Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398729.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2012.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10636
ACGTcount: A:0.20, C:0.07, G:0.06, T:0.19
Warning! 5202 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:986 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 683--1682 Score: 376
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 163
673 TATAATCTCG
* * * * * *
683 TAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGTC
1 TAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTATC
* * * * * * ** *
748 TCAGAAAATATGAAGAAAAGTGATTCATTAGTAAAAAAAAATCTATTTATAGCCACTTATTCTTT
66 TCAAAAAACATAAAAAAAAGTCATTCATTAGCAAAAAAAAATCTATTTATAGCCACCCATTCCTT
*
813 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTAATGTCA
131 CAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAGTAATGTCA
* * *
846 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGATTGTCTATC
1 TAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTATC
* *** **
911 TCAAAAAACATAAAAAGAAAGTCATTCA-TAGGCAAGAAAGGTTC-ATTTATAGTTACCCATTCC
66 TCAAAAAACATAAAAA-AAAGTCATTCATTA-GCAAAAAAAAATCTATTTATAGCCACCCATTCC
* * * *
974 TTCAATAGCCTTACTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCA
129 TTCAAAAGCCTTACTACTCGCTT-TAA--G-----TAATGTCA
** * * * ** * * *
1017 TAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTCATATTTTTCTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTTC
1 TAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTATC
* ** * * * * * * **
1082 T-AGAAAAACGTGAGGAAAAAGACATTAATT-G-ACTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGC
66 TCA-AAAAACAT-AAAAAAAAGTCATTCATTAGCA-AAAAAAAATCTATTTATAGCCACCCATTC
** * * * *
1144 CTTTGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTA
128 CTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTT-AA--G--TAAT-GTC-A
* * * * *
1187 GAAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTTTACATTTTT-GTTTAAAACA-AGCTATAATTGAATGT
1 -TAATTGATTTTAAATT-AA-ATTTTTTAACATTTTTAG-TTAAAACAGA-CTATAATTGATTGT
* ** ** * * * * * * **
1250 CTATGTTGAAAAACATAAAGAAAAAACCACTCATTGGC-AAAACAAGTCCATTTATAGTCACTAA
61 CTATCTCAAAAAACATAAA-AAAAAGTCATTCATTAGCAAAAAAAAATCTATTTATAGCCACCCA
* * * *
1314 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
125 TTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTT-AA--G-----TAATGTCA
* * * * * * *
1361 TAATTTG-TTTTAAATTGTAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATCTCTG
1 TAA-TTGATTTTAAATT-AAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTA
* * ** * * ** * ** * *
1424 CCTGATGAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATT-G-ACTAGAAAGCCTA-TTATAGTCACCCATGC
64 TCTCAAAAAACAT-AAAAAAAAGTCATTCATTAGCAAAAAAAAATCTATTTATAGCCACCCATTC
* * ** * **
1486 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTAGAAATAGTTTTATAATTTTG
128 CTTCAAAAGCCTTACTACTCGCT--TTA-AG-----TAATGTCA
* * * * * * * *
1530 TAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATC
1 TAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTATC
* * * * * * *
1595 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC-TT-G-ATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCC
66 TCAAAAAACAT-AAAAAAAAGTCATTCATTAGCA-AAAAAAAATCTATTTATAGCCACCCATTCC
*
1657 TTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAA
129 TTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAA
1683 ATAGTTTTAT
Statistics
Matches: 639, Mismatches: 156, Indels: 80
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 104 0.16
164 20 0.03
166 1 0.00
167 1 0.00
168 19 0.03
169 122 0.19
170 50 0.08
171 177 0.28
172 17 0.03
173 118 0.18
174 4 0.01
175 2 0.00
176 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (163 bp):
TAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTATC
TCAAAAAACATAAAAAAAAGTCATTCATTAGCAAAAAAAAATCTATTTATAGCCACCCATTCCTT
CAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAGTAATGTCA
Found at i:1059 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 838--1693 Score: 802
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 170
828 TCGCTTTAAG
* * * ** *
838 TAATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
903 TGTCTATCTCAAAAAACAT-AAAAAGAAAGTCATTCATAGGCAAGAAAGGTTCATTTATAGTTAC
66 TGTCTATCTCAAAAAACATGAAGAA-AAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
* *
967 CCATTCCTTCAATAGCCTTACTACTCACTTGAAATGGTTTTA
130 CCATTCCTTCAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * **
1009 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTCATATTTTTCTTTAAAACAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
1074 TGTCTTTCT-AGAAAAACGTGAGGAAAAAGACATTAATTGACTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCA
66 TGTCTATCTCA-AAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGAC-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
** * * *
1137 CCCAAGCCTTTGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
129 CCCATTCC-TTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
1180 TAATCT-AGAAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACA-AGCTATAAT
1 TAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAAT
* ** * ** * * *
1243 TGAATGTCTATGTTGAAAAACATAAAGAAAAAACCACTCATTGGCAA-AACAAGTCCATTTATAG
62 TGAATGTCTATCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAA-AAGTTCATTTATAG
** *
1307 TCACTAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
126 TCACCCATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
1353 TAATCTCATAATTTG-TTTTAAATTGTAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTG
1 TAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* ** * ** * * *
1416 AATCTCTGCCTGATGAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAG-AAAG--CCTATTATAGTC
64 AATGTCTATCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTCAT-TTATAGTC
* * ** *
1478 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTAGAAATAGTTTTA
128 ACCCATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* ** * *
1522 TAATTTTGTAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *
1587 TGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC-TTGATAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCAC
66 TGTCTATCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCAC
* * *
1650 CTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTA
130 CCATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1692 TA
1 TA
1694 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 553, Mismatches: 110, Indels: 45
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 12 0.02
169 127 0.23
170 53 0.10
171 211 0.38
172 17 0.03
173 128 0.23
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTATCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
CATTCCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
Found at i:1349 original size:344 final size:337
Alignment explanation
Indices: 852--1693 Score: 962
Period size: 344 Copynumber: 2.5 Consensus size: 337
842 GTCATAATTG
* * * * *
852 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGATTGTCTATCTCAAAA
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTAT-TTAAAA
* * * * * * *
917 AACATAAA-AAGAAAGTCATTCATAGGCAAGAAAGGTTCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAATA
64 AACATAAAGAA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATTCCTTCAAAA
* **
981 GCCTTACTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAGGTT-TAATTTTTTCA
127 GCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTG-TTTTAAATTGTAATTTTTT-A
* * * * ** *
1044 TATTTTTCTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTTCT-A-GAAAAACGTGAGGAAAAAGACAT
190 CATTTTTCGTTAAAACAGATTACAATTGAATCTCTGCCTGATGAAAAA--TGAAGAAAAAGACAT
* * **
1107 TAATTGACTAAAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAA
253 TAATTGACT-AAAAAG-CCTA-TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTAGAA
* *
1171 ATGGTTTTATAATCTAGAAATTA
315 ATAGTTTTATAATCTAGAAATCA
*
1194 ATTTTAAATTGAATTTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTATGTTGA
1 ATTTTAAATTGAA--TTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTAT-TTAA
* * *
1259 AAAACATAAAGAAAAAACCACTCATTGGCAA-AACAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCTTTCAA
62 AAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACT-ATTCCTTCAA
*
1323 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTGTTTTAAATTGTAATTTTTTA
125 AAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTGTTTTAAATTGTAATTTTTTA
* * * *
1388 CATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATCTCTGCCTGATGAAATATGAAGAAAAAGTCATTC
190 CATTTTTCGTTAAAACAGATTACAATTGAATCTCTGCCTGATGAAAAATGAAGAAAAAGACATTA
* *
1453 ATTGACTAGAAAGCCTATTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTAGAAATAGT
255 ATTGACTAAAAAGCCTATTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTAGAAATAGT
* * * *
1518 TTTATAATTTTGTAATCG
320 TTTATAATCTAGAAATCA
* ** * *
1536 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGA
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTAT-TTAAAA
* * ** *
1601 AACATGAAGAAAAAGGCATTC-TTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAG
64 AACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATTCCTTCAAAAG
*
1665 CCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
128 CCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1694 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 425, Mismatches: 61, Indels: 31
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 60 0.14
340 65 0.15
341 1 0.00
342 80 0.19
343 10 0.02
344 189 0.44
345 15 0.04
346 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTATTTAAAAAA
CATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTATTCCTTCAAAAGCCT
TACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTGTTTTAAATTGTAATTTTTTACATTTT
TCGTTAAAACAGATTACAATTGAATCTCTGCCTGATGAAAAATGAAGAAAAAGACATTAATTGAC
TAAAAAGCCTATTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTAGAAATAGTTTTATA
ATCTAGAAATCA
Done.