Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397399.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_925.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25184
ACGTcount: A:0.24, C:0.09, G:0.09, T:0.24
Warning! 8625 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:431 original size:174 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--635 Score: 516
Period size: 172 Copynumber: 3.7 Consensus size: 171
* ** ** *
1 GAGTAATGAGGCTTTTGGAGGCGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TCTTT
* * * * * * ** *
66 TTTTTTAAGTTTCTAAAGGTAGACATTAAATTCTAGTCTGTTTTGATAAAAAATGACCGAAGAAT
65 TTTCTTAAATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGACAAAAAAAT
*
131 TCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTACAAAACTATTTAAAGT
130 TCAAATTTAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGT
* * *
173 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGCCTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTT
* * * **
238 TTCATT-ATTGTTGTCAAGGTGGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-TGAAATGTA-AAAAA
66 TTC-TTAAAT-TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATG-ACAAAAA
*
300 AATTC-AATCTTAAAATCAATTATG-GCATTGCAAAA-TCATTTTAAAG-
127 AATTCAAAT-TT-AAATCAATTATGAG-ATTACAAAACT-A-TTTAAAGT
* * * *
346 GAAGTGATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATTGAGTTTTCTTGCCAATGAATTCTTT
1 G-AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTT
* * * * * **
411 TTTCTTCAAATTTCTCAAGGTATACATTCAATTTTAATATGGTTTAA-ACAAAAATGTAC-AAGG
65 TTTCTT-AAATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA-AAAAATG-ACAAAAA
* * * * * *
474 AATTCAAATTTAAGTCAATTTTAAGAATATAAAACCATTTAAAGT
127 AATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGT
** * * * * * * *
519 TTGTAATAGGGCTTTTAAAGGAATGGGTTACTAGAAATGGACTTTTTTTCCCAATGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TCTTT
** * * * * * * * *
584 TTT-TTATGTTTCTCGATGTAAACATTGACTCATAGTGTGTTTTAACAAAAAA
65 TTTCTTAAATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAA
636 CATGAAAAAC
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 73, Indels: 43
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 44 0.12
172 158 0.43
173 48 0.13
174 114 0.31
175 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTT
TTCTTAAATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGACAAAAAAATT
CAAATTTAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGT
Found at i:4849 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1476--4850 Score: 3036
Period size: 172 Copynumber: 19.7 Consensus size: 171
1466 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
1476 ACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTCTATCATTTTTTA
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTTG
* * * * * *
1541 TCAAAACAGACTAAAATTGAATGCCTACCTTTAAAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAG
65 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* * * *
1606 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATATCTTTTAAAGCCTCATT
130 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATT
* ** *
1648 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGGCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGT
* * *
1713 TAAAACAGACTATAATTGAGTGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGT
66 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
1778 AAAGTCAATTTATCGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTGTT
131 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATT
* * * * * * * *
1819 ACTCACTTTAAATGGTTTTGTACTCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTCTATCA-TTTTTG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTTG
* * ** * * *
1883 TTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAGAAAAGCATTCATTAGCAA
65 -TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
* * *
1948 GAAAAGTCCATTTATGGTCACTCATACCTTCAAAAAGCCTTATT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTT-TAAAAGCCTTATT
** *
1992 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGC-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTT
* * * * * *
2056 GCTGAAATAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACACAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
64 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
* * * * * *
2121 GAAAAGTCCATTTATGGTCACCTATTCCTTCAGAAGCGTTATT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATT
* * * ** * *
2164 ACTTC-CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTCTAAGCTCAAATTTTTTTATA-ATTTT
1 AC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * ** ** *
2227 GATTACAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAATGTAAAGAAAAGGGCATTCATTGACA
64 G-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
* * * * **
2292 AGAAAACTCTATTTACAGTCCCCCAT-TGTTTCAAAAGCCTTATT
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTT-AAAAGCCTTATT
* * *
2336 ACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCA-AGATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTT
* * * *
2400 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTCT-CCTTGAGAACCATAATGAAAAAGGCATTCATTGACA
64 GTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
* *
2464 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATT
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATT
* * * * * **
2508 ACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTCGGT-CATTTTTT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT-TTTACATTTTTT
* * * * * * *
2572 ATCAAAATAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTTAGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
64 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
* * *
2637 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAAGCCTCATT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTT-AAAAGCCTTATT
* *
2681 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
** * * *
2745 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAG
65 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* * *
2810 AAAAGTCCATTTATAGTCACACGTACCTTCAAAAGCCTTATT
130 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATT
* * * * * *
2852 ACGT-GCTTTAAATGGTTTTACAAAGC-CATAATTGATTTTACGATTGAATTTTTTCACGTTTTT
1 AC-TCACTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * *
2915 GGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTTTGCCATGAGAAACAT----AAAAAAGCATTCATTGGCA
63 TGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
* * * * * *
2976 AGCAAAGTCCATTTCTAGTAACCCATTCTTTTAAAAGCCTTAGT
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATT
** * * * * *
3020 ACAAACTTTAAATGGTTTTA-AAT-TCTTAAATTTGATTTAAATTTGAATTCCTTGTACATTTTT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-AA-TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT
* * * * * ** * *
3083 GGTTAAAACATATTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAGATGTGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCA
63 TGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
* *
3148 AGAAAAG-CCAATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAA-ACTATATC
128 AGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCT-TATT
** * * * *
3192 ACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAA-CGCCATACTTGATTTTAAGATTGAATTTTTTGTACATTTTA
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT-TACATTTTT
* * * * * * *
3256 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAACCATAATGAAAAAGGCATTTATTGGGA
63 TGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
*
3321 AGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCACT-CCTTTAAAAGCCTTATT
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTTTAAAAGCCTTATT
* * * * * *** *
3365 ACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTCGGACATTTTTTA
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTG
* * * * *
3430 TCAAAACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTTAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
65 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* *
3495 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTCATT
130 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATT
** * * * * * * *
3537 ACTCGGTTCAAATAGTTTTGTAATCCCATATTTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGT
*
3602 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
66 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * ** * *
3667 AAAGTCCATTTATAGTTACGCATTTCTTTAGAAGCATTATT
131 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATT
* * ** * ** * * *
3708 GCTCAATTTAAAAAGTTTTATAATCTCAAAATTGATGCTAAGTTCAAACTTTTTTACATTTTTGG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTTG
* * * * * ** **
3773 TTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAATGTAAAGAAAAGGGCATTCATTGGCAAG
65 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
3838 AAAACTCTATTTACAGCCACTCATTA--TTTCAAAAACTTTATT
130 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTTT-AAAAGCCTTATT
* ** * * *
3880 ACTCACTTCAAATGACTTTATAATCTCA-AGATTCATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * * ** * *
3944 GTTAAAACATATTATAACT-ACATGTCTAGCTTGAAAAAAAGGAAGAAAAAGGCATTCATTGACA
64 GTTAAAACAGACTATAATTGA-ATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
* *
4008 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATT
* * * * * * **
4052 ACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCACAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTCGATCA-TTTTTG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTTG
* * ** * *
4116 ATTAAAACGGACTAGAATTGAATACCTACCTTTAGAAACATAAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAA
65 -TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
* * *
4181 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATT
* * * * * *
4224 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATGATGC-CATAATTGGTTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG
* * ** * * * *
4288 TTAAAACAGACTATAAATAAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGCCAAG
65 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* * *
4353 AAAAGTCCATTTATTGTCACCCGTACCTTCAAAAGCCTTATT
130 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATT
* ** ** * *
4395 CCTTGCTTTAAATCATTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTACAATTGAA-TTTTTT-CATGTTTT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACAT-TTTT
* * * * * *
4457 CGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTTTACCTTGAGAAACATAAA-AAAAGA-CATTCATTTGT
63 -TGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* * * ** *
4520 AAGAAAAGTCCGTTTCTAGTAACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATT
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATT
** * * * * * * * **
4565 ACAAACTTTAAATGATTTTATATTCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCCTTGCACATTTTTTG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTG
* * * * * *
4630 TTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AGCTGTAAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAA
65 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC-ATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
* * * **********
4694 GAAAAATCAATTTATAGTCACCCATACCTTCAANNNNNNNNNN
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATT
** * * * *
4737 ACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTTTG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTTG
* * * * *
4802 TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCATGAGTAACGTGAAGAAAAA
65 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAA
4851 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2577, Mismatches: 552, Indels: 148
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 9 0.00
168 118 0.05
169 9 0.00
170 109 0.04
171 519 0.20
172 1440 0.56
173 349 0.14
174 20 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGT
TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATT
Found at i:5302 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4952--5736 Score: 618
Period size: 172 Copynumber: 4.6 Consensus size: 171
4942 NNNNNNNNNN
** * *
4952 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTAGAATTTGTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TT
* * * * * * * * *
5016 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAGT-TCCTGCCATGGGAAACGTGAAGCAAAAA-C
64 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-CTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGC
* * ********** *
5079 -TAACCATTGGCACA-AAAAGTCTATTTATAGNNNNNNNNNNCTTCG
128 ATTA--ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATACCTTCA
* * * * *
5124 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTGTAAACTAATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
*
5189 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCA-T
* * *
5254 TAATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACTTTCA
130 TAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATACCTTCA
* * * *
5295 TAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTT
1 -AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
5360 TACATTTTTGG-CAGAAATAGAGTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAACAAGCA
65 TACATTTTTGGTTA-AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCA
* * *
5424 TTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTAACTCATTCCTTCA
129 TTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATACCTTCA
* * * ** * * *
5467 GAAGCATTATTGCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTCAGTTCAAATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTT
* * * * * ** * **
5531 TTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAAATGAATGTATACCTCGAGAAATGTAAGGAAAAGGGCA
64 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCA
* * * * * **
5596 TTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTACT-GTCACACATTGCTTCA
129 TTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTAACTCATACCTTCA
** * * * * *
5639 AAAGCCTTATTACTCACTTTGAATGTTTTTATAATCTCAA-GATTGATTTTAAGTTCAAATTGTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTT
* * * * *
5703 TTGCATTTTTTGTTAAAACATATTATAACTGAAT
64 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
5737 TTATAGTCAC
Statistics
Matches: 503, Mismatches: 97, Indels: 26
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 122 0.24
172 376 0.75
173 2 0.00
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATT
AATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATACCTTCA
Found at i:6021 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5735--6539 Score: 644
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 169
5725 TTATAACTGA
* * * * * ** *
5735 ATTTATAGTCA-CCATACCTTCAAAAGCCTTATCATTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTAACTTTAAATGG-TTTGTAATGCCAAAA
* ** * *
5799 TTGATTTTAAGA-TTGAATTTTTTTTACATTTCAGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACC
65 TTGATTTTAA-ATTTGAA--TTTTGTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* *
5863 TTCA-AAACCATAATGAAAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAATCC
127 TTCAGAAA-CATAAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
5907 ATTTATAGTCACCCATTGCTTTAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGTAAT-CTCAAAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTGTAATGC-CAAAA
* * *
5971 TTTA-TTTAAATTTGAATTCTTCGGT-CATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGCCTACC
65 TTGATTTTAAATTTGAATT-TT--GTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* ** *
6034 TTTAGAAACATAAAGGAAAAAGCATTTTTTGGCAAGAAAAGTCT
127 TTCAGAAACATAAA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
** * * ** * ** * *
6078 ATTTATAGTCATGCA-TACTTTCATATGCCTCATTACTGTCTTTAAATGGTCTTATAATGCCATA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAACCTTATTACTAACTTTAAATGGT-TTGTAATGCCAAA
* * *
6142 ATTGATTTTAAGTTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
64 ATTGATTTTAAATTTGAA-TTTTGTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
* ** * * * *
6206 TGAGAAATGTGAAGAACAAGGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
128 TCAGAAACATAAAGAA-AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
** * * * ** *
6249 ATTTATAGTCACCTGTACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTAACTTTAAATGG-TTTGTAATGCCAAAA
* * * * * *
6314 TTGATTTTACGA-TTGAATTTT-TTCATGTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTTTACA
65 TTGATTTTA-AATTTGAATTTTGTACAT-TTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
6377 TCCAGAAACATAAAAAAAAAGCATTCTTTGGCTAGAAAAGTCC
127 TTCAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * * *
6420 ATTTCTAGTAATCCAATCCTTTAAAAGCCTTATTACAAACTTTAAATGGTTT-TATATTCTTAAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTGTA-ATGC-CAAA
* * *
6484 AGTGA-TTTAAATTTGAATTCCTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
64 ATTGATTTTAAATTTGAATT--TTGTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAA
6540 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 502, Mismatches: 104, Indels: 55
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 33 0.07
171 319 0.64
172 102 0.20
173 43 0.09
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTGTAATGCCAAAAT
TGATTTTAAATTTGAATTTTGTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCA
GAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
Found at i:6398 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5773--6539 Score: 816
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 341
5763 TTATCATTTG
* * **
5773 CTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGATTGAATTTTTTTTACATTTCAGGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAG-TTTAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * *
5838 AACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTCAAAACCATAATGAAAAACGCATTCATTGGCAAGAAAA
64 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAAAACCATAATGAAAAACGAATTCATTAGCAAGAAAA
** * *
5903 ATCCATTTATAGTCACCCATTGCTTTAAAAATCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGTAATCTCA
129 ATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGTAATCTCA
* * *
5968 AAATTTATTTAAATTTGAATTCTTCGGTCATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGCCTAC
194 AAATTGATTTAAATTTGAATTCTTC-GTCATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTCAATGCCTAC
* ** * * * * *
6033 CTTTAGAAACATAAAGGAAAAAGCATTTTTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATGC-ATACT
258 ATCCAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCTTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAATCCAATACT
* * ***
6097 TTCATATGCCTCATTACTGT
323 TT-AAAAGCCTCATTACAAA
*
6117 CTTTAAATGGTCTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* ** * *
6182 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-TGTGAA-GAACAAGGAATTCATTAGCAAGAAAA
66 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCA-AAACCAT-AATGAAAAACGAATTCATTAGCAAGAAAA
* ** * **
6245 GTCCATTTATAGTCACCTGTACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATGC-
129 ATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTGTAAT-CT
* * * *
6309 CATAATTGATTTTACGA-TTGAATT-TT-TTCATGTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTCAATG
192 CAAAATTGA-TTTA-AATTTGAATTCTTCGTCAT-TTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTCAATG
** * *
6371 TTTACATCCAGAAACATAAA-AAAAAAGCATTCTTTGGCTAGAAAAGTCCATTTCTAGTAATCCA
253 CCTACATCCAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCTTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAATCCA
* *
6435 ATCCTTTAAAAGCCTTATTACAAA
318 ATACTTTAAAAGCCTCATTACAAA
* * * * * * *
6459 CTTTAAATGGTTTTAT-ATTCTTAAAAGTGA-TTTAAATTTGAATTCCTTGTACATTTTTGGTTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTT-AATT-TTTTTACATTTTTGGTTA
*
6522 AAACAGATTATAATTGAA
63 AAACAGACTATAATTGAA
6540 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 58, Indels: 25
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 15 0.04
342 189 0.54
343 101 0.29
344 47 0.13
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAAAACCATAATGAAAAACGAATTCATTAGCAAGAAAAAT
CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGTAATCTCAAA
ATTGATTTAAATTTGAATTCTTCGTCATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTCAATGCCTACATC
CAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCTTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAATCCAATACTTTA
AAAGCCTCATTACAAA
Found at i:7229 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6738--7490 Score: 469
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 169
6728 NNNNNNNTTG
* *
6738 TAATGCCATAATTGATTTTAAGATTGAATTATTTTTACATTTCAGGTTAAAACAGACTATAATTG
1 TAATGCCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTTTACATTT-TGGTTAAAACAGACTATAATTG
* ********** * *
6803 AATGTCCACCTTGAGANNNNNNNNNNAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
63 AATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ** *
6868 CCCATTCCTTCAGAAGAGTTATTCTCACTTTAAATGGGTTTA
128 CCCATACCTTCAAAAGCCTTATTCTCACTTTAAATGCGTTTA
* * * * * * * *
6910 TAAT-CTCAAAATTGATTCTAATTTCAAACTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAAAATATAGTTG
1 TAATGC-CAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
** * * *
6974 AATGTCTACCTCAAGAAGTGTAAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCA
63 AATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
********** * *
7039 CCCNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGCTTTTA
128 CCCATACCTTCAAAAGCCTTATT-CTCACTTTAAATGCGTTTA
* *
7082 TGATGCCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAATC-GACTATAATTGA
1 TAATGCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAA-CAGACTATAATTGA
* * * *
7146 ATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGAAATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
64 ATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ********* *
7211 CCGTACCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATG-GTTTTG
129 CCATACCTTCAAAAGCCTT-ATTCTCACTTTAAATGCG-TTTA
* * * * ** * *
7253 TAATGCCATAATTGATTTTACGATTTAATTTTTTCATGTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTCA
1 TAATGCCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTA-CATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * ** * *
7318 ATGTTTATCTTGA-AAACATAAAAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAAG-CCATTTCTAGTAA
64 ATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * ** *
7380 CCGATTCCTTTAAAAGCCTTATTACAAACTTTAAAT-TGTTCTA
128 CCCATACCTTCAAAAGCCTTATT-CTCACTTTAAATGCGTT-TA
* * * * * * * *
7423 T-ATTCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCCTTATACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
1 TAATGC-CAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
7487 AATG
63 AATG
7491 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 433, Mismatches: 130, Indels: 38
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.03
170 89 0.21
171 230 0.53
172 102 0.24
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TAATGCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
GTCTACCTTGAGAAATGTAAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
ATACCTTCAAAAGCCTTATTCTCACTTTAAATGCGTTTA
Found at i:9353 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 8536--9389 Score: 832
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 341
8526 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
8536 TTCTCAAGGTGGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCTAAAATGTAAAAAAAAAGTTCAATCTT
1 TTCTCGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACC-AAAA-ACATAAAAAAA-TTCAATCAT
* * * * *********
8601 AAAATCAATTATGGCATTAGAAAACTATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGNNNNNNNNN
63 AAAATCAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGTACGGGTGA
* * *
8666 NTATAAATTGG-CTTTTCTTGCCAATGAATTTTTTTTTCTTCACAACTCTTAAGGTAGACATTCA
128 CTATAAA-TGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCACAACTCTCAAGGTAGACATTCA
* * * *
8730 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAATTATACAAGGAATTCAAATTTATATCAATTTTAAGAATATAA
192 ATTATAATCTATTTTAACCAAAATTATACAAAGAATTCAAATTCAAATCAATTTTAAGAATATAA
* * * *
8795 AACTATTTAAAGTTTGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTTACTAGAAATGGACTTTTCTTGCC
257 AACCATTTAAAGTTTGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCC
**
8860 AATGAATGCCTTTTTTATGT
322 AATGAATGCCTTTTTTACAT
* * * * *
8880 TTCTCGAGGTAAACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAACATGAATAAATTCAATCGTAAA
1 TTCTCGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAATCATAAA
* *********************
8945 ATCAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA
66 ATCAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGTACGGGTGACTA
* ** * *
9010 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGTTAGATATTCAATTA
131 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCACAACTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * *
9075 TAATTTATTTTAACCAAAA-TGTACAAAGAATTCAAATTCAAATCAATTTTGAGAATATAAAACC
196 TAATCTATTTTAACCAAAATTATACAAAGAATTCAAATTCAAATCAATTTTAAGAATATAAAACC
********** * *
9139 ATTTAAAGTNNNNNNNNNNGCTTTT-AAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAAT
261 ATTTAAAGTTTGTAATAAGGCTTTTAAAAG-AATAGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
9203 GAATGCCTTTTTCTACAT
325 GAATGCCTTTTT-TACAT
* *
9221 TTCTCGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACATAAACAAATTCAACCATAAA
1 TTCTCGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAATCATAAA
* * *
9286 ATCAATTATGGCATTACAAAACCATTGAAGGAAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGTACGGGTGACTA
66 ATCAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGTACGGGTGACTA
* ** *
9351 TAAATAGACTTTTCTTGTAAATGAATACTTTTTTCTTCA
131 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCA
9390 TTTTTCNNNN
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 98, Indels: 9
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 98 0.24
341 264 0.65
342 6 0.01
343 4 0.01
344 33 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
TTCTCGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAATCATAAA
ATCAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGTACGGGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCACAACTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
TAATCTATTTTAACCAAAATTATACAAAGAATTCAAATTCAAATCAATTTTAAGAATATAAAACC
ATTTAAAGTTTGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
AATGCCTTTTTTACAT
Found at i:9995 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9538--11055 Score: 1132
Period size: 172 Copynumber: 9.0 Consensus size: 171
9528 NNNNNNNAGT
** * * * * *
9538 GAGTAATAAGGC-TTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATACCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTT
* * * * * * *
9602 TTTCTTTACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAACAAAAAAT-AAAAAACAA
66 TTTCTTCACGTTT-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAA-AA
** *
9666 TTCAACCTAAAATCAATTATGGCATTATAAAAGTATTTAAAGC
129 TTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGC
* * *
9709 GAGTAATAAAGCTTTTT-AATGGTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAGTGAATGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTTGAA-GGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT
* ** * *
9772 TTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAGTCAATTTTATCCAAAAAGGTAAAAATA
65 TTTTCTTCACGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAA
*
9837 TTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGT
129 TTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * *
9880 GAGTAATAAGACTTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTT
* *
9945 TTTCTTCACGTTTTTGAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAATAT
66 TTTCTTCACGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAAT
* *
10010 TTAACCTAAAATTAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGC
130 TCAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * *
10052 AAATAATAAGGCTTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTT
* * * * *
10117 TTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
66 TTTCTTCACGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
10182 TCAACCTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
130 TCAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * * * **
10224 AAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGCT-TGAGTGGCTATAAACCA-ACTTTT-TGTGTCAATGGTTGG
1 GAGTAATAAGGCTTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAA-TAGACTTTTCT-TGCCAATGAAT-G
* * * * * * * * *
10285 C-TTTTGCTTCACGTTCCCTAGGGTAGGCACTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAA
62 CTTTTTTCTTCACGTT-TCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAA
* * * * * * * ** *
10349 CAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAGCCATTTCGAGT
126 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGC
* ** * * *
10395 GAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGCT-TGAGCAACTAAAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAGTAT-C
1 GAGTAATAAGGCTTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA--ATGC
* * * * * * * * *
10457 -TTTTTCTTCACTTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGT--TAT
63 TTTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAA
* * ** * *
10519 AA---AACC---ATTTAA--AGTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGT
127 AATTCAACCTAAAATCAATTA-TGATATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * * * * *
10557 GAGCAATAAGG-GTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAA------
1 GAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTT
* * * * *
10615 TTTC-T---GTTTC--A--T-CACATTCTATTATAATCTGTTTTAAT-GAAAAATGTACAAAGAA
66 TTTCTTCACGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-ATCCAAAAATGTA-AAAAAA
** * * * * *
10670 TTCAAATTTAAATCAATT-TGGAGAATATAAAACCATTTAAAGT
129 TTCAACCTAAAATCAATTAT-GATATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * *
10713 GAGAAATAAGGC-TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT-GCACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
1 GAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT
* * * * * * *
10776 TTTTCTTTATGGTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAGTTTGTTTTCAT-CTAAAATGTAAAAAA
65 TTTTCTTCACGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-ATCCAAAAATGTAAAAAA
** *
10840 ATTCAACCTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACTATTTAAAGC
128 ATTCAACC-TAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * * * * *
10885 AAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGTATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTTTTACAAATTAATGGC-T
1 GAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTT
* ** * * * * *
10948 GTTTCTTCATTTTTCTCGAGGTAGGCATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-TATAGAAG
65 TTTTCTTCACGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTA-A-AAA
** * * * *
11012 AATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
127 AATTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAG
11056 TGANNNNNNN
Statistics
Matches: 1095, Mismatches: 195, Indels: 113
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
146 28 0.03
147 1 0.00
149 4 0.00
151 1 0.00
152 5 0.00
155 7 0.01
156 77 0.07
160 1 0.00
162 68 0.06
163 5 0.00
166 7 0.01
169 4 0.00
170 3 0.00
171 373 0.34
172 497 0.45
173 14 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTT
TTTCTTCACGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATT
CAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGC
Found at i:10242 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 9539--11055 Score: 935
Period size: 343 Copynumber: 4.5 Consensus size: 342
9529 NNNNNNAGTG
* * * * * *
9539 AGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATACCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATACCTTTT
* *
9604 TCTTTACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAACAATTC
66 TCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAACAATTC
* * * *
9669 AACCTAAAATCAATTATGGCATTATAAAAGTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTTAATGGTAT
131 AACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAAGCTTTTTAATGGTAT
* * *
9734 GGGTGACTATAAATGGACTTTCTTGCCAGTGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTAGACA
196 GGGTGACTATAAATAGACTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGGTAGACA
* * * *
9799 TTCAATTATAGTCAATTTTATCCAAAAAGGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGATATTA
261 TTCAATTATAGTCAATTTTAACAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* **
9864 TAAAACTATTTAAAGTG
326 TAAAACCATTTAAAGCA
* * * * *
9881 AGTAATAAGACTTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCTTTT
1 AGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATACCTTT
* * * * * * *
9946 TTCTTCACGTTT-TTGAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAA-TA
65 TTCTTCACGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT-AAAAAACAA
* * * *
10009 TTTAACCTAAAATTAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTTGAA-G
128 TTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAAGCTTTTT-AATG
* * * *
10073 GTGTGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGT
192 GTATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGGT
* * ** * * *
10138 AGATATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTTTGA
256 AGACATTCAATTATAGTCAATTTTAACAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
10203 GATTATAAAACCATTTAAAGCA
321 GATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * * ** **
10225 AGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CTTGAGTGGCTATAAACCA-ACTTTT-TGTGTCAATGGTTGGCT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAA-TAGACTTTTCT-TGCCAACGAATACCT
* * * * * * ** * * **
10287 TTTGCTTCACGTTCCCTAGGGTAGGCACTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAACAA
63 TTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAACAA
* * * * * * ** ** * * *
10352 TTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAGCCATTTCGAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GG
128 TTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAAGCTTTTTAATGG
* ** * * * *
10416 CT-TGAGCAACTAAAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAGTAT-C-TTTTTCTTCACTTTTCCT-AA
193 -TATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCCAATGA--ATGCTTTTTTCTTCACGTTT-CTAAA
* * * ** * * * * * * *
10477 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGT--TATAA---AACC---ATTTAA--A
253 GGTAGACATTCAATTATAGTCAATTTTAACAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* **
10532 GTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTG
318 -TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * *
10558 AGCAATAAGGGTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATG-A-A----TT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATACCTTTT
* * ** * * *
10617 TC-T---GTTT-C--A-TC--ACATTCTATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTACAAAGAATT
66 TCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT-AAAAAACAATT
** * * * * * * * *
10672 CAAATTTAAATCAATT-TGGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGA-AATAAGGCTTTTGAA-GG
130 CAACCTAAAATCAATTAT-GACATTATAAAACTATTTAAAG-CAAATAATAAAGCTTTTTAATGG
* * * * * * **
10734 AATAGGTGACTATAAAT-GCACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGGTTCTCGAGGT
193 TATGGGTGACTATAAATAG-AC-TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGGT
* *** * * *
10798 AGACATTTAATTATAGTTTGTTTTCATC-TAAAATGTAAAAAAATTCAACCTTAAAATCAATTAT
256 AGACATTCAATTATAGTCAATTTT-AACAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACC-TAAAATCAATTAT
* *
10862 G-GCATTACAAAACTATTTAAAGCA
319 GAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * * * ** ** *
10886 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGTCTATAAATGGACTTTTTTTACAAATTAATGGCTGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATACCTTTT
* * * * * * * * * * *
10951 TCTTCA-TTTTTCTCGAGGTAGGCATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATTATAGAAGAAT
66 TCTTCACGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATAAAAAACAAT
** * * * *
11015 TCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
129 TCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAG
11056 TGANNNNNNN
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AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATACCTTTT
TCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAACAATTC
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GGGTGACTATAAATAGACTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGGTAGACA
TTCAATTATAGTCAATTTTAACAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCA
Found at i:10542 original size:23 final size:23
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10504 AACTAAAAAT
10514 GTTATAAAACCATTTAAAGTGAG
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1 GTTATAAAACCATTTAAAGTGAG
10560 CAATAAGGGT
Statistics
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GTTATAAAACCATTTAAAGTGAG
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11670 TGACAATGAA
* * * * * *
11680 TGCCCTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAATTTCTTTTAACCAAAAATGTAA
1 TGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAAAGTAA
* ** * * * * * *
11745 AAAAATTTGAAGTTAGAATGAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAATGCTTC
66 AAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATGTAAAGCAAGCAATAAGGCTTC
*
11809 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
129 TGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* *
11842 TGCCNNNNNNNNNNTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTCAGCC
1 TGCC----------TTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTCAACC
* *
11907 AAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGCATTATAAAAGCATGTAAAGCAAGTAAT
56 AAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATGTAAAGCAAGCAAT
* * *
11972 AAGGTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTT
121 AAGGCTTCTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
12009 NNNNNNNNNN
Statistics
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TGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAAAGTAA
AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATGTAAAGCAAGCAATAAGGCTTCTG
AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
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22066 NNNNNNNNNN
* *
22076 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTT-TCTATACATTTCTCAATGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTCTCT-TACATTTCTCAAAGTAGACA
* * * *
22140 TTCAATTATCA-TCTATTTCAGCCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATT
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************
22204 ATAAAACCATTNNNNNNNNNNNNTAAGGCTTTTTGAAGGTAT-G
128 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGTATAG
* * *
22247 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTCTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACA
1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTCTCTT-ACATTTCTCAAAGTAGACA
* *
22312 TCCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGGTATC
64 TTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AACTTCAACTTAAAATCAATTATGGCAT-
*
22376 T-TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTTGAAGGTATAG
127 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAG
* * * * * *
22419 GTGACTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATGGTTTTC-CTTTATATTTCTAAAAGTAGGCAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTCTC-TTACATTTCTCAAAGTAGACAT
** * * * *
22483 TCAATTCTAGTCTGTTTTAATAAAAAATG-ACCAAAGAA-TACAAATTTAAATCAATTTTGAG-A
65 TCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA--AAA-AACTTCAACTTAAAATCAATTATG-GCA
* * **
22545 TTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
126 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
22577 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.13 0.07
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GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTCTCTTACATTTCTCAAAGTAGACATT
CAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTATA
AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAG
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Indices: 22229--22538 Score: 412
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
22219 NNNNNNNNTA
*
22229 AGGCTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTCTCTTCA
1 AGGCTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTCTCTTCA
* * * * * * *
22294 CGTTTCTCAAGGTAAACATCCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTA
66 CATTTCTAAAAGTAAACATCCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATACAAATTA
22359 AAATCAATTATGGTATCTTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATG
131 AAATCAATTATGGTATCTTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATG
* * *
22401 AGGC-TTTTGAAGGTAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATGGTTTTC-CTTT
1 AGGCTTTTTGAAGGTATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTCTCTTC
* ** * *
22463 ATATTTCTAAAAGTAGGCATTCAATTCTAGTCTGTTTTAATAAAAAATG-ACCAAAGAATACAAA
65 ACATTTCTAAAAGTAAACATCCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA--AAAGAATACAAA
*
22527 TTTAAATCAATT
128 TTAAAATCAATT
22539 TTGAGATTAC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 17, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AGGCTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTCTCTTCA
CATTTCTAAAAGTAAACATCCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATACAAATTA
AAATCAATTATGGTATCTTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATG
Found at i:22561 original size:171 final size:171
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Indices: 22227--22576 Score: 404
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22217 NNNNNNNNNN
*
22227 TAAGGCTTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTCTCTT
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* * * * * * *
22292 CACGTTTCTCAAGGTAAACATCCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACT
65 CACATTTCTAAAAGTAAACATCCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATACAAAT
*
22357 TAAAATCAATTATGGTATCTTAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
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* * *
22399 TGAGGCTTTTGAAGGTAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATGGTTTTC-CTT
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* * ** * *
22462 TATATTTCTAAAAGTAGGCATTCAATTCTAGTCTGTTTTAATAAAAAATG-ACCAAAGAATACAA
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* * * **
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22570 TAAGGCT
1 TAAGGCT
22577 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 24, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 45 0.30
171 97 0.65
172 6 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTCTCTTC
ACATTTCTAAAAGTAAACATCCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATACAAATT
AAAATCAATTATGGTATCTCAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
Done.