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGA
* * * * * * * *
5174 ATGCCATATTCTTCATATTTCTC-ATGATAGACGTTTAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATAC
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCGA-GGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-G
* * * * * *
5238 T-AAAA-AATTCAACTTGAAGTCAACTACGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATATGGCT
64 TAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
5301 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTCT-CAATGA
128 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CT-TGCAATGA
* * * * * * * * * *
5345 ATGTCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGCTAGAGATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAATAAGGCA
1 ATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA
* * * *
5410 AAAACAATTGAACCTAAAATCAACTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGCCTT
66 AAAACAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** *
5474 TTGAAGGAATGATTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA
129 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGA
* * * * * ** * * * ** **
5517 TTGGC-TTTTCTTAGACATTTCT-GAGGCAGGCAATGAATTATAGTCTATTTTAATGAAAACCGT
1 ATGCCTTTTTCTT-CATATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
5580 AAAAA-AATTTAACTCAAAATCAATTTTGAGATCATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATACGACTT
65 AAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *** *
5644 TTGAAAGAATGGGTGACTACAAAAAAACTCTTCTT-CTAAATGA
129 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC--AATGA
* * * * **
5687 AT-CACTTTTTCTACATGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
1 ATGC-CTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
5744 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 592, Mismatches: 126, Indels: 47
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 91 0.15
171 342 0.58
172 153 0.26
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA
AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGA
Found at i:5558 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 4867--5743 Score: 874
Period size: 342 Copynumber: 2.6 Consensus size: 341
4857 GTAAACATTC
* * *
4867 AATTATAGTCTACTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATC-AGATTAT
1 AATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA-CGAGATTAT
** * * * * *
4931 AAAACTGTTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGGGAGACTATAAAAGGACTTTTCTTG
64 AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTC
* * * * * * * * *
4996 ACAATGAATGCTTTTTCCTTTATGTTTCTCGAGGTAAATATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAC
129 TCAATGAATGCTTTTT-CTTCATGTTTCTAGAGCTAGAGATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* * * * * * *
5061 TAATGTAAAAAAGTTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTGATAA
193 TAAGGCAAAAAAATTGAAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAA
* * * *
5126 GGCTTTTAAATGGATGGGTCACTATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGCCATATTCTTCATA
258 GCCTTTTAAATGGATGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCATATTCTTCACA
* ** *
5191 TTTCTCATGATAGACGTTT
323 TTTCTCATGACAGACAATG
* * * *
5210 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATACT-AAAAAATTCAACTTGAAGTCAACTACGAGATTATA
1 AATTATAGTCTATTTTAACTAAAAAT-CTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATA
* * * *
5274 AAATC-ATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTC
65 AAA-CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTC
** *
5338 TCAATGAATGTCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGCTAGAGATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
129 TCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGCTAGAGATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* *
5403 TAAGGCAAAAACAATTGAACCTAAAATCAACTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAT
193 TAAGGCAAAAA-AATTGAAACTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAAT
* * ** * * *
5467 AAGCCTTTTGAA-GGAATGATTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGATTGGC-TTTTCTTA
256 AAGCCTTTTAAATGG-ATGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCATATTCTT-
* * * *
5530 GACATTTCTGA-GGCAGGCAATG
319 CACATTTCTCATGACAGACAATG
* * * * ** *
5552 AATTATAGTCTATTTTAA-TGAAAACCGTAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTTTGAGATCATA
1 AATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATC-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATA
* * * * ** *
5616 AAACAATTTAAAGCGAGTAATACGACTTTTGAAAGAATGGGTGACTACAAAAAAACTCTTCTTCT
65 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTCT
* * * *
5681 AAATGAATCACTTTTTCTACATGTTTCTTGAGGC-AG-GCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
130 CAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTAGA-GCTAGAG-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
5744 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 435, Mismatches: 85, Indels: 29
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 9 0.02
342 293 0.67
343 129 0.30
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTCTC
AATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGCTAGAGATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAATAA
GGCAAAAAAATTGAAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGCC
TTTTAAATGGATGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCATATTCTTCACATTT
CTCATGACAGACAATG
Found at i:6479 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6172--7285 Score: 970
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 171
6162 NNNNNNNNTG
* ** * * * *
6172 CTTTTTCCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATATTCTGTTTTAA-CAAAAA-ACTTGA
1 CTTTTT-CTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGC-T-A
* * * * **
6235 AAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAACA-CGAGTAATAAGGGTTTT
63 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAA-AGCGAGTAATAAGACTTTT
* * * *
6299 AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGCTAGTGAATGC
127 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC
* *
6344 CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACGTTCACTTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCTAAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCTAAAA
* * * *
6409 AATTCAACCTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTTGAG
66 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAA
* * * *
6473 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATGT
130 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC
* ** * * * * * * * *
6515 TTTTTTCTTCACATTTCTAGAGCTACAGATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAATAAGGCAAAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCTAAAA
* * * *
6580 CAATTGAACTTAAAATCAACTT-TGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGCCTTTTGA
66 -AATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGA
* * * * * * * *
6644 AGGAAAGGTTGGCTATAAATGGACTTTTATGGCCAATGATTGG
129 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC
* ** * * * *
6687 C-TTTTCTTACA-GATTTCCTGAGGCAGGCAATCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAACAG-TA
1 CTTTTTCTT-CATG-TTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA-TGCTA
* * * * *
6748 AACAAATTCAACTCAAAATCAATTATGATATCATAAAATAATTTAATGCGAGTAATACA-ACTTT
63 AA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA-AGACTTT
* * * **
6812 TCAAGGAATGGGTGATTATAAAAGGACTTTTCTT-CTAAATGAATAA
126 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGC
* * *
6858 CTTTTTCTAT-ATGTTTCTCGAGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAA
1 CTTTTTCT-TCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCT--A
* * * *
6921 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACAATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTCTG
63 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTG
* * * * *
6986 AAAGAATTGGAGACTATTATTGGACTTTTCTTG-TCAAT-AGATGC
128 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGA-ATGC
* * * * * *
7030 TTTTTTATTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTATA--AATTAATG-TAA
1 CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ACCAA-AAATGCT-A
* * * *
7092 AAAAATTCAAATGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAGTTTAAAGCGAGTGATAA-AGCTTTT
63 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTTTT
* * * * * * *
7156 AAATGAATGGGTCACTATAAATGGACTTTTTTTACTACTGAATAC
127 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC
* ** * * *
7201 CTTATTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAGTTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATACTAAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCTAAAA
*
7266 AATTCAACTTAAAGTCAATT
66 AATTCAACTTAAAATCAATT
7286 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 158, Indels: 65
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.01
171 465 0.62
172 274 0.36
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCTAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAG
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC
Found at i:6892 original size:343 final size:337
Alignment explanation
Indices: 6200--7285 Score: 1050
Period size: 343 Copynumber: 3.2 Consensus size: 337
6190 TCAAGGTAAA
* * * * * *
6200 CATTCAATTATATTCTGTTTTAACAAAAAACTTGAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGAA
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
* * * * * *
6265 TATAAAACTATTTAACACGAGTAATAAGGGTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTT
66 TATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTA
* * * * * * *
6330 TTGCTAGTGAATGCCTTTTTCTT-CATGTTTCTTGAGATAGACGTTCACTTATAGTCTGTTTTAA
130 TTGCCAATG-ATGGC-TTTTCTTACACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * *
6394 CCAAAAATGCTAAAAAATTCAAC-CTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
193 -TAAAAATG-TAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGT
* * * ***
6458 AATATGACTTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC--CTACCAATGAATGTTTTTTT
255 AATA-AACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTA--AATGAATAACTTTTT
** *
6521 CTTCACATTTCTAGAGCTACA-G
317 CTTCATGTTTCTCGAG--ACAGG
* * * * *
6543 -ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAATAAGGCAAAAACAATTGAACTTAAAATCAACTT-TGAG
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAG
* * * * *
6606 ATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAAAGGTTGGCTATAAATGGACTTT
64 AATATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
6671 TATGGCCAATGATTGGCTTTTCTTACA-GATTTCCTGAGGCAGGCAATCAATTATAGTCTGTTTT
128 TATTGCCAATGA-TGGCTTTTCTTACACG-TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * *
6735 AATAAAAACAGTAAACAAATTCAACTCAAAATCAATTATGATATCATAAAATAATTTAATGCGAG
191 AATAAAAA-TGTAAA-AAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAG
* * *
6800 TAATACAACTTTTCAAGGAATGGGTGATTATAAAAGGACTTTTCTTCTAAATGAATAACTTTTTC
254 TAATA-AACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATGAATAACTTTTTC
6865 TAT-ATGTTTCTCGAGACAGG
318 T-TCATGTTTCTCGAGACAGG
*
6885 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
6950 ATATAAAACAATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTCTGAAAGAATTGGAGACTATTATTGGACTTTT
65 ATATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
7015 CTTGTCAATAGAT-GCTTTT-TTATTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTT
129 ATTGCCAAT-GATGGCTTTTCTTA--CACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * *
7078 -ATAAATTAATGTAAAAAAATTCAAATGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAGTTTAAAGCGA
191 AATAAA--AATGT-AAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGA
* * * * * * *
7142 GTGATAAAGCTTTTAAATGAATGGGTCACTATAAATGGACTTTTTTTACT-ACTGAATACCTTAT
253 GTAATAAA-CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAAATGAATAACTTTT
* * *
7206 TCTTCATGTTTCTCAAGATAGA
316 TCTTCATGTTTCTCGAGACAGG
* * *
7228 CATTCAGTTATAGTCTGTTTTAACTAAAAA--TACTAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACGTA--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
7286 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 615, Mismatches: 99, Indels: 59
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 7 0.01
342 90 0.15
343 493 0.80
344 21 0.03
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
TATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTAT
TGCCAATGATGGCTTTTCTTACACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAA
AAATGTAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAA
CTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATGAATAACTTTTTCTTCATGTT
TCTCGAGACAGG
Found at i:7241 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 6183--7285 Score: 1183
Period size: 514 Copynumber: 2.1 Consensus size: 511
6173 TTTTTCCTTT
* * * * *
6183 ATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATATTCTGTTTTAACAAAAAACTTGAAAAAATTTAGCTT
1 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAC-T-AAAAAATTCAACTT
**
6248 AAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAACACGAGTAATAAGGGTTTTAAAGGAATGGGTGA
64 AAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAACACGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGA
* * * * ** * * * *
6313 CTATAAATGGGCTTTTTTTGCTAGTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACGTTCAC
129 CTATAAAAGGACTTTTCTTGCTAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAGACATTCAA
* *
6378 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCTAAAAAATTCAACCTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAA
194 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA
* * ** *
6443 TCATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAA
259 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTCTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAA
* * * *
6508 TGAATGTTTTTTTCTTCACATTTCTAGAGCTACAGATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAATAAG
324 TGAATGCTTTTTTATTCACATTTCTAGAGCTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAATAAG
* * *
6573 GCAAAAACAATTGAACTTAAAATCAACTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGCC
388 GCAAAAACAATTCAAATGAAAATCAACTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGCC
* * ** * * **
6638 TTTTGAAGGAAAGGTTGGCTATAAATGGACTTTTATGGCCAATGATTGGCTTTTCTTAC
453 TTTTAAAGGAAAGGGTCACTATAAATGGACTTTTATGACCAATGAATACCTTTTCTTAC
* * * * *
6697 A-GATTTC-CTGAGGCAGGCAATCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAACAGTAAACAAATTCAAC
1 ATG-TTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAA-ACTAAA-AAATTCAAC
* * ** *
6760 TCAAAATCAATTATGA-TATCATAAAA-TAATTTAATGCGAGTAATACA-ACTTTTCAAGGAATG
62 TTAAAATCAATTATGAGAAT-ATAAAACT-ATTTAACACGAGTAATA-AGACTTTTAAAGGAATG
* *
6822 GGTGATTATAAAAGGACTTTTCTT-CTAAATGAATAACTTTTTCTAT-ATGTTTCTCGAGACAGG
124 GGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCT-AATGAATAACTTTTTCT-TCATGTTTCTCGAGACAGA
*
6885 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
187 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCT--AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
6949 AATATAAAA-CAATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTCTGAAAGAATTGGAGACTATTATTGGACTT
250 AATATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTCTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTT
* ** * * * *
7013 TTCTTGTCAAT-AGATGCTTTTTTATTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTT
314 TTCCTACCAATGA-ATGCTTTTTTATTCACATTTCTAGAGCTAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
7077 TATA-AATTAATGTAAAAA-AATTCAAATGAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACAGTTTAAAG
378 TA-ACAA-TAAGGCAAAAACAATTCAAATGAAAATCAACTT-TGAGATTATAAAACAATTTAAAA
* * * * * * * *
7139 CGAGTGATAAAG-CTTTTAAATGAATGGGTCACTATAAATGGACTTTTTTTACTACTGAATACCT
440 CAAGTAAT-AAGCCTTTTAAAGGAAAGGGTCACTATAAATGGACTTTTATGACCAATGAATACCT
7203 TATTCTT-C
504 T-TTCTTAC
* *
7211 ATGTTTCTCAAGATAGACATTCAGTTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATACTAAAAAATTCAACTT
1 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAA-ACTAAAAAATTCAACTT
*
7276 AAAGTCAATT
64 AAAATCAATT
7286 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 86, Indels: 42
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
513 13 0.03
514 304 0.63
515 164 0.34
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (511 bp):
ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAACTAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAACACGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACT
ATAAAAGGACTTTTCTTGCTAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAGACATTCAATT
ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGCTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATC
ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTCTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATG
AATGCTTTTTTATTCACATTTCTAGAGCTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAATAAGGCA
AAAACAATTCAAATGAAAATCAACTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGCCTTT
TAAAGGAAAGGGTCACTATAAATGGACTTTTATGACCAATGAATACCTTTTCTTAC
Found at i:9196 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8811--9204 Score: 407
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
8801 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
8811 AGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGGTTTTTTTTTA
1 AGCCATATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATTTGTTTTTA
* * * ** *
8876 CATTTTTTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAGACAAGTGATCAT
65 CATTTTTTTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGACATAAT
**** *
8941 TGATCAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTTATTCCTTCCAA
130 TGATCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
8981 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCATTTGTTTTTA
1 AGCCATATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATTTGTTTTTA
* * * * * * * *
9046 CATTATTGTTTAAAATAAATTATAATTTAATGTTTAGCTCTAGAAACTTGAA-ACAAAAAGACAT
65 CATT-TT-TTTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGA-AAAAAGACA-
* *
9110 TAATTGGT-AGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTTCCTTCAAA
126 TAATTGATCA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* *
9154 AGCCATATTGC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTT
1 AGCCATATTACTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
9205 GAATCATTTA
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 34, Indels: 11
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 59 0.32
171 41 0.22
172 41 0.22
173 43 0.23
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
AGCCATATTACTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATTTGTTTTTAC
ATTTTTTTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGACATAATT
GATCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
Found at i:11421 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 10951--11490 Score: 604
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
10941 TCATTGGTAG
* * ** *
10951 GAAAAGTCCATTTCTAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCGATATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * *
11015 AATCTCG-TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAGTATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAA
65 AATCT-GATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* ** * * * *
11079 CGTCAATCTTGAGAAACATGAAGAATAAGGCATTCACTAGCAA
128 TGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAGAAAGCATTCA-TTGCAA
* ** * * * * *
11122 AAAAAGTCCATTTATAGTGACCCA-TCCATTTAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * ** *
11186 AATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAACTTTTTTACATTAATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
65 AATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* *
11251 GTTTACCTTGAGAAACATAAAGGAA-AAAACATTCATTGTCAA
129 GTTTACCTTGAGAAACATGAA-GAAGAAAGCATTCATTG-CAA
* **
11293 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGAAAATAGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
11358 ATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
66 ATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
** * *
11423 TTTACCTCAAGAAACGTGAATAAGAAAGCA-TCTATTGACAA
130 TTTACCTTGAGAAACATGAAGAAGAAAGCATTC-ATTG-CAA
*
11464 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCAATTC
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTC
11491 TTTCTTGCCA
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 53, Indels: 18
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.03
171 285 0.93
172 13 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
ATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
TTACCTTGAGAAACATGAAGAAGAAAGCATTCATTGCAA
Found at i:11912 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11524--12470 Score: 770
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 170
11514 ATTCATTTAG
* * * * * * **
11524 AAGAAAAGTCCTTTTACAGTCATCCATTCCTTCAAAAGTCATCTTACTCGCTTTAAATTTTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
11589 TGATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTA-TTGTTTTTATTAAAACAG-TCTATAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAACAGAT-TATAATTG
* * *
11652 -ATTGCCTACCTCAAGAAATC-TGTAAG-AAAAGCCAA-TCATTGGC
129 AATT-TCTATCTCAAGAAA-CATG-AAGAAAAAG--AATTCATTGGT
* * * * *
11695 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCAACCATTCCTTTAGAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
11760 TCATCTCA-AAGTTGATTTTAGGTTCAATTGTTTTTACCTTATTGGTTAAAACAGATTATAATTG
66 TAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
* * ** *
11824 AATTTGTAGCTTTAGAAATATGAAGAAAAA-AATTCATTGGT
129 AATTTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAATTCATTGGT
* * * * *
11865 AGGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
11930 TAATCTCATAATTGACTTTAAG-TCAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
** * *
11994 AAGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGG-
130 ATTTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GAATTCA-TTGGT
* * * * * * *
12036 AAAAAAAGCCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCGTTAATTAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * ** * * ** *
12101 TATTCTCATAAATGATTTTAAACTGAATTTTTTCAGGTTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
** * *
12166 TGTTCT-TCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGT
131 T-TTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAATTCATTGGT
* * ** * *
12206 AAAAAAAGTTCATTTATAGTCTTCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTT
********** *
12270 ATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTACA-TTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * ***
12334 AATGTT-TACCTCAAGAAACGTGAATAAAAAAGTATCCATTCAC
129 AAT-TTCTATCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAGAATTCATTGGT
* * * * * **
12377 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCAATTTCTTCAAAAGCTTTATCACTCGCTTTAAATTATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
*
12442 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT
12471 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 618, Mismatches: 137, Indels: 42
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 68 0.11
170 199 0.32
171 295 0.48
172 51 0.08
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TTTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAATTCATTGGT
Found at i:12202 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 11504--12462 Score: 900
Period size: 341 Copynumber: 2.8 Consensus size: 339
11494 CTTGCCATGT
* * * * *
11504 AGAAAAAGTCATTCATT--TAGAAGAAAAGTCCTTTTACAGTCATCCATTCCTTCAAAAGTCATC
1 AGAAAAAG-CATTCATTGGTAG--GAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCATA
** * * * * * ***
11567 TTACTCGCTTTAAATTTTTTTATGATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATTGTTTTT
63 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAG-TCAAATTTTTTAACATTTTT
* * * * * *
11632 A-TTAAAACAGTCTATAATTGATTGCCTACCTCAAGAAATCTGTAAG-AAAAGCCAATCATTGGC
127 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-CTG-AAGAAAAAGGCATTCATAGG-
* * * * * *
11695 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCAA-CCATTCCTTTAGAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
189 AAGAAAAGTCCATTTATAG-TAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTAGTTTT
*** * *
11759 ATCATCTCA-AAGTTGATTTTAGGTTCAATTGTTTTTACCTTATTGGTTAAAACAGATTATAATT
253 AT-ATCTCATAA-TTGATTTTAAACTCAATTGTTTTCACCTTATTGGTTAAAACAGAATATAATT
* * * *
11823 GAATTTGTAGCTTTAGAAATATGA
316 GAATTTCTAGCTTGAGAAACATAA
* * *
11847 AGAAAAA-AATTCATTGGTAGGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCATATTA
1 AGAAAAAGCATTCATTGGTAGGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCATATTA
11911 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTCAAATTTTTTAACATTTTTAGTT
66 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTCAAATTTTTTAACATTTTTAGTT
* * *
11976 AAAACAGACTATAATTGAAAGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGGAAAAA
131 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-TGAAGAAAAAGGCATTCA-TAGGAAGAA
* * *
12041 AAGCCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCGTTAATTAGTTTTATATTC
194 AAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTAGTTTTATA-TC
* * ** * *
12106 TCATAAATGATTTTAAACTGAATT-TTTTCAGGTTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTT
258 TCATAATTGATTTTAAACTCAATTGTTTTCACCTTATTGGTTAAAACAGAATATAATTGAAT-TT
*
12170 CT-TCTTGAGAAACATAA
322 CTAGCTTGAGAAACATAA
** * * * *
12187 AGAAAAAGCATTCATTGGTAAAAAAAGTTCATTTATAGTCTTCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AGAAAAAGCATTCATTGGTAGGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCATATTA
* ********** *
12252 CTCG-TTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTACATTTTT-GT
66 CTCGCTTT-AAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTCAAATTTTTTAACATTTTTAG-
* * * * * *
12315 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAATAAAAAAGTATCCATTCA-CAA
129 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-TGAAGAAAAAGGCATTCA-T-AGGAA
** * * * *
12379 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCAATTTCTTCAAAAGCTTTATCACTCGCTTTAAATTA-TTTTAT
191 GAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATTAGTTTTAT
12443 AATCTCATAATTGATTTTAA
255 -ATCTCATAATTGATTTTAA
12463 GTTGAATTNN
Statistics
Matches: 506, Mismatches: 94, Indels: 34
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 76 0.15
341 408 0.81
342 12 0.02
343 10 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
AGAAAAAGCATTCATTGGTAGGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCATATTA
CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTCAAATTTTTTAACATTTTTAGTT
AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGAAGAAAA
GTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTAGTTTTATATCTCA
TAATTGATTTTAAACTCAATTGTTTTCACCTTATTGGTTAAAACAGAATATAATTGAATTTCTAG
CTTGAGAAACATAA
Found at i:20959 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 20375--21801 Score: 1411
Period size: 172 Copynumber: 8.4 Consensus size: 171
20365 NNNNNNNNNN
* * * *
20375 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTA-ATAAAGCAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGA
*** * * * *
20439 CTATAATTGAATGTTTACCCCAAGAAACATAAAGTAAAAA-GCATTCTTTGGCAAGAAAAGTTCA
65 CTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * *
20503 TTTATAGTCTCCTATTTCTTCAAAAACCTTATTACTCAC-TTA
129 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *
20545 AAGAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT-GTTTAAAACA
1 AA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACA
* * * * * * *
20609 GACTATAATTGAATGTTAACCTCGAGAAACAT-ATAGAAAAAGTCATTTATTTAGAA-AAAAGGA
63 GACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAA-GT
* *
20672 CCTTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
126 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
20718 AATTGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTGTTTA-GTGTTTTCA-TTAAAATAG
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTT-AGTTAAAACAG
* * ** * * * * *
20781 CCTATAATTGATTGCCTGCCTCTG-GAAACATGTAAGAAGAA-CCAATCATTGCCAAGAAAAGTC
64 ACTATAATTGAATGTTTACCT-TGAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** *
20844 CATTTATAGCCAACCATTCCTGAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTA
127 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * ** *
20889 AATGGTTTTATAATCTAATAGTTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGAAAAAAAAGAC
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAC
* * * * * * * * *
20954 TATAATTGGATTTTTATCTCGAGAAACATGCAA-AAAAAGTCATTTATTGAGAAAAAAAGTCTAT
66 TATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
** *
21018 TTATTA-TCACAAATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTA
130 TTA-TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
21060 AATGATTTTATAATCT-AGAAATTAATTTTAAATTTAATTTTTTT-CACTTTATTGGTTAAAACT
1 AATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTT-TTAGTTAAAACA
* * * * ** * *
21123 GATTATAACTGAATGTATACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGAGAAGAAAAGTCT
63 GACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * *
21188 ACTTATAGTCACCCATTCCTTTAATAGGCTTATTACTCAG-TTTA
128 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTA
** * *
21232 AAT--TGCTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTCGTTTAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGA
* *
21294 CTTTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
65 CTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
*
21359 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
130 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* ** *
21401 AATGGTATTATAATCTCATAATTGATTTTAAAATAAATTTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGA
** * * * * * * *
21466 CTATAATTGAACATCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTACTGATAAAAAAAGTTCAT
65 CTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
*
21531 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
130 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
21573 AATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGA-
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAC
* ** *
21637 TATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAA-GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATT
66 TATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
21701 TATAGTCTCCTATTTCTTCAACAGCCTTAGTACTCG-TTTAA
131 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-A
* * * * *
21742 AATTGTTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
21802 TNNNNNNNNN
Statistics
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0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAC
TATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
Found at i:21355 original size:341 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 4.2 Consensus size: 340
20369 NNNNNNAATG
* * * * *** * *
20379 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTAATAAAGCAGACTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACTGACTATA
* *** * * * * *
20444 ATTGAATGTTTACCCCAAGAAACATAAAGTAAAAAGCATTCTTTGGCAAGAAAAGT-TCATTTAT
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTAT
* * * * * * *
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130 AGTCACCCATTCCTT-AAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA-ATGTTTTAT-ATCTCATAATTGAT
* *
20572 TTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTAACCTCGAGAA
192 TTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAA
* * * *
20637 ACAT-ATAGAAAAAGTCATTTATTTAGAA-AAAAGGACCT-TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
256 ACATGA-AGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAA-G-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
20699 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
318 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
* * * * * * * ** *
20722 GTTTTATGATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTGTTTA-GTGTTTTCATTAAAA-TAGCCTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACT-GACTA
* * * * * * *
20785 TAATTGATTGCCTGCCTCTG-GAAACATGTAAG-AAGAACCAATCATTGCCAAGAAAAGTCCATT
64 TAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATG-AAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATT
* * * * *
20848 TATAGCCAACCATTCCTGAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAGTTG
127 TATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTAT-ATCTCATAATTG
* ** * * * *
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190 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAG
* * **
20977 AAACATGCAA-AAAAAGTCATTTATTGAGAAAAAAAGTCTATTTATTA-TCACAAATTCCTTCAA
254 AAACATG-AAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTA-TAGTCACCCATTCCTTCAA
*
21040 AAGCATTATTACTCGCTTTAAA-T
317 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
* * *
21063 GATTTTATAATCT-AGAAATTAATTTTAAATTTAATTTTTTT-CACTTTATTGGTTAAAACTGAT
1 G-TTTTATAATCTCA-TAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACA-TTT-TTGGTTAAAACTGAC
* * * * *
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62 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATT
* * **
21191 TATAGTCACCCATTCCTTTAATAGGCTTATTACTCAG-TTTAAAT-TGCTATGATCTCATAATTG
127 TATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTC-GCTTTAAATGTTTTAT-ATCTCATAATTG
* * *
21254 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCGTTTAAAACAGACTTTAATTGAATGTTTACCTTGAGA
190 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGA
* *
21319 AACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
255 AACATGAAGAAAAA-GTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* *
21383 GCCTTATTACTCTCTTTAAATG
319 GCCTTATTACTCGCTTTAAATT
* * * * *
21405 GTATTATAATCTCATAATTGATTTTAAAATAAATTTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACTGACTAT
** * ** * * * *
21470 AATTGAACATCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTACTGATAAAAAAAGT-TCATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTA
* * *
21534 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
129 TAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATA-TCTCATAATTGAT
* * * *
21599 TTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
192 TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAA
* * * * *
21663 CATAAAGAAAAAG-CATTCATTG-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTTCTTCAACAGC
257 CATGAAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
*
21726 CTTAGTACTCG-TTTAAAATT
321 CTTATTACTCGCTTT-AAATT
* * *
21746 GTTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
21802 TNNNNNNNNN
Statistics
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0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACTGACTATA
ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATA
GTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATATCTCATAATTGATTTTA
AGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATG
AAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATT
Found at i:22340 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 22027--23724 Score: 1749
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 169
22017 NNNNNNNNNN
* * *
22027 ACTCGCTTTAAATTA-TTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTAA
1 ACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTCATTTTTAG
* * * *
22091 TTAAAATAGACTATTATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGACAG
64 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAG-CA-
* * * *
22155 GAAACA-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATA
126 AAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
*
22198 ACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTGTTTTTCATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTT-TTTTTCATTTTTAGT
* * * *
22263 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTATCTCCAAAAACATGAAGCAAAAGTCATTCACTAGCAAAA
65 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-CAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAAA
* *
22328 AAAGTTTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
129 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
22369 ACTCGCTTTAAATGGTATTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTAT-ATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTTCATTTTTAGT
* * * * *
22433 TAAAACAGACTATAATTGAACGTTTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTACTAGCAAAA
65 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAAA
*
22498 AAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
129 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * **
22539 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAGATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTCATTTTTAGT
* * * * * * * * * *
22604 TAACACAGACTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACATAAAGGAAAAA-GTATTCATTGGCAAG
65 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTCAAAAACATGAA-GAAAAAGGCATTCACTAGCAAA
* * *** * *
22668 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTTGTTTCTTTAAAAGCCTTATT
128 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
22710 TCTCACTTAAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTT-TCATTTTTA
* * * * * * * *
22773 GTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTC-AAGACATGTGAAGAAAAAAGCATCCATTGGTA
63 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAACA--TGAAGAAAAAGGCATTCACTAGCA
* * * *
22837 AGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCAATTTCTTCAAAAGCCTTATT
126 AAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * ** * *
22881 ACTTG-TTTAAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTACATTTTTGGT
1 ACTCGCTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTCATTTTTAGT
* * * * * * * * *
22944 TAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGGATAAAAAAGCATCCA-TTGACAAG
65 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAG-CAAA
* * *
23008 AAAAGTCTATTTATAGTCTCCAATTCCTTCAAAAGCCTTATC
128 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
23050 ACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTCATTTTTAGT
* * * * * *
23115 TAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTACCTTGAGAAACATGCAGAAAAAGTCATTCATTTG-AAA
65 TAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACC-TCAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAA
* * * * *
23178 GAAAAATCTTTTTATAATCACCCATTCCGTCAAAAGACTTATT
128 -AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
23221 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTGCATTTTT-GA
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTCATTTTTAG-
* * * ** *
23285 TTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACATCAAGATAGTTGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGACAA
64 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAG-CAA
* * * *
23349 GAAACA-TCTATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATT
127 -AAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
*
23392 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTGTTTTTTCATTTTTCA-
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATT-TTTTTTCATTTTT-AG
* *
23456 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCCAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGGAAA
64 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-CAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAA
* * *
23521 AAAAGTATATTTATAGCCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
128 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
********** *
23563 ACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTAT-ATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTTCATTTTTAGT
* * * * *
23627 TAAAATAGACTATAATTGAACGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTACTAACAAAA
65 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAAA
* *
23692 AAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
129 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
23725 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
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173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTCATTTTTAGTT
AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAAAAA
AGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:23149 original size:511 final size:503
Alignment explanation
Indices: 22027--23724 Score: 1876
Period size: 511 Copynumber: 3.3 Consensus size: 503
22017 NNNNNNNNNN
* * * *
22027 ACTCGCTTTAAATTATTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTAAT
1 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * ** * * * *
22092 TAAAATAGACTATTATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAGGA
66 TAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGA
* * * *
22157 AACATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATAACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAA
129 AA-ATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTAAAATGA-TTTTATAA
22221 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTGTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATG
192 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTT-ATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATG
* * * * * * * *
22285 TCTATCTCCAAAAACA-TGAAG-CAAAAGTCATTCACTAGCAAAAAAAGTTTATTTATAGCCACC
255 TCTACCT-C-AAGACAGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-C
* *
22348 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
316 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
22413 AGATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAACGTTTATCTCGAGAAACATGAAGAA
381 A-AATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAACATGAAGAA
* *
22478 AAAGGCATTTACT-AGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
445 AAAGGCATTCATTGA-C-AAAAAAGTCTATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
22539 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAGATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * *
22604 TAACACAGACTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACATAAAGGAAAAAGTATTCATTGGCAAGA
66 TAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGTATTCATTGGCAAGA
* * *** * * * * *
22669 AAAGTCCATTTATAGTCTCTTGTTTCTTTAAAAGCCTTATTTCTCACTTAAAATGATTTTATAAT
129 AAA-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTAAAATGATTTTATAAT
*
22734 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTT
193 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTC
* * *
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257 TACCTCAAGACA-GTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-ATT
* * *
22864 TCTTCAAAAGCCTTATTACTTG-TTTAAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
320 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * ** * * *
22928 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGGATAAAAAA
384 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
* *
22993 GCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCAATTCCTTCAAAAGCCTTATC
449 GCATTCATTGACAA-AAAAGTCTATTTATAGTCTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
23050 ACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * *
23115 TAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACATGCAGAAAAAGTCATTCATTTGAAAGA
66 TAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGT-ATTCATTGGCAAG-
* * * * *
23180 AAAATCTTTTTATAATCACCCATTCCGTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTATGA
128 AAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGC-TTAAAATGATTTTATAA
** * *
23244 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTGCATTTTT-GATTAAAACAGACTAGAATTGAATG
192 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTTATTTTTAG-TTAAAATAGACTATAATTGAATG
* * * * *
23308 TCTACATCAAGATAGTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAACA-TCTATTTACAGTCACTC
255 TCTACCTCAAGACAG-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCAC-C
*
23372 ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
317 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * *
23437 ATTGTTTTTTCATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCCAA-AAACATGAAG
382 A--ATTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTATCT-CAAGAAACATGAAG
* * * *
23500 AAAAAGGCATTCACTAGGA-AAAAAAGTATATTTATAGCCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
443 AAAAAGGCATTCA-T-TGACAAAAAAGTCTATTTATAGTCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATT
********** *
23563 ACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGA-TTTTTTATATTTTTAG
1 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTAG
* * * ** * * * **
23626 TTAAAATAGACTATAATTGAACGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTACTAACAAA
65 TTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GTATTCATTGGC-AA
* *
23691 AAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
127 GAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
23725 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 997, Mismatches: 155, Indels: 68
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Matches are distributed among these distances:
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515 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (503 bp):
ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
TAAAACAGACTATAATTGAATGTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAA
ATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTAAAATGATTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACC
TCAAGACAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCATTCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTAC
ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
TTGACAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:26732 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26420--26741 Score: 391
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
26410 NNTTTAAAGC
*
26420 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCATTGAATACATTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACATTT
* * * * *
26485 TTCTTCACTTTTCTCAAGGTAGACGTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCACAAATGCAAAAAAATT
66 TTCTTCACTGTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCACAAATGCAAAAAAATT
* *
26550 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAAT
131 GAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAAT
* * * * * * *
26591 GAGTAATATGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTTATTATATAT-GAATTTTTCTTGCCAATGAATGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGA-TGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATACAT
* * * * *
26654 TTTTCTTGAC-GTTCTCGAGCTAGACATTTAATTTTAATCTGTTTGAACCA-ATAATGTAAAAAG
64 TTTTCTTCACTGTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCACA-AATGCAAAAA-
*
26717 AATTGAACCTAAAATCAATTTTGAG
127 AATTGAACCTAAAATCAATTATGAG
26742 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 21, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 44 0.35
171 81 0.64
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACATTT
TTCTTCACTGTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCACAAATGCAAAAAAATT
GAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAAT
Found at i:31518 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 31195--32448 Score: 1354
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
31185 NNNNNNNNNT
* * * *
31195 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACT-GAATTAAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * *
31259 TTATCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTCGTCTCCTAT
66 TTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTAT
** *
31324 TTTTTCAAAAGCCTTAGTACTCG-TTTAAAATAGTTTTATAA
130 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTATAA
* *
31365 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAGTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * *
31430 TTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATCCATTAGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTAA
66 TTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-A
* * *
31494 TTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGTTTTAAATTA-TTTTGTAA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAA
* * * * * *
31536 TCTCATAACTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGATTAAAATAGACTATAACTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * *
31601 TTACATTGAA-AAACGTGAA-TAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGGAAAGTCCATTTATAGTCACT
66 TTAC-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * *
31663 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAA
128 -ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* *
31707 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * * *
31772 CTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAACA-TCTATTTATAGTCACCCA
66 TTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCA-CTA
31836 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAA
** * * **
31878 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAAACAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* ** * ** * * * * *
31942 CTATATCGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGCCACTCAT
66 TTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AT
* * * *
32007 TCCTTCTAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAT
130 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
32048 TCTCATAATTGATTTTGAGTTCAACTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* *
32113 TTACCTCGAA-AAAC--AAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACTA
66 TTACCTC-AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTA
* * *
32175 TTCCTACAATAGCCTTATTA-TCCGCTTTAAAGAGTTTTATAA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * **
32217 TCTTATAATTGATTTTAGGTTCAA-TTTTTTACATTTTTCATT-AAACAAGACTATAATTGAAT-
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGACTATAATTGAATG
* * * * * *
32279 TTCTATCTCGAGAAACGTGAAGAAATAAGCATTCATTGGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCTC
65 TT-TACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CAC
* * *
32344 TACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAG
127 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
32388 TCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
32449 AAAGTTCATA
Statistics
Matches: 917, Mismatches: 133, Indels: 64
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
TTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTATT
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
Found at i:33051 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 32469--34953 Score: 2546
Period size: 171 Copynumber: 14.6 Consensus size: 169
32459 TATAATAACT
* * ** *
32469 CATTCCTTTAAAAAGCCATATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
32534 TAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACGTTGAGAAA-AGTAAA
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** *
32598 GGAAACGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC
129 -GAAAAAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*
32641 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
**
32706 GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACTA-ACTATAATTGAATGTCTACCT-GA-AGAACTATGA
66 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA-AAC-ATGA
* * * *
32768 AGAAACAAGCATTCATTGGAAAGAAATGTCTATTTATAGTCTCT
128 AGAAA-AAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * *
32812 TATTTCTCCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** *
32877 GAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAACCA-ACAATAATTGAATGTCTGTCTCGAGAAACATGCAG
66 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG
* *
32941 AAAAATCATTCATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACC
130 AAAAAGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
32982 CATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** * * * * *
33047 GAATTTTTTTACAGTTTTCATTAAAACTGACTATAATTGAATGCCTTCCTTTG-GAGACATGTAA
66 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATG-AA
** * * * *
33111 G-AAAAGCCCCTCATTGGGAAGAAAAATCTATTTAGAATCACC
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* * * *
33153 CATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAATTGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
33218 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATGT-TACCTCGAGAAACATGAAAA
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*
33282 AAAAGGCATTTATT-GACA-AAAAGGTCCATTTATAGTCACC
131 AAAA-GCATTCATTGGA-AGAAAA-GTCCATTTATAGTCACC
* * * * * * * *
33322 TATTTCTT-AAATAGCCTTATTCCTCACTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAGTTAATTTTAAGT
1 CATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
33386 TGAATTTTTTAATATTTCTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAATAT-ATA
65 TGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA-A
* * *
33450 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
129 GAAAAAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * ** * *
33492 TATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTAAAAAAGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
33557 AAATTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGA-GAA
66 GAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-ATGAA
* * *
33620 GAAAGAAGCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
129 GAAA-AAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
33663 AATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
33728 GAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAGTTGAATG-CT---T---G---TA-G-A-A
66 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA
* * *
33780 AAAACCATTCATTTAGAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACC
131 AAAAGCATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*
33820 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
** * * ** * *
33884 GAATTTTTTT-TACTGTTTTCATTAAAACATACTATAATTGATTACCTGCCTC-AGAAAACGTGT
66 GAATTTTTTTATA-T-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATG-
* * * *
33947 AAG-AAAAGTCAATCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCAAC
127 AAGAAAAAG-CATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
33991 CATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * **
34056 AAATTTATTTTACATTTTTTGTAAAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGCC
66 GAATTT-TTTTATATTTTTGGT-TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA
* * * *
34121 GAAAAAGCCATTTACTGAGAAGAAAA-TCTATTTATTGTCACC
129 GAAAAAG-CATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
34163 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAAATT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
34228 CAATTTTTTT-TGTGTTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAA
66 GAATTTTTTTATAT-TT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA
* *
34292 GAAAAAGCTATTAATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACC
129 GAAAAAGC-ATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* ** * * * *
34335 CATTCCTTCAACAGCCTTATTACTCAATTTAAATTGCTTTATGATCTCATAATTGATTTTAATTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
34400 GAATTTTTTGACATTTGTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTATCTC-AGGAAACGTGAAG
66 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAG
* * * *
34464 AAATAGGCATTTATTGACAAGAAACA-TCTATTTATAGTCACC
130 AAA-AAGCATTCATTG-GAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACC
*
34506 CATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
34571 GAATTTTTTT-TCATTTTTGGTTAGAACAAACTATAATTGAACGTCTATCTCGAGAAACATGAAG
66 GAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG
*
34635 AAAAAGGCATTCACTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACC
130 AAAAA-GCATTCATTGG-A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
34677 CATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * ** * * * *
34742 GAATATTTTTAGATTTTTAGTTAAAATAGACT-GAATTTTATGTTTATCTCAAGAAACATAAAGA
66 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-
* * * *
34806 AAAAAACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTGTAGTCTCC
130 AAAAAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
34847 TATTTCTTCAAAAGCCTTAGTACTCG-TTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
34911 TGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
65 TGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
34954 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1936, Mismatches: 301, Indels: 153
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.00
156 43 0.02
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158 8 0.00
159 1 0.00
160 2 0.00
161 1 0.00
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167 1 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA
AAAAGCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
Found at i:33234 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 32469--34953 Score: 2462
Period size: 341 Copynumber: 7.3 Consensus size: 338
32459 TATAATAACT
* * ** *
32469 CATTCCTTTAAAAAGCCATATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
32534 TAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACGTTGAGAAA-AGTAAA
65 TGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA-TGAA
** *
32598 GGAAACGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
129 -GAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* *
32663 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
193 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATT
* *
32728 AAAACTA-ACTATAATTGAATGTCTACC-TGAAGAACTATGAAGAAACAAG-CATTCATTG-GAA
258 AAAAC-AGACTATAATTGAATG-CTTCCTTGGA-AAC-ATGAAG-AA-AAGCCATTCATTGAG-A
** * *
32789 AGAAATGTCTATTTATAGTCTCT
316 AGAAAAATCTATTTATAGTCACC
* * * * *
32812 TATTTCTCCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** *
32877 GAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAACCA-ACAATAATTGAATGTCTGTCTCGAGAAACATGCAG
66 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG
* * * *
32941 AAAAATCATTCATTGAG-AACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGTCTTATTAC
130 AAAAAGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
33005 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTCATTA
194 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTA
* * ** *
33070 AAACTGACTATAATTGAATGCCTTCCTTTGGAGACATGTAAGAAAAGCCCCTCATTGGGAAGAAA
259 AAACAGACTATAATTGAATG-CTTCC-TTGGAAACATG-AAGAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAA
* *
33135 AATCTATTTAGAATCACC
321 AATCTATTTATAGTCACC
* * * *
33153 CATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAATTGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
33218 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATGT-TACCTCGAGAAACATGAAAA
66 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA
* * * * * *
33282 AAAAGGCATTTATTGACAA-AAAGGTCCATTTATAGTCACCTATTTCTT-AAATAGCCTTATTCC
131 AAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTAC
* * * * *
33345 TCACTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAGTTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-ATATTTCTAGT
194 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTC-A-T
* * * * * *
33408 TAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAATATATAAAAAAAG-CATTCATTG-GCAAG
257 TAAAACAGACTATAATTGAATGCTT-CCTTG-GAAACAT-GAAGAAAAGCCATTCATTGAG-AAG
* * * *
33471 AAAAGTCCATTTATAGTCTCT
318 AAAAATCTATTTATAGTCACC
* * ** * *
33492 TATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTAAAAAAGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
33557 AAATTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGA-GAA
66 GAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-ATGAA
* * **
33620 GAAAGAAGCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
129 GAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * **
33685 CTCGCTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGGTT
193 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATT
* * * *
33750 AAAACAGACTATAGTTGAATG----CTT-G---TA-GAA-AAAA-CCATTCATTTAGAAGAAAAG
258 AAAACAGACTATAATTGAATGCTTCCTTGGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAA
33804 TCCT-TTTATAGTCACC
323 T-CTATTTATAGTCACC
*
33820 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
** * * ** * *
33884 GAATTTTTTT-TACTGTTTTCATTAAAACATACTATAATTGATTACCTGCCTC-AGAAAACGTGT
66 GAATTTTTTTATA-T-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATG-
* * * * *
33947 AAG-AAAAGTCAATCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCAACCATTCCTTCAAAAGGCTTAT
127 AAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
34011 TACTCGCTTTATATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTTACATTTTTT
191 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTC
* * * * * ** ** * *
34076 GTAAAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGCCGAAAAAGCCATTTACTGAGA
255 AT-TAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTCCT-TGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGAGA
*
34141 AG-AAAATCTATTTATTGTCACC
316 AGAAAAATCTATTTATAGTCACC
* * * *
34163 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAAATT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
34228 CAATTTTTTT-TGTGTTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAA
66 GAATTTTTTTATAT-TT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA
* * *
34292 GAAAAAGCTATTAATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAACAGCCTTATT
129 GAAAAAGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** * * * * * * ***
34356 ACTCAATTTAAATTGCTTTATGATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTGACATTTGTGGC
192 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAT
* * * * * * *
34421 TAAAACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCAGGAAACGTGAAGAAATAGGCATTTATTGACAAGA
257 TAAAACAGACTATAATTGAATGCTT-CCT-TGGAAACATGAAGAAA-AGCCATTCATTGAGAAGA
*
34486 AACATCTATTTATAGTCACC
319 AAAATCTATTTATAGTCACC
*
34506 CATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
34571 GAATTTTTTT-TCATTTTTGGTTAGAACAAACTATAATTGAACGTCTATCTCGAGAAACATGAAG
66 GAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG
* * *
34635 AAAAAGGCATTCACTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCTTTATTA
130 AAAAA-GCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
34699 CTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAGATTTTT-AGT
193 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-T
* * ** * * ** * **
34763 TAAAATAGACT-GAATTTTATGTTTATCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAACATTCATTG-GCAA-
257 TAAAACAGACTATAATTGAATGCTT-CCT-TGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGAG-AAG
* * *
34825 AAAAAGTCCATTTGTAGTCTCC
318 AAAAA-TCTATTTATAGTCACC
* * * *
34847 TATTTCTTCAAAAGCCTTAGTACTCG-TTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
34911 TGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
65 TGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
34954 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
325 1 0.00
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345 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA
AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAA
ACAGACTATAATTGAATGCTTCCTTGGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAATCT
ATTTATAGTCACC
Found at i:36028 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 35663--36230 Score: 567
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 169
35653 NNNNNNNNNN
* *
35663 TTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTT-GAGTTCAACT
1 TTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-GTTCAA-T
* *
35727 TTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACAAAGAAAAAAAG
64 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATATTTACATCGAGAAACAAAGAAAAAAAG
*
35792 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCC
129 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCC
* * * * *
35833 TACAAAAGCCTTATTA-TCCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTTATGATTGATTTTAGGTTCAATT
1 TTCAAAAGTCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATT
* * * * *
35897 TTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATTTTTATATCGAGAAACGTGAAG-AAACA
65 TTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACAATAATTGAATATTTACATCGAGAAAC--AAAGAAAAAA
**
35960 AGCATTCATTGGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTC-CCTTATTCC
127 AGCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-TATTCC
* *
36004 TTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTT
1 TTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAA--T
* * * * ** * *** ** *
36069 TTTTTTCATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGGCTAGC-TTAAG-AACGTCAAG-AAAA
64 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATATTTA-CATCGAGAAAC--AAAGAAAAA
* * * * * * *
36131 AGGCATTCATTGGCAAGCAAAGTTCATATATAATAACCCATTCC
126 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCC
* ** *
36175 TTCAGAAAGTCATATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 TTCA-AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
36231 AGTTAAATNN
Statistics
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0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
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173 36 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTT
TTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATATTTACATCGAGAAACAAAGAAAAAAAGCA
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCC
Found at i:36983 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 36584--38584 Score: 1626
Period size: 171 Copynumber: 11.7 Consensus size: 170
36574 NNNNNNNNNN
* * * ** * * * *
36584 TTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTTCTCCAAAAACCTTTTTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGACAAGAAAA-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
36649 ATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTCTTTTACATTTTTGGTAAAAAACAGA
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* * *
36714 CTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGCCA-AAAAAGCCA
128 CTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATG-AAGAAAAAGGCA
* * * *
36757 TTTATTGAGAAGAAAATCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAACAATCC-TATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGACAAGAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* *
36821 ATTGCTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
65 ATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
* *
36886 ATAATTGAATGTCGACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCA
130 ATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGGCA
** * *******
36927 TTCATCAACAAGAAACATCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNN
1 TTCATTGACAAGAAA-ATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
**** * * *
36992 NNNATTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAA
65 ATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* *
37057 CTATAATTAAATGTCTATCGCT-A-GAAACATGAAGAAAAAAGCA
128 CTATAATTGAATGTCTA-C-CTCAGGAAACATGAAGAAAAAGGCA
* * * * ** * *
37100 TTAACTGGCAAAAAAAGT-TCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTA
1 TTCATTGACAAGAAAA-TCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * **
37164 AA-TGATTTTATATTCTCATAATTGA-TTTAGAGTTCAACTTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAG
64 AATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * *
37227 ACTATAATTGAATATTTACCTC--GAGAA-ATAAAGAAAAAAGCA
127 ACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGA-AACATGAAGAAAAAGGCA
* * * * * * *
37269 TTCATTGGCGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTACAAAAACATTATTA-TCCGCTTTA
1 TTCATTGACAAGAAAA-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTA
** * * ** *
37333 AAGGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGAC
64 AATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAC
* * * *
37397 TATAATTAAATTTTTACCTC-GAGAAACGTGAAGAAACAA-GCA
129 TATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAA-AAGGCA
* * *
37439 TTCATTGGACAAGAAAAGT-TCATTTATAGTC-CTCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
1 TTCATT-GACAAGAAAA-TCT-ATTTATAGTCAC-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * ** * *
37502 TAAATGGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTTGGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACA
62 TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * * *
37567 GATTATAATTAAATGTCTAGCT--TGAGAACGTCAAGAACAAGGCA
126 GACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGA-AACATGAAGAAAAAGGCA
* * * * * **
37611 TTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATATATAATAACCCATTCCTTCAAAAAGCCATATTACTCATTTT
1 TTCATTGACAAGAAAA-TCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * * * *
37675 AAAGAGTTTTATAAGCTCATAAATGATTTTAAGTT-AA-ATTTTT---TTTTGGGTTAAAACAGA
63 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * *
37735 CTATAATTGAATGTTTACGTCAAGAAACGTGAAGCAAAAA-GCA
128 CTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAG-AAAAAGGCA
* * * * * * ** *
37778 TCCATTGGCAAGATAAGTCCATTTACAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
1 TTCATTGACAAGA-AAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* *
37843 ATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACT
65 ATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
** * * *
37908 ATAATTGAATG-CTTGGCTC-GAGAAATATGTAGAAAAAGCCA
130 ATAATTGAATGTC-TACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGGCA
* * * *
37949 TTCATTTCAAAAAAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-AT
1 TTCA-TTGACAAGAAAA-T-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * ** *
38012 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTATTAC-TATTTTCATTAAAACAT
63 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAG
* * ** * * *
38076 ACTATAATTTATTACCTGCCTCAGAAAACATGTAAG-AAAAGCCA
127 ACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATG-AAGAAAAAGGCA
* * * * * * * * * *
38120 ATCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAGCCAACAATTCCTTGAAAAGACTTATTACTCGCTTTAT
1 TTCATTGACAAG-AAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * *
38185 ATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAAAAAAAT
65 ATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
** * *
38249 AATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAATGTGTCA-AAAAAGTCA
130 -ATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATG-AAGAAAAAGGCA
* * * *
38291 TTTACTGAGAA-AAAATCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 TTCATTGACAAGAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * * *
38355 TGGTTTCATAATCTAAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAACAGATT
66 TTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACT
* * * * * * *
38420 ACAACTAAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
130 ATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGGCA
* * * *
38461 TTCATTGATAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCCATTCCTTCAACAA-CCTTATTACTTGCTTTA
1 TTCATTGACAAGAAAA-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA-AAGCCTTATTACTCGCTTTA
* **
38525 AATTGCTTTACGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
64 AATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
38585 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1470, Mismatches: 292, Indels: 134
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 79 0.05
167 41 0.03
168 56 0.04
169 187 0.13
170 185 0.13
171 476 0.32
172 258 0.18
173 184 0.13
174 2 0.00
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTCATTGACAAGAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
TAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGGCA
Found at i:37614 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 36584--38584 Score: 1848
Period size: 342 Copynumber: 5.9 Consensus size: 342
36574 NNNNNNNNNN
* * * ** * * *
36584 TTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTTCTCCAAAAACCTTTTTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAA
** *
36649 ATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTCTTTTACATTTTTGGTAAAAAACAGA
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATT-TTTTACATTTTTGGT-TAAAACAGA
* * * *
36714 CTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGCCA-AAAAAGCCATTTATTGAG-AAGAAAA-TCT
128 CTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
36776 ATTTATTGTCAC-CCATTCCTTCAACAATCC-TATTACTCGCTTTAAATTGCTTTATGATCTCAT
191 ATTTATAGTCACTCTATTCCTTCAA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*
36839 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCGACCT
255 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
*
36904 C-AGGAAACGTGAAGAAAAAGGCA
320 CGA-GAAACGTCAAGAAAAAGGCA
*** * * * ******
36927 TTCATCAACAAGAAACA-TCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNN
1 TTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTA
***** * * * *
36991 NNNNATTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAA
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA--ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * *
37056 ACTATAATTAAATGTCTATCGCTAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTAACTGGCAAAAAAAGTTC
127 ACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * *
37120 ATTTATAGTCACT-TATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATATTCTCATA
191 ATTTATAGTCACTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** * *
37184 ATTGA-TTTAGAGTTCAACTTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATATTTACCT
256 ATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
* *
37248 CGAGAAA--TAAAGAAAAAAGCA
320 CGAGAAACGTCAAGAAAAAGGCA
* * * *
37269 TTCATTGGCGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTACAAAAACATTATTA-TCCGCTTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACT-CGCTTTA
* * * ** *
37333 AAGGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACT
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
* * * * *
37398 ATAATTAAATTTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAACAAG-CATTCATTGGACAAGAAAAGTTCAT
130 ATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAA-AAGCCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCAT
* * * *
37462 TTATAGTC-CTCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCAAAAT
193 TTATAGTCACTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * * * * *
37526 TGATTTTTGGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAGCTTG
258 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCG
*
37591 AG-AACGTCAAGAACAAGGCA
322 AGAAACGTCAAGAAAAAGGCA
* * * * * **
37611 TTCATTGGCAAGAAAAGTTCATATATAATAACCCATTCCTTCAAAAAGCCATATTACTCATTTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAA-CCTTATTACTCGCTTTA
* * *
37676 AA-GAGTTTTATAAGCTCATAAATGATTTTAAGTTAAA-TTTTT---TTTTGGGTTAAAACAGAC
65 AATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAC
* * * * * *
37736 TATAATTGAATGTTTACGTCAAGAAACGTGAAGCAAAAAG-CATCCATTGGCAAGATAAGTCCAT
129 TATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
37800 TTACAGT--CTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
193 TTATAGTCACTCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * **
37863 TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATG-CTTGGCTC
257 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTC
** ** *
37927 GAGAAATATGTAGAAAAAGCCA
321 GAGAAACGTCAAGAAAAAGGCA
* * * * *
37949 TTCATT-TCAAAAAAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-AT
1 TTCATTGGC--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTT
* ** *
38012 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTATTAC-TATTTTCATTAAAACAT
64 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTACAT-TTTTGGTTAAAACAG
* * ** * * *
38076 ACTATAATTTATTACCTGCCTC-AGAAAACATGTAAG-AAAAGCCAATCATTGGCAAGCAAAGTC
127 ACTATAATTAAATGTCTACCTCAAG-AAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * *
38139 CATTTATAGCCA-ACAATTCCTTGAAAAGACTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTATAATCTAAT
190 CATTTATAGTCACTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
38203 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAAAAAAATAATAATTGAATGTCTACC
255 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACC
* *
38267 TCGAGAAATGTGTC-A-AAAAAGTCA
319 TCGAGAAA--CGTCAAGAAAAAGGCA
* * * * *
38291 TTTACTGAG-AA-AAAA-TCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 TTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
38353 AATGGTTTCATAATCTAAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAACAGA
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * **
38418 TTACAACTAAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCAT
128 CTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * **
38483 TGATAGTCAC-CCATTCCTTCAACAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATTGCTTTACGATCTCATAA
193 TTATAGTCACTCTATTCCTTCAA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
38546 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
257 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
38585 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1341, Mismatches: 262, Indels: 111
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
337 82 0.06
338 112 0.08
339 190 0.14
340 120 0.09
341 207 0.15
342 318 0.24
343 178 0.13
344 130 0.10
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
TAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
ACGTCAAGAAAAAGGCA
Found at i:47293 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 47009--47318 Score: 406
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 169
46999 NNNNNNAAGG
* * *
47009 CTTTTGAAGGAATATGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCACTGTTTC
1 CTTTTGAAGGAATAGGTGAATATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCACTGTTTC
* * ** *
47074 TCAACCTAAATATTCAATTATAGTCTATTTTAACCGAATATCTAAAAAAATTCAACTCAAAATCA
66 TCAACATAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTCAAAATCA
47139 ATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGA
131 ATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGA
* * *
47178 CTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATGAACTTTTTTTGCCAGTGAATGCATTTTTCTTCA-TGT
1 CTTTTGAAGGAATAGGTGAATATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGC--TTTT-TTCACTGT
* * * * * * * * *
47242 TTCTCCAGATAGACGTTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAA
63 TTCTCAACATAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTCAAAA
47307 TCAATTATGAGA
128 TCAATTATGAGA
47319 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 20, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 44 0.37
171 70 0.59
172 4 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
CTTTTGAAGGAATAGGTGAATATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCACTGTTTC
TCAACATAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTCAAAATCA
ATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGA
Found at i:48511 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 48165--48836 Score: 757
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 171
48155 NNNNNAACAG
* * **
48165 TAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTAAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * * * * *
48229 TTGAAGGAATGGGTAACTATAAAAAGATTTTTCTT-CTAAATGAATGGC-TTTTT-TACATGTTT
66 TTGAAGGAATGGAAAACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATAAAT-ACTTTTTTCTTCACGTTT
* * * * *
48291 CTTGAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACTAAAAATG
129 CTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAAC-AAAAATA
* * *
48334 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * **
48399 TTGAAGGAATTGAAAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATACTTTTTTCTTCACGTTTCT
66 TTGAAGGAATGGAAAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATACTTTTTTCTTCACGTTTCT
* *
48464 TGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATA
131 CGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAACAAAAATA
* **
48505 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTTTAGCGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
48570 GTGAAGAAAT--AAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTTATGTTT
66 TTGAAGGAATGGAA-A-ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATACTTTTTTCTTCACGTTT
* * * * * *
48633 CTCAAGGGAAACATTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAATC
129 CTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAACAAAAATA
* * * *
48676 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGACATTATAAAACTATTTAACGCGAGGAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* *** * **
48741 TTTAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTTAATAAATA-TCTTTTTCTTCACGTTTC
66 TTGAAGGAATGGAAAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATACT-TTTTTCTTCACGTTTC
*
48805 TCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTA
130 TCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTA
48837 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 64, Indels: 18
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 46 0.11
170 59 0.14
171 321 0.75
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGAATGGAAAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATACTTTTTTCTTCACGTTTCT
CGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAACAAAAATA
Found at i:48795 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 48165--48836 Score: 850
Period size: 342 Copynumber: 2.0 Consensus size: 340
48155 NNNNNAACAG
* *
48165 TAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGTAAGTAATAAGGCTTT
1 TAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGCAAGTAATAAGGCTTG
* ** * * **
48230 TGAAGGAATGGGTAACTATAAAAAGATTTTTCTTCTAAATGAATGGCTTTTTTACATGTTTCTTG
66 TGAAGAAATAAGTAACTATAAAAAGACTTTTCTTCTAAATAAATGGCTTTTTTACATGTTTCTCA
* * * * * * * *
48295 AGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATT
131 AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACT
* * * * *
48360 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGAAAACTATAAATGG
196 ATGACATTATAAAACAATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAAACTATAAATAG
** * *
48425 ACTTTTCTTGCCAATGGATACTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTG
261 ACTTTTCTTGCCAATAAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTA
48490 TTTTAAACAAAAATA
326 TTTTAAACAAAAATA
* * * * *
48505 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTTTAGCGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAGCAAGTAATAAGGCTT
* *
48570 GTGAAGAAATAAG-AGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATAAAT-GCTTTTTT-CTTTATGT
65 GTGAAGAAATAAGTA-ACTATAAAAAGACTTTTCTT-CTAAATAAATGGCTTTTTTAC---ATGT
*
48631 TTCTCAAGGGAAACATTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAA
125 TTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * ***
48696 TCAACTATGACATTATAAAACTATTTAACGCGAGGAATAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTAT
190 TCAACTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAAACTAT
* ** *
48761 AAATAGACTTTTTTTGTTAATAAATA-TCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
255 AAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATACT-TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTA
48825 TAGTCTATTTTA
319 TAGTCTATTTTA
48837 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 44, Indels: 12
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 49 0.17
341 52 0.19
342 179 0.64
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
TAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGCAAGTAATAAGGCTTG
TGAAGAAATAAGTAACTATAAAAAGACTTTTCTTCTAAATAAATGGCTTTTTTACATGTTTCTCA
AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACT
ATGACATTATAAAACAATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAAACTATAAATAG
ACTTTTCTTGCCAATAAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTA
TTTTAAACAAAAATA
Found at i:49210 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 48891--49425 Score: 502
Period size: 172 Copynumber: 3.1 Consensus size: 173
48881 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
48891 GTGATTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGC-TTTTCT-TACATGTCTCATGAGGCATG-
1 GTGAATATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATGACTTTTTCTGCACGTTTCTCA--AGGTA-GA
* * ** * * *
48953 CATTCAATTATAGACA-GTTTTAATGAAAACTAT-AAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGA
63 CATTCGATTATAGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATTA
* * * *
49015 GATCATAAAGCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTGTTAAAGGAATGG
127 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTGTTGAAGGAATGG
* *
49062 GTGAATATAAATGGACTTTTCTTCTTAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
1 GTGAATATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATGACTTTTTCTGCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * * *
49127 TC-AGTTATA-ATATGTTTTAACCAATAATGTGAAAAATAT-TGACTTTAAAATTAATTTTTAGA
66 TCGA-TTATAGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATATAAC-TTAAAATCAATTATTAGA
*
49189 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CGTTTGAAGGAATGG
129 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTG-TTGAAGGAATGG
* * * *
49234 GTGACA-ATAAATAGAC-TTTCTTCTCAATAAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAGATA
1 GTGA-ATATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATGACTTTTTCTGCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * *
49297 TTCGATTATAGTTTTTTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATTAGAT
65 TTCGATTATAGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATTAGAT
* * * * *
49362 TATAAAATCATATAAAGTGACTAATAAGCCTT-TTGAAGGAATGG
130 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTGTTGAAGGAATGG
* **
49406 TTGGCTATAAATGGACTTTT
1 GTGAATATAAATGGACTTTT
49426 TTTTGCTAAT
Statistics
Matches: 297, Mismatches: 51, Indels: 30
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.01
171 110 0.37
172 168 0.57
173 15 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (173 bp):
GTGAATATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATGACTTTTTCTGCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
TCGATTATAGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATTAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTGTTGAAGGAATGG
Found at i:49288 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 48986--49697 Score: 513
Period size: 172 Copynumber: 4.2 Consensus size: 172
48976 TGAAAACTAT
* * * *
48986 AAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAGCAATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TT
1 AAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
49049 GTTAAAGGAATGGGTGA-ATATAAATGGACTTTTCTTCTTAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTT
65 -TTGAAGGAATGGGTGACA-ATAAATGGAC-TTTCTTCTCAATAAATGACTTTTTCTGCACGTTT
* *
49113 CTCAAGGTAGACATTC-AGTTATA-ATATGTTTTAACCAATAATGTG
127 CTCAAGGTAGACATTCGA-TTATAGATATGTTTTAACCAAAAATGTA
* * * * *
49158 AAAAATAT-TGACTTTAAAATTAATTTTTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGT
1 AAAAAAATATAAC-TTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
49222 TTGAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTCTTCTCAATAAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCTC
65 TTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTCTTCTCAATAAATGACTTTTTCTGCACGTTTCTC
* * * * *
49287 AAGGTAGATATTCGATTATAGTTTTTTTTTTACCAAAAATGTA
130 AAGGTAGACATTCGATTATAGATATGTTTTAACCAAAAATGTA
* * * * *
49330 AAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAATCATATAAAGTGACTAATAAGCCTTT
1 AAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * * *
49395 TGAAGGAATGGTTGGCTATAAATGGACTTTTTTTTGCTAATGATTGGCTTGTT-TACACGTTT-T
66 TGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTCTTCT-C-AATAAATGACTTTTTCTGCACGTTTCT
* ** * * * *
49458 CTAAGGCAGGTAATCAATTATAG-TCTGTTTTAA-TAAAAATAGT-
129 C-AAGGTAGACATTCGATTATAGATATGTTTTAACCAAAAAT-GTA
* * ********** * *
49501 AAAATAAT-TCAACTCAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAACTATTT-AAGCGAGTAAAAAGGCTT
1 AAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * ** **
49564 TTGAAGGATTGGGTGACTATAAAAGAACTTTTCTTCTAAATGAAT-AGCTTTTTCTATATTTTTC
65 TTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGAC-TTTCTTCTCAATAAATGA-CTTTTTCTGCACGTTTC
** * *
49628 TCAAGACA-AGCATTCAATTATAG-TCTGTTTTAACCAAAAATGT-
128 TCAAGGTAGA-CATTCGATTATAGATATGTTTTAACCAAAAATGTA
* *
49671 AAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTAT
1 AAAAAAATATAACTTAAAATCAATTAT
49698 GAGNNNNNNN
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 101, Indels: 38
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.03
170 85 0.20
171 101 0.24
172 182 0.43
173 30 0.07
174 12 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTCTTCTCAATAAATGACTTTTTCTGCACGTTTCTCA
AGGTAGACATTCGATTATAGATATGTTTTAACCAAAAATGTA
Found at i:51064 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 50772--51241 Score: 424
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
50762 NNNNNNNNNN
* * * * *
50772 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGGAAACATTTAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTATTCATGTTTCTCAAGGGAAACATTCAA
*
50837 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAA
66 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAA
*
50902 CTATTTAAAGCGGGGAATAAGGCTTTTTAAGGAATTGGTGA
131 CAATTTAAAGCGGGGAATAAGGCTTTTTAAGGAATTGGTGA
* * * * *
50943 CTATAAATGGACTTTTTTTGCTAATAAATACCTTTTTATTCATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTATTCATGTTTCTCAAGGGAAACATTCAA
* ********** *
51008 TTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGNNNNNNNNNNCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
66 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAA
*** * * * * *
51073 CAATTTAAAGAAAGTAGTAAGGCTTATGAAGGAATGGGTGA
131 CAATTTAAAGCGGGGAATAAGGCTTTTTAAGGAATTGGTGA
* * * * * * *** * * ** * **
51114 TTGTAAATAGACTTTTGTTCCCAATGAAGGGCTTTTCT-TACATGTCTCTTGAGGCAGGCATTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTT-TATTCATGTTTCTCAAGGGAAACATTCA
* * * *
51178 ATTATAGT-AAGTTTTAA-TAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
65 ATTATAATCTA-TTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATA
51241 A
128 A
51242 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 60, Indels: 6
0.78 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.03
171 229 0.97
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTATTCATGTTTCTCAAGGGAAACATTCAA
TTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAA
CAATTTAAAGCGGGGAATAAGGCTTTTTAAGGAATTGGTGA
Found at i:51629 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 51342--52683 Score: 873
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 171
51332 NNNNNNNNNN
* * * ** *
51342 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGGCTGTCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT
* * * * * * *
51407 CAAGAAACCTGAAGAAAAAAGCATTTATTGACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTA
66 CAAGAAACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
51472 AAAAGCCTTATTCCTTGCTTTAAACAGTTTTATAATCTCAT
131 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * *
51513 AGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT
* * ** *
51578 CAAGAAACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTTCTTC
66 CAAGAAACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* *
51643 AAAAGCCTTATTACTCG-TTAAAAATAGTTTTAAAATCTCAT
131 AAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * *
51684 TATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATATTTT--TTAAAACAGACTATAATTGAATTTTTACC
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACC
* * * * * *
51747 TCAAGAAACGTGAAGAAAA-AGCATCCATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCAATTCCT
65 TCAAGAAACATAAAGAAAAGAGCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * *
51810 TCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATTGCTTTATGATCTCAT
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* *
51853 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTT-CC
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TTACC
** * * * *
51917 T-TGGAAA-ATGTACAGACAAAG-GCATTCATTGACAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATTT
65 TCAAGAAACA--TAAAGA-AAAGAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * *
51979 CTTCAAAAGCCTTCTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
127 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * ** * *
52024 AATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTT-CATTTTTAGGTAAAACAAACTATAATT-AACCATCTAT
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTTTAC
** * ** * * *
52087 CTTGAGAAACATGAAGAAAA-ATTAAATGTCTAGCTTGAGAACGTCAAGAAAAAG-GCATTCATT
64 CTCAAGAAACATAAAGAAAAGA--GCAT-TC-A--TT--G-A---CAAG-AAAAGTCCATTTATA
* ** ** * * * *** * * *
52150 GGCAACAAAAATTTATATATAATAACCCATTCCTTCAAAAGCCATATT-ACTCA-TTTAAAATAG
116 GTC-AC--CCATTCCT-T-CAA-AAGCC-TT-ATT-ACTCG-C-T-TTAAAT-AGTTT--TATAA
* *
52213 TTTTAT
166 TCTCAT
* * ** * * * *
52219 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTGTATTTGTGGTTAAAACAGACAATAATTGAAC
1 AA--T--TGA----TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * * ** *
52284 ATCTACCTTGAA-AAA-AGTGAAGAAAA-ATGTATTCAATGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
58 GTTTACC-TCAAGAAACA-TAAAGAAAAGA-GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
52346 TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
120 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * *
52398 AATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTCT-GATTAAAACTA-ACTATAATTGAATGTCTAC
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTTTAC
* * * * ** *
52461 CT-AGAGAAACATGAAGAAACA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTT
64 CTCA-AGAAACATAAAGAAA-AGAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* *
52524 CTCCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCAT
127 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCAT
* * * * **
52569 AATTGATTATAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTCGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACC-
* ** * * * *
52633 TGAA-AAACATGTAGAAAA-ACCATTCATTGAGAACAAAAGGCCATTTATAGT
65 TCAAGAAACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
52684 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 923, Mismatches: 176, Indels: 146
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 129 0.14
170 136 0.15
171 444 0.48
172 20 0.02
173 3 0.00
174 1 0.00
175 2 0.00
176 2 0.00
177 1 0.00
178 1 0.00
179 10 0.01
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197 1 0.00
198 1 0.00
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200 1 0.00
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202 8 0.01
203 55 0.06
204 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT
CAAGAAACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
Found at i:52307 original size:203 final size:203
Alignment explanation
Indices: 51934--52311 Score: 503
Period size: 203 Copynumber: 1.9 Consensus size: 203
51924 ATGTACAGAC
* ** * * * * * *
51934 AAAGGCATTCATTGACAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTCTTACTC
1 AAAGGCATTCATTGACAACAAAAATCTATATATAATAACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTC
* * * *
51999 GTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTTCATTTTTAGGTAAA
66 ATTTAAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTTCATTTGTAGGTAAA
* * *
52064 ACAAACTATAATTAACCATCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAATTAAATGTCTAGCTTGAGAAC
131 ACAAACAATAATTAACCATCTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAATTAAATGTCTAGCTTGAGAAC
52129 GTCAAGAA
196 GTCAAGAA
* *
52137 AAAGGCATTCATTGGCAACAAAAATTTATATATAATAACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTC
1 AAAGGCATTCATTGACAACAAAAATCTATATATAATAACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTC
* *
52202 ATTTAAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTGTATTTGT-GGTTA
66 ATTTAAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTT-CATTTGTAGG-TA
*
52265 AAACAGACAATAATTGAA-CATCTACCTTGA-AAAAAGTGAAGAAAAAT
129 AAACAAACAATAATT-AACCATCTACCTTGAGAAAAA-TGAAGAAAAAT
52312 GTATTCAATG
Statistics
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0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
202 15 0.10
203 133 0.89
204 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.11, T:0.36
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AAAGGCATTCATTGACAACAAAAATCTATATATAATAACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTC
ATTTAAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTTCATTTGTAGGTAAA
ACAAACAATAATTAACCATCTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAATTAAATGTCTAGCTTGAGAAC
GTCAAGAA
Found at i:53703 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 53405--54533 Score: 1049
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 170
53395 NNNNNNNNNN
* * *
53405 TAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAG-CATTTATTGGCAAG
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCCATTCATTGG-AAG
* * * * ** **
53469 AAAAGTGC-ATTTATAGTCTCTTATTTCTTCAAAACCCTTATTACAAGCTAAAAATGGTTTTATA
65 AAAAGT-CTATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
*
53533 ATCTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGT
128 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * *
53576 TAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATCCATTGGTAAA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCCATTCATTGG-AAG
* * * **
53640 AAAAGTCTATTTATAGTCTCCAATTCCTTCAAAAATCTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTATAA
65 AAAAGTCTATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
53705 TCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGCT
129 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * *
53747 TAAAACATACTATAAATGAATG-CTTGCCTCAA-AAACCATGTAA-AAAAAAGCCATTCATTAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAA-CATG-AAGAAAAAAGCCATTCATTGGA
* *
53809 AGAAAAGTCTTTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TGCGC-TTAAATGGTTTTA
63 AGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAACCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTA
* * **
53872 TAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTAAC-TATTTTCAT
126 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTTGGT
* ** ** * *
53917 TAAAACAGACTATAATTGATTACCTGTCTC-AGAAAACATGTAAG--ATAAGCCAATCATTGGCA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATG-AAGAAAAAAGCCATTCATTGG-A
* * *** * * *
53979 AGAAAAGTCTATTTATAGCCAACCATTCTTTCAAAAGGTTTATTACTCACTTTATATGATTTTAT
63 AGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
54044 AATATAATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTGGT
127 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * ** *
54088 AAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTG-CCAAAAAAGCCATTTATTGAGAA-
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCCATTCATTG-GAAG
* *
54151 AAAAATCTATTTATTA-TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
65 AAAAGTCTATTTA-TAGTCAC-CATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
54215 ATCTAAAAACTGATTTTAAATTCAATTTTTTTCACATTATTAGT
128 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ACATTTTTGGT
* * ** * *
54259 TAAAACAGATTATAACTT-AATGTCTACTTTGAGAAGCGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGAGAA
1 TAAAACAGACTATAA-TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCCATTCATTG-GAA
* * * * * * * *
54322 AAAAAGT-TCATTTGTAGTCACCTATTCCTTCAATAGCTTTATTACTCACTTTAAATTGCTTTAT
64 GAAAAGTCT-ATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
54386 CATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACA-TTTTAGT
127 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * *
54429 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGTAGAAAAATA--TATTCATTGATAA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-AGCCATTCATTG-GAA
*
54492 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTAT
64 GAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAACCTTAT
54534 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 786, Mismatches: 136, Indels: 73
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 19 0.02
170 282 0.36
171 393 0.50
172 92 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGAAGA
AAAGTCTATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGT
Found at i:54043 original size:341 final size:332
Alignment explanation
Indices: 53405--54533 Score: 1065
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 332
53395 NNNNNNNNNN
* * *
53405 TAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACAT-AAAGAAAAAAGCATTTATTG-GCAA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACATGTAA-AAAAAAGCATTCATTGAG-AA
* * * * *
53468 GAAAAGTGC-ATTTATAGTCTCTTATTTCTTCAAAACCCTTATTA-CAAGCTAAAAATGGTTTTA
63 GAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATC--GCT-TAAATGGTTTTA
* * * *
53531 TAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
124 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACA-TTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAT
**
53596 TGTTTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAAG-C-ATCCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTC
187 TCCTT--CTCAGA-AAACATGAAG-AAAAAGCCAAT-CATTGG-AAAAAAAGTCTATTTATAGTC
* ** * *
53658 TCCAATTCCTTCAAAA-ATCTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATGGATTTTA
246 ACCAATTCCTTCAAAAGAT-TTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
53722 AGTTAAATTGTTTTACATTTTTGCT
310 AGTTAAATT-TTTTACATTTTTG-T
* * *
53747 TAAAACATACTATAAATGAATG-CTTGCCTCAAAAACCATGTAAAAAAAAGCCATTCATT-AGAA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAAAA-CATGTAAAAAAAAG-CATTCATTGAGAA
*
53810 GAAAAGTCTTTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATGCGCTTAAATGGTTTTATAA
63 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAT-CGCTTAAATGGTTTTATAA
* *
53875 TCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTAACTATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGATTAC
127 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAC-ATTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGATT-C
* * *
53940 CTGTCTCAGAAAACATGTAAG-ATAAGCCAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCAACC-
189 CT-TCTCAGAAAACATG-AAGAAAAAGCCAATCATTGG-AAAAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCA
* * * * *
54003 ATTCTTTCAAAAGGTTTATTACTCACTTTATATGATTTTATAATATAATAATTGATTTTAAGTTA
250 ATTCCTTCAAAAGATTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-
*
54068 AAATTTTTTATATTTTTGGT
314 AAATTTTTTACATTTTT-GT
* * * * ** *
54088 AAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAA-ACGTGCCAAAAAAGCCATTTATTGAGAA-
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAACATGT-AAAAAAAAG-CATTCATTGAGAAG
*
54151 AAAAATCTATTTATTA-TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
64 AAAAGTCTATTTA-TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TCGC-TTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
54215 ATCTAAAAACTGATTTTAAATTCAATTTTTTTCACATTATTAGTTAAAACAGATTATAACTTAAT
126 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTAACATT-TTA-TTAAAACAGACTATAA-TTGAT
* * * * *
54280 GTCTACTT-TGAG-AAGCGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGT-TCATTTGTAGTCA
187 -TC--CTTCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCAATCATTG-GAAAAAAAGTCT-ATTTATAGTCA
* * * * *
54342 CCTATTCCTTCAATAGCTTTATTACTCACTTTAAATTG-CTTTATCATCTCATAATTGATTTTAA
247 CCAATTCCTTCAAAAGATTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* *
54406 GTTGAATATTTTTACATTTTAGT
311 GTTAAAT-TTTTTACATTTTTGT
* * * *
54429 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGTAGAAAAATA-TATTCATTGATAAG
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACATGTA-AAAAAAAGCATTCATTGAGAAG
* * *
54493 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTAT
64 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
54534 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 654, Mismatches: 90, Indels: 86
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 60 0.09
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344 3 0.00
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (332 bp):
TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAACATGTAAAAAAAAGCATTCATTGAGAAGAA
AAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATCGCTTAAATGGTTTTATAATCTC
AAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTATTAAAACAGACTATAATTGATTCCTTCTCA
GAAAACATGAAGAAAAAGCCAATCATTGGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAA
AGATTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACA
TTTTTGT
Found at i:56152 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 56119--56156 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
56109 GAATGAGTGA
56119 CAATAAATAGACTTTCTTCT
1 CAATAAATAGACTTT-TTCT
56139 CAATAAAT-GACTTTTTCT
1 CAATAAATAGACTTTTTCT
56157 GCATGTTTTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.22
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ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (19 bp):
CAATAAATAGACTTTTTCT
Found at i:61518 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 61102--62222 Score: 1309
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 170
61092 NNNNNNNNNN
* * * *
61102 TTTATTGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCT-AAAAG
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-
* * * * * * * * *
61166 TTGATTTTAAATTTAATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACATT
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTC
** * *
61231 GAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAG-AAAGTCTA
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* * * * * * *
61273 TTTATTGTCACCCATTCCTTCAACAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGCTTTATAATTTTATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
61338 TAATTTTAAGTTGGATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATACTACAATTGAATGTTTACCTTG
66 TGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCG
* * *
61403 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGATAAGAAAACTCCA
130 AGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* ** *
61445 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
61510 TGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTATCTTGA
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGA
** *
61575 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACAGGA-AAAAAAAGGTCCA
131 GAAACATGAAGAAAAA-GCATTCA-TTGACAAGAAAA-GTCCA
* * *
61617 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATATTCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
61682 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCGA
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGA
* *
61747 GAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
131 GAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
** * * * * * *
61788 TTTATAGTCTTCTATTTCTTCAGAAGCCTTAGTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
*
61853 TGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCA
66 TGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCG
*
61918 AGAAACATGAAGAAAAAGCATCCATT-AGCAAGAAAAGTCCA
130 AGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
61959 TTTATAGTCTCCAATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCGC-TTAAATTGTTTTATAATCTGATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
62023 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTGAATGCTTGCCTCAA
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGA
* * * *
62088 GAAACAT-ACAGAACAAGTCATTCATTTAAAAGAAAAGTCCT
131 GAAACATGA-AGAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* ** * *
62129 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTTTCTTTAAATTGTTTTATGATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
*
62194 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
62223 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 822, Mismatches: 114, Indels: 28
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 62 0.08
170 85 0.10
171 381 0.46
172 288 0.35
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGA
GAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
Found at i:61740 original size:343 final size:337
Alignment explanation
Indices: 61102--62222 Score: 1298
Period size: 343 Copynumber: 3.3 Consensus size: 337
61092 NNNNNNNNNN
* * *
61102 TTTATTGTCACCCATTCCTT-AAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCT-AAAA
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
61165 GTTGATTTTAAATTTAATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACAT
65 -TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-T
** * * * * * *
61230 TGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCA
127 TGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-AGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * *
61295 ACAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGCTTTATAATT-TTATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTT
191 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT-ATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTT
* * * * *
61359 TTATATTTTTGGTTAAAACATACTACAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
254 TTAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACAT-AAGAAAAAG-CA
* * *
61424 TTTATTGATAAGAAAACTCCA
317 TTCATTGAAAAGAAAAGTCCA
* * *
61445 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
61510 TGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTATCTTGA
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTGA
61575 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACAGGAAAAAAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
130 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-A-GAAAAAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * *
61640 AAGCTTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
192 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
*
61705 AATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTC
257 AATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACAT-AAG-AAAAAGCATTC
**
61770 ATTGGCAAGAAAAGTCCA
320 ATTGAAAAGAAAAGTCCA
** * * * * * * *
61788 TTTATAGTCTTCTATTTCTTCAGAAGCCTTAGTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* **
61853 TGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCA
66 TGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTG
* * * * * *
61918 AGAAACATGAAGAAAAA-GCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCAATTCTTTCAA
129 AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA--AGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
61982 AAGCCTTATCACTCGC-TTAAATTGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
192 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * *
62046 CATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTGAATGCTTGCCTCAAGAAACATACAGAACAAGTCATTC
257 AATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATA-AGAAAAAG-CATTC
* *
62111 ATTTAAAAGAAAAGTCCT
320 ATTGAAAAGAAAAGTCCA
* * ** * *
62129 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTTTCTTTAAATTGTTTTATGATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
*
62194 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
62223 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 667, Mismatches: 100, Indels: 25
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 21 0.03
341 174 0.26
342 95 0.14
343 233 0.35
344 144 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (337 bp):
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTGAG
AAACATGAAGAAAAAGGCATTCAAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATT
TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATAAGAAAAAGCATTCATTGAA
AAGAAAAGTCCA
Found at i:67238 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 66528--67580 Score: 1027
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 171
66518 NNNNTGTTGG
* * * * * * * * *
66528 CTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGATTGGC--TTTTCTTACACGTTTTTTGAGGTAGATAATC
1 CTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-ACTTTTTTCTT-CATGTTTCTTGAGGTAAACATTC
* ** * *
66591 AATTATAGTATGTTTTAAATAAAACA-GTAAAAAAATTTATCTCAAAATCAATTATGAGATTATA
64 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * ** * *
66655 AAACCATTT-AAGTGAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATGGGGGA
128 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
* ** * * **
66698 CTATAAAAGGACTTTTCTTCAAAATGAATGACTCTTTT-TTCGTGTTTCTTGAGGTAGGCATTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-ACTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCA
* * *
66762 ATTATCGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAA
65 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * **
66826 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGCAATTGGAAA
130 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
* *
66868 CTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGGATACTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCA
* * * *
66932 ATTATAGTCCGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
65 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** ** * * ** ** *
66997 ATTATTTTTAGCGAGTAGTAAGGCTTTTCAACAAATAAGAGA
130 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
* * * *
67039 CTATAAATGGACTTTTCCTAC-CAATGAATACTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAATACTT-
1 CTATAAATGGACTTTT-CTTCTCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACA-TTC
* * *
67102 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATA
64 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
67167 AAGCAATATAAAGCGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATTGGTGA
128 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
* * *
67211 CTATAAATGGACCTTTCTTCTCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-ACTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCA
* * * * * * * *
67275 GTTATAATCTATTTTAACCAATAATGTGAAAAAAATTTAATTTTAAATCAATTTTTAGATTATAA
65 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ** * *
67340 AATC-ATTTAAAGCGAGTAAGAACACTTTTGAAGAAATGGGTGA
129 AA-CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
* * * * * * *
67383 CAATAAATAGAC-TTTCTTCTCAATAAATAGC-TTTTTCTGCAAGTGTC-TGAAGGTAGACATTC
1 CTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATA-CTTTTTTCTTCATGTTTCTTG-AGGTAAACATTC
* * * *
67445 AATTATAGTCTTTTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTTAGATTATA
64 AATTATAGTC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
67510 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATTGTTGG
128 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
* *
67554 CTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
67581 TTGGCTTTTC
Statistics
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0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
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173 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAA
TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
Found at i:67268 original size:343 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 343 Copynumber: 3.3 Consensus size: 340
66518 NNNNTGTTGG
* * * * * * *
66528 CTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGATTGGC-TTTTCTTACACGTTTTTTGAGGTAGATAATCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTT-CACGTTTCTTGAGGTAAACATTCA
* * * *
66592 ATTATAGTATGTTTTAAATAAAACA-GTAAAAAAATTTATCTCAAAATCAATTATGAGATTATAA
65 ATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
66656 AACCA-TTTAAGTGAGTAATAAGAC-TTTCAAAGGAATGGGGGACTATAAAAGGACTTTTCTTCA
129 AATCATTTTAAGCGAGTAGTAAGACTTTTCAAA--AATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCA
* * * * * *
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192 CAATGAAT-ACTTTTTTCTTCATGTTTC-TGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
66783 AAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
255 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
* * **
66847 AGCTTTTGAAGCAATTGGAAA
320 GGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
* *
66868 CTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGGAT-ACTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTC
1 CTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTC
* * *
66931 AATTATAGTCCGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
64 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * ** *
66996 AATTATTTTTAGCGAGTAGTAAGGCTTTTCAACAAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCCT-AC
129 AATCATTTTAAGCGAGTAGTAAGACTTTTCAA-AAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCA-
* * *
67060 CAATGAATACTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAATACTT-AATTATAGTCTGTTTTAACCAA
192 CAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCT-GAGGTAGACA-TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* * * *
67124 AATTGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAGCAATATAAAGCGAGTAATA
255 AAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
*
67189 AGGCTGTTGAAGGAATTGGTGA
319 AGGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
* * * *
67211 CTATAAATGGACCTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAG
1 CTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAA
* * * * * * * *
67276 TTATAATCTATTTTAACCAATAATGTGAAAAAAATTTAATTTTAAATCAATTTTTAGATTATAAA
66 TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * *
67341 ATCATTTAAAGCGAGTAAG-AACACTTTTGAAGAAATGGGTGACAATAAATAGAC-TTTCTTCTC
130 ATCATTTTAAGCGAGT-AGTAAGACTTTTCAA-AAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCAC
* * * * * *
67404 AATAAATAGC-TTTTTCTGCAAGTGTCTGAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTTTACCAA
193 AATGAATA-CTTTTTTCTTCATGTTTCTG-AGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACCAA
* * * *
67468 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
255 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
67533 GCCTTTTGAAGGAATTGTTGG
320 GGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
* * * ** *** *
67554 CTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGATTGGC-TTTTCTTACACGTTT-TCTGAGACAGGTAATC
1 CTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTT-CACGTTTCT-TGAGGTAAACATTC
*
67617 AATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAACA-GTAAAAAAATTCAACT
64 AATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAA-ATGTAAAAAAATTTAACT
67659 CAAANNNNNN
Statistics
Matches: 649, Mismatches: 116, Indels: 50
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Matches are distributed among these distances:
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345 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
CTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAA
TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
TCATTTTAAGCGAGTAGTAAGACTTTTCAAAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCACAAT
GAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGAATTGGTGA
Found at i:67408 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 67383--67420 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
67373 AAATGGGTGA
67383 CAATAAATAGACTTTCTTCT
1 CAATAAATAG-CTTT-TTCT
67403 CAATAAATAGCTTTTTCT
1 CAATAAATAGCTTTTTCT
67421 GCAAGTGTCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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19 4 0.22
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Consensus pattern (18 bp):
CAATAAATAGCTTTTTCT
Found at i:69719 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 69691--69729 Score: 62
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69681 TGCCTCAGAA
*
69691 AATTTGTAAGAAAA-TCCAAT
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69711 AATTGGTAAGAAAAGTCCA
1 AATTGGTAAGAAAAGTCCA
69730 TTTATAGCCA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (21 bp):
AATTGGTAAGAAAAGTCCAAT
Found at i:70833 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 70496--71523 Score: 1190
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 172
70486 NNNNNNNNNN
* * ** *
70496 GCCTTATTAGTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTAG
1 GCCTTATTACTCGCTTGAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTAC
* * * * *
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* * *
70624 CATTTAGAAGAAAAGTCCTTTTATAATCGCCCATTCCTTTAAAA
129 CATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAA
* *
70668 GCCTTAGTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTGAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * * *
70733 TTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATCCA
66 TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCCATTCA
* *
70797 -TTAGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCTCCAATTCCTTCAAAA
131 TTTAG-AAGAAA-AGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAA
* * * *
70839 GCTTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTGAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * * * * *
70904 TTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAGTGCCTACCTCAAGAAACAT-ATAG-AAAATGTCATTC
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*
70967 ATTTAGAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAA
130 ATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAA
* * * *
71010 GCTTTATTACTTTC-CTT-AAATTGTTTTCTGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCA
1 GCCTTATTAC--TCGCTTGAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * **
71073 CATTTTTGGTTAAAACGGACAATAATTGAATGTCTGCCTCGGGAAACAT-ACAGAAAAAA-CCAT
64 CATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAAGCCAT
* * * * *
71136 TCATTGAGAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAA
128 TCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAA
** ** *
71181 GCCTTATTACTCGCTAAAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTGAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
71246 TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG--GAAAAAGAGCCATTC
66 TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-AGCCATTC
*
71309 ATTTAGAAGAAAAGTCC-TTTCATAGTC-CCTCATTCCTTTAAAA
130 ATTTAGAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCGCC-CATTCCTTCAAAA
* * * * * *
71352 GCCTTAGTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTATGTTGAATTGTTTTTAT
1 GCCTTATTACTCGCTTGAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTAC
* * *** *
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65 ATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCCATTC
* * * * *
71481 A-TTAGCAAGAAAAATTCATTTATAGTCTCCAATTCTTTCAAAA
130 ATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAA
71524 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 95, Indels: 48
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 19 0.03
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173 9 0.01
174 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
GCCTTATTACTCGCTTGAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCCATTCA
TTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAA
Found at i:71161 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 70496--71523 Score: 1377
Period size: 342 Copynumber: 3.0 Consensus size: 341
70486 NNNNNNNNNN
* * *
70496 GCCTTATTAGTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTAG
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTAC
* * *
70561 ATTTTTAGTTAAAATAGAA-TATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAATATGGAAAAAAAGCCATTC
65 ATTTTTGGTTAAAACA-AACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGG-AAAAAAGCCATTC
*
70625 ATTTAGAAGAAAAGTCCTTTTATAATCGCCCATTCCTTTAAAAGCCTTAGTACTCGCTTGAAATG
128 ATTTAGAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCGCCCATTCCTTTAAAAGCCTTAGTACTCGCTTGAAATG
** *
70690 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATA
193 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * *
70755 ATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATCCATTAGCAAGAAATATCCATTTATA
258 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATCCATTAGCAACAAATATCCATTTATA
*
70820 GTCTCCAATTCCTTCAAAA
323 GTCACCAATTCCTTCAAAA
* *
70839 GCTTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* ** * *
70904 TTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAGTGCCTACCTCAAGAAACATATAGAAAATGTCATTCAT
66 TTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGGA-AAAAAGCCATTCAT
* * * *
70969 TTAGAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTTTC-CTT-AAATT
130 TTAGAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCGCCCATTCCTTTAAAAGCCTTAGTAC--TCGCTTGAAATG
* * * * *
71032 GTTTTCTGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACGGACAATA
193 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* ** * *
71097 ATTGAATGTCTGCCTCGGGAAACAT-ACAGAAAAAACCATTCATTGAG-AACAAA-AGTCTATTT
258 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAACCATCCATT-AGCAACAAATA-TCCATTT
*
71159 ATAGTCACCTATTCCTTCAAAA
320 ATAGTCACCAATTCCTTCAAAA
** **
71181 GCCTTATTACTCGCTAAAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * *
71246 TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGGAAAAAGAGCCATTCAT
66 TTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGGAAAAA-AGCCATTCAT
*
71311 TTAGAAGAAAAGTCCTTTCATAGTC-CCTCATTCCTTTAAAAGCCTTAGTACTCGCTTGAAATGG
130 TTAGAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCGCC-CATTCCTTTAAAAGCCTTAGTACTCGCTTGAAATGG
* * * *
71375 TTTTATAATCCCATAATTGATTTTATGTTGAATTGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
194 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* *** * * * *
71440 ATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGGGAAGAAAAAAGCATCCATTAGCAAGAAAAATTCATTTATA
258 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATCCATTAGCAACAAATATCCATTTATA
* *
71505 GTCTCCAATTCTTTCAAAA
323 GTCACCAATTCCTTCAAAA
71524 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 591, Mismatches: 79, Indels: 30
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 14 0.02
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343 144 0.24
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATGGAAAAAAGCCATTCATT
TAGAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCGCCCATTCCTTTAAAAGCCTTAGTACTCGCTTGAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATCCATTAGCAACAAATATCCATTTATAGTC
ACCAATTCCTTCAAAA
Found at i:72390 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 71855--73553 Score: 721
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 169
71845 NNNNNNNNNN
**
71855 CGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTA-ATTTTTTTACAATTTTCATT
1 CGCTTTAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAGATTTTTTTAC-ATTTTTGTT
* * * * * * * *
71918 AAAACTGGA-TATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAGACATGTAAG-AAAAGCCCTTCATTGGGAAG
63 AAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG-AAGAAAAAGCCATTCATTGAGAA-
************** *
71981 AAAAGTCTATTTACNNNNNNNNNNNNNTTCAAAAGCCTTACTACT
125 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* ** * * **
72026 CTCTTTAAATTGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTGAGTT-GAATTTTTTTAC-TGGTTTCATT
1 CGCTTTAAAGAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACAT--TTTTGTT
* * * * *
72089 AAAACAGACTATAATTGATTGCCTACCTCAAAAAACGTGTAAG-AAAAGCCAATCATTG-GCAAG
63 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG-AAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AA-
* * *********** *
72152 AAAAGTCTATTTATAGCCAACCNNNNNNNNNNNAGTCTTATTACT
125 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
72197 CGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGTTAA
1 CGCTTTAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGTT-A
* * * *
72261 AAAAAGACTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACGT-ACAGAAAAAGCCATTTATTGAGAAAAA
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAA
* *
72325 AGTCTATTTATCGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
128 AGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
72367 CGCTTTAAAGAGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTCAAATTATTGGTTA
1 CGCTTTAAAGAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTT-ACATT-TTTGTTA
* ********** * *
72432 AAACAGATTATANNNNNNNNNNTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAATCCATTCATTGAGAAGAAA
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAA-AAA
* *
72496 AGTCTATTTATAATCACCCATTCCTTCAACAGCCTTATTACT
128 AGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** * *************** *
72538 CGCTTTAAATTGCTTTNNNNNNNNNNNNNNNATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACAGTTTTAGTTA
1 CGCTTTAAAGAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACA-TTTTTGTTA
* * * *
72602 AAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAGAAAGGCATTCATTGATAAGAAA
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAA-AAA
* *
72667 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-TCTTATTACT
128 AGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * **
72708 CGCTTTAAATG-GTATTATAATCTCATGATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTGTATTTTTTGTTA
1 CGCTTTAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACA-TTTTTGTTA
*********** * * * * * *
72772 AAACAGACTATAATNNNNNNNNNNTCTCCAGAAACATAAAGAAAAGGGCATTCACTG-GCCAAAA
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG--AAAA
* * * ** * *
72836 AAATCCATTTATAGTCACCAATTTTTTCGAAAGCTTTATTACT
127 AAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
72879 CGCTTTAAATG-GTTTTATATTCTCGTAATTGATTTTAAGTT-GAACTTTTATAGATTTTTAGTT
1 CGCTTTAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTT-GTT
* * * * * ************
72942 AAAACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAG-CANNNNNNNNNNNNN
63 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCA-TTCATTGAGAAA
******* * ** * * *
73006 NNNNNNNATTTGTAGTCTTCTATTTCTTCAAAAGCCTTACTACT
126 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* ** * * *
73050 CTCTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTGTTGGTTA
1 CGC-TTTAAAGAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATT-TTTGTTA
* * * * *
73115 AAATAGACTATAATTGATTGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTTATTGATAAAAAA
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-GAAAAA
* * *
73180 AGT-TCATTTATAGTCACCCATTTCTTAAAAAGCCTTATTTCT
128 AGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * ***********
73222 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTT-GAATTTTTTTANNNNNNNNNNNN
1 CGCTTTAAAGAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTA-CATTTTTGTTA
** * * * *
73286 NNACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAG-CATTCATTTGCA-AGA
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCA-TTG-AGAAA
* ** ** * *
73349 AAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTTGTTGAAAAGTCTTATTACT
126 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** ** * * * ****
73393 CGCTAAAAATGA-TTTTATAATCTTGTAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTNNNNN
1 CGCTTTAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTT-GTTA
***** * * * * *
73457 NNNNNGACTATAATTGAATATTTACCTCAAGAAACATGAAGAGAAAAG-CATCCATTG-GCAAGA
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTGAG-AA-A
* * *
73520 AAAGTCCATTTATAGTCTCCAATTCCTTCAAAAG
126 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
73554 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1147, Mismatches: 329, Indels: 104
0.73 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
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172 140 0.12
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
CGCTTTAAAGAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGTTAAA
ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAGT
CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
Found at i:76421 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 76062--76538 Score: 559
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 168
76052 NNNNNNNNNN
* * ** *
76062 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACAA
1 TTAAA-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAG
* * * *
76127 ACTATAATTAAACGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAA-AAGGAATTCATTGACAAGAAAAGTCC
64 ACTATAATTAAATGTCTAGCTCAAGAAACGTGAAGAAATAA-GCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* *
76191 ATTTATAGTCACCTATTCCTTGAAAAGTCTTATTATCCGCT
128 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATCCGCT
*
76232 TTAAAGGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
1 TTAAAGG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAG
* * * *
76297 ACTATAATTAAATTTCTA-CATCGAGAAACGTGAAGAAATAAGCTTTCATTAGATAAGAAAAGTC
64 ACTATAATTAAATGTCTAGC-TCAAGAAACGTGAAGAAATAAGCATTCATT-GACAAGAAAAGTC
*
76361 CATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCGCTT
127 CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATC-CGC-T
* **
76404 TTAATA-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATGTTTTTACATTATTGGTTAAAACA
1 TTAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAAT-TTTTTACATT-TTTATTAAAACA
* * * * * * *
76468 GATTATAGTTAAATGTCTAGCTCCAG-AACGTCAAGAAATAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
63 GACTATAATTAAATGTCTAGCTCAAGAAACGTGAAGAAATAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
*
76532 ATATATA
128 ATTTATA
76539 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 31, Indels: 22
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 111 0.42
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172 44 0.17
173 4 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTACATTTTTATTAAAACAGAC
TATAATTAAATGTCTAGCTCAAGAAACGTGAAGAAATAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATCCGCT
Found at i:77120 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 76725--77187 Score: 533
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 170
76715 NNNNNNNNNN
* * * * *
76725 AAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
1 AAGTTCATTTATAGTTA-CCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATACTC
* * * * * *
76790 TAATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACTA-ACTATAATTGAATGT
65 TCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAAC-AGACAATAATTGAATGT
* * * *
76854 CTACTTGGAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCGTTGGCAAGAA
128 CTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAACAA
** * * **
76897 AAG-TCTATTTATAGTCTATTATTTCTCCAAAAGCCTTCTTACTC-CTTTTAAATTTTTTTATAC
1 AAGTTC-ATTTATAGT-TACCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGATTTTATAC
76960 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGT
63 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGT
* *
77025 CTTCCTTGG-GAAACATGTAGAAAAAACCATTCATTGAG-AACAA
128 C-TACTTGGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTG-GCAACAA
* * *
77068 AAGTTCATTTATAGTTACCCATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATAAC-
1 AAGTTCATTTATAGTTA-CCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT-ACT
* * *
77132 CCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAA
64 CTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAA
77188 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 34, Indels: 21
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 166 0.67
172 77 0.31
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
AAGTTCATTTATAGTTACCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATACTCT
CATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTA
CTTGGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAACAA
Found at i:78028 original size:173 final size:167
Alignment explanation
Indices: 77562--78501 Score: 779
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 167
77552 NNNNNNNNNN
* * * ** *
77562 TTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGAAAATAAATTTCTTTTTCTTCACGTT
1 TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGA-CTTTTC-T--CAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTT
* ** * *
77626 TCTTGAGGTAGACATTTAATTGTAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
62 TCCTGAGGTAGACATTCGATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
* * * * * *
77691 CAATTATGAGATCATAAAGCAATATAAAGCGAGTAATAAAAGC
127 CAATT-TTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGC
* * * * * *
77734 TGTTGAAGAAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTACTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
1 TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAC-TTT-T-CTCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* * * * *
77799 -CTCAAGGTAAACATTCCG-TTATAATCTGTTTTAACCAATAATATG-AAAACAATTTAATTTAA
63 CCT-GAGGTAGACATT-CGATTATAGTCTGTTTTAACCAA-AA-ATGTAAAAAAATTTAACTTAA
* * *
77861 AATCAATATTTAGAATATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
124 AATCAAT-TTTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * *
77906 TTTTGAAGGAATAGGTGACAATAAATAGACTATCTTCTCAAATAAATGGCTTTTTCTACATGTTT
1 TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACT-T-TTCTC-AATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* * * *
77971 CCTGAGGTAGGCATTCGATTATAGTCTTTTTTTTTACCAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAA
63 CCTGAGGTAGACATTCGATTATAGTC--TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA
*
78036 TCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCC
126 TCAATT-TTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
78079 TTTTGAAGGAAT-GGTTAGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTGGC-TTTTCTTACTTGT
1 TTTTGAAGGAATAGGTGA-CTATAAATGGACTTTTC-T--CAATAAATGGCTTTTTCTT-CATGT
* * * ** * *
78142 TTTCTGAGGCAGGTA-ATTAG-TTATAGTCTGTTTTAATGAAAACA-GTAAAAAAATTCAACTCA
61 TTCCTGAGGTA-G-ACATTCGATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTTAACTTA
* *
78204 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTTAA-CGAGTAATAAGGC
123 AAATCAATT-TTAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** * * * * * *
78250 TTTTGAACAAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAAT-GCTTTTTTCTTTATATT
1 TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC-T--CAATAAATGGC-TTTTTCTTCATGTT
* * * * * * *
78314 TCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAATATTCAACTTAAAAT
62 TCCTGAGGTAGACATTCGATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
* * * *
78379 CAACTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGC
127 CAA-TTTTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * *
78421 TTTTTAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTT
1 TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAC---TTTTCTCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
78486 -CTCGAGGTAGACATTC
63 CCT-GAGGTAGACATTC
78502 AATNNNNNNN
Statistics
Matches: 620, Mismatches: 108, Indels: 81
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 12 0.02
171 243 0.39
172 174 0.28
173 164 0.26
174 25 0.04
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (167 bp):
TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT
GAGGTAGACATTCGATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
TTTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
Found at i:78209 original size:344 final size:339
Alignment explanation
Indices: 77582--78502 Score: 884
Period size: 344 Copynumber: 2.7 Consensus size: 339
77572 ATGGGTGACT
* * * *
77582 ATAAAT-GAGCTTTTCTTGAAAATAAATTTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAAT
1 ATAAATAGA-CTTTTCTTGCAAATAAA-TGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
* * * * *
77646 TGTAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAGC
64 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAC
* * * * *
77711 AATATAAAGCGAGTAATAAAAGCTGTTGAAGAAATGGGT-GACTATAAAAGGACTTTTCTACTCA
128 AATTTAAAGCGAGTAAT--AAGCTTTTGAAGGAATGGTTAG-CTATAAATGGACTTTTCTACTCA
*
77775 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCCGTTATAATCTGTTTTAACCAATAA
190 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT-AACATTCAGTTATAATCTGTTTTAACCAATAA
* * * * * * * *
77840 TATGAAAACAATTTAATTTAAAATCAA-TATTTAGAATATAAAATCA-TTTAAAGTGAGTAATAA
254 CATGAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTA-TGAGAATATAAAACCATTTTAAA-CGAGTAATAA
** * *
77903 GGCTTTTGAAGGAATAGGTGACA
317 GGCTTTTGAACAAATAAGAGACA
* * * *
77926 ATAAATAGACTATCTTC-T-CAAATAAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCTGAGGTAGGCATTCGA
1 ATAAATAGACT-T-TTCTTGCAAATAAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* * *
77989 TTATAGTCTTTTTTTTTACCAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAA
63 TTATAGTC--TGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAA
* *
78054 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGTTAGCTATAAATGGACTTTTCTTGC-
125 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGAATGGTTAGCTATAAATGGACTTTTC-TACT
* * *
78118 CAATGATTGGC-TTTTCTT-ACTTGTTTTCTGAGGCAGGT-A-ATT-AGTTATAGTCTGTTTTAA
188 CAATGAATGGCTTTTTCTTCAC--G-TTTCTCA---AGGTAACATTCAGTTATAATCTGTTTTAA
** * *
78178 TGAA-AACA-GTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTTAACGAG
247 CCAATAACATG-AAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTTAAACGAG
*
78241 TAATAAGGCTTTTGAACAAATAAGAGACT
311 TAATAAGGCTTTTGAACAAATAAGAGACA
* ** * * * *
78270 ATAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGCTTTTTTCTTTATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATT
1 ATAAATAGACTTTTCTTGCAAATAAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
78335 ATAGTCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAATATTCAACTTAAAATCAACTATAAGATTATAAAACT
65 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACA
* * * *
78400 ATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTTAAGGAATAGGTGA-CTATAAATGGACTTTTTTTA-TCAA
129 ATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAAT-GGTTAGCTATAAATGGAC-TTTTCTACTCAA
* * * *
78463 TAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
191 TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTA-ACATTCA
78503 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 471, Mismatches: 73, Indels: 68
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.01
340 1 0.00
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342 104 0.22
343 24 0.05
344 173 0.37
345 74 0.16
346 77 0.16
347 1 0.00
349 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
ATAAATAGACTTTTCTTGCAAATAAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA
TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAAT
TTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATGGTTAGCTATAAATGGACTTTTCTACTCAATGAAT
GGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAACATTCAGTTATAATCTGTTTTAACCAATAACATGAAA
AAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTTAAACGAGTAATAAGGCTTTTGA
ACAAATAAGAGACA
Found at i:83808 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 83631--83968 Score: 378
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
83621 NNNNNNNNNN
* * * * * *
83631 GAAGGAATGAGTGACTGTAAATA-GACGTTTCTTGTCAATGAATGCCT-TTTTCTTTATGTTT-T
1 GAAGGAATAAGTGACTATAAA-AGGACGTTTCTTCTAAATGAATGACTGTTTT-TGTATGTTTCT
* ********** *
83693 CCAAGGTAGACATTCAAATATAGTCTGTTTTNNNNNNNNNNGTAAAA-ACATTCAACTTAAAATC
64 -CAAGGTAGACATTCAAATATAGTCTGTTATAACTAAAAATGTAAAACA-AATCAACTTAAAATC
*
83757 ATTTATGAGATCATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT
127 AATTATGAGATCATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT
* **
83802 GAAGGAATAAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTCTAAATGAATGACTGTTTTTGTATGTTTCTTG
1 GAAGGAATAAGTGACTATAAAAGGACGTTTCTTCTAAATGAATGACTGTTTTTGTATGTTTCTCA
* * *
83867 AGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTATAACTAAAAATGTAAAACAAATCAACTTCAAATCAATT
66 AGGTAGACATTCAAATATAGTCTGTTATAACTAAAAATGTAAAACAAATCAACTTAAAATCAATT
*
83932 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
131 ATGAGATCATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
83969 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 26, Indels: 8
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 130 0.95
172 6 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
GAAGGAATAAGTGACTATAAAAGGACGTTTCTTCTAAATGAATGACTGTTTTTGTATGTTTCTCA
AGGTAGACATTCAAATATAGTCTGTTATAACTAAAAATGTAAAACAAATCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATCATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT
Found at i:88940 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 88645--89356 Score: 773
Period size: 172 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
88635 AGGTAGGTGA
* ** * * *
88645 TCAA-TATAGTCTCTTTTAATGAAAACA-GTACAAAAATTCAACTCAAAATCAATTACGAGATTA
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
88708 TAAAACCATTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GTGTGACTATAAAAT-GACTTTTC
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTAT-AAATGGACTTTTC
* * * * * **
88770 TTCTAAATGAATGACTTTTTCTACATGTTTCTCTATGCAGGCAT
128 TTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACAT
*
88814 TCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * *
88879 TAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-TGTAGACTATAAATGGACTTTTCT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGT-GACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** *
88943 TGC-CAATGGAT-GCTTTTTTCTTCATATTTCAGGAGGAAAACAT
129 T-CTCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACAT
* * * *
88986 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAACTATGAGATTAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
89051 AAAACTATTCAAAGCGAGTAATAAAGCTGTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
66 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
* * * * *
89116 TCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAATGTAAATAT
131 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACAT
* * * * * *
89157 TCAGTTATAATCTGTTTGAACCAATAATATG-AAAAAAATTGAATTTAAAATCAAATT-TTAGAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA-AA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGAT
* * * *
89220 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATCGGTGACTATGAATGGACTTTTG
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
89285 TTTTCAATGAATGGTTTTTTCTGT-ATGTTTCCCGAGGCAGACAT
128 TTCTCAATGAATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCTCGAGGCAAACAT
*
89329 TCAATTATTA-ACTGTTTTAACCAAAAAT
1 TCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
89357 CAATTATAGT
Statistics
Matches: 455, Mismatches: 72, Indels: 31
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 24 0.05
171 184 0.40
172 233 0.51
173 9 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACAT
Found at i:89346 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 88676--89822 Score: 913
Period size: 343 Copynumber: 3.3 Consensus size: 342
88666 AAAACAGTAC
* * * *
88676 AAAAATTCAACTCAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AAAAATTCAACTCAAAATCAACTACGAGATTATAAAACCATTAAAGCGAGTAATAAAGCTGTTGA
* *
88741 AGGAATGTGTGACTATAAAATGACTTTTCTTCTAAATGAATGACTTTTTCTACATGTTTCTCTAT
66 AGGAATGTGTGACTATAAAATGACTTTTCTTCTAAATGAATGACTTTTCCTACATGTTTCTCAAT
** * * * *
88806 GCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
131 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
88871 TGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGTAGACTATAAATGGA
196 TGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGTAGACTATAAATGGA
* * *
88936 CTTTTCTTGCCAATGGATGCTTTTTTCTTCATATTTCAGGAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGT
261 CTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCACGAGGAAAACATTCAATTATAGACTGT
89001 TTTAACAAAAAATCTAA
326 TTTAACAAAAAATCTAA
* * * *
89018 AAAAATTCAACTTAAAATTAACTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGCGAGTAATAAAGCTGTTG
1 AAAAATTCAACTCAAAATCAACTACGAGATTATAAAACCATT-AAAGCGAGTAATAAAGCTGTTG
* * *
89083 AAGGAATAG-GTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTC
65 AAGGAAT-GTGTGACTATAAAAT-GACTTTTCTTCTAAATGAATGACTTTTCCTACATGTTTCTC
* * * * * * *
89146 AATGTAAATATTCAGTTATAATCTGTTTGAACCAATAATATGAAAAAAATTGAATTTAAAATCAA
128 AATGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATC-A
* * * *
89211 ATT-TTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATCGGT-GACTATGA
192 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAAT-GGTAGACTATAA
* ** * * * * *
89274 ATGGACTTTTGTTTTCAATGAATGGTTTTTTCTGT-ATGTTTCCCGAGGCAGACATTCAATTATT
256 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCT-TCATATTTCACGAGGAAAACATTCAATTA-T
89338 A-ACTGTTTTAACCAAAAATCAATTATAGTCTGTTTTAA
319 AGACTGTTTTAA-C---AA--AA--A-A-TC-----TAA
* ** * * * ** *
89376 TGAAAACAGT-AA-AAAAAATTTAACT-CAAAATCAATCATGAGATTATAAAATTATTTAAGTGA
1 --AAAA-ATTCAACTCAAAA-TCAACTACGAGAT---T-AT-A-A--A-ACCATTA---AAGCGA
* * * * * * *
89438 GTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTCTACATGAATGACTTTTT
50 GTAATAAAGCTGTTGAAGGAATGTGTGACTATAAAATGACTTTTCTTCTAAATGAATGACTTTTC
* * ** * * * * * *
89503 CTGCATGTTTCTCAAGGCAGGCATTGAATTATAGTCTCTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTC
115 CTACATGTTTCTCAATGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATATAAAAAAAATTC
* * *
89567 AACTTAAAATCAATTATGCGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATT
180 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAA-T
* * * ** * ** * *
89632 GG-AGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTGCTTCACGTTGCTTGATGTAAAC
244 GGTAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCACGAGGAAAAC
* *** *
89696 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAGTGAAAAATGT-A
309 ATTCAATTATAGACTGTTTTAACAAAAAATCTAA
* * * ** * * *
89729 AAAAATTGAAC-CTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCTTTTAAAGCG-GATAATAAGGCTTT
1 AAAAATTCAACTC-AAAATCAACTACGAGATTATAAAACC-ATTAAAGCGAG-TAATAAAGCTGT
*
89792 TGAAGGAATAG-GTAACTAT-AAATAGACTTTT
63 TGAAGGAAT-GTGTGACTATAAAAT-GACTTTT
89823 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
AAAAATTCAACTCAAAATCAACTACGAGATTATAAAACCATTAAAGCGAGTAATAAAGCTGTTGA
AGGAATGTGTGACTATAAAATGACTTTTCTTCTAAATGAATGACTTTTCCTACATGTTTCTCAAT
GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGTAGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCACGAGGAAAACATTCAATTATAGACTGT
TTTAACAAAAAATCTAA
Found at i:89643 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 89356--89822 Score: 500
Period size: 170 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
89346 TAACCAAAAA
* * * * *
89356 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAACA-GTAAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATCATGAGATT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * *
89420 ATAAAATTATTT-AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCT
64 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAAAGGACTTTTCT
* * **
89484 TCT-ACATGAATGACTTTTT-CTGCATGTTTCTCAAGGCAGGCAT
129 TCTCA-ATGAAT-ACTTTTTGCTGCACGTTGCTCAAGGCAAACAT
* * *
89527 TGAATTATAGTCTCTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
89592 AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
66 AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAAAGGACTTTTCTTC
* ** * *
89657 TCAATGAATACTTTTTGCTTCACGTTGCTTGATGTAAACAT
131 TCAATGAATACTTTTTGCTGCACGTTGCTCAAGGCAAACAT
*** * * * *
89698 TCAATTATAGTCTGTTTTAGTGAAAAATGT-AAAAAATTGAACCTAAAATTAATTATAAGATTAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
**
89762 AAAACCTTTTAAAGCG-GATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTA-ACTATAAATA-GACTTTT
66 AAAACAATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-AGACTATAAA-AGGACTTTT
89823 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 39, Indels: 15
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.15, T:0.35
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TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAAAGGACTTTTCTTC
TCAATGAATACTTTTTGCTGCACGTTGCTCAAGGCAAACAT
Found at i:89716 original size:369 final size:370
Alignment explanation
Indices: 88986--89705 Score: 880
Period size: 369 Copynumber: 1.9 Consensus size: 370
88976 AGGAAAACAT
* * *
88986 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAACTATGAGATTAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATCAAAAAAAATTCAACTCAAAATCAACTATGAGATTAT
* *
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* * * * * * *
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* * * * *
89181 TAATATGAAAAAAATTGAATTTAAAATCAAATTTTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
196 TAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * ** * *
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261 AGCCTTTTGAAGGAATCGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTGCTGTAC
* *
89311 GTTTCCCGAGGCAGACATTCAATTATTAACTGTTTTAACCAAAAA
326 GTTGCCCGAGGCAAACATTCAATTATTAACTGTTTTAACCAAAAA
* * *
89356 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAACAGT-AAAAAAAATTTAACTCAAAATCAA-TCATGAGAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAA-AATCAAAAAAAATTCAACTCAAAATCAACT-ATGAGAT
* * * * * *
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63 TATAAAACTATTCAAAGCGAGTAATAAAGCTGTTGAAGAAATAGGTGACTATAAAAGGACTTTTC
* ** * * *
89483 TTCT-ACATGAATGACTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGCAGGCATTGAATTATAGTCTCTTTTAA
128 TTCTCA-ATGAATGACTTTTCCTGCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTCTTTGAA
*
89547 -CAA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGCGATTATAAAACAATTTAAAGCGA
192 CCAATAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATT-TGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGA
* *
89609 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTG
255 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATCGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTG
** * *
89674 CT-TCACGTTGCTTGATGTAAACATTCAATTAT
320 CTGT-ACGTTGCCCGAGGCAAACATTCAATTAT
89706 AGTCTGTTTT
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 49, Indels: 15
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (370 bp):
TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATCAAAAAAAATTCAACTCAAAATCAACTATGAGATTAT
AAAACTATTCAAAGCGAGTAATAAAGCTGTTGAAGAAATAGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTC
TCAATGAATGACTTTTCCTGCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTCTTTGAACCAA
TAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
AGCCTTTTGAAGGAATCGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTGCTGTAC
GTTGCCCGAGGCAAACATTCAATTATTAACTGTTTTAACCAAAAA
Found at i:89790 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 89356--89822 Score: 509
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 170
89346 TAACCAAAAA
* *
89356 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAACA-GTAAAAAAAATTTAA-CTCAAAATCAATCATGAGAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAA-ATGT-AAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
89419 TATAAAA-TTATTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTC
63 TATAAAACTT-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * **
89483 TTCTACATGAATGACTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGCAGGCAT
127 TTCTACATGAATGACTTTTTCTGCACGTTGCTCAAGGCAAACAT
* * ** * *
89527 TGAATTATAGTCTCTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
89592 AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
66 AAAAC-TTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTC
* ** * *
89657 T-CAATGAAT-ACTTTTTGCTTCACGTTGCTTGATGTAAACAT
130 TAC-ATGAATGACTTTTT-CTGCACGTTGCTCAAGGCAAACAT
* * * *
89698 TCAATTATAGTCTGTTTTAGTGAAAAATGT-AAAAAATTGAACCTAAAATTAATTATAAGATTAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
89762 AAAACCTTTTAAAGCG-GATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTA-ACTATAAATAGACTTTT
66 AAAA-CTTTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-AGACTATAAATGGACTTTT
89823 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 38, Indels: 19
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
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172 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCT
ACATGAATGACTTTTTCTGCACGTTGCTCAAGGCAAACAT
Found at i:90227 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 89931--90920 Score: 1044
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 171
89921 NNATAGCCAA
* * * * * *
89931 CCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATAAAAAATGATTTTAAAT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
89996 TCAATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
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* * * *
90103 CCATTCCTTCAACAGCCTTATTACTCG-TTCTAAAT-TTCTTTATGATCTCATAATTGATTTCAA
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
90166 GTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA
64 GTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGA
* * * * *
90231 AGAAAACGTCATTCATTGACAATAAAAGTCTATTTATAGTCAC
129 AGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * ** * * *
90274 TTATTCCTTTAAAAATCGTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATAATATCATAATTGATTTTAAGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
90339 TGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAATCAAACTATAATTGAACGTTTATCTCAAGAAATATGAAG
66 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAG
** * *
90404 AAAAAGGTATTCACT-AGTAAAATAAAGTCTATTTATAGTCAC
131 AAAAAGCCATTCATTGAG-AAAA-AAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
90446 CCATTCCTTC--AA-----A--A---GCTTTAAATAGTTTTATATTCTGATAATCGATTTTAAGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
90499 TGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATTTATCTCGAGAAACATAAAG
66 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAG
* * * *
90564 AAAAAGGCATTCATTG-GCAAAAAAAGTCCATATATAATCTC
131 AAAAAGCCATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
90605 CTATTTCTTCAAAAGCCTTAGTACTTGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
90670 TGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAG
66 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAG
* * * * * * *
90734 AAAAAGCCATTAATCGGGAAGAAATGTTCATTTATAATCAC
131 AAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
90775 CCATTCCTTCAACAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGCTTTATGATCTCATAACTGATTTTAAGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
90840 TGAATTTTTTAAGATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAACATAAAG
66 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAG
90905 AAAAAAG-CATTCATTG
131 -AAAAAGCCATTCATTG
90921 GCAAANNNNN
Statistics
Matches: 682, Mismatches: 114, Indels: 45
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
159 23 0.03
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163 1 0.00
165 1 0.00
166 1 0.00
168 1 0.00
170 150 0.22
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ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAG
AAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
Found at i:90510 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 90300--90917 Score: 585
Period size: 170 Copynumber: 3.7 Consensus size: 160
90290 CGTATTACTC
* *
90300 GCTTTAAATGGTATTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * *
90365 TCAAACTATAATTGAACGTTTATCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCACTAGTAAAATAAA
65 ACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAAA-AAA
* * *
90430 GTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAA-A
129 GTCCATATATAATCACCCATTCCTTCAAAACA
* * * * *
90460 GCTTTAAATAGTTTTATATTCTGATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * *
90525 ACAGACTATAATTGAATATTTATCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAG
65 ACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAAAAAAG
* * *
90590 TCCATATATAATCTCCTATTTCTTCAAAAGCCTTA
130 TCCATATATAATCACCCATTCCTTCAAAA--C--A
90625 GTACTTGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAG
1 G--C-T--TT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAG
* * * * *
90690 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT-AATCGGGAA
60 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACT-AGCAA
* * * * *
90754 GAAATGTTCATTTATAATCACCCATTCCTTCAACAGCCTTATTACTT
124 AAAAAGTCCATATATAATCACCCATTCCTTC-A-A-----A--AC-A
* * * * * *
90801 GCTTTAAATTGCTTTATGATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAGATTTTTTGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAA
* * * * *
90866 ACAAATTATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCA
65 ACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
90918 TTGGCAAANN
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 57, Indels: 36
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
159 23 0.06
160 110 0.29
165 2 0.01
167 1 0.00
168 1 0.00
169 2 0.01
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172 2 0.01
173 1 0.00
174 1 0.00
176 2 0.01
177 2 0.01
179 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
CAGACTATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTAGCAAAAAAAGT
CCATATATAATCACCCATTCCTTCAAAACA
Found at i:90772 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 90460--90909 Score: 612
Period size: 170 Copynumber: 2.6 Consensus size: 170
90450 TCCTTCAAAA
* * *
90460 GCTTTAAATAGTTTTATATTCTGATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAGATTTTTAGTTAAA
* * * *
90525 ACAGACTATAATTGAATATTTATCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAG
65 ACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTAATCGGCAAAAAAAG
* * *
90590 TCCATATATAATCTCCTATTTCTTCAAAAGCCTTAGTACTT
130 TCCATATATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTT
* * *
90631 GCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAGATTTTTAGTTAAAA
* * * * *
90696 CAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATCGGGAAGAAATGT
66 CAGACTATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTAATCGGCAAAAAAAGT
* * * *
90761 TCATTTATAATCACCCATTCCTTCAACAGCCTTATTACTT
131 CCATATATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTT
* * * * *
90801 GCTTTAAATTGCTTTATGATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAGATTTTTTGTTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-AGATTTTTAGTTAAA
* * *
90866 ACAAATTATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAACATAAAGAAAAA
65 ACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATAAAGAAAAA
90910 AGCATTCATT
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 34, Indels: 2
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 154 0.63
171 90 0.37
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAGATTTTTAGTTAAAA
CAGACTATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTAATCGGCAAAAAAAGT
CCATATATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTT
Found at i:93093 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 92700--93585 Score: 882
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 171
92690 NNNNNNACCT
* * * * **
92700 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTCGAAGGAATAGGACA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGA
* ** *
92765 CTATAAATGGACTTGTT-TTGTCCAATGAATG-CTTGTTTCTTCACATTTCTAGAGGTAGAA-AT
66 CTATAAATGGACTT-TTCTTG-CCAATGAATGCCTT-TTTCTTTATGTTTCTCGAGGTA-AACAT
* * *
92827 TTAATTATAGTCTGTTTTCA-TGAAAAATGT-AAAAAATTGAAC-C
127 TCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTC
* * **
92870 TAAATCAATTAT-AGGATTATAAAGCCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTG
1 AAAATCAATTATGA-GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTG
* * * * * * *
92934 ATTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTAAATGGGC-TTTTCTTTATGTGTCTCGAGGTAAATATTC
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTC
* *
92998 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTGAACTC
129 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTC
* * * * *
93041 AAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATTGGCGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGA
* * * * * * * * *
93106 CTATAAATGAACTTTTTTTGCCAGTGAATGCCTTTTTGTTCATGTTTCTCAAGATATACATTTAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAA
* * *
93171 TTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAACAATTCAACTT
131 TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTC
*
93212 AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTG
* * * * * * ** *
93276 ACTATAAATAGACGTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTGACGTTTCTTAAGGTAAACATTGA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTCA
* * * *
93341 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATCAAATG
130 ATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTC
* * * * *
93385 AAAATGAATTATGAGATCATAAAA-TAATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTG-AGGAAATGGGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATAGGT
* * * ** * **
93448 GACTATAAAAGGAC-TTTCTT-CTAAATGAATGACTTTTTCAGTATGTTTCTTGAGGTAGGCATT
64 GACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATT
* * *
93511 CAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTT
128 CAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTC
*
93555 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
93586 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 599, Mismatches: 99, Indels: 36
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 54 0.09
170 132 0.22
171 267 0.45
172 66 0.11
173 73 0.12
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGA
CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAA
TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTC
Done.