Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
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66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
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*** * * *
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5295 TAAATGTTTACCTTAGTAAATTTGAAGGAAAAACCATTCGTTGGT
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* * * *
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5405 NNNNNNNNNNATCGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATA-TTTTTGATTAAAATATATTAAAATTGA
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5639 GAATGTCTATCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAACTA-TCAATTGA
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1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
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5811 ATGTTTAACTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTGTTGGC
130 ATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATT-GA
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5853 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAACGTTATTACTCACTTTAAATGCTGTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
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5982 TGTCTATCTTA-GAAACGTTAAGAAAAAG-TATTCATTTCT
131 TGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCA-TTGA
* * * * * * *
6021 AAGGAAAGTCCACTTATAAAGTGACGCATGCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTT
1 AAGAAAAGTCCA-TT-TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
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6086 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTGCAATTTTGGTTAAAATAGATTATATTTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTG
* * *
6151 AATGTCTGCCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGCA
129 AATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTG-A
* * *
6194 AA-AAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCAT-TCTTTGCAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATAGTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTCG-AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTT
** * *
6255 TTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAAT
63 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAAT
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6320 TGAACATAT-ATTTCGAAAAACATGAAGTAAAAGCCATTCACTAGC
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
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* * * *
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* * * *
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*
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
** * * * * * *
7110 GGAATCTCATAATTTATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTCTAACTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA
* ** *
7174 ATGTCTGCCTT-GGAAAACAAGATTCAAAAGCCATCCATTGA
130 ATGTCTGCCTTAGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGA
* * * * ** *
7215 CAAGACAAGTCTATTTATAGTCCCTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
7280 ATAATCTTATAATTGATTTTCAA-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * *
7344 AATGTATTCCTT-GAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGT
129 AATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATT-GA
* * * *
7387 AAGAAAAGTCTAGTTATAGGT-AC-CTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
7450 TATAATCTCATTATTGATTCTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTATTCAAACAGATTACATTT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATT
* * * *
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128 GAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-A-TTGA
* * * * *
7558 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTACTAATCACTTTAAATGGTTTCA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * * * * *
7623 TAACCTCATAACTAATTCTAAGTT-AGATTTCTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAAGATTTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * *
7687 ATG-CTTGCCTTAGGAAACGTGAAG-AAAAACTCACTCATTTGC
130 ATGTC-TGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGC-CATTCA-TTGA
* * * * * *
7729 AAGAAAAGTCTATTTATAGTGACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
7794 TAATCTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAT-GTATTGTAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAG-ATTATAATTGA
* ** *
7858 ATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG-
130 ATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGA
* * * * * * *
7898 AAGAGAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATGCTTTCAAAAAGCATTATTACTCACTTTATATGGATT
1 AAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
7963 TATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAATATATGATAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTG
* ** *
8028 AATATCAACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATA
129 AATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTG--A
* * * ** *
8072 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCAGC-CATGCCTTCGAAAGTCTTATTACACAATTTAAACGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*** * * *
8136 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGGATTTTTACATTTTTTATTACAATATATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * * * *
8201 TTGTCTACTTTAAGAAAC-T-ATAGAAAAAGTCATTCCTTGGC
130 ATGTCTGCCTTAGGAAACATGA-AGCAAAAGCCATTCATT-GA
* * **
8242 AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTCAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATATTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
8305 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTCTCTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * *
8370 ATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA
130 ATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATT-GA
* * * ** * ** * * *
8412 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTTAAAAGCATTATTACTCATTTTAAATAGATTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
8477 TAATCTCATAATTGATTTCAAATTGAATTTTTTT--ATTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * *
8540 ATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTA-TCTATCGGGA
130 ATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-AT--TGA
* * * ** * *
8583 AA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGAATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
8647 TAATATCATAATT-AGTTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAATATATCATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * ** * *
8711 AT-TCTACCTT-GAGAAACATGAAACAAAAG-TGTCCCATTGGC
130 ATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCAT-TCATT-GA
* * * * *
8752 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTAATCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * * *
8817 TAATTTGATAATTGATTTTATGTTGAAATTTTTTACA-TTTTTGACTGAAACAGATAATATTTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGA
* * * **
8881 ATGTTTACCTTCA-AAAATGTGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCA
130 ATGTCTGCCTT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATT-G-A
* * * * *
8923 AA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC-ACAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
8986 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAGATTTTTTATA-TTTTTGATTAAAATAGATTATAATT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATT
* * * ** * *
9049 GAATTTTTACC-TAGCGAAATGTGAAGCAAAAGCAATCCATTGGA
128 GAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATT-GA
* * * * * *
9093 GAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACATTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* ** * * * * * *
9158 TAATGTCATAGCTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTCAAATATATTATAATTAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * *
9223 TGTTTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATGGA
131 TGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGA
* * * * * * *
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1 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
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65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTG
* * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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129 AATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATT-GA
* * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
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* * * *
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* * * * ** ** *
9774 ATAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGTATTATTACTCATTTTAAATAGTTTT
1 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
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* * * * * *
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* * ** * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
10418 ATGTTTGCCTCAAGAAATATAAAGCACACGTCATCCATTGTC
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* * * * * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* ** * * * * *
10525 TAATCTAATAGCTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTAAA
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* * * *
10590 TGTCTGCCTCAAG-ACCATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
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* * *
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1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * * *
10693 TATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTCACAACAGATTATATTTC
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * *
10758 ATTGTCTGTCTTAGAAAACATGGAA--AAAATACCATTCATTGGC
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* * * * * * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
10866 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAT
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * **
10931 TTTATGCCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGA
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* * * * * * *** ** *
10972 TATAAAAGTTCATTTATAGGCATTCATGCCTTCAAAAAAATTATTACTAACTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* *
11037 TAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT--A-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * *
11098 ATGCCTGTC-TCGAGAAATATGAAGTACAAGCCA-TCTATTGAA
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*
11140 AATAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
11165 CGTACTCGGA
Statistics
Matches: 8095, Mismatches: 1843, Indels: 617
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
156 93 0.01
157 7 0.00
158 15 0.00
159 5 0.00
160 2 0.00
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164 2 0.00
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Consensus pattern (170 bp):
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TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
TGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGA
Found at i:3401 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 743--11164 Score: 7197
Period size: 341 Copynumber: 30.6 Consensus size: 338
733 AAAAGTTATC
* * * ** * * * *
743 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTGATAAAGCCTT-CAAAAGACTTATTACTCACTGTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
807 GGTTTTATAATATCATTATTGATTTTAAGATGAATTTTTTAACATTTTTGATTAAAACAGATTAT
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* * ** * * ** * * *
872 ACTTGAATGTTTGTCTTGGGAAATGTAAAGAAAAA-CCATTCACTGCCAAGAAAAGTCCATTTAT
130 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
936 ATTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATT
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* * * * * * * * * * *
1001 TTAAGTTAAATTTGTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATATTTAAATTTTTGCCTTGAGAAAT
258 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAAC
* ** *
1066 GTGAAGAAAAAATCATA
322 ATGAAGAAAAAGCCATT
* ** * * *
1083 CATTTGCAAGAAAAGTCCATTTGCAGTCACCCATGCTTTCGAAAACCTTATTACTCAG-TTCAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTC-GCTT-TAA
* * * *
1147 ATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTGTT-AGTTAAAATAAAT
63 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAATAGAT
* * * *
1211 TATAATTGAATGTCTGCCT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATT--AAAGGGAAAAGTCC
127 TATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAA--GAAAAGTCC
* * *
1273 ATTTATTA-TCATTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATGC-CAT
188 ATTTA-TAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAAT-CTCAT
* * * * * *
1336 AATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTGAAATATATTATAATTGAATATATAGCT
250 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
1401 CAGGAAACGTAAAGCAAAAGCTATT
315 CA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * *
1426 CATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * *
1491 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTGTTGGTTAAAAAATAATA
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTA
** * * * *
1555 TAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACTTGAAGCAAAAA-TCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
129 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * ** * **
1619 AAAGTCACTCATGCCTTAGAAAGCCTTATTAATCAATTTAAATGATTTTATAATCAGATAATTGA
192 ATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
1684 TTTTAAGCTGGATTTTGTTTTTACATTTTTTAGTTAAAA-AAATAATATTTGAATGT-TAGCCTT
256 TTTTAAG-TTGA-ATT-TTTTTACATTTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CC-T
* * * * **
1747 AAAAAACGTGGAGAAAAAATCATT
315 CAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * *
1771 TATTGGTAAAAAAGAGTCTATTTAGAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
1836 TGGTTTCATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTA
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTA
* ** * * * *
1901 TAATTGATTGTCTGTCTCAAGAAATATGAAG-CAAA-CCTATCCATTGG-AGAGAAAAGTCTATT
129 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCC-AT-CATTGGCA-AGAAAAGTCCATT
* * * * * *
1963 TATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTTATAATTT
191 TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTG
* * * ** *
2028 ATTTTAAGTTGAATATTTTTATA-TTGTTGCTTAAAATTTATTATTATTGATATG-C--CCT-AG
255 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTCA-
* * *
2088 GAAACGTGAAGTAAAAGCCATC
317 GAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * ** * * *** **
2110 CATT--AAAGGGAAACGTACATTTATAGTCACTTTTACCTTCGAAAGTATTATTACTCATTTTAA
1 CATTGGCAA--GAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAA
* * * *
2173 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCG-A--TTTTTACATTTTTGGTT--AA-A-A-T
63 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATT
* * * * *
2230 AT-ATT--A----TACTTCGAGAAACGTGAAGCAAAAA-TCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATT
128 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
2287 TATAGTCAGC-CCTGCCTTCTAATGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATT
191 TATAGTCA-CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATT
* * * ** *
2351 GATTTTAAATT-AAATTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTATGTTAG
254 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-
*
2414 GAAACAT-AA-AAAAA-TCATT
317 GAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * ** * *
2433 CATTGGC-AGTAAAAGTCTATTTATAGTTAGCCATATCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 CATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * * *
2497 TGGTTTTATAATGTCATAAATGGTTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAATTATATC
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAATAGATT
* * * * *
2561 ATAATTAAATGTCAACCT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATTCATTGG-ATAGAAAAGTCCAT
128 ATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCA-AGAAAAGTCCAT
* * * * * * * ** *
2624 TCATAGTCACTCATACCTTTGAAACCCTTACTCCTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATTATT
190 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATT
* ** * * * *
2689 GATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTGGTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAG
254 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG
* * *
2754 AAAACAGGAAGCAAAAGCCATC
318 -AAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * *
2776 CATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCCATCAAGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCATGCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAA
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2840 TCATTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGTT-AGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-AAATA
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATT
* * * * ** *
2903 ATATTTGGATGTCTGCCT-TAGGAAACATGATA-AAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTTCAT
128 ATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGA-AGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
2966 TTATAGTCACCCATACCTTCCAAAACTTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCACT-AT
190 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCA-TAAT
* * * * * * * *
3030 TGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTAAATGTTTACCGCAG
253 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG
*
3095 TAAACTTGAAGAAAAAGCCATT
318 -AAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
3117 CGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
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3182 AGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTAC
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTAT
** * *** * *
3247 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAAGGTTAAGAAAAAGCCAGTCATTATAAAAAAAAATCCATTTAT
130 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
3312 AGTCACTCACGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTATAATCTCATTATTGATTT
194 AGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * **
3377 TAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTATTTCAAGAAACA
259 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACA
3442 TGAAGAGAAAA-CCA-T
323 TGAAGA-AAAAGCCATT
* * ** * ** *
3457 CAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGACACTCAAACTTTTGAAAGA-CTTATTACTCACTTTAA
1 C-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCCAAA-ACCTTATTACTCGCTTTAA
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3521 ATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATAGAT
63 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGAT
* ** * * * ** *
3586 TATAATTAAATGT-TTGCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTGTTGGCGAGAAAAGTCCATT
127 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *** * * * * *
3650 TATAGTCACCCATGCCTTCCAAAATGTTATTTCTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATTATTA
191 TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
3715 ATTTTCAA-TTGAATTCTTTTACA--TTTGGATTCAAACAGATTAAAATTCAATGTCTATCTCAG
255 ATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG
* * *
3777 AAAACGTTAAGAAAAAGTCATT
318 -AAACATGAAGAAAAAGCCATT
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3799 CATTTTTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATGCCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
3864 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTGTATTTTTTATTAAAATAGATTAT
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTAT
* * * ** *
3929 ATTTGATTGTCT-CCAT-TAGGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTT
130 AATTGAATGTCTACC-TCGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
3991 ATAGTCA-TCCATTCTTTCCAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATC
192 ATAGTCACT-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
4054 GATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACA---TTAGTTAAAATATATTTTAATTAAATGTATGCTTCAA
254 GATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-A
* * *
4116 AAAACATGAAGCAAAAGCCATC
317 GAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * ** *
4138 CACTGGCAAG-AAAGATCAATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TAAAACCCTTATTACTTACTTTCA
1 CATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *** *
4201 ATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTAG-GGCAAACAGATT
63 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATT
* * * * * * * *
4265 GTATTTAAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAGGCCCATTT
128 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ***
4330 ATAGTCAC-CTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATANNNN
192 ATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATA-ATT
****************** * * * **
4394 NNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATA-TTTTTGTTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTATTTCAA
254 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-A
* *
4458 GAAACACGAAGCAAAAGCCATT
317 GAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * * * * * * *
4480 AATTGACAAAAAAAATCTATTTATAGTCCCTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * ** * * * * * * *
4545 GATGTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTT-CATTTGTGGTTAGAACAGATAAT
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTAT
* * * * *
4609 ATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
130 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
4674 AGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
194 AGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
4739 TTAGGTTGAATGTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAGGTCTGCCTCAAGAAAC
258 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAAC
* * ** *
4804 GTGAAGCAAAAGTGATC
322 ATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * *
4821 CATTGGAAAGCAAAGTCAATTTAGAGTCGCCAATACCTTCGAAAACAC-TATTACTCGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCCAAAAC-CTTATTACTCGCTTTAAA
* * ** * * *
4885 CGGTGTTGGAATCTCATAATTTATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTA
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTA
* *** * * ***
4949 TAACTGAATGTCTGTTTTGGGAAACATGATTCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
129 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * ** * *
5014 TAGTCCAC-CAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATCATTTTATAATCCCATAATTAA
193 TAGT-CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * * * *
5078 TTTGAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATAATATTTGGATGTCTATCTTAGGAA
256 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-GAA
5143 ACATGAAGAAAAAGCCATT
320 ACATGAAGAAAAAGCCATT
* ** ** * *
5162 CATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAAGTTTATTATTTGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
5227 AGTTTTATAATCTCACT-ATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACT-GATA
65 GGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAA-TAGATT
** * * * ** * * *
5290 ATGTTTAAATGTTTACCT-TAGTAAATTTGAAGGAAAAA-CCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTAT
128 ATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAA-GAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * ********
5353 TTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT-TANNNNNNNNNNAT
190 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATA--ATCTCATAAT
* * * * *
5417 CGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATA-TTTTTGATTAAAATATATTAAAATTGAATGTCTACCTCT
253 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-
** * *
5481 AGAAAGGTTAAGAAAAAGCCAGT
316 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
** * * * * * *
5504 CATTACCAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACTCACGCCTTCTAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
5569 GATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTTG-TTAAAACAGATT
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATATTTTTGATTAAAATAGATT
* * * * * * *
5633 ATATTTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACTATCAATTGACAAGAAAAGTTCA-TT
128 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** * * * * *
5697 ATAGTCACTCAAACTTTTGAAAGACTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
192 ATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * **
5762 TTTTAAGTTGAATTTGTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTAACTTGGGAA
256 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAGAA
*
5827 ACATGAAGAAAAAGTCATT
320 ACATGAAGAAAAAGCCATT
** * *
5846 TGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAACGTTATTACTCACTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * * * *
5911 GCTGTTATAATCTCATTATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACA-TTTGGGTTCAAACAGATTAA
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTAT
* * * * * * * *
5975 AATTCAATGTCTATCT-TAGAAACGTTAAGAAAAAG-TATTCATT-TCTAAGGAAAGTCCACTTA
130 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGC-AAGAAAAGTCCA-TT-
* * * * * *
6037 TAAAGTGACGCATGCCTTCCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
191 TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * *
6102 ATTTTAGGTTGAATATTTTTGCAATTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGAA
255 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-A
*
6167 AACATAAAGAAAAAGCCATT
319 AACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
6187 CATT-GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCTTTGCAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCCAAAACCTTATTAC-TCGCTTTAAA
* ** * *
6250 TAGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAATATAT
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTGA-TTAAAATAGAT
** * ** * * * * * *
6314 TATAATTGAACATATATTTCGAAAAACATGAAGTAAAAGCCATTCACTAGCAGGAAAAGTCAATT
127 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * ** * *
6379 TATAGTCACTCAAGCCTT-TAAAACCTTTATTACTTACTTTCAATAT-TTTTATAATCCCATAAT
191 TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC-TTATTACTCGCTTT-AA-ATGGTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * *
6442 TGATTTTAAGCTGAATTTCTTTACA-TTTTAGGTCAAACAGATTGTATTTAAATGTCTACCTCAA
253 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-A
** *
6506 GAAATGTAAAGAAAAAGCCATT
317 GAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
6528 CATTGACAAGAAGAA-CCCATTTATAGTCACCTATGCCTT-CAAAAGCCTTCTTACTTGCTTTAA
1 CATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
6591 ATGGTTTTATAATCTCATCATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATAT
63 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGAT
* * ** * * * *
6655 TATAATTAAATGTTTATTTCAAGAAACACGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
127 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * **
6720 TATAGTCCCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTTGTAATTG
191 TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * ** * **
6785 ATTTTACGTTGGATTGTTTT-CATTTGTGGTTAGAACAGATAATGTTTG-ATGCCTACCTTGGGA
255 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGA
* *
6848 AACATCAAGAAAAAGCTATT
319 AACATGAAGAAAAAGCCATT
*
6868 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
6932 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTA
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTA
* * * ** * ** * * *
6997 TAATTGAAGGTCTGCTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTGATCCATTGGAAAGCAAAGTCAATTTA
129 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * *
7062 GAGTCGCTCATACCTTCGAAAGTAC-TATTACTCGCTTTAAACGATTT-TGGAATCTCATAATTT
193 TAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAT--AATCTCATAATTG
* * * * * * **
7125 ATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTCTAACTGAATGTCTGCCTTGGAA
255 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-A
* *** *
7189 AACAAGATTCAAAAGCCATC
319 AACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * *
7209 CATTGACAAGACAAGTCTATTTATAGTCCCTCAAGCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
7273 TGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTCAA-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATA
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATT
* * * * * * * * *
7337 ATATTTGAATGTATTCCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAGTT
128 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
7402 ATAGGT-AC-CTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATT
192 ATA-GTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
7465 GATTCTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTATTCAAACAGATTACATTTGAATGTCTACCTTAG
254 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-
*
7529 GAAACATAAAGAAAAAGCCA-T
317 GAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * * *
7550 CTAGTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTACTAATCACTTTAAA
1 C-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * *
7615 TGGTTTCATAACCTCATAACTAATTCTAAGTT-AGATTTCTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGAT
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAATAGAT
* * * * * * * *
7678 AAGATTTGAATG-CTTGCCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAA-CTCACTCATTTGCAAGAAAAGTCT
127 TATAATTGAATGTC-TACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGC-CA-TCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
7740 ATTTATAGTGACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
188 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAA
* * * *
7805 TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAT-GTATTGTAATTGAATGTCTACCTT
252 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTC
** * *
7869 AGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATC
316 A-GAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * *
7893 CATT-G-AAGAGAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATGCTTTCAAAAAGCATTATTACTCACTTTAT
1 CATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
7956 ATGGATTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTG-TTAAAATATAT
63 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAATAGAT
* * * * * ** *
8020 GATAATTGAATATCAACCT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAAAGTCCA
127 TATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCAT-CATTG-GCAAGAAAAGTCCA
* * ** *
8084 TTTATAGTCAGC-CATGCCTTCGAAAGTCTTATTACACAATTTAAACGGTTTTATAATCTCATAA
189 TTTATAGTCA-CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAA
*** * * * * * *
8148 TTGATTTTAAGTTGAGGATTTTTACATTTTTTATTACAATATATTATAATTGATTGTCTACTTTA
252 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTC
*
8213 AGAAAC-T-ATAGAAAAAGTCATT
316 AGAAACATGA-AGAAAAAGCCATT
* * * *
8235 CCTTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTCAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
** * * * *
8299 ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTCTCTTTATATTGTT-AGTTAAAATAGATTA
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAATAGATTA
* * *
8363 TAATTGAATGTTTACCT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGTCCATT
129 TAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCAT-CATTGGCA-AGAAAAGTCCATT
* * ** * ** * *
8426 TATAGTCACTTATACCTTTAAAAGCATTATTACTCATTTTAAATAGATTTGTAATCTCATAATTG
191 TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
8491 ATTTCAAATTGAATTTTTTT--ATTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTAAATGTTTACCTTAGG
255 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-G
* * *
8554 AAACGTGAAGCAAAAGCTA-T
318 AAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * ** *
8574 CTATCGGGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTT-CAAAAGAATTATTACTTGCTTTAA
1 C-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * *
8638 ATGATTTTATAATATCATAATT-AGTTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAATATAT
63 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGAT
* *
8702 CATAATTGAAT-TCTACCTTGAGAAACATGAA-ACAAAAGTGTCC--CATTGGCAAGAAAAGTCC
127 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA-AAAA--G-CCATCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * *
8763 ATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTAATCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTGATAA
188 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
8828 TTGATTTTATGTTGAAATTTTTTACA-TTTTTGACTGAAACAGATAATATTTGAATGTTTACCTT
252 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-T
* **
8892 CAAAAATGTGAAG-AAAAGCCATT
315 CAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
8915 CATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTT-CACAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCCA-AAACCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
8979 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAGATTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATT
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATT
* * * * ** * * *
9043 ATAATTGAATTTTTACCTAGCGAAATGTGAAGCAAAAGCAATCCATTGG-AGAGAAAAGTCTATT
128 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-CATTGGCA-AGAAAAGTCCATT
* * * * * **
9107 TATAGTCACTCATACATTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAGCTG
191 TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
9172 GTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTCAAATATATTATAATTAAATGTTTACCTCAGAA
255 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-A
* *
9237 AACGTGAAGCAAAAGCCATT
319 AACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * *
9257 CA-TGGAATAGAGAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAA
1 CATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
9321 TGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTA
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTA
* * * * * * * * ** *
9385 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACTTAAAGCAAAAGTCACCCATTGATAAGAAAAGTCGATTTA
129 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
9450 GAATCACTCCA-GCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
193 TAGTCACT-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
9514 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTT-AAACAGATAATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
256 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAA
* *
9578 ACGTGAAGAAAAAGCTATT
320 ACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * ** * *
9597 TATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
9662 GGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTAT
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTAT
* * * * * * * * *
9727 AGTTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGGAGCAAAAGCTATCCATT-GAATAGAAAAGTTCATTTA
130 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-CATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTA
* * * ** ** * *
9791 TAGTCACTCATTCTTTCAAAAGTATTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGAT
193 TAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
9856 TTTAAGCTAAATTTCTTTT-CA-CTTTTGATTAAAAAATATTAAAATTGAATGCCTGCCTCAGAA
257 TTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-A
* * *
9919 AATATGAAGCAAAAGCCATC
319 AACATGAAGAAAAAGCCATT
* ** * ** *
9939 CATTAGTGATAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
10003 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTA
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTA
* * * * * * * * **
10068 TAATTGAATATATGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAG-AAAAAAAATAGATT
129 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-CATT-G-GCAAGAAAAGTCCATT
* * ** * * *
10132 TATAGTCACTTATGCTTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATTTCATAATTA
191 TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
10197 ATTTTAAGTTG-ATTTTTTT-TATTTTTATGGTTAACATATATTATAACTAAATGTCTACCTCAA
255 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-T-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-A
* * *
10260 GAAACATGAAGCAAAAGTCATC
317 GAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * *
10282 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCATTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
10347 GGTTTTATAATCTAATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATT
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAATAGATT
* * * * * * * * * * * *
10410 ATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAATATAAAGCACACGTCATCCATTGTCAGGAAAAATCCATTT
128 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * **
10475 ATAATCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAACGGTATTATAATCTAATAGCTGA
192 ATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT-TTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
10540 TTTTAAGTTGAGTTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTAAATGTCTGCCTCA-AGA
256 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGA-A
*
10604 CCATGAAGAAAAAGCCATT
320 ACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
10623 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * *
10688 GATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-AGTCACAACAGATTA
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAATAGATTA
* * * ** * * *
10752 TATTTCATTGTCTGTCT-TAGAAAACATGGAA-AAAATA-CCATTCATTGGCAACAAAAGTCTAT
129 TAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACAT-GAAGAAAA-AGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
10814 TTATAGTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTCTTACTAGCTTTAAATGGCTTTGTAATCTCATAATT
190 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
10879 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGATTTTATGCCTCAAG
254 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AG
** *
10944 AAATGTGAAGCAAAAGCCATT
318 AAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * ** **
10965 CATTGG-ATATAAAAGTTCATTTATAGGCATTCATGCCTTCAAAAAAATTATTACTAACTTTAAA
1 CATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
11029 TAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTT-TATTTTTGATTAAAATATATTA
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTA
* ** * * * ** *
11091 TAATTGAATGCCTGTCTCGAGAAATATGAAGTACAAGCCATCTATTGAAAATAAAAGTCCATTTA
129 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
11156 TAGTCACTC
193 TAGTCACTC
11165 CGTACTCGGA
Statistics
Matches: 7971, Mismatches: 1767, Indels: 689
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
322 4 0.00
323 119 0.01
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325 9 0.00
326 18 0.00
327 6 0.00
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330 4 0.00
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346 135 0.02
347 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATA
ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACATGA
AGAAAAAGCCATT
Found at i:14827 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 14451--14910 Score: 450
Period size: 170 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
14441 TTCCCCATGA
* * **
14451 AACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTTTCAA
1 AACATGAAGAAAAAGCAATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTTAAAA
* * * *
14515 GCCTTATAACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
65 GCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTCTTA-A
* * * *
14580 TATTTTGTCAAAAAAATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGT
129 TATGTTGGCAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGT
* * * * * * *
14621 AACATGAAGAAAATGCCATTCATTGACAACAAAAGTCTATTTACAGTCAC-CTATACCTTTGAAA
1 AACATGAAGAAAAAGCAATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTC-ATGCCTTTAAAA
* * *
14685 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTAATTTT-AGTTGAATTTTCTT-AT
65 GCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTCTTAAT
* * * *
14748 ACTGTTGGCTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAAG-
130 A-TGTTGGC-AAAA-AAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGT
* * *
14790 AA-ATG-AGAAGCGAAAGCAATCCATTGGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
1 AACATGAAGAA---AAAGCAATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTTA
** * * * * *
14852 AAAGTATTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTAGTTTCAACTTGAAT
62 AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
14911 GTTTTTTACA
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 42, Indels: 21
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.03
168 8 0.03
169 20 0.08
170 191 0.81
171 11 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AACATGAAGAAAAAGCAATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTTAAAAG
CCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTCTTAATA
TGTTGGCAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGT
Found at i:15500 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15205--18575 Score: 2477
Period size: 171 Copynumber: 19.8 Consensus size: 171
15195 AATTGGAGTA
* * * *
15205 ATAAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAATAAATTATAATTG
1 ATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* * ** * * * **
15269 GATGTCTGCCTTTGGAGACGTAAAGCAAAAGCCATCCATT-ATAGAGAAAAG-CCTATTTATAGT
65 AATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCC-ATTTATAGT
* ** * * *
15332 CACTTATGCCTTCGAAAGTATTATTACTCG-TATTAAGTGGGTTG
128 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTT
* ** * * *
15376 ATAACCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTCA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
** **
15441 ATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCNN
66 ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
**************** * *
15506 NNNNNNNNNNNNNNNNCTTATTACTCGCTTTGAGTGGTTTT
131 TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * ** * * *
15547 ATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTGTTTACATTTTTGACTAAAATAGATAATATTTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
* * * * * * * *
15612 ATGTCTACTTTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCATACATTAGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCAC
66 ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * ** *
15677 TCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATAGTTTT
131 TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * **
15718 GTAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
* * ** * * * *
15783 ATGTTTA-CTTTAGAAATGTCAAGCAAAAGCCATCCCTTGGTAA-AGAAAGT-CATTTTGTAGTC
66 ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA-AAAGTCCA-TTTATAGTC
* * ** * * * *
15845 ATTCAAGCCTTTAAAACCCTTATTACTCGCTTTCAATGATGTT
129 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
15888 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTAGATTAAAATAGATTATATTTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
* * ** * * * * * *
15953 ATGTTTTCCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATTGTCAC
66 ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * *
16018 -CTATATCTTTG-AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
131 TC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
16058 ATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATGTACTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
* * * * * * * * *
16123 ATGTCTGCTTTAAGAAACCTAAAGTAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAATCTATTTATAGTCAT
66 ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * ** *
16188 TTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATAGTTTT
131 TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * *
16229 ATAATCTCATAATTGCTTTGAAATTGGAGTTTATTAGA-TTTT-GTCTAAAATAGATAAT-ATCT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-TAAAATATATTATAAT-T
* * * *** * * *
16291 GAGTGTTTGCCTCCTGTAACATGAA-CAAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
64 GAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
16355 CACCCATACTTTTC-AAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
128 CACTCATGC-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
16399 ACAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAAAAGATTATATTTGT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
* * ** * * * * ** * *
16463 ATGTTTACCTTAAAAAATGTGAAGAAAAAACTATTCATTGATAAGAAAAATTCATTTATAGTCAC
66 ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
16528 TCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTT
131 TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
16569 ATAATCTCATACTTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* * * *
16634 AATGT-TCACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCC-TTGGCAAGAAAATTCTATTTATAGT
65 AATGTCT-ACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
16697 CACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTT
128 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
16741 ATAATCTCATTATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTAAAATTC
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
** * * *
16805 AATGTCTACCTTGGGAAATATGAAGCAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
65 AATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ** * * *
16870 CTCAAGCCTTTAAAAGCGTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
130 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
16912 ATAAGCTCA-AATTTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATATTTG
1 ATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* * *** * ** * * * * *
16976 AAAGTTTGTATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCA-CTCATTAGTAAGAAAAGTCGA-TTATAGTG
65 AATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
17039 ACCCATACCTT-GCAAAGCCTTATTA-TAAGATTTAAATGATTTT
129 ACTCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTT
** * * * **
17082 ATAATCTTGTAATAT-ATTTTAAATTGAATTTTTTTATATATTTT-TTTAAAATATGCTATAATT
1 ATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* * *
17145 GAAT-TCCTACCTTAAAAAACATGAA-CAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
64 GAATGT-CTACCTTAAGAAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * * * *
17208 TTGCTCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATAGTTTC
127 TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * ** * * *
17253 ACAATCTCATTATTGATTTTAAATTAAATATTTATACATTTTCAGTAAAAACATATTATATTTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
* * * * * * * * * * *
17318 ATATCTGCCTAAAGAAACTTG-AGACAAAAGTCATTCATTAGCAAAAAAAGTCTACTTATAGTCT
66 ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
17382 C-CAATGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTT
130 CTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** * * * *
17424 ATAATCTCATAAATGATTTTATGTTGAACTTTTTTACGGTTGTGGTTGAAACATATTATAATTTA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
* * * ** ** * * * *
17489 ATGTTTGCTTTGGGGAAACACAAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTACAGTCA
66 ATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ** * *
17554 CTCAAGCCTTCGAAAGTGTTATTACTCGTTTTAAATGATTTT
130 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * *
17596 ATAATCTCATAATTAATTTTAAACTAAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
* * * **
17661 ATATCTACCTTGAA-AAACTTGAAGAAAAAGCCA-CTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
66 ATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
17724 ACCCATGCCATCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
129 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
17767 ATAATCACATAATCT-ATTTTCAA-TT-AAGTTTTTTTATATTTTT--TTAAAATATATTATAAT
1 ATAATCTCATAAT-TGATTTT-AAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAAT
* *** ** * * * * * *
17827 TAAATGTCTGTTTTGGGAAACGTGAAGCGAAAGCCACCCATTAGCAAGAAAAGTACATTAATAGT
63 TGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
17892 CACTCAAGCCTTC-AAAACTCTTATTACTTGCTTTCAATAGTTTT
128 CACTCATGCCTTCGAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
17936 ATAATCTC-TAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTA
1 ATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* * * * * *
18000 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGTC-AG-AAAGGCCTCTTTATAGT
65 AATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGT
* * *
18063 CACTTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
128 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
18107 ATAACCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATCTATTAT-A---
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* * * * * *
18167 AATGTC--CGCTT---CAAC---AAGCAAAACCCACCCATTGGTATGGAAAGTCCATTTATAGTC
65 AATGTCTAC-CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * *
18224 ACTTAAGCCTTAGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTT
129 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
18267 ATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTGATTAAAATATATTATAATTA
1 ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* * * * * *
18331 AATATCTA-TTTCAAGAAACATGAGGCAAAAGCCATCCATTGAC-TGAGAAAGTCTATTTATAGT
65 AATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGT
* * * * * ** *
18394 CACCCAAGCTTTGGAATGCCTTATTACTCATTTTAAATTGTTTT
128 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
18438 ATAATCTCATAATT-ACTTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTCAAAGAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* * * * * * *
18501 AATGTTTACCTCAAAAAACATAAAG-AAAAGGCCATTCATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTC
65 AATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAA-GCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
18565 ACTCATGCCTT
129 ACTCATGCCTT
18576 TCAAAGNNNN
Statistics
Matches: 2482, Mismatches: 628, Indels: 181
0.75 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
159 4 0.00
160 107 0.04
161 9 0.00
163 3 0.00
164 7 0.00
165 1 0.00
166 2 0.00
167 6 0.00
168 11 0.00
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172 276 0.11
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
Found at i:17380 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 15205--18581 Score: 2207
Period size: 512 Copynumber: 6.6 Consensus size: 508
15195 AATTGGAGTA
* * * * *
15205 ATAAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTT-TATATTTTAGTTAAAATAAATTATAATTG
1 ATAA-TCTCATAATTGATTTTAAATT-AAATTTTTATACATTTT-GTTAAAACATATTATAATTG
* * * * * * *
15269 GATGTCTGCCTTTGGAGACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTA-TAGAGAAAAG-CCTATTTATAGT
63 AATGTCTGCCTTGGGAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCA-AGAAAAGTCC-ACTTATAGT
* * ** ** * * * * * **
15332 CACTTATGCCTTCGAAAGTATTATTACTCG-TATTAAGTGGGTTGATAACCTCATAATCAATTTT
126 CACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * ** * *
15396 AAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTCAATGTCTACCTTGGGAAACAT
190 AAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTAT-ATTTAAAGTTTGTCTTGAGAAATAT
* * * ******************
15461 GAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTA
253 GAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTGCAAAGCCTTA
* * * ** *
15526 TTACTCGCTTTGAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTGTTTACATTTTT-
317 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * * * * * *
15590 GACTAAAATAGA-TAATATTTGAATGTCTACTTTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCATACATTAGC
382 G-TTAAAATATACT-ATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * **
15654 AAGAAAAGTCCATATATAGTCACTCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATAGTTTT
445 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * *
15718 GTAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTATACA--TTTTGTTAAAACATATTATAATTGA
** ** * * * * * *
15783 ATGT-TTACTTTAGAAA-TGTCAAGCAAAAGCCATCCCTTGGTAA-AGAAAGT-CATTTTGTAGT
64 ATGTCTGCCTTGGGAAACT-TGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGA-AAAGTCCA-CTTATAGT
* * * *
15844 CATTCAAGCCTTTAAAACCCTTATTACTCGCTTTCAAT-GATGTTATAATCTCATAATTGATTTT
126 CACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
15908 AAGTTGAATTATTTTACATTTTAGATTAAAATAGATTATATTTAAATGTTT-TCCTCGAGAAATA
190 AAGTTGAATTTTTTTACATTTT-GGTTAAAACAGATTATATTTAAA-GTTTGT-CTTGAGAAATA
* * * * *
15972 TGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGCAAGAAAAGCCCATTTATTGTCACCTATATCTTTG--AAGCC
252 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTGCAAAGCC
* * * * *
16034 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTT
314 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * *
16099 TTAGTTAAAATGTACTATAATTGAATGTCTGCTTTAAGAAACCTAAAGTAAAAGCCATCCATTGG
379 TTAGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * *** * * **
16164 CAAAAAAAATCTATTTATAGTCATTTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATAGTTTT
444 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * ** * * * * *
16229 ATAATCTCATAATTGCTTTGAAATTGGA-GTTTATTAGATTTTGTCTAAAATAGATAAT-ATCTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTA-TACATTTTGT-TAAAACATATTATAAT-TG
* * *** * * * * * *
16292 AGTGTTTGCCTCCTGTAACATGAA-CAAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
63 AATGTCTGCCTTGGGAAACTTGAAGC-AAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTC
* * * * * * *
16356 ACCCATA-CTTTTCAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATTTCATAATTGATTTTA
127 ACTCA-AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * ** * * *
16420 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAAAAGATTATATTTGTATGTTTACCTTAAAAAATGTGA
191 AGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATATTT-AAAGTTTGTCTTGAGAAATATGA
* * * * * *
16485 AGAAAAAACTATTCATTGATAAGAAAAATTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTGGAAAGCCTTATT
255 AGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAAGTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGCAAAGCCTTATT
* * * * * * *
16550 ACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTG
319 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACA-TTTTTAG
* * * ** *
16615 TTAAAACAGA-TCATAATTAAATGT-TCACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCCTTGGCA
383 TTAAAATATACT-ATAATTGAATGTCT-ACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * *
16678 AGAAAATTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTT
446 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * *
16741 ATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTAAAATTCA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTATACA-TTTT-GTTAAAACATATTATAATTGA
* * * * *
16806 ATGTCTACCTTGGGAAA-TATGAAGCAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
64 ATGTCTGCCTTGGGAAACT-TGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCA
* * * *
16870 CTCAAGCCTTTAAAAGCGTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAGCTCA-AATTTAATTTTAA
128 CTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAA
* * * * * *
16934 ATTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATATTTGAAAGTTTGTATTGAGAAATGTGA
192 GTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATATTT-AAAGTTTGTCTTGAGAAATATGA
* * *
16999 AGAAAAAGCCACTCATT-AGTAAGAAAAGTCGA-TTATAGTGACCCATA-CCTTGCAAAGCCTTA
255 AGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCA-AGCCTTGCAAAGCCTTA
* * ** *
17061 TTA-TAAGATTTAAATGATTTTATAATCTTGTAATAT-ATTTTAAATTGAATTTTTTTATATATT
317 TTACT-CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAATTGAATTTTTTTACAT-TT
* * * *
17124 TT-TTTAAAATATGCTATAATTGAAT-TCCTACCTTAAAAAACATGAACAAAAAACCATTCATTG
379 TTAGTTAAAATATACTATAATTGAATGT-CTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
** * * *
17187 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATAGTTT
443 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
*
17252 C
508 T
* * * * *
17253 ACAATCTCATTATTGATTTTAAATTAAATATTTATACATTTTCAGTAAAAACATATTATATTTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTATACATTTT--GTTAAAACATATTATAATTGA
* *** * * * * *
17318 ATATCTGCCTAAAGAAACTTG-AGACAAAAGTCATTCATTAGCAAAAAAAGTCTACTTATAGTCT
64 ATGTCTGCCTTGGGAAACTTGAAG-CAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCA
* * * ** * *
17382 C-CAATGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAT
128 CTCAA-GCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * *
17446 GTTGAACTTTTTTACGGTTGTGGTTGAAACATATTATAATTTAATGTTTG-CTTTGGGGAAACAC
192 GTTGAATTTTTTTAC-ATTTTGGTTAAAACAGATTAT-ATTTAAAGTTTGTC-TT-GAGAAATAT
* * * * * **
17510 AAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACTCAAGCCTT-CGAAAGTGTT
253 GAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGC-AAAGCCTT
* * * * *
17574 ATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAACTAAATTTGTTTACATTTTT
316 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * **
17639 AGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTGAAAAACTTGAAGAAAAAGCCACTCATTGATA
381 AGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* *
17704 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCATCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
446 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * * *
17767 ATAATCACATAATCT-ATTTTCAATTAAGTTTTTTTATATTTTTTTAAAATATATTATAATTAAA
1 ATAATCTCATAAT-TGATTTTAAATTAAATTTTTATACATTTTGTTAAAACATATTATAATTGAA
** * * * *
17831 TGTCTGTTTTGGGAAACGTGAAGCGAAAGCCACCCATTAGCAAGAAAAGTACA-TTAATAGTCAC
65 TGTCTGCCTTGGGAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCACTT-ATAGTCAC
* * *
17895 TCAAGCCTTCAAAA-CTCTTATTACTTGCTTTCAATAGTTTTATAATCTC-TAAATTGATTTTAA
129 TCAAGCCTTTAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAA
* ** ** *
17958 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
192 GTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAA-GTTTGTCTTGAGAAATATGA
* * ** * *
18023 AGAAAAAGCCATTCATTTGTC-AGAAAGGCCTC-TTTATAGTCACTTATG-CTTTCAAAAGCCTT
255 AGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAG--TCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGC-AAAGCCTT
* * * *
18085 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTT
316 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTACATTTT
* * * * * * **
18149 TGGTT-AAA-AT-CTATTA-TAAATGTC--CGCTT---CAAC---AAGCAAAACCCACCCATTGG
380 TAGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTAC-CTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * ** * ** * * *
18202 TATGGAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTAGAAAG-TCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTT
444 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
18266 T
508 T
* * * * * *
18267 ATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTGATTAAAATATATTATAATTA
1 ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAATTAAATTTTTATACATTT-TG-TTAAAACATATTATAATTG
* ** ** * * * * *
18331 AATATCT-ATTTCAAGAAACATGAGGCAAAAGCCATCCATT-G-ACTGAGAAAGTCTATTTATAG
63 AATGTCTGCCTT-GGGAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCA-AGA-AAAGTCCACTTATAG
* * * ** *
18393 TCACCCAAG-CTTTGGAATGCCTTATTACTCATTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT-ACTT
125 TCACTCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TT
* * * * * ** ** * *
18456 TTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTCAAAGAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAAC
188 TTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTAT-ATTTAAAGTTTGTCTTGAGAAAT
* * ** * * * *
18520 ATAAAGAAAAGGCCATTCATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAG
251 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTGCAAAG
18582 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2280, Mismatches: 480, Indels: 220
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
499 4 0.00
500 106 0.05
501 86 0.04
502 128 0.06
503 7 0.00
505 1 0.00
506 3 0.00
507 6 0.00
508 4 0.00
509 14 0.01
510 91 0.04
511 503 0.22
512 755 0.33
513 289 0.13
514 280 0.12
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTATACATTTTGTTAAAACATATTATAATTGAAT
GTCTGCCTTGGGAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTC
AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAAGTTTGTCTTGAGAAATATGAAGAAAA
AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGCAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
TACTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
Found at i:20050 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 19873--20190 Score: 352
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
19863 GAAGGTATGG
* * * *
19873 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCT-CTTTATGTTTCCTAAGGCAAACA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGAATAGCTTT-TGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* * * * *
19937 TTTAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAGTATAAA-ACAGTTCAACCTAAAATCAAGTATGAGATT
65 TTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAGA-AATTCAACCTAAAATCAAGTATGAGATT
*
20001 ATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCNNNNNNNNNNTTGA
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGC----------TTGA
* * * *
20044 GTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGAATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACAT
* * *
20109 TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAGAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
66 TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAGAAATTCAACCTAAAATCAAGTATGAGATTAT
*
20174 AAACCCATTTAAAGCGA
131 AAAACCATTTAAAGCGA
20191 TTAATNNNNN
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 18, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 125 0.98
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (161 bp):
GTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGAATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACAT
TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAGAAATTCAACCTAAAATCAAGTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTGA
Done.