Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397397.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_248.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 8902 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3282 original size:171 final size:171
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* * *
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** * * *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
3373 TCTCATAATTTATTTTAAGTT-GATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAAAATATTATAATTGAATG
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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** * ** * *
3650 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
3715 TCTCATAATTCATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAATACAGACTATGATAGAATGT
66 TCTCATAATTCATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
3780 TAGTTCTT-GA-AAATG-AGAAGAAAAGGA-CATTTATTGACGAG
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* ** * * *
3821 AAAACTCCATTTGGAGTCACCCATTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
3886 TCTCATAATTCATTTTCAATTGAATTATTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGT
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* * * * * *
3950 CTACCTCGGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAG
131 TTGCTTAGAGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATTGACTAG
* * *
3991 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTGTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
4056 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG-TTAATAATTGAATG
66 TCTCATAATTCATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATG
* * * * *
4120 TTTG-TCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACAAG
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* * * * * * * *
4162 AAAAGTCTATTTATTGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
4227 TCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATCATAATTAAATGT
66 TCTCATAATTCATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * *
4292 TTACCTTAGA-AAACGTGATGAAAAAGCTATTAACTGACTAG
131 TT-GCTTAGAGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATTGACTAG
* * * * * * *
4333 AAAAGTCCATTCATAGTTACCAACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* ** * * * * *
4398 TTTTGTAATTAATTTTAAATTAAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGATTGT
66 TCTCATAATTCATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
*
4462 CTGCCTT-GAGAAAC
131 TTG-CTTAGAGAAAC
4476 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1217, Mismatches: 254, Indels: 77
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 8 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTCATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
TTGCTTAGAGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATTGACTAG
Found at i:4456 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2796--4467 Score: 1543
Period size: 341 Copynumber: 4.9 Consensus size: 340
2786 NNNNNNNNAA
* * * * *
2796 AAAAGT-TCATTTATAATTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACGGTTTTATA
1 AAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
2860 ATTTGATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGA-CTATGA-TAGAA
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* ** * * * * * * * * * *
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** * * *
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* * * *
3049 AATTAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTC-AAGAAACAT
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*
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* * * *
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1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
3202 TCCCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAGAATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAGCATAATTAAATGT
* * * * * * * *
3267 TT-GCTTAGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACCAGAAAGGCCCGTTTATAGTCACCCA
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* ** * * * *
3331 TGTCTTTGAAAGCCATATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGA
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
3541 AATCTCGTACTTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA-AGCTATAATTAA
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* * * * * * *
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** * * *
3668 ACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA
190 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA
* * * * * * * * * *
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255 ATT-AATTTTTTTATATTTTTAGTTAA-AAAAATTATAATTGAATGTCT-G-CCTCGAAAAACGT
* * *
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316 GAAGAAAA-AACTATTCATTGACTAG
* * ** * *
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1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** *
3886 TCTCATAATTCATTTTCAA-TTGAATTATTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTCATTTT-AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAGCATAATTAAATG
* * *
3949 TCTACCTCGGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
130 TTTACCTCAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
4014 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGA
195 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATT-A
* * * * *
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259 ATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAATT-ATAATTGAATGTCTGCCTCGAAAAACGTGAAGAAA
*
4144 AAACTATTCATTGACAAG
323 AAACTATTCATTGACTAG
* * * * * *
4162 AAAAGTCTATTTATTGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
4227 TCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATCATAATTAAATGT
66 TCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAGCATAATTAAATGT
* * * * * * * * * * *
4292 TTACCTTAGAAAACGTGATGAAAAAGCTATTAACTGACTAGAAAAGTCCATTCATAGTTACCAAC
131 TTACCTCAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAT
* * ** * *
4357 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATTTTGTAATTAATTTTAAATTAAA
196 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTAAT
* *
4422 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGATTGTCTGCCT
261 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAA-AAATTATAATTGAATGTCTGCCT
4468 TGAGAAACNN
Statistics
Matches: 1079, Mismatches: 213, Indels: 78
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.00
340 16 0.01
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AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
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GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTAAT
TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAA
CTATTCATTGACTAG
Found at i:5369 original size:170 final size:169
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5180 NNNNNNNNNN
* *
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* * *
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*
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* * *
5360 TTAAATGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTT-AATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* ** * *
5425 GGTAATAATTGAATGTTTGTCTCGAAAAACGTGAAAAAAAACTATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
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* * * *
5490 GTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTAGTT
130 GTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGTT
* *
5530 TTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA-TTGAATTTTTTTACATTT
5583 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 24, Indels: 12
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.04
170 147 0.76
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
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TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGTT
Found at i:7209 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
6677 NNNNNNNNNN
* * *
6687 CTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* ** * * * * ** * * *
6752 CATATTACAATTGATTGT-TGGCCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGCCGTTCATTGATAAGAAAAG
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*
6816 TCTATTTT-TAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCG
129 TCT-TTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-TTATTACTCG
* * * * *
6858 CTTTAAATTGTTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAA---G--TTTTTTTATATTTTTAGCTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * *
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66 TAGGTTATAATTGAATGTCTGACTTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAA--TAAAAAAG
** * *
6981 TCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCN
129 TCTTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCG
********* * **
7023 NNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * *
7088 TAGGTTATAATTGAATGTCTGTCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTTAGTAAAACAGT
66 TAGGTTATAATTGAATGTCTGACTTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCA-TTAATAAAAAAGT
** * *
7153 CTTTTTATAGTCACTTATGCTTTCAAAAGTCTTATTACTCG
130 CTTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCG
*
7194 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATT
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
7222 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 74, Indels: 26
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 5 0.02
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167 1 0.00
168 2 0.01
170 37 0.13
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173 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
TAGGTTATAATTGAATGTCTGACTTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAATAAAAAAGTC
TTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTATTACTCG
Found at i:9020 original size:169 final size:167
Alignment explanation
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8667 NNNNNNNNNN
* * *
8677 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTATTTTA-TATTTTTAGTCAAAGCA
1 TAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATT-TTTTACT-TTTTTAGTCAAAACA
** **
8741 AATTATAATTGAATCTCTACCTCGGGAAACATGAAGAAAAGTCATTCACTGATCAAAAAGGTCTG
63 AATTATAATTGAATCTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGTCATTCACTGATCAAAAAGGTCCA
* * *
8806 TTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTTGCT
128 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCT
* * * * *
8846 TAAATGTTTTTACAATCTCATAATTGATTTAAAGTTG-ATTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGA
1 TAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAATTTTTTACTTTTTTAGTCAAAACAAA
* * * * * * *
8910 TTATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CTATTCATTGA-CTAAAAATGTCC
65 TTATAATTGAATCTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGTC-ATTCACTGATC-AAAAAGGTCC
* * * *
8973 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAACGTTATTGCTCGTTT
127 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCG-CT
* *
9015 TAAATGGTTTTACAATCTCGTAATTGAGTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
1 TAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-TTTTTT
9070 TATTAAAACA
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 29, Indels: 17
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 46 0.25
168 60 0.32
169 61 0.33
170 4 0.02
171 8 0.04
172 6 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (167 bp):
TAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTAGTCAAAACAAAT
TATAATTGAATCTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGTCATTCACTGATCAAAAAGGTCCATTT
ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCT
Found at i:10164 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9628--11895 Score: 1597
Period size: 170 Copynumber: 13.3 Consensus size: 170
9618 NNNNNNNNNN
* * ** *
9628 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAACCATTTAAAATGAGCAATA-ACGTTTTC
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGAC-TTTT-
* * ********** * * *
9692 AAAGGCATGGGTGACTATAAA-NNNNNNNNNNTAGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTT
64 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTC-T
** * * * *
9756 A-AGGAAAACATTGAATTATAATCTATTTTAGCCAAAAAAGTAA
127 AGAGTCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
********** * * *
9799 AAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGACTTTTG
* * * * * * * * * *
9863 GAGGCATGAGTGACTATAAACGGGCCTTTCTAATCAATGAATGAC-TTTTCTTCATGTTTCCCA-
65 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTT-CTAG
* * * * *
9926 AGGT-AGAGATTCAATTATAAT-TTTCTTTGACCAAAAATATAA
129 A-GTCAAACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACCAAAAATGTAA
* * * *
9968 AACAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGACTTTTT
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-GACTTTTG
* * * * * ** * *
10033 AAAGCATGGGTGACTATAAATGGAGTGTTCTTACCAATGAATTTCCTTTTCTTTATGTTTCTCGA
65 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTAGA
* * * *
10098 GTCAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACTAAAAATTTAA
130 GTCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* ** * * *
10139 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAGTCATGTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGA-CTTTTG
* * * * * * *
10204 AAGGAATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTT-GCATTTGACTTGCTTTTT-TTCATGTTT-TCA
65 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCA-ATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCT-A
* * * * *
10266 GAGGT-AGAGATTCAATTATAATCTGTTTTGATCAAAAAAGTAA
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* * * * *
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1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGA-CTTTTG
* * * * ** * * *
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65 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGAATGGC-TTTTTCTTTATGTTTCTA
* * * *
10438 GAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATGA
128 GAGTCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
** * * *
10481 AACGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGA-CTTTTG
* * * * * * * *
10546 AAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTTTGA
65 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTAGA
* * *
10611 GGT-AAAAATTCAATTAT-AGCTTGTTTGAACCAAAAATGTAA
130 -GTCAAACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAA
* * * *
10652 AAACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC
1 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGACTTTT
* * * * * *
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* * * * *
10780 AGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATGA
127 AGAGTCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* * * * * *
10824 AACAATTCAACTTAAAATCAA-TATAAGATTGTAAAACCATGTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGA-CTTTTG
* * * * * * * * * * *
10888 AAGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTTTTTATTAATCAACGACTTTTTCTTTACGTTTTTTGA
65 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTAGA
* *
10953 GGT-AGAA-ATTCAATTAT-AGCTTGTTTGAA-CAAACAATGTAA
130 -GTCA-AACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAA-AATGTAA
* * * * * *
10994 AACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGACTTT-T
* * * * * *
11059 GAA-GCATGGGTGACTATCAGTGGAGTTTTC-TAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTA
64 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTA
* * * * ** *
11122 GAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAGTCAAAAATATAA
128 GAGTCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* * * *
11165 AACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGA-CTTTTG
* * * * * ** * *
11230 AAGGAATGAGAGACTACAAATGGACTTTT-TTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTTTTGA
65 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTAGA
* * *
11294 GGT-AGAA-ATTCAATTAT-AGCTTGTTTGAACCAAAACTGT-A
130 -GTCA-AACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAA
* * * * **
11334 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCA
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAGACTTTTG
* * * * * * * * * * *
11399 AAAGCATAGGTGGCTATAAAAGGACTGTT-TTACTAAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCA
65 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCT-A
* * * *
11463 -AGACAAACATTCAATTATAACCTATTTTACCCAAAAATGTAA
128 GAGTCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* * * *
11505 AAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGACTTTTG
* * * * ** * *
11570 AAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGGT-TATGAATGACTTCCTCTTTATGTTTTTAA
65 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTAG
* ** ** * *
11634 AG-CAGACATTCAATTATAGCCCATTTTAGCTAAAAATGTAA
129 AGTCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* * *
11675 AAAAA---AACTTAAAATCAATTATTAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA-ATGCTTTT
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGA--CTTTT
* * * * * **
11736 GAAGGAATGGGT-AGCTAAAAATAGACTTTTTTTATCAATGAACGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
64 GAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTA
* * * * * * *
11800 GAGGCCAACAATCAATTCTAATATGTTTTATCCAAAAAGGTAAA
128 GAGTCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AA
* * * *
11844 AAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
11896 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGACTTTTGA
AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTAGAG
TCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
Found at i:10563 original size:342 final size:337
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 6.6 Consensus size: 337
9618 NNNNNNNNNN
* * * * *
9628 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAACCATTTAAAATGAGCAATAACGTTTTC-
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
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* * * *
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127 AGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATA-TAAAACAATTCAACTTAAAATCA
********** * * * * * *
9818 ATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGGAGGCATGAGTGACTATAAA
191 ATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAA
* * * ** * * * * ** * **
9883 CGGGCCTTTCTAATCAATGAATGACTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGAGATTCAATTATAATT
256 -TGGACTTTTTTGT-TATGAATGGCTTTTTTTCATGTTTTCTGAGGTAGAAATTCAATTAT-AGC
* *
9948 TTCTTTGACCAAAAATATAA
318 TTGTTTGACCAAAAATGTAA
* * * *
9968 AACAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AGGACTTTT
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTC
* * * ** * * *
10032 TAAAGCATGGGTGACTATAAATGGAGTGTTCTTA-CCAATGAATTTCCTTTTCTTTATGTTTCTC
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* * * * * * *
10096 GAGTCAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACTAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
128 GAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAAT
* ** ** * * * *
10161 TATGAGATTACAAAGTCATGTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTA
193 TATGAGATTATAAAACCATGTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATG
* * * * *
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* *
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319 TG-TTTGACCAAAAATGTAA
* * * **
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1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * *
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* *
10439 AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATGAAACGATTCAACTTAAAATCAATT
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194 ATGAGATTATAAAACCATGTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGG
* * * *
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* *
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* *
10781 GAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATGAAACAATTCAACTTAAAATCAA-
128 GAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
10845 TATAAGATTGTAAAACCATGTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATG
193 TATGAGATTATAAAACCATGTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATG
* * * * * * * *
10910 GATTTTTTTTATTAATCAACGACTTTTTCTTTACGTTTTTTGAGGTAGAAATTCAATTATAGCTT
258 GA-CTTTTTTGTT-ATGAATGGCTTTTT-TTCATGTTTTCTGAGGTAGAAATTCAATTATAGCTT
*
10975 GTTTGAACAAACAATGTAA
320 GTTTGACCAAA-AATGTAA
* *
10994 AACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * *
11059 GAAGCATGGGTGACTATCAGTGGAGTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTAGA
66 AAAGCATGAGTGACTATAAATGGAG-TTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTAGA
* * **
11124 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAGTCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA
130 GGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA
*
11189 TGAGATTATAAAACCATGTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTACAAATGGA
195 TGAGATTATAAAACCATGTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA
11254 CTTTTTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTTACAT-TTTT-TGAGGTAGAAATTCAATTATAGCTTG
260 CTTTTTTGTT-ATGAATGGC-TTTT-TTT-CATGTTTTCTGAGGTAGAAATTCAATTATAGCTTG
*
11317 TTTGAACCAAAACTGT-A
321 TTTG-ACCAAAAATGTAA
* * * *
11334 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCA
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * *
11399 AAAGCAT-AGGTGGCTATAAAAGGACTGTTT-TACTAAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTC
66 AAAGCATGA-GTGACTATAAATGGA--GTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-
* * * * *
11462 A-AGACAAACATTCAATTATAACCTATTTTACCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
127 AGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
11526 CTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAA
192 TTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGCA-AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAA
* * * * * *
11590 TGGACTTTTCTTGGTTATGAATGACTTCCTCTTT-ATGTTTT-TAAAGCAGACATTCAATTATAG
256 TGGACTTTT-TT-GTTATGAATGGCTT--TTTTTCATGTTTTCTGAGGTAGAAATTCAATTATAG
*** * *
11653 CCCATTTTAGCTAAAAATGTAA
317 CTTGTTTGA-CCAAAAATGTAA
** * * * * *
11675 AAAAA---AACTTAAAATCAATTATTAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * * * * **
11737 AAGGAATGGGT-AGCTAAAAATAGACTTTTTTTA-TCAATGAACGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
66 AAAGCATGAGTGA-CTATAAATGGA--GTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTA
* * * * * * * *
11800 GAGGCCAACAATCAATTCTAATATGTTTTATCCAAAAAGGTA-AAAAAAATTCAACTTAAAATGA
128 GAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA--TATAAAACAATTCAACTTAAAATCA
* * *
11864 ATTATGATATTATAAAACTATTTAAAG
191 ATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAG
11891 TGAGTNNNNN
Statistics
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0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (337 bp):
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
AAAGCATGAGTGACTATAAATGGAGTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTAGAG
GCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATGTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAC
TTTTTTGTTATGAATGGCTTTTTTTCATGTTTTCTGAGGTAGAAATTCAATTATAGCTTGTTTGA
CCAAAAATGTAA
Found at i:12316 original size:171 final size:168
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
11986 NNNNNNNNNN
* * * * * *
11996 ACAGATTATAATTGAATCTCTACCTCGAGAAACGAGAAGAAAAAGCCATTCATTAACTAGAAAGC
1 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAC
* * * *
12061 CCGTTTATGGTCGCCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
66 CCATTTATAGTC-CCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
12126 AATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAA
130 AATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* *
12165 AGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAACAATCCATTCATTGACTAAAAAT
1 A-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAA-
* * * * ** *
12230 ACCCATTTATAGTCACCTATAACTTTGAAAGCGTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTC
64 ACCCATTTATAGTC-CCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
*
12295 ATAATTGATTTTAAATTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTCAA
128 ATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTT-AA
* * ** * * *
12337 ACA-AGCTATAATTGAATTTCTACCTGAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATT-AATAAAAAA
1 ACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACT--AAAA
* * * * * * * **
12400 AAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGTTTTACATTATTTTATAATC
63 AA-CCCATTTATAGTCCCT-ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
12465 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTCATATTTTTAGTTAAA
126 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTT-AA
* * * * * *
12509 ATAGATTATAATTGAATGTC-AGCCTCTAGAAACATGAATAAAAAGTCATTCATTGAGTAGAAAA
1 ACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAA
12573 C
65 C
12574 TCCANNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAC
CCATTTATAGTCCCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAA
Found at i:13228 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12855--13213 Score: 409
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
12845 AGAAAAAGCC
* * * * * ** * *
12855 ATTCATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC-ACAAGCTTTATTACTTGCTTT
1 ATTCATTAACAAGAAAACTCCATTGATAGTCACCCACACATTCGA-AAGCTTTATTACTCGCTTT
* * ** * * *
12919 ACATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCATATTTTTAGTTAAAATAGA
65 AAATGGTTTTATAATCTCATAATAAATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTAGTCAAAACAGA
* * * *
12984 TTATAATTGAATGTCTGCCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGTT
130 TTATAATTGAATCTCTACCTCTAGAAACATGAAAAAAAAGTA
** *
13026 ATTCATTAATTAGAAAACTCCATTGATAGTCACCCACACATTCGAAAGCTTTTTTACTCGCTTTA
1 ATTCATTAACAAGAAAACTCCATTGATAGTCACCCACACATTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTA
* * * *
13091 AATGGTTTTATAATCTCGTAATAAATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATCAAAACAGA
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATAAATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTAG-TCAAAACAGA
*
13155 TTATAATTGAATCTCTACCT-TTGAAAACATGAAAAAAAAGTA
130 TTATAATTGAATCTCTACCTCTAG-AAACATGAAAAAAAAGTA
*
13197 ATTCATTGACAAGAAAA
1 ATTCATTAACAAGAAAA
13214 GTCTACTTAT
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 31, Indels: 6
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATTCATTAACAAGAAAACTCCATTGATAGTCACCCACACATTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATAAATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTAGTCAAAACAGAT
TATAATTGAATCTCTACCTCTAGAAACATGAAAAAAAAGTA
Found at i:16488 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15967--17371 Score: 1233
Period size: 170 Copynumber: 8.2 Consensus size: 170
15957 NNNNNNNNNC
* * * * *
15967 ATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTTGAAGG
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* * * ** * * * * * * *
16032 AATCGATGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAGTAGCTTTTCCTTTACATTTCCTGATG-T
66 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTACTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTGA-GAC
* * * * *
16096 AGACATTCAATCATAATCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAT
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
16137 ATTGAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAAGCTTTTGAAGA
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * *
16202 AAT-GGTAACTATAAATGGACTTTTTTTA-TCAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGAC
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** *
16265 AGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* *
16307 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAG
* * * * * *
16371 GAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTACTCAATGAATGGCTTTTTTTTTATGTTTCTTGAGGC
65 GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTACTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTGAGAC
* ** *
16436 AGACATTCAATTATAATCTGTGTTAATTAAAAATGTAATAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
16478 ATTCAACTTAAAAGT-AATTATGATATTAAAAAATCA-TTAAAGCGAGTAATAAGAC-TTTGGAG
1 ATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* ** * * * * * * *
16540 AGACTGGGTGACTGCAAATGGAGTTTTCT-CGCTAATAAATGTCATTTTCTTCACATTTTTGGAG
65 -GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTACTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTT-GAG
** * * *
16604 ATTGACATTCTATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
127 ACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
** ** ** * * **
16648 ATTTGACTTAAAATGGATTATGAGATTATAAAATGATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTTGAACA
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * *
16713 AATGGGTGACTAGAAATAAACTTTT-TTCATCCATGGATGGCTGTTTCTTCACGTTTTTCATGAC
66 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAC-TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTGA-GAC
** * **
16777 AGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAATC
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
16819 ATTTAACCTAAAATCAATTATAAGGTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * * *
16884 AATGTGTGGCTATAAACAAAATTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGC
66 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC-TACTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTGAGAC
** * * * *
16948 AGACAAGCAATTCTAATATGTTTTATCTAAAAATGTAAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA
* * * *
16991 ATTCAACTTGAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * ** *
17056 ACTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-GCATTTTTAC-TCATATTTTTTAAG
66 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC-TACTCAATGAATGGC-TTTTT-CTTCA-CGTTTTTGAG
* * * *
17118 ACAGACATTCAATTCT-ATTTGTTTTAACCACAAATATAAAAAA
127 ACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * *
17161 ATTCAA-TATAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 ATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * ** * * **
17225 GAATGAGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGT
65 GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTACTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTT-TGAGAC
* * *
17290 AGACAATCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAACGTAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * *
17331 ATCCAACTTAAAATCAATTACGATATTATAAAACCATTTAA
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
17372 TTATGTTCAT
Statistics
Matches: 993, Mismatches: 209, Indels: 66
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 85 0.09
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172 126 0.13
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTACTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTGAGACAG
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
Found at i:16782 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 16243--17371 Score: 854
Period size: 342 Copynumber: 3.3 Consensus size: 342
16233 ATGAATAGTT
* *
16243 TTTTCTTCACGTTTTTCAAGACAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAA
1 TTTTCTTCACATTTTTCAAGACAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* **
16308 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGA
66 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAACAA
* *** * * * * * *
16373 ATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTACTCAATGAATGGCTTTTTTTTTATGTTTCTTGAGGCAG
131 ATGGGTGACTAGAAATAAACTTTTCTACTCAATGAATGGCTGTTTCTTCACGTTTCTTCAGACAG
* ** * *
16438 ACATTCAATTATAATCTGTGTTAATTAAAAATGTAATAA-AATTCAACTTAAAAGT-AATTATGA
196 ACATTCAATTATAACCTGTGTTAACCAAAAATGTAA-AATAATTCAACCTAAAA-TCAATTATAA
*
16501 TATTAAAAAATCA-TTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGGAGAGACTGGGTGACTGCAAATGGAGTT
259 GATTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGGAGAGACTGGGTGACTGCAAATGGAGTT
16565 TTCTCGCTAATAAATGTCA
324 TTCTCGCTAATAAATGTCA
** ** * **
16584 TTTTCTTCACATTTTTGGAGATTGACATTCTATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
1 TTTTCTTCACATTTTTCAAGACAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* ** * **
16649 TTTGACTTAAAATGGATTATGAGATTATAAAATGATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTT-GAACA
66 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCGAACA
* * *
16713 AATGGGTGACTAGAAATAAACTTTT-TTCATCCATGGATGGCTGTTTCTTCACGTTT-TTCATGA
130 AATGGGTGACTAGAAATAAACTTTTCTAC-TCAATGAATGGCTGTTTCTTCACGTTTCTTCA-GA
* * * * *
16776 CAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAATCATTTAACCTAAAATCAATTATA
193 CAGACATTCAATTATAACCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATA
* * * * * * * ** *** *
16841 AGGTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGTGTGGCTATAAACAAAA
258 AGATTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGGAGA-GACTGGGTGACTGCAAATGGAG
* * * * *
16905 TTTTCTTGCCAATGAATGGCT
322 TTTTCTCGCTAATAAATGTCA
** * * ** * *** * *
16926 TTTTCTTCATGTTTCTT-GAGGCAGACAAGCAATTCTAATATGTTTTATCTAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTCTTCACATTT-TTCAAGACAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAA
* * * * *
16990 AATTCAACTTGAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTT-GAA
64 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCGAA
** * * ** * ** * *
17054 GGACTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-GCATTTTTAC-TCATATTTTTTA
128 CAAATGGGTGACTAGAAATAAACTTTTC-TACTCAATGAATGGC-TGTTT-CTTCACGTTTCTTC
* ** * * * * **
17116 AGACAGACATTCAATTCT-ATTTGTTTTAACCACAAATATAAAAAAATTCAATATAAAATCAATT
190 AGACAGACATTCAATTATAACCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACCTAAAATCAATT
* * * * * * * ** *
17180 ATGAGATTACAAAA-CTATTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGAGTGACTATAAGT
255 ATAAGATTAAAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGGAGA-GACTGGGTGACTGCAAAT
* * * * * *
17243 AGACTTTTCTTG-TCAATGAATGACT
318 GGAGTTTTCTCGCT-AATAAATGTCA
* ** * ** * *
17268 TTTTCTTCAC-GTTTTCTAAGGTAGACAATCAATTATA-ATTTTTTTAACCAAAAACGTAAAAAA
1 TTTTCTTCACATTTTTC-AAGACAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
** * * *
17331 ATCCAACTTAAAATCAATTACGATATTATAAAACCATTTAA
65 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
17372 TTATGTTCAT
Statistics
Matches: 636, Mismatches: 134, Indels: 37
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 54 0.08
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344 4 0.01
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
TTTTCTTCACATTTTTCAAGACAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAACAA
ATGGGTGACTAGAAATAAACTTTTCTACTCAATGAATGGCTGTTTCTTCACGTTTCTTCAGACAG
ACATTCAATTATAACCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGA
TTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGGAGAGACTGGGTGACTGCAAATGGAGTTTT
CTCGCTAATAAATGTCA
Found at i:17345 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 16096--17891 Score: 1475
Period size: 512 Copynumber: 3.6 Consensus size: 510
16086 TTCCTGATGT
* * * * * * * *
16096 AGACATTCAATCATAATCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAATA-TTGAACTTAAAATCAAATATG
1 AGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTCAA-TTAAAATCAATTATG
* * * * * *
16159 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAAGCTTTTGAAGAAATGGTAACTATAAATGGACTT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGTGACTATAAATAGAC-T
*
16224 TTTTTATCAATGAAT-AGTTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGACAGACATTCAATTATAGCCTGTTT
129 TTTTTATCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGACAGACATTCAATTATAGCCTGTTT
* *
16288 TAACCAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGA
193 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGA
*****
16353 GTAATAAGGTTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTACTCAATGAATGGCTTTTT
258 GTAATAAGGTTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAACAAAATTTTCTACTCAATGAATGGCTTTTT
* * ** * *
16418 TTTTATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTGTTAATTAAAAATGTAATAAAATTCA
323 CTTCATGTTTCTTGAGGCAGACAAGCAATTATAATATGTGTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * *
16483 ACTTAAAAGTAATTATGATATTAAAAAATCATTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGGAGAGACTGGG
388 ACTTAAAAGTAATTACGAGATTAAAAAACCATTAAAGCAACTAATAAGACTTTGAAGAGACTGGG
* * * * * *
16548 TGACTGCAAATGGAGTTTTCTCGCTAATAAATGTCATTTTCTTCACATTTTTGGAGAT
453 TGACTACAAATGGACTTTTCTCACCAATAAATGTCATTTTCTTCACATTTTTGAAGAC
* * * * * **
16606 TGACATTCTATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATGGATTATGA
1 AGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTCAATTAAAATCAATTATGA
* * * * *
16671 GATTATAAAA-TGATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTTGAACAAATGGGTGACTAGAAATAAACT
66 GATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT-GGTGACTATAAATAGACT
* * * * *
16735 TTTTTCATCCATGGATGGCTGTTTCTTCACGTTTTTCATGACAGACATTCAATTATAGCCTGTTT
129 TTTTT-ATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGACAGACATTCAATTATAGCCTGTTT
* ** * * *
16800 TAGCCAAAAATGTAAAATCATTTAACCTAAAATCAATTATAAGGTTACAAAATCATTTAAAGCGA
193 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGA
* * *
16865 GTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGTGTGGCTATAAACAAAATTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTT
258 GTAATAAGG-TTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAACAAAATTTTC-TACTCAATGAATGGCTTT
* *
16928 TTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACAAGCAATTCTAATATGT-TTTATCTAAAAATGTAAAAAAAA
321 TTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACAAGCAATTATAATATGTGTTAAT-TAAAAATGT-AAAAAAA
* * *
16992 TTCAACTTGAAA-TCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAG-
384 TTCAACTTAAAAGT-AATTACGAGATTAAAAAACCA-TTAAAGCAACTAATAAGAC-TTTGAAGA
* * * * *
17055 GACTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CATTTT-TACTCATATTTTTTAAG
446 GACTGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTCACCAATAAATGTCATTTTCT--TCACATTTTTGAAG
17118 AC
509 AC
* *
17120 AGACATTCAATTCTA-TTTGTTTTAACCACAAATATAAAAAAA-TTCAATATAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTCAAT-TAAAATCAATTATG
* * * *
17183 AGATTACAAAACTATTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAGTAGACT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATG-GTGACTATAAATAGACT
* ** * ** *
17248 TTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACG-TTTTCTAAGGTAGACAATCAATTATA-ATTTTT
129 TTT-TTATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTC-AAGACAGACATTCAATTATAGCCTGTT
* ** ** * *
17311 TTAACCAAAAACGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTACGATATTATAAAACCATTT--A---
192 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCG
* * * * **
17371 A-T--T-A--TGTTC------A----TGA--AT-AAC----TTTTATAGTTAATGAATAACTTTT
257 AGTAATAAGGTTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAACAAAATTTTCTACTCAATGAATGGCTTTT
* * * * ** * * * * ** * *
17413 TGTTCATGTTTCCCT-AGGTAAACATTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAACATTAACAAATT
322 TCTTCATGTTT-CTTGAGGCAGACAAGCAATTATAATATGTGTTAATTAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
17477 CAACTTAAAA-TGAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAA-AGCTTTGGAA-AG
386 CAACTTAAAAGT-AATTACGAGATTAAAAAACCA-TTAAAGCAACTAATAAGA-CTTT-GAAGAG
* * * * * * *
17539 AATGGGTGACTACAAATAGAGTTTTCTCATCAATAAATGTCTTTTTCTTCATA-TTTTCAGAGAC
447 ACTGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTCACCAATAAATGTCATTTTCTTCACATTTTTGA-AGAC
* * * * * * *
17603 TGACATCCTATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAA-ATGAAAAACAAATTCAACTTAAAATGAATTA
1 AGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAA-AATTTCAA-TTAAAATCAATTA
* * *
17666 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-AAAAGAATGGGTGACTATAAATAG
63 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-AAT-GGTGACTATAAATAG
* * * * * * * * *
17730 ACTTTTTGT-GCTAATGAAAGGCGTTTTCTTTACGTTTTTCATGGCAAAAATTCAATTATAGCCT
126 ACTTTTT-TATC-AATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGACAGACATTCAATTATAGCCT
* ** * * * ** * **
17794 GTTTGAATAAAAAATTTTAAAAAGTTCT-ACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAATTATTTAA
189 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-TAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAA
* * *
17858 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
253 AGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGAATGGGTGAC
17892 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1024, Mismatches: 198, Indels: 130
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
482 10 0.01
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489 2 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
AGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTCAATTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGTGACTATAAATAGACTTT
TTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGACAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAA
CCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTA
ATAAGGTTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAACAAAATTTTCTACTCAATGAATGGCTTTTTCTT
CATGTTTCTTGAGGCAGACAAGCAATTATAATATGTGTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
TAAAAGTAATTACGAGATTAAAAAACCATTAAAGCAACTAATAAGACTTTGAAGAGACTGGGTGA
CTACAAATGGACTTTTCTCACCAATAAATGTCATTTTCTTCACATTTTTGAAGAC
Found at i:17507 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 17257--17514 Score: 340
Period size: 143 Copynumber: 1.8 Consensus size: 142
17247 TTTTCTTGTC
* * *
17257 AATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACAATCAATTATAATTTTTTTAACCAAAAA
1 AATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAAACAATCAATTATAATTTTTTTAACCAAAAA
* *
17322 CGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTACGATATTATAAAACCATTTAATTATGTTCATGAATA
66 CATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAATTATGTTCATGAATA
17387 ACTTTTATAGTT
131 ACTTTTATAGTT
* * * *
17399 AATGAATAACTTTTTGTTCATGTTTCCCT-AGGTAAACATTCAATTAT-ATTCTGTTTTAACTAA
1 AATGAATAACTTTTTCTTCACGTTT-CCTAAGGTAAACAATCAATTATAATT-T-TTTTAACCAA
* * * * * *
17462 AAACATTAACAAATTCAACTTAAAATGAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAA
63 AAACATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAA
17515 AGCGATTAAT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 15, Indels: 5
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
141 3 0.03
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ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (142 bp):
AATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAAACAATCAATTATAATTTTTTTAACCAAAAA
CATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAATTATGTTCATGAATA
ACTTTTATAGTT
Found at i:17790 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 17436--17875 Score: 464
Period size: 172 Copynumber: 2.6 Consensus size: 172
17426 CTAGGTAAAC
* * * *
17436 ATTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAA-CATTAACAAATTCAACTTAAAATGAGTTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATCATAAACAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGAT
* * *
17500 TATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAAGCTTTGGAAAGAATGGGTGACTACAAATAGAGTTTTC
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAAGAATGGGTGACTACAAATAGAGTTTTC
* * ** *
17565 TCATCAATAAATGTCTTTTTCTTCATATTTTCAGAGACTGAC
131 TCATCAATAAATGGCGTTTTCTTCATATTTTCAGAGACAAAA
* * * * *
17607 ATCCTATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGAAAAACAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATCATAAACAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGAT
* * * *
17672 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAAGAATGGGTGACTACAAATAGAGTTTTC
* *
17736 T-GTGCTAATGAAA-GGCGTTTTCTTTACGT-TTTTCATG-G-CAAAA
131 TCAT-C-AAT-AAATGGCGTTTTC-TT-CATATTTTCA-GAGACAAAA
* * * ** * * * *
17779 ATTCAATTATAGCCTGTTTGAATAAAAAATTTTAAA-AAGTTCTACTTAAAATCAATTACGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATCATAAACAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGAT
**
17843 TATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
17876 CGAAGGCATG
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 39, Indels: 14
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 80 0.36
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173 12 0.05
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATCATAAACAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAAGAATGGGTGACTACAAATAGAGTTTTC
TCATCAATAAATGGCGTTTTCTTCATATTTTCAGAGACAAAA
Found at i:18419 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17906--19533 Score: 1170
Period size: 171 Copynumber: 9.5 Consensus size: 171
17896 NNNNNNNNNN
* * * * ** * * *
17906 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGACGACTAAAAATGAACTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAGGTGACTATAAATGGAGTT
** * *** * * *
17971 TTCTCATTAATGAATGG-TTGTTTCTTCATGTTTTTCAAGACAG--ACATTCAATTAT-TTCTGG
66 TTCTTGTCAATGAATGGCTT-TTTCTT--TACATTTCTAGAAAGTAACATTCAATTATAATCT-G
* *
18032 TTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
127 TTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGA
* * * **
18077 GATTACAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGG-GCT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAGGTGACTATAAATGGAG-T
* * ** ** ** * *
18140 TTTCTAGTTAATGAATGTTTTTTTCTTTATGTTTCT-CTATGTAGATATTCAATTATAATCTGTT
65 TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTAGAAAGTA-ACATTCAATTATAATCTGTT
* * ** * *
18204 CTAACCAAAAATGTAGTAAAATTCAATTTAGAATGAATTATGA
129 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGA
* * * *
18247 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAATAAATAGGTGACTACAAATGGAGTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAGGTGACTATAAATGGAGTT
* * * * * * *
18312 TTCTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTTTATATTTCTAGAAACTAACATTCAATCATAGTCTGTTGT
66 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTAGAAAGTAACATTCAATTATAATCTGTT-T
* *
18377 T-ACAAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATGAAATATGA
130 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGA
* ** * *
18418 GATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAAT-GAGTGACTATAAATGGACT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAG-GTGACTATAAATGGAGT
* * ** * * ** * * *
18482 TTTTTTGCCAATGAATTACTTTTTCTTTACGTTTTTCATGGTAG-AA-ATTTAATTA-GAGCTTG
65 TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCT-A-GAAAGTAACATTCAATTATAATC-TG
* * * *
18544 TTTTAACAAAACAATG-CAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTACGA
127 TTTTAACAAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGA
* * ** * ** * **
18589 GATTGTAAAACCATTTAAAGTGACTAATAACACTTTCAAAGTTATAGGTGACTATATATGGACAT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAGGTGACTATAAATGGAGTT
* * * * * * * *
18654 TTCTAGTCAATGAATGGATTGTTCTTCACGTTTCTAG-AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTT
66 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTAGAAAGTA-ACATTCAATTATAATCTGTTT
* * *
18718 TAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGA
130 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGA
** ** ** * * * * **
18760 GATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGCGACCAAAAACGG-GCC
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAGGTGACTATAAATGGAGTT
* * * * * * *
18824 TTCTAGTCAATGAATGGCCTTTTCTTCT-CGTTTCTCG-AGGTAAAAATTTAATTATAATCTGTT
66 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTT-TACATTTCTAGAAAGT-AACATTCAATTATAATCTGTT
* * *
18887 TTGATCAAAAAA-ATAAAAGAATTCAACTTAAAATGAATTATGA
129 TT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGA
* * * * *
18930 GATTATAAAACCAGTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGCATGGGTGACTATAAATGGACT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA-AATAGGTGACTATAAATGGAGT
* ** * *
18994 TTT-TTAGTTAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTC-CCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGT
65 TTTCTT-GTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTAGAAAGTA-ACATTCAATTATAATCTGT
* * *
19057 TTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATGAATTATGA
128 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGA
* * * * * * * *
19101 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGAATGGGTGACTACAAATGAAGTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAGGTGACTATAAATGGAGTT
*** * * * * * * * * * * * * *
19166 TTCTCACCACTAAATGCCTTTTCCTTCACATCTCCAGAAATTGACATTCTATCATAGTCTGTTTC
66 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTAGAAAGTAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* *
19231 AAC-CAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAATGAATTATGA
131 AACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGA
* * *
19272 GATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATAGGTGACTATAAATGG-GCT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAGGTGACTATAAATGGAG-T
* * * ** ** ** * * *
19336 TTTTTTGTCAATAAATGGATTTTTCTTTATGTTT-TTCATGGTAAAAACTCAATTAT-AGCTTGT
65 TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTAGAAAGT-AACATTCAATTATAATC-TGT
* * * *
19399 TTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGA
128 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGA
** * * * ** *
19443 GATTGCAAAACCATTTAAAATGAGTAATAACGCTTTCAAAGGTAT-GAGTGACTATAAATGGACT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAG-GTGACTATAAATGGAGT
*
19507 TTT-TTAGTCAATGAATAGCTTTTTCTT
65 TTTCTT-GTCAATGAATGGCTTTTTCTT
19534 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1144, Mismatches: 269, Indels: 88
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 7 0.01
169 3 0.00
170 281 0.25
171 825 0.72
172 25 0.02
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATAGGTGACTATAAATGGAGTT
TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTAGAAAGTAACATTCAATTATAATCTGTTTT
AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGA
Found at i:19250 original size:683 final size:683
Alignment explanation
Indices: 17979--19484 Score: 1547
Period size: 683 Copynumber: 2.2 Consensus size: 683
17969 TTTTCTCATT
* * * * *
17979 AATGAATGGTTGTTTCTTCATGTTTTTCAAGACAGACATTCAATTATTTCTGGTTTTAATCAAAA
1 AATGAATGGTTGTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATATCTGATTTTAACCAAAA
* * *
18044 ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
66 ATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
* * * * * * *** *
18109 CTTTCGAAGGCATGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTAGTTAATGAATGTTTTTTTCTTTATGTTT
131 CTTTCGAAGGCATGGCGACCAAAAACGGGCTCTTCTAGTCAATGAATGGCCTTTTCTTTACGTTT
* * * * ** * * *
18174 CTCTATGTAGATATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAGTAAAATTCAATTTAGAATG
196 CTCGAGGTAAAAATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAAATAGAAAAATTCAACTTAAAATG
* *
18239 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAATAAATAGGTGACTACAA
261 AATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAATAAATAGGTGACTACAA
* * * * *
18304 ATGGAGTTTTCTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTTTATATTTCTAGAAACTAACATTCAATCATAG
326 ATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTACAAACTAACATTCAATCATAA
18369 TCTGTTGTTACAAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATGAAATATGAGATTATAAAACCATTT
391 TCTGTTGTTACAAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATGAAATATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * ** * *
18434 AAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATT
456 AAAGCAAGTAATAAAGCTTTGAAAAAAATGAGTGACTACAAATGAACTTTTCTCACCAATAAATG
* * * * * * * * *
18499 ACTTTTTCTTTACGTTTTTCATGGTAGAAATTTAATTAGAGCTTGTTTTAACAAAACAATGCAAA
521 ACTTTTCCTTCACGATCTCCATGATAGAAATTTAATCAGAGCTTGTTTCAACAAAACAATGAAAA
* *
18564 AAATTCAATTTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGACTAATAACACTTTCAAA
586 AAATTCAATTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAACTAATAACACTTTCAAA
18629 GTTATAGGTGACTATATATGGACATTTCTAGTC
651 GTTATAGGTGACTATATATGGACATTTCTAGTC
*
18662 AATGAATGGATTG-TTCTTCACGTTTCT-AGAGGCAGACATTCAATTATAATCT-ATTTTAACCA
1 AATGAATGG-TTGTTTCTTCACGTTTCTCA-AGACAGACATTCAATTAT-ATCTGATTTTAACCA
* **
18724 AAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATA
63 AAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATA
18789 AGGCTTTCGAAGGCATAGGCGACCAAAAACGGGC-CTTCTAGTCAATGAATGGCCTTTTCTTCT-
128 AGGCTTTCGAAGGCAT-GGCGACCAAAAACGGGCTCTTCTAGTCAATGAATGGCCTTTTCTT-TA
* * * *
18852 CGTTTCTCGAGGTAAAAATTTAATTATAATCTGTTTTGATCAAAAAAATA-AAAGAATTCAACTT
191 CGTTTCTCGAGGTAAAAATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAAATAGAAA-AATTCAACTT
* * *
18916 AAAATGAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGCATGGGTG
255 AAAATGAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAATA-AATAGGTG
* ** * * ** *
18980 ACTATAAATGGACTTTT-TTAGTTAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTC-CCAAGGTAGATATT
319 ACTACAAATGGACTTTTCTT-GCCAATAAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTACAAACTA-ACATT
* * * * * *
19043 CAATTATAATCTGTT-TTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATGAATTATGAGATTAT
382 CAATCATAATCTGTTGTT-ACAAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATGAAATATGAGATTAT
* * * ** * *
19107 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGAATGGGTGACTACAAATGAAGTTTTCTCA
446 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTGAAAAAAATGAGTGACTACAAATGAACTTTTCTCA
* * * * *
19172 CCACTAAATGCCTTTTCCTTCAC-ATCTCCA-GAAATTGACATTCT-ATCATAG-TCTGTTTCAA
511 CCAATAAATGACTTTTCCTTCACGATCTCCATG--ATAGAAATT-TAATCAGAGCT-TGTTTCAA
* * * *
19233 C-CAA-AATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAG
572 CAAAACAATG--AAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAC
** * ** * * * * *
19296 TAATAAGGCTTTTGAAA-AAATAGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGTC
635 TAATAACAC-TTTCAAAGTTATAGGTGACTATATATGGACATTTCTAGTC
* * * * * ** * * * * **
19345 AATAAATGGATT-TTTCTTTATGTTTTTCATGGTAAAAACTCAATTATAGCTTG-TTTTAATAAA
1 AATGAATGG-TTGTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATATC-TGATTTTAACCAA
* * * * * ***
19408 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTGCAAAACCATTTAAAATGAGTAATAA
64 AAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAA
* *
19473 CGCTTTCAAAGG
129 GGCTTTCGAAGG
19485 TATGAGTGAC
Statistics
Matches: 672, Mismatches: 130, Indels: 42
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
681 5 0.01
682 21 0.03
683 618 0.92
684 28 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (683 bp):
AATGAATGGTTGTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATATCTGATTTTAACCAAAA
ATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
CTTTCGAAGGCATGGCGACCAAAAACGGGCTCTTCTAGTCAATGAATGGCCTTTTCTTTACGTTT
CTCGAGGTAAAAATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAAATAGAAAAATTCAACTTAAAATG
AATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAATAAATAGGTGACTACAA
ATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTACAAACTAACATTCAATCATAA
TCTGTTGTTACAAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATGAAATATGAGATTATAAAACCATTT
AAAGCAAGTAATAAAGCTTTGAAAAAAATGAGTGACTACAAATGAACTTTTCTCACCAATAAATG
ACTTTTCCTTCACGATCTCCATGATAGAAATTTAATCAGAGCTTGTTTCAACAAAACAATGAAAA
AAATTCAATTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAACTAATAACACTTTCAAA
GTTATAGGTGACTATATATGGACATTTCTAGTC
Done.