Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398687.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1973.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7457
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Warning! 183 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:692 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--942 Score: 595
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 170
* * *
1 TATTACTCGCTTTGAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTT
1 TATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTT
* * * ** * * * *
66 TTATTACAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTAGAAAACCTATG-A-AAAAAGCCACTCAATG
65 TTGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTAACTAAGAAAA-C-ATGAACAAAAAGCCATTCAATA
* * * * ** * * *
129 GTAAGAAAAGTCCATTTATGGTTACACACACCTTTGGAAGCCT
128 GAAAAAAAAATCCATTTATAGCCACCCACGCCTTTGAAAGCCT
* ** * * * *
172 AATTAGTCACTTTAAATGGCTTTATCATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTT
1 TATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTT
** * * * * * * * *
237 GGGTTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTACCT-GGCAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG
65 TTGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTAACTAAG-AAAACATGAACAAAAAGCCATTCAATAG
** ** * ** *
301 -------GTTGAATTTCTAGTTACCCAAGCCTTTGAAAGCCT
129 AAAAAAAAATCCATTTATAGCCACCCACGCCTTTGAAAGCCT
*
336 TATTACACGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT
1 TATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT
* * * * * ** * * * * *
401 TGTTTAAACATATTATAATTAAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAACAGAAAGCGATTCAATGGCA
66 TGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTAACTAAGAAAACATGAACAAAAAGCCATTCAATAGAA
* * * * * *
466 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGCGGCTTCGAAAGCCT
131 AAAAAAATCCATTTATAGCCACCCACGCCTTTGAAAGCCT
* ** * *
506 AATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTCTTACATTTT
1 TATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTT
* * * ** * *
571 TTATGAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCAAG-AAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG
65 TTGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTAACT-AAGAAAACATGAACAAAAAGCCATTCAATAG
* * * * *
635 AAAAAAAAATCCATTTATAGCCATCTATGCCTTTAAAAGCTT
129 AAAAAAAAATCCATTTATAGCCACCCACGCCTTTGAAAGCCT
* * *
677 TATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAA-CATGATAATTGATTTTAAGTTAAAATATTTTTACCTT
1 TATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTT-GAAT-TTTTTACATT
* * ** * * * * *
741 TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTAC-ACCTTGGGAAACCA-AAAAAAAAAGTCATT-TA
63 TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATAT-CTAAC-TAAGAAAACATGAACAAAAAGCCATTCAA
* ** * * ** * * *
803 TTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTTACCGATGCCTTTAAAAG-CT
126 TAGAAAAAAAAATCCATTTATAGCCACCCACGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * * *
847 TAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAT-ATATGATTTTAGGTTGAATGGTTGTACATT
1 T-ATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATT
* * * *
911 TTTAGTTAAAAAAAATTAAAATTGAATGTCTA
63 TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTA
943 CCTTGGGAAA
Statistics
Matches: 603, Mismatches: 144, Indels: 49
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 60 0.10
164 69 0.11
169 3 0.00
170 118 0.20
171 292 0.48
172 56 0.09
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT
TGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTAACTAAGAAAACATGAACAAAAAGCCATTCAATAGAA
AAAAAAATCCATTTATAGCCACCCACGCCTTTGAAAGCCT
Found at i:1019 original size:160 final size:159
Alignment explanation
Indices: 802--1450 Score: 362
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 159
792 AAAGTCATTT
* * *
802 ATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTTACCGATGCCTTTAAAAGCTTAATTACTCACTTTAAATAG
1 ATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCACTTTAAATAG
* * *
867 TTTTATTATCTCAT-ATATGATTTTAGGTTGAATGGTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAAATTAAA
66 ATTTATAATCTCATAAT-TAATTTTAGGTTGAATGGTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAAATTAAA
931 ATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATTATTG
130 ATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATTATTG
* *
961 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCA-AGTCATCC-AAGCCTTCGAAAGCCTT-ATTGCTCACTTTAA
1 ATTGGCAAG-AAAGTCCATTT-ATAGTCA-CCGAAGCCTTCAAAAG-CTTAATTACTCACTTTAA
* * * ** * * *
1023 ATGGATTTGTAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
62 ATAGATTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATGGTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAAATT
* * * * * * ** *
1088 ACAATTGATTGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAACCCATTC
127 AAAATTGAATG--T--CT-----ACCTTG-GGAAACA-TTATTG
* * * * * **
1132 ATTGGCAAGAAAAGTACAGTTCTAGTCACCCATGCCTTTGAAAG-TCTAATTACTGC-CTTTAAA
1 ATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAAAAGCT-TAATTACT-CACTTTAAA
* * * * *
1195 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT--ATAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAAT
63 TAGATTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAAT-G-GTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAAAT
* * * * * *
1258 TATAATTCAATGTCTATCTCAAGATATGTGAAAAAAAAGCTATTC
126 TAAAATTGAATGTCTA-C-C----T-TG-G--GAAACA-TTATTG
** * * * * * *
1303 ATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTAAGCCTTCGAAAGCCTT-ATTACACGCTTTAAAT
1 ATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAAAAG-CTTAATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * *
1367 AGTTTTGTAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATGTTTTATACATTTTTAGTTAAAACATATTA
64 AGATTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATG-GTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAAATTA
* * *
1432 TAATTAAATGTCTGCCTTG
128 AAATTGAATGTCTACCTTG
1451 AAAAACATGA
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 71, Indels: 68
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
159 9 0.02
160 98 0.26
161 8 0.02
162 2 0.01
164 3 0.01
165 2 0.01
166 1 0.00
167 2 0.01
169 10 0.03
170 10 0.03
171 194 0.51
172 40 0.10
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (159 bp):
ATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCACTTTAAATAG
ATTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATGGTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAAATTAAAA
TTGAATGTCTACCTTGGGAAACATTATTG
Found at i:1252 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 961--1444 Score: 540
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
951 AACATTATTG
* * * *
961 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCAAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGT-CATTTCTAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * *
1026 GATTTGTAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTACA
65 GTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATA
* * * * *
1091 ATTGATTGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAACCCATTC
130 ATTCAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAACCCATTC
* * * * *
1132 ATTGGCAAGAAAAGTACAGTTCTAGTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTAATTACTGC-CTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGT-CATTTCTAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-CACTTTAAAT
* * * * *
1196 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-ATAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTA
64 AGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGA-AGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTA
* * * * *
1260 TAATTCAATGTCTATCTCAAGATATGTGAAAAAAAAGCTATTC
128 TAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAACCCATTC
** * * * * *
1303 ATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTCTAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * *
1368 GTTTTGTAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATGTTTTATACATTTTTAGTTAAAACATATTAT
65 GTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-GTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTAT
*
1433 AATTAAATGTCT
129 AATTCAATGTCT
1445 GCCTTGAAAA
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 49, Indels: 11
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 215 0.83
172 40 0.16
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATTGGCAAGAAAAGTCATTTCTAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
TTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAA
TTCAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAACCCATTC
Found at i:2028 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1600--3272 Score: 1117
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 171
1590 NNNNNNNNNN
* * * * ***
1600 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCT-GCTTTGGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-
* * * * * *
1664 AAACATGAA-AAGAAAGCCATTCAATGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAA
65 AAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTATCCATGCCTTCGAA
**********
1728 AGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-
129 AGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
1770 AGTTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATT-TTTGTTAAAACATATTATAATTTAATGTCTACCTTAAG
1 A-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * **
1834 AAACGTGAAGAAAAGGCCATTCATTGGCAAAAAAATTTCATTGGTAGTTATCCATGCCTTCGAAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTATCCATGCCTTCGAAA
*** *
1899 GCCTAATTACTTATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTG
130 GCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
1941 ATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTCTCGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCCAA-
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT-CAAG
** * * * ** * *
2005 AAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTT-TAGTCCTCCAAGCCTTTGAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCA-TTTATAGTTATCCATGCCTTCGAA
* * *
2069 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTACAATCTCATAATTG
129 AGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *** ** * **
2112 ATTTTAAGATGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATGGATTATAATTGAAAATCTACCTTATTA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
** * * * * *
2177 AACATGAAGAAAAAG-GTTATCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTT-GCTCATGTCTTCGAA
66 AACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTATC-CATGCCTTCGAA
* *
2240 AGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATT-
129 AGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * *
2282 AATTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAAA-T-TAATTGAATGTTTGCCTAAAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * *
2344 AACATGAA-AAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAG-TCTATTTATAGTTATCCATGTCTTTGAAA
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTTATCCATGCCTTCGAAA
* * * *
2407 GCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATACTCTCATACTTG
130 GCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *
2449 ATTTTAAGTTGAATTATTTGTAT-TTC-TGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCAAG
1 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTCTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * * *
2512 AAATATGAA-AACAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAA
65 AAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTATCCATGCCTTCGAA
* *
2576 AGCTTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC-CAATAATTG
129 AGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTG
* * * * * *
2619 ATTTT-AGATTGAATTTTTTAACATTTTTAGTT---A-AAA-TA-AATT--A----TA-CACGAG
1 ATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * * * * * * *
2670 AAACGTAAAGAAAAACCCATTCATGGGCAAGAGAAGTCCATTTCTAGTCATCCAAGCCTTCAAAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTATCCATGCCTTCGAAA
* * * *
2735 GCCTAATTGCTCGCTGTGAATGGTTTTATAATCCCATAATTG
130 GCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * ** * * * *
2777 ATATTAGGTTCAATTTTTTTAAATTTTTACTGAAAAAAAATTATAATTGAATATCTACCTC-GGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
** *
2841 AA-ATGTAAAGAAAAAAG-TGTTCATTGAG-AAGAAAAG-CCTATTTATA-TTCA-CCTATGCCT
66 AACATG--AAG-AAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTT-ATCC-ATGCCT
** * * * *
2900 TTAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTGATAATTG
124 TCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * ** * *
2948 ATTTTAAGTTCAATTTTGTTTACATTTTTTATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACC-CAAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTT-TTTATATTCTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTC-AA
* * ** * * * * *
3012 GAAACGTAAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTTGAA
64 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTATCCATGCCTTCGAA
* * ***************
3076 AGCCTTATTACTAGCTTTAAATNNNNNNNNNNNNNNNTAATTG
129 AGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * ** * * * **
3119 ATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * * * * *
3184 AACGTTAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAG-TCTATTTATAGTTACCCATGCTTTTGAAA
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTTATCCATGCCTTCGAAA
* * *
3248 GCCTTATTACGCACTTTAAATGGTT
130 GCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTT
3273 AATGCATATT
Statistics
Matches: 1191, Mismatches: 252, Indels: 119
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
158 112 0.09
159 6 0.01
161 1 0.00
162 3 0.00
163 3 0.00
164 4 0.00
165 5 0.00
166 85 0.07
167 49 0.04
168 8 0.01
169 41 0.03
170 329 0.28
171 478 0.40
172 62 0.05
173 4 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTATCCATGCCTTCGAAAG
CCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
Found at i:2803 original size:158 final size:158
Alignment explanation
Indices: 2528--2821 Score: 392
Period size: 158 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
2518 GAAAACAAAG
* * * * * *
2528 CCATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTT
1 CCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTG
* * * * *
2593 TAAATAGTTTTATAATCCAATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAATAA
66 TAAATAGTTTTATAATCCAATAATTGATATTAGATTCAATTTTTTAACATTTTTACTGAAAAAAA
2658 ATTATACACGAGAAACGTAAAGAAAAAC
131 ATTATACACGAGAAACGTAAAGAAAAAC
* * * * *
2686 CCATTCATGGGCAAGAGAAGTCCATTTCTAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTGCTCGCTG
1 CCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTG
* * * *
2751 TGAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATATTAGGTTCAATTTTTTTAA-ATTTTTACTGAAAAAA
66 TAAATAGTTTTATAATCCAATAATTGATATTAGATTCAA-TTTTTTAACATTTTTACTGAAAAAA
2815 AATTATA
130 AATTATA
2822 ATTGAATATC
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 20, Indels: 2
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
158 107 0.93
159 8 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (158 bp):
CCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTG
TAAATAGTTTTATAATCCAATAATTGATATTAGATTCAATTTTTTAACATTTTTACTGAAAAAAA
ATTATACACGAGAAACGTAAAGAAAAAC
Found at i:5112 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3409--5090 Score: 1623
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 170
3399 NNNNNNNNNN
* * * *
3409 AGGTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAA-AAATTATAATTGAATGTATACCTCAGGAAATGT
1 AGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGT
* * * * * ** * * *
3473 AAAGTAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATTCTTACCCATGCC-TTCAAAGGCTTA
65 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTT-
*
3537 ATTACTTACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
129 ATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * *
3579 AGGTAGAACGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGT
1 AGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGT
* ** * * * *
3644 AAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAGGTTCATTTATAGTCACCCAAG-CTTTCGAAAGTCTT
65 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT-GAAAGCCTT
* * * *
3708 ATTACTCGCCTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
129 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
3750 AGGTTGAATATTTTTACATTTTTTCTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGT
1 AGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGT
* ** * * *
3815 GAAGAAAAAGCCATTCATTAGTGGGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATGCCATTAAAAG-CTTA
65 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTT-
* *
3879 AATACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTT
129 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
3921 AGGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATCTTTACCTTAAGAAACCT
1 AGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGT
* * ** *
3986 -AAGGAAAAAGCCATTCAATGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATGCATGCCTTCGAAAG-CTT
65 GAA-GAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTT
************
4049 AATTACTCGGNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTT
129 -ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
4092 AGGTTCAATTTTTGTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGCAACGT
1 AGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGT
* * * * * *
4157 AAAGTAAAAGCTATTCATTAGG-GAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATGCCTTCT-AAAGCCT
65 GAAGAAAAAGCCATTCATT-GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TGAAAGCCT
* * *
4220 AATTACTCACTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
128 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * **
4263 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGATTGTCT-TCTCCAATAAACG
1 AGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CAGGAAACG
* * * * *
4327 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTACATTTCTAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTT
64 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTT
*** * *
4392 ATTACTTGTTTTAAATAGTCTTATAATCTAATAATTGATTTT
129 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * **
4434 AGGTAGAAGTGTTTT-CTATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATCTATACCTTGGGAAACG
1 AGGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACG
** * *
4498 TGAAGAAAAAAATCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAACCC
64 TGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
4562 TGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAATTGATTTT
128 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * ** ** *
4605 AAGTTCAATTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACCT
1 AGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGT
* * * * * * *
4670 AAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAACGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGTCGTA
65 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA
* * *
4735 TTGCTCGCTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
130 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * *
4776 AAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-GAAACGG
1 AGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAAC-G
* *** ** **
4839 TGAAGAAAAAGGC-TATCATTAACAAGAAAAGTAAATTTATAACCACCCATGCCTTTGAAAGCCT
64 TGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCT
* * * *
4903 TATTAC-CTACTCTAAATGGTTTTATAATTTGATAATTGATTTT
128 TATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
4946 AAGTTGAATTTTTTTACATTATTTATTAAAATAGATTATGATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGT
1 AGGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGT
* * * *
5011 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCCTACCTTTGAAAGCCTTA
65 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA
*
5076 TTACGCACTTTAAAT
130 TTACTCACTTTAAAT
5091 GGTCAAAACA
Statistics
Matches: 1229, Mismatches: 250, Indels: 65
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.01
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171 953 0.78
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTG
AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
Found at i:5212 original size:122 final size:122
Alignment explanation
Indices: 4973--5201 Score: 300
Period size: 122 Copynumber: 1.9 Consensus size: 122
4963 ATTATTTATT
* * *
4973 AAAATAGATTATGATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
* * **
5038 AAGTTCATTTATAGTCACCCCTACCTTTGAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTC
66 AAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTC
* * *
5095 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAAC-TTAAGGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * **
5159 AAAGTACATTTATAGTTACTCATGGCTTCAAAAG-CTTAATTAC
65 AAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTT-ATTAC
5202 TTGGTTTAAA
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 14, Indels: 4
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
121 6 0.07
122 85 0.93
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.16, T:0.29
Consensus pattern (122 bp):
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
AAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTC
Found at i:5334 original size:293 final size:292
Alignment explanation
Indices: 4802--5343 Score: 680
Period size: 293 Copynumber: 1.8 Consensus size: 292
4792 ATTTTTAGTG
* *
4802 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAACGGTGAAGAAAAAGGCTATCATTAACAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAC-GTGAAGAAAAAGCCTATCATTAACAAGAA
** * *
4867 AAGTAAATTTATAACCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACCTACTCTAAATGGTTTTATAATT
65 AAGTAAATTTATAACCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTCTAAATAGTTTTATAATC
* * * * *
4932 TGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTTATTAAAATAGATTATGATTGAATGTCT
130 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATGTACATTATTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* ** *
4997 ACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCCTA
195 ACATCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCCTA
5061 CCTTTGAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTC
259 CCTTTGAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTC
* * * *
5095 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAAC-TTAAGGAAAAAGCC-ATTCATTGATAAG
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACGTGAA-GAAAAAGCCTA-TCATTAACAAG
* *** * * * ** *
5158 AAAAGTACATTTATAGTTACTCATGGCTTCAAAAG-CTTAATTACTTGGTTTAAATAGTTTTATA
63 AAAAGTAAATTTATAACCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT-ATTACCTACTCTAAATAGTTTTATA
* * *
5222 ATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTATGTACATTTTTTGTTAAAACA-ACTTATAATTGAAT
127 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATGTACATTATTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAAT
* *
5286 GTCTACATCAAAAAACGTAAAGTAAAAGCCATTCATTGGCAGGAAAAGTCTATTTATA
191 GTCTACATCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
5344 TTTACCAATG
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 34, Indels: 12
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
292 8 0.04
293 195 0.93
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ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (292 bp):
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACGTGAAGAAAAAGCCTATCATTAACAAGAAA
AGTAAATTTATAACCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCTACTCTAAATAGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATGTACATTATTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
CATCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCCTACC
TTTGAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTC
Found at i:5392 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5095--7457 Score: 1963
Period size: 171 Copynumber: 13.9 Consensus size: 169
5085 TTAAATGGTC
** * **
5095 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAAC-TTAAGGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * *
5159 AAAGTACATTTATAGTTACTC-ATGGCTTCAAAAGCTTAATTACTTGGTTTAAAT-AGTTTTATA
65 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATGCCTT-TAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATA
* *
5222 ATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTATGTACATTTTTTGTT
127 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTTGTT
* * * * * *
5266 AAAACA-ACTTATAATTGAATGTCTACATCAAAAAACGTAAAGTAAAAGCCATTCATTGGCAGGA
1 AAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
5330 AAAGTCTATTTATATTTACCAATGCCTTTAAAGGTCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT
65 AAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTAAA-GCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
** * *
5395 CTCATAAGAGATTTTAGGTAGAATTGTTTTACATTTTTTGTT
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTT
* * * * * *
5437 AAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACC-CTAGGAAATATGAA-AAAAAGGCTATTTATTGGCAGG
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * *
5500 AAAGGTTCATTTATAGTCACCTAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCCTTAATTGGTTTTATA
64 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-AATGCCTT-TAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * * * *
5564 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATCTGTTCTT
127 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTT
* * ** * *
5608 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAATCATTTATTAG-AGAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGA
* * * *
5672 AAAGTTCATTTATAGTCACTCAA-ACCTTTAAAAGCGTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
65 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATGCCTTT-AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * * * *
5736 TCTCATAACTGATTATAGGTTAAATTGTTTTATATTTTTTATT
128 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTT
* ** * * * * * * *
5779 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAAACTTGAGGAAAAAACCATTCAATAGTAAAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * *
5843 AAAGTCCATTTATAGTTACGC-ATACCTTCAAAAGCTTAATTACTCGGTATAAATGGTTTTATAA
65 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATGCCTT-TAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * *
5907 TCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTGTAGATTTTTAGTT
128 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTTGTT
* * * ** * * * * *
5950 AAAACATATTATAATTGAATGTCCACCTCAGGAAATGTAAAGTAAAAGCCAGTCATTAGTAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * * * * * *
6015 AAGTCCATTTATACTTACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTCTAAATGGTTTTAAAATC
66 AAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTT-TAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
* * * * *
6080 TCATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGCT
130 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * *
6121 AAAACAGATTATAATTGATTGTCTTCCTCAATAAACATGAGGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * * * * *
6186 AAGTACATTTCTAGTCATCCAA-GCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAAT
66 AAGTCCATTTATAGTCA-CCAATGCCTT-TAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
* * * * *
6250 TTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGGTTTTTACATTTTTAGTC
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTT
* * * ** * * **
6292 CAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCTGGAAACATGAAGAAAAAACTATTCAAAGGCAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * *
6357 AAGTCTATTTATAGTCAATC-ATGCC-TT--AG---AA-TACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAAT
66 AAGTCCATTTATAGTC-ACCAATGCCTTTAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAAT
* * * * *
6413 CTGATAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTTTATATTTTTTATT
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * ** * * * **
6455 AAAATATATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATTGATAA-AA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
6519 AAGTCCATTTATAGTCACCCAA-GCCTTTGAAAGACTTATTGCTCACTTT-AATAGGTTTTATAA
66 AAGTCCATTTATAGTCA-CCAATGCCTTT-AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAA
* * * *
6582 TCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATG
128 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTT
** * * * * * *
6625 AAAGTAGATTATAATTGTATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCACTGGCAAGTA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * *
6690 AAGTCCATTTACATGT-ACGC-ACGTCTTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATA
66 AAGTCCATTTATA-GTCAC-CAATGCCTTT-AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATA
** * *
6752 ATCTCATAATTGATTTTCGGTTGAATTTTTTAAAATTTTTTGATG
127 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTG-TT
* * * * *
6797 AAAACACATTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAATAAGCTAATT-ATTGGTAAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGA
* * * * *
6861 AAAGTCTATTTCTAGTCACTCAA-GCCTTTAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAA
65 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATGCCTTTA-AAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * *
6925 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAATATTTTACATTTTTTATG
128 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * ** * *
6968 AAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGGTAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * *
7033 AAGTCCATTTATAGTCATTC-ATGCCGTTGAAAGCCTTATTAC-CTGCTCTAAAT-AGTTTTATA
66 AAGTCCATTTATAGTCA-CCAATGCC-TTTAAAGCCTAATTACTC-GCTTTAAATGA-TTTTATA
*
7095 ATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
127 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTT
* * *
7139 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* *
7204 AAGTTCATTTATAGTCACCAATG-CTTGTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAA
66 AAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTT-T-AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAA
* ***
7267 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTACG
128 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTT
* * * * * * * *
7310 AAAATAAATTATAATTGATTATCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* *
7375 AAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCATTGAAAGCCTTATTAC-CTGCTTTAAATGATTTTATAA
66 AAGTCCATTTATAGTCAC-CAATGCC-TTTAAAGCCTAATTACTC-GCTTTAAATGATTTTATAA
*
7438 TCTGATAATTGATTTTAAGT
128 TCTCATAATTGATTTTAAGT
Statistics
Matches: 1793, Mismatches: 324, Indels: 150
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 21 0.01
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164 1 0.00
166 2 0.00
167 2 0.00
169 6 0.00
170 145 0.08
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172 170 0.09
173 13 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTT
Found at i:5484 original size:634 final size:635
Alignment explanation
Indices: 4456--5728 Score: 1469
Period size: 635 Copynumber: 2.0 Consensus size: 635
4446 TTTCTATTTT
* * * *
4456 TGGTTAAAACAAACTATAATTGAATCTATACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAAATCATTCATTGG
1 TGGTCAAAACAAACTATAATTGAATCTATACCTCGGGAAACGTGAAGAAAAAAACCATTCATTGA
* * * *
4521 TAAGAAAAGCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAACCCTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
66 TAAGAAAAGACATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAACCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * **
4586 TAATTTGATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
131 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTATGTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* **** * * *
4651 TGTCTACCTTGGGAAACCTAAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAACGTCAATTTATAGTCACC
196 TGTCTACATCAAAAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACC
* * * ** *
4716 CAAGCCTTTGAAAGTCGTATTGCTCGCTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
261 CAAGCCTTTGAAAGTCGTATTACTCACTTTAATGAGTTTTATAATCTCATAAGAGATTTTAAGTA
* *
4781 GAATTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAACGGTGAAGAA
326 GAATTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCCCTCAGAAACGATGAAGAA
* *
4846 AAAGGCTA-TCATTAACAAGAAAAGTAAATTTATAACCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACC
391 AAAGGCTATTCATTAACAAGAAAAGTAAATTTATAACCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACC
* * * *
4910 TA-CTCTAAATGGTTTTATAATTTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TATTTATT
456 TACCT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATCT-GTTATT
* * * * *
4973 AAAATAGATTATGATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AG
519 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAG-AGAG
** * *
5036 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCCTACCTTTGAAAGCCTTATTACGCACTTTAAA
582 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAACCTTTAAAAGCCTAATTACGCACTTTAAA
* * * * * * *
5090 TGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAAC-TTAAGGAAAAAGCCATTCATTGA
1 TGGTCAAAACAAACTATAATTGAATCTATACCTCGGGAAACGTGAAGAAAAAAACCATTCATTGA
* * * * * * *
5154 TAAGAAAAGTACATTTATAGTTACTCATGGC-TTCAAAAGCTTAATTACTTGGTTTAAATAGTTT
66 TAAGAAAAG-ACATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAACCCT-ATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* *
5218 TATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTATGTACATTTTTTGTTAAAACA-ACTTATAATT
129 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTATGTACATTTTTTGTTAAAACAGA-TTATAATT
* * * * * *
5282 GAATGTCTACATCAAAAAACGTAAAGTAAAAGCCATTCATTGGCAGGAAAAGTCTATTTATATTT
193 GAATGTCTACATCAAAAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTC
5347 A-CCAATGCCTTT-AAAGGTC-TAATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAAGAGATT
258 ACCCAA-GCCTTTGAAA-GTCGT-ATTACTCACTTT-AATGAGTTTTATAATCTCATAAGAGATT
* * * *
5408 TTAGGTAGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACCCT-AGGAAA
319 TTAAGTAGAATT-TTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-CCCTCA-GAAA
* * ** * * ** ** *
5472 -TATGAA-AAAAAGGCTATTTATTGGCAGGAAAGGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAG
381 CGATGAAGAAAAAGGCTATTCATTAACAAGAAAAGTAAATTTATAACCACCCAAGCCTTCGAAAG
* * * *
5535 CCTTATTACTTGCCTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACAT
446 CCTTATTACCTACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
* * * *
5600 CTGTTCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAATCATTTATT
511 CTGTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATT
* * * *
5665 AGAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAACCTTTAAAAGCGTAATTACTCGCTTTAAA
576 AGAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAACCTTTAAAAGCCTAATTACGCACTTTAAA
5725 TGGT
1 TGGT
5729 TTTATAATCT
Statistics
Matches: 530, Mismatches: 94, Indels: 29
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
633 44 0.08
634 235 0.44
635 240 0.45
636 11 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (635 bp):
TGGTCAAAACAAACTATAATTGAATCTATACCTCGGGAAACGTGAAGAAAAAAACCATTCATTGA
TAAGAAAAGACATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAACCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTATGTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTACATCAAAAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACC
CAAGCCTTTGAAAGTCGTATTACTCACTTTAATGAGTTTTATAATCTCATAAGAGATTTTAAGTA
GAATTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCCCTCAGAAACGATGAAGAA
AAAGGCTATTCATTAACAAGAAAAGTAAATTTATAACCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACC
TACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATCTGTTATTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAGAGAGAAAA
GTTCATTTATAGTCACCCAAACCTTTAAAAGCCTAATTACGCACTTTAAA
Found at i:5514 original size:464 final size:463
Alignment explanation
Indices: 4632--5543 Score: 1108
Period size: 464 Copynumber: 2.0 Consensus size: 463
4622 ATTTTTTGTT
* * *
4632 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACCTAAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAA
* ** * *
4697 ACGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGTCGTATTGCTCGCTTTAATTAGTTTTATAATC
66 AAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCGTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* *
4762 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
131 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTACATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * *
4827 CCTCAGAAACGGTGAAGAAAAAGGCTATCATTAACAAGAAAAGTAAATTTATAACCACCCATGCC
196 CATCAAAAACGGTAAAGAAAAAGCCTATCATTAACAAGAAAAGTAAATTTATAACCACCAATGCC
* * * * ** * *
4892 TTTGAAAGCCTTATTACCTACTCTAAATGGTTTTATAATTTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
261 TTTGAAAGCCTAATTACCTACTCTAAATGATTTTATAATCTCATAAGAGATTTTAAGTAGAATTG
* * *
4957 TTTTACATTATTTATTAAAATAGATTATGATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGC
326 TTTTACATTATTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGC
*
5022 CATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCCT-A-CCTTTGAAAGCCTTATTACGCACT
391 CATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA--CCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACGCACT
5085 TTAAATGGTC
454 TTAAATGGTC
* *
5095 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACTTAAGGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAA
* * * * * * *
5160 AAGT-ACATTTATAGTTACTCATGGCTTCAAAAG-CTTAATTACTTGGTTTAAATAGTTTTATAA
66 AAGTCA-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCGT-ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
5223 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTATGTACATTTTTTGTTAAAACA-ACTTATAATTGAATG
129 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TGTACATTTTTAGTGAAAACAGA-TTATAATTGAATG
* ** * ** ***
5287 TCTACATCAAAAAAC-GTAAAGTAAAAGCC-ATTCATTGGCAGGAAAAGTCTATTTATATTTACC
192 TCTACATC-AAAAACGGTAAAGAAAAAGCCTA-TCATTAACAAGAAAAGTAAATTTATAACCACC
* * *
5350 AATGCCTTT-AAAGGTCTAATTA-CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAGAGATTTTAGG
255 AATGCCTTTGAAA-GCCTAATTACCT-ACTCTAAATGATTTTATAATCTCATAAGAGATTTTAAG
* * * *
5413 TAGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACC-CTAGGAAATATGA
318 TAGAATTGTTTTACATTATTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACATGA
* * * *
5477 A-AAAAAGGCTATTTATTGGCAGGAAAGGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
382 AGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
5541 TAC
446 TAC
5544 TTGCCTTAAT
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 59, Indels: 23
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
462 6 0.02
463 146 0.39
464 221 0.58
465 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (463 bp):
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAA
AAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCGTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTACATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
CATCAAAAACGGTAAAGAAAAAGCCTATCATTAACAAGAAAAGTAAATTTATAACCACCAATGCC
TTTGAAAGCCTAATTACCTACTCTAAATGATTTTATAATCTCATAAGAGATTTTAAGTAGAATTG
TTTTACATTATTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGC
CATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACGCACTTT
AAATGGTC
Found at i:5923 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 5095--7454 Score: 2258
Period size: 513 Copynumber: 4.6 Consensus size: 511
5085 TTAAATGGTC
** * **
5095 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAAC-TTAAGGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * *
5159 AAAGTACATTTATAGTTACTCATGGCTTCAAAAGCTTAATTACTTGGTTTAAATAGTTTTATAAT
65 AAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * * *
5224 CTCATAATTTATTTTAAGTTGAATT-TATGTACATTTTTTGTTAAAACAACTTATAATTGAATGT
130 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGT-TTTACATTTTTTATGAAAACAAATTATAATTGAATGT
* *** * * * * * *
5288 CTACATCAAAAAACGTAAAGTAAAAGCCATTCATTGGCAGGAAAAGTCTATTTATATTTAC-CAA
194 CTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-A
* * * * ** **
5352 TGCCTTTAAAGGTCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAGAGATTTTAGGTAGA
258 TGCCTTAAAAGCT-TAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCA
* * * *
5417 ATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACC-CTAGGAAATATGAAA-A
322 ATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACAT-AAAGA
* * * * * * *
5480 AAAGGCTATTTATTGGCAGGAAAGGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
384 AAAGGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
5545 TGC-CTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATCTGTTCTT
449 CGCTC-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTT
* * ** * *
5608 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAATCATTTATTAG-AGAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGA
* * * *
5672 AAAGTTCATTTATAGTCACTCAAACCTTTAAAAGCGTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
65 AAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * * *
5737 CTCATAACTGATTATAGGTTAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
130 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATGAAAACAAATTATAATTGAATGTC
* * * * * * * * * * * *
5802 TGCCTTGGAAAACTTGAGGAAAAAACCATTCAATAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACGCATA
195 TACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATG
* *
5867 CCTTCAAAAGCTTAATTACTCGGTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAAT
260 CCTT-AAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAAT
* * **
5932 TTTTGTAGA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCCACCTCAGGAAATGTAAAGTAAA
324 TTTT-TACATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAG-AAA
* * * * * *
5996 A-GCCAGTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATA-CCTTCAAAAGCCTAATTACTC
386 AGGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
6059 GCTCTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGC-T
450 GCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TCTT
* * * * *
6121 AAAACAGATTATAATTGATTGTCTTCCTCAATAAACATGAGGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* ** * * * *
6186 AAGTACATTTCTAGTCA-TCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAAT
66 AAGTACATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * ** *
6250 TTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-GGTTTTTACA-TTTTTAGTCCAAACAAACTATAATTGAATG
130 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTG-TTTTACATTTTTTA-TGAAAACAAATTATAATTGAATG
* * ** *
6313 TCTACCTCTGG-AAACATGAAGAAAAAACTATTCAAAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAATC
193 TCTACCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
* * * *
6377 ATGCCTT---AG---AA-TACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTCA
257 ATGCCTTAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCA
* * * * * * *
6435 GTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTACCT-TGAGAAACGTAAAGAA
322 -ATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATAAAGAA
** * * * *
6499 AAAACCATTCATTGATAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGACTTATTGCTC
385 AAGGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
6563 ACT-TTAATAGGTTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATG
450 GCTCTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTT
** * * * * * *
6625 AAAGTAGATTATAATTGTATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCACTGGCAAGTA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
6690 AAGTCCATTTACATGT-ACGCACGTCTTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
66 AAGTACATTTATA-GTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * *
6754 CTCATAATTGATTTTCGGTTGAATT-TTTTAAAATTTTTTGATGAAAACACATTATAATTGAATG
130 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTT-ACATTTTTT-ATGAAAACAAATTATAATTGAATG
* ** * * * *
6818 TCTAAC-TCAAGAAACATGAAGAATAAGCTAATT-ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACT
193 TCTACCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
* * *
6881 CAAGCCTTTAGAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGT
256 CATGCC-TTAAAAG-CTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGT
* * * * * * *
6945 TGAAATATTTTACATTTTTTATGAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAGGAAACATGAAG
319 T-CAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAG
* * ** *
7010 AAAAAGG-TATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATGCCGTT-GAAAGCCTTATT
383 -AAAAGGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATT
* * *
7073 AC-CTGCTCTAAATAGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
446 ACTC-GCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTC
7137 TT
510 TT
* * *
7139 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * *
7204 AAGTTCATTTATAGTCAC-CAATG-CTTGTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAA
66 AAGTACATTTATAGTCACTCAA-GCCTT-TAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
7267 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTACGAAAATAAATTATAATTGATTAT
129 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATGAAAACAAATTATAATTGAATGT
* * * * *
7332 CTGCCTCAGG-AAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
194 CTACCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
* * *
7396 TGCCATTGAAAGCCTT-ATTAC-CTGCTTTAAATGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTA
258 TGCC-TTAAAAG-CTTAATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
7455 AGT
Statistics
Matches: 1501, Mismatches: 288, Indels: 116
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
503 10 0.01
504 210 0.14
505 167 0.11
506 19 0.01
509 4 0.00
512 25 0.02
513 807 0.54
514 249 0.17
515 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
AAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATGAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
ACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGC
CTTAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTT
TTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAGGCC
ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTT
Found at i:7455 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 5095--7457 Score: 2223
Period size: 342 Copynumber: 6.9 Consensus size: 339
5085 TTAAATGGTC
** * **
5095 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAAC-TTAAGGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * * *
5159 AAAGTACATTTATAGTTACTCATGGCTTCAAAAG-CTTAATTACTTGGTTTAAATAGTTTTATAA
65 AAAGTTCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
5223 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTATGTACATTTTTTGTTAAAACAACTTATAATTGAATGT
128 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT-TTTACATTTTTTATGAAAACAAATTATAATTGAATGT
* ** * * * * * *
5288 CTACATCAAAAAACGTAAAGTAAAAGCCATTCATTGGCAGGAAAAGTCTATTTATATTTAC-CAA
192 CTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A
* * * ** * *
5352 TGCCTTTAAAGGTCTAATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAGAGATTTTAGGTAGA
256 TGCC-TTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* *
5417 ATTGTTTTACATTTTTTGTT
320 ATTTTTTTATATTTTTTGTT
* * * * * *
5437 AAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACC-CTAGGAAATATGAA-AAAAAGGCTATTTATTGGCAGG
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAG
* * * *
5500 AAAGGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCCTTAATTGGTTTTATAA
64 AAAAGTTCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
5565 TCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATCTGTTCTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
128 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATGAAAACAAATTATAATTGAATGT
** ** * * *
5630 CTACCTC-GAGAAATATGAAGAAAAAATCATTTATTAG-AGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC
192 CTACCTCAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
** * * * * * *
5693 AAACCTTTAAAAGCGTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTATAGGTTA
255 ATGCC-TTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* *
5758 AATTGTTTTATATTTTTTATT
319 AATTTTTTTATATTTTTTGTT
* ** * * * * * * *
5779 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAAACTTGAGGAAAAAACCATTCAATAGTAAAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
5843 AAAGTCCATTTATAGTTACGCATA-CCTTCAAAAG-CTTAATTACTCGGTATAAATGGTTTTATA
65 AAAGTTCATTTATAGTCAC-CA-AGCCTTCGAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
5906 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTGTAGA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAT
127 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT-TACATTTTTTA-TGAAAACAAATTATAATTGAAT
* * * * * * * * * *
5970 GTCCACCTCAGGAAATGTAAAGTAAAAGCCAGTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATACTTACCC
190 GTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * *
6035 ATACCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTCTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTGAGTTG
255 ATGCCTT-AAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* *
6100 AATTTTTTTATATTTTTGGCT
319 AATTTTTTTATATTTTTTGTT
* * * * *
6121 AAAACAGATTATAATTGATTGTCTTCCTCAATAAACATGAGGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
6186 AAGTACATTTCTAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATT
66 AAGTTCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * ** *
6251 TCATAATTAATTTTAAGTTGAAGGTTTTTACA-TTTTTAGTCCAAACAAACTATAATTGAATGTC
130 TCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTA-TGAAAACAAATTATAATTGAATGTC
* * * * ** * *
6315 TACCTCTGGAAACATGAAGAAAAAACTATTCAAAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAATCATG
193 TACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * *
6380 CCTT---AG---AA-TACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTCAGT
258 CCTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
*
6437 TTTTTTATATTTTTTATT
322 TTTTTTATATTTTTTGTT
* * * * ** * * * **
6455 AAAATATATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATTGATAA-AA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
6519 AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGACTTATTGCTCACTTT-AATAGGTTTTATAAT
66 AAGTTCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAAT
* * * ** * *
6583 CTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATGAAAGTAGATTATAATTGTATGTC
129 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATGAAAACAAATTATAATTGAATGTC
* * * * * * * *
6648 TACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCACTGGCAAGTAAAGTCCATTTACATGT-ACGCAC
193 TACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACTCAT
* **
6712 GTCTTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCGGTTGA
257 G-CCTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
6776 ATTTTTTAAAATTTTTTGATG
320 ATTTTTTTATATTTTTTG-TT
* * * * *
6797 AAAACACATTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAATAAGCTAATT-ATTGGTAAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGA
* * *
6861 AAAG-TCTATTTCTAGTCACTCAAGCCTT-TAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATA
65 AAAGTTC-ATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
6924 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAATATTTTACATTTTTTATGAAAACAAATTATAATTGATTG
127 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-AATTTTTTACATTTTTTATGAAAACAAATTATAATTGAATG
* * ** * * *
6989 TCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCA
191 TCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * *
7054 TGCCGTTGAAAGCCTTATTAC-CTGCTCTAAAT-AGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTT
256 TGCC-TTAAAAGCCTAATTACTC-GCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
*
7117 GAATTTTTTTACATTTTTTGTT
318 GAATTTTTTTATATTTTTTGTT
* * *
7139 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* **
7204 AAGTTCATTTATAGTCACCAATG-CTTGTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAAT
66 AAGTTCATTTATAGTCACCAA-GCCTT-CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
7268 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTACGAAAATAAATTATAATTGATTATC
129 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATGAAAACAAATTATAATTGAATGTC
* *
7333 TGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
193 TACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * *
7398 CCATTGAAAGCCTTATTAC-CTGCTTTAAATGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGT
258 CC-TTAAAAGCCTAATTACTC-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
Statistics
Matches: 1654, Mismatches: 312, Indels: 110
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
332 3 0.00
333 148 0.09
334 111 0.07
335 2 0.00
337 2 0.00
338 2 0.00
340 2 0.00
341 92 0.06
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
AAGTTCATTTATAGTCACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTTATGAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAC
CTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
TAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTATATTTTTTGTT
Done.