Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398714.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9139
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Warning! 634 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:580 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2446 Score: 1944
Period size: 171 Copynumber: 14.4 Consensus size: 171
* * *
1 TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATCATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * **
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGTCCGCCTCAA
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * *
130 GAAAC--AATAGGCAAAAGTCATCGATTGACAAAAAAAGTCCA
131 GAAACGTAA-A-GCAAAAGTCATCCATTGGCAAAAAAAGTTCA
* * * * * *
171 TTTACAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCTTAAT
1 TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * * *
236 T-AGTTTTAAG-TGAAATTTTTTTACT-TTTTGGGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACAT
66 TGA-TTTTAAGTTG-AATTTTTTTA-TATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT
* * ** * ** *
298 CAAGAAATGTGAAG-AAAAAACTATTCATT--CAGGGAAAAGCTCA
128 CAAGAAACGTAAAGCAAAAGTC-ATCCATTGGCA-AAAAAAGTTCA
* ** * * *
341 TCTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
406 TGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACCTCAA
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * *
471 GAAACTTAAAGCAAAAGTTATCCATTGGTAAAAAAAGTTCA
131 GAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAAAAAAGTTCA
* * ** * *
512 TTTACAGTCACTTAAGTTTTTAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * ** *
577 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGCTAAAATATATTATAACTAAATGTCTGTCT-AG
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * * * * *
640 GAAAACGTGAGGCAAAAGTCATCTATTGACAAGAAAAGTCCA
131 G-AAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAAAAAAGTTCA
* * * * * *
682 TTTACAAT-AGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCTTAA
1 TTTATAGTCA-CTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
746 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-TATTTTTTTAATTAAAACAGATAATATTTGAATGTATTCCT
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * ** * ** * *
810 CAAAAAACATGAAA-AAAAAATCATTTATTGGGAGGAAAGGTCCA
128 CAAGAAACGT-AAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAAAAAAGTTCA
* * ** * * * * *
854 TCTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAG-CTTCATTATTGGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
1 TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
918 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATCTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAAGTCTATCTCA
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * *
983 AGAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATTGG-AAAGAAAATTTTA
130 AGAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAA-AAAAGTTCA
* ** * * *
1025 TTTATAGTCATTTAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AATAAGTTTTATAATCCCATAA
1 TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
1089 TTCATTTTAGGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAACA-AGATAATAATTGAATGCCTACTTC
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAA-ATATATTATAATTGAATGTCTACCTC
** * ** * *
1153 GGGAAACATAAAAAAAAAG-CTATTCATTGG-AAGAAAAGTTCA
129 AAGAAACGTAAAGCAAAAGTC-ATCCATTGGCAAAAAAAGTTCA
* * * * * * * *
1195 TCTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAT
1 TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
1260 TAATTTTGAGTTGAATGTTTTTAT-TTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTGCCT-GA
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * * *
1323 GAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCTATTAGCAAGAAAAG-TCTA
131 G-AAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAAAAAAGTTC-A
* ** * * * *
1365 TTTATAATTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTAATTACTCGATTTAAATGATTTTATAATCTCATTAT
1 TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * * * ***
1430 TGATTTTAAGTTCAATTCTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGTATGTCTACATTGG
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * * * * * *
1495 GAAACATAAAGAAAAAGTCGTTCATTAGCTAGAAAAA-TTTA
131 GAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGC-AAAAAAAGTTCA
* ** * * * * * *
1536 TCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAGTCTCATACT
1 TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * *
1601 TGATTTTAAGTT-AA-------AT-TTTTTACTTAAAATATGTTATAAATGAATGTCTATCTC-A
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * * * * **
1656 GAAACGTGAAGCAAAAGTTATTCATTGGCAACAGAAGCCCA
131 GAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAAAAAAGTTCA
* * * * * * *
1697 TTTATAATCACTTAAGACTTTGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAAT
1 TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
1762 TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACCTTA
66 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * * *
1827 GGAAACGTGAAGGAAAAATCATCCATTAGCAAGAAAAGTTCA
130 AGAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAAAAAAGTTCA
* * *
1869 TTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAAT
1 TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * * * ***
1934 TGATTTTAAGTTCAATTCTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGTATGTCTACATTGG
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * * * * * *
1999 GAAACATAAAGAAAAAGTCGTTCATTAGCTAGAAAAA-TTTA
131 GAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGC-AAAAAAAGTTCA
* ** * * * * *
2040 TCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAAT
1 TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** **
2105 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTCTGTTAAAATATATTATAATTGAATGCCTGGCTTG
66 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * *
2170 AGAAACGTAAAGCAAAAGTTATCTATTGGCCAAAAAAGTCCA
130 AGAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAAAAAAGTTCA
* ** * * *
2212 TTTATGGTGGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
1 TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * **
2277 TAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTAT-TTTTTTAG-TAAAATATATTATAACTGAATGTCTGTCTC
66 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * ** * * *
2340 AAGAAACGTGAAGCAAAAGTTATTAATTGACAACAAAAG-CCAA
129 AAGAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAAAAAAGTTC-A
* * * * * *
2383 TATATAATCGCTTAAGTGTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
1 TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
2447 AAGTTTATCT
Statistics
Matches: 1777, Mismatches: 441, Indels: 115
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
160 4 0.00
161 87 0.05
162 28 0.02
163 1 0.00
168 3 0.00
169 57 0.03
170 510 0.29
171 706 0.40
172 376 0.21
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
GAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAAAAAAGTTCA
Found at i:2407 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 3--2446 Score: 1438
Period size: 343 Copynumber: 7.2 Consensus size: 341
1 TT
* * * * * * * * *
3 TATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATCATCTCATAATTG
1 TATAATCACTTAAGACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTA
* * * * * *
68 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAT-TTTT-TATTAAAATATATTATAATTAAATGTCC-GCCTCAA
66 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTCTGTTAAAATATATTATAATTGAATG-CCTACCTTAG
* * * *
130 GAAAC--AATAGGCAAAAGTCATCGATT-GACAAAAAAAGTCCATTTACAGTCGCTTAAGTCTTC
130 GAAACGTAA-A-GCAAAAATCATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTC
* * ** * * * * ** *
192 GAAAGCTTTATTACTTGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTAGTTTTAAGTGAAATTTTTT
192 GAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTCAATTCTTT
** * * ** * * * **
257 TAC-TTTTTGGGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATCAAGAAATGTGAAGAAAAAACTA
257 TACATTTTT-TATTAAAATATATTATAAATGAATGTCTTC-TC-AGAAACGTGAAGCAAAAGTTA
** *
321 TTCATT--CAGGGAAAAGCTC-ATC
319 TTCATTGACA-ACAAAAGC-CAATA
* ** * * * * * * *
343 TATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
1 TATAATCACTTAAGACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTA
* * * * * *
408 ATTTTAAGTT-GATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAG
66 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTCTGTTAAAATATATTATAATTGAATGCCTACCTTAGG
* * * * * * * * * * **
472 AAACTTAAAGCAAAAGTTATCCATTGGTAAAAAAAGTTCATTTACAGTCACTTAAGTTTTTAAAA
131 AAACGTAAAGCAAAAATCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
* * ** * * *
537 GCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA
196 GCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTCAATTCTTTTACA
** * * * *
601 TTTTTTGCTAAAATATATTATAACTAAATGTCTGTCT-AGGAAAACGTGAGGCAAAAGTCA-TCT
261 TTTTTTATTAAAATATATTATAAATGAATGTCT-TCTCA-G-AAACGTGAAGCAAAAGTTATTC-
* *
664 ATTGACAAGAAAAGTCC-ATT
322 ATTGACAACAAAAG-CCAATA
* * * * * **
684 TACAAT-AGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCT-TAAT
1 TATAATCA-CTTAAGACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCT-TATAAT
* * * * * * * ** * *
747 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTAT-TTTTTTAATTAAAACAGATAATATTTGAATGTATTCCTC
64 TAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTCT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGCCTACCTT
** * * ** * * * * * ** ** * *
811 AAAAAACATGAAA-AAAAAATCATTTATTGGGAGGAAAGGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTTC
128 AGGAAACGT-AAAGCAAAAATCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTC
* * ** * * * * *
875 GAAAG-CTTCATTATTGGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
192 GAAAGCCTT-AGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTCAATTCTT
* * * * * * *
939 TTACATCTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAAGTCTATCTCAAGAAACATGAAGTAAAAGTCA
256 TTACATTTTTTATTAAAATATATTATAAATGAATGTCT-TCTC-AGAAACGTGAAGCAAAAGTTA
* * **** *
1004 TCCATTGGA-AAGAAAATTTTATT
319 TTCATT-GACAACAAAAGCCAATA
* * * * * * * **
1027 TATAGTCATTTAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AATAAGTTTTATAATCCCATAATT
1 TATAATCACTTAAGACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTCATAATCTTATAATT
* * * * * *
1091 CATTTTAGGTTGAA-TGTTTTTATATTTT-TAGTTAAACA-AGATAATAATTGAATGCCTA-CTT
65 AATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTCT-GTTAAA-ATATATTATAATTGAATGCCTACCTT
* * * * * * * * * * * *
1152 CGGGAAACATAAA-AAAAAAGCTATTCATT-GGAAGAAAAGTTCATCTATAGTCACTCATGCCTT
128 -AGGAAACGTAAAGCAAAAATC-ATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTT
* * * * * * * * *
1215 TGAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTGAGTTGAATGT-T
191 CGAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTCAAT-TCT
* * * * * * *
1279 TTTA-TTTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTGCCTGAGAAAACGTGAAGCAAAAGTC
255 TTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAAATGAATGTCT-TCTCAG-AAACGTGAAGCAAAAGTT
* * * *
1343 A-TCTATT-AGCAAGAAAAGTCTATT
318 ATTC-ATTGA-CAACAAAAGCCAATA
** * * * * * * * * *
1367 TATAATTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTAATTACTCGATTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTG
1 TATAATCACTTAAGACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTA
* * * * * * * * * * * * *
1432 ATTTTAAGTTCAA-TTCTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGTATGTCTACATTGGG
66 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTCTGTTAAAATATATTATAATTGAATGCCTACCTTAGG
* * * * * ** * * ** * * *
1496 AAACATAAAG-AAAAAGTCGTTCATTAGCTAGAAAAATTTATCTATAGTCACCCATGCCTTTGAA
131 AAACGTAAAGCAAAAA-TCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAA
* * * * * *
1560 AGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAGTCTCAT-ACTTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTA
195 AGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC-TAATTTTAAGTTCAATTCTTTTA
*
1623 C--------TTAAAATATGTTATAAATGAATGTCTATCTCAGAAACGTGAAGCAAAAGTTATTCA
259 CATTTTTTATTAAAATATATTATAAATGAATGTCT-TCTCAGAAACGTGAAGCAAAAGTTATTCA
* * * *
1680 TTGGCAACAGAAGCCCATT
323 TTGACAACAAAAGCCAATA
* *
1699 TATAATCACTTAAGACTTTGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTA
1 TATAATCACTTAAGACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTA
* * * *
1764 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACCTTAGG
66 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTCTGTTAAAATATATTATAATTGAATGCCTACCTTAGG
* * *
1829 AAACGTGAAGGAAAAATCATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
131 AAACGTAAAGCAAAAATCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
* * * *
1894 GCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTCAATTCTTTTACA
196 GCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTCAATTCTTTTACA
* * * ** * * ** * * * **
1959 TTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGTATGTCTACATTGGGAAACATAAAGAAAAAGTCGTTCAT
261 TTTTTTATTAAAATATATTATAAATGAATGTCTTC--TCAGAAACGTGAAGCAAAAGTTATTCAT
* * **** *
2024 T-AGCTAGAAAAATTTATC
324 TGA-CAACAAAAGCCAATA
* ** * * *
2042 TATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTG
1 TATAATCACTTAAGACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTA
**
2107 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTCTGTTAAAATATATTATAATTGAATGCCTGGCTT-GA
66 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTCTGTTAAAATATATTATAATTGAATGCCTACCTTAG-
* * * * * * *
2171 GAAACGTAAAGCAAAAGTTATCTATTGGCCAA-AAAAGTCCATTTATGGTGGCTTAAGTCTTTGA
130 GAAACGTAAAGCAAAAATCATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGA
* * *
2235 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTT
194 AAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTCAAT-TCTTTT
* * *
2300 A-TTTTTTTAGTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGTCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTTATT
258 ACATTTTTTATTAAAATATATTATAAATGAATGTCT-TCTC-AGAAACGTGAAGCAAAAGTTATT
*
2364 AATTGACAACAAAAGCCAATA
321 CATTGACAACAAAAGCCAATA
* ** * * *
2385 TATAATCGCTTAAGTGTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
1 TATAATCACTTAAGACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAA
2447 AAGTTTATCT
Statistics
Matches: 1694, Mismatches: 339, Indels: 139
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
332 96 0.06
333 163 0.10
334 12 0.01
338 2 0.00
339 18 0.01
340 304 0.18
341 397 0.23
342 200 0.12
343 485 0.29
344 16 0.01
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
TATAATCACTTAAGACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTA
ATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTCTGTTAAAATATATTATAATTGAATGCCTACCTTAGG
AAACGTAAAGCAAAAATCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
GCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTCAATTCTTTTACA
TTTTTTATTAAAATATATTATAAATGAATGTCTTCTCAGAAACGTGAAGCAAAAGTTATTCATTG
ACAACAAAAGCCAATA
Found at i:2669 original size:242 final size:241
Alignment explanation
Indices: 2229--2688 Score: 636
Period size: 242 Copynumber: 1.9 Consensus size: 241
2219 TGGCTTAAGT
* * *
2229 CTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATG
1 CTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAACTAATTTTAAGTTAAATA
* * *
2294 TTTTTTATTTTTTTAGTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGTCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAG
66 TTTTTTATTTTTTTAGTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAGCAAAAG
* *
2359 TTATTAATTGACAACAAAAGCCAATATATAATCGCTTAAGTGTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
131 TTATTAATTGACAACAAAAGCCAATATATAATCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTT
*
2424 TAAATGATTTTATAATCTCATAAAAGTTTATCTATAGTCACTCATG
196 TAAATGATTTCATAATCTCATAAAAGTTTATCTATAGTCACTCATG
* * * * *
2470 CTTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTATGTTAAAT
1 CTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAACTAATTTTAAGTTAAAT
* * *
2535 A-TTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGCCTCAAAAAATGTAAAGCAAA
65 ATTTTTTAT-TTTTTTAGTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAGCAAA
* * ** * * * *
2599 AGTTATTCATTGGCAGTAAAAGTTC-ATTTATAATCGCTTATGTCTTTGGAAGCCTTATTACTCA
129 AGTTATTAATTGACAACAAAAG-CCAATATATAATCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCA
* *
2663 CTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAA
193 CTTTAAATGATTTCATAATCTCATAA
2689 TTGTTTTTAA
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 27, Indels: 5
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
241 11 0.06
242 177 0.94
243 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (241 bp):
CTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAACTAATTTTAAGTTAAATA
TTTTTTATTTTTTTAGTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTAAAGCAAAAG
TTATTAATTGACAACAAAAGCCAATATATAATCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATGATTTCATAATCTCATAAAAGTTTATCTATAGTCACTCATG
Found at i:2996 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2453--5080 Score: 1673
Period size: 171 Copynumber: 15.4 Consensus size: 170
2443 ATAAAAGTTT
* *
2453 ATCTATAGTCA-CTCATG-CTTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCAT
1 ATCTATAGTCACCT-ATGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * ** * * *
2516 AATTGATTTTATGTTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGC-C
64 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT-CTA
* * * * *
2580 TCA--AAAAATGTAAAGCAAAAGTTATTCATTGGC-AGTAAAAGTTC
127 TTAGGAAACATG-AAA-AAAAAGTCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCC
* * * * * * * * *
2624 ATTTATAATCGCTTATGTCTTTGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAA
1 ATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
2689 TTGTTTTTAAGTT-ACATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATACTGTAATTGAGTGTTTTCCT-
66 TTGATTTTAAGTTGA-A-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TTT-CTA
* * ** * *
2752 TT-GGAAGCGTGAAGGAAAAGTCATCCATTAGCAAGAAAAGTCC
127 TTAGGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
2795 ATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
2860 TTGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTGGTCAAAGA-AGATAATATTTGAATGTTTCTATTA
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA-ATAGATTATAATTGAATGTTTCTATTA
* * * **
2924 GGAATCGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTT
130 GGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * *
2965 ATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCATAA
1 ATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
3030 TTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTATATTTTCT-ATTAAAATATATTATAATTGAATG--TCTACA
66 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTT-TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCTA-T
* * * *
3092 TAGGAAA-AAGTAAAAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTC
128 TAGGAAACATG-AAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * ** * * * * *
3135 ATCTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCCTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAC
1 ATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
3200 TTCATTTTAAGTTGAATATTTTTACATATTTTTAGTTTAAATATG-TTGTAATTGAATGTTTGC-
66 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAC--ATTTTTGGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTTT-CT
* * * *** * * *
3263 CTCAAGAAACATGATGCAAAAGTTATTCATTGACAAGAAAAGTCT
126 ATTAGGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* ** * * * * * * *
3308 ATTTATAGTTGCTTAAGTATTCGAAAGCCTAATTACTTGATTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
1 ATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
3373 TTGA-TTTAAGTTGAATTTTGTACATTTATGGTTAAAACT-GA-TAGTATTTGAATGTCTAC-AT
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-TAGATTA-TAATTGAATGT-TTCTAT
* * * * * * *
3434 TAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAACAAAAGTCC
128 TAGGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * ** * **
3477 ATCTCTAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAA
1 ATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
3542 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT--TTTAAAT-GTATTATAATTGAATGTCTGC-CT
66 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG-ATTATAATTGAATGT-TTCTAT
* *** * * * * *
3603 TAAGAAACATGAGGCAAAAGTCATCCTTTGGCAAAAAAAATCT
128 TAGGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * ** * ** **********
3646 ATTTATAGTCGCTTAAATCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAA
1 ATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
3711 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGTTTAGAATAGATAATATTTTAATG--TCTACATA
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCTA-TTA
*
3774 GGAAAACATGAAGAAAAAG-C-TATCATTGGCAAGAAAAGTCC
130 GG-AAACATGAAAAAAAAGTCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
3815 ATATATAGTGACCCATGCCTTTGAAAGTCC-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 ATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * *
3879 ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTAGATGAAAACAGATAATATTTAAATGTCTACT-T
65 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTCTAT
* **
3943 TGGGAAACATGAAAAAAAAACCATTCATTAGG-AAGAAAAGTCC
128 TAGGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCC
* * * *
3986 ATCTATAGTGACCTATGTCTTCAAAAGCCTCATTACT-GCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA
1 ATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
*** * * **
4050 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTACTAAAATATATTCTAATTGAATG--TCTACAC
66 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCTA-TT
*
4113 AGGAAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGTAA-AAAAGGTCC
129 AGG-AAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCC
* * ** * *
4156 AACTATAGTCACCTACG-CTTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATA
1 ATCTATAGTCACCTATGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * **
4220 TTTGATTTCAAGTTGAATTTTTTATAAATTTTTGGTTAAAATATG-TTCTAATTGAATGTTTCCC
65 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTTTCTA
* ** * *
4284 TTAGGAAACAT-AAAACAAAAGTTATTCATTAACAACAAAAGCCC
127 TTAGGAAACATGAAAA-AAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* *** * * * * * * *
4328 ATTTATAGTCGTTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTATAATTGATTTCATAATCTTATAT
1 ATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC---T-C
* * * *
4393 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTGC
62 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTC
* * * ** * * * *
4458 -CTTAGGACACGTGAAGGAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGCCC
125 TATTAGGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * * * * *
4503 ATTTATTGTCGCTTAAGTCTTCAAAATCCTTAGTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCTTAA
1 ATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
4568 TTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATG--CCTATAT
66 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCTAT-T
* * * * * * * * * *
4631 CGAAAAATATGAAGAAAATACT-TTTCACTGGCTAGAGAAGTTC
129 AG-GAAACATGAA-AAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * ** * *
4674 ATCTATTGTCACCCATGCCTTTGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAA
1 ATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ***
4739 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-GGCT
66 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTT-TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCTATT
* ** * *
4802 AGGAAAACGTGAAGTAAAAGTTA-TCTATTGGCTAGAAAAGTCC
129 AGG-AAACATGAAAAAAAAGTCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * ** * *
4845 ATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCCTATTACTCATTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAA
1 ATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
4910 TTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATGTTTTAG-TAAAACATATTATAACTGAATG--TCTACC
66 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACAT-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCTA-T
* * ** * * *
4972 AAGGGAAATATGAAGCAAAAGTTATTCATTGGTAACAAAAG-CC
128 TA-GGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* *** * ** * *
5015 TATTTATAGTCGTTTAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTCTCAATGGTTTTATAATCTCATA
1 -ATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
5080 A
65 A
5081 AAGTTTATCG
Statistics
Matches: 1922, Mismatches: 442, Indels: 186
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 22 0.01
169 313 0.16
170 482 0.25
171 698 0.36
172 164 0.09
173 94 0.05
174 5 0.00
175 113 0.06
176 28 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
ATCTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCTATTAG
GAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
Found at i:5433 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5105--5489 Score: 567
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
5095 TCACCCATGC
** * *
5105 CTTTGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * *
5170 TTTTTATATTTTTGGTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACGTGAAGCACAAGT
66 TTTTTATATTTTTGATAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTAGGGAAACGTGAAGCAAAAGT
*
5235 TATTCATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAATCGCTTAAGT
131 TATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAATCGCTTAAGT
* * * *
5275 CTTTGAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATAATTTTATAATCTCTTAATTGATTTTCTA-TTAAAT
1 CTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAAT
* * *
5339 TTTTTTTTATTTTTTGATAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTAGGGAAATGTGAAGCAAAA
65 TTTTTTATA-TTTTTGATAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTAGGGAAACGTGAAGCAAAA
* *
5404 GTTATTCATTGGCAACAAAAG-CTCATTTATAGTCGCTTTAGT
129 GTTATTCATTGGCAACAAAAGTC-CATTTATAATCGCTTAAGT
5446 CTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
1 CTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
5490 GAAAAGTTTA
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 21, Indels: 5
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 63 0.33
171 128 0.67
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.12, T:0.44
Consensus pattern (170 bp):
CTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
TTTTTATATTTTTGATAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTAGGGAAACGTGAAGCAAAAGT
TATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAATCGCTTAAGT
Found at i:5449 original size:412 final size:413
Alignment explanation
Indices: 4681--5563 Score: 1258
Period size: 412 Copynumber: 2.1 Consensus size: 413
4671 TTCATCTATT
* * *
4681 GTCACCCATGCCTTTGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTGATTT
1 GTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * **
4746 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGGCTAGGAAAACG
66 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCTGGTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAAACG
* * *
4811 TGAAGTAAAAGTTATCTATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCCT
131 TGAAGCAAAAGTTATCTATTGGCTACAAAAGTCCATTTATAATCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCCT
* *
4876 ATTACTCATTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATGTTT
196 ATTACTCATTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATGTTT
*
4941 TAGTAAAACATATTATAACTGAATGTCTACCAAGGGAAATATGAAGCAAAAGTTATTCATTGGTA
261 TAGTAAAACATATTATAACTGAATGTCTACCAAGGGAAATATGAAGCAAAAGTTATTCATTGGCA
* * *
5006 ACAAAAGCCTATTTATAGTCGTTTAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTCTCAATGGTTTTAT
326 ACAAAAGCCTATTTATAGTCGTTTAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGATTTTAT
* *
5071 AATCTCATAAAAGTTTATCGGTA
391 AATCTCAGAAAAGTTTATCGATA
*
5094 GTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 GTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* *
5159 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTT-TGGTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACG
66 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCTGGTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAAACG
* * *
5223 TGAAGCACAAGTTAT-TCATTGG-TAACAAAAGTCCATTTATAATCGCTTAAGTCTTTGAAAGTC
131 TGAAGCAAAAGTTATCT-ATTGGCT-ACAAAAGTCCATTTATAATCGCTTAAGTCTTCGAAAGCC
* * * * *
5286 TTATTACTCATTTTAAATAATTTTATAATCTCTTAATTGATTTTCTA-TTAAATTTTTTTTTAT-
194 CTATTACTCATTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATGTTTTTATATG
* * * * *
5349 TTTTTGATAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTAGGGAAATGTGAAGCAAAAGTTATTCATT
258 TTTTAG-TAAAACATATTATAACTGAATGTCTACCAAGGGAAATATGAAGCAAAAGTTATTCATT
* * *
5414 GGCAACAAAAG-CTCATTTATAGTCGCTTT-AGTCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGA
322 GGCAACAAAAGCCT-ATTTATAGTCG-TTTAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGA
*
5477 TTTTATAATCTCAGAAAAGTTTATCTATA
385 TTTTATAATCTCAGAAAAGTTTATCGATA
** * * * * *
5506 GTCACTTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
1 GTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
5564 AAGTTTATCT
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 46, Indels: 13
0.88 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
411 9 0.02
412 321 0.77
413 88 0.21
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (413 bp):
GTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCTGGTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAAACG
TGAAGCAAAAGTTATCTATTGGCTACAAAAGTCCATTTATAATCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCCT
ATTACTCATTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATGTTT
TAGTAAAACATATTATAACTGAATGTCTACCAAGGGAAATATGAAGCAAAAGTTATTCATTGGCA
ACAAAAGCCTATTTATAGTCGTTTAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGATTTTAT
AATCTCAGAAAAGTTTATCGATA
Found at i:5536 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 5450--5705 Score: 397
Period size: 71 Copynumber: 3.6 Consensus size: 71
5440 TTTAGTCTTT
* * **
5450 GAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAGAAAAGTTTATCTATAGTCACTTAT
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAAAGTTTATCTATAGTCACCCAT
*
5515 ACCTTC
66 GCCTTC
5521 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAAAGTTTATCTATAGTCACCCAT
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAAAGTTTATCTATAGTCACCCAT
*
5586 GCCTTT
66 GCCTTC
** *
5592 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCTTAAAAGTTTATCTATAGTCACCCA
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAAAAGTTTATCTATAGTCACCCA
5656 TGCCTTC
65 TGCCTTC
* *
5663 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAA
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
5706 TTAATTTTAT
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 12, Indels: 4
0.91 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
70 1 0.01
71 169 0.99
72 1 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (71 bp):
GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAAAGTTTATCTATAGTCACCCAT
GCCTTC
Found at i:6998 original size:167 final size:159
Alignment explanation
Indices: 6825--7140 Score: 295
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
6815 NNNNNNNNNN
* *
6825 TTGATTTTAAATTGAATTTTTTA-CATTTTTGGTCAAAAAC-AAT-A-TTTAAATATCAATATTA
1 TTGATTTTAAATTGAATTTTTTAGCA-TTTTGAT-AAAAACAAATAAGTTTAAATATCAACA-TA
* * * * **
6886 -GGAAACATGAAGAA-AAAG-TCATTTATTGGTAAGAAAAGTTCATCTATAGTCGCCCTTACCTT
63 GGGAAACATGAA-AAGAAAGCT-ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCACACCTT
6948 CGAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAA
126 CGAAAGCCTTATTACTCGCT----------TTATAATCTCATAA
** * * * *
6992 TTGATTTTACGTTGAATTTTTTAGCATTTTGATTAAAACAAATAATGTTTTAATGTCTACATAGG
1 TTGATTTTAAATTGAATTTTTTAGCATTTTGATAAAAACAAATAA-GTTTAAATATCAACATAGG
*
7057 GAAACATGAAAAGAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCACGCCTTCGAA
65 GAAACATGAAAAGAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCACACCTTCGAA
*
7122 AGCCTTATTACTCACTTTA
130 AGCCTTATTACTCGCTTTA
7141 AATGGTTTTA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 16, Indels: 23
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.02
166 5 0.04
167 30 0.24
168 3 0.02
169 4 0.03
170 79 0.63
171 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (159 bp):
TTGATTTTAAATTGAATTTTTTAGCATTTTGATAAAAACAAATAAGTTTAAATATCAACATAGGG
AAACATGAAAAGAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCACACCTTCGAAA
GCCTTATTACTCGCTTTATAATCTCATAA
Found at i:7487 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7115--7838 Score: 533
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 170
7105 TCACCCACGC
** * **
7115 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCCTTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCGAAAGCCTTAGCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* *
7180 TTTTTACATATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAACGTCTACCTCAGGAAACATGAACCAAA
65 TTTTTACAT-TTTTT-GTTAAAATATATTACAATTGAACGTCTACCTCAGGAAACATGAACCAAA
* * * * * *
7245 AGTTATTCATTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTAGCTTAAGT
128 AATCATCCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTAGCTGAAGT
** * *
7288 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAAGTGATTTTAAGTTGAACT
1 CTTCGAAAGCCTTAGCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * * **
7353 TTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTGCAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGGAAAAA
65 TTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTACAATTGAACGTCTACCTCAGGAAACATGAACCAAAAA
* * *
7418 TCATCCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTGAAGT
130 TCATCCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTAGCTGAAGT
* ** *
7459 CTTCGAATGCCTTAGCACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCT-TAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CTTCGAAAGCCTTAGCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-TATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * * * ** *
7523 TCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATC-GAAAATTGTGAA-GAAA
65 T-TTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTACAATTGAACGTCTACCTCAGGAAA-CATGAACCAAA
* * * * ** ** ** * *
7586 AAGT-AGTTCATTGGCTAGAAAAGTTCATCCATAGTCA-CCCATGC
128 AA-TCA-TCCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGT-AGCTGAAGT
** * * * * *
7630 CTTCGAAAGCCTTATTAC-AAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAT
1 CTTCGAAAGCCTTAGCACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * * * * ** * * * *
7694 TTTTTTACATTTTCTATTAAGATATATTATAATTAAATATCTAGCTCAAGAAACGTGAAGCAAAA
64 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTACAATTGAACGTCTACCTCAGGAAACATGAACCAAAA
* * * * * * * *
7759 GTTATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGT
129 ATCATCCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTAGCTGAAGT
** * *
7801 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
1 CTTCGAAAGCCTTAGCACTCACTTTAAATGGTTTTATA
7839 TCGATTGGCA
Statistics
Matches: 439, Mismatches: 98, Indels: 30
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.03
171 342 0.78
172 16 0.04
173 68 0.15
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CTTCGAAAGCCTTAGCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTACAATTGAACGTCTACCTCAGGAAACATGAACCAAAAAT
CATCCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTAGCTGAAGT
Found at i:7892 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 7761--7914 Score: 247
Period size: 76 Copynumber: 2.0 Consensus size: 76
7751 AAGCAAAAGT
* *
7761 TATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
1 TATCGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
7826 AAAT-GATTTTA
66 AAATAG-TTTTA
* * *
7837 TATCGATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTT
1 TATCGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
7902 AAATAGTTTTA
66 AAATAGTTTTA
7913 TA
1 TA
7915 GTTTCATAAT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 5, Indels: 2
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
76 71 0.99
77 1 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (76 bp):
TATCGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATAGTTTTA
Found at i:8198 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8019--8787 Score: 486
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 170
8009 ATTCATTAAA
* * ** * *
8019 AAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTAGTCGCTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAT-TCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
*
8084 TAATCTCATAATTGATTTTAAAGTGATTTCTTTTACAGTTTTTGTTAAAATATATTATAATAAAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAAGTGAATTCTTTTACAGTTTTTGTTAAAATATATTATAATAAAA
* * * *
8149 TGCCTGCCTCGAGAAACATT-AAGCAAAACTTATACGTTGGC
130 TGCCTGCCTCGAGAAA-ATTGAACCAAAACTCATACATTGAC
* * * * * *
8190 AGGAAAAGTCTATTTATAGTCATTTAAATCTTC-AAAAGTCTTATTACTCGCTTGAAAT-AGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAATTCTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTT
* * * * * * * **
8253 TATAATATCATAATTGATTTTACATTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTGTAATTG
63 TATAATCTCATAATTGATTTTAAAGTGAATTCTTTTACAGTTTTTGTTAAAATATATTATAATAA
* * * *
8318 AATGCTTGCCTTGAGAAAATTGAACCAAAAGTCATCCATTGAC
128 AATGCCTGCCTCGAGAAAATTGAACCAAAACTCATACATTGAC
* * * * * * *
8361 AAGAAAAGTCGATTTATAGTCGCTTAATTCGTCGAAAGCCTTAATACTCGGTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TAATTCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* * * * * * * * * *
8426 TAATCTCATAATTCATTTT-AAGTTAAATT-TTCATATA-TTTTTGGCTAAAACAGATAATATTT
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAAG-TGAATTCTT-TTACAGTTTTT-GTTAAAATATATTATAATA
* * * * * * ** * **
8488 GAATGTCTACATTGA-AAAATGTAAAGAAAAAGC-CATTCATTGGT
127 AAATGCCTGCCTCGAGAAAAT-TGAACCAAAA-CTCATACATTGAC
* * * * * ** *
8532 AAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCT-ATGCGTTTGAAAGCCTTATTACTCACTAAAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAATTC-TTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
*
8596 ATAATCTCATAATTGATTTT-AAGCTGAATT-TTTTACA-TTTTCTATTAAAATATATTATAATT
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAAG-TGAATTCTTTTACAGTTTT-TGTTAAAATATATTATAA-T
* * * * * * * * * * *
8658 GAAAGTG--TGTCTGGAGAAACTTAAAGCAATAGTTATCCATTGGC
126 -AAAATGCCTGCCTCGAGAAAATTGAACCAAAACTCATACATTGAC
* * * * * * * *
8702 AAAAAAAGTGCATTTATAGTCTCTTAAATCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TAATTCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* *
8767 TAATCTCATCATTAATTTTAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAA
8788 GTTAAATTTT
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 113, Indels: 44
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 129 0.28
171 325 0.70
172 8 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAAGTGAATTCTTTTACAGTTTTTGTTAAAATATATTATAATAAAAT
GCCTGCCTCGAGAAAATTGAACCAAAACTCATACATTGAC
Found at i:8210 original size:418 final size:418
Alignment explanation
Indices: 7433--8256 Score: 998
Period size: 418 Copynumber: 2.0 Consensus size: 418
7423 CATTAGTAAA
* *
7433 AAAAGTCCATTTATAGTCGCTGAAGTCTTCGAATGCCTTAGCACTCGTTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCGCTGAAGTCTTCAAAAGCCTTAGCACTCGTTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
7498 TCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGT
66 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATAATATTTGAATGT
* * **** *
7563 CTACATCGAAAATTGTGAAGAAAAAGTAGTTCATTGGCTAGAAAAGTTCATCCATAGTCACCCAT
131 CTACATCGAAAATCGTGAAGAAAAAGCAGTTCATTAAAAAGAAAAGTCCATCCATAGTCACCCAT
* *
7628 GCCTTCGAAAGCCTTATTACAAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA
196 GCCTTCGAAAACCTTATTACAAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA
* * * *
7693 TTTTTTTACATTTTCTATTAAGATATATTATAATTAAATATCTAGCTCAAGAAACGTGAAGCAAA
261 TTTTTTTACATTTTCTATTAAAATATATTATAATAAAATACCTAGCTCAAGAAACATGAAGCAAA
* * * *
7758 AGTTATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
326 ACTTATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
7823 TTTAAAT-GATTTTATATCGATTGGCAAG
391 TTGAAATAG-TTTTATATCGATTGGCAAG
* * ** *
7851 AAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAG
1 AAAAGTCCATTTATAGTCGCTGAAGTCTTCAAAAGCCTTAGCACTCGTTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * * * ***
7916 TTTCATAATTAATTTTAATTTTAATTTTTTTACATTTTTGGATAGAATAGATAATGTTTTCGTGT
66 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATAATATTTGAATGT
* * * * *
7981 CTACATTGGGAAA-CGTGAAGGAAAAGCCA-TTCATTAAAAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCC
131 CTACA-TCGAAAATCGTGAAGAAAAAG-CAGTTCATTAAAAAGAAAAGTCCATCCATAGTCACCC
*** *
8044 ATGCCTTCGAAAACCTTATTAGTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAG-T
194 ATGCCTTCGAAAACCTTATTACAAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AAGTT
* * * * *
8108 -GATTTCTTTTACAGTTTT-TGTTAAAATATATTATAATAAAATGCCT-GCCTCGAGAAACATTA
258 AAATTT-TTTTACA-TTTTCTATTAAAATATATTATAATAAAATACCTAG-CTCAAGAAACATGA
* * * * * *
8170 AGCAAAACTTATAC-GTTGGCAGGAAAAGTCTATTTATAGTCATTTAAATCTTCAAAAGTCTTAT
320 AGCAAAACTTAT-CTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAATCTTCAAAAGCCTTAT
8234 TACTCGCTTGAAATAGTTTTATA
384 TACTCGCTTGAAATAGTTTTATA
8257 ATATCATAAT
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 58, Indels: 16
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
417 5 0.01
418 320 0.94
419 15 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (418 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCGCTGAAGTCTTCAAAAGCCTTAGCACTCGTTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATAATATTTGAATGT
CTACATCGAAAATCGTGAAGAAAAAGCAGTTCATTAAAAAGAAAAGTCCATCCATAGTCACCCAT
GCCTTCGAAAACCTTATTACAAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA
TTTTTTTACATTTTCTATTAAAATATATTATAATAAAATACCTAGCTCAAGAAACATGAAGCAAA
ACTTATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
TTGAAATAGTTTTATATCGATTGGCAAG
Done.