Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398732.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2015.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16184
ACGTcount: A:0.25, C:0.08, G:0.08, T:0.25
Warning! 5441 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:422 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2--470 Score: 526
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
1 C
* * * * * *
2 ATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGACT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACT
* **********
67 ATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGNNNNNNNNNNAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** **
132 TGCCAACGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTTTAAGTAGAA
131 TGCCAACGAAGGCATTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGTAGAA
*********
173 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAG-CAAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAANNNNNNNNN
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAC
* * ** * *
237 NATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGAATTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTC
65 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
*
302 TTGCTAACGAAGGCATTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGTAGAA
130 TTGCCAACGAAGGCATTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGTAGAA
* * *
344 ATTCAATTATAGTCTGCTTTAGCCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACT
* * *
409 ATCAAACAATTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
66 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
471 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 58, Indels: 4
0.79 0.19 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.02
171 227 0.95
172 6 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (171 bp):
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACT
ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TGCCAACGAAGGCATTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGTAGAA
Found at i:3398 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3198--3515 Score: 408
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
3188 NNNNNNNGTC
* * **
3198 TATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATTGTTTTATTGTCTCATA
1 TATTTATAGTCACCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATTGTTTTATAATCTCATA
** * *
3263 ATTGC-TTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTATTTGTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGGCT
66 ATT-CATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTGTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCT
3326 TAAGAAACGTGCAAAAAAATCAATTCATTGAGAAGAAAAGTT
130 TAAGAAACGTGCAAAAAAATCAATTCATTGAGAAGAAAAGTT
**********
3368 TATTTATAGTCA-CTCAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATCTCAT
1 TATTTATAGTCACCT-AGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATTGTTTTATAATCTCAT
* *
3432 AATTCATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCT
65 AATTCATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTGTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCT
*
3497 TGAGAAACGTGCAAAAAAA
130 TAAGAAACGTGCAAAAAAA
3516 GCTATNNNNN
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 21, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 63 0.51
171 58 0.47
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TATTTATAGTCACCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATTGTTTTATAATCTCATA
ATTCATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTGTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTT
AAGAAACGTGCAAAAAAATCAATTCATTGAGAAGAAAAGTT
Found at i:3933 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3652--3959 Score: 401
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
3642 NNNCCACTCC
* * *
3652 TTTAAAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTT
1 TTTAAAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATTATTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAAGTTAAATTT
* * *
3717 ATTTTACAGTTTTTGTTAAAATAGAGAATAATTGAATGTAACCTTGAGAAACATG-AAAAAAAA-
66 ATTTTACAGTTTTGGTTAAAATAGACAATAATCGAATGTAACCTTGAGAAACATGTAAAAAAAAT
*
3780 CATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTGTAGTCAGTCATTCT
131 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTGTAGTCAGTCATTCT
* * * * *
3821 TTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTAAAAATTTATTTTAAGTTGAATTT
1 TTTAAAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATTATTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAAGTTAAATTT
* ** **
3886 -TTTTAACA-TTTATGGTTAAAA-AGACTATAATCGAATGCTTGCCTTGAGAAATGTGTAAAAAA
66 ATTTT-ACAGTTT-TGGTTAAAATAGACAATAATCGAATG-TAACCTTGAGAAACATGTAAAAAA
3948 AATCATTCATTG
128 AATCATTCATTG
3960 AGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 17, Indels: 8
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 20 0.17
169 81 0.69
170 8 0.07
171 8 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATTATTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAAGTTAAATTT
ATTTTACAGTTTTGGTTAAAATAGACAATAATCGAATGTAACCTTGAGAAACATGTAAAAAAAAT
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTGTAGTCAGTCATTCT
Found at i:5282 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 5009--5657 Score: 357
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 161
4999 TTTCAAAAGT
* * * *
5009 CTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATTATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTTATAT
1 CTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTTACAT
* * * *
5074 TTTTGGTTAAAATAGAGAATAATTGCATGTTACCTTGAGAAACATG-AAAAAAAAATATTTATTG
66 TTATGGTTAAAATAGACAATAATCGAATGTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAAATATTTATTG
* * *
5138 -GCAAGAAAAGTATATTTGTAGTCACCCATTC
131 AG-AAGAAAAATACATTTATAGTCACCCATTC
* * *
5169 NNNNNNNNNNCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATATCAAAATTTG-TTTTAAGTTGATT
1 ----------CTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATATCAAAA-TTGATTTAAAGTTAAAT
* * **
5233 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAA-AGACTATAATCGAATGCTTGCCTTGAGAAATGTGCAAAAAA
55 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGACAATAATCGAATG-TTACCTTGAGAAACATGCAAAAAA
** *
5297 AGCTATTTATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTC
119 AAATATTTATTGAGAAGAAAAATACATTTATAGTCACCCATTC
* ** *** * * *
5340 TTTCAAAAGTCTNNNNNNNNNNTTTAAATTGTTTTATTATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAA-T
1 CTT-ATTA--CT-------TGCTTTAAATTGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAAAGTTAAATT
* * * ********** *
5404 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAGAATANNNNNNNNNNACCTTGAGAAACATG-AAAAAAAT
56 TTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGACAATAATCGAATGTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAA
* * * *
5468 ATATTTATTGACAAGAAAAGTATATTTGTAGTCACCCATTC
121 ATATTTATTGAGAAGAAAAATACATTTATAGTCACCCATTC
* * * **
5509 CTTTANNNNNNNNNNTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTTG-TTTTAAGTTGATT
1 C-TTA---------TTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATATCAAAA-TTGATTTAAAGTT-AAA
* * **
5573 TTTTTTTTACATTTATGGTTAAAA-AGACTATAATCGAATGCTTGCCTCT-AGAAATGTGCAAAA
54 TTTTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGACAATAATCGAATG-TTACCT-TGAGAAACATGCAAAA
* *
5636 AAATA-ATTCATTGAGAA-AAAAA
117 AAAAATATTTATTGAGAAGAAAAA
5658 GTCTATTTAT
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 88, Indels: 64
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.01
162 2 0.01
164 2 0.01
169 86 0.24
170 131 0.36
171 122 0.34
172 11 0.03
176 2 0.01
178 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
CTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTTACAT
TTATGGTTAAAATAGACAATAATCGAATGTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAAATATTTATTG
AGAAGAAAAATACATTTATAGTCACCCATTC
Found at i:5749 original size:340 final size:334
Alignment explanation
Indices: 4982--6120 Score: 955
Period size: 340 Copynumber: 3.3 Consensus size: 334
4972 NNNNNNNNNN
**
4982 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATTATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATTATCTCATAAT
5047 TGATTTAAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAGAATAATTGCATGTTACCTTGA
66 TGATTTAAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAGAATAATTGCATGTTACCTTGA
* ***
5112 GAAACATGAAAAAAAAATATTTATTGGCAAGAAAAGTATATTTGTAGTCACCCATTCNNNNNNNN
130 GAAACATGAAAAAAAAATATTTATTGACAAGAAAAGTATATTTGTAGTCACCCATTC-----CTT
**
5177 NNCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATATCAAAATTTGTTTTAAGTTGATTTTTTTTTAC
190 TACTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATATCAAAATTTGTTTTAAGTTGATTTTTTTTTAC
*
5242 ATTTATGGTTAAAAAGACTATAATCGAATGCTTGCCTTGAGAAATGTGCAAAAAAAGCTATTTAT
255 ATTTATGGTTAAAAAGACTATAATCGAATGCTTGCCTTGAGAAATGTGCAAAAAAA-CTATTCAT
5307 TGAGAAGAAAAATCCA
319 TGAGAAGAAAAATCCA
**********
5323 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTNNNNNNNNNNTTTAAATTGTTTTATTATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATTATCTCATAAT
* **********
5388 TGATTTAAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAGAATANNNNNNNNNNACCTTGAG
66 TGATTTAAAGTTAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAGAATAATTGCATGTTACCTTGAG
*
5453 AAACATGAAAAAAATATATTTATTGACAAGAAAAGTATATTTGTAGTCACCCATTCCTTTANNNN
131 AAACATGAAAAAAAAATATTTATTGACAAGAAAAGTATATTTGTAGTCACCCATTCCTTTA----
***** *
5518 NNNNNNTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTTGTTTTAAGTTGATTTTTTTTTTAC
192 -CTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATATCAAAATTTGTTTTAAGTTGA-TTTTTTTTTAC
5583 ATTTATGGTTAAAAAGACTATAATCGAATGCTTGCCTCT-AGAAATGTGCAAAAAAA-TAATTCA
255 ATTTATGGTTAAAAAGACTATAATCGAATGCTTGCCT-TGAGAAATGTGCAAAAAAACT-ATTCA
*
5646 TTGAGAA-AAAAAGTCTA
318 TTGAGAAGAAAAA-TCCA
********** * * *
5663 TTTATNNNNNNNNNNTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATT-TTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATTATCTCATAAT
* * * * ** * * * *
5727 TGCTTTTAAGTTGAATTTTTTTTAT-TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTA
66 TGATTTAAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAGAATAATTGCATG-TTACCTTG
* * * * * * *
5791 AAAAACGTGCAAAAAAAAATAATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAGTCCTTCA
129 AGAAACATG-AAAAAAAAAT-ATTTATTGACAAGAAAAGTATATTTGTAGTCACCCATTCCTT--
* ** ********** * * ** * *
5856 AAAGTCTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTCATTTTAAGTTTA-ATTTTTT
190 -TA--CTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATATCAAAATTTGTTTTAAGTTGATTTTTTTT
* * * * * * * * *
5920 TATATTTTTTGTTAGAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGCAAAAGAAGCTAT
252 TACATTTATGGTTA-AAAAGACTATAATCGAATGCTTGCCTTGAGAAATGTGCAAAA-AAACTAT
* *
5985 TCATTGAGAAGAAAAGTCTA
315 TCATTGAGAAGAAAAATCCA
* * * * * *
6005 TTTATAGTCACCTATTCCTTT-AAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATC-CCTAA
1 TTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATTATCTCAT-A
** * * **
6068 ATTGATTTTGAGTTGAA-TTTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGACTATAATTG
64 ATTGATTTAAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAGAATAATTG
6121 AATGCNNNNN
Statistics
Matches: 632, Mismatches: 141, Indels: 48
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 50 0.08
340 221 0.35
341 176 0.28
342 126 0.20
343 58 0.09
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (334 bp):
TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATTATCTCATAAT
TGATTTAAAGTTAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAGAATAATTGCATGTTACCTTGAG
AAACATGAAAAAAAAATATTTATTGACAAGAAAAGTATATTTGTAGTCACCCATTCCTTTACTTA
TTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATATCAAAATTTGTTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTAT
GGTTAAAAAGACTATAATCGAATGCTTGCCTTGAGAAATGTGCAAAAAAACTATTCATTGAGAAG
AAAAATCCA
Found at i:5833 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4982--6125 Score: 546
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 170
4972 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
4982 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATTATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATT-TTTTATAATCTCATAAT
* * * * * ** * * *
5047 TGATTTAAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAGAATAATTGCATG-TTACCTTG
65 TGCTTTTAAGTTGAATTTTTTTTAT-TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTT-
* * *
5111 AGAAACATG-AAAAAAAAAT-ATTTATTG-GCAAGAAAAGTATA
128 AGAAACGTGCAAAAAAAAATAATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTA
* * ********** ** * * *
5152 TTTGTAGTCACCCATTCNNNNNNNNNNCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATATCAAAAT
1 TTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATT-TTTTATAATCTCATAA-
* * * * * *
5217 TTG-TTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTATGGTTAAAA-AGACTATAATCGAATGCTTGCCTT
64 TTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-TTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTT
* ** * * *
5280 GAGAAATGTGCAAAAAAAGCT-ATTTATTGAGAAGAAAAATCCA
128 -AGAAACGTGCAAAAAAAAATAATTCATTGAGAAGAAAAGTCTA
* * * ********** * *
5323 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTNNNNNNNNNNTTTAAATTGTTTTATTATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATT-TTTTATAATCTCATAAT
* * * * * ** ***********
5388 TGATTTAAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAGAAT-ANNNNNNNNNNACCTTG
65 TGCTTTTAAGTTGAATTTTTTTTAT-TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTT-
* * * * *
5451 AGAAACATG-AAAAAAATAT-ATTTATTGACAAGAAAAGTATA
128 AGAAACGTGCAAAAAAAAATAATTCATTGAGAAGAAAAGTCTA
* * * ********** ** * *
5492 TTTGTAGTCACCCATTCCTTTANNNNNNNNNNTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAAT
1 TTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATT-TTTTATAATCTCATAA-
* * * * * *
5557 TTG-TTTTAAGTTGATTTTTTTTTTACATTTATGGTTAAAA-AGACTATAATCGAATGCTTGCCT
64 TTGCTTTTAAGTTGA-ATTTTTTTTA-TTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCT
* *
5620 CTAGAAATGTGC--AAAAAAATAATTCATTGAGAAAAAAAGTCTA
127 -TAGAAACGTGCAAAAAAAAATAATTCATTGAGAAGAAAAGTCTA
********** *
5663 TTTATNNNNNNNNNNTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATTTTTTATAATCTCATAATT
1 TTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATTTTTTATAATCTCATAATT
*
5728 GCTTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAA
66 GCTTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTT-AG
5793 AAACGTGCAAAAAAAAATAATTCATTGAGAAGAAAAGTCTA
130 AAACGTGCAAAAAAAAATAATTCATTGAGAAGAAAAGTCTA
* * *********
5834 TTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAAT-TTTTTATAATCTCATAAT
* * *
5899 T-CATTTTAAGTTTAA-TTTTTTTATATTTTTTGTTAGAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTT
65 TGC-TTTTAAGTTGAATTTTTTTTAT-TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTT
* **
5962 GAGAAACGTGCAAAAGAAGCT-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCTA
128 -AGAAACGTGCAAAAAAAAATAATTCATTGAGAAGAAAAGTCTA
* * * * * * *
6005 TTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATC-CCTAAA
1 TTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATT-TTTTATAATCTCAT-AA
* * * * * *
6069 TTGATTTTGAGTTGAA-TTTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGC
64 TTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-TTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
6126 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 731, Mismatches: 215, Indels: 55
0.73 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 12 0.02
169 132 0.18
170 175 0.24
171 337 0.46
172 75 0.10
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATTTTTTATAATCTCATAATT
GCTTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAGA
AACGTGCAAAAAAAAATAATTCATTGAGAAGAAAAGTCTA
Found at i:9414 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 9237--9554 Score: 331
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
9227 NNNNNCCCAA
*
9237 AATTGATTTTGAGTTGAAATTTTT-TATA-TTTATAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGT
1 AATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTGTATATTTTATA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTG-
* * * * *
9300 C-TTCAGAAACA-TGTAAAAAAA-TTCATTCTTTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAT
63 CGTTAAGAAA-AGTGTAAAAAAAGCT-ACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAAT
*
9362 GCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTATTTNNNNNNNNNNT
126 GCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTT----------T
*
9408 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTATATTTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCG
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTATA-TTTTATATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCG
* * * * **
9473 TTAAGAAAAGTGTAAAAAAAGCTACTCATTGAGCAAAAAAGTCTATTTACAGTCACCTATTTTTT
65 TTAAGAAAAGTGTAAAAAAAGCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAATGCTT
9538 CAAAAGCCTTATTACTC
130 CAAAAGCCTTATTACTC
9555 GTTTTANNNN
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 14, Indels: 11
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.06
171 21 0.17
172 93 0.73
173 6 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (161 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTATATTTTATATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCGT
TAAGAAAAGTGTAAAAAAAGCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAATGCTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTT
Found at i:12412 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 12217--12532 Score: 303
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
12207 TTTTAAGTTA
* * * * * *
12217 AATTTTTTTGAATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATACCTGTCTTGAGAAACATG-CAAA
1 AATTTTTTTGAATTTTTAATTAAAATAGACTATAATTCAATACCTATCCTAAAAAACATGTCAAA
* * * *
12281 AAAAGCTATTCATTTAGAAGAAAAATCCATTTATGGTCACCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACT
66 AAAAGC-ATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
12346 CGCTTTATATGGTTTTATAAACTCATAATTNNNNNNNNNNTG
130 CGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATT----------TG
* * **
12388 AATTTTTTT-ACATTTTTAATTAAAATAGACTATAATTCAATGCTTATCCTAAAAAATGTGTCAA
1 AATTTTTTTGA-ATTTTTAATTAAAATAGACTATAATTCAATACCTATCCTAAAAAACATGTCAA
* * * * * **
12452 AAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCGTTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTGTTATTACT
65 AAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
12517 CGCTTTAAATTGTTTT
130 CGCTTTAAATGGTTTT
12533 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 23, Indels: 4
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 110 0.92
172 9 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
AATTTTTTTGAATTTTTAATTAAAATAGACTATAATTCAATACCTATCCTAAAAAACATGTCAAA
AAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
GCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTTG
Found at i:13823 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 13637--13954 Score: 320
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
13627 AAGTGAATAG
* * * *
13637 TTTTTTTTGCATGTTT-CTCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTTA-TAAAAAATTTAAA
1 TTTTTCTTGCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACT-AAAAATATAAA
* * * *
13700 AAAATTTAACTTAAAATAATATTTGG-GATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTA
64 AAAATTCAACTTAAAATAA-ATTAGGAGATTATAAAACAATTTAAA-CGAGTAATAAAGCTATTA
13764 AAGGAATTGGTGACTATAAATNNNNNNNNNNTGCTAATGAATGCC
127 AAGGAATTGGTGACTATAAAT----------TGCTAATGAATGCC
* * * * *
13809 TTTTTCTT-CATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAACATATAAACA
1 TTTTTCTTGCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAA
* * * * *
13873 AATTCATCTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACAATTTAAACGAGTATTAAGGCTATTGAAGG
66 AATTCAACTTAAAATAAATTAGGAGATTATAAAACAATTTAAACGAGTAATAAAGCTATTAAAGG
13938 AATTGGTGACTATAAAT
131 AATTGGTGACTATAAAT
13955 GGACTTTTCT
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 18, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 40 0.32
171 75 0.60
172 10 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TTTTTCTTGCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAA
AATTCAACTTAAAATAAATTAGGAGATTATAAAACAATTTAAACGAGTAATAAAGCTATTAAAGG
AATTGGTGACTATAAATTGCTAATGAATGCC
Found at i:14274 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 13541--14275 Score: 623
Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 172
13531 NNNNNNNNNN
* * ** * *
13541 AAAATTAATTATGAGTTTATAAAACCATATAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATAGGTGA
1 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
* * * * * *
13606 CCATAAATGGACTTTTCTT-CTAAGTGAATAG--TTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGCAGGCATT
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACTGAAT-GCCTTTTTCTT-CATGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * *
13668 CAATTATAGTCTATTTTTATAAAAAATTTAAAAAAATTTAACTT
129 CAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
13712 AAAA-TAATATTTGGGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATTGGTG
1 AAAATTAAT-TATGAGATTATAAAACAATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTG
********** *
13776 ACTATAAATNNNNNNNNNNTGCTAA-TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGACATT
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATT
* * * *
13839 CAATTATTGTCTGTTTTAACT-AAACATATAAACAAATTCATCTT
129 CAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
13883 AAAATCAATTAGGAGATTATAAAACAATTTAAA-CGAGTATTAAGGCTATTGAAGGAATTGGTGA
1 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
* * ** *
13947 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACT-AATGCATTTTTCTTCATATTTCTCTGGGTAGAAATTCA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* *** * *
14011 ATTATAGTATGTTTTAGCCAAGAATATAAAAAAATTGAACTT
131 ATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * ********** *
14053 AAAATCAATTTTGAGATCATAAAATAATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGGTGA
1 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
* * *
14117 CTATAAATGGACTTTTATTACCAA-TGAATGCCTTTTTCTTCACT-TTTCTTCAA-ATAGACATT
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACTGAATGCCTTTTTCTTCA-TGTTTC-TCAAGGTAGACATT
* * *
14179 CAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACCT
129 CAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * *
14223 AAAATTAATTATGAGTTTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGA
1 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
14276 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 116, Indels: 29
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 262 0.60
171 156 0.36
172 15 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
ATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
Done.