Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018398704.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1990.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2628
ACGTcount: A:0.10, C:0.05, G:0.06, T:0.11

Warning! 1791 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:1795 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 1747--1849  Score: 152
    Period size: 35  Copynumber: 2.9  Consensus size: 35

       1737 NNNNNTTTGT

                 *  *                  *       
       1747 TTAATCAAATTATTGGGCCTAATTGATCAAATTGC
          1 TTAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTGC

                                    *         *
       1782 TTAATTAAGTTATTGGGCCTAATTAATTAAATTGT
          1 TTAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTGC

                     *                       
       1817 TTAATTAAGGTATTGGGCCTAATTGATTAAATT
          1 TTAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATT

       1850 AAACGATTAA


Statistics
Matches: 61,  Mismatches: 7, Indels: 0
        0.90            0.10        0.00

Matches are distributed among these distances:
  35   61  1.00

ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.16, T:0.42


Consensus pattern (35 bp):   
TTAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTGC

Done.