Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397401.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3707.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 24974
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Warning! 1976 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:343 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1405 Score: 1054
Period size: 170 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
* * * *
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAAT-ACTTTTATCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTT-TCT
* * * * * * * * * *
65 TCACGTCTCCTAAGGTAAATATT-AAAT-TAATTTGTTTTTATCAAAAATATAAAAAAAATTT-A
65 TTACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT--AAAAAATTTAA
* * *
127 TTTAAAATCAATTAT-ATAATTATAAAACTATTCAAAATGAGTA
128 TTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * *
170 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGGT-ACTATAAGTGGAGTTTTCTTATTAATGATTGCCTTTTGT-
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTT-TC
* * *
233 TTTACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAAT
64 TTTACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAAT
* * *
298 TTAAAATCAATTAAGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
340 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTCTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTG
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * * * * *
405 GACGTTT-TCTGAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTATCCAAAAAGTA-AAAAAATTCAAC
66 TACATTTCT-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TATAAAAAATTTAAT
* * * *
468 TTAAAATTAATTATGACATTATAAAA-TCATTTAAAATGAGGA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * * *
510 ACAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTT
** * * * ** * * *
575 TATGTTT-TCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTGAAAATGTAAAACAATTCAAG
66 TACATTTCT-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTTAAT
* * * *
639 TTCAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * * * * *
681 ATAAGGCTCTCGAAGG-ATTGAGTAACTATAAATGAACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCT
* * ** ** * * * * * * * *
745 TCACGTTTCCCAACACAAACATTCAATTACAATATATTTTAATCATATATGTAAAAAAATTTAAC
65 TTACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTTAAT
* * * *
810 TT-AAAGCAATTATGAGATTATAAAATTATTTGAAGCGAGTA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * ** * *
851 ACAAAGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGA-TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCT
* * * * * * * *
915 TTATATTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAACAATGTAAAAAAATTCAAG
65 TTACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTTAAT
* *
980 TTAGAATCAATTATGTGATTATAAAA-TAATTTAAAGTGAGTA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTA
* * ** * *
1022 ATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCAATCAACGAATGTCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * * * *
1087 CACATTTCCTAAGGGAATCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAACAAGTA-AAAAAATTTAGT
66 TACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-AA-TATAAAAAATTTAAT
* * * *
1151 CTAAAATCAATTATGCGATTATAAAACTTTTTAAAGCGAGTA
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* * * ** ** *
1193 ATGAGGCTTTCGAA-GCAT-GGATGACTATAAATAAACTTTTCTCGTCAATGAATGACTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCT
* ** * * * * * * * * * * *
1256 TTACGTTT-TCCGAGGTAAATATTCAACTATTATATATTTTCATCAAAAATGTAAAAAATTCAAC
65 TTACATTTCT-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAAT
* * *
1320 TTAAAAT-AGATTAAGAGATTATAAAATTATTTAAAGTAAGTA
129 TTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
* ** * *
1362 ATATA--ATTTTCGAAGGGTTGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTT
1 ATA-AGGCTTTT-GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1406 CACATTTCCC
Statistics
Matches: 986, Mismatches: 217, Indels: 65
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 126 0.13
170 508 0.52
171 339 0.34
172 7 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTT
TACATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAATTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
Found at i:823 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1--2232 Score: 1420
Period size: 341 Copynumber: 6.6 Consensus size: 338
* * * ** * *
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAAT-ACTTTTATCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGG-ATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTATCAATGAATGCCTTTT-TCT
* * * * * * *
65 TCACGTCTCCTAAGGTAAATATT-AAAT-TAATTTGTTTTTATCAAAAATATAAAAAAAATTT-A
64 TCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAA-GT-AAAAAAATTTAA
* * * ** * * * *
127 TTTAAAATCAATTAT-ATAATTATAAAA-CTATTCAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA
127 CTT-AAATCAATTATGA-CATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAAGCAT-
* * * * * * * * ** * *
190 AGGT-ACTATAAGTGGAGTTTTCTTATTAATGATTGCCTTTTGT-TTTA-CATTTCTTGAGGTAG
188 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTT-TCTTTATGTTTTC-CGAGGTAA
* * * * * *
252 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTAAGAAAT
251 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTAAGAGAT
*
317 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
316 TATAAAACAATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
340 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTCTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGG-ATTGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCCTATCAATGAATGCCTTTTTCT
** * * * *
404 GGACGTTTTCTGAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTT-ATCCAAAAAGTAAAAAAATTCAAC
64 TCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-CAAAAAGTAAAAAAATTTAAC
* ** * *
468 TTAAAATTAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAATGAGGAACAAGGCTTTTAAAAGAATGGGT
128 TT-AAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAAGCATGGGT
* *
533 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTTATGTTTTCCAAGGTAAACATTC
192 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTCCGAGGTAAACATTC
* * * *
598 AATTATAATATGTTTTAACTGAAAATGTAAAACAATTCAAGTTCAAATCAATTATGACATTATAA
257 AATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAAGTTAAAATCAATTAAGAGATTATAA
*
663 AACAATTTAAAGCGAGTA
321 AACAATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * *
681 ATAAGGCTCTCGAAGGATTGAGTAACTATAAATGAACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGATTG-GTGACTATAAATGAACTTTTCCTATCAATGAATGCCTTTTTCTT
* ** * * * *
746 CACGTTTCCCAACACAAACATTCAATTACAATATATTTTAATCATATATGTAAAAAAATTTAACT
65 CACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCA-AAAAGTAAAAAAATTTAACT
* * * * * * * * *
811 TAAAGCAATTATGAGATTATAAAATTATTTGAAGCGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCTTAGGTGA
129 TAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAAGCATGGGTGA
* ** * * ** *
876 CTATAAATGGGA-TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTTTTGAGGCAAACATTCA
194 CTATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTCCGAGGTAAACATTCA
* * * * *
940 ATTATAATCA-GTTTTAACCAACAATGTAAAAAAATTCAAGTTAGAATCAATTATGTGATTATAA
258 ATTATAAT-ATGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTAAGAGATTATAA
*
1004 AATAATTTAAAGTGAGTA
321 AACAATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
1022 ATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCAATCAACGAATGTCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGG-ATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTATCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * * *
1087 CACATTTCCTAAGGGAATCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAACAAGTAAAAAAATTTAGT
65 CACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAA-AAGTAAAAAAATTTA-A
* * ** **
1151 CTAAAATCAATTATG-CGATTATAAAA-CTTTTTAAAGCGAGTAATGAGGC-TTTCGAAGCATGG
127 CTTAAATCAATTATGAC-ATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAAGCATGG
* * * * *
1213 ATGACTATAAATAAACTTTTCTCGTCAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTTCCGAGGTAAATAT
190 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTCCGAGGTAAACAT
* * * * *
1278 TCAACTATTATATATTTTCA-TCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAAT-AGATTAAGAGATTA
255 TCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAATTCAAGTTAAAATCA-ATTAAGAGATTA
** *
1341 TAAAATTATTTAAAGTAAGTA
318 TAAAACAATTTAAAGTGAGTA
** * * *
1362 ATATA-ATTTTCGAAGGGTTGG-G--------TG-AC---T-GTA--AATG---GAC-TTTTCTT
1 ATA-AGGCTTTCGAAGGATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTATCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * ** * * *
1406 CACATTTCCCAAGGTTAACATTCAATTATAATGTATTTTAATCAAAACAGT-AAAAAATTCAACT
65 CACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAA-AGTAAAAAAATTTAACT
* ** * * *** * *
1470 TAAAATCAATCATGAGGTAATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAACGCATGAGT
129 T-AAATCAATTATGACATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAAGCATGGGT
** ** * * * * *
1534 GACTATAAATAGACTTTTCTTCCCGGTGTATGATTTTTTCTTCATG-TCTCCTGAGGGAAACATT
192 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTCC-GAGGTAAACATT
* * * * * *
1598 CAATTGTAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATAAATCAACTTAAAATCAATTATGGGATTA
256 CAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAT---TCAAGTTAAAATCAATTAAGAGATTA
* *
1663 TAAAATC-ATTCAAAGCGAGTA
318 TAAAA-CAATTTAAAGTGAGTA
* * * * * *
1684 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTT-CTAGCTAATGAATG-GTATTTTC
1 ATAAGGCTTTCGAAGG-ATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTATC-AATGAATGCCT-TTTTC
* * * * * * * * * * *
1747 TTGACATTTTCT--GGGATAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAATGAAAAATGTCAAAACACTC
63 TTCACGTTTCCTAAGGCA-A-ACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAA-GTAAAAAAATTT
* * * * * * *
1810 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
125 AACTT-AAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAAGCATG
** * * ** * *
1875 GGTGACTATAAAT-GAACTTTTCCTAATCAATGAATGTCTTTCTT-TTCACATTTCCCAAGGTAA
189 GGTGACTATAAATAG-ACTTTT-CTTGTCAATGAATGACTTT-TTCTTTATGTTTTCCGAGGTAA
* * * * *
1938 TCATTCAATTTTAATCTGTTTTAAC---AAA---AAAAAATTC-AGTCTAAAATCAATTATGTGA
251 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAAGT-TAAAATCAATTAAGAGA
**
1996 TTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTA
315 TTATAAAACAATTTAAAGTGAGTA
* * *
2020 ATAAGGCTTTCGAAGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-CTCGTCAATGAAT-CGCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCCT-ATCAATGAATGC-CTTTTTCT
* ** * * * * * * * * *
2083 TCACGTCTCCCGAGGTAGATATTCAACTATTACATATTTTAATCAAAAA-AATAAAAAATTCAAC
64 TCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAAGTA-AAAAAATTTAAC
* * * * * * ** * **
2147 TCAAAAT-AGATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAACTAATATA-GCTTTCGAAGGGTTGG
128 T-TAAATCA-ATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACA-AGGCTTTTAAAAGCATGG
*
2210 GTGACTGTAAATAGACTTTTCTT
190 GTGACTATAAATAGACTTTTCTT
2233 CATGTTTTTC
Statistics
Matches: 1499, Mismatches: 308, Indels: 178
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
317 2 0.00
318 53 0.04
319 130 0.09
320 3 0.00
321 1 0.00
322 49 0.03
323 7 0.00
325 1 0.00
326 1 0.00
329 2 0.00
330 2 0.00
332 2 0.00
333 5 0.00
334 77 0.05
335 71 0.05
336 56 0.04
337 3 0.00
338 1 0.00
339 97 0.06
340 199 0.13
341 491 0.33
342 75 0.05
343 43 0.03
344 80 0.05
345 43 0.03
346 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
ATAAGGCTTTCGAAGGATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTATCAATGAATGCCTTTTTCTTC
ACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTA
AATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAAGCATGGGTGACT
ATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTCCGAGGTAAACATTCAATT
ATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACAA
TTTAAAGTGAGTA
Found at i:1536 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 1276--1555 Score: 332
Period size: 149 Copynumber: 1.9 Consensus size: 149
1266 CGAGGTAAAT
* * * *
1276 ATTCAACTATTATATATTTTCATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATAGATTAAGAGATTA
1 ATTCAACTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATAGATCAAGAGATAA
* * * * * ** * * *
1341 TAAAATTATTTAAAGTAAGTAATATAATTTTCGAAGGGTTGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTT
66 TAAAACTATTTAAAGCAAGTAATATAACTTACGAACGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
1406 CACATTTCCCAAGGTTAAC
131 CACATTTCCCAAGGTTAAC
* * * *
1425 ATTCAATTATAATGTATTTTAATCAAAACA-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATCATGAGGT
1 ATTCAACTATAATATATTTTAATCAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAAT-AGATCAAGAGAT
* *
1488 AATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTACGAACGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
64 AATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATATA-ACTTACGAACGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
1552 CTTC
128 CTTC
1556 CCGGTGTATG
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 20, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
148 1 0.01
149 105 0.97
150 2 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (149 bp):
ATTCAACTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATAGATCAAGAGATAA
TAAAACTATTTAAAGCAAGTAATATAACTTACGAACGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
CACATTTCCCAAGGTTAAC
Found at i:1885 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 1421--2231 Score: 632
Period size: 173 Copynumber: 4.8 Consensus size: 166
1411 TTCCCAAGGT
* * *
1421 TAACATTCAATTATAATGTATTTTAATCAAAACAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAG
1 TAACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAA-AGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
1486 GTAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAACGCATGAGTGACTATAAAT-AGACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTT
* *** * * *
1550 TTCTTCCCGGTGTATGATTTTTTCTT-CATGTCTCCTGAGGGA
129 TTC-TACTAATGAATGGTATTTTCTTACAT-T-TCCT--GGGA
* *
1592 -AACATTCAATTGTAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATAAATCAACTTAAAATCAATTAT
1 TAACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAA-GTAAAAAAT---TCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
1656 GGGATTATAAAATCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGAC
62 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAAC
*
1721 TTTTCTAGCTAATGAATGGTATTTTCTTGACATTTTCTGGGA
127 TTTTCTA-CTAATGAATGGTATTTTCTT-ACATTTCCTGGGA
* * * *
1763 TAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAATGAAAAATGTCAAAACACTCAACTTAAAATCAATTATG
1 TA-ACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAA-GT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
1828 AGATTATAAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACT
63 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACT
* * * **
1893 TTTCCTAATCAATGAAT-GTCTTTCTTTTCACATTTCCCAAGG-
128 TTT-CTACT-AATGAATGGTATTT-TCTT-ACATTT-CCTGGGA
* * * *
1935 TAATCATTCAATTTTAATCTGTTTTAA-C--AAA--AAAAAATTC-AGTCTAAAATCAATTATGT
1 TAA-CATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAAGTAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGA
* *
1994 GATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCATGGGTGACTATAAATGAACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * * *
2058 TTCT-CGTCAATGAATCGCT-TTTTCTTCACGTCTCCCGAGG-
129 TTCTAC-T-AATGAAT-GGTATTTTCTT-ACATTTCCTG-GGA
* * * ** * * *
2098 TAGATATTCAACTATTACATATTTTAATCAAAAAAATAAAAAATTCAACTCAAAAT-AGATTATG
1 TA-ACATTCAATTATAATTTGTTTTAATC-AAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATG
** * * ** *
2162 AGATTATAAAATTATTTAAAGCAACTAATATA-GCTTTCGAAGGGTTGGGTGACTGTAAAT-AGA
63 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-A
2225 CTTTTCT
126 CTTTTCT
2232 TCATGTTTTT
Statistics
Matches: 521, Mismatches: 86, Indels: 67
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.00
163 39 0.07
164 33 0.06
165 57 0.11
167 3 0.01
168 1 0.00
169 57 0.11
170 62 0.12
171 91 0.17
172 43 0.08
173 124 0.24
174 6 0.01
175 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (166 bp):
TAACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTT
CTACTAATGAATGGTATTTTCTTACATTTCCTGGGA
Found at i:2229 original size:827 final size:825
Alignment explanation
Indices: 583--2278 Score: 2158
Period size: 827 Copynumber: 2.0 Consensus size: 825
573 TTTATGTTTT
* * * * *
583 CCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTGAAAATGTAAAACAATTCAAGTTCAAATCA
1 CCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAAGTAAAACAATTCAACTTAAAATCA
* * *
648 ATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCGAAGGATTGAGTAACTATAAA
65 ATCATGACATAATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCGAAGCATTGAGTAACTATAAA
** * *
713 TGAACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAACACAAACATTCAATTACAAT
130 TGAACTTTTCGTCCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTCTCCCAACACAAACATTCAATTACAAT
* * * * * * **
778 ATATTTTAATCATATATGTAAAAAAATTTAACTTAAAGCAATTATGAGATTATAAAATTATTTGA
195 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAGCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAA
** *
843 AGCGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGATTTTCTTACCAATGAATGGC
260 AGCGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAATGGGATTTTCTTACCAATGAATGGC
* * * * *
908 TTTTTCTTTATATTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAACAATGTAAAAAA
325 TTTTTCTTGACATTTTCTGAGGCAAACATTCAATTACAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * **
973 ATTCAAGTTAGAATCAATTATGTGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
390 ACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * *
1038 TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCAATCAACGAATGTCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGGA
455 CATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCCAATCAACGAATGTCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGGA
*
1103 ATCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAACAAGTAAAAAAATTTAGTCTAAAATCAATTATGCG
520 ATCATTCAATTATAATCTGTTTT----AAACAAG-AAAAAAATTCAGTCTAAAATCAATTATGCG
* *
1168 ATTATAAAACTTTTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGCATGGATGACTATAAATAAACTTTT
580 ATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCATGGATGACTATAAATAAACTTTT
* * * * *
1233 CTCGTCAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTTCCGAGGTAAATATTCAACTATTATATATTTTCA
645 CTCGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTCTCCCGAGGTAAATATTCAACTATTACATATTTTAA
** * * *
1298 TCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATAGATTAAGAGATTATAAAATTATTTAAAGTAAGTAA
710 TCAAAAAAATAAAAAATTCAACTCAAAATAGATTAAGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAACTAA
* *
1363 TATAATTTTCGAAGGGTTGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTCACATTTC
775 TATAACTTTCGAAGGGTTGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTCACATTTC
* *
1414 CCAAGGTTAACATTCAATTATAATGTATTTTAATCAAAACAGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCA
1 CCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAA-AGTAAAACAATTCAACTTAAAATCA
** * *
1478 ATCATGAGGTAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TACGAACGCA-TGAGTGACTATA
65 ATCATGACATAATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCT-CGAA-GCATTGAGTAACTATA
* ** * * * * ** *** **
1541 AAT-AGACTTTTCTTCCCGGTGTATGATTTTTTCTTCATGTCTCCTGAGGGAAACATTCAATTGT
128 AATGA-ACTTTTCGTCCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTCTCCCAACACAAACATTCAATTAC
* * * *
1605 AATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATAAATCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAATC
192 AATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAA-AAATCAACTT-AAAGCAATTATGAGATTATAAAATC
* * * *
1670 ATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAAT-GGACTTTTC-TAGCTAA
254 ATTCAAAGCGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAATGGGA-TTTTCTTA-CCAA
** **
1733 TGAATGG-TATTTTCTTGACATTTTCTG-GG-ATAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAATGAAA
317 TGAATGGCT-TTTTCTTGACATTTTCTGAGGCA-A-ACATTCAATTACAATCAGTTTTAACCAAA
* * *
1795 AATGTCAAAACACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAG
379 AATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAACTTAAAGCAAGTAATAAG
* * *
1860 GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTAATCAATGAATGTCTTTCTT-TTCAC
444 GCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCC-AATCAACGAATGTCTTT-TTCTTCAC
* *
1924 ATTTCCCAAGGTAATCATTCAATTTTAATCTGTTTT-AACAA-AAAAAAATTCAGTCTAAAATCA
507 ATTTCCCAAGGGAATCATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAGAAAAAAATTCAGTCTAAAATCA
* * *
1987 ATTATGTGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCATGGGTGACTATAAAT
572 ATTATGCGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCATGGATGACTATAAAT
* *
2052 GAACTTTTCTCGTCAATGAATCG-CTTTTTCTTCACGTCTCCCGAGGTAGATATTCAACTATTAC
637 AAACTTTTCTCGTCAATGAAT-GACTTTTTCTTCACGTCTCCCGAGGTAAATATTCAACTATTAC
*
2116 ATATTTTAATCAAAAAAATAAAAAATTCAACTCAAAATAGATTATGAGATTATAAAATTATTTAA
701 ATATTTTAATCAAAAAAATAAAAAATTCAACTCAAAATAGATTAAGAGATTATAAAATTATTTAA
* ** *
2181 AGCAACTAATATAGCTTTCGAAGGGTTGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTCATGTTTT
766 AGCAACTAATATAACTTTCGAAGGGTTGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTCACATTTC
* *
2241 TCAATGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAA
1 CCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAA
2279 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 742, Mismatches: 108, Indels: 34
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
827 283 0.38
828 1 0.00
829 7 0.01
830 132 0.18
831 44 0.06
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833 202 0.27
834 54 0.07
835 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (825 bp):
CCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAA
TCATGACATAATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCGAAGCATTGAGTAACTATAAAT
GAACTTTTCGTCCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTCTCCCAACACAAACATTCAATTACAATA
TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAGCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAAA
GCGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAATGGGATTTTCTTACCAATGAATGGCT
TTTTCTTGACATTTTCTGAGGCAAACATTCAATTACAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
CTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
ATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCCAATCAACGAATGTCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGGAA
TCATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAGAAAAAAATTCAGTCTAAAATCAATTATGCGATTATA
AAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCATGGATGACTATAAATAAACTTTTCTCGTC
AATGAATGACTTTTTCTTCACGTCTCCCGAGGTAAATATTCAACTATTACATATTTTAATCAAAA
AAATAAAAAATTCAACTCAAAATAGATTAAGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAACTAATATAAC
TTTCGAAGGGTTGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTCACATTTC
Found at i:2890 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2605--3094 Score: 536
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 170
2595 NNNNNNNGTA
* *
2605 ACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGAATGACATTTTT-TTGACG-TTTCCTAGTGTAGATAT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGA-ATTTTTCTTCACGTTTTCCAAG-GTAGATAT
* * * * * *
2667 TCAATTACAATCTATTTTAGCGAAAAAAGTCAAAAAATTTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTA
63 TCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
2731 TAAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCATGAGTG
* *
2776 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCA-ATCATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGAATTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAGAT-ATTC
* * *
2840 AATTATAATCTGTTTTAACCAGAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTAT-ACGATTATA
65 AATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA-GATTATA
* *
2904 AAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCATGGGTG
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCATGAGTG
* ** ** * * *
2946 ACTATAAATGAACTTTTCTCATCAATGAATGGCTTTTTCTTCA--TATTTCTCGAGATAGAGATT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGAATTTTTCTTCACGT-TTTC-CAAGGTAGATATT
* *
3009 CAACTATAA-CATGTTTTAGTCAAAAATGT-AAAAAATTCAA-CTGAAAAT-AGATTATGAGATT
64 CAATTATAATC-TGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCA-ATTATGAGATT
*
3070 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA
126 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
3095 TGACTTTTGA
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 33, Indels: 28
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 52 0.19
170 93 0.34
171 116 0.42
172 8 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGAATTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAGATATTCA
ATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCATGAGTG
Found at i:3026 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2711--3094 Score: 465
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 168
2701 AAATTTCACT
* *
2711 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
* ** * *
2776 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAATCATTCA
66 ACTATAAATGAACTTTTCTCATCAATGAATGACTTTTTCTTCAC-TTTTCCAAGACAATCATTCA
* *
2841 ATTATAATCTGTTTTAACCAGAAATGTAAAAAAACTCAACC
130 ACTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAACTCAA-C
* *
2882 TAAAATCAATTAT-ACGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCATGGGT
1 TAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * *
2945 GACTATAAATGAACTTTTCTCATCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TATTTCTCGAGATAGA-GAT
65 GACTATAAATGAACTTTTCTCATCAATGAATGACTTTTTCTTCACT-TTTC-CAAGACA-ATCAT
** *
3008 TCAACTATAA-CATGTTTTAGTCAAAAATGTAAAAAATTCAAC
127 TCAACTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTCAAC
*
3050 TGAAAAT-AGATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA
1 T-AAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
3095 TGACTTTTGA
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 20, Indels: 18
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.02
169 52 0.28
170 78 0.42
171 51 0.28
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (168 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
ACTATAAATGAACTTTTCTCATCAATGAATGACTTTTTCTTCACTTTTCCAAGACAATCATTCAA
CTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTCAAC
Found at i:3256 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 2980--3263 Score: 392
Period size: 149 Copynumber: 1.9 Consensus size: 149
2970 ATGAATGGCT
* * * *
2980 TTTTCTTCATATTTCTCGAGATAGAGATTCAACTATAACATGTTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAT
1 TTTTCTTCACATTTCTCGAGATAGACATTCAACTATAACATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAT
* * * * *
3045 TCAACTGAAAATAGATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTTGAAGGGT
66 TCAACTGAAAATAGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTCGAAGGCT
3110 TGGGTAACTGTATATGAAC
131 TGGGTAACTGTATATGAAC
* * *
3129 TTTTCTTCACATTTGTCGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAATAGTAAAAAA
1 TTTTCTTCACATTTCTCGAGATAGACATTCAACTATAACATATTTTAATCAAAAAT-GTAAAAAA
* * * *
3193 TTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTCGAAGG
65 TTCAACTGAAAAT-AGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTCGAAGG
3257 CTTGGGT
129 CTTGGGT
3264 TAGTATAAAT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 16, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
148 5 0.04
149 111 0.95
150 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (149 bp):
TTTTCTTCACATTTCTCGAGATAGACATTCAACTATAACATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAT
TCAACTGAAAATAGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTCGAAGGCT
TGGGTAACTGTATATGAAC
Found at i:3452 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3153--3525 Score: 428
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
3143 GTCGAGATAG
* * * *
3153 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAATAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGT
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATAGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
3218 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCTTGGGTTAGTATAAATGGACTTTTC
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * *
3283 TTACCTATGAGTGCCCTTCTCTTCACATTT-CTCAAGGCAA
131 TTACCAATCAATGCCCTTCTCTCCACATTTCCT-AAGGCAA
* * *
3323 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAAT-GTAAAAAAATTTAACCTAAAA-CTAATTATGT
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATAGT-AAAAAATTCAACCTAAAATC-AATTATGA
** * *
3386 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAATTAGACTT
63 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTT
** * * * *
3451 TTCTTGTCAATCAATGCCTTTTTCTCCATATTTCCTAAGGCAG
128 TTCTTACCAATCAATGCCCTTCTCTCCACATTTCCTAAGGCAA
*
3494 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAT
3526 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 29, Indels: 9
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 26 0.15
171 140 0.83
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATAGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
TTACCAATCAATGCCCTTCTCTCCACATTTCCTAAGGCAA
Found at i:4253 original size:229 final size:228
Alignment explanation
Indices: 3852--4277 Score: 543
Period size: 229 Copynumber: 1.9 Consensus size: 228
3842 AGAATGGATG
* * *
3852 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAAACATTCA
1 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATACCATTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCA
* *
3917 ATTAATCTGTTTTTACCAAAAATATAAAAAAATTCTCTCTAAAATCAATTATATAATTATAAAAC
66 ATTAATCTGTTTTTACAAAAAATATAAAAAAATTCACTCTAAAATCAATTATATAATTATAAAAC
* * * * *
3982 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAGTGGAGTTTTCTGGCTAAT
131 CACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGGCTAAT
4047 GATTGACTTTGCTTCATGTTTAAGGAAAGAGTA
196 GATTGACTTTGCTTCATGTTTAAGGAAAGAGTA
* * ** * * * *
4080 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGGCATTTTCTTTACGTTTCCTGAGGCAGACATTCA
1 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATACCATTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCA
* * * *
4145 ATTACAATTTGTTTTTA-AAAAAATGTGAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGA-GATTATA
66 ATT--AATCTGTTTTTACAAAAAATATAAAAAAATTC-ACTCTAAAATCAATTAT-ATAATTATA
* * ** * *
4207 AAGCCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
127 AAACCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGGC
4272 TAATGA
192 TAATGA
4278 ATGGTTTTTT
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 28, Indels: 7
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
228 57 0.34
229 95 0.57
230 14 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (228 bp):
ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATACCATTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCA
ATTAATCTGTTTTTACAAAAAATATAAAAAAATTCACTCTAAAATCAATTATATAATTATAAAAC
CACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGGCTAAT
GATTGACTTTGCTTCATGTTTAAGGAAAGAGTA
Found at i:4406 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4080--4428 Score: 461
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
4070 GGAAAGAGTA
* *
4080 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGGCATTTTCTTTACGTTTCCTGAGGCAGACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGGCATTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCA
* ** * * *
4145 ATTACAATTTGTTTTTAAAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAG
66 ATTACAATCTGTTTTTAAAAAAATGCAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
*
4210 CCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
131 CCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
* * ** * *
4250 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTA-ATCATT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGGCATTTTCTTCACG-TTTCCTAAGGCAGA-CATT
* * *
4313 CAATTATAATCTG-TTTTAACCAGAAATGCAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGTGATTAT
64 CAATTACAATCTGTTTTTAA--AAAAATGCAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
4377 AAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
127 AAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
4421 ACTATAAA
1 ACTATAAA
4429 AGTATTATTT
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 20, Indels: 7
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.05
170 58 0.37
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGGCATTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCA
ATTACAATCTGTTTTTAAAAAAATGCAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
Found at i:4550 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4139--4576 Score: 479
Period size: 170 Copynumber: 2.6 Consensus size: 168
4129 CTGAGGCAGA
* * *
4139 CATTCAATTACAATTTGTTTTTAAAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 CATTCAATTATAATAT-ATTTTAAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
4204 ATAAAGCCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCT
* * * * * *
4269 TGTTAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAT
129 TGTCAATCAATGGTCTTTTCTTCATGTCTCCCAAGGTAAG
* * * * * * *
4309 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAGAAATGCAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGTGAT
1 CATTCAATTATAATATATTTTAA--AAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
4374 TATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAAGTA-TTATT
63 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAAGGACTT-TT
*
4438 -TTCGTCAATCAATGG-CTTTTCTTCATGTCTCCCAAGGTAGG
127 CTT-GTCAATCAATGGTCTTTTCTTCATGTCTCCCAAGGTAAG
* * **
4479 CATGT-AATTATAATATATTTTAATAAAATATGTAAAAACATTAAACTTAAAGTTGATTATGAGA
1 CAT-TCAATTATAATATATTTTAA-AAAA-ATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
4543 TTATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATATGGCTTT
62 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
4577 AAAGCGAGTA
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 37, Indels: 16
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 14 0.06
170 109 0.49
171 100 0.45
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
CATTCAATTATAATATATTTTAAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTG
TCAATCAATGGTCTTTTCTTCATGTCTCCCAAGGTAAG
Found at i:4582 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 4554--4602 Score: 80
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
4544 TATAAAACCA
*
4554 TTTAGAGCGAGTAATATGGC
1 TTTAAAGCGAGTAATATGGC
4574 TTTAAAGCGAGTAATATGGC
1 TTTAAAGCGAGTAATATGGC
4594 TTTCAAAGC
1 TTT-AAAGC
4603 CCTGGGTGAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 22 0.81
21 5 0.19
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Consensus pattern (20 bp):
TTTAAAGCGAGTAATATGGC
Found at i:5430 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5119--5996 Score: 727
Period size: 169 Copynumber: 5.2 Consensus size: 169
5109 NNNNNNNNNN
* * * **
5119 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTGA
* ** * * * **
5184 GAAATATGAAAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAACTCCATTTATTA-TCACTCATA-CCTTTAA
65 AAAACGTGAAAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCA-AGCCTTCGA
* *
5247 AAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATCATTTTATAATCATATAAT
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCATATAAT
** * * *
5289 TGATTCGAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAAGAGAT-TAATTTAATGTCTACCTTGAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGATATAATTGAATGTCTACCTTGAA
* ** *
5353 AAATGTGAAAACAAAAATATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA
66 AAACGTGAAAA-AAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA
* * *
5418 GCCATATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATC-TCATAAT
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCAT-ATAAT
* * * * * * * * * * *
5458 CGACTTTAAGTTTAAATTTTATATATTTTTGATTAAAATATATTATAGTTGAATGTCTACCTCGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * ** * * * * * *
5523 GAGACGTG-ATGAAAAGC--T-ATT-----G-ATAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTTGAAA
65 AAAACGTGAAAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA
*
5578 GCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCACATAAT
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCATATAAT
* * * * * * *
5618 TAATTTT-AGATTGAGTTTCTTTGCATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGAT-TACCTT
1 TGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGA-TATAATTGAATG-TCTACCTT
* * * * *
5681 AAAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
63 GAAAAACGTGAA-AAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG
* * * *
5746 AAAGCCTGATTTCTAGCTTTAAATGATTTTATAATCACATAAT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCATATAAT
* * * * * * *
5789 TGATTTTAAATTGAA-TTTTTTATATTTCTAGTTAAAATGTA-TTATAATTGAATGTTTACCTTA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-G-AGATATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * *
5852 AAAAACATGAAGAAAAACCCATT-ATTGGCAAGCAAAGCCCATATATAGTCACCCAAGCCTTCGA
64 AAAAACGTGAA-AAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
* * *
5916 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTGTAATC-TCAAAAT
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCAT-ATAAT
* *
5958 TGATTTTAAGTTGATTTGTTTTTACATTTTTGATTAAAA
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA
5997 TATATTGTAA
Statistics
Matches: 561, Mismatches: 118, Indels: 57
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.00
160 109 0.19
161 2 0.00
162 4 0.01
164 1 0.00
165 3 0.01
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167 1 0.00
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169 192 0.34
170 97 0.17
171 113 0.20
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGATATAATTGAATGTCTACCTTGAA
AAACGTGAAAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCATATAAT
Found at i:5672 original size:160 final size:162
Alignment explanation
Indices: 5384--5965 Score: 505
Period size: 160 Copynumber: 3.5 Consensus size: 162
5374 CATTGGCAAA
* * *
5384 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCATATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAA
* * * * * * * * * *
5449 TCTCATAATCGACTTTAAGTTTAAATTTTATATATTT-TTGATTAAAATATATTATAGTTGAATG
65 TCACATAAT-TAATTTTAGATTGAATTTTTTATATTTCTAG-TTAAAA-AGATTATAATTGAATG
* * * * *
5513 TCTACCTCGAGAGACGTGATG-AAAAG-C-T-ATT-G
127 T-TACCTCAAAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATCATTAG
* * * *
5545 -ATAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAA
* **
5609 TCACATAATTAATTTTAGATTGAGTTTCTTTGCATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGA
65 TCACATAATTAATTTTAGATTGAATTT-TTTATATTTCTAGTTAAAA-AGATTATAATTGAATG-
*
5674 TTACCTTAAAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
127 TTACCTCAAAAAAAGTGAAGAAAAAGCCA-TCATT----AG
* * *
5715 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTGATTTCTAGCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAA
* * *
5780 TCACATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTATATTTCTAGTTAAAATGTATTATAATTGAATGTT
65 TCACATAATTAATTTTAGATTGAATTTTTTATATTTCTAGTTAAAAAG-ATTATAATTGAATG-T
* * *
5845 TACCTTAAAAAACA-TGAAGAAAAACCCATTATTGGCAAG
128 TACCTCAAAAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATCATT----AG
* * * * * *
5884 CAAAGCCCATATATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTGTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAA
* * *
5949 TCTCAAAATTGATTTTA
65 TCACATAATTAATTTTA
5966 AGTTGATTTG
Statistics
Matches: 349, Mismatches: 55, Indels: 26
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
159 12 0.03
160 103 0.30
161 8 0.02
162 1 0.00
164 1 0.00
165 3 0.01
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170 59 0.17
171 80 0.23
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (162 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAAT
CACATAATTAATTTTAGATTGAATTTTTTATATTTCTAGTTAAAAAGATTATAATTGAATGTTAC
CTCAAAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATCATTAG
Found at i:6447 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6142--8028 Score: 1666
Period size: 171 Copynumber: 11.1 Consensus size: 170
6132 CATTCCTTTA
* *
6142 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT
* * ** * * ** ** *
6206 ACATTTTTAGCTAAAATAGATTATGTTTGAATATCTGCCTCAGGAAATGTGAAG-AGAAGCCATT
65 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
6270 AATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
130 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* * * * *
6311 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTG
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTA
* * * *
6376 CATTTCTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
66 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* *
6441 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACATTCG
131 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* * *
6481 AAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGCTTTAT-ATCCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTT
* * * *
6545 TACATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACC-TTGAGAAACGA-GAAGAAAAAGG
64 TACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTTG-GAAAC-ATGAAGAAAAAGC
* * *
6607 TATTTACT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
126 CATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* * * * ** ** **
6652 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAGTCACATAATTGATTTTTGGCCCAACATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTT
* * * ** * *
6717 ACATATTT-GATTAAAACAGATCT-TAATTGAATGTTTACCTTAGGAAATGTGAATAAAAAGCCC
65 ACATTTTTAG-TTAAAACAGAT-TATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * *
6780 TTCACTTG-CTAGAAAAG-CCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCA
128 TTCA-TTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
** * *
6823 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAAATTTATAATCTCAT-ATTAATTTTAGGTTCAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT
* * * * * *
6887 ACATTTTTCA-CTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTCCCTCT-GAAA-ATGTGAGAAAAAGGGC
65 ACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATG-AAGAAAAA--GC
* * * * * *
6949 CATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
126 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* * *
6994 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTA
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTA
* * ** *
7059 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TTAAAAGATATGAAGAAAAAGCCATT
66 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAA-ACATGAAGAAAAAGCCATT
** * *
7123 CATTGACAAGAAAAGTTGATTTATAGTCACCTATGACTTCG
130 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* * * * * *
7164 AAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGATGAAGTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTT
* * * * ** * * * *
7229 ACACTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTTCTTGGGAAACTTGAAGAAAAAGTCACT
65 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
7294 CATTGAC-AGAGAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTCCG
130 CATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* * * * *
7335 AAGGCCTTATTACTCGCTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTAAAGTTAAATTTTGTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT
* * * * * * * * * * * * *
7400 ATATTTTTTA-TTAACATATATTATAATTAAATATCTGCC-TTGACAAATAAGAAGTTACAAGCT
65 ACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTTG-GAAACATGAAG-AAAAAGCC
** * * * * *
7463 ATTCATTGGTAAGAGAAGTGCATATACAGTCACCCATACCTTCG
127 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* * * *
7507 AAAGCCTTATTATTCGCTTTAAA-CGATTTTCTAAT-TACATAATTGATTTT-AGATAGAATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAG-T-TAATTTT
* * * * * *
7569 TTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTA--TTTGGGAAATATGAATAAAAAGT
62 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTT-GGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * * * *
7632 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTAAGTCTTCG
126 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
** *
7677 AACTCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT
* ** ** * * * *
7742 ACACTTTCGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTAAAAAAAAAGGCATT
65 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
** * * * **
7807 CATTGGGAAG-AAAGTCAATTTATAGTCACCAATTCCTTTA
130 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* * * * *
7847 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA---TTTTT
* * * ** * *
7912 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTAAGCAACATGAAAAAAAAGCCA
63 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* **
7977 TTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTTCTTCG
128 TTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
8020 AAAGCCTTA
1 AAAGCCTTA
8029 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1381, Mismatches: 279, Indels: 112
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 101 0.07
170 447 0.32
171 576 0.42
172 215 0.16
173 40 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTA
CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
Found at i:7642 original size:683 final size:677
Alignment explanation
Indices: 6129--8009 Score: 1932
Period size: 683 Copynumber: 2.8 Consensus size: 677
6119 NNNNNNNNNN
* * * *
6129 ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTTATATTGATTTTA-
1 ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTCATA-ATTGATTTTAG
** * * **
6192 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAATAGATTATGTTTGAATATCTGCCTCAGGAAATGTG
65 A-TTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAATAGATTATAATTGAATGT-T-TCTTTGGAAATGTG
* * * * * *
6257 AAGAGAAGCCATTAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATT
127 AAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * * *
6322 ACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGCATTTCTAGTT
192 ACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * ** *
6387 AAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTTGGAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
257 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TTAAAAGATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * * *
6451 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACATTCGAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGCTTTAT-AT
321 AAAGTCAATTTATAGTCACCAATAC-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAAT
* ** * * *
6515 CCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGT
385 -CTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATAT
* * *
6580 TTACCTTGAGAAACGAGAAGAAAAAGGTATTTACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
448 TTACCTTGAGAAACGAGAAGAAAAAGGTACTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA
* * * * * ***
6645 GCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAGTCACATAATTGATTTTTGGCCCAA
513 GCCTCCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATCGATTTAAAGCCCAA
* * * * **
6710 CATTTTTACATATTTGATTAAAACAGATCTTAATTGAATGTTTACCTTAGGAAATGTGAATAAAA
578 CATTTTTACATATTTGATTAAAACAGATCTTAATTAAATATCTACCTTAGCAAATAAGAATAAAA
* *
6775 AGCCCTTCACTTGCTAGAAAAGCCTATTTACAGTC
643 AGCCATTCACTTGCTAGAAAAGCCTATATACAGTC
* * * *
6810 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAAATTTATAATCTCAT-ATTAATTTTAG
1 ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT-TCATAATTGATTTTAG
* * * * * *
6874 GTTCAATTTTTTTACATTTTTCA-CTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTCCCTCTGAAAATGTG
65 ATTGAATTTTTTTACATTTTT-AGCTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT--CTTTGGAAATGTG
* * * *
6938 AGAAAAAGGGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
127 A-AAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTA
* *
7003 TTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTGG
190 TTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTGG
7068 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAGATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
255 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAGATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
** * * *
7133 AAAAGTTGATTTATAGTCACCTATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAA
320 AAAAGTCAATTTATAGTCACCAAT-ACTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAA
* * *
7198 TCACATAATTGATTTTAAGATGAAGTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATAT
384 TCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATAT
** * ** * *
7263 TTTTCTTGGGAAACTTGAAGAAAAA-GTCACTCA-TTG-ACAGAGAAAGTCTATTTATAGTCACC
448 TTACCTTGAGAAACGAGAAGAAAAAGGT-ACTCACTAGCA-AGA-AAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
7325 CAAGCCTCCGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTAAAG-T
510 CAAGCCTCCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATCGATTTAAAGCC
* * * * * * * *
7389 TAA-ATTTTGTTATATTTTTTATTAACATATAT-TATAATTAAATATCTGCCTT-GACAAATAAG
575 CAACA-TTT-TTACATATTTGATTAAAACAGATCT-TAATTAAATATCTACCTTAG-CAAATAAG
* * * * * *
7451 AAGTTACAAGCTATTCA-TTGGTAAGAGAAGTGC-ATATACAGTC
636 AA-TAAAAAGCCATTCACTTGCT-AGAAAAG-CCTATATACAGTC
* * * *
7494 ACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAACGATTTTCTAATTACATAATTGATTTTAG
1 ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATT-CATAATTGATTTTAG
* * * * *
7559 ATAGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTATTTGGGAAATATGAA
65 ATTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCTTT-GGAAATGTGAA
* * * * * **
7624 TAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTAAGT-CTTCGAACTCCTTATT
129 -AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * *
7688 ACTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTCGGT
192 ACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * **
7753 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACG-TA--AAAAAAAAGGCATTCATTGGGA
256 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA--AAA-GATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
* **
7815 AG-AAAGTCAATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTAT
318 AGAAAAGTCAATTTATAGTCACCAA-TACTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTAT
* * * *
7879 AATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAA
382 AATCTCATAATTGATTTTAAGTGAA---TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * ** * *
7944 ATGTTTACCTTAAGCAAC-ATGAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
444 ATATTTACCTTGAGAAACGA-GAAGAAAAAGGTACTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
8008 CC
508 CC
8010 TATTTCTTCG
Statistics
Matches: 991, Mismatches: 170, Indels: 74
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
680 1 0.00
681 104 0.10
682 25 0.03
683 564 0.57
684 157 0.16
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686 10 0.01
687 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (677 bp):
ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTCATAATTGATTTTAGA
TTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCTTTGGAAATGTGAAAA
AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTA
GCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAGATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
CAATTTATAGTCACCAATACTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTG
AGAAACGAGAAGAAAAAGGTACTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTCCGA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATCGATTTAAAGCCCAACATTTTTA
CATATTTGATTAAAACAGATCTTAATTAAATATCTACCTTAGCAAATAAGAATAAAAAGCCATTC
ACTTGCTAGAAAAGCCTATATACAGTC
Found at i:9570 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9258--9691 Score: 376
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
9248 NNNNNNNNNN
* *
9258 ATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGGTTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTG
* ** *
9322 AATGTCT-ACTTCAGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATCGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 AATGT-TGCCTT-A-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
9385 CACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
126 CACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * * *
9429 ATAATCGCGTAATTGGTTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATATTTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
9494 ATGTTGGCCTCTAGAAACATGAAGAGAAGGTTACTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATACTCAC
66 ATGTT-GCCT-TAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
9559 CCAAGCCTTCGAAGGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
129 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
********** * *
9600 ANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-TGTTTTGATTAAAATATATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * *
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* * * * *
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66 TAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATTT-TTTTATATTTTTGATTAAAA-CAGATTATAATTG
* ** * * *** * *
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** * * * * **
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
10604 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TGTTTGAATAAAACAGATCATAATTA
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** * **
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* *
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* ** * *
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* * * * * * *
10837 GAATGTCTGCCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGGCAATCATTGTC
127 GAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * ** * ** *
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* * *** * *
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** * * **
11007 AATGTTTGCCTTTAGAAACATGAAGAAAAA-CGTATTCATTGGT
128 AATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCATTGAC
* * * * *
11050 AGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AT-TCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGATTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATGT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
11113 TATAATCACATAATTGATTTTAGATTAAATTTTTTTACATTTTTTTG-TTAAAACAGATTATAAT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATTTTTTT--ATATTTTTGATTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * *
11177 AGAAAGATTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGACATTAATTGAC
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* * * *
11222 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * * * *
11287 TAATCACATAATGGATTCTAGGTTAAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACCGATTATAATTGTA
66 TAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * ** * * * *
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** * * * **
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
11457 ATAATCTCATAGTTGATTTGAAATTAAATTTTTTTACATATTTGATTAAAATATATTGTAATTGA
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* * * * * *
11522 ATGTTTGTCTTAGGAAACATGAAG-AAAAGCTATCCATTGAT
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*** * * * * * * **
11563 GCTAAAAGTCGATTTATAGTTACTGAA-GCCCTT-AAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATTATTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATG-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
11626 TATATTCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTT-AGTTAAAACATATTATAATT
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* * * ** * *
11690 GAATGTCTGCCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAATCATTGATTGAT
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* * * * * * **
11734 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-TCCTTTAAAAGCCTAATTCCTCACTTTAAATAATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
11798 ATGATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ACATTTTTTTTATTTTTTTTGA-TAAAACATATTATAAT
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*
11861 TGAA-GTTTGCCTCT-GGAAACGTGAAGAAAAATG-CATTCATT-AGT
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*
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* * * * *
11968 TATAATCTCTTAATTGATTTTAATTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTACAATTG
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*** * * * *
12032 AATGTCTT-CCTCAAGAAACATAAAGCAAAAAG-CAATCATTGGTC
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* * * ** * **
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*** **
12139 ATAAT-T-ATAAAATTGATTTTAGGGAGAATTTTTTTATATTTTTGAAAAAAACAGA-T-TAATT
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* * *** **
12200 GAATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTTTTCATTGGT
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* *
12244 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACT--C--TAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
12304 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGC
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * ** * * *
12369 ATGTCTGCTTTGGGAAATTTGAAGAAAAAGCCATTGATTAAT
129 ATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* *
12411 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTC-AT-TCCTT-ATAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATGT-CTTCA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * **
12473 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGATGAATTCTTTTGCATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAAT
63 TTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAAT
* * * *
12537 TAAATGTTTGCATTGGAAAACATG-AGAAAAAGCCATTCATTGAC
126 TGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* *** * * * * *
12581 AAAAAAACAGCATTTATTA-TCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCAATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * *
12645 ATGATCAT-ATAATTCATTTTAGGTTGAATTTGTTTACAGTTTT-AGCTAAAACAAATTA-ATTT
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* ** * **
12707 AAAT-TTTTTCTTGGGAGACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGAC
127 GAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * *
12750 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-GCCTTCGAAAGCCATAATACTC-ATTCTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTT
* *
12813 TATAATCTCATAATCGACTTTAA
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAA
12836 GTTCTATCTT
Statistics
Matches: 2380, Mismatches: 500, Indels: 202
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
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Found at i:10998 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 9685--12864 Score: 2411
Period size: 341 Copynumber: 9.3 Consensus size: 339
9675 GAAAAACATG
* * ** * *
9685 AAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTAACT-CTTCGAAAGCCATATTACTCGTTTTAAATGATTTT
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* * * * * * *
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65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * **
9813 AATATCT-ACTTGGAGAGATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATC-AGAAAAGTTTATTTATAGT
129 AATGTTTGCCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-TCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * ** * ** *
9876 CATCTA-TGCTTTGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATTG-TTTTATAATCACATAATTGATTTT
192 CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTTATAAT-TCATAATTGATTTT
* * * * * ** * *
9939 -GGATTGAGTTTTTTAATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGACTACCTTGGGAAATG
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* * **
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* * * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAT-TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
* * * * * *
10090 ATAATCACATAATTGATTCTAGGTTGAATTTGTTTTATATTGTTGGTTAAAACCA-ATTATAATT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTTAAAA-CAGATTATAATT
* * * * *** * * **
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** * * * *
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* * * * * * * * *
10284 GTTAAATTTTTTTACATATTTGATTAAAATATATTGTAGTTGAATGTCTGTCTTAGGAAATGTGA
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* * * *
10349 AGCAAAAGCCATCCATTGGC
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* * * ** * * *
10369 ACTG-AAAGTCCATTTATAGTTACTCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAACTTATTT
1 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
* * *
10432 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * ** * *
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129 AATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
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* * * *
10627 TTGAATTTTTT-TACTTGTTTGAATAAAACAGATCATAATTAAATGTTTGCTTCAAGAAACGTGA
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320 AGAAAAAGGCATTCATTGGT
* * *
10711 AAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACTAATTCCATTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* ** * *
10776 TAATCTCTTAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTGA-ATTTTTTGTTAAAACAGATTACAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * *
10840 TGTCTGCCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGGCAATCATTGTCCAGAAAACTCCAATTATAGTCACT
131 TGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * **
10905 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTTACTTTAAATGATTTTATAATTGTATAATTAATTTTAGGGA
196 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATT-CATAATTGATTTTAAGTT
* *
10970 GAATTTTTTCATATTTTTGATAAAAACAGA-T-TAATTGAATGTTTGCCTTTA-GAAACATGAAG
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* *
11032 AAAAACGTATTCATTGGT
322 AAAAAGGCATTCATTGGT
* * * *
11050 AGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* * *
11115 TAATCACATAATTGATTTT-AGATTAAATTTTTTTACATTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATAG
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* * * * * *
11179 AAAGATTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGACATTAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
129 AATGTTTGCCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * ** * * * *
11243 ACCCATGT-CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATGGATTCTA
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* * * * * * * * * * * * *
11307 GGTTAAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACCGATTATAATTGTATGTTGGCCTCGAAAAACATA
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* *
11372 AAGAAAAAGTCAATT-ATTGGC
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** ** * *
11393 AAGAAAACCCCATTTATAGTCACCT-A-GGCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
* * * * * * * *
11456 TATAATCTCATAGTTGATTTGAAATTAAATTTTTTTACA-TATTTGATTAAAATATATTGTAATT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATT
* * * * *
11520 GAATGTTTGTCTT-AGGAAACATGAAG-AAAA-GCTATCCATTGATGC--TAAAAGTCGATTTAT
128 GAATGTTTGCCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATTCATTG-T-CAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** ** * * * *
11580 AGTTA-CTGAAGCCCTT-AAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATTATTTTATATTCTCACAATTGA
189 AGTCACCT--ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT-TCATAATTGA
* *
11643 TTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGA
251 TTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CTTAGGA
* ** * *
11707 AACGTAAAGAAAAAATCATTGATTGAT
313 AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGT
* ** * * * *
11734 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTAATTCCTCACTTTAAATAATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* ** * *
11799 TGATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ACATTTTTTTTATTTTTTTTGATAAAACATATTATAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
* *
11863 AA-GTTTGCCTCTG-GAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTAGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGG
129 AATGTTTGCCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
11925 CACATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTA
192 CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT-TCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * * *
11990 ATTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACATAA
256 AGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCTTAGGAAACGTGA
*
12055 AGCAAAAA-GCAATCATTGGT
320 AG-AAAAAGGCATTCATTGGT
* * * * * ** *
12075 CAGAAAACTCCACTTATATTCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* ** * **
12140 TAAT-T-ATAAAATTGATTTTAGGGAGAATTTTTTTATA-TTTTTGAAAAAAACAGA-T-TAATT
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* * * ** *
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* *
12264 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT--C--TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
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* * **
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTTA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
* * * * * *
12475 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGATGAATTCTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * ***
12540 ATGTTTGCATTG-GAAAACATG-AGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAACAGCATTTATTA-TC
130 ATGTTTGCCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTC
* * * * * * *
12602 ACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATGA-TCATATAATTCATTTTA
193 ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATTC--ATAATTGATTTTA
* * * * * * * * * * *
12666 GGTTGAATTTGTTTACAGTTTT-AGCTAAAACAAATTA-ATTTAAATTTTTTCTTGGGAGACGTG
256 AGTTGAATTT-TTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTAGGAAACGTG
* **
12729 AAGAAAAAGGTATTCATTGAC
319 AAGAAAAAGGCATTCATTGGT
* * ** * * * *
12750 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-GCCTTCGAAAGCCATAATACTC-ATTCTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGATTT
* * ** *
12813 TATAATCTCATAATCGACTTTAAGTTCTATCTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
12865 TATATTNNNN
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AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTAGGAAACGTGAAGAAAA
AGGCATTCATTGGT
Found at i:13400 original size:170 final size:170
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12964 NNNNNNNAAA
* * * *
12974 AAAAAATCATTCATTGACTAGAAAAGTTTATTTGTTGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
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* * * *
13039 TAACTCTAAATGGCTTTATAATCTTATAATTTA-TTTGAGATTGAATTTTTTTACATTTGTAGTT
65 TAACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTTATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTCTAGTT
*
13103 CAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAACATAAAG
129 -AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAACATAAAC
* * * *
13146 AAAAAGGT-ATTCATTGGC-AGGAAAAGTCTATTTATAGTAACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATT
1 AAAAA-GTCATTCATTGACTA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATT
** * ** * * *
13209 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGT
63 ACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGT
* * ** * * *
13274 TAGAACAGAATATAATTGAATGTTTGTCTT-GG-GACCATGAAC
128 TA-AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAACATAAAC
* * *
13316 AAAAAGTCATTCATTGACTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * ** * * * *
13381 TCACTTTTAATAATTTTATAATCTTATAATTTATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTCTGGTTA
65 TAACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGTT-
* * *
13446 AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA-TAAAATATAAA-
129 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAACATAAAC
* * * * * *
13486 GAAAA-TCTATTCATTGGGA-T-GAACAGTCTATTTATAATCACTAAAGCCTTCGAAAACGTTAT
1 AAAAAGTC-ATTCATT--GACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
13548 TACT--C--TAAATGGTTTTATAA
62 TACTAACTTTAAATGGTTTTATAA
13568 CAGTCTAGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
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AAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
AACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGTTAA
ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAACATAAAC
Found at i:14729 original size:172 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 31.3 Consensus size: 171
13578 ATTCGTATTC
* * * * *
13588 AATGGTTATACAATGTTATAAATTATTTTAAGTTGAA-TATTTTTCATTTCTT-GTTAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTT-TTAGTTAAAACAGA
* * * * *
13651 TCATAATTGGATGTTTGTCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTCATAAGAAAAGTCCAT
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* * * **
13716 TTATAGCCACCCATGCC-CCTGAAATACTAGTTACTCTTTTTA
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* * *
13758 AATGATTTTATAAACTTATAAATGATTTTAAGTTG-ATATTTTTT-ATTTTTCA-TTAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTT-AGTTAAAACAGA
* * ** * * * *
13820 TCGTAATTAGATGTTTGCC-TTGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGATAAGAAAAGCCCA
65 TCATAATTGGATGTTTGCCTTTG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
** * * *
13884 TTTATAGTTGCTCATGCCTTGGAAAGACTAGTTACT-AGCTTTC
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* * * *
13927 AATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTTA-TTTTGGTTAAAATAGA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * *
13991 TCAAAATTAGATGTTTGCC-TTGAAAAACATGAAGTGAAAACCATCCATTAACAACAAAAGTCCA
65 TCATAATTGGATGTTTGCCTTTG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
14055 TTTATAGTCACTCATGTC-TCTAAAATACTAGCTAGTCGCTTTC
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* * * * * *
14098 AATAGTTTTATAATC---T---T-A---TAAGTTGAATTTTTTGTCATTTCTGGTAAAAACATAT
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGAT
** *** * * * *
14153 CATAATTGGATGTTTAACTCAAGAAACATGAACCGAAAGGCATCAATCGACAAGAAACA-TCCAT
66 CATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGTCCAT
* * * * * * * ***
14217 TTACAATCATTCATGCCTTCGGAAGACAAATTACTTGTTTTA
130 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* ** * * *** ** * *
14259 AATGGTTTTATAATTTTATTTATGATTTGAAGCTGAACCAGTTTTTCATTTTTAACTAAAATAAA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * ** * * *
14324 TTATAATTTGATGTTAGTCTCAT-GACATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAATGTCTA
65 TCATAATTGGATGTTTGCCT-TTGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* ** * * ** ** ** *
14388 TTTACAGTCGTTTATGACTTTAAAAGGCTAAATACTCACTTTG
129 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* * * * *
14431 AAT-GATTTATAGTTTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT-ATTCTT-GATTAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTAG-TTAAAACAGA
* * * *
14493 TCACAATTGGATGTTTGCC-CTGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTAACAACAAAAGTCCA
65 TCATAATTGGATGTTTGCCTTTG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * *
14557 TTTACAGTCACTTATGCCTTTGAAATACTAATTACTCACTTCA
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1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGA
* * ** * *
14665 TCATAATTGAATGTCTGCCTTTGGAAATGTGGAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAGAAGTCCAT
65 TCATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
14730 TTATAATCACTTATACATTTGAAATGCTAGTTATTCACTTTA
130 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* * *
14772 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTTCATTTCCTA-CTAAAACAA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTTCATTT-TTAGTTAAAACAG
** * * * * * * *
14835 ATCGGAATTGGATGCTTGCCTCTAGAAACATGAATCAAAAGCCATCCTTTGAGAAGAAAAGTCCA
64 ATCATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * *
14900 TTTATAGCCACTCATGCCTTTGGAATACTAGTTAGTCACTTTA
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* * **
14943 AATGGTTTTATAATCCTATAAATTATTTTAA-TTAGAA-----TTT--TTTTTAGCCAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * ** * * *
15000 TCATAATTGTATG-TTACCTTAGGGAAGCGT-AAGGCAAAAAACATCCATTAACAAGAAATGTCT
65 TCATAATTGGATGTTTGCCTT-TGGAAACATGAA-GCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * * *
15063 ATTTAAAGTCACCCATGTCTTCGAAATACTAGCTACTCGCTTTT
128 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* * *
15107 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGCT-AAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAA-A-AT
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * * *
15169 CATAATTAGATGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGCGAAAGCTATCAATTGACAGGAAAAGTCTATT
66 CATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* *
15234 TATAGTCACTCATACCTTCGAAATACTAGTTACTCGCTTTA
131 TATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* * * *
15275 AATGGTTTTATAATCTTAAAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTCTAATTTTTCA-TTAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTT-AGTTAAAACAGA
* * ** * * * *
15339 TCATAACTAGACATTTTCC-TCGAAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCA
65 TCATAATTGGATGTTTGCCTTTG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * **
15403 TTTATAGTAAGTTATCCCTTCGAAACACTAGTTACTCGTTTTA
129 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* * * * *
15446 AATGATTTTATAATCCTATAAATGATTTGAAGTTGAA-ATTTTTTCATTTTTTGTT--AA-A-A-
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * * *
15505 CATAATTGGATGTTTGTCTTGGGAAACGTGAAACAAAAGCCATCTATTGACCAA-AAAAGTCTAT
66 CATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCAT
15569 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
130 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* * *
15611 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTCT-AGTT-AAGTTTTCTTTCATTTCTT-GTTCAAACAG
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTCATTT-TTAGTTAAAACAG
** * * *
15673 ATCATAATTGGATGTTTG-CTTCAT-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAACAAAT
64 ATCATAATTGGATGTTTGCCTT--TGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAA-AAGT
15736 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
126 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* *
15782 AATGGTTTTATAATCTTATAAAAGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTGCATTTTTCA-TTAAAACAG
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTTCATTTTT-AGTTAAAACAG
* * * * *
15846 ATCATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGTGGAAGCCATCTATTGACAAGTAAAGCCCA
64 ATCATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * *
15911 TTTATAG-CTACTCATGCCTTTGATATTCTAGTCACTCACTTTA
129 TTTATAGTC-ACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
** * * * * * * *
15954 AATACTCTTATAAACTTATAGATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCTTTTTTCA-TTAAAAAAAA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTT-AGTTAAAACAGA
* * **
16017 TTATAATTGGATG-TTGACCTTAGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
65 TCATAATTGGATGTTTG-CCTTTGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
16081 TTTATAATCGCTCATGCCTTGGAAAGACAAGTTACTCACTTTT
129 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* * * *
16124 AATGGTTTTACAATCTTATAAATGATTTTAAGTTAAATTTGTATTTCATTTTTCA-TTAAAATAG
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTTCATTTTT-AGTTAAAACAG
** * * * *
16188 ATTGTAATTGGATGTTTGCCTCTAGAATC-TAGAAG-GAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTC
64 ATCATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACAT-GAAGCG-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * *
16251 CATTTATGGCCATTCATGCCTTCAAAATACTACTTACTCACATTC
127 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* * * *
16296 AATGGTTATACAATCTTATAAATGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTCATTTGTT-GTTAAAACATA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTT-TTAGTTAAAACAGA
* * ** *
16359 TCATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACGTGAAGCGAGAA-CCATCCA-TGTACAAGAAAAGTCC
65 TCATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGCGA-AAGCCATCCATTG-ACAAGAAAAGTCC
* * * ***
16422 ATTTACAGCCACTCATGCCCTCGAAATACTAGTTACTTGTTTTA
128 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
** * *
16466 AATATTTTTATAAACTTATAAATGATTTTAAGTT-AATTTTATTTT-ATTTTTCA-TTAAAATAG
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTTCATTTTT-AGTTAAAACAG
* * * * ** * *** *
16528 GTCATAATTAGATGTTTTCGTTAAGAAACATGAAGTGAAAATAATCCATTGACAAGAAAAGGCCA
64 ATCATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
16593 TTTATAGCCACTCATACCTTAGAAAGACTAATTACTCATTTTC
129 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* * *
16636 AATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTATGTTGAA-TTTTTTTCAGTTTTT-GTTAAAATAGA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA-TTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * ** * *
16699 CCGTAATTAGATGTTTGCC-TCGTGAAACCT-AGAGCAAAAGCCATCTGTTGACAAGATACA-TA
65 TCATAATTGGATGTTTGCCTTTG-GAAACATGA-AGCGAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAGTC
** * * *
16761 CATTTATAACCACTAATGCCTTTGAAAAACTAGTTACTCACTTTA
127 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
** * * * * * *
16806 AATCATTTTTTGCA-CTTGTAAATGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTGTGGTTAAAACA
1 AATGGTTTTAT-AATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACA
* * ** * ** * * * *
16870 TATCATCATTGGATCCTTG-CTTCTAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCTAGAAAAGTT
63 GATCATAATTGGATGTTTGCCTT-TGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * ** *
16934 CACTTGTAGTCATTCATGCCTTTAAAATACTAGTTAGT-AGCTTTA
127 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCA-CTTTA
* * * * * * *
16979 AAAGATTTCATAAT-TTGATAAATGATTTTGAGTTGAATTTTTTTCCTTTTTTAGTTAAAATAGA
1 AATGGTTTTATAATCTT-ATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * * **
17043 TTATAATTGGATGTTTTCCTTAGGAAATATAAAGCGAAAGCTATCCATTGACAAGAAAGGTCTTT
65 TCATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * *
17108 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATGCTAGTTAGTCGCTTTA
130 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* * * * *** **
17150 AAAGGTTTTATAATGTTATAAACGATTTTGA-CCAAAAGTTTTTT-ATTTTTTA-TTAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA-TTTTTAGTTAAAACAGA
* * * **
17212 TTATAATTAGATGTTTAACC-TTGTGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACATCAAAAGTCC
65 TCATAATTGGATGTTT-GCCTTTG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * * * *
17276 TTTTATAGCCATTCTTGCCTTGGAAAGACTAGTTACTTACTTTA
128 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* * *
17320 AATGGTTTTATAATTTTATAAATGATTTTCAA-TGGAATTTTTTTT-ATTTTTAGTTAAAATAGA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGA
* ** * ** ** * * * *
17383 TCATTATTGGATCCTTG-CTTCTAGAAATGTGAAATGAAAACCATCCATTAACAAGAATAGTCTA
65 TCATAATTGGATGTTTGCCTT-TGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
** ** *
17447 TTTATAGTCACTCATGCCTTAAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTA
129 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
** * * * * * *
17490 AGCGATTTTATAA-CTTTAAAAATGAATTTAAATTG-A-TTTTTTTCATTTTT-GTTAAAATAAA
1 AATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * * *
17551 TCATAATTTGATGTTT-ACATTGGAGAACATAAAGCAAAATCCAT-CACTTGGCATGAAAAGTCC
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* * * * * **
17614 ATATATAGACCCTCATGCCTTTGAAATACTAGTTAATTGCTTTA
128 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* * * ** * * * *
17658 AACGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTGACCTAAATTTCTTTTCATTTTCA-TT-AAACAAAT
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * ** *
17721 CATAATTGGATGTTTACC-TTGAGAAACATGAAGCGAAAGTCATCCATTGGTATGAAAAGTCCAT
66 CATAATTGGATGTTTGCCTTTG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * ** **
17785 TTATAG-CCCTTCATGCCTTAGAAAGACCGGTTACTTGCTTTA
130 TTATAGTCAC-TCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* * * * * * *
17827 AATGGTGTTATAATATTATAAATGACTTTAAGTTAAATTTTTCTTTCATTTTTTGTTCAAACATA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTTCATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * *
17892 TCATAATTGGATGTTTGCCTCAT-AAAATATGAAGC-AAGAGCCATCCATTGATAAAAAAAGTCA
65 TCATAATTGGATGTTTGCCT-TTGGAAACATGAAGCGAA-AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * **
17955 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAATACTAGCTAGTCGCTTCG
128 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* * * *
17999 AATGATTTTATAATTTTATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTCATTTTTCA-TTAAAATAGA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTT-AGTTAAAACAGA
* * ** * * * *
18063 TTATATTTGGAAATTTGCCTTTGGAAACATGCAGTGAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGGCCAT
65 TCATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* *
18128 TTATAGCCACTCATGCCTTCAAAATACTAGTTACTCACTTTA
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* * * * * * *
18170 AATAGTTTTATAACCTTTTAGATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTCA-TTAAAACAAA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTT-AGTTAAAACAGA
* * * *** * * *
18234 TTATATTTGGATGTTTACCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACACGAAAAGTCCAT
65 TCATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * * ** *
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130 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
* * ** * * *
18341 AATAGTTTTACAATCTTATAAACAAATTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTCTCA-TTAAAACTG
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTCATTT-TTAGTTAAAACAG
* * *** * *** * * *
18405 ATCATAATTGGATGTTTGCCTCTAGAATTGTGAAGCAAAAGATTTTCATTGATAAGAAAAGTCTA
64 ATCATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
** * * *
18470 TTTATAACCACTCATGCCTTGGAAACACTAATTACTCACTTTA
129 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
** * * ** *
18513 AATTATTTTATAATATTATAAATGATTTTGAA--TGAAATTATTTTTTTATTTTTCCTTAAAATA
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAGTTG-AATT-TTTTTTCATTTTTAGTTAAAACA
** ** * * ** * *
18576 GATCATCGTTGGATCCTTGCTTTTAGAAACATGAAGC-AAAATCATCCTTTTACAA-AAATAGTC
63 GATCATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGTC
* ** * *
18639 CATTTATAGTCACTCATCCCTTAAAAAGACTAGTTACTCGCTTTA
127 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
** * * *
18684 AGCGATTTTATAA-CTT-TAACAATGAATTTAAATTG-ATTTTATTTT-ATTTTTA-TTAAAACA
1 AATGGTTTTATAATCTTAT-A-AATGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTTCATTTTTAGTTAAAACA
** * * * * * *
18744 GATCATAATTTAATGTTT-ACATTGAAAAATATGAAGCAAAATCCAT-CACTTGA-AAGGAAAAG
63 GATCATAATTGGATGTTTGCCTTTG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCA-TTGACAA-GAAAAG
* * * * * * * * *
18806 TCTATTTATTGTCATTCATACCTTCGAAATCCTAATCACTTATTTTA
125 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
** * *
18853 AATAATTTTATAATCTTATAAATGATTTTGAGTTTAA--TTTTTTCATTTTT
1 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTT
18903 TCTCAAAATA
Statistics
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Consensus pattern (171 bp):
AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGAT
CATAATTGGATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACTCATGCCTTCGAAATACTAGTTACTCACTTTA
Found at i:19394 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18928--20988 Score: 833
Period size: 171 Copynumber: 12.2 Consensus size: 169
18918 TTTTAGGTTG
* * * * *
18928 ATTTTTTCATATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGATTGCCTTAGAAAACGTGAAG-AA
1 ATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TTGCCTTAG-GAACATGAAGAAA
* * * **
18992 AAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCATCCATACCTTCGAAAGCCTTATTATTTA
64 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
*
19057 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAA
129 CTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAATTAA
* * *
19098 ATTTTTTAATATTTTTCA-TTAAAATAGATTGTAACTGAATGTATGCCCTAGGAA-ATGTCAAGA
1 ATTTTTTAATATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TGCCTTAGGAACATG--AAGA
* * * ********** * *
19161 AAATGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTNNNNNNNNNNATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
62 AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * *********
19226 CGCTCTGAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTNNNNNNNNN
127 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAATTAA
* * *
19269 NTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTGCCTTAGGAGACATGAAGAAA
1 ATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TGCCTTAGGA-ACATGAAGAAA
* * * * *
19334 AAGCCATTCATCGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCCTACCTTCGAAAGTCTTATTACTCG
64 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
19399 CTTTAAATGGTTTTATTA-CCTCATAATTGATTTTGAGTTGA
129 CTTTAAATAGTTTTATAATCC-CATAATTGATTTTAAATTAA
** * * * * * * * * *
19440 ATTTTTTACCATTTTGA-TTAAAATATATTATAATTAAATATCTACATCGAGAAACGTGAA-AAA
1 ATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TGCCT-TAGGAACATGAAGAAA
*** * * * * * ** * ** *
19503 AAAAAAGTCCATTTACAATCACCCAA--CC-CTT-G-GAAAACCATA--TTAC-TTA--CTT-TA
64 AAGCCA-TTCATTGACAA-GA--AAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTT-CGAAAGCCTTATT
* * * * * * *
19557 AAT-GATTT-TATAATCTTATAAT--C-T-----ATTTTAAGTTGA
124 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAATTAA
** * * * * * * * *
19593 ATTTTTT-ACGTTTTT-GATT-AAATATATAATAGTTGAATATTTACC-TCGAAAAATGCAGAGA
1 ATTTTTTAATATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAAT-GTTGCCTTAGGAACATG-A-AGA
* * ** * * *
19654 AAAAACTATTCATTGATGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT-GCTTCGAAAGCCTTATTACT
62 AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * *
19718 CACTTTAAA-AGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAGATTGA
127 CGCTTTAAATA-GTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAATTAA
* * *
19761 ATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGATTGCCTTAGGAAATATGAAGAA
1 ATTTTTTAATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TTGCCTTAGG-AACATGAAGAA
* ** * * * * * *
19825 AAGGATATTCGTTGA-TAGAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
63 AAAGCCATTCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
19889 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTCTAACTTTA
127 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAATTAA
* * * * * * * * ** *
19932 ATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAATCGATTCTAATTGAATGTTTACCTCAAAAAACATAAAGAAA
1 ATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TTGCCT-TAGGAACATGAAGAAA
* ** * * *
19997 AAGTCATTCATTGGTAAGAAAA-TCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCTTTATTACT
64 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT-CCATTTAGAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
20060 CGCTTCAAA-GGATTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTAA
127 CGCTTTAAATAG-TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAATTAA
* * * *
20103 ATTTTTTTACATA-TTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTT-GGAAAATATGAAG
1 A-TTTTTTA-ATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TGCCTTAGG--AACATGAAG
* * * * ** * * *
20165 CAAAAGCCATCCATTGACACGAAAAGTCTA-TTATTGTTACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTA
61 AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTA
* * ** * *
20228 CTCGCTTTAAATTGTTCTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGA
125 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAATTAA
* * * * * * * * *
20273 TTTTTTTTACATTTTCAATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATAAAGAAA
1 ATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TTGCCTTAGG-AACATGAAGAAA
* * * * * * * **
20338 AAGCCATTGATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTAAGCCATTCCTTTAAAAGCCTTATT-CTTC
64 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTAC-TC
* * ** *
20402 ACTTTAAAT-GATTTTAT-CTGTCATAATTGATTTTAAGTCT--
128 GCTTTAAATAG-TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAAT-TAA
* * * * * * *
20442 A-TTTATAATCACTTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATTAGGAAACGTGAA-A
1 ATTTTTTAAT-A-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TTGCCTTAGG-AACATGAAGA
** * * * * * *
20505 AAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
62 AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * **
20570 CACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAAGCT-A
127 CGCTTTAAATAG-TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAATTAA
* * * * * * * * *
20612 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATATCTGCCTCAAGAA-ATGTGAAGCA
1 ATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TGCCTTAGGAACA--TGAAGAA
* * * * * *** * *
20676 AAAGGCAATCATTAGGAC--GAAAACTCCACTTATAGTCAGTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
63 AAAGCCATTCATT--GACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTAC
** * *** **
20739 TCATTTTAAATAATTTTATAATTATATAATTGATTTT-AGGTAGA
126 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAATTA-A
** * * * *
20783 A-TTTTTATATATTTTTAGAAAAAATAGA-T-TAATTGATTGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGAA
1 ATTTTTTA-ATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TTGCCTTAGG-AACATGAAGAA
** * * ** * * *
20845 AAAGATATTCATTGGCAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATTCCTT-GAAAAGCCTTATTACT
63 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCG-AAAGCCTTATTACT
* * * * * *
20909 CACTTTAAATGGTTTTTTAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGA
127 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAATTAA
* * * * *
20952 ATTCTTTT-ACATTTTTGGTTCAAACATATTATAATTG
1 ATT-TTTTAATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
20989 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1420, Mismatches: 368, Indels: 205
0.71 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
149 2 0.00
150 6 0.00
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155 3 0.00
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTGCCTTAGGAACATGAAGAAAAA
GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAATTAA
Found at i:20260 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 19504--20966 Score: 978
Period size: 339 Copynumber: 4.3 Consensus size: 342
19494 CGTGAAAAAA
* * * * * * ** * *
19504 AAAAAGTCCATTTACAATCACCCAACCCTTGGAAAA-CCATATTACTTACTTTAAATGATTTTAT
1 AAAAAGTCCATTTATAGTCAACCAAGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTAT
** * * * ** * * * *
19568 AATCTTATAATCT-ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACGTTTTTGATT-AAATATATAATAGTTGAA
65 AATCACATAAT-TGATTCTAACTTGAATTTTTTTACATTTTCAATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *** * * * ** *
19630 TATTTACCTCGAAAAATGCAGAGAAAAAACTATTCATTGATGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
129 TGTTTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* *
19695 CATG-CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGG-TTTTATAATCACATAATTGATTTT-AGA
194 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTAAAAGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-
* * * *
19757 TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGATTGCCTTAGGAAATATGAA
257 TTAAATTTTTTTACATATTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGATTGCCTTAGGAAATATGAA
* * * *
19822 GAAAAGGATATTCGTTGATAG
322 GAAAAGGACATCCATTGACAG
* ** *
19843 AAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAAGTCCATTTATAGTCAACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATA
* ** *
19908 ATCACATAATTGATTCTAACTTTAATTTTTTTACATTGTT-GGTTAAAATC-GATTCTAATTGAA
66 ATCACATAATTGATTCTAACTTGAATTTTTTTACATT-TTCAATTAAAA-CAGATTATAATTGAA
* **
19971 TGTTTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAA-TCCCATTTATAGTCAC
129 TGTTTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCAC
* * * * *
20035 CCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAAGGATTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGT
193 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAAGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
20100 TAAATTTTTTTACATATTTGATTAAAATATATTATAATTGAATG-TCTGTCTT-GGAAAATATGA
258 TAAATTTTTTTACATATTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGAT-TGCCTTAGG-AAATATGA
*
20163 AGCAAAA-GCCATCCATTGACACG
321 AG-AAAAGGACATCCATTGACA-G
* * * *
20186 -AAAAGTCTA-TTATTGT-TACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTCTAT
1 AAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTAT
** * * * *
20248 AATCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTCAATTAAAACATATTATAATTGAAT
65 AATCACATAATTGATTCTAACTTGAATTTTTTTACATTTTCAATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* **** * * * *
20313 GTTTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTGATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTAAGCC
130 GTTTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
20378 ATTCCTTTAAAAGCCTTATT-CTTCACTTTAAATGATTTTAT-CTGTCATAATTGATTTTAAGTC
195 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTAAAAGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-
* * * * * * **
20441 T--A-TTTATAATCACTTTTTGGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATTAGGAAACGTG
258 TAAATTTTTTTA-CA-TATTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATGATTGCCTTAGGAAATATG
* * * *
20502 AAAAAAAGG-GATTCATTGGCA-
320 AAGAAAAGGACATCCATTGACAG
* ** * * *
20523 AGAAAAGTCCGTTTATAGTC-ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTA
1 A-AAAAGTCCATTTATAGTCAACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTA
* * * * *** *
20587 TAATCTCTTAATTAATTTTAAGC-T-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGA
64 TAATCACATAATTGATTCTAA-CTTGAATTTTTTTACATTTTCAATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * ** * * * * * * * *
20650 ATATCTGCCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGGCAATCATT-AGGACGAAAACTCCACTTATAGTCA
128 ATGTTTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*** * * * ** *
20714 GTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAATTTTATAAT-TATATAATTGATTTT-A
192 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAAGGATTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * * * **
20777 GGTAGAATTTTTATATATTTTTAGA-AAAAATAGA-T-TAATTGATTGTTTACCTTGGGAAACGT
256 GTTA-AATTTTTTTACATATTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATGATTGCCTTAGGAAATAT
* * * * *
20839 GAAGAAAAAGATATTCATTGGCAA
319 GAAGAAAAGGACATCCATTGACAG
** ** * * * *
20863 AAAAAGTTTATTTATAGTC-ACCTATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTT
1 AAAAAGTCCATTTATAGTCAACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTAT
* * * *
20927 AATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTT
65 AATCACATAATTGATTCTAACTTGAATTTTTTTACATTTT
20967 TGGTTCAAAC
Statistics
Matches: 903, Mismatches: 177, Indels: 87
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 43 0.05
339 296 0.33
340 178 0.20
341 262 0.29
342 117 0.13
343 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
AAAAAGTCCATTTATAGTCAACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATA
ATCACATAATTGATTCTAACTTGAATTTTTTTACATTTTCAATTAAAACAGATTATAATTGAATG
TTTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAAGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
ATTTTTTTACATATTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGATTGCCTTAGGAAATATGAAGAAA
AGGACATCCATTGACAG
Found at i:20342 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19543--20988 Score: 1166
Period size: 170 Copynumber: 8.5 Consensus size: 170
19533 TGGAAAACCA
* * * *
19543 TATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATCT-ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACGTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * * * *
19606 TTGATT-AAATATATAATAGTTGAATATTTACC-T-CGAAAAATGCAGAGAAAAAACTATTCATT
65 TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATG-A-AGAAAAAGCCATTCATT
** * *
19668 GATGAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCA-TGCTTCGAAAGCCT
128 GACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
19711 TATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCACATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTTATATTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTT
* * * * ** *
19775 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGATTGCCTTAGGAAATATGAAGAAAAGGATATTCGTTGA
65 TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
* * * **
19840 -TAGAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTTGAAAGCCT
130 CAAG-AAAAGTCTATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
19882 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTCTAACTTTAATTTTTTTACATTGT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * ** * * *
19947 TGGTTAAAATC-GATTCTAATTGAATGTTTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGG
66 TGATTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
* * ** *
20011 TAAGAAAA-TCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTT
130 CAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
20053 TATTACTCGCTTCAAA-GGATTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATAT
1 TATTACTCACTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * *
20117 TTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTT-GGAAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
65 TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * **
20181 ACACGAAAAGTCTA-TTATTGTTACTCAAGCCTTCAAAAGCCT
129 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
20223 TATTACTCGCTTTAAATTGTTCTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
** * * * * *
20288 CAATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTGATTGAA
66 TGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* *
20353 AAGAAAAGTCTATTTATAGTAAGCCATTCCTTTAAAAGCCT
131 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
20394 TATT-CTTCACTTTAAATGATTTTAT-CTGTCATAATTGATTTTAAGTCT--A-TTTATAATCAC
1 TATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTA-CA-
* * * **
20454 TTTTTGGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATTAGGAAACGTGAA-AAAAAGGGATTCA
62 TTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* **
20517 TTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCT
126 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
20563 TATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAAGCT-AATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * * ** * * *
20627 TGGTTAAAACAGATTACAATTGAATATCTGCCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGGCAATCATTAGG
66 TGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT--G
* * * **
20692 AC--GAAAACTCCACTTATAGTCAGTTATTCCTTCAAAAGCCT
129 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCT
* ** * * * * *
20733 TATTACTCATTTTAAATAATTTTATAAT-TATATAATTGATTTTAGGTAGAATTTTTATATATTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * **
20797 TTAGA-AAAAATAGA-T-TAATTGATTGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTG
65 TT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * *
20859 GCAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATTCCTTGAAAAGCCT
129 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
20902 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * *
20967 TGGTTCAAACATATTATAATTG
66 TGATTAAAACAGATTATAATTG
20989 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1018, Mismatches: 211, Indels: 95
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.00
168 50 0.05
169 253 0.25
170 361 0.35
171 333 0.33
172 16 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
TGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCT
Found at i:21856 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 21238--21865 Score: 764
Period size: 342 Copynumber: 1.8 Consensus size: 339
21228 AGCCTTGTTG
** * *
21238 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCATATAATTGATTTCAGATTGATTTTTTTTAGATTTTTGGCT
1 CTCGCTTTAAATAATTTTATAATCACATAATTGATTTCAGATTGATTTTTTTTAGATTTATGGCT
* * *
21303 AAAACAAATTAATTTAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAA
66 AAAACAAATTAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAA
* * * *
21368 GTCCATTTATAGTAACTCAAGCCTTCGAAAGCCATATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTC
131 ATCCATTTATAGTAACCCAAGCCTTCGAAAGCCATATTACTCACTCTAAATGATTTTATAATCAC
* **********
21433 ATAATCGTCTTTAAGTTCAATTTTTATATATTTTTTATTAAAATANNNNNNNNNNGAATGTCTAC
196 ATAATCGTCTTTAAGTTCAATTTTTATATATTTCTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
* *
21498 CTCAAAAAAGGTGAAGAAAAGCCATTAATTGACGAAAATAGTCCATTGATAGTCACCTATACATT
261 CTCAAAAAACGTGAAGAAAACCCATTAATTGACGAAAATAGTCCATTGATAGTCACCTATACATT
21563 TGAAAGCTTTATTA
326 TGAAAGCTTTATTA
*
21577 CTCGCTTTAAATAATTTTATAATCACATAATTGATTTTAGATTGATTTTTTTTTATG-TTTATGG
1 CTCGCTTTAAATAATTTTATAATCACATAATTGATTTCAGATTGA-TTTTTTTTA-GATTTATGG
* *
21641 TTAAAACAGATTATAATTGAATGAT-TGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAA-GTCATT-AGTTGAC
64 CTAAAACA-AAT-TAATTGAATG-TCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGGT-ATTCA-TTGAC
* * * ** *
21703 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTA
124 AAGAAAAATCCATTTATAGTAACCCAAGCCTTCGAAAGCCATATTACTCACTCTAAATGATTTTA
* * * * *
21768 TAATCACATAATTGAT-TTTAGGTTGAACTTTTT-TATATTTCTTGTTAATATATATTATAATTG
189 TAATCACATAATCG-TCTTTAAGTTCAA-TTTTTATATATTTCTTATTAAAATATATTATAATTG
* * *
21831 AATGTTTGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAACCCATT
252 AATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAACCCATT
21866 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 41, Indels: 15
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 41 0.17
340 22 0.09
341 6 0.03
342 163 0.68
343 7 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
CTCGCTTTAAATAATTTTATAATCACATAATTGATTTCAGATTGATTTTTTTTAGATTTATGGCT
AAAACAAATTAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAA
ATCCATTTATAGTAACCCAAGCCTTCGAAAGCCATATTACTCACTCTAAATGATTTTATAATCAC
ATAATCGTCTTTAAGTTCAATTTTTATATATTTCTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
CTCAAAAAACGTGAAGAAAACCCATTAATTGACGAAAATAGTCCATTGATAGTCACCTATACATT
TGAAAGCTTTATTA
Found at i:21857 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 21092--21867 Score: 669
Period size: 169 Copynumber: 4.6 Consensus size: 171
21082 NNNNNNNNNN
* * * * *
21092 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGATTCTAATTGAATGTCTG
1 CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * * * *
21157 CCTTGGGAAACATGATA-AAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAACTCTATTTATTA-TCACCCATA
66 CCTTAGAAAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTA-TAGTCACCCATA
* * * * *
21220 ACTTCAAAAGCCTTGTTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCA
129 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCA
* * * * * * * * *
21263 TATAATTGATTTCAGATTGATTTTTTTTAGATTTTTGGCTAAAACA-AAT-TAATTTAATGTCTG
1 CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* ** * * * *
21326 CCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCA-AGC
66 CCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATA-C
* * * * *
21390 CTTCGAAAGCCATATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCT
130 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCA
* * * * * * **********
21432 CATAATCG-TCTTTAAGTTCAATTTTTATATATTTTTTATTAAAATANNNNNNNNNNGAATGTCT
1 CATAATTGAT-TTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
21496 ACCTCAAAAAAGGTGAAG-AAAAGCCATTAATTGAC--GAAAATAGTCCATTGATAGTCACCTAT
65 GCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA-A-TCCATTTATAGTCACCCAT
* * * *
21558 ACATTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCA
128 ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCA
* * *
21602 CATAATTGATTTTAGATTG-ATTTTTTTTTATGTTTATGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGAT
1 CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATAT-TTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-T
*
21666 -TGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATT-AGTTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCA
63 CTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCA
* *
21729 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCA
127 TACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCA
* * * * * *
21774 CATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTTATATTTCTTGTTAATATATATTATAATTGAATGTTTG
1 CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* *
21839 CCTCAGAAAACGTGAAG-AAAACCCATTCA
66 CCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
21868 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 467, Mismatches: 118, Indels: 40
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.02
169 135 0.29
170 88 0.19
171 128 0.27
172 90 0.19
173 11 0.02
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
CCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACC
TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCA
Found at i:22510 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 22272--23280 Score: 911
Period size: 170 Copynumber: 5.9 Consensus size: 169
22262 CCCTAGGTAG
* * * * * * *
22272 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTACAAATGTAAAAACATTTAACCTAAAATAAATTATAAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
22337 TTATAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATAAACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATAAACTTTT
* * **
22402 CTAGTCAATGAATGGCTTTTTTTCACGTTTCTCAAGACAA
131 CTTGCCAATGAATAACTTTTTTTCACGTTTCTCAAG-CAA
* *
22442 ACATTCAATTATAATCTGTGTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATAATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * * ***
22506 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTAAGAAAGAATT-AGTAACTATAAATGGGCTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGATTGGGTGACTATAAATAAACTT
* * * * * * *
22570 TTCTTGCTAATGAATACCTCTTTTTCACATTTTTCCAATGTAG
129 TTCTTGCCAATGAATAACTTTTTTTCACGTTTCT-CAA-GCAA
* ** *
22613 ACATTCAATTATAAACTGTTTTAACTAAAAATAG-AAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * * *
22677 ATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGATCTTC
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATAAACTTT
* * *
22742 TCTTGCCAATGAATAAATATTCTTTCACGTTTCTCGAGGCAA
130 TCTTGCCAATGAATAACT-TTTTTTCACGTTTCTC-AAGCAA
* * * * * *
22784 ACATTCAATCATAATCT-CTTCAAGCTAAAAATGTCAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTCTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * *
22848 AATATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATAAACTTT
* * ** * * *
22913 TCGTGCCAATGGATGGCTTCTCTTTCACGTTTCCTTAAGCAC
130 TCTTGCCAATGAATAACTT-TTTTTCACGTTT-CTCAAGCAA
* * *
22955 A-ATTCTAA-TATAATATATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 ACATTC-AATTATAATCTGTTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * **
23017 GATTATAACACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATAAACTT
* * * * *
23082 TTGTTGCCAAAGAATAACTTTTCTTT-ATGTTTCTCGAGGCAG
129 TTCTTGCCAATGAATAACTTTT-TTTCACGTTTCTC-AAGCAA
* * * * *
23124 ACATTCAATCATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTCAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTCTGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
23189 TTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-TAGGAGTGAGTATAAATAGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGG-GTGACTATAAATAAACTTT
* ** **
23253 ACTCACCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
130 TCTTGCCAATGAATAACTTTTT-TTCAC
23281 ATTTTCTAAG
Statistics
Matches: 666, Mismatches: 149, Indels: 47
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 19 0.03
170 364 0.55
171 263 0.39
172 18 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATAAACTTTT
CTTGCCAATGAATAACTTTTTTTCACGTTTCTCAAGCAA
Found at i:23091 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 22268--24097 Score: 1095
Period size: 341 Copynumber: 5.4 Consensus size: 337
22258 CTTTCCCTAG
* * *
22268 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTACAAATGT-AAAAACATTTAACCTAAAATAAATTA
1 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAC-TTTAACTTAAAATCAATTA
* * ** * *
22332 TAAGATTATAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATAAA
65 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GA
* * ** * * * * *
22397 CTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTTTCACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTG
129 CTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTCTTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATCATAATCTCT-
* ** *
22462 TTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
193 TTAACTAAAAATGT-CAAAAAATTAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCA
* *** * *
22527 AGTAATAAAG-CTTAAGAAAGAATTAGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATACCTCT
257 AGTAATAAGGCCTTAAGAAAGAATTAGTAACTATAAATAAACTTTTCGTGCCAATGAATACCTCT
* *
22591 TTTTCACATTTTTCCAAT
322 CTTTCACA-GTTTCC-AT
* *
22609 GTAGACATTCAATTATAA-ACTGTTTTAACTAAAAATAG-AAAAAAATTTTACTTAAAATCAATT
1 GTAGACATTCAATTATAATA-TGTTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATT
* * *
22672 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGA
64 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA
* *
22737 TCTTCTCTTGCCAATGAATAAATATTCTTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATCATAATCTC
129 -CTTTTCTTGCCAATGAATAACT-TTCTTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATCATAATCTC
* * *
22802 TTCAAGCTAAAAATGTCAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTCTGAGAATATAAAA-CTATTTAAA
192 TTTAA-CTAAAAATGTCAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAATC-ATTTAAA
* * ** * * *
22866 ACAAGTAATAAGGCCTT-CG-AAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCGTGCCAATGGATGG
254 GCAAGTAATAAGGCCTTAAGAAAGAATT-AGTAACTATAAATAAACTTTTCGTGCCAATGAAT-A
*
22929 CTTCTCTTTCAC-GTTTCC-T
317 CCTCTCTTTCACAGTTTCCAT
* *
22948 -TAAGCACAATTCTAA-TATAATATATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCA
1 GT-AG-AC-ATTC-AATTATAATATGTTTT-AACTAAAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAATCA
* *
23010 ATTATGAGATTATAACACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
61 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * *
23075 TGGACTTTTGTTGCCAAAGAATAACTTTTCTTT-ATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATCATAAT
126 T-GACTTTTCTTGCCAATGAATAAC-TTTCTTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATCATAAT
* *
23139 TTGTTTTAACTAAAAATGTCAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAATCATTTA
189 CT-CTTTAACTAAAAATGTCAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAATCATTTA
* * * * ** * * * * *
23204 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTA-AAGGTAGGAGTGAGTATAAATAGACTTTAC-TCACCAATGAAT
252 AAGCAAGTAATAAGGCCTTAAGAAAGAATTAGTAACTATAAATAAACTTTTCGT-GCCAATGAAT
* * * * * *
23267 GCCTTTTTCTTCACATTTTCTAAG
316 ACCTCTCT-TTCACAGTTTC-CAT
*
23291 GTA-A-A--C-ATT-T-A-A---TTT-A-T----A---AAAAAA--TCAACTTAAAATCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTAT
* ** * ** *
23334 GAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTGTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGAC
66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAC
* * *** * * * * * * ** * *
23399 TTTTTTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGCTTATTGAGGCAGACATTCAATTTTAACCTGTT
130 TTTTCTTGCCAATGAATAACTTTCT-TTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATCATAATCT-CT
* * * * * * ****
23464 TTAA-TAAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAACTCAATTATGAGAGTATAAAA-CTATTTANNNN
193 TTAACT-AAAAATGTCAAAAAATTAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGC
****** ** ** * * ** * * *
23527 NNNNNNTAAGG-CTTTCG-AAGGCTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTCATGCTAAT-AGATAGC
256 AAGTAATAAGGCCTTAAGAAAGAATT-AGTAACTATAAATAAACTTTTCGTGCCAATGA-ATACC
* * *
23589 T-T-TTTCTTCATGTTTTCTGAG
319 TCTCTTTC-ACA-G-TTTC-CAT
* * * * * * * * * *
23610 GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTCAACCTACAATAAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
23675 GAGATTATGAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGAAATGGATGACTATAAATAGAC
66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAC
* * * * * *
23740 TTTTCTT-CCTAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGAG-AAACATTTAATTATAATCTA
130 TTTTCTTGCC-AATGAATAACTTTCT-TTCACGTTTCTCGAG-GCAAACATTCAATCATAATCT-
* * * * ********** *
23803 TTTTAACTAGAAATGTAAAAAAATTCAATTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
191 CTTTAACTAAAAATGTCAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAATCATTTAAAG
** * *** * * ** ** *
23868 TGAGTAATAAGG-TTTTTCAATGAA-TAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTCCCAGA-GAATGA
255 CAAGTAATAAGGCCTTAAGAAAGAATTAGTA-ACTATAAATAAACTTTTCGTGCCA-ATGAAT-A
* * * *
23930 --T-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAG
317 CCTCTCTTTC-ACA-GTTTC--CAT
* * * * * *
23952 GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAGAAATGTAAAAAA-TTCAACCTAAAATAAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTAT
* * *
24016 GAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGAGTGACTATAAATGAAC
66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG-AC
24081 TTTTCTT-CTCAATGAAT
130 TTTTCTTGC-CAATGAAT
24098 GGCTTTTTCT
Statistics
Matches: 1183, Mismatches: 227, Indels: 158
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
316 3 0.00
317 3 0.00
318 12 0.01
319 164 0.14
320 49 0.04
321 7 0.01
323 1 0.00
324 4 0.00
325 1 0.00
326 1 0.00
328 1 0.00
330 6 0.01
331 1 0.00
333 1 0.00
334 1 0.00
335 2 0.00
336 1 0.00
337 1 0.00
338 1 0.00
339 16 0.01
340 137 0.12
341 509 0.43
342 240 0.20
343 20 0.02
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGACT
TTTCTTGCCAATGAATAACTTTCTTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATCATAATCTCTTTA
ACTAAAAATGTCAAAAAATTAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTA
ATAAGGCCTTAAGAAAGAATTAGTAACTATAAATAAACTTTTCGTGCCAATGAATACCTCTCTTT
CACAGTTTCCAT
Found at i:23595 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 23362--23693 Score: 325
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
23352 AAAGCAAGTA
* ** * *
23362 ATAAGGCTTGTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTGTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGAATAGCTTTTTCTT
* * *
23427 CATGCTTAT-TGAGGCAGACATTCAATTTTAACCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TCAAC
66 CATG-TTATCTGAGGCAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* *
23490 TTA-AACTCAATTATGAGAGTATAAAACTATTT
130 CTACAA-TAAATTATGAGAGTATAAAACTATTT
*
23522 ANNNNNNNNNNTAAGGCTT-TCGAAGGCTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTCATG-CTAAT-AG
1 A----------TAAGGCTTGT-GAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTC-AATGA-
* * * * *
23584 ATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAGTGTA
53 ATAGCTTTTTCTTCATGTTATCTGAGGCAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACAAAAAATATA
* *
23649 AAAAAATTCAACCTACAATAAATTATGAGATTATGAAACTATTT
118 AAAAAATTCAACCTACAATAAATTATGAGAGTATAAAACTATTT
23693 A
1 A
23694 AAGTGAGTAA
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 18, Indels: 21
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
169 6 0.04
170 98 0.71
171 31 0.22
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
ATAAGGCTTGTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGAATAGCTTTTTCTT
CATGTTATCTGAGGCAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACC
TACAATAAATTATGAGAGTATAAAACTATTT
Found at i:24107 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23307--24109 Score: 710
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 170
23297 ATTTAATTTA
* * * ** *
23307 TAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTG
1 TAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
23372 TGAAGG-CTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGCTTAT
66 TGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * *
23436 TGAGGCAGACATTCAATTTTAACCTGTTTTAA-TAAAAAATA
130 TGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AGAAATG
* * * * * **********
23477 TAAAAAAATCAACTTAAACTCAATTATGAGAGTATAAAACTATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTT
1 TAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* ** * * * * *
23542 CGAAGGCTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTCATGCT-AAT-AGATAGCTTTTTCTTCATGTTT-
66 TGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCTCAATGA-ATGGTTTTTTCTTCATGTTTC
* *
23604 TCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA-AAAGTG
129 T-TGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAGAAA-TG
* * * *
23647 TAAAAAAATTCAACCTACAATAAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 T-AAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * *
23712 TTCAAGAAATG-GATGACTATAAATAGACTTTTCTTC-CTAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTT
65 TTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC-AATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTT
* *
23775 CTCGAGAG-AAACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAGAAATG
128 CTTGAG-GCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAGAAATG
* ********** *
23818 TAAAAAAATTCAATTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTT
1 T-AAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
23883 TTCAATGAAT-AGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTCCCAGA-GAATGATTTTTTCTTCATGTTT
65 TTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCA-ATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTT
* *
23946 CTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAGAAATG
128 CTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAGAAATG
* *
23989 TAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
1 TAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * *
24054 TTAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTC
66 TGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGTTTTTTCTTC
24110 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 504, Mismatches: 108, Indels: 42
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 224 0.44
171 265 0.53
172 9 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTT
GAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAGAAATG
Found at i:24859 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 24564--24974 Score: 483
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
24554 NNNNTTGACT
* * *
24564 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTAAGCATTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
* * * * *
24629 AATCTTATAATTTATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
66 AATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTGATATTTCTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAAT
*
24694 GTCTGCCTCAG-AAAACATAAAGAAAAAGCTATCCATTGGGA
131 GTCTACCT-AGAAAAACATAAAGAAAAAGCTATCCATTGGGA
* * *
24735 A-AAAAGGTCAATTTATAGTCA-CTCAAGCATTTGAAAG-TGTTATTACTCGCTTTAAATTATTT
1 AGAAAA-GTCAATTTATAGTCACCT-AAGCATTCGAAAGCT-TTATTACTCACTTTAAATGATTT
*
24797 TATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTG-ATTGTTTTGATATTT-TTGATTAAAAAAGATTATAAT
63 TATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATT-TTTTGATATTTCTAG-TTAAAAAAGATTATAAT
* *
24860 TGAATGTCTACCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGGA
126 TGAATGTCTACCTAGAAAAACATAAAGAAAAAGCTATCCATTGGGA
* * * ** * * * * * **
24906 AGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGCTTTAT
1 AGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTAAGCATTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
24971 AATC
66 AATC
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 28, Indels: 18
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.06
171 185 0.91
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTAAGCATTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
AATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTGATATTTCTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAAT
GTCTACCTAGAAAAACATAAAGAAAAAGCTATCCATTGGGA
Done.