Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397400.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_411.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25074
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.11, T:0.31
Warning! 3787 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:307 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4--2175 Score: 1773
Period size: 171 Copynumber: 12.7 Consensus size: 169
1 TAT
* * * * ** ** * *
4 GTTTCTCAAGGTAAACACTCAATTATAATCTATTTTAAAGAAAAAGGTAAGAAAATTCAGCTTAA
1 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * *
69 AATCAATTTTGAGGTAATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GATAT-AGGTGA
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGA-GTGA
* * *
132 CTATAAATGTACTTTTCTTGTCATTGAATAGCTTTTTCTTCTC
128 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCAC
* * * * *
175 ATTTCCCAAGGCAAACAGTCAATTATAATTTTTTTGAACCAATAATATAAAAAAATTCAACCTAA
1 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATTGTTTT-AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
** * * *
240 AATCAATTATGAGATTCCAAAACTATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
* * *
305 ATAAATGGA-TTGTTCTTGACAATGAACGGCTTTTTCTTAAC
130 ATAAATGGACTT-TTCTTGTCAATGAA-TGCTTTTTCTTCAC
* * *** * ** * *
346 TTTTCTCAAGAG-AGGTAGTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAAT-TTAAAAAATTTAA-TCT
1 GTTTCCCAAG-GCAAACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-T
* * * ** * * *
408 AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTTATGGCATGGGTGA
63 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGA
* * * * *
473 CTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGCCTTTTCCTTTAT
128 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG-CTTTTTCTTCAC
* * * * * * * **
516 GTTTTCCAAGG-AGAACATTCAATTATAAGATGCTTTAACC-AAAATGTTAGAAAATTCCACTCC
1 GTTTCCCAAGGCA-AACATTCAATTATAA-TTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * ** *
579 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCAAATACTTAAGTGAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
*
644 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTGTTCAC
129 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCAC
* * * * * * * * ** *
686 GTTTCTCGAA-GTAGATAGTGAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAATCTAAAAAAACCCAACCTA
1 GTTTC-CCAAGGCAAACATTCAATTATAA-TTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* *
750 AAATCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-AGGTGA
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGA
*
814 CTATAAATGTG-CTTTTCTTG-CTAATGAATGTCTTTTTCTTCAT
128 CTATAAATG-GACTTTTCTTGTC-AATGAATG-CTTTTTCTTCAC
*** * * ** * *
857 GTTTCTTGAGGCAAACAATCAATTAGAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAATATTTAACTTAA
1 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * **
922 AATCAATTATGAGATTACAAAACCATTCAAATCGAGTAATAAAGTTTTCGAAATCTTGAGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
* * *
987 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATAGGTTTTTCTTCAC
130 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCAC
* * *
1028 GTTTCCTAAGGTAAACATTGAATTATAAATTGTTTTAACCAAAAA-AGTAAAAAAATGTTCAACT
1 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTAT-AATTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAA--TTCAACT
* * * * * * * **
1092 TAAAATCGATTATGAGTTTAGAAAACTATTTAAAGTGAGTAGA-AAAGCTTTTGAAGAATTGAGT
62 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA-ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
* * * * *
1156 GACTAT-AATTGATCTTTTCTTGCCAATGAGTGGCTTGTTATTCAC
126 GACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCAC
* * * * * * * * *
1201 ATTTTCCTAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATATAAAAAAAGTCAGCTTAG
1 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
1266 AATTAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGAC
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGAC
* * **
1330 TATAAATAGACTTTTCTT-ACTAATGAATGCCTTTTTCTTCGT
129 TATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATG-CTTTTTCTTCAC
* * * * * * *
1372 GTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACCTAAAATATAAAAAAATTAAACTTAA
1 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* *
1437 AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
** * *
1502 ATAAATAAACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTGTTCAC
130 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG-CTTTTTCTTCAC
* * * * * * * *
1543 GTTTCCTAAGGCAAACATTTAATTACAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAG
1 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
1608 AATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCTGTAGGCATGGGTGAC
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGAGTGAC
* * *
1672 TATAAATGGACTTTTTTTG-CTAATGAATGCCTTTTCCTTCAT
129 TATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATG-CTTTTTCTTCAC
* ** *
1714 GTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAGGTAAGAAAATTCAA-TTAA
1 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-A
* *
1778 AAAT-AATTTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGA
64 AAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGA
* * * *
1842 CTATAAATGTG-CCTTTCTTGCCAATGAATTCATTTTTCTTCAA
128 CTATAAATG-GACTTTTCTTGTCAATGAATGC-TTTTTCTTCAC
* * * ***
1885 GTTTCTCCAA-GAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAACCTTTCAACTTA
1 GTTTC-CCAAGGCAAACATTCAATTATAA-TTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *********
1949 AAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTNNNNNNNNNNG-GTGA
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-CGAAGGCTTGAGTGA
* * * * *
2013 CTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTCTTTAT
128 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCAC
* * * * *
2056 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAGTTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAG
1 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * *
2121 AATCAATTTTAAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGC
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
2176 ATGGNNNNNN
Statistics
Matches: 1606, Mismatches: 335, Indels: 121
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.00
170 273 0.17
171 1146 0.71
172 46 0.03
173 131 0.08
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTCTTCAC
Found at i:1651 original size:857 final size:854
Alignment explanation
Indices: 5--2178 Score: 1994
Period size: 857 Copynumber: 2.5 Consensus size: 854
1 TATG
* * * * * ** * *
5 TTTCTCAAGGTAAACACTCAATTATAATCTATTTTAAAGAAAAAGGTAAGAAAATTCAGCTT-AA
1 TTTC-CAAGGCAAACAATCAATTAGAATATGTTTTAACCAAAAAGATAAGAAAATTCA-ATTAAA
* * * * * * * * * *
69 AATCAATTT-TGAGGTAATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGATATAGGTGA
64 AAT-AATTTATGAGATTACAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCT-TAAGTGA
* * * ** * * *
132 CTATAAATGTACTTTTCTTGTCATTGAATAGC-TTTTTCTTCTCA-TTTC-CCAAGGCAAACAGT
127 CTATAAATGTGCCTTTCTTGCCAAAGAATA-CATTTTTCTTC-AAGTTTCTCCAA-GAAAACATT
* * * * * *
194 CAATTAT-AATTTTTTTGAACCAATAATA-TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTC
189 CAATTATAAATTGTTTT-AACCAA-AAAAGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
* * * * * ** ** * *
257 CAAAACTATATAAAGCGAGTA-ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAT-TGTTC
252 GAAAACCATTTAAAGTGAGTAGA-AAAGCTTTTGAAGAATTGAGTGACTAT-AATTGATCTTTTC
* ** * * * * *** * * * *
320 TTGACAATGAACGGCTTTTTCTTAAC-TTTTCTCAAGAG-AGGTAGTCAATTATAATATGTTTTA
315 TTGCCAATGAGTGGCTTGTTATTCACATTTTC-CTAG-GTAAACATTTAATTATAATCTGTTTGA
** * ** * * * * * * * *
383 ATAAAAAATTTAAAAAATTTAATC-TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGT
378 ACCAAAAATATAAAAAAAGTCAGCTTAGAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCACTTAAAGCGAAT
* * * * * *
447 AATAAGGTTTTTTATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGCCTTTTCCT
443 AATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTACTCAATGAATGCCTTTTCCT
* * * * **
512 TTATGTTTTCCAAGGAGAACATTCAATTATAAGATGCTTTAACCAAAATGTTAGAAAATTCCACT
508 TCATGTTTTCCAAGGAGAACATTCAATTATAAGATGCTTTAACCAAAATATAAAAAAATTAAACT
* * * *
577 CCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCAAATACTTAAGTG
573 CAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAACAAAGCTTTCAAAGACTTAAGTG
** * * * * *
642 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTGTTCACGTTTCTCGAAGTAGATAGTGA
638 ACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTGTTCACGTTTCTCGAAGCAAACAGTGA
* * * *
707 ATTATAATTTGTTTTAATCAAAAATCTAAAAAAACCCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAT
703 ATTACAATCTATTTTAATCAAAAATCTAAAAAAACCCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
*
772 ACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTT-TCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGTG-CTTTTCTTGC
768 ACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTCT-GAAGGCATAGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGC
* *
835 TAATGAATGTCTTTTTCTTCATG-
831 TAATGAATGCCTTTTCCTTCATGT
** * ** * *
858 TTTCTTGAGGCAAACAATCAATTAGAATCTGTTTTAATTAAAAATATAA-AAATATTTAACTT-A
1 TTTC-CAAGGCAAACAATCAATTAGAATATGTTTTAACCAAAAAGATAAGAAA-ATTCAA-TTAA
* * * *
921 AAATCAA-TTATGAGATTACAAAACCATTCAAATCGAGTAATAAAGTTTTCGAAATCTTGAGTGA
63 AAAT-AATTTATGAGATTACAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCTTAAGTGA
* ** * * * *
985 CTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAAAGAATAGGTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAAACATTG
127 CTATAAATGTG-CCTTTCTTGCCAAAGAATACATTTTTCTTCAAGTTTCTCCAA-GAAAACATTC
* *
1048 AATTATAAATTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATGTTCAACTTAAAATCGATTATGAGTTTAG
190 AATTATAAATTGTTTTAACCAAAAAAGT-AAAAAAT-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAG
*
1113 AAAACTATTTAAAGTGAGTAGAAAAGCTTTTGAAGAATTGAGTGACTATAATTGATCTTTTCTTG
253 AAAACCATTTAAAGTGAGTAGAAAAGCTTTTGAAGAATTGAGTGACTATAATTGATCTTTTCTTG
1178 CCAATGAGTGGCTTGTTATTCACATTTTCCTAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTGAACCAA
318 CCAATGAGTGGCTTGTTATTCACATTTTCCTAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTGAACCAA
* *
1243 AAATATAAAAAAAGTCAGCTTAGAATTAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAA
383 AAATATAAAAAAAGTCAGCTTAGAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCACTTAAAGCGAATAATAA
* * *
1308 GGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACT-AATGAATGCCTTTTTCTTCGT
448 GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTACTCAATGAATGCCTTTTCCTTCAT
* ** * * *
1372 GTTTTCTAAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTCACCTAAAATATAAAAAAATTAAACTTA
512 GTTTTCCAAGG-AGAACATTCAATTATAAGATGCTTTAACC-AAAATATAAAAAAATTAAACTCA
* * * * * *
1436 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
575 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAACAAAGCTTTCAAAGACTTAAGTGAC
* * *
1501 TATAAATAAACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTGTTCACGTTTC-CTAAGGCAAACATTTAA
640 TATAAATAAACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTGTTCACGTTTCTCGAA-GCAAACAGTGAA
* * ** * * * *
1565 TTACAATCTATTTTAA-CTAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAGAATCAATTTTGAGGTTATAAA
704 TTACAATCTATTTTAATC-AAAAATCTAAAAAAACCCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
1629 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGTAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCTA
768 ACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTCTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTA
1694 ATGAATGCCTTTTCCTTCATGT
833 ATGAATGCCTTTTCCTTCATGT
* * *
1716 TTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAGGTAAGAAAATTCAATTAAAAA
1 TTTCCAAGGCAAACAATCAATTAGAATATGTTTTAACCAAAAAGATAAGAAAATTCAATTAAAAA
* * * * *
1781 TAATTTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTAT
66 TAATTTATGAGATTACAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCTTAAGTGACTAT
* *
1846 AAATGTGCCTTTCTTGCCAATGAATTCATTTTTCTTCAAGTTTCTCCAAGAAAACATTCAATTAT
131 AAATGTGCCTTTCTTGCCAAAGAATACATTTTTCTTCAAGTTTCTCCAAGAAAACATTCAATTAT
* * * ** * *
1911 AATTTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAACCTTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCAT
196 AAATTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAGAAAACCAT
* * *********
1976 TTAAAGTGAGTA-ATAAGGGTTTNNNNNNNNNNG-GTGACTATAATTGGA-CTTTTCTTGCCAAT
261 TTAAAGTGAGTAGA-AAAGCTTT-TGAAGAATTGAGTGACTATAATT-GATCTTTTCTTGCCAAT
* * * ** * * * * * * * *
2038 GAATGGCTCT-TTCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAGTTATAATATGTTTTAACAAAAAAT
323 GAGTGGCT-TGTTATTCACATTTTCCTAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAAT
* * * * * * * * * * *
2102 GTAAAAATATTCAACTTAGAATCAATTTTAAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATGCT
387 ATAAAAAAAGTCAGCTTAGAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCACTTAAAGCGAATAATAAGGCT
2167 TTTGAAGGCATG
452 TTTGAAGGCATG
2179 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1070, Mismatches: 218, Indels: 64
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
852 8 0.01
853 151 0.14
854 25 0.02
855 314 0.29
856 142 0.13
857 418 0.39
858 12 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (854 bp):
TTTCCAAGGCAAACAATCAATTAGAATATGTTTTAACCAAAAAGATAAGAAAATTCAATTAAAAA
TAATTTATGAGATTACAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCTTAAGTGACTAT
AAATGTGCCTTTCTTGCCAAAGAATACATTTTTCTTCAAGTTTCTCCAAGAAAACATTCAATTAT
AAATTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAGAAAACCAT
TTAAAGTGAGTAGAAAAGCTTTTGAAGAATTGAGTGACTATAATTGATCTTTTCTTGCCAATGAG
TGGCTTGTTATTCACATTTTCCTAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATATAA
AAAAAGTCAGCTTAGAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCACTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTG
AAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTACTCAATGAATGCCTTTTCCTTCATGTTTTCCAA
GGAGAACATTCAATTATAAGATGCTTTAACCAAAATATAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTAT
AAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAACAAAGCTTTCAAAGACTTAAGTGACTATAAATAAAC
TTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTGTTCACGTTTCTCGAAGCAAACAGTGAATTACAATCTATT
TTAATCAAAAATCTAAAAAAACCCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGCAATAAGGCTTCTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTT
CCTTCATGT
Found at i:1906 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 11--2179 Score: 1953
Period size: 513 Copynumber: 4.2 Consensus size: 506
1 TATGTTTCTC
* * * * * * *
11 AAGGTAAACACTCAATTATAATCTATTTTAAAGAAAAAGGTAAGAAAATTCAGCTTAAAATCAAT
1 AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTT-AACAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** *
76 TTTGAGGTAATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATAGGTGACTATAAATG
64 TTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * *
141 TACTTTTCTTGTCATTGAATAGCTTTTTCTTCTCATTTCCCAAGGCAAACAGTCAATTATAATTT
129 GACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGCAAACAGTCAATTATAATTG
* ** * *
206 TTTTGAACCAATAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTCCAAAACTATATAAA
194 TTTT-AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
271 GCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGATTGTTCTTGACAATGAACGGCT
258 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGCTT-TTCTTGCCAATGAA-TGCT
* *** * * ** *
336 TTTTCTT-AACTTTTCTCAAGAGAGGTAGTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATTTAAAAAA
321 TTTTCTTCAAGTTTTC-CAAGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACCAAAAATATAAAAAA
* * * ** *
400 TTTAATC-TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTTATGG
383 ATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGG
* * * * * * * *
464 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATGCCTTTTCCTTTATGTTTTCC-
448 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATAAATGACTTTTTCTTCACG-TTTCCT
* * * * * **
523 AAGG-AGAACATTCAATTATAAGATGCTTTAACCAAAATGTTAGAAAATTCCACTCCAAATCAAT
1 AAGGCA-AACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *** ** ** * **
587 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCAAATACTTAAGTGACTATAAATG
64 TTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * *
652 GACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTGTTCACGTTTCTCGAA-GTAGATAGTGAATTATAATT
129 GACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTT-TCCAAGGCAAACAGTCAATTATAA-T
* * ** *
716 TGTTTTAATCAAAAATCTAAAAAAACCCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATTTAA
192 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
781 AGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGTGCTTTTCTTGCTAATGAATGTC
257 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAATGAATG-C
* ** * * * * ** *
846 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACAATCAATTAGAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAT
320 TTTTTCTTCAAGTTT-TCCAAGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACCAAAAATATAAAAAA
* * * * * * **
911 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTCAAATCGAGTAATAAAGTTTTCGAAAT
383 ATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGG
*
976 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-AGAAT-AGGTTTTTCTTCACGTTTCCT
448 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATA-AATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCCT
* * *
1035 AAGGTAAACATTGAATTATAA-ATTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATGTTCAACTTAAAATC
1 AAGGCAAACATTCAATTATAATA-TGTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAA--TTCAACTTAAAATC
* * * * * *
1099 GATTATGAGTTTAGAAAACTATTTAAAGTGAGTAGA-AAAGCTTTTGAA-GAATTGAGTGACTAT
61 AATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA-ATAAAGCTTTTGAAGGCA-TGGGTGACTAT
* * * * * * * * *
1162 -AATTGATCTTTTCTTGCCAATGAGTGGCTTGTTATTCACATTTTCCTAGGTAAACATTTAATTA
124 AAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGCAAACAGTCAATTA
* * * * * * * * *
1226 TAATCTGTTTGAACCAAAAATATAAAAAAAGTCAGCTTAGAATTAATTTTGAGGTTATAAAACTA
188 TAAT-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
1291 TTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATG
252 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TAAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATG
** * * * *
1355 AATGCCTTTTTCTTCGTGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACCTAAAATAT
315 AATG-CTTTTTCTTCAAGTTTTCCAA-GAAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACCAAAAATAT
* *
1420 AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTT
377 AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTT
** * *
1485 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTGTTCACGTTTCCT
442 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCT
* * * * *
1550 AAGGCAAACATTTAATTACAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAGAATCAAT
1 AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
1615 TTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGTAGGCATGGGTGACTATAAATG
64 TTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * ** *
1680 GACTTTTTTTG-CTAATGAATGCCTTTTCCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATA
129 GACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGCAAACAGTCAATTATAAT-
** * * *
1744 TGTTTTAACCAAAAAGGTAAGAAAATTCAA-TTAAAAAT-AATTTATGAGATTATAAAACCCTTT
192 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTT
* *
1807 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGTGCCTTTCTTGCCAATGAATT
255 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAATGAATG
* *
1872 CATTTTTCTTCAAGTTTCTCCAAGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAA
319 C-TTTTTCTTCAAGTTT-TCCAAGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA-CCAAAAATATAAAA
*** * * * * * ****
1937 CCTTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTNNNN
381 AAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGTTTTCGA
****** * * * * * * *
2002 NNNNNNG-GTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTCTTTATGTTTCCC
445 AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCT
* *
2063 AAGGCAAACATTCAGTTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAGAATCAAT
1 AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAAT
* *
2128 TTTAAGGTTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGG
64 TTTGAGGTTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGG
2180 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1334, Mismatches: 277, Indels: 91
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 273 0.20
512 163 0.12
513 463 0.35
514 34 0.03
515 396 0.30
516 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (506 bp):
AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
TGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGCAAACAGTCAATTATAATTGTT
TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTC
TTCAAGTTTTCCAAGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTACCAAAAATATAAAAAAATTAAACT
TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGAGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCT
Found at i:3172 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2284--4954 Score: 1761
Period size: 171 Copynumber: 15.7 Consensus size: 170
2274 NNNNNNCCAT
* * * *
2284 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAATTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * *
2348 TTTTCTTATATATTTAGTTAAAATAGATTTTAATT-AACTATCTG-CTTCAAGAAA-AGTGAAGA
65 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTGAA-AAATA-TGAAGA
* * *
2410 AAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAC-CTAA
127 AAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AA
* * ********* * * *
2454 GCCATCGAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA-TGCTTTTAAGTTGAA
1 GCCTTCAAAAGC-CTTATTACTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * ** **********
2518 TTATTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGANNNNNNNNNNAAA
65 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATATGAAGAAAA
* * * *
2583 AGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAA
130 AGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
** * * * *
2624 GATTTCGAAAGACTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTTAAGTTAAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
2688 TTTTTTTACATTTTAGGTCAAAACAAATTATAATTTAATTTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAA
65 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATATGAAGAAAA
* * *
2753 ACCCATTCATTGGCAAGAAAAA--CCTATTTGTAGTCACCCAA
130 AGCCATTCATTGGCAA-AAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAA
* * * * * * * * *
2794 GCCTTCGAAAGCCATATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTTAAAATTGATTTTAAGCTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
2859 TGTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACC-TCAAGAAACATG-A-AAA
65 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA-AAATATGAAGAAA
* *
2921 AAGTCAATTCATT-GCAGAAAAAG-CACATTTATAGTCA-TCGAA
129 AAG-CCATTCATTGGCAAAAAAAGTC-CATTTATAGTCACTC-AA
* * *
2963 GCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCTCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTTAGTTG
1 GCCTTC-AAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
3026 AATTTTCTTACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATATGAAGGA
63 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATATGAAGAA
* *
3091 AAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
128 AAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* ********* * * *
3134 GCCTACAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTCTAAGTTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
3199 TTGTTTTAAATTTTTGGTTTAAATA-AG-TTGTAAATAAATGTTTTCCTTGAGAAACT-TGAAGG
65 TTTTTTTACATTTTTGG-TTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-AAAATATGAAGA
* * ** * * * * *
3261 GAAA-CCAATTCATTAGTGAGAAAAGCCCATATATAATCACCCAA
127 AAAAGCC-ATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * *
3305 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGATTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTT-A
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** * * * * *
3368 ATTTTTTTTATATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGTCTTGGAAAACATGAAGAA
64 A-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATATGAAGAA
** * * * ********** *
3433 AAAGGTATTAATTGGCAAGAAAAGTCTATTTNNNNNNNNNNAT
128 AAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * **
3476 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAGA-CTCAAAATTGATTCTGTGTTG
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAA-TAGTTTTATA-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * **
3539 AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TCAAGAACCATGAAG-
63 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA-AAATATGAAGA
* *
3602 AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
127 AAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * * * * *
3646 GCCTACGAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATAATTTCATAATCTCATAATTGATTCT-AGATTGA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGA
* * * * * * *
3710 ATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGACTATTTTCC-TCAAGAAATATGAAGAA
64 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA-AAATATGAAGAA
** *
3774 AAAGCCATTCATTATCAAGAATAA-TCCATTTATAGTCACTCAA
128 AAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * * * * * *
3817 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGGTTCTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
3882 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAACA-ACTTATAATTGACTGTCTACCTTG-GAAATGA-GAAGA
65 TTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAAT-ATGAAGA
* * * * *
3944 AAAAGCCATTCAATGACAATAAAAGTACATTTATAGTCAC-CTAT
127 AAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AA
* * * * **
3988 GCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAAT-GCTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGCAGA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * *
4052 ATTTTCTAACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAA
64 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATATGAAGAAA
* * *
4117 AA-CTAATTCATTGGAAAGAAAAATGT--ATTTATAGCCAC-CTAA
129 AAGC-CATTCATTGGCAA-AAAAA-GTCCATTTATAGTCACTC-AA
* * * * * *
4159 GCCTTCGAAATCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
4224 TTTTCTAACATTTTTGGTTAAAACAGATTAGAATTGAAAGTCTACCTT-AGAAATCATGAAGAAA
65 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAAT-ATGAAGAAA
* * * *
4288 AAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACCCAT
129 AAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * *
4330 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATCATCTCATAA-TGATTTTAGGCTGA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
4393 ATATTTTTAGA-TTTTGGTTAAAACAGATTAGAATT-AACTGTCTGCCTAG-AGAA-ACGAAACG
64 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTGAAAAATATG-AA-G
* * * * * *
4454 AAAGAGGCATTCATTGACAAGAAAA-TCTATTTATAGGCACTCAA
126 AAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * * * * *
4498 GCCTACGAAAGCCTTATTACTCGATTTATAT-GATTTTATATTCTCATAATTGATTTT-GGATTG
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTG
* * * * *** * * ** **
4561 AATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAAATTATAATTGACCATCTACCTTGGGATGTATGAAGA
63 AATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATATGAAGA
* * * * * *
4626 AAAAGCCATTCAATGTCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCAT
127 AAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* ** * * * * *
4670 GCCTTCGAAAGAATTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAACCTCAAAATTGATTCTAAGCTGA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * *
4734 ATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
64 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATATGAAGAAA
* * ** * * * *
4799 AAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTAATTATAGCCACCCAT
129 AAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * ** * * * *
4841 TCCTTTAAAAGCCTTCCTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
4906 TGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATATTTTAATGTTTGCCTT
65 T-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
4955 AGGAAAGGTT
Statistics
Matches: 1964, Mismatches: 453, Indels: 166
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 69 0.04
169 197 0.10
170 508 0.26
171 1005 0.51
172 175 0.09
173 8 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATATGAAGAAAAA
GCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
Found at i:3715 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2284--4934 Score: 2056
Period size: 342 Copynumber: 7.8 Consensus size: 341
2274 NNNNNNCCAT
** * *
2284 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAATTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAA
* * * * * * * *
2348 TTTTCTTATATATTTAGTTAAAATAGATTTTAATT-AACTATCTG-CTTCAAGAAA-AGTGAAGA
66 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTT-GAGAAACA-TGAAGA
** * * * ********
2410 AAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCATCGAAAGCNNNNNNNN
128 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
** * * * * * *
2474 NNGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA-TGCTTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTA
192 TCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * ** ********** * *
2538 AAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGANNNNNNNNNNAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAA
257 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
*
2603 AGTCTATTTATAGTCACCCAA
321 AGTCCATTTATAGTCACCCAA
** * * * *
2624 GATTTCGAAAGACTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTTA-AGTTAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGA
* * * * *
2687 ATTTTTTTACA-TTTTAGGTCAAAACAAATTATAATTTAATTTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAA
65 ATTTTTTTACATTTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAA
** ** * * * *
2751 AAACCCATTCATTGGCAAGAAAAACCTATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCATATTGCTC
129 AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
2816 ACTTTAAATGGTTTTATAACCTTAAAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAA
194 GCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * *
2881 AAAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATG-A-AAAAAGTCAATTCATTG-C-AGAAAA
259 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGACAAG-AAA
* *
2942 AG-CACATTTATAGTCATCGAA
321 AGTC-CATTTATAGTCACCCAA
* * * *
2963 GCCTTCGAAAACCTTATTACTCTCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTTAG-TTG
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-ATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGATTG
* * * * * * *
3026 AATTTTCTTACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATATGAAGGA
64 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAA
* * * * *
3091 AAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTACAAAAGCCTTATTACTN
129 AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-
******** * * *
3156 NNNNNNNNNA-G-TTTTATAACCTCAAAATTGATTCTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTGGTTT
193 -CGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TT
* * * * * * * ** **
3219 AAATA-AG-TTGTAAATAAATGTTTTCCTTGAGAAACTTGAAGGGAAA-CCAATTCATT-AGTGA
256 AAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGA-CAA
* * *
3280 GAAAAGCCCATATATAATCACCCAA
317 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA
* *
3305 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGATTTTATAATCTCATAATTGGTTTTA-AGTT-
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTG
* * * * *
3367 AATTTTTTTTATATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGTCTTG-GAAAACATGAAG
64 AA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG-AAACATGAAG
* * ********** * *
3431 AAAAAGGTATTAATTGGCAAGAAAAGTCTATTTNNNNNNNNNNATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
127 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * ** *
3496 TCGCTTTAAATTATTTTATAGA-CTCAAAATTGATTCTGTGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
192 TCGCTTTAAATGATTTTATA-ACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * *
3560 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAACCATGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAA
256 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
*
3624 AAGTCCATTTATAGTCACTCAA
320 AAGTCCATTTATAGTCACCCAA
* * * * *
3646 GCCTACGAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATAATTTCATAATCTCATAATTGATTCTAGATTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAA
* * * * * ** *
3711 TTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGACTATTTTCCTCAAGAAATATGAAGAAAA
66 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* ** *
3776 AGCCATTCATTATCAAGAATAA-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
131 AGGCATTCATTGGCAAGAA-AAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * * *
3840 CTTTATATGGTTCTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
195 CTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAA
* ** * * *
3905 ACA-ACTTATAATTGACTGTCTACCTTGGAAATGA-GAAGAAAAAGCCATTCAATGACAATAAAA
259 ACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
* * *
3968 GTACATTTATAGTCACCTAT
322 GTCCATTTATAGTCACCCAA
* * * ** * *
3988 GCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAATGCTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGCA--G
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AG-ATTG
* * * **
4051 AATTTTCTAACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATGTGAAGAA
64 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAA
*** * * * * * *
4116 AAACTAATTCATTGGAAAGAAAAATGTATTTATAGCCAC-CTAAGCCTTCGAAATCTTTATTACT
129 AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
4180 CGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTAACATTTTTGGTTAA
193 CGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * * *
4245 AACAGATTAGAATTGAAAGTCTACCTTAGAAATCATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAA
258 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
* *
4310 GTCCATTTATTGTCACCCAT
322 GTCCATTTATAGTCACCCAA
* * * **
4330 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATCATCTCATAA-TGATTTTAGGCTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAA
* * * * * *
4394 TATTTTTAGA-TTTTGGTTAAAACAGATTAGAATT-AACTGTCTGCCTAGAGAAAC--GAAACGA
66 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTGAGAAACATG-AA-GA
* * * *
4455 AAGAGGCATTCATTGACAAGAAAA-TCTATTTATAGGCACTCAAGCCTACGAAAGCCTTATTACT
128 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * ** * * * *
4519 CGATTTATATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTT-GGATTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTA
193 CGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-
* * *** ** *** * *
4583 AAAAAAAATTATAATTGACCATCTACCTTGGGATGTATGAAGAAAAAGCCATTCAATGTCAAGAA
256 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
* *
4648 AAGTACATTTATAGTCACCCAT
320 AAGTCCATTTATAGTCACCCAA
** * * * * * *
4670 GCCTTCGAAAGAATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTCTA-AGCTGA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGA
* *
4734 ATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
65 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAA
* * * * * ** ** ** *
4799 AAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTAATTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTCCTACTCA
130 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
4864 CTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
195 CTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
4929 ACAGAT
259 ACAGAT
4935 CATATTTTAA
Statistics
Matches: 1845, Mismatches: 391, Indels: 147
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 7 0.00
339 157 0.09
340 502 0.27
341 423 0.23
342 657 0.36
343 81 0.04
344 18 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAA
TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAA
AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCAA
Found at i:4017 original size:683 final size:676
Alignment explanation
Indices: 2284--5295 Score: 2292
Period size: 683 Copynumber: 4.4 Consensus size: 676
2274 NNNNNNCCAT
* ** * *
2284 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAATTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAA
* * * * * ** * * * *
2348 TTTTCTTATATATTTAGTTAAAATAGATTTTAATTAACTATCTGCTTCAAGAAA-AGTGAAGAAA
65 TTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGACTGTTTGCCT-AAGAAATA-TGAAGAAA
** * * *********
2412 AACCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAC-CTAAGCC-ATCGAAAGCNNNNNNNNN
128 AAGGCATTCATT-ACAAGAAAA-TCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTA-CGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * *
2475 NGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA-TGCTTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTT-A
189 CGATTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * * ********** * * *
2538 AAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGANNNNNNNNNNAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAA
254 AAAAAAATTATAATTGACTGTCTACCTT-GGAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCAATGACAAGAAA
* ** * *
2603 AGT-CTATTTATAGTCACCCAAGATTTCGAAAG-ACTTGTTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAA
318 AGTAC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCA-TTATTACTCACTTTAAA-AGATTTTATAA
* * * * * *
2665 TCTC-ATATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTAGGTCAAAACAAATTATAATTTAATTT
380 CCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTAAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGT
* ** * * *
2729 TTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAACCTATTTGTAGTCACCCAA
445 TTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGCCACCCAA
* * * * * *
2794 GCCTTCGAAAGCCATATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTTAAAATTGATTTTAAGCTGAA
510 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTCAAAATTGATTTT-GGTTGAA
* * *
2859 TGTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAA-AAAA
573 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
*
2923 GTCAATTCATTGC-AGAAAAAG-CACATTTATAGTCA-TCGAA
638 G-CCATTCATTGCAAG-AAAAGTC-CATTTATAGTCACTC-AA
* * *
2963 GCCTTCGAAAACCTTATTACTCT-CTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTTAGTTG
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATA-ATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGTTG
* ** * * * *
3026 AATTTTCTTACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA-AAATATGAAGG
63 AATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGACTGTTTGCC-T-AAGAAATATGAAGA
* * * *
3090 AAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTACAAAAGCCTTATTACT
126 AAAAGGCATTCATT-ACAAGAAAA-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTACGAAAGCCTTATTACT
*********** * * * * * *
3155 NNNNNNNNNNAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTCTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTGGTT-T
189 CGATTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * * * * * * ** * **
3219 AAATAAGTTGTAAATAAATGTTTTCCTTGAGAAACT-TGAAGGGAAA-CCAATTC-ATTAGTGAG
254 AAAAAAATTATAATTGACTGTCTACCTTG-GAAA-TGAGAAGAAAAAGCC-ATTCAATGA-CAAG
** * * * *
3281 AAAAGCCCATATATAATCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATAA
315 AAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATAA
* * * * * * *
3346 TCTCATAATTGGTTTTAAGTTAATTTTTTTTATATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT
380 CCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTAAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * **********
3411 CTGTCTTG-GAAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTAATTGGCAAGAAAAGTCTATTTNNNNNNNNNN
445 TTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAA-CTAATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGCCACCC
* * ** *
3474 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAGACTCAAAATTGATTCTGTGTTG
508 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-ACTCAAAATTGATTTTG-GTTG
* * *
3539 AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAACCATGAAGAA
571 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAA
3604 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
636 AAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * * *
3646 GCCTACGAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATAATTTCATAATCTCATAATTGATTCTAGATTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-TTGAA
* * *
3711 TTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGACTATTTTCCTCAAGAAATATGAAGAAAA
65 TTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGACTGTTTGCCT-AAGAAATATGAAGAAAA
* * *
3776 AGCCATTCATTATCAAGAATAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
129 AGGCATTCATTA-CAAGAA-AATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTACGAAAGCCTTATTACTCGA
* * * *
3841 TTTATATGGTTCTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAA
192 TTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAA
* * *
3906 CAACTTATAATTGACTGTCTACCTTGGAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCAATGACAATAAAAGTA
257 AAAATTATAATTGACTGTCTACCTTGGAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCAATGACAAGAAAAGTA
* * * * *
3971 CATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAATGCTTTTATAACCTCAAA
322 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATAACCTCAAA
* * * * * *
4036 ATTGATTTTAAG-CAGAATTTTCTAACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCT
387 ATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTAAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
** * * *
4100 TGAGAAATGTGAAGAAAAACTAATTCATTGGAAAGAAAAATGTATTTATAGCCACCTAAGCCTTC
451 TGAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGCCACCCAAGCCTTC
* * * *
4165 GAAATCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCT
516 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AACTCAAAATTGATTTT-GGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
4230 AACATTTTTGGTTAAAACAGATTAGAATTGAAAGTCTACCT-TAGAAATCATGAAGAAAAAGACA
579 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA-CATGAAG-AAAAGCCA
* * * *
4294 TTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACCCAT
642 TTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * * * *
4330 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATCATCTCATAA-TGATTTTAGGCTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGAA
* * * * *
4394 TATTTTTAGA-TTTTGGTTAAAACAGATTAGAATTAACTGTCTGCCT-AGAGAA-ACGAAACGAA
65 TTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGACTGTTTGCCTAAGA-AATATG-AA-GAA
* * *
4456 AGAGGCATTCATTGACAAGAAAATCTATTTATAGGCACTCAAGCCTACGAAAGCCTTATTACTCG
127 AAAGGCATTCATT-ACAAGAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTACGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
4521 ATTTATATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTT-GGATTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAA
191 ATTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
** * *
4585 AAAAAATTATAATTGACCATCTACCTTGG-GATGTATGAAGAAAAAGCCATTCAATGTCAAGAAA
255 AAAAAATTATAATTGACTGTCTACCTTGGAAATG-A-GAAGAAAAAGCCATTCAATGACAAGAAA
* *
4649 AGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGAATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCT
318 AGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATAACCT
* * * * *
4714 CAAAATTGATTCTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTA
383 CAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTAAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
* * * * * **
4779 CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTAATTATAGCCACCCATTCC
448 CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGCCACCCAAGCC
** ** * * * *
4844 TTTAAAAGCCTTCCTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGT
513 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AACTCAAAATTGATTTT-GGTTGAAT-T
* *
4909 TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATATTTTAATGTTTGCCTTAGGAAAGGTTAAGAAAAAC
575 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT--TA---TAA--------TT--G-AA---T---------
** * * * * *
4974 CCGTTCATGTCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATCAGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
612 --GTT--TACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCAT-TGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
5039 ACTCAA
671 ACTCAA
* * * * ** * *
5045 GTCTTCAAAAGTCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAA
* * * * * * *
5110 TTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGACTATCTGACTTAAAAAACATGAAGAAAA
65 TTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGACTGTTTG-CCTAAGAAATATGAAGAAAA
* ********* * * *
5175 AGCCATNNNNNNNNNNGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATAACCTTCGAAGGCCTTATTACTC-
129 AGGCAT-TCATTACAAGAAAA-TCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTACGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
5238 ACTTTAAATGTTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
191 A-TTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
5296 TATTNNNNNN
Statistics
Matches: 1855, Mismatches: 379, Indels: 159
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
679 27 0.01
680 144 0.08
681 252 0.14
682 525 0.28
683 528 0.28
684 117 0.06
685 3 0.00
688 2 0.00
696 2 0.00
698 1 0.00
699 2 0.00
713 2 0.00
715 87 0.05
716 24 0.01
717 47 0.03
718 87 0.05
719 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (676 bp):
GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTGAAT
TTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGACTGTTTGCCTAAGAAATATGAAGAAAAAG
GCATTCATTACAAGAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTACGAAAGCCTTATTACTCGATTTA
TATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAAA
TTATAATTGACTGTCTACCTTGGAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCAATGACAAGAAAAGTACATT
TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATAACCTCAAAATTG
ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTAAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
AACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGCCACCCAAGCCTTCGAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTCAAAATTGATTTTGGTTGAATTTTTTTACATTT
TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGCA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
Found at i:4767 original size:682 final size:678
Alignment explanation
Indices: 2284--4949 Score: 2319
Period size: 683 Copynumber: 3.9 Consensus size: 678
2274 NNNNNNCCAT
* * * **
2284 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAATTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * ** * * *
2348 TTTTCTTATATATTTAGTTAAAATAGATTTTAATTAACTATCTGCTTCA-AGAAA-AGTGAAGAA
66 TTTT-TTAGAT-TTTGGTTAAAACAGATTACAATTAACTGTTTGCCT-AGAGAAATA--GAAG-A
** * * ********
2411 AAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAC-CTAAGCC-ATCGAAAGCNNNNNNNN
125 AAAGGCATTCATTGACAAGAAAA-TCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTA-CGAAAGCCTTATTAC
** * * * * * *
2474 NNGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA-TGCTTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTT-
187 TCGATTTATAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTA
* * * * * * ********** * * *
2537 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGANNNNNNNNNNAAAAGCTATTCATTGGCAAGAA
250 AAAAAAAATTATAATTGACTGTCTACCTTGGAATGTATGAAGAAAAAGCCATTCAATGTCAAGAA
** * * *
2602 AAGT-CTATTTATAGTCACCCAAGATTTCGAAAGACTTGTTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAA
315 AAGTAC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGAATTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAA
* * * * * * *
2665 TCTC-ATATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTAGGTCAAAACAAATTATAATTTAATT
378 CCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTA-GTCAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * *
2728 TTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAACCTATTTGTAGTCACCCA
442 TTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGCCACCCA
* * * * * *
2793 AGCCTTCGAAAGCCATATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTTAAAATTGATTTTAAGCTGA
507 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
2858 ATG-TTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATG-A-AA
572 ATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-AAGAAACATGAAGAA
* * * *
2920 AAAGTCAATTCATT-GCAGAAAAAG-CACATTTATAGTCATCGAA
636 AAAGAC-ATTCATTGGCAAAAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCAA
* * * *
2963 GCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTTA-GTTG
1 GCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGGTTG
** * * * *
3026 AATTTTCTTACTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTGAAAAATATGAAGG
64 AATTTT-TTA-GATTTTGGTTAAAACAGATTACAATT-AACTGTTTGCCTAGAGAAATA-GAA-G
* * * *
3090 AAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTACAAAAGCCTTATTACT
124 AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAA-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTACGAAAGCCTTATTACT
******** * * * *
3155 NNNNNNNNNNA-GTTTTATAACCTCAAAATTGATTCTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTGGTT-
188 --CGATTTATATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTA
* * * * * * * * * ** ** * *
3218 TAAATAAGTTGTAAATAAATGTTTTCCTTGAGAAACT-TGAAGGGAAA-CCAATTCATTAGT-GA
250 AAAAAAAATTATAATTGACTGTCTACCTTG-GAATGTATGAAGAAAAAGCC-ATTCAAT-GTCAA
** * * ** *
3280 GAAAAGCCCATATATAATCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATA
312 GAAAAGTACATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGAATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATA
* * * * * * * *
3345 ATCTCATAATTGGTTTTAAG-TTAATTTTTTTTATATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTAAAT
377 ACCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * ********
3409 GTCTGTCTTG-GAAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTAATTGGCAAGAAAAGTCTATTTNNNNNNNN
441 GTTTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAA-CTCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGCCAC
** * * ** * * **
3472 NNATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAGACTCAAAATTGATTCTGTGT
504 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGT
* * *
3537 TGAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAACCATGAA
569 TGAATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-AAGAAACATGAA
* * * *
3601 G-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
633 GAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA
* * * * * * * *
3646 GCCTACGAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATAATTTCATAATCTCATAATTGATTCTAGATTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * *
3711 TTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGACTATTTTCCTCA-AGAAATATGAAGAAA
66 -TTTTTTAGA-TTTTGGTTAAAACAGATTACAATTAACTGTTTGCCT-AGAGAAATA-GAAG-AA
* *
3775 AAGCCATTCATT-ATCAAGAATAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
126 AAGGCATTCATTGA-CAAGAA-AATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTACGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
3839 GCTTTATATGGTTCTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
189 GATTTATAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * *
3904 AACAACTTATAATTGACTGTCTACCTTGGAAATG-A-GAAGAAAAAGCCATTCAATGACAATAAA
252 AAAAAATTATAATTGACTGTCTACCTTGG-AATGTATGAAGAAAAAGCCATTCAATGTCAAGAAA
* * * * * *
3967 AGTACATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAATGCTTTTATAACCT
316 AGTACATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGAATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCT
* * * * *
4032 CAAAATTGATTTTAAGCAGAATTTTCTAACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTG
381 CAAAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
** * * * *
4097 CCTTGAGAAATGTGAAGAAAAACTAATTCATTGGAAAGAAAAATGTATTTATAGCCACCTAAGCC
446 CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGCCACCCAAGCC
* * * * * *
4162 TTCGAAATCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-T
511 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATGT
* * * * * *
4226 TTCTAACATTTTTGGTTAAAACAGATTAGAATTGAAAGTCTACCTTAGAAATCATGAAGAAAAAG
576 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTAAGAAA-CATGAAGAAAAAG
* *
4291 ACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACCCAT
640 ACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA
* *
4330 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATCATCTCATAA-TGATTTTAGGCTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * *
4394 TATTTTTAGATTTTGGTTAAAACAGATTAGAATTAACTGTCTGCCTAGAGAAA-CGAAACGAAAG
66 T-TTTTTAGATTTTGGTTAAAACAGATTACAATTAACTGTTTGCCTAGAGAAATAG-AA-GAAA-
* *
4458 AGGCATTCATTGACAAGAAAATCTATTTATAGGCACTCAAGCCTACGAAAGCCTTATTACTCGAT
127 AGGCATTCATTGACAAGAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTACGAAAGCCTTATTACTCGAT
* * *
4523 TTATATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTT-GGATTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAAA
192 TTATATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAAA
** *
4587 AAAATTATAATTGACCATCTACCTTGGGATGTATGAAGAAAAAGCCATTCAATGTCAAGAAAAGT
254 AAAATTATAATTGACTGTCTACCTTGGAATGTATGAAGAAAAAGCCATTCAATGTCAAGAAAAGT
*
4652 ACATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGAATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAA
319 ACATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGAATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAA
* *
4717 AATTGATTCTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
384 AATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * ** *
4782 TGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTAATTATAGCCACCCATTCCTTT
449 TGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGCCACCCAAGCCTTC
** * *
4847 AAAAGCCTTCCTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTT
514 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT
* * * *
4912 TTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATATTTTAATGTTT
579 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
4950 GCCTTAGGAA
Statistics
Matches: 1593, Mismatches: 332, Indels: 120
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
679 25 0.02
680 137 0.09
681 262 0.16
682 522 0.33
683 530 0.33
684 117 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (678 bp):
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
TTTTTTAGATTTTGGTTAAAACAGATTACAATTAACTGTTTGCCTAGAGAAATAGAAGAAAAGGC
ATTCATTGACAAGAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTACGAAAGCCTTATTACTCGATTTAT
ATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAAATTA
TAATTGACTGTCTACCTTGGAATGTATGAAGAAAAAGCCATTCAATGTCAAGAAAAGTACATTTA
TAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGAATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGAT
TTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAA
CATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATT
TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGG
CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA
Found at i:8288 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7840--10344 Score: 2386
Period size: 171 Copynumber: 14.7 Consensus size: 171
7830 TAGATTTATC
* *
7840 ACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCGTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTA
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT-
* * * * *
7905 G-TTTAA-TCAAAAATA-AAAAAAAATCAACTTAGAATCAATTTTGATG-TTATAAAACCGTTGA
65 GTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTA
* ** * **
7966 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATGGGTGACTATCAATAT
128 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
** * * * ** * ** * *
8010 ACTTTTCTTATCATTGAAT-GATTTTTTTTCACATTTCCTAAGATAAACAGTT-AATAATAATTT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACA-TTCAATTATAATCT
* * * **
8073 GTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTTC-ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATAAAA
65 GTTTTAACTAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
8137 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACAATAAATAG
129 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* *
8180 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACAGTCAATTATAATCTA
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* * * *
8245 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAA
66 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
8310 AGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
131 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * *
8351 ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATATTT-TCCAAGGCAAACATTCAATTATAATAT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * *
8415 GTTTGAACTAAAAATGTAAGAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
65 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
8480 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGC
130 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* ** *
8522 ACTTTTCTCT-CCAATGAATTAG-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATT
1 ACTTTTCT-TGCCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATC
* * * * * * *
8585 TGTTTTAACCAAACATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAGAACCATTTAA
64 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
8650 AGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTACAAATAG
129 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* ** * *
8693 ACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTTTTCATGTTT-TCTAAGGCAAACATTTAATTATAATCT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
8757 GTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAA
65 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
8822 GC--GTAATAAGGCTTTTGATGGCTTGGGTGATTATATATGG
130 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * *
8862 CCTTTTCTCGCTAATGAATGGGTTTCTATTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* ** * * *
8927 TTTTAACAAAAAATATAAAACCATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAG
66 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * *
8992 -TACGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGG
131 CGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
9033 ACTTTTTTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGTAAATAGTT-AATTATAATC
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGCAAACA-TTCAATTATAATC
* * * *
9096 TGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAGCTT-AAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
64 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
9160 AGCAAGTAATAAGGCTTTGGAATGCTT-GGTGACTATAAATGG
129 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
** * * * *
9202 GTTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTC-AAGAGGTAAA-AGTTCAATTATAATC
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGGCAAACA-TTCAATTATAATC
* * *
9265 TATTTTAA-TAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
64 TGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* ** *
9329 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATAG
128 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
9373 ACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTGGAGGTAGATAGTT-AATTATAATT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGCAAACA-TTCAATTATAATC
* * * * *
9436 TTTTTTAACT-AAAATCTAAAGATATTCAA-TCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
64 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * *** *
9499 AAGCAAGCAATAAGGCTTTAGAACTTTTGGGTGACTATATATAGG
128 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GG
* * * *
9544 -CTTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * *
9608 TTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATGAGGTTCTAAAACTATTTAA
66 TTTTAACT-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
*
9672 AGC-A-TAATAAGGCTTTTGATGGCTTGGGTGACTATAAATGG
129 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
9713 CCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTTTGTTCACGTTTCTAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* * * ********** *
9778 TTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTAACTTNNNNNNNNNNATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
66 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
9843 CTAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACAATAAATGG
131 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* ** ** * *
9884 ACTTTT-TATGCCAATGAATGGC-TTTGCTTCACATTTCTTAAGGCAGTCATTTAATTATAATAT
1 ACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
9947 ATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATATAA
65 GTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * ** *
10011 AACGAGTAATAAAGTTTTTGAAGATTTGGGTGACTATAACT-G
129 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
10053 AGCTTTTCTTG-CATATAAATGGCTTTTTCTTTACGTTT-TTCGAGCCAAACATTCATTTATAAT
1 A-CTTTTCTTGCCA-ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGCAAACATTCAATTATAAT
* * *** ** * *
10116 CTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAGGCTCAACTTAAAATCTTTTAT-ACGGTTATAAAACTATTT
63 CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTT
* * * * *
10180 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATGAGTGACTATAAATGG
127 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
** * ** * * *
10225 AC-TTTCTTATCAATAAATAAC-TTTTCTTTCATGTTTCTTGAGGCAAGCATACAATTATAATCT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * *
10288 ATTTTCACTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
65 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
10345 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1912, Mismatches: 364, Indels: 118
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.00
169 326 0.17
170 657 0.34
171 867 0.45
172 54 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
Found at i:9038 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 7840--10344 Score: 2379
Period size: 340 Copynumber: 7.4 Consensus size: 338
7830 TAGATTTATC
* *
7840 ACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCGTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTA
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTA
* * * * * *
7905 GTTTAATC-AAAAATA-AAAAAAAATCAACTTAGAATCAATTTTGATG-TTATAAAACCGTTGAA
66 TTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * *
7967 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATGGGTGACTATCAATATACTTTTCTT-ATCATTGAAT-G
129 A--GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGG
* * ** * ** * * * * *
8030 ATTTTTTTTCACATTTCCTAAGATAAACAGTTAATAATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAC
191 CTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-
* * ** *
8095 AATTTC-ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATAAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
255 AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-CAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * *
8159 GGCTTGAGTGACAATAAATAG
318 GGCTTGGGTGACTATAAATGG
*
8180 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACAGTCAATTATAATCTA
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTA
* * * *
8245 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAA
66 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT--AA
* * * * *
8310 AGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTT
129 AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTT
* * * * *
8375 TTTCTTCATATTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTGAACTAAAAATGTAAGAAAAT
194 TTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAT
* * * *
8440 TCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTT
258 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
*
8505 TGGGTGACTATAAATGC
322 TGGGTGACTATAAATGG
* ** *
8522 ACTTTTCTCT-CCAATGAATTAG-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATT
1 ACTTTTCT-TGCCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATC
* * * * * * * *
8585 TGTTTTAACCAAACATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAGAACCATTTAA
64 TATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * **
8650 AGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATACC
129 A--GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGC
* *
8715 TTTTTTTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACA
192 TTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-A
* * *
8780 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGC-GTAATAAGGCTTTTGATGGC
256 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* *
8844 TTGGGTGATTATATATGG
321 TTGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * * *
8862 CCTTTTCTCGCTAATGAATGGGTTTCTATTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTA
** * * *
8927 TTTTAACAAAAAATATAAAACCATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAG
66 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * * * * *
8992 TACGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTTTTG-TCAATGAATGACT
131 -A-GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCT
* * * * *
9056 TTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAATAGTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAA
193 TTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAA
* * * *
9121 TTCAGCTT-AAATTAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAATG
257 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGG
9184 CTT-GGTGACTATAAATGG
320 CTTGGGTGACTATAAATGG
** * * * *
9202 GTTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTC-AAGAGGTAAA-AGTTCAATTATAATC
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGGCAAACA-TTCAATTATAATC
* * *
9265 TATTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
64 TATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* **
9330 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTG-TCAATGAATGG
129 A--GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGG
* * * * * * * *
9394 CTTTTTCTTCATGTTTT-TGGAGGTAGATAGTTAATTATAATTTTTTTTAACT-AAAATCTAAAG
191 CTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-
* * * * *
9457 ATATTCAA-TCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTAGA
254 AAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGA
*** *
9521 ACTTTTGGGTGACTATATATAGG
317 AGGCTTGGGTGACTATAAAT-GG
* * * * *
9544 -CTTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTA
* * * * * * *
9608 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATGAGGTTCTAAAACTATTTAAA
66 TTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
9673 GCA-TAATAAGGCTTTTGATGGCTTGGGTGACTATAAATGGCCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTT
130 G-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTT
* * *
9737 TTTGTTCACG-TTTCTAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAA
194 TTTCTTCATGTTTTCT-AAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AA
* ********** * *
9801 TTTAACTTNNNNNNNNNNATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAAGC
257 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* *
9866 TTGAGTGACAATAAATGG
321 TTGGGTGACTATAAATGG
* ** ** * *
9884 ACTTTT-TATGCCAATGAATGGC-TTTGCTTCACATTTCTTAAGGCAGTCATTTAATTATAATAT
1 ACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
9947 ATTTTAATAAAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATATAAA
65 ATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TTAA
* * ** * *
10012 ACGAGTAATAAAGTTTTTGAAGATTTGGGTGACTATAACT-GAGCTTTTCTTGC-ATATAAATGG
129 A-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGCTA-ATGAATGG
* * * * * * * * *
10075 CTTTTTCTTTACGTTTT-TCGAGCCAAACATTCATTTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAAAA
191 CTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
** ** * *
10139 AGGCTCAACTTAAAATCTTTTAT-ACGGTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAA
255 A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACTATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
10203 AGACATGAGTGACTATAAATGG
317 AGGCTTGGGTGACTATAAATGG
** * ** * * *
10225 AC-TTTCTTATCAATAAATAAC-TTTTCTTTCATGTTTCTTGAGGCAAGCATACAATTATAATCT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * *
10288 ATTTTCACTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
65 ATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
10345 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1797, Mismatches: 312, Indels: 111
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 6 0.00
339 87 0.05
340 753 0.42
341 521 0.29
342 422 0.23
343 8 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTA
TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTT
TCTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGG
TGACTATAAATGG
Found at i:9119 original size:511 final size:508
Alignment explanation
Indices: 7840--10344 Score: 2457
Period size: 511 Copynumber: 4.9 Consensus size: 508
7830 TAGATTTATC
* * *
7840 ACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCGTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTA
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATAT-
* * * * *
7905 G-TTTAATCAAAAATAAAAAAAAATCAACTTAGAATCAATTTTGATG-TTATAAAACCGTTGAAA
65 GTTTTAA-CAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTGAAA
** * ** ** *
7968 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATGGGTGACTATCAATATACTTTTCTTATCATTGAATGA-T
128 G-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT
* ** * * *
8032 TTTTTTTCA-CATTTCCTAAGATAAACAGTT-AATAATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAC
192 TTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-
* * * ** **
8095 AATTTC-ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATAAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
254 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
8159 GGCTTGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG
319 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGG
* * * *
8224 CAAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATG
383 CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
** * *
8289 AGATTATAAAA-TCATTTAAAAAG-AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
448 AGATTATAAAACT-ATTT--AAAGCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * *
8351 ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATATTT-TCCAAGGCAAACATTCAATTATAATAT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGCAAACATTCAATTATAATAT
* * * *
8415 GTTTGAACTAAAAATGTAAGAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
65 GTTTTAAC-AAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAA
* * *
8480 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTCT-CCAATGAATTAG
128 G-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGAC
* * * * *
8544 TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAACATGTAAAAAA
191 TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * ** *
8609 ATTCAGCTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGG
256 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * *
8674 CATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTTTTCATGTTTTCTAAGGCA
321 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATG-TTTCTAAGGCA
* * * * *
8739 AACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAG
385 AACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
8804 GTTATAAAACTATTTAAAGC-GTAATAAGGCTTTTGATGGCTTGGGTGATTATATATGG
450 ATTATAAAACTATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * * * * * * * *
8862 CCTTTTCTCGCTAATGAATGGGTTTCTATTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATG
* * *
8927 TTTTAACAAAAAATATAAAACCATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAG
66 TTTTAAC-AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAG
* * * * * * * *
8992 TACGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGACTT
129 GA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
* * *
9057 TTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAATAGTT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAA
193 TTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
* * * * * *
9121 TTCAGCTT-AAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAATGC
257 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* ** * * * *
9185 -TTGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCAAGAGGTAA
322 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTA-AGGCAA
9249 A-AGTTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
386 ACA-TTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
9312 GATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATAG
449 GATTATAAAACTATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * * * * *
9373 ACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTGGAGGTAGATAGTT-AATTATAATT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGCAAACA-TTCAATTATAATA
* * * * * *
9436 TTTTTTAACTAAAATCTAAAGATATTCAA-TCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
64 TGTTTTAACAAAAATATAAA-AAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAA
* * * ** * *
9500 AGCAAGCAATAAGGCTTTAGAACTTTTGGGTGACTATATATAGG-CTTTTCTTGCCAATAAAT-A
127 AG-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGA
** *
9563 GCTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAA
190 -CTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AA
* * * *
9627 AAAAATTCAATTTAAAATTAATTATGAGGTTCTAAAACTATTTAAAGC-A-TAATAAGGCTTTTG
252 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * *
9690 ATGGCTTGGGTGACTATAAATGGCCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTTTGTTCACGTTTCTAAA
317 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCT-AA
* * * **********
9755 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTAACTTNNNNNNNNNNA
381 GGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA
* *
9820 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACAATAAATGG
446 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
* ** ** *
9884 ACTTTT-TATGCCAATGAATGGC-TTTGCTTCACATTTCTTAAGGCAGTCATTTAATTATAATAT
1 ACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATAT
* * * * * *
9947 ATTTTAATAAAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATATAAA
65 GTTTTAA-CAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TGAA
* * * * * * * *
10012 ACGAGTAATAAAGTTTTTGAAGATTTGGGTGACTATAACT-GAGCTTTTCTTG-CATATAAATGG
127 AGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCA-ATGAATGA
* * * * ** * *
10075 CTTTTTCTTTACGTTTTTCGAGCCAAACATTCATTTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAA
190 CTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
*** ** * *
10140 GGCTCAACTTAAAATCTTTTAT-ACGGTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAA
255 AATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
10204 GACATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTT-ATCAATAAATAAC-TTTTCTTTCATGTTTCTTGA
319 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATAGCTTTTTC-TTCATGTTTC-TAA
* * *
10266 GGCAAGCATACAATTATAATCTATTTTCACTAAAAATATAAAA-ACATTCAACTTAAAATCAATT
381 GGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATT
10330 ATGAGATTATAAAAC
445 ATGAGATTATAAAAC
10345 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1643, Mismatches: 294, Indels: 114
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 6 0.00
509 132 0.08
510 288 0.18
511 812 0.49
512 177 0.11
513 219 0.13
514 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (508 bp):
ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATG
TTTTAACAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGGA
GTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
CTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTAAGGCAAACATT
CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACTATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
Found at i:10763 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10445--10796 Score: 458
Period size: 169 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
10435 NNNNNNNNNN
* * * *
10445 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTTAGTTGAATTTTCTTACCTTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTATAGTTGAATTTTCTTACATTTTT
*
10510 AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCTCGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTAGCA
66 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTCGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTAGCA
*
10575 AGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CAAGCATTCAAAAGCCTT
131 AGAAAAGCCCATATATAGTCACTCAAGCATTCAAAAGCCTT
* * * * * *
10615 ATTGCTTGCTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAT-GTTGAATTTTTTTAGATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTATAGTTGAATTTTCTTACATTTTT
* * * * *
10679 GGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTTTGCCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
66 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCT-CGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTAGC
** * * * * *
10743 ATTAAAAGTCTATATATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTT
130 AAGAAAAGCCCATATATAGTCACTCAAGCATTCAAAAGCCTT
10785 ATTACTCGCTTT
1 ATTACTCGCTTT
10797 TTATGGTTTT
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 26, Indels: 4
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 92 0.60
170 61 0.40
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTATAGTTGAATTTTCTTACATTTTT
AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTCGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTAGCA
AGAAAAGCCCATATATAGTCACTCAAGCATTCAAAAGCCTT
Found at i:11524 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11000--12599 Score: 875
Period size: 171 Copynumber: 9.4 Consensus size: 170
10990 NNNNNNNNNN
* * *
11000 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
11065 -ATATTTTGA-TAAAACATATCATAATTGAATGTTTACCTT-ATGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
66 CAT-TTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * **
11127 TTATTAACAAGAAAAGTCTAATTACAGTTACCCATTCCTTCAA
129 TCATTGACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
** * * * * *
11170 AAGCCTTCCTACTCACTTTAAATGGCTTTGTAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGAATATTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTT
* * * * * *
11235 ATATTTTAG-TTAAAACAGATCATAATTAACTGTTTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAACCCAT
65 ACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* **********
11298 TCATT-AGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCNNNNNNNNNN
129 TCATTGA-CAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * * * * * **
11341 AAGTCGTATTACTCGCTTTACATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGGTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
11406 CATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATGTTTGCCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTC
66 CATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* *
11471 ATTGCCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
131 ATTGACAAGAAAAGCC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * ********** **
11512 ACGCCTTATTACTCACTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTCGGTTGAA-TTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * *
11576 GA-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGACTATATACCTCGAGAAACATGAAGAAACAA-CCATT
66 CATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGCCATT
* * * *
11639 CACTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
130 CATTGACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
********************
11681 AAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * *
11746 CATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTG-GAAAACATGAAGAAGAAGGCACT
66 CATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCA-T
** **********
11810 T-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTCAA
129 TCATTGACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * *
11852 AAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT
* * * *
11917 A-ATTTTT-ATTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCAA
65 ACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCC-A
* * * * **
11979 TTTATTGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCTCTCAAGCCTTTGA
128 TTCATTGACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* ********** *
12023 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
12088 CATTTGTGATTAGAACAAATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATT
66 CATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATT
* * *
12152 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCAA
130 CATTGACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * * * * **
12194 AACCCTTATTATTAGCTTTAAACGG-TTTATAA-CTGCAAAATTAATTCCAAGTTG-ATTGTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
* * * * * * * *
12256 TACATTTTTGGTT-AAATAGAATATAATT-GATTTTCTTCATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
64 TACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTT-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * * ***
12319 TTCAATAATAAGAAAAGTCAAATTATAGTCACTCATTACTTCAA
128 TTCATTGACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * ** ** * ********** *
12363 ACGCCTTACTACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTAA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
12428 CATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGATTGTTT-GCTTTAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATT
66 CATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATT
********* *
12492 CATTGACAAGAAANNNNNNNNNNTAGTCACCCAAGCCTTCGA
130 CATTGACAAGAAA-AGCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * * * * *
12534 AAGCCTTGTTGCTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGTATCTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
12599 C
66 C
12600 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1064, Mismatches: 331, Indels: 69
0.73 0.23 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.01
169 210 0.20
170 157 0.15
171 663 0.62
172 24 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
ATTGACAAGAAAAGCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
Found at i:13709 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13387--13711 Score: 377
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
13377 CTTCAAAAGC
* * * *
13387 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATT
1 CTTATTACTCACCTTAAATGGTTCTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATT
* * ** * * * *
13452 TTTAGTTTAAACAGGTTATAATTGAATGTTTTCCTTGGTAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTG
66 TTTAGCTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTG
**
13517 GTAAGAAAAGTTCGATTATAGTCACTGATTCCTTTAGAAGT
131 ACAAGAAAAGTTCGATTATAGTCACTGATTCCTTTAGAAGT
* * * * **
13558 CTTATTACTCACCTTAAATGGTTCTATAATCTTATAATTGATTTTTGGTTGAAT-TTTCTTACA-
1 CTTATTACTCACCTTAAATGGTTCTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATGTTT-TTACAT
* * * * *
13621 TTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGAGTGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTTATT
65 TTTTAGCTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATT
*
13686 GACAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCAC
130 GACAAGAAAAGTTCGA-TTATAGTCAC
13712 CCATGCCTTC
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 26, Indels: 5
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 74 0.59
171 49 0.39
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
CTTATTACTCACCTTAAATGGTTCTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATT
TTTAGCTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTG
ACAAGAAAAGTTCGATTATAGTCACTGATTCCTTTAGAAGT
Found at i:13880 original size:168 final size:163
Alignment explanation
Indices: 13442--14090 Score: 432
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 163
13432 AAGTTTAATG
* ** * * * * *
13442 TTTTTACATTTTTAGTTTAAACAGGTTATAATTGAATGTTTTCCTTGGTAAACATAAAGAAAAAG
1 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTCAATATTTACCTTGG-AAACATGAAGAAAAAC
* ** * * ** ** * *
13507 CCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCGA-TTATAGTCACTGATTCCTT-TAGAAGTCTTATTACTCAC
65 CCTTTCATTGACAAGAAAAG-CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA-AAGCCTTA-TACTCAC
* * * * *
13570 CTTAAATGGTTCTATAATCTTATAATTGATTTTTGGTTGAAT
127 CTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAG--G--C
* * * * * * * *
13612 TTTCTTACA-TTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGAGTGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAA
1 TTT-TTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTCAATATTTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
13676 -GCTATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATAGGTCAC
64 CCCT-TTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATA-CTCAC
* * ****
13740 TTTCTATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNC
127 CTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT------TAGGC
*
13783 TTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTAT-ATTCAAT-TTTACCTTGGAAACATGAAGAAAAACC
1 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTCAATATTTACCTTGGAAACATGAAGAAAAACC
* * * *
13846 CTTTCATTGACAAGAAAAGCCCATTAATAGTCACCCAAGCCTTCGAATGCCGTATTACTCTCCTT
66 CTTTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTA-TACTCACCTT
*
13911 ATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGNNNNNNN
130 ATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG------C
*** * * *
13951 NNNTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTCAATATTT-GCTCGAGAAAACGTGAAG-AAAA
1 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTCAATATTTACCTTG-G-AAACATGAAGAAAAA
* * * *
14014 CCCTTTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
64 CCCTTTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTA-TACTCACC
*
14079 TTAAATGGTTTT
128 TTATATGGTTTT
14091 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 72, Indels: 50
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 119 0.31
169 30 0.08
170 197 0.52
171 36 0.09
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (163 bp):
TTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTCAATATTTACCTTGGAAACATGAAGAAAAACC
CTTTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATACTCACCTTA
TATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGC
Found at i:15520 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 14662--16782 Score: 2005
Period size: 171 Copynumber: 12.4 Consensus size: 167
14652 NNNNNNNNNN
* * * *
14662 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATCATTCATTTTAA
1 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
14727 GTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCATTGGAAAACGTGA
66 GTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGG-AAACATGA
** * * *
14792 AGAAAAAAATATTTATTGGCAAGAAAAAGTCCATTTTTAGAC
129 AG-AAAAAGCATTCATT-GCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** * * * * * *
14834 ACACATGTGTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAAAGGTTTTATGA-CTTCAAAATTG-TTTCT
1 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTT-T
* *
14897 AAGTTGAATGTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGTCTTGAGAAACA
64 AAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GAAACA
* * * ** *
14961 TGAAGGAAAAGTCATTCAATAGCAAAAAAAGTTAAATTATAGTC
126 TGAAGAAAAAG-CATTC-ATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * * **
15005 ACCCATTCCTTC-AAATGCCTTACTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 ACCCAAGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
15069 AGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACAT
65 AGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGG-AAACAT
* *
15134 GAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTT
127 GAAGAAAAAG-CATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
15177 ACCTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * * * *
15242 GTTGTATTTTTTTTACTTTTTTGATAAAAATATATTATAATTGACTGTTTACCCT-AAAAAATTT
66 GTTG-A-ATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAACA--T
* ** *
15306 GAAGCAAAAGCTATTTGTTG-ATACGAAAAGTCTATTTATAGTC
127 GAAGAAAAAGC-ATTCATTGCA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
15349 ACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTATTCGCTTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
15414 GCTGAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGTATGTCTACCTCAGGAAACATGA
66 GTTGAAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAACATGA
* *
15479 AGAAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTCATAGTC
129 AG-AAAAAGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** * *
15520 ACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * * *
15585 GTTGTATTTTTTTATTTTTTTGATTAAAATATATTATAATCGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA
66 GTTG-AATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GAAACATGA
* *
15650 AGCAAAGGCCA-TCTATTG-ATATGAAAAGTCCATTTATAGTC
129 AGAAAAAG-CATTC-ATTGCA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** *
15691 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
1 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* *
15756 GTTGAATTTTTTTAAAATTTTT-AGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACAT
66 GTTGAA-TTTTTT-ACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGG-AAACAT
* * *
15820 GAAGAAAAAGGCATTTATTAGCAAGAAAAGTTCAATTATAGTC
127 GAAGAAAAA-GCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** * * * *
15863 GCTCATTCCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTT-TAACCTCCTAATTGATTTT
1 ACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTT
* *
15926 AAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACA
64 AAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAAACA
* **
15990 TGAAGAAAAAACTATTCACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
126 TGAAGAAAAAGC-ATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * *
16034 ACCCATGCCATT-GAATGTCTTATTGCTCGATTTAAATGCTTTTATACTCTCATAATTGATTTT-
1 ACCCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * ** * *
16097 AGATTGAGTTTTTCTAGATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGGCTGTTTGCCTTGAGAAAGAT
65 AG-TTGAATTTTT-TACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GAAACAT
* * *
16162 AAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
127 GAAGAAAAAG-CATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
16205 ACCCAAGCCTTCGAATA-CCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTA
1 ACCCAAGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
16269 GGTTGAGTTTTTTTAAATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGACTATTTGCCTTGAGAAACAT
65 AGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GAAACAT
*
16333 GAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTC
127 GAAGAAAAAG-CATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
16376 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * ** *
16441 GTTGAATTCTCTTT-TATTTTTGGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAGAACATA
66 GTTGAATT-T-TTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGA-AACATG
*
16505 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
128 AAGAAAAA-GCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
16547 ACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAA
1 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
16612 GTTGAATTTTCTTACATCTTTGGTT-AAACAAATTAAAATTGAATGTCTGGCTTGGAAA-ATGAG
66 GTTGAATTTT-TTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAACAT--G
*
16675 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCC
128 AAGAAAAA-GCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
16717 ACCCATA-CCATCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
1 ACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
16781 AG
65 AG
16783 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1618, Mismatches: 256, Indels: 152
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 4 0.00
170 167 0.10
171 895 0.55
172 523 0.32
173 26 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAACATGAAG
AAAAAGCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
Found at i:15795 original size:514 final size:513
Alignment explanation
Indices: 14662--16782 Score: 2273
Period size: 514 Copynumber: 4.1 Consensus size: 513
14652 NNNNNNNNNN
* * * *
14662 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATCATTCATTTTAA
1 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
* * * * * *
14727 GTTGAATTGTTTTACATTTTTTA-TTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCATTGGAAAACGTG
66 GTTGAATTTTTTTA-AATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATG
** * * * * * * **
14791 AAGAAAAAAATATTTATTGGCAAGAAAAAGTCCATTTTTAGACACACATGTGTTCAAAAGCCTTA
130 AAGAAAAAGCTATTTATTGACAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
14856 TTATTCACTTTAAAAGGTTTTATGA-CTTCAAAATTG-TTTCTAAGTTGAATGT-TTTTACATTT
194 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTT-TAAGTTGAAT-TCTTTTACATTT
* ** * *
14918 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGTCTT-GAGAAACATGAAG-GAAAAGTCATTCAAT
256 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATT
* ** * * * * * * **
14981 AGCAAAAAAAGTTAAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAATGCCTTACTACTCACTTTAAATATTT
319 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
15046 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAAT
384 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAAT
*
15111 TGAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGT
449 TGAATGTCTACCTTGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGT
*
15176 T
513 C
* * * * *
15177 ACCTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTGCTCT-CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTA
* * * * * * * * * * * **
15241 AGTTGTATTTTTTTTACTTTTTTGATAAAAATATATTATAATTGACTGTTTACCCTAAAAAATTT
65 AGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACAT
* * * * * *
15306 GAAGCAAAAGCTATTTGTTGATACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTA
129 GAAGAAAAAGCTATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
15371 TTATTCGCTTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATGT-TTTTACATTTTT
194 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTACATTTTT
* * * *
15435 -GATTAAAATAGATTATAATTGTATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGT
258 AG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGC
* * *
15499 AAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTAA
322 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* ** * *
15564 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTA-TTTTTTTATTTTTTTGATTAAAATATATTATAATCGA
387 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * *
15628 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAGGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTC
452 ATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
* *
15691 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
1 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
* * *
15756 GTTGAATTTTTTTAAAATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATG
66 GTTGAATTTTTTT-AAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATG
* * **
15821 AAGAAAAAGGC-ATTTATT-AGCAAGAAAAGT-TCAATTATAGTCGCTCATTCCCTT-AAAAGCC
130 AAGAAAAA-GCTATTTATTGA-CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCC
* * *
15882 TTATTACTCACTTTAAATGGTCTTT-TAACCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATT
191 TTATTACTCACTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATT
* *
15946 TTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAA-CTATTCACT
255 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAAGC-ATTCATT
* * * * * * * *
16010 AACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCATTGAATGTCTTATTGCTCGATTTAAATGCTT
319 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
16075 TTATACTCTCATAATTGATTTT-AGATTG-AGTTTTTCTAGATTTTTGATTAAAACAGATTATAA
384 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAGTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAA
** * * * * **
16138 TTGGCTGTTTGCCTTGAGAAAGATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAG
448 TTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAG
16203 TC
512 TC
* * * *
16205 ACCCAAGCCTTCGAATA-CCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTA
1 ACCCAAGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTA
* * * * *
16269 GGTTGAGTTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGACTATTTGCCTTGAGAAACATG
65 AGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATG
* * * *
16334 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
130 AAGAAAAAGCTATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
16399 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTCTTT-TATTTTTG
195 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCT-TTTACATTTTTA
* * * * * *
16463 GTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA-AAGAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA
259 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGA-AACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCA
* * * *
16527 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
323 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
16592 AATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTCTTACATCTTTGGTTAAACA-A-ATTAAAATTGA
388 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTGATTAAA-ATAGATTATAATTGA
** * * * *
16654 ATGTCTGGCTTGGAAA-ATGAGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCC
452 ATGTCTACCTTGGAAACAT--GAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
* * *
16717 ACCCATA-CCATCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTT
1 ACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTT
16780 AAG
64 AAG
16783 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1340, Mismatches: 226, Indels: 83
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.00
511 5 0.00
512 120 0.09
513 296 0.22
514 569 0.42
515 292 0.22
516 56 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (513 bp):
ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
GTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATGA
AGAAAAAGCTATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGT
CTACCTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
Found at i:17959 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17770--19379 Score: 1356
Period size: 171 Copynumber: 9.4 Consensus size: 170
17760 NNNNNNNNNN
* * *
17770 TTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGATGAAAAAGCC
1 TTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * * *
17834 ATTCCTTTGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTTACCCAAGTCTTCAAAAGCCTCATTACAT-GCTTT
65 ATT-CATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTT
17898 AAATGAGTTTT-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTT
128 AAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTT
* * * ** * * *
17941 TTATATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTTAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCTA
1 TTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
** * * * ** * * *
18006 TTCATTG-ACAGAAAAAGTTTAATTATAGTTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTA
66 TTCATTGCA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
18070 AATGGTTTTGTAAACTCATAATTAATATTAAGTTAAATGTTTT
129 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-ATTTT
* * * * *
18113 TTATATTTTT-AGTTAAAACAGATCATAATTCAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAGAAACCC
1 TTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * ** * * *
18177 ACTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGTCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
65 ATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
18242 AATGGTTTTGTAATCACATAATTGATTTTAAGCT-GAATATTT
129 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAAT-TTT
* ** *
18284 TAACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATCAAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-CCA
1 TTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC-
* * * *
18348 ATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATTGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTA
65 ATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*
18413 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGCTTAAATTTTTT
129 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAA-ATTTT
* * * * * * * **
18456 TTAGATTTATGATTAAAACAGATTATAATCGACTGTCTACCTT-AGAAAACATAAAGAAAAAGGT
1 TTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * *
18520 ATTCATTGACAAGAAAATTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
65 ATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
18585 AATGGTTTTATAACCTCAAAATCGATTCTAAGTTGAATTTTT
129 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTT
* * * *
18627 TTACATTTTT-AGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAATAAAAAGCC
1 TTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * **
18691 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAATCACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTA
65 ATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
18756 AATGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTT-GAATTTT
129 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTT
* * * * * * * *
18797 CCTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACCTTGAA-AAACATGAGGAAAAAGT
1 -TTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * * * *
18861 CACTT-ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAGAAGCCTTATCACTTGCTT
64 CA-TTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
18925 TAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
127 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-ATTTT
* * * * ** * *
18970 TTACATTTTTGTTTAAAA-ATAATTTATAATTTAATGTTTTCCTCGAGAAACATAAAGCAAAA-C
1 TTACATTTTTGATTAAAACA-GA-TTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * *
19033 CAATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTTATAG-CTACCCAAGCCTTCGAAATCCTTATTACTCGCT
64 C-ATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
19097 TTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTCATTTTAACTT-GAATTGTT
126 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATT-TT
* * * * *
19142 TTGCATTTTTGATTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAA-ATGTGAAGAAAAAAG
1 TTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACA--TGAAG-AAAAAG
** * * ** * * *
19205 -CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAACCACGCATGTGTTCGAAAGCCTTATTATTCACTT
63 CCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
** * * * *
19269 TAAACAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTCTAAGTT-GAATTGTT
127 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATT-TT
* * * * * * * *
19313 TTGCATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT-AACTGTCTGTCTTGAGAAACTTGAAGGAAAAGCC
1 TTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
19377 ATT
65 ATT
19380 TAGNNNNNNN
Statistics
Matches: 1163, Mismatches: 230, Indels: 92
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 35 0.03
171 685 0.59
172 324 0.28
173 116 0.10
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
TTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTT
Found at i:18413 original size:514 final size:512
Alignment explanation
Indices: 17771--19377 Score: 1517
Period size: 515 Copynumber: 3.1 Consensus size: 512
17761 NNNNNNNNNT
* * *
17771 TACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGATGAAAAAGCC-
1 TACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * *
17834 ATTCCTTTGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTTACCCAAGTCTTCAAAAGCCTCATTACATGCTTTA
65 ATT-CATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTAC-TGCTTTA
* * *
17899 AATGAGTTTT-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-ATTTTTTATATTTTTAATTAAAACAG
127 AATGAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
* * *
17962 ATTATAATTTAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATTCATTGAC-AGAAAAAGTT-
192 ATTATAATTTAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGCTATTCATTGACAAG-AAAA-TTC
* * * * * *
18025 TAATTATAGTTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATA
255 TAATTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAA
* * *
18090 ATTAATAT-TAAGTTAAATGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTCAATGTTTGCC
320 ATCAAT-TCTAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTCAATGTTTACC
* * * * ** *
18154 TTAAGAAACATGAAGAGAAACCCACTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGTCTAAGCCTT
383 TTAAGAAACATGAAGAAAAACCCACTCATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAATCACCCAAGCCTT
* * *
18219 CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCACATAATTGATTTTAAGCTGAATATTT
448 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGCTGAAT-TTT
18284 -
512 C
*
18284 TAACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATCAAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-CCA
1 T-ACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * *
18348 ATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATTGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTA
65 ATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACT-GCTTTA
* *
18413 AATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGCTTAAATTTTTTTTAGATTTATGATTAAAACA
127 AATGAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
** * * * * * *
18476 GATTATAATCGACTGTCTACCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAATTCT
191 GATTATAATTTAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAATTCT
* ** *
18541 ATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAA
256 AATTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAA
* * * * *
18606 TCGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
321 TCAATTCTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTCAATGTTTACCTTA
* * * * * * *
18671 GGAAACATGAATAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAATCACCCAATCTTTCAA
386 AGAAACATGAAGAAAAACCCACTCATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAATCACCCAAGCCTTCAA
* * * * *
18736 AAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCC
451 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGCTGAATTTT-C
* * * * * * * * *
18799 TATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACCTTGAA-AAACATGAGGAAAAAGTCA
1 TACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * *
18863 CTT-ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAGAAGCCTTATCACTTGCTTTA
65 ATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA-AAGCCTTATTAC-TGCTTTA
* * *
18927 AATGA-TTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAA-AT
127 AATGAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA-
* * * * * * * **
18990 AATTTATAATTTAATGTTTTCCTCGAGAAACATAAAGCAAAACCAATTCATTGACAAGAGAAGCC
191 GA-TTATAATTTAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAATTC
* * * * * * * ** *
19055 CATTTATAGCTACCCAAGCCTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTTATA
255 TAATTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCA-A
* * * * * * * * * *
19120 ATTC-ATTTTAACTTGAATTGTTTTGCATTTTT-GATTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
319 AATCAATTCTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATCATAATTCAATGTTTACC
* ** * * * * * * * **
19183 TT-GGAAA-ATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAACCACGCATGTG
383 TTAAGAAACA--TGAAGAAAAACCCACTCATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAATCACCCAAGCC
* * * * * * * *
19246 TTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAA-CAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTCTAAGTTGAATT
446 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGCTGAATT
*
19310 GTTT
510 -TTC
* * * * * * ** * *
19314 TGCATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAACTGTCTGTCTTGAGAAACTTGAAGGAAAAGCCA
1 TACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
19378 TTTAGNNNNN
Statistics
Matches: 905, Mismatches: 160, Indels: 56
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
513 21 0.02
514 433 0.48
515 443 0.49
516 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
TACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAA
TTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAGCCTTATTACTGCTTTAAATG
AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTA
TAATTTAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAATTCTAATTA
TAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATCAAT
TCTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTCAATGTTTACCTTAAGAAA
CATGAAGAAAAACCCACTCATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTC
Found at i:18414 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 17774--19342 Score: 1419
Period size: 343 Copynumber: 4.6 Consensus size: 340
17764 NNNNNNTTAC
* * * * * *
17774 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGATGAAAAAGCCATTCC
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCACT-C
* * * * * * *
17839 TTTG-CAAGAAAAGTCTATTTAGAGTTACCCAAGTCTTCAAAAGCCTCATTACATGCTTTAAATG
65 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * *
17903 AGTTTT-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAATTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTA
130 -GTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATA-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTA
*** * * * * ***
17966 TAATTTAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATTCATTG-ACAGAAAAAGTTTAATT
193 TAATTTAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGCA-AG-AAAAGCCCAATT
* * ** * * * * *
18030 ATAGTTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTAA
256 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
18095 TATTAAGTTAAATGTTTTTTAT
321 T-TTAAGTTAAAT-TTTTTTAT
* * * * *
18117 ATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTCAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAGAAACCCACTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCACTCA
** * ** * * **
18182 TTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGTCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
66 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * * * * *
18247 TTTTGTAATCACATAATTGATTTTAAGCTGAATATTTTAACATTTTTGATTAAAACAGATTATAA
131 TTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAA
** * *
18312 TCAAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATTG
196 TTTAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATT-GCAAGAAAAGCCCAATTATAG
* * * *
18377 TCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
260 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTA
18442 AGCTTAAATTTTTTT-T
325 AG-TTAAATTTTTTTAT
** * * **
18458 AGATTTATGATTAAAACAGATTATAA-TCGACTGTCTACCTT-AGAAAACATAAAGAAAAAGGTA
1 ATTTTTA-G-TTAAAACAGATTATAATTC-AATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * *
18521 TTCATTGACAAGAAAATTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
62 CTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* * * *
18586 ATGGTTTTATAACCTCAAAATCGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACGGAT
127 ATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGAT
* * * * * *
18650 TATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAATAAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAA
191 TATAATTTAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-CCAATTCATT-GCAAGAAAAGCCCAA
* * * * * *
18714 TTATAATCACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAATT
254 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * **
18779 GATTTTAGGTTGAATTTTCCTAT
319 GA-TTTAAGTTAAATTTTTTTAT
* * * * * *
18802 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACCTTGAA-AAACATGAGGAAAAAGTCACTT
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCACTC
* * * * *
18866 ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAGAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATG
65 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * *
18931 ATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAA-ATAATTT
130 GTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTTACATTTTTGATTAAAACA-GA-TT
* * * * * *
18995 ATAATTTAATGTTTTCCTCGAGAAACATAAAGCAAAACCAATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTT
192 ATAATTTAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTG-CAAGAAAAGCCCAATT
* * * * * *
19060 ATAG-CTACCCAAGCCTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTC
256 ATAGTC-ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * **
19124 ATTTTAACTTGAATTGTTTTGC
320 A-TTTAAGTTAAATTTTTTTAT
* * *
19146 ATTTTT-GATTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAA-ATGTGAAGAAAAAAG-CA
1 ATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTAAGAAACA--TGAAG-AAAAAGCCA
* ** * * ** * *
19207 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAACCACGCATGTGTTCGAAAGCCTTATTA-TTCACTTTA
62 CTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-GCTTTA
** * * * *
19271 AACAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTCTAAGTTGAAT-TGTTTTGCATTTTTGGTTAAAATAGA
126 AATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
19335 TTATAATT
190 TTATAATT
19343 AACTGTCTGT
Statistics
Matches: 1001, Mismatches: 193, Indels: 65
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 6 0.01
342 165 0.16
343 566 0.57
344 257 0.26
345 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCACTCA
TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
TTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAA
TTTAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGCAAGAAAAGCCCAATTATAGT
CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAA
GTTAAATTTTTTTAT
Found at i:19260 original size:515 final size:512
Alignment explanation
Indices: 17770--19350 Score: 1388
Period size: 514 Copynumber: 3.1 Consensus size: 512
17760 NNNNNNNNNN
* * * * * *
17770 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGATGAAAAAGCC-
1 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-CCA
* * * * * * * * * *
17834 ATTCCTTTGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTTACCCAAGTCTTCAAAAGCCTCATTACAT-GCTTT
65 ATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCAC-TCGCTTT
* * * * * *
17898 AAATGAGTTTT-TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAA-ATTTTTTATATTTTTAATTAAAAC
129 AAATGA-TTTTATAACCTCAAAATTGATTTT-AGCTTAAATTTTTTTTACATTTATGATTAAAAC
* ** * * * * * * * *
17960 AGATTATAATTTAATGTTTGCCTTG-GGAAACGTGAAGCAAAAGCTATTCATTGAC-AGAAAAAG
192 AAATTATAATCGAATGTCTACC-TGAGAAAACATAAAGAAAAACCAATTCATTGACAAG-AAAAG
*** * * * ** * * * * *
18023 TTTAATTATAGTTACTCATTCTTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTCA
255 CCCATTTATAGCTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCA
* ** * * * * * * * *
18088 TAATTAATAT-TAAGTTAAATGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTCAATGTTTG
320 AAATCGAT-TCTAACTTGAAT-TGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * ** * * ** ** * * *
18152 CCTTAAGAAACATGAAGAGAAACCCACTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGTCTAAGCC
383 CCTTAGGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAATTATAACCACCCAATCT
* * * *
18217 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCACATAATTGATTTTAAGCTGAATAT
448 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
18282 T
512 T
* * * *
18283 TTAACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATCAAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCA
1 TT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCA
* **
18348 ATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATTGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTA
65 ATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTA
* * * * *
18413 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGCTTAAATTTTTTTTAGATTTATGATTAAAACAGA
130 AATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAGCTTAAATTTTTTTTACATTTATGATTAAAACAAA
* * *** ** *
18478 TTATAATCGACTGTCTACCTTAGAAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAATTCTAT
195 TTATAATCGAATGTCTACCTGAGAAAACATAAAGAAAAACCAATTCATTGACAAGAAAAGCCCAT
* * *
18543 TTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATC
260 TTATAGCTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATC
* * * *
18608 GATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGG
325 GATTCTAACTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * * *
18673 AAACATGAATAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAATCACCCAATCTTTCAAAA
390 AAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAATTATAACCACCCAATCTTTCGAAA
* * *
18738 GCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
455 GCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
18796 TCCTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACCTTGAA-AAACATGAGGAAAAAG
1 T--TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAA-
* * * * * * *
18860 TCACTT-ATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AGAAGCCTTATCACTTG
62 CCAATTCATTAG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA-AAGCCTTATCACTCG
* *
18922 CTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTTACATTTTTGTTTAA
125 CTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTT-AGCTTAAATTTTTTTTACATTTATGATTAA
** * * *
18986 AA-ATAATTTATAATTTAATGTTTTCCTCGAG-AAACATAAAGCAAAACCAATTCATTGACAAGA
189 AACA-AA-TTATAATCGAATGTCTACCT-GAGAAAACATAAAGAAAAACCAATTCATTGACAAGA
* * * *
19049 GAAGCCCATTTATAGCTACCCAAGCCTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
251 AAAGCCCATTTATAGCTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAC
* * * * * *
19114 TTTATAATTC-ATTTTAACTTGAATTGTTTTGCATTTTT-GATTCAAACAGATTATAATTGAATG
316 CTCA-AAATCGATTCTAACTTGAATTGTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATG
*
19177 TCTACCTT-GGAAA-ATGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAACCAC
379 TCTACCTTAGGAAACA--TGAA-AAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAATTATAACCAC
* * * * * * *
19239 GC-ATGTGTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAA-CAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTCTAA
441 CCAATCT-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
19302 GTTGAATTGTT
504 GTTGAA-T-TT
* * *
19313 TTGCATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAACTGTCT
1 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCT
19351 GTCTTGAGAA
Statistics
Matches: 889, Mismatches: 151, Indels: 54
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
513 18 0.02
514 437 0.49
515 416 0.47
516 15 0.02
517 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCAA
TTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAA
ATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAGCTTAAATTTTTTTTACATTTATGATTAAAACAAAT
TATAATCGAATGTCTACCTGAGAAAACATAAAGAAAAACCAATTCATTGACAAGAAAAGCCCATT
TATAGCTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATCG
ATTCTAACTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGA
AACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAATTATAACCACCCAATCTTTCGAAAG
CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
Found at i:22929 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22365--24780 Score: 1965
Period size: 171 Copynumber: 14.1 Consensus size: 170
22355 NNNNNNNNNN
* *
22365 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAATA-AG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA-ACAG
* * * ** * *
22429 ACTACAATTGAATGTTTAGCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGCCCA
65 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * *
22494 TTTATAATCACCCAAGCCTCCAAAAGCTTTATTACTCGCTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
********** * * * * * *
22536 AAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTGACTTTTTTAGTTAAAATATC
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-G
* * * * * *
22601 A-TATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCA
65 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* **********
22665 TTTATTGTCACCCATGCCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
22707 AAATGGTTTTATAACCTCAT-ATACGATTTTAAGTTGAATGTTTTAACATTTTTGGTTAAACCAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * *
22771 ATTATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAACATGAAGATAAAGCCATTCACTGGCTAA-AAAAGTCC
65 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGA-AAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGCCC
* * * * *
22835 AATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACCTT
128 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
22878 AAATAG-TTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
** * *
22942 ATTATAATTGAATGTTTGA-CTAAGGAAATATGATGAAAAGCCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
65 ATTATAATTGAATGTTT-ACCTTGGGAAACATGAAGAAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
*** * *
23006 ATTTATAGTCGTTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCT
128 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* **********************
23049 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* ** * * * * * *
23114 TTATAAATT-AATATTTACCTCAGGAAATATGAATAAAAAACCATTCATTTGCAATAACAGCCCA
66 TTAT-AATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAA-GAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * *
23178 TTTATGGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * * * *
23220 AAATGGTTTTATAATTTCATAAATGATTTTAAATTGTATTTTCTAACTTTTTTGATTAAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
** ** * *
23285 TTATAATTGAATGTTTACCTTCAGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTCCA
66 TTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * **
23349 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
23391 AAATAGTTTTATAATTTTATCATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTGTTAGTTAAAACATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* ** ** * * * **
23456 TTATAATT-ATATGTATGTCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTCA
66 TTATAATTGA-ATGTTTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * * *
23520 TTTACAGTCACCCATGCCTTTAAAAACTTTATTACTTGCTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * **
23562 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-CGAAATATTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * ** * * *
23626 GTTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAATGTGAAAAAAAAGTCAATCATTGGCAAGAAAAGCCCA
65 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATG-AAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * *
23691 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
23733 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATCTTAGGTTGAATTCTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * *
23798 TTATAATTGAATG-TTGCTTTGGGAAACATAAAGAACAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
66 TTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
* * * * *
23862 TTATAGAT-GCCAATACCTTCAAAATCCTTATTACTTGCTTT
130 TTATAG-TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
23903 TAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATAATTTTGGTTAAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * ** * *
23968 TTGTAATTGAATGTGTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAATCCATTCATAGGCAAGAAAAGCCCAT
66 TTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
* * * * *
24033 TTATAGGT-ACCTAAGCCTTCGAAATCCTTGTTA-TCGGCTTT
130 TTATA-GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTT
* * * ** * * *
24074 AAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-GTTCTTTTATTCAAATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAACAG
* * * * * * * ** * ***
24138 ATTAAAATTAAATATTTACCTTGGAAAACACGAAGCAAAAGCAATCCATTGATATGAAAAGTTTA
65 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* ** * *
24203 TTTATAGTCACTCAAACTTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
24245 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTTAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * *** * * *
24310 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGTCAATT-A-TAAAAAAAAAAACTC
65 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
*
24373 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTT
128 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
24416 AAATGGTTTTATAACCTCCA-AATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
1 AAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * *
24480 ATTATAATTGAATTTTTTCCTTGGAAAACATAAAGAAAAGCCCATTCATTGACAAGAAAAACCCA
65 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* *
24545 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTATTCGCTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
24587 AAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATGAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * ** * * *
24652 TTATAATTAAAT-TTTTCCTTGGGAAATGTGAAGAAGAGCCATTTATTGGTAAGACAAA-CCCAT
66 TTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGA-AAAGCCCAT
* ** * **
24715 TTATATTCACTTAAGCCTTCAAAAGTTTTATTACTCGCTTT
130 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
24756 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
24781 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1778, Mismatches: 426, Indels: 84
0.78 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 89 0.05
170 264 0.15
171 1318 0.74
172 101 0.06
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Found at i:24032 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 23999--24039 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
23989 GGGAAATGTG
*
23999 AAGAAAAATCCATTCATAGGC
1 AAGAAAAACCCATTCATAGGC
* *
24020 AAGAAAAGCCCATTTATAGG
1 AAGAAAAACCCATTCATAGG
24040 TACCTAAGCC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.17, G:0.17, T:0.20
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAACCCATTCATAGGC
Found at i:24199 original size:683 final size:680
Alignment explanation
Indices: 23174--24780 Score: 1848
Period size: 683 Copynumber: 2.4 Consensus size: 680
23164 GCAATAACAG
* * * * * *
23174 CCCATTTATGGTCACCCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTC
1 CCCATTTATAGTCA-CCAATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * * *
23238 ATAAATGATTTTAAATTGTATTTTCTA-ACTTTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTA
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA--TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTA
** ** * * *
23302 CCTTCAGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGT-CACTCAAG
128 CCTTGGGAAATGTGAAG-AAAAGCCATTC-ATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTAC-CT-AAG
* ** * * * *
23365 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATTTTATCATTGATTTTAAGTTGAAT
189 CCTTCGAAATCCTTATTA-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * ** *
23430 GTTTTTACATTGTTAGTTAAAACATATTATAATTATATGTATGTCTCAGAAAACATGAAGAAAAA
253 GTTTTTACATTGTTAGTTAAAACATATTAAAATTAAATATATACCTCAGAAAACACGAAGAAAAA
* ** * *
23495 GTCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATGCCTTT-AAAAACTTTATTACTTGC
318 GTCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCA-AACTTTCAAAAACCTTATTACTCGC
*
23559 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGC-GAAATATTTTTACATTTTTTA-TTAAA
382 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAAATATTTTTACA-TTTTTAGTTAAA
* * * *** * *
23622 ACAGGTTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAATGTGAAAAAAAAGTCAATCATTGGCAAGAAAAG
446 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAAAAAAAGTCAATCA-TAAAAAAAAAAA
* * *
23687 CCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCT-
510 CCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTC
*
23750 CATAATTAA-TCTTAGGTTGAATTCTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTT
574 CA-AATTAATTC-TAAGTTGAATTCTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATTGTT
* * *
23813 GCTTTGGGAAACATAAAGAACAAG-CCATTCATTGACAAGAAAAG
637 GCCTTGGAAAACATAAAGAA-AAGCCCATTCATTGACAAGAAAAA
* * * *
23857 TCCATTTATAGAT-GCCAATACCTTCAAAATCCTTATTACTTGCTTTTAATAGTTTTATAATCTC
1 CCCATTTATAG-TCACCAATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * * * *
23921 ATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATAATTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTGTAC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTAC
* * *
23986 CTTGGGAAATGTGAAGAAAAATCCATTCATAGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGGTACCTAAGCCT
129 CTTGGGAAATGTGAAG-AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATA-GTACCTAAGCCT
* *
24051 TCGAAATCCTTGTTATCGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTAAATTTT
192 TCGAAATCCTTATTATC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTAAATGTT
** * * * * ** *
24116 TTTAGTTCTTTTA-TTCAAATATATTAAAATTAAATATTTACCTTGGAAAACACGAAGCAAAAG-
256 TTTACAT-TGTTAGTTAAAACATATTAAAATTAAATATATACCTCAGAAAACACGAAGAAAAAGT
* * * * * *
24179 CAATCCATTGATATGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAACTTTCAAAACCCTTATTACTCGCTT
320 C-ATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCAAACTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTT
* * *
24244 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTTAAACA
384 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * *
24309 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGTCAATTATAAAAAAAAAAACTCA
449 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAAAAAAAGTCAATCATAAAAAAAAAAACCCA
24374 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCCAAAT
514 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCCAAAT
* * * * * *
24439 TGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATTTTTTCCTTGG
579 TAATTCTAAGTTGAATTCTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATTGTTGCCTTGG
24504 AAAACATAAAGAAAAGCCCATTCATTGACAAGAAAAA
644 AAAACATAAAGAAAAGCCCATTCATTGACAAGAAAAA
* * *
24541 CCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTA-TTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
1 CCCATTTATAGTCACCAATACCTTCAAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * * * * *
24605 AAAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATGAAAATAGATTATAATTAAAT-TTTTC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTAC
* * * *
24669 CTTGGGAAATGTGAAGAAGAGCCATTTATTGGTAAGACAAA-CCCATTTATATTCACTTAAGCCT
129 CTTGGGAAATGTGAAGAAAAGCCATTCATTGGTAAGA-AAAGCCCATTTATAGT-ACCTAAGCCT
* * *
24733 TCAAAAGT-TTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
192 TCGAAA-TCCTTATTA-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTG
24781 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 776, Mismatches: 123, Indels: 51
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
681 1 0.00
682 86 0.11
683 466 0.60
684 219 0.28
685 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (680 bp):
CCCATTTATAGTCACCAATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCT
TGGGAAATGTGAAGAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTACCTAAGCCTTCGA
AATCCTTATTATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTAC
ATTGTTAGTTAAAACATATTAAAATTAAATATATACCTCAGAAAACACGAAGAAAAAGTCATCCA
TTGACAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCAAACTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
ATTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAAAAAAAGTCAATCATAAAAAAAAAAACCCATTTATAG
TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCCAAATTAATTCT
AAGTTGAATTCTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATTGTTGCCTTGGAAAACAT
AAAGAAAAGCCCATTCATTGACAAGAAAAA
Found at i:24209 original size:854 final size:854
Alignment explanation
Indices: 22693--24677 Score: 2043
Period size: 854 Copynumber: 2.3 Consensus size: 854
22683 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
22693 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCT-CATATACGATTTTAAGTTGAATGTTTTAACATT
1 TTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCCAAAT-TGATTCTAAGTCGAATATTTTTACATT
* * * * * * * * *
22757 TTTGGTTAAACCAGATTATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAACATGAAGATAAAG-CCATTCACT
65 TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACAT-AAAAAAAAGCCCAATCATT
* ** * * * * * * *
22821 GGCTAA-AAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACCTTAAATAG-
129 GAC-AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATAGT
* * * * * * * *
22884 TTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATT-TTTAGTCAAAACAAATTATA
193 TTTATAATCTCAAAATTAATTCTAAGTTGAAT-TCTTTTACATTCTTGA-TGAAAACAGATTATA
* * ** * * * * *
22948 ATTGAATGTTTGACTAAGGAAATATGATGAA-AAGCCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
256 ATTAAATG-TTGCCTTGGGAAACATAAAGAACAAG-CCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * *
23012 AG-TCGTTCAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGA
319 AGAT-G-CCAATACCTTCAAAATCCTTATTACTTGCTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* ********************** * * * * * **
23075 TTTTAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACAGATTATAAATT-AATATTTACCTCAGGA
382 TTTTAGGTTGAATTGTTTTATAATTTTGGTTAAAATATATTGT-AATTGAATGTGTACCTTGGGA
* ** * *
23139 AATATGAATAAAAAACCATTCATTTGCAATAACAGCCCATTTATGGTCACCCAAGCCTTCGAAAG
446 AATATGAAGAAAAAACCATTCATAGGCAAGAAAAGCCCATTTATGGTCACCCAAGCCTTCGAAAG
* **
23204 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAAATGATTTTAAATTGTATTTTCTAACTT
511 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAATTAAATTTTCTAACTT
* * * * * *
23269 TTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTCAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATT
576 TTTTGATTAAAATATATTAAAATTAAATATTTACCTTCAGAAACACGAAGCAAAAGCAATCCATT
* * * *
23334 GATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTT
641 GATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * * *
23399 TTATAATTTTATCATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTGTTAGTTAAAACATATTATAAT
706 TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTTTACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAAT
** * * * **
23463 T-ATATGTATGTCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTACA
771 TGA-ATGTATACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGTCAATT-A-TAAAAAAAAAAACTCATTTACA
* *
23526 GTCACCCATGCCTTTAAAAACT
833 GTCACCCATGCCTTCAAAAACC
* *
23548 TTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAG-CGAAATATTTTTACA
1 TTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCCA-AATTGATTCTAAGTCG-AATATTTTTACA
* * ** *
23610 TTTTTTATTAAAACAGGTTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAATGTGAAAAAAAAG-TCAATCA
63 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACAT-AAAAAAAAGCCCAATCA
* * * *
23674 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTT-GCTTTAAATG
127 TTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTA-TTCGCTTTAAATA
* * * *
23738 GTTTTATAATCTCATAATTAA-TCTTAGGTTGAATTCTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTAT
191 GTTTTATAATCTCAAAATTAATTC-TAAGTTGAATTCTTTTACATTCTTGATGAAAACAGATTAT
* *
23802 AATTGAATGTTGCTTTGGGAAACATAAAGAACAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
255 AATTAAATGTTGCCTTGGGAAACATAAAGAACAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
23867 GATGCCAATACCTTCAAAATCCTTATTACTTGCTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
320 GATGCCAATACCTTCAAAATCCTTATTACTTGCTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
*
23932 TAGGTTGAATTGTTTTATAATTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTGTACCTTGGGAAATG
385 TAGGTTGAATTGTTTTATAATTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTGTACCTTGGGAAATA
* * *
23997 TGAAGAAAAATCCATTCATAGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGGT-ACCTAAGCCTTCGAAATCCT
450 TGAAGAAAAAACCATTCATAGGCAAGAAAAGCCCATTTAT-GGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCT
* * * * * * *
24061 TGTTA-TCGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAGTTCT
514 TATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAATTAAATTTTCTAACTT-T
* *
24125 TTT-ATTCAAATATATTAAAATTAAATATTTACCTT-GGAAAACACGAAGCAAAAGCAATCCATT
577 TTTGATTAAAATATATTAAAATTAAATATTTACCTTCAG-AAACACGAAGCAAAAGCAATCCATT
** * * *
24188 GATATGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAACTTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
641 GATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * *
24253 TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTTAAACAGATTATAAT
706 TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTTTACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* ** * * *
24318 TGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGTCAATTATAAAAAAAAAAACTCATTTATAGTC
771 TGAATGTATACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGTCAATTATAAAAAAAAAAACTCATTTACAGTC
*
24383 ACCCATGCCTTCAAAAGCC
836 ACCCATGCCTTCAAAAACC
* *
24402 TTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCCAAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
1 TTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCCAAATTGATTCTAAGTCGAATATTTTTACATTT
* * * * * *
24467 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATTTTTTCCTTGGAAAACATAAAGAAAAGCCCATTCATTGA
66 TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATAAAAAAAAGCCCAATCATTGA
24532 CAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTT
131 CAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * *
24597 ATAATCTCAAAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATGAAAATAGATTATAATTAA
196 ATAATCTCAAAATTAATTCTAAGTTGAATTCTTTTACATTCTTGATGAAAACAGATTATAATTAA
* *
24662 ATTTTTCCTTGGGAAA
261 ATGTTGCCTTGGGAAA
24678 TGTGAAGAAG
Statistics
Matches: 925, Mismatches: 180, Indels: 51
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
853 22 0.02
854 614 0.66
855 253 0.27
856 36 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (854 bp):
TTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCCAAATTGATTCTAAGTCGAATATTTTTACATTT
TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATAAAAAAAAGCCCAATCATTGA
CAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCAAAATTAATTCTAAGTTGAATTCTTTTACATTCTTGATGAAAACAGATTATAATTAA
ATGTTGCCTTGGGAAACATAAAGAACAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGATGCC
AATACCTTCAAAATCCTTATTACTTGCTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
GAATTGTTTTATAATTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTGTACCTTGGGAAATATGAAGA
AAAAACCATTCATAGGCAAGAAAAGCCCATTTATGGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAATTAAATTTTCTAACTTTTTTGATTAA
AATATATTAAAATTAAATATTTACCTTCAGAAACACGAAGCAAAAGCAATCCATTGATATGAAAA
GTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTC
ATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTTTACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTATA
CCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGTCAATTATAAAAAAAAAAACTCATTTACAGTCACCCATGCCT
TCAAAAACC
Done.