Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398715.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_200.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 56326
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.11, T:0.30
Warning! 10892 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1330 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 815--2533 Score: 654
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 169
805 NNNNNNNNNN
* * *
815 AAAAGATATCCAT-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAACCGTATTAC
1 AAAAGATATTCATCT-G-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATT-C
* * * *
879 TCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
63 TCGCCTAAAATGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * *
944 AAACATATAATAATTAAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGA
128 AAACAAATAATAAATGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGA
* * * ** ***
986 AAAAGATTTTCATCCTGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATNNNN
1 AAAAGATATTCAT-CTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTAT-TCT
****** * * ** * *
1051 NNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGC-TGAATTTTTTTACATACTTAATTT
64 CGCCTAAAATGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA-CTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * * * * * *
1115 AAAGAAATAATAACTGAATGTTTGCC-TAGGGAAACCTAAAGA
128 AAACAAATAATAAATGAATGTCTACCTTA-GAAAACATGAAGA
* * * * *
1157 AAAAG-TCATTCAT-TGACCAGAAAAGTCCATTTAGAATCACCAATGTCTTCAAAAGCCTTATTT
1 AAAAGAT-ATTCATCTGA--AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTC
* * * * ** *
1220 TGTGCCTAAAATATTTTTAGAATCTCGTAATTCATTTTAACTTGAATTTTTACACATTTTTTGTT
63 T-CGCCTAAAATGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
*
1285 AAAACAGATAATAAATGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGA
127 AAAACAAATAATAAATGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGA
* ********** * * * * * *
1328 AAAAGATATCCAT-TGGTAANNNNNNNNNNTTTATGGTCATCCATGCCTTCGAAAGGCTTATTAA
1 AAAAGATATTCATCT-G-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATT-C
* * * ** * * *
1392 TCGCTTTAATTAATTTTATAATCT-ACTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTCTTA-T
63 TCGCCTAAAATGTTTTTATAATCTCA-TAATTCATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTT-TTAGT
* * * * * * *
1455 TTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATAAAGA
126 TAAAACAAATAATAAATGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGA
* * * * * ** * * *
1499 AAACGATATCCAT-TGGCAAGAAAAGTTCATGTATAGTCACCCATGCCAGCGAAAGCGTTAGTAC
1 AAAAGATATTCATCT-G-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTA-TTC
* * * * * * * * *
1563 TCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATATTTTTTATATTTTTTA-T
63 TCGCCTAAAATGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAACTTGAAT-TTTTTTACA-TTTTTAGT
* * * * * * * *
1627 TAAAACATATAATAATTGAGTATGTACCTTGGAAAACGTGAAGG
126 TAAAACAAATAATAAATGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGA
** ********* *
1671 AAAAGATAACCANNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAGATATTCA-TCTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGAC-TTCAAAAGCCTTATT-C
* * * * * * ** ** *
1735 TAGCTTTAAATGATTTTATAACCTCTTAATTGTTTTTAGGTT-AACTTTTTTTACATTTTTTGTT
63 TCGCCTAAAATGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAACTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTT
* * * * * *
1799 AAAATAGATTAT-AATCGAATATCTACCTTA-AGAGACGTGAAGA
127 AAAACAAATAATAAAT-GAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGA
********** * * *
1842 AAAAGATATTCAT-TGGCAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAGATATTCATCT-G-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATT-C
* * * * * *
1906 TTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAA-TCGATTTTAGA-TTGAATTTTTTTACGTTTTTTGT
63 TCGCCTAAAATGTTTTTATAATCTCATAATTC-ATTTTA-ACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
** * * * *
1969 TAAAACCTATAATAATTGAGTGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGA
126 TAAAACAAATAATAAATGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGA
* * * * **
2013 AAAAGATATTCATCAGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGATATTCATCTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATT-CT
* * * * *** *
2078 CGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTGATTTTGTGTTGAATATTTTTACATTTTTTA-TTA
64 CGCCTAAAATGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAACTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTA
* *********** *
2141 AAACAGATTNNNNNNNNNNGTCTACCTTA-AGAAACATGATGA
128 AAACAAATAATAAATGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGA
* * * ** *
2183 AAAAGATGTCCAT-TGGTAAGAAAAATTTATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATT-A
1 AAAAGATATTCATCT-G-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTCT
* * * * * ** * * *
2246 CGCACTTTAAATATTTTTAGAATCCCATGATAGATCTTAAATTAAATTTTTTTTACAATTTTTA-
64 CGC-C-TAAAATGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAACTTGAA-TTTTTTTAC-ATTTTTAG
* * * * *
2310 CTAAAA-AAATTATAATTGAATGTCTGCC-TCGAGAAACGA-GAAGA
125 TTAAAACAAATAATAAATGAATGTCTACCTTAGA-AAAC-ATGAAGA
* * * *****
2354 AAAAGATATCCAT-TGGGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTNNNNNN
1 AAAAGATATTCATCT--GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCT-TATTC
***** * * * * * * * *
2418 NNNNTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTAGAGTTTTTTTACTTTTTTGGTTA
63 TCGCCTAAAATGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * * *
2483 AAACAAAAAATAATTGAATGTCTGCCTCA-AGAAACATGAAGA
128 AAACAAATAATAAATGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGA
2525 AAAAGATAT
1 AAAAGATAT
2534 CCATTAGCAA
Statistics
Matches: 1149, Mismatches: 339, Indels: 120
0.71 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 8 0.01
170 145 0.13
171 828 0.72
172 158 0.14
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGATATTCATCTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTCTCG
CCTAAAATGTTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
CAAATAATAAATGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGA
Found at i:1915 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 815--2544 Score: 966
Period size: 342 Copynumber: 5.1 Consensus size: 341
805 NNNNNNNNNN
* * * ** * * * *
815 AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAACCGTATTACT
1 AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATGTATAGTCACCCATGCCAGCGAAAGCCTTAGTACT
* * * * * **
880 CGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTC-ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
66 CACTTTAAATATTTTTATAACCTCATAA-TCAATTTTAGATTAAATTTTTTTACATTTTTTATTA
* * * *** *
944 AAACATATAATAATTAAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATTTTCATCCTG-AAGA
130 AAACATATAATAATTGAGTATCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGATAACCAT-CAGCAAGA
* ********** *
1007 AAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAAT
193 AAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
* * * ** * * * * * *
1072 CTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATACTTAATTTAAAGAAATAATAA-CTGAATGT
258 CTC-TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATC-GAATAT
* * * *
1136 TTGCCT-AGGGAAACCTAAAGA
321 CTACCTCA-AGAAACATAAAGA
* * * * * * * * * ** * * *
1157 AAAAG-TCATTCATTGACCAGAAAAGTCCATTTAGAATCACCAATGTCTTCAAAAGCCTTATTTT
1 AAAAGAT-ATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATGTATAGTCACCCATGCCAGCGAAAGCCTTA-GTA
* * * * * * **
1221 GTGC-C-TAAAATATTTTTAGAATCTCGTAATTC-ATTTTA-ACTTGAATTTTTACACATTTTTT
64 CT-CACTTTAAATATTTTTATAACCTCATAA-TCAATTTTAGA-TTAAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * * * ** *
1282 GTTAAAACAGATAATAAATGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAA
126 ATTAAAACATATAATAATTGAGTATCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATAACCATCAGCAA
********** * * * * * *
1347 NNNNNNNNNNTTTATGGTCATCCATGCCTTCGAAAGGCTTATTAATCGCTTTAATTAATTTTATA
191 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * * * * *
1412 ATCTACTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTCTTATTTAAATAGATTATAATTGAATG
256 ATCT-CTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATCGAATA
1477 TCTACCTCAAGAAACATAAAGA
320 TCTACCTCAAGAAACATAAAGA
* *
1499 AAACGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATGTATAGTCACCCATGCCAGCGAAAGCGTTAGTACT
1 AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATGTATAGTCACCCATGCCAGCGAAAGCCTTAGTACT
* *
1564 CACTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTAATTTTA-AGTTAAATATTTTTTATATTTTTTAT
66 CACTTTAAAT-ATTTTTATAACCTCATAATCAATTTTAGA-TTAAAT-TTTTTTACATTTTTTAT
* * * ********
1627 TAAAACATATAATAATTGAGTATGTACCTT-GGAAAACGTGAAGGAAAAGATAACCANNNNNNNN
128 TAAAACATATAATAATTGAGTATCTACCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGATAACCATCAGCAAG
** * * *
1691 NNAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAA
192 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * *
1756 CCTCTTAATTGTTTTTAGGTT-AACTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATCGAATA
257 TCTC-TAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATCGAATA
* * * *
1820 TCTACCTTAAGAGACGTGAAGA
320 TCTACCTCAAGAAACATAAAGA
* ********** * * ** *
1842 AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATGTATAGTCACCCATGCCAGCGAAAGCCTTAGTACT
** * * * * *
1907 TGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAGATTGAATTTTTTTACGTTTTTTGTTAA
66 CACTTTAAATATTTTTATAACCTCATAATCAATTTTAGATTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
* * * **
1972 AACCTATAATAATTGAGTGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATCAGCAAGAAAA
131 AACATATAATAATTGAGTATCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATAACCATCAGCAAGAAAA
* * *
2037 GCCCATTTATAATCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTC
196 GCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * ***********
2101 ATAATTGATTTT-GTGTTGAATATTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTNNNNNNNNNNGTCTA
261 -TAATTGATTTTAG-GTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATCGAATATCTA
* * *
2165 CCTTAAGAAACATGATGA
324 CCTCAAGAAACATAAAGA
* * * * * * ** * * *
2183 AAAAGATGTCCATTGGTAAGAAAAATTTATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACG
1 AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATGTATAGTCACCCATGCCAGCGAAAGCCTTAGTACT
* * * * * *
2248 CACTTTAAATATTTTTAGAATCC-CATGAT-AGATCTTAAATTAAATTTTTTTTACAATTTTTAC
66 CACTTTAAATATTTTTATAA-CCTCATAATCA-ATTTTAGATTAAA-TTTTTTTACATTTTTTAT
* * * * * * * ** *
2311 TAAAA-AAATTATAATTGAATGTCTGCC-TCGAGAAACGA-GAAGAAAAAGATATCCATTGGGAA
128 TAAAACATATAATAATTGAGTATCTACCTTAG-GAAAC-ATGAAGAAAAAGATAACCATCAGCAA
* * * ********** *
2373 CAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATGTTTTTATA
191 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * * * * * * ** *
2438 ATCTCATAATTGACTTTAAGTAGAGTTTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAACAAAAAATAATTGAAT
256 ATCTC-TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-ATTAAAATAGATTATAATCGAAT
* * *
2502 GTCTGCCTCAAGAAACATGAAGA
319 ATCTACCTCAAGAAACATAAAGA
*
2525 AAAAGATATCCATTAGCAAG
1 AAAAGATATCCATTGGCAAG
2545 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1065, Mismatches: 292, Indels: 62
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.00
341 245 0.23
342 544 0.51
343 270 0.25
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATGTATAGTCACCCATGCCAGCGAAAGCCTTAGTACT
CACTTTAAATATTTTTATAACCTCATAATCAATTTTAGATTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
AACATATAATAATTGAGTATCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATAACCATCAGCAAGAAAA
GCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATCGAATATCTACC
TCAAGAAACATAAAGA
Found at i:2945 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 2692--3022 Score: 380
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
2682 AGATTATAAT
* * *
2692 TGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
1 TGAATGCTTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGG
* * * *
2757 CACGCATATCATCGAAAGCCTTGTTAATCACTTTAAAT-GATTTTATAAACTCCTAATTGATTTT
66 CACGCACAGCATCGAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAG-TTTTATAAACTCATAATTGATTTT
*
2821 AAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAAC
130 AAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
* * *
2852 NNNNNNNNNNTGAATGCTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAATGTC
1 ----------TGAATGCTTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTC
* * * *
2917 CATTTATAGGCAC-CACCGCCTACGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
56 CATTTATAGGCACGCACAGCAT-CGAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCAT
* *
2981 AATTGGTTTTGAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
120 AATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
3023 ATATTATAAT
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 17, Indels: 5
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.03
170 123 0.87
171 14 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TGAATGCTTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGG
CACGCACAGCATCGAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTA
AGTTGAAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
Found at i:3859 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3677--4286 Score: 729
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
3667 NNNNNNNTCG
* * **
3677 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTT
* * * * *
3742 ATATTTTTTCTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACAAGAAGAAAAAGATATC
66 ACATTTTTTGTCAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-AAAAAGATATC
**********
3807 CATTGGNNNNNNNNNNCCATTTATAGTCACCCATGACTTCA
130 CATTGGAAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATGACTTCA
* *
3848 AAAGGCTTATTACTCACTTTCAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTT
* * *
3913 ACA-TTTTTGATTC-AAACAGATAATAATTGGATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAAAATAATATA
66 ACATTTTTTG--TCAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAA-AAGATA
* * * *
3976 TCCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGACTTCA
128 TCCATTGGAAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATGACTTCA
* * * * *
4019 ACATCCTTATTACTCACTTCAAATGTTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTT
* * * *
4084 ACGTTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAACAAAAAGATACC
66 ACATTTTTTGTCAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-AAAAAGATATC
** **
4149 CATTACAAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
130 CATTGGAAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATGACTTCA
* * ** * *
4190 AAAGTCTTATGACTCGTTTTAAATATTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTT
*
4255 ACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
66 ACATTTTTTGTCAAAACAGATAATAATTGAAT
4287 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 60, Indels: 12
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.02
171 353 0.95
172 11 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTT
ACATTTTTTGTCAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAGATATCC
ATTGGAAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATGACTTCA
Found at i:4713 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4355--4805 Score: 557
Period size: 170 Copynumber: 2.6 Consensus size: 170
4345 NNNNNNNNNN
* *
4355 TATAGTCACCCATGA-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACTTCCTAATT
1 TATAGTCACCCAT-ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATT
* * *
4419 GAATTTAAGTTGAATTGTTTTACATATTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
65 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTAAG
* *
4484 ATACATGAAGAAAAAGACATGAATTAGCAAGAAAAGTCCATT
129 AAACATGAAGAAAAAGACATCAATTAGCAAGAAAAGTCCATT
** * * *
4526 TATAGTCACTTATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAACCTAATAATTG
1 TATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTG
* * *
4591 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAATAGATTATAATTCAATGTCTACCTTATGAA
66 ATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTAAGAA
** * * * * *
4656 ATGTGAGGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAGAAA-TCCATT
131 ACATGAAGAAAAAGACATCAATTAGCAAGA-AAAGTCCATT
* * * * * * * *
4696 TGTAGTCACGCATACCTTCGAAAGTCATGTTACTCGCTTAAAATGATTTTTTAATCTCATAATTG
1 TATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTG
**
4761 ACTTGAAAGTT-AATTGTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAA
66 A-TTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAA
4806 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 38, Indels: 7
0.84 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 152 0.64
171 87 0.36
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTG
ATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTAAGAA
ACATGAAGAAAAAGACATCAATTAGCAAGAAAAGTCCATT
Found at i:5241 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 4910--5242 Score: 339
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
4900 ATAGTCACCC
* * * * * *
4910 ATGCCTTTGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCCCATAATTGATTTCAATTTA
1 ATGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCACCTTAAATGCTTTAATAACCCCATAATTGATTTCAAATTA
*
4975 AATTTTTTTATATCTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAAAAACATGAAGAA
66 AATTTTTTTATATCTTTTAGTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAAAAACATGAAGAA
** *
5040 AAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
131 AAAGATATCAATCAGCAAGAAAAGCCCATTT
* * *
5071 ATNNNNNNNNNNGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGCTTTAATAATCTCATAATTGA
1 AT----------GCCTTCGAAAGCCCTATTACTCACCTTAAATGCTTTAATAACCCCATAATTGA
* * * * * *
5136 TTTTAAATT-AATCTTTTTTATAT-TTTTGGTGAAGCAGA-TAGTAATTGAATGTCTGTCTTGAG
56 TTTCAAATTAAAT-TTTTTTATATCTTTTAGTAAAACAAATTA-TAATTGAATGTCTGTCTTGAA
* * *
5198 AAGCATGAAGAAAAAGATTTCCATCAGCAAGAAAAGCCCATTT
119 AAACATGAAGAAAAAGATATCAATCAGCAAGAAAAGCCCATTT
5241 AT
1 AT
5243 AGTCACCCAT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 22, Indels: 15
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.01
169 2 0.01
170 72 0.52
171 62 0.45
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
ATGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCACCTTAAATGCTTTAATAACCCCATAATTGATTTCAAATTA
AATTTTTTTATATCTTTTAGTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAAAAACATGAAGAA
AAAGATATCAATCAGCAAGAAAAGCCCATTT
Found at i:5647 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4881--5821 Score: 739
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 169
4871 NNNNNNNNNN
* ** * * *
4881 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTT
* * * * * * * *
4946 TTTATAACCCCATAATTGATTTCAATTTAAATTTTTTTATATCTTTTATTAAAACAAATTATAAT
66 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTT-GATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAATAATAAT
* *
5011 TGAATGTCTGTCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCAAT
130 TGAATGTCTG-CCT-AAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
********** * * *
5052 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGCT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTT
* * * * * * * *
5117 TTAATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATCTTTTTTATA-TTTTTGGTGAAGCAGATAGTAAT
66 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAT-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAATAATAAT
* * * *
5181 TGAATGTCTGTCTTGAGAAGCATGAAGAAAAAGATTTCCAT
130 TGAATGTCTG-CCTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
** * ** ********** *
5222 CAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTT
* * * **
5287 TTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGC-TGAAGTTGTTTATATTTTTAATTAAAACAAATAATAA
66 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-CTTG-ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAATAATAA
* * * * * **
5351 ATGAATGTTTGCGTATGGAAACTTGAAGAAAAA-ATCATTAAT
129 TTGAATGTCTGCCTA-AGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATCCAT
* * * * * ** * *
5393 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCTTGCCTTCAAAAGCTTTATTTTGTGC-C-TAAAATA
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA-TTACT-CACTTTAAATG
* * * * * * *
5456 TTTTCAGAATCTCGTAGTTGATTTTAACTTGATTTTTTGTATATTTTTTGTTCAAACAGATAACA
64 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGATTTTTT-TATATTTTTTGTTAAAACAAATAATA
* *
5521 ATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAATATATCCAT
128 ATTGAATGTCTGCCT-AAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* *
5564 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTT
* ** *
5629 TTTATAATCTCATAGTTGATTTTGAA-TTGAATTTTTTTA-CGTTTTTGATTAAAA-ACAATGAT
66 TTTATAATCTCATAATTGATTTT-AACTTG-ATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACA-AATAAT
* * * **
5691 AATTGAATGTCTGGCTTAGAAAATATGAAGAAACGGATATCCAT
127 AATTGAATGTCTGCCTAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * *
5735 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGTT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTT
5800 TTTATAATCTCATAATTGATTT
66 TTTATAATCTCATAATTGATTT
5822 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 594, Mismatches: 156, Indels: 40
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 147 0.25
171 432 0.73
172 13 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAATAATAATT
GAATGTCTGCCTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
Found at i:5722 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 4881--5821 Score: 859
Period size: 342 Copynumber: 2.8 Consensus size: 338
4871 NNNNNNNNNN
* *
4881 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * *
4946 TTTATAACCCCATAATTGATTTCAATTTAAATTTTTTTATATCTTTTATTAAAACAAATTATAAT
66 TTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTATTAAAACAAATAATAAT
* * ***
5011 TGAATGTCTGTCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATNNN
130 TGAATGTCTGGCTTG-AAAATATGAAGAAAAA-ATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAAT
******* * * * *
5076 NNNNNNNGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGCTTTAATAATCTCATAATTGATTTTA
193 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTAAAATACTTTAAGAATCTCATAATTGATTTTA
* * ** * ** * *
5141 AATTAATCTTTTTTATATTTTTGGTGAAGCAGATAGTAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAGCATGA
258 AATTAATCTTTTTTATATTTTTGGTCAAACAGATAACAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATAA
*
5206 AGAAAAAGATTTCCAT
323 AGAAAAAGATATCCAT
** * **********
5222 CAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * *
5287 TTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAAGTTGTTTATATTTTTAATTAAAACAAATAATAAA
66 TTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAAATAATAAT
* * * *
5352 TGAATGT-TTGCGTATGGAAACT-TGAAGAAAAAATCATTAATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
130 TGAATGTCTGGC-T-T-GAAAATATGAAGAAAAAAT-ATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * ** * * * *
5415 ATCACTCTTGCCTTCAAAAGCTTTATT-TTGTGCCTAAAATATTTTCAGAATCTCGTAGTTGATT
191 ATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CACCTAAAATACTTTAAGAATCTCATAATTGATT
* * *
5479 TTAACTTGAT-TTTTTGTATATTTTTTGTTCAAACAGATAACAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
255 TTAAATTAATCTTTTT-TATA-TTTTTGGTCAAACAGATAACAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
*
5543 CATAAAGAAAAATATATCCAT
318 CATAAAGAAAAAGATATCCAT
* * ** * *
5564 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTT
1 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGT
* * ** *
5629 TTTATAATCTCATAGTTGATTTTGAA-TTGAATTTTTTTACGTTTTTGATTAAAA-ACAATGATA
66 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACA-AATAATA
** *
5692 ATTGAATGTCTGGCTTAGAAAATATGAAGAAACGGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
128 ATTGAATGTCTGGCTT-GAAAATATGAAGAAA-AAATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * * ** * *
5757 GTGACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
191 ATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTAAAATACTTTAAGAATCTCATAATTGATTT
5822 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 470, Mismatches: 116, Indels: 27
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 14 0.03
341 205 0.44
342 239 0.51
343 12 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAAATAATAATT
GAATGTCTGGCTTGAAAATATGAAGAAAAAATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCAC
CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTAAAATACTTTAAGAATCTCATAATTGATTTTAAAT
TAATCTTTTTTATATTTTTGGTCAAACAGATAACAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGA
AAAAGATATCCAT
Found at i:6238 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6061--6524 Score: 414
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
6051 NNNNNNNNNN
*
6061 TAATTGATTTTAAATTGAA-TTTCTTTATATTT-TGGGTTCAAACAGATAATAATTGAATGTCTA
1 TAATTGATTTTAAATTGAACTTT-TTTATATTTAT-GGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA
* * * * *
6124 CCCTAAGAAACTTGATGAAAAAGATATCCATTAGTGACACAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
64 CCCGAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGTGACACAAGTCCATTTATAGTCACCCATGAC
*
6189 TTCAAAAGCCATATTAGTTGATTTAAATAG-TTTTATAATCTCA
129 TTCAAAAGCCATATTA-CT-ATTTAAAT-GTTTTTATAATCTCA
* * * *
6232 TAATTGATTTCAAATTGAACTTTTTTATGTTTATTGTTAAAACAGATAATAATTGATTGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC
* **********
6297 GGAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCANNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTT
66 CGAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGTGACACAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTT
* * *
6362 GAAAAGCCTTATTACTCTTTAAATGTTTTTATAATCTCA
131 CAAAAGCCATATTACTATTTAAATGTTTTTATAATCTCA
********** * * * *
6401 TAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAAAGTTTACC
1 TAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC
** * * * ** * *
6466 TC-AGGAAATATCAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
66 -CGAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGTGACACAAGTCCATTTATAGTCACCCA
6525 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 56, Indels: 10
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 112 0.48
170 1 0.00
171 115 0.49
172 4 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC
CGAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGTGACACAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTT
CAAAAGCCATATTACTATTTAAATGTTTTTATAATCTCA
Found at i:7318 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 7134--7448 Score: 317
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
7124 NNNNNNNNNN
* *
7134 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTT-TATATTTTTAATTTAAACAAATAATAACTGAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAACTTGAAT-TTTTGTATATTTTTAATTAAAACAAATAATAACTGAT
* ** * * * * *
7198 TGTTTGCCTCAAAAAATTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCAAG
65 TGTCTGCCTCAAAAAACATGAAAAAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATGTATAATCAAC
7263 CATGCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNNAAAATATTTTTAG
130 CATGCCTTCAAAAGCCTT-----------AAAATATTTTTAG
* ** * *
7305 AATCTCGTAATTGATTTTAACTTGAATTTTTGTATATTTTTCGTTAAAACAGATAATAATTGATT
1 AATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTGTATATTTTTAATTAAAACAAATAATAACTGATT
* * * * * * *
7370 GTCTGCCTTAGAAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATGTATAGTTACCC
66 GTCTGCCTCAAAAAACATGAAAAAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATGTATAATCAACC
7435 ATGCCTTCAAAAGC
131 ATGCCTTCAAAAGC
7449 TTTATTCCTT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 22, Indels: 2
0.83 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.03
171 117 0.97
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTGTATATTTTTAATTAAAACAAATAATAACTGATT
GTCTGCCTCAAAAAACATGAAAAAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATGTATAATCAACC
ATGCCTTCAAAAGCCTTAAAATATTTTTAG
Found at i:8424 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7676--8458 Score: 526
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 171
7666 NNNNNNNNNN
* * * * * * **
7676 TAATAATTGAATGTCTGCCTT-GAGAAATATGAAGAAAAA-AAATTCATCGGCAAGAAAAACCCA
1 TAATAATTGAATGTCTTCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * ** * *
7739 TTTATAGTCGCCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAT
65 TTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACATAAT
* * * * * * *
7804 TGATTTCAAGTTGAAT-TATTTTA-CATTTATAATTTAAATAAA
130 TGATTTTAAATTGAATAT-TTTTATCGTTT-TTATTAAAACAGA
* ** * ** * * *
7846 TAATAACT-AATTGT-TTACC-TAGGGAAATGTGAAGAAGAAG-TCATTTATTGATAAAAAAAAT
1 TAATAATTGAA-TGTCTT-CCTTA-GGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATCCATTGACAAGAAAAGT
* * *** ** * *
7907 TCATTTATAATCACTTGTG-CTTTCAAAAGCCTTATTTGGTGC-C-TAAAAT-GTTTTTAGAATC
62 CCATTTATAGTCACCCATGAC-TTCAAAAGCCTTA-TTACT-CACTTTAAATAG-TTTTATAATC
* * * * *
7968 TCGTAATTAATTTTAACA-TGAAT-TTTTGTA-CATTTTTTGTTAAAACAGA
123 ACATAATTGATTTTAA-ATTGAATATTTT-TATC-GTTTTTATTAAAACAGA
* *
8017 TAATAATTGAATGT-TTACCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
1 TAATAATTGAATGTCTT-CCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * *
8080 ATGTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAA
64 ATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACATAA
** ** *
8145 TTGATTTTATGTTGAATATTTTTATTTTTTTTATTAAAATAGA
129 TTGATTTTAAATTGAATATTTTTATCGTTTTTATTAAAACAGA
* * * * * **********
8188 TTATAATTTAATTTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATGTCCATNNNNNNNNNNAGTCCAT
1 TAATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* *
8253 TTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATA-TTTTATAATCCCATAATT
66 TTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATT
*
8317 GATTTTAAATTGAAGT-TTTTTA-CGTTTTTATCTAAAACAAA
131 GATTTTAAATTGAA-TATTTTTATCGTTTTTAT-TAAAACAGA
* * * * * * *
8358 TAATAATTGAATGTCTTCTTTAAGAAACATAAAGAAAAACATATCCCTTGATAAGAAAATTCCAT
1 TAATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
8423 TTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTC
66 TTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTC
8459 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 473, Mismatches: 112, Indels: 56
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.03
170 157 0.33
171 284 0.60
172 20 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TAATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATT
GATTTTAAATTGAATATTTTTATCGTTTTTATTAAAACAGA
Found at i:9006 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8829--9363 Score: 552
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
8819 NNNNNNNNNN
* * * ** *
8829 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACACACGGCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAATTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTAT
* * * *
8894 AATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAATCAGATTATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
*
8959 GTCTACCTTGAGAAACGA-GAAGAAAAAGATATCCATTGGCC
131 GTCTACCTT-AGAAAC-ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA
* * * ** *
9000 AGAAAAGTCCATTTAGAGTGACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCTTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTAT
** * *
9065 AATCTCATAATTGATTTTATTTTGAATCTTTTTATATTTGTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
9130 ATCTACCTTAGGAATA-ATGAAGAAAAAGATGTCTAATGGGA
131 GTCTACCTTA-GAA-ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA
** **********
9171 AGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGACTNNNNNNNNNNTATTACTCGCTTTAAATATTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTAT
* ** * * *** *
9236 AATCCCATAATAAATTTTAAATTGAATTTTTTTCTGTTTTCGGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
*
9301 GTCTCCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA
131 GTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA
* **
9342 AGAAAATTTTATTTATAGTCAC
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
9364 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 60, Indels: 10
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 294 0.98
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
GTCTACCTTAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA
Found at i:10085 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 9851--10176 Score: 282
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
9841 TTTTAAATGT
* * * **
9851 TTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGAATGTTTTGATCTTTTAAGTTAAAACTTATAATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAACTGAATGTTTTGATCTTTTAAGTTAAAACAAATAATAA
* * * * * *
9916 TTGAATGTCTGCCTTGAGAAATATGAAAAAAAAG-TATTCATCGGTAAGAAAAGCCTATTTATAG
66 CTGAATGTCTGCCTAGAGAAATATGAAAAAAAAGCCATTCATCGATAAAAAAAGCCTATTTATAA
9980 TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTATTCG
131 TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTATTCG
* *
10011 NNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAATTGTTTT-A-CATTTATAA-TTT
1 ----------TTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAACTGAA-TGTTTTGATC-TTT-TAAGTTA
* * * * * * *
10073 AAACAAATAATAACTGATTGTTTGCCTAGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGATAAAAAA
53 AAACAAATAATAACTGAATGTCTGCCTAGAGAAATATGAAAAAAAAGCCATTCATCGATAAAAAA
** ** *
10138 AGTTTATTTATAATCACCTGTGCCTTCAAAAGCCTTATT
118 AGCCTATTTATAATCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
10177 TTGTGCCTAA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 25, Indels: 7
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 72 0.57
171 54 0.43
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAACTGAATGTTTTGATCTTTTAAGTTAAAACAAATAATAA
CTGAATGTCTGCCTAGAGAAATATGAAAAAAAAGCCATTCATCGATAAAAAAAGCCTATTTATAA
TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTATTCG
Found at i:11181 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10726--11215 Score: 509
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 168
10716 NNNNNTTATG
* *
10726 TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAAACATGAAG-AAAAGATATTCAT
1 TTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTCCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * * * * *
10790 CGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGTTTTGAAAAGCCTTAATACTCGCATCAAATAGT
64 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAAT
* * *
10855 TTTATGATCTCATAAATAATTTTAAGTTGAAGTTTTTCATA
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTCATA
** * * * *
10896 TTTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAACCATGAAGAAAAAGATATCAAT
1 TTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * ** ** *
10961 TGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGGCTTCAAAAATCTTATTACTTGCTTTAAATAAT
64 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAAT
* * *
11026 TTTAT-ATGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
128 TTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTCATA
* * * * *
11067 CTTTTTATTAAATCAGATTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACGA-GAAGAAAAAGTTATCCA
1 -TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-CCTTAAGAAAC-ATGAAGAAAAAGATATCCA
* * * * **
11131 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCGTGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCT
63 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAA
11196 TTTTATAATCTCATAATTGA
127 TTTTATAATCTCATAATTGA
11216 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 53, Indels: 17
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 44 0.17
171 203 0.79
172 11 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTCATA
Found at i:11742 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11445--11918 Score: 431
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 171
11435 NNTAAATATT
* * * * **
11445 TTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAATT-AAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAACCTATAATA
1 TTTATAATTC-CATAATAGATTTTAGATTCAAA-TTTTTTATGTTTTCAGCTAAAACAAATAATA
* * * * * * ** * ***
11508 ATTGAGTGTCTGCCTCAGGAAACATGAGGAAAAAGATATTCATCAGCATGAAAAGCCCATTTATA
64 ATTGAATGTGTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATA
*********
11573 GTCACCCANNNNNNNNNNAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATG-G
129 GTCACCCA-TGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTG
* * * * * * *
11615 TTTATAA-TCTCATAATTGATTTTATA-TCAAATCTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAAATTAT
1 TTTATAATTC-CATAATAGATTTTAGATTCAAAT-TTTTTAT-GTTTTCAGCTAAAACAAATAAT
* * * *
11677 AATTGAATGTGTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATGTCTATTGGCAAGAAAGGTTTATTTAT
63 AATTGAATGTGTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTAT
* *
11742 ATTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTT
128 AGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTG
* *
11786 TTTATAATTCCATAATAGATTTTAGATTGAAATTTTTTATGTTTTCAGCTAAAACAGATAATAAT
1 TTTATAATTCCATAATAGATTTTAGATTCAAATTTTTTATGTTTTCAGCTAAAACAAATAATAAT
* ** *
11851 TGAATGTTTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAATTTTATTTATAGT
66 TGAATGTGTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGT
11916 CAC
131 CAC
11919 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 49, Indels: 15
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 130 0.53
171 106 0.43
172 7 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTATAATTCCATAATAGATTTTAGATTCAAATTTTTTATGTTTTCAGCTAAAACAAATAATAAT
TGAATGTGTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGT
CACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTG
Found at i:12642 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 12021--12849 Score: 889
Period size: 340 Copynumber: 2.4 Consensus size: 340
12011 NNNNNNNNNN
* * * *
12021 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCGACCTCGAGAA
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTGTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
* * * * * *
12086 ACAAGAAGAAAAGGATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGA
66 AC-TGAAGAAAA-AATATCCATTGGTAGGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC
* * * *
12151 CTTATTACTCTCTTTAAATATTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAAATTTTTTACTTT
129 CTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAATTAAAATTTTTTAATTT
* * * * ***
12216 TTTGGTTAAAATAGATAAGAATCGAATGTCTTCCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCANNN
194 TTTGATTAAAATAAATAAGAATCGAATGTCTGCCCAAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATAG
******* * * * *
12281 NNNNNNNAAGTACATTTATAGTCACCCATGGCTTTAAAAGCATTATTACTCACTTT-AATGATTT
259 GTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTAGTACTCACTTTAAATGATGT
12345 TATAAACTCATAATTGA
324 TATAAACTCATAATTGA
* ********** * **
12362 TTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATNNNNNNNNNNAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTGTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
* *
12427 ACGTGAAGAAAAAATATCCATTGATAGGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
66 AC-TGAAGAAAAAATATCCATTGGTAGGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
12492 TTGTTAATCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCCTGATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTAATAT
130 TTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAATTAAAATTTTTTAAT-T
* * *
12555 TTTTTATTAAAATAAATTAA-AATTGAATGTCTGCCTCAAG-CAACGA-GAAGAAAAAGATATCC
193 TTTTGATTAAAATAAA-TAAGAATCGAATGTCTGCC-CAAGAAAAC-ATGAAGAAAAAGATATCC
* * * * *
12617 ATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTCGAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATG
255 ATAGGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTAGTACTCACTTTAAATG
*
12682 ATGTTATAACCTCATAATTGA
320 ATGTTATAAACTCATAATTGA
*
12703 TTTTAAGTTGGATATTTTTGTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
1 TTTTAAGTTGAATATTTTTGTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
* * * * *
12768 ATCTGAGGAGAAAGAA-ATCCAATGGTAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
66 A-CTGA--AGAAAAAATATCCATTGGTAGGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
12832 CCTTATTACTCGCTTTAA
128 CCTTATTACTCGCTTTAA
12850 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 85, Indels: 17
0.79 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 10 0.03
340 173 0.44
341 144 0.37
342 60 0.15
343 7 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
TTTTAAGTTGAATATTTTTGTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
ACTGAAGAAAAAATATCCATTGGTAGGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAATTAAAATTTTTTAATTTTT
TGATTAAAATAAATAAGAATCGAATGTCTGCCCAAGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATAGGT
AAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTAGTACTCACTTTAAATGATGTTA
TAAACTCATAATTGA
Found at i:12691 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12021--12849 Score: 796
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
12011 NNNNNNNNNN
* * *
12021 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCGACCTCGAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * * * * * *
12086 ACAAGAAGAAAAGGATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGA
66 ACGAGAAGAAAAAGATATCCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC
* * *
12151 CTTATTACTCTCTTTAAAT-ATTTTTTTAATCTCATAATTGA
131 CTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTGA
* * * ** * * * * *
12192 TTTTAAATTAAAATTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAATAGATAAGAATCGAATGTCTTCC-CTAGA
1 TTTTAAGTT-GAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-
********** * * *
12255 AAAC-ATGAAGAAAAAGATATCCANNNNNNNNNNAAGTACATTTATAGTCACCCATGGCTTTAAA
64 AAACGA-GAAGAAAAAGATATCCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * *
12319 AGCATTATTACTCACTTT-AATGATTTTATAAACTCATAATTGA
128 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA
** ********** * * *
12362 TTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATNNNNNNNNNNAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * * * *
12427 ACGTGAAGAAAAA-ATATCCATTGATAGGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC
66 ACGAGAAGAAAAAGATATCCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC
* * * *
12491 CTTGTTAATCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCCTGATTGA
131 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA
* * * *
12532 TTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAATAAATTAAAATTGAATGTCTGCCTCAAGCA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* *
12597 ACGAGAAGAAAAAGATATCCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTCGAAAGC
66 ACGAGAAGAAAAAGATATCCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC
* *
12662 CTTAGTACTCGCTTTAAATGATGTTATAACCTCATAATTGA
131 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA
* * * *
12703 TTTTAAGTTGGATATTTTT-GTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA
1 TTTTAAGTTGAAT-TTTTTAATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * * *
12767 AATCTGAG--GAGAAAGAAATCCA-ATGGTAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
65 AA-C-GAGAAGAAAAAGATATCCATA-GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
12829 AAGCCTTATTACTCGCTTTAA
127 AAGCCTTATTACTCGCTTTAA
12850 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 121, Indels: 26
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 57 0.11
170 148 0.28
171 301 0.57
172 15 0.03
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
ACGAGAAGAAAAAGATATCCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA
Found at i:14053 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13757--14697 Score: 571
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 170
13747 NNNNNNAGGA
* * * * * ** *
13757 AAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACCCAG-TTTTAATAATTTT-ATA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGTTTTTAAAA
* * * *** * *
13820 TCATCATAATTGATTTTAAGATGAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATG
65 TC-TCATAATTGATTTCAAGTTAAAAGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATG
* * *
13885 TCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAG
129 TCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATCGACAAG
* ********** *
13927 AAAGGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAA
1 AAA-GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAAAA
* * *
13992 TCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAAAGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGAATATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTCAAGTTAAAAGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGT
* * * ********
14057 TTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCANNNNNNNNN
130 CTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCA-TCGACAAG
* * * *
14099 NAAGTCCATTTATAGTCTCTCATGCCCTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGTTTTTAAAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAAAAT
* ** *
14164 CTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAG-ATAATAATTGAATGT
66 CTCATAATTGATTTCAAGTTAAAAGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAAT-ATAATTGAATGT
* * * * *
14228 CTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAGGATATTCATCGGCGAG
130 CTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATCGACAAG
* * * * * * *
14269 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAT
1 -AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAAAA
* * * * * * *
14334 TCTCATAATTAATTTCAAGCTGAATA-TTTTTA-AATTTTAATTTAAACA-AATAATAACTGATA
65 TCTCATAATTGATTTCAAG-TTAAAAGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAAT-ATAATTGA-A
* * * * * * **
14396 T-T-TGCCTAG-GAAAACCTGAAGAAAAACCA-ATTCC-TTGGTAAG
127 TGTCTACCTTGAG-AAACATAAAGAAAAA-GATA-TCCATCGACAAG
* * * * ********** *
14438 AAAATTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGTTTTTAGAA
1 -AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAAAA
* * * * * * * *
14503 GCTCGTAATTGATTTTAACTT-GAATTTTTATATATTTTTTTATTAAAATAG-ATAATAATTAAA
65 TCTCATAATTGATTTCAAGTTAAAAGTTTT-TATA-TTTTTTATTAAAACAGAAT-ATAATTGAA
* * * * * *
14566 TGCCTGCCTTGGGAAACGTGAA-AAAAAGATATCCATTGACAAG
127 TGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATCGACAAG
* * * * *
14609 AAAAGTCCATGTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTAATCGCTTTAAATGATTTTATAA
1 -AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTA-AA
* *
14674 A-CTCCTAATTGATTTTAAGTTAAA
64 ATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAA
14698 TTATTTTANN
Statistics
Matches: 584, Mismatches: 163, Indels: 46
0.74 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 6 0.01
169 86 0.15
170 41 0.07
171 425 0.73
172 24 0.04
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAAAAT
CTCATAATTGATTTCAAGTTAAAAGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTC
TACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATCGACAAG
Found at i:15185 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14814--15404 Score: 538
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 170
14804 NNTTATGAGA
* * * *
14814 TTATAAAAACATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGA-G-CATATAAATGGACTT
1 TTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGATGAC-TATAAATGGACTT
* * ** * * ** *
14877 TTCTTGCCAATGGAT-TTTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACATTCAATTATCTTCTTTTT
65 TTC-TGCCAATGGATATCTTTTCCTTCACATTTCTCGAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTT
** * * *
14940 TAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAATTTAAAATCAATTACAAGA
128 TAATAAAAAATGT-AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTACGAGG
* * **
14984 TTATAAAAATATTTAGAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTGT-GGATGACTATAAATGGACTTT
1 TTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGATGACTATAAATGGACTTT
* *
15048 TCATGCCAATGGATATCTTTTCCTTCACATTTCTC-AAGGTAGGCATTCAATTGTAATCTAGTTT
66 TC-TGCCAATGGATATCTTTTCCTTCACATTTCTCGAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTT
* *
15112 AATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTAGGAGG
129 AATAAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTACGAGG
* **********
15155 TTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNTAGG-TGACTATAAATGGACTTT
1 TTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGATGACTATAAATGGAC-TT
* *
15219 TTCTGCCAATGGATTTCTTTCTCC-TCACATTTCTCGAA-ATAGACATTCAATTATAATCTGTTT
65 TTCTGCCAATGGATATCTTT-TCCTTCACATTTCTCGAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TT
* ** * *
15282 TAATAAAATACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGCGG
128 TAATAAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTACGAGG
* * * * *
15326 TTACAAAATTATTTAAAGCGTGTAATAAAG-TTTTCGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTT
1 TTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATAGGATGACTATAAATGGACTT
*
15389 TTCTCGTCAATGGATA
65 TTCT-GCCAATGGATA
15405 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 64, Indels: 29
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 83 0.24
171 241 0.70
172 15 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGATGACTATAAATGGACTTT
TCTGCCAATGGATATCTTTTCCTTCACATTTCTCGAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAA
TAAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTACGAGG
Found at i:15914 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15518--16314 Score: 671
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 171
15508 NNNNNNTAAT
* * * * * *
15518 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCATTGGAT-T-TCTTTCTCCT
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCT
* * * *
15581 CAGATTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATACAAAAAAAAAATT-A
66 C-G-TTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT---AATAAAAAATTCA
* *
15645 ACTTTAAATCAATTATGAGATTATAACATCATTTAAAGCGAGT-AC
126 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAC
* * ** * *
15690 TAAGGCTTTCGAATGCATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCTATGGATATCTTTTTCTTC
1 -AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC
* *
15755 TCGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATAATAAAAAATTCAACTT
65 TCGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAATAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
15820 AAAATTAATCAGGAGGTTATAAAATCATTTAGAGCGATTAAC
130 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAC
* * * *
15862 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGTCAATGGATAT-TTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCT
** *********** * *
15926 CGTTTCTCAAGGTNNNNNNNNNNTTATAATATGTTTTAATAAAAAACACA-AAAAAATTCAACTT
66 CGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA-ATAAAAAATTCAACTT
********** * *
15990 AAAATCAANNNNNNNNNNATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
130 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAC
* * * * *
16032 AATGCTTTTAAAGCCATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC-
* * * * ** ** * *
16097 T-GTTT-TCTAAGACAGACATTCAATTCTTATCTGTTTTAACCAAAAA-CGTAAAAAATTTTAAT
65 TCGTTTCT-TGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAATAAAAAA-TTCAAC
* * *
16159 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGAGAATAAT
128 TTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAAC
* * * * *
16203 AAGTCTTTTGAAGTCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATATCCTTTTCTTCT
1 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCT
* *
16268 TGTTTCTTGAGGTC-GACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
66 CGTTTCTTGAGG-CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
16315 TTAACTTAAA
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 124, Indels: 31
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 146 0.30
171 235 0.48
172 9 0.02
173 84 0.17
174 2 0.00
175 9 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCT
CGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAATAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAC
Found at i:17297 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16773--18119 Score: 692
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 169
16763 TTCTTGAGAC
** * * * *
16773 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAACA--TAAAAAAATTCTACTTAAAGTCAATTAT
1 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAGTAAAAA-ATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAG
* * * * * * *
16836 GAGATTATAAAAAT-TTTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTGGCTATAAATAGA
65 GAGGTTAT-AAAATCATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTTCGATGGCAT-GGTGACTATAAATGGA
* * * * * * ** *
16900 CTTTTCTTGCTAACGAATATCTTTT-TCTCCATTTTTTTGAGGC
127 CTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTCT-TCAAGTTTCTCAAGGT
* * * * *
16943 AAACATTCAGTTATTTTCTGTTTTAACTAAAAACA--TAAATA-AATTCAATTTAAAATCAATTA
1 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAGTAAAAA-ATGTAAA-ACAATTCAACTTAAAATCAATTA
* *
17005 GGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGGC-TTCTGATGGCATAGGTGACGATAAATAG
64 GGAGGTTATAAAATCATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTTC-GATGGCAT-GGTGACTATAAATGG
* * * * *
17069 ACTTTTTTTGCCAATGAATTTCTTTTCCTTCACGTTT-TCCAAGAT
126 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT-CTTCAAGTTTCT-CAAGGT
* ********* *
17114 AGACACTCAATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAAATNNNNNNNNNNTT-AACTTAAAATCAATTAT
1 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAGTAAAAAAT-GTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAG
* * **
17177 GAGGTTATACAATCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTCGATGGCATCGGTGACTATGCATGGAC
65 GAGGTTATAAAATCATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTTCGATGGCAT-GGTGACTATAAATGGAC
** *
17242 TTTTCTTGTTAATGGATATCTCTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
128 TTTTCTTGCCAATGGATATCT-TTTCTTCAAGTTTCTCAAGGT
* **
17285 AGATATTCAATTAAAATCTG-TTTAAGTAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGG
1 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAGTAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGG
* * * * * * *
17349 AAGTTATAAAATCAATTAAAGCAATTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGTACA
66 AGGTTATAAAATCATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGG-TGACTATAAATGGACT
* * * *
17414 TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTATTTAAGTTTCCCATGGT
129 TTTCTTGCCAATGGATATC-TTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGT
* * * * *
17456 AGACATTCAATTATTATCTATTTTAAG-AACAAATGTACAAA-AATTCAAGTTAAAATGAATTAC
1 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAGTAAAAAATGTA-AAACAATTCAACTTAAAATCAATTAG
** * * * * * ** * * ****
17519 GAAATTCTAAAAACATTTTACGCACAAAATAAGGC-TTCTGAAGGCATGGGTGATTATAAANNNN
65 GAGGTTATAAAATCATTTAAAGTA-GTAATAAGGCTTTC-GATGGCAT-GGTGACTATAAATGGA
****** * * * * * ** *
17583 NNNNNNTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCAGGTTTCCCTTGGC
127 CTTTTCTTGCCAATGGAT-ATCTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGT
* * * * * * * * * *
17627 AAACAATCAGTTATTAT-TTTTTTAAATTAAAAATGTAAAA-AATTCAGCTTGAAATTAATTATG
1 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAGTAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGG
* ********* * * * *
17690 AGATTATAAAA-CTATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGGC
66 AGGTTATAAAATC-ATTTA-AAGTAGTAATAAGGCTTTCGATGGCAT-GGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * *
17754 TTTTCTAGCGGATGAATATCTTTTTTTCCATGTTTCTCAAGGC
128 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTCTT-CAAGTTTCTCAAGGT
* * * * **
17797 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACT-GAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATA
1 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAGTAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGG
** * * * * * *
17861 AAATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGAGACTACAAATGGACT
66 AGGTTATAAAATCATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTTCGATGGCAT-GGTGACTATAAATGGACT
* * *
17926 TTTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGAG-
129 TTTCTTGCCAATGGATAT-CTTTTCTTCAAGTTTCTC-AAG-GT
* * * * * * * * *
17968 AAACATTCAAATATAACCCGTTTTAACT-AAAAACGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATTAATTAT
1 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAGTAAAAAATGTAAAACAATTCAACT-TAAAATCAATTA-
** * * * * *
18031 GTGATTTTA-AAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATGGGTGACTATAAATGA
64 G-GAGGTTATAAAATCATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTTCGATGGCAT-GGTGACTATAAATGG
*
18094 AATTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
126 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
18120 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 910, Mismatches: 225, Indels: 84
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 16 0.02
170 256 0.28
171 599 0.66
172 35 0.04
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAGTAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGG
AGGTTATAAAATCATTTAAAGTAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGGATATCTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGT
Found at i:17511 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 16773--18119 Score: 735
Period size: 341 Copynumber: 3.9 Consensus size: 340
16763 TTCTTGAGAC
* * *
16773 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCTACTTAAAGTCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
16838 GATTATAAAAATTTTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTGGCTATAAATAGACTT
65 GATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATCGGTGACTATAAATAGACTT
* * ** * ***
16903 TTCTTGCTAACGAATATCTTTTTCTCCATTTTTTTGAGGCAAACATTCAGTTATTTTCTGTTTTA
130 TTCTTGCTAACGAATATCTCTTTCTCCATTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAAAATCTGTTTTA
* * * *
16968 ACTAAAAACATAAATAAATTCAATTTAAAATCAATTAGGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCTAGT
195 ACTAAAAACATAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAAGTTATAAAATCAATTAAAGCAAGT
* * * * *
17033 AATAAGGCTTCTGATGGCATAGGTGACGATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATTTCTTTTCCT
260 AATAAGGCTTCTGAAGGCATAGGTGACGATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATATCTTTTCAT
* *
17098 TCACGTTTTCCAAGAT
325 TCAAGTTTCCCAAGAT
* * *******
17114 AGACACTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAA-ATNNNNNNNNNNTT-AACTTAAAATCAATTAT
1 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAATAT---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * ** *
17177 GAGGTTAT-ACAATCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTCGATGGCATCGGTGACTATGCATGGA
63 GAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATCGGTGACTATAAATAGA
* * * * * * *
17241 CTTTTCTTGTTAATGGATATCTCTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTAAAATCTG-
127 CTTTTCTTGCTAACGAATATCTCTTTCTCCAT-TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAAAATCTGT
*
17305 TTTAAGTAAAAA-ATGTAAA-ACAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAAGTTATAAAATCAATTAA
191 TTTAACTAAAAACA--TAAATA-AATTCAACTTAAAATCAATTAGGAAGTTATAAAATCAATTAA
* * *
17368 AGCAATTAATAAGGCTT-TCGAAGGCAT-GGATGACTATAAAT-GTACATTTCTTGCCAATGGAT
253 AGCAAGTAATAAGGCTTCT-GAAGGCATAGG-TGACGATAAATAG-ACATTTCTTGCCAATGAAT
* * * *
17430 ATCTTTTTATTTAAGTTTCCCATGGT
315 ATCTTTTCATTCAAGTTTCCCAAGAT
* * * * * * *
17456 AGACATTCAATTATTATCTATTTTAAGAACAAATGTACAAAAATTCAAGTTAAAATGAATTACGA
1 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAA-AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * * * *****
17521 AATTCTAAAAACATTTTACGCACA-AAATAAGGC-TTCTGAAGGCATGGGTGATTATAAANNNNN
65 GATTATAAAAATATTTAAAGTA-AGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATCGGTGACTATAAATAGAC
***** * * * * * * * ** * * ** *
17584 NNNNNTTGCCAATGAATGGT-TTTTTCTTCAGGTTTCCCTTGGCAAACAATCAGTTATTAT-TTT
128 TTTTCTTGCTAACGAAT-ATCTCTTTCTCCA-TTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAAAATCTGT
* ** * * * * * *
17647 TTTAAATTAAAAATGTAAA-AAATTCAGCTTGAAATTAATTATG-AGATTATAAAA-CTATTTAN
191 TTT-AACTAAAAACATAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAAG-TTATAAAATC-AATTAA
********* * * * * * * * * **
17709 NNNNNNNNNTAAGGCTT-TCAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTAGCGGATGAATAT
253 AGCAAGTAATAAGGCTTCT-GAAGGCATAGGTGACGATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATAT
* * * **
17773 CTTTT-TTTCCATGTTTCTCAAGGC
317 CTTTTCATT-CAAGTTTCCCAAGAT
* * * *
17797 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTGAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAA
1 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * * *
17862 AATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGAGACTACAAATGGACTT
65 GATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATCGGTGACTATAAATAGACTT
* * * * * * * * * * *
17927 TTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGAG-AAACATTCAAATATAACCCGTT
130 TTCTTGCTAACGAATATCTCTTTCTCCAT-TTTCTC-AAG-GCAAACATTCAATTAAAATCTGTT
* * * ** *
17990 TTAACTAAAAACGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATTAATTATGTGATTTTA-AAAAT-ATTTAAA
192 TTAACTAAAAACATAAATAAATTCAACT-TAAAATCAATTA-G-GAAGTTATAAAATCAATTAAA
* * * * * * *
18052 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATGGGTGACTATAAAT-GAAATTTTCTTGCCAATGGATATC
254 GCAAGTAATAAGGCTTCTGAAGGCATAGGTGACGATAAATAGACA-TTTCTTGCCAATGAATATC
18116 TTTT
318 TTTT
18120 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 748, Mismatches: 215, Indels: 85
0.71 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 18 0.02
341 372 0.50
342 330 0.44
343 21 0.03
344 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATCGGTGACTATAAATAGACTTT
TCTTGCTAACGAATATCTCTTTCTCCATTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAAAATCTGTTTTAA
CTAAAAACATAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAAGTTATAAAATCAATTAAAGCAAGTA
ATAAGGCTTCTGAAGGCATAGGTGACGATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATATCTTTTCATT
CAAGTTTCCCAAGAT
Found at i:18650 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 18237--18724 Score: 459
Period size: 172 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
18227 NNNNNNNNNN
** * * * **
18237 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCCATAGACGTCT
1 GCGAGTAATAAGGC-TTTCCAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTGATATCT
* * * * * * *
18302 TTTTCTTTATGTTTCCTGAGGTAGACATTCGATTATAAGCTGGTTTAATAAAAAATATAAAAAG-
65 TTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAT-AAAAACATAAAAAGA
** *
18366 ATTCAACATAAAATCAATTATAAGACTATAAAACTATTTCAA
129 ATTCAATTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACTATTTAAA
* ** * *
18408 GCGAGTAATAAGGCTTTCCATGGCATAAGTGACTAAAAATAGG-CTTTTCTT-TCCGA-TGAATA
1 GCGAGTAATAAGGCTTTCCA-GTCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGT-CAATTG-ATA
* *
18470 TCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGACACTCAATTATTATATGTTTTAATAAAAACCATAAAA
62 TCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAA-CATAAAA
* * * *
18535 AGAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAA
126 AGAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGACTAT-AAAACTATTTAAA
*********
18580 GCGAGTAATANNNNNNNNNNAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTGATATCT
1 GCGAGTAATA-AGGCTTTCCAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTGATATCT
* * * *
18645 TTTTCTTCATGTTTCTTGAGG-CGAAGATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAA-
65 TTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAG-ACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAACATAAAAAG
18708 AATTCAATTTAAAATCA
128 AATTCAATTTAAAATCA
18725 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 49, Indels: 26
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 10 0.04
171 110 0.43
172 121 0.47
173 14 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GCGAGTAATAAGGCTTTCCAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTGATATCTT
TTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAACATAAAAAGAAT
TCAATTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACTATTTAAA
Found at i:20177 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 19975--20301 Score: 345
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
19965 TTTGAAGCAC
*** ** *
19975 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCGATGAATATCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCGACTATAAATGAAATTTTCTTACCAATGAATATCTTTTT
20040 CTTCATGTTTCCTGAGGCAGACAATCAATTATTATCCGTTTTAACC-AAAACATAAAAAAATTCA
66 CTTCATGTTTCCTGAGGCAGACAATCAATTATTATCCGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCA
20104 ATCTAAAATAAATTA-TGAGATTATAANNNNNNNNNNAGCGA
131 ATCTAAAATAAATTATTG-GATTATAA----------AGCGA
** * * *
20145 GTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGCA-TGACTATAAATGAAATTTTCTTACCAATGGATATCTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG-AGCGACTATAAATGAAATTTTCTTACCAATGAATATCTTTT
* * * * * * *
20209 TCTTCATGTTTCTTGGGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAGCCAAAAACGTAAAAAACTTC
65 TCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACAATCAATTATTATCCGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTC
* *
20274 AATTTAAAATCAATTATTGGATTATAAA
130 AATCTAAAATAAATTATTGGATTATAAA
20302 AATATTGAAA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 20, Indels: 15
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
170 93 0.69
171 38 0.28
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCGACTATAAATGAAATTTTCTTACCAATGAATATCTTTTT
CTTCATGTTTCCTGAGGCAGACAATCAATTATTATCCGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCA
ATCTAAAATAAATTATTGGATTATAAAGCGA
Found at i:20879 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 20659--22524 Score: 1520
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 171
20649 NNNNNNNNNN
* * * *
20659 TATCTTTTTCTTTATGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATGTA
1 TATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAACGTA
* ** * * * *
20723 AAAAAATTTAAAATAAAATTAATTGTGAGATTATAAAAACATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTT
65 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
20788 GAAGTCCTAGATGATTATAAACAGACTTTTCTTACCAATGGA
130 GAAGTCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGA
20830 TATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGAG-AAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CAAAAAAAC-
1 TATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAG-GCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATC--AAAAACG
* * * * *
20892 TAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATT-TTAAAATATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTT
63 TAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* *
20956 TTGAAGCCATGGGTGACTATAAATAGAACTTTT-TTGCCAATGGA
128 TTGAAGTCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGGA
* * * * * * * *
21000 TATCTTTTTCTTCATGCTTCTTGAAGCAGACATTCAAGTATTATTTGTTTTAGTCAAAAATGTAA
1 TATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAACGTAA
* * * ***********
21065 AAAACTTCAATTCAAAATAAATTATTG-GATTATAAAANNNNNNNNNNTGAGTAATAAGGCTTTT
66 AAAAATTCAATTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* *
21129 GAAGTCATAGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTACCAATGGA
130 GAAGTCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGA
* * * * * * * **
21171 CATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATATAA
1 TATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAACGTAA
* * *******
21235 AAATATTCAATATAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAANNNNNNN
66 AAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
*** * * * *
21299 NNNGGCATGGGTGACTATACATGGACTTTTCTTGCCAATGGA
130 GAAGTCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGA
* * * * ****
21341 TATCTTTTTCTTTATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAT-AAAAANNNNN
1 TATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAA-CGTA
***** * * * * * ** *
21405 NNNNNATTCAAGTTAAAATCAATTACGAGATTCTAAAACAAATTT-AGGC-ACAAAATAATGCTT
65 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-ACATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTT
* * * **
21468 TTGAAGGCATGGGTGATTATAAAT-GAACTTTTGTTACCAATAAA
128 TTGAAGTCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGGA
** * * *
21512 TGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCT-AGGCAAACATTC-ATTGATTAT-TTTTTTAAAT-TAAAATG
1 TATCTTTTTCTTCATGTTT-CCTGAGGCAAACATTCAATT-ATTATCTGTTTT-AATCAAAAACG
* ** * *
21573 TAAAAATATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTT
63 TAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * ** * ** *
21637 TCGAAGGCAAGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGCTGATGAA
128 TTGAAGTCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGA
******** * * * *
21681 TATCTTTTTCNNNNNNNNNNT-C-AAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAACGT
1 TATCTTTTTC--TTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAACGT
** * * * * *
21744 AAAAAAATTCAAAATAAAATTAATTATGGGATTAT-AAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGCATT
64 AAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
21808 TGAAGTCCTAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGA
129 TGAAGTCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGA
* * * *
21851 TATCATTTTCTTCATGCTTCTTGAGAG-AAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CAAAAAAGGT
1 TATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAG-GCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATC-AAAAACGT
* * * * *
21914 AAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAAATATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTT
64 AAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
21979 TGAAGTTATGGGTGACTATAAGTAGAAC-TTTCTTGCCAATTGA
129 TGAAGTCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGGA
* * * * *
22022 TATCTTTTTCTTCATGCTTCTTGAAGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAGTCAAAAACGTAA
1 TATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAACGTAA
* * * * * * **********
22087 AAAACTTTAACTTAAAATAAATTATTG-GATTATAAAAACATTGAAAGTGAGTAANNNNNNNNNN
66 AAAAATTCAATTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
22151 GAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGG
130 GAAGTCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGA
* *
22193 CATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGAG-AAACATTCAATTATTACCTGTTTTAA-CTAAAAACGT
1 TATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAG-GCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATC-AAAAACGT
* * * * * *
22256 AAAACAATTCAATCTAAAATTAATTATGAGATTTTAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT
64 AAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
*
22321 TGAAGTCATGGGTGACTATAAAT-GAAGTTTTCTTACCAATGGA
129 TGAAGTCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGGA
* * * * * **
22364 TACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAATAGTCAATTATTATCTGTTTTAGCCAAAAACGTAA
1 TATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAACGTAA
* * * * *
22429 AAAACTTCAATTTAAAATCTATTATGGGATTATAAAAACATTGAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTG
66 AAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* *
22494 AAGTTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
131 AAGTCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
22525 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1329, Mismatches: 319, Indels: 94
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 85 0.06
170 475 0.36
171 737 0.55
172 25 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAACGTAA
AAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGTCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGA
Found at i:21282 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 20659--22524 Score: 1611
Period size: 341 Copynumber: 5.5 Consensus size: 339
20649 NNNNNNNNNN
* * * * *
20659 TATCTTTTTCTTTATGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATGTA
1 TATCTTTTTCTTCATGCTTCTTGAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAGTCAAAAACGT-
* * * * * * * **
20723 AAAAAATTTAAAATAAAATTAATTGTGAGATTATAAAAACATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTT
65 AAAAAACTTCAATTAAAATAAATTATGGGATTAT-AAAA-ATTAAAAATGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
20788 GAAGTCCTAGATGATTATAAACAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTG
128 GAAGTCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGACATCTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * *
20853 AGAGAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAAACTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATT
193 AGAGAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAATA-TAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATT
* * *
20918 ATGAGATTTT-AAAATATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGCCATGGGTGACTATAAATAG
257 ATGAGATTTTAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-G
20982 AACTTTT-TTGCCAATGGA
321 AACTTTTCTTGCCAATGGA
* * *
21000 TATCTTTTTCTTCATGCTTCTTGAA-GCAGACATTCAAGTATTATTTGTTTTAGTCAAAAATGTA
1 TATCTTTTTCTTCATGCTTCTTGAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAGTCAAAAACGTA
* ********
21064 AAAAACTTCAATTCAAAATAAATTATTGGATTATAAAANNNNNNNNNNTGAGTAATAAGGCTTTT
66 AAAAACTTCAATT-AAAATAAATTATGGGATTATAAAA--ATTAAAAATGAGTAATAAGGCTTTT
* *
21129 GAAGTCATAGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTACCAATGGACATCTTTTTCTTCATGTTTCCTA
128 GAAGTCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGACATCTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * * * * *
21194 AG-GTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAATAAAAATATAAAAATATTCAATATAAAATCAATT
193 AGAG-AAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATT
* * ********** * *
21258 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAANNNNNNNNNNGGCATGGGTGACTATACATGG
257 ATGAGATTTTAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGA
21323 ACTTTTCTTGCCAATGGA
322 ACTTTTCTTGCCAATGGA
* * * *
21341 TATCTTTTTCTTTATG-TT-TTCTAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAT-AAAAANNN
1 TATCTTTTTCTTCATGCTTCTT-GAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAGTCAAAAA--C
******* * * * * ** * ** *
21403 NNNNNNNA-TTCAAGTTAAAATCAATTACGAGATTCTAAAACA--AATTTAGGCACAAAATAATG
63 GTAAAAAACTTCAA-TTAAAATAAATTATGGGATTATAAAA-ATTAA-AAATG-A-GTAATAAGG
* * * * *
21465 CTTTTGAAGGCATGGGTGATTATAAAT-GAACTTTTGTTACCAAT--AAATGGCTTTTTCTTCAT
123 CTTTTGAAGTCATAGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGGACAT--CTTTTTCTTCAT
* * * * **
21527 GTTTCCCT-AG-GCAAACATTC-ATTGATTAT-TTTTTTAAATTAAAATGTAAAAATATTCAGCT
185 GTTT-CCTGAGAG-AAACATTCAATT-ATTATCTGTTTT-AATAAAAATATAAAAAAATTCAATT
* * * * * *
21588 TGAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTTCGAAGGCAAGGGTG
246 TAAAATCAATTATGAGATTTTAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
*** ** *
21652 ACTATAAATGGGTTTTTCTTGCTGATGAA
311 ACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGA
********** * * **
21681 TATCTTTTTC-NNNNNNNNNNTCAAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAACGTA
1 TATCTTTTTCTTCATGCTTCTTGAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAGTCAAAAACGTA
* * * * * *
21745 AAAAAATTCAAAATAAAATTAATTATGGGATTATAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGCATTTG
66 AAAAACTTC-AATTAAAATAAATTATGGGATTATAAAA-ATTAAAAATGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * *
21810 AAGTCCTAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTCATGCTTCTTGA
129 AAGTCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGACATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGA
* *
21875 GAGAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAA-AGGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATT
194 GAGAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAATA--TAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATT
* * ** *
21939 ATGAGATTTTAAAAATATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGTTATGGGTGACTATAAGTAG
257 ATGAGATTTTAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-G
*
22004 AAC-TTTCTTGCCAATTGA
321 AACTTTTCTTGCCAATGGA
22022 TATCTTTTTCTTCATGCTTCTTGAA-GCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAGTCAAAAACGTA
1 TATCTTTTTCTTCATGCTTCTTGAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAGTCAAAAACGTA
* * * * **********
22086 AAAAACTTTAACTTAAAATAAATTATTGGATTATAAAAACATTGAAAGTGAGTAANNNNNNNNNN
66 AAAAACTTCAA-TTAAAATAAATTATGGGATTAT-AAAA-ATTAAAAATGAGTAATAAGGCTTTT
* * * *
22151 GAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGGCATCTTTTTCTTCATGTTTCCTG
128 GAAGTCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGACATCTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* ** * * *
22216 AGAGAAACATTCAATTATTACCTGTTTTAACTAAAAACGTAAAACAATTCAATCTAAAATTAATT
193 AGAGAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATT
* *
22281 ATGAGATTTTAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGTCATGGGTGACTATAAATGA
257 ATGAGATTTTAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGA
* *
22346 AGTTTTCTTACCAATGGA
322 ACTTTTCTTGCCAATGGA
* * * * * *
22364 TACCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGCAAATAGTCAATTATTATCTGTTTTAGCCAAAAACGTA
1 TATCTTTTTCTTCATGCTTCTTGAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAGTCAAAAACGTA
** * ** *
22428 AAAAACTTCAATTTAAAATCTATTATGGGATTATAAAAACATTGAAAGCGAGTACTAAGGCTTTT
66 AAAAACTTCAA-TTAAAATAAATTATGGGATTAT-AAAA-ATTAAAAATGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
22493 GAAGTTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
128 GAAGTCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
22525 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1207, Mismatches: 273, Indels: 89
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 83 0.07
340 234 0.19
341 541 0.45
342 342 0.28
343 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
TATCTTTTTCTTCATGCTTCTTGAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAGTCAAAAACGTA
AAAAACTTCAATTAAAATAAATTATGGGATTATAAAAATTAAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAA
GTCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGACATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGA
GAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGA
GATTTTAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTT
TTCTTGCCAATGGA
Found at i:22965 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 22788--23577 Score: 462
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 161
22778 ATGGATATCT
* * * *
22788 TTTTCTTTAAT-TTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAACTATAAAAA
1 TTTTC-TTAATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAACTATAATATGTTTTAACCAAAAAC-ATAAAAA
* * * * * *
22851 CATTCGACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAGGCGAGTAAAAAGGCTTCTGAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTCTCAAG
22916 -CTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
129 TC-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
* * * * *
22949 NNNNNNNNNNTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAACTATTATCTGTTTTAACCCAAAA
1 ----------TTTTCTTAATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAACTATAATATGTTTTAACCAAAAA
* * * *
23014 CATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGAGTGTAATAAGGC
56 CATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAAAAAGGC
* *
23079 TTTTCAAGTCATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGATA
121 TTCTCAAGTCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC-------A
* * * * * * ***
23127 TCTTTCTCTTCATGATTCATAAGGCAGATCA-TCAATTATTACCCGTTTTAACCAAAAACATAAA
1 --TTT-TCTTAATGTTTCCTAAGGCA-AACATTCAACTATAATATGTTTTAACCAAAAACATAAA
* * * * * * *
23191 AAAATTTAATTTAAAATCAATTATG-GGATTATAAGAATATTTAAA-ATGAGTAATATGGCTTTT
62 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG-TTATAAAAACATTTAAAGA-GAGTAAAAAGGCTTCT
* * * **
23254 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTGTGTTGCTAATGGATATA
125 CAAGTCATGGGTGACTATAAATAGAC-T-T-TT-CT--T-G--CCA
* * * * * * *
23300 TTTTTCTTTATGTTTCATGAA-ACAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCCAAAACATAAAAA
1 -TTTTCTTAATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAACTATAATATGTTTTAACCAAAAACATAAAAA
* * * * * * * *
23364 AATTTAATTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAACAGTTAAAGAGTGTAATAAGGCTTTTCAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTCTCAAG
*
23429 TCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATA
129 TCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC-------A
* * * * * * *
23469 TCTTTCTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACCATT-AATTATTATCTGTTTTATCCAAAAACATAAA
1 --TTT-TCTTAATGTTTCCTAAGGCA-AACATTCAACTATAATATGTTTTAACCAAAAACATAAA
* * * * *
23533 AAATTTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
62 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAA
23578 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 74, Indels: 76
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
167 2 0.00
168 2 0.00
169 2 0.00
170 18 0.04
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173 2 0.00
174 2 0.00
175 2 0.00
177 1 0.00
178 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TTTTCTTAATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAACTATAATATGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTCTCAAGTC
ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
Found at i:23307 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 22959--23577 Score: 1040
Period size: 342 Copynumber: 1.8 Consensus size: 342
22949 NNNNNNNNNN
* **
22959 TTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAACTATTATCTGTTTTAACCCAAAACATAAAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCATGAAACAAACATTCAACTATTATCTGTTTTAACCCAAAACATAAAAAAA
* * *
23024 TTTAATTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGAGTGTAATAAGGCTTTTCAAGTC
66 TTTAATTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAACAGTTAAAGAGTGTAATAAGGCTTTTCAAGTC
* *
23089 ATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTCTCTTCATGATTCATAAGGCAG
131 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTCTCTTCATGATTCATAAGGCAG
* *
23154 ATCATCAATTATTACCCGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGGGA
196 ACCATCAATTATTACCCGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGA
*
23219 TTATAAGAATATTTAAAATGAGTAATATGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTGT
261 TTATAAAAATATTTAAAATGAGTAATATGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTGT
23284 GTTGCTAATGGATATAT
326 GTTGCTAATGGATATAT
* *
23301 TTTTCTTTATGTTTCATGAAACAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCCAAAACATAAAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCATGAAACAAACATTCAACTATTATCTGTTTTAACCCAAAACATAAAAAAA
23366 TTTAATTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAACAGTTAAAGAGTGTAATAAGGCTTTTCAAGTC
66 TTTAATTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAACAGTTAAAGAGTGTAATAAGGCTTTTCAAGTC
* * * *
23431 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTCTCTTCATGTTTCCTGAGGCAG
131 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTCTCTTCATGATTCATAAGGCAG
* * * * *
23496 ACCATTAATTATTATCTGTTTTATCCAAAAACATAAAAAATTTTAATTTAAAATCAATTATGAGA
196 ACCATCAATTATTACCCGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGA
23561 TTATAAAAATATTTAAA
261 TTATAAAAATATTTAAA
23578 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 22, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
342 255 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
TTTTCTTCATGTTTCATGAAACAAACATTCAACTATTATCTGTTTTAACCCAAAACATAAAAAAA
TTTAATTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAACAGTTAAAGAGTGTAATAAGGCTTTTCAAGTC
ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTCTCTTCATGATTCATAAGGCAG
ACCATCAATTATTACCCGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAAATATTTAAAATGAGTAATATGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTGT
GTTGCTAATGGATATAT
Found at i:24037 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23752--24069 Score: 469
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
23742 NNNNNNNNNN
* * * * * * **
23752 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTTCTGAGGTAGA
1 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTGTCTTCATGTTTCCTGAGACAGA
* *
23817 CATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAACATTAAAAAAATCAATTTAAAATCAATTATGAGAT
66 CATTCAATTATTAACTGTTTTAACCAAAAACATGAAAAAAATCAATTTAAAATCAATTATGAGAT
*
23882 TATAAAAATATTTAAAGAGTGTAATAAGACTTTTCAAGTCA
131 TATAAAAACATTTAAAGAGTGTAATAAGACTTTTCAAGTCA
23923 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTGTCTTCATGTTTCCTGAGACAGA
1 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTGTCTTCATGTTTCCTGAGACAGA
* * * *
23988 CCA-TCAGTTATTAACTGTTTTAACCAAAAATA-GAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATGAG
66 -CATTCAATTATTAACTGTTTTAACCAAAAACATGAAAAAAA-TCAATTTAAAATCAATTATGAG
24051 ATTATAAAAACATTTAAAG
129 ATTATAAAAACATTTAAAG
24070 CGAGTNNNNN
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 15, Indels: 4
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.05
171 121 0.93
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTGTCTTCATGTTTCCTGAGACAGA
CATTCAATTATTAACTGTTTTAACCAAAAACATGAAAAAAATCAATTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAAACATTTAAAGAGTGTAATAAGACTTTTCAAGTCA
Found at i:26078 original size:148 final size:149
Alignment explanation
Indices: 25913--26185 Score: 413
Period size: 148 Copynumber: 1.8 Consensus size: 149
25903 CGTTTTTGGC
* * * *
25913 TAAAACGGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCTTTGGCAAGA
1 TAAAACAGATAAAAATTGAATGTCTGCATCAAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCTTTGGCAAGA
* *
25978 AAATTTCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTAATCGCTATAAAT-ATTTTTAAAA
66 AAATTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTAATCGCTATAAATGATTTTTAAAA
26042 TTTTTTTACATTTTTTTAT
131 TTTTTTTACATTTTTTTAT
*** *
26061 TAAAACAGATAAAAATTGAATGTCTGCATTGGGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCTTTGGCAAGA
1 TAAAACAGATAAAAATTGAATGTCTGCATCAAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCTTTGGCAAGA
* * * *
26126 AAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATGATTTT
66 AAATTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTAATCGCTATAAATGATTTT
26186 ATAACCTCTT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 14, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
148 105 0.95
149 5 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (149 bp):
TAAAACAGATAAAAATTGAATGTCTGCATCAAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCTTTGGCAAGA
AAATTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTAATCGCTATAAATGATTTTTAAAA
TTTTTTTACATTTTTTTAT
Found at i:26328 original size:319 final size:323
Alignment explanation
Indices: 25724--26665 Score: 841
Period size: 319 Copynumber: 2.9 Consensus size: 323
25714 TTAACTTGAA
* * * * * * *
25724 TTTTTATATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGAATTAGAAAACCTGAACAAAA
1 TTTTTAAAT-TTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCATTGGAAAACGTGAAGAAAA
** * * * ** * **
25789 AGATATCCATTGATAAGAAAAGTCTGTTAATAGTCAGCCATGACTTTAAAAGTCTTATTACCCGC
65 AGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGC
* * * ** ** *
25854 TTTTAAT-ATTTTTATAATCC-CATAATTGATTTTGAA-TAGAAGTGTTTTACGTTTTTGGCTAA
130 TTTAAATGA-TTTTATAA-CCTCTTAATTGATTTT-AAGTTGAA-T-TTTTATATTTTTTACTTA
* * * * *
25916 AACGGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACA-TGAAGAAAAAGATATCCTTTGGCAAGAAA
190 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-AGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
* * * **
25980 ATTTCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTAATCGCTATAAAT-ATTTT-T-A-A-
254 A-GTCATTTATAGTCACCCATCACTTCAAAAGCCTTAGTAATCAATATAAATAATTTTATAACAT
26040 AA-T-T
318 AATTAT
* * * *
26044 TTTTTACATTTTTTTATTAAAACAGATAAAAATTGAATGTCTGCATTGGGAAACGTAAAGAAAAA
1 TTTTTAAATTTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCATTGGAAAACGTGAAGAAAAA
* ** * * *
26109 GATATCCTTTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAATTGCT
66 GATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCT
26174 TTAAATGATTTTATAACCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATCATTTTATATTTTTTACTTAAACA
131 TTAAATGATTTTATAACCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTATATTTTTTACTTAAACA
*
26239 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTGC
194 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT-C
* * * *
26304 ATGTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCAATTTAAATAATTTTATAATCTCATAA
258 ATTTATAGTCACCCATCACTTCAAAAGCCTTAGTAATCAATATAAATAATTTTATAA---CATAA
26369 TTGAT
320 TT-AT
* * * * *
26374 TTTAAGTTAAATTTTTTAATATATTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAA
1 TTT---TTAAA-TTTTT--T-TA----T-T-AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCATTGGAAA
* * * *
26439 ACGTGAAGAAAAAGAAATCCATTGTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAGC
53 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
* * * *
26504 CTTATTACTAGGTTTAAATGATTTTATAACTTCTTAAAT-ATTTTAAGTTAAATTTGTGTATATT
118 CTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAACCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T-TATATT
* * * * * * * *
26568 TTTTA-TTAAAATAGATTATAATTAAATATATACTTCGAGAAACGTAAAAAAAAAGATATCCATT
181 TTTTACTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATT
* *
26632 GGCACGAAAAGTCTATTTATACTCACCCA-CACTT
245 GGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATCACTT
26666 TTAAAAACCT
Statistics
Matches: 504, Mismatches: 84, Indels: 47
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
318 7 0.01
319 236 0.47
320 14 0.03
321 1 0.00
322 1 0.00
326 1 0.00
327 2 0.00
328 1 0.00
330 4 0.01
333 4 0.01
334 5 0.01
336 1 0.00
337 2 0.00
340 2 0.00
341 9 0.02
342 96 0.19
343 118 0.23
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (323 bp):
TTTTTAAATTTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCATTGGAAAACGTGAAGAAAAA
GATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCT
TTAAATGATTTTATAACCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATATTTTTTACTTAAACAGA
TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCATT
TATAGTCACCCATCACTTCAAAAGCCTTAGTAATCAATATAAATAATTTTATAACATAATTAT
Found at i:26350 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 26043--27581 Score: 1284
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 168
26033 TTTTTAAAAT
* * * * * * * * * *
26043 TTTTTTACATTTTTTTATTAAAACAGATAAAAATTGAATGTCTGCATTGGGAAACGTAAAGAAAA
1 TTTTTTATA-TTTTTTATT-AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAA
* * * * *
26108 AGATATCCTTTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAATTGC
64 AGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
26173 TTTAAATGATTTTATAACCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAA
129 TTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* *
26214 TCATTTTATATTTTTTACTTAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAA
1 T-TTTTTATATTTTTTA-TTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAA
* * * * * **
26279 AGATATCCATTGGTAAGAAAAGTGCATGTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCAA
64 AGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
*
26344 TTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
129 TTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* *
26385 TTTTTTAATATATTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAACGTGAAGAA
1 TTTTTT-ATAT-TTTTTAT-TAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAA-GTGAAGAA
* * * * *
26449 AAAGAAATCCATTGTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTA
62 AAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
26514 GGTTTAAATGATTTTATAA-CTTCTTAAAT-ATTTTAAGTTAAA
127 GCTTTAAAT-ATTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
26556 TTTGTGTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATATATACTTCGAGAAACGTAAAAAAAA
1 TTT-TTTATATTTTTTATT-AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAA
* * * * ** * ** *
26621 AGATATCCATTGGCACGAAAAGTCTATTTATACTCACCCACACTTTTAAAAACCTTATTA-TCCG
64 AGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-CG
* * * * *
26685 CTTTAACTGTTTTTACAATCTCATAATTGA-CTT--GTAGAA
128 CTTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
26724 GTTTTTTATATTTTTTATTACAATAGATTTTAATTGAATGCCTACCTCGAGAAAAATGTAAAGAA
1 -TTTTTTATATTTTTTATTA-AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAAA-GTGAAGAA
** ** * * *
26789 AAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTTTACTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGACTTATTACTC
62 AAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
** * *
26854 ATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAA
127 GCTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * * * ** * * * *
26897 TTTTTTCACATTTTTGGGTAAAAGAGATAATAATTGAATGTCTGTCTCAACAAATGTAAAGAAAA
1 TTTTTT-ATATTTTT-TATTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAA
* * * * * * * *
26962 AGCTATTCATTGCTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCATTCGAAAGCTTTATTACTCGG
64 AGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
27027 TTTAAATAATTTTAT-ATCCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
129 TTTAAAT-ATTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
********* * *
27068 TTTTTTTATATTTTTTATTANNNNNNNNNNTAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAA
1 -TTTTTTATATTTTTTATTA-AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAA
* *
27133 AGATATCCATTGGTAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCAATCCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
64 AGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* **********
27198 ATTTAAATAGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAA
128 CTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
27240 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAATAAAA
1 -TTTTTTATATTTTTTATT-AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAA
* ** * * * * * * * *
27305 AGATCTTTATAGATAA-AAATA-TTCATTTATAGTCTCTCATGCCATCGAAAGTCTTATTACTAG
64 AGATATCCATTGGTAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
27368 CCTTAAATATTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA
128 CTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * * * *
27410 TTTTTTTATATTTTTGGTGAAAAGAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACA-TGAAGAAA
1 -TTTTTTATATTTTTTAT-TAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-AGTGAAGAAA
* * * * * *
27474 AAGATATTCATCGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCCATGCC-TCTAAAGCTTTATTACTCG
63 AAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* *
27538 CTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAA
128 CTTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
27580 TT
1 TT
27582 CATTGGTAAG
Statistics
Matches: 1090, Mismatches: 240, Indels: 78
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 42 0.04
169 9 0.01
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173 37 0.03
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTTATATTTTTTATTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAG
ATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:27363 original size:683 final size:682
Alignment explanation
Indices: 26098--27581 Score: 1522
Period size: 683 Copynumber: 2.2 Consensus size: 682
26088 ATTGGGAAAC
* *
26098 GTAAAGAAAAAGATATCCTTTGGCAAGAAAA-TTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
1 GTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-C
* * * * * *
26162 TTATTAATTGCTTTAAAT-GATTTTATAACCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATCATTTTATATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATT
* * * * * *
26226 TTTTACTTAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
127 TTTGACTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAACAAAAGTAAAGAAAAAGATATCCATTG
* * *
26291 GTAAGAAAAGTGCATGTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCAATTTAAATAATTT
192 CTAAGAAAAGTCCATGTATAGTCACCCATCCATTCAAAAGCCTTAGTACTCAATTTAAATAATTT
26356 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATATTTTTATAAAAATAGATTATAATT
257 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATATTTTTATAAAAATAGATTATAATT
*
26421 GAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGAAATCCATTGTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
322 GAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGAAATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
26486 ATCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTAGGTTTAAATGATTTTATAACTTCTTAAATATTTTAAG
387 ACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTAGATTTAAATGATTTTATAACTTCTTAAATATTTTAAG
* * *
26551 TTAAATTTGTGTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATATATACTTCGAGAAACGTAAA
452 TTAAATTTGTGTATATTTTTTATTAAAATAAAATATAATTAAATATATACCTCGAGAAACGTAAA
* * * ** *
26616 AAAAAAGATATCCATTGGCACGAAAAGTCTATTTATACTCACCCACACTTTTAAAAACCTTATTA
517 AAAAAAGATATCCATAGACACAAAAAGTCTATTTATACTCACCCACACCATCAAAAACCTTATTA
* * * * * * * *
26681 -TCCGCTTTAACTGTTTTTACAATCTCATAATTGACTT-GTAGAAGTTTTTTATATTTTTTATTA
582 CT-AGCCTTAAATATTTTTACAATATCATAATTAACTTAGTAGAAGTTTTTTATATTTTTGATGA
* * **
26744 CAATAGATTTTAATTGAATGCCTACCTCGAGAAAAAT
646 AAAGAGATAATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAAAAT
* * *
26781 GTAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTTTACTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGACT
1 GTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CT
** * *
26846 TATTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTT
** * ** * * *
26911 TGGGTAAAAGAGATAATAATTGAATGTCTGTCTCAACAAATGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGCT
129 TGACTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAACAAAAGTAAAGAAAAAGATATCCATTGCT
* * * * * * * **
26976 AGGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCATTCGAAAGCTTTATTACTCGGTTTAAATAATTTTA
194 AAGAAAAGTCCATGTATAGTCACCCATCCATTCAAAAGCCTTAGTACTCAATTTAAATAATTTTA
* * * **********
27041 T-ATCCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTTATTANNNNNNNNNNTAATTG
259 TAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATATTTTTATAAAAATAGATTATAATTG
* * *
27104 AATGTCTACCTCT-AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAGGTCCATTTATAGTC
323 AATGTCTACCT-TGAAAAACGTGAAGAAAAAGAAATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *********
27168 ACCCAATCCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAAT-AGTTTTATAA-TCTCNNNNNNNNNNT
387 ACCC-ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTAGATTTAAATGA-TTTTATAACT-TC-TTAAATATTT
* * * * * *
27231 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACG
448 TAAGTTAAATTTGTGTATATTTTTTATTAAAATAAAATATAATTAAATATATACCTCGAGAAACG
* * * ** * * * * * ** * **
27296 TGAATAAAAAGATCTTTATAGATA-AAAATATTC-ATTTATAGTCTCTCATGCCATCGAAAGTCT
513 TAAAAAAAAAGATATCCATAGACACAAAA-AGTCTATTTATACTCACCCACACCATCAAAAACCT
* * * *
27359 TATTACTAGCCTTAAATATTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
577 TATTACTAGCCTTAAATATTTTTACAATATCATAATTAACTT--AGTAGAAGTTTTTTATATTTT
* * * * *
27424 TGGTGAAAAGAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACAT
640 TGATGAAAAGAGATAATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAAAAT
* * * ** * *
27467 G--AAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCCATGCC-TCTAAAGCTT
1 GTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC-T
* *
27529 TATTACTCGCTTTAAATCA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAATT
65 TATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
27582 CATTGGTAAG
Statistics
Matches: 646, Mismatches: 139, Indels: 32
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
682 84 0.13
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684 123 0.19
686 51 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (682 bp):
GTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTT
ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTG
ACTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAACAAAAGTAAAGAAAAAGATATCCATTGCTAA
GAAAAGTCCATGTATAGTCACCCATCCATTCAAAAGCCTTAGTACTCAATTTAAATAATTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATATTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAAT
GTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGAAATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTAGATTTAAATGATTTTATAACTTCTTAAATATTTTAAGTTAA
ATTTGTGTATATTTTTTATTAAAATAAAATATAATTAAATATATACCTCGAGAAACGTAAAAAAA
AAGATATCCATAGACACAAAAAGTCTATTTATACTCACCCACACCATCAAAAACCTTATTACTAG
CCTTAAATATTTTTACAATATCATAATTAACTTAGTAGAAGTTTTTTATATTTTTGATGAAAAGA
GATAATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAAAAT
Found at i:27464 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 26122--27581 Score: 603
Period size: 170 Copynumber: 8.5 Consensus size: 170
26112 ATCCTTTGGC
** * * * * * *
26122 AAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCCATGCC-TCGAAAGCTTTATTACTAGCCTTAAATCATTTTA
** * * * ** * * *
26187 TAACCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATCATTTTATATTTTTTACTTAAACAG--ATTATAATTG
65 TAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TGAAA-AGAAAATATAATTG
* * *
26250 AATGTCTACCTCGAGAAA-AGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGT
128 AATGTCTACCTCGAGAAACA-TGAAGAAAAAGATATTCATAGAT
** * * * * * * ** *
26293 AAGAAAAGTGCATGTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCA-ATTTAAATAATTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCCATGCC-TCGAAAGCTTTATTACT-AGCCTTAAATCATTTT
* * * * * * * *
26357 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATATTTTT-ATAAAAATAGATTATAATT
64 ATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTT--TATATTTTTGATGAAAAGAAAATATAATT
* * * * * * *
26421 GAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGAAATCCATTGTT
127 GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATAGAT
* * * * ** *
26465 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTAGGTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCCATGCC-TCGAAAGCTTTATTACTAGCCTTAAATCATTTTA
* * * * * * * * * * * *
26530 TAACT-TCTTAAAT-ATTTTAAGTTAAATTTGTGTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAA
65 TAA-TATCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATGAAAAGAAAATATAATTGA
* * * * * * * * **
26593 ATATATACTTCGAGAAACGTAAAAAAAAAGATATCCATTGGC
129 ATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATAGAT
* * * * * ** * ** * * * * * **
26635 ACGAAAAGTCTATTTATACTCACCCACACTTTTAAAAACCTTATTA-TCCGCTTTAACTGTTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCCATGC-CTCGAAAGCTTTATTACT-AGCCTTAAATCATTTT
* * * * * * * * * * * * *
26699 ACAATCTCATAATTGACTT---GTAGAAGTTTTTTATATTTTTTATTACAATAGATTTTAATTGA
64 ATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATGAAAAGAAAATATAATTGA
* * * * *
26761 ATGCCTACCTCGAGAAAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATTGAC
129 ATGTCTACCTCGAGAAACATG--AAGAAAAAGATATTCATAGAT
*** * * * **
26805 AAGAAAAGTTTACTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGAC-TTATTACTCA-TTTTAAAT-AGTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCCATGCC-TCGAAAG-CTTTATTACT-AGCCTTAAATCA-TT
* * * * * * * * *
26867 TTATGATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTG-GGTAAAAG-AGATAATAA
62 TTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATG-AAAAGAAAAT-ATAA
** * * ** * * * *
26930 TTGAATGTCTGTCTCAACAAATGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGCT
125 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATAGAT
* * * * * ** *
26976 AGGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCATTCGAAAGCTTTATTACTCGGTTTAAATAATTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCCATGC-CTCGAAAGCTTTATTACTAGCCTTAAATCATTTTA
* * * * * **********
27041 T-ATCCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTANNNNNNNNNNTAATTGA
65 TAAT-ATCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATGAAAAGAAAATATAATTGA
* * * * *
27105 ATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGT
129 ATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATAGAT
* * * * * * **
27147 AAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCAATCCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAAT-AGTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCC-ATGCC-TCGAAAGCTTTATTACTAGCCTTAAATCA-TTT
* ********* * * *
27211 TATAATCTCNNNNNNNNNNTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAAATATAATT
63 TATAATATC-ATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATGAAAAGAAAATATAATT
* * * *
27275 GAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAATAAAAAGATCTTTATAGAT
127 GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATAGAT
** *
27319 AA-AAATA-TTCATTTATAGTC-TCTCATGCCATCGAAAG-TCTTATTACTAGCCTTAAAT-ATT
1 AAGAAA-AGCCCATTTATAGTCAGC-CATGCC-TCGAAAGCT-TTATTACTAGCCTTAAATCA-T
* *
27379 TTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTGAAAAG-AGATAATAA
61 TTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATGAAAAGAAAAT-ATAA
* * * *
27443 TTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATCGGT
125 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATAGAT
* * *
27489 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCCATGCCTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATCATTTTAT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCCATGCCTCGAAAGCTTTATTACTAGCCTTAAATCATTTTAT
* * *
27554 AATCTCATAATTGATTTCAAGCTGAATT
66 AATATCATAATTAATTTCAAGTTGAATT
27582 CATTGGTAAG
Statistics
Matches: 1013, Mismatches: 230, Indels: 93
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 49 0.05
169 16 0.02
170 355 0.35
171 315 0.31
172 224 0.22
173 54 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCCATGCCTCGAAAGCTTTATTACTAGCCTTAAATCATTTTAT
AATATCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATGAAAAGAAAATATAATTGAAT
GTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATAGAT
Found at i:28348 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 27662--28839 Score: 720
Period size: 169 Copynumber: 6.9 Consensus size: 168
27652 TAGAATTTCG
* * * * * * *
27662 TAATTGATTTTAACTTAAATTTTTGTATTTTTTTATTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTGCCT
1 TAATTGATTTTAA-GTAAATTTTTTTATATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * * *
27727 TGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATTA-TCACCTATGCCTT
65 CGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA-TAGTCACCCACGCC-T
* ** * ******
27791 TGAAAGCCTTGTTAATCGCTTTAAATGATTTTATANNNNNN
128 TCAAAGCCTTAATAATAGCTTTAAATGATTTTATAACCTCC
**** * * *
27832 NNNNTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATTTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * * **
27897 TCGAG-AA-AT-GTGCAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATATATAGTCACCCGTGCCT
64 TCGAGAAACATAAAG-AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCT
* *** * * *
27959 TCAAAAACCTTGGCACTCA-CTTTAAATAATTTTATAACCTCA
128 TC-AAAGCCTTAATAAT-AGCTTTAAATGATTTTATAACCTCC
* * * * *
28001 TAATTAATTATAAGTTAAATTTTTTTGTATTTTTTTATAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAG-TAAA-TTTTTT-TATATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
28066 ATCGAGAAACATAAAGAAAAAGAAATGCTTTGGTAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCT
63 CTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCT
*
28131 TCGAAGCCTTAATAATAGCTTTAAATGATTTTATAACCTCC
128 TCAAAGCCTTAATAATAGCTTTAAATGATTTTATAACCTCC
* *
28172 TAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCT
1 TAATTGATTTTAAGT-AAATTTTTTTATATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
28237 CGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGTCTTC
65 CGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCTTC
* * * *********
28302 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG-TTTTNNNNNNNNNN
130 -AAAGCCTTAATAATAGCTTTAAATGATTTT-ATAACCTCC
* *
28342 TAATTGACTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTT-TTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCT
1 TAATTGATTTTAAGTA-AATTTTTTTATATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* ** * * *
28406 TGAGAAACGCAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATGCCTTN
65 CGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCTT-
*********** * * * * *
28471 NNNNNNNNNNNTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
129 CAAAGCCTTAATAATAGCTTTAAATGATTTTATAACCTCC
* * * * ** * * * *
28511 TAAATGATTTTAAGTTGAATTATTTCACGTTTTTAGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATC
1 TAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * ** * * * * * * * *
28576 TCAACAAATGTGAGGAAAAAGCTATTCATT-GCTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCAT
64 TCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCT
* * * * * *
28640 TCGAAAGCC-TAATTACTCGATTTAAATGATTTTGTATCCTCA
128 TC-AAAGCCTTAA-TAATAGCTTTAAATGATTTTATAACCTCC
*** * * *
28682 TAATTGATTTTAAGTTGGGTTTTTTTTATTCTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAG-T-AAATTTTTTTA-TATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC
** * * * ** * * **
28747 CTCGAGAAATGTGAAGAAAAATATTTCCATTAACAA-AAAAGGTCCATTTATAGTCACCTATACC
63 CTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACCCACGCC
* * *
28811 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
127 TTC-AAAGCCTTAATAATAGCTTTAAATG
28840 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 200, Indels: 56
0.75 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 293 0.38
170 129 0.17
171 198 0.25
172 144 0.18
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TAATTGATTTTAAGTAAATTTTTTTATATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
GAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACGCCTTCA
AAGCCTTAATAATAGCTTTAAATGATTTTATAACCTCC
Found at i:29101 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 27662--29103 Score: 930
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 170
27652 TAGAATTTCG
* * * * * * *
27662 TAATTGATTTTAACTTAAATTTTTGTAT-TTTTTTATTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
27726 TTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATTA-TCACCTATGCCT
66 TTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATGCCT
* * * ******
27790 TTGAAAGCCTTGTTAATCGCTTTAAATGATTTTATANNNNNN
130 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCA
**** * * * *
27832 NNNNTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATTTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
27897 -T-CGAGAA-ATG-TGCAAAAAGATA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCTATATATAGTCACCCGTGC
66 TTAGGA-AACATGAAG-AAAAAGATATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * *** * * *
27957 CTTCAAAAACCTTGGCACTCACTTTAAATAATTTTATAACCTCA
128 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCA
* * * * * *
28001 TAATTAATTATAAGTTAAATTTTTTTGTATTTTTTTATAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * * * *
28065 CATCGAGAAACATAAAGAAAAAGAAATGCTTTGGTAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
65 CTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * *
28130 TTCG-AAGCCTTAATAATAGCTTTAAATGATTTTATAACCTCC
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCA
** * *
28172 TAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * *
28236 -TCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGTCT
66 TTAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * *********
28300 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTNNNNNNNNNN
130 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTT-ATAATCTCA
* * *
28342 TAATTGACTTTAAGTAGAATTTTTTTATA-TTTTT-TTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
*** * *
28405 TT-GAGAAACGCAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATGCCT
66 TTAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
************
28469 TNNNNNNNNNNNNTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
130 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCA
* * * ** * * * *
28511 TAAATGATTTTAAGTTGAATTATTTCA-CGTTTTTAGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC
* ** ** * * * *
28575 CTCAACAAATGTGAGGAAAAAGCTATTCATT-GCTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCA
65 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
28639 TTCGAAAGCCTAATTACTCGATTTAAATGATTTTGT-ATCCTCA
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAAT-CTCA
** * *
28682 TAATTGATTTTAAGTTGGGTTTTTTT-TATTCTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-T-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA
* ** * ** *
28746 CC-TCGAGAAATGTGAAGAAAAATAT-TTCCATTAACAA-AAAAGGTCCATTTATAGTCACCTAT
64 CCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATT-CATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCAT
* * ************
28808 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNNN
126 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCA
********* * * * * *
28854 NNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTACG
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
* ** * * *
28919 TCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAA-AAAAGGTCCATTTATAGTTATCCATACCT
66 TTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* *
28983 TCGAAATCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
130 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCA
* * *
29025 TAATTGATTTTATGTTGAATTTATTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
29090 TTAGGAAACATGAA
66 TTAGGAAACATGAA
29104 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 960, Mismatches: 274, Indels: 75
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 299 0.31
170 119 0.12
171 372 0.39
172 155 0.16
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
TTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCA
Found at i:30218 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 30036--30704 Score: 517
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 171
30026 NNNNNATATA
* * * * *
30036 AAAATATTTAACTTAAAATTAATTAGGAGGTTATAAAATTATTTAAAGCTAGTAATAGGGCTTTC
1 AAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTC
* * *
30101 AAAGGCAAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCTAATGAATTTCTTTTTCTTCACGTTTCTC
65 AAAGGCAAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCC
* * * * *
30165 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAATAAAAAATGTA-
129 AAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAAATGTAT
* *
30207 AAACAATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGTTTATAAAATCATTTAAAGCAATTAACAAGGCTTTC
1 AAA-AATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTC
*** * *
30272 AAAGGTGTGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCA
65 AAAGGCAAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCA
* *
30337 AAGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAT
130 AAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAAATGTAT
* * * * * * * * * ******
30379 AAAAATTTAAGTTAAAATCAATTACGAGCTTCTAAAAACATTTTAGGCACA-AAATAAGNNNNNN
1 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCA-AGTAACAAGGCTTTC
**** * * ** * * * *
30443 NNNNGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TAGTTTTTCTTTAGGTTTTCC
65 AAAGGCAAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAT-CTTTTTCTTCACGTTTCCC
* * * * * ** *
30507 TAGGCAAACA-TCAGTTATTATTTGTTTAAATTAAAAAT-TTT
129 AAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAAATGTAT
* * ** * * * * *
30548 AAAATATTCAGCTCGAAATCAATTATGAGATTTTAAAATCATTTAAAG-AGAGTAATAAAGCTTT
1 AAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCA-AGTAACAAGGCTTT
* * * * * * * *
30612 CGAAGGCACGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCACCGATGAATATCTTTTTC-TCTATGTTTCT
64 CAAAGGCAAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTC-ACGTTTCC
* * *
30676 CAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTT
128 CAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
30705 TAACTAANNN
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 99, Indels: 20
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.02
170 114 0.29
171 260 0.67
172 6 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAAAATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCA
AAGGCAAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAA
AGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAAATGTAT
Found at i:32124 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 31611--32126 Score: 491
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 167
31601 NNNNNNNNNN
* *
31611 CTTTCGAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTTCTTTTTCTTCATGTT
1 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATATCTTTTTCTTCATGTT
* * * * * * *
31676 TCTCGAGGTAGACAATCAATTATAATATGTTTTTATAAACAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAA
65 TCTC-AAGCAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAATAAA-AAATATAAAAAAATTTAGCTTAAAA
* *
31741 TCAATTATGA-AGTTATAAAATTATTTAAAGTGAGTACTAAGA
128 TCAATTATGAGA-TTATAAAA-TATTTAAAG-GAGTAATAAGG
* * *
31783 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTA-AACATGGACTTTTTTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTCATAT
1 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAA-ATGGACTTTTCTTG-CAATGAATATCTTTTTCTTCATGT
* ** * * *
31847 TTTTCAAGACAGACATTCAATTATTATTCATTTTAATAAAAAATGTATAAAAATTCAAG-TTAAA
64 TTCTCAAG-CAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT-TAGCTTAAA
* * * * **
31911 ATGAATTACGAGATTCTAAAATCATTT-TAGGTACAAAATAAGG
127 ATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGG-A-GTAATAAGG
* * * ** * *
31954 CTTTTGAAGGCATGGGTGATTATGAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCATCAGGTT
1 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATATCTTTTTCTTCATGTT
* * * * * *
32019 TCCCTAAGCAAACATTTAGTTATTATTTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTAGCTTGAAAT
65 TCTC-AAGCAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAGCTTAAAAT
*
32084 TAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
129 CAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAG-GAGTAATAAGG
32125 CT
1 CT
32127 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 55, Indels: 29
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 7 0.03
171 173 0.63
172 93 0.34
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT
CTCAAGCAGACATTCAATTATTATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAGCTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAATATTTAAAGGAGTAATAAGG
Found at i:33810 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 33515--34737 Score: 1132
Period size: 171 Copynumber: 7.2 Consensus size: 170
33505 NNNNNNNNNN
* * * * * *
33515 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTAATAAAATCATTGAAAACAAGTAATAA
1 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
33580 GGCTTTTAAATGCGTGGGTGACTATAAA-GGAATTTTTCCTAG-CAATGAATAGT-TTTTTCTTT
66 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG-ACTTTT-CTTGCCAATGAATA-TCTTTTTCTTC
* ** * * *
33642 ATGTTTGTAGAGACAGACACTCAATTATTATCTGTTTTACCTAA
128 ATGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAA
* * * * *
33686 AAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
1 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
* ** * * *
33751 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGAGTATAGGTAGACTTTTCCTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATG
66 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATG
* *
33816 TTTCCCA-AGGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
131 TTT-CTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* * **
33856 CAAATAAAAAAAAATTCT-ACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAATGTTTAAAGCGAGTAAT
1 -AAATATAAAAAAATT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
33920 AAGGCTTTTGAAGGCGTGGATGACTATGAATGGACTTTTATTGTCAATGGATATCTTTTTCTTCA
64 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA
* * * *
33985 TGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTCTGAATAAAA
129 TGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT--AA
* * ** * *
34029 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGGTTAT-AAAATTTCTTAAAGCAAGTACTA
1 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACAT-TTAAAGCGAGTAATA
* * * *
34093 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCAT
65 AGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAT
*
34158 GTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAATAAA
130 GTTTCT-AGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AA
* * * **
34200 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTAGGAGGTTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAA
1 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *** * *
34265 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCGGGTGGATATCTTTTTTTTCATG
66 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATG
* ** * * *
34330 TTTCTTGAGACA-AGCATTCAATTATTATCTGTGTTAGCTAA
131 TTTCTAGAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAA
* * * *
34371 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAAACATTTAAAACGAGTAATAA
1 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
34436 GGCATTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTATTGTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACG
66 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATG
********** * *
34501 TTTCNNNNNNNNNNCATTCAATTATAATCTATTTGAATAAA
131 TTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AA
* * * * * *
34542 AAATGTAAAAAACTTTTACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGAATATTTAAAGCGAGTAATAA
1 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
********** * * *
34607 GGCTTTTGAAGGCNNNNNNNNNNATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCAATATCTTTTTCTTGACG
66 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATG
* * * * * *
34672 TTTCCAGAGGTAAATATTCTATTATTATCTATTTTAGA-AA
131 TTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAA
* *
34712 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
1 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAT
34738 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 859, Mismatches: 174, Indels: 39
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 33 0.04
171 676 0.79
172 148 0.17
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATG
TTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
Found at i:34490 original size:514 final size:512
Alignment explanation
Indices: 33515--34619 Score: 1240
Period size: 514 Copynumber: 2.2 Consensus size: 512
33505 NNNNNNNNNN
* *
33515 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTAATAAAA-TCATTGAAAACAAGTAATA
1 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATTC-TT-AAAGCAAGTAATA
* * * * *
33579 AGGCTTTTAAATGCGTGGGTGACTATAAAGGAATTTTTCCTAGCAATGAATAGTTTTTTCTTTAT
64 AGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAGGAATTTTTCCTAGCAATGAATAGTATTTTCTTCAT
* * ** *
33644 GTTTGTAGAGACAGACACTCAATTATTATCTGTTTTACCTAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAA
129 GTTTCTAGAGACAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
33709 AATCATTTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAGT
194 AATAAATTAGGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT
** ** *
33774 ATAGGTAGACTTTTCCTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGGCATTCAATT
259 ATAAATAGACTTTTCCTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAAGCATTCAATT
* * * * *
33839 ATAATCTGTTTTAATAACAAATAAAAAAAAATTCTACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAAT
324 ATAATCTGTGTTAATAACAAATAAAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAAAC
* * * * * * * *
33904 GTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGGATGACTATGAATGGACTTTTATTGTCAATG
389 ATTTAAAACGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTATTATTGCCAATG
* * *
33969 GATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTCTGAATAAAA
454 AATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATCTGAAT-AAA
* *
34029 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGGTTATAAAATTTCTTAAAGCAAGTACTAA
1 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-TTCTTAAAGCAAGTAATAA
* * *
34094 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG-ATTTTT-CTTGCCAATGGATA-TCATTTTCTTC
65 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA-GGAATTTTTCCTAG-CAATGAATAGT-ATTTTCTTC
** * *
34156 ATGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAAATAAAAAATATAAAAAAATTTAAC
127 ATGTTTCT-AGAGACAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAAC
** **
34219 TTAAAATAAATTAGGAGGTTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
190 TTAAAATAAATTAGGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
** * *** * * ***
34284 GACTATAAAT-GAACTTTTTTTGCGGGTGGATATCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGACAAGCATT
255 GACTATAAATAG-ACTTTTCCTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAAGCATT
* * **
34348 CAATTATTATCTGTGTTAGCTAA-AAATGTAAAAAAATT-TAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
319 CAATTATAATCTGTGTTA-ATAACAAATAAAAAAAAATTCT-ACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* * *
34411 AAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCATTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTATTGTT
382 AAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTATTATT
********** * *
34476 GCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCNNNNNNNNNNCATTCAATTATAATCTATTTGAATAA
447 GCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATCTGAATAA
34541 A
512 A
* * * * * *
34542 AAATGTAAAAAACTTTTACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGAATAT-TTAAAGCGAGTAATA
1 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA-AAT-TCTTAAAGCAAGTAATA
34606 AGGCTTTTGAAGGC
64 AGGCTTTTGAAGGC
34620 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 490, Mismatches: 89, Indels: 25
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 78 0.16
514 402 0.82
515 8 0.02
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATTCTTAAAGCAAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAGGAATTTTTCCTAGCAATGAATAGTATTTTCTTCATGT
TTCTAGAGACAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
TAAATTAGGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT
AAATAGACTTTTCCTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAAGCATTCAATTAT
AATCTGTGTTAATAACAAATAAAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAAACAT
TTAAAACGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTATTATTGCCAATGAA
TATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATCTGAATAAA
Found at i:36143 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 35533--36465 Score: 782
Period size: 169 Copynumber: 5.5 Consensus size: 171
35523 NNNNAGGTAA
** * *
35533 ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTTACTTAAAATAAATTAGGAGG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGA
* ** * * * *
35598 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGACAATCGAAGGCATCGGTGATTATAAATTGACTTT
65 TTATAAAATCATTTAAACCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGCATGGGTGAATATAAATAGACTTT
* * * * * *
35662 TCTTGCCAATGGATATCTTTTTTTTCATATTT-TTCAAGCTAG
129 TCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTCGAGATAG
* * * *
35704 ACATTCAATTATAAT-TTTTTTAATAAACAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATAAATTATGAGC
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGA
* * * * *
35768 TTATAAAATCATTTAAACCG-CTAATAATGCTTTTAAAAGCATGGGTGACA-ATAAATGGACTTT
65 TTATAAAATCATTTAAACCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGA-ATATAAATAGACTTT
* ** ** * * *
35831 TCCTAGTAATGAATGGCTTGTTCTTCATATTT-GTCGAGATAG
129 TCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTCGAGATAG
* * ** * * * * *
35873 ACATTCAATTATTATCTGTTTTACCCAAACATGTGAAAAAATT-AACTTAAAATCATTTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTA-ATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGA
********** * *
35937 TTATAAAANNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAATATAAGTAGACTTTT
65 TTATAAAATCATTTAAACCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGAATATAAATAGACTTTT
* * *
36002 CTTACCAATGAATATCTTTTTTTTCACGTTTCCT-GAGATAG
130 CTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTCGAGATAG
* * *
36043 TCATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAGTTAATTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGAT
* * * * * *
36107 TATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCGTGGATGACTATAAATGGACTTTT
66 TAT-AAAATCATTTAAACCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGAATATAAATAGACTTTT
* * * * * *
36171 CGTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTT-GAGGTAA
130 CTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTCGAGATAG
* * *
36212 ACATTTAATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTC-ACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATAAATTATGAG
* * * * * * *
36276 GTTATAGAATCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTAGAAA-AGAACTT
64 ATTATAAAATCATTTAAACCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGAATATAAATAG-ACTT
* * * * *
36340 TTCTTATCAATGAATATATTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGT-G
128 TTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTCGAGATAG
** * * * *
36382 AACAACCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATACAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTGTG
1 -ACATTCAATTATAATCTATTTTAAT--AAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATG
*
36446 AGGTTATAAAATCATTTAAA
62 AGATTATAAAATCATTTAAA
36466 GCAAGTACTA
Statistics
Matches: 609, Mismatches: 133, Indels: 39
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 227 0.37
170 179 0.29
171 140 0.23
172 48 0.08
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGAT
TATAAAATCATTTAAACCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGAATATAAATAGACTTTTC
TTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTCGAGATAG
Found at i:36196 original size:339 final size:330
Alignment explanation
Indices: 35530--36465 Score: 781
Period size: 339 Copynumber: 2.7 Consensus size: 330
35520 NNNNNNNAGG
* * * * *
35530 TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTTACTTAAAATAAATTAGG
1 TAAACATTCAATTATAATCTCTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
* * ** * * *
35595 AGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACAATCGAAGGCATCGGTGATTATAAATTGACT
66 A-G--AT----T-A--TAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGAATATAAATAGACT
* * * * * *
35660 TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTTTTCATATTTTTCAAGCTAGACATTCAATTATAATTTTTTT
121 TTTCTTACCAATGAATATCTTTTTTTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATTATTTT
* *
35725 AATAAACAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATAAATTATGAGCTTATAAAATCATTTAAACCGCT
186 AATAAACAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAACCGCT
* * *
35790 AATAATGCTTTTAAAAGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCCTAGTAATGAATGGCTTGTTCT
251 AATAAAGCTTTTAAAAGCATGGATGACAATAAATGGACTTTTCCTAGTAATGAATAGCTTGTTCT
*
35855 TCATATTTGTCGAGA
316 TCATATTTCTCGAGA
* * * * * * * * *
35870 TAGACATTCAATTATTATCTGTTTTACCCAAACATGTGAAAAAA-TTAACTTAAAATCATTTATG
1 TAAACATTCAATTATAATCTCTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
* *
35934 AGATTATAAAANNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAATATAAGTAGACT
66 AGATTATAAAA----------CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGAATATAAATAGACT
* * *
35999 TTTCTTACCAATGAATATCTTTTTTTTCACGTTTC-CTGAGATAGTCATTCAATTATAATCTATT
121 TTTCTTACCAATGAATATCTTTTTTTTCACATTTCTC-AAGATAGACATTCAATTATAAT-TATT
* * * *
36063 TTAATAAA-AATAT-AAAAAATTCAACTTAAAGTTAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGC
184 TTAATAAACAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAACC
* * * * * * *
36125 GAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCGTGGATGACTATAAATGGACTTTTCGT-GCTAATGGATATCTT
248 G-CTAATAAAGCTTTTAAAAGCATGGATGACAATAAATGGACTTTTCCTAG-TAATGAATAGCTT
* * * *
36189 TTTCTTCATGTTTCTTGAGG
311 GTTCTTCATATTTCTCGAGA
* * *
36209 TAAACATTTAATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTCACTTAAAATCAATTATG
1 TAAACATTCAATTATAATCTCTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
36274 AGGTTATAGAATCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTAGAAA-AGAAC
66 A-G--AT----T-A--TAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGAATATAAATAG-AC
* * * * * ** *
36338 TTTTCTTATCAATGAATATATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT-GAACAACCAATTATAATCTGT
120 TTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTTTTCACATTTCTCAAGATAG-ACATTCAATTATAAT-TAT
* * * * * * *
36402 TTTAATAAAAAAATACAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTGTGAGGTTATAAAATCATTTAAA
183 TTTAAT-AAACAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
36466 GCAAGTACTA
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 86, Indels: 63
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
329 4 0.01
331 1 0.00
332 1 0.00
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347 1 0.00
348 1 0.00
350 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
TAAACATTCAATTATAATCTCTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCA
ATGAATATCTTTTTTTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATTATTTTAATAAACAAT
ATAAAAAAACTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAACCGCTAATAAAGCTT
TTAAAAGCATGGATGACAATAAATGGACTTTTCCTAGTAATGAATAGCTTGTTCTTCATATTTCT
CGAGA
Found at i:37170 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 36635--37234 Score: 587
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 170
36625 NNNNNNNNNT
* **
36635 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTG
1 AAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * *
36700 CCAAGGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG-CAAACATTCAATTATTATTTGTTTTAACCA
64 CCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAGGACAAACATTCAATTATTATTTGTTTTAACTA
** *
36764 AAAACGTAAAAAAATTCTA-TTGAAAATCAATTATGAGATTATA
128 AAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * * *
36807 AAAACATTTAAAGCGAGTAAGAAGACTTTTGAGGGTATGGTTGGCTATAAATGGATTTTTTTTAC
1 AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * *
36872 TAATGAATACCTTTTTCTTCAGGTTT-TCCTA-GACAAACATTCAGTTATTATTTGTTTTAATTA
65 CAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCT-C-AGGACAAACATTCAATTATTATTTGTTTTAACTA
** * ***
36935 AAAATATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGATATTNNN
128 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
******* * * * **
36978 NNNNNNNTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGACTATAAATGGGCTTCCCTTGC
1 AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
37043 CAATGAACATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGACAAAAATTCAATTATCATCTGTTTTAACTAAA
65 CAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGACAAACATTCAATTATTATTTGTTTTAACTAAA
** *
37108 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAAAGGTTATA
130 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
37149 AAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGGTATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGC
1 AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* *
37214 CAATGGATATCTTATTCTTCA
65 CAATGAATATCTTTTTCTTCA
37235 CGGCTTTCGA
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 88, Indels: 17
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 4 0.01
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172 10 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
AATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGACAAACATTCAATTATTATTTGTTTTAACTAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
Found at i:37273 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 37172--37300 Score: 188
Period size: 64 Copynumber: 2.0 Consensus size: 64
37162 CAAGTAATAA
* *
37172 GGCTTCCGAAGGTATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTATTCTTCAC
1 GGCTTCCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAAATCTTATTCTTCAC
* ** *
37236 GGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGTAATGGAAATCTTTTTCTTCAC
1 GGCTTCCGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAAATCTTATTCTTCAC
37300 G
1 G
37301 TTTCTCGAGG
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 6, Indels: 2
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
64 57 0.98
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ACGTcount: A:0.22, C:0.16, G:0.23, T:0.38
Consensus pattern (64 bp):
GGCTTCCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAAATCTTATTCTTCAC
Found at i:37778 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 37236--38905 Score: 857
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 169
37226 TATTCTTCAC
* * * ** * *
37236 GGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGTAATGGAAATCTTTTTCTTCACG
1 GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATATCTTTTTCTTTACG
* * *
37301 TTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAATAT-ATAAAAAATTCAACTTAAA
66 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAA-ATGA-AAAAAATTCAACTTAAA
* * **********
37365 ATCAATTATAAAATTATAANNNNNNNNNNAGCGAGTAATAA
129 ATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
*
37406 GGCTTTTGAAGGCATCAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTT-ACCAATGGATATCTTTTT-TTTCA
1 GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGGATATCTTTTTCTTT-A
* * * ** * *
37468 TGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAATTTAATTTAA
64 CGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAATGA-AAAAAATTCAACTTAA
***********
37533 AATCAATTATGAGNNNNNNNNNNTATTTAAAGCGAGTAATAA
128 AATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
37575 GGCTTTTGAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGATAATGGATATCTTTTTCTTTACG
1 GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATATCTTTTTCTTTACG
* * * ** *
37640 TTTCTCAAGGCAGATATAAAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATTGAAAAAAATTCAACTTAAA
66 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CAAAAA-TGAAAAAAATTCAACTTAAA
* *
37705 ATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTATAGCGAATAATAA
129 ATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
37746 GG-TATTTGAAGGCGTGGGTGACTGTAAATGGACTATTCTTG-CAAATGAATATCTTTTTCTTCA
1 GGCT-TTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGAC-AATGGATATCTTTTTCTTTA
* * * *
37809 CGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTCAGTA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
64 CGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTA--ACAAAAATG-AAAAAAATTCAACTT
********** * * *
37873 AAAATNNNNNNNNNNATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATTA
126 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * * **
37917 GGCTTTTGAAGGTGTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTTATA
1 GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATATCTTTTTCTTTACG
* * * *
37982 TTTC-CAAAGGCAAACATTCTATTATTATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAACATAT-AACTTA
66 TTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC-AAAAATG-AAAAAAAT-TCAACTTA
* * *
38045 AAATCCATTATGAGATTATAAAAACATTGAAAGCAAGTAATAA
127 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *************************
38088 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATATCTTTTTCTTTACG
* * * * * * * *
38153 TTT-TCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTAAACATAA
66 TTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CAAAAAT-GAAAAAAATTCAACTTAA
* ********
38217 AATCAATTAAGAGATTAT-AAAAC-TNNNNNNNNNNAGTAATAA
128 AATCAATTATGAGATTATAAAAACAT--TTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * *
38259 GGCTTTTGAACGCATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCCT-AGCAATGAATAACTTTTTTTTTAT
1 GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGGATATCTTTTTCTTTAC
* * * * **
38323 GTTTGTCGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTGCCCAAAAATGTGAAAAAAATTCAACTTA
65 GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTT-AACAAAAA--TGAAAAAAATTCAACTTA
* ** **
38388 AAATCATTTATGAGATTATAAAATTATTTAAAAAGAGTAATAA
127 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
********** * ** ** * *
38431 GGC--TTNNNNNNNNNNGTGACTATAAGTATACTTTTCTTGTTAATGAATATCTTTTTC---ATG
1 GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATATCTTTTTCTTTACG
** ** * * *********
38491 TTTCTCAAATTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAANNNNNNNNNNTTAA
66 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CAAAAATGA-AAA-AAATTCAACTTAA
* * ** *
38555 AGTCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAATGTGTAATAA
128 AATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
38597 GGCTTTTCAAGGCGTGGGTGACAATAAATAGACTTTTCGT-ACCAATGGATATCTTTTTCTTCAC
1 GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGGATATCTTTTTCTTTAC
* * * * *
38661 GTTTCTCAAGGTAAACATTGAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAAACGTAAAAAAATTTAATTTN
65 GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-C-AAAAATG-AAAAAAATTCAACTTA
********* *
38726 NNNNNNNNNATGAGATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAA
127 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
38769 AGCTTTTGAAGCCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGGATATCTTTTTCTTTAT
1 GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGGATATCTTTTTCTTTAC
** * * * *
38832 GTTTCAGAAAG-AAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAATTCAAGTTA
65 GTTTCTCAAGGTAA-ACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC-AAAAATG-AAAAAAATTCAACTTA
*
38896 GAATCAATTA
127 AAATCAATTA
38906 CGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1109, Mismatches: 345, Indels: 92
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 4 0.00
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170 150 0.14
171 595 0.54
172 97 0.09
173 8 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATATCTTTTTCTTTACG
TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAA
Found at i:39574 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 39289--39663 Score: 459
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
39279 NNNNNNNNNN
* * * * *
39289 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAAATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATAAAATCATAAA
* * * * * *
39354 AACATTTAAGGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCCTGGCTGACTATAAATTGAGTTCGCCTATCA
66 AACATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGCTCACTATAAATGGACTTCGCCTACCA
* *
39419 AGGGATATCTTTTTCTTCATC-TTTCTCAAGGCAGACATTCA
131 AGAGATATCTTTTTCTTCA-CGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* * * *
39460 ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAACAAATT-TACTTAAAACCAATTATGAGATCATAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAACCAATTATAAAATCATAA
* * * * *
39524 AACCATTTAAAGTGAGTAATAGA-GCTTTCGAAGGCATGGGTCACTATAAATGGACTTCTCTTAC
65 AAACATTTAAAGCGAGTAATA-ATGCTTTCGAAGGCATGGCTCACTATAAATGGACTTCGCCTAC
* * *
39588 CAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCA
129 CAAGAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
* *
39631 ATTATAATTTGTTTGAATAAAAAATATAAAAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
39664 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 28, Indels: 7
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 164 0.95
172 6 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATAAAATCATAAA
AACATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGCTCACTATAAATGGACTTCGCCTACCA
AGAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCA
Found at i:40849 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 40453--41809 Score: 1074
Period size: 170 Copynumber: 8.0 Consensus size: 169
40443 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
40453 TTTTAGAATCTCGTAATTGATTCTAACTTGAATTTTTGTACATTTTTTGTTAAATCAGATAATAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAA
* * * * *
40518 TTGAATGTCTTCCTTCTA-AAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGG-AAGAAAAGTCGATTTAT
65 TTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAA-AAAAAGATATTCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* **********
40581 AGTCA-CCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGT
127 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT
* * *
40623 TTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAATTA-AATTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATAATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGAT-TT-AAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATA
* ** * * * *
40687 ATTCAATGTCTACCTTGAGAAAGGTGAGAAAAAAGATATTTATTGGTACGAAAAGTCTATTTATT
64 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * *
40752 GTCACCCACGCCTTGAAAAGCCTTATTGCAT-GCTTTAATTAT
128 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGT
* * * * *
40794 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTAGAATTATTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAA
* * * * ******
40859 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT--AAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTATACTNNNNNN
65 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
**** * **
40922 NNNNCATG--ATCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGT
130 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT
* ** * * *
40960 TTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGT-TCATTTTTTTCACATTTTTGGGTAAAACAGATAATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTAGAATTTTTTT-ATATTTTTTGTTAAAACAGATAATA
* * * * ** *
41024 ATTGAATGTCTGCCTCGACAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATT-GCTAGAAAGAGTCTATTTAT
64 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAA-AGTCTATTTAT
* ********** *
41088 AGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGG
127 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT
* * * *
41131 TTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTAAAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATT-GATTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAA
* * * ** * *
41196 TTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGTAAAAGATA-TCAATTGATAAGCAAAGTCCATTTATA
65 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAGATATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * *
41260 GTCACTCAAGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCCTTAAATAT
128 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT
* * *
41302 TTTTATAATTTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTGAAAACAGATAATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAA
* * * * *
41366 TTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAGAAAA-ATATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATA
65 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-A-AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * *
41430 GTTACCCATGCGTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG
128 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT
* * * * * * * *
41472 TTTTATAATCTCTTAATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTGTATTTTTTATTAAAATAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAA
* * * * *
41537 TTGAATGTCTA-CTTTAGGAAATATGAAGAAAAGATATCCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
65 TTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * *
41601 TCACCCAAGACTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGT
129 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT
* * *
41642 TTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGATAATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAG-TAGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATAATA
* * * * * * *
41706 ATTAAATGTCTATC-TCAGAAAACATGAACAAAAAGATATCCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTAT
64 ATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAA-AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
**
41770 AGTCACATATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
127 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
41810 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
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171 372 0.40
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAAT
TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT
Found at i:41474 original size:341 final size:338
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 4.0 Consensus size: 338
40443 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
40453 TTTTAGAATCTCGTAATTGATTCTAACTTGAATT-TTTGTACATTTTTTGTTAAATCAGATAATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTATTT-TATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * * *
40517 TTTGAATGTCTTCCTTCTA-AAACATAAAGAAAAAGATATCCATT-AGGAAGAAAAGTCGATTTA
65 ATTGAATGTC-TCCTT-GAGAAACATGAAG-AAAAGATAT-CATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTA
* **********
40580 TAGTCA-CCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGTTTTTATAATCTCATAATTGA-
125 TAGTCACCCAAGC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
40643 TGTTAAATTAAATTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTCAATGTCTACCTTGAGAA
189 TG-TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
** * * ** * * * * *
40708 AGGTG-AGAAAAAAGATATTTATTGGTACGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCACGCCTTGAAAAG
252 ACATGAAGAGAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
* * **
40772 CCTTATTGCAT-GCTTTAATTAT
317 CCTTATTAC-TCGCTTTAAATGG
* * *
40794 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTAGAATTATTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTATTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * *****
40859 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT-AA-AAAAGATATTCATT-AGCAAGAAAAGTATACTNNNNN
66 TTGAATGTCT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAGATA-TCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAG
***** * * ** * *
40921 NNNNNCATG-ATCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAAATGATTTTA
128 TCACCCAAGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTGTA
* * * * * *
40985 AGTT-CATTTTTTTCACATTTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCGACAAACAT
193 AGTTGAATTTTTTT-ATATTTTTGTG-AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* ** * * *
41049 AAAGA-AAAAGCCATTCATTG-CTAGAAAGAGTCTATTTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCT
256 GAAGAGAAAAGATATTCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
**********
41112 TATNNNNNNNNNNAAATGG
320 TATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
41131 TTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTAAAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTATTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * *
41196 TTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGTAAAAGATATCAATTGATAAGCAAAGTCCATTTATAG
66 TTGAATGTCT-CCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGATATC-ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * * * * *
41261 TCACTCAAGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCCTTAAATATTTTTATAATTTCATAATTGATTGT
128 TCACCCAAG-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTGT
* *
41326 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTGAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATG
192 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * *
41391 AAGAGAAAA-ATATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCATGCGTTCAAAAGCTTTA
257 AAGAGAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
41455 TTACTCGCTTTAAATGG
322 TTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * *
41472 TTTTATAATCTCTTAATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTGTATTTTTTATTAAAATAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTATTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * * *
41537 TTGAATGTCTACTTTAGGAAATATGAAGAAAAGATATCCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
66 TTGAATGTCTCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAGATAT-CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * *
41602 CACCCAAGACTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCACAATTGATT-TT
129 CACCCAAG-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTGTA
* * * *
41666 AGATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTATC-TCAGAAAACA
193 AG-TTGAATTTTTTTATATTTTTG-TGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACA
* * * **
41730 TGAACA-AAAAGATATCCATTGGA-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACATATGCCTTCAAAAGCC
255 TGAAGAGAAAAGATATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
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319 TTATTACTCGCTTTAAA
41810 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTATTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTCTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAGATATCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
CCCAAGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGT
TGAATTTTTTTATATTTTTGTGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
GAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGG
Found at i:42590 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 171
42283 NNNNNNAGTC
* * * * ** *
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1 ATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAG
* * * * *
42358 ACATTTATTTATTATCTATTTTAACCAAAAACACAAAAGAATTCAATTTAAACTAAATTATGAGA
66 ACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAGA
* ** * *
42423 TTATAAGAATATTTAAAGCAAGTAACAAGCCTTTTGAAGCT
131 TTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGCT
* *
42464 ATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGTGGATATCTTTTTTTTCATGTTTCCTGAGGCAG
1 ATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAG
* * *
42529 GCATTCAATTATTATCTATTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAATTTAAAATGAATTATGAGA
66 ACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAGA
* *
42594 TTATAAAAATATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAG-T
131 TTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGCT
* **********
42634 CAT-GGCTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTNNNNNNNNNN
1 -ATGGGC-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGC
* * ** *
42698 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAACAT-AAAAAATTCAATTCAAAACCATTTATGA
64 AGACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGA
* * *
42762 GGTTACAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGATTTTTGAAGGC-
129 GATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAA-GCT
* * **
42805 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGGCCAATGGATATCTTTTTGTTCATGTTTCCTGAGATA
1 ATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCA
* **
42869 GACATTCAAGTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAT
65 GACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAAT
42917 CCAAAATTAA
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 65, Indels: 14
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
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170 139 0.36
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ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAG
ACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAGA
TTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGCT
Found at i:43049 original size:148 final size:148
Alignment explanation
Indices: 42781--43049 Score: 380
Period size: 148 Copynumber: 1.8 Consensus size: 148
42771 AATATTTAAA
*
42781 GTGAGTAATAAGATTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGGCCAATGGATATCT
1 GTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGGCCAATGGATATCT
* * * *
42846 TTTTGTTCATGTTTCCTGAGATAGACATTCAAGTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
66 TTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAAGTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
42911 TTCAATCCAAAATTAATT
131 TTCAATCCAAAATTAATT
* * * *
42929 GTGAGTAATAACG-CTTTTGAAGTCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-GCTAATGGATAT
1 GTGAGTAATAA-GACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGGCCAATGGATAT
* * * * *
42992 CTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
64 CTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAAGTATAATCTATTTTAACAAAAAAT
43050 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 14, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
148 102 0.97
149 3 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.17, T:0.39
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GTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGGCCAATGGATATCT
TTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAAGTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
TTCAATCCAAAATTAATT
Found at i:43881 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 43704--44024 Score: 322
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
43694 NNNNNNNNNN
* * ** *
43704 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAATAATTTTACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACT-AATTATAAGATTATA
* * * * * **
43768 AAATCATTTAAAGCGAGTAAT-ACGATTTTCGAAGGCATGGGTCACTATAAGTAAACTTTTCTTA
65 AAAACATTTAAAACGAGTAATAACGATTTT-GAAGGCATAGGTCACAATAAATAAACTTTTAGTA
*
43832 CCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCNNNNNNNNNNCATTC
129 CCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC----------CATTC
*
43875 AATTATAATTTGTTTGAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACTAATTATAAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACTAATTATAAGATTATAA
* * * * * * * *
43940 AAACGTTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATAGGTGACAATAAATAGACTTTTAGTAGC
66 AAACATTTAAAACGAGTAATAACGATTTTGAAGGCATAGGTCACAATAAATAAACTTTTAGTACC
44005 AATGAATATCTTTTTCTTCA
131 AATGAATATCTTTTTCTTCA
44025 CGCTTCTTGA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 22, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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AATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACTAATTATAAGATTATAA
AAACATTTAAAACGAGTAATAACGATTTTGAAGGCATAGGTCACAATAAATAAACTTTTAGTACC
AATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCATTC
Found at i:45931 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 45902--45940 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
45892 GCGTGGGTGA
45902 CAATAAATGAACTTTTTCTAG
1 CAATAAATG-ACTTTTTCTAG
* *
45923 CAATGAATGGCTTTTTCT
1 CAATAAATGACTTTTTCT
45941 TTATGTTTAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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21 8 0.50
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CAATAAATGACTTTTTCTAG
Found at i:47213 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 47003--47612 Score: 685
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 171
46993 NNNNNNNNNN
* *
47003 CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAC
1 CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAA
* ** *
47068 AATTTTACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAGGGTTTTTGAAG
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* *
47133 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATTT
131 ACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAT
* * *
47174 CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCGATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAA
* * * * * * * * *
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* * * *
47303 GATATGGGAGACTATAAATGGACTTTCCTTG-CTAATGAATAT
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** * * * ** *
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1 CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCA-ATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAA
* * * ** *
47409 AAACTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATTAAAAACGTTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTT-
65 AAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGGTTTTTG
* * *
47473 AAGTCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATAT
128 AAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAT
* * * *
47517 CTTTTTCATCATGTTTC-CTGAGGCAGACATTCAATTATTATCTTTTTTAACCAAAAA-AGTAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATA-TAAA
*
47580 AAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATA
64 AAAACTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATA
47613 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 68, Indels: 22
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
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CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAA
AACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAGGGTTTTTGAAG
ACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAT
Found at i:49145 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 48847--49724 Score: 758
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48837 CTCGAGGCAA
* * * **
48847 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAACAATTTTACTTAAAA-CAAATTATGAG
1 ACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAG
* ** * * *
48911 ATTAT-ATAATCATTTAAAGAAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
65 ATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTT
** * *
48975 TTCTTATCAATGGATATCTTGTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
129 TTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
* * * * * *
49018 ACATTCGATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAATTTCAAATTAATTATGAGG
1 ACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
49083 TTAT-AAAATAATTGAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGTATGGGAGACTATAAATGGACTTT
66 TTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* **
49147 TCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTC-TATAGGTAG
130 TCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGGTAG
* * * * * * *
49189 ACATT-ATATTATAATCTGTTTAAATAAAAAATATAAAAATACTCAACTGAAAATCAATTATAAG
1 ACATTCA-ATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * ** *
49253 ATTATAAAAACGTTAAAAACGAGTAATAA-AGCTTTTTAA-GTCATAGGTGACTATAAATGGACT
65 ATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTTTCGAAGGT-ATGGGTGACTATAAATGGACT
********** * *
49316 TTTCTTGCCNNNNNNNNNNTTTTTCATCATGTTTCTTGAGGTAG
128 TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
* * * *
49360 ACATTCATTTATTATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAACTGAATTATGAG
1 ACATTCAATTATTATCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
49424 ATTATAAAAATGTTTAAAGCCAGTAATAATG-CTTTGGAA-GTCATGGGTGACTATAAATGGACT
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********** *
49487 TTNNNNNNNNNNGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAG
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* * * * *
49531 ATATTTAATTATTAT-TGGTTTTAA-CAAAAAACATAAAAAAATTCAA-TTCAAGACCAATTATG
1 ACATTCAATTATTATCT-GTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATG
* * * *
49593 AGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAAGG-ATGGGTGACTATAAATGGAC
63 AGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCG-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
49657 TTTTTTTGCCAATGGATATCTTTTTATTCATGTTTCTTGAGGCAG
127 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
* * *
49702 AAATTCAATTATTTTTTGTTTTA
1 ACATTCAATTATTATCTGTTTTA
49725 GCTANNNNNN
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ACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
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48844 CAAACATTCA
* * * * * ** * * *
48854 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAACAATTTTACTTAAAACAAATTATGAGATTAT-AT
1 ATTATAATCTGTTTAAACAAAAAACATAAAAAAACTCAACTCAAAACCAATTATGAGATTATAAA
* * **
48918 AATCATTTAAAGAAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC
66 AAT-ATTTAAAGAGAGTAATAGGGCTTTTGAAGG-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * **
48983 AATGGATATCTTGTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCGATTATTATCTGTTTTAATCAAAA
129 AATGGATATCTTTTTATTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTC-ATTATTATCTGTTTTAATCAAAA
* * *
49048 ATATAAAAAAACTCAATTTCAAATTAATTATGAGGTTATAAAATAATTGAAAGCGAGTAATAAGA
193 ATATAAAAAAACTCAATTTCAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTGAAAGCCAGTAATAAGA
49113 CTTTCGAAGGTATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATT
258 CTTTCGAAGGTATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATT
49178 TCTATAGGTAGACATTAT
323 TCTATAGGTAGACATTAT
* * * * * *
49196 ATTATAATCTGTTTAAATAAAAAATATAAAAATACTCAACTGAAAATCAATTATAAGATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTAAACAAAAAACATAAAAAAACTCAACTCAAAACCAATTATGAGATTATAAA
** * ** * * *
49261 AA-CGTTAAAAACGAGTAATAAAGCTTTTTAAGTCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
66 AATATTTAAAGA-GAGTAATAGGGCTTTTGAAG-GATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
**********
49325 NNNNNNNNNNTTTTTCA-TCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCATTTATTATCTGTTTTAA-CTAA
129 AATGGATATCTTTTT-ATTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCA-TTATTATCTGTTTTAATC-AA
* * *
49388 AAATATAAAAAAATTCAATTT-AAACTGAATTATGAGATTATAAAA-ATGTTTAAAGCCAGTAAT
191 AAATATAAAAAAACTCAATTTCAAA-TGAATTATGAGATTATAAAATA-ATTGAAAGCCAGTAAT
* * ********** *
49451 AATG-CTTTGGAA-GTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTNNNNNNNNNNGGATATCTTTTTCTT
254 AA-GACTTTCGAAGGT-ATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTT
** *
49514 CATGTTTCT-TGAGGTAGATATT-T
317 CACATTTCTAT-AGGTAGACATTAT
* * * * *
49537 AATTATTAT-TGGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAATTCAAGACCAATTATGAGATTATA
1 -ATTATAATCT-GTTTAAACAAAAAACATAAAAAAACTCAACTCAAAACCAATTATGAGATTATA
* *
49601 AAAATATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAAGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGC
64 AAAATATTTAAAGAGAGTAATAGGGCTTTTG-AAGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
49666 CAATGGATATCTTTTTATTCATGTTTCTTGAGGCAGAAATTCAATTATTTTTTGTTTTA
128 CAATGGATATCTTTTTATTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTC-ATTATTATCTGTTTTA
49725 GCTANNNNNN
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 94, Indels: 34
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.37
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ATTATAATCTGTTTAAACAAAAAACATAAAAAAACTCAACTCAAAACCAATTATGAGATTATAAA
AATATTTAAAGAGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
TGGATATCTTTTTATTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATA
TAAAAAAACTCAATTTCAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTGAAAGCCAGTAATAAGACTT
TCGAAGGTATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCT
ATAGGTAGACATTAT
Found at i:50523 original size:171 final size:161
Alignment explanation
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Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
50500 NNNNNNNNNN
* * * *
50510 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACTTTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTTGAAATCTTGGATG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACTTTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGATA
* * * *
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* ** *
50640 ATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATACAAAAAAAACTCAACA
131 ATCATAATCTG-TTT--T-----A-AC-AAAAAATGT-AAAA
* * * * * * * *
50682 TAAAATTAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACTTTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGAT-
* * * * * * *
50747 AA-TATAAATGGACTTTTCCTAG-CAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTT-GTCGAGACAGACAT
65 AACTATAAACGGACTTCT-CTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGACAGACAT
* * *
50809 TCAATTACT-ATCTGTTTTACCCAAAAATGTGAAAA
128 TCAATCA-TAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAA
50844 AATTCAACTT
Statistics
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TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACTTTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGATA
ACTATAAACGGACTTCTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGACAGACATTCA
ATCATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
Found at i:50755 original size:172 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 170
50199 NNNNNNNNNN
*
50209 ATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGC-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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1 ATAAGGCTTTTGAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGGATATCTTTTTCT
* * * ** *********
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64 TCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAAC
* * * * *
50509 NTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACTTTTAAAGTGAGAA
129 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
50551 ATAAGGCTTTTGAAATCTTGGATGGCTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTG-AAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
* * * * ** *
50616 CATGTTTCCTGAGATAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATACAAAAAAAACTCAAC
65 CATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATA-AAAAAAAATTCAAC
* * *
50681 ATAAAATTAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
129 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTA
* * * * **
50723 ATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCCTAG-CAATGAATGGCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTGAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGGATATCTTTTTCT
* * * ** * * ***
50787 TTATGTTTGTCGAGACAGACATTCAATTACTATCTGTTTTACCCAAAAATGTGAAAAAATTCAAC
64 TCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAAC
* * **
50852 TTAAAA-TATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTA
129 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTA
* * ** * * * * *
50893 ATAAGGCTTTTG-ATCATGGGTGACTATAAGTATATTTTTTTTGCTAATGAATATC--ATT-TTC
1 ATAAGGCTTTTGAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC
* * * ** * **********
50954 ATGTTT-TTCGAGGTAGGCATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATANNNNNNNNNNACT
66 ATGTTTCTT-GAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACT
* * * *
51018 TAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAATCGTGTA
130 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
51059 ATAAGGCTTTTCATG-ATGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGGATATCTTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGCA--TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCT
* * * * *
51123 TCACGTTTCTTCAGGTAGACATTGAATTATTATCTGTTCTAACCAAAAACGTAAAAAAAAATTTA
64 TCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAA--TAAAAAAAAATTCA
* * *
51188 ATTTAAAACTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTA
127 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTA
* *
51232 ATAAGGTTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
* * * * * * * * * * *
51296 CACGTTTC-AGAAAGAAAACATTCAAATATTATCCGTTTTAACAAAAAATATACAAAAATTCAAG
65 CATGTTTCTTG-AGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAAC
* *
51360 TTAGAATCAATTA
129 TTAAAATTAATTA
51373 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
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175 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC
ATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTT
AAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTA
Found at i:51293 original size:508 final size:505
Alignment explanation
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Period size: 508 Copynumber: 2.3 Consensus size: 505
50199 NNNNNNNNNN
*
50209 ATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGC-ATAGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
** * * *
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65 CATAGTTCCTAAGACAGACATTCAATTACTATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACT
* **
50339 TAAAACTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTA
130 TAAAACTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAAAGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTA
* * *
50404 ACTATCAACGGACTTTTTTTGCTCATGGATATCTTTTTGTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCA
195 ACTATCAACGGACTTTTTTTGCTAATGAATATC-TATTGTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCA
* * * ***
50469 ATCATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
259 ATCATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA-------ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * *
50534 AACTTTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTTGAAATCTTGGATGGCTATAAATGGACTTCTCTTGCCA
317 AACATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTTCAAATCGTGGATGACTATAAATAGACTTCTCGTACCA
* * * * **
50599 ATGGATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGATAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAA
382 ATGGATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTCAGATAGACATTGAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAA
* * *
50664 TACAAAAAAAACTCAACATAAAATTAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
447 TACAAAAAAAACTCAACATAAAACTAATTAAGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTA
* * * * * * **
50723 ATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCCTAG-CAATGAATGGCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTGAA-GCATAGGTGACTATAAATGGA-TTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCT
* ** * * ** *
50787 TTAT-GTTTGTCGAGACAGACATTCAATTACTATCTGTTTTACCCAAAAATGTGAAAAAATTCAA
64 TCATAGTTCCT-AAGACAGACATTCAATTACTATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAA
* * * *
50851 CTTAAAA-TATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTG-A-TCATGGG
128 CTTAAAACTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAAAGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
* * * * *
50913 TGACTAT-AA-GTATATTTTTTTTGCTAATGAATATC-ATT-TTCATGTTT-TTCGAGGTAGGCA
193 TAACTATCAACG--GACTTTTTTTGCTAATGAATATCTATTGTTCATGTTTCTT-GAGGCAGACA
* * *** *
50973 TTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATANNNNNNNNNNACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
255 TTCAATCATAATCTATTTTAACAAAAAATATA-------AAAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
51038 TAAAAACATTTAAA-TCGTGTAATAAGGCTTTTCATGAT-GTGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
313 TAAAAACATTTAAAGT-GAGAAATAAGGCTTTTCA-AATCGTGGATGACTATAAATAGACTTCTC
* * * * *
51101 GTACCAATGGATATCTTTTTTTTCACGTTTCTTCAGGTAGACATTGAATTATTATCTGTTCTAAC
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* * ** *
51166 CAAAAACGTA-AAAAAAAATTTAATTTAAAACTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAG
441 CAAAAA--TACAAAAAAAACTCAACATAAAACTAATTAAGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAG
51230 TA
504 TA
*
51232 ATAAGGTTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAA-GCATAGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
* ** * * * * * * *
51296 CA-CGTTTCAGAAAGA-AAACATTCAAATATTATCCGTTTTAACAAAAAATATACAAAAATTCAA
65 CATAG-TTC-CTAAGACAGACATTCAATTACTATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAA
51359 GTTAGAATCA
Statistics
Matches: 513, Mismatches: 102, Indels: 48
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (505 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGCATAGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC
ATAGTTCCTAAGACAGACATTCAATTACTATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTT
AAAACTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAAAGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAA
CTATCAACGGACTTTTTTTGCTAATGAATATCTATTGTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAT
CATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAA
AGTGAGAAATAAGGCTTTTCAAATCGTGGATGACTATAAATAGACTTCTCGTACCAATGGATAGC
TTTTTCTTCACGTTTCCTCAGATAGACATTGAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATACAAAAAA
AACTCAACATAAAACTAATTAAGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTA
Found at i:52803 original size:171 final size:171
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52042 NNNNNNNNNA
* * * * * * * **
52052 ATTCAATTGTTATCTGTTTTAATAAAAAATGTACAAAAATTGAAGTTAGAATCAATTACGCTATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** * **
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66 ATAAAATCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TGACTATAAATAG-ACTTT
* * * * * *
52179 T-CTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCAGGTTT-TCCTAGAAAAAC
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* * * * * * * *
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** * * ** ****
52286 TATAAACCCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTNNNN
65 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTC
****** * * * * *
52351 NNNNNNATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTTAGAGGCAGTC
130 CTAGCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAGAC
* * * **********
52393 ATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTNNNNNNNNNNATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
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66 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGAC--TTTT
** * * * * ** *
52523 TTTACCAATGGATATATTTTTCTTCAGGTTTCTCGAGGTAGAT
129 CCTAGCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAGAC
* * *
52566 ATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATAT-AAAAAATCTCAAGTTAAAATCAATTATGAGGT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * * *
52629 TATAAAATTATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAATGCATAGGTGACTTTAAATAGACTTTTT
65 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * ** ** * *
52694 TTAGTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTGTTGAGACAGAC
130 CTAGCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAGAC
* * * * * * *
52736 ATTTAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTCAACCTAGAATCAATTATGAGGTT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
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** * * ** *
52864 CCTAGCAATGAATGGCATTTTCTTCATGTTTGTTAAGACAAAC
129 CCTAGCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAGAC
* * *** * *
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1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
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66 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCC
* ** **
53036 TTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGTAGGT
131 TAG-CAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGACAGAC
* * * ** * *
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1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
****************** *
53314 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAATGGACTTTT-C
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* * * * * **
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* ** ** * * * *
53484 TATAAAATTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGGTGGCTATAAGTGGACTTTTC
65 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * ** *
53549 CT-GTCAATGAATCTCTTTTTTTTCATATTTCTCGAGGTAAAC
130 CTAG-CAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAGAC
* * * * *
53591 ATTAAATTATAATCTGTTTCAATAAAAATTATATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATG-T
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GAT
* * * ** * * *
53655 TATAAAATCATTTAAACCAAGTAATAA-GCTTTCGAACACATGGGTAACTATAAATGGACCTTTT
65 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGA-CTTTT
* * *
53719 -CTAGCAATGAATGGT-TTTTTCTTCTTGTTTGTCGAGACAGAC
129 CCTAGCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAGAC
* * * **********
53761 ATTCAATTATTATCTGTTTCAATAAAAAATGTAAAAAAACTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** * * *
53826 ATAAAATTATTTAAACCGAGTGATAAGCCTTTCAAACGTATAAGTGACTATAAAT-GAACTTTTC
66 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAG-ACTTTTC
* * *
53890 CTAGCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGGCAGAC
130 CTAGCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAGAC
* * * * * * * * *
53932 ACTCAATTATTATCTGTTTTACTCAAAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAATTATTTATGAGATG
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** *
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66 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * *
54061 TTACCAATGAATATCTTTTTTTTCATGTTTCCCGAGACAGGC
130 CTAGCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAGAC
* * ** *
54103 ATTAAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAACAAATTCAGTTTAAAGTCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
54168 ATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCTAAGGGAT-GAGTGACTATAAATAGACTTTT
66 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATAG-GTGACTATAAATAGACTTTT
** ** *
54231 CCT-GTCAAT-AGATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGAT
129 CCTAG-CAATGA-ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAGAC
* * * * * * * *
54274 ATTTAAGTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACTCAAAATCAATTACGACATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** *
54339 ATAAAACCA-TTAAAGTGACTCATAAGGCTTCCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATTA-A-TTGTT
66 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAA-TAGACTT-TT
* * * * * **
54401 -CTTGCCAATGGATATTTTTTTCTTCTTGTTTTTCGAGGTAGAC
129 CCTAG-CAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAGAC
* * * * *
54444 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAATAAATTTAACTCAAAATCAA-TATGATATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *** * * * * *
54508 ATAAAATTATTTAACGCGAGTAATACGGCTTCCAAAGACATGGGTAACTATAAATATACTCTT-C
66 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCC
* * * * *
54572 TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCCTAT-TTTCT-AAGGCAAAC
131 TAG-CAATGAATATCTTTTTCTT-C-ATGTTTCTCGAGACAGAC
* * ** * * *********** *
54614 ATTCCATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGCATAAAAATTCAAGNNNNNNNNNNTTACGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
54679 CTAAAA-CTATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGATAACTATAAATATACTTTT
66 ATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TGACTATAAATAGACTTTT
********* * * * *
54742 -CTNNNNNNNNNNTATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAAC
129 CCT-AGCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAGAC
* * * * * *
54785 ATTCAATTATTATCTGTTTTAACT-AAAAATGTATAAAACTTCAAGTTAAAATTAATTACGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
54849 TCTAAAAAT-ATTTTAGGC-ATCTAATAAGGCTTTTGAAGGCGT-GGATGACTATATATGGACTT
65 TAT-AAAATCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TGACTATAAATAGACTT
* **
54911 TT-CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
127 TTCCTAG-CAATGAATATCTTTTTCTTCA
54939 GCTTTCCATA
Statistics
Matches: 2087, Mismatches: 563, Indels: 132
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 23 0.01
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ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCC
TAGCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAGAC
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Alignment explanation
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54977 NNNNNNNNNT
* * *
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1 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * *
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* * *
55117 GTTTTAACAAAAAACATAAAAATATTCAACCT-AAAATCAAA
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* * * * ** *
55158 TATGAGATTATAAAGCTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAAAATAAATA
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* ** * *
55223 AACTTTTCTTG-TCAATGGATATCTTTTTCTTTGCGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAATC
66 GACTTTTCTTGCT-AATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATC
* * *
55287 TGTGTTAATAAAAAGTATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAAT
130 TGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAAA
** * * * ** *
55329 TATGAGGCTATGAAATCATATAAAATGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATG
1 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * *
55394 GACTTTTCTTGCTAATGGATACCTCTTTCTTCACGTTTCTTC-AGGTAGACATTCAATTATTATC
66 GACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTC-TCAAGGTAAACATTCAATTATAATC
55458 TGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATC-AA
130 TGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAAA
* * * * * *
55499 TAATGAGATTATAAAACCATTTAATGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGTGTGACTATGAAT
1 T-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* **
55564 GGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTTACATTT-TCTAAGGTAAACATTCAATTATTGT
65 GGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAAT
* * * * *
55628 CTGTTTT-A-AAAAAATATATAAAGATTCAAGTTAAAATCAAT
129 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAAA
** * * ** * ** * * * *
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1 TATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
********** * * * * *
55732 TGGACTTTTCTTGNNNNNNNNNNTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGATATTCAATTATTAT
64 TGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAAT
* * ** * * *
55797 TTGTTTCAATCTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
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*
55840 TATGAGATTATAAAAACATTTAA
1 TATGAGATTATAAAACCATTTAA
55863 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 571, Mismatches: 120, Indels: 28
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
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169 117 0.20
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172 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCT
GTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAAA
Found at i:55837 original size:340 final size:341
Alignment explanation
Indices: 55017--55862 Score: 918
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55007 TAAAGCGAGT
* * * * *
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1 AATAAGACTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCT
* * * * * *
55082 TCACATTTCTCAAGATAAATATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CAAAAAACATAAAAATATTCAA
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* * * * *
55146 CCTAAAATCAA-ATATGAGATTATAAAGCTATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
130 CTTAAAATCAATA-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* *
55210 GTGAAAATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTTGCGTTTCTCAAGGTATACAT
194 GTGAAAATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACAT
**
55275 TCAATTATAATCTGTGTTAATAAAAAGTATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGGCTAT
259 TCAATTATAATCTGTGTTAATAAAAAGTATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTACAAGGCTAT
* * **
55340 GAAATCATATAAAATGAG
324 AAAATAATATAAAACCAG
* * * *
55358 TAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATACCTCTTTC
1 -AATAAGACTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTC
* * *
55423 TTCACGTTTCTTC-AGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
65 TTCACGTTTC-TCAAGGTAGATATTCAATTATTATTTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * *
55487 ACTGAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAATGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGT
129 ACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
** * ** *
55552 GTGACTATGAATGGACTTTTCTTG-CTAATGGATATCTTTTTCTTTACATTT-TCTAAGGTAAAC
194 GTGAAAATAAATAAACTTTTCTTGTC-AATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTC-AAGGTAAAC
** * * * * *
55615 ATTCAATTATTGTCTGTTTTAA-AAAAA-TATATAAAGATTCAAGTTAAAATCAATTACAAGGTT
257 ATTCAATTATAATCTGTGTTAATAAAAAGTATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTACAAGG--
* **
55678 CTA-AAAATAATTTAGGCACCA-
320 CTATAAAATAATATA-AAACCAG
* * * **********
55699 AATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGNNNNNNNNNNTCTTTTTCT
1 AATAAGACTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCT
* * * *
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* *
55829 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAA
131 TTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAA
55863 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 78, Indels: 20
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
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Consensus pattern (341 bp):
AATAAGACTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCT
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GAAAATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTC
AATTATAATCTGTGTTAATAAAAAGTATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTACAAGGCTATAA
AATAATATAAAACCAG
Done.